Wikiversité frwikiversity https://fr.wikiversity.org/wiki/Wikiversit%C3%A9:Accueil MediaWiki 1.39.0-wmf.25 first-letter Média Spécial Discussion Utilisateur Discussion utilisateur Wikiversité Discussion Wikiversité Fichier Discussion fichier MediaWiki Discussion MediaWiki Modèle Discussion modèle Aide Discussion aide Catégorie Discussion catégorie Projet Discussion Projet Recherche Discussion Recherche Faculté Discussion Faculté Département Discussion Département Transwiki Discussion Transwiki TimedText TimedText talk Module Discussion module Gadget Discussion gadget Définition de gadget Discussion définition de gadget Sujet 828 56527 881472 773673 2022-08-19T13:49:34Z JackPotte 2411 Add printable version header, footer and no evaluation param if overflow Scribunto text/plain -- Ce script crée la version imprimable d'une leçon en affichant le contenu des pages de son sommaire debug = false include_book_subpages_only = true do_not_evaluate_each_chapter = false local p = {} -- Les templates sont bien cachés ici : [[commons:Data:I18n/Module:Printable version.tab]] ModuleTnt = require('Module:TNT') Error = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'error_invalid_toc') Beginning1 = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'header_notice') Beginning2 = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'header_cover') Break = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'page_break') Ending1 = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'footer_license') Ending2 = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'footer2') templateLeft = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'template_left') templateRight = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'template_right') TOC = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'TOC') sep = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'subpage_separator') page_before = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'page_before') page_after = ModuleTnt.format('I18n/Module:Printable version', 'page_after') function p._escapePattern(pattern) return mw.ustring.gsub(pattern, "([%(%)%.%%%+%-%*%?%[%^%$%]])", "%%%1"); end function p.displays_book(frame) if not debug then Error = '' end if frame == nil then return '' end if frame.args == nil then return '' end if frame.args[1] == nil then return '' end local BookName = frame.args[1] if (BookName ~= nil and mw.text.trim(BookName) ~= '') then title = mw.title.new(BookName) if frame.args[2] ~= nil and frame.args[2] ~= '' then BookName = frame.args[2] else if mw.ustring.find(BookName, sep .. TOC, 1, true) ~= nil then BookName = mw.ustring.gsub(BookName, "^(.*)" .. sep .. TOC .. "$", "%1") end end if frame.args[3] ~= nil then include_book_subpages_only = false end else return Error end if frame.args[4] ~= nil and frame.args[4] ~= '' then do_not_evaluate_each_chapter = true end if (title == nil or title == '') then return Error end text = title.getContent(title) if (text == nil or text == '') then return Error end -- Book subpages titles normalization to absolute names local lines_ = mw.text.split(text, "\n") local fullPageName local PrintVersion = {} if (page_before ~= '') then -- Add book header fullPageName = BookName .. sep .. page_before ChapterTitle = mw.title.new(fullPageName) if (ChapterTitle ~= nil and ChapterTitle.exists) then -- Title should be defined in the page itself table.insert(PrintVersion, frame:expandTemplate{ title = ':' .. fullPageName } .. '\n\n') end end -- Add book chapters for i,v in ipairs(lines_) do if mw.text.trim(v) ~= '' then fullPageName = p.getFullPageName(BookName, v) if fullPageName ~= nil then ChapterTitle = mw.title.new(fullPageName) if (ChapterTitle ~= nil and (do_not_evaluate_each_chapter or ChapterTitle.exists)) then PageName = p.getSubpageName(BookName, fullPageName) if (PageName ~= nil and PageName ~= '') then if Break ~= "" then table.insert(PrintVersion, frame:expandTemplate{title = Break}) end table.insert(PrintVersion, '\n<div style="clear:both;page-break-before:always;"></div>\n=' .. PageName .. '=\n') end table.insert(PrintVersion, frame:expandTemplate{ title = ':' .. fullPageName } .. '\n\n') else if debug then table.insert(PrintVersion, '<span class="error">Missing subpage "' .. fullPageName .. '" on line "' .. v .. '" for the book:</span> ' .. BookName .. '\n\n') end end end end end if (page_after ~= '') then -- Add book footer fullPageName = BookName .. sep .. page_after ChapterTitle = mw.title.new(fullPageName) if (ChapterTitle ~= nil and ChapterTitle.exists) then -- Title should be defined in the page itself table.insert(PrintVersion, frame:expandTemplate{ title = ':' .. fullPageName } .. '\n\n') end end Templates1 = "" if Beginning1 ~= "" then Templates1 = Templates1 .. frame:expandTemplate{title = Beginning1} .. '\n' end if Beginning2 ~= "" then Templates1 = Templates1 .. frame:expandTemplate{title = Beginning2} .. '\n' end Templates2 = "" if Ending1 ~= "" then Templates2 = Templates2 .. frame:expandTemplate{title = Ending1} .. '\n' end if Ending2 ~= "" then Templates2 = Templates2 .. frame:expandTemplate{title = Ending2} .. '\n' end return Templates1 .. table.concat(PrintVersion, "\r\n") .. Templates2 end function p.extract_fullPageName(frame) if frame == nil then return '' end if frame.args == nil then return '' end if frame.args[1] == nil then return '' end if frame.args[2] == nil then return '' end return p.getFullPageName(frame.args[1], frame.args[2]) end function p.getFullPageName(BookName, chapter) if (BookName ~= nil and mw.text.trim(BookName) ~= '') or (chapter ~= nil and mw.text.trim(chapter) ~= '') then BookName = mw.text.trim(BookName) chapter = mw.text.trim(chapter) BookName = mw.ustring.gsub(BookName, "_", " ") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "_", " ") else if debug then chapter = '<span class="error">Incorrect book or chapter name</span>' else chapter = '' end end chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "{{BOOKNAME}}", BookName) chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "{{[Mm]odulo%|([^}]+)}}", "[[%1]]") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, " *%| *[0-9]*.*{{[Cc]%|([^}]+)%|[0-9]}}", "[[" .. BookName .. sep .. "%1]]") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, " *%| *[0-9]*.*{{[Cc]%|([^}]+)}}", "[[" .. BookName .. sep .. "%1]]") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, " *%[%[Image:[^%]]+%]%]", "") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "{{[^}]*}}", "") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "^[%#%*:; ]*", "") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "%[%[%.%.?/", "[[" .. BookName .. sep) chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "%[%[/", "[[" .. BookName .. sep) chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "%/%]%]", "]]") chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "%/$", "") if mw.ustring.find(chapter, "%[%[") ~= nil then -- Pages titles extraction from the TOC if mw.ustring.find(chapter, "%|") == nil or (mw.ustring.find(chapter, "%]") ~= nil and mw.ustring.find(chapter, "%|") > mw.ustring.find(chapter, "%]")) then Ending = "%]" else if mw.ustring.find(chapter, "%/%|") == nil or mw.ustring.find(chapter, "%/%|") > mw.ustring.find(chapter, "%|") then Ending = "%|" else Ending = "%/%|" end end chapter = mw.text.split(chapter, Ending)[1] -- extraction of the line beginning --chapter = mw.text.split(chapter, "%[%[")[2] chapter = mw.ustring.gsub(chapter, "[^%[]*%[%[(.*)", "%1") -- brackets and pipes removal if chapter == BookName or chapter == BookName .. sep or mw.ustring.find(chapter, "%#") ~= nil then if debug then chapter = '<span class="error">Chapter = ' .. chapter .. ' => book name or another subpage name</span> with Ending = ' .. Ending else chapter = '' end else if include_book_subpages_only then -- Book subpages only (and ignoring the other links like "see also") if mw.ustring.find(chapter, BookName .. sep, 1, true) == nil then if debug then chapter = "<span class=\"error\">No book subpage into the internal link:</span> '" .. chapter .. "' doesn't include '" .. BookName .. sep .. "'" else chapter = '' end end end end else if debug then chapter = "<span class=\"error\">No internal link</span> for: " .. chapter .. "\n" else chapter = '' end end return chapter end function p.getSubpageName(bookName, fullPageName) k, v = mw.ustring.gsub(fullPageName, '^' .. p._escapePattern(bookName .. sep), '') return k end function p.extract_subpageName(frame) if frame == nil then return '' end if frame.args == nil then return '' end if frame.args[1] == nil then return '' end if frame.args[2] == nil then return '' end return p.getSubpageName(frame.args[1], frame.args[2]) end function p.displays_footer(frame) if not debug then Error = '' end if frame == nil then return "" end if frame.args == nil then return "" end if frame.args[1] == nil then return "" end local footer = {} local BookName = frame.args[1] if (BookName ~= nil and mw.text.trim(BookName) ~= "") then title = mw.title.new(BookName) if mw.ustring.find(BookName, sep .. TOC, 1, true) ~= nil then BookName = mw.ustring.gsub(BookName, "^(.*)" .. sep .. TOC .. "$", "%1") end else return Error end local currentPageName if frame.args[2] ~= nil and frame.args[2] ~= '' then currentPageName = frame.args[2] else currentPageName = p.getSubpageName(BookName, mw.title.getCurrentTitle().fullText) end if (currentPageName ~= nil and mw.text.trim(currentPageName) ~= "") then currentPageName = mw.text.trim(currentPageName) else return Error end if debug then table.insert(footer, " currentPageName = " .. currentPageName .. "\n") end if (title == nil or title == "") then return Error end text = title.getContent(title) if (text == nil or text == "") then return Error end if frame.args[3] ~= nil and frame.args[3] ~= '' then if frame.args[3] == 'programming' then if debug then table.insert(footer, " skin=programming\n\n") end templateLeft = '{| style="width:100%; border:solid 1px #71c837; background:#c6e9af; color:#2d5016;" class="navlinks noprint"\n| style="text-align:left; width:33%; font-size:90%;" class="navprevious" |[[Image:Navigation_Left_Arrow.svg|18px|link=printf|alt=]] [[printf]]\n' templateRight = '| style="text-align:center; width:34%;" class="navtitle" | [['..mw.title.getCurrentTitle().rootText..']]<br><b>'..mw.title.getCurrentTitle().subpageText..'</b>\n| style="text-align:right; width:33%; font-size:90%;" class="navnext" | [[printf]] [[Image:Navigation_Right_Arrow.svg|18px|link=printf|alt=]]\n|}' end end -- Book subpages titles normalization to absolute names local lines_ = mw.text.split(text, "\n") local previousChapter = "" local found = false local fullPageName local homepage = false local subpageName local rawFullPageName if (currentPageName == BookName) then if debug then table.insert(footer, " homepage\n") end homepage = true end for i, v in ipairs(lines_) do rawFullPageName = mw.text.trim(v) if rawFullPageName ~= '' then fullPageName = p.getFullPageName(BookName, rawFullPageName) if debug then if mw.ustring.find(fullPageName, "<span class=\"error\">No internal link</span>") ~= nil then fullPageName = nil else table.insert(footer, " research into: " .. rawFullPageName .. "\n") table.insert(footer, " extraction of: " .. fullPageName .. "\n") end end if fullPageName ~= nil then if mw.ustring.find(fullPageName, BookName .. sep, 1, true) == nil then if debug then table.insert(footer, " replacement of " .. fullPageName .. " by " .. BookName .. sep .. fullPageName .. "\n") end fullPageName = BookName .. sep .. fullPageName end ChapterTitle = mw.title.new(fullPageName) if (ChapterTitle ~= nil and ChapterTitle.exists) then subpageName = p.getSubpageName(BookName, fullPageName) if debug then table.insert(footer, " cut subpage: " .. subpageName .. "\n") end if (subpageName ~= nil and subpageName ~= "") then if found == true or homepage == true then if debug then table.insert(footer, "<span class=\"error\">Previous & next chapter insertion</span>\n") end if homepage == false then if previousChapter == "" then theTemplateLeft, nb = mw.ustring.gsub(templateLeft, "printf", BookName .. "|" .. TOC) else theTemplateLeft, nb = mw.ustring.gsub(templateLeft, "printf", BookName .. sep .. previousChapter .. "|" .. previousChapter) end table.insert(footer, theTemplateLeft) end theTemplateRight, nb = mw.ustring.gsub(templateRight, "printf", BookName .. sep .. subpageName .. "|" .. subpageName) table.insert(footer, theTemplateRight) break elseif subpageName == currentPageName then if debug then table.insert(footer, "<span class=\"error\">Page</span> '" .. currentPageName .. "' found\n\n") end found = true elseif fullPageName ~= "" then if debug then table.insert(footer, " " .. subpageName .. " is different from " .. currentPageName .. "\n") end previousChapter = subpageName else if debug then table.insert(footer, "<span class=\"error\">The current page</span> '" .. subpageName .. "' is not '" .. currentPageName .. "'") end end end else if debug then table.insert(footer, "<span class=\"error\">The page</span> '" .. fullPageName .. "' doesn't exist, for '" .. currentPageName .. "'\n\n") end end end end end if found == true and table.getn(footer) == 0 then if debug then table.insert(footer, "<span class=\"error\">No next chapter</span>\n") end theTemplateLeft, nb = mw.ustring.gsub(templateLeft, "printf", BookName .. sep .. previousChapter .. "|" .. previousChapter) table.insert(footer, theTemplateLeft) theTemplateRight, nb = mw.ustring.gsub(templateRight, "printf", BookName .. "|" .. TOC) table.insert(footer, theTemplateRight) end return table.concat(footer, "") end return p biub7o0uf5n214xhhs2bkkqxyenn03x 0 63756 881471 881470 2022-08-19T13:16:50Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : lentilles minces | idfaculté = physique | numéro = 14 | chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]] | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Projection d'une diapositive == {{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>. {{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection. {{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]] {{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>. {{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1^ère approximation, comme étant à l'infini.</ref>. {{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2^ème relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}} == Appareil photographique et objectif longue focale == {{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>». === Champ angulaire de l'objectif longue focale === {{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>. {{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]] {{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ; {{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}} === Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal === {{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif. {{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>». {{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>». {{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>» {{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}} == Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue == === Préliminaire, réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince === ==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x₀, 0) et (0, y₀) avec x₀ et y₀ non nuls ==== {{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>». {{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ; <center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}} ==== Préliminaire : Réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ==== {{Al|5}}Déduire de la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}} ==== Traduction graphique de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ==== {{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ; {{Al|5}}la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente === {{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|3}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>», * tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et * déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ; {{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ». {{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX^ème siècle <math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]] et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réel si }\;p_o < 0,\\ \text{virtuel si }\;p_o > 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réelle si }\;p_i > 0,\\ \text{virtuelle si }\;p_i < 0 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref> ; {{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\ \text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'elle est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\ \text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref>. {{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ; {{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><math>\;\big(</math>c.-à-d. au delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente : [[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied en deçà du foyer objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image inversée et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel au-delà du point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse réel de pied entre le foyer objet et le centre optique ou d'un objet virtuel]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image droite et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 2 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> avec image droite et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente</u> : {{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> en deçà de la lentille.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie<math>\big)\;</math> et <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass" />, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>), le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math>. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente </gallery> </center>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente === {{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente. {{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et {{Al|5}}vérifier de même chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse<ref name="Bouasse" /> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion … {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|Distinction des 4 cas de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]] * <u>Cas '''(1)'''</u> : (voir ci-contre) <u>'''A_o''' réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A_i''' virtuelle entre '''F_i''' et '''O'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math> ; * <u>Cas '''(2)'''</u> : (voir ci-contre en bleu) <u>'''A_o''' virtuel entre '''O''' et '''F_o'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \,\text{ ; } f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A_i''' réelle</u> <math>\;p_i > 0\;</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(2)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ; * <u>Cas '''(3)'''</u> : (voir ci-contre en rouge) <u>'''A_o''' virtuel entre '''F_o''' et '''W_o'''</u> (point objet de Weierstrass<ref> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>), <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \,\text{ ; } 2\, f_o \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A_i''' virtuelle en deçà de '''W_i'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \,\text{ ; } 2\, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} > 1</math> ; * <u>Cas '''(3')'''</u> : (voir ci-dessus en vert) <u>'''A_o''' virtuel au-delà de '''W_o'''</u>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \,\text{ ; } \,+\infty \right[</math> <math>\Rightarrow</math> <u>'''A_i''' virtuelle entre '''W_i''' et '''F_i'''</u> <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_i \,\text{ ; } \, f_i \right[</math> ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3')''' : }}si l'objet est linéique transverse, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{|p_i|}{|p_o|} < 1</math>. [[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse réel ou virtuel entre le centre optique et le foyer objet]] {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse précédente : * <u>Cas '''(1)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(1)''' : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;(1)\;</math> on a le cas <math>\;(2)\;</math> (en bleu) <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réelle [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(2)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> réelle, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; {{clr}} [[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse virtuel de pied au-delà du foyer objet]] * <u>Cas '''(3)'''</u> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle en deçà de <math>\;W_i\;</math> (figure ci-contre) ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|Cas '''(3)''' : }}ur la même figure, par retour inverse de <math>\;(3)\;</math> on a le cas <math>\;(3')\;</math> (en vert) <math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuelle entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> [Attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;(3')\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> l'image <math>\;A_o\;</math> virtuelle entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{clr}} [[File:Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|thumb|Résumé de la discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente]] {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse d'une lentille mince divergente</u> : {{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente<ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour que l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille comprise entre 0 (où le grandissement transverse serait <math>\;+1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait <math>\;\infty\big)\big]</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée si ce dernier est au-delà du plan objet de Weierstrass, [l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> (où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1</math>), le grandissement transverse tendant vers 0 quand la distance tend vers l'infini] ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée.}} == Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>. === Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ». <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> : * Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div> * Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}} === Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ? {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}} == Oculaire de Plössl == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>. === Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl === ==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> : * le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal, * le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>, * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}} ==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}} ==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer : * <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis * <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative). {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}} ==== Détermination des points principaux objet '''H_o''' et image '''H_i''' de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer : * l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal, * l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> [[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous. [[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante : * on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ; * on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}} ==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon : * l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que * la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et * la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines * le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et * le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique : * un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ; * un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A_iB_i''' d'un objet linéique transverse '''A_oB_o''' de pied '''A_o''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, * l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> : [[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), [[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}} ==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma), * un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit * <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>, * <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H_o''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H_i''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> : * l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>, * l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>. [[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ; * en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; * en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; <div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}} === Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>. ==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}} ==== Calcul de la puissance de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}} ==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}} == Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand == === Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure : * la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div> * la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan]. ==== Vergence d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S_eS_s''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et <br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons : [[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]] * en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>, * en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories * les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et * les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>. ===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement # la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille, # la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille. {{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> # <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}} ===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image : * couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>, * couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}} ===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe, * d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture * puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter. {{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}} === Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer * à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis, * dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi. ==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ; <div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}} ==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles : * l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune, * l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement : * les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune, * les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine * <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et * <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> : * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> : * pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et * pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}} === Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué * d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis * d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. ==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}} ==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet, * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ; <br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}} ==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé : * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec * <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div> * <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div> # <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et * <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div> # <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] }} fvujepa3ochukqkeftqpq4mlk15nycr 881473 881471 2022-08-19T16:44:57Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : lentilles minces | idfaculté = physique | numéro = 14 | chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]] | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Projection d'une diapositive == {{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>. {{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection. {{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]] {{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>. {{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1^ère approximation, comme étant à l'infini.</ref>. {{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2^ème relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}} == Appareil photographique et objectif longue focale == {{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>». === Champ angulaire de l'objectif longue focale === {{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>. {{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]] {{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ; {{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}} === Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal === {{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif. {{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>». {{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>». {{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>» {{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}} == Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue == === Préliminaire, réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince === ==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x₀, 0) et (0, y₀) avec x₀ et y₀ non nuls ==== {{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>». {{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ; <center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}} ==== Préliminaire : Réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ==== {{Al|5}}Déduire de la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}} ==== Traduction graphique de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ==== {{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ; {{Al|5}}la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente === {{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>», * tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et * déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ; {{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ». {{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX^ème siècle {{Nobr|<math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]]}} et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réel si }\;p_o < 0,\\ \text{virtuel si }\;p_o > 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réelle si }\;p_i > 0,\\ \text{virtuelle si }\;p_i < 0 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref> ; {{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\ \text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'elle est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\ \text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref>. {{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ; {{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. au delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied en deçà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image inversée et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel au-delà du point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied entre le foyer principal objet et le centre optique ou d'un objet virtuel]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image droite et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 2 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> avec image droite et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente</u> : {{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> en deçà de la lentille.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie<math>\big)\;</math> et <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass" />, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>), le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math>. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente </gallery> </center>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente === {{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente. {{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="points de Weierstrass" /><math>\big)\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et {{Al|5}}vérifier, de même, chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion … {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|thumb|435px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_i < 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente"> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 2\,f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel en deçà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel au-delà de</u><math>\;W_o</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } \,+\infty \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\,f_i \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel ou virtuel de pied entre le centre optique et le foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel avec image droite et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> virtuel de pied au-delà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel en deçà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 3 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de {{Nobr|Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />}} <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> virtuel entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente</u> : {{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente <ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>pour qur l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> au-delà de la lentille divergente.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;0\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait <math>\;+ 1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> {{Nobr|<math>\big(</math>où}} le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\;</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait infini<math>\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>sinon l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée, l'objet étant alors en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis" />, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>, le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math> ; <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente </gallery> </center>}} == Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture »<ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant proportionnelle à la surface de ce dernier c'est-à-dire à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span><math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue 2 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 4 fois plus faible, <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la suivante <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue 8 fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la dernière <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>. === Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;|p_o| = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> <span style="white-space: pre;">c.-à-d.</span> à une distance <math>\;|{p'}_{o,\,M}| > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;|{p'}_{o,\,m}| < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ». <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit la « profondeur de champ de netteté »<ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ |p_{o,\,m}|\, ; \, |p_{o,\,M}| \right]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le minimum de la profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et le maximum <math>\;|p_{o,\,M}|</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) =</math> <math>|p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ<ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;|p_{o,\,m}|</math>, <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> et <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;|p_o|</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> : * Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div> * Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}} === Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ? {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}} == Oculaire de Plössl == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>. === Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl === ==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> : * le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal, * le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>, * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}} ==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}} ==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer : * <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis * <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative). {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}} ==== Détermination des points principaux objet '''H_o''' et image '''H_i''' de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer : * l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal, * l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> [[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous. [[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante : * on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ; * on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}} ==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon : * l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que * la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et * la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines * le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et * le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique : * un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ; * un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A_iB_i''' d'un objet linéique transverse '''A_oB_o''' de pied '''A_o''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, * l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> : [[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), [[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}} ==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma), * un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit * <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>, * <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H_o''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H_i''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> : * l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>, * l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>. [[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ; * en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; * en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; <div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}} === Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>. ==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}} ==== Calcul de la puissance de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}} ==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}} == Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand == === Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure : * la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div> * la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan]. ==== Vergence d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S_eS_s''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et <br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons : [[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]] * en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>, * en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories * les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et * les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>. ===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement # la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille, # la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille. {{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> # <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}} ===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image : * couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>, * couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}} ===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe, * d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture * puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter. {{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}} === Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer * à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis, * dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi. ==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ; <div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}} ==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles : * l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune, * l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement : * les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune, * les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine * <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et * <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> : * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> : * pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et * pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}} === Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué * d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis * d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. ==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}} ==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet, * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ; <br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}} ==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé : * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec * <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div> * <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div> # <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et * <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div> # <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] }} pv5ejbzyyxxuc5rxupn647gmui29ci0 881475 881473 2022-08-19T19:22:13Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : lentilles minces | idfaculté = physique | numéro = 14 | chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]] | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Projection d'une diapositive == {{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>. {{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection. {{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]] {{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>. {{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1^ère approximation, comme étant à l'infini.</ref>. {{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2^ème relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}} == Appareil photographique et objectif longue focale == {{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>». === Champ angulaire de l'objectif longue focale === {{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>. {{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]] {{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ; {{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}} === Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal === {{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif. {{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>». {{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>». {{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>» {{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}} == Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue == === Préliminaire, réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince === ==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x₀, 0) et (0, y₀) avec x₀ et y₀ non nuls ==== {{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>». {{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ; <center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}} ==== Préliminaire : Réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ==== {{Al|5}}Déduire de la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}} ==== Traduction graphique de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ==== {{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ; {{Al|5}}la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente === {{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>», * tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et * déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ; {{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ». {{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX^ème siècle {{Nobr|<math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]]}} et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réel si }\;p_o < 0,\\ \text{virtuel si }\;p_o > 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réelle si }\;p_i > 0,\\ \text{virtuelle si }\;p_i < 0 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref> ; {{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\ \text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'elle est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\ \text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref>. {{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ; {{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. au delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied en deçà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image inversée et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel au-delà du point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied entre le foyer principal objet et le centre optique ou d'un objet virtuel]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image droite et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 2 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> avec image droite et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente</u> : {{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> en deçà de la lentille.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie<math>\big)\;</math> et <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass" />, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>), le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math>. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente </gallery> </center>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente === {{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente. {{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="points de Weierstrass" /><math>\big)\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et {{Al|5}}vérifier, de même, chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion … {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|thumb|435px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_i < 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente"> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 2\,f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel en deçà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel au-delà de</u><math>\;W_o</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } \,+\infty \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\,f_i \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel ou virtuel de pied entre le centre optique et le foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel avec image droite et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> virtuel de pied au-delà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel en deçà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 3 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de {{Nobr|Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />}} <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> virtuel entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente</u> : {{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente <ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>pour qur l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> au-delà de la lentille divergente.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;0\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait <math>\;+ 1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> {{Nobr|<math>\big(</math>où}} le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\;</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait infini<math>\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>sinon l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée, l'objet étant alors en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis" />, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>, le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math> ; <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente </gallery> </center>}} == Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose == {{Al|5}}L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance focale image <math>\;f_i = 38\; mm</math>. {{Al|5}}Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math> où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture » <ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math><ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant <math>\;\propto\;</math> à la surface de ce dernier c.-à-d. à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br>{{Al|3}}la valeur la plus faible <math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br>{{Al|3}}la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;2\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;4\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;8\;</math> fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br>{{Al|3}}la dernière valeur <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>. {{Al|5}}La pellicule ayant une structure granulaire, la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m</math>. === Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule === {{Al|5}}L’objectif étant mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;\vert p_o \vert = 2,50\; m\;</math> de l’objectif, des points situés au-delà ou en deçà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,M} \vert > 2,50\; m\;</math> ou <math>\;\vert {p'}_{o,\,m} \vert < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà ou au-delà du film et par suite une tache sur ce dernier, cette tache semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ». {{Al|5}}On définit la « profondeur de champ de netteté » <ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels donnant une image granulaire pouvant être considérée comme ponctuelle sur la pellicule, intervalle noté <math>\;\left[ \vert p_{o,\,m} \vert\, ; \, \vert p_{o,\,M} \vert \right]</math> ; {{Al|5}}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert\;</math> et le maximum <math>\;\vert p_{o,\,M} \vert</math>, la largeur étant définie par <math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) =</math> <math>\vert p_{o,\,M} \vert - \vert p_{o,\,m} \vert\;</math><ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>. {{Al|5}}Exprimer le minimum, le maximum et la largeur de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" />, respectivement <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert</math>, <math>\;\vert p_{o,\,M} \vert\;</math> et <math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N)\;</math> en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;\vert p_o \vert</math>. {{Al|5}}Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Minimum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,m}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,m}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_m = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-|p_o|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_o|} = \dfrac{|p_o| - f_i}{f_i\, |p_o|}\;</math> soit <math>\;p_i = \dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,m}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{|p_{o,\,m}|} = \dfrac{|p_{o,\,m}| - f_i}{f_i\, |p_{o,\,m}|}\;</math> soit <math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> : * Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div> * Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}} === Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ? {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}} == Oculaire de Plössl == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>. === Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl === ==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> : * le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal, * le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>, * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}} ==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}} ==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer : * <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis * <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative). {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}} ==== Détermination des points principaux objet '''H_o''' et image '''H_i''' de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer : * l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal, * l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> [[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous. [[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante : * on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ; * on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}} ==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon : * l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que * la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et * la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines * le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et * le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique : * un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ; * un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A_iB_i''' d'un objet linéique transverse '''A_oB_o''' de pied '''A_o''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, * l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> : [[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), [[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}} ==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma), * un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit * <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>, * <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H_o''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H_i''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> : * l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>, * l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>. [[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ; * en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; * en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; <div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}} === Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>. ==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}} ==== Calcul de la puissance de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}} ==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}} == Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand == === Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure : * la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div> * la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan]. ==== Vergence d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S_eS_s''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et <br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons : [[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]] * en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>, * en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories * les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et * les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>. ===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement # la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille, # la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille. {{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> # <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}} ===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image : * couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>, * couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}} ===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe, * d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture * puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter. {{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}} === Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer * à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis, * dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi. ==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ; <div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}} ==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles : * l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune, * l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement : * les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune, * les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine * <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et * <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> : * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> : * pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et * pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}} === Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué * d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis * d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. ==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}} ==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet, * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ; <br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}} ==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé : * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec * <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div> * <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div> # <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et * <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div> # <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] }} cviq55uhtkiiy3i2eijbw5ze7h669rw 881476 881475 2022-08-20T02:07:52Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : lentilles minces | idfaculté = physique | numéro = 14 | chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]] | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Projection d'une diapositive == {{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>. {{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection. {{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]] {{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>. {{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1^ère approximation, comme étant à l'infini.</ref>. {{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2^ème relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}} == Appareil photographique et objectif longue focale == {{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>». === Champ angulaire de l'objectif longue focale === {{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>. {{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]] {{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ; {{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}} === Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal === {{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif. {{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>». {{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>». {{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>» {{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}} == Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue == === Préliminaire, réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince === ==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x₀, 0) et (0, y₀) avec x₀ et y₀ non nuls ==== {{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>». {{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ; <center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}} ==== Préliminaire : Réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ==== {{Al|5}}Déduire de la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}} ==== Traduction graphique de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ==== {{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ; {{Al|5}}la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente === {{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>», * tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et * déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ; {{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ». {{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX^ème siècle {{Nobr|<math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]]}} et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réel si }\;p_o < 0,\\ \text{virtuel si }\;p_o > 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réelle si }\;p_i > 0,\\ \text{virtuelle si }\;p_i < 0 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref> ; {{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\ \text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'elle est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\ \text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref>. {{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ; {{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au-delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. au-delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied en deçà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image inversée et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel au-delà du point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied entre le foyer principal objet et le centre optique ou d'un objet virtuel]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image droite et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 2 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> avec image droite et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente</u> : {{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> en deçà de la lentille.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie<math>\big)\;</math> et <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass" />, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>), le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math>. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente </gallery> </center>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente === {{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente. {{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="points de Weierstrass" /><math>\big)\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et {{Al|5}}vérifier, de même, chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion … {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|thumb|435px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_i < 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente"> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 2\,f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel en deçà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel au-delà de</u><math>\;W_o</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } \,+\infty \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\,f_i \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel ou virtuel de pied entre le centre optique et le foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel avec image droite et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> virtuel de pied au-delà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel en deçà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 3 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de {{Nobr|Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />}} <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> virtuel entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente</u> : {{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente <ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>pour qur l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> au-delà de la lentille divergente.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;0\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait <math>\;+ 1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> {{Nobr|<math>\big(</math>où}} le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\;</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait infini<math>\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>sinon l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée, l'objet étant alors en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis" />, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>, le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math> ; <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente </gallery> </center>}} == Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose == {{Al|5}}L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance « focale image <math>\;f_i = 38\; mm\;</math>» <ref> Objectif de la famille des « grands angles ».</ref>. {{Al|5}}Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un « diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math>» où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture » <ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par « valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math>» <ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant <math>\;\propto\;</math> à la surface de ce dernier c.-à-d. à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br>{{Al|3}}la valeur la plus faible <math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br>{{Al|3}}la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;2\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;4\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;8\;</math> fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br>{{Al|3}}la dernière valeur <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>. {{Al|5}}La pellicule ayant une structure granulaire, « la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m\;</math>». === Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule === {{Al|5}}L’objectif étant « mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;\vert p_o \vert = 2,50\; m\;</math> de l’objectif », <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur }}des points situés au-delà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,M} \vert > 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà du film, <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur }}des points situés en deçà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,m} \vert < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle au-delà du film, <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur des points situés au-delà de <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> }}dans les deux cas, apparaît une tache sur le film, laquelle semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ». {{Al|5}}On définit la « profondeur de champ de netteté » <ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné <br>{{Al|11}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels à <u>image granulaire considérée comme ponctuelle sur la pellicule</u>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » comme }}« intervalle noté <math>\;\left[ \vert p_{o,\,m} \vert\, ; \, \vert p_{o,\,M} \vert \right]\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}le maximum {{Al|5}}{{Transparent|de la profondeur de champ est donc }}<math>\;\vert p_{o,\,M} \vert</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}la largeur étant définie par «<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) = \vert p_{o,\,M} \vert - \vert p_{o,\,m} \vert\;</math>» <ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>. {{Al|5}}Exprimer, en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;\vert p_o \vert</math> : <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}le maximum {{Al|5}}{{Transparent|de la profondeur de champ }}<math>\;\vert p_{o,\,M} \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}la largeur {{Al|10}}{{Transparent|de la profondeur de champ }}<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N)</math>. {{Al|5}}Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture. {{Solution|contenu =[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|420px|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] {{Al|5}}<u>Minimum de profondeur de champ</u> <ref name="profondeur de champ" /> : La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;\vert p_o \vert</math>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}des points <math>\;{A'}_{\!o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{\!i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{\!o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{\!i, \,m}\;</math> laissant une tache <math>\;\big(</math>et non un point<math>\big)\;</math> sur la diapositive <math>\;\big(</math>voir figure ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}ces taches seront vues comme des points pour un diamètre de tache <math>\;<\;</math> au grain de la pellicule c.-à-d. <br>{{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : ces taches seront vues comme des points }}pour «<math>\;HH'({A'}_{\!o, \,m}) < a\;</math>» ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle <ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, «<math>\;(HH')_{\!m} = a\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}on écrit tout d'abord la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison {{Nobr|<math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math>}} de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-\vert p_o \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_o \vert} = \dfrac{\vert p_o \vert - f_i}{f_i\, \vert p_o \vert}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;p_i = \dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{1})\;</math>» puis, {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}en raisonnant dans le cas limite, la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit «<math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-\vert p_{o,\,m} \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} =</math> <math>\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_{o,\,m} \vert} = \dfrac{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}\;</math> soit «<math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{2})\;</math>» enfin, {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,m}|}{|p_{o,\,m}| - f_i}} \right) = a\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,m}| - f_i \right)}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} + \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, m}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, m}|} = \dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, m}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Maximum de profondeur de champ</u> : [[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;|p_o|</math>, des points <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{i, \,M}\;</math> laissant une tache (et non un point) sur la diapositive (voir figure ci-contre) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ces taches seront vues comme des points si le diamètre de la tache est inférieur au grain de la pellicule c'est-à-dire si <math>\;HH'({A'}_{o, \,M}) < a\;</math> ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle<ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, <math>\;(HH')_M = a</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>ayant écrit tout d'abord la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et ayant obtenu <math>\;p_i =</math> <math>\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}\;\;(\mathfrak{1})</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis, en raisonnant dans le cas limite, la relation de position de Descartes pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> soit : <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-|p_{o,\,M}|} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> d'où <math>\;\ldots\;</math> <math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>enfin les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math> d'où la condition <math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient : <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, |p_o|}{|p_o| - f_i}}{\dfrac{f_i\, |p_{o,\,M}|}{|p_{o,\,M}| - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{|p_o| \left( |p_{o,\,M}| - f_i \right)}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> : * Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div> * Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}} === Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ? {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}} == Oculaire de Plössl == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>. === Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl === ==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> : * le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal, * le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>, * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}} ==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}} ==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer : * <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis * <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative). {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}} ==== Détermination des points principaux objet '''H_o''' et image '''H_i''' de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer : * l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal, * l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> [[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous. [[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante : * on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ; * on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}} ==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon : * l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que * la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et * la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines * le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et * le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique : * un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ; * un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A_iB_i''' d'un objet linéique transverse '''A_oB_o''' de pied '''A_o''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, * l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> : [[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), [[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}} ==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma), * un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit * <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>, * <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H_o''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H_i''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> : * l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>, * l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>. [[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ; * en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; * en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; <div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}} === Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>. ==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}} ==== Calcul de la puissance de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}} ==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}} == Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand == === Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure : * la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div> * la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan]. ==== Vergence d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S_eS_s''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et <br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons : [[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]] * en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>, * en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories * les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et * les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>. ===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement # la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille, # la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille. {{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> # <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}} ===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image : * couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>, * couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}} ===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe, * d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture * puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter. {{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}} === Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer * à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis, * dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi. ==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ; <div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}} ==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles : * l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune, * l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement : * les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune, * les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine * <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et * <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> : * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> : * pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et * pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}} === Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué * d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis * d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. ==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}} ==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet, * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ; <br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}} ==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé : * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec * <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div> * <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div> # <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et * <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div> # <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] }} 5tldpnmm9ad09f21aze1uxf397r7pre 881481 881476 2022-08-20T07:48:23Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : lentilles minces | idfaculté = physique | numéro = 14 | chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]] | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Projection d'une diapositive == {{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>. {{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection. {{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]] {{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>. {{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1^ère approximation, comme étant à l'infini.</ref>. {{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2^ème relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}} == Appareil photographique et objectif longue focale == {{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>». === Champ angulaire de l'objectif longue focale === {{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>. {{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]] {{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ; {{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}} === Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal === {{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif. {{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>». {{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>». {{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>» {{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}} == Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue == === Préliminaire, réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince === ==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x₀, 0) et (0, y₀) avec x₀ et y₀ non nuls ==== {{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>». {{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ; <center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}} ==== Préliminaire : Réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ==== {{Al|5}}Déduire de la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}} ==== Traduction graphique de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ==== {{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ; {{Al|5}}la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente === {{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>», * tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et * déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ; {{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ». {{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX^ème siècle {{Nobr|<math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]]}} et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réel si }\;p_o < 0,\\ \text{virtuel si }\;p_o > 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réelle si }\;p_i > 0,\\ \text{virtuelle si }\;p_i < 0 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref> ; {{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\ \text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'elle est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\ \text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref>. {{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ; {{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au-delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. au-delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied en deçà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image inversée et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel au-delà du point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied entre le foyer principal objet et le centre optique ou d'un objet virtuel]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image droite et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 2 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> avec image droite et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente</u> : {{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> en deçà de la lentille.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie<math>\big)\;</math> et <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass" />, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>), le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math>. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente </gallery> </center>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente === {{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente. {{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="points de Weierstrass" /><math>\big)\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et {{Al|5}}vérifier, de même, chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion … {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|thumb|435px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_i < 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente"> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 2\,f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel en deçà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel au-delà de</u><math>\;W_o</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } \,+\infty \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\,f_i \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel ou virtuel de pied entre le centre optique et le foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel avec image droite et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> virtuel de pied au-delà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel en deçà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 3 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de {{Nobr|Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />}} <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> virtuel entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente</u> : {{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente <ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>pour qur l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> au-delà de la lentille divergente.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;0\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait <math>\;+ 1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> {{Nobr|<math>\big(</math>où}} le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\;</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait infini<math>\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>sinon l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée, l'objet étant alors en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis" />, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>, le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math> ; <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente </gallery> </center>}} == Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose == {{Al|5}}L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance « focale image <math>\;f_i = 38\; mm\;</math>» <ref> Objectif de la famille des « grands angles ».</ref>. {{Al|5}}Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un « diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math>» où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture » <ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par « valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math>» <ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant <math>\;\propto\;</math> à la surface de ce dernier c.-à-d. à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br>{{Al|3}}la valeur la plus faible <math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br>{{Al|3}}la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;2\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;4\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;8\;</math> fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br>{{Al|3}}la dernière valeur <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>. {{Al|5}}La pellicule ayant une structure granulaire, « la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m\;</math>». === Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule === {{Al|5}}L’objectif étant « mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;\vert p_o \vert = 2,50\; m\;</math> de l’objectif », <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur }}des points situés au-delà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,M} \vert > 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà du film, <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur }}des points situés en deçà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,m} \vert < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle au-delà du film, <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur des points situés au-delà de <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> }}dans les deux cas, apparaît une tache sur le film, laquelle semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ». {{Al|5}}On définit la « profondeur de champ de netteté » <ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné <br>{{Al|11}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels à <u>image granulaire considérée comme ponctuelle sur la pellicule</u>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » comme }}« intervalle noté <math>\;\left[ \vert p_{o,\,m} \vert\, ; \, \vert p_{o,\,M} \vert \right]\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}le maximum {{Al|5}}{{Transparent|de la profondeur de champ est donc }}<math>\;\vert p_{o,\,M} \vert</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}la largeur étant définie par «<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) = \vert p_{o,\,M} \vert - \vert p_{o,\,m} \vert\;</math>» <ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>. {{Al|5}}Exprimer, en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;\vert p_o \vert</math> : <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}le maximum {{Al|5}}{{Transparent|de la profondeur de champ }}<math>\;\vert p_{o,\,M} \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}la largeur {{Al|10}}{{Transparent|de la profondeur de champ }}<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N)</math>. {{Al|5}}Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture. {{Solution|contenu =[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|420px|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] {{Al|5}}<u>Minimum de profondeur de champ</u> <ref name="profondeur de champ" /> : La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;\vert p_o \vert</math>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}des points <math>\;{A'}_{\!o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{\!i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{\!o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{\!i, \,m}\;</math> laissant une tache <math>\;\big(</math>et non un point<math>\big)\;</math> sur la diapositive <math>\;\big(</math>voir figure ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}ces taches seront vues comme des points pour un diamètre de tache <math>\;<\;</math> au grain de la pellicule c.-à-d. <br>{{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : ces taches seront vues comme des points }}pour «<math>\;HH'({A'}_{\!o, \,m}) < a\;</math>» ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle <ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, «<math>\;(HH')_{\!m} = a\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}on écrit tout d'abord la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison {{Nobr|<math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math>}} de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-\vert p_o \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_o \vert} = \dfrac{\vert p_o \vert - f_i}{f_i\, \vert p_o \vert}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;p_i = \dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{1})\;</math>» puis, {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}en raisonnant dans le cas limite, la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit «<math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-\vert p_{o,\,m} \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} =</math> <math>\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_{o,\,m} \vert} = \dfrac{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}\;</math> soit «<math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{2})\;</math>» enfin, {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math>» d'où la condition «<math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}}{\dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}} \right) = a\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;1 - \dfrac{\vert p_o \vert \left( \vert p_{o,\,m} \vert - f_i \right)}{\vert p_{o,\, m} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i} + \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, m} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{\vert p_o \vert - f_i} + \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, m} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_{o,\, m} \vert} = \dfrac{a \left( \vert p_o \vert - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;\vert p_{o,\, m} \vert = \vert p_o \vert\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( \vert p_o \vert - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{\vert p_o \vert}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec «<math>\;\vert p_o \vert \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}\;</math>», «<math>\;\vert p_{o,\, m} \vert \simeq \dfrac{\vert p_o \vert}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}\;</math>» ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, <div style="text-align: center;">le « minimum de profondeur de champ <math>\;\vert p_{o,\, m} \vert \simeq \dfrac{\vert p_o \vert}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}\;</math>».</div> [[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|420px|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] {{Al|5}}<u>Maximum de profondeur de champ</u> <ref name="profondeur de champ" /> : La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;\vert p_o \vert</math>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}des points <math>\;{A'}_{\!o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{\!i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{\!o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{\!i, \,M}\;</math> laissant une tache <math>\;\big(</math>et non un point<math>\big)\;</math> sur la diapositive <math>\;\big(</math>voir figure ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}ces taches seront vues comme des points pour un diamètre de tache <math>\;<\;</math> au grain de la pellicule c.-à-d. <br>{{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : ces taches seront vues comme des points }}pour «<math>\;HH'({A'}_{\!o, \,M}) < a\;</math>» ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle <ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, «<math>\;(HH')_{\!M} = a\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}ayant écrit tout d'abord la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison {{Nobr|<math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math>}} de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et y ayant obtenu «<math>\;p_i = \dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{1})\;</math>», on poursuit {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}en raisonnant dans le cas limite, la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> donnant «<math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-\vert p_{o,\,M} \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}}</math> <math>= \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_{o,\,M} \vert} = \dfrac{\vert p_{o,\,M} \vert - f_i}{f_i\, \vert p_{o,\,M} \vert}\;</math> soit «<math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,M} \vert}{\vert p_{o,\,M} \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')\;</math>» enfin, {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math>» d'où la condition «<math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}}{\dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,M} \vert}{\vert p_{o,\,M} \vert - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert \left( \vert p_{o,\,M} \vert - f_i \right)}{\vert p_{o,\, M} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i} - \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, M} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o| - f_i} - \dfrac{|p_o|\; f_i}{|p_{o,\, M}| \left( |p_o| - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{|p_o|}{|p_{o,\, M}|} = -\dfrac{a \left( |p_o| - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;|p_{o,\, M}| = |p_o|\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( |p_o| - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{|p_o|}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{|p_o|}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec <math>\;|p_o| \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{|p_o|}{f_i}</math>, <div style="text-align: center;"><math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, le maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Largeur de profondeur de champ</u> : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N)\;</math> définie selon <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_{o,\,M}| - |p_{o,\,m}|\;</math> se calcule en reportant les expressions de <math>\;|p_{o,\,m}|\;</math> et <math>\;|p_{o,\,M}|\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = \dfrac{|p_o|}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}} - \dfrac{|p_o|}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la largeur de champ suivante <math>\;\Delta x(|p_o|,\, N) = |p_o|\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{|p_o|^2}{f_i^2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Application numérique</u> : * Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div> * Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}} === Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ? {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}} == Oculaire de Plössl == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>. === Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl === ==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> : * le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal, * le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>, * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}} ==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}} ==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer : * <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis * <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative). {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}} ==== Détermination des points principaux objet '''H_o''' et image '''H_i''' de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer : * l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal, * l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> [[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous. [[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante : * on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ; * on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}} ==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon : * l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que * la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et * la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines * le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et * le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique : * un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ; * un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A_iB_i''' d'un objet linéique transverse '''A_oB_o''' de pied '''A_o''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, * l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> : [[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), [[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}} ==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma), * un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit * <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>, * <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H_o''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H_i''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> : * l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>, * l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>. [[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ; * en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; * en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; <div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}} === Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>. ==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}} ==== Calcul de la puissance de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}} ==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}} == Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand == === Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure : * la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div> * la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan]. ==== Vergence d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S_eS_s''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et <br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons : [[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]] * en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>, * en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories * les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et * les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>. ===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement # la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille, # la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille. {{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> # <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}} ===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image : * couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>, * couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}} ===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe, * d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture * puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter. {{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}} === Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer * à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis, * dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi. ==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ; <div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}} ==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles : * l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune, * l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement : * les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune, * les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine * <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et * <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> : * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> : * pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et * pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}} === Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué * d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis * d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. ==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}} ==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet, * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ; <br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}} ==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé : * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec * <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div> * <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div> # <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et * <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div> # <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] }} 7hyjcrfbbrgjqo2e9vvr6kghka95o6u 881482 881481 2022-08-20T09:03:17Z Phl7605 31541 wikitext text/x-wiki {{Exercice | titre = Optique géométrique : lentilles minces | idfaculté = physique | numéro = 14 | chapitre = [[../../Optique géométrique : lentilles minces/]] | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] | niveau = 14 }} __TOC__ {{clr}} == Projection d'une diapositive == {{Al|5}}Une lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}</math>, de distance focale image <math>\;f_i = 5,0\; cm</math>, donne d'une diapositive de <math>\;24\; mm\;</math> de hauteur, située devant elle, une image sur un écran de projection placé à <math>\;4,00\; m\;</math> derrière <math>\;\mathcal{L}</math>. {{Al|5}}Calculer <math>\;\succ\;</math>la vergence <math>\;V\;</math> de <math>\;\mathcal{L}</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la position de l'objet « diapositive » par rapport à <math>\;\mathcal{L}\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Calculer }}<math>\;\succ\;</math>la hauteur de l'image sur l'écran de projection. {{Solution|contenu =[[File:Projection de diapositive sur écran.png|thumb|400px|Schéma de positionnement d'une diapositive et d'un écran par rapport à la lentille de projection]] {{Al|5}}<u>Vergence de la lentille de projection </u> : La vergence de <math>\;\mathcal{L}\;</math> se détermine à partir de sa distance focale image «<math>\;f_i = 5,0\;10^{-2}\; m\;</math>» par la relation <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math><ref name="lien entre vergence et distance focale image"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Distance_focale_et_vergence_d'une_lentille_mince|distance focale et vergence d'une lentille mince]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> soit <math>\;V = \dfrac{1}{5\, 10^{-2}}\, m^{-1}\;</math> et finalement «<math>\;V = 20\; \delta\;</math>» <ref name="dioptrie"> La dioptrie de symbole <math>\;\delta\;</math> est l'unité de mesure de la vergence «<math>\;1\;\delta = 1\;m^{-1}\;</math>».</ref>. {{Al|5}}<u>Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection </u> : La position de la diapositive centrée en <math>\;A_o\;</math> est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position <math>\;\big[</math>ou 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes"> '''[[w:René_Descartes|René Descartes]] (1596 - 1650)''' mathématicien, physicien et philosophe français, considéré comme l'un des fondateurs de la [[w:Philosophie_moderne|philosophie moderne]], en physique a contribué à l'[[w:Optique_géométrique|optique géométrique]] et en mathématiques est à l'origine de la [[w:Géométrie_analytique|géométrie analytique]].</ref> «<math>\;\dfrac{1}{\overline{OA_i}} - \dfrac{1}{\overline{OA_o}} = V\;</math>» <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> avec «<math>\;\overline{OA_o} = -d\;</math>» et {{Nobr|«<math>\;\overline{OA_i}</math>}} <math>= D\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{d} = V - \dfrac{1}{D} = \dfrac{C\, D - 1}{D}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;d = \dfrac{D}{C\, D - 1}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Position de la diapositive par rapport à la lentille de projection : }}<math>\;d = \dfrac{4,00}{20 \times 4,00 - 1} = \dfrac{4,00}{79}\; m\;</math> ou «<math>\;d \simeq 5,06\, cm\;</math>» <ref> La diapositive doit être quasiment dans le plan focal <math>\;\big(</math>objet<math>\big)\;</math> de la lentille car l'image étant à «<math>\;4,00\, m \gg 5\, cm\;</math>» peut être considérée, en 1^ère approximation, comme étant à l'infini.</ref>. {{Al|5}}<u>Hauteur de l'image sur l'écran de projection </u> : La hauteur de l'image «<math>\;H\;</math>» est donnée par la relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de grandissement transverse <math>\;\big[</math>ou 2^ème relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> «<math>\;G_t(A_o)\; \stackrel{\text{déf}}=\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \stackrel{\text{loi}}=\; \dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math>» <ref name="2ème relation de conjugaison de Descartes"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Deuxième_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_grandissement transverse)_de_Descartes|2^ème relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de grandissement transverse) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> ou <math>\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} =</math> <math>\dfrac{D}{-d} < 0\;</math> d'où une « image inversée » et la hauteur de l'image d'une pellicule de hauteur «<math>\;h\;</math>» est «<math>\;H = h\, \dfrac{D}{d}\;</math>» soit numériquement <br>{{Al|5}}{{Transparent|Hauteur de l'image sur l'écran de projection : }}<math>\;H = 24\, 10^{-3} \times \dfrac{4,00}{5,06\, 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> ou «<math>\;H \simeq 1,90\, m\;</math>».}} == Appareil photographique et objectif longue focale == {{Al|5}}Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale constitué d'une lentille mince de « focale image <math>\;f_i = 135\, mm\;</math>» et tel que <br>{{Al|5}}{{Transparent|Un appareil photographique est équipé d'un objectif longue focale }}son champ transversal est limité par les dimensions du film de « format <math>\;24 \times 36\; \text{en}\; mm\;</math>». === Champ angulaire de l'objectif longue focale === {{Al|5}}Calculer le champ angulaire dans les directions <math>\;\parallel\;</math> à la largeur et à la longueur du film <math>\;\big[</math>le champ angulaire étant défini comme l'ouverture angulaire sous lequel le centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale voit l'objet placé à l'infini<math>\big]</math>. {{Solution|contenu =[[File:Champ angulaire d'un objectif.png|thumb|400px|Schéma de définition du champ angulaire d'un objectif d'appareil photographique]] {{Al|5}}On suppose que le film est situé dans le plan focal image de l'objectif, c.-à-d. que la mise au point est faite sur l'infini mais, même avec une mise au point à distance finie, la distance du film à l'objectif reste voisine de la distance focale image <math>\;f_i\;</math> <math>\big[</math>voir figure ci-contre<math>\big]</math> ; {{Al|5}}dans les conditions de Gauss <ref name="Gauss"> En <math>\;1796</math>, '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''', à l'âge de dix-neuf ans, caractérisa presque complètement tous les polygones réguliers constructibles à la règle et au compas et il demanda par la suite qu'un [[w:Heptadécagone|heptadécagone]] {{Nobr|<math>\;\big(</math>polygone}} régulier de <math>\;17\;</math> côtés<math>\big)\;</math> soit gravé sur son tombeau ; bien d'autres découvertes de mathématiques lui sont dues dont, en particulier, en <math>\;1801\;</math> la 1^ère démonstration de la loi de réciprocité quadratique conjecturée par '''[[w:Leonhard_Euler|Euler]]''' en <math>\;1772</math> <math>\;\big[</math>un nombre premier est congru à un carré de nombre entier modulo un autre nombre premier, par exemple <math>\;11 \equiv 3^2\!\! \pmod{2}\;</math> ou <math>\;19 \equiv 4^2\!\! \pmod{3}\;</math> ou encore <math>\;41 \equiv 6^2\!\! \pmod{5}\;</math> de même que <math>\;43 \equiv 6^2\!\! \pmod{7}\; \ldots\big]\;</math> <math>\{</math>'''[[w:Leonhard_Euler|Leonhard Euler]] (1707 - 1783)''' mathématicien et physicien suisse qui passa la plus grande partie de sa vie dans l'Empire russe et en Allemagne ; en mathématiques il fit d'importantes découvertes dans des domaines aussi variés que le [[w:Calcul_infinitésimal|calcul infinitésimal]] et la [[w:Théorie_des_graphes|théorie des graphes]], il introduisit également une grande partie de la terminologie et de la notation des mathématiques modernes, en particulier pour l'[[w:Analyse_(mathématiques)|analyse mathématique]], comme la notion de [[w:Fonction_(mathématiques)|fonction mathématique]] ; il est aussi connu pour ses travaux en mécanique, en dynamique des fluides, en optique et en astronomie<math>\}</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de l'astronomie '''[[w:Carl_Friedrich_Gauss|Gauss]]''' publia un travail très important sur le mouvement des corps célestes contenant le développement de la [[w:Méthode_des_moindres_carrés|méthode des moindres carrés]] ; auparavant, en <math>\;1801</math>, il développa une nouvelle méthode de calcul lui permettant de prédire où doit se trouver [[w:(1)_Cérès|Cérès]] <math>\;\big(</math>une planète naine de la ceinture des astéroïdes entre Mars et Jupiter<math>\big)</math> ; <br>{{Al|3}}dans le domaine de la physique il est l'auteur de deux des quatre équations de '''Maxwell''' gérant l'électromagnétisme <math>\;\{</math>'''[[w:James_Clerk_Maxwell|James Clerk Maxwell]] (1831 - 1879)''' physicien et mathématicien écossais, principalement connu pour ses équations unifiant l'électricité, le magnétisme et l'induction ainsi que pour l'établissement du caractère électromagnétique des ondes lumineuses, mais aussi pour sa distribution des vitesses utilisée dans une description statistique de la théorie cinétique des gaz ; le tire-bouchon fictif permettant de déterminer l'orientation à droite d'un espace tridimensionnel ou le caractère direct d'un triplet de vecteurs a été baptisé « tire-bouchon de Maxwell » en son honneur<math>\}</math>.</ref>{{,}} <ref name="conditions de Gauss de stigmatisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Énoncé_des_conditions_de_Gauss_de_stigmatisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|énoncé des conditions de Gauss de stigmatisme approché d'un système optique centré]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>{{,}} <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Conditions_supplémentaires_de_Gauss_d'aplanétisme_approché_d'un_système_optique_«_centré_»|conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché]] » du chap.<math>13</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>, le champ angulaire correspondant à la longueur d'une image du film vaut <math>\;\alpha_L \simeq \dfrac{L}{f_i} \simeq \dfrac{36}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{36}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_L \simeq 15,3\;\text{°}\;</math>» et <br>{{Al|20}}{{Transparent|dans les conditions de Gauss, le champ angulaire }}correspondant à la hauteur d'une image du film <math>\;\alpha_H \simeq \dfrac{H}{f_i} \simeq \dfrac{24}{135}\, rad \simeq</math> <math>\dfrac{24}{135} \times \dfrac{180}{\pi}\;\text{en °}\;</math> soit «<math>\;\alpha_H \simeq 10,2\;\text{°}\;</math>».}} === Dimension d'une image par l'objectif longue focale et comparaison avec celle obtenue par un objectif normal === {{Al|5}}Déterminer la dimension de l'image d'un objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à une distance <math>\;D = 2\, km\;</math> de l'objectif. {{Al|5}}Comparer à l'image du même objet que donnerait un objectif normal de « focale image <math>\;f_i = 50\, mm\;</math>». {{Solution|contenu ={{Al|5}}On calcule l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>», l'angle dans les conditions supplémentaires de Gauss <ref name="Gauss" /> d'aplanétisme approché <ref name="conditions supplémentaires de Gauss d'aplanétisme approché" /> étant petit ; <br>{{Al|5}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet }}c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur <math>\;h_i\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h_i}{f_i}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|On calcule l'ouverture angulaire de l'objet c'est aussi l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O}\;</math> de l'objectif longue focale on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;h_i \simeq f_i\, \beta \simeq 135 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit «<math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>». {{Al|5}}Avec un objectif de distance focale <math>\;{f'}_{\!i} = 50\, mm</math>, l'ouverture angulaire de l'objet de hauteur <math>\;h = 200\, m\;</math> situé à la distance <math>\;D = 2\, km\;</math> ayant la même valeur «<math>\;\beta \simeq \dfrac{h}{D} = \dfrac{200}{2000} \simeq 0,100\, rad\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet }}étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;O'\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur <math>\;{h'}_{\!i}\;</math> de l'image donnée par «<math>\;\beta \simeq \dfrac{{h'}_{\!i}}{{f'}_{\!i}}\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq {f'}_{\!i}\, \beta \simeq 50 \times 0,100\;\text{en}\;mm\;</math>» soit <br>{{Al|4}}{{Transparent|Avec un objectif de distance focale <math>\;\color{transparent}{{f'}_{\!i} = 50\, mm}</math>, l'ouverture angulaire de l'objet étant l'angle sous lequel du centre optique <math>\;\color{transparent}{O'}\;</math> de l'objectif on voit l'image d'où la hauteur}}«<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math>» {{Al|5}}<u>Remarque</u> : le fait que «<math>\;{h'}_{\!i} \simeq 5,0\, mm\;</math> est <math>\;<\;</math> à <math>\;h_i \simeq 13,5\, mm\;</math>» explicite un des intérêts d'un téléobjectif par rapport à un objectif normal.}} == Discussion graphique de Bouasse pour visualiser les propriétés comparées d'un objet linéique transverse et de son image par une lentille mince de focale connue == === Préliminaire, réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince === ==== Équation cartésienne de la droite passant par les points (x₀, 0) et (0, y₀) avec x₀ et y₀ non nuls ==== {{Al|5}}Montrer que l'équation cartésienne de la droite passant par les points <math>\;(x_0,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, y_0)\;</math> avec <math>\;x_0 \neq 0\;</math> et <math>\;y_0 \neq 0\;</math> peut s'écrire : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}L'équation cartésienne de cette droite s'écrit «<math>\;a\, x + b\, y = c\;</math> avec <math>\;c \neq 0\;</math>» <ref> Car la droite ne passe pas par le point <math>\;(0,\, 0)</math>.</ref> ou, en divisant par <math>\;c\;</math> et en notant <math>\;\alpha = \dfrac{a}{c}\;</math> et <math>\;\beta = \dfrac{b}{c}</math>, l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\alpha\, x + \beta\, y = 1\;</math>». {{Al|5}}On écrit alors que le point <math>\;(x_0,\, 0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha\; x_0 + \beta \times 0 = 1\;</math> ou «<math>\;\alpha = \dfrac{1}{x_0}\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On écrit alors }}que le point <math>\;(0,\, y_0) \in\;</math> à la droite <math>\Rightarrow</math> <math>\;\alpha \times 0 + \beta\; y_0 = 1\;</math> ou «<math>\;\beta = \dfrac{1}{y_0}\;</math>» ; <center>finalement l'équation de la droite se réécrit «<math>\;\dfrac{x}{x_0} + \dfrac{y}{y_0} = 1\;</math>».</center>}} ==== Préliminaire : Réécriture de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince ==== {{Al|5}}Déduire de la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> que les points objet <math>\;A_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math> et image <math>\;A_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> sont conjugués si leurs abscisses sont liées par : <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_o}{p_0} + \dfrac{f_i}{p_i} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse"> Cette forme de la relation de conjugaison de position de Descartes n'a un intérêt que pour la discussion graphique envisagée dans cet exercice, il serait contreproductif <math>\;big(</math>mais non impossible<math>\big)\;</math> de l'utiliser à la place de celle vue dans le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Première_relation_de_conjugaison_(ou_relation_de_conjugaison_de_position)_de_Descartes|1^ère relation de conjugaison (ou relation de conjugaison de position) de Descartes]] » du chap.<math>14</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref>.</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}La 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" /> d'une lentille sphérique mince <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> s'écrit, avec «<math>\;p_o = \overline{OA_o}\;</math>», «<math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math>» et la vergence {{Nobr|«<math>\;V =</math>}} <math>\dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math>», selon «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math>» <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> soit, en multipliant de part et d'autre par <math>\;f_i</math>, la relation <math>\;\dfrac{f_i}{p_i} - \dfrac{f_i}{p_o} = 1\;</math> ou encore, en utilisant <math>\;f_i = -f_o</math>, <div style="text-align: center;">«<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» <ref name="spécifique Bouasse" />.</div>}} ==== Traduction graphique de la 1^ère relation de conjugaison de Descartes d'une lentille sphérique mince dans un diagramme « axe des x : abscisses des objets », « axe des y : abscisses des images » ==== {{Al|5}}Associant à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, montrer que la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> écrite pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> se traduit par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> associée au couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> passe par le point fixe de coordonnées <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div> {{Solution|contenu ={{Al|5}}Associons à tout couple de points conjugués <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> caractérisé par le couple de paramètres <math>\;(p_o,\, p_i)</math>, la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> du plan cartésien passant par les points <math>\;(p_o,\, 0)\;</math> et <math>\;(0,\, p_i)</math>, cette droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> a pour équation cartésienne «<math>\;\dfrac{x}{p_0} + \dfrac{y}{p_i} = 1\;</math>» ; {{Al|5}}la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> se réécrivant sous la forme «<math>\;\dfrac{f_i}{p_i} + \dfrac{f_o}{p_o} = 1\;</math>» s'interprète par <div style="text-align: center;">« la droite <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passe par le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math>».</div>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince convergente === {{Al|5}}Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels «<math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;2\, f_o\;</math>» <ref name="points de Weierstrass"> Ce point objet <math>\;W_o\;</math> d'abscisse objet de Descartes <math>\;2\, f_o\;</math> appelé « point objet de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}admet comme conjugué <math>\;W_i\;</math> d'abscisse image de Descartes <math>\;2\, f_i\;</math> appelé « point image de Weierstrass », <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> admet comme conjugué <math>\;\color{transparent}{W_i}\;</math> }}symétrique de <math>\;W_o\;</math> par rapport à <math>\;O\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 1^ère relation de conjugaison de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> est vérifiée pour le couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> car <math>\;\dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{2\,f_o} = \dfrac{1}{2\,f_i} - \dfrac{1}{-2\,f_i} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> c.-à-d. <math>\;V\bigg]\;</math> et <br>{{Al|20}}{{Transparent|Ce point objet <math>\;\color{transparent}{W_o}\;</math> }}le grandissement transverse pour un objet linéique transverse de pied en <math>\;W_o\;</math> est égal à <math>\;G_t(W_o) = -1\;</math> <math>\bigg[</math>en effet la 2^ème relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> appliquée au couple <math>\;\left( p_o = 2\,f_o\,,\, p_i = 2\,f_i \right)\;</math> donne <math>\;G_t(W_o) = \dfrac{2\,f_i}{2\,f_o} = -1\bigg]</math> ;<br>{{Al|3}}<u>remarque</u> : on pourrait montrer <math>\;\big(</math>mais on ne le fera pas<math>\big)\;</math> que la lentille mince est stigmatique rigoureuse pour le couple de points conjugués de Weierstrass <math>\;\big[</math>le seul autre point pour lequel il y a stigmatisme rigoureux de la lentille mince étant le point double <math>\;O</math>, centre optique de la lentille, le grandissement transverse d'un objet linéique transverse de pied en <math>\;O\;</math> y valant <math>\;G_t(O) = +1\big]</math>. <br>{{Al|3}}'''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math>» et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Considérant les différentes positions possibles du point objet <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> sur l'axe optique principal relativement aux points réels }}«<math>\;O\;</math> <math>\big(</math>centre optique<math>\big)\;</math>», * tracer les droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> correspondantes et * déduire du signe de <math>\;p_i\;</math> la nature « réelle » ou « virtuelle » du point image <math>\;A_i\;</math> en précisant nettement la « nature et la position correspondante du point objet <math>\;A_o\;</math>» dont <math>\;A_i\;</math> est l'image ; {{Al|5}}considérant maintenant un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse"> Voir le paragraphe « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_miroir_plan#Définition_d'un_objet_linéique_transverse|définition d'un objet linéique transverse]] » du chap.<math>12</math> de la leçon « [[Signaux_physiques_(PCSI)|Signaux physiques (PCSI)]] ».</ref> de pied <math>\;A_o</math>, ce dernier prenant les différentes positions possibles considérées précédemment, déterminer à partir des signes et des grandeurs comparées de <math>\;p_i\;</math> et <math>\;p_o</math>, la nature « droite » ou « inversée » de l'image ainsi que son caractère « agrandi » ou « rapetissé ». {{Al|5}}Vérifier chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse"> '''[[w:Henri_Bouasse|Henri Pierre Maxime Bouasse]] (1866 - 1953)''' physicien français surtout connu pour avoir rédigé, entre <math>\;1912\;</math> et <math>\;1931</math>, un vaste traité de physique en <math>\;45\;</math> volumes nommé « ''Bibliothèque scientifique de l'ingénieur et du physicien'' » avec l'actualisation de certains volumes jusqu'en <math>\;1947</math> ; il a contre lui la méfiance qu'il avait de la « nouvelle physique » du XX^ème siècle {{Nobr|<math>\;\big(</math>[[w:Théorie_de_la_relativité|relativité]]}} et [[w:Mécanique_quantique|mécanique quantique]]<math>\big)\;</math> envers lesquelles il écrivit des préfaces très polémiques.</ref> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On pourra déterminer la nature <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'image connaissant celle <math>\;\big(</math>réelle ou virtuelle<math>\big)\;</math> de l'objet ponctuel suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass"> '''[[w:Karl_Weierstrass|Karl Theodor Wilhelm Weierstrass]] (1815 - 1897)''' mathématicien allemand considéré comme le père de l'analyse moderne, ses travaux les plus connus portent sur les [[w:Fonction elliptique|fonctions elliptiques]].</ref> symétrique de <math>\;O\;</math> relativement à <math>\;F_o\;</math><ref name="positions respectives de O, Fo et Wo"> En effet l'abscisse objet de Descartes de <math>\;F_o\;</math> <math>\big(</math>foyer principal objet<math>\big)\;</math> est <math>\;f_o\;</math> et celle de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)</math>, <math>\;2\;f_o</math>.</ref><math>\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel"> On rappelle qu'un objet est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réel si }\;p_o < 0,\\ \text{virtuel si }\;p_o > 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{réelle si }\;p_i > 0,\\ \text{virtuelle si }\;p_i < 0 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref> ; {{Al|5}}on pourra aussi en déduire la disposition <math>\;\big(</math>droite ou inversée<math>\big)\;</math> et la dimension <math>\;\big(</math>agrandie ou rapetissée<math>\big)\;</math> de l'image d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> suivant sa position par rapport à <math>\;O</math>, <math>\;F_o\;</math> ou <math>\;W_o\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée"> On rappelle qu'une image est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{droite si }\;\dfrac{p_i}{p_o} > 0,\\ \text{inversée si }\;\dfrac{p_i}{p_o} < 0 \end{array} \right\rbrace </math>, qu'elle est <math> \left\lbrace \begin{array}{l} \text{agrandie si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert > 1,\\ \text{rapetissée si }\;\bigg\vert \dfrac{p_i}{p_o} \bigg\vert < 1 \end{array} \right\rbrace </math>.</ref>. {{Al|5}}<u>Principe de la discussion</u> : On positionne le point <math>\;(f_o,\, f_i)\;</math> dans le plan cartésien et on trace la famille de droites <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}\;</math> passant par ce point ; {{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : }}suivant la position graphique de <math>\;\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}</math>, on peut préciser la nature « réelle ou virtuelle » de l'objet <math>\;A_o\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_o\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut }}en déduire la nature « réelle ou virtuelle » de l'image <math>\;A_i\;</math> <math>\big(</math>par le signe de <math>\;p_i\big)\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" />, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Principe de la discussion : suivant la position graphique de <math>\;\color{transparent}{\mathcal{D}_{(p_o,\, p_i)}}</math>, on peut en déduire }}le caractère « droit ou inversé », « agrandi ou rapetissé » de l'image si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> <math>\;\big(</math>par les signes comparés de <math>\;p_o\;</math> et <math>\;p_i\;</math> d'une part, et suivant leurs valeurs absolues comparées d'autre part<math>\big)\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince convergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|450px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel en deçà de</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_o < 2\, f_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 1' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel au-delà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)</math>, <math>\;p_i > 2\, f_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_o < 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 0 \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. en deçà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_i < 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel</u><math>\;\big(</math>c.-à-d. au-delà de <math>\;O\big)</math>, <math>\;p_o > 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince convergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied en deçà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel en deçà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image réelle inversée et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel au-delà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math> avec image inversée et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 1' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> réel entre le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> et le point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel au-delà du point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, inversée et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince convergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince convergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel de pied entre le foyer principal objet et le centre optique ou d'un objet virtuel]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;O\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel avec image droite et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 2 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_i\;</math> avec image droite et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente</u> : {{Al|5}}Pour que l'image d'un objet réel soit réelle il faut que l'objet ne soit pas entre la lentille mince convergente et le plan focal objet de cette dernière et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est agrandie si l'objet est entre le plan focal objet et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> en deçà de la lentille.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue infinie<math>\big)\;</math> et <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Pour que }}l'image est rapetissée si l'objet est en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass" />, <math>\;\big[</math>l'objet réel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_i\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>), le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math>. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince convergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince convergente </gallery> </center>}} === Discussion graphique de Bouasse pour une lentille sphérique mince divergente === {{Al|5}}On se propose de refaire l'étude précédente mais appliquée à une lentille sphérique mince divergente. {{Al|5}}Répondre aux mêmes questions, les points <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="points de Weierstrass" /><math>\big)\;</math> par rapport auxquels on repère la position du point objet <math>\;A_o\;</math> étant maintenant virtuels, le point <math>\;O\;</math> étant quant à lui toujours réel, et {{Al|5}}vérifier, de même, chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet d'abscisse objet de Descartes <ref name="Descartes" /> <math>\;p_o\;</math> choisi dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente. {{Solution|contenu ={{Al|5}}On développe ci-dessous le même principe de discussion … {{Al|5}}<u>Discussion graphique et vérification par construction</u> : [[File:Lentille mince divergente - discussion Bouasse.jpg|thumb|thumb|435px|Distinction des <math>\;4\;</math> cas de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_o < 0\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_i\;</math><u>et</u><math>\;O</math>, <math>\;p_i < 0\;</math><ref name="nature réel ou virtuel" /> et <math>\;\in \left] f_i\, \text{ ; } 0 \right[\;</math>» ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} > 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 2 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en bleu<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;O\;</math><u>et</u><math>\;F_o</math>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 0 \text{ ; } f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en bleu<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>réel</u>, <math>\;p_i > 0\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 2 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est droite et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en rouge<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;F_o\;</math><u>et</u><math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente"> Pour une lentille divergente, les points conjugués de Weierstrass <math>\;W_o\;</math> et <math>\;W_i</math>, d'abscisses respectives <math>\;2\, f_o > 0\;</math> et <math>\;2\, f_i < 0</math>, sont tous deux virtuels.</ref>, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] f_o \text{ ; } 2\,f_o \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en rouge<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel en deçà de</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] -\infty \text{ ; } 2\, f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et agrandie</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} > 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" /> ; * <u>Cas</u><math>\;\left( 3' \right)</math> : <math>\big(</math>voir ci-contre en vert<math>\big)</math> «<math>\;A_o\;</math><u>virtuel au-delà de</u><math>\;W_o</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />, <math>\;p_o > 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\, f_o \text{ ; } \,+\infty \right[\;</math>» <math>\Rightarrow</math> <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : <math>\color{transparent}{\big(}</math>voir ci-contre en vert<math>\color{transparent}{\big)}</math> }}«<math>\;A_i\;</math><u>virtuel entre</u><math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /><u>et</u><math>\;F_i</math>, <math>\;p_i < 0\;</math> et <math>\;\in \left] 2\,f_i \text{ ; } f_i \right[\;</math>» <ref name="nature réel ou virtuel" /> ; <br>{{Transparent| Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3' \right)}</math> : }}si l'objet est linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" />, <u>l'image est inversée et rapetissée</u> car <math>\;G_t = \dfrac{p_i}{p_o} < 0\;</math> et <math>\;\dfrac{\vert p_i \vert}{\vert p_o \vert} < 1\;</math><ref name="caractéristique droite ou inversée et agrandie ou rapetissée" />. {{Al|5}}<u>On vérifie chaque affirmation en faisant la construction de l'image d'un objet linéique transverse</u> <math>\;A_oB_o\;</math><ref name="objet linéique transverse" /> d'abscisse <math>\;p_o\;</math> choisie dans la discussion de Bouasse <ref name="Bouasse" /> précédente : [[File:Lentille mince divergente - construction image.jpg|thumb|400px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> réel ou virtuel de pied entre le centre optique et le foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 1 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> réel <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;O\;</math> avec image virtuelle droite et rapetissée <math>\;\big(</math>figure ci-contre à droite<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 1 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> <math>\big(</math>en bleu<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 1 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;O\;</math> et <math>\;F_o\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> réel avec image droite et agrandie <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 2 \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal objet <math>\;F_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> réel entre le centre optique <math>\;O\;</math> et le foyer principal image <math>\;F_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant réelle, droite et agrandie relativement à l'objet réel <math>\;A_iB_i\big]</math> ; [[File:Lentille mince divergente - construction image bis.jpg|thumb|left|450px|Construction de l'image, par une lentille mince divergente, d'un objet linéique transverse <ref name="objet linéique transverse" /> virtuel de pied au-delà du foyer principal objet]] * <u>Cas</u><math>\;\left( 3 \right)</math> : <math>\;A_o\;</math> virtuel entre <math>\;F_o\;</math> et <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel en deçà de <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et agrandie <math>\;\big(</math>figure ci-contre à gauche<math>\big)</math> ; <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}sur la même figure, par retour inverse de <math>\;\left( 3 \right)\;</math> on a le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> <math>\big(</math>en vert<math>\big)</math> : <br>{{Transparent|Cas<math>\;\color{transparent}{\left( 3 \right)}</math> : }}<math>\;A_o\;</math> virtuel au-delà de <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de {{Nobr|Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" />}} <math>\Rightarrow</math> <math>\;A_i\;</math> virtuel entre <math>\;F_i\;</math> et <math>\;W_i\;</math> <math>\big(</math>point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /><math>\big)\;</math><ref name="points de Weierstrass virtuels pour lentille divergente" /> avec image inversée et rapetissée <math>\;\big[</math>attention en retour inverse les indices <math>\;{}_o\;</math> et <math>\;{}_i\;</math> sont permutés, la lumière se propageant de la droite vers la gauche <math>\;\ldots\;</math> il faut donc lire dans le cas <math>\;\left( 3' \right)\;</math> l'objet <math>\;A_i\;</math> virtuel au-delà du point objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> le point image <math>\;A_o\;</math> virtuel entre le foyer principal image <math>\;F_o\;</math> et le point image de Weierstrass <ref name="Weierstrass" /> <math>\;W_o</math>, l'image <math>\;A_oB_o\;</math> étant virtuelle, inversée et rapetissée relativement à l'objet virtuel <math>\;A_iB_i\big]</math>. {{Al|5}}<u>Résumé des résultats trouvés par discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente</u> : {{Al|5}}L'image et l'objet sont toujours de nature différente <ref> On vérifie ainsi qu'il est impossible d'avoir simultanément un objet et son image correspondante par une lentille divergente tous deux réels d'où l'impossibilité de faire l'image sur un écran d'un objet réel avec une lentille divergente.</ref> <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>pour qur l'image réelle d'un objet virtuel soit agrandie il faut que ce dernier soit entre la lentille et le plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis"> Plan transverse de pied <math>\;W_o\;</math> <math>\big(</math>point objet de Weierstrass<math>\big)\;</math> c.-à-d. situé à une distance <math>\;2\, \vert f_o \vert\;</math> au-delà de la lentille divergente.</ref>, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille strictement comprise entre <math>\;0\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait <math>\;+ 1\big)\;</math> et <math>\;2\, f_o\;</math> {{Nobr|<math>\big(</math>où}} le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)\;</math> en passant par <math>\;f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait infini<math>\big)\big]</math>, <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>sinon l'image réelle d'un objet virtuel est rapetissée, l'objet étant alors en deçà du plan objet de Weierstrass <ref name="Weierstrass" />{{,}} <ref name="plan objet de Weierstrass - bis" />, <math>\;\big[</math>l'objet virtuel doit être à une distance de la lentille supérieure à <math>\;2\, f_o\;</math> <math>\big(</math>où le grandissement transverse serait de valeur absolue égale à <math>\;1\big)</math>, le grandissement transverse tendant vers <math>\;0\;</math> quand la distance tend vers l'infini<math>\big]</math> ; <br>{{Al|5}}<math>\;\succ\;</math>l'image virtuelle d'un objet réel est toujours rapetissée. <center> <gallery mode="packed" heights="330px"> Lentille mince divergente - résumé discussion Bouasse.jpg|Résumé de la discussion graphique de Bouasse <ref name="Bouasse" /> d'une lentille mince divergente </gallery> </center>}} == Objectif photographique, profondeur de champ de netteté due au grain de la pellicule et temps de pose == {{Al|5}}L’objectif d’un appareil photographique est modélisé par une lentille sphérique mince convergente de distance « focale image <math>\;f_i = 38\; mm\;</math>» <ref> Objectif de la famille des « grands angles ».</ref>. {{Al|5}}Le diaphragme d’ouverture de l’objectif a un « diamètre réglable <math>\;2\,R = \dfrac{f_i}{N}\;</math>» où <math>\;N</math>, appelé « nombre d'ouverture » <ref> Ou simplement « ouverture ».</ref>, peut varier par « valeurs discrètes de <math>\;N = 2,0\;</math> à <math>\;N = 11,3\;</math>» <ref> Les valeurs discrètes de <math>\;N\;</math> forment une progression géométrique de raison <math>\;\sqrt{2} \simeq 1,4</math>, la puissance lumineuse moyenne traversant le diaphragme étant <math>\;\propto\;</math> à la surface de ce dernier c.-à-d. à <math>\;\pi\, R^2</math>, on en déduit que la puissance lumineuse moyenne reçue par le film forme une progression géométrique de raison <math>\;2</math> ; <br>{{Al|3}}la valeur la plus faible <math>\;N = 2,0\;</math> correspond au plus grand diamètre de diaphragme et donc à la plus grande puissance lumineuse moyenne reçue, <br>{{Al|3}}la valeur suivante <math>\;N = 2,0 \times \sqrt{2} \simeq 2,8\;</math> donne une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;2\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^2 \simeq 4,0\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;4\;</math> fois plus faible, <br>{{Al|3}}{{Transparent|la valeur suivante }}<math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^3 \simeq 5,6\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;8\;</math> fois plus faible etc <math>\;\ldots\;</math> <br>{{Al|3}}la dernière valeur <math>\;N = 2,0 \times \left( \sqrt{2} \right)^5 \simeq 11,3\;</math> {{Transparent|donne }}une puissance lumineuse moyenne reçue <math>\;32\;</math> fois plus faible.</ref>. {{Al|5}}La pellicule ayant une structure granulaire, « la tache image d’un objet ponctuel a le diamètre d’un grain soit <math>\;a = 30\; \mu m\;</math>». === Détermination de la profondeur de champ de netteté liée à la nature granulaire de la pellicule === {{Al|5}}L’objectif étant « mis au point sur un point objet <math>\;A_o\;</math> situé à la distance <math>\;\vert p_o \vert = 2,50\; m\;</math> de l’objectif », <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur }}des points situés au-delà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,M} \vert > 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle en deçà du film, <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur }}des points situés en deçà de <math>\;A_o\;</math> c.-à-d. à une distance <math>\;\vert {p'}_{o,\,m} \vert < 2,50\; m\;</math> de l’objectif, donnent une image ponctuelle au-delà du film, <br>{{Al|5}}{{Transparent|L'objectif étant « mis au point sur des points situés au-delà de <math>\;\color{transparent}{A_o}\;</math> }}dans les deux cas, apparaît une tache sur le film, laquelle semblera <u>ponctuelle</u> si « son diamètre est inférieur à celui du grain du film ». {{Al|5}}On définit la « profondeur de champ de netteté » <ref name="profondeur de champ"> Par abus on parle simplement de « profondeur de champ ».</ref> de l'objectif diaphragmé pour une mise au point sur un objet donné <br>{{Al|11}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}comme l'intervalle de distance séparant l'objectif et les objets ponctuels à <u>image granulaire considérée comme ponctuelle sur la pellicule</u>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » comme }}« intervalle noté <math>\;\left[ \vert p_{o,\,m} \vert\, ; \, \vert p_{o,\,M} \vert \right]\;</math>» ; {{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> est donc <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}le maximum {{Al|5}}{{Transparent|de la profondeur de champ est donc }}<math>\;\vert p_{o,\,M} \vert</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|On définit la « profondeur de champ de netteté » }}la largeur étant définie par «<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) = \vert p_{o,\,M} \vert - \vert p_{o,\,m} \vert\;</math>» <ref> Simplement noté <math>\;\Delta x\;</math> quand il n'y a pas d'ambiguïté.</ref>. {{Al|5}}Exprimer, en fonction du grain <math>\;a\;</math> de la pellicule, de la distance focale image <math>\;f_i</math>, du nombre d'ouverture <math>\;N\;</math> et de la distance de mise au point <math>\;\vert p_o \vert</math> : <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}le minimum de la profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert</math>, <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}le maximum {{Al|5}}{{Transparent|de la profondeur de champ }}<math>\;\vert p_{o,\,M} \vert\;</math> et <br>{{Al|5}}{{Transparent|Exprimer, }}la largeur {{Al|10}}{{Transparent|de la profondeur de champ }}<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N)</math>. {{Al|5}}Faire l'application numérique pour les valeurs extrêmes d'ouverture. {{Solution|contenu =[[File:Objectif - minimum de profondeur de champ.jpg|thumb|420px|Schéma de définition du minimum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] {{Al|5}}<u>Minimum de profondeur de champ</u> <ref name="profondeur de champ" /> : La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;\vert p_o \vert</math>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}des points <math>\;{A'}_{\!o, \,m}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_o\;</math> et <math>\;O\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{\!i, \,m}\;</math> situées derrière la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{\!o, \,m}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{\!i, \,m}\;</math> laissant une tache <math>\;\big(</math>et non un point<math>\big)\;</math> sur la diapositive <math>\;\big(</math>voir figure ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}ces taches seront vues comme des points pour un diamètre de tache <math>\;<\;</math> au grain de la pellicule c.-à-d. <br>{{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : ces taches seront vues comme des points }}pour «<math>\;HH'({A'}_{\!o, \,m}) < a\;</math>» ou, en notant <math>\;(HH')_m\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle <ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_m = HH'({A}_{o, \,m})</math>.</ref>, «<math>\;(HH')_{\!m} = a\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}on écrit tout d'abord la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison {{Nobr|<math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math>}} de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> soit «<math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{-\vert p_o \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_i} = \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_o \vert} = \dfrac{\vert p_o \vert - f_i}{f_i\, \vert p_o \vert}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;p_i = \dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{1})\;</math>» puis, {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}en raisonnant dans le cas limite, la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_{o,\, m},\, A_{i,\, m})\;</math> soit «<math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} - \dfrac{1}{-\vert p_{o,\,m} \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,m}} =</math> <math>\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_{o,\,m} \vert} = \dfrac{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}\;</math> soit «<math>\;p_{i,\,m} = \dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{2})\;</math>» enfin, {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}les triangles <math>\;KK'A_{i,\, m}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, m}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, m}}{KK'} = \dfrac{A_iA_{i,\, m}}{(HH')_m}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, m}}{2\, R} = \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{(HH')_m}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;(HH')_m =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_{i,\, m} - p_i}{p_{i,\, m}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math>» d'où la condition «<math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{p_i}{p_{i,\ ,m}} \right) = a\;\;(\mathfrak{3})\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Minimum de profondeur de champ : }}en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2})\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3})</math>, on obtient <math>\;2\, R \left( 1 - \dfrac{\dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}}{\dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,m} \vert}{\vert p_{o,\,m} \vert - f_i}} \right) = a\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;1 - \dfrac{\vert p_o \vert \left( \vert p_{o,\,m} \vert - f_i \right)}{\vert p_{o,\, m} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;1 - \dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i} + \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, m} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;-\dfrac{f_i}{\vert p_o \vert - f_i} + \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, m} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_{o,\, m} \vert} = \dfrac{a \left( \vert p_o \vert - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;\vert p_{o,\, m} \vert = \vert p_o \vert\;\dfrac{2\,R\, f_i}{a \left( \vert p_o \vert - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{\vert p_o \vert}{\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec «<math>\;\vert p_o \vert \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}\;</math>», «<math>\;\vert p_{o,\, m} \vert \simeq \dfrac{\vert p_o \vert}{1 + \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}\;</math>» ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, <div style="text-align: center;">le « minimum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\vert p_{o,\, m} \vert \simeq \dfrac{\vert p_o \vert}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}\;</math>».</div> [[File:Objectif - maximum de profondeur de champ.jpg|thumb|420px|Schéma de définition du maximum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> d'un objectif à ouverture et grain de pellicule fixés]] {{Al|5}}<u>Maximum de profondeur de champ</u> <ref name="profondeur de champ" /> : La mise au point étant rigoureusement faite pour la distance <math>\;\vert p_o \vert</math>, <br>{{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}des points <math>\;{A'}_{\!o, \,M}\;</math> situés sur l'axe optique principal entre <math>\;A_{o,\,\infty}\;</math> et <math>\;A_o\;</math> donneront des images <math>\;{A'}_{\!i, \,M}\;</math> situées devant la pellicule et par conséquent le faisceau issu de <math>\;{A'}_{\!o, \,M}\;</math> et limité par le diaphragme émergera selon un faisceau convergeant en <math>\;{A'}_{\!i, \,M}\;</math> laissant une tache <math>\;\big(</math>et non un point<math>\big)\;</math> sur la diapositive <math>\;\big(</math>voir figure ci-contre<math>\big)</math> ; {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}ces taches seront vues comme des points pour un diamètre de tache <math>\;<\;</math> au grain de la pellicule c.-à-d. <br>{{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : ces taches seront vues comme des points }}pour «<math>\;HH'({A'}_{\!o, \,M}) < a\;</math>» ou, en notant <math>\;(HH')_M\;</math> la valeur maximale du diamètre de la tache pouvant être considérée comme ponctuelle <ref> Correspondant donc à <math>\;(HH')_M = HH'({A}_{o, \,M})</math>.</ref>, «<math>\;(HH')_{\!M} = a\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}ayant écrit tout d'abord la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison {{Nobr|<math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math>}} de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_o,\, A_i)\;</math> et y ayant obtenu «<math>\;p_i = \dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{1})\;</math>», on poursuit {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}en raisonnant dans le cas limite, la 1^ère relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> <math>\big[</math>ou relation de conjugaison <math>\;\big(</math>approchée<math>\big)\;</math> de position<math>\big]\;</math> de Descartes <ref name="Descartes" />{{,}} <ref name="1ère relation de conjugaison de Descartes" /> pour le couple <math>\;(A_{o,\, M},\, A_{i,\, M})\;</math> donnant «<math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}} - \dfrac{1}{-\vert p_{o,\,M} \vert} = \dfrac{1}{f_i}\;</math>» d'où <math>\;\dfrac{1}{p_{i,\,M}}</math> <math>= \dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{\vert p_{o,\,M} \vert} = \dfrac{\vert p_{o,\,M} \vert - f_i}{f_i\, \vert p_{o,\,M} \vert}\;</math> soit «<math>\;p_{i,\,M} = \dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,M} \vert}{\vert p_{o,\,M} \vert - f_i}\;\;(\mathfrak{2}')\;</math>» enfin, {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}les triangles <math>\;KK'A_{i,\, M}\;</math> et <math>\;HH'A_{i,\, M}\;</math> étant semblables, on en déduit : <math>\;\dfrac{OA_{i,\, M}}{KK'} = \dfrac{A_{i,\, M}A_i}{(HH')_M}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{p_{i,\, M}}{2\, R} = \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{(HH')_M}\;</math> <math>\Rightarrow</math> «<math>\;(HH')_M =</math> <math>2\, R\, \dfrac{p_i - p_{i,\, M}}{p_{i,\, M}}\;</math> qui vaut, dans le cas limite, <math>\;a\;</math>» d'où la condition «<math>\;2\, R \left( \dfrac{p_i}{p_{i,\, M}} - 1 \right) = a\;\;(\mathfrak{3}')\;</math>» ; {{Al|11}}{{Transparent|Maximum de profondeur de champ : }}en reportant les formules <math>\;(\mathfrak{1})\;</math> et <math>\;(\mathfrak{2}')\;</math> dans la relation <math>\;(\mathfrak{3}')</math>, on obtient <math>\;2\, R \left( \dfrac{\dfrac{f_i\, \vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i}}{\dfrac{f_i\, \vert p_{o,\,M} \vert}{\vert p_{o,\,M} \vert - f_i}} - 1 \right) = a\;</math> ou <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert \left( \vert p_{o,\,M} \vert - f_i \right)}{\vert p_{o,\, M} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> soit encore <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_o \vert - f_i} - \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, M} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} - 1 = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> ou <math>\;\dfrac{f_i}{\vert p_o \vert - f_i} - \dfrac{\vert p_o \vert\; f_i}{\vert p_{o,\, M} \vert \left( \vert p_o \vert - f_i \right)} = \dfrac{a}{2\, R}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;\dfrac{\vert p_o \vert}{\vert p_{o,\, M} \vert} = -\dfrac{a \left( \vert p_o \vert - f_i \right)}{2\, R\, f_i} + 1\;</math> donnant <math>\;\vert p_{o,\, M} \vert = \vert p_o \vert\;\dfrac{2\,R\, f_i}{-a \left( \vert p_o \vert - f_i \right) + 2\,R\, f_i} = \dfrac{\vert p_o \vert}{-\dfrac{a}{2\, R} \left( \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i} - 1 \right) + 1}\;</math> et finalement, avec «<math>\;\vert p_o \vert \gg f_i\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;1 \ll \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}\;</math>», «<math>\;\vert p_{o,\, M} \vert \simeq \dfrac{\vert p_o \vert}{1 - \dfrac{a}{2\, R}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}\;</math>» ou, avec <math>\;2\, R = \dfrac{f_i}{N}</math>, <div style="text-align: center;">le « maximum de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\vert p_{o,\, M} \vert \simeq \dfrac{\vert p_o \vert}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}</math>».</div> {{Al|5}}<u>Largeur de profondeur de champ</u> <ref name="profondeur de champ" /> : La largeur de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N)\;</math> définie selon «<math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) = \vert p_{o,\,M} \vert - \vert p_{o,\,m} \vert\;</math>» se calcule en reportant les expressions de <math>\;\vert p_{o,\,m} \vert\;</math> et <math>\;\vert p_{o,\,M} \vert\;</math> précédemment établies soit <math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) = \dfrac{\vert p_o \vert}{1 - \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}} - \dfrac{\vert p_o \vert}{1 + \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}\;</math> ou, en réduisant au même dénominateur, <div style="text-align: center;">la « largeur de profondeur de champ <ref name="profondeur de champ" /> <math>\;\Delta x(\vert p_o \vert,\, N) = \vert p_o \vert\; \dfrac{2\; \dfrac{N\;a}{f_i}\; \dfrac{\vert p_o \vert}{f_i}}{1 - \dfrac{N^2\;a^2}{f_i^2}\; \dfrac{p_o^{\!2}}{f_i^2}}\;</math>».</div> {{Al|5}}<u>Application numérique</u> : * Pour le diaphragme le plus ouvert <math>\;N = 2,0</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 2,265\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 2,790\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{2,0 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(2,0)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 2,0) \simeq 0,525\;m</math>.</div> * Pour le diaphragme le plus fermé <math>\;N = 11,3</math>, une distance de mise au point <math>\;|p_o| = 2,50\;m</math>, une distance focale (image) <math>\;f_i = 38\;mm\;</math> et un grain de pellicule de diamètre <math>\;a = 30\;\mu m\;</math> on obtient : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un minimum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq \dfrac{2,50}{1 + \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, m}| \simeq 1,575\;m</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> un maximum de profondeur de champ <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq \dfrac{2,50}{1 - \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38\; 10^{-3}}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;|p_{o,\, M}| \simeq 6,052\;m\;</math> et <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span><math>\;\succ\;</math> une largeur de profondeur de champ <math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) = 2,50 \times \dfrac{2 \times \dfrac{11,3 \times 30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{2,50}{38 \; 10^{-3}}}{1 - \dfrac{(11,3)^2 \times (30\; 10^{-6})^2}{(38\; 10^{-3})^2} \times \dfrac{(2,50)^2}{(38\; 10^{-3})^2}}\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\Delta x(2,50\,m,\; 11,3) \simeq 4,477\;m</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Commentaires</u> : La largeur de profondeur de champ est d'autant plus grande que le nombre d'ouverture est grand (c.-à-d. que le diaphragme est fermé)<ref> Si on souhaite faire une photographie de paysage avec un premier plan flou, il faut faire la mise au point à l'infini et réduire la largeur de profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si au contraire on veut une photographie de premier plan avec un fond de paysage flou, on réduit la profondeur de champ en ouvrant le diaphragme au maximum (correspondant à un nombre d'ouverture petit) mais en faisant la mise au point sur le premier plan …</ref>, mais une augmentation du nombre d'ouverture (c.-à-d. une fermeture du diaphragme) entraînant une diminution de la puissance moyenne reçue par la pellicule, il faut compenser par une augmentation du temps d'exposition<ref> Plus précisément quand le nombre d'ouverture est multiplié par <math>\;\sqrt{2}\; \big(\simeq 1,4\big)</math>, l'aire de la surface limitée par le diaphragme est divisée par 2 et le temps d'exposition, pour obtenir la même impression de la pellicule, doit être multiplié par <math>\;2</math> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple une ouverture du diaphragme à <math>\;2,0\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> est, du point de vue de l'énergie reçue, équivalente à une ouverture à <math>\;11,3 = 2,0 \times (\sqrt{2})^5\;</math> pendant <math>\;\dfrac{1}{1000} \times 2^5 \simeq \dfrac{1}{30}\;s\;</math> mais, dans le 2{{ème}} cas, la largeur de profondeur de champ étant plus grande, les divers plans transverses se trouvant sur le trajet de la lumière donneront vraisemblablement une image nette (si toutefois il s'agit d'objets fixes) [le cas d'objets latéralement mobiles étant envisagé dans la question suivante].</ref>.}} === Temps de pose maximal pour que l’image d’un objet se déplaçant latéralement soit nette === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objectif est mis au point sur un objet situé à une distance de <math>\;|p_o| = 8,00\; m</math>, objet se déplaçant perpendiculairement à l’axe de visée, à la vitesse de <math>\;v_o = 9\; km \cdot h^{-1}</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Quel temps de pose maximum <math>\;\tau_{\text{max}}\;</math> doit-on choisir pour que le déplacement de l'objet photographié n’altère pas la netteté de la photographie ? {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L’objet se déplaçant transversalement à la vitesse <math>\;v_o\;</math> émet de la lumière pendant tout le temps de pose <math>\;\tau\;</math> à partir de positions différentes du plan transverse, il y a donc ''a priori'' une tache image sur la pellicule ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>toutefois si le déplacement transversal de l’objet <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> correspond à un déplacement transversal de l’image <math>\;d_i\;</math> inférieur au diamètre <math>\;a\;</math> du grain de la pellicule, il n’y aura qu’un seul point image et cette dernière sera considérée comme nette ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine <math>\;d_i\;</math> à partir de <math>\;d_o = v_o\; \tau\;</math> à l’aide de la valeur absolue du grandissement transverse de Descartes soit <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o}\;</math> par définition et <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{p_i}{|p_o|}\;</math> par relation de conjugaison de Descartes, l’objet étant dans un plan transverse situé à <math>\;|p_o| = 8\; m\;\gg f_i = 38\;mm\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i \simeq f_i</math> <math>= 38\; 10^{-3}\;m\;</math> d'où <math>\;|G_t(A_o)| = \dfrac{d_i}{d_o} \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\;</math> donnant <math>\;d_i \simeq \dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau\;</math> dans laquelle <math>\;v_o = 9\; km\! \cdot\! h^{-1} = \dfrac{9}{3,6}\; m\! \cdot\! s^{-1} = 2,5\; m\! \cdot\! s^{-1}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition de netteté <math>\;d_i < a\;</math> se réécrivant <math>\;\dfrac{f_i}{|p_o|}\; v_o\; \tau < a\;</math> conduit à <math>\;\tau < \dfrac{a}{v_o}\; \dfrac{|p_o|}{f_i}\;</math> ou finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{a}{f_i}\; \dfrac{|p_o|}{v_o}\;</math> ou numériquement <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{30\; 10^{-6}}{38\; 10^{-3}} \times \dfrac{8}{2,5}\;</math> en <math>\;s\;</math> soit <br><math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 0,00253\; s\;</math> ou <math>\;\tau_{\text{max}} \simeq 2,53\; ms\;</math><ref> Parmi les valeurs de temps d'exposition que l'on trouve sur un appareil photographique partant de <math>\;\dfrac{1}{1000}\;s\;</math> avec toutes les valeurs multipliées par <math>\;2^n,\; n \in \mathbb{N}</math>, on choisira <math>\;\tau_{\text{max}} = \dfrac{1}{500}\;s\;</math> car la valeur suivante <math>\;\dfrac{1}{250}\;s\;</math> donnerait une traînée de l'image sur la pellicule.</ref>.</div>}} == Oculaire de Plössl == <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'oculaire de Plössl<ref> '''Simon Plössl (1794 - 1868)''' opticien autrichien, connu pour le caractère achromatique de ses objectifs (au sens doublet de lentilles).</ref> est le doublet de lentilles minces du type <math>\;(3,\, 1,\, 3)\;</math> <math>\big(</math>on rappelle la signification : <math>\;f_{i,\,1} = 3\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = 1\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math> où <math>\;a\;</math> est une longueur servant d'unité<math>\big)</math>. === Détermination des caractéristiques de l'oculaire de Plössl === ==== Nature focale de l'oculaire et position des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, sur un schéma à l'échelle, que l'oculaire de Plössl est focal<ref> Pour cela il suffit de montrer qu'il n'est pas afocal c'est-à-dire que la disposition des lentilles minces ainsi que leur distance focale image n'est pas telle que le point à l'infini de l'axe optique principal n'est pas un point double.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>déterminer algébriquement en fonction de <math>\;a\;</math> et retrouver le résultat par construction sur un schéma à l'échelle en choisissant <math>\;a = 2\;cm</math> : * le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'image, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal, * le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire c'est-à-dire l'antécédent, par l'oculaire, du point à l'infini de l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le caractère positif ou négatif de l'oculaire sachant qu'un oculaire est dit positif si <math>\;F_o\;</math> est réel, négatif si <math>\;F_o\;</math> est virtuel. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « afocal » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, ce qui nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}</math>, il suffit de vérifier, pour prouver que l'oculaire de Plössl est « <u>focal</u> », que le foyer principal image de la 1{{ère}} lentille n'est pas confondu avec le foyer principal objet de la 2{{ème}} lentille, c'est-à-dire <math>\;F_{i,\,1} \neq F_{o,\,2}</math>, voir schéma ci-contre. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image de l'oculaire de Plössl <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton"> Ou de Descartes ; toutefois, quand on travaille sur un doublet, il est souvent plus pratique d'utiliser la relation de conjugaison de Newton car la grandeur <math>\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}</math>, nulle pour un doublet afocal, peut avoir une signification dans un doublet focal comme c'est le cas dans le microscope dans lequel elle est appelée « intervalle optique ».</ref> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2} = 3\; a - a + 3\; a\;</math><ref name="distances focales"> On rappelle que <math>\;\overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{o,\,2} = -f_{i,\,2}</math>.</ref> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = 5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{(3\; a)^2}{5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} =</math> <math>\overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = 3\; a - \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal image de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point objet à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{o,\, \infty}</math>.</ref>, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire image associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal image.</ref>, * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl</u> : la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par l'oculaire de Plössl et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1} = a - 3\; a - 3\; a\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = -5\; a\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> donnant numériquement <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{(3\; a)^2}{-5\; a}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> ou, <br>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} =</math> <math>\overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -3\; a + \dfrac{9}{5}\;a\;</math> soit <br><math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>on détermine graphiquement la position du foyer principal objet de l'oculaire de Plössl en utilisant * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal<ref> Qui passe donc par le point image à l'infini de l'axe optique principal <math>\;A_{i,\, \infty}</math>.</ref>, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math><ref> On rappelle que le foyer secondaire objet associé à un axe optique secondaire est l'intersection de cet axe secondaire et du plan focal objet.</ref>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl (voir partie en bleu du schéma ci-dessus où on peut vérifier que la position trouvée graphiquement est conforme à celle obtenue algébriquement). <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : On observe aisément que l'oculaire de Plössl <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est symétrique relativement au milieu <math>\;M\;</math> du segment <math>\;[O_1O_2]</math>, ceci signifie que l'on peut retourner l'oculaire relativement à <math>\;M\;</math> ou inverser le sens de propagation de la lumière sans retourner l'oculaire avec absence de modification optique observable et par conséquent que l'<u>on peut déduire la position du foyer principal objet de l'oculaire à partir de celle du foyer principal image</u><ref> Ce qui permet de ne déterminer directement que l'un des foyers principaux image ou objet, l'autre étant alors connu par utilisation de la propriété de symétrie de l'oculaire ; dans ce qui suit nous supposerons que seule la position du foyer principal image a été déterminée.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>or si on inverse le sens de propagation de la lumière, le foyer principal image de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devient le foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;F_o(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = F_i(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : or si on inverse le sens de propagation de la lumière, </span>la face de sortie de l'oculaire <math>\;(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> devenant la face d'entrée de l'oculaire utilisé en sens inverse <math>\;(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> c'est-à-dire <math>\;O_1(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = O_2(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}</math>, <div style="text-align: center;"> d'où <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow}\;</math> <br>soit, avec la connaissance de la position du foyer principal image de l'oculaire <br><math>\;\overline{O_2F_i}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = \dfrac{6}{5}\;a</math>,</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>on en déduit celle du foyer principal objet de l'oculaire utilisé en sens inverse <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow} = \dfrac{6}{5}\;a\;</math></div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque : </span>et par inversion du sens de propagation, celle du foyer principal objet de l'oculaire <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\leftarrow}\;</math> <div style="text-align: center;">soit finalement <math>\;\overline{O_1F_o}(\mathcal{Plo})_{\rightarrow} = -\dfrac{6}{5}\;a</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Caractère positif ou négatif de l'oculaire de Plössl</u> : le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl étant situé avant la face d'entrée de ce dernier car <math>\;\overline{O_1F_o} = -\dfrac{6}{5}\;a < 0\;</math> est <u>réel</u> et par suite l'oculaire est dit <u>positif</u>.}} ==== Caractère convergent de l'oculaire déterminé par construction ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal et en traçant le cheminement de ce rayon à travers l'oculaire, vérifier que ce dernier est convergent <math>\big[</math>un système optique est convergent <math>\big(</math>resp. divergent<math>\big)</math> si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant <math>\big(</math>resp. émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant<math>\big)</math><ref> Cette affirmation sera justifiée dans la question [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Construction_de_l.27image,_par_l.27oculaire_de_Pl.C3.B6ssl,_d.27un_objet_linéique_transverse_en_utilisant_les_plans_principaux_et_justification_du_caractère_convergent_.28ou_divergent.29_d.27un_doublet_de_lentilles|construction utilisant les plans principaux]].</ref>{{,}}<ref> Si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal émerge parallèle à ce dernier après (ou sans) l'avoir coupé, le système est alors afocal.</ref><math>\big]</math>. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - foyers objet et image.jpg|thumb|Détermination graphique des foyers principaux objet et image d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On constate, sur le schéma ci-contre, qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et situé au-dessus, émerge de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en se rapprochant de ce dernier et se dirigeant vers le foyer principal image réel <math>\;F_i\;</math><ref> Attention d'une part le caractère réel du foyer principal image n'est pas nécessaire pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 3,\, 2)\;</math> convergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le foyer principal image étant virtuel), <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small>Attention </span>d'autre part le caractère réel du foyer principal image n'est pas suffisant pour conclure au caractère convergent du doublet comme on pourrait le vérifier sur le doublet <math>\;(2,\, 4,\, 1)\;</math> divergent (le rayon émerge de la 2{{ème}} lentille au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant jusqu'au foyer principal image réel puis s'en éloigne en passant au-dessus).</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit donc bien le <u>caractère convergent de l'oculaire de Plössl</u>.}} ==== Détermination de la distance focale (image) de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les foyers principaux objet et image de l'oculaire ayant été déterminés, il est possible d'utiliser le repérage de Newton pour positionner les points objet et image de l'axe optique principal selon : * l'abscisse objet de Newton du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Newton du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton est encore applicable à un doublet focal de lentilles minces et que ceci permet de définir la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier <math>\;\big(</math>la distance focale objet <math>\;f_o\;</math> étant toujours opposée à la distance focale image <math>\;f_i\big)</math>, déterminer : * <math>\;|f_i|\;</math> en appliquant la relation de conjugaison de position de Newton à l'oculaire pour un couple de points conjugués judicieusement choisis, puis * <math>\;f_i\;</math> sachant qu'un système convergent (respectivement divergent) a une distance focale image positive (respectivement négative). {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de l'oculaire de Plössl en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par l'oculaire de Plössl, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par l'oculaire de Plössl ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{9}{5}\;a\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{9}{5}\;a\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = -f_i^2\;</math> se réécrivant <math>\;\left[ -\dfrac{9}{5}\;a \right] \left[ \dfrac{9}{5}\;a \right] = -f_i^2\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;|f_i| = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'oculaire de Plössl étant convergent sa distance focale image <math>\;f_i\;</math> est <math>\;> 0\;</math> et par suite elle vaut <div style="text-align: center;"><math>\;f_i = \dfrac{9}{5}\;a\;</math><ref> Sa distance focale objet valant <math>\;f_o = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math>.</ref>.</div>}} ==== Détermination des points principaux objet '''H_o''' et image '''H_i''' de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les points principaux objet et image d'un système optique sont les points conjugués de l'axe optique principal tels que le système optique donne, d'un objet linéique transverse de pied positionné au point principal objet <math>\;H_o</math>, un grandissement transverse valant <math>\;G_t(H_o) = +1\;</math><ref> L'image de cet objet linéique transverse <math>\;H_oB_o\;</math> est alors <math>\;H_iB_i\;</math> droite et de même taille que l'objet.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant que les deux formes de la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sont encore applicables à un doublet focal de lentilles minces, déterminer : * l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, positionner alors <math>\;H_o\;</math> sur l'axe optique principal, * l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\sigma_i(H_i) = \overline{F_iH_i}</math>, positionner de même <math>\;H_i\;</math> sur l'axe optique principal. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant le couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl et appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o(H_o)}\;</math> avec <math>\;\sigma_o(H_o) = \overline{F_oH_o}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse objet de Newton du point principal objet <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o = f_i = \dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> [[File:Oculaire de Plössl - ajout des points principaux.jpg|thumb|Positionnement des points principaux d'un oculaire de Plössl sur le schéma construisant les positions des foyers principaux de ce dernier]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>appliquant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Newton au couple de points principaux <math>\;(H_o\, ,\,H_i)\;</math> conjugués par l'oculaire de Plössl sous la forme <math>\;G_t(H_o) = -\dfrac{\sigma_i(H_o)}{f_i}\;</math> avec <math>\;\sigma_i(H_o) = \overline{F_iH_i}</math>, on trouve, avec <math>\;G_t(H_o) = +1</math>, <div style="text-align: center;">l'abscisse image de Newton du point principal image <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i = -\dfrac{9}{5}\;a</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir le positionnement des points principaux sur l'axe optique principal ci-contre et<br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>voir </span>la détermination graphique simultanée des foyers principaux et des points principaux<ref> C'est un complément, ce n'était pas demandé.</ref>{{,}}<ref> On trouve une légère différence entre le positionnement des points principaux dont les abscisses ont été déterminées algébriquement et la détermination graphique de ces derniers, une construction étant nécessairement moins précise (toutefois l'accord reste néanmoins acceptable).</ref> ci-dessous. [[File:Oculaire de Plössl - détermination foyers et points principaux.jpg|thumb|Détermination graphique simultanée des foyers et points principaux d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On reprend tout d'abord la construction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> en noir<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\, 1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> * un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * se réfractant à partir de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en un rayon intermédiaire dont le prolongement passe par le foyer principal image <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et conduisant à un rayon émergent, à partir de cette lentille, passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\, 2}(\delta)\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> * l'intersection de ce rayon émergent et de l'axe optique principal définissant le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> et celle du foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> en bleu<ref> On rappelle la méthode utilisant la conjugaison <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\, 2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> * un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal, * dont l'antécédent en deçà de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est un rayon intermédiaire de prolongement passant par le foyer principal objet <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> de cette dernière, * rayon intermédiaire <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et conduisant à un rayon incident, en deçà de cette lentille, passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{i,\, 1}(\delta')\;</math> correspondant à cet axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math>, * l'intersection de ce rayon incident et de l'axe optique principal définissant le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> de l'oculaire de Plössl.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on détermine ensuite le point principal image <math>\;H_i\;</math> suivi du point principal objet <math>\;H_o\;</math> de la façon suivante : * on considère un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et dont l'autre extrémité est sur le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans l'hypothèse où <math>\;A_o\;</math> serait en <math>\;H_o\;</math><ref> Dont on ignore la position pour l'instant.</ref>, l'image <math>\;A_iB_i\;</math> étant de même taille et de même sens que l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> et l'extrémité <math>\;B_i\;</math> devant être sur le rayon émergent de l'oculaire de Plössl passant par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math><ref> Étant donné que ce rayon émergent est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'objet <math>\;B_o</math>.</ref>, <math>\;B_i\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon émergent et du rayon incident conjugué, <math>\;A_i\;</math> projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math> définissant alors la position du point principal image <math>\;H_i</math> ; * on considère une image linéique transverse <math>\;H_iI_i\;</math> dont l'autre extrémité <math>\;I_i\;</math> est sur un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math><ref> Nous avons choisi la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> identique à celle précédemment utilisée pour la détermination du point principal image <math>\;H_i\;</math> c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> est dans le prolongement du rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> utilisé pour déterminer <math>\;H_i\;</math> (c'est aussi ce rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui a servi à la détermination du foyer principal objet <math>\;F_o\big)\;</math> mais la taille de l'image <math>\;H_iI_i\;</math> peut être quelconque c'est-à-dire que le rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> peut être à n'importe quelle distance de l'axe optique principal.</ref>, l'antécédent <math>\;H_oI_o\;</math> étant de même taille et de même sens que l'image <math>\;H_iI_i\;</math> et l'extrémité <math>\;I_o\;</math> devant être sur le rayon incident correspondant passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math><ref> Étant donné que ce rayon incident est le conjugué, par l'oculaire de Plössl, du rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> précédemment utilisé sur lequel se trouve l'image <math>\;I_i</math>.</ref>, <math>\;I_o\;</math> se trouve à l'intersection de ce rayon incident et du rayon émergent conjugué, le point principal objet <math>\;H_o\;</math> s'obtenant par projection orthogonale de <math>\;I_o\;</math> sur <math>\;\Delta</math>.}} ==== Définition du repérage de Descartes des points objet et image de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier, d'après les réponses de la question précédente, que les distances focales objet et image de l'oculaire peuvent être définies selon <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math><ref> Le rôle du centre optique d'une lentille mince, point double de l'axe optique principal tel que la lentille donne, de tout objet linéique transverse de pied positionné au centre optique, une image de grandissement transverse égal à <math>\;+1\;</math> (l'image est d'ailleurs géométriquement positionnée sur l'objet) est joué, pour un doublet de lentilles, par le couple de points principaux objet et image <math>\;(H_o,\,H_i)</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>quand on associe deux lentilles minces telles que <math>\;O_1O_2 \neq 0\;</math> la notion de centre optique disparaît pour le système optique ainsi formé et, si ce dernier est focal, elle est remplacée par celle de points principaux objet et image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On définit alors le repérage de Descartes pour les points objet et image de l'axe optique principal de l'oculaire selon : * l'abscisse objet de Decartes du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}</math>, * l'abscisse image de Descartes du point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes à partir de celles de Newton en effectuant un changement d'origines et vérifier que ces relations de conjugaison sont identiques à celle d'une lentille mince. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On vérifie, d'après l'abscisse objet de Newton du point principal objet de l'oculaire de Plössl <math>\;\overline{F_oH_o} = -f_o\;</math> et l'abscisse image de Newton du point principal image du même oculaire <math>\;\overline{F_iH_i} = -f_i</math>, que * la distance focale objet de l'oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> et * la distance focale image du même oculaire de Plössl peut être définie par <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}</math>. <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Définissant le repérage de Descartes en prenant pour origines * le point principal objet <math>\;H_o\;</math> pour l'abscisse d'un point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_o = \overline{H_oA_o}\;</math> et * le point principal image <math>\;H_i\;</math> pour l'abscisse d'un point image <math>\;A_i\;</math> de l'axe optique principal définie par <math>\;p_i = \overline{H_iA_i}</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on déduit de ce qui précède que la distance focale objet (respectivement image) de l'oculaire de Plössl est l'abscisse objet (respectivement image) de Descartes du foyer principal objet (respectivement image) <math>\;F_o\;</math> (respectivement <math>\;F_i\big)\;</math> de l'oculaire ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de celle de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\overline{F_oA_o} = \overline{H_oA_o} - \overline{H_oF_o}\\ \overline{F_iA_i} = \overline{H_iA_i} - \overline{H_iF_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> ou <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o = f_i\; f_o\;</math><ref name="applicabilité Newton"> Applicable si <math>\;A_o \neq F_o\;</math> et <math>\;\neq A_{o,\,\infty}</math>.</ref>, ce qui donne <math>\;(p_i - f_i)\;(p_o - f_o) = f_i\; f_o\;</math> soit, en développant <math>\;p_i\; p_o - f_i\;p_o - p_i\; f_o + \cancel{f_i\;f_o} = \cancel{f_i\; f_o}\;</math> ou, en divisant les deux membres par <math>\;p_i\;p_o\;f_i = -p_i\;p_o\;f_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes"> Ce qui suppose que <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref> La raison étant que la relation de conjugaison de position de Newton est homogène à un carré de longueur alors que celle de Descartes cherchée doit l'être en inverse de longueur.</ref>, <math>\;\dfrac{1}{f_i} - \dfrac{1}{p_i} + \dfrac{1}{p_o} = 0\;</math> soit finalement la relation de conjugaison de position de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis"> On vérifie que cette forme reste applicable quand <math>\;A_o = F_o\;</math> et <math>\;A_o = A_{o,\,\infty}</math>, la seule restriction étant <math>\;A_o \neq H_o</math>.</ref>{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille"> Il s'agit donc bien des mêmes formes de relations de conjugaison de Descartes, seules les définitions des abscisses objet et image de Descartes diffèrent.</ref> avec <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> vergence du doublet et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Établissement de la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl à partir de l'une de celles de Newton</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour cela il suffit de reporter les changements d'origines précédemment établis <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}\sigma_o = p_o - f_o\\ \sigma_i = p_i - f_i \end{array} \right\rbrace\;</math> dans l'une des relations de conjugaison de grandissement transverse de Newton <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{\sigma_i}{f_i}\;</math> <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{\sigma_o}\bigg]\;</math><ref name="applicabilité Newton" />, ce qui donne <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{p_i - f_i}{f_i} = -\dfrac{p_i}{f_i} + 1 = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = \dfrac{1}{f_i}\;</math> par <math>\;p_i\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;1 - \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{p_i}{f_i}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_i}{f_i}</math> <math>= \dfrac{p_i}{p_o}\bigg)</math> ou <math>\bigg[</math>ou <math>\;G_t(A_o) = -\dfrac{f_o}{p_o - f_o}\;</math> dont on déduit <math>\;\dfrac{1}{G_t(A_o)} = -\dfrac{p_o - f_o}{f_o} = -\dfrac{p_o}{f_o} + 1 = \dfrac{p_o}{p_i}\;</math> <math>\bigg(</math>en effet si on multiplie les deux membres de la relation de conjugaison de position de Descartes <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = -\dfrac{1}{f_o}\;</math> par <math>\;p_o\;</math><ref name="applicabilité Descartes" /> on obtient <math>\;\dfrac{p_o}{p_i} - 1 = -\dfrac{p_o}{f_o}\;</math> ou <math>\;1 - \dfrac{p_o}{f_o}</math> <math>= \dfrac{p_o}{p_i}\bigg)</math> soit en inversant <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\bigg]</math> soit finalement la relation de conjugaison de grandissement transverse de Descartes de l'oculaire de Plössl s'écrivant selon <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math><ref name="applicabilité Descartes bis" />{{,}}<ref name="mêmes relations que lentille" /> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l}p_o = \overline{H_oA_o} \\ p_i = \overline{H_iA_i}\end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse en utilisant les plans principaux et justification du caractère convergent (ou divergent) d'un doublet de lentilles ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Montrer qu'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (réellement ou fictivement<ref name="fictif entrée"> La rencontre est réelle si le plan principal objet est situé en deçà de la face d'entrée et fictive s'il est au-delà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal objet n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge du plan principal image (réellement ou fictivement<ref name="fictif sortie"> La rencontre est réelle si le plan principal iamge est situé au-delà de la face de sortie et fictive s'il est en deçà de celle-ci ; ici on emploie le qualificatif « fictif » plutôt que « virtuel » car le plan principal image n'est pas matériel (le qualificatif « virtuel » étant réservé à la partie en prolongement d'un rayon réel en deçà ou au-delà d'une surface matérielle comme une face d'entrée ou de sortie).</ref>) en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math>, le rayon émergeant en direction du foyer principal image <math>\;F_i</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction de l'image <math>\;A_iB_i</math>, par l'oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> de pied <math>\;A_o\;</math> en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En utilisant la méthode de construction qui vient d'être évoquée, justifier la propriété rappelée ci-dessous pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique : * un système optique est convergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ; * un système optique est divergent si un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en étant au-dessus de ce dernier émerge de la face de sortie du système au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - construction avec plans principaux.jpg|thumb|Principe de la construction de l'image, par un oculaire de Plössl, d'un objet linéique transverse utilisant les plans principaux]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les plans principaux ainsi que les foyers principaux ayant été positionnés sur l'oculaire de Plössl représenté ci-contre, on y considère un rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o</math>, dessinant ainsi un objet fictif <math>\;H_oI_o\;</math> dans le plan principal objet, ayant pour conjugué, par l'oculaire de Plössl, l'image fictive <math>\;H_iI_i\;</math> dans le plan principal image, image de même taille que l'objet <math>\;H_oI_o\;</math><ref> En effet l'image de tout objet linéique transverse dans le plan principal objet est dans le plan principal image de grandissement transverse égal à <math>\;+1</math>.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on peut donc affirmer que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o</math> ; de plus le rayon incident étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent doit passer (réellement) par le foyer principal image <math>\;F_i\;</math> et par conséquent sa partie fictive à partir de <math>\;I_i\;</math> devra avoir un prolongement passant par <math>\;F_i\;</math>; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>de même un rayon incident passant (réellement ou virtuellement) par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> et rencontrant (fictivement<ref name="fictif entrée" />) le plan principal objet en <math>\;J_o</math><ref name="non représenté"> Non représenté sur le schéma ci-dessus pour éviter une surcharge qui aurait rendu moins lisible la figure.</ref>, émerge (fictivement<ref name="fictif sortie" />) du plan principal image en <math>\;J_i\;</math><ref name="non représenté" /> situé à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;J_o</math> en étant <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math>, le rayon émergent réellement au-delà de la face de sortie parallèlement à l'axe optique principal (tracé non représenté mais facilement imaginable par retour inverse de la lumière). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Méthode de construction de l'image '''A_iB_i''' d'un objet linéique transverse '''A_oB_o''' de pied '''A_o''' en utilisant les plans principaux objet et image de l'oculaire</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>voir schéma ci-dessus en vert ; on considère deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * l'un <math>\;\parallel\;</math> à l'axe optique principal rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math><ref name="non indiqué"> Non indiqué sur le schéma.</ref> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;I_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iI_i} = \overline{H_oI_o}\;</math> en passant par le foyer principal image <math>\;F_i</math>, * l'autre passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> rencontrant le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math><ref name="non indiqué" /> puis émergeant du plan principal image à partir de <math>\;J_i\;</math><ref name="non indiqué" /> tel que <math>\;\overline{H_iJ_i} = \overline{H_oJ_o}\;</math> parallèlement à l'axe optique principal ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> étant alors à l'intersection des deux rayons émergents définis ci-dessus, le pied <math>\;A_i\;</math> de l'image <math>\;A_iB_i\;</math> est le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur l'axe optique principal<ref> On peut aisément vérifier cette construction en traçant le cheminement de chaque rayon incident à travers chaque lentille :<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent passant par <math>\;F_i\;</math> qui est l'image de <math>\;F_{i,\, 1}\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>le rayon incident passant par <math>\;F_o\;</math> donne, par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, à partir de la face d'entrée, un rayon intermédiaire passant par <math>\;F_{o,\, 2}\;</math> qui est l'image de <math>\;F_o\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis, par <math>\;\mathcal{L}_2</math>, à partir de la face de sortie, un rayon émergent <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> est à l'intersection des deux rayons émergents et <math>\;A_i\;</math> le projeté orthogonal de <math>\;B_i\;</math> sur <math>\;\Delta</math>, on obtient effectivement les mêmes position et taille de l'image.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Justification de la propriété pour déterminer le caractère convergent (ou divergent) d'un système optique</u> : [[File:Système convergent.jpg|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système convergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est convergent si sa distance focale image est positive c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;> 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est négative c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;< 0\;</math><ref name="lien entre focales"> Pour un système tel que l'espace image est de même indice que l'espace objet (ce qui est le cas pour un doublet de lentilles minces) <math>\;f_o = -f_i</math>, il suffit donc de vérifier le bon signe sur l'une des distances focales ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>pour un système tel que l'espace objet est d'indice <math>\;n_o\;</math> et l'espace image d'indice <math>\;n_i \neq n_o\;</math> (comme l'exemple d'un dioptre sphérique) <math>\;f_o = -\dfrac{n_o}{n_i}\;f_i\;</math> voir [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Caractère_focal_d.27un_dioptre_sphérique.2C_définition_des_foyers_principaux_objet_et_image.2C_lien_de_la_vergence_avec_les_distances_focales_objet_et_image|notion de distances focales d'un dioptre sphérique]] en cliquant sur solution.</ref>), le plan principal image doit être en deçà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet au-delà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;H_o\;</math> en deçà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;H_o\;</math> au-delà de <math>\;H_i\;</math> avec face de sortie en deçà ou au-delà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est réel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant et dans le 2{{ème}} il est virtuel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant), [[File:Système divergent.xcf|thumb|Disposition de la face de sortie relativement aux plans principaux et focaux d'un système divergent, émergence d'un rayon incident parallèle à l'axe optique principal]] * un système optique est divergent si sa distance focale image est négative c'est-à-dire si <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est <math>\;< 0\;</math> (et simultanément si sa distance focale objet est positive c'est-à-dire si <math>\;f_o = \overline{H_oF_o}\;</math> est <math>\;> 0\;</math><ref name="lien entre focales" />), le plan principal image doit être au-delà du plan focal image (et simultanément le plan principal objet en deçà du plan focal objet) d'où les quatre dispositions (non exhaustives) ci-contre : <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de gauche <math>\;F_o\;</math> en deçà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math> pour les deux figures de droite <math>\;F_o\;</math> au-delà de <math>\;F_i\;</math> avec face de sortie au-delà ou en deçà de <math>\;F_i\;</math> (dans le 1{{er}} cas le foyer principal image est virtuel, le rayon émerge au-dessus de l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et dans le 2{{ème}} il est réel, le rayon émerge au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant).}} ==== Axes optiques secondaires de l'oculaire et foyers secondaires objet ou image associés à un axe optique secondaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Tout rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal et passant (directement ou par son prolongement) par le point principal objet de l'oculaire de Plössl ainsi que son émergent issu (directement ou par son prolongement) du point principal image constitue un <u>axe optique secondaire</u> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>montrer qu'un axe optique secondaire est constitué de deux demi-droites parallèles issues des points principaux. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En vous basant sur la définition des foyers secondaires associés à un axe optique secondaire d'une lentille mince, introduire cette notion pour un doublet de lentilles et en particulier pour l'oculaire de Plössl puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire une méthode de construction du point image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet de l'axe optique principal, méthode utilisant exclusivement la notion de foyers secondaires objet ou image. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - axes optiques secondaires.jpg|thumb|Propriété "parallélisme des rayons incidents passant par le point principal objet de l'oculaire de Plössl et des rayons émergents correspondants", notion d'axes optiques secondaires]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérons un rayon incident, incliné par rapport à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;e\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et dont le prolongement passe par le point principal objet <math>\;H_o\;</math> de l'oculaire de Plössl et soit <math>\;B_o\;</math> un point objet de ce rayon<ref> Nous choisissons ce point relativement éloigné du plan focal objet de façon à ce que <math>\;(B_oF_o)\;</math> ne soit pas trop incliné par rapport à l'axe optique principal et par suite que son image ne sorte pas de la figure.</ref> ; nous construisons alors l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire en utilisant deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> * un rayon <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> en direction du foyer principal image <math>\;F_i\;</math> (en vert sur le schéma), * un rayon passant par le foyer principal objet <math>\;F_o\;</math> qui rencontre le plan principal objet en un point à la distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> et émerge, du plan principal image d'un point à une même distance <math>\;d'\;</math> de <math>\;\Delta\;</math> parallèlement à <math>\;\Delta\;</math> (en gris sur le schéma) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'image <math>\;B_i\;</math> par l'oculaire est à l'intersection des deux rayons émergents correspondant aux deux rayons incidents issus de <math>\;B_o\;</math> ; le rayon émergent associé au rayon incident <math>\;(B_oH_o)\;</math> est alors <math>\;(H_iB_i)</math>, il sort de l'oculaire en étant incliné relativement à l'axe optique principal (plus précisément faisant l'angle algébrisé <math>\;s\;</math> avec <math>\;\Delta\big)\;</math> et nous allons établir que <math>\;s = e</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>les angles obéissant aux conditions de Gauss sont petits et on en déduit * <math>\;e \simeq \tan(e) = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{\overline{H_oA_o}}\;</math> ou <math>\;e = \dfrac{\overline{A_oB_o}}{p_o}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss"> Comme nous restons dans les conditions de Gauss l'expression obtenue à l'ordre 1 (qui s'écrit <math>\;\simeq\big)\;</math> est la seule envisageable (ce qu'on traduit en écrivant <math>\;=\big)\;</math>.</ref> en accord avec <math>\;e\;</math> et <math>\;p_o\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;\overline{A_oB_o} > 0</math>, * <math>\;s \simeq \tan(s) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{H_iA_i}}\;</math> ou <math>\;s = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{p_i}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> en accord avec <math>\;s\;</math> et <math>\;\overline{A_iB_i}\;</math> tous deux <math>\;< 0\;</math> et <math>\;p_i > 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit <math>\dfrac{s}{e} = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\; \dfrac{p_o}{p_i} = G_t(A_o)\;\dfrac{p_o}{p_i}\;</math> et, avec la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> on obtient <math>\dfrac{s}{e} = 1\;</math> ou <math>\;s = e</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>en conclusion</u>, un <u>axe optique</u> de l'oculaire de Plössl est l'<u>association d'un rayon incident dont le prolongement passe par le point principal objet '''H_o''' et du rayon émergent correspondant dont le prolongement est issu du point principal image '''H_i''' et de direction parallèle au rayon incident</u> ; l'axe optique est dit <u>secondaire</u> s'il est <u>incliné</u> relativement à l'axe de symétrie de l'oculaire de Plössl appelé axe optique principal. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Notion de foyers secondaires objet et image associé à un axe optique secondaire</u> : * l'intersection de la partie émergente <math>\;(\delta)_i\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> avec le plan focal image définit le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math> ; on a la propriété suivante <math>\;B_{o,\, \infty,\, \delta}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"> Où <math>\;(\mathcal{Plo})\;</math> est l'oculaire de Plöss.</ref> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;(\delta)\;</math> et rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)</math>, * l'intersection de la partie incidente <math>\;(\delta')_o\;</math> d'un axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> avec le plan focal objet définit le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')</math> ; on a la propriété suivante <math>\;\varphi_{o,\,\delta'}\;\stackrel{(\mathcal{Plo})}{\longrightarrow}\;B_{i,\, \infty,\, \delta'}\;</math><ref name="oculaire de Plössl"/> c'est-à-dire que <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>tout rayon incident passant par le foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> en rencontrant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émerge de <math>\;I_i\;</math> (conjugué de <math>\;I_o\;</math> situé dans le plan principal image à la même distance de <math>\;\Delta\;</math> que <math>\;I_o\big)\;</math> parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o</math>, axe optique secondaire comprenant la partie incidente <math>\;(\varphi_oH_o)\;</math> et la partie émergente parallèle à la partie incidente issue de <math>\;H_i</math>. [[File:Oculaire de Plössl - construction image par foyers secondaires.jpg|thumb|Utilisation de la notion de foyers secondaires image ou objet d'un oculaire de Plössl pour construire l'image d'un point objet de l'axe optique principal de l'oculaire]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Construction de l'image, par l'oculaire de Plössl, d'un point objet situé sur l'axe optique principal par utilisation exclusive de la notion de foyers secondaires objet ou image</u> : voir ci-contre ; * en noir utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan principal objet en <math>\;I_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;I_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;I_o</math>, en passant par le foyer secondaire image <math>\;\varphi_{i,\,\delta}\;</math> associé à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta)\;</math> dont la partie incidente est la parallèle issue de <math>\;H_o\;</math> au rayon incident (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; * en gris utilisation de la notion de foyer secondaire image : soit un rayon incident issu du point objet <math>\;A_o\;</math> de l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, ce rayon coupant le plan focal objet en un foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> et le plan principal objet en <math>\;J_o\;</math> émergera du plan principal image en <math>\;J_i\;</math> situé à la même distance de <math>\;\Delta</math> que <math>\;J_o</math>, parallèlement à l'axe optique secondaire <math>\;(\delta')\;</math> associé au foyer secondaire objet <math>\;\varphi_o\;</math> dont la partie incidente est <math>\;H_o\varphi_o\;</math> (la partie émergente étant <math>\;\parallel\;</math> à la partie incidente issue de <math>\;H_i\big)</math> ; <div style="text-align: center;"><math>\;A_i\;</math> se détermine par l'intersection d'un des deux rayons émergents avec <math>\;\Delta</math>.</div>}} === Détermination du grossissement de l'oculaire en fonction de sa « puissance optique » pour un objet situé à l'infini === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Préliminaire</u> : la [[w:Puissance optique|puissance optique]] d'un oculaire est le degré auquel l'oculaire fait converger ou diverger la lumière, elle est égale au rapport de l'angle sous lequel l’œil voit l'image en sortie de l'oculaire sur la taille de l'objet<ref> Elle dépend donc de la conjugaison de l'oculaire mais aussi de la position de l’œil.</ref>, elle est exprimée en dioptries <math>\;\big(\delta\big)</math>. ==== Détermination du rayon angulaire que l'oculaire donne de l'image d'un objet situé dans le plan focal objet du doublet de lentilles minces ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Un disque transverse centré sur l'axe optique principal de l'oculaire est placé dans le plan focal objet de ce dernier ; sachant que le rayon du disque est <math>\;\rho\;</math> déterminer le rayon angulaire <math>\;\alpha'\;</math> de son image à l'infini. {{Solution|contenu = [[File:Oculaire de Plössl - objet dans plan focal objet.jpg|thumb|Cheminement de la lumière issue d'un objet placé dans le plan focal objet d'un oculaire de Plössl]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soit <math>\;A_o = F_o\;</math> le centre du disque transverse et <math>\;B_o\;</math> le bord supérieur situé dans le plan de coupe, on a la conjugaison suivante <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\; F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> où <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> est le foyer secondaire objet de la 2{{ème}} lentille par lequel passe le rayon incident <math>\;B_oO_1\;</math> non dévié par la 1{{ère}} lentille, <math>\;(\delta)\;</math> étant l'axe optique secondaire de cette 2{{ème}} lentille associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}</math>, le rayon émergent de la 2{{ème}} lentille parallèlement à <math>\;(\delta)\;</math> et l'image <math>\;B_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;B_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)</math> [l'image <math>\;A_{i,\,\infty}\;</math> de <math>\;A_o\;</math> par l'oculaire de Plössl étant le point à l'infini de l'axe optique principal <math>\;\Delta\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>l'angle non algébrisé sous lequel de <math>\;O_2\;</math> on voit <math>\;A_{i,\,\infty}B_{i,\,\infty}\;</math> étant <math>\;\alpha'\;</math> c'est aussi l'angle d'inclinaison, relativement à l'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de l'axe optique secondaire de la 2{{ème}} lentille <math>\;(\delta)\;</math> associé au foyer secondaire objet de cette même lentille soit <math>\;\alpha' \simeq \tan(\alpha') = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_2F_{o,\, 2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss"> On rappelle que l'on travaille dans les conditions de Gauss c'est-à-dire que <math>\;\alpha' \ll 1\;</math> de même <math>\;\alpha \ll 1</math>.</ref> soit encore <math>\;\alpha' \simeq \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{f_{i,\, 2}}\;</math> expression nécessitant d'évaluer le rayon de l'image intermédiaire <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>or <math>\;F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}\;</math> est vu de <math>\;O_1\;</math> sous le même angle non algébrisé <math>\;\alpha\;</math> que <math>\;A_oB_o\;</math> soit <math>\;\alpha \simeq \tan(\alpha) = \dfrac{|\overline{A_oB_o}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \dfrac{|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}\;</math><ref name="conditions de Gauss" /> ou, avec <math>\;|\overline{A_oB_o}| = \rho\;</math> d'une part, d'autre part <math>\;|\overline{O_1F_o}| = \dfrac{6}{5}\;a\;</math> déterminé à la question sur la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire]] et <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = |\overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\, 2}}|</math> <math>= |a - 3\;a|\;</math> soit <math>\;|\overline{O_1F_{o,\,2}}| = 2\;a</math>, on en déduit <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = |\overline{A_oB_o}|\;\dfrac{|\overline{O_1F_{o,\,2}}|}{|\overline{O_1F_o}|} = \rho\; \dfrac{2\;a}{\dfrac{6}{5}\;a}\;</math> soit finalement <math>\;|\overline{F_{o,\,2}\varphi_{o,\,2}}| = \dfrac{5}{3}\;\rho</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>avec <math>\;f_{i,\,2} = 3\;a</math>, on déduit le rayon angulaire cherché de l'image à l'infini <math>\;\alpha' = \dfrac{\dfrac{5}{3}\;\rho}{3\;a}\;</math><ref name="égalité dans conditions de Gauss" /> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>.</div>}} ==== Calcul de la puissance de l'oculaire ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Évaluer la puissance de l'oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> en fonction de <math>\;a\;</math> puis la calculer en dioptries si <math>\;a = 2\;cm</math>. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>De l'expression du rayon angulaire de l'image à l'infini par l'oculaire de Plössl trouvée précédemment <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a}</math>, on en déduit celle de la puissance de cet oculaire <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{\alpha'}{\rho}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9\; a}\;</math> <br>ou numériquement, avec <math>\;a = 2\;cm</math>, <math>\;\mathcal{P} = \dfrac{5}{9 \times 2\; 10^{-2}}\;</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>et finalement <math>\;\mathcal{P} \simeq 27,78\;\delta</math>.</div>}} ==== Évaluation du grossissement de l'oculaire relativement à l'observation du disque au punctum proximum de l'œil de l'observateur ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'objet observé à l'œil nu, à la distance minimale de vision distincte <math>\;d = 25\;cm</math>, serait vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha_0</math>, observé à travers l'oculaire, il est vu sous le rayon angulaire <math>\;\alpha'</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>évaluer le grossissement de l'oculaire <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0}\;</math> en fonction de la puissance de ce dernier et de la distance minimale de vision distincte puis <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>calculer sa valeur numérique. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'angle non algébrisé <math>\;\alpha_0\;</math> sous lequel un œil normal voit le disque placé à son punctum proximum étant <math>\;\alpha_0 = \dfrac{\rho}{d}\;</math> et l'angle non algébrisé <math>\;\alpha'\;</math> sous lequel l'œil normal n'accommodant pas voit le disque à travers l'oculaire de Plössl étant <math>\;\alpha' = \dfrac{5}{9}\;\dfrac{\rho}{a} = \mathcal{P}\; \rho</math>, on en déduit le grossissement de l'oculaire de Plössl <math>\;G = \dfrac{\alpha'}{\alpha_0} = \dfrac{\mathcal{P}\; \rho}{\dfrac{\rho}{d}}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;G = \mathcal{P}\; d\;</math> <br> ou numériquement <math>\;G = 27,78 \times 0,24\;</math> donnant au final <math>\;G \simeq 6,94</math>.</div>}} == Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince puis d'un doublet de lentilles sphériques minces accolées ou non, formule de Gullstrand == === Vergence et aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique est un cas particulier de « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Retour_sur_les_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB.2C_exemple_des_lentilles_sphériques.2C_cas_particulier_des_précédentes_:_les_lentilles_minces|système dioptrique centré]] » d'axe de révolution jouant le rôle d'axe optique principal <math>\;\Delta</math>, obtenue par la juxtaposition de deux dioptres sphériques ou plan dont l'un au moins est sphérique<ref> Si les deux étaient plans nécessairement tous deux <math>\;\perp\;</math> à <math>\;\Delta</math>, on définirait une lame à faces parallèles.</ref>, de même espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 1{{er}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_e</math>, dit dioptre d'entrée, est de sommet <math>\;S_e</math>, de centre <math>\;C_e</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} = \overline{S_eC_e} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_e\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_e\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_e} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_e\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_e}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique d'indice <math>\;n_o\;</math> (jouant le rôle d'espace objet réel pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle"> Usuellement la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Exemple_de_systèmes_dioptriques_.C2.AB_centrés_.C2.BB_:_les_lentilles_sphériques|lentille sphérique]] est plongée dans l'air, l'espace optique d'entrée du 1{{er}} dioptre est alors d'indice <math>\;n_o \simeq 1</math> et l'espace optique de sortie du 2{{ème}} dioptre d'indice <math>\;n_i \simeq 1</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>nous considérons, dans un premier temps, que la lentille sphérique sépare deux milieux différents de l'air c'est-à-dire <math>\;n_o \neq 1\;</math> et <math>\;n_i \neq 1\;</math> avant de revenir au cas où les deux milieux sont l'air.</ref>) et l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le 2{{ème}} dioptre <math>\;\mathcal{D}_s</math>, dit dioptre de sortie, est de sommet <math>\;S_s</math>, de centre <math>\;C_s</math>, de rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} = \overline{S_sC_s} \neq 0\;</math><ref> Si le dioptre est sphérique, le centre <math>\;C_s\;</math> reste à distance finie de <math>\;S_s\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure algébrisé <math>\;\overline{R_s} \neq \pm\infty\;</math> (c.-à-d. fini positif ou négatif),<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>si le dioptre est plan, le centre <math>\;C_s\;</math> est le point à l'infini de <math>\;\Delta\;</math> et le rayon de courbure <math>\;\vert \overline{R_s}\vert = \infty\;</math> (c.-à-d. infini).</ref>, séparant l'espace optique intermédiaire d'indice <math>\;n\;</math> et l'espace optique d'indice <math>\;n_i\;</math> (jouant le rôle d'espace image réelle pour la lentille sphérique<ref name="lentille non usuelle" />) ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>nous admettrons les relations de conjugaison approchée de Descartes d'un dioptre sphérique établies dans l'exercice intitulé « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_conditions_de_Gauss#Stigmatisme_et_aplanétisme_approchés_d.27un_dioptre_sphérique_sous_conditions_de_Gauss|stigmatisme et aplanétisme approchés d'un dioptre sphérique sous conditions de Gauss]] » du chapitre 13 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » à savoir, en supposant que le dioptre sphérique est de sommet <math>\;S\;</math> séparant un milieu d'indice <math>\;n_o\;</math> à gauche de <math>\;S\;</math> et un milieu d'indice <math>\;n_i\;</math> à droite de <math>\;S</math>, le rayon de courbure algébrisé étant <math>\;\overline{R} = \overline{SC}\;</math> où <math>\;C\;</math> est le centre de courbure : * la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{SA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{SA_o}} = V\;</math> avec <math>\;V\;</math> une constante définissant la vergence du dioptre sphérique selon <div style="text-align: center;"><math>\;V = \dfrac{-(n_o - n_i)}{\overline{R}}\;</math> <math>\big[</math>dans le cas d'un dioptre plan cette relation est encore applicable avec <math>\;V = 0\big]</math> ;</div> * la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{SA_i}}{\overline{SA_o}}\;</math> [encore applicable dans le cas d'un dioptre plan]. ==== Vergence d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Une lentille sphérique étant « [[Signaux_physiques_(PCSI)/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Cas_particulier_de_lentilles_sphériques_:_les_lentilles_minces|mince]] » si « son épaisseur '''e = S_eS_s''' est très petite »<ref> Plus précisément si <math>\;e \ll R_e</math>, si <math>\;e \ll R_s\;</math> et si <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> [comme <math>\;\overline{R_e} - \overline{R_s} = \overline{S_eC_e} - \overline{S_sC_s} = \overline{S_eS_s} + \overline{S_sC_e} - \overline{S_sC_s} =</math> <math>e + \overline{C_sC_e}</math>, <math>\;e \ll |\overline{R_e} - \overline{R_s}|\;</math> est équivalent à <math>\;|\overline{C_sC_e}|\;</math> non petit].</ref> c'est-à-dire si « les sommets des faces d'entrée et de sortie peuvent être confondus » <math>\;S_e \simeq S_s</math>, le point commun définissant le centre optique <math>\;O\;</math> de la lentille sphérique mince, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les 1{{ère}} et 2{{ème}} relations de conjugaison (approchée) de Descartes à partir de celles des dioptres d'entrée et de sortie et déterminer l'expression de la vergence de la lentille sphérique mince séparant l'espace objet réel d'indice <math>\;n_o\;</math> de l'espace image réelle d'indice <math>\;n_i</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>puis retrouver les relations de conjugaison (approchée) de position et de grandissement transverse de Descartes dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air et réécrire l'expression de sa vergence. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Considérant une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant le point objet <math>\;A_o\;</math> et le point image <math>\;A_i\;</math> selon <math>\;A_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de position de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{S_eA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{S_eA_o}} = V_e\;\text{ avec }\;V_e = \dfrac{-(n_o - n)}{\overline{R}_e}\\ \dfrac{n_i}{\overline{S_sA_i}} - \dfrac{n}{\overline{S_sA_1}} = V_s\;\text{ avec }\;V_s = \dfrac{-(n - n_i)}{\overline{R}_s}\end{array}\right\rbrace\;</math> dans lesquelles nous voyons la difficulté pour éliminer l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> dans le cas d'une lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse"> Une lentille sphérique est dite « épaisse » quand elle n'est pas modélisable en lentille sphérique « mince ».</ref>, difficulté engendrée par <math>\;S_e \neq S_s</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, les relations de conjugaison de position de Descartes se réécrivant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n}{\overline{OA_1}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e\\ \dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n}{\overline{OA_1}} = V_s\end{array}\right\rbrace\;</math> permettent une élimination très facile de l'image intermédiaire <math>\;A_1\;</math> en faisant la somme de ces deux équations donnant <math>\;\dfrac{n_i}{\overline{OA_i}} - \dfrac{n_o}{\overline{OA_o}} = V_e + V_s\;</math> dans laquelle <math>\;V_e + V_s\;</math> définit la vergence <math>\;V\;</math> de la lentille sphérique mince soit <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;\dfrac{n_i}{p_i} - \dfrac{n_o}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace\;</math> et <math>\;V = \dfrac{(n_i - n)}{\overline{R}_s} - \dfrac{(n_o - n)}{\overline{R}_e}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>considérant encore une lentille sphérique ''a priori'' non mince conjuguant l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> et l'image correspondante <math>\;A_iB_i\;</math> selon <math>\;A_oB_o\;\stackrel{\mathcal{D}_e}{\longrightarrow}\;A_1B_1\;\stackrel{\mathcal{D}_s}{\longrightarrow}\;A_iB_i\;</math> dans les conditions de stigmatisme et d'aplanétisme de Gauss, on peut écrire les relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes appliquées à chaque dioptre selon les deux équations suivantes <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} G_{t,\,e}(A_o) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\\ G_{t,\,s}(A_1) \stackrel{\text{déf}}{=} \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\end{array}\right\rbrace</math>, le grandissement transverse de l'objet <math>\;A_oB_o\;</math> par la lentille sphérique « épaisse »<ref name="lentille sphérique épaisse" /> se définissant par <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> et pouvant aisément se réécrire <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} \times \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;</math> ou <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,s}(A_1)\; G_{t,\,e}(A_o)</math>, nous en déduisons <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_sA_1}}\; \dfrac{n_o}{n}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_eA_o}}\;</math> soit encore <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{S_sA_i}}{\overline{S_eA_o}}\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}}\;</math> dans laquelle l'élimination définitive de l'image intermédiaire ne semble pas aisée ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>dans le cas d'une lentille sphérique mince, avec <math>\;S_e \simeq S_s \simeq O\;</math> point commun définissant le centre optique de la lentille mince, le dernier facteur de l'expression approchée de Descartes de grandissement transverse de l'objet par la lentille sphérique mince valant <math>\;\dfrac{\overline{S_eA_1}}{\overline{S_sA_1}} = \dfrac{\overline{OA_1}}{\overline{OA_1}} = 1</math>, on en déduit <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{\overline{OA_i}}{\overline{OA_o}}\;</math> soit <div style="text-align: center;">la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{n_o}{n_i}\;\dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Dans le cas où la lentille sphérique mince est plongée dans l'air on a <math>\;n_o = n_i \simeq 1\;</math> d'où : <div style="text-align: center;">la 1{{ère}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>, <br><math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref> Pour que cette relation caractérise une lentille sphérique mince il faut que <math>\;\overline{R_e} \neq \overline{R_s}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en effet si les deux surfaces dioptriques sphériques sont parallèles c'est-à-dire si la distance les séparant parallèlement à l'axe optique principal est une constante quel que soit l'endroit où elle est mesurée, le système dioptrique centré est afocal et n'est donc pas une lentille sphérique mince, il s'agit d'une lame que l'on pourrait appelée « lame à faces sphériques parallèles » (appellation personnelle).</ref> étant sa vergence et <br> la 2{{ème}} relation de conjugaison (approchée) de Descartes d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air s'écrit <br><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} p_o = \overline{OA_o} \\ p_i = \overline{OA_i} \end{array} \right\rbrace</math>.</div>}} ==== Aberrations chromatiques d'une lentille sphérique mince ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La vergence d'une lentille sphérique mince plongée dans l'air dépendant de l'indice <math>\;n\;</math> du milieu constituant la lentille et celui-ci étant ''a priori'' plus ou moins dispersif<ref> Plus précisément l'indice est une fonction décroissante de la longueur d'onde dans le vide <math>\;n_{\text{rouge}} < n_{\text{violet}}\;</math> car <math>\;\lambda_{0,\, \text{rouge}} > \lambda_{0,\, \text{violet}}</math>, sa variation peut être modélisée par la formule empirique de Cauchy <math>\;n = A + \dfrac{B}{\lambda_0^2}\;</math> où <math>\;A\;</math> et <math>\;B\;</math> sont des constantes caractéristiques du milieu, la première sans dimension et la seconde homogène à une surface.<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>'''Augustin Louis Cauchy (1789 - 1857)''', mathématicien français à qui on doit, entre autres, des critères de convergence des suites et des séries entières dans le domaine de l'analyse et dans celui de l'optique des travaux sur la propagation des ondes électromagnétiques.</ref>, on observe, suivant la couleur considérée d'un faisceau incident de lumière blanche, parallèle à l'axe optique principal, que chaque couleur émerge en se focalisant sur l'axe optique principal en des foyers principaux images dont la localisation dépend de la couleur (voir ci-dessous), défauts appelés [[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]] de la lentille sphérique mince et quantifiés de deux façons : [[File:Lens6a-fr.svg|thumb|Principe de l'aberration chromatique : l'indice du milieu constituant la lentille augmente quand la longueur d'onde diminue]] * en « aberration chromatique longitudinale » <math>\;\overline{A_L}\;</math> définie par la distance algébrique qui sépare le foyer principal image bleu <math>\;F_{i,\,F}\;</math> du foyer principal image rouge <math>\;F_{i,\,C}\;</math> <math>\big\{</math>on observe donc un défaut de focalisation ponctuelle sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, le point foyer principal image de couleur blanche n'existant pas mais étant remplacé, sur <math>\;\Delta</math>, par un segment de couleurs étalées <math>\;[F_{i,\,F}F_{i,\,C}]\;</math><ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement longitudinal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> (attention l'étalement se fait aussi transversalement comme nous l'indiquons dans le paragraphe ci-dessous).</ref>, * en « aberration chromatique transversale » <math>\;A_T\;</math> définie comme le rayon de la plus petite tache lumineuse observée dans les plans focaux images de chaque couleur, le faisceau incident, parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince, étant de lumière blanche <math>\big\{</math>il s'agit donc d'un défaut de focalisation ponctuelle dans les plans focaux images du faisceau incident de lumière blanche parallèle à <math>\;\Delta</math>, par exemple dans le plan focal image rouge (respectivement bleu ou autre)<ref> C'est-à-dire centré sur le foyer principal image de couleur rouge (respectivement bleu ou autre).</ref>, la focalisation est ponctuelle pour le rouge (respectivement bleu ou autre) mais remplacée par un disque de plus ou moins grand rayon pour chaque autre couleur<ref> Dans le plan focal rouge (respectivement bleu ou autre), la couleur ayant le plus grand rayon et définissant le rayon de la tache est alors la couleur bleu (respectivement rouge ou ?) comme on l'observe sur la figure ci-jointe.</ref>{{,}}<ref> Attention l'étalement n'est pas uniquement transversal comme nous le voyons sur la figure jointe.</ref><math>\big\}\;</math><ref> Ce défaut s'observe aussi à partir d'un objet ponctuel <math>\;A_o\;</math> fixé sur l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> de la lentille sphérique mince et émettant de la lumière blanche, absence d'image ponctuelle blanche sur <math>\;\Delta\;</math> mais étalement de <math>\;A_i\;</math> sur <math>\;\Delta\;</math> en un segment <math>\;[A_{i,\,F}A_{i,\,C}]\;</math> et simultanément observation de taches lumineuses dans chaque plan transverse centré sur chaque image <math>\;A_{i,\, \text{coul. fixée}}</math> ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>l'aberration transversale est aussi une conséquence du fait que le grandissement transverse dépend implicitement de l'indice du milieu constituant la lentille, en effet la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes s'écrivant <math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;p_i = \dfrac{1}{V + \dfrac{1}{p_o}} = \dfrac{p_o}{V\; p_o + 1}\;</math> on en déduit l'expression du grandissement transverse par 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes <math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o} = \dfrac{1}{V\; p_o + 1}\;</math> qui dépend effectivement de <math>\;n\;</math> par l'intermédiaire de <math>\;V</math>.</ref>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Sachant que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe<ref> '''Ernst Karl Abbe (1840 - 1905)''' physicien et industriel allemand à qui on doit des perfectionnements pour obtenir une meilleure qualité d'image, il est essentiellement connu pour la condition d'aplanétisme des systèmes centrés appelée [[w:Aplanétisme#Expression mathématique de l'aplanétisme|condition des sinus d'Abbe]].</ref>) de ce dernier <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) »<ref name="constringence"> On remarque que plus le milieu est dispersif, plus sa constringence (ou nombre d'Abbe) est faible, un milieu non dispersif ayant une constringence infinie ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>par exemple, on peut classer les verres en deux catégories * les « <u>crown</u> » (à base de silicate de potassium et de calcium) à faible indice et à nombre d'Abbe élevé donc peu dispersif <math>\;\big(n_D \simeq 1,52\;</math> et <math>\;50 \lesssim \nu_D \lesssim 80</math>, exemple de crown utilisé pour les télescopes <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,525\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,550</math>) et * les « <u>flint</u> » (à base de silicate de potassium et de plomb) à haut indice et à nombre d'Abbe faible donc très dispersif <math>\;\big(1,50 \lesssim n_D \lesssim 2,00\;</math> et <math>\;\nu_D \lesssim 50</math>, exemple de flint <math>\;n_{\text{rouge}} = 1,608\;</math> et <math>\;n_{\text{violet}} = 1,660</math>).</ref>, on se propose de déterminer les aberrations chromatiques longitudinale et transversale d'une lentille sphérique mince biconvexe de rayons de courbure non algébrisés d'entrée <math>\;R_e = 20\;cm\;</math> et de sortie <math>\;R_s = 80\;cm</math>, de diamètre d'ouverture<ref> C'est-à-dire le diamètre de la partie utile de la lentille pour être dans les conditions de Gauss de stigmatisme et d'aplanétisme.</ref> <math>\;D = 6\; cm\;</math> et d'indice suivant la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math>. ===== Détermination de la constringence du milieu et de la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des données précédemment introduites déterminer, pour la lentille sphérique mince biconvexe, algébriquement et numériquement # la constringence du milieu la constituant et commenter le choix de ce milieu pour limiter les aberrations chromatiques de la lentille, # la vergence moyenne<ref name="définition moyenne"> C'est-à-dire correspondant à la couleur jaune « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) ».</ref> ainsi que la distance focale image moyenne<ref name="définition moyenne"/> de la lentille. {{Solution|contenu = # <u>Constringence du milieu constituant la lentille sphérique mince</u> : compte-tenu de la définition <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}</math>, il convient d'évaluer l'indice pour les trois couleurs de référence par utilisation de la relation de Cauchy <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} a = 1,657\\ b = 8,3\; 10^{-3}\; \mu m^2\end{array}\right\rbrace</math> : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <math>\;n_D = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_D = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,5893)^2}\;</math> ou <math>\;n_D \simeq 1,68090\;</math> puis <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_F = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,F}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,4861)^2}\;</math> ou <math>\;n_F \simeq 1,69213\;</math> et enfin <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène), <math>\;n_C = a + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,C}^2}\;</math> soit numériquement <math>\;n_F = 1,657 + \dfrac{8,3\;10^{-3}}{(0,6563)^2}\;</math> ou <math>\;n_C \simeq 1,67627</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit littéralement la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> donnant numériquement <math>\;\nu_D \simeq \dfrac{1,68090 - 1}{1,69213 - 1,67627} \simeq 42,93\;</math> soit <math>\;\nu_D \simeq 43</math> ; la valeur de la constringence étant <math>\;\lesssim 50</math>, il s'agit d'un « flint » qualifié de « très dispersif » et donc mal adapté à la limitation des aberrations chromatiques ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> # <u>Vergence et distance focale image moyennes de la lentille sphérique mince biconvexe</u> : le rayon de courbure algébrisé d'entrée est positif car le dioptre sphérique d'entrée qualifié de convexe avant insertion dans un montage reste, une fois inséré, convexe<ref name="définition concavité d'un dioptre"> En fait les faces d'entrée et de sortie ne sont définies qu'à partir du moment où la lentille sphérique est insérée dans un montage, ceci définissant le sens de propagation de la lumière ; avant insertion le caractère convexe (ou concave) d'un dioptre est défini « de l'air vers le milieu constituant la lentille », « convexe » si le centre de courbure est du côté du milieu et « concave » s'il est du côté de l'air d'où un dioptre qualifié de « convexe » avant insertion de la lentille dans un montage définit une « face convexe » s'il est à l'« entrée » de la lentille et une « face concave » s'il est à sa « sortie ».</ref>, <math>\;C_e\;</math> étant à droite de <math>\;S_e \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_e} = R_e = 20\;cm\;</math> et le rayon de courbure algébrisé de sortie est négatif car, le dioptre sphérique de sortie qualifié de convexe avant insertion dans un montage est, une fois inséré, concave<ref name="définition concavité d'un dioptre" />, <math>\;C_s\;</math> étant à gauche de <math>\;S_s \simeq O</math>, d'où <math>\;\overline{R_s} = -R_s = -80\;cm</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on en déduit la vergence moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe par <math>\;V_D = (n_D - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;V_D = \left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;V_D = (1,68090 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,2556</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> <br>soit <math>\;V_D \simeq 4,256\;\delta</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la distance focale image moyenne de la lentille sphérique mince biconvexe s'obtient par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D}\;</math> ou encore <div style="text-align: center;">par <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{\left( a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2} \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)}\;</math> <br>donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} \simeq \dfrac{1}{4,2556} \simeq 0,23498\;</math> en <math>\;m\;</math> <br>soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 235,0\;mm</math>.</div>}} ===== Détermination de l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer, algébriquement, en fonction de la constringence et de la distance focale image moyenne<ref> On considérera que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,C} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{|f_{i,\,F} - f_{i,\,D}|}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> sont <math>\;\ll 1\;</math> c'est-à-dire des infiniment petits de même ordre 1 et on établira le [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|développement limité à l'ordre 1]] de ce qu'on cherche.</ref>, puis numériquement, l'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe. {{Solution|contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique longitudinale de la lentille sphérique mince biconvexe étant définie selon <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}}\;</math> s'évalue à partir des distances focales images bleu <math>\;f_{i,\,F}\;</math> et rouge <math>\;f_{i,\,C}\;</math> par <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,C} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 + \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} = f_{i,\,D} + \left( f_{i,\,F} - f_{i,\, D} \right) = f_{i,\, D} \left( 1 - \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}} \right) \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, soit encore <math>\;\overline{A_L} \simeq f_{i,\,D}\;(\varepsilon_C + \varepsilon_F)</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il reste à expliciter <math>\;\varepsilon_C + \varepsilon_F\;</math> en fonction, entre autres, de la constringence <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> du milieu constituant la lentille, constringence que l'on peut réécrire <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{(n_F - 1) - (n_C - 1)}\;</math> ou, en multipliant haut et bas par <math>\;\left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right)\;</math> dans le but de faire apparaître les vergences des différentes couleurs au numérateur et dénominateur, <math>\;\nu_D = \dfrac{V_D}{V_F - V_C}\;</math> puis, avec la définition de la vergence en fonction de la distance focale image, on obtient <math>\;\nu_D = \dfrac{\dfrac{1}{f_{i,\,D}}}{\dfrac{1}{f_{i,\,F}} - \dfrac{1}{f_{i,\,C}}} = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}}\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 - \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,C}}{f_{i,\,D}} \simeq 1 + \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math> dont on déduit <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{1}{1 - \varepsilon_F} \simeq 1 + \varepsilon_F\\ \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}} \simeq \dfrac{1}{1 + \varepsilon_C} \simeq 1 - \varepsilon_C\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> On a utilisé le développement limité à l'ordre 1 de <math>\;(1 + \varepsilon )^n \simeq 1 + n\; \varepsilon,\;\text{si}\;n \in \mathbb{Q}\;</math> appliqué dans le cas <math>\;n = -1\;</math> voir [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_de_quelques_fonctions_usuelles|les DL à l'ordre 1 de quelques fonctions usuelles]].</ref> et par suite <math>\;\nu_D = \dfrac{1}{\dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,F}} - \dfrac{f_{i,\,D}}{f_{i,\,C}}} \simeq \dfrac{1}{(1 + \varepsilon_F) - (1 - \varepsilon_C)} = \dfrac{1}{\varepsilon_F + \varepsilon_C}\;</math> soit <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{\nu_D}\;</math><ref> Soit numériquement <math>\;\varepsilon_F + \varepsilon_C \simeq \dfrac{1}{43} \simeq 2\;10^{-2}\;</math> établissant que <math>\;\varepsilon_F\;</math> et <math>\;\varepsilon_C\;</math> étant chacun strictement inférieur à <math>\;2\;10^{-2}\;</math> peuvent être raisonnablement considérés comme des infiniment petits d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>le report dans l'expression précédemment trouvée de l'aberration chromatique longitudinale nous conduit à <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> ou, <br>numériquement <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{235,0}{42,93} \simeq 5,4740\;</math> en <math>\;mm\;</math> <br>soit finalement <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Remarque</u> : vérifions s'il est réellement licite de considérer <math>\;\dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_C\;</math> et <math>\;\dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} = \varepsilon_F\;</math> comme des infiniment petits de même ordre de grandeur en évaluant chaque distance focale image : * couleur rouge de vergence <math>\;V_C = (n_C - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,67627 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,22669</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,226\;\delta\;</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,22669} \simeq 0,236592\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 236,6\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 236,6 - 235,0\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,C} - f_{i,\,D} \simeq 1,6\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\,D}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{1,6}{235,0} \simeq 0,68\,\%\;</math><ref> Donc pouvant être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près.</ref>, * couleur bleu de vergence <math>\;V_F = (n_F - 1) \left( \dfrac{1}{\overline{R_e}} - \dfrac{1}{\overline{R_s}} \right) \simeq (1,69213 - 1) \left( \dfrac{1}{0,200} - \dfrac{1}{-0,800} \right) \simeq 4,32581</math> en <math>\;m^{-1}\;</math> soit <math>\;V_C \simeq 4,326\;\delta</math> et de distance focale image <math>\;f_{i,\,C} = \dfrac{1}{V_C} \simeq \dfrac{1}{4,32581} \simeq 0,2311706\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} \simeq 231,1\;mm\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 235,0 - 231,1\;</math> en <math>\;mm\;</math> soit <math>\;f_{i,\,D} - f_{i,\,F} \simeq 3,9\;mm\;</math> et par suite <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}} \simeq \dfrac{3,9}{235,0} \simeq 1,66\,\%\;</math><ref> N'étant pas rigoureusement un infiniment petit d'ordre 1 si on travaille à <math>\;1\,\%\;</math> près, mais étant néanmoins petit de même ordre de grandeur car <math>\;\dfrac{\varepsilon_F}{\varepsilon_C} \simeq</math> <math>\dfrac{1,66}{0,68} \simeq 2,5\;</math> d'où l'hypothèse simplificatrice de les supposer tous deux comme des infiniment petits de même ordre 1.</ref> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>Remarque :</span> bien que <math>\;\varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\,F}}{f_{i,\,D}}\;</math> étant <math>\;\nless 1\,\%\;</math> et qu'il n'était pas rigoureusement licite de le considérer comme un infiniment petit d'ordre 1 en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse peut être négligée, en effet on obtient la même valeur d'aberration chromatique longitudinale en la calculant directement à partir des valeurs de distances focales images rouge et bleu <math>\;\overline{A_L} = f_{i,\,C} - f_{i,\,F} \simeq 236,6 - 231,1 \simeq</math> <math>5,5\;mm</math>.}} ===== Détermination de l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe précédemment définie ===== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>À partir des mêmes données précédemment introduites déterminer algébriquement l'aberration chromatique transversale de la lentille sphérique mince biconvexe, * d'abord en fonction de l'aberration chromatique longitudinale, des distances focales des couleurs extrêmes et du diamètre d'ouverture * puis en fonction de la constringence et du diamètre d'ouverture<ref> Pour cette expression nous supposerons <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D} \ll 1\;</math> c'est-à-dire que <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> peut être considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, même si ce n'est pas tout à fait exact en travaillant à <math>\;1\,\%\;</math> près, l'erreur commise en faisant cette hypothèse pouvant être négligée.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et terminer en faisant l'application numérique ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comparer les deux aberrations chromatiques et commenter. {{Solution|contenu = [[File:Aberration chromatique transversale.jpg|thumb|Construction pour définir l'aberration chromatique transversale d'une lentille sphérique mince de diamètre d'ouverture D]] <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>L'aberration chromatique transversale étant définie par <math>\;A_T = HB' = HB''\;</math><ref name="définition des points"> Voir la définition des points sur la figure ci-contre.</ref>, on détermine <math>\;HB'\;</math> et <math>\;HB''\;</math> en utilisant l'homothétie des triangles <math>\;OBF_{i,\,C}\;</math><ref name="définition des points" /> et <math>\;HB'F_{i,\,C}\;</math> d'une part et celle des triangles <math>\;OBF_{i,\,F}\;</math> et <math>\;HB''F_{i,\,F}\;</math> d'autre part, soit, avec le rayon d'ouverture de la lentille <math>\;OB = \dfrac{D}{2}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{HF_{i,\,C}}}{HB'} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,C}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{HF_{i,\,C}} = 2\;f_{i,\,C}\;\dfrac{A_T}{D}</math>, * <math>\;\dfrac{\overline{F_{i,\,F}H}}{HB''} = \dfrac{\overline{OF_{i,\,F}}}{\dfrac{D}{2}}\;</math> dont on déduit <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} = 2\;f_{i,\,F}\;\dfrac{A_T}{D}</math> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>et enfin, en faisant la somme des deux expressions <math>\;\overline{HF_{i,\,C}}\;</math> et <math>\;\overline{F_{i,\,F}H}\;</math> pour obtenir <math>\;\overline{F_{i,\,F}H} + \overline{HF_{i,\,C}} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{A_L}\;</math> on en déduit finalement <math>\;\overline{A_L} =</math> <math>2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})\;\dfrac{A_T}{D}\;</math> d'où une 1{{ère}} expression de l'aberration chromatique transversale <div style="text-align: center;"><math>\;A_T = \overline{A_L}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On sait, d'après la question précédente, que <math>\;\overline{A_L} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;</math> d'où, par report dans l'expression précédente de <math>\;A_T</math>, on obtient <math>\;A_T \simeq</math> <math>\dfrac{f_{i,\,D}}{\nu_D}\;\dfrac{D}{2\;(f_{i,\,C} + f_{i,\,F})}\;</math> ou encore <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel le facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> étant de l'ordre de <math>\;10^{-2}\;</math> est un infiniment petit d'ordre 1, ceci montrant que <math>\;A_T\;</math> est un infiniment petit d'ordre au moins 1<ref> C'est un infiniment petit d'ordre 1 si le 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> est non petit mais si ce dernier était un infiniment petit d'ordre 1 (ou même 2) l'aberration chromatique transversale serait un infiniment petit d'ordre 2 (ou même 3) donc d'ordre au moins un sans autre information.</ref> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>comme cela est vu dans le paragraphe « [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Cas d'un produit de deux fonctions dont l'une est un infiniment petit|D.L. à l'ordre ''n'' d'un produit de deux fonctions dont l'un des facteurs est un infiniment petit d'ordre ''p'' < ''n'']] » du chapitre 14 de la leçon « Outils mathématiques pour la physique (PCSI) », pour obtenir le D.L. à l'ordre 1 du produit <math>\;A_T \simeq \dfrac{1}{2\;\nu_D}\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> sachant que le 1{{er}} facteur <math>\;\dfrac{1}{2\;\nu_D}\;</math> est considéré comme un infiniment petit d'ordre 1, il suffit de prendre le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}}\;</math> dans lequel <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 + \varepsilon_C \right)\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D} \left( 1 - \varepsilon_F \right)\end{array} \right\rbrace\;</math> où <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}\varepsilon_C = \dfrac{f_{i,\,C} - f_{i,\, D}}{f_{i,\,D}}\\ \varepsilon_F = \dfrac{f_{i,\,D} - f_{i,\, F}}{f_{i,\,D}}\end{array}\right\rbrace\;</math> sont des infiniment petits de même ordre 1, d'où les D.L. à l'ordre zéro des distances focales images rouge et bleu <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} f_{i,\,C} \simeq f_{i,\, D}\\f_{i,\,F} \simeq f_{i,\, D}\end{array} \right\rbrace\;</math> et par suite le D.L. à l'ordre zéro du 2{{ème}} facteur de l'aberration chromatique transversale <math>\;\dfrac{f_{i,\,D}\;D}{f_{i,\,C} + f_{i,\,F}} \simeq \dfrac{f_{i,\,D}\;D}{2\; f_{i,\,D}}</math> <math>= \dfrac{D}{2}\;</math> ; finalement la 2{{ème}} expression cherchée de <div style="text-align: center;">l'aberration chromatique transversale est <math>\;A_T \simeq \dfrac{D}{4\;\nu_D}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Numériquement on obtient <math>\;A_T \simeq \dfrac{6}{4 \times 42,93} \simeq 3,494\,10^{-2}\;</math> en <math>\;cm\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;A_T \simeq 0,35\;mm</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>si on compare l'aberration chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} \simeq 5,5\;mm\;</math> à l'aberration chromatique transversale <math>\;A_T \simeq 0,35\;mm\;</math> qui est approximativement quinze fois plus petite, on en conclut que l'aberration chromatique de la lentille pour un point objet situé sur l'axe optique principal<ref> En fait nous ne l'avons établi que pour le point objet à l'infini de l'axe optique principal.</ref> est essentiellement longitudinale.}} === Doublet de lentilles sphériques minces accolées, condition d'équivalence à une lentille mince et vergence de cette dernière, achromat mince === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les deux lentilles sphériques minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> d'un doublet sont dites « accolées » quand leurs centres optiques <math>\;O_1\;</math> et <math>\;O_2\;</math> sont confondus, leur position commune étant notée <math>\;O</math> ; notant <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> les vergences respectives de lentilles <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2</math>, on se propose de déterminer * à quel système dioptrique le doublet de lentilles minces <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> accolées est équivalent puis, * dans le cas où il serait équivalent à une lentille mince, dans quelle mesure il est possible de construire un achromat mince<ref> C'est-à-dire un système dioptrique équivalent à une lentille mince achromatique.</ref> de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée mais d'indice judicieusement choisi. ==== Applicabilité des relations de conjugaison de position et de grandissement transverse au doublet de lentilles minces accolées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles minces accolées puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir les relations de conjugaison de position et de grandissement transverse de Descartes du doublet en choisissant <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objets et des points images correspondant. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Soient <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> deux lentilles sphériques minces de même axe optique principal <math>\;\Delta</math>, de centre optique commun <math>\;O_1 \simeq O_2\;</math> noté <math>\;O</math>, de vergences respectives <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2</math>, on vérifie aisément que le point <math>\;O\;</math> est un point double du doublet de lentilles accolées, c'est-à-dire <math>\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;O\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;O\;</math> car <math>\;O \simeq O_1\;</math> est un point double de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;O \simeq O_2\;</math> un point double de <math>\;\mathcal{L}_2</math> d'où le choix de <math>\;O\;</math> comme origine du repérage de Descartes des points objet et image du doublet de lentille minces accolées permet un traitement simplifié des relations de conjugaison par le doublet : <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_o\;</math> un point objet de <math>\;\Delta</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1 \in \Delta\;</math> le point conjugué par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_i \in \Delta\;</math> le point image par le doublet de lentilles minces accolées, d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_1} - \dfrac{1}{p_o} = V_1\\ \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_1} = V_2\end{array}\right\rbrace\;</math> et éliminons aisément l'abscisse de l'image intermédiaire en faisant la somme de ces deux relations soit <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2\;</math> définissant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>soient <math>\;A_oB_o\;</math> un objet linéique transverse de pied <math>\;A_o\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_o = \overline{OA_o}</math>, <math>\;A_1B_1\;</math> l'image conjuguée par <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de pied <math>\;A_1\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_1 = \overline{OA_1}\;</math> et <math>\;A_iB_i\;</math> l'image par le doublet de lentilles minces accolées, de pied <math>\;A_i\;</math> d'abscisse de Descartes <math>\;p_i = \overline{OA_i}\;</math> c'est-à-dire <math>\;A_oB_o\; \stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_1B_1\; \stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_iB_i</math>, nous pouvons appliquer successivement la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes à la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> puis à la lentille <math>\;\mathcal{L}_2</math>, nous obtenons <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}G_{t,\,1}(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_1}{p_o}\\ G_{t,\,2}(A_1)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}} = \dfrac{p_i}{p_1} \end{array}\right\rbrace</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>définissant le grandissement transverse de l'objet linéique transverse <math>\;A_oB_o\;</math> par le doublet selon <math>\;G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}}\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_1B_1}}{\overline{A_oB_o}}\;\dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_1B_1}}\;</math> soit finalement <math>\;G_t(A_o) =</math> <math>G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1)</math>, nous éliminons aisément l'abscisse du pied de l'image intermédiaire en faisant le produit de ces deux relations de conjugaison de grandissement transverse de Descartes soit <math>\;G_t(A_o) = G_{t,\,1}(A_o)\;G_{t,\,2}(A_1) = \dfrac{p_1}{p_o}\;\dfrac{p_1}{p_o}\;</math> ou <div style="text-align: center;"><math>\;G_t(A_o) = \dfrac{p_i}{p_o}\;</math> définissant la 2{{ème}} relation de conjugaison de Descartes du doublet de lentilles minces accolées.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles sont opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que tous les points objets <math>\;A_o\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des celles-ci sont opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>préciser le système dioptrique équivalent au doublet de lentilles minces accolées. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = 0\; \Leftrightarrow\; p_i = p_o \\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \overline{OA_i} = \overline{OA_o}\\ \overline{A_iB_i} = \overline{A_oB_o}\end{array}\right\rbrace</math>, la 1{{ère}} relation établissant que tous les points <math>\;A_o \in \Delta\;</math> sont des points doubles du doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées<ref> Contrairement au point <math>\;O\;</math> pour lequel la conjugaison par le doublet est rigoureuse (en effet il y a conjugaison rigoureuse du centre optique <math>\;O_1 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et du centre optique <math>\;O_2 \simeq O\;</math> par <math>\;\mathcal{L}_2\big)</math>, celle de tous les autres points nécessitant d'obéir aux conditions de stigmatisme approché de Gauss, la conjugaison est approché.</ref> et la 2{{ème}} que l'image <math>\;A_iB_i\;</math> se superpose point par point à l'objet <math>\;A_oB_o\;</math><ref> L'aplanétisme de chaque lentille nécessitant que les conditions d'aplanétisme approchée de Gauss de chaque lentille soient réalisées pour l'objet linéique transverse, il doit en être de même pour qu'il y ait superposition point par point de l'objet et de son image par le doublet.</ref> ; <div style="text-align: center;">en conclusion, le doublet de lentilles minces accolées de vergences opposées est équivalent à une <u>lame d'air à faces parallèles</u><ref> En effet on a établi dans la solution à la question sur le [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_réflexion,_réfraction,_lois_de_Descartes#Stigmatisme_approché_de_la_lame_et_distance_séparant_le_point_image_du_point_objet_associé|stigmatisme approché d'une lame à faces parallèles]] de l'exercice intitulé « Déplacement latéral d'un rayon à la traversée d'une lame à faces parallèles ; stigmatisme approché de la lame et distance séparant le point image du point objet associé » de la série d'exercices du chapitre 11 de la leçon « Signaux physiques (PCSI) » que la longueur algébrique joignant l'objet <math>\;A_o\;</math> à son image <math>\;A_i\;</math> par la lame à faces parallèles constituée d'un milieu d'indice <math>\;n\;</math> et d'épaisseur <math>\;e\;</math> plongé dans l'air est <math>\;\overline{A_oA_i} = e \left( 1 - \dfrac{1}{n} \right)\;</math> donnant <math>\;\overline{A_oA_i} \simeq 0\;\forall\; e\;</math> pour une lame d'air à faces parallèles.</ref>.</div>}} ==== Équivalence du doublet de lentilles minces accolées dans le cas où les vergences des deux lentilles ne sont pas opposées ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Vérifier que le doublet de lentilles minces accolées est équivalent à une lentille mince dont le centre optique est le point <math>\;O\;</math> dans le cas où les vergences des lentilles ne sont pas opposées et <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>établir la vergence de la lentille mince équivalente en fonction des vergences des lentilles individuelles. {{Solution| contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Les relations de conjugaison de Descartes d'un doublet de lentilles minces accolées de vergences non opposées étant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{1}{p_i} - \dfrac{1}{p_o} = V_1 + V_2 \neq 0\\ G_t(A_o)\;\stackrel{\text{déf}}{\; =\;}\; \dfrac{\overline{A_iB_i}}{\overline{A_oB_o}} = \dfrac{p_i}{p_o}\end{array}\right\rbrace\;</math> établissent <div style="text-align: center;">l'équivalence du doublet à une <u>lentille mince de même axe optique principal '''Δ''', de centre optique '''O'''</u> et <br>dont la vergence est la somme des vergences des lentilles individuelles soit <br><math>\;V = V_1 + V_2</math>.</div>}} ==== Construction d'un achromat mince de vergence fixée en accolant deux lentilles minces de vergence adaptée utilisant des milieux d'indice judicieusement choisi ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On se propose de réaliser un objectif achromatique mince<ref> Encore appelé « achromat mince ».</ref>, de vergence <math>\;V = 4,25\;\delta</math>, en accolant deux lentilles : * l'une plan convexe, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,1}\;</math> et <math>\;R_{s,\,1} = \infty\;</math> en verre « crown »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 1} = 52\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,1}</math> <math>= 1,516\;</math> pour la radiation jaune, * l'autre plan concave, de rayons de courbure non algébrisés <math>\;R_{e,\,2} = \infty\;</math><ref> De façon à ce que les faces en contact aient le même rayon de courbure infini.</ref> et <math>\;R_{s,\,2}\;</math> en verre « flint »<ref name="constringence" /> de constringence <math>\;\nu_{D,\, 2} = 43\;</math> et d'indice <math>\;n_{D,\,2} = 1,681\;</math> pour la radiation jaune ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span> en utilisant la vergence d'une lentille mince en fonction des rayons de courbures algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que de l'indice du milieu constituant la lentille <math>\;V = (1 - n) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés"> Avec <math>\;\overline{R_e} = \overline{OC_e}\;</math> et <math>\;\overline{R_s} = \overline{OC_s}\;</math> les rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de la lentille mince.</ref> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>en utilisant </span>la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices"> On rappelle la signification des indices relatifs aux trois couleurs de référence : <br><math>\;\succ\;</math> couleur jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} = 0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium), <br><math>\;\succ\;</math> couleur bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène), <br><math>\;\succ\;</math> couleur rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} = 0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène).</ref>, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b"> Voir la solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_constringence_du_milieu_et_de_la_vergence_moyenne_de_la_lentille_sphérique_mince_biconvexe_précédemment_définie|constringence du milieu ...]] où on a établi <math>\;\nu_D = \dfrac{a - 1 + \dfrac{b}{\lambda_{0,\,D}^2}}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} = \dfrac{n_D - 1}{b \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où l'expression de <math>\;b</math>.</ref>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer une 1{{ère}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles minces accolées en fonction des vergences <math>\;V_1\;</math> et <math>\;V_2\;</math> de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>dont l'expression pour la radiation jaune définit la relation <math>\;(\mathfrak{1})\big]</math>, puis une 2{{ème}} expression en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie ainsi que des indices des milieux présents et enfin, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\succ</math> déterminer la condition pour que le doublet de lentilles accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref> La 2{{ème}} expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref>, on explicitera cette condition en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle <math>\;\big[</math>relation <math>\;(\mathfrak{2})\big]</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>résoudre littéralement et numériquement le système d'équations linéaires <math>\;\left\lbrace (\mathfrak{1})\, ;\, (\mathfrak{2}) \right\rbrace\;</math> aux deux inconnues <math>\;[ V_1(\lambda_{0,\,D})\, ;\, V_2(\lambda_{0,\,D})]\;</math> puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en déduire littéralement et numériquement : * les distances focales images de chaque lentille pour la radiation jaune, * les rayons de courbure non algébrisés d'entrée de la lentille plan convexe et de sortie de la lentille plan concave. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>D'après la solution de la question précédente, les vergences des lentilles composant le doublet de lentilles minces accolées sont liées à celle du doublet par <math>\;V_i + V_2 = V</math>, l'expression écrite pour la radiation jaune définissant la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{1})\quad V_1(\lambda_{0,\,D}) + V_2(\lambda_{0,\,D}) = V</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la vergence du doublet s'explicitant en fonction des rayons de courbure algébrisés des faces d'entrée et de sortie de chaque lentille individuelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; \overline{R_{e,\,1}} = R_{e,\, 1}\; \text{ et }\; R_{s,\,1} = \infty\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; R_{e,\,2} = \infty\; \text{ et }\; \overline{R_{s,\,2}} = R_{s,\,2}\end{array}\right\rbrace\;</math><ref> L'algébrisation d'un rayon de courbure infini n'ayant aucune signification dans la mesure où un point à l'infini sur l'axe optique principal peut être interprété comme réel ou virtuel.</ref> ainsi que des indices des milieux composant chaque lentille <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \text{pour }\mathcal{L}_1\;\; n_1 = a_1 + \dfrac{b_1}{\lambda_0^2}\\ \text{pour }\mathcal{L}_2\;\; n_2 = a_2 + \dfrac{b_2}{\lambda_0^2}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit <math>\; \left( 1 - n_1 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,1}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,1}}} \right) + \left( 1 - n_2 \right) \left( \dfrac{1}{\overline{R_{s,\,2}}} - \dfrac{1}{\overline{R_{e,\,2}}} \right) = V\;</math> ou <math>\;\dfrac{n_1 - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_2 - 1}{R_{s,\,2}}</math> <math>= V</math>, d'où l'expression écrite pour la radiation jaune <div style="text-align: center;"><math>\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour que le doublet de lentilles minces accolées soit achromatique s'écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> avec <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_0) =</math> <math>\dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} - \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0)\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}}\;</math> et <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{dn_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_1}{\lambda_0^3}\\ \dfrac{dn_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -2\;\dfrac{b_2}{\lambda_0^3}\end{array}\right\rbrace\;</math> soit encore <math>\;-2\;\dfrac{b_1}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{b_2}{\lambda_{0,\,D}^3}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> dans laquelle <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} b_1 = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ b_2 = \dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;-2\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{e,\,1}} + 2\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;\dfrac{1}{R_{s,\,2}} = 0\;</math> ou, après simplification évidente, <math>\;\dfrac{1}{\nu_{D,\,1}}\;\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}</math> <math>= \dfrac{1}{\nu_{D,\,2}}\;\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}}\;</math> soit, en reconnaissant <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}} = V_1(\lambda_{0,\,D})\\ -\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{R_{s,\,2}} = V_2(\lambda_{0,\,D})\end{array}\right\rbrace</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet selon la relation <div style="text-align: center;"><math>\;(\mathfrak{2})\quad \dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} = -\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Résolution du système d'équations linéaires</u> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{r} V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& V\quad (\mathfrak{1})\\ \nu_{D,\,2}\; V_1(\lambda_{0,\,D}) &+& \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) &=& 0\quad (\mathfrak{2}')\end{array}\right\rbrace</math> : on détermine * <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;\nu_{D,\,1}\;(\mathfrak{1}) - (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{52 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq 24,56\;\delta\;</math> et * <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> par C.L. <math>\;-\nu_{D,\,2}\;(\mathfrak{1}) + (\mathfrak{2}')\;</math> donnant la solution <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V}{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}\;</math> soit numériquement <math>\;V_2(\lambda_{0,\,D}) = -\dfrac{43 \times 4,25}{52 - 43}</math> <math>\simeq -20,31\;\delta</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune</u> : * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;f_{i,\,1,\,D} = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\, D})} = \dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq \dfrac{1}{24,56} \simeq 0,04072\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,1,\,D} \simeq 40,7\;mm\;</math> et * pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;f_{i,\,2,\,D} = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\, D})} = -\dfrac{\nu_{D,\,1} - \nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,2}\;V}\;</math> donnant numériquement <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq \dfrac{1}{-20,31} \simeq -0,04924\;</math> en <math>\;m\;</math> ou <math>\;f_{i,\,2,\,D} \simeq -49,2\;mm</math>. <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Rayon de courbure non algébrisé de la face d'entrée (ou de sortie) de chaque lentille</u> : * pour la lentille plan convexe <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> on a <math>\;V_1(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{R_{e,\,1}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{e,\,1} = \dfrac{n_{D,\,1} - 1}{V_1(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{e,\,1} \simeq \dfrac{1,516 - 1}{24,56}</math> <math>\simeq 0,0211\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{e,\,1} \simeq 21,1\;mm\;</math> et * pour la lentille plan concave <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> on a <math>\;V_2(\lambda_{0,\, D}) = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{R_{s,\,2}}\;</math> dont on déduit <math>\;R_{s,\,2} = \dfrac{1 - n_{D,\,2}}{V_2(\lambda_{0,\, D})}\;</math> donnant numériquement <math>\;R_{s,\,2} \simeq \dfrac{1 - 1,681}{-20,31}</math> <math>\simeq 0,0335\;</math> en <math>\;m\;</math> soit <math>\;R_{s,\,2} \simeq 33,5\;mm</math>.}} === Doublet de lentilles sphériques minces non accolées, formule de Gullstrand et condition d'achromatisme du doublet === <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>On considère un doublet de lentilles minces non accolées constitué * d'une première lentille mince convergente <math>\;\mathcal{L}_1</math>, de centre optique <math>\;O_1</math>, d'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_1 > 0\;</math> puis * d'une deuxième lentille mince divergente ou convergente <math>\;\mathcal{L}_2</math>, de centre optique <math>\;O_2</math>, de même axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et de vergence <math>\;V_2 > \;\text{ou}\;< 0</math>, séparée de la précédente de la distance <math>\;e = O_1O_2</math> ; <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>on se propose dans un premier temps de déterminer les caractéristiques du doublet en fonction des vergences de chaque lentille ainsi que de la distance les séparant, c'est-à-dire de préciser à quelle condition le doublet est focal et, dans cette hypothèse, de positionner les foyers principaux objet et image de ce doublet, puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un deuxième temps de déterminer la valeur absolue de la distance focale image du doublet en supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet puis, en admettant <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles simultanément convergentes ou simultanément divergentes si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition n'est pas réalisable.</ref> <math>\;\big(</math>resp. <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math><ref> Pour des lentilles simultanément divergentes cette condition est toujours réalisée, autrement dit un doublet de lentilles minces divergentes non accolées est nécessairement divergent.</ref><math>\big)\;</math> ou <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><math>\;\succ\;</math>le caractère convergent <math>\;\big(</math>resp. divergent<math>\big)\;</math> du doublet de lentilles de natures différentes si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;</math> <math>\big(</math>resp. <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\big)</math>, <br><span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose dans un deuxième temps </span>pour en déduire la formule de Gullstrand<ref> '''Allvar Gullstrand (1862 - 1930)''' ophtalmologue suédois, prix Nobel de physiologie ou médecine en <math>\;1911\;</math> pour son travail sur les dioptries de l'œil.</ref> précisant la vergence du doublet, et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small>on se propose </span>dans un troisième temps de déterminer l'écartement <math>\;e\;</math> pour que le doublet soit achromatique<ref> C'est-à-dire soit un doublet de lentilles minces accolées ou non (ici les lentilles sont non accolées) dépourvu d'[[w:Aberration chromatique#Cause de l'aberration chromatique|aberrations chromatiques]].</ref> dans chaque hypothèse suivante * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion"> On rappelle que le caractère plus ou moins dispersif d'un milieu se quantifie par la constringence (ou le nombre d'Abbe) de ce dernier <math>\;\nu_D = \dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math> dans laquelle les indices <math>\;_C</math>, <math>\;_D\;</math> et <math>\;_F\;</math> représentent respectivement les couleurs « rouge <math>\;\lambda_{0,\, C} =</math> <math>0,6563\; \mu m\;</math> (raie <math>\;C\;</math> de l'hydrogène) », « jaune <math>\;\lambda_{0,\, D} =</math> <math>0,5893\; \mu m\;</math> (raie <math>\;D\;</math> du sodium) » et « bleu <math>\;\lambda_{0,\, F} = 0,4861\; \mu m\;</math> (raie <math>\;F\;</math> de l'hydrogène) ».</ref>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. ==== Condition pour que le doublet de lentilles minces non accolées soit focal et détermination des positions des foyers principaux objet et image ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Préciser à quelle condition liant les distances focales images des deux lentilles à la distance les séparant, le doublet est-il focal puis <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>positionner algébriquement les foyers principaux objet <math>\;F_o\;</math> et image <math>\;F_i\;</math> du doublet. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Nature_focale_de_l.27oculaire_et_position_des_foyers_principaux_objet_et_image|nature focale de l'oculaire de Plössl et position de ses foyers principaux]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition pour qu'un doublet de lentilles minces soit « <u>afocal</u> » étant que le point à l'infini de l'axe optique principal soit un point double, nécessite que l'image intermédiaire recherchée (notée <math>\;?\big)\;</math> obéisse à <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;?\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math> avec <math>\;\left\lbrace \begin{array}{l} A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1} = ?\\ ? = F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\end{array}\right\rbrace\;</math> c'est-à-dire que <math>\;F_{i,\,1} = F_{o,\,2}\;</math> <math>\Leftrightarrow</math> <math>\;e = \overline{O_1O_2} = \overline{O_1F_{i,\,1}} + \cancel{\overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}}} + \overline{F_{o,\,2}O_2}\;</math><ref> La distance séparant les deux lentilles étant non algébrisée est encore la distance algébrisée dans la mesure où celle-ci est positive.</ref> soit finalement <div style="text-align: center;"> le doublet de lentilles minces non accolées est <u>afocal</u> ssi <math>\;e = f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> En effet <math>\;\overline{F_{o,\,2}O_2} = -\overline{O_2F_{o,\,2}} = -f_{o,\,2} = f_{i,\,2}</math>.</ref>. <br> A contrario <u>le doublet de lentilles minces non accolées est focal</u> ssi <math>\;e \neq f_{i,\,1} + f_{i,\,2}\;</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal image du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal image peut être écrite selon <math>\;A_{o,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i\;</math> c'est-à-dire que le foyer principal image du doublet focal <math>\;F_i\;</math> est l'image par <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> du foyer principal image <math>\;F_{i,\,1}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> ou <math>\;F_{i,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_i</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_i\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> avec <math>\;\sigma_{o,\,2} = \overline{F_{o,\,2}F_{i,\,1}} =</math> <math>\overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1F_{o,\,2}} = \overline{O_1F_{i,\,1}} - \overline{O_1O_2} - \overline{O_2F_{o,\,2}} = f_{i,\, 1} - e + f_{i,\,2}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{o,\,2} = f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e\;</math> et <math>\;\sigma_{i,\, 2} = \overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{\sigma_{o,\, 2}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{i,\, 2} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{i,\,2}F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 2{{ème}} lentille <math>\;\overline{O_2F_i} = \overline{O_2F_{i,\,2}} + \overline{F_{i,\,2}F_i} = f_{i,\,2} + \dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; [e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2}) + f_{i,\,2}]}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span><u>Détermination du foyer principal objet du doublet focal de lentilles minces non accolées</u> : <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>la définition du foyer principal objet peut être écrite selon <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;A_{i,\,\infty}\;</math><ref> On procède en partant de l'image par le doublet focal de lentilles non accolées et en cherchant l'antécédent par la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> …</ref> c'est-à-dire que le foyer principal objet du doublet focal <math>\;F_o\;</math> est l'antécédent par <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> du foyer principal objet <math>\;F_{o,\,2}\;</math> de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> ou <math>\;F_o\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;F_{o,\,2}</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>pour déterminer la position de <math>\;F_o\;</math> il suffit d'utiliser la relation de conjugaison de position de Newton<ref name="choix de Newton" /> de la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> avec <math>\;\sigma_{i,\,1} = \overline{F_{i,\,1}F_{o,\,2}} =</math> <math> \overline{O_1F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = \overline{O_1O_2} + \overline{O_2F_{o,\,2}} - \overline{O_1F_{i,\,1}} = e - f_{i,\, 2} - f_{i,\,1}\;</math><ref name="distances focales" /> soit <math>\; \sigma_{i,\,1} = e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})\;</math> et <math>\;\sigma_{o,\, 1} = \overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{\sigma_{i,\, 1}}\;</math> se réécrit <math>\;\sigma_{o,\, 1} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> soit <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{F_{o,\,1}F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> ou,</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>............</small></span>en repérage de Descartes relativement à la 1{{ère}} lentille <math>\;\overline{O_1F_o} = \overline{O_1F_{o,\,1}} + \overline{F_{o,\,1}F_o} = -f_{i,\,1} + \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> donnant, après réduction au même dénominateur, <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; [ -(f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e) + f_{i\,1}]}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> soit finalement <div style="text-align: center;"><math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math>.</div>}} ==== Établissement de la formule de Gullstrand déterminant la vergence du doublet de lentilles minces non accolées dans le cas où il est focal ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>En supposant l'applicabilité des relations de conjugaison approchée de position et de grandissement transverse de Newton au doublet, déterminer, en choisissant un couple de points conjugués par le doublet, la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de ce dernier puis la valeur absolue de sa vergence <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|}\;</math> et enfin <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>en admettant le caractère convergent [respectivement divergent] du doublet si <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right\rbrace\;</math> <math>\Bigg[</math>respectivement <math>\;e \left\lbrace \begin{array}{c}> f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\< f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\;f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array}\right.\Bigg]</math>, établir la formule de Gullstrand précisant la vergence du doublet <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> en fonction de <math>\;e</math>, <math>\;f_{i,\,1}\;</math> et <math>\;f_{i,\, 2}</math>. {{Solution | contenu = <div style="text-align: center;">Voir aussi solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_de_la_distance_focale_.28image.29_de_l.27oculaire|détermination de la distance focale (image) de l'oculaire de Plössl]].</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Pour déterminer la valeur absolue de la distance focale image <math>\;|f_i|\;</math> de du doublet focal en utilisant la 1{{ère}} relation de conjugaison de Newton <math>\;\sigma_i\;\sigma_o =</math> <math>-f_i^2\;</math> avec <math>\;\sigma_o = \overline{F_oA_o}\;</math> et <math>\;\sigma_i = \overline{F_iA_i}</math>, relation applicable à tout couple de points conjugués par le doublet focal, il faut choisir des points conjugués particuliers et les plus faciles à obtenir sont ceux dont l'image intermédiaire est à l'infini sur l'axe optique principal soit <div style="text-align: center;"><math>\;F_{o,\,1}\;\stackrel{\mathcal{L}_1}{\longrightarrow}\;A_{i,\,1,\,\infty} = A_{o,\,2,\,\infty}\;\stackrel{\mathcal{L}_2}{\longrightarrow}\;F_{i,\,2}\;</math> établissant que le couple <math>\;(F_{o,\,1}\,,\,F_{i,\,2})\;</math> est conjugué par le doublet focal ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour ce couple on a <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1}) = \overline{F_oF_{o,\,1}} = -\overline{F_{o,\,1}F_o} = -\dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et <math>\;\sigma_i(F_{i,\,2}) = \overline{F_iF_{i,\,2}} = -\overline{F_{i,\,2}F_i} = -\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> d'où <math>\;\sigma_o(F_{o,\,1})\; \sigma_i(F_{i,\,2}) = \dfrac{f_{i,\, 1}^2}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;\dfrac{f_{i,\, 2}^2}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> se réécrivant <math>\;- \left[ \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \right]^2 = -f_i^2\;</math> soit <math>\;|f_i| = \Bigg\vert \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e} \Bigg\vert\;</math> ou, en inversant, l'expression de la valeur absolue de la vergence du doublet focal <div style="text-align: center;"> <math>\;|V| = \dfrac{1}{|f_i|} = \Bigg\vert \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}} \Bigg\vert</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>pour satisfaire à la condition de convergence (ou de divergence) du doublet focal à savoir * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)"> Rappelant la condition de convergence (ou divergence) donnée à la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Caractère_convergent_de_l.27oculaire_déterminé_par_construction|caractère convergent de l'oculaire de Plössl]] de l'exercice précédent sur l'oculaire de Plössl, à savoir : <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>en considérant un rayon incident parallèle à l'axe optique principal <math>\;\Delta\;</math> et traçant le cheminement de ce rayon à travers le doublet, * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, le doublet est convergent et * si ce rayon incident en étant au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> émerge de la face de sortie du doublet au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant ou au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, le doublet est divergent ; <br><div style="text-align: center;">ci-dessous la démonstration de l'équivalence des conditions de convergence (ou divergence) rappelées ci-dessus <br>avec celles proposées dans cette question, les justifications, pour être bien comprises, nécessitant d'ajouter des schémas ;</div> <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant convergente, si <math>\;e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant et, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, correspondant effectivement à un doublet divergent ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> étant toujours convergente, si <math>\;e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}</math>, cela signifie que <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;F_{o,\,2}\;</math> c'est-à-dire que le rayon incident <math>\;\parallel\;</math> à <math>\;\Delta\;</math> émergeant de <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en passant par <math>\;F_{i,\,1}\;</math> coupe le plan focal objet de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> en <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> entraînant * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est convergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} > 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> croissant dans le sens de propagation, et par suite, comme <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est nécessairement en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet divergent, * dans la mesure où <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> est divergente (et donc <math>\;f_{i,\,1}\;f_{i,\, 2} < 0\big)</math>, un axe optique secondaire <math>\;\delta\;</math> associé à <math>\;\varphi_{o,\,2}\;</math> décroissant dans le sens de propagation, et par suite, si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est en deçà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessous de <math>\;\Delta\;</math> en s'en éloignant, et si <math>\;F_{i,\,1}\;</math> est au-delà de <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> une émergence de cette dernière au-dessus de <math>\;\Delta\;</math> en s'en rapprochant, correspondant effectivement à un doublet convergent.</ref> le doublet est convergent c'est-à-dire <math>\;V > 0\;</math> ou <math>\;f_i > 0\;</math> et * si <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c}e > f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} > 0\\ e < f_{i,\,1} + f_{i,\, 2}\;\text{ avec }\; f_{i,\,1}\;f_{i,\,2} < 0\end{array} \right\rbrace\;</math><ref name="doublet de lentilles minces convergent (divergent)" /> le doublet est divergent c'est-à-dire <math>\;V < 0\;</math> ou <math>\;f_i < 0</math>, <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>il est nécessaire d'avoir l'expression de distance focale (image) suivante <math>\;f_i = \dfrac{f_{i,\, 1}\; f_{i,\,2}}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}\;</math> et celle de vergence <div style="text-align: center;"> <math>\;V = \dfrac{1}{f_i} = \dfrac{1}{f_{i,\,1}} + \dfrac{1}{f_{i,\,2}} - \dfrac{e}{f_{i,\,1}\;f_{i,\,2}}\;</math> connue sous le nom de « formule de Gullstrand ».</div>}} ==== Condition sur la distance séparant les deux lentilles du doublet focal de lentilles minces non accolées pour que ce dernier soit achromatique ==== <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Admettant la disparition des aberrations chromatiques du doublet de lentilles minces non accolées si sa vergence <math>\;V = \dfrac{1}{f_i}\;</math> est indépendant de la longueur d'onde dans le vide de la lumière le traversant<ref> Voir la définition des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Définition_du_repérage_de_Descartes_des_points_objet_et_image_de_l.27oculaire|distances focales objet et image]] d'un doublet de lentilles minces non accolées et celle des [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Détermination_des_points_principaux_objet_Ho_et_image_Hi_de_l.27oculaire|points principaux]] dans l'exercice sur l'oculaire de Plössl ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on constate que la distance focale image d'un doublet de lentilles minces non accolées <math>\;f_i = \overline{H_iF_i}\;</math> est définie en utilisant deux points images dépendant ''a priori'' de la longueur d'onde dans le vide et que l'indépendance de <math>\;f_i\;</math> relativement à cette dernière n'assure pas l'indépendance de chaque point image <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> car <math>\;f_i\;</math> se réécrivant <math>\;f_i = \overline{O_2F_i} - \overline{O_2H_i}</math>, l'indépendance signifie que <math>\;F_i\;</math> et <math>\;H_i\;</math> varient de la même façon ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>admettre que l'indépendance de la vergence par rapport à la longueur d'onde assure l'achromatisme du doublet c'est sous-entendre que, sous cette condition, les points principaux en sont indépendants et par suite les foyers principaux aussi (nous ne soulèverons pas ce point par la suite).</ref>, avec la vergence d'une lentille mince d'indice <math>\;n(\lambda_0)\;</math> s'écrivant <math>\;[1 - n(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_s} - \dfrac{1}{\overline{R}_e} \right)\;</math><ref name="définition des rayons de courbure algébrisés" /> (voir solution de la question intitulée [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Vergence_d.27une_lentille_sphérique_mince|vergence d'une lentille mince]]), déterminer la condition pour que le doublet de lentilles non accolées soit achromatique en écrivant que la dérivée de sa vergence par rapport à la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> est nulle pour <math>\;\lambda_0 = \lambda_{0,\,D}\;</math><ref name="condition d'achromatisme"> L'expression de la vergence <math>\;V\;</math> du doublet de lentilles non accolées dépendant implicitement de la longueur d'onde dans le vide <math>\;\lambda_0\;</math> par l'intermédiaire des indices des milieux constituant chaque lentille on fait un [[Outils_mathématiques_pour_la_physique_(PCSI)/Théorème_de_Taylor-Young_et_développements_limités_d'une_fonction_d'une_variable#Développements_limités_à_l.27ordre_1_d.27une_fonction_d.27une_variable|D.L. à l'ordre 1]] de son expression au voisinage de <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> et on trouve <math>\;V(\lambda_0) \simeq</math> <math>V(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\, (\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math> ; <br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>la nullité de <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;</math> entraîne alors que la vergence reste constante à l'ordre 1 en <math>\;(\lambda_0 - \lambda_{0,\,D})</math>.</ref> <math>\;\Bigg[</math>on rappelle la relation de Cauchy gérant la variation de l'indice d'un milieu <math>\;n = a + \dfrac{b}{\lambda_0^2}\;</math> avec <math>\;a\;</math> et <math>\;b\;</math> constantes caractéristiques du milieu et la définition de la constringence d'un milieu <math>\;\nu_D =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{n_F - n_C}\;</math><ref name="signification des indices" />, laquelle, associée à la formule de Cauchy, permet de déterminer la valeur de la constante <math>\;b\;</math> de la relation de Cauchy, en fonction de la constringence <math>\;\nu_D</math>, de l'indice <math>\;n_D\;</math> pour la radiation jaune et des longueurs d'onde de référence, <math>\;b =</math> <math>\dfrac{n_D - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /><math>\Bigg]\;</math> (on explicitera cette condition d'abord en fonction de la vergence pour la radiation jaune et de la constringence de chaque lentille individuelle, puis en fonction des distances focales images pour la radiation jaune et de la constringence des mêmes lentilles). <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>Étudier chaque cas proposé : * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math>, * <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = 12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" />. {{Solution | contenu = <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>La condition d'achromatisme du doublet focal de vergence <math>\;V(\lambda_0) = V_1(\lambda_0) + V_2(\lambda_0) - e\;V_1(\lambda_0)\;V_2(\lambda_0)\;</math> s'obtenant en écrivant <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})</math> <math>= 0\;</math><ref> Où <math>\;\lambda_{0,\,D}\;</math> est la longueur d'onde dans le vide de la radiation jaune.</ref>{{,}}<ref name="condition d'achromatisme" />, on explicite <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) - e \left[ \dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) \right]\;</math> avec * <math>\;V_1(\lambda_0) = [1 - n_1(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_1}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_1}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_1 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,1} - 1}{\nu_{D,\,1} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,1} - 1)}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,1}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,1}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>,</div> * <math>\;V_2(\lambda_0) = [1 - n_2(\lambda_0)] \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0}) = -\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> où <math>\;\dfrac{d n_2}{d \lambda_0}(\lambda_0) = -\dfrac{2\;b_2}{\lambda_0^3}\;</math> dans laquelle <math>\;b_2 =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,2} - 1}{\nu_{D,\,2} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math><ref name="expression de b" /> d'où <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{2\;(n_{D,\,2} - 1)}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,2}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,2}} \right)\;</math> donnant finalement <div style="text-align: center;"> <math>\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{-2\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}\; \lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition <math>\;\dfrac{dV}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) = 0\;</math> nous conduisant à <math>\;e = \dfrac{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D}) + \dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}{\dfrac{dV_1}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_0) + V_1(\lambda_0)\;\dfrac{dV_2}{d \lambda_0}(\lambda_{0,\,D})}\;</math><ref> Dans la mesure où le dénominateur n'est pas nul.</ref>, on y reporte les expressions précédentes, ce qui donne, après simplification par <math>\;\dfrac{-2}{\lambda_{0,\,D}^3 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, la condition d'achromatisme <math>\;e = \dfrac{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}} + \dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}{\dfrac{V_1(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1}}\;V_2(\lambda_{0,\,D}) + V_1(\lambda_{0,\,D})\;\dfrac{V_2(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,2}}}\;</math> laquelle peut être réécrite, en multipliant haut et bas par <math>\;\nu_{D,\,1}\;\nu_{D,\,2}\;</math> selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})}</math> ;</div> <span style="color:#ffffff;"><small>......</small></span>la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées peut s'écrire encore, en divisant haut et bas par <math>\;V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\;</math> selon <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} + \dfrac{\nu_{D,\,1}}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}\;\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> ou, en introduisant la distance focale image de chaque lentille pour la radiation jaune à savoir <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) =</math> <math>\dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})}\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})}</math>, la réécriture de la condition d'achromatisme du doublet focal de lentilles minces non accolées selon <div style="text-align: center;"><math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,1}\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,2}\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D})}{\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2}}</math>.</div> # <u>1{{er}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> en verre « crown » de constringence <math>\;\nu_{D,\,1} = 56\;</math><ref name="quantification de la dispersion" />{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> divergente en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_{D,\,2} = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> et de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} = -12,5\;\delta</math> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e =</math> <math>\dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} = \dfrac{40 \times 6,25 + 56 \times (-12,5)}{6,25 \times (-12,5) \times (56 + 40)} =</math> <math>0,06\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{6,25} =</math> <math>0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{-12,5} = -0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(8,\, 3,\, -4)\;</math><ref name="notation d'un doublet"> On rappelle la façon de nommer un doublet de deux lentilles minces non accolées par un triplet de nombres entiers non nuls <math>\;(m,\, n,\, p)\;</math> avec <math>\;(m\;,\;p) \in \mathbb{Z}^2\;</math> et <math>\;n\; \in \mathbb{N}\;</math> de signification, après choix d'une unité commune <math>\;a</math>, est <math>\;f_{i,\,1} = m\;a</math>, <math>\;e = \overline{O_1O_2} = n\;a\;</math> et <math>\;f_{i,\,2} = p\;a</math>.</ref>{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 2\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 6\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = -8\;cm</math>.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 - 12,5 - 0,06 \times 6,25 \times (-12,5) \simeq -1,5625\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq -64,0\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet divergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur selon, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k = \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k} \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on déduit <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> avec <math>\;n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> et dont on tire <math>\;a_k - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> d'où <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_{D,\,k}\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math> : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,012642\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,012642 \times 6,25 \simeq 6,3290\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,800\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,1} - 1}{n_{D,\,1} - 1} = 1 - \dfrac{1}{56 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{56 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,994785\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,994785 \times 6,25 \simeq 6,2174\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,084\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{F,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times (-12,5) \simeq -12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq</math> <math>-7,8609\;cm\;</math> et * <math>\;\dfrac{n_{C,\,2} - 1}{n_{D,\,2} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times (-12,5) \simeq -12,4087\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2\,,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,2}} \simeq</math> <math>-8,0589\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3290 + (-12,7212) - 0,06 \times 6,3290 \times (-12,7212) \simeq -1,5615\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2174 + (-12,4087) - 0,06 \times 6,2174 \times (-12,4087) \simeq -1,5623\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq -1,56\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{-8 \times (6 - 16)}{6 - [16 + (-8)]} \simeq -40\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{-7,8609 \times (6 - 15,800)}{6 - [15,800 + (-7,8609)]} \simeq -39,73\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{-8,0589 \times (6 - 16,084)}{6 - [16,084 + (-8,0589)]} \simeq -40,13\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq -40,13 - (-39,73)\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq -4\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq -640\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq -4\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref> ;</div> # <u>2{{ème}} exemple</u> <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,1} = 6,25\;\delta\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> convergente aussi de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_{D,\,2} =</math> <math>12,5\;\delta</math>, toutes deux en verre « flint » de constringence <math>\;\nu_D = 40\;</math><ref name="quantification de la dispersion"/>{{,}}<ref name="constringence" /> : la distance d'achromatisme séparant les deux lentilles minces étant <math>\;e = \dfrac{\nu_{D,\,2}\;V_1(\lambda_{0,\,D}) + \nu_{D,\,1}\;V_2(\lambda_{0,\,D})}{V_1(\lambda_{0,\,D})\;V_2(\lambda_{0,\,D})\; (\nu_{D,\,1} + \nu_{D,\,2})} =</math> <math>\dfrac{40 \times 6,25 + 40 \times 12,5}{6,25 \times 12,5 \times (40 + 40)} = 0,12\;m\;</math> avec les distances focales images des deux lentilles composantes pour la radiation jaune <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_1(\lambda_{0,\,D})} =</math> <math>\dfrac{1}{6,25} = 0,16\;m\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = \dfrac{1}{V_2(\lambda_{0,\,D})} = \dfrac{1}{12,5} = 0,08\;m</math>, <div style="text-align: center;">le doublet achromatique de lentilles minces est du type <math>\;(4,\, 3,\, 2)\;</math><ref name="notation d'un doublet" />{{,}}<ref> Dans cet exemple l'unité commune est <math>\;a = 4\;cm\;</math> donnant effectivement <math>\;f_{i,\,1}(\lambda_{0,\,D}) = 16\;cm</math>, <math>\;e = 12\;cm\;</math> et <math>\;f_{i,\,2}(\lambda_{0,\,D}) = 8\;cm</math>.</ref> connu sous le nom d'oculaire d'Huygens<ref> '''Christian Huygens (1629 – 1695)''' [ou '''Huyghens'''] mathématicien, astronome et physicien néerlandais est essentiellement connu pour sa théorie ondulatoire de la lumière.</ref>{{,}}<ref> Le doublet est alors de vergence pour la radiation jaune <math>\;V_D = V_{D,\,1} + V_{D,\,2} - e\;V_{D,\,1}\;V_{D,\,2}\;</math> donnant numériquement <math>\;V_D =</math> <math>6,25 + 12,5 - 0,12 \times 6,25 \times 12,5 \simeq 9,375\;\delta\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,D} = \dfrac{1}{V_D} \simeq 10,67\;cm\;</math> c'est-à-dire un doublet convergent ;<br><span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>on peut vérifier que la vergence pour les deux autres couleurs de référence est sensiblement la même et pour cela il faut déterminer la vergence des lentilles individuelles pour chaque couleur sachant que les deux lentilles sont de même constringence <math>\;\nu_D\;</math> soit, pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_k</math>, <math>\;V_{F,\,k} = (1 - n_{F,\,k}) \left( \dfrac{1}{\overline{R}_{s,\,k}} - \dfrac{1}{\overline{R}_{e,\,k}} \right) =</math> <math>\dfrac{1 - n_{F,\,k}}{1 - n_{D,\,k}}\;V_{D,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}\;</math> avec <math>\;n_k = a_k + \dfrac{b_k}{\lambda_0^2}\;</math> dans laquelle <math>\;b_k =</math> <math>\dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;\left\lbrace \begin{array}{c} n_{F,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\\ n_{D,\,k} - 1 = a_k - 1 + \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\end{array}\right\rbrace\;</math> ou encore, en éliminant <math>\;a_k - 1</math>, <math>\;n_{F,\,k} - 1 =</math> <math>n_{D,\,k} - 1 - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{n_{D,\,k} - 1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> dont on tire pour évaluer <math>\;V_{F,\,k} = \dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} =</math> <math>1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,F}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}\;</math> ainsi que, pour évaluer <math>\;V_{C,\,k} = \dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;V_{D,\,k}</math>, <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,D}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)} + \dfrac{1}{\nu_D\; \lambda_{0,\,C}^2 \left( \dfrac{1}{\lambda_{0,\,F}^2} - \dfrac{1}{\lambda_{0,\,C}^2} \right)}</math>, les deux rapports <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> et <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1}\;</math> étant indépendants de la lentille puisque <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> sont de même constringence : * <math>\;\dfrac{n_{F,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,4861)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>1,017699\;</math> dont on tire <math>\;V_{F,\,1} \simeq 1,017699 \times 6,25 \simeq 6,3606\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,1}} \simeq 15,7218\;cm</math>, et <math>\;V_{F,\,2} \simeq 1,017699 \times 12,5 \simeq 12,7212\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur bleu <math>\;_F\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,F} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 7,8609\;cm</math>, * <math>\;\dfrac{n_{C,\,k} - 1}{n_{D,\,k} - 1} = 1 - \dfrac{1}{40 \times (0,5893)^2 \times \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} + \dfrac{1}{40 \times (0,6563)^2 \left[ \dfrac{1}{(0,4861)^2} - \dfrac{1}{(0,6563)^2} \right]} \simeq</math> <math>0,992699\;</math> dont on tire <math>\;V_{C,\,1} \simeq 0,992699 \times 6,25 \simeq 6,2044\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_1\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,1,\,C} = \dfrac{1}{V_{C,\,1}} \simeq 16,1177\;cm</math>, et <math>\;V_{C,\,2} \simeq 0,992699 \times 12,5 \simeq 12,4088\;\delta\;</math> pour la lentille <math>\;\mathcal{L}_2\;</math> et la couleur rouge <math>\;_C\;</math> <math>\Rightarrow</math> <math>\;f_{i,\,2,\,C} = \dfrac{1}{V_{F,\,2}} \simeq 8,0588\;cm</math> ; * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation bleu <math>\;V_F = V_{F,\,1} + V_{F,\,2} - e\;V_{F,\,1}\;V_{F,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_F \simeq</math> <math>6,3606 + 12,7212 - 0,12 \times 6,3606 \times 12,7212 \simeq 9,3721\;\delta\!\!</math>, * on en déduit la vergence du doublet pour la radiation rouge <math>\;V_C = V_{C,\,1} + V_{C,\,2} - e\;V_{C,\,1}\;V_{C,\,2}\;</math> soit numériquement <math>\;V_C \simeq</math> <math>6,2044 + 12,4087 - 0,12 \times 6,2044 \times 12,4087 \simeq 9,3745\;\delta\!\!</math>. <div style="text-align: center;">En conclusion la vergence du doublet reste approximativement constante évaluée à <math>\;V \simeq 9,36\;\delta</math>.</div> <span style="color:#ffffff;"><small>...</small></span>Le caractère achromatique du doublet devant assurer que ses foyers principaux objet et image <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> ne dépendent pas de la couleur (ce qui n'est pas une conséquence de la constance de la vergence c'est-à-dire encore de la constance de la distance focale image car cette dernière est définie relativement au point principal image du doublet, lequel dépend ''a priori'' de la couleur), la position de <math>\;F_o\;</math> et <math>\;F_i\;</math> d'un doublet ayant été déterminée précédemment lors de la recherche de la [[Signaux_physiques_(PCSI)/Exercices/Optique_géométrique_:_lentilles_minces#Condition_pour_que_le_doublet_de_lentilles_minces_non_accolées_soit_focal_et_détermination_des_positions_des_foyers_principaux_objet_et_image|condition pour que le doublet soit focal]] et ayant donné <math>\;\overline{O_2F_i} = \dfrac{f_{i,\, 2}\; (e - f_{i,\,1})}{e - (f_{i,\,1} + f_{i,\,2})}\;</math> et <math>\;\overline{O_1F_o} = \dfrac{f_{i,\, 1}\; (e - f_{i,\,2})}{f_{i,\,1} + f_{i,\,2} - e}</math> ; vérifions la propriété de constance sur le foyer principal image <math>\;F_i</math> : * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,D}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,D}\; (e - f_{i,\,1,\,D})}{e - (f_{i,\,1,\,D} + f_{i,\,2,\,D})} = \dfrac{8 \times (12 - 16)}{12 - [16 + 8]} \simeq 2,667\;cm</math>, * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,F}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,F}\; (e - f_{i,\,1,\,F})}{e - (f_{i,\,1,\,F} + f_{i,\,2,\,F})} = \dfrac{7,8609 \times (12 - 15,7218)}{12 - [15,7218 + 7,8609]} \simeq 2,526\;cm\;</math> et * <math>\;\overline{O_2F_{i,\,C}} = \dfrac{f_{i,\, 2,\,C}\; (e - f_{i,\,1,\,C})}{e - (f_{i,\,1,\,C} + f_{i,\,2,\,C})} = \dfrac{8,0588 \times (12 - 16,1177)}{12 - [16,1177 + 8,0588]} \simeq 2,725\;cm</math>, * soit une aberration chromatique longitudinale du doublet <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} = \overline{O_2F_{i,\,C}} - \overline{O_2F_{i,\,F}} \simeq 2,725 - 2,526\;</math> en <math>\;cm\;</math> ou <math>\;\overline{A_L} \simeq 2\;mm\;</math> certes non nulle mais de valeur absolue faible par rapport à celle de la distance focale image <math>\;f_{i,\,D} \simeq 107\;mm</math> ; <div style="text-align: center;">en conclusion la constance de la vergence relativement aux couleurs de référence et le maintien d'une légère aberration <br>chromatique longitudinale <math>\;\overline{A_L} = \overline{F_{i,\,F}F_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> entraîne un léger déplacement du point principal image avec les<br>couleurs de référence de même valeur que <math>\;\overline{A_L}\;</math> soit <math>\;\overline{H_{i,\,F}H_{i,\,C}} \simeq 2\;mm\;</math> (on observerait de même un léger déplacement <br>du foyer principal objet ainsi que du point principal objet pour assurer la constance de la distance focale objet).</div></ref>.</div>}} == Notes et références == <references /> {{Bas de page | idfaculté = physique | précédent = [[../Optique géométrique : conditions de Gauss/]] | suivant = [[../Optique géométrique : l'œil/]] }} mjrrpa1p2r5r40ivp7wxsgedyknoc62 104 75131 881477 881369 2022-08-20T05:50:41Z Mekkiwik 5298 /* bacilli synthèse */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 3 | niveau = | précédent = [[../alpha/]] | suivant = [[../clostridia/]] }} __TOC__ *Annexe en préparation Tanger le 21.10.19 ==Bacillus subtilis== ===bsu opérons=== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Baci_subt_subtilis_168/baciSubt2-tRNAs.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL009126], génome [http://bacteria.ensembl.org/Bacillus_subtilis_subsp_subtilis_str_168/Location/View?db=core;g=BSU_rRNA_23;r=Chromosome:160893-162445;t=BSU_rRNA_23-1] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu|bsu]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B1. Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 |-style="border-bottom:2px solid black;" !43.6%GC!!7.3.19 Paris!!&emsp; 86&emsp;!!doubles!!intercal |- |||9810..11364||bgcolor="#ff6600"|16s||@2||99 |- |||11464..11540||atc||||11 |- |||11552..11627||gca||||81 |- |||11709..14636||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||14692..14810||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |- |&emsp;|||||||| |- ||| 22292..22384||tca|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||30279..31832||bgcolor="#ff6600"|16s||||99 |- |||31932..32008||atc||||11 |- |||32020..32095||gca||||81 |- |||32177..35103||bgcolor="#ff6600"|23s||||133 |- |||35237..35355||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||70181..70257||atg||||9 |- |||70267..70338||gaa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||90536..92089||bgcolor="#ff6600"|16s||@1||164 |- |||92254..95181||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||95237..95354||bgcolor="#ff6600"|5s||||20 |- |||95375..95450||gta||||4 |- |||95455..95530||aca||||36 |- |||95567..95642||aaa||||6 |- |||95649..95731||cta||||40 |- |||95772..95846||ggc||||14 |- |||95861..95946||tta||||9 |- |||95956..96032||cgt||||27 |- |||96060..96136||cca||||9 |- |||96146..96221||gca||||170 |- |||96392..97945||bgcolor="#ff6600"|16s||||164 |- |||98110..101037||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||101093..101211||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||160893..162445||bgcolor="#ff6600"|16s||||164 |- |||162610..165535||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||165591..165707||bgcolor="#ff6600"|5s||||46 |- |||165754..165825||aac||||4 |- |||165830..165902||acc||||56 |- |||165959..166033||ggc||||30 |- |||166064..166140||cgt||||27 |- |||166168..166244||cca||||8 |- |||166253..166328||gca||||171 |- |||166500..168053||bgcolor="#ff6600"|16s||||164 |- |||168218..171141||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||171197..171314||bgcolor="#ff6600"|5s||||183 |- |||171498..173049||bgcolor="#ff6600"|16s||||164 |- |||173214..176141||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||176197..176315||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||194205..194279||gaa||||3 |- |||194283..194358||gta||||4 |- |||194363..194435||aca||||22 |- |||194458..194542||tac||||4 |- |||194547..194621||caa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||528704..528778||aac||||4 |- |||528783..528873||agc||||29 |- |||528903..528974||gaa||||11 |- |||528986..529060||caa||||26 |- |||529087..529162||aaa||||11 |- |||529174..529255||cta||||80 |- |||529336..529422||ctc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||635110..635186||cgt||||13 |- |||635200..635273||gga||||159 |- |||635433..636987||bgcolor="#ff6600"|16s||||167 |- |||637155..640082||bgcolor="#ff6600"|23s||||55 |- |||640138..640254||bgcolor="#ff6600"|5s||||13 |- |||640268..640344||atgf||||60 |- |||640405..640481||gac|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||946696..948250||bgcolor="#ff6600"|16s||||167 |- |||948418..951345||bgcolor="#ff6600"|23s||||111 |- |||951457..951572||bgcolor="#ff6600"|5s||||9 |- |||951582..951656||aac||||5 |- |||951662..951753||tcc||||34 |- |||951788..951859||gaa||||9 |- |||951869..951944||gta||||9 |- |||951954..952030||atgf||||11 |- |||952042..952118||gac||||12 |- |||952131..952206||ttc||||5 |- |||952212..952284||aca||||22 |- |||952307..952391||tac||||5 |- |||952397..952470||tgg||||24 |- |||952495..952570||cac||||9 |- |||952580..952651||caa||||49 |- |||952701..952775||ggc||||5 |- |||952781..952851||tgc||||7 |- |||952859..952947||tta||@3||265 |- |||953213..953294||ttg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||967065..967138||gga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||1262789..1262861||gtc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||2003276..2003348||agg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||2563889..2563959||caa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||2899816..2899889||aga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||3171879..3171950||gaa||||25 |- |comp||3171976..3172066||agc||||3 |- |comp||3172070..3172144||aac||||10 |- |comp||3172155..3172231||atc||||15 |- |comp||3172247..3172320||gga||||10 |- |comp||3172331..3172406||cac||||17 |- |comp||3172424..3172499||ttc||||12 |- |comp||3172512..3172588||gac||||11 |- |comp||3172600..3172676||atgf||||17 |- |comp||3172694..3172786||tca||||6 |- |comp||3172793..3172869||atgi||||2 |- |comp||3172872..3172948||atgj||||19 |- |comp||3172968..3173040||gca||||5 |- |comp||3173046..3173122||cca||||15 |- |comp||3173138..3173214||cgt||||9 |- |comp||3173224..3173309||tta||||14 |- |comp||3173324..3173398||ggc||||5 |- |comp||3173404..3173490||ctg||||10 |- |comp||3173501..3173576||aaa||||37 |- |comp||3173614..3173689||aca||||32 |- |comp||3173722..3173797||gta||||20 |- |comp||3173818..3173935||bgcolor="#ff6600"|5s||||55 |- |comp||3173991..3176918||bgcolor="#ff6600"|23s||||167 |- |comp||3177086..3178640||bgcolor="#ff6600"|16s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||3194455..3194527||gcc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||3545889..3545964||cgg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||4154787..4154859||ttc||||35 |- |comp||4154895..4154971||gac||||81 |- |comp||4155053..4155124||gaa||||9 |- |comp||4155134..4155209||aaa|||| |} ===bsu cumuls=== {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|opérons!!colspan="3"|Fréquences!!Moyenne |- !!!!!effectifs!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!sans jaune |- |avec rRNA||opérons||10||1||0||0|| |- |||16 23 5s 0||3||20||8||37|| |- |||16 atc gca||2||40||4||11|| |- |||16 23 5s a||5||60||0||3|| |- |||max a||21||80||bgcolor="#ffff00"|1||0|| |- |||a doubles||0||100||bgcolor="#ffff00"|1||0|| |- |||spéciaux||0||120||0||0|| |- |||total aas||60||140||0||0|| |- |sans rRNAs||opérons||12||160||0||0|| |- |||1 aa||8||180||0||0|| |- |||max a||7||200||0||0|| |- |||a doubles||0||220||0||0|| |- |||total aas||26||total||14||51|| |- |total aas||||86||moyenne||23||17||14 |- |remarques||||3||variance||26||14||11 |} ===bsu remarques=== *Nombre de gènes protéines: 4174 (KEGG) <pre> *Remarques : lmo-bsu (ref. sont les 1ers génomes de cette étude qui m’ont poussé à étendre l’échantillon. Lma* lmo et bsu sont des bacilli et donc ont des points communs en terme d’opréons à RNAs avec des taux %GC très proches 38-44 %. @1 Blocs 16-23-5s : il y en a 8 avec 2 dans l’opéron 9aas et 3 dans 6aas. Soit le double de lmo. - Dans la 1ère étude ces blocs paraissaient arborer les séquences les plus longues d’aas et j’attribuait la longueur de 16 aas de l’opéron 16-act-gca à un remaniement entre opérons. Ce n’est plus le cas puisqu’il s’est avéré que ces derniers sont plus courants et peuvent être aussi long que les premiers avec 18 aas chez lam (ref.. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 blocs 16-23-5s, 164 55 20. - L'opéron 16aas a un intercalaire 23s-5s double des autres blocs, 111 contre 55. - L'opéron 4aas contient 2 aas avant le 16s et 2 après le 5s. L'intercalaire aa-16s est à peu près égale à celui de 16s-23s, 159 contre 167. - Les intercalaires qui séparent les blocs surnuméraires sont aussi du même ordre que celui de 16s-23s, 170 171 183 contre 164 pour le 16s-23s. - Les 5 opérons avec ces blocs ont 4 6 9 16 21 aas. @2 Blocs 16-atc-gca : il y en a 2 et n’ont pas d’autres aas comme l’opéron 16aas de lmo. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 2 opérons, 99 11 81, sauf pour celui de 23s-5s, 55 bases pour l’un, comme 7 blocs 16-23-5s, et le double pour l’autre, 113 comme pour l’opéron 16aas. @3 intercalaire élevé pour 2 aas. Est-ce que le dernier aa est solitaire ? Séquences des doubles : aucun double sur 7 opérons à 2 aas et plus. Comme lmo. </pre> ===bsu distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_distribution|bsu distribution]] *Notes: *: - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés:atgf gac. {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc1 bsu, Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc11 bsu, distribution des blocs sans rRNA |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf|| |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||1||{{tri1|b}}tcc||||'''tac||1||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 2||{{tri1|j}}acc||||'''aac||1||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||1||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''gac||1||ggc|| |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#66ffff"| 1||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||1||'''aaa||2||'''aga||bgcolor="#66ffff"| 1 |- |{{tri1|k}}cta||1||{{tri1|g}}cca||||'''caa||bgcolor="#66ffff"| <u>3||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||1||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 2||'''gaa||4||gga||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||1||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |bsu||18||8|| || || ||4||30 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc12 bsu. Distribution des blocs avec rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| <u>3 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 1||'''tgc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''aac||bgcolor="#ffff00"| 3||'''agc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||bgcolor="#ffff00"| 2||cgt||bgcolor="#00ccff"| <u>4 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| <u>3||ggc||4 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 3||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| 2||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 3||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 1||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ffff00"| 3||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| 2||gga||bgcolor="#00ccff"| <u>2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg||bgcolor="#ffff00"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |bsu|| || || ||54||2||||56 |} |} ===bsu lmo=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_lmo|bsu lmo]] *Légende: *: - La couleur <span style="border:1px solid black;background-color: #66ffff;">cyan</span> pour les différents entre bsu et lmo; <span style="border:1px solid black;background-color: #ffdead;">bois</span> pour les identiques entre les clusters 21 16 9 aas de bsu d'une part et ceux de lmo. Le gène '''cac''' est conservé dans les 3 clusters. *: - Le <span style="border:1px solid black;background-color: #87cefa;">bleu</span> pour des intercalaires exceptionnels. *: - Les bordures très épaisses noires encadrent 3 gènes pour les distingués entre eux. *Notes: *: - Les fréquences des différences entre intercalaires (diff) sont reportées dans le dernier tableau B14 et sont établies sur la plage des différences entre intercalaires bsu et lmo du tableau B11 pour des couples identiques (entre génomes), et entre intercalaires bsu-bsu et lmo-lmo (intra génome). Ces résultats sont à mettre en parallèle avec ceux de la comparaison cdc-psor. La faible variabilité des intercalaires cdc-psor par rapport à bsu-lmo est due à leur plus grande filiation, niveau genre contre le niveau famille pour bsu-lmo. {| class="wikitable" style="text-align:center; " |+B1. Comparaison bsu-lmo | {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+B11. Comparaison bsu-lmo |-style="border-bottom:2px solid black;" !bsu!!intercal!!lmo!!intercal!!diff |- |gaa||25||gaa||5||-20 |- |agc||3||agc||34||bgcolor="#87cefa"| 31 |- |aac||10||aac||6||-4 |- |atc||15||atc||25||10 |- |gga||10||gga||23||13 |- |cac||17||cac||28||11 |- |ttc||12||ttc||4||-8 |- |gac||11||gac||4||-7 |- |atgf||17||atgf||42||25 |- |tca||6||tca||22||16 |- |atgi||2||atgi||11||9 |- |atgj||19||atgj||42||23 |- |gca||5||gca||22||17 |- |cca||15||cca||10||-5 |- |cgt||9||cgt||9||0 |- |tta||14||tta||14||0 |- |ggc||5||ggc||15||10 |- |bgcolor="#66ffff"| ctg||10||bgcolor="#66ffff"| cta||5||-5 |- |aaa||37||aaa||41||4 |- |aca||32||aca||8||-24 |- |gta||20||gta||13|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||55||bgcolor="#ff6600"|5s||81|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||167||bgcolor="#ff6600"|23s||244|| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||||bgcolor="#ff6600"|16s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||167||bgcolor="#ff6600"|16s||127|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||111||bgcolor="#66ffff"| atc||46|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||9||bgcolor="#66ffff"| gca||172|| |- |aac||5||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |tcc||34||bgcolor="#ff6600"|5s||14|| |- |gaa||9||aac||6||1 |- |gta||9||tcc||33||-1 |- |atgf||11||gaa||56||bgcolor="#87cefa"| 47 |- |gac||12||gta||21||12 |- |ttc||5||atgf||6||-5 |- |bgcolor="#66ffff"| aca||22||gac||4||-8 |- |tac||5||ttc||20|| |- |tgg||24||tac||7||2 |- |cac||9||tgg||15||-9 |- |caa||49||cac||29||20 |- |ggc||5||caa||5||bgcolor="#87cefa"| -44 |- |tgc||7||ggc||19||14 |- |bgcolor="#66ffff"| tta||bgcolor="#87cefa"| '''265||tgc||45|| |- |ttg||||ttg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||164||bgcolor="#ff6600"|16s||244|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||55||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||20||bgcolor="#ff6600"|5s||13|| |- |gta||4||gta||8||4 |- |aca||36||aca||41||5 |- |aaa||6||aaa||5||-1 |- |cta||40||cta||14||-26 |- |ggc||14||ggc||21||7 |- |tta||9||tta||12||3 |- |cgt||27||cgt||10||-17 |- |cca||9||cca||19||10 |- |gca||170||gca||341|| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+B12. Comparaisons internes |-style="border-bottom:2px solid black;" !bsu!!intercal!!bsu!!intercal!!diff |- |bgcolor="#ff6600"|16s||167||bgcolor="#ff6600"|16s||167|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||55||bgcolor="#ff6600"|23s||111|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||20||style="border-bottom:3px solid black;" bgcolor="#ff6600"|5s||9|| |- |bgcolor="#ffdead"| gta||32||bgcolor="#ffdead"| aac||5|| |- |bgcolor="#ffdead"| aca||37||tcc||34|| |- |bgcolor="#ffdead"| aaa||10||style="border-bottom:3px solid black;" bgcolor="#ffdead"| gaa||9|| |- |bgcolor="#ffdead"| ctg||5||gta||9|| |- |bgcolor="#ffdead"| ggc||14||bgcolor="#ffdead"| atgf||11||0 |- |bgcolor="#ffdead"| tta||9||bgcolor="#ffdead"| gac||12||0 |- |bgcolor="#ffdead"| cgt||15||bgcolor="#ffdead"| ttc||5|| |- |bgcolor="#ffdead"| cca||5||aca||22|| |- |bgcolor="#ffdead"| gca||19||tac||5|| |- |atgj||2||style="border-bottom:3px solid black;"|tgg||24|| |- |atgi||6||'''cac||9|| |- |tca||17||caa||49|| |- |bgcolor="#ffdead"| atgf||11||style="border-bottom:3px solid black;"|ggc||5|| |- |bgcolor="#ffdead"| gac||12||tgc||7|| |- |bgcolor="#ffdead"| ttc||17||tta||bgcolor="#87cefa"| '''265|| |- |'''cac||10||ttg|||| |- |gga||15|||||| |- |style="border-bottom:3px solid black;"|atc||10||bgcolor="#ff6600"|16s||164|| |- |bgcolor="#ffdead"| aac||3||bgcolor="#ff6600"|23s||55|| |- |agc||25||bgcolor="#ff6600"|5s||20|| |- |style="border-bottom:3px solid black;" bgcolor="#ffdead"| gaa||||bgcolor="#ffdead"| gta||4||bgcolor="#87cefa"| -28 |- |||||bgcolor="#ffdead"| aca||36||-1 |- |||||bgcolor="#ffdead"| aaa||6||-4 |- |||||bgcolor="#ffdead"| cta||40||bgcolor="#87cefa"| 35 |- |||||bgcolor="#ffdead"| ggc||14||0 |- |||||bgcolor="#ffdead"| tta||9||0 |- |||||bgcolor="#ffdead"| cgt||27||12 |- |||||bgcolor="#ffdead"| cca||9||4 |- |||||bgcolor="#ffdead"| gca||170|| |- |&emsp;|||||||| |- !lmo!!intercal!!lmo!!intercal!!diff |- |bgcolor="#ff6600"|16s||244||bgcolor="#ff6600"|16s||127|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||81||atc||46|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||13||gca||172|| |- |bgcolor="#ffdead"| gta||8||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |bgcolor="#ffdead"| aca||41||style="border-bottom:3px solid black;" bgcolor="#ff6600"|5s||14|| |- |bgcolor="#ffdead"| aaa||5||bgcolor="#ffdead"| aac||6|| |- |bgcolor="#ffdead"| cta||15||tcc||33|| |- |bgcolor="#ffdead"| ggc||14||style="border-bottom:3px solid black;" bgcolor="#ffdead"| gaa||56|| |- |bgcolor="#ffdead"| tta||9||gta||21|| |- |bgcolor="#ffdead"| cgt||10||bgcolor="#ffdead"| atgf||6||2 |- |bgcolor="#ffdead"| cca||22||bgcolor="#ffdead"| gac||4||0 |- |bgcolor="#ffdead"| gca||42||bgcolor="#ffdead"| ttc||20|| |- |atgj||11||tac||7|| |- |atgi||22||style="border-bottom:3px solid black;"|tgg||15|| |- |tca||42||'''cac||29|| |- |bgcolor="#ffdead"| atgf||4||caa||5|| |- |bgcolor="#ffdead"| gac||4||style="border-bottom:3px solid black;"|ggc||19|| |- |bgcolor="#ffdead"| ttc||28||tgc||45|| |- |'''cac||23||ttg|||| |- |gga||25|||||| |- |style="border-bottom:3px solid black;"|atc||6||bgcolor="#ff6600"|16s||244|| |- |bgcolor="#ffdead"| aac||34||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |agc||5||bgcolor="#ff6600"|5s||13|| |- |style="border-bottom:3px solid black;" bgcolor="#ffdead"| gaa||||bgcolor="#ffdead"| gta||8||0 |- |||||bgcolor="#ffdead"| aca||41||0 |- |||||bgcolor="#ffdead"| aaa||5||0 |- |||||bgcolor="#ffdead"| cta||14||-1 |- |||||bgcolor="#ffdead"| ggc||21||7 |- |||||bgcolor="#ffdead"| tta||12||3 |- |||||bgcolor="#ffdead"| cgt||10||0 |- |||||bgcolor="#ffdead"| cca||19||-3 |- |||||bgcolor="#ffdead"| gca||341|| |} |- | {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="100%" |+B13. Petits clusters |-style="border-bottom:2px solid black;" !bsu!!intercal!!lmo!!intercal!!&emsp; |- |gaa||3||gaa||157|| |- |bgcolor="#66ffff"| gta||4||bgcolor="#66ffff"| acg||9|| |- |bgcolor="#66ffff"| aca||22||tac||11|| |- |tac||4||caa||6|| |- |caa||||bgcolor="#66ffff"| aaa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |aga||||aga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |cgg||||cgg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |gga||||gga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |gtc||||gtc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#66ffff"| agg||||bgcolor="#66ffff"| cgt|||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#66ffff"| caa||||bgcolor="#66ffff"| ctc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#66ffff"| gcc||||bgcolor="#66ffff"| tcg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#66ffff"| tca|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |bgcolor="#66ffff"| atg||9||bgcolor="#66ffff"| aac||3|| |- |bgcolor="#66ffff"| gaa||||bgcolor="#66ffff"| agc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||||bgcolor="#66ffff"| gaa||27|| |- |||||bgcolor="#66ffff"| gac|||| |- |&emsp;|||||||| |- |cgt||13||bgcolor="#ff6600"|16s||127|| |- |gga||159||atc||46|| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||167||gca||172|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||55||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||13||bgcolor="#ff6600"|5s||14|| |- |atgf||60||aac||24|| |- |gac||||acc|||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="100%" |+B14. Fréquence des différences des intercalaires |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="2"|Entre génomes!!&emsp;!!colspan="2"|intra génome |-style="border-bottom:2px solid black;" !gamme!!fréquence!!&emsp;&emsp;!!gamme!!fréquence |- | -15||'''5||||-7||'''1 |- | -14||||||-6|| |- | -13||||||-5|| |- | -12||||||-4||1 |- | -11||||||-3||1 |- | -10||||||-2|| |- | -9||1||||-1||2 |- | -8||2||||0||9 |- | -7||1||||1|| |- | -6||||||2||1 |- | -5||3||||3||1 |- | -4||1||||4||1 |- | -3||||||5|| |- | -2||||||6|| |- | -1||2||||7||1 |- |0||2||||||'''2 |- |1||1||||total||20 |- |2||1|||| -2+2||11 |- |3||1|||||| |- |4||2|||||| |- |5||1|||||| |- |6|||||||| |- |7||1|||||| |- |8|||||||| |- |9||1|||||| |- |10||3|||||| |- |11||1|||||| |- |12||1|||||| |- |13||1|||||| |- |14||1|||||| |- |15|||||||| |- |||'''7|||||| |- |total||'''39|||||| |- | -2+2||'''6|||||| |} |} ===bsu blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_blocs|bsu blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B1. Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168, blocs à rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !Types!!!!!!!!!!!!!!!!!! |-style="border-bottom:2px solid black;" !I!!I1!!I2!!I3!!I4!!!!II!!II1!!II2!!II3 |- |bgcolor="#ff6600"|16s||167||167||164||164||||bgcolor="#ff6600"|16s||164||164||164 |- |bgcolor="#ff6600"|23s||111||55||55||55||||bgcolor="#ff6600"|23s||55||55||55 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||9||20||46||20||||bgcolor="#ff6600"|5s|||||| |- |||5||32||4||4|||||||||| |- |||aac||gta||aac||gta|||||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |||**15aas||**20aas||**5aas||** 8aas|||||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" !III!!!!!!!!!!!!IV!!!!!! |- |bgcolor="#ff6600"|16s||99||99||||||||cgt||13|||| |- |atc||11||11||||||||gga||159|||| |- |gca||81||81||||||||bgcolor="#ff6600"|16s||167|||| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||55||133||||||||bgcolor="#ff6600"|23s||55|||| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||||||||||||bgcolor="#ff6600"|5s||13|||| |- |||||||||||||atgf||60|||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||||||||||gac|||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" !style="border-right:2px solid black;" colspan="3"|groupe1!!!!!!style="border:2px solid black;" colspan="3"|groupe2!!!! |- |||bgcolor="#ff6600"|16s||164||||||||bgcolor="#ff6600"|16s||164|||| |- |I3||bgcolor="#ff6600"|23s||55||||||I4||bgcolor="#ff6600"|23s||55|||| |- |||bgcolor="#ff6600"|5s||46||||||||bgcolor="#ff6600"|5s||20|||| |- |||aac||4||||||||gta||4|||| |- |||**4aas||8||||||||** 7aas||9|||| |- |||style="border-bottom:2px solid black;"|gca||171||||||||style="border-bottom:2px solid black;"|gca||170|||| |- |II1||bgcolor="#ff6600"|16s||164||||||II3||bgcolor="#ff6600"|16s||164|||| |- |||bgcolor="#ff6600"|23s||55||||||||bgcolor="#ff6600"|23s||55|||| |- |II2||style="border-bottom:2px solid black;" bgcolor="#ff6600"|5s||183||||||||bgcolor="#ff6600"|5s|||||| |- |||bgcolor="#ff6600"|16s||164|||||||||||||| |- |||bgcolor="#ff6600"|23s||55|||||||||||||| |- |||bgcolor="#ff6600"|5s|||||||||||||||| |} ===bsu intercalaires entre cds=== *Lien NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL009126] *'''Note''': Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru]] du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_remarques|Voir l'exemple d'eco]] (remarque @3) avec tac-tac-'''tpr''' et aca-tac-gga-acc-'''tufB'''. ====bsu données intercalaires==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Aspl|Aspl]] =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Aspl|Aspl]] ====bsu les fréquences==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *Légende: &emsp; long, longueur en pbs, &emsp; intercal pour intercalaire *: - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence '''fréquencez''' est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes. *: - '''cumul,%''' colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau. *: - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire. *: - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux. *: - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/g%C3%A9nomes_synth%C3%A8se#M%C3%A9thode_de_pr%C3%A9l%C3%A8vement|méthode des prélèvements]] de NCBI du '''8.2.18'''. *Note du 5.4.21, corriger l'intercalaire négatif -1389, il correspond à cds/misc-RNA et non à cds/cds comme voulu. *Note pour erreur: 26.1.22 Paris. Erreur sur adresse, 3334646, voir archive [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Aspl|Aspl]], génome bsu. L'intercalaire 423 n'a pas été compté et donc est à ajouter aux décomptes. Donc ici l'erreur se porte sur le total qui devient 4216 au lieu de 4215. Si on corrige il faut augmenter toutes les fréquences qui contiennent 423 ainsi que les pourcentages et les totaux. *Note pour 3 erreurs: 23.2.22 Paris. CDS comptés en trop ici parce qu’ils sont suivis d’un RNA. Adresses valeurs: 1606560 12, 2798174 79, 3987927 76. Donc le total est de 4213 au lieu de 4215. *'''Le recouvrement''': dans la colonne '''long''' j'ai mis la longueur du recouvrement en pbs qui correspond à l'intercalaire mais en positif quand l'extrémité du cds suivant est plus grande que celle du cds au-dessus (adressage). Si l'extrémité du 2ème cds est plus petite alors il est entièrement recouvert (voir la liste ci-dessous). Les longueurs en gras sont les cds entièrement recouverts. <pre> inter adresses extrem long inter adresses extrem long -361 2601528 2603339 -64 -7616 387744 398495 -7475 comp’ 2602979 2603275 297 cont 390880 391020 141 -127 3666841 3667059 -43 -500 3717238 3717825 -20 comp’ 3666933 3667016 84 cont 3717326 3717805 480 </pre> {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="1300" |+bsu Les fréquences des intercalaires entre cds |-style="border-bottom:2px solid black;" !bsu!!intercalaires!!total!!%!!intercalaires!!moyenne!!ecartype!!plage!!ADN!!intercal!!<u>frequence5 |- |||'''négatif||608||14.4||'''négatif ||-12||19||-1 à -164||'''4 215 606||-1||608 |- |||'''zéro||27||0.6||||||||||'''intercals||0||27 |- |||'''1 à 200||3030||71.9||'''0 à 200||72||56||||'''401 590||5||165 |- |||'''201 à 370||412||9.8||'''201 à 370||258||44||||'''9.5%||10||94 |- |||'''371 à 600||118||2.8||'''371 à 600||458||67||||||15||254 |- |||'''601 à max||18||0.4||'''601 à 1021||755||132||||||20||190 |- |||'''total 4213||<201||87.0||'''total 4207||92||113||-164 à 1021||||25||133 |-bgcolor="#eaecf0" style="font-weight:bold;" |adresse||intercalx||intercal||<u>fréquence1||intercal||<u>fréquence6||cumul,%||intercal||<u>fréquence-1||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|30||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|122 |- |390880||7511||-1||608||-70||19||||0||27||35||126 |- |3671416||1306||0||27||-60||2||||-1||bgcolor="#66ffff"|72||40||153 |- |2160565||1021||1||bgcolor="#66ffff"|44||-50||5||||-2||4||45||100 |- |2221061||952||2||33||-40||19||||-3||0||50||65 |- |2226176||950||3||37||-30||10||'''min à -1||-4||bgcolor="#66ffff"|243||55||54 |- |1886057||824||4||bgcolor="#66ffff"|29||-20||38||608||-5||0||60||60 |- |2733772||809||5||22||-10||105||14.4%||-6||2||65||62 |- |785543||783||6||21||0||437||||-7||12||70||78 |- |3699446||783||7||21||10||259||||-8||bgcolor="#66ffff"|76||75||84 |- |2060817||777||8||10||20||444||||-9||1||80||69 |- |875428||731||9||19||30||255||||-10||6||85||83 |- |1446317||682||10||23||40||279||'''1 à 100||-11||bgcolor="#66ffff"|44||90||51 |- |2051329||669||11||32||50||165||2059||-12||0||95||59 |- |2054599||627||12||bgcolor="#66ffff"|56||60||114||48.9%||-13||6||100||57 |- |873402||625||13||bgcolor="#66ffff"|51||70||140||||-14||bgcolor="#66ffff"|20||105||57 |- |1872812||623||14||bgcolor="#66ffff"|59||80||153||||-15||0||110||73 |- |1278565||619||15||bgcolor="#66ffff"|56||90||134||||-16||6||115||65 |- |1900080||602||16||34||100||116||||-17||bgcolor="#66ffff"|18||120||61 |- |1944113||594||17||bgcolor="#66ffff"|47||110||130||||-18||0||125||66 |- |2091705||594||18||bgcolor="#66ffff"|49||120||126||||-19||5||130||61 |- |548710||588||19||28||130||127||||-20||bgcolor="#66ffff"|12||135||51 |- |674832||584||20||bgcolor="#66ffff"|32||140||93||||-21||0||140||42 |- |554669||582||21||27||150||110||||-22||2||145||62 |- |2708943||582||22||31||160||100||||-23||bgcolor="#66ffff"|8||150||48 |- |4172387||577||23||25||170||91||'''1 à 200||-24||0||155||54 |- |376032||573||24||bgcolor="#66ffff"|31||180||82||3030||-25||2||160||46 |- |661630||573||25||19||190||59||71.9%||-26||bgcolor="#66ffff"|8||165||53 |- |820867||572||26||25||200||53||||-27||0||170||38 |- |560151||567||27||bgcolor="#66ffff"|24||210||58||||-28||0||175||42 |- |2225337||560||28||17||220||31||||-29||bgcolor="#66ffff"|6||180||40 |- |1883166||559||29||27||230||44||||-30||0||185||32 |- |1441291||558||30||bgcolor="#66ffff"|29||240||43||||-31||1||190||27 |- |3977791||555||31||25||250||34||'''0 à 200||-32||bgcolor="#66ffff"|2||195||32 |- |552616||552||32||22||260||26||3057||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"| 583||200||21 |- |1269733||550||33||bgcolor="#66ffff"|34||270||35||||reste||52||205||34 |- |2465966||548||34||18||280||29||||total||635||210||24 |- |2763025||546||35||27||290||19||||||||215||15 |- |2701979||544||36||bgcolor="#66ffff"|32||300||15||||||||220||16 |- |3534118||538||37||18||310||16||||bgcolor="#eaecf0"| '''intercal||bgcolor="#eaecf0"| '''<u>frequencef||225||17 |- |4128119||533||38||28||320||11||||600||4195||230||27 |- |599107||531||39||bgcolor="#66ffff"|47||330||9||||620||2||235||24 |- |||||style="border-bottom:2px solid black;"| 40||style="border-bottom:2px solid black;"| 28||340||17||'''201 à 370||640||3||240||19 |- |||||reste||2341||350||11||412||660||0||245||19 |- |||||total||4213||360||8||9.8%||680||1||250||15 |- |||||1-40||1237||370||6||||700||1||255||15 |- |||||||||380||11||||720||0||260||11 |- |bgcolor="#eaecf0"|'''adresse||bgcolor="#eaecf0"|'''intercaln||bgcolor="#eaecf0"|'''décalage||bgcolor="#eaecf0"| '''long||390||13||||740||1||265||20 |- |387744||-7616||cont||'''141||400||3||||760||0||270||15 |- |3717238||-500||cont||'''480||410||11||||780||1||275||17 |- |2909520||-492||cont||492||420||7||||800||2||280||12 |- |2601528||-361||comp’||'''297||430||9||||820||1||285||11 |- |1252815||-164||cont||164||440||3||||840||1||290||8 |- |2466721||-154||cont||154||450||7||||860||0||295||7 |- |1916663||-143||cont||143||460||1||||880||0||300||8 |- |3666841||-127||comp’||'''84||470||5||||900||0||305||8 |- |2693597||-119||cont||119||480||5||||920||0||310||8 |- |538322||-113||cont||113||490||8||||940||0||315||4 |- |1322014||-101||cont||101||500||3||||960||2||320||7 |- |238164||-95||cont||95||510||2||||980||0||325||5 |- |1526859||-94||cont||94||520||4||||1000||0||330||4 |- |2652993||-93||comp’||93||530||3||||1020||0||335||12 |- |2758043||-92||cont||92||540||3||'''371 à 600||1040||1||340||5 |- |3755967||-91||cont||91||550||4||118||||16||345||6 |- |2154781||-86||cont||86||560||5||2.8%||||||350||5 |- |2705398||-82||cont||82||570||1||||||||355||6 |- |2154705||-71||cont||71||580||4||'''601 à max||||||360||2 |- |989712||-69||comp’||69||590||4||18||||||365||4 |- |2413585||-65||cont||65||style="border-bottom:2px solid black;"| 600||style="border-bottom:2px solid black;"| 2||0.4%||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"| 370||style="border-bottom:2px solid black;"| 2 |- |2381919||-59||cont||59||reste||18||||reste||2||reste||136 |- |||||||||total||4213||||total||4213||total||4213 |} ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Diagrammes 400:&emsp; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]] [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]], &emsp; diagramme 1-40: [[:image:Bac-2.png|c+ bsu]] &emsp; [[:image:Pro-2.png|c+ eco]] &emsp; [[:image:Fx40-1.png|x+ bsu]] &emsp; [[:image:Fx40-2.png|x+ eco]] &emsp; [[:image:Fc40.png|total]], &emsp; texte: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]]. *Légende: voir la légende de [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S%2B|cvi]]. {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black;" |+bsu. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400 |-style="border-bottom:2px solid black;" |'''bsu'''||colspan="7"|'''Sx+'''||colspan="7"|'''Sc+''' |- !Poly3!!-7!!-5!!-3!!1!!R2!!flex x+!!comment.!!style="border-left:2px solid black;"|-7!!-5!!-3!!1!!R2!!flex c+!!comment. |- |1 à 400||-6.4||69||-338||67||458||359||max40||style="border-left:2px solid black;"|-41||352||-1040||112||790||286||min50 |- |51 à 400||48||-359||711||-11||861||249||2 parties||style="border-left:2px solid black;"|12||-27||-230||64||954||75||2 parties |- !droite!!-a!!cste!!-!!R2!!note!!R2’!!!!style="border-left:2px solid black;"|-a!!cste!!-!!R2!!note!!R2’!! |- |1 à 400||152||56||-||440||dte||18||max40||style="border-left:2px solid black;"|211||68||||617||poly||173||SF |- |51 à 400||94||40||-||694||poly||167||tF||style="border-left:2px solid black;"|145||50||-||850||poly||104||tF |} *Légende du tableau corrélations et faibles fréquences {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black;" |+bsu. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30 |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||colspan="3"|effectifs diagramme||colspan="4"|corrélation x+ c+, 41-n||colspan="3"|corrélation x+ c+, 1-n |- !gen!!minima!!x+!!c+!!total!!400!!200!!250!!diff!!200!!250!!400 |-bgcolor="#99ff99" |eco||min20||1003||2130||3133||735||296||440||144||-178||-64||287 |-bgcolor="#ffff00" |style="border:2px solid black;"|bsu||min10||1028||2444||3472||659||8||282||274||152||257||470 |-bgcolor="#ffff00" |rtb||min30||118||402||520||536||-105||148||253||-277||-165||202 |-style="border:2px solid black;" |colspan="3"|1-30 ‰ ||colspan="2"|effectifs||colspan="2"|0 ‰||colspan="2"|<0 ‰||colspan="2"|effectifs 1-40||corel |- !1-30 x+!!1-30 c+!!x+/c+!!x!!c!!x!!c!!x-!!c-!!x+!!c+!!x+/c+ |-bgcolor="#99ff99" |63||348||0.18||1169||2855||11||6||80||226||126||821||-119 |-bgcolor="#ffff00" |style="border:2px solid black;"|140||333||0.42||1125||3091||2||8||31||186||302||936||-432 |-bgcolor="#ffff00" |51||294||0.17||189||604||5||7||21||162||8||131||-81 |} *Diagrammes 400:&emsp; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]] [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]], &emsp; diagramme 1-40: [[:image:Bac-2.png|c+ bsu]] &emsp; [[:image:Pro-2.png|c+ eco]] &emsp; [[:image:Fx40-1.png|x+ bsu]] &emsp; [[:image:Fx40-2.png|x+ eco]] &emsp; [[:image:Fc40.png|total]], &emsp; texte: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]]. *'''Résumé''': J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes, *# Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc. *# Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249. *# Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68. *: - bsu ressemble beaucoup à eco comme on vient de le voir avec des courbes x+ 1-400 à pyramide et de forme tilde moyen pour eco (R2’ 43) et Sf pour bsu (R2’ 18). Ils ont des effectifs égaux 3133 contre 3472. *: - Les diagrammes 400 *:* x+ 1-400: *:*: + Les 2 génomes ont une pyramide à 4 fréquences avec un maximum à 50 pour eco contre 40 pour bsu. Quand j’enlève les 3 fréquences faibles de eco pour ne laisser que la pyramide, sa courbe devient une S faible, Sf, R2’ à 36 et la courbe bsu sans la fréquence 10 devient une S moyenne, Sm, R2’ à 60. Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 65 pour eco et 140 pour bsu. *:*: + Les fréquences faibles 1-30 sont en opposition avec celles de bsu c+1-400 et en parallèle avec eco. Cette différence va impacter différemment les corrélations 1-n qu’on verra plus loin. *:*: + Les points d’inflexion sont normaux mais nettement différents, 359 pour bsu contre 230 pour eco, différence due à la différence de forme. *:* c+ 1-400: Ce sont 2 courbes presque identiques de formes S fort avec un R2’ de 173 pour bsu contre 265 et des 2 points d’inflexion normaux, 286 pour bsu et 255 pour eco. *:* x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30, 140 et 65. Il faudrait les remplacer par les courbes avec pyramide seule sans les fréquences faibles 1-30, voir le paragraphe x+ 1-400 ci-dessus. Néanmoins j’ai fait la courbe qui donne un SF avec un R2’ de 121 (R2 554 433 pour la droite) et celle d’eco qui a donné un Sf de 36 (R2 742 706 pour la droite). Il y a encore une bonne ressemblance. *:* x+ 51-400: A la place de 31-400 j’ai fait pour bsu 51-400, sans la pyramide et j’ai obtenu un tilde très fort, tF, avec un R2’ de 167 (861 694). Avec eco j’ai fait la courbe 71-400 pour respecter la modification faite sur bsu et j’ai obtenu là aussi un tilde très fort, tF, avec un R2’ de 120 (835 715) donc on a le même ordre de grandeur. *:* c+ 31-400: j’ai fait la courbe de bsu qui a donné un tilde fort, tF, avec un R2’ de 80 (942 862). La courbe d’eco avait donné un tilde moyen, R2’ 67 (948 881). Encore même ordre de grandeur. La différence entre les courbes est le point d’inflexion, négatif et grand chez eco -407, positif et normal chez bsu 150 environ. *:* c+ 51-400: A la place de 31-400 j’ai fait pour bsu 51-400, sans la pyramide et j’ai obtenu un tilde très fort, tF, avec un R2’ de 104 (954 850). Avec eco j’ai fait la courbe 71-400 pour respecter la modification faite sur bsu et j’ai obtenu par contre là, un S fort, SF, avec un R2’ de 94 (956 862) donc là les 2 génomes diffèrent. *: - Les corrélations: *:* Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont nettement différentes, la corrélation de bsu devient faible, 282, alors qu’eco reste moyenne, 440. Sur 41-200, elles chutent toutes les 2 fortement avec une différence (diff) de 144 pour eco et 274 pour bsu qui devient quasi nulle, 8. 178 -64 *:* Sur les plages 1-n: Le rapport x+/c+ des faibles fréquences que j’ai mentionnées au paragraphe x+ 1-400 agissent fortement sur les corrélations 1-n. *:*: + Chez eco il y a très peu de faibles fréquences 1-30, avec un rapport de 0.18, d’où des corrélations sur 1-n négatives, -178 pour 1-200 et -64 pour 1-250. *:*: + Chez bsu il y a beaucoup plus de faibles fréquences 1-30, avec un rapport de 0.42, d’où des corrélations sur les plages 1-n positives qui améliorent celles des plages 41-n. La corrélation de 282 sur 41-250 est maintenue à 257, grâces aux taux élevés des fréquences faibles dans x+ 1-400. *: - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. Bsu en a beaucoup dans x+ par rapport à eco, 0.42 contre 0.18. Ce rapport explique bien le comportement des corrélations de bsu sur les plages 1-n où les faibles fréquences maintiennent et améliorent même celles des plages 41-n. L’absence notable des faibles fréquences de eco explique la chute de ses corrélations sur les plages 1-n par rapport à celles des plages. Les zéros sont à 10‰ pour bsu et 17‰ pour eco, avantage donné par les x+. Le taux des négatifs est presque le même pour les 2 génomes, 217‰ contre 306‰ pour eco, avec un déficit en x- chez bsu. *: - Les courbes 1-40: *:* c+ 1-40: Les 2 courbes sont semblables et très proches de celle du total des c+ 1-40. *:* x+ 1-40: Avec des effectifs élevés, 302 pour bsu et 126 pour eco, et des corrélations (corel) fortement négatives, l’éloignement du modèle c+ 1-40 est sans équivoques, les 2 courbes croissent régulièrement au lieu de présenter un creux à la fréquence 7 suivi d’une bosse à la fréquence 11. ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *Légende: *Les intercalaires négatifs: j'ai dénombré ces intercaalires avec les brins complement/direct. Ensuite j'ai cumulé les intercalaires négatifs entre 2 brins différents à part, un continu ou complement suivi du brin inverse (comp'), et entre 2 brins continus d'autre part, 2 direct ou 2 complement. Je ne fournis ici que le résultat pour le tableur. ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] *Légende: &emsp; *: - comp, le gène est sur le brin complement *: - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc. *: - misc_f, pour misc_feature *: - misc_R, pour misc_RNA *Totaux <pre> tRNA-cds tRNA-tRNA autres-cds total gen c+ x+ x- c+ x+ c- c+ x+ c- 19 19 97 169 1 17 322 2 misc-misc </pre> *'''Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS''' voir le cas de [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed]]. {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+bsu Les autres intercalaires. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+bsu1 adresses1 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||6994||350|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||9810||99|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||11464||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||11552||81|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||11709||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||14692||36|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||14847||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||19968||52|| |- |||misc_R||20611||56|| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||20880||134|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||22292||111|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||22496||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||25852||41|| |- |||misc_R||26379||81|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||26814|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||29772||243|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||30279||99|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||31932||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||32020||81|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||32177||133|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||35237||175|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||35531|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||69626||168|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||70181||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||70267||199|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||70538|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||88727||309|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||90536||164|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||92254||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||95237||20|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95375||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95455||36|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95567||6|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95649||40|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95772||14|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95861||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||95956||27|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||96060||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||96146||170|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||96392||164|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||98110||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||101093||237|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||101449|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||119111||45|| |- |||misc_R||119855||65|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||120061|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||152937||56|| |- |||misc_R||153737||48|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||153842|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||159779||349||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||160893||164|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||162610||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||165591||46|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||165754||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||165830||56|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||165959||30|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||166064||27|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||166168||8|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||166253||171|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||166500||164|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||168218||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||171197||183|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||171498||164|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||173214||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||176197||767|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||177083|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||193570||179||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||194205||3|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||194283||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||194363||22|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||194458||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||194547||227|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||194849|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||198497||173|| |- |||misc_R||200017||89|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||200277|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||275838||56|| |- |||misc_R||276815||97|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||277160|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||473803||103|| |- |||misc_R||474329||133|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||474731|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||483845||135|| |- |||misc_R||486092||196|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||486432|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||528129||122|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||528704||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||528783||29|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||528903||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||528986||26|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||529087||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||529174||80|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||529336||82|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||529505||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||532292||30|| |- |||misc_R||532583||115|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||532758|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||559264||67|| |- |||misc_R||559532||540|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||560151|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||625125||54|| |- |||misc_R||626346||175|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||626622|||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="300" |+bsu2 adresses2 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||634651||333||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||635110||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||635200||159|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||635433||167|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||637155||55|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||640138||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| 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|||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952307||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952397||24|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952495||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952580||49|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952701||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952781||7|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||952859||265|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||953213||78|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||953373||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||954893||69|| |- |||misc_R||955655||132|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||955895|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||966671||193||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||967065||90|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||967229||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1178757||89|| |- |||misc_R||1180685||106|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1180909|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1218113||58|| |- |||misc_R||1219164||470|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1219849|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1233133||104|| |- |||misc_R||1233405||70|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1233614|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1240356||61|| |- |||misc_R||1242262||78|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1242449|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1257414||167|| |- |||misc_R||1258304||67|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1258492|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1261426||172||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1262789||840|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1263702||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1375777||32|| |- |||misc_R||1376328||77|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1376517|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1377243||87|| |- |||misc_R||1378233||52|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1378496|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1383320||127|| |- |||misc_R||1385736||132|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1386024|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1391040||96|| |- |||misc_R||1391739||101|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1391953|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1395371||113|| |- |||misc_R||1395622||237|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1396013|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1409912||55|| |- |||misc_R||1410633||-113|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1410654|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1423241||92|| |- |||misc_R||1424527||83|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1424767|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1425641||38|| |- |||misc_R||1426876||84|| 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|- |||misc_R||2472880||25|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2473151|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2548245||73|| |- |||misc_R||2549407||168|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2549775|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2562966||86||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||2563889||66|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2564026||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2607762||82|| |- |||misc_R||2608732||39|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2608946|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2624785||39|| |- |||misc_R||2625952||69|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2626112|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2646594||292|| |- |||misc_R||2647405||-208|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2647456|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2678240||-77|| |- |||misc_R||2678343||233|| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2678799||-13|| |- |||misc_R||2678876||127|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2679142|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2773356||136|| |- |||misc_R||2773783||6|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2773890|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2798174||79||comp |- |||misc_R||2800890||43|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2801141||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2813643||83|| |- |||misc_R||2814491||51|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2814743|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2816535||89|| |- |||misc_R||2817899||59|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2818191|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2855518||13|| |- |||misc_R||2855840||57|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2855973|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2866664||59|| |- |||misc_R||2869366||165|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2869754|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2895248||121|| |- |||misc_R||2897094||447|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2897788|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||2898931||63|| |- |||bgcolor="#ffff00"|tRNA||2899816||130||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||2900020||||comp |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+bsu4 adresses4 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2909520||125|| |- |||misc_R||2910872||64|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2911116|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2952828||61|| |- |||misc_R||2953411||244|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2953795|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2959257||43|| |- |||misc_R||2961232||106|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2961586|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3033696||153|| |- |||misc_R||3035589||8|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3035730|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3036603||23|| |- |||misc_R||3037895||44|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3038213|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3102629||109|| |- |||misc_R||3105153||102|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3105470|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3127825||167|| |- |||misc_R||3129195||196|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3129530|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3169763||232||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3171879||25||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3171976||3||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172070||10||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172155||15||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172247||10||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172331||17||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172424||12||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172512||11||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172600||17||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172694||6||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172793||2||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172872||19||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3172968||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173046||15||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173138||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173224||14||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173324||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173404||10||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173501||37||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173614||32||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3173722||20||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||3173818||55||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||3173991||167||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||3177086||464||comp |- |||misc_R||3179105||99|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3179306|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3187503||124|| |- |||misc_R||3188173||72|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3188414|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3193863||106|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3194455||107||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3194635||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3334646||423|| |- |||ncRNA||3335414||205|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3335751|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3359995||156|| |- |||misc_R||3360937||-211|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3360974|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3363266||105|| |- |||misc_R||3364397||114|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3364618|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3403493||108|| |- |||misc_R||3404546||158|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3404835|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3419656||103|| |- |||misc_R||3421169||116|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3421465|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3449732||185|| |- |||misc_R||3450712||176|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3451248|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3489910||68|| |- |||misc_R||3491322||97|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3491655|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3544642||284|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3545889||269||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3546234|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3854256||53|| |- |||misc_R||3856226||31|| |- |||misc_R||3856479||81|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3856782|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3946394||0|| |- |||misc_R||3946910||41|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3947158|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||3987927||76||comp |- |||misc_R||3988840||388||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||3989331|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||3997221||65|| |- |||misc_R||3997775||82|| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||3997964||68|| |- |||misc_R||3999166||77|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||3999350|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||4004288||386|| |- |||misc_R||4005523||126|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||4005752|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||4095915||89|| |- |||misc_R||4096997||6|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||4097416|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||4153696||383||comp |- |||bgcolor="#ffff00"|tRNA||4154787||35||comp |- |||bgcolor="#ffff00"|tRNA||4154895||81||comp |- |||bgcolor="#ffff00"|tRNA||4155053||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"|tRNA||4155134||223||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||4155433||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"|CDS||4169166||189|| |- |||misc_R||4169802||125|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"|CDS||4170045|||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} |} ====bsu intercalaires tRNA==== =====bsu intercalaires tRNA-cds===== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_intercalaires_tRNA-cds|bsu intercalaires tRNA-cds]] *Légende: *: - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin. *: - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc. *Cumuls comp'+continu du tableau <pre> deb fin total <201 10 13 23 total 14 14 28 taux 71% 93% 82% </pre> {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+bsu intercalaires tRNA |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+bsu les relevés deb-fin |-style="border-bottom:2px solid black;" !comp’!!deb!!comp’!!fin |- |||134||comp’||111 |- |||168||||199 |- |comp’||179||||227 |- |||122||comp’||82 |- |comp’||333||||180 |- |||||comp’||78 |- |comp’||193||comp’||90 |- |comp’||172||comp’||840 |- |comp’||93||||52 |- |comp’||86||comp’||66 |- |comp’||63||||130 |- |||232|||| |- |comp’||106||||107 |- |comp’||284||comp’||269 |- |||383||||223 |- |&emsp;|||||| |- |&emsp;|||||| |- |&emsp;|||||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="350" |+bsu intercalaires inférieures à 201 pbs |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb!!fin!!continu!!cumuls |- |122||52||'''deb||3 |- |134||107||||5 |- |168||130||'''fin||5 |- |232||180||||7 |- |383||199||'''total|| |- |'''-||223||<201||8 |- |'''-||227||total||12 |- |'''-||'''-||taux||67% |-style="border-bottom:2px solid black;" |'''-||'''-||'''comp’||'''cumuls |- |63||66||'''deb||7 |- |86||78||||9 |- |93||82||'''fin||5 |- |106||90||||7 |- |172||111||'''total|| |- |179||269||<201||12 |- |193||840||total||16 |- |284||'''-||taux||75% |- |333||'''-|||| |} |} =====bsu intercalaires tRNA-tRNA===== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bsu_intercalaires_tRNA-tRNA|bsu intercalaires tRNA-tRNA]] *Légende: *: - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin. Il n'y a pas d'intercalaire à cheval sur les 2 brins dans ce relevé. *: - 2 intercalaires entre tRNAs entourés de rRNAs ne sont pas dans ce relevé. Les 2 ont 11 pbs chacun. <pre> inter freq inter freq 2 1 25 1 3 2 26 1 4 5 27 2 5 6 28 0 6 2 29 1 7 1 30 1 8 1 31 0 9 8 32 1 10 3 33 0 11 4 34 1 12 2 35 1 13 1 36 1 14 2 37 1 15 2 38 0 16 0 39 0 17 2 40 1 18 0 49 1 19 1 56 1 20 0 60 1 21 0 80 1 22 2 81 1 23 0 265 1 24 1 total 64 </pre> ====bsu intercalaires rRNA==== *Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre [[#bsu_blocs|bsu blocs]] de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau [[#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]]. *Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé alors que l'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres '''génome-bloc''' de chaque génome. Pour bsu il y a 10 blocs et seulement 3 sont ambigu. Voici ci-dessous les 10 blocs avec leur orientation dans l'ordre des adresses croissantes. La colonne +- indique la présence ou non de tRNAs après le 5s. Les 3 blocs du rang 4 constituent l’ambiguïté contrairement au rang 3 avec 2 blocs. <pre> rang cds-16s 5s-cds notes 1 350 36 - 2 243 175 - 3 309 237 + 2 blocs, 16s-9aas-16s 4 349 767 + 3 blocs, 16s-6aas-16s-16s 5 333 180 + 2aas-16s-2aas 6 291 78 + 7 464 232 + mis_RNA-cds </pre> *Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans [[#bsu_cumuls|bsu cumuls]] et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin, du chapitre précédent, qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit. <pre> deb fin tri grand petit* tri grand* petit 134 111 8 93 52 9 86 66 168 199 10 130 63 8 93 52 179 227 9 86 66 11 107 106 122 82 4 122 82 4 122 82 333 180 6 193 90 10 130 63 193 90 11 107 106 1 134 111 172 840 1 134 111 6 193 90 93 52 2 199 168 2 199 168 86 66 7 840 172 3 227 179 63 130 3 227 179 12 284 269 106 107 5 333 180 5 333 180 284 269 13 383 223 13 383 223 383 223 12 284 269 7 840 172 </pre> *Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds. Voir le tableau des [[#bsu_les_fréquences|cds-cds]] de la bactérie '''bsu''', et les doublets tRNA-cds ci-dessus. <pre> bacilli cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit bsu cds-cds 4,325 4,215 608 3060 412 117 18 bsu cds ‰ 144 725 98 28 4 bsu tRNA ‰ 731 192 38 38 769 692 615 846 bsu tRNA 26 19 5 1 1 10 9 8 11 </pre> *Calculs: voir [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/g%C3%A9nomes_synth%C3%A8se#tRNA-cds_calculs|les détails]] <pre> bacilli cds total total <0 0-200 reste cds≥0 bornes p q tRNAs bsu cds-cds 4 325 4 215 608 3060 547 3607 petit 0,848 0,152 13 bsu cds % 144 848 152 11,620 p2 2pq 1-q2 q2 bsu tRNA 26 19 7 13,782 0,720 0,257 0,977 0,023 calculs proba effect attendu plage 2σ grand varq varp attendus petit 0,848 11 12,7 12 – 14 1,1 6,117 nq2(1-q2) np2(1-p2) petit grand grand 0,152 8 9,4 6 – 13 3,2 12,595 0,292 2,623 12,701 9,356 </pre> ==Listeria monocytogenes== ===lmo opérons=== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/List_mono_EGD/listMono_EGD-tRNAs.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AL591824] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lmo|lmo]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B2. Listeria monocytogenes EGD-e |-style="border-bottom:2px solid black;" !37.9%GC!!7.3.19 Paris!!&emsp;67&emsp;!!doubles!!intercal |- |||82705..82777||aag|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||237466..239020||bgcolor="#ff6600"|16s||@1||244 |- |||239265..242195||bgcolor="#ff6600"|23s||||80 |- |||242276..242385||bgcolor="#ff6600"|5s||||13 |- |||242399..242471||gta||||8 |- |||242480..242555||aca||||41 |- |||242597..242669||aaa||||5 |- |||242675..242756||cta||||14 |- |||242771..242842||ggc||||21 |- |||242864..242949||tta||||12 |- |||242962..243035||cgt||||10 |- |||243046..243119||cca||||19 |- |||243139..243214||gca||||341 |- |||243556..245041||bgcolor="#ff6600"|16s||||244 |- |||245286..248216||bgcolor="#ff6600"|23s||||80 |- |||248297..248406||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||677464..677553||tcg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||936656..936728||aac||||3 |- |||936732..936819||agc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||940017..940088||gaa||||27 |- |||940116..940188||gac|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||970867..970937||gga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||1266675..1266748||aga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||1740916..1740987||gaa||||5 |- |comp||1740993..1741083||agc||||34 |- |comp||1741118..1741190||aac||||6 |- |comp||1741197..1741270||atc||||25 |- |comp||1741296..1741366||gga||||23 |- |comp||1741390..1741462||cac||||28 |- |comp||1741491..1741563||ttc||||4 |- |comp||1741568..1741643||gac||||4 |- |comp||1741648..1741721||atgf||||42 |- |comp||1741764..1741853||tca||||22 |- |comp||1741876..1741949||atgi||||11 |- |comp||1741961..1742034||atgj||||42 |- |comp||1742077..1742149||gca||||22 |- |comp||1742172..1742245||cca||||10 |- |comp||1742256..1742329||cgt||||9 |- |comp||1742339..1742424||tta||||14 |- |comp||1742439..1742513||ggc||||15 |- |comp||1742529..1742610||cta||||5 |- |comp||1742616..1742688||aaa||||41 |- |comp||1742730..1742805||aca||||8 |- |comp||1742814..1742886||gta||||13 |- |comp||1742900..1743009||bgcolor="#ff6600"|5s||||81 |- |comp||1743091..1746021||bgcolor="#ff6600"|23s||||244 |- |comp||1746266..1747811||bgcolor="#ff6600"|16s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||1776112..1776183||cgt|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||1848821..1848930||bgcolor="#ff6600"|5s||||81 |- |comp||1849012..1851942||bgcolor="#ff6600"|23s||||244 |- |comp||1852187..1853732||bgcolor="#ff6600"|16s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||2162187..2162273||ctc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||2215375..2215446||gaa||||157 |- |||2215604..2215677||acg||||9 |- |||2215687..2215770||tac||||11 |- |||2215782..2215856||caa||||6 |- |||2215863..2215935||aaa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||2436493..2436576||ttg||||45 |- |comp||2436622..2436695||tgc||||19 |- |comp||2436715..2436786||ggc||||5 |- |comp||2436792..2436863||caa||||29 |- |comp||2436893..2436965||cac||||15 |- |comp||2436981..2437054||tgg||||7 |- |comp||2437062..2437145||tac||||20 |- |comp||2437166..2437238||ttc||||4 |- |comp||2437243..2437318||gac||||6 |- |comp||2437325..2437398||atgf||||21 |- |comp||2437420..2437495||gta||||56 |- |comp||2437552..2437623||gaa||||33 |- |comp||2437657..2437745||tcc||||6 |- |comp||2437752..2437827||aac||||14 |- |comp||2437842..2437951||bgcolor="#ff6600"|5s||||80 |- |comp||2438032..2440962||bgcolor="#ff6600"|23s||||172 |- |comp||2441135..2441210||gca||||46 |- |comp||2441257..2441330||atc||||127 |- |comp||2441458..2443003||bgcolor="#ff6600"|16s||@2|| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||2540230..2540301||cgg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||2672664..2672736||acc||||24 |- |comp||2672761..2672836||aac||||14 |- |comp||2672851..2672960||bgcolor="#ff6600"|5s||||80 |- |comp||2673041..2675971||bgcolor="#ff6600"|23s||||172 |- |comp||2676144..2676219||gca||||46 |- |comp||2676266..2676339||atc||||127 |- |comp||2676467..2678012||bgcolor="#ff6600"|16s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||2930362..2930434||gtc|||| |} ===lmo cumuls=== {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Listeria monocytogenes EGD-e |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|opérons!!colspan="3"|Fréquences!!Moyenne |- !!!!!effectifs!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!sans jaune |- |avec rRNA||opérons||6||1||0||0|| |- |||16 23 5s 0||2||20||4||25|| |- |||16 atc gca||2||40||1||11|| |- |||16 23 5s a||2||60||0||8|| |- |||max a||21||80||0||0|| |- |||a doubles||0||100||0||0|| |- |||spéciaux||0||120||0||0|| |- |||total aas||50||140||0||0|| |- |sans ||opérons||11||160||bgcolor="#ffff00"|1||0|| |- |||1 aa||8||180||0||0|| |- |||max a||5||200||0||0|| |- |||a doubles||0||220||0||0|| |- |||total aas||17||||6||44|| |- |total aas||||67||moyenne||36||20||11 |- |remarques||||2||variance||36||12||9 |} ===lmo blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lmo_blocs|lmo blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B2. Listeria monocytogenes EGD-e, blocs à rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !Types!!!!!!!!!!!!!!!! |-style="border-bottom:2px solid black;" !I!!I1!!I2!!&emsp;I3!!I4!!&emsp;&emsp;!!II!!II1!!II2 |- |bgcolor="#ff6600"|16s||||244||||244||||bgcolor="#ff6600"|16s||244||244 |- |bgcolor="#ff6600"|23s||||81||||80||||bgcolor="#ff6600"|23s||80||81 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||||13||||13||||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |- |||||8||||8|||||||| |- |||||gta||||gta|||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||**20aas||||**8aas|||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" !III!!!!!!!!!!!!IV!!!! |- |bgcolor="#ff6600"|16s||127||127|||||||||||| |- |atc||46||46|||||||||||| |- |gca||172||172|||||||||||| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||80||80|||||||||||| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||14||14|||||||||||| |- |||6||24|||||||||||| |- |||aac||aac|||||||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |||**13aas||acc|||||||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" !Groupes!!!!!!!!!!!!!!!! |- |||||||||||||bgcolor="#ff6600"|16s||244|| |- |||||||||||I4||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |||||||||||||bgcolor="#ff6600"|5s||13|| |- |||||||||||||gta||8|| |- |||||||||||||**7aas||19|| |- |||||||||||||gca||341|| |- |||||||||||||bgcolor="#ff6600"|16s||244|| |- |||||||||||II1||bgcolor="#ff6600"|23s||80|| |- |||||||||||||bgcolor="#ff6600"|5s|||| |} ===lmo remarques=== *Nombre de gènes protéines: 2867 (KEGG) <pre> *Remarques : lmo-bsu (ref. sont les 1ers génomes de cette étude qui m’ont poussé à étendre l’échantillon. Lma* lmo et bsu sont des bacilli et donc ont des points communs en terme d’opréons à RNAs avec des taux %GC très proches 38-44 %. @1 Blocs 16-23-5s : il y en a 4 dont 1 sans aas et 2 réunis dans un seul opéron. - Dans la 1ère étude ces blocs paraissaient arborer les séquences les plus longues d’aas et j’attribuait la longueur de 16 aas de l’opéron 16-act-gca à un remaniement entre opérons. Ce n’est plus le cas puisqu’il s’est avéré que ces derniers sont plus courants et peuvent être aussi long que les premiers avec 18 aas chez lam (ref.. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 4 blocs 16-23-5s, 244 80 13. - L'opéron à 2 blocs: le 2ème n'ayant pas d'aa à la suite de 5s et ayant une intercalaire du côté de 16s, très élevée, 341 bases, pourrait être un solitaire. @2 Blocs 16-atc-gca : il y en a 2 dont un le fameux 16aas et l’autre avec 4 aas. - Les intercalaires sont les mêmes pour les 2 opérons, 127 46 172 80 14. - Ils partagent les mêmes intercalaires 5s-aa avec les blocs 16-23-5s-aa, 80 13. Séquences des doubles : aucun double sur 7 opérons à 2 aas et plus. Comme bsu. </pre> ===lmo distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lmo_distribution|lmo distribution]] *Notes: *: - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés:aac acc. {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc2 lmo, Listeria monocytogenes EGD-e. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc21 lmo, distribution des blocs sans rRNA |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf|| |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||||{{tri1|b}}tcc||||'''tac||1||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 2||{{tri1|j}}acc||||'''aac||1||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||||cgt||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||1||ggc|| |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||1||'''aga||bgcolor="#66ffff"| 1 |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||||'''caa||1||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 2||'''gaa||2||gga||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj|| ||{{tri1|l}}acg||1||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 1||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |lmo||9||8|| || || ||4||21 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc22 lmo. Distribution des blocs avec rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| 2 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 1||'''tgc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#ffff00"| <u>1||'''aac||bgcolor="#ffff00"| <u>3||'''agc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||bgcolor="#ffff00"| 2||cgt||bgcolor="#ffff00"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| 2||ggc||bgcolor="#ffff00"| 3 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 2||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| 2||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 2||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 1||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ffff00"| 2||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| 2||gga||bgcolor="#ffff00"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg||bgcolor="#ffff00"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |lmo|| || || ||46|| ||||46 |} |} ====lmo données intercalaires==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lmo_autres_intercalaires_aas|lmo autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ==Lactobacillus amylovorus strain 30SC== ===lam opérons=== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Lact_acid_30SC/], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015214.1] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lam|lam]] *Légende: *: -cds1, hp 186: hypothetical protein, 186 pb, MESRNTKRSIQSKRKHTEKLCLVLRVVPQGVSTLKTEYNPSKKPRQSKRTDCRATEKRILE *: -cds2, hp 186: hypothetical protein, 186 pb, MESRNTKRSIQSKRKHTEKLCLVLRVVPQRVSTLKTEYNPSKKPRQSKRTDCRATEKRILE {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B3. Lactobacillus amylovorus strain 30SC |-style="border-bottom:2px solid black;" !38%GC!!30.6.19 Paris!!63!!doubles!!intercal |- |||447399..448972||bgcolor="#ff6600"|16s||@1||125 |- |||449098..449172||atc||||52 |- |||449225..449297||gca||||115 |- |||449413..452324||bgcolor="#ff6600"|23s||||68 |- |||452393..452509||bgcolor="#ff6600"|5s||||4 |- |||452514..452586||gta||||2 |- |||452589..452661||aaa||||13 |- |||452675..452756||cta||||23 |- |||452780..452852||aca||||10 |- |||452863..452934||ggc||||11 |- |||452946..453031||tta||||8 |- |||453040..453113||cgt||||5 |- |||453119..453192||cca||||29 |- |||453222..453295||atg||||12 |- |||453308..453381||atgi||||27 |- |||453409..453482||atgf||||3 |- |||453486..453559||gac||||6 |- |||453566..453638||ttc||||19 |- |||453658..453728||gga||||5 |- |||453734..453808||atc||||2 |- |||453811..453900||agc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||57091..58664||bgcolor="#ff6600"|16s||||125 |- |||58790..58864||atc||||52 |- |||58917..58989||gca||||115 |- |||59105..62016||bgcolor="#ff6600"|23s||||68 |- |||62085..62201||bgcolor="#ff6600"|5s||||13 |- |||62215..62287||aac|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||469566..471139||bgcolor="#ff6600"|16s||@2||9 |- |||471149..471334||'''cds1'''||hp 186||-3 |- |||471332..474243||bgcolor="#ff6600"|23s||||68 |- |||474312..474428||bgcolor="#ff6600"|5s||||13 |- |||474442..474514||aac|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||1709284..1709374||tcc||||10 |- |comp||1709385..1709457||aac||||13 |- |comp||1709471..1709587||bgcolor="#ff6600"|5s||||68 |- |comp||1709656..1712567||bgcolor="#ff6600"|23s||||-3 |- |comp||1712565..1712750||'''cds2'''||hp 186||9 |- |comp||1712760..1714333||bgcolor="#ff6600"|16s|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||79386..79458||aag|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||79913..79985||aag|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||193922..193994||acc|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||210866..210939||ggg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||287678..287752||bgcolor="#66ffff"|ggc||+||111 |- |||287864..287938||bgcolor="#66ffff"|ggc||3 ggc||109 |- |||288048..288122||bgcolor="#66ffff"|ggc||||35 |- |||288158..288231||ccg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||457611..457682||gaa||||35 |- |||457718..457804||tca||||9 |- |||457814..457887||atgf||||3 |- |||457891..457964||gac||||6 |- |||457971..458046||ttc||||4 |- |||458051..458132||tac||||4 |- |||458137..458207||tgg||||12 |- |||458220..458295||cac||||4 |- |||458300..458371||caa||||23 |- |||458395..458465||tgc||||40 |- |||458506..458590||ttg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||474442..474514||aac|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||507688..507760||acg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||526886..526957||caa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||551550..551631||tac||||34 |- |||551666..551737||caa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||567329..567416||ctt|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||583327..583413||tca||||6 |- |||583420..583493||gac||||7 |- |||583501..583576||cac||||4 |- |||583581..583653||gta|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||642034..642106||agg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||729370..729441||cgg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||784793..784864||gag|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||917887..917975||tcg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||1456724..1456800||aga|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||1681218..1681301||ctg|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||1707998..1708070||gta||||5 |- |comp||1708076..1708147||gaa|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||1987190..1987263||cgt||||8 |- |||1987272..1987345||cca|||| |} ===lam cumuls=== {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Lactobacillus amylovorus strain 30SC |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|opérons!!colspan="3"|Fréquences!!Moyenne |- !!!!!effectifs!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!sans jaune |- |avec rRNA||total||4||1||0||0|| |- |||16 23 5s 0||0||20||12||12|| |- |||16 atc gca||2||40||5||3|| |- |||16 23 5s a||0||60||0||0|| |- |||max a||18||80||0||0|| |- |||a doubles||0||100||0||0|| |- |||spéciaux||2||120||bgcolor="#ffff00"|2||0|| |- |||total aas||24||140||0||0|| |- |sans ||total||20||160||0||0|| |- |||1 aa||14||180||0||0|| |- |||max a||11||200||0||0|| |- |||a doubles||1||220||0||0|| |- |||total aas||39||||19||15|| |- |total aas||||63||moyenne||24||12||14 |- |remarques||||2||variance||33||9||13 |} ===lam blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lam_blocs|lam blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:left;" width="500" |+B3. lam, blocs à rRNA. |- |bgcolor="#ff6600"|16s||125||bgcolor="#99ff33"|1574||bgcolor="#ff6600"|16s||9||bgcolor="#99ff33"|1574 |- |atc||52||||cds1||-3||62 |- |gca||115||||bgcolor="#ff6600"|23s||68||bgcolor="#99ff33"|2912 |- |bgcolor="#ff6600"|23s||68||bgcolor="#99ff33"|2912||bgcolor="#ff6600"|5s||13||bgcolor="#99ff33"|117 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||4||bgcolor="#99ff33"|117||aac|||| |- |gta|||||||||| |- |&emsp;|||||||||| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||125||bgcolor="#99ff33"|1574||bgcolor="#ff6600"|16s||9||bgcolor="#99ff33"|1574 |- |atc||52||||cds2||-3||62 |- |gca||115||||bgcolor="#ff6600"|23s||68||bgcolor="#99ff33"|2912 |- |bgcolor="#ff6600"|23s||68||bgcolor="#99ff33"|2912||bgcolor="#ff6600"|5s||13||bgcolor="#99ff33"|117 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||13||bgcolor="#99ff33"|117||aac|||| |- |aac|||||||||| |} ===lam remarques=== <pre> *Remarques : pratiquement pas de doublons, 1 seul triplet dans 1 opéron sur 11. - Que des blocs de type 16-atcgca, il y en a 4. @1 Les 2 blocs 16-atcgca sont standard comme dans bsu et lmo (ref.. - Ils ont les mêmes intercalaires du début, 125 52 115 68 13. - un opéron avec 1 aa en plus, aac comme dans bsu-lmo. - un opéron à 18 aas plus grand que celui de lmo avec 16. @2 Les 2 blocs 16s-protéine-23s-5s. Ressemblance avec EFTU. - très petite protéine, 62 aas. - Dans les 2 cas les intercalaires sont les mêmes, 9 -3 68 13 - Notez le -3 pour le stop. - les intercalaires 25s-5s-aac sont à peu près les mêmes que les Blocs 16 atc gca 23-5s-aa, 68 13. contrôle du 3.10.20: les 2 cds ont disparus dans NCBI du 31.7.2020. Séquences des doubles : pratiquement pas de doublons, 1 seul triplet dans 1 opéron sur 11 opérons à plus de 2 aas. </pre> ===lam distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lam_distribution|lam distribution]] *Notes: *: - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés: 3 aac et tcc. *: - duplicata: ggc3 {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc3 lam, Lactobacillus amylovorus strain 30SC. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc31 lam, distribution des blocs sans rRNA |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||1 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||1||{{tri1|b}}tcc||||'''tac||2||'''tgc||1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 2||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''aac||bgcolor="#66ffff"| 1||'''agc|| |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||2||cgt||1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||2||ggc||'''3 |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||2||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||||'''aga||bgcolor="#66ffff"| 1 |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||1||'''caa||bgcolor="#66ffff"| <u>3||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||2||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 2||'''gaa||2||gga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||1||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''tag||||'''tgg||1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj|| ||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 2||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|h}}ccg||1||'''cag||||cgg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 1||ggg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |lam||25||14|| || || ||4||43 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc32 lam. Distribution des blocs avec rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| <u>1||'''tac||||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|j}}acc||||'''aac||bgcolor="#ffff00"| <u>3||'''agc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||||cgt||bgcolor="#ffff00"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| 1||ggc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| 1||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''caa||||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|o}}gca||||'''gaa||||gga||bgcolor="#ffff00"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |lam|| || || ||20|| ||||20 |} |} ===lam données intercalaires=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ====lam autres intercalaires aas==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ==Paenibacillus polymyxa SC2== ===ppm opérons=== ====ppm opérons chromosome==== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/download/GtRNAdb/search/gtrnadb-search1716.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP002213] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm|ppm]] *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B4 Paenibacillus polymyxa SC2 Chromosome |-style="border-bottom:2px solid black;" !45.5%GC!!26.7.19 Paris!!&emsp;110 &emsp;!!doubles!!intercal!!cds!!aa!!avec aa!!cdsa!!cdsd |- |||10545..11633||CDS||||327||327||||||363|| |- |||11961..13519||bgcolor="#ff6600"|16s||||280|||||||||| |- |||13800..16728||bgcolor="#ff6600"|23s||||143|||||||||| |- |||16872..16988||bgcolor="#ff6600"|5s||||232||232||||||||232 |- |||17221..17640||CDS||||93 855||||||||140|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||111496..112530||CDS||||616||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 345||bgcolor="#ffff00"| |- |||113147..114705||bgcolor="#ff6600"|16s||||207|||||||||| |- |||114913..117843||bgcolor="#ff6600"|23s||||76|||||||||| |- |||117920..118036||bgcolor="#ff6600"|5s||||343||343|||||||| |- |||118380..119837||CDS||||3 348||||||||486|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||123186..124469||CDS||||90||90||||||428||90 |- |||124560..124648||tca||||145||145|||||||| |- |||124794..125135||CDS||||55 592||||||||114|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||180728..181003||CDS||||412||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 92||bgcolor="#ffff00"| |- |||181416..182974||bgcolor="#ff6600"|16s||||108|||||||||| |- |||183083..183199||bgcolor="#ff6600"|5s||@1||39|||||||||| |- |||183239..183315||atc||||20||||||20|||| |- |||183336..183411||gca||||128|||||||||| |- |||183540..186468||bgcolor="#ff6600"|23s||||130|||||||||| |- |||186599..186690||agc||||28||||||28|||| |- |||186719..186795||atgj||||10||||||10|||| |- |||186806..186881||gta||||4||||||4|||| |- |||186886..186961||aca||||19||||||19|||| |- |||186981..187057||gac||||77||||||77|||| |- |||187135..187210||ttc||||6||||||6|||| |- |||187217..187302||tac||||7||||||7|||| |- |||187310..187385||aaa||||154||154||||||||154 |- |||187540..188682||CDS||||24 062||||||||381|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||212745..213341||CDS||||211||211||||||199||211 |- |comp||213553..213624||cgg||||259||259|||||||| |- |||213884..214921||CDS||||238 832||||||||346|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||453754..455364||CDS||||392||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 537||bgcolor="#ffff00"| |- |||455757..457315||bgcolor="#ff6600"|16s||||207|||||||||| |- |||457523..460453||bgcolor="#ff6600"|23s||||76|||||||||| |- |||460530..460646||bgcolor="#ff6600"|5s||||34|||||||||| |- |||460681..460757||atc||||22||||||22|||| |- |||460780..460855||gca||||4||||||4|||| |- |||460860..460935||aac||||34||||||34|||| |- |||460970..461043||atgj||||3||||||3|||| |- |||461047..461138||agc||||31||||||31|||| |- |||461170..461241||gaa||||6||||||6|||| |- |||461248..461323||gta||||10||||||10|||| |- |||461334..461407||atgf||||25||||||25|||| |- |||461433..461509||gac||||50||||||50|||| |- |||461560..461635||ttc||||22||||||22|||| |- |||461658..461733||aca||||5||||||5|||| |- |||461739..461824||tac||||16||||||16|||| |- |||461841..461913||cac||||18||||||18|||| |- |||461932..462006||caa||||4||||||4|||| |- |||462011..462086||aaa||||15||||||15|||| |- |||462102..462189||ctg||||6||||||6|||| |- |||462196..462270||ggc||||10||||||10|||| |- |||462281..462351||tgc||||26||||||26|||| |- |||462378..462454||cgt||||22||||||22|||| |- |||462477..462550||cca||||9||||||9|||| |- |||462560..462630||gga||||204||204||||||||204 |- |comp||462835..463938||CDS||||1 537||||||||368|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||465476..466216||CDS||||524||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 247||bgcolor="#ffff00"| |- |||466741..468299||bgcolor="#ff6600"|16s||||207|||||||||| |- |||468507..471434||bgcolor="#ff6600"|23s||||76|||||||||| |- |||471511..471627||bgcolor="#ff6600"|5s||||629||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |||472257..473588||CDS||||103 459||||||||bgcolor="#ffff00"| 444|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||577048..577794||CDS||||1 116||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 249||bgcolor="#ffff00"| |- |||578911..580469||bgcolor="#ff6600"|16s||||207|||||||||| |- |||580677..583607||bgcolor="#ff6600"|23s||||76|||||||||| |- |||583684..583800||bgcolor="#ff6600"|5s||||82|||||||||| |- |||583883..583958||gca||||4||||||4|||| |- |||583963..584038||aac||||3||||||3|||| |- |||584042..584133||tcc||||19||||||19|||| |- |||584153..584224||gaa||||9||||||9|||| |- |||584234..584309||gta||||29||||||29|||| |- |||584339..584412||atgf||||25||||||25|||| |- |||584438..584514||gac||||13||||||13|||| |- |||584528..584603||aca||||4||||||4|||| |- |||584608..584693||tac||||102||||||102|||| |- |||584796..584870||caa||||4||||||4|||| |- |||584875..584950||aaa||||12||||||12|||| |- |||584963..585043||cta||||10||||||10|||| |- |||585054..585128||ggc||||5||||||5|||| |- |||585134..585210||cgt||||12||||||12|||| |- |||585223..585302||ttg||||7||||||7|||| |- |||585310..585386||cca||||7||||||7|||| |- |||585394..585464||gga||||1 133||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |||586598..587560||CDS||||22 016||||||||bgcolor="#ffff00"| 321|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||609577..609924||CDS||||73||73||||||116||73 |- |||609998..610069||acg||||1 613||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||611683..612030||CDS||||140 810||||||||bgcolor="#ffff00"| 116|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||752841..754124||CDS||||611||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 428||bgcolor="#ffff00"| |- |||754736..756294||bgcolor="#ff6600"|16s||||208|||||||||| |- |||756503..759431||bgcolor="#ff6600"|23s||||75|||||||||| |- |||759507..759623||bgcolor="#ff6600"|5s||||183||183||||||||183 |- |comp||759807..760232||CDS||||173 078||||||||142|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||933311..934681||CDS||||449||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 457||bgcolor="#ffff00"| |- |||935131..936689||bgcolor="#ff6600"|16s||||221|||||||||| |- |||936911..939839||bgcolor="#ff6600"|23s||||76|||||||||| |- |||939916..940032||bgcolor="#ff6600"|5s||||216||216||||||||216 |- |||940249..941241||CDS||||521 183||||||||331|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1462425..1462937||CDS||||44||44||||||171||44 |- |||1462982..1463057||aac||||1||||1|||||| |- |||1463059..1463147||agc||||122||122|||||||| |- |comp||1463270..1464145||CDS||||74||||||||292|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1464220..1464981||CDS||||246||246||||||254|| |- |||1465228..1465299||gaa||||86||||86|||||| |- |||1465386..1465461||aaa||||15||||15|||||| |- |||1465477..1465562||ctc||||162||162||||||||162 |- |||1465725..1466180||CDS||||1 667||||||||152|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1467848..1468585||CDS||||262||262||||||246|| |- |||1468848..1468930||ctc||||148||148||||||||148 |- |comp||1469079..1469564||CDS||||112 990||||||||162|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1582555..1583361||CDS||||490||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 269||bgcolor="#ffff00"| |- |||1583852..1583925||ccc||||244||244|||||||| |- |comp||1584170..1585441||CDS||||32 099||||||||424|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1617541..1619682||CDS||||107||107||||||714||107 |- |||1619790..1619860||gga||||265||265|||||||| |- |||1620126..1621163||CDS||||254 529||||||||346|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1875693..1876160||CDS||||129||129||||||156||129 |- |||1876290..1876365||gcc||||11||||11|||||| |- |||1876377..1876449||aag||||520||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||1876970..1877974||CDS||||55 215||||||||bgcolor="#ffff00"| 335|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1933190..1933630||CDS||||381||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 147||bgcolor="#ffff00"| |- |||1934012..1934096||ctg||||91||91||||||||91 |- |comp||1934188..1934718||CDS||||74 847||||||||177|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||2009566..2010102||CDS||||222||222||||||179|| |- |||2010325..2010409||ctg||||213||213|||||||| |- |||2010623..2011135||CDS||||432 608||||||||171|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||2443744..2448333||CDS||||540||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 1530||bgcolor="#ffff00"| |- |||2448874..2450432||bgcolor="#ff6600"|16s||||400|||||||||| |- |||2450833..2453761||bgcolor="#ff6600"|23s||||143|||||||||| |- |||2453905..2454021||bgcolor="#ff6600"|5s||||236||236||||||||236 |- |comp||2454258..2455367||CDS||||186 804||||||||370|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||2642172..2643329||CDS||||426||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 386||bgcolor="#ffff00"| |- |||2643756..2645314||bgcolor="#ff6600"|16s||||343|||||||||| |- |||2645658..2648586||bgcolor="#ff6600"|23s||||144|||||||||| |- |||2648731..2648847||bgcolor="#ff6600"|5s||||156||156||||||||156 |- |||2649004..2649228||CDS||||884 577||||||||75|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||3533806..3534249||CDS||||139||139||||||148||139 |- |||3534389..3534460||gtc||||279||279|||||||| |- |comp||3534740..3535069||CDS||||103 837||||||||110|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||3638907..3639338||CDS||||728||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 144||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||3640067..3640152||tta||||249||249||||||||249 |- |||3640402..3640560||CDS||||28 092||||||||53|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||3668653..3669450||CDS||||247||247||||||266|| |- |comp||3669698..3669766||atg||||267||267|||||||| |- |comp||3670034..3670234||CDS||||54 456||||||||67|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||3724691..3725086||CDS||||122||122||||||132||122 |- |comp||3725209..3725282||atgi||||435||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||3725718..3726359||CDS||||612 148||||||||bgcolor="#ffff00"| 214|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||4338508..4339209||CDS||||107||107||||||234||107 |- |comp||4339317..4339390||cca||||7||||||7|||| |- |comp||4339398..4339477||ttg||||12||||||12|||| |- |comp||4339490..4339566||cgt||||5||||||5|||| |- |comp||4339572..4339646||ggc||||35||||||35|||| |- |comp||4339682..4339757||aaa||||28||||||28|||| |- |comp||4339786..4339862||gac||||26||||||26|||| |- |comp||4339889..4339965||atgf||||30||||||30|||| |- |comp||4339996..4340071||gta||||9||||||9|||| |- |comp||4340081..4340152||gaa||||17||||||17|||| |- |comp||4340170..4340261||tcc||||3||||||3|||| |- |comp||4340265..4340340||aac||||18|||||||||| |- |comp||4340359..4340475||bgcolor="#ff6600"|5s||||76|||||||||| |- |comp||4340552..4343482||bgcolor="#ff6600"|23s||||400|||||||||| |- |comp||4343883..4345441||bgcolor="#ff6600"|16s||||493||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||4345935..4347563||CDS||||46 596||||||||bgcolor="#ffff00"| 543|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||4394160..4395092||CDS||||238||238||||||311|| |- |||4395331..4395404||aga||||214||214|||||||| |- |||4395619..4396383||CDS||||49 894||||||||255|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||4446278..4447621||CDS||||207||207||||||448|| |- |comp||4447829..4447902||aga||||174||174|||||||| |- |||4448077..4448370||CDS||||256 556||||||||98|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||4704927..4705187||CDS||||361||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 87||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||4705549..4705627||ttg||||11||||11|||||| |- |comp||4705639..4705713||tgc||||11||||11|||||| |- |comp||4705725..4705796||ggc||||6||||6|||||| |- |comp||4705803..4705877||caa||||9||||9|||||| |- |comp||4705887..4705959||cac||||17||||17|||||| |- |comp||4705977..4706050||tgg||||7||||7|||||| |- |comp||4706058..4706143||tac||||4||||4|||||| |- |comp||4706148..4706223||aca||||22||||22|||||| |- |comp||4706246..4706318||ttc||||35||||35|||||| |- |comp||4706354..4706430||gac||||15||||15|||||| |- |comp||4706446..4706522||atgf||||25||||25|||||| |- |comp||4706548..4706623||gta||||58||||58|||||| |- |comp||4706682..4706753||gaa||||17||||17|||||| |- |comp||4706771..4706862||tcc||||3||||3|||||| |- |comp||4706866..4706941||aac||||326||326|||||||| |- |comp||4707268..4707597||CDS||||279 544||||||||110|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||4987142..4989934||CDS||||726||bgcolor="#ffff00"| ||||||bgcolor="#ffff00"| 931|| |- |comp||4990661..4990731||gga||||9||||||9|||| |- |comp||4990741..4990814||cca||||22||||||22|||| |- |comp||4990837..4990913||cgt||||5||||||5|||| |- |comp||4990919..4990993||ggc||||10||||||10|||| |- |comp||4991004..4991084||cta||||11||||||11|||| |- |comp||4991096..4991171||aaa||||4||||||4|||| |- |comp||4991176..4991250||caa||||55||||||55|||| |- |comp||4991306..4991381||gta||||11||||||11|||| |- |comp||4991393..4991464||gaa||||11||||||11|||| |- |comp||4991476..4991548||acc||||3||||||3|||| |- |comp||4991552..4991627||aac||||18|||||||||| |- |comp||4991646..4991762||bgcolor="#ff6600"|5s||||76|||||||||| |- |comp||4991839..4994768||bgcolor="#ff6600"|23s||||129|||||||||| |- |comp||4994898..4994973||gca||||20||||||20|||| |- |comp||4994994..4995070||atc||||38|||||||||| |- |comp||4995109..4995225||bgcolor="#ff6600"|5s||||93|||||||||| |- |comp||4995319..4996877||bgcolor="#ff6600"|16s||||367||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||4997245..4997475||CDS||||60 140||||||||bgcolor="#ffff00"| 77|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||5057616..5058803||CDS||||163||163||||||396||163 |- |comp||5058967..5059083||bgcolor="#ff6600"|5s||||76|||||||||| |- |comp||5059160..5062089||bgcolor="#ff6600"|23s||||185|||||||||| |- |comp||5062275..5062350||gca||||89|||||||||| |- |comp||5062440..5063998||bgcolor="#ff6600"|16s||||380||bgcolor="#ffff00"| ||||||||bgcolor="#ffff00"| |- |comp||5064379..5066394||CDS||||647 899||||||||bgcolor="#ffff00"| 672|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||5714294..5714611||CDS||||206||206||||||106|| |- |comp||5714818..5714908||tcg||||77||77||||||||77 |- |comp||5714986..5715210||CDS||||||||||||75|| |} ====ppm opérons plasmide==== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/download/GtRNAdb/search/gtrnadb-search1716.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014628.2] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm|ppm]] *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B4 Paenibacillus polymyxa SC2 plasmide | {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B4 Paenibacillus polymyxa SC2 plasmide MAJ |-style="border-bottom:2px solid black;" !comp!!23.10.19 Tanger!!49 aas!!doubles!!intercal |- |||3920..4174||cds hp|||| |- |||4711..4803||agc||+|| |- |||4809..4883||tgc||3 aac|| |- |||4947..5021||gaa||2 atc|| |- |||5029..5105||bgcolor="#66ff66"|ctt||2 cca|| |- |||5112..5186||cca||2 cga|| |- |||5288..5361||tgg||2 gaa|| |- |||bgcolor="#ff6600"|5366..5441||bgcolor="#66ff66"|tat||3 tgg||7 |- |||5449..5522||caa|||| |- |||5529..5605||cac|||| |- |||5611..5686||gac|||| |- |||5812..5887||gga|||| |- |||5898..5973||aac||@1|| |- |||5978..6066||tac||ctt|| |- |||6076..6153||bgcolor="#66ff66"|ata||ata||82 |- |||||****||tat|| |- |||6236..6311||atgi|||| |- |||6317..6392||aac|||| |- |||6397..6470||tgg|||| |- |||6602..6678||gaa|||| |- |||6684..6757||ggc|||| |- |||6813..6885||ttc|||| |- |||bgcolor="#ff6600"|6908..6980||cga||||7 |- |||6988..7065||cca|||| |- |||7071..7155||ttg|||| |- |||7161..7235||atc||||4 |- |||bgcolor="#ff6600"|7240..7317||atgf|||| |- |||7323..7398||gca|||| |- |||7508..7584||cga|||| |- |||7588..7668||cta|||| |- |||7682..7758||atc|||| |- |||7767..7841||aac|||| |- |||7846..7919||tgg|||| |- |||7953..8324||cds hp|||| |- |||8301..8378||gac|||| |- |||8387..8473||tac|||| |- |||8560..8632||aaa|||| |- |||8647..8720||gga|||| |- |||8725..8800||ttc|||| |- |||8808..8882||bgcolor="#66ff66"|acg||@2|| |- |comp||8983..9600||cds hp||acg|| |- |||9690..9771||tta|||| |- |||9775..9849||aca|||| |- |comp||9885..10169||cds hp|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||10320..10622||cds hp|||| |- |||10739..10813||aca|||| |- |comp||10832..11146||cds hp|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||11363..11599||cds hp|||| |- |||bgcolor="#ff6600"|11694..11765||aga||||85 |- |||bgcolor="#ff6600"|11851..12312||cds rev-trans|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||12508..12756||cds trans-rg||||'''442''' |- |||****||****|||| |- |||13199..14083||cds hp|||| |- |&emsp;|||||||| |- |||14310..14385||bgcolor="#66ff66"|tcg||+|| |- |||14394..14481||tcc||2 tcg|| |- |||bgcolor="#ff6600"|14489..14560||bgcolor="#66ff66"|ctt||@3||6 |- |||14567..14654||bgcolor="#66ff66"|tcg||tcg|| |- |||14660..14751||tca||ctt|| |- |||14871..15080||cds hp|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||227125..227388||cds hp|||| |- |comp||227833..227903||gga|||| |- |comp||228152..228391||cds hp|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||229793..229999||cds hp|||| |- |comp||230024..230108||tca||||'''783''' |- |||****||****|||| |- |&emsp;|||||||| |- |comp||230872..231393||cds hp|||| |- |comp||bgcolor="#ff6600"|231558..231640||tta|||| |- |||232618..233067||cds hp|||| |- |||510118..1|||||| |} || {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B4 Paenibacillus polymyxa SC2 plasmide |-style="border-bottom:2px solid black;" !37.6%GC!!26.7.19 Paris!!&emsp;51 &emsp;!!doubles!!intercal!!CDS!!aa!!avec aa!!cdsa!!cdsd |- |||3920..4174||CDS||||536||bgcolor="#ffff00"| 536||||||85|| |- |||4711..4803||agc||+||5||||5|||||| |- |||4809..4883||tgc||3 aac||63||||bgcolor="#ffff00"| 63|||||| |- |||4947..5021||gaa||2 atc||7||||7|||||| |- |||5029..5105||bgcolor="#66ff66"| ctt||2 caa||6||||6|||||| |- |||5112..5186||cca||2 cca||101||||bgcolor="#ffff00"| 101|||||| |- |||5288..5361||tgg||2 cga||4||||4|||||| |- |||5366..5444||tac||2 gaa||4||||4|||||| |- |||5449..5522||caa||2 tac||6||||6|||||| |- |||5529..5605||cac||3 tgg||5||||5|||||| |- |||5611..5686||gac||||125||||bgcolor="#ffff00"| 125|||||| |- |||5812..5887||gga||||10||||10|||||| |- |||5898..5973||aac||@1||4||||4|||||| |- |||5978..6066||tac||ctt||9||||9|||||| |- |||6076..6153||bgcolor="#66ff66"| ata||ata||4||||4|||||| |- |||6158..6231||caa||||4||||4|||||| |- |||6236..6311||atgi||||5||||5|||||| |- |||6317..6392||aac||||4||||4|||||| |- |||6397..6470||tgg||||131||||bgcolor="#ffff00"| 131|||||| |- |||6602..6678||gaa||||5||||5|||||| |- |||6684..6757||ggc||||55||||bgcolor="#ffff00"| 55|||||| |- |||6813..6885||ttc||||22||||bgcolor="#ffff00"| 22|||||| |- |||6908..6983||cga||||4||||4|||||| |- |||6988..7065||cca||||5||||5|||||| |- |||7071..7155||ttg||||5||||5|||||| |- |||7161..7235||atc||||5||||5|||||| |- |||7241..7317||atgf||||5||||5|||||| |- |||7323..7398||gca||||109||||bgcolor="#ffff00"| 109|||||| |- |||7508..7584||cga||||3||||3|||||| |- |||7588..7668||cta||||13||||13|||||| |- |||7682..7758||atc||||8||||8|||||| |- |||7767..7841||aac||||4||||4|||||| |- |||7846..7919||bgcolor="#66ffff"| tgg||||33||33||||||||33 |- |||7953..8324||bgcolor="#66ffff"| CDS||@4||-24||bgcolor="#ffff00"| -24||||||124|| |- |||8301..8378||bgcolor="#66ffff"| gac||||8||||8|||||| |- |||8387..8473||tac||||86||||bgcolor="#ffff00"| 86|||||| |- |||8560..8632||aaa||||14||||14|||||| |- |||8647..8720||gga||||4||||4|||||| |- |||8725..8800||ttc||||7||||7|||||| |- |||8808..8882||bgcolor="#66ff66"| acg||@2||100||100|||||||| |- |comp||8983..9600||CDS||acg||89||89||||||bgcolor="#ffff00"| 206|| |- |||9690..9771||tta||||3||||3|||||| |- |||9775..9849||bgcolor="#66ffff"| aca||||35||35||||||||35 |- |comp||9885..10169||bgcolor="#66ffff"| CDS||||bgcolor="#00ccff"| 150||||||||95|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||10320..10622||bgcolor="#66ffff"| CDS||||116||116||||||101|| |- |||10739..10813||bgcolor="#66ffff"| aca||||18||18||||||||18 |- |comp||10832..11146||bgcolor="#66ffff"| CDS||||bgcolor="#00ccff"| 216||||||||105|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||11363..11599||bgcolor="#66ffff"| CDS||||94||94||||||79||94 |- |||11694..11768||bgcolor="#66ffff"| aga||||103||103|||||||| |- |||11872..12312||bgcolor="#66ffff"| CDS||||bgcolor="#00ccff"| 195||||||||147|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||12508..12756||CDS||||293||293||||||83|| |- |||13050..13126||bgcolor="#66ffff"| atc||||72||72||||||||72 |- |||13199..14083||bgcolor="#66ffff"| CDS||||226||226||||||bgcolor="#ffff00"| 295|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||14310..14385||bgcolor="#66ff66"| tcg||+||8||||8|||||| |- |||14394..14481||tcc||2 tcg||7||||7|||||| |- |||14489..14563||bgcolor="#66ff66"| ctt||@3||3||||3|||||| |- |||14567..14654||bgcolor="#66ff66"| tcg||tcg||5||||5|||||| |- |||14660..14751||bgcolor="#66ffff"| tca||ctt||119||119||||||||119 |- |||14871..15080||bgcolor="#66ffff"| CDS||||212044||||||||70|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||227125..227388||CDS||||444||bgcolor="#ffff00"| 444||||||88|| |- |comp||227833..227903||bgcolor="#66ffff"| gga||||248||248||||||||248 |- |comp||228152..228391||bgcolor="#66ffff"| CDS||||1401||||||||80|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||229793..229999||bgcolor="#66ffff"| CDS||||24||24||||||69||24 |- |comp||230024..230108||bgcolor="#66ffff"| tca||||289||289|||||||| |- |comp||230398..230640||CDS||||bgcolor="#00ccff"| 231||||||||81|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||230872..231393||bgcolor="#66ffff"| CDS||||161||161||||||174||161 |- |comp||231555..231640||bgcolor="#66ffff"| tta||||977||bgcolor="#ffff00"| 977|||||||| |- |||232618..233067||CDS||||277050||||||||150|| |- |||510118..1|||||||||||||||| |} |} ===ppm cumuls=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm_cumuls|ppm cumuls]] ====Chromosome==== *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Paenibacillus polymyxa SC2, chromosome. |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|Opérons!!colspan="5"|Fréquences intercalaires!!colspan="5"|Fréquences aas cds |- !!!!!effectifs!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!gammes!!cds!!gammes!!cdsa!!cdsj!!gammes!!cdsd |- |avec rRNA||opérons||13||1||1||0||1||0||100||8||5||40||0 |- |||16 23 5s 0||7||20||12||46||50||1||200||20||17||60||1 |- |||16 5 atc gca||2||40||3||15||100||4||300||10||6||80||2 |- |||16 23 5s a||3||60||1||2||150||8||400||13||9||100||2 |- |||max a||21||80||0||1||200||6||500||7||4||120||2 |- |||a doubles||0||100||1||0||250||15||600||2||0||140||3 |- |||16 gca 23 5s ||1||120||0||1||300||5||700||1||0||160||3 |- |||total aas||73||140||0||0||350||3||800||1||bgcolor="#ffff00"|1||180||2 |- |sans ||opérons||19||160||0||0||400||bgcolor="#ffff00"|5||900||0||0||200||1 |- |||1 aa||15||180||0||0||450||bgcolor="#ffff00"|4||1000||1||0||220||3 |- |||max a||15||200||0||0||500||bgcolor="#ffff00"|2||1100||0||0||240||2 |- |||a doubles||0||||0||0||||bgcolor="#ffff00"|11||||1||0||||1 |- |||total aas||37||||18||65||||64||||64||42||||22 |- |total aas||||110||moyenne||20||17||||193||||292||229||||150 |- |remarques||||1||variance||21||17||||73||||234||123||||58 |- |bgcolor="#ffff00"|jaune||||||||||||||bgcolor="#ffff00"|sans||||||bgcolor="#ffff00"|sans|||| |} ====Plasmide==== *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Paenibacillus polymyxa SC2, plasmide. |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|Opérons!!colspan="5"|Fréquences intercalaires!!colspan="5"|Fréquences aas cds |- !!!!!effectifs!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!gammes!!cds!!gammes!!cdsa!!cdsj!!gammes!!cdsd |- |avec rRNA||opérons||0||1||0||||1||bgcolor="#ffff00"|1||60||0||||40||4 |- |||16 23 5s 0||||20||33||||50||4||80||4||||60||0 |- |||16 5 atc gca||||40||bgcolor="#ffff00"|1||||100||4||100||5||||80||1 |- |||16 23 5s a||||60||bgcolor="#ffff00"|1||||150||3||120||2||||100||1 |- |||max a||||80||bgcolor="#ffff00"|1||||200||1||140||1||||120||1 |- |||a doubles||||100||bgcolor="#ffff00"|1||||250||2||160||2||||140||0 |- |||16 gca 23 5s ||||120||bgcolor="#ffff00"|2||||300||2||180||1||||160||0 |- |||total aas||||140||bgcolor="#ffff00"|2||||350||0||200||0||||180||1 |- |sans ||opérons||10||160||0||||400||0||220||bgcolor="#ffff00"|1||||200||0 |- |||1 aa||6||180||0||||450||bgcolor="#ffff00"|1||240||0||||220||0 |- |||max a||32||200||0||||500||0||260||0||||240||0 |- |||a doubles||2||||0||||||bgcolor="#ffff00"|2||||bgcolor="#ffff00"|1||||||1 |- |||total aas||51||||41||||||20||||17||||||9 |- |total aas||||51||moyenne||6||||||126||||102||||||89 |- |remarques||||3||variance||3||||||92||||32||||||77 |- |bgcolor="#ffff00"|jaune||||||||bgcolor="#ffff00"|sans||||||bgcolor="#ffff00"|sans||||bgcolor="#ffff00"|sans|||||| |} ===ppm tRNA-cds=== *Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de '''ppm opérons''' dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs. <pre> ppm 45 48 21 72 deb fin deb fin grand petit grand petit -24 100 116 18 100 35 100 -24 24 289 536 33 100 -24 116 18 44 122 100 35 103 94 289 24 73 1613 293 72 116 18 536 33 90 145 206 77 122 44 100 35 94 103 381 91 145 90 122 44 100 35 -24 100 206 77 293 72 107 265 94 103 207 174 1613 73 116 18 226 119 222 213 206 77 122 435 44 122 226 119 145 90 129 520 90 145 238 214 381 91 139 279 262 148 246 162 103 94 161 977 246 162 259 211 265 107 206 77 207 174 262 148 226 119 207 174 222 213 265 107 435 122 211 259 238 214 267 247 520 129 222 213 490 244 279 139 279 139 226 119 444 248 289 24 262 148 238 214 728 249 293 72 977 161 246 162 211 259 361 326 246 162 247 267 107 265 381 91 207 174 262 148 247 267 435 122 259 211 293 72 139 279 444 248 222 213 361 326 24 289 490 244 238 214 381 91 361 326 520 129 490 244 444 248 122 435 536 33 267 247 490 244 129 520 728 249 444 248 536 33 161 977 977 161 728 249 728 249 73 1613 1613 73 361 326 </pre> *Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds. <pre> bacilli cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit ppm 5,384 58 1 26 22 6 3 12 14 6 20 ppm ‰ 17 448 379 103 52 414 483 207 690 </pre> ===ppm blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm_blocs|ppm blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B4. Paenibacillus polymyxa SC2, blocs à rRNA. |- |cds||392||||cds||1116||||cds||493 |- |bgcolor="#ff6600"| 16s||207||||bgcolor="#ff6600"| 16s||207||||bgcolor="#ff6600"| 16s||400 |- |bgcolor="#ff6600"| 23s||76||||bgcolor="#ff6600"| 23s||76||||bgcolor="#ff6600"| 23s||76 |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||34||||bgcolor="#ff6600"| 5s||82||||bgcolor="#ff6600"| 5s||18 |- |atc||22||||gca||4||||aac||3 |- |19aas||*||||15aas||*||||9aas||* |- |gga||'''204’||||gga||1133||||cca||107 |-style="border-bottom:2px solid black;" |cds||||||cds||||||cds|| |- |cds||367||||cds||412||||cds||380 |- |bgcolor="#ff6600"| 16s||93||||bgcolor="#ff6600"| 16s||108||||bgcolor="#ff6600"| 16s||89 |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||38||||bgcolor="#ff6600"| 5s||39||||gca||185 |- |atc||20||||atc||20||||bgcolor="#ff6600"| 23s||76 |- |gca||129||||gca||128||||bgcolor="#ff6600"| 5s||163 |- |bgcolor="#ff6600"| 23s||76||||bgcolor="#ff6600"| 23s||130||||cds|| |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||18||||agc||28|||||| |- |aac||3||||6aas||*|||||| |- |9aas||*||||aaa||154|||||| |- |gga||726||||cds|||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |cds|||||||||||||| |- |cds||327||'''616’||524||611||449||540||426 |- |bgcolor="#ff6600"| 16s||280||207||207||208||221||400||343 |- |bgcolor="#ff6600"| 23s||143||76||76||75||76||143||144 |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||232||343||629||'''183’||216||'''236’||156 |-style="border-bottom:2px solid black;" |cds|||||||||||||| |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||constant||39 aas||117 pbs|||||||| |} ===ppm remarques=== ====ppm chromosome==== <pre> tRNAs 21 17 11 16s 207 207 400 23s 76 76 76 5s 34 82 18 tRNAs 13 - - 10 16s 93 16s 108 16s 89 5s 38 5s 39 gca 185 atc 20 atc 20 23s 76 gca 129 gca 128 5s 23s 76 23s 130 5s 18 16s 280 207 207 208 221 400 343 23s 143 76 76 75 76 143 144 5s 5s constant 39 aas 117 pb *Remarques :Il n’y a pas de doublons dans les 13 blocs à rRNA, ni dans les blocs sans rRNA. - La majorité des tRNAs se trouvent dans les clusters à rRNA 73 contre 37. - Les blocs 16s23s5s sont majoritaires , 10 sur 13, dont 7 ne portent pas de tRNAs. - Les intercalaires 16s-23s sont quasiment identiques pour 7 blocs/10 les 3 autres sont doubles. - Les intercalaires 23s-5s sont aussi quasiment identiques pour 10/12 les autres sont doubles. - Les 2 intercalaires 16s-5s sont moitié de ceux de23s-5s. - Voir la liste ci-dessus pour les intercalaires et le nombre de tRNAs. @1 - Le bloc 16s5s-atcgca-23s-10aas a son 5s anormalement positionné, pas après 23s mais après 16s. Certains génomes (ref.) n’ont que que ce type. -Le bloc 16s5s-atcgca-23s5s-13aas porte les 2 types de position alors que en général un bloc à 2 5s est du type 16s23s5s5s, avec les 2 5s du même côté du 23s. Séquences des doubles : Il n’y a pas de doublons dans les 13 blocs à rRNA, ni dans les blocs sans rRNA. </pre> ====ppm plasmide==== <pre> Plasmide 24.10.19 Tanger *Remarques : - Il n'y a pas de cluster avec des gènes rRNAs, mais il existe au moins un plasmide avec ce type de cluster (ref.) chez les bactéries. - 46 gènes de tRNA sur 49 sont regroupés en 11 152 pb pour une longueur de plasmide de 510 118. Soit 2 % seulement de la taille du plasmide. - Ces 46 gènes sont répartis en 4 clusters dont le principal avec 39 gènes contient 2 cds entourés chacun par 2 tRNAs. Les 3 autres ne contiennent pas de cds à l’intérieur . Les 3 1ers clusters sont contigus et entre le 3ème et le 4ème existe un seul cds particulier de 83 aas, trans-rg, transcription regulator. Il est précédé d’une transcriptase reverse, rev-trans, de154 aas. - Particularité du cluster principal: régularité qui n'existe pas chez les clusters du chromosome. + dans le chromosome les intercalaires des clusters avec ou sans rRNA, moyenne et variance sont égales et du même ordre que la moyenne du cluster principal, à peu près 20, alors que sa variance est quasiment double, 36 pb. + 33 des intercalaires faibles du plasmide ont 6 et 3 pour respectivement moyenne et variance + Les intercalaires élevés sont répartis régulièrement et sont du même ordre que ceux entre tRNA-cds. Voir la liste ci-dessous où les intercalaires avec cds sont signalés en gras. - Les intercalaires entre les cds d'encadrement des 4 clusters sont aussi du même ordre que ceux à l'intérieur du cluster principal. Cette similitude et la contiguité entre les cds militent pour le regroupent de ces 4 clusters. - Les 3 derniers tRNAs du plasmide, aux adresses élevées, ne semblent pas former un groupe de clusters : Chaque tRNA est, à peu près, aussi proche d’un cds d’encadrement que dans le cluster principal (248 24 161), mais il est très éloigné de l’autre cds d’encadrement (444 783 977). De même la distance entre les cds est très élevées, 1401. - Si l'on considère le groupe des 4 clusters à 46 gènes de tRNA comme encadré par 2 cds, les intercalaires proches et éloignés équivalents respectivement à ceux des 3 tRNA à adresses élevées, sont du même ordre, 109 et 536. Et dans ce groupe la distance entre 2 cds contigus reste largement inférieure aux 1401 des gènes à adresses élevées, 442 qui est une exception par la fonction régulatrice d’un des 2 cds de l’intercalaire, « cds trans-rg », alors que les autres intercalaires sont inférieurs à 216. - Dans la série de 31 gènes il y a très peu de doublons comme le chromosome: Ils sont signalés par le signe +. Mais ils ne présentent pas de séries de gènes identiques ou de répétitions de séquences comme dans d’autres génomes, (ref.) à part la séquence cca-tgg répétée 2 fois. Sinon les doublons sont séparés par de nombreux autres gènes. Si l’on compare par rapport aux séries longues des clusters avec rRNA du chromosome, 21 aas, ou sans rRNA, 15 aas, les 31 aas de la série du plasmide, de part sa longueur et le nombre limité de type de gènes (ceux se terminant par a et c) candidats à la création dans le cluster, il est normal qu’il y ait des doublons. D’autant plus que la série fait appel à des gènes rares, ctt ata tat. Donc le plasmide ne déroge pas à l’absence des doublons du génome en entier. - @1,2 aas rares, acg et ctt, ou très rares, tat et ata. - @3 regroupement de 5 gènes de tRNA longs dont 4 Ser, 3 rares et un doublets de rares. Alors qu’aucun gène de ser n’est présent dans la série de 31 gènes. - @4 l’intercalaire négatif élevé entre le cds (124aas) et le gène de gac illustre bien l’intégration des cds du groupe des 4 clusters au processus de création de gènes. entre aas et cds du cluster principal 1-2 cds 536 2-3 tgc 63 5-6 cca 101 10-11 gac 125 18-19 tgg 131 20-21 ggc 55 21-22 ttc 22 27-28 gca 109 31-32 tgg 33 33-34 cds -24 35-36 tac 86 39-40 acg 100 40-41 cds 89 42-43 aca 35 entre cds de clusters cl1-cl2 150 cl2-cl3 216 cl3-trans rg 195 trans rg-cl4 442 </pre> ===ppm distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm_distribution|ppm distribution]] {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc4 ppm, Paenibacillus polymyxa SC2. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc41 ppm, distribution des blocs sans rRNA. Chromosome |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||1 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||1||{{tri1|b}}tcc||1||'''tac||1||'''tgc||1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 2||{{tri1|j}}acc||||'''aac||2||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| <u>2||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''cac||1||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|n}}gcc||1||'''gac||1||ggc||1 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#66ffff"| 1||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||1||'''aaa||1||'''aga||bgcolor="#66ffff"| 2 |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||||'''caa||1||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||1||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 3||'''gaa||2||gga||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||1||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''tag||||'''tgg||1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''aag||1||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||bgcolor="#66ffff"| 2||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |ppm||22||15|| || || ||5||42 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc42 ppm. Distribution des blocs avec rRNA. Chromosome |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| 3 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| 2||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 3||'''tgc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''aac||bgcolor="#ffff00"| 4||'''agc||bgcolor="#ffff00"| 2 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||bgcolor="#ffff00"| 1||cgt||bgcolor="#ffff00"| 4 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| 4||ggc||bgcolor="#ffff00"| 4 |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 3||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| 5||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 4||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 3||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 5||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ffff00"| 2||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| 4||gga||bgcolor="#ffff00"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |ppm|| || || ||68|| || ||68 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc43 ppm. Distribution des blocs sans rRNA. Plasmide |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||1 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||2||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||2||{{tri1|b}}tcc||1||'''tac||3||'''tgc||1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#66ffff"| <u>3||{{tri1|j}}acc||||'''aac||3||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||1||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||2||ggc||1 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#66ffff"| <u>2||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#66ffff"| <u>2||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#66ffff"| <u>2||'''aaa||1||'''aga||bgcolor="#66ffff"| 1 |- |{{tri1|k}}cta||1||{{tri1|g}}cca||2||'''caa||2||cga||2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||||{{tri1|o}}gca||1||'''gaa||2||gga||bgcolor="#66ffff"| <u>3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||1||{{tri1|d}}tcg||2||'''tag||||'''tgg||3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj|| ||{{tri1|l}}acg||1||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |ppm||45||6|| || || || ||51 |} |} ===ppm données intercalaires=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ====ppm autres intercalaires aas==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ===ppmp données intercalaires=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppmp_données_intercalaires|ppmp données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ====ppmp autres intercalaires aas==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ppmp_autres_intercalaires_aas|ppmp autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ==Paenibacillus mucilaginosus 3016== ===pmq opérons=== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/download/GtRNAdb/search/gtrnadb-search14885.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016935.1], génome [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP003235] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_opérons|pmq opérons]] *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B5 Paenibacillus mucilaginosus 3016 |-style="border-bottom:2px solid black;" !58.3%GC!!24.7.19 Paris!!&emsp;110 &emsp;!!doubles!!intercal!!cds!!aa!!avec aa!!cdsa!!cdsd |- |||9206..10276||CDS||||322||322||||||357|| |- |||10599..12139||bgcolor="#ff6600"|16s||||269|||||||||| |- |||12409..15343||bgcolor="#ff6600"|23s||||95|||||||||| |- |||15439..15555||bgcolor="#ff6600"|5s||||178||178||||||||178 |- |||15734..17190||CDS||||3061||||||||486|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||20252..21532||CDS||||47||47||||||427||47 |- |||21580..21666||tca||||140||140|||||||| |- |||21807..22157||CDS hp||@1||17||||||||117|| |- |||22175..22357||CDS hp||||23||||||||bgcolor="#fff600"|*61|| |- |||22381..22524||CDS hp||||86||||||||bgcolor="#fff600"|*48|| |- |comp||22611..22796||CDS hp||||138||||||||bgcolor="#fff600"|*62|| |- |comp||22935..25265||replicase||||156||||||||bgcolor="#fff600"|*777|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||25422..26165||CDS||||220||220||||||248|| |- |comp||26386..26460||cgg||||183||183||||||||183 |- |||26644..27168||CDS||||151287||||||||175|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||178456..179454||CDS||||298||298||||||333|| |- |||179753..181299||bgcolor="#ff6600"|16s||||254|||||||||| |- |||181554..184488||bgcolor="#ff6600"|23s||||168|||||||||| |- |||184657..184773||bgcolor="#ff6600"|5s||||15|||||||||| |- |||184789..184876||agc||||29||||||29|||| |- |||184906..184982||atgj||||39||||||39|||| |- |||185022..185097||gta||||15||||||15|||| |- |||185113..185189||atgf||||14||||||14|||| |- |||185204..185280||gac||||48||||||48|||| |- |||185329..185404||ttc||||5||||||5|||| |- |||185410..185485||aca||||9||||||9|||| |- |||185495..185579||tac||||15||||||15|||| |- |||185595..185670||aaa||||183||183||||||||183 |- |comp||185854..187104||CDS||||30460||||||||417|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||217565..218146||CDS||||129||129||||||194||129 |- |comp||218276..218350||cgg||||261||261|||||||| |- |||218612..219643||CDS||||34238||||||||344|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||253882..254526||CDS||||677||bgcolor="#fff600"|*677||||||bgcolor="#fff600"|215|| |- |||255204..256745||bgcolor="#ff6600"|16s||||268|||||||||| |- |||257014..259948||bgcolor="#ff6600"|23s||||95|||||||||| |- |||260044..260160||bgcolor="#ff6600"|5s||||55|||||||||| |- |||260216..260292||atc||||19||||||19|||| |- |||260312..260387||bgcolor="#66ffff"|gca||+||16||||||16|||| |- |||260404..260475||gaa||2 gca||9||||||9|||| |- |||260485..260569||tac||||20||||||20|||| |- |||260590..260665||aac||||3||||||3|||| |- |||260669..260744||gta||||19||||||19|||| |- |||260764..260840||gac||||20||||||20|||| |- |||260861..260933||ttc||||15||||||15|||| |- |||260949..261021||aaa||||10||||||10|||| |- |||261032..261118||ctg||||3||||||3|||| |- |||261122..261196||ggc||||12||||||12|||| |- |||261209..261280||tgc||||15||||||15|||| |- |||261296..261369||cgt||||5||||||5|||| |- |||261375..261448||cca||||158||||||bgcolor="#fff600"|*158|||| |- |||261607..261682||bgcolor="#66ffff"|gca||||4||||||4|||| |- |||261687..261759||acc||||5||||||5|||| |- |||261765..261854||tcg||||19||||||19|||| |- |||261874..261961||agc||||17||||||17|||| |- |||261979..262054||gtc||||5||||||5|||| |- |||262060..262134||acg||||39||||||39|||| |- |||262174..262262||tcc||||41||||||41|||| |- |||262304..262386||ctc||||283||283||||||||bgcolor="#fff600"|*283 |- |||262670..263515||CDS||||314679||||||||282|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||578195..579055||CDS||||324||324||||||287|| |- |||579380..580921||bgcolor="#ff6600"|16s||||258|||||||||| |- |||581180..584114||bgcolor="#ff6600"|23s||||166|||||||||| |- |||584281..584397||bgcolor="#ff6600"|5s||||31|||||||||| |- |||584429..584505||aac||||6||||||6|||| |- |||584512..584600||tcc||||38||||||38|||| |- |||584639..584710||gaa||||11||||||11|||| |- |||584722..584797||gta||||17||||||17|||| |- |||584815..584891||atgf||||15||||||15|||| |- |||584907..584983||gac||||67||||||67|||| |- |||585051..585125||acg||||11||||||11|||| |- |||585137..585212||cac||||10||||||10|||| |- |||585223..585297||caa||||5||||||5|||| |- |||585303..585378||aaa||||17||||||17|||| |- |||585396..585470||bgcolor="#66ffff"|ggc||+||40||||||40|||| |- |||585511..585585||bgcolor="#66ffff"|ggc||2 ggc||24||||||24|||| |- |||585610..585692||ttg||||5||||||5|||| |- |||585698..585774||cca||||19||||||19|||| |- |||585794..585867||gga||||1||||||1|||| |- |||585869..585942||aga||||187||187||||||||187 |- |||586130..586885||CDS||||85587||||||||252|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||672473..672949||CDS||||18||18||||||159||18 |- |||672968..673043||aac||||7||||7|||||| |- |||673051..673138||agc||@2||bgcolor="#fff600"|297||||bgcolor="#fff600"|297|||||| |- |||673436..673507||gaa||||9||||9|||||| |- |||673517..673599||ctc||||180||180|||||||| |- |||673780..674199||CDS||||182||||||||140|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||674382..675278||CDS||||159||159||||||299|| |- |||675438..675520||ctc||||64||64||||||||64 |- |||675585..675833||CDS||||18450||||||||83|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||694284..695636||CDS||||797||bgcolor="#fff600"|*797||||||bgcolor="#fff600"|451|| |- |||696434..697974||bgcolor="#ff6600"|16s||||261|||||||||| |- |||698236..701170||bgcolor="#ff6600"|23s||||94|||||||||| |- |||701265..701381||bgcolor="#ff6600"|5s||||43|||||||||| |- |||701425..701498||atc||||11||||||11|||| |- |||701510..701584||gaa||||5||||||5|||| |- |||701590..701665||gtc||||5||||||5|||| |- |||701671..701747||atgf||||4||||||4|||| |- |||701752..701825||tgg||||9||||||9|||| |- |||701835..701909||caa||||8||||||8|||| |- |||701918..701990||aaa||||18||||||18|||| |- |||702009..702095||ctg||||4||||||4|||| |- |||702100..702174||ggc||||11||||||11|||| |- |||702186..702259||cgt||||12||||||12|||| |- |||702272..702348||cca||||577||bgcolor="#fff600"|*577||||||||bgcolor="#fff600"|*577 |- |||702926..703120||CDS||||370320||||||||bgcolor="#fff600"|65|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1073441..1074214||CDS||||373||373||||||258|| |- |||1074588..1076136||bgcolor="#ff6600"|16s||||260|||||||||| |- |||1076397..1079331||bgcolor="#ff6600"|23s||||168|||||||||| |- |||1079500..1079616||bgcolor="#ff6600"|5s||||9|||||||||| |- |||1079626..1079701||aac||||6||||||6|||| |- |||1079708..1079796||tcc||||38||||||38|||| |- |||1079835..1079906||gaa||||11||||||11|||| |- |||1079918..1079993||gta||||17||||||17|||| |- |||1080011..1080087||atgf||||13||||||13|||| |- |||1080101..1080177||gac||||49||||||49|||| |- |||1080227..1080302||ttc||||4||||||4|||| |- |||1080307..1080382||aca||||13||||||13|||| |- |||1080396..1080481||tac||||8||||||8|||| |- |||1080490..1080560||tgg||||13||||||13|||| |- |||1080574..1080649||cac||||26||||||26|||| |- |||1080676..1080747||caa||||9||||||9|||| |- |||1080757..1080831||ggc||||12||||||12|||| |- |||1080844..1080917||tgc||||10||||||10|||| |- |||1080928..1081016||tta||||20||||||20|||| |- |||1081037..1081113||cgt||||3||||||3|||| |- |||1081117..1081199||ttg||||147||147||||||||147 |- |||1081347..1081973||CDS||||128630||||||||209|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1210604..1213519||CDS||||354||354||||||bgcolor="#fff600"|972|| |- |||1213874..1213949||gca||||16||||16|||||| |- |||1213966..1214037||gaa||||12||||12|||||| |- |||1214050..1214125||gta||||16||||16|||||| |- |||1214142..1214218||gac||||17||||17|||||| |- |||1214236..1214311||cac||||9||||9|||||| |- |||1214321..1214395||caa||||9||||9|||||| |- |||1214405..1214477||aaa||||8||||8|||||| |- |||1214486..1214572||ctg||||3||||3|||||| |- |||1214576..1214647||ggc||||169||169||||||||169 |- |comp||1214817..1215602||CDS||||378784||||||||262|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1594387..1594665||CDS||||537||bgcolor="#fff600"|*537||||||bgcolor="#fff600"|93|| |- |||1595203..1596743||bgcolor="#ff6600"|16s||||252|||||||||| |- |||1596996..1599930||bgcolor="#ff6600"|23s||||94|||||||||| |- |||1600025..1600141||bgcolor="#ff6600"|5s||||43|||||||||| |- |||1600185..1600261||atc||||19||||||19|||| |- |||1600281..1600356||gca||||17||||||17|||| |- |||1600374..1600445||gaa||||8||||||8|||| |- |||1600454..1600529||bgcolor="#66ffff"|gta||+||5||||||5|||| |- |||1600535..1600610||aca||2 gta||10||||||10|||| |- |||1600621..1600705||tac||||18||||||18|||| |- |||1600724..1600799||aac||||4||||||4|||| |- |||1600804..1600879||bgcolor="#66ffff"|gta||||21||||||21|||| |- |||1600901..1600977||atgf||||12||||||12|||| |- |||1600990..1601066||gac||||34||||||34|||| |- |||1601101..1601176||cac||||13||||||13|||| |- |||1601190..1601264||caa||||8||||||8|||| |- |||1601273..1601345||aaa||||17||||||17|||| |- |||1601363..1601448||ctc||||13||||||13|||| |- |||1601462..1601548||ctg||||5||||||5|||| |- |||1601554..1601628||ggc||||14||||||14|||| |- |||1601643..1601713||tgc||||10||||||10|||| |- |||1601724..1601797||cgt||||5||||||5|||| |- |||1601803..1601876||cca||||105||105||||||||105 |- |||1601982..1602245||CDS||||232535||||||||88|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1834781..1835260||CDS||||106||106||||||160||106 |- |||1835367..1835439||gcc||||137||137|||||||| |- |comp||1835577..1835978||CDS||||371114||||||||134|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||2207093..2208091||CDS||||192||192||||||333||192 |- |||2208284..2208367||bgcolor="#66ffff"|ctg||+||49||||49|||||| |- |||2208417..2208500||bgcolor="#66ffff"|ctg||2 ctg||315||315|||||||| |- |||2208816..2209952||CDS||||1246561||||||||379|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||3456514..3456786||CDS||||256||256||||||91|| |- |||3457043..3457119||ccc||||142||142||||||||142 |- |||3457262..3457483||CDS||||1547757||||||||74|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||5005241..5005426||CDS||||127||127||||||62||127 |- |comp||5005554..5005636||ctc||||40||||40|||||| |- |comp||5005677..5005765||tcc||||13||||13|||||| |- |comp||5005779..5005852||atg||||19||||19|||||| |- |comp||5005872..5005958||tcg||||167||167|||||||| |- |||5006126..5006220||ncRNA||||1377035||||||||32|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||6383256..6384173||CDS||||228||228||||||306|| |- |||6384402..6384477||gtc||||69||69||||||||69 |- |comp||6384547..6385458||CDS||||5453||||||||304|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||6390912..6391130||CDS||||142||142||||||73||142 |- |comp||6391273..6391358||tta||||7||||7|||||| |- |comp||6391366..6391442||atgi||||19||||19|||||| |- |comp||6391462..6391538||atgf||||370||370|||||||| |- |comp||6391909..6392460||CDS||||962046||||||||184|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||7354507..7354737||CDS||||342||342||||||77||bgcolor="#fff600"|*342 |- |comp||7355080..7355162||ctc||||28||||||28|||| |- |comp||7355191..7355279||tcc||||12||||||12|||| |- |comp||7355292..7355368||atgf||||14||||||14|||| |- |comp||7355383..7355459||atgj||||14||||||14|||| |- |comp||7355474..7355561||agc||||8||||||8|||| |- |comp||7355570..7355659||tcg||||4||||||4|||| |- |comp||7355664..7355736||acc||||4||||||4|||| |- |comp||7355741..7355816||gca||||119|||||||||| |- |||7355936..7356030||ncRNA||@3||36|||||||||| |- |comp||7356067..7356140||cca||||6||||||6|||| |- |comp||7356147..7356220||cgt||||104||||||bgcolor="#fff600"|*104|||| |- |comp||7356325..7356396||ggc||||7||||||7|||| |- |comp||7356404..7356490||ctg||||9||||||9|||| |- |comp||7356500..7356572||aaa||||9||||||9|||| |- |comp||7356582..7356656||caa||||9||||||9|||| |- |comp||7356666..7356741||cac||||17||||||17|||| |- |comp||7356759..7356835||gac||||12||||||12|||| |- |comp||7356848..7356923||gta||||4||||||4|||| |- |comp||7356928..7357003||aac||||15||||||15|||| |- |comp||7357019..7357103||tac||||8||||||8|||| |- |comp||7357112..7357187||aca||||5||||||5|||| |- |comp||7357193..7357264||gaa||||15||||||15|||| |- |comp||7357280..7357355||gcc||||9||||||9|||| |- |comp||7357365..7357438||atc||||54|||||||||| |- |comp||7357493..7357609||bgcolor="#ff6600"|5s||||112|||||||||| |- |comp||7357722..7360655||bgcolor="#ff6600"|23s||||258|||||||||| |- |comp||7360914..7362454||bgcolor="#ff6600"|16s||||403||bgcolor="#fff600"|*403|||||||| |- |||7362858..7363397||CDS||||254752||||||||bgcolor="#fff600"|180|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||7618150..7618842||CDS||||280||280||||||231||bgcolor="#fff600"|*280 |- |comp||7619123..7619193||ggg||||335||335|||||||| |- |||7619529..7620461||CDS||||46171||||||||311|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||7666633..7668069||CDS||||104||104||||||479||104 |- |comp||7668174..7668244||ggg||||5||||||5|||| |- |comp||7668250..7668326||cca||||106||||||bgcolor="#fff600"|*106|||| |- |comp||7668433..7668506||cgt||||11||||||11|||| |- |comp||7668518..7668592||ggc||||5||||||5|||| |- |comp||7668598..7668684||ctg||||13||||||13|||| |- |comp||7668698..7668783||ctc||||16||||||16|||| |- |comp||7668800..7668872||aaa||||10||||||10|||| |- |comp||7668883..7668967||tac||||28||||||28|||| |- |comp||7668996..7669071||ttc||||12|||||||||| |- |comp||7669084..7669200||bgcolor="#ff6600"|5s||||159|||||||||| |- |comp||7669360..7672297||bgcolor="#ff6600"|23s||||256|||||||||| |- |comp||7672554..7674095||bgcolor="#ff6600"|16s||||537||bgcolor="#fff600"|*537|||||||| |- |||7674633..7675382||CDS||||177794||||||||bgcolor="#fff600"|250|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||7853177..7853761||CDS||||57||57||||||195||57 |- |comp||7853819..7853892||cac||||230||||bgcolor="#fff600"|230|||||| |- |comp||7854123..7854196||cac||||404||bgcolor="#fff600"|*404|||||||| |- |comp||7854601..7854801||CDS||||245639||||||||bgcolor="#fff600"|67|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||8100441..8100854||CDS||||123||123||||||138||123 |- |comp||8100978..8101094||bgcolor="#ff6600"|5s||||167|||||||||| |- |comp||8101262..8104180||bgcolor="#ff6600"|23s||||248|||||||||| |- |comp||8104429..8105969||bgcolor="#ff6600"|16s||||325||325|||||||| |- |comp||8106295..8106636||CDS||||45281||||||||114|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||8151918..8152448||CDS||||460||bgcolor="#fff600"|*460||||||bgcolor="#fff600"|177||bgcolor="#fff600"|*460 |- |comp||8152909..8153031||bgcolor="#ff6600"|5s||||94|||||||||| |- |comp||8153126..8156060||bgcolor="#ff6600"|23s||||258|||||||||| |- |comp||8156319..8157859||bgcolor="#ff6600"|16s||||456||bgcolor="#fff600"|*456|||||||| |- |||8158316..8158642||CDS||||98285||||||||bgcolor="#fff600"|109|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||8256928..8257746||CDS||||83||83||||||273||83 |- |comp||8257830..8257903||gga||||5||||||5|||| |- |comp||8257909..8257985||cca||||16||||||16|||| |- |comp||8258002..8258078||cgt||||4||||||4|||| |- |comp||8258083..8258157||ggc||||8||||||8|||| |- |comp||8258166..8258248||cta||||42||||||42|||| |- |comp||8258291..8258366||aaa||||8||||||8|||| |- |comp||8258375..8258449||caa||||9||||||9|||| |- |comp||8258459..8258532||tgg||||4||||||4|||| |- |comp||8258537..8258613||atgf||||5||||||5|||| |- |comp||8258619..8258694||gtc||||5||||||5|||| |- |comp||8258700..8258774||gaa||||11||||||11|||| |- |comp||8258786..8258859||atc||||43|||||||||| |- |comp||8258903..8259019||bgcolor="#ff6600"|5s||||94|||||||||| |- |comp||8259114..8262048||bgcolor="#ff6600"|23s||||255|||||||||| |- |comp||8262304..8263845||bgcolor="#ff6600"|16s||||306||306|||||||| |- |comp||8264152..8264370||CDS||||58373||||||||73|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||8322744..8323205||CDS||||393||393||||||154||bgcolor="#fff600"|*393 |- |comp||8323599..8323715||bgcolor="#ff6600"|5s||||94|||||||||| |- |comp||8323810..8326748||bgcolor="#ff6600"|23s||||258|||||||||| |- |comp||8327007..8328547||bgcolor="#ff6600"|16s||||369||369|||||||| |- |comp||8328917..8330413||CDS||||21505||||||||499|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||8351919..8354414||CDS||||396||396||||||bgcolor="#fff600"|832|| |- |comp||8354811..8354884||atg||||149||149||||||||149 |- |comp||8355034..8355537||CDS||||34450||||||||168|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||8389988..8390512||CDS||||296||296||||||175||bgcolor="#fff600"|*296 |- |comp||8390809..8390925||bgcolor="#ff6600"|5s||||94|||||||||| |- |comp||8391020..8393954||bgcolor="#ff6600"|23s||||259|||||||||| |- |comp||8394214..8395754||bgcolor="#ff6600"|16s||||234||234|||||||| |- |comp||8395989..8396255||CDS||||220222||||||||89|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||8616478..8616924||CDS||||417||bgcolor="#fff600"|*417||||||bgcolor="#fff600"|149|| |- |||8617342..8617418||gac||||157||157||||||||157 |- |||8617576..8618541||CDS||||105821||||||||322|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||8724363..8724614||CDS||||455||bgcolor="#fff600"|*455||||||bgcolor="#fff600"|84|| |- |comp||8725070..8725160||tcg||||165||165||||||||165 |- |comp||8725326..8725559||CDS||||9205||||||||78|| |- |||||opéron||doubles||intercalaires||cds||aa||avec aa||cdsa||cdsd |} ===pmq cumuls=== {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Paenibacillus mucilaginosus 3016 |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|opérons!!colspan="3"|Fréquences intercalaires tRNAs!!colspan="4"|Fréquences intercalaires cds!!colspan="3"|Fréquences aas cds |- !!!!!effectif!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!gammes!!cds!!gammes!!cds dirigé!!gammes!!cdsa!!cdsd |- |avec rRNA||opérons||14||1||0||1||1||0||1||0||100||15||8 |- |||16 23 5s 0||5||20||14||107||50||3||20||1||200||18||10 |- |||16 atc gca||0||40||1||12||100||4||40||0||300||12||6 |- |||16 23 5s a||9||60||1||4||150||11||60||2||400||9||3 |- |||max a||23||80||0||1||200||11||80||2||500||6||4 |- |||a doubles||3||100||0||0||250||3||100||1||600||0||0 |- |||spéciaux||0||120||0||bgcolor="#ffff00"|2||300||6||120||3||700||0||0 |- |||total aas||138||140||0||0||350||7||140||3||800||0||0 |- |sans ||opérons||17||160||0||bgcolor="#ffff00"|1||400||6||160||5||900||1||0 |- |||1 aa||11||180||0||0||450||bgcolor="#ffff00"|3||180||3||1000||1||0 |- |||max a||9||200||0||0||500||bgcolor="#ffff00"|3||200||4||1100||0||0 |- |||a doubles||1||||bgcolor="#ffff00"|2||0||||bgcolor="#ffff00"|5||||bgcolor="#ffff00"|7||||0||0 |- |||total aas||35||||18||128||||62||||31||||62||31 |- |total aas||||173|||||||||||||||||||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |remarques||||3|||||||||||||||||||| |- |avec jaune||||||moyenne||||16||||||||||||235||213 |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||||variance||||20||||||||||||184||122 |- |sans jaune||||||moyenne||16||14||||207||||126|||||| |- |||||||variance||12||11||||106||||49|||||| |} ===pmq blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_blocs|pmq blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B5 Paenibacillus mucilaginosus 3016, RNAs blocs |- |CDS||'''298||'''324||'''373||12|| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||254||258||260||159|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||168||166||168||256|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||15||31||9||'''537|| |- |1er aa||agc||aac||aac||ttc|| |- |aas||<u>9||<u>16||<u>17||<u>9|| |- |CDS||183||187||147||104|| |- |&emsp;|||||||||| |- |CDS||'''677||'''797||'''537||54||43 |- |bgcolor="#ff6600"|16s||268||261||252||112||94 |- |bgcolor="#ff6600"|23s||95||94||94||258||255 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||55||43||43||'''403||'''306 |- |atc / aas||<u>22||<u>11||<u>19||<u>23||<u>12 |- |CDS||283||577||105||342||83 |- |&emsp;|||||||||| |- |CDS||'''322||123||460||393||296 |- |bgcolor="#ff6600"|16s||269||167||94||94||94 |- |bgcolor="#ff6600"|23s||95||248||258||258||259 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||178||'''325||'''456||'''369||'''234 |} ===pmq remarques=== <pre> *Remarques : Que des blocs 16-23-5s, 14. Très peu d’opérons sans rRNA, 35 aas pour 17 opérons. Très peu de doubles, 4 doublets. #@1 Suite aux gènes de protéines cotranscrits avec les gènes de tRNA, voir eco, j’ai entouré les opérons tRNA, dans les 7 génomes suivants, Par 2 CDS, un avant et un après. Dans cette remarque j’ai voulu montré les intercalalires et les tailles des CDS qui suivent l’opéron. Ce sont pour la plupart de petites protéines hypothétiques, largement plus petites que FT-U mais plus grandes que tpr (voir eco). #@2 L’intercalaire maximum qui laisserait penser qu’on a affaire à 2 opérons différents. Une recherche simple des promoteurs me paraît difficile dans les bases de données , sauf dans BioCyc qui est payant, aussi je me base sur le regroupement des gènes pour décider que je suis en présence d’un opéron ou non. Mais arrivé à ce stade de ma réflexion, comme je l’expiciterai plus tard, je ne m’interesse plus à l’existence de l’opéron mais seulement au regroupement CDS-séquence à t-rRNAs-CDS qu’il soit sur 1 ou 2 brins. Ce sont seulement les statistiques des intercalaires et, surtout, le sens 16s-23s qui paraît prévilégier les intercalaires courts, qui m’ontpoussé à changer cette limite vers 400 pb au lieu de 210, limite basée sur l’intercalaire max de 264 entre les 2 derniers tRNAs du 21aas de bsu qui est bien un opéron dans BioCyc. #@3 Voici une séquence qui n’est pas un CDS et pas sur le même brin que le reste du groupe, mais qui répond aux niveaux critères de la remarque @2 précédente. L’intercalaire entre les 2 tRNAs du même brin qui enjambent cette séquence est de 250 pb. #Séquence des doubles : Très peu de doubles. 3 doublets se trouvent avec les rRNAs dont 1 est successif, un 4ème doublet successif se trouve dans un opéron sans rRNAs. Les doublets dans ce génome sont rares mais se répartissent proportionnellement sur les 2 types d’opérons. #Les intercalaires dans les blocs : rappel des opérons à bloc chez eco voir sigma FIS 362 162 Terminateur #: - CDS-16s 234, 298-537, 677 797 voir ici sigma FIS 442 322 rien #: - 16s-23s 258 néant sigma FIS 473 228 Terminateur #: - 23s-5s 168*4, 112, 94*9 93*7 sigma FIS 480 95 Terminateur #: - 5s-tRNA 9-15*3 31-54*6 8-12*2, 52 Sigma Lrp-leu 377 228 rien #: - L’orientation CDS-16s, CDS de fin de bloc. 83-105*3 Sigma Lrp-leu 373 300 Terminateur 123-187*5 sigma FIS 614 74 Terminateur 283-577*6 #Les intercalaires entre tRNAs #: - Dans les opérons sans rRNAs inf à 20 14/18 16±12 #: - Dans les opérons à rRNAs inf à 20 107/128 16±20 #Les intercalaires avec les CDS des bordures #: - tous les CDS #: - Les CDS orientés #Taille des CDS de bordure en aas #: - tous les CDS #: - Les CDS orientés Notes : l’opéron de BioCyc et la direction 16s-23s dans les statistiques des intercalaires des CDS. Promoteur et terminateur. Les cds Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Paenibacillaceae;Paenibacillus. bloc protein interc aas 268 262304..262386 ctc 283 - 95 262670..263515 PRD domain 267 282 55 263783..265834 GlcT 179 684 atc 266014..266286 Hpr -8 91 22 266279..268003 PeP 575 258 585869..585942 aga 187 - 166 586130..586885 biotine Stase 40 252 31 586926..587918 BioB 8 331 aac 587927..589093 nanoate 176 389 16 589270..589914 hydrolase 215 20252..21532 Ser ligase 47 427 21580..21666 tca 140 21807..22157 CDS hp 17 117 22175..22357 CDS hp 23 61 22381..22524 CDS hp 86 48 22611..22796 CDS hp 138 62 22935..25265 Replicase 156 777 25422..26165 Peptidase 220 248 comp 26386..26460 cgg 183 26644..27168 sigma factor 151287 175 Les blocs à rRNAs CDS 298 324 373 12 16s 254 258 260 159 23s 168 166 168 256 5s 15 31 9 537 1er aa agc aac aac ttc aas 9 16 17 9 CDS 183 187 147 104 CDS 677 797 537 54 43 16s 268 261 252 112 94 23s 95 94 94 258 255 5s 55 43 43 403 306 atc/aas 22 11 19 23 12 CDS 283 577 105 342 83 CDS 322 123 460 393 296 16s 269 167 94 94 94 23s 95 248 258 258 259 5s 178 325 456 369 234 </pre> ===pmq distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_distribution|pmq distribution]] *Notes: *: - duplicata: ggc2 ctg2 {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc5 pmq, Paenibacillus mucilaginosus 3016. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc51 pmq, distribution des blocs sans rRNA |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||1 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||||{{tri1|b}}tcc||1||'''tac||||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||||{{tri1|j}}acc||||'''aac||1||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| <u>3||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''cac||3||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''gac||bgcolor="#66ffff"| <u>2||ggc||1 |- |{{tri1|i}}'''tta||1||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#66ffff"| 1||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||1||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||||'''caa||1||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||1||{{tri1|o}}gca||1||'''gaa||2||gga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| <u>2||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#66ffff"| <u>2||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||'''3||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg||bgcolor="#66ffff"| 2 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |pmq||24||11|| || || || ||35 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc52 pmq. Distribution des blocs avec rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| 7 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 4||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| 4||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 6||'''tgc||bgcolor="#ffff00"| 3 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ffff00"| 5||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#ffff00"| 2||'''aac||bgcolor="#ffff00"| 4||'''agc||bgcolor="#ffff00"| 3 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#ffff00"| 4||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||bgcolor="#ffff00"| 4||cgt||bgcolor="#ffff00"| 7 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''gac||bgcolor="#ffff00"| 6||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''9 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 4||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| 8||'''aga||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|k}}cta||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 7||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 4||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 7||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ffff00"| 4||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| 4||gga||bgcolor="#ffff00"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#ffff00"| 2||'''tag||||'''tgg||bgcolor="#ffff00"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#ffff00"| 2||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#ffff00"| 2||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||bgcolor="#ffff00"| 5||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg||bgcolor="#ffff00"| 1 |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |pmq|| || || ||138|| || ||138 |} |} ===pmq intercalaires entre cds=== *Lien NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016935.1] *'''Note''': Pour les génomes des annexes j'ai relevé les intercalaires entre tRNAs et entre ceux-ci et les cds qui leur sont adjacents. L'exemple est celui de [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru]] du clade alpha. L'idée de départ de ces prélèvements est la recherche d'opérons formés de tRNA et de protéine comme dans le cas d'E.coli: l'intercalaire entre le tRNA et la protéine devrait être faible. [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_remarques|Voir l'exemple d'eco]] (remarque @3) avec tac-tac-'''tpr''' et aca-tac-gga-acc-'''tufB'''. ====pmq données intercalaires==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Apmq|Apmq]] =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Apmq|Apmq]] ====pmq les fréquences==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *Légende: &emsp; long, longueur en pbs, &emsp; intercal pour intercalaire *: - fréquence-1 1 5 6 f, respectivement fréquence des intercalaires négatives à l'unité, positives à l'unité, par blocs de 5, par blocs de 10 jusqu'à 600 pbs et f pour finales. Ces fréquences servent à faire les diagrammes. La fréquence '''fréquencez''' est l'étendue à 1200 de la fréquence6 pour certains grands génomes. *: - '''cumul,%''' colonne à la droite de frequence6, reprend les fréquences par plages et leurs pourcentages indiqués déjà dans la 1ère partie du tableau. *: - La couleur cyan des fréquences fréquence-1 et 1 sert à montrer leur périodicité ternaire. *: - intercaln intercalx, pour les intercalaires négatifs minimaux et intercalaires positifs maximaux. *: - colonne ADN pour la longueur totale du génome en pbs et intercals pour le total en pbs des intercalaires entre cds uniquement, d'après la [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/g%C3%A9nomes_synth%C3%A8se#M%C3%A9thode_de_pr%C3%A9l%C3%A8vement|méthode des prélèvements]] de NCBI du '''7.2.21'''. {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="1300" |+pmq Les fréquences des intercalaires entre cds |-style="border-bottom:2px solid black;" !pmq!!intercalaires!!total!!%!!intercalaires!!moyenne!!ecartype!!plage!!ADN!!intercal!!<u>frequence5!!intercal!!<u>fréquencez |- |||'''négatif||795||11.0||'''négatif ||-11||16||-1 à -119||'''8 739 048||-1||795||610||15 |- |||'''zéro||31||0.4||||||||||'''intercals||0||31||620||10 |- |||'''1 à 200||4139||57.3||'''0 à 200||88||60||||'''1 202 544||5||200||630||6 |- |||'''201 à 370||1520||21.0||'''201 à 370||266||46||||'''13.8%||10||113||640||6 |- |||'''371 à 600||506||7.0||'''371 à 600||460||65||||||15||194||650||10 |- |||'''601 à max||232||3.2||'''601 à 1742||861||248||||||20||157||660||8 |- |||'''total 7223||<201||68.7||'''total 7223||165||188||-119 à 1742||||25||177||670||5 |-bgcolor="#eaecf0" style="font-weight:bold;" |adresse||intercalx||intercal||<u>fréquence1||intercal||<u>fréquence6||cumul,%||intercal||<u>fréquence-1||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|30||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|118||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|680||style="font-weight:normal;" bgcolor="#ffffff"|5 |- |6589209||1742||-1||795||-70||13||||0||31||35||130||690||6 |- |6004770||1651||0||31||-60||3||||-1||bgcolor="#66ffff"| 80||40||135||700||4 |- |4375163||1613||1||bgcolor="#66ffff"| 53||-50||6||||-2||3||45||110||710||5 |- |3234976||1576||2||bgcolor="#66ffff"| 47||-40||14||||-3||1||50||106||720||5 |- |1433663||1551||3||36||-30||27||'''min à -1||-4||bgcolor="#66ffff"| 395||55||93||730||5 |- |1961332||1546||4||35||-20||62||795||-5||1||60||87||740||5 |- |1948392||1534||5||29||-10||104||11.0%||-6||4||65||99||750||4 |- |8025788||1532||6||bgcolor="#66ffff"| 33||0||597||||-7||5||70||75||760||6 |- |6672573||1521||7||bgcolor="#66ffff"| 30||10||313||||-8||bgcolor="#66ffff"| 76||75||106||770||5 |- |4064508||1497||8||14||20||351||||-9||1||80||109||780||4 |- |1735863||1428||9||14||30||295||||-10||9||85||99||790||3 |- |4067449||1378||10||22||40||265||'''1 à 100||-11||bgcolor="#66ffff"| 34||90||108||800||5 |- |2875626||1352||11||24||50||216||2448||-12||0||95||98||810||3 |- |896926||1351||12||bgcolor="#66ffff"| 38||60||180||33.9%||-13||7||100||103||820||5 |- |6351796||1318||13||bgcolor="#66ffff"| 44||70||174||||-14||bgcolor="#66ffff"| 29||105||92||830||6 |- |2069562||1279||14||bgcolor="#66ffff"| 46||80||215||||-15||0||110||84||840||1 |- |1529184||1277||15||bgcolor="#66ffff"| 42||90||207||||-16||5||115||93||850||1 |- |1897252||1277||16||36||100||201||||-17||bgcolor="#66ffff"| 19||120||85||860||7 |- |2910237||1276||17||26||110||176||||-18||0||125||100||870||2 |- |3749065||1276||18||bgcolor="#66ffff"| 39||120||178||||-19||1||130||97||880||2 |- |4906359||1270||19||32||130||197||||-20||bgcolor="#66ffff"| 15||135||72||890||3 |- |1921516||1263||20||24||140||155||||-21||0||140||83||900||3 |- |880003||1252||21||bgcolor="#66ffff"| 43||150||183||||-22||6||145||89||910||3 |- |5858747||1240||22||33||160||154||||-23||bgcolor="#66ffff"| 13||150||94||920||2 |- |5950046||1211||23||26||170||169||'''1 à 200||-24||0||155||77||930||4 |- |8085655||1206||24||bgcolor="#66ffff"| 47||180||177||4139||-25||4||160||77||940||5 |- |7588882||1203||25||28||190||174||57.3%||-26||bgcolor="#66ffff"| 16||165||84||950||2 |- |7315024||1200||26||20||200||159||||-27||0||170||85||960||2 |- |5662979||1189||27||bgcolor="#66ffff"| 26||210||151||||-28||0||175||91||970||2 |- |8557915||1186||28||16||220||144||||-29||bgcolor="#66ffff"| 8||180||86||980||0 |- |359256||1184||29||25||230||131||||-30||0||185||87||990||2 |- |7839445||1169||30||bgcolor="#66ffff"| 31||240||141||||-31||2||190||87||1000||2 |- |1773925||1157||31||26||250||121||'''0 à 200||-32||bgcolor="#66ffff"| 9||195||80||1010||2 |- |3687367||1141||32||22||260||107||4170||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"| 774||200||79||1020||1 |- |1886363||1109||33||bgcolor="#66ffff"| 27||270||103||||reste||52||205||81||1030||2 |- |7335994||1095||34||23||280||94||||total||826||210||70||1040||2 |- |5259590||1088||35||bgcolor="#66ffff"| 32||290||74||||||||215||82||1050||2 |- |3089348||1087||36||24||300||58||||||||220||62||1060||4 |- |3287601||1084||37||27||310||80||||bgcolor="#eaecf0"|'''intercal||bgcolor="#eaecf0"|'''<u>fréquence5||225||65||1070||0 |- |933373||1077||38||25||320||60||||600||6991||230||66||1080||1 |- |8231158||1055||39||bgcolor="#66ffff"| 29||330||69||||650||47||235||68||1090||3 |- |1233491||1054||style="border-bottom:2px solid black;"| 40||style="border-bottom:2px solid black;" bgcolor="#66ffff"| 30||340||48||'''201 à 370||700||28||240||73||1100||1 |- |1379835||1052||reste||5173||350||58||1520||750||24||245||59||1110||1 |- |1438197||1052||total||7223||360||41||21.0%||800||23||250||62||1120||0 |- |2970387||1045||||||370||40||||850||16||255||55||1130||0 |- |5913926||1042||||||380||44||||900||17||260||52||1140||0 |- |7192953||1040||||||390||39||||950||16||265||51||1150||1 |- |247705||1038||||||400||36||||1000||8||270||52||1160||1 |- |1687282||1027||||||410||29||||1050||9||275||42||1170||1 |- |7301491||1024||||||420||25||||1100||9||280||52||1180||0 |- |2362680||1013||||||430||35||||1150||2||285||35||1190||3 |- |||||||||440||31||||1200||6||290||39||style="border-bottom:2px solid black;"| 1200||style="border-bottom:2px solid black;"| 1 |- |||||||||450||19||||1250||4||295||29||||205 |- |bgcolor="#eaecf0"|'''adresse||bgcolor="#eaecf0"|'''intercaln||bgcolor="#eaecf0"|'''décalage||bgcolor="#eaecf0"| '''long||460||25||||1300||8||300||29||reste||27 |- |4544722||-119||shift 2||16105||470||17||||1350||1||305||45||total||232 |- |5318942||-119||shift 3||18655||480||21||||1400||3||310||35|||| |- |1976860||-116||shift 4||1615||490||20||||1450||1||315||33|||| |- |5337597||-115||shift 5||1973||500||26||||1500||1||320||27|||| |- |3673911||-113||shift 6||419||510||13||||1550||4||325||30|||| |- |5433750||-101||shift 7||5002||520||14||||1600||2||330||39|||| |- |7350606||-101||shift 8||832||530||14||||1650||1||335||28|||| |- |2131496||-95||shift 9||1189||540||19||'''371 à 600||||230||340||20|||| |- |4669248||-95||||||550||20||506||||||345||34|||| |- |2553569||-89||||||560||12||7.0%||||||350||24|||| |- |2198194||-75||||||570||15||||||||355||28|||| |- |1029214||-74||||||580||9||'''601 à max||||||360||13|||| |- |7372543||-73||||||590||11||232||||||365||21|||| |- |1297148||-65||||||style="border-bottom:2px solid black;"| 600||style="border-bottom:2px solid black;"| 12||3.2%||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"| ||style="border-bottom:2px solid black;"| 370||style="border-bottom:2px solid black;"| 19|||| |- |3921139||-65||||||reste||232||||reste||2||reste||738|||| |- |6624824||-65||||||total||7223||||total||7223||total||7223|||| |} ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Diagrammes 400:&emsp; [[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]] [[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]], &emsp; diagramme 1-40: [[:image:Bac1-2.png|c+ pmq]] &emsp; [[:image:Bac-2.png|c+ cbei]] &emsp; [[:image:Fc40.png|total]], &emsp; texte: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]]. *Légende: voir la légende de [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S%2B|cvi]]. {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black;" |+pmq. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400 |-style="border-bottom:2px solid black;" |'''pmq'''||colspan="7"|'''Sx+'''||colspan="7"|'''Sc+''' |- !Poly3!!-7!!-5!!-3!!1!!R2!!flex x+!!comment.!!style="border-left:2px solid black;"|-7!!-5!!-3!!1!!R2!!flex c+!!comment. |- |1 à 400||31||-283||664||-7.0||878||304||max190||style="border-left:2px solid black;"|-29||229||-645||79||946||263||min70 |- |31 à 400||||||||||||||2 parties||style="border-left:2px solid black;"|-13||112||-388||63||937||287||2 parties |- !droite!!-a!!cste!!-!!R2!!note!!R2’!!!!style="border-left:2px solid black;"|-a!!cste!!-!!R2!!note!!R2’!! |- |1 à 400||28||31||-||65||poly||813||tF||style="border-left:2px solid black;"|143||54||||806||poly||140||SF |- |31 à 400||||||||||||||||style="border-left:2px solid black;"|113||46||-||886||dte||51||Sf |} *Légende du tableau des corrélations et des fréquences faibles {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black;" |+pmq. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et les fréquences faibles 1-30 |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||colspan="3"|effectifs diagramme||colspan="4"|corrélation x+ c+, 41-n||colspan="3"|corrélation x+ c+, 1-n |- !gen!!minima!!x+!!c+!!total!!400!!200!!250!!diff!!200!!250!!400 |- |mba||min10||705||1651||2356||154||-330||-221||109||-512||-477||-223 |- |cbei||min10||950||3395||4345||402||-509||-375||134||-649||-648||-290 |- |style="border:2px solid black;"|pmq||min10||1614||4164||5778||458||-832||-651||181||-866||-825||-61 |-style="border:2px solid black;" |colspan="3"|1-30 ‰ ||colspan="2"|effectifs||colspan="2"|0 ‰||colspan="2"|<0 ‰||colspan="2"|effectifs 1-40||corel |- !1-30 x+!!1-30 c+!!x+/c+!!x!!c!!x!!c!!x-!!c-!!x+!!c+!!x+/c+ |- |45||214||0.21||1255||2688||1||8||18||114||51||428||-74 |- |26||244||0.11||1212||4400||0||4||8||89||35||954||272 |- |style="border:2px solid black;"|32||218||0.15||1927||5296||3||5||22||140||68||1156||-207 |} *Diagrammes 400:&emsp; [[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]] [[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]], &emsp; diagramme 1-40: [[:image:Bac1-2.png|c+ pmq]] &emsp; [[:image:Bac-2.png|c+ cbei]] &emsp; [[:image:Fc40.png|total]], &emsp; texte: [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]]. *'''Résumé''': J’ai classé les 21 génomes suivant la forme des diagrammes x+ 1-400. J’ai obtenu 3 groupes, *# Les tildes au nombre de 5. Ils sont réguliers et forts, tF, avec un R2’ supérieur à 138 pour 4 d’entre eux et scc avec 71. Ce sont, cbei mba pmq et blo scc. *# Les formes S au nombre de 6. Leurs forces (R2’) sont variables, ade rru Sf 20-39, ant mja Sm 70-78, pmg pub SF 179-249. *# Les diagrammes à pyramide, c’est à dire présentant une bosse avec 4 ou 5 points contigus. Ils sont au nombre de 10 dont 9 sont des tildes et bsu est un Sf très faible (R2’18). abra rtb spl afn sont des tF avec plus de 96, ase cbn cvi sont des tf avec moins de 30, eco myr sont des tm 43 68. *: - pmq / cbei: Les 2 génomes se ressemblent beaucoup, totaux des effectifs très élevés et diffèrent à peine de 33%, 5778 contre 4345; corrélations sur 41-250 les plus négatives des 21 génomes,-651 contre -377 et les courbes sur x+ 1-400 sont presque identiques avec les tildes très forts, tF, 813 contre 708 et de même sur c+ 31-400 avec la forme S faible, Sf, 8 contre 51. *: - Les diagrammes 400 *:* x+ 1-400: *:*: + Les 2 courbes se ressemblent beaucoup, de forme tilde fort, avec un R2’ de 813 pour pmq contre 708. Cependant les allures sont différentes, plus grande variabilité chez cbei avec un R2 de 712 contre 878 pour pmq et la courbe cbei est plus étirée à la fin car le reste de l’effectif non pris en compte dans le diagramme (reste) est plus élevé que chez pmq, dans un rapport de 0.28 (262/946) contre 0.16 (266/1614 ) pour pmq. De ce point de vue cbei est plus proche de mba que ne l’est pmq, avec un rapport de 0.75 (527/705). *:*: + Les taux des fréquences faibles 1-30 sont parmi les plus faibles des 21 génomes, 32‰ pour pmq contre 26 pour cbei , et expliquent la forte chute des corrélations sur 1-250 par rapport à 41-250. *:*: + Les points d’inflexion sont normaux, 304 pour pmq contre 269 pour cbei. Avec pmq, le point d’inflexion élevé et le reste faible non pris en compte dans le diagramme fait que la courbe est arrondie. *:* c+ 1-400: Ce sont 2 courbes semblables de forme S fort, cbei avec un R2’ de 213 et pmq avec un R2’ de 140. Les 2 points d’inflexion sont normaux, 263 pour pmq et 245 pour cbei. Les fréquences faibles sont concentrées à la fréquence 20 qui est maximum local pour cbei. C’est un maximum pour pmq mais les taux sont répartis régulièrement de 10 à 40. Les minima locaux sont différents pour les 2 génomes, min70 pour pmq et min50 pour cbei. *:* x+ 31-400: Je n’ai pas représenté les courbes x+ 31-400 à cause des taux peu élevés des fréquences faibles 1-30. *:* c+ 31-400: Les 2 formes sont 2 S faibles, Sf, très faible pour cbei avec un R2’ de 8 (935 927) et faible pour pmq avec un R2’ de 51 (937 886). Les points d’inflexion sont aussi différents, il est normal pour pmq à la fréquence 287 et très faible pour cbei à 38. La courbe de pmq présente bien 2 parties avec un début renflé, alors que cbei se confond avec une droite d’un seul tenant sans renflement au début d’où le commentaire de “1 partie”. *: - Les corrélations: *:* Sur les plages 41-n: Les 2 corrélations sur 41-250 sont négatives et du même ordre de grandeur, -651 pour pmq et -377 pour cbei. Elles chutent fortement pour les 2 génomes sur 41-200, avec une différence (diff) de 181 pour pmq et 133 pour cbei. *:* Sur les plages 1-n: les 2 génomes chutent fortement aussi, -825 pour pmq et -646 pour cbei. *: - Les faibles fréquences: Les faibles fréquences 1-30 ne sont intéressantes à comparer que pour les génomes à courbes 1-400 semblables où le taux de ces fréquences sont élevés et évoluent en parallèle comme entre pmg et pub où le rapport x+/c+ passe de 0.78 à 0.51. Ici pmq et cbei se comportent de la même façon, respectivement, le rapport x+/c+ fait 0.15 et 0.11, les zéros sont très faibles, 8‰ et 4‰. Les négatifs sont faibles par rapport aux autres génomes mais chez pmq ils sont nettement plus élevés que chez cbei, 162‰ contre 97‰. *: - Les courbes 1-40: *:* c+ 1-40: Les 2 courbes sont très proche de celle du total des c+ 1-40. *:* x+ 1-40: Avec un effectif commun de 68 pour les 2 génomes, les courbes ne peuvent pas être significatives. ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *Légende: *Les intercalaires négatifs: j'ai dénombré ces intercaalires avec les brins complement/direct. Ensuite j'ai cumulé les intercalaires négatifs entre 2 brins différents à part, un continu ou complement suivi du brin inverse (comp'), et entre 2 brins continus d'autre part, 2 direct ou 2 complement. Je ne fournis ici que le résultat pour le tableur. ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] *Légende: &emsp; *: - comp, le gène est sur le brin complement *: - deb, fin sont respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc. *: - misc_f, pour misc_feature *: - misc_R, pour misc_RNA *Totaux: 1 tmRNA 3 ncRNA <pre> tRNA-cds tRNA-tRNA autres-cds total c+ x+ x- c+ x+ c- c+ x+ c- 44 19 185 7 255 1 ax+ </pre> *'''Méthode de calculs des intercalaires autres que les CDS-CDS''' voir le cas de [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed]]. {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+pmq Les autres intercalaires. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+pmq1 adresses1 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||9206||318|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||10595||280|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||12412||97|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||15439||178|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||15734|||| |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||20252||47|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||21580||137|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||21807|||| |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||25422||222|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||26388||183||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||26644|||| |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||178456||299|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||179754||266|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||181557||170|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||184657||15|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||184789||29|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||184906||39|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185022||15|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185113||14|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185204||48|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185329||5|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185410||9|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185495||15|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||185595||183|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||185854||||comp |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||217565||129||comp |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||218276||261||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||218612|||| |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||230970||186|| |- ||| tmRNA||231642||140|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||232145|||| |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||253921||673|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||255200||280|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||257017||97|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||260044||55|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260216||19|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260312||16|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260404||9|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260485||20|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260590||3|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260669||19|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260764||20|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260861||15|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||260949||10|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261032||3|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261122||12|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261209||15|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261296||5|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261375||158|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261607||4|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261687||5|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261765||19|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261874||17|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||261979||5|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||262060||39|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||262174||41|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||262304||283|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||262670|||| |- |deb|| bgcolor="#66ffff"| CDS||578195||320|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||579376||269|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||581183||168|| |- ||| bgcolor="#ff6600"| rRNA||584281||31|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||584429||10|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||584512||38|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||584639||11|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||584722||17|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||584815||15|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||584907||67|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585051||11|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585137||10|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585223||5|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585303||17|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585396||40|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585511||24|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585610||8|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585698||19|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585794||1|| |- ||| bgcolor="#ffff00"| tRNA||585869||187|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin|| bgcolor="#66ffff"| CDS||586130|||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="300" |+pmq2 adresses2 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||672473||18|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||672968||7|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||673051||297|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||673436||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||673517||180|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||673780|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||674382||159|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||675438||64|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||675585|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||694284||793|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||696430||272|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||698239||96|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||701265||43|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701425||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701510||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701590||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701671||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701752||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701835||8|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||701918||18|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||702009||7|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||702100||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||702186||12|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||702272||577|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||702926|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1073441||377|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||1074592||271|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||1076400||170|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||1079500||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1079626||6|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1079708||38|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1079835||11|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1079918||17|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080011||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080101||49|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080227||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080307||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080396||8|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080490||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080574||26|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080676||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080757||12|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080844||10|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1080928||20|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1081037||3|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1081117||150|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1081347|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1210625||354|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1213874||16|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1213966||12|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214050||16|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214142||17|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214236||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214321||9|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214405||8|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214486||3|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1214576||169|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1214817||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1594387||533|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||1595199||263|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||1596999||96|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||1600025||43|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600185||19|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600281||17|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600374||8|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600454||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600535||10|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600621||18|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600724||4|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600804||21|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600901||12|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1600990||34|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601101||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601190||8|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601273||17|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601363||13|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601462||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601554||14|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601643||10|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601724||5|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1601803||105|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1601982|||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+pmq3 adresses3 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||1834781||106|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||1835367||137|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||1835577||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2147627||89|| |- |||ncRNA||2148556||114|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2148850|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||2207093||192||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||2208284||49|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||2208417||315|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||2208816|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||3456514||256|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||3457043||142|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||3457262|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||5004536||394||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||5005554||40||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||5005677||13||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||5005779||19||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||5005872||167||comp |- |||ncRNA||5006126||132|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||5006353|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||6383256||228||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||6384402||72|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||6384547||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||6390912||142||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||6391273||7||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||6391366||19||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||6391462||75||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||6391614||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||6561157||118|| |- |||ncRNA||6563228||95||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||6563744||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||7354507||342|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355080||28||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355191||12||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355292||14||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355383||14||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355474||8||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355570||4||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355664||4||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7355741||119||comp |- |||ncRNA||7355936||36|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356067||6||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356147||104||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356325||7||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356404||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356500||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356582||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356666||17||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356759||12||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356848||4||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7356928||15||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7357019||8||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7357112||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7357193||15||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7357280||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7357365||54||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||7357493||113||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||7357723||269||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||7360922||399||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||7362858|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||7618150||280|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7619123||335||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||7619529|||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+pmq4 adresses4 |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb-fin!!gènes!!adresses!!intercal!!sens |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||7666633||104||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668174||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668250||106||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668433||11||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668518||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668598||13||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668698||16||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668800||10||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668883||28||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7668996||12||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||7669084||161||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||7669362||268||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||7672563||533||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||7674633|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||7853177||84||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7853819||230||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||7854123||404||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||7854601||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8100441||123||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8100978||169||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8101264||259||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8104437||321||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8106295||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8151918||460||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8152909||96||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8153128||269||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8156327||272||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8158136||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8256928||86|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8257833||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8257909||16||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258002||4||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258083||8||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258166||42||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258291||8||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258375||9||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258459||4||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258537||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258619||5||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258700||11||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8258786||43||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8258903||96||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8259116||267||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8262313||302||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8264152||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8322744||393||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8323599||96||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8323812||269||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8327015||365||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8328917||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8351919||396||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8354811||149||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8355034||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8389988||296|| |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8390809||96||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8391022||270||comp |- |||bgcolor="#ff6600"| rRNA||8394222||230||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8395989||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8399622||208||comp |- |||ncRNA||8400892||47||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8401203||||comp |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8616478||417||comp |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8617342||157|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8617576|||| |- |deb||bgcolor="#66ffff"| CDS||8724363||455|| |- |||bgcolor="#ffff00"| tRNA||8725070||165||comp |-style="border-bottom:2px solid black;" |fin||bgcolor="#66ffff"| CDS||8725326||||comp |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |- |&emsp;|||||||| |} |} ====pmq intercalaires tRNA==== =====pmq intercalaires tRNA-cds===== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] *Légende: *: - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin. *: - deb, fin sont les intercalaires des cds du tableau précédent, autres intercalaires: respectivement dans le sens des adresses croissantes, le cds avant le 1er tRNA et le cds après le dernier tRNA du bloc. *Cumuls comp'+continu du tableau <pre> deb fin total <201 10 16 26 total 20 22 42 taux 50% 73% 62% </pre> {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+pmq intercalaires tRNA |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" |+pmq les relevés deb-fin |-style="border-bottom:2px solid black;" !comp’!!deb!!comp’!!fin |- |||47||||137 |- |comp’||222||comp’||183 |- |||||comp’||183 |- |||129||comp’||261 |- |||||||283 |- |||||||187 |- |||18||||180 |- |||159||||64 |- |||||||577 |- |||||||150 |- |||354||comp’||169 |- |||||||105 |- |||106||comp’||137 |- |comp’||192||||315 |- |||256||||142 |- |||394|||| |- |comp’||228||comp’||72 |- |||142||||75 |- |comp’||342|||| |- |comp’||280||comp’||335 |- |||104|||| |- |||84||||404 |- |comp’||86|||| |- |||396||||149 |- |comp’||417||||157 |- |comp’||455||||165 |} || {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:right;" width="350" |+pmq intercalaires inférieures à 201 pbs |-style="border-bottom:2px solid black;" !deb!!fin!!continu!!cumuls |- |18||64||'''deb|| |- |47||75||<201||8 |- |84||105||total||12 |- |104||137||taux||67% |- |106||142||'''fin|| |- |129||149||<201||11 |- |142||150||total||15 |- |159||157||taux||73% |- |256||165|||| |- |354||180||'''total|| |- |394||187||<201||19 |- |396||283||total||27 |- |'''-||315||taux||70% |- |'''-||404|||| |-style="border-bottom:2px solid black;" |'''-||577||'''comp’||'''cumuls |- |86||72|||| |- |192||137||'''deb||2 |- |222||169||||8 |- |228||183|||| |- |280||183||'''fin||5 |- |342||261||||7 |- |417||335||'''total|| |- |455||'''-||<201||7 |- |||||total||15 |- |||||taux||47% |- |&emsp;|||||| |} |} =====pmq intercalaires tRNA-tRNA===== *Légende: *: - comp', l'intercalaire est entre un gène comp (sur le complément) et un gène sur le brin direct. Continu les 2 gènes sont sur le même brin. Il n'y a pas d'intercalaire à cheval sur les 2 brins dans ce relevé. *: - Il n'y a pas de tRNA entre les rRNAs. <pre> int fr int fr 1 1 24 1 2 0 26 1 3 4 28 2 4 9 29 1 5 16 34 1 6 2 38 2 7 4 39 2 8 10 40 2 9 12 41 1 10 7 42 1 11 7 48 1 12 7 49 2 13 7 67 1 14 4 104 1 15 7 106 1 16 5 158 1 17 8 230 1 18 2 297 1 19 7 20 3 21 1 tot 146 </pre> ====pmq intercalaires rRNA==== *Voir la présentation des blocs à rRNA dans le chapitre [[#pmq_blocs|pmq blocs]] de l'étude préliminaire. A comparer avec le tableau [[#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]]. *Remarque: Quand le 16s n'est pas précédé de tRNAs l'intercalaire cds-16s est élevé alors que l'intercalaire cds-bloc de l'autre côté du bloc est beaucoup plus faible. Cette orientation est quasiment générale chez tous les génomes que j'ai étudié ici. Je l'ai notée dans les chapitres '''génome-bloc''' de chaque génome. Pour pmq il y a 14 blocs et seulement 3 sont inversés. Voici ci-dessous les 14 blocs avec leur orientation dans l'ordre des adresses croissantes. La colonne +- indique la présence ou non de tRNAs après le 5s. Le bloc 11 a l'inversion la plus forte 272-460 à la date du 7.2.21 alors qu'à la date du [[#pmq_opérons|24.7.19]] le cds-16s est comp' et son intercalaire de 456 pbs. <pre> rang cds-16s 5s-cds tRNA 1 318 178 - 2 299 183 + 3 673 283 + 4 320 187 + 5 793 577 + 6 377 150 + 7 533 105 + 8 399 342 + 9 533 104 + 10 321 123 - 11 272 460 - 12 302 86 + 13 365 393 - 14 230 296 - </pre> *Note: J'ai supposé souvent que les blocs à tRNA sans rRNA sont aussi orientés de l'intercalaire le plus grand au plus petit. Dans [[#pmq_cumuls|pmq cumuls]] et de même pour les autres génomes, j'ai noté cette orientation dans la colonne cdsd, pour cds dirigé. Je n'ai conservé pour les calculs que le plus petit intercalaire des 2 cds bordant le bloc. L'idée était que cette orientation provoquait la création du cds en fin de bloc. Ces cds sont souvent de petites protéines et souvent hypothétiques. Aussi je présente ci-dessous la transformation deb-fin, du chapitre précédent, qui est imposée par l'adressage en intercalaire plus grand et plus petit. <pre> deb fin tri grand petit* tri grand* petit 47 137 4 180 18 1 137 47 222 183 1 137 47 7 137 106 129 261 5 159 64 11 142 75 18 180 10 228 72 5 159 64 159 64 11 142 75 4 180 18 354 169 13 404 84 2 222 183 106 137 7 137 106 10 228 72 192 315 3 261 129 9 256 142 256 142 9 256 142 3 261 129 228 72 14 396 149 8 315 192 142 75 15 417 157 12 335 280 280 335 16 455 165 6 354 169 84 404 6 354 169 14 396 149 396 149 2 222 183 13 404 84 417 157 8 315 192 15 417 157 455 165 12 335 280 16 455 165 </pre> *Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds. Voir le tableau des [[#pmq_les_fréquences|cds-cds]] de la bactérie '''pmq''', et les doublets tRNA-cds ci-dessus. <pre> bacilli cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit pmq cds-cds 7,258 7,223 795 4170 1520 506 232 pmq cds ‰ 110 577 210 70 32 pmq tRNA ‰ 625 250 125 500 750 313 938 pmq tRNA 32 20 8 4 8 12 5 15 </pre> *Calculs: voir [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/g%C3%A9nomes_synth%C3%A8se#tRNA-cds_calculs|les détails]] <pre> bacilli cds total total <0 0-200 reste cds≥0 bornes p q tRNAs pmq cds-cds 7 258 7 223 795 4170 2258 6428 petit 0,649 0,351 16 pmq cds % 110 649 351 11,395 p2 2pq 1-q2 q2 pmq tRNA 32 20 12 16,657 0,421 0,456 0,877 0,123 calculs proba effect attendu plage 2σ grand varq varp attendus petit 0,649 15 14,0 11 – 17 2,6 2,784 nq2(1-q2) np2(1-p2) petit grand grand 0,351 5 6,7 3 – 11 3,9 10,683 1,731 3,900 14,026 6,733 </pre> ==Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 == ===lbu opérons=== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Lact_delb_bulgaricus_ATCC_BAA_365/lactDelb_BULGARICUS_ATCCBAA_365-tRNAs.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_008529.1] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lbu_opérons|lbu opérons]] *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B6 Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 |-style="border-bottom:2px solid black;" !49.8%GC!!29.7.19 Paris!!&emsp;110 &emsp;!!doubles!!intercal!!cds!!aa!!avec aa!!cdsa!!cdsd |- |comp||18533..19237||CDS||||128||128||||||235||128 |- |||19366..19438||bgcolor="#66ff66|act||@1||195||195|||||||| |- |||19634..20371||CDS||||6912||||||||246|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||27284..29785||CDS||||276||276||||||bgcolor="#ffff00"|*834|| |- |||30062..30134||bgcolor="#66ff66|act||||134||134||||||||134 |- |||30269..30907||CDS||||11768||||||||213|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||42676..43248||cds hp||||451||bgcolor="#ffff00"|*451||||||bgcolor="#ffff00"|*191|| |- |||43700..45271||bgcolor="#ff6600"|16s||||209|||||||||| |- |||45481..48391||bgcolor="#ff6600"|23s||||69|||||||||| |- |||48461..48577||bgcolor="#ff6600"|5s||||275||275||||||||bgcolor="#ffff00"|275 |- |||48853..49091||cds hp||||56679||||||||80|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||105771..106547||CDS||||56||56||||||259||56 |- |comp||106604..106679||bgcolor="#66ff66|aag||||125||125|||||||| |- |||106805..107533||CDS||||103754||||||||243|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||211288..212553||CDS||||94||94||||||422|| |- |||212648..212720||acc||||23||23||||||||23 |- |comp<||212744..213262||CDS||||64997||||||||173|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||278260..278928||CDS||||69||69||||||223||69 |- |comp||278998..279068||bgcolor="#66ff66|ggg||||181||181|||||||| |- |||279250..280275||CDS||||44047||||||||342|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||324323..324949||CDS||||117||117||||||209||117 |- |||325067..325138||bgcolor="#66ffff|ggc||+||4||||4|||||| |- |||325143..325216||bgcolor="#66ff66|ccg||2 ggc||108|||||||||| |- |||325325..325399||bgcolor="#66ffff|ggc||||155||155|||||||| |- |||325555..326016||CDS||||37886||||||||154|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||363903..364394||CDS||||98||98||||||164||98 |- |||364493..364564||caa||||614||bgcolor="#ffff00"|*614|||||||| |- |||365179..366360||CDS||||bgcolor="#00ccff"|-14||||||||bgcolor="#ffff00"|*394|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||366347..367402||CDS||||75||75||||||352|| |- |||367478..367559||tac||||5||||5|||||| |- |||367565..367636||caa||||62||62||||||||62 |- |<||367699..368318||CDS||||14127||||||||207|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||382446..382907||CDS||||30||30||||||154||30 |- |||382938..383026||bgcolor="#66ff66|ctt||||118||118|||||||| |- |||383145..383768||CDS||||70441||||||||208|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||454210..455529||CDS||||61||61||||||440||61 |- |||455591..455665||bgcolor="#66ff66|agg||||341||341|||||||| |- |||456007..457035||CDS||||75557||||||||343|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||532593..533285||CDS||||82||82||||||231||82 |- |comp||533368..533442||bgcolor="#66ff66|cgg||||296||296|||||||| |- |||533739..534782||CDS||||48963||||||||348|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||583746..584728||CDS||||57||57||||||328||57 |- |comp||584786..584858||bgcolor="#66ff66|cag||||5||||5|||||| |- |comp||584864..584935||bgcolor="#66ff66|gag||||170||170|||||||| |- |||585106..586110||CDS||||94988||||||||335|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||681099..682741||CDS||||518||bgcolor="#ffff00"|*518||||||bgcolor="#ffff00"|*548|| |- |||683260..684831||bgcolor="#ff6600"|16s||||106|||||||||| |- |||684938..685011||atc||||69||||||69|||| |- |||685081..685153||gca||||127|||||||||| |- |||685281..688191||bgcolor="#ff6600"|23s||||68|||||||||| |- |||688260..688376||bgcolor="#ff6600"|5s||||208||208||||||||208 |- |comp||688585..689801||CDS||||55794||||||||406|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||745596..745821||CDS||||134||134||||||75||134 |- |comp||745956..746044||bgcolor="#66ff66|tcg||||787||bgcolor="#ffff00"|*787|||||||| |- |||746832..749597||CDS||||36741||||||||bgcolor="#ffff00"|*922|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||786339..787004||CDS||||54||54||||||222||54 |- |||787059..787142||bgcolor="#66ff66|ctg||||109||109|||||||| |- |comp||787252..787872||CDS||||2072||||||||207|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||789945..791867||CDS||||613||bgcolor="#ffff00"|*613||||||bgcolor="#ffff00"|*641|| |- |||792481..794052||bgcolor="#ff6600"|16s||||105|||||||||| |- |||794158..794231||atc||||69||||||69|||| |- |||794301..794373||gca||||126|||||||||| |- |||794500..797410||bgcolor="#ff6600"|23s||||69|||||||||| |- |||797480..797596||bgcolor="#ff6600"|5s||||87||87||||||||87 |- |||797684..798559||CDS||||bgcolor="#00ccff"|36||||||||292|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||798596..800178||CDS||||530||bgcolor="#ffff00"|*530||||||bgcolor="#ffff00"|*528|| |- |||800709..800781||aac||@2||3||||3|||||| |- |||800785..800858||cca||||24||||24|||||| |- |||800883..800954||ggc||||30||||30|||||| |- |||800985..801058||cgt||||2||||2|||||| |- |||801061..801133||gta||||3||||3|||||| |- |||801137..801208||gaa||||42||||42|||||| |- |||801251..801338||tca||||9||||9|||||| |- |||801348..801421||atgf||||3||||3|||||| |- |||801425..801498||gac||||6||||6|||||| |- |||801505..801577||ttc||||8||||8|||||| |- |||801586..801667||tac||||4||||4|||||| |- |||801672..801742||tgg||||13||||13|||||| |- |||801756..801831||cac||||26||||26|||||| |- |||801858..801928||tgc||||28||||28|||||| |- |||801957..802041||ttg||||356||356||||||||bgcolor="#ffff00"|356 |- |||802398..802961||CDS||||284259||||||||188|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1087221..1088531||CDS||||157||157||||||437||157 |- |comp||1088689..1088760||caa||||656||bgcolor="#ffff00"|*656|||||||| |- |comp||1089417..1090313||CDS||||173317||||||||bgcolor="#ffff00"|*299|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1263631..1265769||CDS||||188||188||||||bgcolor="#ffff00"|*713||188 |- |comp||1265958..1266031||aga||||222||222|||||||| |- |||1266254..1268632||CDS||||84103||||||||bgcolor="#ffff00"|*793|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1352736..1354022||CDS||||98||98||||||429||98 |- |||1354121..1354204||bgcolor="#66ff66|ctg||||204||204|||||||| |- |comp||1354409..1354928||CDS||||13182||||||||173|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1368111..1369307||CDS||||161||161||||||399||161 |- |comp||1369469..1369541||gta||||3||||||3|||| |- |comp||1369545..1369616||gaa||||138||||||bgcolor="#ffff00"|*138|||| |- |comp||1369755..1369828||atgj||||6||||||6|||| |- |comp||1369835..1369925||tcc||||8||||||8|||| |- |comp||1369934..1370006||aac||||7|||||||||| |- |comp||1370014..1370130||bgcolor="#ff6600"|5s||||69|||||||||| |- |comp||1370200..1373111||bgcolor="#ff6600"|23s||||126|||||||||| |- |comp||1373238..1373310||gca||||69||||||69|||| |- |comp||1373380..1373453||atc||||105|||||||||| |- |comp||1373559..1375130||bgcolor="#ff6600"|16s||||547||bgcolor="#ffff00"|*547|||||||| |- |||1375678..1376604||CDS||||102845||||||||bgcolor="#ffff00"|*309|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1479450..1479824||CDS||||200||200||||||125|| |- |comp||1480025..1480101||gac||||26||||||26|||| |- |comp||1480128..1480199||gaa||||3||||||3|||| |- |comp||1480203..1480275||gta||||2||||||2|||| |- |comp||1480278..1480351||cgt||||35||||||35|||| |- |comp||1480387..1480458||ggc||||36|||||||||| |- |comp||1480495..1480611||bgcolor="#ff6600"|5s||||68|||||||||| |- |comp||1480680..1483590||bgcolor="#ff6600"|23s||||208|||||||||| |- |comp||1483799..1485370||bgcolor="#ff6600"|16s||||153||153||||||||153 |- |comp||1485524..1485716||CDS||||20944||||||||64|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1506661..1507464||CDS||||270||270||||||268|| |- |comp||1507735..1507807||bgcolor="#66ffff|aag||+||34||||34|||||| |- |comp||1507842..1507914||bgcolor="#66ffff|aag||5 aag||33||||33|||||| |- |comp||1507948..1508020||bgcolor="#66ffff|aag||||33||||33|||||| |- |comp||1508054..1508126||bgcolor="#66ffff|aag||@3||33||||33|||||| |- |comp||1508160..1508232||bgcolor="#66ffff|aag||||130||130||||||||130 |- |comp||1508363..1509226||CDS||||bgcolor="#00ccff"|167||||||||288|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1509394..1510872||CDS||||106||106||||||493||106 |- |comp||1510979..1511051||gta||||3||||3|||||| |- |comp||1511055..1511126||gaa||||151||||bgcolor="#ffff00"|*151|||||| |- |||1511278..1511366||bgcolor="#66ff66|ctt||||113||113|||||||| |- |||1511480..1512010||CDS||||21195||||||||177|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1533206..1534129||CDS||||355||355||||||308|| |- |comp||1534485..1534557||bgcolor="#66ff66|acg||||154||154||||||||154 |- |comp||1534712..1535950||CDS||||18502||||||||413|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1554453..1554638||CDS||||303||303||||||62||bgcolor="#ffff00"|303 |- |comp||1554942..1555029||agc||||673||bgcolor="#ffff00"|*673|||||||| |- |comp||1555703..1556203||CDS||||bgcolor="#00ccff"|595||||||||bgcolor="#ffff00"|*167|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1556799..1558178||CDS||||277||277||||||460|| |- |comp||1558456..1558572||bgcolor="#ff6600"|5s||||68|||||||||| |- |comp||1558641..1561551||bgcolor="#ff6600"|23s||||126|||||||||| |- |comp||1561678..1561750||gca||||69||||||69|||| |- |comp||1561820..1561893||atc||||105|||||||||| |- |comp||1561999..1563570||bgcolor="#ff6600"|16s||||189||189||||||||189 |- |||1563760..1563948||CDS||||19274||||||||63|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1583223..1584392||CDS||||151||151||||||390||151 |- |comp||1584544..1584628||bgcolor="#66ffff|ttg||+||17||||17|||||| |- |comp||1584646..1584730||bgcolor="#66ffff|ttg||2 ttg||28||||28|||||| |- |comp||1584759..1584829||tgc||2 ttc||26||||26|||||| |- |comp||1584856..1584931||cac||2 atgf||13||||13|||||| |- |comp||1584945..1585015||tgg||||4||||4|||||| |- |comp||1585020..1585101||tac||||8||||8|||||| |- |comp||1585110..1585182||bgcolor="#66ffff|ttc||||6||||6|||||| |- |comp||1585189..1585262||gac||||3||||3|||||| |- |comp||1585266..1585339||bgcolor="#66ffff|atgf||||9||||9|||||| |- |comp||1585349..1585436||tca||||42||||42|||||| |- |comp||1585479..1585550||gaa||||258||||bgcolor="#ffff00"|*258|||||| |- |comp||1585809..1585899||agc||||2||||2|||||| |- |comp||1585902..1585975||atc||||3||||3|||||| |- |comp||1585979..1586049||gga||||14||||14|||||| |- |comp||1586064..1586136||bgcolor="#66ffff|ttc||||17||||17|||||| |- |comp||1586154..1586227||bgcolor="#66ffff|atgf||||11||||11|||||| |- |comp||1586239..1586312||atgi||||12||||12|||||| |- |comp||1586325..1586398||atg||||36||||36|||||| |- |comp||1586435..1586508||cca||||6||||6|||||| |- |comp||1586515..1586588||cgt||||5||||5|||||| |- |comp||1586594..1586679||tta||||15||||15|||||| |- |comp||1586695..1586766||ggc||||4||||4|||||| |- |comp||1586771..1586843||aca||||11||||11|||||| |- |comp||1586855..1586936||cta||||12||||12|||||| |- |comp||1586949..1587021||aaa||||2||||2|||||| |- |comp||1587024..1587096||gta||||157||157|||||||| |- |comp||1587254..1588681||CDS||||bgcolor="#00ccff"|539||||||||476|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1589221..1590557||CDS||||156||156||||||446||156 |- |comp||1590714..1590830||bgcolor="#ff6600"|5s||||68|||||||||| |- |comp||1590899..1593809||bgcolor="#ff6600"|23s||||126|||||||||| |- |comp||1593936..1594008||gca||||69||||||69|||| |- |comp||1594078..1594151||atc||||105|||||||||| |- |comp||1594257..1595828||bgcolor="#ff6600"|16s||||581||bgcolor="#ffff00"|*581|||||||| |- |comp||1596410..1597276||CDS||||189853||||||||bgcolor="#ffff00"|*289|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1787130..1788440||CDS||||298||298||||||437||bgcolor="#ffff00"|298 |- |comp||1788739..1788855||bgcolor="#ff6600"|5s||||68|||||||||| |- |comp||1788924..1791834||bgcolor="#ff6600"|23s||@4||208|||||||||| |- |comp||1792043..1793614||bgcolor="#ff6600"|16s||||436||bgcolor="#ffff00"|*436|||||||| |- |comp||1794051..1794596||CDS||||bgcolor="#00ccff"|-8||||||||bgcolor="#ffff00"|*182|| |- |comp||1794589..1795436||CDS||||138||138||||||283||138 |- |comp||1795575..1795648||gac||||3||||||3|||| |- |comp||1795652..1795724||gta||||2||||||2|||| |- |comp||1795727..1795800||cgt||||35||||||35|||| |- |comp||1795836..1795907||ggc||||19||||||19|||| |- |comp||1795927..1796000||cca||||3||||||3|||| |- |comp||1796004..1796076||aac||||7|||||||||| |- |comp||1796084..1796200||bgcolor="#ff6600"|5s||||68|||||||||| |- |comp||1796269..1799179||bgcolor="#ff6600"|23s||||208|||||||||| |- |comp||1799388..1800959||bgcolor="#ff6600"|16s||||501||bgcolor="#ffff00"|*501|||||||| |- |comp||1801461..1802087||CDS||||||||||||bgcolor="#ffff00"|*209|| |} ===lbu cumuls=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lbu_cumuls|lbu cumuls]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|opérons!!colspan="3"|Fréquences intercalaires tRNAs!!colspan="4"|Fréquences intercalaires cds!!colspan="2"|Fréquences aas cds |- !!!!!effectif!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!gammes!!cds!!gammes!!cdsd!!gammes!!cdsa |- |avec rRNA||opérons||9||1||0||0||1||0||1||0||100||5 |- |||16 23 5s 0||2||20||33||9||50||2||20||0||200||11 |- |||16 atc gca||5||40||11||3||100||12||40||2||300||19 |- |||16 23 5s a||2||60||2||0||150||11||60||3||400||11 |- |||max a||7||80||0||5||200||14||80||3||500||11 |- |||a doubles||0||100||0||0||250||3||100||4||600||2 |- |||autres||0||120||0||0||300||6||120||2||700||1 |- |||total aas||26||140||0||1||350||2||140||5||800||2 |- |sans ||opérons||23||160||bgcolor="#ffff00"|1||0||400||2||160||5||900||1 |- |||1 aa||16||180||0||0||450||bgcolor="#ffff00"|1||180||1||1000||1 |- |||max a||26||200||0||0||500||bgcolor="#ffff00"|1||200||2||1100||0 |- |||a doubles||3||||bgcolor="#ffff00"|1||0||||bgcolor="#ffff00"|10||||bgcolor="#ffff00"|5||||0 |- |||total aas||72||||48||18||||64||||32||||64 |- |total aas||||98|||||||||||||||||| |- |remarques|||||||||||||||||||||| |- |avec jaune||||||moyenne||||||||||||138||||320 |- |||||||variance||||||||||||81||||182 |- |sans jaune||||||moyenne||14||29||||159||||114||||275 |- |||||||variance||12||29||||85||||50||||122 |} ===lbu tRNA-cds=== *Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de '''lbu opérons''' dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs. <pre> lbu 78 61 48 91 deb fin deb fin grand petit grand petit 30 118 94 23 75 62 94 23 54 109 75 62 94 23 118 30 56 125 54 109 109 54 109 54 57 170 106 113 113 106 125 56 61 341 30 118 118 30 170 57 69 181 56 125 125 56 341 61 75 62 270 130 155 117 75 62 82 296 276 134 157 151 181 69 94 23 355 154 170 57 296 82 98 614 117 155 181 69 204 98 98 204 151 157 195 128 614 98 106 113 57 170 204 98 113 106 117 155 69 181 222 188 155 117 128 195 128 195 270 130 195 128 134 787 98 204 276 134 270 130 151 157 188 222 296 82 276 134 157 656 82 296 341 61 787 134 188 222 61 341 355 154 157 151 270 130 530 356 530 356 355 154 276 134 98 614 614 98 656 157 303 673 157 656 656 157 222 188 355 154 303 673 673 303 673 303 530 356 134 787 787 134 530 356 </pre> *Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds. <pre> bacilli cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit lbu 1,838 46 32 9 1 4 18 14 11 21 lbu ‰ 696 196 22 87 783 609 478 913 </pre> ===lbu blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lbu_blocs|lbu blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B6 Lactobacillus delbrueckii, RNAs blocs |- |cds||'''277’||&emsp;&emsp;||cds||156||&emsp;&emsp;||cds||298 |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||68||||bgcolor="#ff6600"| 5s||68||||bgcolor="#ff6600"| 5s||68 |- |bgcolor="#ff6600"| 23s||126||||bgcolor="#ff6600"| 23s||126||||bgcolor="#ff6600"| 23s||208 |- |gca||69||||gca||69||||bgcolor="#ff6600"| 16s||436 |- |atc||105||||atc||105||||cds||-8 |- |bgcolor="#ff6600"| 16s||'''189’||||bgcolor="#ff6600"| 16s||581||||cds||138 |- |cds||||||cds||||||gac||3 |- |||||||||||||4aas||* |- |cds||518||||cds||'''613’||||aac||7 |- |bgcolor="#ff6600"| 16s||106||||bgcolor="#ff6600"| 16s||105||||bgcolor="#ff6600"| 5s||68 |- |atc||69||||atc||69||||bgcolor="#ff6600"| 23s||208 |- |gca||127||||gca||126||||bgcolor="#ff6600"| 16s||501 |- |bgcolor="#ff6600"| 23s||68||||bgcolor="#ff6600"| 23s||69||||cds|| |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||'''208’||||bgcolor="#ff6600"| 5s||87|||||| |- |cds||||||cds|||||||| |- |&emsp;|||||||||||||| |- |cds||161||||cds hp||451||||cds||200 |- |gta||3||||bgcolor="#ff6600"| 16s||209||||gac||26 |- |3aas||*||||bgcolor="#ff6600"| 23s||69||||3aas||* |- |aac||7||||bgcolor="#ff6600"| 5s||275||||ggc||36 |- |bgcolor="#ff6600"| 5s||69||||cds hp||||||bgcolor="#ff6600"| 5s||68 |- |bgcolor="#ff6600"| 23s||126||||||||||bgcolor="#ff6600"| 23s||208 |- |gca||69||||||||||bgcolor="#ff6600"| 16s||153 |- |atc||105||||||||||cds|| |- |bgcolor="#ff6600"| 16s||'''547’|||||||||||| |- |cds|||||||||||||| |} ===lbu remarques=== *Les indices des [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicité_Tableau_I|bacilli]] <pre> *Remarques : Ce génome se distingue par un indice 4 fois supérieur des gènes de tRNAs par rapport à ceux du total des bacilli. @1 Les gènes de tRNA se terminant par g et t sont rares chez les et ont un indice total de 5 par génome. Ce génome en a 20. La plupart sont isolés, seuls ou dans de petits clusters sans rRNA. aag se distingue par sa fréquence élevée, 6, et surtout par sa répétition de 5 dans un seul cluster. Cependant chez les bacilli les gènes présents ont un indice plus élevés que les très rares. J’ai repéré 4 groupes : indice présents absents rares moyens 99>ind>43 aag6 cgg agg ctt2 ctg2 (ctc gtc) tcg acg (acc tcc) rares 26>ind>11 ggg ccg cag gag act2 (gcc) très rares 7,9>ind>0,6 gtg gcg ttt cct (ccc ata) nuls 0,6>ind autres xxt, tous absents @2 Les clusters sans rRNAs sont beaucoup plus longs que ceux avec rRNA, 26 15 5, contre 6 5 5. Les petits clusters sont en grande partie ceux de @1. Les clusters 26 et 15 n’ont pas de doublons ou très peu et se comportent comme les clusters avec rRNAs longs des bacilli (ppm bsu lmo lma* pmq ban*) : pas de répétition, pas de séquence et doublons séparés. @3 répétition de 5 de aag, voir @1 ci-dessus. @4 5 blocs 635 et 4 blocs 6-atcgca-35 avec des intercalaires identiques. Très peu de gènes tRNA à la suite de ces blocs (6 5 5 ) contrairement aux autres bacilli étudiés qui dépassent les 21 aas : ppm bsu lmo lma* pmq ban*. Séquences des doubles (indiqués par le signe + dans le tableau): Les doubles, peu nombreux, se trouvent dans les clusters sans rRNAs. pas de séquences mais une répétition de 5 chez les gènes rares. Voir ci-dessus @2. </pre> ===lbu distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lbu_distribution|lbu distribution]] *Notes: *: - duplicata: ttg2 aag5 {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc6 lbu, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc61 lbu, distribution des blocs sans rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||3 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||1||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||3||{{tri1|b}}tcc||2||'''tac||3||'''tgc||2 |- |{{tri1|f}}'''atc||1||{{tri1|j}}acc||1||'''aac||1||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||2||'''cac||2||cgt||2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||2||ggc||4 |- |{{tri1|i}}'''tta||1||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||1||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||1||{{tri1|g}}cca||1||'''caa||1||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||3||{{tri1|o}}gca||||'''gaa||3||gga||1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||'''3||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg||2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||1||{{tri1|l}}acg||||'''aag||'''5||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||1||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||1||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |lbu||56|| || || || || ||56 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc62 lbu. Distribution des blocs avec rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf|| |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 2||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''tac||||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 5||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''aac||bgcolor="#ffff00"| 2||'''agc||bgcolor="#66ffff"| 1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||||cgt||bgcolor="#ffff00"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| 2||ggc||bgcolor="#ffff00"| 2 |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||||'''aga||bgcolor="#66ffff"| 1 |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''caa||bgcolor="#66ffff"| 2||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 5||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| 2||gga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 1||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 1||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||bgcolor="#66ffff"| 2||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |lbu|| ||16|| ||16|| ||10||42 |} |} ===lbu données intercalaires=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ====lbu autres intercalaires aas==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ==ban* Bacillus anthracis strain 2002013094== *'''Attention''': la notation KEGG pour ce génome n'existe pas. Elle est remplacée par ban*. Mais par commodité j'ai mis ban pour la suite. Ce n'est pas le génome ban de KEGG Bacillus anthracis Ames ===ban opérons=== *Liens: gtRNAdb [http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Baci_anth_2002013094/baciAnth_2002013094-tRNAs.fa], NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902], génome [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=txid1392[orgn]] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_opérons|ban opérons]] *Légende: cdsa: cds aas, cdsj: cdsa sans jaune, cdsd: cdsa dirigé {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B7 Bacillus anthracis strain 2002013094 |-style="border-bottom:2px solid black;" !35.1%GC!!15.8.19 Paris!!&emsp;112 &emsp;!!doubles!!intercal!!cds!!aa!!avec aa!!cdsa!!cdsd |- |||618142..618366||CDS||||188||188||||||75||188 |- |||618555..618627||gtc||||419||bgcolor="#ffff00"|*419|||||||| |- |comp||619047..619235||CDS||||||||||||63|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1102183..1102602||CDS||||130||130||||||140||130 |- |comp||1102733..1102804||gaa||+||1||||||1|||| |- |comp||1102806..1102880||aac||2 aca||8||||||8|||| |- |comp||1102889..1102965||atc||2 tca||11||||||11|||| |- |comp||1102977..1103047||tgg||||6||||||6|||| |- |comp||1103054..1103126||bgcolor="#66ffff"|aca||||9||||||9|||| |- |comp||1103136..1103211||ttc||||9||||||9|||| |- |comp||1103221..1103296||gac||||4||||||4|||| |- |comp||1103301..1103377||atgf||||20||||||20|||| |- |comp||1103398..1103490||bgcolor="#66ffff"|tca||||54||||||54|||| |- |comp||1103545..1103637||bgcolor="#66ffff"|tca||||20||||||20|||| |- |comp||1103658..1103730||gca||||16||||||16|||| |- |comp||1103747..1103820||cca||||10||||||10|||| |- |comp||1103831..1103904||cgt||||3||||||3|||| |- |comp||1103908..1103996||tta||||16||||||16|||| |- |comp||1104013..1104087||ggc||||29||||||29|||| |- |comp||1104117..1104197||cta||||22||||||22|||| |- |comp||1104220..1104295||cac||||9||||||9|||| |- |comp||1104305..1104380||bgcolor="#66ffff"|aca||||4||||||4|||| |- |comp||1104385..1104460||gta||||4|||||||||| |- |comp||1104465..1104580||bgcolor="#ff6600"|5s||||97|||||||||| |- |comp||1104678..1107604||bgcolor="#ff6600"|23s||||141|||||||||| |- |comp||1107746..1109299||bgcolor="#ff6600"|16s||||694||bgcolor="#ffff00"|*694|||||||| |- |||1109994..1113038||CDS||||||||||||bgcolor="#ffff00"|*1015|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1306706..1307848||CDS||||198||198||||||381|| |- |comp||1308047..1308120||gga||||115||115||||||||115 |- |comp||1308236..1308889||CDS||||||||||||218|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1312025..1312345||CDS||||207||207||||||107||207 |- |comp||1312553..1312637||ttg||||10||||||10|||| |- |comp||1312648..1312718||tgc||||14||||||14|||| |- |comp||1312733..1312807||ggc||||5||||||5|||| |- |comp||1312813..1312887||caa||||63||||||63|||| |- |comp||1312951..1313026||cac||||19||||||19|||| |- |comp||1313046..1313119||tgg||||7||||||7|||| |- |comp||1313127..1313210||tac||||17||||||17|||| |- |comp||1313228..1313303||gta||||5||||||5|||| |- |comp||1313309..1313383||gaa||||24||||||24|||| |- |comp||1313408..1313480||acc||||4||||||4|||| |- |comp||1313485..1313559||aac||||9|||||||||| |- |comp||1313569..1313684||bgcolor="#ff6600"|5s||||96|||||||||| |- |comp||1313781..1316709||bgcolor="#ff6600"|23s||||141|||||||||| |- |comp||1316851..1318405||bgcolor="#ff6600"|16s||||386||bgcolor="#ffff00"|*386|||||||| |- |||1318792..1319148||CDS||||||||||||119|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1556278..1556507||CDS||||57||57||||||77||57 |- |comp||1556565..1556680||bgcolor="#ff6600"|5s||||49|||||||||| |- |comp||1556730..1560126||bgcolor="#ff6600"|23s||||173|||||||||| |- |comp||1560300..1562132||bgcolor="#ff6600"|16s||||476||bgcolor="#ffff00"|*476|||||||| |- |||1562609..1563322||CDS||||||||||||238|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |>||1566949..1567219||CDS||||99||99||||||90||99 |- |comp||1567319..1567434||bgcolor="#ff6600"|5s||||46|||||||||| |- |comp||1567481..1570409||bgcolor="#ff6600"|23s||||142|||||||||| |- |comp||1570552..1572115||bgcolor="#ff6600"|16s||||451||bgcolor="#ffff00"|*451|||||||| |- |||1572567..1574498||CDS||||||||||||bgcolor="#ffff00"|*644|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1579539..1580615||CDS||||14||14||||||359||14 |- |comp||1580630..1580745||bgcolor="#ff6600"|5s||||45|||||||||| |- |comp||1580791..1583912||bgcolor="#ff6600"|23s||||153|||||||||| |- |comp||1584066..1585720||bgcolor="#ff6600"|16s||||294||294|||||||| |- |comp||1586015..1587520||CDS||||||||||||bgcolor="#ffff00"|*502|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1600693..1601166||CDS||||174||174||||||158|| |- |comp||1601341..1601416||gac||||3||||||3|||| |- |comp||1601420..1601496||atgf||||12|||||||||| |- |comp||1601509..1601624||bgcolor="#ff6600"|5s||@1||46|||||||||| |- |comp||1601671..1604598||bgcolor="#ff6600"|23s||||141|||||||||| |- |comp||1604740..1606294||bgcolor="#ff6600"|16s||||75|||||||||| |- |comp||1606370..1606440||gga||||1||||1|||||| |- |comp||1606442..1606518||bgcolor="#66ffff"|cca||+||4||||4|||||| |- |comp||1606523..1606599||bgcolor="#66ffff"|cgt||Séquence 10||3||||3|||||| |- |comp||1606603..1606691||bgcolor="#66ffff"|tta||||16||||16|||||| |- |comp||1606708..1606782||bgcolor="#66ffff"|ggc||||29||||29|||||| |- |comp||1606812..1606892||bgcolor="#66ffff"|cta||||14||||14|||||| |- |comp||1606907..1606982||bgcolor="#66ffff"|aaa||||5||||5|||||| |- |comp||1606988..1607062||bgcolor="#66ffff"|caa||||87||||bgcolor="#ffff00"|*87|||||| |- |comp||1607150..1607225||bgcolor="#66ffff"|gac||||46||||46|||||| |- |comp||1607272..1607347||bgcolor="#66ffff"|gta||||4||||4|||||| |- |comp||1607352..1607426||bgcolor="#66ffff"|gaa||||1||||1|||||| |- |comp||1607428..1607502||bgcolor="#66ffff"|aac||2 aac||8||||8|||||| |- |comp||1607511..1607587||atc||||11||||11|||||| |- |comp||1607599..1607669||tgg||||6||||6|||||| |- |comp||1607676..1607748||aca||||9||||9|||||| |- |comp||1607758..1607833||ttc||||8||||8|||||| |- |comp||1607842..1607917||bgcolor="#66ffff"|gac||||4||||4|||||| |- |comp||1607922..1607998||atgf||||20||||20|||||| |- |comp||1608019..1608111||bgcolor="#66ffff"|tca||2 tca||54||||54|||||| |- |comp||1608166..1608258||bgcolor="#66ffff"|tca||||20||||20|||||| |- |comp||1608279..1608351||gca||||16||||16|||||| |- |comp||1608368..1608441||bgcolor="#66ffff"|cca||||10||||10|||||| |- |comp||1608452..1608525||bgcolor="#66ffff"|cgt||||3||||3|||||| |- |comp||1608529..1608617||bgcolor="#66ffff"|tta||||16||||16|||||| |- |comp||1608634..1608708||bgcolor="#66ffff"|ggc||||29||||29|||||| |- |comp||1608738..1608818||bgcolor="#66ffff"|cta||||13||||13|||||| |- |comp||1608832..1608907||bgcolor="#66ffff"|aaa||||5||||5|||||| |- |comp||1608913..1608987||bgcolor="#66ffff"|caa||||87||||bgcolor="#ffff00"|*87|||||| |- |comp||1609075..1609150||bgcolor="#66ffff"|gac||||46||||46|||||| |- |comp||1609197..1609272||bgcolor="#66ffff"|gta||||4||||4|||||| |- |comp||1609277..1609351||bgcolor="#66ffff"|gaa||||8||||8|||||| |- |comp||1609360..1609450||agc||||3||||3|||||| |- |comp||1609454..1609528||bgcolor="#66ffff"|aac||||114||114||||||||114 |- |comp||1609643..1610101||CDS||||||||||||153|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1702642..1703788||CDS||||114||114||||||382||114 |- |comp||1703903..1703975||gca||||10||||||10|||| |- |comp||1703986..1704057||ggc||||5||||||5|||| |- |comp||1704063..1704138||aaa||||5||||||5|||| |- |comp||1704144..1704218||caa||||65||||||65|||| |- |comp||1704284..1704366||tac||||17||||||17|||| |- |comp||1704384..1704459||gta||||5||||||5|||| |- |comp||1704465..1704539||gaa||||24||||||24|||| |- |comp||1704564..1704636||acc||||4||||||4|||| |- |comp||1704641..1704715||aac||||9|||||||||| |- |comp||1704725..1704840||bgcolor="#ff6600"|5s||||82|||||||||| |- |comp||1704923..1707851||bgcolor="#ff6600"|23s||||141|||||||||| |- |comp||1707993..1709545||bgcolor="#ff6600"|16s||||223||223|||||||| |- |comp||1709769..1709987||CDS||||||||||||73|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1767157..1767618||CDS||||206||206||||||154||206 |- |comp||1767825..1767940||bgcolor="#ff6600"|5s||||45|||||||||| |- |comp||1767986..1770913||bgcolor="#ff6600"|23s||||141|||||||||| |- |comp||1771055..1772608||bgcolor="#ff6600"|16s||||372||bgcolor="#ffff00"|*372|||||||| |- |comp||1772981..1774480||CDS||||||||||||bgcolor="#ffff00"|*500|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1787717..1790188||CDS||||259||259||||||bgcolor="#ffff00"|*824|| |- |comp||1790448..1790519||gaa||||13||||13|||||| |- |comp||1790533..1790606||atgj||@2||160||160||||||||160 |- |comp||1790767..1791249||CDS||||||||||||161|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1820538..1820717||CDS||||190||190||||||60||190 |- |comp||1820908..1821023||bgcolor="#ff6600"|5s||||44|||||||||| |- |comp||1821068..1823996||bgcolor="#ff6600"|23s||||77|||||||||| |- |comp||1824074..1824149||gca||||8||||||8|||| |- |comp||1824158..1824234||atc||||130|||||||||| |- |comp||1824365..1825919||bgcolor="#ff6600"|16s||||217||217|||||||| |- |comp||1826137..1826406||CDS||||||||||||90|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||1832600..1832992||CDS||||166||166||||||131|| |- |comp||1833159..1833251||tca||||156||156||||||||156 |- |comp||1833408..1834682||CDS||||||||||||425|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1839668..1840669||CDS||||34||34||||||334||34 |- |comp||1840704..1840819||bgcolor="#ff6600"|5s||||44|||||||||| |- |comp||1840864..1843791||bgcolor="#ff6600"|23s||||76|||||||||| |- |comp||1843868..1843943||gca||||8||||||8|||| |- |comp||1843952..1844028||atc||||130|||||||||| |- |comp||1844159..1845713||bgcolor="#ff6600"|16s||||240||240|||||||| |- |comp||1845954..1848425||CDS||||||||||||bgcolor="#ffff00"|*824|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||1873838..1875127||CDS||||139||139||||||430||139 |- |||1875267..1875342||aaa||||13||||13|||||| |- |||1875356..1875427||gaa||||21||||21|||||| |- |||1875449..1875524||gac||||41||||41|||||| |- |||1875566..1875638||ttc||||403||bgcolor="#ffff00"|*403|||||||| |- |||1876042..1876749||CDS||||||||||||236|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||2217640..2217846||CDS||||205||205||||||69||205 |- |||2218052..2218130||cgg||||255||255|||||||| |- |||2218386..2219693||CDS||||||||||||436|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||2428815..2429495||CDS||||404||bgcolor="#ffff00"|*404||||||227|| |- |||2429900..2431456||bgcolor="#ff6600"|16s||||139|||||||||| |- |||2431596..2434524||bgcolor="#ff6600"|23s||||97|||||||||| |- |||2434622..2434737||bgcolor="#ff6600"|5s||||4|||||||||| |- |||2434742..2434817||gta||+||4||||||4|||| |- |||2434822..2434897||bgcolor="#66ffff"|aca||2 cta||9||||||9|||| |- |||2434907..2434982||cac||2 aca||22||||||22|||| |- |||2435005..2435085||bgcolor="#66ffff"|cta||||29||||||29|||| |- |||2435115..2435189||ggc||||16||||||16|||| |- |||2435206..2435294||tta||||3||||||3|||| |- |||2435298..2435371||cgt||||10||||||10|||| |- |||2435382..2435455||cca||||16||||||16|||| |- |||2435472..2435544||gca||||20||||||20|||| |- |||2435565..2435657||bgcolor="#66ffff"|tca||||54||||||54|||| |- |||2435712..2435805||cta||||20||||||20|||| |- |||2435826..2435902||atgf||||1||||||1|||| |- |||2435904..2435979||gac||||12||||||12|||| |- |||2435992..2436067||ttc||||14||||||14|||| |- |||2436082..2436157||bgcolor="#66ffff"|aca||||10||||||10|||| |- |||2436168..2436243||aaa||||13||||||13|||| |- |||2436257..2436327||gga||||10||||||10|||| |- |||2436338..2436414||atc||||7||||||7|||| |- |||2436422..2436496||aac||||7||||||7|||| |- |||2436504..2436594||agc||||6||||||6|||| |- |||2436601..2436672||gaa||||59||59||||||||59 |- |||2436732..2436842||CDS||||||||||||37|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |||2798971..2799474||CDS||||109||109||||||168||109 |- |||2799584..2799657||gga||||1||||1|||||| |- |||2799659..2799735||aga||||407||bgcolor="#ffff00"|*407|||||||| |- |||2800143..2800343||CDS||||||||||||67|| |- |&emsp;|||||||||||||||||| |- |comp||2991608..2992366||CDS||||242||242||||||253|| |- |||2992609..2992682||atgi||||221||221||||||||221 |- |||2992904..2993515||CDS||||||||||||204|| |} ===ban cumuls=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_cumuls|ban cumuls]] *Note du 16.11.20: attention le @1 doit être intégré dans les rRNA et non dans les sans. Refaire les calculs. {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; " |+cumuls. Bacillus anthracis strain 2002013094 |-style="border-bottom:2px solid black;" !colspan="3"|opérons!!colspan="3"|Fréquences intercalaires tRNAs!!colspan="4"|Fréquences intercalaires cds!!colspan="2"|Fréquences aas cds |- !!!!!effectif!!gammes!!sans rRNAs!!avec rRNAs!!gammes!!cds!!gammes!!cdsd!!gammes!!cdsa |- |avec rRNA||opérons||11||1||3||2||1||0||1||0||100||10 |- |||16 23 5s 0||4||20||25||47||50||2||20||1||200||9 |- |||16 atc gca||2||40||3||6||100||3||40||1||300||6 |- |||16 23 5s a||5||60||4||2||150||6||60||2||400||4 |- |||max a||21||80||0||2||200||7||80||0||500||4 |- |||a doubles||2||100||bgcolor="#ffff00"|2||0||250||8||100||1||600||bgcolor="#ffff00"|1 |- |||autres||0||120||0||0||300||3||120||4||700||bgcolor="#ffff00"|1 |- |||total aas||66||140||0||0||350||0||140||2||800||0 |- |sans ||opérons||9||160||0||0||400||bgcolor="#ffff00"|2||160||2||900||bgcolor="#ffff00"|2 |- |||1 aa||5||180||0||0||450||bgcolor="#ffff00"|3||180||0||1000||0 |- |||max a||33||200||0||0||500||0||200||2||1100||bgcolor="#ffff00"|1 |- |||a doubles||1||||0||0||||0||||4||||0 |- |||total aas||46||||37||59||||34||||19||||38 |- |total aas||||112|||||||||||||||||| |- |remarques||||2|||||||||||||||||| |- |avec jaune||||||moyenne||18||15||||232||||132||||274 |- |||||||variance||21||14||||143||||62||||238 |- |sans jaune||||||moyenne||14||||||165||||||||191 |- |||||||variance||14||||||71||||||||124 |} ===ban tRNA-cds=== *Note: intercalaires prélevés de la colonne cds de '''ban opérons''' dans un bloc de tRNAs uniquement. Le début du bloc est dans l'ordre des adresses, deb intercalaire entre le cds et le 1er tRNA dd bloc, fin entre le dernier tRNA et le cds terminal. J'ai procédé, dans les colonnes petit et grand, à la réorientation des blocs d'après la constatation que les blocs à rRNA ont leurs cds de début et de fin sont orientés du cds-16s au 5s-tRNAs-cds, l'intercalaire cds-16s étant plus grands que l'intercalaire avec le cds terminal. En tête de colonne est le % du nombre des intercalaires inférieurs à 201 pbs. <pre> ban 63 38 25 75 deb fin deb fin grand petit grand petit 109 407 198 115 166 156 407 109 139 403 166 156 198 115 198 115 166 156 259 160 242 221 403 139 188 419 242 221 255 205 166 156 198 115 205 255 259 160 259 160 205 255 139 403 403 139 419 188 242 221 109 407 407 109 255 205 259 160 188 419 419 188 242 221 </pre> *Comparaison cds-cds tRNA-cds: deb fin, c'est l'ordre des adresses et grand petit l'ordre après réorientation. Leur pourcentage est calculé par rapport à la colonne, c'est à dire la moitié du total des tRNA-cds. <pre> bacilli cds total total <0 0-200 201-370 371-600 >600 deb fin grand petit ban 5,700 16 8 5 3 5 3 2 6 ban ‰ 500 312.5 187.5 0 625 375 250 750 </pre> ===ban blocs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_blocs|ban blocs]] {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B7 Bacillus anthracis, RNAs blocs |- |cds||'''694’||||cds||'''386’||cds||114|| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||141||||bgcolor="#ff6600"|16s||141||aac||*|| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||97||||bgcolor="#ff6600"|23s||96||31aas||1|| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||4||||bgcolor="#ff6600"|5s||9||gga||75|| |- |gta||*||||aac||*||bgcolor="#ff6600"|16s||141|| |- |17aas||1||||9aas||10||bgcolor="#ff6600"|23s||46|| |- |gaa||130||||ttg||207’||bgcolor="#ff6600"|5s||12|| |- |cds||||||cds||||atgf||3|| |- |||||||||||gac||174|| |- |cds||223||||cds||'''404’||cds|||| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||141||||bgcolor="#ff6600"|16s||139|||||| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||82||||bgcolor="#ff6600"|23s||97||cds||217||240 |- |bgcolor="#ff6600"|5s||9||||bgcolor="#ff6600"|5s||4||bgcolor="#ff6600"|16s||130||130 |- |aac||*||||gta||4||atc||8||8 |- |7aas||10||||19aas||*||gca||77||76 |- |gca||114||||gaa||59||bgcolor="#ff6600"|23s||44||44 |- |cds||||||cds||||bgcolor="#ff6600"|5s||190||'''34’ |- |||||||||||cds|||| |- |cds||'''476’||'''451’||294||372|||||| |- |bgcolor="#ff6600"|16s||173||142||153||141|||||| |- |bgcolor="#ff6600"|23s||49||46||45||45|||||| |- |bgcolor="#ff6600"|5s||'''57’||99’||'''14’||206|||||| |- |cds|||||||||||||| |} ===ban séquences=== *Lien au tableau [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_opérons|ban opérons]] *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_séquences|ban séquences]] *Lien [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Les_duplications_par_opérons_contenant_des_rRNAs:_bsu_lmo|bsu-lmo]] *Légende: 33 aas, cluster à 33 gènes de tRNA *: - répétitions de séquence intra bloc: Dans le bloc 33aas uniquement, il y a une séquence de 10aas répétée. Elle est divisée de 2 séquences de 5 chacune, cyan et bleu. *: - répétitions de séquence entre blocs *:* - entre les clusters 11aas et 9aas: une séquence de 5 se répète, le jaune. *:* - entre les clusters 33aas 21aas et 19aas je repère 3 grandes séquences qui se répètent, contenant des sous séquences qui se répètent aussi: séquence de 16 (cadre solide) commune à 33aas et 19aas, séquence de 15 (cadre en tirets) commune à 21aas et 19aas et une séquence de 12 commune aux 3 clusters et composée de la séquence 5 cyan et d'une séquence de 7aas (rouge) contenant atgf et un doublet tca. Il faut noter ici que tca est modifié en cta alors que les intercalaires atgf-cta-tca et atgf-tca-tca ne changement pas, 20-54. C'est que cta et tca sont des tRNAs de même longueur, seule une mutation ponctuelle est en cause. *:* - entre le cluster 33aas et 21aas existe un bloc commun de 3 gènes gaa-agc-acc qu'on ne peut mettre en parallèle. A-t-il un rôle important dans les recombinaisons? *: - Les intercalaires qui changent: la plupart des intercalaires se répètent comme les gènes sauf les intercalaires de aca-ttc-gac-atgf qui sont constants dans les clusters 33aas et 19aas et diffèrent dans le 21aas. De même pour cca-cgt (cyan) qui diffèrent dans 33as mais restent constants entre les 3 clusters. Ce qui différencie les 2 séquences cyan de 33aas. En fin de 33aas le triplet gaa-agc-aac se répète au début de 21aas mais avec des intercalaires changeant, 8-3 contre 6-7. Ces changements dans les intercalaires laissent penser qu'ils se produisent lors des recombinaisons des blocs intra cluster (cyan 1 et 2 de 33aas) ou entre clusters. {| class="wikitable " style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+B7. Bacillus anthracis strain 2002013094, <br>séquences des gènes tRNA dans les clusters à rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !33 aas!!inter!!21 aas!!inter!!19 aas!!inter!!11 aas!!inter |- |&emsp;|||||||||||||| |- |gga||1||||||||||ttg||10 |- |bgcolor="#66ffff"|cca||bgcolor="#66ff66"|4||||||||||tgc||14 |- |bgcolor="#66ffff"|cgt||3||||||||||ggc||5 |- |bgcolor="#66ffff"|tta||16||||||||||caa||63 |- |bgcolor="#66ffff"|ggc||29||||||||||cac||19 |- |bgcolor="#66ffff"|cta||14||||||||||tgg||7 |- |bgcolor="#00ccff"|aaa||5||||||||||bgcolor="#ffff00"|tac||17 |- |bgcolor="#00ccff"|caa||87||||||||||bgcolor="#ffff00"|gta||5 |- |bgcolor="#00ccff"|gac||46||gaa||bgcolor="#66ff66"|6||||||bgcolor="#ffff00"|gaa||24 |- |bgcolor="#00ccff"|gta||4||agc||bgcolor="#66ff66"|7||||||bgcolor="#ffff00"|acc||4 |- |bgcolor="#00ccff" style="border-top:2px solid black;"|gaa||style="border-right:2px solid black; border-top:2px solid black;"|1||aac||7||style="border-top:2px solid black; border-left:2px solid black;"|gaa||style="border-right:2px solid black; border-top:2px solid black;"|1||bgcolor="#ffff00"|aac|| |- |aac||style="border-right:2px solid black;"|8||atc||10||style="border-left:2px solid black;"|aac||style="border-right:2px solid black;"|8|||| |- |atc||style="border-right:2px solid black;"|11||gga||13||style="border-left:2px solid black;"|atc||style="border-right:2px solid black;"|11|||| |- |tgg||style="border-right:2px solid black;"|6||aaa||10||style="border-left:2px solid black;"|tgg||style="border-right:2px solid black;"|6|||| |- |bgcolor="#ff6600"|aca||style="border-right:2px solid black;" bgcolor="#66ff66" |9||bgcolor="#ff6600" style="border-top:2px dashed black;" |aca||bgcolor="#66ff66" style="border-top:2px dashed black; border-right:2px dashed black;" |14||bgcolor="#ff6600" style="border-top:2px dashed black;" |aca||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black; border-top:2px dashed black;"|9|||| |- |bgcolor="#ff6600"|ttc||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black;" |8||bgcolor="#ff6600"|ttc||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px dashed black;"|12||bgcolor="#ff6600"|ttc||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black;"|9|||| |- |bgcolor="#ff6600"|gac||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black;" |4||bgcolor="#ff6600"|gac||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px dashed black;"|1||bgcolor="#ff6600"|gac||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black;"|4|||| |- |bgcolor="#ff6600"|'''atgf||style="border-right:2px solid black;" |20||bgcolor="#ff6600"|'''atgf||style="border-right:2px dashed black;"|20||bgcolor="#ff6600"|'''atgf||style="border-right:2px solid black;"|20|||| |- |bgcolor="#ff6600"|'''tca||style="border-right:2px solid black;" |54||bgcolor="#ff6600"|'''cta||style="border-right:2px dashed black;"|54||bgcolor="#ff6600"|'''tca||style="border-right:2px solid black;"|54||bgcolor="#dcdcdc" style="border:2px solid black;"|'''9 aas||bgcolor="#dcdcdc" style="border:2px solid black;"|'''inter |- |bgcolor="#ff6600"|'''tca||style="border-right:2px solid black;" |20||bgcolor="#ff6600"|'''tca||style="border-right:2px dashed black;"|20||bgcolor="#ff6600"|'''tca||style="border-right:2px solid black;"|20|||| |- |bgcolor="#ff6600"|gca||style="border-right:2px solid black;" |16||bgcolor="#ff6600"|gca||style="border-right:2px dashed black;"|16||bgcolor="#ff6600"|gca||style="border-right:2px solid black;"|16||gca||10 |- |bgcolor="#66ffff"|cca||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black;" |10||bgcolor="#66ffff"|cca||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px dashed black;"|10||bgcolor="#66ffff"|cca||bgcolor="#66ff66" style="border-right:2px solid black;"|10||ggc||5 |- |bgcolor="#66ffff"|cgt||style="border-right:2px solid black;" |3||bgcolor="#66ffff"|cgt||style="border-right:2px dashed black;"|3||bgcolor="#66ffff"|cgt||style="border-right:2px solid black;"|3||aaa||5 |- |bgcolor="#66ffff"|tta||style="border-right:2px solid black;" |16||bgcolor="#66ffff"|tta||style="border-right:2px dashed black;"|16||bgcolor="#66ffff"|tta||style="border-right:2px solid black;"|16||caa||65 |- |bgcolor="#66ffff"|ggc||style="border-right:2px solid black;" |29||bgcolor="#66ffff"|ggc||style="border-right:2px dashed black;"|29||bgcolor="#66ffff"|ggc||style="border-right:2px solid black;"|29||bgcolor="#ffff00"|tac||17 |- |bgcolor="#66ffff" style="border-bottom:2px solid black;" |cta||style="border-right:2px solid black; border-bottom:2px solid black;" |13||bgcolor="#66ffff"|cta||style="border-right:2px dashed black;"|22||bgcolor="#66ffff" style="border-bottom:2px solid black;"|cta||style="border-right:2px solid black; border-bottom:2px solid black;"|22||bgcolor="#ffff00"|gta||5 |- |bgcolor="#00ccff"|aaa||5||style="border-left:2px dashed black;"|cac||style="border-right:2px dashed black;"|9||cac||style="border-right:2px dashed black;"|9||bgcolor="#ffff00"|gaa||24 |- |bgcolor="#00ccff"|caa||87||style="border-left:2px dashed black;"|aca||style="border-right:2px dashed black;"|4||aca||style="border-right:2px dashed black;"|4||bgcolor="#ffff00"|acc||4 |- |bgcolor="#00ccff"|gac||46||style="border-left:2px dashed black; border-bottom:2px dashed black;"|gta||style="border-right:2px dashed black; border-bottom:2px dashed black;"| ||style="border-bottom:2px dashed black;"|gta||style="border-right:2px dashed black; border-bottom:2px dashed black;"| ||bgcolor="#ffff00"|aac|| |- |bgcolor="#00ccff"|gta||4|||||||||||| |- |bgcolor="#00ccff"|gaa||bgcolor="#66ff66"|8|||||||||||| |- |agc||bgcolor="#66ff66"|3|||||||||||| |- |aac|||||||||||||| |} ===ban occurrences=== *Légende: atgi pour Ile2, atgf pour fMet et atgj pour Met {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+I11. Occurrence des gènes tRNA chez ban* |- |ttt||||tct||&emsp;&emsp;||tat||&emsp;&emsp;||tgt||&emsp;&emsp; |- |att||||act||||aat||||agt|| |- |ctt||||cct||||cat||||cgc|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |gtt||||gct||||gat||||ggt|| |- |ttc||'''4||tcc||||tac||2||tgc||1 |- |atc||'''5||acc||2||aac||'''6||agc||2 |- |ctc||||ccc||||cac||'''3||cgt||'''4 |-style="border-bottom:2px solid black;" |gtc||1||gcc||||gac||'''7||ggc||'''6 |- |tta||'''4||tca||'''6||taa||||tga|| |- |atgi||1||aca||'''5||aaa||'''5||aga||1 |- |cta||'''5||cca||'''4||caa||'''4||cga|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |gta||'''6||gca||'''6||gaa||'''8||gga||'''4 |- |ttg||1||tcg||||tag||||tgg||'''3 |- |atgf/j||'''4/1||acg||||aag||||agg|| |- |ctg||||ccg||||cag||||cgg||1 |- |gtg||||gcg||||gag||||ggg|| |} ===ban intercalaires=== *Légende: aa pour gène tRNA, inter aa pour intercalaire rRNA-aa {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+I11. Intercalaires des rRNAs chez ban* |- |aa||gta||aac||atgf||aac||CDS |- |inter aa||4||9||12||9||'''404 |- |bgcolor="#ff9900"|5s||97||96||46||82||139 |- |bgcolor="#ff9900"|23s||141||141||141||141||97 |- |bgcolor="#ff9900"|16s||'''694||'''386||'''75||'''223||4 |- |CDS||CDS||CDS||gga||CDS||gta |- |&emsp;|||||||||| |- |CDS||57||99||14||206|| |- |bgcolor="#ff9900"|5s||49||46||45||45|| |- |bgcolor="#ff9900"|23s||173||142||153||141|| |- |bgcolor="#ff9900"|16s||'''476||'''451||'''294||'''372|| |- |CDS|||||||||| |- |&emsp;|||||||||| |- |CDS||190||34|||||| |- |bgcolor="#ff9900"|5s||44||44|||||| |- |bgcolor="#ff9900"|23s||77||76|||||| |- |gca||8||8|||||| |- |atc||130||130|||||| |- |bgcolor="#ff9900"|16s||'''217||'''240|||||| |- |CDS|||||||||| |} === ban remarques=== *Liens: &emsp;&emsp; [[#ban_séquences|ban séquences]], &emsp;&emsp; [[#ban_intercalaires|ban intercalaires]], &emsp;&emsp; [[#ban_occurrences|ban occurrences]], &emsp;&emsp; [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicité_Tableau_I|indices bacilli]] *Note du 16.11.20: attention le @1 doit être intégré dans les rRNA et non dans les sans. Refaire les calculs. *Remarques: *#@1 '''Existence des blocs à rRNA inversés''' *#: - Ce sont des blocs dont les gènes tRNAs se trouvent juste après le rRNA 16s au lieu d’être après le 5s ou parfois le 23s dans le sens 16s23s5s. J’en ai rencontré beaucoup dans les génomes détaillés dans ces annexes. Mais leurs présences systématiques dans les études exhaustives des fiches me laissaient penser à croire en leur existence. *#: - En effet, le comportement des blocs normaux laissait penser que la juxtaposition des gènes tRNAs et du 16s était fortuite, le bloc 16s serait mobile et s’introduirait au hasard à côté d’une séquence de gènes tRNA. Dans l’étude des intercalaires entre gènes de tRNA, je voulais savoir s’il y avait une différence entre les blocs à rRNA et les blocs sans. Tout au début, je considérais les gènes de tRNA des blocs inversés comme appartenant aux blocs sans rRNA. Cependant l’intercalaire entre le 16s et le 1er aa était si faible quelquefois que cela me gênait de l’en séparer. Dans les [[#ban_cumuls|cumuls]] de ce génome ban*, j’ai considéré la séquence de 33aas comme n’appartenant pas au bloc 16s adjacent. Cependant la moyenne et la variance des intercalaires sont les mêmes que celles des blocs 16s normaux. *#: -Avec le génome ban* j’ai pu comparer les séquences des gènes tRNA [[#ban_séquences|ici]] et il est évident qu’avec la disposition des sous séquences et leurs intercalaires tout se passe comme si les réarrangements étaient dus à l’existence des blocs 16s. Et donc que la séquence des 33aas devait se trouver à la suite du 5s et a été déplacée par retournement, ce qui a facilité l’homogénéisation des séquences 12aas (cadres en tirets) par conversion dans les 3 blocs. Ensuite une conversion entre blocs 2 à 2 s’est faite séparément. Donc avant les conversions, il y a eu le retournement de 33aas et avant d’être 33aas, il y a eu duplication du bloc cyan+bleu. *#: - Donc après cette analyse des séquences, je considérerai tous les blocs inversés comme appartenant au bloc 16s quelle que soit la distance de juxtaposition. Il reste cependant une inconnue : est-ce que l’espace entre 16s et le 1er aa est dû à notre incapacité à reconnaître une séquence fonctionnelle, ou bien effectivement dans certains rares cas li y a eu juxtaposition au hasard. *#@2 '''Il n’y a que 13 tRNAs sans rRNA'''. Tous les atgf se trouvent avec rRNA alors qu’il n’y a qu’un seul exemplaire de atgi et atgj. Voir le tableau des [[#ban_occurrences|occurrences totales de ban*]] et le tableau ci-dessous pour les gènes rares. *#: - Ils se répartissent en 8 clusters dont 5 ne contiennent qu’un seul gène. Trois gènes rares chez les bacilli s’y trouvent, gtc cgg aga. *#: - Par comparaison les clusters à rRNAs ne contiennent que 3 gènes rares sur 99, 2 acc et tgc. *#: - Le plus grand cluster à 4 gènes ressemble beaucoup au au bloc bleu du cluster 33aas, aaa gaa gac ttc contre aaa caa gac gta gaa pour le bloc bleu. *#: - Au tableau des [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicité_Tableau_I|indices bacilli]]les 3527 gènes '''atg''' ne sont pas différenciés pour 672 génomes. Le décompte suivant montre que atgi et agj ont un indice moyen, un gène par génome, donc c’est un gène obligatoire comme l’est tgc. <pre> Les gènes rares chez les bacilli Clusters sans rRNAs de ban* indice pour 100 génomes occurrence chez ban* tcc 108 0 aaa gaa gac ttc acc 83 2 gtc ccc 5,7 0 gga gcc 26 0 gaa atgj tgc 106 1 tca aga 108 1 cgg cga 5,4 0 gga aga agg 66 0 atgi cgg 99 1 ctc 67 0 gtc 47 1 Décompte des atg pour 678 génomes, 30.10.19 Tanger . atg indice décompte fMet 260 1762 Ile2 133 901 Met 139 941 total 3604 </pre> *'''Les intercalaires des clusters à rRNAs'''. Dans le tableau [[#ban_intercalaires|ban intercalaires]], je ne mets en valeur que les intercalaires faisant intervenir les rRNAs. *: - les intercalaires 5s-23s: 4 blocs avec des gènes tRNA ont un intercalaire double des 7 autres et le bloc inversé se comporte comme les autres: 97-82 contre 49-44. *: - L'intercalaire 23s-16s: il est constant pour 7 blocs, 142-139 les 2 autres ont 10% (153) et 20% (173) de plus. *: - L'intercalaire aa-5s: il est très faible, 4-12. L’intercalaire aa-16s du bloc inversé est du même ordre que le 5s-23s et cela est du au retournement de la séquence des 33aas. *: - L'intercalaire cds-5s : sur les 6 blocs qui le portent 3 sont très faibles, 57 34 14 et les 3 autres sont moyens relativement aux cds-16s, 99 190 206, et restent orientés cds-16s-5s-cds. *: - L'intercalaire cds-16s: ils sont très élevés mais peu variables. 5 blocs ne contenant pas d'aas tournent autour de 420, 476-372, un sixième a 50% de plus, 694. Les 4 restants ont un intercalaire faible et se répartissent en 2 avec aas, 217 240, et 2 sans aas, 223 294. *: - L'homogénéité de ces blocs est comparable avec celle de bsu. *'''Séquence des doubles''' : Très peu de doubles, si l’on ne tient pas compte de la duplication des blocs cyan et bleu de 10 aas dans le cluster à 33aas. Dans celui-ci il y a 2 doubles gac aac et une répétition tca-tca. Si l’on tient compte des aas proche du 5s, il faut ajouter atgf (double) et gac (triple). Pour le cluster 21aas aca et cta sont doubles, et pour le 19aas aca est double et tca répété. Les clusters 11aas et 9aas n’ont pas de doubles. ===ban distribution=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_distribution|ban distribution]] *Notes: *: - Les avant 16s, -16s, sont comptés comme les après 5s, +5s. Ils sont au nombre de 33 et ne sont pas soulignés. *: - Les 1-3aas après 5s, +5s, sont soulignés: atgf gac *: - duplicata: tca2 {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bc7 ban, Bacillus anthracis strain 2002013094. bacilli. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc71 ban, distribution des blocs sans rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf|| |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||1||{{tri1|b}}tcc||||'''tac||||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 2||{{tri1|j}}acc||||'''aac||||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||1||ggc||bgcolor="#66ffff"| <u>2 |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#66ffff"| 1||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||1||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||||'''caa||||cga||bgcolor="#66ffff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 2||'''gaa||2||gga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||1||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |ban||8||5|| || || ||4||17 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bc72 ban. Distribution des blocs avec rRNA. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| <u>4 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|b}}tcc||||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 2||'''tgc||bgcolor="#ffff00"| 1 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ffff00"| 3||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#ffff00"| 2||'''aac||bgcolor="#ffff00"| 6||'''agc||bgcolor="#ffff00"| 2 |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||bgcolor="#ffff00"| 3||cgt||bgcolor="#ffff00"| 4 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| <u>6||ggc||bgcolor="#ffff00"| 6 |- |{{tri1|i}}'''tta||bgcolor="#ffff00"| 4||{{tri1|c}}tca||bgcolor="#ffff00"| '''5||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 5||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| 4||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||bgcolor="#ffff00"| 5||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 4||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 4||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| 6||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ffff00"| 4||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| 6||gga||bgcolor="#ffff00"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||bgcolor="#ffff00"| 1||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg||bgcolor="#ffff00"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj|| ||{{tri1|l}}acg||||'''aag||||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" !baci!!style="background-color:#ffffff"|>1aa!!style="background-color:#66ffff"|=1aa!!style="background-color:#66ff66"|-5s!!style="background-color:#ffff00"|+5s!!style="background-color:#00ccff"|-16s!!style="background-color:#ff6600"|+16s!!total |-class="sortbottom" |ban|| || || ||95|| || ||95 |} |} ===ban données intercalaires=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ====ban autres intercalaires aas==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Lien sauvegarde NCBI: [[Recherche:Genèse_et_duplication_des_gènes_des_tRNAs/Annexe/Abacilli|Abacilli]] ==bacilli synthèse== *notes: 30 blocs longs +5s *Liens aux indices des clades: [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicit%C3%A9_Tableau_IV|alpha bacilli]] &emsp; [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicit%C3%A9_Tableau_III|gamma actino clostridia bacteroide]] &emsp; [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicit%C3%A9_Tableau_V|cyano tener spiro]] &emsp; [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicit%C3%A9_Tableau_VI|beta epsilon delta]] &emsp; [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#Multiplicit%C3%A9_Tableau_I|bactéries]] *Liens aux fiches: &emsp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Les_autres_bactéries#Spirochaetes|spiro]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Les_autres_bactéries#tenericutes|tener]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria#gamma_notes|gama]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria#alpha_notes|alpha]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria#beta_notes|beta]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria#delta_notes|delta]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Proteobacteria#epsilon_notes|epsilon]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Firmicutes#Bacilli_notes|bacilli]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Firmicutes#clostridia_Notes|clostridia]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Firmicutes#autres_firmicutes_notes|autres firmicutes]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Actinobacteria#actino_notes|actino]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Bacteroidetes#bactero_notes|bactero]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Les_autres_bactéries#cyano_notes|cyano]] &emsp; &emsp;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Archées#archeo_notes|archeo]] ===bacilli données intercalaires=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli_données_intercalaires|bacilli données intercalaires]] ===bacilli distribution par génome=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bacilli distribution par génome |-style="border-bottom:2px solid black;" |'''baci||'''>1aa||bgcolor="#66ffff"|'''1aa||bgcolor="#66ff66"|'''-5s||bgcolor="#ffff00"|'''+5s||bgcolor="#00ccff"|'''-16s||bgcolor="#ff6600"|'''+16s||'''duplica||'''1-3aas||'''total |- |'''bsu||18||8||||52||2||4||||2||86 |- |'''lmo||9||8||||44||||4||||2||67 |- |'''lam||22||14||||16||||4||3||4||63 |- |'''ppm||67||21||||68||||5||||||161 |- |'''pmq||22||11||||138||||0||2||||173 |- |'''lbu||49||16||||16||||10||7||||98 |-style="border-bottom:2px solid black;" |'''ban||8||5||||60||33||4||||2||112 |- |'''total||195||83||0||394||35||31||12||10||760 |} ===bacilli distribution du total=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] *Légende: *Tableau de gauche *: - Les couleurs cyan et jaune sont les emplacements des [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#%2B5s_>3_de_référence|>3 des +5s de bacilli + clostridia]] *:: Cyan pour les valeurs faibles, total 82. *:: Jaune pour les valeurs fortes et en gras les plus fortes, total 410. *:: blanc pour les valeurs intermédiaires, gca et atc le sont aussi, total 225. *: - Le rouge pour l'emplacement des +16s occupés, gca et atc. *: - Les encadrés sont les emplacements des 1-3aas des +5s de alpha + gamma. *: - Le -16s de 33 aas est compté ici comme un +5s long (inversion). *Tableau de droite: Les duplicata ne sont pas comptés dans le total de 43 mais dans le total des >1aa du tableau de gauche. *Tableau des indices, en-tête: total des génomes, total des tRNAs, indice ttt, indice tgt. {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bacilli. Distribution du total. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bacilli. Distribution du total: >1aa 1aa +5s >3 |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||8||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;"bgcolor="#ffff00"|'''34 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 2||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 5||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 23||{{tri1|b}}tcc||12||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 24||'''tgc||12 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 16||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;"|8||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''32||'''agc||17 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 11||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 2||'''cac||21||cgt||bgcolor="#ffff00"| 27 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 8||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 4||'''gac||style="border:2px solid black;"bgcolor="#ffff00"| '''34||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''39 |- |{{tri1|i}}'''tta||16||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;"|17||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 23||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''30||'''aga||9 |- |{{tri1|k}}cta||15||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 27||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 29||cga||bgcolor="#66ffff"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''36||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 17||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''42||gga||bgcolor="#ffff00"| 19 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||13||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 10||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;"|15 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||14||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 7||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 10||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||15||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 1||cgg||bgcolor="#66ffff"| 8 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 2||ggg||bgcolor="#66ffff"| 4 |-class="sortbottom" !baci7!!>1aa!!1aa!!-5s!!+5s!!-16s!!+16s!!total |-class="sortbottom" |type||207||83||0||394||33||0||717 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="450" |+bacilli. Distribution du total: +16s -16s +5s <4 dupli |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi|| ||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||bgcolor="#ffff00"| 2 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||||{{tri1|b}}tcc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''tac||||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 15||{{tri1|j}}acc||bgcolor="#ffff00"| 1||'''aac||bgcolor="#ffff00"| 4||'''agc|| |- |{{tri1|g}}ctc||||{{tri1|f}}ccc||||'''cac||||cgt||bgcolor="#00ccff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||||{{tri1|n}}gcc||||'''gac||bgcolor="#ffff00"| 2||ggc||style="border:2px solid blue;"| '''3 |- |{{tri1|i}}'''tta||||{{tri1|c}}tca||||'''taa||||'''tga|| |- |{{tri1|j}}'''ata||||{{tri1|k}}aca||||'''aaa||||'''aga|| |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||||'''caa||||cga|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 16||'''gaa||||gga||bgcolor="#00ccff"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||style="border:2px solid blue;"| '''2||{{tri1|d}}tcg||||'''tag||||'''tgg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj|| ||{{tri1|l}}acg||||'''aag||style="border:2px solid blue;"| '''5||'''agg|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||style="border:2px solid blue;"| '''2||{{tri1|h}}ccg||||'''cag||||cgg|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||||{{tri1|p}}gcg||||'''gag||||ggg|| |-class="sortbottom" |'''baci7||style="border:2px solid blue;"|'''dupli||bgcolor="#66ffff"|'''1aa||bgcolor="#66ff66"|'''-5s||bgcolor="#ffff00"|'''+5s||bgcolor="#00ccff"|'''-16s||bgcolor="#ff6600"|'''+16s||'''total |-class="sortbottom" |type|| '''12 || || ||10||2||31||43 |} || {|class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bacilli. indices du 29.5.20 618 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"| !!t1!!class="unsortable"| !!class="unsortable"|618!!class="unsortable"|49366!!class="unsortable"|0,2!!class="unsortable"| &emsp;0 |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||146||{{tri1|a}}tct||0,3||'''tat||0,5||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''285 |- |{{tri1|b}}'''att||0,2||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 11||'''aat||0,5||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 47||{{tri1|e}}cct||0,6||'''cat||0,2||cgc||0,2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||0,2||{{tri1|m}}gct||0,5||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 272||{{tri1|b}}tcc||120||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 239||'''tgc||117 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 310||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" |92||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''378||'''agc||159 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 75||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 6,1||'''cac||186||cgt||bgcolor="#ffff00"| 288 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 53||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 30||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''386||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''310 |- |{{tri1|i}}'''tta||211||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" |244||'''taa||1,1||'''tga||bgcolor="#66ffff"| 1,8 |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 2,1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 294||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''340||'''aga||119 |- |{{tri1|k}}cta||199||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 243||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 299||cga||bgcolor="#66ffff"| 6,3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''397||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 443||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''468||gga||bgcolor="#ffff00"| 305 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||125||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 47||'''tag||0,8||'''tgg||style="border:2px solid black;" |137 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||152||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 47||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 73||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 72 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||60||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 19||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 17||cgg||bgcolor="#66ffff"| 109 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| 0,8||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| 8,6||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 16||ggg||bgcolor="#66ffff"| 18 |-class="sortbottom" !!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |&emsp;||2820||||bgcolor="#ffff00"|4504||||bgcolor="#66ffff"|634||||7958 |} |} ===bacilli distribution par type=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+Bacilli. Distribution par type. |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bacilli. distribution des solitaires |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||2||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| ''' |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 2||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 2||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| ||{{tri1|b}}tcc||||'''tac||bgcolor="#ffff00"| ||'''tgc|| |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 1||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 2||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''1||'''agc||1 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 3||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 2||'''cac||||cgc||bgcolor="#ffff00"| 1 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 5||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 2||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''1||ggc||bgcolor="#ffff00"| ''' |- |{{tri1|i}}'''tta||2||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 5||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''||'''aga||7 |- |{{tri1|k}}cta||||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| ||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 4||cga||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| ||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''||gga||bgcolor="#ffff00"| 5 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 5||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||2||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 3||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 4||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||5||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| ||'''cag||bgcolor="#66ffff"| ||cgg||bgcolor="#66ffff"| 8 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 1||ggg||bgcolor="#66ffff"| 3 |-class="sortbottom" !baci7!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |'''1aa||27||||bgcolor="#ffff00"|13||||bgcolor="#66ffff"|43||||83 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bacilli. distribution du type >1aa sans duplicata. |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||3||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''7 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| ||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 3||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 9||{{tri1|b}}tcc||3||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 11||'''tgc||5 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 3||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | ||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''9||'''agc||6 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 4||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| ||'''cac||9||cgc||bgcolor="#ffff00"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''11||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''7 |- |{{tri1|i}}'''tta||3||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 5||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 4||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''8||'''aga||1 |- |{{tri1|k}}cta||3||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 5||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 10||cga||bgcolor="#66ffff"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''8||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 2||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''19||gga||bgcolor="#ffff00"| 4 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||4||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 3||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 7 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||4||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 1||'''agg||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||1||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 1||cgg||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 1||ggg||bgcolor="#66ffff"| |-class="sortbottom" !baci7!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |'''>1aa||59||||bgcolor="#ffff00"|115||||bgcolor="#66ffff"|21||||195 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bacilli. distribution des +5s >3 |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||3||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''18 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| ||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgt|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 14||{{tri1|b}}tcc||9||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 13||'''tgc||7 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 12||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 6||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''22||'''agc||10 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 4||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| ||'''cac||12||cgc||bgcolor="#ffff00"| 23 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 3||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''22||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''29 |- |{{tri1|i}}'''tta||11||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 7||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 18||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''22||'''aga||1 |- |{{tri1|k}}cta||12||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 22||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 15||cga||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''28||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 15||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''23||gga||bgcolor="#ffff00"| 10 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||7||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 8 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||8||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''aag||bgcolor="#66ffff"| ||'''agg||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||7||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| ||'''cag||bgcolor="#66ffff"| ||cgg||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| ||ggg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-class="sortbottom" !baci7!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |'''+5s>3||135||||bgcolor="#ffff00"|279||||bgcolor="#66ffff"|13||||427 |} |} ===bacilli par rapport au groupe de référence=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] *Le groupe de référence: voir [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#+5s_>3_de_référence|la référence]] *Légende: *: - carré ccc, c'est ctc gtc ccc gcc *: - g+cga, c'est gtg xcg xag ggg cga (dans l'hypothèse de la bascule des cgx, cgt/cgc cga/cgg) {| class="wikitable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="600" |+Comparaison avec la référence |-style="border-bottom:2px solid black;" |tRNAs||||colspan="3"|'''blocs tRNAs||colspan="3"|'''blocs rRNAs|| |- !!!baci8!!1aa!!>1aa!!dup!!+5s!!1-3aas!!autres!!total!! |- |21||faible||43||21||5||13||||||82|| |- |16||moyen||27||59||4||135||2||31||227|| |- |14||fort||13||115||3||279||8||2||418|| |-style="border:2px solid black;" ||| ||83||195||12||427||10||33||760|| |- |10||g+cga||16||12||5||5||||||38|| |- |2||agg+cgg||11||0||||||||||11|| |- |4||carre ccc||12||5||||8||||||25|| |- |5||autres||4||4||||||||||8|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||43||21||5||13||||||82|| |- |||||colspan="3"|'''total tRNAs ‰ |||||||| |- !!!baci8!!1aa!!>1aa!!dup!!+5s!!1-3aas!!autres!!baci ‰!!ref.‰ |- |21||faible||57||28||7||17||||||108||26 |- |16||moyen||36||78||5||178||3||41||299||324 |- |14||fort||17||151||4||367||11||3||550||650 |-style="border:2px solid black;" |||||109||257||16||562||13||43||'''760||'''729 |- |10||g+cga||21||16||7||7||||||50||10 |- |2||agg+cgg||14||||||||||||14|| |- |4||carre ccc||16||7||||11||||||33||16 |- |5||autres||5||5||||||||||11|| |-style="border-bottom:2px solid black;" |||||57||28||7||17||||||108|| |- |||||colspan="4"|'''blocs tRNAs ‰ ||||colspan="3"|'''total colonne % |- !!!baci8!!1aa!!>1aa!!dup!!total!!ref.‰!!1aa!!>1aa!!dup |- |21||faible||148||72||17||238||26||52||11|| |- |16||moyen||93||203||14||310||324||33||30|| |- |14||fort||45||397||10||452||650||16||59|| |-style="border:2px solid black;" |||||286||672||41||'''290||'''729||'''83||'''195|| |- |10||g+cga||55||41||17||114||10||37|||| |- |2||agg+cgg||38||||||38||||26|||| |- |4||carre ccc||41||17||||59||16||28|||| |- |5||autres||14||14||||28||||9|||| |- |||||148||72||17||238||||'''43|||| |} ===bacilli, estimation des -rRNAs=== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] *Liens fiche: &emsp; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Fiche/Firmicutes#Bacilli_typage|typage]] *Légende: prélèvement de la base gtRNAdb le 29.5.20 *: - ttt et tgt sont nuls partout *: - '''atgi''', c'est Ile2, mis à la place de ttt, très rare chez les procaryotes. *: - '''atgf''', c'est Metf, mis à la place de tgt, très rare chez les procaryotes. *: - '''atgj''', c'est Met, remplace le atg standard qui est la somme Ile2 Met fMet. *: - Voir la légende des tris, [[Recherche:Gen%C3%A8se_et_duplication_des_g%C3%A8nes_des_tRNAs/Annexe/Tableaux#gdilc|g1 t1]] et des [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|couleurs]] ====bacilli, calcul des -rRNAs==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, calcul des -rRNAs]] {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+bac bacilli 32 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac1 cumul des +rRNAs de la fiche bacilli pour 32 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||20||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''91 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| ||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 63||{{tri1|b}}tcc||30||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 56||'''tgc||30 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 92||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 27||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''99||'''agc||38 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 15||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| ||'''cac||53||cgt||bgcolor="#ffff00"| 82 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 3||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 1||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''106||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''101 |- |{{tri1|i}}'''tta||59||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 49||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 87||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''84||'''aga||1 |- |{{tri1|k}}cta||54||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 77||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 69||cga||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''113||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 122||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''94||gga||bgcolor="#ffff00"| 49 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||32||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 42 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||32||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 3||'''aag||bgcolor="#66ffff"| ||'''agg||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||12||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| ||'''cag||bgcolor="#66ffff"| ||cgg||bgcolor="#66ffff"| |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| ||ggg||bgcolor="#66ffff"| 1 |-class="sortbottom" !baci32!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||693||||bgcolor="#ffff00"|1171||||bgcolor="#66ffff"|25||||1889 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac2 indices du clade bacilli du [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|29.5.20 de gtRNAdb]] pour 100 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;618!!class="unsortable"|0.2!!class="unsortable"|&emsp;0 |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||146||{{tri1|a}}tct||0.3||'''tat||0.5||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''285 |- |{{tri1|b}}'''att||0.2||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 11||'''aat||0.5||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 47||{{tri1|e}}cct||0.6||'''cat||0.2||cgc||0.2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||0.2||{{tri1|m}}gct||0.5||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 272||{{tri1|b}}tcc||120||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 239||'''tgc||117 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 310||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 92||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''378||'''agc||159 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 75||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 6.1||'''cac||186||cgt||bgcolor="#ffff00"| 288 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 53||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 30||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''386||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''310 |- |{{tri1|i}}'''tta||211||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 244||'''taa||1.1||'''tga||bgcolor="#66ffff"| 1.8 |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 2.1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 294||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''340||'''aga||119 |- |{{tri1|k}}cta||199||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 243||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 299||cga||bgcolor="#66ffff"| 6.3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''397||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 443||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''468||gga||bgcolor="#ffff00"| 305 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||125||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 47||'''tag||0.8||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 137 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||152||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 47||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 73||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 72 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||60||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 19||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 17||cgg||bgcolor="#66ffff"| 109 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| 0.8||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| 8.6||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 16||ggg||bgcolor="#66ffff"| 18 |-class="sortbottom" !gtRNA!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||2820||||bgcolor="#ffff00"|4504||||bgcolor="#66ffff"|660||||7984 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac3 cumul des -rRNAs de l'annexe bacilli 7 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||5||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''7 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 2||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 5||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 9||{{tri1|b}}tcc||3||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 11||'''tgc||5 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 4||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 2||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''10||'''agc||7 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 7||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 2||'''cac||9||cgt||bgcolor="#ffff00"| 4 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 5||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 3||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''12||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''10 |- |{{tri1|i}}'''tta||5||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 10||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 5||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''8||'''aga||8 |- |{{tri1|k}}cta||3||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 5||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 14||cga||bgcolor="#66ffff"| 2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''8||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 2||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''19||gga||bgcolor="#ffff00"| 9 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||6||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 8||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 7 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||6||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 5||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 10||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||8||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 2||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 1||cgg||bgcolor="#66ffff"| 8 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 2||ggg||bgcolor="#66ffff"| 3 |-class="sortbottom" !baci7!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||90||||bgcolor="#ffff00"|131||||bgcolor="#66ffff"|69||||290 |} |- | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac4 indices des +rRNAs de la fiche bacilli pour 100 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||63||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''284 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| ||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc|| |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 197||{{tri1|b}}tcc||94||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 175||'''tgc||94 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 288||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 84||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''309||'''agc||119 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 47||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| ||'''cac||166||cgt||bgcolor="#ffff00"| 256 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 9.4||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 3.1||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''331||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''316 |- |{{tri1|i}}'''tta||184||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 153||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 272||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''263||'''aga||3.1 |- |{{tri1|k}}cta||169||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 241||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 216||cga||bgcolor="#66ffff"| 2.0 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''353||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 381||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''294||gga||bgcolor="#ffff00"| 153 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||100||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 6.3||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 131 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||100||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 9.4||'''aag||bgcolor="#66ffff"| ||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 3.0 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||38||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| ||'''cag||bgcolor="#66ffff"| ||cgg||bgcolor="#66ffff"| 8.0 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| ||ggg||bgcolor="#66ffff"| 3.1 |-class="sortbottom" !baci32!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||2166||||bgcolor="#ffff00"|3659||||bgcolor="#66ffff"|78||||5903 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac5 estimation des -rRNA du clade bacilli pour 100 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||84||{{tri1|a}}tct||0.3||'''tat||0.5||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''1 |- |{{tri1|b}}'''att||0.2||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 11||'''aat||0.5||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 47||{{tri1|e}}cct||0.6||'''cat||0.2||cgc||0.2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||0.2||{{tri1|m}}gct||0.5||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 75||{{tri1|b}}tcc||26||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 64||'''tgc||23 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 23||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 8||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''69||'''agc||40 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 28||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 6.1||'''cac||20||cgt||bgcolor="#ffff00"| 32 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 44||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 27||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''55||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''-6 |- |{{tri1|i}}'''tta||27||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 91||'''taa||1.1||'''tga||bgcolor="#66ffff"| 1.8 |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 2.1||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 22||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''78||'''aga||116 |- |{{tri1|k}}cta||30||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 2.0||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 83||cga||bgcolor="#66ffff"| 6.3 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''44||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 62||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''174||gga||bgcolor="#ffff00"| 152 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||25||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 41||'''tag||0.8||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 6.0 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||52||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 38||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 73||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 72 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||23||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 19||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 17||cgg||bgcolor="#66ffff"| 109 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| 0.8||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| 8.6||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 16||ggg||bgcolor="#66ffff"| 15 |-class="sortbottom" !-rRNA!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||654||||bgcolor="#ffff00"|845||||bgcolor="#66ffff"|582||||2081 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac6 indices des -rRNAs de l'annexe archeo pour 100 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||71||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''100 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 29||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 71||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc||0.2 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 129||{{tri1|b}}tcc||43||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 157||'''tgc||71 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 57||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 29||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''143||'''agc||100 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 100||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 29||'''cac||129||cgt||bgcolor="#ffff00"| 57 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 71||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 43||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''171||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''143 |- |{{tri1|i}}'''tta||71||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 143||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| 1.8 |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 14||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 71||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''114||'''aga||114 |- |{{tri1|k}}cta||43||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 71||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 200||cga||bgcolor="#66ffff"| 29 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''114||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 29||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''271||gga||bgcolor="#ffff00"| 129 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||86||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 114||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 100 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||86||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 71||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 143||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 43 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||114||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 29||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 14||cgg||bgcolor="#66ffff"| 114 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| ||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| ||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 29||ggg||bgcolor="#66ffff"| 43 |-class="sortbottom" !baci7!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||1286||||bgcolor="#ffff00"|1871||||bgcolor="#66ffff"|986||||4143 |} |} ====bacilli, comparaison clade-annexe des -rRNAs==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, comparaison clade-annexe des -rRNAs]] *Légende *: - bac7. diff, somme des couleurs de bac7. La différence entre tRNAs est faite entre bac5 et bac6 du tableau précédent. Elle est exprimée en % et rapporté à la plus grande valeur des 2 termes de la différence. Ce qui fait quand un tRNA est à zéro la différence en % est égale à 100. *: - bac8. rap, rapport des sommes couleurs bac5/bac2. Le rapport -rRNA/total est celui du tRNA de bac5 sur celui de bac2. *Fréquences des différences en % du tableau bac7 <pre> gamme 0/0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 total fréquence 0 2 3 1 9 6 5 9 5 3 6 1 50 tot ≤ 50 21 </pre> *Comparaison avec le nombre de tRNAs de la fiche du clade: L’estimation des -rRNA par l'annexe est 43% au dessus de celle de la fiche des bacilli. <pre> tRNAs fiche annexe sans 925 290 avec 1902 470 genomes 32 7 indice % 29 41 </pre> {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" |+bac bacilli 32 génomes |-style="border-bottom:2px solid black;" | {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac7 bacilli, différence clade-annexe des -rRNAs |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||14||{{tri1|a}}tct||100||'''tat||100||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''99 |- |{{tri1|b}}'''att||100||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 62||'''aat||100||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 34||{{tri1|e}}cct||100||'''cat||100||cgc||100 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||100||{{tri1|m}}gct||100||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 42||{{tri1|b}}tcc||39||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 59||'''tgc||67 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 61||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 73||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''52||'''agc||60 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 72||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 79||'''cac||84||cgt||bgcolor="#ffff00"| 44 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 39||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 37||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''68||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''104 |- |{{tri1|i}}'''tta||63||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 36||'''taa||100||'''tga||bgcolor="#66ffff"| 100 |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 85||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 69||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''32||'''aga||1 |- |{{tri1|k}}cta||29||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 97||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 58||cga||bgcolor="#66ffff"| 78 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''62||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 54||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''36||gga||bgcolor="#ffff00"| 15 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||71||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 64||'''tag||100||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 94 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||39||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 47||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 49||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 40 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||80||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 34||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 16||cgg||bgcolor="#66ffff"| 5 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| 100||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| 100||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 44||ggg||bgcolor="#66ffff"| 65 |-class="sortbottom" !diff!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||867||||bgcolor="#ffff00"|838||||bgcolor="#66ffff"|850||||2554 |} || {| class="wikitable sortable" style="font-family:Liberation,serif;border:2px solid black; text-align:center;" width="400" |+bac8 bacilli, rapports -rRNA/total |-style="border-bottom:2px solid black;" !g1!!class="unsortable"|&emsp;&emsp;!!t1!!class="unsortable"| &emsp;&emsp;&nbsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp;&emsp; !!class="unsortable"| !!class="unsortable"|&emsp; |- |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|a}}'''atgi||57||{{tri1|a}}tct||||'''tat||||bgcolor="#ffcc00"| '''atgf||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''0.2 |- |{{tri1|b}}'''att||||{{tri1|i}}act||bgcolor="#66ffff"| 100||'''aat||||'''agt|| |- |{{tri1|c}}ctt||bgcolor="#66ffff"| 100||{{tri1|e}}cct||||'''cat||||cgc||100 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|d}}gtt||||{{tri1|m}}gct||||'''gat||||ggt|| |- |{{tri1|e}}'''ttc||bgcolor="#ffff00"| 28||{{tri1|b}}tcc||22||'''tac||bgcolor="#ffff00"| 27||'''tgc||20 |- |{{tri1|f}}'''atc||bgcolor="#ff6600"| 7||{{tri1|j}}acc||style="border:2px solid black;" | 8||'''aac||bgcolor="#ffff00"| '''18||'''agc||25 |- |{{tri1|g}}ctc||bgcolor="#66ffff"| 38||{{tri1|f}}ccc||bgcolor="#66ffff"| 100||'''cac||11||cgt||bgcolor="#ffff00"| 11 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|h}}gtc||bgcolor="#66ffff"| 82||{{tri1|n}}gcc||bgcolor="#66ffff"| 90||'''gac||style="border:2px solid black;" bgcolor="#ffff00"| '''14||ggc||bgcolor="#ffff00"| '''-2 |- |{{tri1|i}}'''tta||13||{{tri1|c}}tca||style="border:2px solid black;" | 37||'''taa||||'''tga||bgcolor="#66ffff"| 100 |- |{{tri1|j}}'''ata||bgcolor="#66ffff"| 100||{{tri1|k}}aca||bgcolor="#ffff00"| 8||'''aaa||bgcolor="#ffff00"| '''23||'''aga||97 |- |{{tri1|k}}cta||15||{{tri1|g}}cca||bgcolor="#ffff00"| 1||'''caa||bgcolor="#ffff00"| 28||cga||bgcolor="#66ffff"| 100 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|l}}gta||bgcolor="#ffff00"| '''11||{{tri1|o}}gca||bgcolor="#ff6600"| 14||'''gaa||bgcolor="#ffff00"| '''37||gga||bgcolor="#ffff00"| 50 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|m}}'''ttg||20||{{tri1|d}}tcg||bgcolor="#66ffff"| 87||'''tag||||'''tgg||style="border:2px solid black;" | 4 |-style="border-bottom:1px double blue;" |bgcolor="#ffcc00"| {{tri1|n}}'''atgj||34||{{tri1|l}}acg||bgcolor="#66ffff"| 80||'''aag||bgcolor="#66ffff"| 100||'''agg||bgcolor="#66ffff"| 100 |-style="border-bottom:1px double blue;" |{{tri1|o}}ctg||38||{{tri1|h}}ccg||bgcolor="#66ffff"| 100||'''cag||bgcolor="#66ffff"| 100||cgg||bgcolor="#66ffff"| 100 |-style="border-bottom:2px solid black;" |{{tri1|p}}gtg||bgcolor="#66ffff"| 100||{{tri1|p}}gcg||bgcolor="#66ffff"| 100||'''gag||bgcolor="#66ffff"| 100||ggg||bgcolor="#66ffff"| 83 |-class="sortbottom" !rap!!inter!!!!max!!!!min!!!!total |-class="sortbottom" |||23||||bgcolor="#ffff00"|19||||bgcolor="#66ffff"|88||||26 |} |} ===bacilli discussion=== itbt5zmb3fv9lzpm2p1pqr7crgtzw60 104 75146 881478 881467 2022-08-20T05:53:10Z Mekkiwik 5298 /* bacilli distribution par génome */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;;4;;gta;9;;atgj 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;;36;;aca;**;;gaa 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;;6;;aaa;3;;gaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;;40;;cta;4;;gta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;;14;;ggc;22;;aca 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;;9;;tta;4;;tac 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;;27;;cgt;**;;caa 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;;atc;9;;cca;4;;aac 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;;**;;gca;29;;agc 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;;gca;4;;aac;11;;gaa 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;;56;;acc;26;;caa 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;;gta;30;;ggc;11;;aaa 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;;aac;27;;cgt;80;;cta 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;;atgf;8;;cca;**;;ctc 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;;aac;**;;gca;35;;ttc 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;;intra;13;;cgt;81;;gac 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;;atc gca;**;;gga;9;;gaa 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;;60;;atgf;**;;aaa 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;;gca;**;;gac;;; 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;;gca;5;;aac;;; 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;;gga;34;;tcc;;; 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;;9;;gaa;;; 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;;9;;gta;;; 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;;11;;atgf;;; 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;;12;;gac;;; 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;;5;;ttc;;; 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;;22;;aca;;; 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;;5;;tac;;; 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;;24;;tgg;;; 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;;9;;cac;;; 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;;49;;caa;;; 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;;5;;ggc;;; 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;;7;;tgc;;; 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;;265;;tta;;; 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;;**;;ttg;;; 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;;25;;gaa;;; 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;;3;;agc;;; 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;;10;;aac;;; 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;;15;;atc;;; 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;;10;;gga;;; 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;;17;;cac;;; 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;;12;;ttc;;; 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;;11;;gac;;; 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;;17;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;6;;tca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;2;;atgi;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;19;;atgj;;; ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;;5;;gca;;; ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;;15;;cca;;; ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;;9;;cgt;;; ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;;14;;tta;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;; </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; ;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa 20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc 30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac 40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac 90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf 100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca 110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj 130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca 150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt 160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta 170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc 180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta 190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa 200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca 210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta 220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg 230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc 240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc 250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa 260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac 270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg 280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac 290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc 300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac 310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf 320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta 330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc 350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac 360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; 380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; 390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; 400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;;;;;;; ;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;;;;;;; ;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; ;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;;2;;gta;111;;ggc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;;13;;aaa;112;;ggc 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;;23;;cta;35;;ggc 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;;10;;aca;**;;ccg 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;;atc;11;;ggc;35;;gaa 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;;8;;tta;9;;tca 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;;gca;5;;cgt;3;;atgf 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;;29;;cca;6;;gac 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;;aac;12;;atgj;7;;ttc 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;;gta;27;;atgi;4;;tac 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;;intra;3;;atgf;12;;tgg 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;;atc gca;6;;gac;7;;cac 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;;19;;ttc;23;;caa 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;;5;;gga;40;;tgc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;;2;;atc;**;;ttg 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;;**;;agc;34;;tac 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;;10;;tcc;**;;caa 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;;**;;aac;6;;tca 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;;;;;;;;7;;gac 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;;;;;;;;4;;cac 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;;;;;;;;**;;gta 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;;;;;;;;5;;gta 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;;;;;;;;**;;gaa 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;;;;;;;;8;;cgt 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;;;;;;;;**;;cca 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;;;;;;;;; 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;;;;;;;;;; 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;;;;;;;;;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;; 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;; 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;; 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;; 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;; </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; ;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig 10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca 20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg 30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt 40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc 50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa 60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac 70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf 80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta 90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc 110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac 120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc 160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta 170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa 190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta 200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc 220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; 290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; 300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; 310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; 320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; 330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; 340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; 350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; 360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; 370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; 380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; 400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; ;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; ;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; ;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ====ppmp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_données_intercalaires|ppmp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;; ;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;; 10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;;tta 20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;;aca 30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;;tcg 40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;;tcc 50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;;ctt 60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;;tcg 70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;;tca 80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;; 90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;; 100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;; 110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;; 120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;;; 130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;;; 140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;;; 150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;;; 160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;;; 170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;;; 180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;; 190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;;; 200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;;; 210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;; 220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;;; 230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;; 240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;; 250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;; 260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;; 270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;; 280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;; 290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;; 300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;; 310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;; 320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;; 330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;; 340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;; 350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;; 360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;; 370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;; 380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;; 390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;; 400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;; reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;; ;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;; ;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;; ;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;; ;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;; ;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;; </pre> =====ppmp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_autres_intercalaires_aas|ppmp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppmp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3920;4174;536;*; ;;tRNA;4711;4803;5;*;agc ;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc ;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa ;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt ;;tRNA;5112;5186;101;*;cca ;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg ;;tRNA;5366;5441;7;*;tat ;;tRNA;5449;5522;6;*;caa ;;tRNA;5529;5605;5;*;cac ;;tRNA;5611;5686;125;*;gac ;;tRNA;5812;5887;10;*;gga ;;tRNA;5898;5973;4;*;aac ;;tRNA;5978;6066;9;*;tac ;;tRNA;6076;6153;82;*;ata ;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi ;;tRNA;6317;6392;4;*;aac ;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg ;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa ;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc ;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc ;;tRNA;6908;6980;7;*;cga ;;tRNA;6988;7065;5;*;cca ;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg ;;tRNA;7161;7235;4;*;atc ;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf ;;tRNA;7323;7398;109;*;gca ;;tRNA;7508;7584;3;*;cga ;;tRNA;7588;7668;13;*;cta ;;tRNA;7682;7758;8;*;atc ;;tRNA;7767;7841;4;*;aac ;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg deb;;CDS;7953;8324;-24;*; ;;tRNA;8301;8378;8;*;gac ;;tRNA;8387;8473;86;*;tac ;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa ;;tRNA;8647;8720;4;*;gga ;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc ;;tRNA;8808;8882;100;*;acg deb;comp;CDS;8983;9600;89;*; ;;tRNA;9690;9771;3;*;tta ;;tRNA;9775;9849;35;*;aca fin;comp;CDS;9885;10169;;; deb;comp;CDS;10320;10622;116;*; ;;tRNA;10739;10813;18;*;aca fin;comp;CDS;10832;11146;;; deb;comp;CDS;11363;11599;94;*; ;;tRNA;11694;11765;106;*;aga fin;;CDS;11872;12312;;0; deb;;CDS;13199;14083;226;*; ;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg ;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc ;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt ;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg ;;tRNA;14660;14751;119;*;tca fin;;CDS;14871;15080;;0; deb;comp;CDS;227125;227388;444;*; ;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga deb;comp;CDS;228152;228391;126;*; ;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other fin;comp;CDS;228741;229064;;; deb;comp;CDS;229793;229999;24;*; ;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca deb;comp;CDS;230872;231393;164;*; ;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta fin;;CDS;232618;233067;;0; deb;;CDS;369072;371174;102;*; ;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b fin;;CDS;371577;374243;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; 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;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; 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comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc;7;;aac ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc;297;;agc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf;9;;gaa ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj;**;;ctc ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc;16;;gca ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg;12;;gaa ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc;16;;gta 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca;17;;gac 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA;9;;cac ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca;9;;caa ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt;8;;aaa ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc;3;;ctg ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg;**;;ggc 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa;49;;ctg ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;;19;;gta;17;;gta;9;;caa;**;;ctg ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;;20;;gac;13;;atgf;17;;cac;40;;ctc 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;;15;;ttc;49;;gac;12;;gac;13;;tcc ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta;19;;atgj 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;;agc;3;;ctg;13;;aca;15;;aac;**;;tcg 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;;atc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac;7;;tta ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;;atc;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca;19;;atgi ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;;atc;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa;**;;atgf 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;;aac;158;;cca;9;;caa;9;;gcc;230;;cac ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;;aac;4;;gca;12;;ggc;**;;atc;**;;cac ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;;ttc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg;;; ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;;19;;tcg;20;;tta;106;;cca;;; 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt;;; 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc;;; ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;;;;;;39;;acg;19;;atc;13;;ctg;;; ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;;;;;;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc;;; ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;;;;;;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa;;; ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;;;;;;10;;aac;5;;gta;28;;tac;;; ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;;;;;;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc;;; 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;;;;;;11;;gaa;18;;tac;5;;gga;;; 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;;;;;;17;;gta;4;;aac;16;;cca;;; ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;;;;;;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt;;; ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;;;;;;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc;;; ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;;;;;;11;;acg;34;;gac;42;;cta;;; ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;;;;;;10;;cac;13;;cac;8;;aaa;;; ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;;;;;;5;;caa;8;;caa;9;;caa;;; 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;;;;;;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg;;; 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;;;;;;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf;;; 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;;;;;;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc;;; 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;;;;;;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;19;;cca;10;;tgc;**;;atc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;aga;**;;cca;;;;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; deb;;CDS;1834781;1835260;106;*; ;;tRNA;1835367;1835439;137;*;gcc fin;comp;CDS;1835577;1835978;;; deb;;CDS;2147627;2148466;89;*; ;;ncRNA;2148556;2148735;114;*; fin;;CDS;2148850;2149506;;0; deb;comp;CDS;2207093;2208091;192;*; ;;tRNA;2208284;2208367;49;*;ctg ;;tRNA;2208417;2208500;315;*;ctg fin;;CDS;2208816;2209952;;; deb;;CDS;3456514;3456786;256;*; ;;tRNA;3457043;3457119;142;*;ccc fin;;CDS;3457262;3457483;;; deb;comp;CDS;5004536;5005159;394;*; ;comp;tRNA;5005554;5005636;40;*;ctc ;comp;tRNA;5005677;5005765;13;*;tcc ;comp;tRNA;5005779;5005852;19;*;atgj ;comp;tRNA;5005872;5005958;167;*;tcg ;;ncRNA;5006126;5006220;132;*; fin;comp;CDS;5006353;5007825;;; deb;comp;CDS;6383256;6384173;228;*; ;;tRNA;6384402;6384474;72;*;gtc fin;comp;CDS;6384547;6385458;;; deb;comp;CDS;6390912;6391130;142;*; ;comp;tRNA;6391273;6391358;7;*;tta ;comp;tRNA;6391366;6391442;19;*;atgi ;comp;tRNA;6391462;6391538;75;*;atgf fin;comp;CDS;6391614;6391778;;; deb;;CDS;6561157;6563109;118;*; ;comp;ncRNA;6563228;6563648;95;*; fin;comp;CDS;6563744;6564859;;; deb;;CDS;7354507;7354737;342;*; ;comp;tRNA;7355080;7355162;28;*;ctc ;comp;tRNA;7355191;7355279;12;*;tcc ;comp;tRNA;7355292;7355368;14;*;atgf ;comp;tRNA;7355383;7355459;14;*;atgj ;comp;tRNA;7355474;7355561;8;*;agc ;comp;tRNA;7355570;7355659;4;*;tcg ;comp;tRNA;7355664;7355736;4;*;acc ;comp;tRNA;7355741;7355816;119;*;gca ;;ncRNA;7355936;7356030;36;*; ;comp;tRNA;7356067;7356140;6;*;cca ;comp;tRNA;7356147;7356220;104;*;cgt ;comp;tRNA;7356325;7356396;7;*;ggc ;comp;tRNA;7356404;7356490;9;*;ctg ;comp;tRNA;7356500;7356572;9;*;aaa ;comp;tRNA;7356582;7356656;9;*;caa ;comp;tRNA;7356666;7356741;17;*;cac ;comp;tRNA;7356759;7356835;12;*;gac ;comp;tRNA;7356848;7356923;4;*;gta ;comp;tRNA;7356928;7357003;15;*;aac ;comp;tRNA;7357019;7357103;8;*;tac ;comp;tRNA;7357112;7357187;5;*;aca ;comp;tRNA;7357193;7357264;15;*;gaa ;comp;tRNA;7357280;7357355;9;*;gcc ;comp;tRNA;7357365;7357438;54;*;atc ;comp;rRNA;7357493;7357609;113;*;5s ;comp;rRNA;7357723;7360652;269;*;23s ;comp;rRNA;7360922;7362458;399;*;16s fin;;CDS;7362858;7363397;;0; deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;;3;;gta;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;;138;;gaa;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;;6;;atgj;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;;8;;tcc;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;;**;;aac;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;;26;;gac;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;;atc;3;;gaa;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;;atc;2;;gta;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;;35;;cgt;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;;gca;**;;ggc;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;;gca;3;;gac;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;;2;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;;aac;35;;cgt;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;;ggc;19;;ggc;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;;intra;3;;cca;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;;atc gca;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;;;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;;;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;;;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;;;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;;;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;;;;;;;;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;;;;;;;;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;;;;;;;;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;;;;;;;;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;;;;;;;;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;;;;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;;;;;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;;;;;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;;;;;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;;;;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;;;;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;;;;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;;;;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;;;;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;;;;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;;;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;;;;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;;;;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;;1;;gaa;20;;atgf;13;;gaa ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;;8;;aac;54;;tca;**;;atgj ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;;11;;atc;20;;tca;139;; ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;;6;;tgg;16;;gca;13;;aaa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;;9;;aca;10;;cca;21;;gaa ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;;9;;ttc;3;;cgt;41;;gac ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;;4;;gac;16;;tta;**;;ttc ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;;20;;atgf;29;;ggc;1;;gga ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;;54;;tca;13;;cta;**;;aga ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;;20;;tca;5;;aaa;;; ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;;16;;gca;87;;caa;;; ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;;10;;cca;46;;gac;;; ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;;3;;cgt;4;;gta;;; ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;;atc;16;;tta;8;;gaa;;; ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;;gca;29;;ggc;3;;agc;;; ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;;22;;cta;**;;aac;;; ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;;9;;cac;10;;gca;;; ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;;4;;aca;5;;ggc;;; ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;;gta;**;;gta;5;;aaa;;; ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;;aac;14;;tgc;65;;caa;;; 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;;atgf;5;;ggc;17;;tac;;; ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;;intra;63;;caa;5;;gta;;; ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;;atc gca;19;;cac;24;;gaa;;; ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;;7;;tgg;4;;acc;;; 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;;gaa;17;;tac;**;;aac;;; ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;;5;;gta;4;;gta;;; ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;;24;;gaa;9;;aca;;; ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;;;;;;4;;acc;22;;cac;;; ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;;;;;;**;;aac;29;;cta;;; ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;;;;;;3;;gac;16;;ggc;;; ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;;;;;;**;;atgf;3;;tta;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;;;;;;1;;gga;10;;cgt;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;;;;;;4;;cca;16;;cca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;;;;;;3;;cgt;20;;gca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;;;;;;16;;tta;54;;tca;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;;;;;;29;;ggc;20;;cta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;;;;;;14;;cta;1;;atgf;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;;;;;;5;;aaa;12;;gac;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;;;;;87;;caa;14;;ttc;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;;;;;;46;;gac;10;;aca;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;;;;;;4;;gta;13;;aaa;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;;1;;gaa;10;;gga;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;;;;;;8;;aac;7;;atc;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;;11;;atc;7;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;6;;tgg;6;;agc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;9;;aca;**;;gaa;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;ttc;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;4;;gac;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;suite;;suite;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_données_intercalaires|bacilli données intercalaires]] ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;;13;;tta;13;;atgj;12;;tgc ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;;15;;atgf;6;;ttc;3;;aac ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;;9;;gaa;6;;atc;**;;aca 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;;6;;gga;31;;cca;8;;gta 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;;5;;gta;11;;tgg;20;;gaa ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;;16;;gac;6;;atgi;10;;aaa ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;;4;;aac;6;;cca;10;;aca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;;4;;aca;11;;agc;7;;gac ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;;15;;tac;6;;tca;9;;gta ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;;14;;cta;12;;aaa;5;;gaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;;7;;aga;6;;caa;**;;aaa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;;gca;11;;caa;19;;aga;;; ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;;gca;6;;aaa;11;;gga;;; 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;;gca;3;;tca;4;;tac;;; ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;;gca;9;;ttc;4;;aca;;; ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;;8;;atgj;31;;aac;;; ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;;gca;21;;atgi;16;;aac;;; ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;;gca;6;;cca;5;;gac;;; ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;;gca;4;;cac;6;;gta;;; ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;;gca;25;;tgc;9;;gga;;; ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;;13;;tta;15;;gaa;;; ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;;tta;15;;atgf;13;;atgf;;; ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;;gaa;9;;gaa;**;;tta;;; ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;gga;;;;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;;gga;5;;gta;;;;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;;gga;16;;gac;;;;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;;aca;4;;aac;;;;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;;4;;aca;;;;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;;atgi;15;;tac;;;;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;;atgj;11;;cta;;;;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;;13;;ggc;;;;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;;gga;7;;aga;;;;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;;gga;11;;caa;;;;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;;gga;6;;aaa;;;;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;;aca;3;;tca;;;;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;ttc;;;;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;;tta atgi;8;;atgj;;;;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;;21;;atgi;;;;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;;6;;cca;;;;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;;9;;cac;;;;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;;21;;aaa;;;;;; 7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;;6;;tgc;;;;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;;10;;cgt;;;;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;;**;;gta;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;7;;aga;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;9;;ggc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;5;;gac;;;;;; ;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;;8;;gta;;;;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;;**;;gaa;;;;;; ;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;;6;;aac;4;;aac;33;;aca ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;;15;;tta;5;;gaa;4;;gta ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;;7;;atgf;5;;gta;6;;gaa ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;;9;;gaa;10;;gac;**;;aaa ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;;5;;gga;14;;aca;;; ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;;5;;gta;9;;tac;;; ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;;9;;gac;10;;gga;;; ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;;14;;aca;9;;aga;;; ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;;8;;tac;11;;caa;;; ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;;29;;cta;2;;aaa;;; ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;;7;;aga;17;;tca;;; ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;;88;;caa;8;;agc;;; ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;;gca;3;;tca;85;;cca;;; ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;;6;;ttc;60;;tgg;;; ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;;gca;14;;atgj;6;;cca;;; 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;;gca;23;;atgi;3;;atc;;; ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;;gca;7;;cca;7;;ttc;;; ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;;8;;cac;**;;atgj;;; ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;;aac;7;;aaa;5;;aac;;; ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;;aac;6;;tgc;15;;tta;;; ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;;5;;aac;7;;atgf;;; ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;;gga;15;;tta;14;;gaa;;; ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;;7;;atgf;5;;gga;;; ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;;atgj;9;;gaa;5;;gta;;; ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;10;;gac;;; 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;;gga;5;;gta;9;;ggc;;; ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;;aca;9;;gac;**;;aga;;; ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;;14;;aca;;;;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;;9;;tac;;;;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;;23;;cta;;;;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;;24;;ggc;;;;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;;9;;aga;;;;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;;;;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;;2;;aaa;;;;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;;;;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;;6;;ttc;;;;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;;14;;atgj;;;;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; ;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;; ;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;; ;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;; ;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;; ;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;; ;;;;;;;;insert;dir ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;; ;;;;;;;;;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;; ;;;;;;;;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;; ;;;;;;;;4;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca </pre> ====cdc8 cdc création de cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]] <pre> ;;création de cds;;;; ;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;;aac;6;;aac;33;;aca ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;;tta;15;;tta;4;;gta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;;atgf;7;;atgf;6;;gaa ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;;gaa;9;;gaa;**;;aaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;;gga;5;;gga;;; ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;;gta;5;;gta;;; ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;;gac;9;;gac;;; ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;;aca;14;;aca;;; ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;;tac;10;;tac;;; ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;;cta;28;;cta;;; ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;;aga;7;;aga;;; ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;;caa;89;;caa;;; ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;;tca;3;;tca;;; ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;;ttc;6;;ttc;;; 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;;atgj;14;;atgj;;; ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;;atgi;29;;atgi;;; ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;;cca;7;;cca;;; ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;;cac;8;;cac;;; ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;;aaa;**;;aaa;;; ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;tgc;4;;aac;;; 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;;aac;5;;gaa;;; ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gta;;; ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;;atgf;11;;gac;;; ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;;gaa;14;;aca;;; ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;9;;tac;;; 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;;gta;10;;gga;;; ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;;gac;9;;aga;;; ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;;aca;11;;caa;;; ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;;tac;2;;aaa;;; ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;;cta;18;;tca;;; ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;;ggc;8;;agc;;; 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;;aga;85;;cca;;; ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;60;;tgg;;; ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;;aaa;5;;cca;;; ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;3;;atc;;; ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;;ttc;7;;ttc;;; ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;;atgj;**;;atgj;;; ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;;aac;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;;tta;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;;atgf;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;gaa;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;;gga;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;;gta;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;;gac;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;;;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;;3;;gca;84;;cgt ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;;**;;atgi;20;;agc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;;27;;aac;306;;tca 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;;**;;aac;20;;agc ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;;;**;;tca ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;;;5;;tac ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;;;**;;aca ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;;;17;;gaa 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;;aac;;;;9;;gta ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;;ttc;;;;4;;gac 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;;atgi;;;;5;;aca ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;;aac;;;;18;;gaa ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;;;7;;gta ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;;;57;;gac ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;;;;;;17;;gaa ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;;;;;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;;;;;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;;;;;;**;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;;;;;;4;;tta ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;;;;;;53;;atgf ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;;;;;;10;;atgf ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;;;;;;**;;atgj 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;;;;;18;;ggg ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;;;;;;**;;acc ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;;;;;;7;;cca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;;;6;;gga ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;;;;;;5;;aga ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;;;26;;aag ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;;;29;;cca ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;;;24;;gga ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;;;**;;cga ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;;;5;;gta ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;;;3;;gac ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;;;4;;ttc ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;;;9;;ggc ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;**;;tgc ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;; ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;; ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;; ;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;; ;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;712;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;;311;;aaa;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;;**;;ttc;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;;61;;gag;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;;6;;caa;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;;4;;aga;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;;19;;gga;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;;16;;cta;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;;**;;gaa;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;;gca;4;;gca;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;;gca;**;;atgi;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;;;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;;atc;;;;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;;atc;;;;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;;;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;;aac;;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;;ttc;;;;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;;ttc;;;;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;;aaa;;;;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;;gaa;;;;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;;atgi;;;;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;;;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;;aac;;;;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;;;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;;ttc;;;;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;;aac;;;;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;;gca atc;;;;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;;gca atc;;;;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;;;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;;;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;;gca;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;;gca;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;;ggc;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;;atc;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;;gaa;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;;ggc;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;;gca;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;;gca;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;;gca;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;;atc;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;;gca;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;;agc;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;;gaa;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;;tcc;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;;gac;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;;aaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;;aac;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;;aac;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;;atc;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;;gca;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;;;;;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;;;;;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;;;;;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;;;;;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;;;;;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;;;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;;;;;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;;;;;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;;;;;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;;;;;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;;;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;;gcc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;;atc;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;;gca;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;;gca;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;;caa;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;;aac;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;;tcc;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;;aaa;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;;aac;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;;intra;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;;atc;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;;gca;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;;;;;;1;;ggc;;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;;;;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;;1;;atgi;30;;tca;6;;gac ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;;**;;gca;241;;agc;14;;gta ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;;4;;ttc;18;;tca;29;;gaa 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;;**;;tgc;**;;agc;10;;aca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;;6;;ttc;20;;tta;6;;gac ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;;25;;gac;7;;atgf;16;;gta ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;;**;;gaa;6;;atgj;29;;gaa ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;;1;;gca;22;;tta;10;;aca ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;;**;;atgi;7;;atgf;6;;gac ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;;;6;;atgj;14;;gta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;;;21;;tta;**;;gaa 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;;;70;;atgf;;; 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;;;21;;tta;;; ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;;;**;;atgf;;; ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;;;234;;aac;;; ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;;;439;;aac;;; ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;;;**;;aac;;; ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;;;4;;cta;;; 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;;;**;;ggg;;; 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;;;17;;cca;;; ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;;;149;;gga;;; ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;;;6;;aga;;; 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;;gca;;;;16;;cca;;; ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;;atc;;;;35;;gga;;; ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;;gca;;;;5;;aga;;; 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;;;3;;cac;;; ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;;atc;;;;7;;caa;;; ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;;atc;;;;18;;aaa;;; ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;;gca;;;;5;;cta;;; ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;;;25;;ggc;;; ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;;ttc;;;;5;;gga;;; ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;;atgi;;;;57;;aag;;; ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;;aaa;;;;7;;caa;;; ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;;aaa;;;;18;;aaa;;; 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;;atgi;;;;5;;cta;;; ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;;;25;;ggc;;; ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;;;;2* 140;;aac;;;;46;;gga;;; ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;;;;71;;aac;;;;**;;cga;;; ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;;;;tRNA 5s;;;;;;9;;tac;;; ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;;;;2* 3;;aac;;;;27;;gta;;; 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;12;;aca;;; 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;;;;3;;gca atc;;;;9;;tac;;; 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;;;;;;;;;;30;;gta;;; 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;12;;aca;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;**;;tac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;3;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;5;;cag;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;**;;aaa;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;79;;aaa;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;7;;cac;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;35;;aga;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gga;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;;22;;aca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;;5;;tac ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;;3;;atgj ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;;6;;acc ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;;**;;atgf 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;;3;;aac 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;;8;;gaa 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;;atc;50;;gta ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;;11;;cca 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;;gca;8;;gga ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;;gca;**;;aga ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;;intra;30;;ctg ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;;atc gca;52;;ctc 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;;**;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;;18;;cac 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;;3;;caa ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;;16;;aaa ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;;**;;cta 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;;4;;gac 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;;8;;ttc ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;;9;;ggc ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;;;13;;tgc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;;;**;;tta ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;;;2;;gac ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;;;8;;ttc ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;;;9;;ggc 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;;;**;;tgc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;;;2;;gac ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;;;1;;ggc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;;;**;;tgg ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;;;6;;gta ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;;;8;;gaa ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;;;**;;aag ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;;12;;gag ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;;;111;;cag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;;;**;;cag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;;;;; ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;;;;; ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;;8;;aca;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;;35;;tac;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;;**;;gga;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;;39;;cgg;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;;41;;cac;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;;58;;cca;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;;**;;cca;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;;1172;;tca;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;;atc;**;;tca;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;;52;;aca;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;;gca;539;;ttc;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;;gca;52;;aca;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;;gca;**;;ttc;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;;52;;aca;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;;gac;**;;ttc;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;;acc;21;;agc;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;;gac;30;;cgt;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;;32;;cgt;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;;acc;30;;cgt;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;;intra;33;;cgt;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;;atc gca;9;;cgt;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;;76;;agc;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;;35;;cgt;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;;9;;cgt;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;;**;;agc;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;;9* 37;;gta;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;;39;;gta;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;;**;;gta;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;;;;;;80;;gcc;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;;;;;;11* 102;;gaa;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;;;;;;253;;gaa;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;;;;;;47;;gaa;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;;;;;;**;;gcc;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;;;;;;3* 40;;atgf;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;;;;;;**;;atgf;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;;;;;;13;;ggc;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;;;;;;85;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;;;;;**;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;;;;;;13;;ggc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;;;;;;95;;tgc;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;;634;;tta;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;;;;;;95;;tgc;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;;479;;tta;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;;132;;tgc;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;**;;tta;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;;189;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;;45;;atgf;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;;2;;gtc;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;;35;;atgf;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;gtc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;30;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;85;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;aa;c;x;hors bloc;c;x;hors bloc ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;;35;;gac;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;;**;;tgg;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;;2* 68;;tgg;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;;**;;gac;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;;gcc;;;;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;;atc;;;;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;;gaa;;;;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;;;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;;gca;;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;;gaa;;;;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;;gta;;;;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;;gta;;;;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;;;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;;gac;;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;;gac;;;;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;;acc;;;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;;tca;;;;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;;;;;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;;acc;;;;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;;;;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;;gaa;;;;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;;aaa;;;;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;;gta;;;;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;;gcc;;;;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;;gaa;;;;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;;gca;;;;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;;atc;;;;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;;gta;;;;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;;gca;;;;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;;aaa;;;;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;;gaa;;;;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;;gca;;;;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;;atc;;;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;;gta;;;;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;;aaa;;;;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;;gaa;;;;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;;73;;tgc ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;;**;;tta 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;;gaa;73;;tgc 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;;**;;tta ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;;gta;3;;ggc ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;;**;;tgc ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;;tca;;; ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;;gaa;;; ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;;aaa;;; ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;;gca;;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;;gta;;; ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;; ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;;;; ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;;;; ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;;;; ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;;;; ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;;atc;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;;atc;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;;gaa;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;;gca;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;;gac;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;;acc;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;;intra;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;;atc gca;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;;contig;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;;tgg;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;;gac;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;;gaa;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;;atc;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;;gaa;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;;gaa;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;;gca;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;;gaa;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;;gca;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;;gac;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;;acc;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;;intra;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;;atc gca;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;; ;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;; ;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;; ;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;; ;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;; ;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;; ;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;; ;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;; ;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;; ;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;; ;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;hors bloc ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;;8;;gac;37;;cag 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;;**;;tgg;48;;cag ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;;1472;;gaa;15;;atgj 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;;gaa;42;;atc;34;;caa ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;;gaa;2351;;atc;23;;caa 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;;gaa;**;;gaa;10;;cta ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;;atc;42;;gca;**;;atgj ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;;**;;atc;35;;aaa ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;;gca;;;;2;;gta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;;;51;;aaa 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;;gaa;;;;3;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;;gaa;;;;48;;aaa 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;;gaa;;;;33;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;;gca;;;;**;;aaa 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;;;33;;tac 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;;;**;;tac 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;;gac;;;;4;;gtc ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;;acc;;;;**;;gtc ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;;gac;;;;4;;gtc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;;;**;;gtc 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;;acc;;;;4;;gtc 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;;acc;;;;**;;gtc ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;;gaa;;;;12;;tta 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;;gaa;;;;53;;tgc ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;;intra;;;;**;;ggc 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;;atc gca;;;;39;;gcc ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;;;**;;gcc 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;;;43;;gta ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;;;46;;gta 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;;;4;;gta 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;;;**;;aaa 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;;;63;;cgt 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;;;;;;62;;cgt ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;;;;;;62;;cgt 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;;;;;;64;;cgt ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;;;;;;3;;cgt 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;;;;;;**;;agc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;;;;;;33;;atgf ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;;;;;;33;;atgf ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;;;;;;**;;atgf 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;;;;;;58;;cgg 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;;;;;;20;;cac 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;;;;;;42;;ctg 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;;;;;;**;;cca ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;;;;;;8;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;;;;;;116;;tac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;;;;;6;;gga ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;;;;;;**;;acc ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;;;;;;36;;ggc ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;;;35;;ggc ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;;;;;;**;;ggc ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;34;;ctg ;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;**;;ctg ;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;;;39;;gcc ;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;39;;gcc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;;;**;;gcc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;gta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ctg </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;;158;;atgf ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;;35;;ggc ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;;35;;ggc ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;;18;;ggc ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;;39;;atgf ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;;90;;ggc ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;;atc;39;;atgf ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;;atc;18;;ggc 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;;gaa;39;;atgf ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;;gaa;18;;ggc ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;;gcc;39;;atgf ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;;**;;ggc 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;;gca;13;;acc ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;;gta;35;;gga 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;;gca;52;;tac 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;;gca;**;;aca 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;;gta;35;;cgg ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;;gaa;76;;cac ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;;46;;cca 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;;gac;64;;cac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;;gac;**;;cca ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;;gac;54;;cta ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;;tca;46;;caa ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;;acc;21;;cta ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;;18;;cta 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;;acc;23;;atgj ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;;intra;70;;cta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;;gca;79;;atgj 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;;atc;31;;caa ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;;gta;39;;cta ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;;aaa;**;;atgj ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;;gaa;100;;tac 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;;gaa;100;;tac ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;;aaa;100;;tac ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;;gca;**;;tac ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;;gta;46;;gtc 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;;gcc;**;;gtc ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;;gaa;11;;ggc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;;contig;78;;tta ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;;tgg;37;;ggc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;;gac;**;;tgc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;;gac;56;;atgf 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;;tgg;**;;ctc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;;59;;cgt ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;57;;cgt ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;;;;;;85;;cgt ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;;;;;;29;;agc ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;;;31;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;43;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;42;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;21;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;;97;;tta ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;;5;;ggc ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;;gaa;**;;tgc ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;;53;;tta ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;;gta;181;;tgc ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;;**;;tgc ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;;tca;;; ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;;gta;;; ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;;gca;;; ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;;aaa;;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;;gaa;;; ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;; ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;; ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;;;;; ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;;;;; ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;;;;; ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;;atc;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;;gaa;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;;gaa;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;;gaa;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;;gaa;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;;gca;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;;gaa;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;;gaa;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;;gaa;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;;gaa;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;;gac;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;;acc;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;;gac;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;;gac;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;;acc;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;;intra;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;;atc;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;;gca;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;;;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;;;;;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;;;;;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;;;;;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;;;;;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;hors bloc fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;;;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;;;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;;;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;;;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;;;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;;;**;;tac ;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;; 1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;; ;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;; ;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;;;;; ;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;;;;; ;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;;;;; ;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;;;;; ;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;;;;; ;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;;;; ;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;;;;; 1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;; ;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;;;;; 1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;; ;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;; ;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;; ;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;; ;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;; ;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;; ;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;; ;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;; ;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;; ;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;; ;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;; ;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;; ;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;; ;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;; ;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;; 1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;; ;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;; ;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;; ;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;; 12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;; 16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;;;;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;;;;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;;;;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;;;;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;;;;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;;;;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;;;;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;;;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;;;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;;atc;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;;atc;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;;atc;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;;atgf;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;;atgf;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;;atgf;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;;atgf;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;;;51;;atgf;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;;;;;;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;;;;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;;;;;;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;;;;;;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;;;;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;;;;;;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;;;;;;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;;202;;gcc ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;;**;;gcc 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;;81;;tgc 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;;atc;**;;aac 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;;27;;gga ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;;**;;tac 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;;165;;acc 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;;**;;acc 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;;gca;;; ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;; 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;;atgf;;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;;atgf;;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;;atgf;;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;;atc gca;;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;; ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;; 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;;;;;; 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;;;;;; 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;;;;;; ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;;;;;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;;;;;; 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;;;;;; ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;;;;;; 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;;;;;; 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;;;;;; ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;;;;;; 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;;;;;; ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;;;;;; ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;;;;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;;;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;;;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;;;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;;;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;;;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;;146;;gaa ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;;**;;gaa 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;;atc;24;;tac ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;;**;;gga ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;;gca;245;;gac 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;;**;;gac 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;;atgf;;; ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;;atc gca;;; ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;; 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;; ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;; ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;; 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;; 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;;;;;;; ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;;;;;;; ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;;;;;;; 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;;;;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;;;;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;;;;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;;;;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;;;;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;;;;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;;;;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;;;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;;;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;;atc ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;;gca ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;;atgf ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;;intra ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;;atc gca ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;; 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;; ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;;206;;ccg ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;ccg ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;;atc;60;;tac ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;;**;;gga ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;;gca;76;;aag ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;;gca;**;;aag 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;;intra;38;;gag 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;;atc gca;**;;gag ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;;132;;gtg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;;**;;gtg 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;;220;;aac 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;;**;;tgc 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;;164;;gac 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;;**;;gta 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;;109;;cac 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;;**;;cac 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;; 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;;;;;;; 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;;;;;;; ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;;;;;;; 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;;;;;;; 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;;;;;;; ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;;;;;;; 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;;;;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;;;;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;;;;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;;;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;;;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;;;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;;;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;;;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;;;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;;29;;ctg 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;;**;;gcc ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;;4;;aac 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;;**;;gac ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;;atc;1;;acc ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;;99;;gcg ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;;44;;gac ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;;gca;1;;gtc ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;;**;;cag 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;; ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;;atgf;;; ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;;intra;;; 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;;atc gca;;; ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;; ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;; 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;; 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;; 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;;;;;;;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;;;;;;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;;;;;;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;;;;;;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;;32;;atc gca;109;;cac ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;;;**;;cac ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;;gca;;;;163;;gta ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;;;**;;gac ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;;;219;;aac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;;;**;;tgc ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;;;132;;gtg 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;;;;;;;;**;;gtg 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;;;;;;;;30;;gcc 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;;;;;;;;**;;ctg 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;;;;;;;;38;;gag 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;;;;;;;;**;;gag ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;;;;;;;;74;;aag 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;;;;;;;;**;;aag 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;;;;;;;;60;;gga ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;;;;;;;;**;;tac 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;;;;;;;;205;;ccg 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;;;;;;;;**;;ccg 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;;;;;;;;;; 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;;;;;;;;;; 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;;;;;;;;;; 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;;;;;;;;;; ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;;;;;;;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;;;;;;;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;;;;;;;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;;;;;;;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;;30;;ctg ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;;**;;gcc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;;1;;acc 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;;atc;99;;gcg ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;;atc;35;;gac 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;;1;;gtc ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;;gca;**;;cag ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;;gca;4;;aac 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;;**;;gac ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;;atgf;;; ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;;atc gca;;; ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;;atc gca;;; ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;; ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;; ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;; ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;;;;;;;;; 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;;;;;;;;; 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;;;;;;;;; ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;;;;;;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;;41;;gac ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;;**;;gac ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;;atc;452;;gaa ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;;**;;gaa 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;;gca;26;;gga 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;;**;;tac 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;;atgf;;; ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;;atgf;;; ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;;atc gca;;; ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;; ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;; 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;; 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;;;;;;; ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;;;;;;; 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;;;;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;;;;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;;;;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;;;;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;;;;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;;;;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;;;;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;;;;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;;793;ggc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;;**;;atgj ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;;atc;;; ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;;gca;;; ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;; ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;;atgf;;; 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;;atc gca;;; ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;; ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;1752;;82;;;;404;ggc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;5s CDS;;16s tRNA;;;44;;atgf ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;;461;233;;atc;**;;atgf ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;;;tRNA 23s;;;51;;cgt ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;;;478;;gca;**;;cgt 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;;tRNA tRNA;;intra;;161;ttc 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;;;33;;atc gca;**;;acc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;;;;;;128;;gtc ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;;;;;;186;;gtc ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;;;;;;**;;gtc ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;;;;;;140;;gaa ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;;;;;;**;;gaa 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;;;;;;58;;gac 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;;;;;;270;gac ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;;;;;;**;;gta 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;;;;;;173;ccg 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;;;;;;**;;caa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;;;;;;132;;ctc 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;;;;;;**;;ctc ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;;;;;;24;;gga 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;;;;;;**;;tac ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;;;;;;208;;ggc 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;;;;;;**;;ggg 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;;;;; 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;;;;; 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;;;;; ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;;;;; 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;;;;; ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;;;; 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;;;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;;;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;;;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;;6;;ttc;51;;ctg 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;;**;;ttc;33;;ctg 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;;6;;agc;57;;ctg 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;;3;;cgt;**;;ctg 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;;**;;gaa;61;;acg 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;;atc;3;;gaa;78;;ccg 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;;atc;7;;cgt;**;;ccg 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;;5;;gaa;35;;atgj 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;;gca;**;;cgt;**;;atgj 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;;gca;23;;ggc;24;;acc 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;;intra;22;;ggc;52;;gga 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;;atc gca;24;;ggc;**;;tac 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;;atc gca;29;;ggc;38;;aaa 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;;45;;ggc;35;;aag 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;;**;;tgc;28;;aaa 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;;32;;aac;37;;aag 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;;31;;aac;**;;aaa 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;;**;;aac;;; 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;;53;;tcc;;; 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;;;;;**;;tcc;;; 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;;;;;26;;cac;;; 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;;;;;45;;cac;;; 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;;;;;27;;cac;;; 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;;;;;18;;aga;;; 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;;;;;**;;cca;;; 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;;;;;7;;gac;;; 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;;;;**;;gta;;; 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;;;;8;;gcc;;; 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;;11;;gaa;;; 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;;;;;**;;gcc;;; 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;;;;;26;;gac;;; 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;;26;;gac;;; 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;;;;;12;;gta;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;;26;;gac;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;;27;;gac;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;;6;;gta;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;;27;;gac;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;;6;;gtg;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;;**;;gac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; 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deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;;6;;gac 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;;**;;gta 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;;atc;60;;cag 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;;**;;gag 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;;gca;22;;acc 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;;intra;63;;gga 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;;atc gca;46;;tac 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;;**;;aca 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;;248;;aag 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;;142;;aga 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;;18;;cac 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;;134;;cga 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;;**;;cca 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;;278;;tcc 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;;**;;tcg 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;;27;;tca 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;;73;;agc 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;;**;;cgt 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;; 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;; 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;;;;;;; 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;;;;;;; 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;;;;;;; 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;;;;;;; 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;;;;;;; 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;;;;;;; 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;;;;;;; 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;;;;;;; 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;;;;;;; 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;;;;;;; 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;;;;;;; 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;;;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;;;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;;;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;;;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;;;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;;;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;;;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;;;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;;;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;;;;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;;atc;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;;gca;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;;gca;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;;gca;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;;acc;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;;acc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;;intra;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;;atc gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;;;;;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;;;;;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;;;;;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;; ;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;; ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;; 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;;;**;;gca;14;;aag ;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;;;130;gga;2;;gtg 1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;;;4;;ctc;;; ;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;;;1;;agc;;; 9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;;329;370;;;;;**;;atc;;; 45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;;408;524;;;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;;; 2;5; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;;;43;;aac ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3* 431;;;**;;aac ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s CDS;;23s 5s;;;27;;ggc ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4* 170;;;41;;tgc ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;;;48;;gtc ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s 16s;;;;;31;;gtg 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;;;**;;ggc 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;;;29;;cgt ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;;;**;;cgt 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;;;89;;gcc ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;;;**;;gcc ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;;;87;;acg ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;;;**;;cta ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;;;48;;gtg ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;;;46;;gtc 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;;;**;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;;;39;;cag 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;;;**;;gag 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;;;42;;atc 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;;;**;;gca 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;;;1;;tac 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;;;4;;acc ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;;;**;;atgj ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;;;47;;gac ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;;;**;;ttc 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;;;;;;; ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;;;;;;; ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;;;;;;; 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;;;;;;; ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;;;;;;; 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;;;;;;; ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;;;;;; ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;;;;;;; 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;;;;;;; ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;;; 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;;;;;;; ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;;; ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;;; ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;;;37;;other ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;;;37;;other ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;;;34;;other 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;;;**;;tct 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;;;20;;gag 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;;;21;;cag ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;;;62;;gag 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;;;42;;gag 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;;;**;;cag 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;;;47;;gaa 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;;;24;;gac 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;;;**;;ttc 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;;;79;;gga 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;;;**;;ggc 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;;;205;;cgt 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;;;**;;agc 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;;;46;;acc 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;;;**;;atgj 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;;;;;;153;gga 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;;;;;**;;cca ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;;;;;5;;aac 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;;;;;166;;aac 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;;;;;**;;atgi 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;;;;;40;;gtc 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;;;;;19;;gtc ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;;;;;1;;gtc 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;;;;;38;;tgc ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;;;;;**;;ggc ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;;;;;;; ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;;;;;;; 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;;;;;;; ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;;;;;;; ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;;;;;;; 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;;;;;;; ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;;;;;;; ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;;;;;;; ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;;;;;;; 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;;;;;;; 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;;;;;;; ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;;;;;;; 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;;;;;;; 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;;;;;;; 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;;;;;;; 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;;;;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;;;;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;;;;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;;;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;;;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;;;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;;;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;;;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;;;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;;;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;;-1;;atgj ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;;**;;atgj ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;;atc;44;;other 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;;**;;other ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;;gca;156;;aaa 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;;intra;7;;other 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;;atc gca;6;;cac 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;;48;;gca ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;;8;;aca 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;;10;;atgf 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;;4;;cta ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;;6;;ccg 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;;;;;5;;ctc 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;;;;;3;;ctg 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;;;;;1;;cca 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;;;;;6;;tta ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;;;;;6;;ttg 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;;;;;3;;caa ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;;;;;5;;cag ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;;;;;6;;aac ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;;;;;81;;aca ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;;;;;4;;cgt 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;;;;;4;;agc 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;;;;;7;;tac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;;;;;62;;gaa ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;;;;;3;;tgg ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;;;;;11;;atgi ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;;;;;3;;tgc 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;;;;;4;;other 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;;;;;**;;gac 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;;;;;88;;acc ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;;;;;**;;tac 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;;;;;;; ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;;;;;;; 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;;;;;;; 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;;;;;;; ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;;;;;;; ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;;;;;;; ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;;;;;; 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;;;;;;; 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;;;;;;; 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;; 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;;;;;;; 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;; ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;; ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;; ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;;10;;acc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;tac ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;;atc;;; 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;; 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;;gca;;; 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;;atc gca;;; 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;; 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;;;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;;;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;;;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;;;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;;;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;;;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;;;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;;;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;;;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;;atc;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;;atc;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;;atc;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;;atc;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;;gca;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;;gca;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;;aac;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;;intra;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;;atc gca;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;;atc gca;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;;296;ttg ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;;**;;cta ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;;atc;43;;ctc 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;;26;;aaa 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;;gca;**;;aaa ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;;intra;31;;gaa 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;;atc gca;**;;gaa ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;;15;;agc ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;;33;;cca 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;;**;;aga 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;;34;;atgf ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;;**;;atgf 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;;43;;ggc 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;;**;;tta 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;;86;;acc 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;;141;;tac 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;;**;;aca 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;; ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;;;;;;; ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;;;;;;; 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;;;;;;; ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;;;;;;; ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;;;;;;; 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;;;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;;;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;;;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;;;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;;44;;gta;66;;ggc ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;;11;;aca;17;;cca ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;;7;;aaa;13;;cga ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;;8;;tta;**;;gac 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;;72;;gca;8;;tcg ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;;atc;7;;atgj;**;;gcc 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;;44;;atgi;9;;gga 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;;atc;8;;tca;1;;cca 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;;4;;atgf;8;;cgt ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;;aac;11;;gac;**;;gaa ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;;gta;**;;ttc;63;;cac ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;;;**;;caa 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;;tac;;;;;; 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;; 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;;aac;;;;;; ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;; ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;; ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;; ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;; ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;;;;;;;;;; ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;;;;;;;;;; ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;;;;;;;;;; ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;;;;;;;;;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;;;;;;;;;; ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;;;;;;;;;; ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;;;;;;;;;; ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;;;;;;;;;; ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;;;;;;;;;; ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;;;;;;;;;; ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;;;;;;;;;;;;; ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;;7;;ttc;9;;agc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;;4;;gac;**;;gaa ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;;55;;atgf;14;;cac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;;22;;tca;34;;caa ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;;atc;4;;atgi;**;;cta ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;;gca;45;;atgj;9;;gaa ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;;5;;gca;71;;cgt ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;;20;;tta;13;;cca ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;;aac;6;;aaa;**;;gga 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;;gta;15;;aca;1;;cgg ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;;**;;gta;**;;tcc ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;;tac;;;;;; ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;;atc gca;;;;;; ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;; ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;; ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;; ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;;;;;;;;;;; ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;;;;;;;;;;; ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;;;;;;;;;;; ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;;;;;;;;;;; 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;;;;;;;;;;; ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;;;;;;;;;;; ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;;;;;;;;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;; ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;; ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;;10;;gag 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;;**;;cag ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;;atc;43;;gaa 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;;gca;**;;aaa ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;;32;;cac ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;;atc;38;;cga ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;;gca;37;;aag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;;36;;cta 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;;**;;ggc 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;;40;;tca 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;;25;;agc ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;;16;;cgc ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;;40;;tcg 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;;**;;tcc ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;; 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;; ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;;;;; 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;;;;; 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;;;;; 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;;;;; 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;;;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;;;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;;;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;;;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;;;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;;;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;;;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;;;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;;;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total;1320;-9;2;0 90;17;36;;90;41;37;9;1;20;;;-10;0;5 100;27;28;;100;65;29;10;1;20;;;-11;4;15 110;13;31;;110;31;32;11;0;12;;;-12;2;0 120;18;23;;120;43;24;12;2;15;;;-13;1;2 130;17;21;;130;41;22;13;2;16;;;-14;0;17 140;16;23;;140;38;24;14;2;16;;;-15;1;0 150;10;20;;150;24;21;15;1;12;;;-16;1;4 160;12;18;;160;29;19;16;0;8;;;-17;2;7 170;15;12;;170;36;12;17;1;7;;;-18;1;0 180;14;14;;180;34;15;18;0;15;;;-19;0;0 190;9;13;;190;22;14;19;4;7;;;-20;0;10 200;11;17;;200;26;18;20;3;12;;;-21;0;0 210;6;15;;210;14;16;21;2;5;;;-22;0;0 220;13;14;;220;31;15;22;0;6;;;-23;2;2 230;10;9;;230;24;9;23;1;9;;;-24;1;1 240;14;8;;240;34;8;24;4;8;;;-25;0;2 250;10;7;;250;24;7;25;3;6;;;-26;2;5 260;5;7;;260;12;7;26;3;9;;;-27;0;0 270;6;9;;270;14;9;27;4;3;;;-28;0;0 280;3;7;;280;7;7;28;0;5;;;-29;0;2 290;7;8;;290;17;8;29;3;3;;;-30;0;0 300;4;8;;300;10;8;30;5;1;;;-31;1;1 310;3;8;;310;7;8;31;2;7;;;-32;1;2 320;6;10;;320;14;10;32;1;2;;;-33;0;0 330;2;6;;330;5;6;33;1;3;;;-34;0;1 340;8;3;;340;19;3;34;0;8;;;-35;0;0 350;1;6;;350;2;6;35;1;5;;;-36;0;0 360;5;7;;360;12;7;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;5;;370;2;5;37;2;2;;;-38;0;0 380;3;5;;380;7;5;38;2;7;;;-39;0;0 390;5;5;;390;12;5;39;1;9;;;-40;0;0 400;2;4;;400;5;4;40;0;2;;;-41;0;2 reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;;85;;acc ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;;**;;tta ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;;5;;aac 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;;gca;58;;atgi ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;;gca;53;;gaa ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;;29;;cta ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;;gca;**;;cac ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;;90;;aag ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;;504;;ttg ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;;**;;aaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;;40;;tgg ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;;**;;tgc 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;;62;;aga ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;;**;;agg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;;99;;gta ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;;;;;**;;gtg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;;;;;76;;aca 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;;;;;44;;cca 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;;;;;170;;tac ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;;;;;7;;gac 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;;;;;**;;aaa ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;;;;;4;;gtc 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;;;;;**;;ttc ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;;;;;2;;ggc 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;;;;;**;;gga ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;;;;;;; ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;;;;;; 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;;;;;;; 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;;;;;;; ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;; 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;;;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;;7;;ttc;91;;atgj ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;;29;;aac;**;;ctc ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;;gca;18;;atgi;23;;aga ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;;39;;gaa;**;;gaa 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;;gca;11;;cta;178;;acc ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;;**;;cac;**;;caa 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;;gac;14;;aca;34;;ggc ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;;8;;cca;**;;gga ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;;cac;83;;tac;;; 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;;**;;aaa;;; ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;;aaa;;;;;; ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;;;;;; 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;;;;;; ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;;;;;; 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;;;;;; 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;;;;;; ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;;;;;; 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;;;;;; ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;;;;;; ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;;;;;; 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;;;;;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;;;;; 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;;;;;; 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;;;;;; 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;; ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;;132;;ctc 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;;**;;ctc ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;;71;;aac 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;;119;;atgi ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;;gca;**;;aac ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;;94;;gga ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;;gca;**;;cta ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;;63;;atgf ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;;63;;atgf 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;;**;;atgf ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;;65;;tgc ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;;;;;**;;tgc ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;;;;;112;;tac 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;;;;;**;;gac ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;;;;;223;;gcc 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;;;;;74;;atc ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;;;;;**;;atc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;;;;;94;;gtc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;;;;;7;;ttc ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;;;;;61;;ggc ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;;94;;gtc 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;;;;;7;;ttc 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;;;;**;;ggc ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;;;;;;; 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;;;;;;; ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;; 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;;;;;;; ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;; 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;; 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;; ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;; 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;; ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;; ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;; 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;; ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;; ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;; 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;; ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;; 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;;72;;tgc 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;;**;;tgc ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;;89;;atgf 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgf 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;;gca;111;;gac 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;;**;;tac ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;;gca;73;;cta ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;;**;;gga ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;;117;;ctc ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;;**;;ctc ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;;87;;aac ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;;110;;atgi 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;;;;;**;;aac ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;;;;;;227;gcc 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;;;;;62;;atc ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;;;;;**;;atc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;;;;;718;;gaa ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;;;;;**;;gaa ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;;;;;25;;ggc ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;;;;57;;ttc 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;;;;;71;;gtc ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;;;;;25;;ggc ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;;118;;ttc 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;;;;;**;;gtc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;; 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;; ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;; ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;; ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;; 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;; ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;; 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;; 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;; 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;; 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;; 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;; ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;; 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;; ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;; 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5 rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0 spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3 ;;;;;;;;;; blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9 cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8 mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0 myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0 pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8 rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9 scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1 </pre> =====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]] *'''Le tableau''' <pre> ;<201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3 ;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;; genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;; vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 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negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38 ;comp ;749200..749275 ;;aca ;91 ;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144 ;;750366..750451 ;;tac ; ;;750512..750585 ;;gga ;81 ;;750667..751857 ;ef Tu;397;153 ;;752011..752086 ;;tgg ;69 ;;752156..752353 ;Translocase;66; ; ;872533..872608 ;;atgi ;5 ;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134 ;comp ;873228..873304 ;;cgt ; ; ;1354014..1354091 ;;cca ;49 ;;1354141..1354437 ;ETC;99;10 ;;1354448..1354524 ;;aga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338 ;;1501449..1501524 ;;cac ; ;;1501634..1501709 ;;cac ;129 ;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106 ;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173 ;;1505151..1505235 ;;cta ;91 ;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445; ; ;1808815..1808892 ;;cca ;49 ;;1808942..1809238 ;ETC;99;10 ;;1809249..1809325 ;;aga; ; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137 ;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5 ;comp ;2294501..2294576 ;;atgi; ;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69 ;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152 ;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81 ;comp ;2419970..2420043 ;;gga ; ;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144 ;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91 ;;2421280..2421355 ;;aca ;137 ;;2421493..2423187 ;integrase;565; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121 ;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89 ;;1532908..1532982 ;;gaa; ; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91 ;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265 ;;1772714..1773019 ;ETC;102;51 ;;1773071..1773147 ;;aga ;7 ;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43 ;;2368473..2368778 ;cds;102;36 ;;2368815..2368890 ;;aga; ;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153 ;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296 ;;2642740..2642814 ;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47 ;;21580..21666 ;;tca ;140 ;;21807..22157 ;hp;117;17 ;;22175..22357 ;hp;61;23 ;;22381..22524 ;hp;48;86 ;comp ;22611..22796 ;hp;62;138 ;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156 ;;25422..26165 ;hp;248;220 ;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183 ;;26644..27168 ;replicase ;175; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321 ;comp ;106366..106929 ;cds;188;241 ;comp ;107171..107246 ;;aca; ; ;1172120..1172196 ;;agg ;181 ;;1172378..1172812 ;cds;145;62 ;;1172875..1172966 ;;tcg ; ; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92 ;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72 ;;1764566..1764641 ;;tgc; ;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ; ;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175 ;;2496785..2497120 ;cds;112;217 ;comp ;2497338..2497420 ;;ctc; ;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;; ;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10 ;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66 ;;2498252..2498328 ;;ccg; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315 ;;1520860..1522122 ;cds;421;236 ;;1522359..1522432 ;;atg; ;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19 ;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23 ;comp ;4902345..4902417 ;;gac ; ;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;; ; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25 ;;6400603..6401055 ;cds;151;35 ;;6401091..6401163 ;;cag; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60 ;comp ;719903..721090 ;cds;396;58 ;comp ;721149..721220 ;;acc; ;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147 ;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108 ;comp ;1930553..1930638 ;;tta; ;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106 ;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147 ;comp ;2209753..2209829 ;;atgj; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149 ;comp ;435901..436095 ;cds;65;35 ;comp ;436131..436203 ;;tgg; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47 ;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137 ;;1541892..1541967 ;;cac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73 ;comp ;205447..206382 ;cds;312;133 ;;206516..206591 ;;cac ; ;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40 ;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154 ;comp ;1458510..1458585 ;;ttc; ;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41 ;;862703..863392 ;cds;230;86 ;;863479..863555 ;;aca; ;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351 ;;4618969..4619190 ;hp;74;377 ;;4619568..4619645 ;;gaa; </pre> ==Les totaux des génomes par type== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]] *Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes). <pre> ;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;; ;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> p553zj960g2ub4hnywgpe7vbgmedgot 881479 881478 2022-08-20T05:58:44Z Mekkiwik 5298 /* bacilli données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;;4;;gta;9;;atgj 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;;36;;aca;**;;gaa 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;;6;;aaa;3;;gaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;;40;;cta;4;;gta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;;14;;ggc;22;;aca 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;;9;;tta;4;;tac 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;;27;;cgt;**;;caa 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;;atc;9;;cca;4;;aac 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;;**;;gca;29;;agc 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;;gca;4;;aac;11;;gaa 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;;56;;acc;26;;caa 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;;gta;30;;ggc;11;;aaa 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;;aac;27;;cgt;80;;cta 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;;atgf;8;;cca;**;;ctc 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;;aac;**;;gca;35;;ttc 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;;intra;13;;cgt;81;;gac 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;;atc gca;**;;gga;9;;gaa 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;;60;;atgf;**;;aaa 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;;gca;**;;gac;;; 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;;gca;5;;aac;;; 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;;gga;34;;tcc;;; 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;;9;;gaa;;; 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;;9;;gta;;; 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;;11;;atgf;;; 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;;12;;gac;;; 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;;5;;ttc;;; 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;;22;;aca;;; 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;;5;;tac;;; 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;;24;;tgg;;; 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;;9;;cac;;; 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;;49;;caa;;; 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;;5;;ggc;;; 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;;7;;tgc;;; 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;;265;;tta;;; 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;;**;;ttg;;; 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;;25;;gaa;;; 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;;3;;agc;;; 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;;10;;aac;;; 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;;15;;atc;;; 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;;10;;gga;;; 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;;17;;cac;;; 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;;12;;ttc;;; 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;;11;;gac;;; 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;;17;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;6;;tca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;2;;atgi;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;19;;atgj;;; ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;;5;;gca;;; ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;;15;;cca;;; ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;;9;;cgt;;; ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;;14;;tta;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;; </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; ;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa 20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc 30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac 40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac 90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf 100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca 110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj 130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca 150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt 160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta 170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc 180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta 190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa 200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca 210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta 220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg 230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc 240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc 250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa 260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac 270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg 280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac 290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc 300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac 310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf 320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta 330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc 350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac 360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; 380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; 390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; 400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;;;;;;; ;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;;;;;;; ;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; ;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;;2;;gta;111;;ggc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;;13;;aaa;112;;ggc 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;;23;;cta;35;;ggc 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;;10;;aca;**;;ccg 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;;atc;11;;ggc;35;;gaa 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;;8;;tta;9;;tca 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;;gca;5;;cgt;3;;atgf 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;;29;;cca;6;;gac 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;;aac;12;;atgj;7;;ttc 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;;gta;27;;atgi;4;;tac 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;;intra;3;;atgf;12;;tgg 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;;atc gca;6;;gac;7;;cac 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;;19;;ttc;23;;caa 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;;5;;gga;40;;tgc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;;2;;atc;**;;ttg 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;;**;;agc;34;;tac 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;;10;;tcc;**;;caa 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;;**;;aac;6;;tca 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;;;;;;;;7;;gac 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;;;;;;;;4;;cac 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;;;;;;;;**;;gta 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;;;;;;;;5;;gta 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;;;;;;;;**;;gaa 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;;;;;;;;8;;cgt 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;;;;;;;;**;;cca 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;;;;;;;;; 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;;;;;;;;;; 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;;;;;;;;;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;; 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;; 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;; 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;; 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;; </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; ;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig 10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca 20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg 30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt 40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc 50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa 60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac 70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf 80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta 90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc 110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac 120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc 160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta 170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa 190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta 200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc 220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; 290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; 300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; 310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; 320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; 330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; 340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; 350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; 360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; 370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; 380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; 400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; ;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; ;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; ;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ====ppmp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_données_intercalaires|ppmp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;; ;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;; 10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;;tta 20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;;aca 30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;;tcg 40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;;tcc 50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;;ctt 60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;;tcg 70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;;tca 80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;; 90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;; 100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;; 110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;; 120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;;; 130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;;; 140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;;; 150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;;; 160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;;; 170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;;; 180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;; 190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;;; 200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;;; 210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;; 220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;;; 230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;; 240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;; 250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;; 260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;; 270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;; 280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;; 290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;; 300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;; 310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;; 320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;; 330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;; 340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;; 350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;; 360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;; 370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;; 380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;; 390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;; 400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;; reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;; ;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;; ;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;; ;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;; ;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;; ;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;; </pre> =====ppmp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_autres_intercalaires_aas|ppmp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppmp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3920;4174;536;*; ;;tRNA;4711;4803;5;*;agc ;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc ;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa ;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt ;;tRNA;5112;5186;101;*;cca ;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg ;;tRNA;5366;5441;7;*;tat ;;tRNA;5449;5522;6;*;caa ;;tRNA;5529;5605;5;*;cac ;;tRNA;5611;5686;125;*;gac ;;tRNA;5812;5887;10;*;gga ;;tRNA;5898;5973;4;*;aac ;;tRNA;5978;6066;9;*;tac ;;tRNA;6076;6153;82;*;ata ;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi ;;tRNA;6317;6392;4;*;aac ;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg ;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa ;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc ;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc ;;tRNA;6908;6980;7;*;cga ;;tRNA;6988;7065;5;*;cca ;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg ;;tRNA;7161;7235;4;*;atc ;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf ;;tRNA;7323;7398;109;*;gca ;;tRNA;7508;7584;3;*;cga ;;tRNA;7588;7668;13;*;cta ;;tRNA;7682;7758;8;*;atc ;;tRNA;7767;7841;4;*;aac ;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg deb;;CDS;7953;8324;-24;*; ;;tRNA;8301;8378;8;*;gac ;;tRNA;8387;8473;86;*;tac ;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa ;;tRNA;8647;8720;4;*;gga ;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc ;;tRNA;8808;8882;100;*;acg deb;comp;CDS;8983;9600;89;*; ;;tRNA;9690;9771;3;*;tta ;;tRNA;9775;9849;35;*;aca fin;comp;CDS;9885;10169;;; deb;comp;CDS;10320;10622;116;*; ;;tRNA;10739;10813;18;*;aca fin;comp;CDS;10832;11146;;; deb;comp;CDS;11363;11599;94;*; ;;tRNA;11694;11765;106;*;aga fin;;CDS;11872;12312;;0; deb;;CDS;13199;14083;226;*; ;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg ;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc ;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt ;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg ;;tRNA;14660;14751;119;*;tca fin;;CDS;14871;15080;;0; deb;comp;CDS;227125;227388;444;*; ;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga deb;comp;CDS;228152;228391;126;*; ;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other fin;comp;CDS;228741;229064;;; deb;comp;CDS;229793;229999;24;*; ;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca deb;comp;CDS;230872;231393;164;*; ;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta fin;;CDS;232618;233067;;0; deb;;CDS;369072;371174;102;*; ;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b fin;;CDS;371577;374243;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; 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;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; 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comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc;7;;aac ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc;297;;agc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf;9;;gaa ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj;**;;ctc ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc;16;;gca ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg;12;;gaa ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc;16;;gta 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca;17;;gac 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA;9;;cac ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca;9;;caa ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt;8;;aaa ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc;3;;ctg ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg;**;;ggc 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa;49;;ctg ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;;19;;gta;17;;gta;9;;caa;**;;ctg ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;;20;;gac;13;;atgf;17;;cac;40;;ctc 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;;15;;ttc;49;;gac;12;;gac;13;;tcc ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta;19;;atgj 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;;agc;3;;ctg;13;;aca;15;;aac;**;;tcg 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;;atc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac;7;;tta ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;;atc;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca;19;;atgi ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;;atc;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa;**;;atgf 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;;aac;158;;cca;9;;caa;9;;gcc;230;;cac ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;;aac;4;;gca;12;;ggc;**;;atc;**;;cac ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;;ttc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg;;; ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;;19;;tcg;20;;tta;106;;cca;;; 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt;;; 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc;;; ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;;;;;;39;;acg;19;;atc;13;;ctg;;; ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;;;;;;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc;;; ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;;;;;;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa;;; ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;;;;;;10;;aac;5;;gta;28;;tac;;; ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;;;;;;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc;;; 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;;;;;;11;;gaa;18;;tac;5;;gga;;; 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;;;;;;17;;gta;4;;aac;16;;cca;;; ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;;;;;;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt;;; ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;;;;;;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc;;; ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;;;;;;11;;acg;34;;gac;42;;cta;;; ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;;;;;;10;;cac;13;;cac;8;;aaa;;; ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;;;;;;5;;caa;8;;caa;9;;caa;;; 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;;;;;;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg;;; 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;;;;;;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf;;; 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;;;;;;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc;;; 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;;;;;;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;19;;cca;10;;tgc;**;;atc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;aga;**;;cca;;;;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; deb;;CDS;1834781;1835260;106;*; ;;tRNA;1835367;1835439;137;*;gcc fin;comp;CDS;1835577;1835978;;; deb;;CDS;2147627;2148466;89;*; ;;ncRNA;2148556;2148735;114;*; fin;;CDS;2148850;2149506;;0; deb;comp;CDS;2207093;2208091;192;*; ;;tRNA;2208284;2208367;49;*;ctg ;;tRNA;2208417;2208500;315;*;ctg fin;;CDS;2208816;2209952;;; deb;;CDS;3456514;3456786;256;*; ;;tRNA;3457043;3457119;142;*;ccc fin;;CDS;3457262;3457483;;; deb;comp;CDS;5004536;5005159;394;*; ;comp;tRNA;5005554;5005636;40;*;ctc ;comp;tRNA;5005677;5005765;13;*;tcc ;comp;tRNA;5005779;5005852;19;*;atgj ;comp;tRNA;5005872;5005958;167;*;tcg ;;ncRNA;5006126;5006220;132;*; fin;comp;CDS;5006353;5007825;;; deb;comp;CDS;6383256;6384173;228;*; ;;tRNA;6384402;6384474;72;*;gtc fin;comp;CDS;6384547;6385458;;; deb;comp;CDS;6390912;6391130;142;*; ;comp;tRNA;6391273;6391358;7;*;tta ;comp;tRNA;6391366;6391442;19;*;atgi ;comp;tRNA;6391462;6391538;75;*;atgf fin;comp;CDS;6391614;6391778;;; deb;;CDS;6561157;6563109;118;*; ;comp;ncRNA;6563228;6563648;95;*; fin;comp;CDS;6563744;6564859;;; deb;;CDS;7354507;7354737;342;*; ;comp;tRNA;7355080;7355162;28;*;ctc ;comp;tRNA;7355191;7355279;12;*;tcc ;comp;tRNA;7355292;7355368;14;*;atgf ;comp;tRNA;7355383;7355459;14;*;atgj ;comp;tRNA;7355474;7355561;8;*;agc ;comp;tRNA;7355570;7355659;4;*;tcg ;comp;tRNA;7355664;7355736;4;*;acc ;comp;tRNA;7355741;7355816;119;*;gca ;;ncRNA;7355936;7356030;36;*; ;comp;tRNA;7356067;7356140;6;*;cca ;comp;tRNA;7356147;7356220;104;*;cgt ;comp;tRNA;7356325;7356396;7;*;ggc ;comp;tRNA;7356404;7356490;9;*;ctg ;comp;tRNA;7356500;7356572;9;*;aaa ;comp;tRNA;7356582;7356656;9;*;caa ;comp;tRNA;7356666;7356741;17;*;cac ;comp;tRNA;7356759;7356835;12;*;gac ;comp;tRNA;7356848;7356923;4;*;gta ;comp;tRNA;7356928;7357003;15;*;aac ;comp;tRNA;7357019;7357103;8;*;tac ;comp;tRNA;7357112;7357187;5;*;aca ;comp;tRNA;7357193;7357264;15;*;gaa ;comp;tRNA;7357280;7357355;9;*;gcc ;comp;tRNA;7357365;7357438;54;*;atc ;comp;rRNA;7357493;7357609;113;*;5s ;comp;rRNA;7357723;7360652;269;*;23s ;comp;rRNA;7360922;7362458;399;*;16s fin;;CDS;7362858;7363397;;0; deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;;3;;gta;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;;138;;gaa;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;;6;;atgj;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;;8;;tcc;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;;**;;aac;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;;26;;gac;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;;atc;3;;gaa;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;;atc;2;;gta;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;;35;;cgt;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;;gca;**;;ggc;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;;gca;3;;gac;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;;2;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;;aac;35;;cgt;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;;ggc;19;;ggc;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;;intra;3;;cca;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;;atc gca;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;;;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;;;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;;;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;;;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;;;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;;;;;;;;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;;;;;;;;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;;;;;;;;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;;;;;;;;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;;;;;;;;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;;;;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;;;;;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;;;;;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;;;;;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;;;;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;;;;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;;;;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;;;;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;;;;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;;;;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;;;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;;;;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;;;;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;;1;;gaa;20;;atgf;13;;gaa ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;;8;;aac;54;;tca;**;;atgj ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;;11;;atc;20;;tca;139;; ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;;6;;tgg;16;;gca;13;;aaa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;;9;;aca;10;;cca;21;;gaa ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;;9;;ttc;3;;cgt;41;;gac ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;;4;;gac;16;;tta;**;;ttc ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;;20;;atgf;29;;ggc;1;;gga ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;;54;;tca;13;;cta;**;;aga ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;;20;;tca;5;;aaa;;; ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;;16;;gca;87;;caa;;; ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;;10;;cca;46;;gac;;; ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;;3;;cgt;4;;gta;;; ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;;atc;16;;tta;8;;gaa;;; ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;;gca;29;;ggc;3;;agc;;; ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;;22;;cta;**;;aac;;; ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;;9;;cac;10;;gca;;; ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;;4;;aca;5;;ggc;;; ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;;gta;**;;gta;5;;aaa;;; ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;;aac;14;;tgc;65;;caa;;; 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;;atgf;5;;ggc;17;;tac;;; ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;;intra;63;;caa;5;;gta;;; ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;;atc gca;19;;cac;24;;gaa;;; ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;;7;;tgg;4;;acc;;; 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;;gaa;17;;tac;**;;aac;;; ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;;5;;gta;4;;gta;;; ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;;24;;gaa;9;;aca;;; ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;;;;;;4;;acc;22;;cac;;; ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;;;;;;**;;aac;29;;cta;;; ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;;;;;;3;;gac;16;;ggc;;; ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;;;;;;**;;atgf;3;;tta;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;;;;;;1;;gga;10;;cgt;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;;;;;;4;;cca;16;;cca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;;;;;;3;;cgt;20;;gca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;;;;;;16;;tta;54;;tca;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;;;;;;29;;ggc;20;;cta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;;;;;;14;;cta;1;;atgf;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;;;;;;5;;aaa;12;;gac;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;;;;;87;;caa;14;;ttc;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;;;;;;46;;gac;10;;aca;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;;;;;;4;;gta;13;;aaa;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;;1;;gaa;10;;gga;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;;;;;;8;;aac;7;;atc;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;;11;;atc;7;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;6;;tgg;6;;agc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;9;;aca;**;;gaa;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;ttc;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;4;;gac;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;suite;;suite;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_données_intercalaires|bacilli données intercalaires]] <pre> Les bacilli;;ban;bsu;lbu;lam;lmo;pmq;ppm;ppmp;;;;* Autres intercalaires: 1456;;;Ici: 859;Reste: 597;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA hors ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;218;295;87;14;183;1;144;1;86;1;98;1;79;1;15;1;5;5;1;2;1 tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;224;349;123;34;;1;147;1;100;1;114;1;80;1;31;1;10;5;2;3;2 0;0;1;0;12;159;0;12;156;-1;1;521;;230;387;130;36;;1;158;1;111;2;99;1;128;1;34;1;12;19;3;13;3 10;0;0;10;94;1534;1;7;263;-2;4;5;;241;399;148;57;;1;177;1;113;2;127;1;129;1;36;1;14;30;4;16;4 20;2;1;20;146;2063;2;10;259;-3;0;2;;243;404;156;99;;1;231;1;133;2;132;1;130;1;38;1;19;38;5;12;5 30;0;3;30;228;1179;3;9;207;-4;50;1360;;258;452;175;208;;1;259;1;144;2;133;1;186;1;39;1;21;14;6;10;6 40;2;2;40;448;807;4;8;156;-5;0;1;;272;477;178;277;;1;263;1;161;4;113;2;81;1;46;1;24;11;7;11;7 50;2;3;50;347;649;5;11;133;-6;5;1;;289;513;190;296;;1;266;1;168;;;2;118;1;54;1;41;17;8;7;8 60;5;6;60;227;606;6;4;126;-7;1;29;;291;533;206;;;1;267;1;169;;;2;172;1;55;2;11;26;9;11;9 70;4;4;70;197;681;7;12;83;-8;5;444;;295;547;237;;;1;268;2;48;;;4;127;1;82;2;20;24;10;1;10 80;3;7;80;216;703;8;14;63;-9;5;0;;298;570;298;;;1;270;2;49;;;;;2;7;2;46;16;11;8;11 90;9;5;90;211;646;9;9;104;-10;5;26;;299;612;308;;;1;271;2;81;;;;;2;12;2;52;13;12;4;12 100;7;4;100;245;606;10;10;122;-11;9;198;;302;613;393;;;1;272;2;97;;;;;2;14;3;8;11;13;6;13 110;3;12;110;212;668;11;8;162;-12;2;0;;309;649;460;;;1;290;2;101;;;;;2;18;5;69;10;14;2;14 120;5;10;120;251;597;12;11;271;-13;1;29;;318;695;767;;;1;353;2;145;;;;;2;20;;;12;15;3;15 130;6;13;130;270;531;13;15;215;-14;5;130;;320;793;;;;2;203;2;170;;;;;3;4;;;11;16;2;16 140;4;7;140;221;470;14;21;239;-15;2;0;;321;;;;;2;218;3;50;;;;;3;43;;;12;17;5;17 150;2;6;150;261;458;15;15;259;-16;3;18;;323;;;;;2;280;3;71;;;;;4;9;;;3;18;0;18 160;0;11;160;241;425;16;11;204;-17;4;97;;344;;;;;2;410;3;78;;;;;6;13;;;12;19;2;19 170;3;8;170;234;388;17;17;170;-18;1;1;;350;;;;;3;167;4;69;;;;;;;;;10;20;0;20 180;3;3;180;204;376;18;18;210;-19;1;13;;363;;;;;4;244;4;80;;;;;;;;;2;21;1;21 190;3;5;190;216;347;19;15;153;-20;3;76;;364;;;;;4;269;6;70;;;;;;;;;8;22;3;22 200;2;4;200;206;327;20;15;154;-21;0;0;;365;;;;;5;146;6;77;;;;;;;;;2;23;1;23 210;6;3;210;199;293;21;10;163;-22;1;17;;373;;;;;5;164;6;96;;;;;;;;;4;24;1;24 220;1;3;220;168;253;22;13;153;-23;1;54;;376;;;;;7;217;8;55;;;;;;;;;5;25;1;25 230;4;7;230;169;255;23;19;124;-24;0;1;;377;;;;;51;;66;;14;;16;;36;;24;;4;26;1;26 240;2;1;240;149;243;24;27;142;-25;3;20;;388;;;;;;;;;;;;;;;;;3;27;1;27 250;5;1;250;151;200;25;17;98;-26;5;53;;408;;;;;tRNA 16s;23s tRNA;16s 5s;;;;;;;;;;5;28;2;28 260;1;3;260;121;173;26;29;98;-27;0;0;;422;;;;;76;131;102;;;;;;;;;;8;29;3;29 270;3;3;270;125;167;27;27;108;-28;1;7;;445;;;;;159;;117;;;;;;;;;;2;30;1;30 280;2;1;280;119;181;28;23;82;-29;3;32;;445;;;;;170;;;;;;;;;;;;1;31;0;31 290;1;1;290;89;144;29;26;94;-30;0;0;;451;;;;;171;;;;;;;;;;;;1;32;0;32 300;1;0;300;82;121;30;33;96;-31;1;7;;451;;;;;341;;;;;;;;;;;;1;33;3;33 310;1;0;310;87;130;31;33;95;-32;3;28;;489;;;;;;;;;;;;;;;;;4;34;2;34 320;0;1;320;81;95;32;30;74;-33;1;0;;501;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;4;35 330;0;0;330;63;128;33;42;99;-34;1;5;;510;;;;;;;;;;;;;;;;;1;36;1;36 340;3;1;340;79;91;34;33;67;-35;1;24;;518;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;0;37 350;1;1;350;57;101;35;45;85;-36;2;0;;520;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;38 360;0;4;360;60;82;36;42;88;-37;0;8;;533;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;0;39 370;1;1;370;47;71;37;39;61;-38;1;9;;536;;;;;;;;;;;;;;;;;2;40;2;40 380;0;0;380;39;82;38;49;66;-39;1;0;;562;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;41 390;1;2;390;47;88;39;65;85;-40;1;6;;607;;;;;;;;;;;;;;;;;3;42;2;42 400;0;2;400;36;59;40;69;64;-41;1;17;;673;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;0;43 reste;10;13;reste;760;973;reste;6385;12061;-42;2;0;;744;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44 ;108;163;total;7415;18150;total;7308;17712;-43;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;0;45 ;;;diagr;;;diagr;;;-44;2;14;;44;16;15;8;1;8;;;;;;;;;;;;2;46;0;46 t30;2;4; t30;468;4776;;;;-45;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;47;0;47 t30%;1.9;2.5;t30%;6.3;26.3;;;;-46;0;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;0;48 ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;49;1;49 ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50 ;;x;7403;164;12;7472;;;-49;0;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;20; ;;c;17991;3390;159;21070;42610;;-50;1;31;;;;;;;;;;;;;;;;;;;391;;169; ;;;;;;;1456;;reste;23;47;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;55 ;;;;;;;44066;;total;164;3358;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;58 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;55;1;80 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;81 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;82 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;60;2;86 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;63;1;101 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;65;1;108 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;67;1;109 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;77;1;111 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;112 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;125 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;102;1;131 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;104;1;139 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;106;1;157 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;138;1;230 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;158;1;261 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;265;1;297 </pre> ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;;13;;tta;13;;atgj;12;;tgc ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;;15;;atgf;6;;ttc;3;;aac ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;;9;;gaa;6;;atc;**;;aca 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;;6;;gga;31;;cca;8;;gta 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;;5;;gta;11;;tgg;20;;gaa ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;;16;;gac;6;;atgi;10;;aaa ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;;4;;aac;6;;cca;10;;aca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;;4;;aca;11;;agc;7;;gac ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;;15;;tac;6;;tca;9;;gta ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;;14;;cta;12;;aaa;5;;gaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;;7;;aga;6;;caa;**;;aaa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;;gca;11;;caa;19;;aga;;; ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;;gca;6;;aaa;11;;gga;;; 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;;gca;3;;tca;4;;tac;;; ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;;gca;9;;ttc;4;;aca;;; ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;;8;;atgj;31;;aac;;; ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;;gca;21;;atgi;16;;aac;;; ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;;gca;6;;cca;5;;gac;;; ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;;gca;4;;cac;6;;gta;;; ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;;gca;25;;tgc;9;;gga;;; ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;;13;;tta;15;;gaa;;; ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;;tta;15;;atgf;13;;atgf;;; ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;;gaa;9;;gaa;**;;tta;;; ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;gga;;;;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;;gga;5;;gta;;;;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;;gga;16;;gac;;;;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;;aca;4;;aac;;;;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;;4;;aca;;;;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;;atgi;15;;tac;;;;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;;atgj;11;;cta;;;;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;;13;;ggc;;;;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;;gga;7;;aga;;;;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;;gga;11;;caa;;;;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;;gga;6;;aaa;;;;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;;aca;3;;tca;;;;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;ttc;;;;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;;tta atgi;8;;atgj;;;;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;;21;;atgi;;;;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;;6;;cca;;;;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;;9;;cac;;;;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;;21;;aaa;;;;;; 7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;;6;;tgc;;;;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;;10;;cgt;;;;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;;**;;gta;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;7;;aga;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;9;;ggc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;5;;gac;;;;;; ;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;;8;;gta;;;;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;;**;;gaa;;;;;; ;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;;6;;aac;4;;aac;33;;aca ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;;15;;tta;5;;gaa;4;;gta ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;;7;;atgf;5;;gta;6;;gaa ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;;9;;gaa;10;;gac;**;;aaa ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;;5;;gga;14;;aca;;; ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;;5;;gta;9;;tac;;; ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;;9;;gac;10;;gga;;; ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;;14;;aca;9;;aga;;; ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;;8;;tac;11;;caa;;; ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;;29;;cta;2;;aaa;;; ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;;7;;aga;17;;tca;;; ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;;88;;caa;8;;agc;;; ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;;gca;3;;tca;85;;cca;;; ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;;6;;ttc;60;;tgg;;; ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;;gca;14;;atgj;6;;cca;;; 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;;gca;23;;atgi;3;;atc;;; ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;;gca;7;;cca;7;;ttc;;; ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;;8;;cac;**;;atgj;;; ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;;aac;7;;aaa;5;;aac;;; ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;;aac;6;;tgc;15;;tta;;; ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;;5;;aac;7;;atgf;;; ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;;gga;15;;tta;14;;gaa;;; ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;;7;;atgf;5;;gga;;; ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;;atgj;9;;gaa;5;;gta;;; ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;10;;gac;;; 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;;gga;5;;gta;9;;ggc;;; ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;;aca;9;;gac;**;;aga;;; ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;;14;;aca;;;;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;;9;;tac;;;;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;;23;;cta;;;;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;;24;;ggc;;;;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;;9;;aga;;;;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;;;;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;;2;;aaa;;;;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;;;;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;;6;;ttc;;;;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;;14;;atgj;;;;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; ;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;; ;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;; ;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;; ;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;; ;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;; ;;;;;;;;insert;dir ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;; ;;;;;;;;;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;; ;;;;;;;;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;; ;;;;;;;;4;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca </pre> ====cdc8 cdc création de cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]] <pre> ;;création de cds;;;; ;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;;aac;6;;aac;33;;aca ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;;tta;15;;tta;4;;gta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;;atgf;7;;atgf;6;;gaa ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;;gaa;9;;gaa;**;;aaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;;gga;5;;gga;;; ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;;gta;5;;gta;;; ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;;gac;9;;gac;;; ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;;aca;14;;aca;;; ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;;tac;10;;tac;;; ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;;cta;28;;cta;;; ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;;aga;7;;aga;;; ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;;caa;89;;caa;;; ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;;tca;3;;tca;;; ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;;ttc;6;;ttc;;; 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;;atgj;14;;atgj;;; ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;;atgi;29;;atgi;;; ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;;cca;7;;cca;;; ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;;cac;8;;cac;;; ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;;aaa;**;;aaa;;; ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;tgc;4;;aac;;; 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;;aac;5;;gaa;;; ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gta;;; ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;;atgf;11;;gac;;; ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;;gaa;14;;aca;;; ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;9;;tac;;; 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;;gta;10;;gga;;; ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;;gac;9;;aga;;; ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;;aca;11;;caa;;; ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;;tac;2;;aaa;;; ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;;cta;18;;tca;;; ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;;ggc;8;;agc;;; 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;;aga;85;;cca;;; ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;60;;tgg;;; ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;;aaa;5;;cca;;; ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;3;;atc;;; ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;;ttc;7;;ttc;;; ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;;atgj;**;;atgj;;; ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;;aac;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;;tta;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;;atgf;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;gaa;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;;gga;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;;gta;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;;gac;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;;;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;;3;;gca;84;;cgt ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;;**;;atgi;20;;agc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;;27;;aac;306;;tca 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;;**;;aac;20;;agc ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;;;**;;tca ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;;;5;;tac ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;;;**;;aca ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;;;17;;gaa 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;;aac;;;;9;;gta ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;;ttc;;;;4;;gac 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;;atgi;;;;5;;aca ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;;aac;;;;18;;gaa ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;;;7;;gta ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;;;57;;gac ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;;;;;;17;;gaa ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;;;;;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;;;;;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;;;;;;**;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;;;;;;4;;tta ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;;;;;;53;;atgf ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;;;;;;10;;atgf ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;;;;;;**;;atgj 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;;;;;18;;ggg ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;;;;;;**;;acc ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;;;;;;7;;cca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;;;6;;gga ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;;;;;;5;;aga ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;;;26;;aag ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;;;29;;cca ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;;;24;;gga ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;;;**;;cga ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;;;5;;gta ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;;;3;;gac ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;;;4;;ttc ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;;;9;;ggc ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;**;;tgc ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;; ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;; ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;; ;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;; ;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;712;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;;311;;aaa;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;;**;;ttc;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;;61;;gag;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;;6;;caa;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;;4;;aga;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;;19;;gga;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;;16;;cta;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;;**;;gaa;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;;gca;4;;gca;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;;gca;**;;atgi;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;;;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;;atc;;;;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;;atc;;;;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;;;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;;aac;;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;;ttc;;;;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;;ttc;;;;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;;aaa;;;;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;;gaa;;;;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;;atgi;;;;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;;;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;;aac;;;;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;;;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;;ttc;;;;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;;aac;;;;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;;gca atc;;;;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;;gca atc;;;;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;;;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;;;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;;gca;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;;gca;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;;ggc;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;;atc;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;;gaa;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;;ggc;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;;gca;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;;gca;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;;gca;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;;atc;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;;gca;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;;agc;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;;gaa;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;;tcc;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;;gac;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;;aaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;;aac;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;;aac;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;;atc;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;;gca;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;;;;;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;;;;;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;;;;;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;;;;;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;;;;;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;;;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;;;;;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;;;;;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;;;;;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;;;;;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;;;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;;gcc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;;atc;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;;gca;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;;gca;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;;caa;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;;aac;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;;tcc;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;;aaa;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;;aac;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;;intra;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;;atc;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;;gca;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;;;;;;1;;ggc;;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;;;;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;;1;;atgi;30;;tca;6;;gac ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;;**;;gca;241;;agc;14;;gta ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;;4;;ttc;18;;tca;29;;gaa 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;;**;;tgc;**;;agc;10;;aca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;;6;;ttc;20;;tta;6;;gac ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;;25;;gac;7;;atgf;16;;gta ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;;**;;gaa;6;;atgj;29;;gaa ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;;1;;gca;22;;tta;10;;aca ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;;**;;atgi;7;;atgf;6;;gac ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;;;6;;atgj;14;;gta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;;;21;;tta;**;;gaa 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;;;70;;atgf;;; 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;;;21;;tta;;; ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;;;**;;atgf;;; ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;;;234;;aac;;; ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;;;439;;aac;;; ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;;;**;;aac;;; ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;;;4;;cta;;; 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;;;**;;ggg;;; 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;;;17;;cca;;; ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;;;149;;gga;;; ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;;;6;;aga;;; 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;;gca;;;;16;;cca;;; ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;;atc;;;;35;;gga;;; ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;;gca;;;;5;;aga;;; 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;;;3;;cac;;; ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;;atc;;;;7;;caa;;; ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;;atc;;;;18;;aaa;;; ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;;gca;;;;5;;cta;;; ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;;;25;;ggc;;; ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;;ttc;;;;5;;gga;;; ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;;atgi;;;;57;;aag;;; ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;;aaa;;;;7;;caa;;; ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;;aaa;;;;18;;aaa;;; 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;;atgi;;;;5;;cta;;; ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;;;25;;ggc;;; ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;;;;2* 140;;aac;;;;46;;gga;;; ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;;;;71;;aac;;;;**;;cga;;; ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;;;;tRNA 5s;;;;;;9;;tac;;; ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;;;;2* 3;;aac;;;;27;;gta;;; 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;12;;aca;;; 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;;;;3;;gca atc;;;;9;;tac;;; 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;;;;;;;;;;30;;gta;;; 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;12;;aca;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;**;;tac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;3;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;5;;cag;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;**;;aaa;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;79;;aaa;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;7;;cac;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;35;;aga;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gga;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;;22;;aca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;;5;;tac ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;;3;;atgj ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;;6;;acc ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;;**;;atgf 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;;3;;aac 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;;8;;gaa 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;;atc;50;;gta ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;;11;;cca 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;;gca;8;;gga ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;;gca;**;;aga ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;;intra;30;;ctg ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;;atc gca;52;;ctc 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;;**;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;;18;;cac 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;;3;;caa ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;;16;;aaa ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;;**;;cta 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;;4;;gac 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;;8;;ttc ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;;9;;ggc ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;;;13;;tgc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;;;**;;tta ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;;;2;;gac ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;;;8;;ttc ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;;;9;;ggc 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;;;**;;tgc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;;;2;;gac ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;;;1;;ggc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;;;**;;tgg ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;;;6;;gta ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;;;8;;gaa ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;;;**;;aag ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;;12;;gag ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;;;111;;cag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;;;**;;cag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;;;;; ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;;;;; ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;;8;;aca;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;;35;;tac;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;;**;;gga;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;;39;;cgg;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;;41;;cac;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;;58;;cca;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;;**;;cca;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;;1172;;tca;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;;atc;**;;tca;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;;52;;aca;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;;gca;539;;ttc;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;;gca;52;;aca;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;;gca;**;;ttc;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;;52;;aca;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;;gac;**;;ttc;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;;acc;21;;agc;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;;gac;30;;cgt;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;;32;;cgt;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;;acc;30;;cgt;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;;intra;33;;cgt;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;;atc gca;9;;cgt;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;;76;;agc;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;;35;;cgt;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;;9;;cgt;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;;**;;agc;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;;9* 37;;gta;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;;39;;gta;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;;**;;gta;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;;;;;;80;;gcc;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;;;;;;11* 102;;gaa;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;;;;;;253;;gaa;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;;;;;;47;;gaa;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;;;;;;**;;gcc;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;;;;;;3* 40;;atgf;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;;;;;;**;;atgf;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;;;;;;13;;ggc;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;;;;;;85;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;;;;;**;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;;;;;;13;;ggc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;;;;;;95;;tgc;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;;634;;tta;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;;;;;;95;;tgc;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;;479;;tta;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;;132;;tgc;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;**;;tta;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;;189;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;;45;;atgf;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;;2;;gtc;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;;35;;atgf;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;gtc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;30;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;85;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;aa;c;x;hors bloc;c;x;hors bloc ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;;35;;gac;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;;**;;tgg;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;;2* 68;;tgg;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;;**;;gac;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;;gcc;;;;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;;atc;;;;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;;gaa;;;;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;;;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;;gca;;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;;gaa;;;;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;;gta;;;;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;;gta;;;;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;;;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;;gac;;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;;gac;;;;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;;acc;;;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;;tca;;;;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;;;;;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;;acc;;;;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;;;;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;;gaa;;;;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;;aaa;;;;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;;gta;;;;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;;gcc;;;;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;;gaa;;;;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;;gca;;;;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;;atc;;;;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;;gta;;;;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;;gca;;;;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;;aaa;;;;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;;gaa;;;;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;;gca;;;;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;;atc;;;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;;gta;;;;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;;aaa;;;;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;;gaa;;;;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;;73;;tgc ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;;**;;tta 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;;gaa;73;;tgc 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;;**;;tta ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;;gta;3;;ggc ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;;**;;tgc ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;;tca;;; ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;;gaa;;; ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;;aaa;;; ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;;gca;;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;;gta;;; ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;; ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;;;; ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;;;; ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;;;; ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;;;; ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;;atc;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;;atc;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;;gaa;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;;gca;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;;gac;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;;acc;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;;intra;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;;atc gca;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;;contig;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;;tgg;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;;gac;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;;gaa;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;;atc;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;;gaa;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;;gaa;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;;gca;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;;gaa;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;;gca;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;;gac;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;;acc;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;;intra;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;;atc gca;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;; ;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;; ;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;; ;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;; ;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;; ;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;; ;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;; ;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;; ;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;; ;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;; ;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;hors bloc ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;;8;;gac;37;;cag 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;;**;;tgg;48;;cag ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;;1472;;gaa;15;;atgj 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;;gaa;42;;atc;34;;caa ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;;gaa;2351;;atc;23;;caa 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;;gaa;**;;gaa;10;;cta ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;;atc;42;;gca;**;;atgj ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;;**;;atc;35;;aaa ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;;gca;;;;2;;gta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;;;51;;aaa 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;;gaa;;;;3;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;;gaa;;;;48;;aaa 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;;gaa;;;;33;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;;gca;;;;**;;aaa 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;;;33;;tac 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;;;**;;tac 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;;gac;;;;4;;gtc ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;;acc;;;;**;;gtc ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;;gac;;;;4;;gtc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;;;**;;gtc 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;;acc;;;;4;;gtc 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;;acc;;;;**;;gtc ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;;gaa;;;;12;;tta 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;;gaa;;;;53;;tgc ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;;intra;;;;**;;ggc 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;;atc gca;;;;39;;gcc ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;;;**;;gcc 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;;;43;;gta ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;;;46;;gta 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;;;4;;gta 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;;;**;;aaa 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;;;63;;cgt 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;;;;;;62;;cgt ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;;;;;;62;;cgt 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;;;;;;64;;cgt ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;;;;;;3;;cgt 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;;;;;;**;;agc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;;;;;;33;;atgf ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;;;;;;33;;atgf ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;;;;;;**;;atgf 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;;;;;;58;;cgg 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;;;;;;20;;cac 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;;;;;;42;;ctg 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;;;;;;**;;cca ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;;;;;;8;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;;;;;;116;;tac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;;;;;6;;gga ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;;;;;;**;;acc ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;;;;;;36;;ggc ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;;;35;;ggc ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;;;;;;**;;ggc ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;34;;ctg ;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;**;;ctg ;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;;;39;;gcc ;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;39;;gcc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;;;**;;gcc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;gta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ctg </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;;158;;atgf ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;;35;;ggc ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;;35;;ggc ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;;18;;ggc ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;;39;;atgf ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;;90;;ggc ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;;atc;39;;atgf ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;;atc;18;;ggc 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;;gaa;39;;atgf ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;;gaa;18;;ggc ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;;gcc;39;;atgf ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;;**;;ggc 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;;gca;13;;acc ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;;gta;35;;gga 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;;gca;52;;tac 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;;gca;**;;aca 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;;gta;35;;cgg ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;;gaa;76;;cac ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;;46;;cca 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;;gac;64;;cac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;;gac;**;;cca ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;;gac;54;;cta ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;;tca;46;;caa ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;;acc;21;;cta ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;;18;;cta 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;;acc;23;;atgj ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;;intra;70;;cta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;;gca;79;;atgj 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;;atc;31;;caa ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;;gta;39;;cta ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;;aaa;**;;atgj ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;;gaa;100;;tac 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;;gaa;100;;tac ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;;aaa;100;;tac ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;;gca;**;;tac ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;;gta;46;;gtc 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;;gcc;**;;gtc ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;;gaa;11;;ggc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;;contig;78;;tta ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;;tgg;37;;ggc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;;gac;**;;tgc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;;gac;56;;atgf 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;;tgg;**;;ctc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;;59;;cgt ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;57;;cgt ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;;;;;;85;;cgt ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;;;;;;29;;agc ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;;;31;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;43;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;42;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;21;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;;97;;tta ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;;5;;ggc ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;;gaa;**;;tgc ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;;53;;tta ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;;gta;181;;tgc ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;;**;;tgc ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;;tca;;; ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;;gta;;; ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;;gca;;; ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;;aaa;;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;;gaa;;; ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;; ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;; ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;;;;; ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;;;;; ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;;;;; ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;;atc;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;;gaa;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;;gaa;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;;gaa;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;;gaa;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;;gca;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;;gaa;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;;gaa;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;;gaa;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;;gaa;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;;gac;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;;acc;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;;gac;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;;gac;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;;acc;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;;intra;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;;atc;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;;gca;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;;;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;;;;;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;;;;;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;;;;;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;;;;;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;hors bloc fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;;;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;;;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;;;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;;;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;;;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;;;**;;tac ;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;; 1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;; ;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;; ;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;;;;; ;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;;;;; ;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;;;;; ;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;;;;; ;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;;;;; ;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;;;; ;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;;;;; 1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;; ;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;;;;; 1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;; ;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;; ;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;; ;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;; ;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;; ;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;; ;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;; ;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;; ;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;; ;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;; ;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;; ;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;; ;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;; ;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;; ;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;; 1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;; ;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;; ;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;; ;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;; 12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;; 16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;;;;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;;;;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;;;;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;;;;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;;;;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;;;;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;;;;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;;;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;;;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;;atc;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;;atc;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;;atc;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;;atgf;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;;atgf;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;;atgf;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;;atgf;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;;;51;;atgf;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;;;;;;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;;;;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;;;;;;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;;;;;;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;;;;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;;;;;;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;;;;;;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;;202;;gcc ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;;**;;gcc 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;;81;;tgc 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;;atc;**;;aac 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;;27;;gga ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;;**;;tac 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;;165;;acc 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;;**;;acc 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;;gca;;; ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;; 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;;atgf;;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;;atgf;;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;;atgf;;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;;atc gca;;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;; ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;; 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;;;;;; 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;;;;;; 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;;;;;; ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;;;;;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;;;;;; 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;;;;;; ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;;;;;; 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;;;;;; 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;;;;;; ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;;;;;; 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;;;;;; ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;;;;;; ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;;;;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;;;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;;;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;;;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;;;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;;;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;;146;;gaa ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;;**;;gaa 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;;atc;24;;tac ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;;**;;gga ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;;gca;245;;gac 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;;**;;gac 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;;atgf;;; ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;;atc gca;;; ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;; 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;; ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;; ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;; 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;; 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;;;;;;; ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;;;;;;; ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;;;;;;; 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;;;;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;;;;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;;;;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;;;;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;;;;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;;;;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;;;;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;;;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;;;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;;atc ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;;gca ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;;atgf ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;;intra ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;;atc gca ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;; 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;; ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;;206;;ccg ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;ccg ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;;atc;60;;tac ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;;**;;gga ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;;gca;76;;aag ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;;gca;**;;aag 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;;intra;38;;gag 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;;atc gca;**;;gag ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;;132;;gtg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;;**;;gtg 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;;220;;aac 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;;**;;tgc 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;;164;;gac 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;;**;;gta 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;;109;;cac 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;;**;;cac 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;; 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;;;;;;; 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;;;;;;; ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;;;;;;; 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;;;;;;; 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;;;;;;; ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;;;;;;; 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;;;;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;;;;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;;;;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;;;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;;;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;;;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;;;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;;;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;;;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;;29;;ctg 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;;**;;gcc ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;;4;;aac 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;;**;;gac ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;;atc;1;;acc ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;;99;;gcg ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;;44;;gac ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;;gca;1;;gtc ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;;**;;cag 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;; ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;;atgf;;; ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;;intra;;; 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;;atc gca;;; ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;; ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;; 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;; 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;; 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;;;;;;;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;;;;;;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;;;;;;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;;;;;;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;;32;;atc gca;109;;cac ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;;;**;;cac ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;;gca;;;;163;;gta ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;;;**;;gac ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;;;219;;aac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;;;**;;tgc ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;;;132;;gtg 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;;;;;;;;**;;gtg 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;;;;;;;;30;;gcc 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;;;;;;;;**;;ctg 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;;;;;;;;38;;gag 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;;;;;;;;**;;gag ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;;;;;;;;74;;aag 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;;;;;;;;**;;aag 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;;;;;;;;60;;gga ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;;;;;;;;**;;tac 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;;;;;;;;205;;ccg 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;;;;;;;;**;;ccg 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;;;;;;;;;; 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;;;;;;;;;; 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;;;;;;;;;; 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;;;;;;;;;; ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;;;;;;;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;;;;;;;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;;;;;;;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;;;;;;;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;;30;;ctg ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;;**;;gcc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;;1;;acc 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;;atc;99;;gcg ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;;atc;35;;gac 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;;1;;gtc ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;;gca;**;;cag ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;;gca;4;;aac 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;;**;;gac ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;;atgf;;; ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;;atc gca;;; ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;;atc gca;;; ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;; ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;; ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;; ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;;;;;;;;; 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;;;;;;;;; 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;;;;;;;;; ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;;;;;;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;;41;;gac ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;;**;;gac ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;;atc;452;;gaa ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;;**;;gaa 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;;gca;26;;gga 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;;**;;tac 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;;atgf;;; ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;;atgf;;; ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;;atc gca;;; ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;; ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;; 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;; 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;;;;;;; ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;;;;;;; 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;;;;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;;;;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;;;;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;;;;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;;;;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;;;;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;;;;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;;;;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;;793;ggc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;;**;;atgj ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;;atc;;; ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;;gca;;; ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;; ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;;atgf;;; 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;;atc gca;;; ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;; ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;1752;;82;;;;404;ggc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;5s CDS;;16s tRNA;;;44;;atgf ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;;461;233;;atc;**;;atgf ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;;;tRNA 23s;;;51;;cgt ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;;;478;;gca;**;;cgt 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;;tRNA tRNA;;intra;;161;ttc 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;;;33;;atc gca;**;;acc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;;;;;;128;;gtc ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;;;;;;186;;gtc ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;;;;;;**;;gtc ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;;;;;;140;;gaa ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;;;;;;**;;gaa 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;;;;;;58;;gac 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;;;;;;270;gac ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;;;;;;**;;gta 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;;;;;;173;ccg 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;;;;;;**;;caa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;;;;;;132;;ctc 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;;;;;;**;;ctc ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;;;;;;24;;gga 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;;;;;;**;;tac ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;;;;;;208;;ggc 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;;;;;;**;;ggg 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;;;;; 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;;;;; 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;;;;; ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;;;;; 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;;;;; ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;;;; 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;;;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;;;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;;;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;;6;;ttc;51;;ctg 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;;**;;ttc;33;;ctg 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;;6;;agc;57;;ctg 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;;3;;cgt;**;;ctg 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;;**;;gaa;61;;acg 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;;atc;3;;gaa;78;;ccg 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;;atc;7;;cgt;**;;ccg 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;;5;;gaa;35;;atgj 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;;gca;**;;cgt;**;;atgj 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;;gca;23;;ggc;24;;acc 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;;intra;22;;ggc;52;;gga 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;;atc gca;24;;ggc;**;;tac 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;;atc gca;29;;ggc;38;;aaa 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;;45;;ggc;35;;aag 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;;**;;tgc;28;;aaa 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;;32;;aac;37;;aag 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;;31;;aac;**;;aaa 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;;**;;aac;;; 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;;53;;tcc;;; 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;;;;;**;;tcc;;; 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;;;;;26;;cac;;; 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;;;;;45;;cac;;; 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;;;;;27;;cac;;; 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;;;;;18;;aga;;; 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;;;;;**;;cca;;; 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;;;;;7;;gac;;; 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;;;;**;;gta;;; 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;;;;8;;gcc;;; 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;;11;;gaa;;; 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;;;;;**;;gcc;;; 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;;;;;26;;gac;;; 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;;26;;gac;;; 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;;;;;12;;gta;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;;26;;gac;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;;27;;gac;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;;6;;gta;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;;27;;gac;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;;6;;gtg;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;;**;;gac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; 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deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;;6;;gac 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;;**;;gta 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;;atc;60;;cag 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;;**;;gag 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;;gca;22;;acc 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;;intra;63;;gga 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;;atc gca;46;;tac 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;;**;;aca 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;;248;;aag 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;;142;;aga 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;;18;;cac 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;;134;;cga 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;;**;;cca 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;;278;;tcc 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;;**;;tcg 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;;27;;tca 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;;73;;agc 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;;**;;cgt 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;; 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;; 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;;;;;;; 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;;;;;;; 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;;;;;;; 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;;;;;;; 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;;;;;;; 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;;;;;;; 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;;;;;;; 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;;;;;;; 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;;;;;;; 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;;;;;;; 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;;;;;;; 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;;;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;;;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;;;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;;;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;;;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;;;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;;;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;;;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;;;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;;;;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;;atc;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;;gca;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;;gca;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;;gca;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;;acc;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;;acc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;;intra;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;;atc gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;;;;;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;;;;;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;;;;;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total;2381;-9;3;0 90;35;77;;90;58;48;;9;6;88;;;-10;1;7 100;24;54;;100;40;33;;10;9;48;;;-11;3;46 110;32;40;;110;53;25;;11;5;43;;;-12;3;1 120;25;51;;120;42;32;;12;7;45;;;-13;0;9 130;27;35;;130;45;22;;13;8;31;;;-14;1;34 140;26;31;;140;43;19;;14;7;15;;;-15;3;0 150;19;29;;150;32;18;;15;2;19;;;-16;1;0 160;32;21;;160;53;13;;16;2;19;;;-17;2;24 170;9;11;;170;15;7;;17;3;12;;;-18;0;0 180;8;22;;180;13;14;;18;4;22;;;-19;0;2 190;19;11;;190;32;7;;19;10;16;;;-20;1;19 200;11;15;;200;18;9;;20;4;8;;;-21;1;0 210;11;9;;210;18;6;;21;6;16;;;-22;0;0 220;9;9;;220;15;6;;22;4;7;;;-23;0;9 230;3;10;;230;5;6;;23;5;6;;;-24;1;0 240;6;10;;240;10;6;;24;2;4;;;-25;0;2 250;5;4;;250;8;2;;25;4;4;;;-26;1;5 260;8;5;;260;13;3;;26;2;10;;;-27;2;0 270;7;2;;270;12;1;;27;3;5;;;-28;0;0 280;2;7;;280;3;4;;28;2;4;;;-29;1;7 290;3;2;;290;5;1;;29;4;12;;;-30;0;0 300;9;3;;300;15;2;;30;3;6;;;-31;0;1 310;4;1;;310;7;1;;31;3;8;;;-32;1;5 320;1;2;;320;2;1;;32;1;1;;;-33;0;0 330;3;4;;330;5;2;;33;2;8;;;-34;0;0 340;0;4;;340;0;2;;34;1;5;;;-35;1;2 350;1;1;;350;2;1;;35;2;5;;;-36;0;0 360;0;3;;360;0;2;;36;1;5;;;-37;0;0 370;1;1;;370;2;1;;37;1;6;;;-38;1;3 380;1;0;;380;2;0;;38;2;4;;;-39;0;0 390;1;3;;390;2;2;;39;2;7;;;-40;0;0 400;1;1;;400;2;1;;40;2;4;;;-41;1;0 reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;; ;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;; ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;; 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total;1307;10;0;8;;-14;2;18 110;6;6;;110;28;11;;;11;3;5;;-15;0;0 120;9;8;;120;41;15;;;12;0;7;;-16;0;2 130;7;6;;130;32;11;;;13;0;6;;-17;1;9 140;4;6;;140;18;11;;;14;2;10;;-18;2;0 150;3;3;;150;14;6;;;15;0;2;;-19;0;1 160;6;1;;160;28;2;;;16;2;3;;-20;3;10 170;3;2;;170;14;4;;;17;3;3;;-21;0;0 180;2;3;;180;9;6;;;18;2;6;;-22;0;1 190;1;6;;190;5;11;;;19;0;4;;-23;1;5 200;4;1;;200;18;2;;;20;3;5;;-24;3;0 210;1;1;;210;5;2;;;21;5;4;;-25;0;1 220;2;1;;220;9;2;;;22;1;4;;-26;0;3 230;1;2;;230;5;4;;;23;0;3;;-27;0;0 240;1;0;;240;5;0;;;24;3;5;;-28;0;1 250;0;1;;250;0;2;;;25;2;2;;-29;0;1 260;1;0;;260;5;0;;;26;0;3;;-30;1;0 270;1;0;;270;5;0;;;27;2;2;;-31;0;1 280;0;1;;280;0;2;;;28;2;2;;-32;0;1 290;1;0;;290;5;0;;;29;0;3;;-33;0;0 300;0;0;;300;0;0;;;30;0;2;;-34;0;1 310;1;0;;310;5;0;;;31;0;3;;-35;0;2 320;0;2;;320;0;4;;;32;3;5;;-36;0;0 330;0;0;;330;0;0;;;33;4;1;;-37;0;0 340;1;0;;340;5;0;;;34;0;2;;-38;0;2 350;0;0;;350;0;0;;;35;4;4;;-39;0;0 360;1;0;;360;5;0;;;36;3;4;;-40;0;0 370;0;0;;370;0;0;;;37;2;3;;-41;0;2 380;0;0;;380;0;0;;;38;1;1;;-42;0;0 390;0;0;;390;0;0;;;39;2;4;;-43;1;0 400;0;0;;400;0;0;;;40;0;3;;-44;0;1 reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;;;**;;gca;14;;aag ;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;;;130;gga;2;;gtg 1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;;;4;;ctc;;; ;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;;;1;;agc;;; 9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;;329;370;;;;;**;;atc;;; 45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;;408;524;;;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;;; 2;5; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;;;43;;aac ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3* 431;;;**;;aac ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s CDS;;23s 5s;;;27;;ggc ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4* 170;;;41;;tgc ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;;;48;;gtc ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s 16s;;;;;31;;gtg 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;;;**;;ggc 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;;;29;;cgt ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;;;**;;cgt 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;;;89;;gcc ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;;;**;;gcc ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;;;87;;acg ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;;;**;;cta ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;;;48;;gtg ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;;;46;;gtc 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;;;**;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;;;39;;cag 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;;;**;;gag 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;;;42;;atc 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;;;**;;gca 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;;;1;;tac 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;;;4;;acc ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;;;**;;atgj ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;;;47;;gac ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;;;**;;ttc 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;;;;;;; ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;;;;;;; ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;;;;;;; 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;;;;;;; ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;;;;;;; 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;;;;;;; ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;;;;;; ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;;;;;;; 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;;;;;;; ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;;; 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;;;;;;; ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;;; ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;;; ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;;;37;;other ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;;;37;;other ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;;;34;;other 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;;;**;;tct 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;;;20;;gag 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;;;21;;cag ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;;;62;;gag 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;;;42;;gag 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;;;**;;cag 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;;;47;;gaa 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;;;24;;gac 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;;;**;;ttc 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;;;79;;gga 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;;;**;;ggc 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;;;205;;cgt 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;;;**;;agc 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;;;46;;acc 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;;;**;;atgj 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;;;;;;153;gga 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;;;;;**;;cca ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;;;;;5;;aac 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;;;;;166;;aac 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;;;;;**;;atgi 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;;;;;40;;gtc 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;;;;;19;;gtc ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;;;;;1;;gtc 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;;;;;38;;tgc ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;;;;;**;;ggc ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;;;;;;; ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;;;;;;; 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;;;;;;; ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;;;;;;; ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;;;;;;; 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;;;;;;; ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;;;;;;; ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;;;;;;; ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;;;;;;; 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;;;;;;; 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;;;;;;; ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;;;;;;; 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;;;;;;; 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;;;;;;; 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;;;;;;; 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;;;;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;;;;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;;;;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;;;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;;;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;;;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;;;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;;;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;;;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;;;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;;-1;;atgj ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;;**;;atgj ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;;atc;44;;other 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;;**;;other ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;;gca;156;;aaa 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;;intra;7;;other 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;;atc gca;6;;cac 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;;48;;gca ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;;8;;aca 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;;10;;atgf 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;;4;;cta ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;;6;;ccg 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;;;;;5;;ctc 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;;;;;3;;ctg 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;;;;;1;;cca 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;;;;;6;;tta ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;;;;;6;;ttg 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;;;;;3;;caa ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;;;;;5;;cag ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;;;;;6;;aac ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;;;;;81;;aca ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;;;;;4;;cgt 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;;;;;4;;agc 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;;;;;7;;tac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;;;;;62;;gaa ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;;;;;3;;tgg ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;;;;;11;;atgi ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;;;;;3;;tgc 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;;;;;4;;other 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;;;;;**;;gac 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;;;;;88;;acc ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;;;;;**;;tac 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;;;;;;; ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;;;;;;; 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;;;;;;; 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;;;;;;; ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;;;;;;; ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;;;;;;; ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;;;;;; 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;;;;;;; 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;;;;;;; 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;; 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;;;;;;; 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;; ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;; ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;; ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;;10;;acc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;tac ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;;atc;;; 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;; 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;;gca;;; 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;;atc gca;;; 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;; 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;;;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;;;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;;;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;;;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;;;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;;;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;;;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;;;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;;;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;;atc;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;;atc;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;;atc;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;;atc;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;;gca;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;;gca;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;;aac;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;;intra;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;;atc gca;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;;atc gca;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;;296;ttg ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;;**;;cta ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;;atc;43;;ctc 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;;26;;aaa 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;;gca;**;;aaa ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;;intra;31;;gaa 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;;atc gca;**;;gaa ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;;15;;agc ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;;33;;cca 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;;**;;aga 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;;34;;atgf ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;;**;;atgf 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;;43;;ggc 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;;**;;tta 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;;86;;acc 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;;141;;tac 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;;**;;aca 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;; ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;;;;;;; ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;;;;;;; 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;;;;;;; ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;;;;;;; ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;;;;;;; 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;;;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;;;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;;;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;;;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;;44;;gta;66;;ggc ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;;11;;aca;17;;cca ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;;7;;aaa;13;;cga ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;;8;;tta;**;;gac 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;;72;;gca;8;;tcg ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;;atc;7;;atgj;**;;gcc 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;;44;;atgi;9;;gga 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;;atc;8;;tca;1;;cca 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;;4;;atgf;8;;cgt ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;;aac;11;;gac;**;;gaa ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;;gta;**;;ttc;63;;cac ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;;;**;;caa 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;;tac;;;;;; 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;; 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;;aac;;;;;; ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;; ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;; ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;; ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;; ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;;;;;;;;;; ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;;;;;;;;;; ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;;;;;;;;;; ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;;;;;;;;;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;;;;;;;;;; ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;;;;;;;;;; ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;;;;;;;;;; ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;;;;;;;;;; ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;;;;;;;;;; ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;;;;;;;;;; ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;;;;;;;;;;;;; ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;;7;;ttc;9;;agc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;;4;;gac;**;;gaa ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;;55;;atgf;14;;cac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;;22;;tca;34;;caa ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;;atc;4;;atgi;**;;cta ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;;gca;45;;atgj;9;;gaa ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;;5;;gca;71;;cgt ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;;20;;tta;13;;cca ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;;aac;6;;aaa;**;;gga 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;;gta;15;;aca;1;;cgg ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;;**;;gta;**;;tcc ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;;tac;;;;;; ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;;atc gca;;;;;; ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;; ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;; ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;; ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;;;;;;;;;;; ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;;;;;;;;;;; ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;;;;;;;;;;; ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;;;;;;;;;;; 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;;;;;;;;;;; ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;;;;;;;;;;; ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;;;;;;;;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;; ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;; ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;;10;;gag 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;;**;;cag ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;;atc;43;;gaa 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;;gca;**;;aaa ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;;32;;cac ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;;atc;38;;cga ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;;gca;37;;aag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;;36;;cta 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;;**;;ggc 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;;40;;tca 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;;25;;agc ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;;16;;cgc ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;;40;;tcg 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;;**;;tcc ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;; 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;; ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;;;;; 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;;;;; 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;;;;; 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;;;;; 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;;;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;;;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;;;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;;;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;;;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;;;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;;;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;;;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;;;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;;85;;acc ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;;**;;tta ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;;5;;aac 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;;gca;58;;atgi ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;;gca;53;;gaa ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;;29;;cta ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;;gca;**;;cac ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;;90;;aag ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;;504;;ttg ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;;**;;aaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;;40;;tgg ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;;**;;tgc 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;;62;;aga ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;;**;;agg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;;99;;gta ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;;;;;**;;gtg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;;;;;76;;aca 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;;;;;44;;cca 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;;;;;170;;tac ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;;;;;7;;gac 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;;;;;**;;aaa ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;;;;;4;;gtc 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;;;;;**;;ttc ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;;;;;2;;ggc 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;;;;;**;;gga ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;;;;;;; ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;;;;;; 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;;;;;;; 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;;;;;;; ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;; 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;;;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;;7;;ttc;91;;atgj ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;;29;;aac;**;;ctc ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;;gca;18;;atgi;23;;aga ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;;39;;gaa;**;;gaa 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;;gca;11;;cta;178;;acc ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;;**;;cac;**;;caa 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;;gac;14;;aca;34;;ggc ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;;8;;cca;**;;gga ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;;cac;83;;tac;;; 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;;**;;aaa;;; ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;;aaa;;;;;; ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;;;;;; 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;;;;;; ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;;;;;; 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;;;;;; 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;;;;;; ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;;;;;; 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;;;;;; ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;;;;;; ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;;;;;; 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;;;;;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;;;;; 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;;;;;; 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;;;;;; 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;; ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total;1729;-11;2;10 110;10;28;;110;25;27;11;7;16;;;-12;3;0 120;16;30;;120;39;29;12;4;22;;;-13;0;4 130;14;28;;130;34;27;13;3;17;;;-14;1;9 140;19;32;;140;47;31;14;5;13;;;-15;3;0 150;7;27;;150;17;26;15;2;13;;;-16;0;2 160;13;18;;160;32;17;16;1;14;;;-17;0;5 170;9;12;;170;22;11;17;2;10;;;-18;2;0 180;14;14;;180;34;13;18;2;17;;;-19;0;2 190;13;11;;190;32;11;19;3;18;;;-20;0;6 200;10;15;;200;25;14;20;2;14;;;-21;1;0 210;5;10;;210;12;10;21;4;16;;;-22;0;0 220;11;11;;220;27;11;22;4;11;;;-23;1;6 230;7;10;;230;17;10;23;1;9;;;-24;1;0 240;3;9;;240;7;9;24;3;11;;;-25;1;3 250;3;9;;250;7;9;25;2;12;;;-26;0;1 260;0;7;;260;0;7;26;1;9;;;-27;0;0 270;6;7;;270;15;7;27;2;6;;;-28;0;1 280;2;7;;280;5;7;28;0;3;;;-29;1;3 290;4;10;;290;10;10;29;0;6;;;-30;0;0 300;3;1;;300;7;1;30;0;8;;;-31;0;0 310;2;3;;310;5;3;31;3;4;;;-32;0;3 320;6;6;;320;15;6;32;2;4;;;-33;0;0 330;0;3;;330;0;3;33;1;11;;;-34;0;2 340;3;3;;340;7;3;34;2;11;;;-35;0;1 350;2;1;;350;5;1;35;0;1;;;-36;0;0 360;3;3;;360;7;3;36;1;4;;;-37;0;0 370;3;3;;370;7;3;37;1;3;;;-38;0;3 380;3;2;;380;7;2;38;1;5;;;-39;1;0 390;3;0;;390;7;0;39;4;7;;;-40;0;0 400;3;1;;400;7;1;40;1;0;;;-41;0;2 reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;;132;;ctc 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;;**;;ctc ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;;71;;aac 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;;119;;atgi ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;;gca;**;;aac ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;;94;;gga ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;;gca;**;;cta ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;;63;;atgf ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;;63;;atgf 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;;**;;atgf ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;;65;;tgc ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;;;;;**;;tgc ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;;;;;112;;tac 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;;;;;**;;gac ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;;;;;223;;gcc 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;;;;;74;;atc ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;;;;;**;;atc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;;;;;94;;gtc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;;;;;7;;ttc ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;;;;;61;;ggc ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;;94;;gtc 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;;;;;7;;ttc 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;;;;**;;ggc ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;;;;;;; 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;;;;;;; ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;; 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;;;;;;; ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;; 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;; 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;; ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;; 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;; ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;; ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;; 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;; ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;; ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;; 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;; ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;; 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;;72;;tgc 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;;**;;tgc ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;;89;;atgf 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgf 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;;gca;111;;gac 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;;**;;tac ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;;gca;73;;cta ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;;**;;gga ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;;117;;ctc ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;;**;;ctc ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;;87;;aac ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;;110;;atgi 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;;;;;**;;aac ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;;;;;;227;gcc 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;;;;;62;;atc ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;;;;;**;;atc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;;;;;718;;gaa ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;;;;;**;;gaa ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;;;;;25;;ggc ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;;;;57;;ttc 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;;;;;71;;gtc ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;;;;;25;;ggc ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;;118;;ttc 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;;;;;**;;gtc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;; 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;; ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;; ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;; ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;; 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;; ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;; 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;; 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;; 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;; 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;; 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;; ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;; 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;; ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;; 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5 rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0 spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3 ;;;;;;;;;; blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9 cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8 mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0 myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0 pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8 rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9 scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1 </pre> =====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]] *'''Le tableau''' <pre> ;<201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3 ;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;; genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;; vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 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negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38 ;comp ;749200..749275 ;;aca ;91 ;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144 ;;750366..750451 ;;tac ; ;;750512..750585 ;;gga ;81 ;;750667..751857 ;ef Tu;397;153 ;;752011..752086 ;;tgg ;69 ;;752156..752353 ;Translocase;66; ; ;872533..872608 ;;atgi ;5 ;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134 ;comp ;873228..873304 ;;cgt ; ; ;1354014..1354091 ;;cca ;49 ;;1354141..1354437 ;ETC;99;10 ;;1354448..1354524 ;;aga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338 ;;1501449..1501524 ;;cac ; ;;1501634..1501709 ;;cac ;129 ;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106 ;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173 ;;1505151..1505235 ;;cta ;91 ;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445; ; ;1808815..1808892 ;;cca ;49 ;;1808942..1809238 ;ETC;99;10 ;;1809249..1809325 ;;aga; ; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137 ;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5 ;comp ;2294501..2294576 ;;atgi; ;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69 ;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152 ;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81 ;comp ;2419970..2420043 ;;gga ; ;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144 ;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91 ;;2421280..2421355 ;;aca ;137 ;;2421493..2423187 ;integrase;565; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121 ;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89 ;;1532908..1532982 ;;gaa; ; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91 ;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265 ;;1772714..1773019 ;ETC;102;51 ;;1773071..1773147 ;;aga ;7 ;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43 ;;2368473..2368778 ;cds;102;36 ;;2368815..2368890 ;;aga; ;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153 ;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296 ;;2642740..2642814 ;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47 ;;21580..21666 ;;tca ;140 ;;21807..22157 ;hp;117;17 ;;22175..22357 ;hp;61;23 ;;22381..22524 ;hp;48;86 ;comp ;22611..22796 ;hp;62;138 ;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156 ;;25422..26165 ;hp;248;220 ;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183 ;;26644..27168 ;replicase ;175; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321 ;comp ;106366..106929 ;cds;188;241 ;comp ;107171..107246 ;;aca; ; ;1172120..1172196 ;;agg ;181 ;;1172378..1172812 ;cds;145;62 ;;1172875..1172966 ;;tcg ; ; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92 ;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72 ;;1764566..1764641 ;;tgc; ;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ; ;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175 ;;2496785..2497120 ;cds;112;217 ;comp ;2497338..2497420 ;;ctc; ;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;; ;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10 ;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66 ;;2498252..2498328 ;;ccg; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315 ;;1520860..1522122 ;cds;421;236 ;;1522359..1522432 ;;atg; ;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19 ;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23 ;comp ;4902345..4902417 ;;gac ; ;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;; ; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25 ;;6400603..6401055 ;cds;151;35 ;;6401091..6401163 ;;cag; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60 ;comp ;719903..721090 ;cds;396;58 ;comp ;721149..721220 ;;acc; ;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147 ;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108 ;comp ;1930553..1930638 ;;tta; ;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106 ;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147 ;comp ;2209753..2209829 ;;atgj; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149 ;comp ;435901..436095 ;cds;65;35 ;comp ;436131..436203 ;;tgg; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47 ;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137 ;;1541892..1541967 ;;cac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73 ;comp ;205447..206382 ;cds;312;133 ;;206516..206591 ;;cac ; ;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40 ;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154 ;comp ;1458510..1458585 ;;ttc; ;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41 ;;862703..863392 ;cds;230;86 ;;863479..863555 ;;aca; ;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351 ;;4618969..4619190 ;hp;74;377 ;;4619568..4619645 ;;gaa; </pre> ==Les totaux des génomes par type== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]] *Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes). <pre> ;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;; ;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> iscnd1ig0dxgygk1v7o33pf2sx3fag7 881480 881479 2022-08-20T06:08:06Z Mekkiwik 5298 /* bacilli données intercalaires */ wikitext text/x-wiki {{Annexe | idfaculté = biologie | numéro = 12 | niveau = | précédent = [[../archeo/]] | suivant = [[../Apmq/]] }} __TOC__ ==bacilli== ===Bacillus subtilis=== ====bsu==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#Bacillus subtilis|bsu]] <pre> Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168;;;; 43.6%GC;7.3.19 Paris;86;doubles;intercal ;;;; ;9810..11364;16s;@2;99 ;11464..11540;atc;;11 ;11552..11627;gca;;81 ;11709..14636;23s;;55 ;14692..14810;5s;; ;;;; ; 22292..22384;tca;; ;;;; ;30279..31832;16s;;99 ;31932..32008;atc;;11 ;32020..32095;gca;;81 ;32177..35103;23s;;133 ;35237..35355;5s;; ;;;; ;70181..70257;atg;;9 ;70267..70338;gaa;; ;;;; ;90536..92089;16s;@1;164 ;92254..95181;23s;;55 ;95237..95354;5s;;20 ;95375..95450;gta;;4 ;95455..95530;aca;;36 ;95567..95642;aaa;;6 ;95649..95731;cta;;40 ;95772..95846;ggc;;14 ;95861..95946;tta;;9 ;95956..96032;cgt;;27 ;96060..96136;cca;;9 ;96146..96221;gca;;170 ;96392..97945;16s;;164 ;98110..101037;23s;;55 ;101093..101211;5s;; ;;;; ;160893..162445;16s;;164 ;162610..165535;23s;;55 ;165591..165707;5s;;46 ;165754..165825;aac;;4 ;165830..165902;acc;;56 ;165959..166033;ggc;;30 ;166064..166140;cgt;;27 ;166168..166244;cca;;8 ;166253..166328;gca;;171 ;166500..168053;16s;;164 ;168218..171141;23s;;55 ;171197..171314;5s;;183 ;171498..173049;16s;;164 ;173214..176141;23s;;55 ;176197..176315;5s;; ;;;; ;194205..194279;gaa;;3 ;194283..194358;gta;;4 ;194363..194435;aca;;22 ;194458..194542;tac;;4 ;194547..194621;caa;; ;;;; ;528704..528778;aac;;4 ;528783..528873;agc;;29 ;528903..528974;gaa;;11 ;528986..529060;caa;;26 ;529087..529162;aaa;;11 ;529174..529255;cta;;80 ;529336..529422;ctc;; ;;;; ;635110..635186;cgt;;13 ;635200..635273;gga;;159 ;635433..636987;16s;;167 ;637155..640082;23s;;55 ;640138..640254;5s;;13 ;640268..640344;atgf;;60 ;640405..640481;gac;; ;;;; ;946696..948250;16s;;167 ;948418..951345;23s;;111 ;951457..951572;5s;;9 ;951582..951656;aac;;5 ;951662..951753;tcc;;34 ;951788..951859;gaa;;9 ;951869..951944;gta;;9 ;951954..952030;atgf;;11 ;952042..952118;gac;;12 ;952131..952206;ttc;;5 ;952212..952284;aca;;22 ;952307..952391;tac;;5 ;952397..952470;tgg;;24 ;952495..952570;cac;;9 ;952580..952651;caa;;49 ;952701..952775;ggc;;5 ;952781..952851;tgc;;7 ;952859..952947;tta;@3;265 ;953213..953294;ttg;; ;;;; ;967065..967138;gga;; ;;;; ;1262789..1262861;gtc;; ;;;; comp;2003276..2003348;agg;; ;;;; ;2563889..2563959;caa;; ;;;; comp;2899816..2899889;aga;; ;;;; comp;3171879..3171950;gaa;;25 comp;3171976..3172066;agc;;3 comp;3172070..3172144;aac;;10 comp;3172155..3172231;atc;;15 comp;3172247..3172320;gga;;10 comp;3172331..3172406;cac;;17 comp;3172424..3172499;ttc;;12 comp;3172512..3172588;gac;;11 comp;3172600..3172676;atgf;;17 comp;3172694..3172786;tca;;6 comp;3172793..3172869;atgi;;2 comp;3172872..3172948;atgj;;19 comp;3172968..3173040;gca;;5 comp;3173046..3173122;cca;;15 comp;3173138..3173214;cgt;;9 comp;3173224..3173309;tta;;14 comp;3173324..3173398;ggc;;5 comp;3173404..3173490;ctg;;10 comp;3173501..3173576;aaa;;37 comp;3173614..3173689;aca;;32 comp;3173722..3173797;gta;;20 comp;3173818..3173935;5s;;55 comp;3173991..3176918;23s;;167 comp;3177086..3178640;16s;; ;;;; comp;3194455..3194527;gcc;; ;;;; comp;3545889..3545964;cgg;; ;;;; comp;4154787..4154859;ttc;;35 comp;4154895..4154971;gac;;81 comp;4155053..4155124;gaa;;9 comp;4155134..4155209;aaa;; </pre> ====bsu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_blocs|bsu blocs]] <pre> bsu blocs;;;;;;;;; Types;;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2;II3 16s;167;167;164;164;;16s;164;164;164 23s;111;55;55;55;;23s;55;55;55 5s;9;20;46;20;;5s;;; ;5;32;4;4;;;;; ;aac;gta;aac;gta;;;;; ;**15aas;**20aas;**5aas;** 8aas;;;;; III;;;;;;IV;;; 16s;99;99;;;;cgt;13;; atc;11;11;;;;gga;159;; gca;81;81;;;;16s;167;; 23s;55;133;;;;23s;55;; 5s;;;;;;5s;13;; ;;;;;;atgf;60;; ;;;;;;gac;;; Groupes;;;;;;;;; ;16s;164;;;;16s;164;; I3;23s;55;;;I4;23s;55;; ;5s;46;;;;5s;20;; ;aac;4;;;;gta;4;; ;**4aas;8;;;;** 7aas;9;; ;gca;171;;;;gca;170;; II1;16s;164;;;II3;16s;164;; ;23s;55;;;;23s;55;; II2;5s;183;;;;5s;;; ;16s;164;;;;;;; ;23s;55;;;;;;; ;5s;;;;;;;; </pre> ====bsu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_données_intercalaires|bsu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;bsu;fx;fc;bsu;fx40;fc40;bsu;x-;c-;c;x;;;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;25;0;2;25;-1;0;72;134;111;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;0;10;28;231;1;3;41;-2;0;4;168;179;350;349;5* 164;;;4;;gta;9;;atgj 0;0;20;45;399;2;2;31;-3;0;0;199;82;243;;3* 167;;;36;;aca;**;;gaa 0;0;30;70;185;3;3;34;-4;14;229;227;333;309;;23s 5s;;;6;;aaa;3;;gaa 0;0;40;158;121;4;2;27;-5;0;0;122;78;291;;8* 55;;;40;;cta;4;;gta 0;0;50;81;84;5;3;19;-6;2;0;180;193;5s CDS;;133;;;14;;ggc;22;;aca 0;1;60;22;92;6;0;21;-7;1;11;52;90;175;36;111;;;9;;tta;4;;tac 2;0;70;21;119;7;5;16;-8;1;75;130;172;237;;16s tRNA;;;27;;cgt;**;;caa 1;0;80;32;121;8;3;7;-9;1;0;232;840;767;;2* 99;;atc;9;;cca;4;;aac 3;0;90;23;111;9;3;16;-10;1;5;107;93;5s 16s;;tRNA 23s;;;**;;gca;29;;agc 1;0;100;25;91;10;4;19;-11;1;43;383;86;183;;2* 81;;gca;4;;aac;11;;gaa 1;1;110;24;106;11;0;32;-12;0;0;223;66;;;5s tRNA;;;56;;acc;26;;caa 1;0;120;39;87;12;2;54;-13;0;6;;63;;;2* 20;;gta;30;;ggc;11;;aaa 0;2;130;42;85;13;5;46;-14;1;19;;106;;;46;;aac;27;;cgt;80;;cta 0;1;140;27;66;14;12;47;-15;0;0;;284;;;13;;atgf;8;;cca;**;;ctc 0;0;150;42;68;15;4;52;-16;1;5;;269;;;9;;aac;**;;gca;35;;ttc 0;0;160;35;65;16;3;31;-17;0;18;;;;;tRNA tRNA;;intra;13;;cgt;81;;gac 0;1;170;33;58;17;6;41;-18;0;0;;;;;2* 11;;atc gca;**;;gga;9;;gaa 2;1;180;29;53;18;5;44;-19;1;4;;;;;tRNA 16s;;;60;;atgf;**;;aaa 0;0;190;26;33;19;5;23;-20;1;11;;;;;170;;gca;**;;gac;;; 1;1;200;19;34;20;3;29;-21;0;0;;;;;171;;gca;5;;aac;;; 0;0;210;28;30;21;2;25;-22;0;2;;;;;159;;gga;34;;tcc;;; 0;0;220;17;14;22;2;29;-23;0;8;;;;;;;;9;;gaa;;; 0;2;230;24;20;23;3;22;-24;0;0;;;;;;;;9;;gta;;; 0;1;240;16;27;24;7;24;-25;1;1;;;;;;;;11;;atgf;;; 0;0;250;16;18;25;4;15;-26;0;8;;;;;;;;12;;gac;;; 0;0;260;12;14;26;13;12;-27;0;0;;;;;;;;5;;ttc;;; 1;0;270;19;16;27;12;12;-28;0;0;;;;;;;;22;;aca;;; 0;0;280;13;16;28;3;14;-29;0;6;;;;;;;;5;;tac;;; 1;0;290;13;6;29;10;17;-30;0;0;;;;;;;;24;;tgg;;; 0;0;300;6;9;30;14;15;-31;0;1;;;;;;;;9;;cac;;; 0;0;310;8;8;31;9;16;-32;0;2;;;;;;;;49;;caa;;; 0;0;320;5;6;32;10;12;-33;0;0;;;;;;;;5;;ggc;;; 0;0;330;1;8;33;16;18;-34;0;1;;;;;;;;7;;tgc;;; 1;0;340;8;9;34;11;7;-35;0;3;;;;;;;;265;;tta;;; 0;0;350;6;5;35;16;11;-36;0;0;;;;;;;;**;;ttg;;; 0;0;360;4;4;36;19;13;-37;0;1;;;;;;;;25;;gaa;;; 0;0;370;4;2;37;13;5;-38;0;2;;;;;;;;3;;agc;;; 0;0;380;4;7;38;17;11;-39;0;0;;;;;;;;10;;aac;;; 0;1;390;5;8;39;26;21;-40;1;1;;;;;;;;15;;atc;;; 0;0;400;1;2;40;21;7;-41;0;8;;;;;;;;10;;gga;;; 1;0;reste;60;49;reste;790;1551;-42;1;0;;;;;;;;17;;cac;;; 16;12;total;1093;2512;total;1093;2512;-43;0;3;;;;;;;;12;;ttc;;; 15;12;diagr;1031;2438;diagr;301;936;-44;0;2;;;;;;;;11;;gac;;; 0;0; t30;143;815;;;;-45;0;0;;;;;;;;17;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;6;;tca;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;2;;atgi;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;19;;atgj;;; ;x;1091;35;2;1128;;;-49;0;1;;;;;;;;5;;gca;;; ;c;2487;573;25;3085;;;-50;0;2;;;;;;;;15;;cca;;; ;;;;;4213;324;;reste;7;17;;;;;;;;9;;cgt;;; ;;;;;;4537;;total;35;573;;;;;;;;14;;tta;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;5;;ggc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;ctg;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;37;;aaa;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;32;;aca;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta;;; </pre> =====bsu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires_aas|bsu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;bsu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6994;9459;350;*; ;;rRNA;9810;11364;99;*;16s ;;tRNA;11464;11540;11;*;atc ;;tRNA;11552;11627;81;*;gca ;;rRNA;11709;14636;55;*;23s ;;rRNA;14692;14810;36;*;5s fin;comp;CDS;14847;15794;;0; deb;;CDS;19968;20558;52;*; ;;misc_RNA;20611;20823;56;*; deb;;CDS;20880;22157;134;*; ;;tRNA;22292;22384;111;*;tca fin;comp;CDS;22496;23149;;; deb;;CDS;25852;26337;41;*; ;;misc_RNA;26379;26732;81;*; fin;;CDS;26814;28505;;; deb;;CDS;29772;30035;243;*; ;;rRNA;30279;31832;99;*;16s ;;tRNA;31932;32008;11;*;atc ;;tRNA;32020;32095;81;*;gca ;;rRNA;32177;35103;133;*;23s ;;rRNA;35237;35355;175;*;5s fin;;CDS;35531;35725;;; deb;;CDS;69626;70012;168;*; ;;tRNA;70181;70257;9;*;atgj ;;tRNA;70267;70338;199;*;gaa fin;;CDS;70538;73021;;; deb;;CDS;88727;90226;309;*; ;;rRNA;90536;92089;164;*;16s ;;rRNA;92254;95181;55;*;23s ;;rRNA;95237;95354;20;*;5s ;;tRNA;95375;95450;4;*;gta ;;tRNA;95455;95530;36;*;aca ;;tRNA;95567;95642;6;*;aaa ;;tRNA;95649;95731;40;*;cta ;;tRNA;95772;95846;14;*;ggc ;;tRNA;95861;95946;9;*;tta ;;tRNA;95956;96032;27;*;cgt ;;tRNA;96060;96136;9;*;cca ;;tRNA;96146;96221;170;*;gca ;;rRNA;96392;97945;164;*;16s ;;rRNA;98110;101037;55;*;23s ;;rRNA;101093;101211;237;*;5s fin;;CDS;101449;101913;;; deb;;CDS;119111;119809;45;*; ;;misc_RNA;119855;119995;65;*; fin;;CDS;120061;120561;;; deb;;CDS;152937;153680;56;*; ;;misc_RNA;153737;153793;48;*; fin;;CDS;153842;154279;;; deb;comp;CDS;159779;160543;349;*; ;;rRNA;160893;162445;164;*;16s ;;rRNA;162610;165535;55;*;23s ;;rRNA;165591;165707;46;*;5s ;;tRNA;165754;165825;4;*;aac ;;tRNA;165830;165902;56;*;acc ;;tRNA;165959;166033;30;*;ggc ;;tRNA;166064;166140;27;*;cgt ;;tRNA;166168;166244;8;*;cca ;;tRNA;166253;166328;171;*;gca ;;rRNA;166500;168053;164;*;16s ;;rRNA;168218;171141;55;*;23s ;;rRNA;171197;171314;183;*;5s ;;rRNA;171498;173049;164;*;16s ;;rRNA;173214;176141;55;*;23s ;;rRNA;176197;176315;767;*;5s fin;;CDS;177083;178519;;; deb;comp;CDS;193570;194025;179;*; ;;tRNA;194205;194279;3;*;gaa ;;tRNA;194283;194358;4;*;gta ;;tRNA;194363;194435;22;*;aca ;;tRNA;194458;194542;4;*;tac ;;tRNA;194547;194621;227;*;caa fin;;CDS;194849;195412;;; deb;;CDS;198497;199843;173;*; ;;misc_RNA;200017;200187;89;*; fin;;CDS;200277;202079;;; deb;;CDS;275838;276758;56;*; ;;misc_RNA;276815;277062;97;*; fin;;CDS;277160;277321;;; deb;;CDS;473803;474225;103;*; ;comp;misc_RNA;474329;474597;133;*; fin;;CDS;474731;475540;;0; deb;;CDS;483845;485956;135;*; ;;misc_RNA;486092;486235;196;*; fin;;CDS;486432;488255;;; deb;;CDS;528129;528581;122;*; ;;tRNA;528704;528778;4;*;aac ;;tRNA;528783;528873;29;*;agc ;;tRNA;528903;528974;11;*;gaa ;;tRNA;528986;529060;26;*;caa ;;tRNA;529087;529162;11;*;aaa ;;tRNA;529174;529255;80;*;cta ;;tRNA;529336;529422;82;*;ctc fin;comp;CDS;529505;530611;;; deb;;CDS;532292;532552;30;*; ;comp;misc_RNA;532583;532642;115;*; fin;;CDS;532758;532886;;; deb;;CDS;559264;559464;67;*; ;comp;misc_RNA;559532;559610;540;*; fin;comp;CDS;560151;560612;;; deb;comp;CDS;625125;626291;54;*; ;comp;misc_RNA;626346;626446;175;*; fin;;CDS;626622;626933;;; deb;comp;CDS;634651;634776;333;*; ;;tRNA;635110;635186;13;*;cgt ;;tRNA;635200;635273;159;*;gga ;;rRNA;635433;636987;167;*;16s ;;rRNA;637155;640082;55;*;23s ;;rRNA;640138;640254;13;*;5s ;;tRNA;640268;640344;60;*;atgf ;;tRNA;640405;640481;180;*;gac fin;;CDS;640662;641639;;; deb;;CDS;692740;694281;143;*; ;;misc_RNA;694425;694527;134;*; fin;;CDS;694662;695984;;; deb;;CDS;698092;698289;79;*; ;;misc_RNA;698369;698471;140;*; fin;;CDS;698612;699100;;; deb;;CDS;945520;946404;291;*; ;;rRNA;946696;948250;167;*;16s ;;rRNA;948418;951345;111;*;23s ;;rRNA;951457;951572;9;*;5s ;;tRNA;951582;951656;5;*;aac ;;tRNA;951662;951753;34;*;tcc ;;tRNA;951788;951859;9;*;gaa ;;tRNA;951869;951944;9;*;gta ;;tRNA;951954;952030;11;*;atgf ;;tRNA;952042;952118;12;*;gac ;;tRNA;952131;952206;5;*;ttc ;;tRNA;952212;952284;22;*;aca ;;tRNA;952307;952391;5;*;tac ;;tRNA;952397;952470;24;*;tgg ;;tRNA;952495;952570;9;*;cac ;;tRNA;952580;952651;49;*;caa ;;tRNA;952701;952775;5;*;ggc ;;tRNA;952781;952851;7;*;tgc ;;tRNA;952859;952947;265;*;tta ;;tRNA;953213;953294;78;*;ttg fin;comp;CDS;953373;954149;;0; deb;;CDS;954893;955585;69;*; ;;misc_RNA;955655;955762;132;*; fin;;CDS;955895;957667;;0; deb;comp;CDS;966671;966871;193;*; ;;tRNA;967065;967138;90;*;gga fin;comp;CDS;967229;967852;;0; deb;comp;CDS;1178757;1180595;89;*; ;comp;misc_RNA;1180685;1180802;106;*; fin;comp;CDS;1180909;1181400;;0; deb;comp;CDS;1218113;1219105;58;*; ;comp;misc_RNA;1219164;1219378;470;*; fin;;CDS;1219849;1221486;;; deb;comp;CDS;1233133;1233300;104;*; ;;misc_RNA;1233405;1233543;70;*; fin;comp;CDS;1233614;1234513;;; deb;;CDS;1240356;1242200;61;*; ;;misc_RNA;1242262;1242370;78;*; fin;;CDS;1242449;1243159;;; deb;comp;CDS;1257414;1258136;167;*; ;;misc_RNA;1258304;1258424;67;*; fin;;CDS;1258492;1259613;;; deb;comp;CDS;1261426;1262616;172;*; ;;tRNA;1262789;1262861;840;*;gtc fin;comp;CDS;1263702;1264931;;0; deb;;CDS;1375777;1376295;32;*; ;;misc_RNA;1376328;1376439;77;*; fin;;CDS;1376517;1376855;;; deb;;CDS;1377243;1378145;87;*; ;;misc_RNA;1378233;1378443;52;*; fin;;CDS;1378496;1379593;;; deb;comp;CDS;1383320;1385608;127;*; ;comp;misc_RNA;1385736;1385891;132;*; fin;comp;CDS;1386024;1386983;;0; deb;comp;CDS;1391040;1391642;96;*; ;comp;misc_RNA;1391739;1391851;101;*; fin;;CDS;1391953;1392639;;; deb;;CDS;1395371;1395508;113;*; ;;misc_RNA;1395622;1395775;237;*; 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fin;;CDS;3179306;3179884;;0; deb;;CDS;3187503;3188048;124;*; ;;misc_RNA;3188173;3188341;72;*; fin;;CDS;3188414;3189082;;; deb;;CDS;3193863;3194348;106;*; ;comp;tRNA;3194455;3194527;107;*;gcc fin;comp;CDS;3194635;3195465;;; deb;;CDS;3335414;3335545;-132;*; ;comp;ncRNA;3335414;3335545;205;*; fin;comp;CDS;3335751;3336272;;; deb;comp;CDS;3359995;3360780;156;*; ;comp;misc_RNA;3360937;3361184;-211;*; fin;comp;CDS;3360974;3361111;;; deb;comp;CDS;3363266;3364291;105;*; ;comp;misc_RNA;3364397;3364503;114;*; fin;comp;CDS;3364618;3364962;;; deb;comp;CDS;3403493;3404437;108;*; ;comp;misc_RNA;3404546;3404676;158;*; fin;;CDS;3404835;3405626;;0; deb;comp;CDS;3419656;3421065;103;*; ;comp;misc_RNA;3421169;3421348;116;*; fin;comp;CDS;3421465;3421605;;0; deb;comp;CDS;3449732;3450526;185;*; ;comp;misc_RNA;3450712;3451071;176;*; fin;comp;CDS;3451248;3451718;;; deb;comp;CDS;3489910;3491253;68;*; ;comp;misc_RNA;3491322;3491557;97;*; fin;comp;CDS;3491655;3492689;;; deb;;CDS;3544642;3545604;284;*; ;comp;tRNA;3545889;3545964;269;*;cgg fin;;CDS;3546234;3546827;;0; deb;comp;CDS;3854256;3856172;53;*; ;comp;misc_RNA;3856226;3856447;31;*; ;comp;misc_RNA;3856479;3856700;81;*; fin;comp;CDS;3856782;3856937;;; deb;;CDS;3946394;3946909;0;*; ;;misc_RNA;3946910;3947116;41;*; fin;;CDS;3947158;3948399;;; deb;comp;CDS;3987927;3988763;76;*; ;comp;misc_RNA;3988840;3988942;388;*; fin;;CDS;3989331;3989873;;0; deb;;CDS;3997221;3997709;65;*; ;;misc_RNA;3997775;3997881;82;*; deb;;CDS;3997964;3999097;68;*; ;;misc_RNA;3999166;3999272;77;*; fin;;CDS;3999350;4000486;;0; deb;comp;CDS;4004288;4005136;386;*; ;;misc_RNA;4005523;4005625;126;*; fin;;CDS;4005752;4006945;;0; deb;comp;CDS;4095915;4096907;89;*; ;;misc_RNA;4096997;4097409;6;*; fin;;CDS;4097416;4098150;;; deb;comp;CDS;4153696;4154403;383;*; ;comp;tRNA;4154787;4154859;35;*;ttc ;comp;tRNA;4154895;4154971;81;*;gac ;comp;tRNA;4155053;4155124;9;*;gaa ;comp;tRNA;4155134;4155209;223;*;aaa fin;comp;CDS;4155433;4156725;;; deb;comp;CDS;4169166;4169612;189;*; ;comp;misc_RNA;4169802;4169919;125;*; fin;;CDS;4170045;4171352;;0; </pre> ====bsu intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_entre_cds|bsu intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 23.2.22;;;;;;;;;; bsu;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;608;14.4;'''négatif ;-12;19;-1 à -164;'''4 215 606;-1;608 ;'''zéro;27;0.6;;;;;'''intercals;0;27 ;'''1 à 200;3030;71.9;'''0 à 200;72;56;;'''401 590;5;165 ;'''201 à 370;412;9.8;'''201 à 370;258;44;;'''9.5%;10;94 ;'''371 à 600;118;2.8;'''371 à 600;458;67;;;15;254 ;'''601 à max;18;0.4;'''601 à 1021;755;132;;;20;190 ;'''total 4213;<201;87.0;'''total 4207;92;113;-164 à 1021;;25;133 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;122 390880;7511;-1;608;-70;19;;0;27;35;126 3671416;1306;0;27;-60;2;;-1;°72;40;153 2160565;1021;1;°44;-50;5;;-2;4;45;100 2221061;952;2;33;-40;19;;-3;0;50;65 2226176;950;3;37;-30;10;'''min à -1;-4;°243;55;54 1886057;824;4;°29;-20;38;608;-5;0;60;60 2733772;809;5;22;-10;105;14.4%;-6;2;65;62 785543;783;6;21;0;437;;-7;12;70;78 3699446;783;7;21;10;259;;-8;°76;75;84 2060817;777;8;10;20;444;;-9;1;80;69 875428;731;9;19;30;255;;-10;6;85;83 1446317;682;10;23;40;279;'''1 à 100;-11;°44;90;51 2051329;669;11;32;50;165;2059;-12;0;95;59 2054599;627;12;°56;60;114;48.9%;-13;6;100;57 873402;625;13;°51;70;140;;-14;°20;105;57 1872812;623;14;°59;80;153;;-15;0;110;73 1278565;619;15;°56;90;134;;-16;6;115;65 1900080;602;16;34;100;116;;-17;°18;120;61 1944113;594;17;°47;110;130;;-18;0;125;66 2091705;594;18;°49;120;126;;-19;5;130;61 548710;588;19;28;130;127;;-20;°12;135;51 674832;584;20;°32;140;93;;-21;0;140;42 554669;582;21;27;150;110;;-22;2;145;62 2708943;582;22;31;160;100;;-23;°8;150;48 4172387;577;23;25;170;91;'''1 à 200;-24;0;155;54 376032;573;24;°31;180;82;3030;-25;2;160;46 661630;573;25;19;190;59;71.9%;-26;°8;165;53 820867;572;26;25;200;53;;-27;0;170;38 560151;567;27;°24;210;58;;-28;0;175;42 2225337;560;28;17;220;31;;-29;°6;180;40 1883166;559;29;27;230;44;;-30;0;185;32 1441291;558;30;°29;240;43;;-31;1;190;27 3977791;555;31;25;250;34;'''0 à 200;-32;°2;195;32 552616;552;32;22;260;26;3057;;583;200;21 1269733;550;33;°34;270;35;;reste;52;205;34 2465966;548;34;18;280;29;;total;635;210;24 2763025;546;35;27;290;19;;;;215;15 2701979;544;36;°32;300;15;;;;220;16 3534118;538;37;18;310;16;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;17 4128119;533;38;28;320;11;;600;4195;230;27 599107;531;39;°47;330;9;;620;2;235;24 ;;40;28;340;17;'''201 à 370;640;3;240;19 ;;reste;2341;350;11;412;660;0;245;19 ;;total;4213;360;8;9.8%;680;1;250;15 ;;1-40;1237;370;6;;700;1;255;15 ;;;;380;11;;720;0;260;11 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;13;;740;1;265;20 387744;-7616;cont;'''141;400;3;;760;0;270;15 3717238;-500;cont;'''480;410;11;;780;1;275;17 2909520;-492;cont;492;420;7;;800;2;280;12 2601528;-361;comp’;'''297;430;9;;820;1;285;11 1252815;-164;cont;164;440;3;;840;1;290;8 2466721;-154;cont;154;450;7;;860;0;295;7 1916663;-143;cont;143;460;1;;880;0;300;8 3666841;-127;comp’;'''84;470;5;;900;0;305;8 2693597;-119;cont;119;480;5;;920;0;310;8 538322;-113;cont;113;490;8;;940;0;315;4 1322014;-101;cont;101;500;3;;960;2;320;7 238164;-95;cont;95;510;2;;980;0;325;5 1526859;-94;cont;94;520;4;;1000;0;330;4 2652993;-93;comp’;93;530;3;;1020;0;335;12 2758043;-92;cont;92;540;3;'''371 à 600;1040;1;340;5 3755967;-91;cont;91;550;4;118;;16;345;6 2154781;-86;cont;86;560;5;2.8%;;;350;5 2705398;-82;cont;82;570;1;;;;355;6 2154705;-71;cont;71;580;4;'''601 à max;;;360;2 989712;-69;comp’;69;590;4;18;;;365;4 2413585;-65;cont;65;600;2;0.4%;;;370;2 2381919;-59;cont;59;reste;18;;reste;2;reste;136 ;;;;total;4213;;total;4213;total;4213 </pre> ====bsu intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> bsu Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; bsu;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-6.4;69;-338;67;458;359;max40;&-41;352;-1040;112;790;286;min50 51 à 400;48;-359;711;-11;861;249;2 parties;&12;-27;-230;64;954;75;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;152;56;-;440;dte;18;max40;&211;68;;617;poly;173;SF 51 à 400;94;40;-;694;poly;167;tF;&145;50;-;850;poly;104;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.432;;;;;; 41-n;0.660;0.008;0.283;;;;;;;;;;; 1-n;0.471;0.152;0.258;;;;;;;;;20.2.22;; bsu;fx;fc;;bsu;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;bsu;Sx-;Sc- 0;2;25;;0;2;10;0;2;25;>0;1088;-1;0;72 10;28;231;;10;27;95;1;3;41;<0;35;-2;0;4 20;46;398;;20;45;163;2;2;31;zéro;2;-3;0;0 30;70;185;;30;68;76;3;3;34;total;1125;-4;14;229 40;158;121;;40;154;50;4;2;27;;c;-5;0;0 50;81;84;;50;79;34;5;3;19;>0;2490;-6;2;0 60;22;92;;60;21;38;6;0;21;<0;573;-7;1;11 70;21;119;;70;20;49;7;5;16;zéro;25;-8;1;75 80;32;121;;80;31;50;8;3;7;;3088;-9;1;0 90;22;112;;90;21;46;9;3;16;;;-10;1;5 100;25;91;;100;24;37;10;4;19;total;4213;-11;1;43 110;24;106;;110;23;43;11;0;32;;;-12;0;0 120;39;87;;120;38;36;12;3;53;;;-13;0;6 130;41;86;;130;40;35;13;5;46;;;-14;1;19 140;27;66;;140;26;27;14;12;47;;;-15;0;0 150;42;68;;150;41;28;15;4;52;;;-16;1;5 160;34;66;;160;33;27;16;3;31;;;-17;0;18 170;33;58;;170;32;24;17;6;41;;;-18;0;0 180;29;53;;180;28;22;18;5;44;;;-19;1;4 190;25;34;;190;24;14;19;5;23;;;-20;1;11 200;19;34;;200;18;14;20;3;29;;;-21;0;0 210;28;30;;210;27;12;21;2;25;;;-22;0;2 220;17;14;;220;17;6;22;2;29;;;-23;0;8 230;24;20;;230;23;8;23;3;22;;;-24;0;0 240;16;27;;240;16;11;24;7;24;;;-25;1;1 250;16;18;;250;16;7;25;4;15;;;-26;0;8 260;13;13;;260;13;5;26;13;12;;;-27;0;0 270;19;16;;270;18;7;27;12;12;;;-28;0;0 280;13;16;;280;13;7;28;3;14;;;-29;0;6 290;13;6;;290;13;2;29;10;17;;;-30;0;0 300;6;9;;300;6;4;30;14;15;;;-31;0;1 310;8;8;;310;8;3;31;9;16;;;-32;0;2 320;5;6;;320;5;2;32;10;12;;;-33;0;0 330;1;8;;330;1;3;33;16;18;;;-34;0;1 340;8;9;;340;8;4;34;11;7;;;-35;0;3 350;5;6;;350;5;2;35;16;11;;;-36;0;0 360;4;4;;360;4;2;36;19;13;;;-37;0;1 370;4;2;;370;4;1;37;13;5;;;-38;0;2 380;4;7;;380;4;3;38;17;11;;;-39;0;0 390;5;8;;390;5;3;39;26;21;;;-40;1;1 400;1;2;;400;1;1;40;21;7;;;-41;0;8 reste;60;49;;;;;reste;786;1555;;;-42;1;0 total;1090;2515;;t30;140;333;total;1090;2515;;;-43;0;3 diagr;1028;2441;;t50;373;417;diagr;302;935;;;-44;0;2 - t30;884;1627;;;;;;;;;;-45;0;0 - t50;645;1422;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;2 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;reste;7;17 ;;;;;;;;;;;;total;35;573 </pre> ====bsu intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_négatifs_S-|bsu intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;10;;2;1;1;1;;1;;;1;;1;;;1;1;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;7;30 continu;72;4;0;233;0;0;11;75;0;6;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;578 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;bsu;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;14;0;2;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;7;35 ;Sc-;72;4;0;229;0;0;11;75;0;5;43;0;6;19;0;5;18;0;4;11;0;2;8;0;1;8;0;0;6;0;1;2;0;1;3;0;1;2;0;1;8;0;3;2;0;0;2;0;1;2;17;573 </pre> ====bsu autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_autres_intercalaires|bsu autres intercalaires]] <pre> 23.2.22;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;autres intercalaires;;adresses1;;;bsu;autres intercalaires;;adresses2;;;bsu;autres intercalaires;;adresses3;;;bsu;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;6994;350;;;deb;°CDS;634651;333;comp;;deb;°CDS;1629320;144;;;deb;°CDS;2909520;125; ;$rRNA;9810;99;;;;&tRNA;635110;13;;;;misc_R;1630115;161;;;;misc_R;2910872;64; ;&tRNA;11464;11;;;;&tRNA;635200;159;;;fin;°CDS;1630382;;;;fin;°CDS;2911116;; ;&tRNA;11552;81;;;;$rRNA;635433;167;;;deb;°CDS;1675171;78;;;deb;°CDS;2952828;61; ;$rRNA;11709;55;;;;$rRNA;637155;55;;;;misc_R;1675981;19;;;;misc_R;2953411;244; ;$rRNA;14692;36;;;;$rRNA;640138;13;;;fin;°CDS;1676042;;;;fin;°CDS;2953795;; fin;°CDS;14847;;comp;;;&tRNA;640268;60;;;deb;°CDS;1727133;10;;;deb;°CDS;2959257;43; deb;°CDS;19968;52;;;;&tRNA;640405;180;;;;misc_R;1731457;101;;;;misc_R;2961232;106; ;misc_R;20611;56;;;fin;°CDS;640662;;;;fin;°CDS;1731776;;;;fin;°CDS;2961586;; deb;°CDS;20880;134;;;deb;°CDS;692740;143;;;deb;°CDS;1778337;183;;;deb;°CDS;3033696;153; ;&tRNA;22292;111;;;;misc_R;694425;134;;;;misc_R;1780404;63;;;;misc_R;3035589;8; fin;°CDS;22496;;comp;;fin;°CDS;694662;;;;fin;°CDS;1780618;;;;fin;°CDS;3035730;; deb;°CDS;25852;41;;;deb;°CDS;698092;79;;;deb;°CDS;1914630;-4;;;deb;°CDS;3036603;23; ;misc_R;26379;81;;;;misc_R;698369;140;;;;misc_R;1914992;-52;;;;misc_R;3037895;44; fin;°CDS;26814;;;;fin;°CDS;698612;;;;fin;°CDS;1915221;;;;fin;°CDS;3038213;; deb;°CDS;29772;243;;;deb;°CDS;945520;291;;;deb;°CDS;1916955;198;;;deb;°CDS;3102629;109; ;$rRNA;30279;99;;;;$rRNA;946696;167;;;;misc_R;1917501;58;;;;misc_R;3105153;102; ;&tRNA;31932;11;;;;$rRNA;948418;111;;;fin;°CDS;1917639;;;;fin;°CDS;3105470;; ;&tRNA;32020;81;;;;$rRNA;951457;9;;;deb;°CDS;2002637;93;;;deb;°CDS;3127825;167; ;$rRNA;32177;133;;;;&tRNA;951582;5;;;;&tRNA;2003276;52;comp;;;misc_R;3129195;196; ;$rRNA;35237;175;;;;&tRNA;951662;34;;;fin;°CDS;2003401;;comp;;fin;°CDS;3129530;; fin;°CDS;35531;;;;;&tRNA;951788;9;;;deb;°CDS;2024042;83;;;deb;°CDS;3169763;232;comp deb;°CDS;69626;168;;;;&tRNA;951869;9;;;;misc_R;2025160;148;;;;&tRNA;3171879;25;comp ;&tRNA;70181;9;;;;&tRNA;951954;11;;;fin;°CDS;2025400;;;;;&tRNA;3171976;3;comp ;&tRNA;70267;199;;;;&tRNA;952042;12;;;deb;°CDS;2069262;170;;;;&tRNA;3172070;10;comp fin;°CDS;70538;;;;;&tRNA;952131;5;;;;misc_R;2069732;-233;;;;&tRNA;3172155;15;comp deb;°CDS;88727;309;;;;&tRNA;952212;22;;;fin;°CDS;2069883;;;;;&tRNA;3172247;10;comp ;$rRNA;90536;164;;;;&tRNA;952307;5;;;deb;°CDS;2076206;469;;;;&tRNA;3172331;17;comp ;$rRNA;92254;55;;;;&tRNA;952397;24;;;;misc_R;2079096;10;;;;&tRNA;3172424;12;comp ;$rRNA;95237;20;;;;&tRNA;952495;9;;;fin;°CDS;2079214;;;;;&tRNA;3172512;11;comp ;&tRNA;95375;4;;;;&tRNA;952580;49;;;deb;°CDS;2094010;123;;;;&tRNA;3172600;17;comp ;&tRNA;95455;36;;;;&tRNA;952701;5;;;;misc_R;2095909;238;;;;&tRNA;3172694;6;comp ;&tRNA;95567;6;;;;&tRNA;952781;7;;;fin;°CDS;2096350;;;;;&tRNA;3172793;2;comp ;&tRNA;95649;40;;;;&tRNA;952859;265;;;deb;°CDS;2159981;-1389;;;;&tRNA;3172872;19;comp ;&tRNA;95772;14;;;;&tRNA;953213;78;;;;misc_R;2160390;-630;;;;&tRNA;3172968;5;comp ;&tRNA;95861;9;;;fin;°CDS;953373;;comp;;fin;°CDS;2160565;;;;;&tRNA;3173046;15;comp ;&tRNA;95956;27;;;deb;°CDS;954893;69;;;deb;°CDS;2162108;-2547;;;;&tRNA;3173138;9;comp ;&tRNA;96060;9;;;;misc_R;955655;132;;;;misc_f;2163068;420;;;;&tRNA;3173224;14;comp ;&tRNA;96146;170;;;fin;°CDS;955895;;;;;misc_R;2164643;682;;;;&tRNA;3173324;5;comp ;$rRNA;96392;164;;;deb;°CDS;966671;193;comp;;fin;°CDS;2165577;;;;;&tRNA;3173404;10;comp ;$rRNA;98110;55;;;;&tRNA;967065;90;;;deb;°CDS;2208328;61;;;;&tRNA;3173501;37;comp ;$rRNA;101093;237;;;fin;°CDS;967229;;comp;;;ncRNA;2208590;-26;;;;&tRNA;3173614;32;comp fin;°CDS;101449;;;;deb;°CDS;1178757;89;;;fin;°CDS;2208855;;;;;&tRNA;3173722;20;comp deb;°CDS;119111;45;;;;misc_R;1180685;106;;;deb;°CDS;2219514;-23;;;;$rRNA;3173818;55;comp ;misc_R;119855;65;;;fin;°CDS;1180909;;;;;misc_R;2219743;-66;;;;$rRNA;3173991;167;comp fin;°CDS;120061;;;;deb;°CDS;1218113;58;;;fin;°CDS;2219784;;;;;$rRNA;3177086;464;comp deb;°CDS;152937;56;;;;misc_R;1219164;470;;;deb;°CDS;2273594;-6;;;;misc_R;3179105;99; ;misc_R;153737;48;;;fin;°CDS;1219849;;;;;misc_R;2273705;104;;;fin;°CDS;3179306;; fin;°CDS;153842;;;;deb;°CDS;1233133;104;;;fin;°CDS;2273989;;;;deb;°CDS;3187503;124; deb;°CDS;159779;349;comp;;;misc_R;1233405;70;;;deb;°CDS;2319440;88;;;;misc_R;3188173;72; ;$rRNA;160893;164;;;fin;°CDS;1233614;;;;;misc_R;2320113;141;;;fin;°CDS;3188414;; ;$rRNA;162610;55;;;deb;°CDS;1240356;61;;;fin;°CDS;2320355;;;;deb;°CDS;3193863;106; ;$rRNA;165591;46;;;;misc_R;1242262;78;;;deb;°CDS;2330075;87;;;;&tRNA;3194455;107;comp ;&tRNA;165754;4;;;fin;°CDS;1242449;;;;;misc_R;2331320;58;;;fin;°CDS;3194635;;comp ;&tRNA;165830;56;;;deb;°CDS;1257414;167;;;fin;°CDS;2331779;;;;deb;°CDS;3334646;423; ;&tRNA;165959;30;;;;misc_R;1258304;67;;;deb;°CDS;2410017;-9;;;;ncRNA;3335414;205; ;&tRNA;166064;27;;;fin;°CDS;1258492;;;;;misc_R;2410581;197;;;fin;°CDS;3335751;; ;&tRNA;166168;8;;;deb;°CDS;1261426;172;comp;;fin;°CDS;2411086;;;;deb;°CDS;3359995;156; ;&tRNA;166253;171;;;;&tRNA;1262789;840;;;deb;°CDS;2430258;129;;;;misc_R;3360937;-211; ;$rRNA;166500;164;;;fin;°CDS;1263702;;comp;;;misc_R;2431473;119;;;fin;°CDS;3360974;; ;$rRNA;168218;55;;;deb;°CDS;1375777;32;;;fin;°CDS;2431737;;;;deb;°CDS;3363266;105; ;$rRNA;171197;183;;;;misc_R;1376328;77;;;deb;°CDS;2471787;133;;;;misc_R;3364397;114; ;$rRNA;171498;164;;;fin;°CDS;1376517;;;;;misc_R;2472880;25;;;fin;°CDS;3364618;; ;$rRNA;173214;55;;;deb;°CDS;1377243;87;;;fin;°CDS;2473151;;;;deb;°CDS;3403493;108; ;$rRNA;176197;767;;;;misc_R;1378233;52;;;deb;°CDS;2548245;73;;;;misc_R;3404546;158; fin;°CDS;177083;;;;fin;°CDS;1378496;;;;;misc_R;2549407;168;;;fin;°CDS;3404835;; deb;°CDS;193570;179;comp;;deb;°CDS;1383320;127;;;fin;°CDS;2549775;;;;deb;°CDS;3419656;103; ;&tRNA;194205;3;;;;misc_R;1385736;132;;;deb;°CDS;2562966;86;comp;;;misc_R;3421169;116; ;&tRNA;194283;4;;;fin;°CDS;1386024;;;;;&tRNA;2563889;66;;;fin;°CDS;3421465;; ;&tRNA;194363;22;;;deb;°CDS;1391040;96;;;fin;°CDS;2564026;;comp;;deb;°CDS;3449732;185; ;&tRNA;194458;4;;;;misc_R;1391739;101;;;deb;°CDS;2607762;82;;;;misc_R;3450712;176; ;&tRNA;194547;227;;;fin;°CDS;1391953;;;;;misc_R;2608732;39;;;fin;°CDS;3451248;; fin;°CDS;194849;;;;deb;°CDS;1395371;113;;;fin;°CDS;2608946;;;;deb;°CDS;3489910;68; deb;°CDS;198497;173;;;;misc_R;1395622;237;;;deb;°CDS;2624785;39;;;;misc_R;3491322;97; ;misc_R;200017;89;;;fin;°CDS;1396013;;;;;misc_R;2625952;69;;;fin;°CDS;3491655;; fin;°CDS;200277;;;;deb;°CDS;1409912;55;;;fin;°CDS;2626112;;;;deb;°CDS;3544642;284; deb;°CDS;275838;56;;;;misc_R;1410633;-113;;;deb;°CDS;2646594;292;;;;&tRNA;3545889;269;comp ;misc_R;276815;97;;;fin;°CDS;1410654;;;;;misc_R;2647405;-208;;;fin;°CDS;3546234;; fin;°CDS;277160;;;;deb;°CDS;1423241;92;;;fin;°CDS;2647456;;;;deb;°CDS;3854256;53; deb;°CDS;473803;103;;;;misc_R;1424527;83;;;deb;°CDS;2678240;-77;;;;misc_R;3856226;31; ;misc_R;474329;133;;;fin;°CDS;1424767;;;;;misc_R;2678343;233;;;;misc_R;3856479;81; fin;°CDS;474731;;;;deb;°CDS;1425641;38;;;deb;°CDS;2678799;-13;;;fin;°CDS;3856782;; deb;°CDS;483845;135;;;;misc_R;1426876;84;;;;misc_R;2678876;127;;;deb;°CDS;3946394;0; ;misc_R;486092;196;;;fin;°CDS;1427061;;;;fin;°CDS;2679142;;;;;misc_R;3946910;41; fin;°CDS;486432;;;;deb;°CDS;1438092;138;;;deb;°CDS;2773356;136;;;fin;°CDS;3947158;; deb;°CDS;528129;122;;;;misc_R;1439274;129;;;;misc_R;2773783;6;;;deb;°CDS;3987927;76;comp ;&tRNA;528704;4;;;fin;°CDS;1439448;;;;fin;°CDS;2773890;;;;;misc_R;3988840;388;comp ;&tRNA;528783;29;;;deb;°CDS;1456092;46;;;deb;°CDS;2798174;79;comp;;fin;°CDS;3989331;; ;&tRNA;528903;11;;;;misc_R;1457005;30;;;;misc_R;2800890;43;comp;;deb;°CDS;3997221;65; ;&tRNA;528986;26;;;fin;°CDS;1457187;;;;fin;°CDS;2801141;;comp;;;misc_R;3997775;82; ;&tRNA;529087;11;;;deb;°CDS;1482248;85;;;deb;°CDS;2813643;83;;;deb;°CDS;3997964;68; ;&tRNA;529174;80;;;;misc_R;1483557;476;;;;misc_R;2814491;51;;;;misc_R;3999166;77; ;&tRNA;529336;82;;;fin;°CDS;1484117;;;;fin;°CDS;2814743;;;;fin;°CDS;3999350;; fin;°CDS;529505;;comp;;deb;°CDS;1533327;368;;;deb;°CDS;2816535;89;;;deb;°CDS;4004288;386; deb;°CDS;532292;30;;;;misc_R;1534070;-161;;;;misc_R;2817899;59;;;;misc_R;4005523;126; ;misc_R;532583;115;;;fin;°CDS;1534120;;;;fin;°CDS;2818191;;;;fin;°CDS;4005752;; fin;°CDS;532758;;;;deb;°CDS;1568924;2;;;deb;°CDS;2855518;13;;;deb;°CDS;4095915;89; deb;°CDS;559264;67;;;;misc_R;1569199;199;;;;misc_R;2855840;57;;;;misc_R;4096997;6; ;misc_R;559532;540;;;fin;°CDS;1569519;;;;fin;°CDS;2855973;;;;fin;°CDS;4097416;; fin;°CDS;560151;;;;deb;°CDS;1606560;12;;;deb;°CDS;2866664;59;;;deb;°CDS;4153696;383;comp deb;°CDS;625125;54;;;;misc_R;1607367;87;;;;misc_R;2869366;165;;;;&tRNA;4154787;35;comp ;misc_R;626346;175;;;fin;°CDS;1607556;;;;fin;°CDS;2869754;;;;;&tRNA;4154895;81;comp fin;°CDS;626622;;;;deb;°CDS;1612521;62;;;deb;°CDS;2895248;121;;;;&tRNA;4155053;9;comp &emsp*;;;;;;;misc_R;1613078;52;;;;misc_R;2897094;447;;;;&tRNA;4155134;223;comp &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1613357;;;;fin;°CDS;2897788;;;;fin;°CDS;4155433;;comp &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1617210;39;;;deb;°CDS;2898931;63;;;deb;°CDS;4169166;189; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618161;26;;;;&tRNA;2899816;130;comp;;;misc_R;4169802;125; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1618304;3;;;fin;°CDS;2900020;;comp;;fin;°CDS;4170045;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1618853;52;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;deb;°CDS;1619023;0;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;;misc_R;1620331;30;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; &emsp*;;;;;;fin;°CDS;1620476;;;;&emsp*;;;;;;&emsp*;;;; </pre> ====bsu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_distribution|bsu distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; avant 16s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; cgt;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; gga;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;3;agc;1 après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;3 atgf;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4 gac;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;2;cga;;;;;;;;;;;;cta;1;cca;3;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;4;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;3;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;bsu;;8;;;;;8;;bsu;18;;;;;;18;;;;;;;;;;;bsu;;;;52;2;;56 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====bsu lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_lmo|bsu lmo]] <pre> bsu-lmo comparaison;;10.11.19 Tanger;;;comparaisons internes bsu, lmo;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;bsu;intercal;bsu;intercal;diff gaa;25;gaa;5;-20;16s;167;16s;167; agc;3;agc;34;31;23s;55;23s;111; aac;10;aac;6;-4;5s;20;5s;9; atc;15;atc;25;10;gta;32;aac;5; gga;10;gga;23;13;aca;37;tcc;34; cac;17;cac;28;11;aaa;10;gaa;9; ttc;12;ttc;4;-8;ctg;5;gta;9; gac;11;gac;4;-7;ggc;14;atgf;11;0 atgf;17;atgf;42;25;tta;9;gac;12;0 tca;6;tca;22;16;cgt;15;ttc;5; atgi;2;atgi;11;9;cca;5;aca;22; atgj;19;atgj;42;23;gca;19;tac;5; gca;5;gca;22;17;atgj;2;tgg;24; cca;15;cca;10;-5;atgi;6;cac;9; cgt;9;cgt;9;0;tca;17;caa;49; tta;14;tta;14;0;atgf;11;ggc;5; ggc;5;ggc;15;10;gac;12;tgc;7; ctg;10;cta;5;-5;ttc;17;tta;265; aaa;37;aaa;41;4;cac;10;ttg;; aca;32;aca;8;-24;gga;15;;; gta;20;gta;13;;atc;10;16s;164; 5s;55;5s;81;;aac;3;23s;55; 23s;167;23s;244;;agc;25;5s;20; 16s;;16s;;;gaa;;gta;4;-28 ;;;;;;;aca;36;-1 16s;167;16s;127;;;;aaa;6;-4 23s;111;atc;46;;;;cta;40;35 5s;9;gca;172;;;;ggc;14;0 aac;5;23s;80;;;;tta;9;0 tcc;34;5s;14;;;;cgt;27;12 gaa;9;aac;6;1;;;cca;9;4 gta;9;tcc;33;-1;;;gca;170; atgf;11;gaa;56;47;;;;; gac;12;gta;21;12;lmo;intercal;lmo;intercal;diff ttc;5;atgf;6;-5;16s;244;16s;127; aca;22;gac;4;-8;23s;81;atc;46; tac;5;ttc;20;;5s;13;gca;172; tgg;24;tac;7;2;gta;8;23s;80; cac;9;tgg;15;-9;aca;41;5s;14; caa;49;cac;29;20;aaa;5;aac;6; ggc;5;caa;5;-44;cta;15;tcc;33; tgc;7;ggc;19;14;ggc;14;gaa;56; tta;265;tgc;45;;tta;9;gta;21; ttg;;ttg;;;cgt;10;atgf;6;2 ;;;;;cca;22;gac;4;0 16s;164;16s;244;;gca;42;ttc;20; 23s;55;23s;80;;atgj;11;tac;7; 5s;20;5s;13;;atgi;22;tgg;15; gta;4;gta;8;4;tca;42;cac;29; aca;36;aca;41;5;atgf;4;caa;5; aaa;6;aaa;5;-1;gac;4;ggc;19; cta;40;cta;14;-26;ttc;28;tgc;45; ggc;14;ggc;21;7;cac;23;ttg;; tta;9;tta;12;3;gga;25;;; cgt;27;cgt;10;-17;atc;6;16s;244; cca;9;cca;19;10;aac;34;23s;80; gca;170;gca;341;;agc;5;5s;13; ;;;;;gaa;;gta;8;0 ;;;;;;;aca;41;0 ;;;;;;;aaa;5;0 ;;;;;;;cta;14;-1 ;;;;;;;ggc;21;7 ;;;;;;;tta;12;3 ;;;;;;;cgt;10;0 ;;;;;;;cca;19;-3 ;;;;;;;gca;341; ;;;;;;;;; bsu;intercal;lmo;intercal;diff;entre génomes;;;intra génome; gaa;3;gaa;157;;gamme;fréquence;;gamme;fréquence gta;4;acg;9;;-15;5;;-7;1 aca;22;tac;11;;-14;;;-6; tac;4;caa;6;;-13;;;-5; caa;;aaa;;;-12;;;-4;1 ;;;;;-11;;;-3;1 aga;;aga;;;-10;;;-2; ;;;;;-9;1;;-1;2 cgg;;cgg;;;-8;2;;0;9 ;;;;;-7;1;;1; gga;;gga;;;-6;;;2;1 ;;;;;-5;3;;3;1 gtc;;gtc;;;-4;1;;4;1 ;;;;;-3;;;5; agg;;cgt;;;-2;;;6; ;;;;;-1;2;;7;1 caa;;ctc;;;0;2;;;2 ;;;;;1;1;;total;20 gcc;;tcg;;;2;1;; -2+2;11 ;;;;;3;1;;; tca;;;;;4;2;;; ;;;;;5;1;;; atg;9;aac;3;;6;;;; gaa;;agc;;;7;1;;; ;;;;;8;;;; ;;gaa;27;;9;1;;; ;;gac;;;10;3;;; ;;;;;11;1;;; cgt;13;16s;127;;12;1;;; gga;159;atc;46;;13;1;;; 16s;167;gca;172;;14;1;;; 23s;55;23s;80;;15;;;; 5s;13;5s;14;;;7;;; atgf;60;aac;24;;total;39;;; gac;;acc;;; -2+2;6;;; </pre> ===Listeria monocytogenes=== ====lmo==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo opérons|lmo]] <pre> Listeria monocytogenes EGD-e;;;; 37.9%GC;7.3.19 Paris;67;doubles;intercal ;82705..82777;aag;; ;237466..239020;16s;@1;244 ;239265..242195;23s;;80 ;242276..242385;5s;;13 ;242399..242471;gta;;8 ;242480..242555;aca;;41 ;242597..242669;aaa;;5 ;242675..242756;cta;;14 ;242771..242842;ggc;;21 ;242864..242949;tta;;12 ;242962..243035;cgt;;10 ;243046..243119;cca;;19 ;243139..243214;gca;;341 ;243556..245041;16s;;244 ;245286..248216;23s;;80 ;248297..248406;5s;; ;;;; ;677464..677553;tcg;; ;;;; ;936656..936728;aac;;3 ;936732..936819;agc;; ;;;; ;940017..940088;gaa;;27 ;940116..940188;gac;; ;;;; ;970867..970937;gga;; ;;;; ;1266675..1266748;aga;; ;;;; comp;1740916..1740987;gaa;;5 comp;1740993..1741083;agc;;34 comp;1741118..1741190;aac;;6 comp;1741197..1741270;atc;;25 comp;1741296..1741366;gga;;23 comp;1741390..1741462;cac;;28 comp;1741491..1741563;ttc;;4 comp;1741568..1741643;gac;;4 comp;1741648..1741721;atgf;;42 comp;1741764..1741853;tca;;22 comp;1741876..1741949;atgi;;11 comp;1741961..1742034;atgj;;42 comp;1742077..1742149;gca;;22 comp;1742172..1742245;cca;;10 comp;1742256..1742329;cgt;;9 comp;1742339..1742424;tta;;14 comp;1742439..1742513;ggc;;15 comp;1742529..1742610;cta;;5 comp;1742616..1742688;aaa;;41 comp;1742730..1742805;aca;;8 comp;1742814..1742886;gta;;13 comp;1742900..1743009;5s;;81 comp;1743091..1746021;23s;;244 comp;1746266..1747811;16s;; ;;;; ;1776112..1776183;cgt;; ;;;; comp;1848821..1848930;5s;;81 comp;1849012..1851942;23s;;244 comp;1852187..1853732;16s;; ;;;; ;2162187..2162273;ctc;; ;;;; ;2215375..2215446;gaa;;157 ;2215604..2215677;acg;;9 ;2215687..2215770;tac;;11 ;2215782..2215856;caa;;6 ;2215863..2215935;aaa;; ;;;; comp;2436493..2436576;ttg;;45 comp;2436622..2436695;tgc;;19 comp;2436715..2436786;ggc;;5 comp;2436792..2436863;caa;;29 comp;2436893..2436965;cac;;15 comp;2436981..2437054;tgg;;7 comp;2437062..2437145;tac;;20 comp;2437166..2437238;ttc;;4 comp;2437243..2437318;gac;;6 comp;2437325..2437398;atgf;;21 comp;2437420..2437495;gta;;56 comp;2437552..2437623;gaa;;33 comp;2437657..2437745;tcc;;6 comp;2437752..2437827;aac;;14 comp;2437842..2437951;5s;;80 comp;2438032..2440962;23s;;172 comp;2441135..2441210;gca;;46 comp;2441257..2441330;atc;;127 comp;2441458..2443003;16s;@2; ;;;; comp;2540230..2540301;cgg;; ;;;; comp;2672664..2672736;acc;;24 comp;2672761..2672836;aac;;14 comp;2672851..2672960;5s;;80 comp;2673041..2675971;23s;;172 comp;2676144..2676219;gca;;46 comp;2676266..2676339;atc;;127 comp;2676467..2678012;16s;; ;;;; ;2930362..2930434;gtc;; </pre> ====lmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_distribution|lmo distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; aac;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;1 ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;0;aac;2;agc;1 ;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 ;gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;2;tca;1;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; ;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;2;caa;1;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;3;gca;2;gaa;2;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 ;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lmo;;8;;;;;8;;lmo;9;;;;;;9;;;;;;;;;;;lmo;;;;44;;;44 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;;; </pre> ====lmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_données_intercalaires|lmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; ;fxt;fct;lmo;fx;fc;lmo;fx40;fc40;lmo;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;;0;0;1;27;0;1;27;-1;;61;87;68;tRNA 16s;;;tRNA tRNA;;contig 10;;0;10;10;183;1;1;32;-2;;0;181;940;341;;gca;5;;gaa 20;;0;20;20;345;2;2;40;-3;;0;52;370;16s tRNA;;;34;;agc 30;;1;30;20;147;3;1;33;-4;3;173;382;73;2* 127;;atc;6;;aac 40;;0;40;80;64;4;0;11;-5;;0;197;132;tRNA 23s;;;25;;atc 50;2;0;50;79;45;5;2;19;-6;;0;127;49;2* 172;;gca;23;;gga 60;1;1;60;21;46;6;0;16;-7;;0;99;333;5s tRNA;;;28;;cac 70;1;1;70;12;69;7;0;5;-8;;57;110;118;2* 13;;gta;4;;ttc 80;1;0;80;13;69;8;3;5;-9;;0;366;56;2* 14;;aac;4;;gac 90;;1;90;10;69;9;1;13;-10;1;3;66;44;tRNA tRNA;;intra;42;;atgf 100;;1;100;9;54;10;0;9;-11;2;22;128;;8;;gta;22;;tca 110;;1;110;9;88;11;1;26;-12;;0;351;;41;;aca;11;;atgi 120;1;1;120;14;74;12;2;52;-13;;3;119;;5;;aaa;42;;atgj 130;;2;130;21;57;13;3;31;-14;;14;152;;14;;cta;22;;gca 140;1;0;140;14;52;14;0;36;-15;;0;21;;21;;ggc;10;;cca 150;;0;150;13;48;15;4;46;-16;1;2;CDS 16s;;12;;tta;9;;cgt 160;;1;160;26;42;16;0;42;-17;;13;445;;10;;cgt;14;;tta 170;;0;170;15;28;17;2;21;-18;1;0;451;;19;;cca;15;;ggc 180;;0;180;11;30;18;3;43;-19;;2;344;;**;;gca;5;;cta 190;;1;190;10;25;19;3;26;-20;;7;364;;2* 46;;gca;41;;aaa 200;;1;200;19;35;20;2;22;-21;;0;289;;**;;atc;8;;aca 210;;0;210;13;23;21;0;30;-22;;2;16s 23s;;24;;acc;**;;gta 220;;0;220;14;14;22;3;25;-23;;6;4* 244;;**;;aac;45;;ttg 230;;0;230;9;16;23;2;16;-24;;0;23s 5s;;tRNA tRNA;;;19;;tgc 240;;0;240;11;16;24;5;18;-25;;1;4* 80;;3;;aac;5;;ggc 250;;0;250;11;10;25;1;9;-26;;4;2* 81;;**;;agc;29;;caa 260;;0;260;9;16;26;2;10;-27;;0;5s CDS;;27;;gaa;15;;cac 270;;0;270;6;5;27;1;16;-28;;1;148;;**;;gac;7;;tgg 280;;0;280;3;17;28;0;8;-29;;4;130;;157;;gaa;20;;tac 290;;0;290;1;14;29;1;6;-30;;0;;;9;;acg;4;;ttc 300;;0;300;7;12;30;5;9;-31;1;0;;;11;;tac;6;;gac 310;;0;310;6;5;31;6;8;-32;;1;;;6;;caa;21;;atgf 320;;0;320;5;7;32;7;5;-33;;0;;;**;;aaa;56;;gta 330;;0;330;5;9;33;2;9;-34;;0;;;;;;33;;gaa 340;1;0;340;4;7;34;7;7;-35;;1;;;;;;6;;tcc 350;;0;350;2;5;35;6;10;-36;;0;;;;;;**;;aac 360;;1;360;2;5;36;8;9;-37;;1;;;;;;;; 370;1;1;370;3;9;37;7;3;-38;;1;;;;;;;; 380;;0;380;1;3;38;14;0;-39;;0;;;;;;;; 390;;1;390;8;6;39;10;6;-40;;1;;;;;;;; 400;;0;400;3;2;40;13;7;-41;;2;;;;;;;; reste;1;0;reste;37;51;reste;456;1083;-42;;0;;;;;;;; ;10;15;total;587;1849;total;587;1849;-43;;0;;;;;;;; ;9;15;diagr;549;1771;diagr;130;739;-44;;2;;;;;;;; ;0;1; t30;50;675;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;;x;586;10;1;597;;;-49;;1;;;;;;;; ;;c;1822;393;27;2242;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;;2839;101;;reste;1;7;;;;;;;; ;;;;;;;2940;;total;10;393;;;;;;;; </pre> =====lmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Construction: remarque sur les nombreux regulatory <pre> autres intercalaires;;lmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;81661;82617;87;*; ;;tRNA;82705;82777;181;*;aag fin;;CDS;82959;84437;;; deb;;CDS;235524;237020;445;*; ;;rRNA;237466;239020;244;*;1555 ;;rRNA;239265;242195;80;*;2931 ;;rRNA;242276;242385;13;*;110 ;;tRNA;242399;242471;8;*;gta ;;tRNA;242480;242555;41;*;aca ;;tRNA;242597;242669;5;*;aaa ;;tRNA;242675;242756;14;*;cta ;;tRNA;242771;242842;21;*;ggc ;;tRNA;242864;242949;12;*;tta ;;tRNA;242962;243035;10;*;cgt ;;tRNA;243046;243119;19;*;cca ;;tRNA;243139;243214;341;*;gca ;;rRNA;243556;245041;244;*;1486 ;;rRNA;245286;248216;80;*;2931 ;;rRNA;248297;248406;148;*;110 fin;;CDS;248555;249013;;; deb;;CDS;676802;677395;68;*; ;comp;tRNA;677464;677553;940;*;tcg fin;;CDS;678494;679123;;; deb;;CDS;936136;936603;52;*; ;;tRNA;936656;936728;3;*;aac ;;tRNA;936732;936819;382;*;agc fin;;CDS;937202;937594;;; deb;;CDS;939106;939819;197;*; ;;tRNA;940017;940088;27;*;gaa ;;tRNA;940116;940188;127;*;gac fin;;CDS;940316;940696;;; deb;comp;CDS;969549;970496;370;*; ;;tRNA;970867;970937;99;*;gga fin;;CDS;971037;972176;;; deb;;CDS;1266040;1266564;110;*; ;;tRNA;1266675;1266748;366;*;aga fin;;CDS;1267115;1268473;;0; deb;comp;CDS;1739674;1740849;66;*; ;comp;tRNA;1740916;1740987;5;*;gaa ;comp;tRNA;1740993;1741083;34;*;agc ;comp;tRNA;1741118;1741190;6;*;aac ;comp;tRNA;1741197;1741270;25;*;atc ;comp;tRNA;1741296;1741366;23;*;gga ;comp;tRNA;1741390;1741462;28;*;cac ;comp;tRNA;1741491;1741563;4;*;ttc ;comp;tRNA;1741568;1741643;4;*;gac ;comp;tRNA;1741648;1741721;42;*;atgf ;comp;tRNA;1741764;1741853;22;*;tca ;comp;tRNA;1741876;1741949;11;*;atgi ;comp;tRNA;1741961;1742034;42;*;atgj ;comp;tRNA;1742077;1742149;22;*;gca ;comp;tRNA;1742172;1742245;10;*;cca ;comp;tRNA;1742256;1742329;9;*;cgt ;comp;tRNA;1742339;1742424;14;*;tta ;comp;tRNA;1742439;1742513;15;*;ggc ;comp;tRNA;1742529;1742610;5;*;cta ;comp;tRNA;1742616;1742688;41;*;aaa ;comp;tRNA;1742730;1742805;8;*;aca ;comp;tRNA;1742814;1742886;13;*;gta ;comp;rRNA;1742900;1743009;81;*;110 ;comp;rRNA;1743091;1746021;244;*;2931 ;comp;rRNA;1746266;1747811;451;*;1546 fin;comp;CDS;1748263;1748709;;; deb;;CDS;1774991;1775983;128;*; ;;tRNA;1776112;1776183;73;*;cgt fin;comp;CDS;1776257;1776829;;; deb;comp;CDS;1848166;1848690;130;*; ;comp;rRNA;1848821;1848930;81;*;110 ;comp;rRNA;1849012;1851942;244;*;2931 ;comp;rRNA;1852187;1853732;344;*;1546 fin;comp;CDS;1854077;1854682;;0; deb;comp;CDS;2161161;2162054;132;*; ;;tRNA;2162187;2162273;49;*;ctc fin;comp;CDS;2162323;2164011;;; deb;comp;CDS;2213218;2215041;333;*; ;;tRNA;2215375;2215446;157;*;gaa ;;tRNA;2215604;2215677;9;*;acg ;;tRNA;2215687;2215770;11;*;tac ;;tRNA;2215782;2215856;6;*;caa ;;tRNA;2215863;2215935;118;*;aaa fin;comp;CDS;2216054;2216743;;0; deb;comp;CDS;2435023;2436141;351;*; ;comp;tRNA;2436493;2436576;45;*;ttg ;comp;tRNA;2436622;2436695;19;*;tgc ;comp;tRNA;2436715;2436786;5;*;ggc ;comp;tRNA;2436792;2436863;29;*;caa ;comp;tRNA;2436893;2436965;15;*;cac ;comp;tRNA;2436981;2437054;7;*;tgg ;comp;tRNA;2437062;2437145;20;*;tac ;comp;tRNA;2437166;2437238;4;*;ttc ;comp;tRNA;2437243;2437318;6;*;gac ;comp;tRNA;2437325;2437398;21;*;atgf ;comp;tRNA;2437420;2437495;56;*;gta ;comp;tRNA;2437552;2437623;33;*;gaa ;comp;tRNA;2437657;2437745;6;*;tcc ;comp;tRNA;2437752;2437827;14;*;aac ;comp;rRNA;2437842;2437951;80;*;110 ;comp;rRNA;2438032;2440962;172;*;2931 ;comp;tRNA;2441135;2441210;46;*;gca ;comp;tRNA;2441257;2441330;127;*;atc ;comp;rRNA;2441458;2443003;364;*;1546 fin;comp;CDS;2443368;2444126;;; deb;;CDS;2539838;2540173;56;*; ;comp;tRNA;2540230;2540301;119;*;cgg fin;comp;CDS;2540421;2541857;;0; deb;comp;CDS;2671624;2672511;152;*; ;comp;tRNA;2672664;2672736;24;*;acc ;comp;tRNA;2672761;2672836;14;*;aac ;comp;rRNA;2672851;2672960;80;*;110 ;comp;rRNA;2673041;2675971;172;*;2931 ;comp;tRNA;2676144;2676219;46;*;gca ;comp;tRNA;2676266;2676339;127;*;atc ;comp;rRNA;2676467;2678012;289;*;1546 fin;comp;CDS;2678302;2679330;;0; deb;;CDS;2929315;2930340;21;*; ;;tRNA;2930362;2930434;44;*;gtc fin;comp;CDS;2930479;2932473;;; </pre> ====lmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lmo_blocs|lmo blocs]] <pre> lmo blocs;;;;;;;; Types;;;;;;;; I;I1;I2;I3;I4;;II;II1;II2 16s;;244;;244;;16s;244;244 23s;;81;;80;;23s;80;81 5s;;13;;13;;5s;; ;;8;;8;;;; ;;gta;;gta;;;; ;;**20aas;;**8aas;;;; III;;;;;;IV;; 16s;127;127;;;;;; atc;46;46;;;;;; gca;172;172;;;;;; 23s;80;80;;;;;; 5s;14;14;;;;;; ;6;24;;;;;; ;aac;aac;;;;;; ;**13aas;acc;;;;;; Groupes;;;;;;;; ;;;;;;16s;244; ;;;;;I4;23s;80; ;;;;;;5s;13; ;;;;;;gta;8; ;;;;;;**7aas;19; ;;;;;;gca;341; ;;;;;;16s;244; ;;;;;II1;23s;80; ;;;;;;5s;; </pre> ===lam=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_opérons|lam]] <pre> ;Lactobacillus amylovorus strain 30SC;;; 38%GC;30.6.19 Paris;63;doubles;intercal ;447399..448972;16s;@1;125 ;449098..449172;atc;;52 ;449225..449297;gca;;115 ;449413..452324;23s;;68 ;452393..452509;5s;;4 ;452514..452586;gta;;2 ;452589..452661;aaa;;13 ;452675..452756;cta;;23 ;452780..452852;aca;;10 ;452863..452934;ggc;;11 ;452946..453031;tta;;8 ;453040..453113;cgt;;5 ;453119..453192;cca;;29 ;453222..453295;atg;;12 ;453308..453381;atgi;;27 ;453409..453482;atgf;;3 ;453486..453559;gac;;6 ;453566..453638;ttc;;19 ;453658..453728;gga;;5 ;453734..453808;atc;;2 ;453811..453900;agc;; ;;;; ;57091..58664;16s;;125 ;58790..58864;atc;;52 ;58917..58989;gca;;115 ;59105..62016;23s;;68 ;62085..62201;5s;;13 ;62215..62287;aac;; ;;;; ;469566..471139;16s;@2;9 ;471149..471334;cds1; hp 186;-3 ;471332..474243;23s;;68 ;474312..474428;5s;;13 ;474442..474514;aac;; ;;;; comp;1709284..1709374;tcc;;10 comp;1709385..1709457;aac;;13 comp;1709471..1709587;5s;;68 comp;1709656..1712567;23s;;-3 comp;1712565..1712750;cds2;hp 186;9 comp;1712760..1714333;16s;; ;;;; comp;79386..79458;aag;; ;;;; comp;79913..79985;aag;; ;;;; ;193922..193994;acc;; ;;;; comp;210866..210939;ggg;; ;;;; ;287678..287752;ggc;+;111 ;287864..287938;ggc;3 ggc;109 ;288048..288122;ggc;;35 ;288158..288231;ccg;; ;;;; ;457611..457682;gaa;;35 ;457718..457804;tca;;9 ;457814..457887;atgf;;3 ;457891..457964;gac;;6 ;457971..458046;ttc;;4 ;458051..458132;tac;;4 ;458137..458207;tgg;;12 ;458220..458295;cac;;4 ;458300..458371;caa;;23 ;458395..458465;tgc;;40 ;458506..458590;ttg;; ;;;; ;474442..474514;aac;; ;;;; ;507688..507760;acg;; ;;;; ;526886..526957;caa;; ;;;; ;551550..551631;tac;;34 ;551666..551737;caa;; ;;;; ;567329..567416;ctt;; ;;;; ;583327..583413;tca;;6 ;583420..583493;gac;;7 ;583501..583576;cac;;4 ;583581..583653;gta;; ;;;; ;642034..642106;agg;; ;;;; comp;729370..729441;cgg;; ;;;; ;784793..784864;gag;; ;;;; ;917887..917975;tcg;; ;;;; ;1456724..1456800;aga;; ;;;; ;1681218..1681301;ctg;; ;;;; comp;1707998..1708070;gta;;5 comp;1708076..1708147;gaa;; ;;;; ;1987190..1987263;cgt;;8 ;1987272..1987345;cca;; </pre> ===lam blocs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_blocs|lam blocs]] <pre> lam blocs;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds1;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;4;117;aac;; gta;;;;; ;;;;; 16s;125;1574;16s;9;1574 atc;52;;cds2;-3;62 gca;115;;23s;68;2912 23s;68;2912;5s;13;117 5s;13;117;aac;; aac;;;;; </pre> ====lam distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_distribution|lam distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; après 5s;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; 3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; tcc;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc; ;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;;aac;;agc;1 >1aa;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; ;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;;cga; ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;lam;;14;;;;;14;;lam;22;;;;;;22;;lam;3;;;;;;3;;lam;;;;16;;;16 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====lam données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_données_intercalaires|lam données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lam;fx;fc;lam;fx40;fc40;lam;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;2;16;0;2;16;-1;;96;222;163;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;0;10;8;202;1;1;30;-2;;0;169;85;562;513;2* 203;;;2;;gta;111;;ggc 0;0;20;3;162;2;1;38;-3;;0;114;135;744;649;23s 5s;;;13;;aaa;112;;ggc 0;0;30;12;70;3;2;28;-4;8;49;118;59;;;4* 69;;;23;;cta;35;;ggc 1;1;40;27;36;4;0;13;-5;;0;139;212;;;16s tRNA;;;10;;aca;**;;ccg 0;1;50;36;39;5;0;11;-6;;0;71;59;;;2* 133;;atc;11;;ggc;35;;gaa 3;2;60;39;55;6;0;13;-7;;1;41;39;;;tRNA 23s;;;8;;tta;9;;tca 0;1;70;29;66;7;2;7;-8;;38;76;117;;;2* 118;;gca;5;;cgt;3;;atgf 0;3;80;17;56;8;2;16;-9;;0;168;239;;;5s tRNA;;;29;;cca;6;;gac 3;2;90;12;43;9;0;23;-10;1;2;222;88;;;3* 13;;aac;12;;atgj;7;;ttc 1;0;100;29;57;10;0;23;-11;1;20;121;129;;;4;;gta;27;;atgi;4;;tac 0;2;110;13;57;11;0;23;-12;;0;337;150;;;tRNA tRNA;;intra;3;;atgf;12;;tgg 1;2;120;16;43;12;2;17;-13;;1;57;99;;;2* 52;;atc gca;6;;gac;7;;cac 1;1;130;15;34;13;0;16;-14;;12;181;82;;;;;;19;;ttc;23;;caa 1;2;140;14;29;14;0;16;-15;;0;278;58;;;;;;5;;gga;40;;tgc 1;1;150;19;22;15;0;21;-16;;0;65;;;;;;;2;;atc;**;;ttg 0;0;160;18;18;16;0;19;-17;1;9;202;;;;;;;**;;agc;34;;tac 1;3;170;16;17;17;1;13;-18;;0;81;;;;;;;10;;tcc;**;;caa 0;0;180;13;19;18;0;14;-19;;1;86;;;;;;;**;;aac;6;;tca 0;1;190;12;24;19;0;11;-20;;9;101;;;;;;;;;;7;;gac 0;0;200;14;13;20;0;12;-21;;0;71;;;;;;;;;;4;;cac 0;1;210;10;13;21;0;11;-22;;1;57;;;;;;;;;;**;;gta 1;1;220;8;9;22;0;8;-23;1;3;33;;;;;;;;;;5;;gta 0;2;230;7;15;23;3;4;-24;;0;134;;;;;;;;;;**;;gaa 1;0;240;6;15;24;2;10;-25;;3;161;;;;;;;;;;8;;cgt 0;0;250;4;9;25;2;7;-26;1;4;141;;;;;;;;;;**;;cca 0;0;260;9;8;26;2;11;-27;;0;107;;;;;;;;;;;; 0;0;270;5;11;27;0;5;-28;;0;213;;;;;;;;;;;; 0;1;280;5;2;28;0;9;-29;1;3;;;;;;;;;;;;; 0;0;290;5;7;29;0;4;-30;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;300;4;7;30;3;1;-31;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;310;7;4;31;4;5;-32;;4;;;;;;;;;;;;; 0;0;320;4;5;32;6;0;-33;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;330;2;11;33;5;7;-34;;0;;;;;;;;;;;;; 0;1;340;3;2;34;1;4;-35;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;350;2;4;35;3;4;-36;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;360;4;7;36;1;3;-37;;2;;;;;;;;;;;;; 0;0;370;2;4;37;2;6;-38;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0;380;1;7;38;1;2;-39;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;390;4;3;39;0;2;-40;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;400;0;2;40;4;3;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0;reste;27;25;reste;431;762;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 15;28;total;483;1248;total;483;1248;-43;;0;;;;;;;;;;;;; 15;28;diagr;454;1207;diagr;50;470;-44;;1;;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;23;434;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;6;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;481;15;2;498;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1232;272;16;1520;;;-50;1;3;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2018;152;;reste;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2170;;total;15;272;;;;;;;;;;;;; </pre> =====lam autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lam_autres_intercalaires_aas|lam autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;lam;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;19323;20024;163;*; ;;tRNA;20188;20261;222;*;act fin;;CDS;20484;21764;;; deb;;CDS;56117;56530;562;*; ;;rRNA;57093;58656;133;*;1564 ;;tRNA;58790;58864;52;*;atc ;;tRNA;58917;58989;118;*;gca ;;rRNA;59108;62015;69;*;2908 ;;rRNA;62085;62201;13;*;117 ;;tRNA;62215;62287;85;*;aac fin;comp;CDS;62373;63296;;0; deb;comp;CDS;78479;79216;169;*; ;comp;tRNA;79386;79458;114;*;aag deb;comp;CDS;79573;79794;118;*; ;comp;tRNA;79913;79985;135;*;aag fin;;CDS;80121;80837;;; deb;comp;CDS;108050;109663;110;*; ;comp;regulatory;109774;109947;47;*; fin;comp;CDS;109995;110627;;0; deb;;CDS;193447;193782;139;*; ;;tRNA;193922;193994;71;*;acc fin;;CDS;194066;195379;;; deb;;CDS;210147;210809;59;*; ;comp;tRNA;210869;210939;41;*;ggg fin;comp;CDS;210981;211580;;0; deb;;CDS;213163;213804;53;*; ;;regulatory;213858;214021;76;*; fin;;CDS;214098;216761;;; deb;comp;CDS;243078;243656;73;*; ;comp;regulatory;243730;243827;60;*; fin;comp;CDS;243888;244490;;1; deb;comp;CDS;287010;287465;212;*; ;;tRNA;287678;287752;111;*;ggc ;;tRNA;287864;287935;112;*;ggc ;;tRNA;288048;288122;35;*;ggc ;;tRNA;288158;288231;76;*;ccg fin;;CDS;288308;288763;;; deb;comp;CDS;363306;363677;90;*; ;;misc_f;363768;363889;43;*; fin;;CDS;363933;364445;;; deb;;CDS;366810;367316;45;*; ;;ncRNA;367362;367456;54;*; fin;;CDS;367511;369319;;; deb;comp;CDS;445892;446887;513;*; ;;rRNA;447401;448964;133;*;1564 ;;tRNA;449098;449172;52;*;atc ;;tRNA;449225;449297;118;*;gca ;;rRNA;449416;452323;69;*;2908 ;;rRNA;452393;452509;4;*;117 ;;tRNA;452514;452586;2;*;gta ;;tRNA;452589;452661;13;*;aaa ;;tRNA;452675;452756;23;*;cta ;;tRNA;452780;452852;10;*;aca ;;tRNA;452863;452934;11;*;ggc ;;tRNA;452946;453031;8;*;tta ;;tRNA;453040;453113;5;*;cgt ;;tRNA;453119;453192;29;*;cca ;;tRNA;453222;453295;12;*;atgj ;;tRNA;453308;453381;27;*;atgi ;;tRNA;453409;453482;3;*;atgf ;;tRNA;453486;453559;6;*;gac ;;tRNA;453566;453638;19;*;ttc ;;tRNA;453658;453728;5;*;gga ;;tRNA;453734;453808;2;*;atc ;;tRNA;453811;453900;168;*;agc fin;;CDS;454069;454491;;; deb;;CDS;454491;457388;222;*; ;;tRNA;457611;457682;35;*;gaa ;;tRNA;457718;457804;9;*;tca ;;tRNA;457814;457887;3;*;atgf ;;tRNA;457891;457964;6;*;gac ;;tRNA;457971;458043;7;*;ttc ;;tRNA;458051;458132;4;*;tac ;;tRNA;458137;458207;12;*;tgg ;;tRNA;458220;458292;7;*;cac ;;tRNA;458300;458371;23;*;caa ;;tRNA;458395;458465;40;*;tgc ;;tRNA;458506;458590;121;*;ttg fin;;CDS;458712;459875;;; deb;;CDS;467495;468823;744;*; ;;rRNA;469568;471131;203;*;1564 ;;rRNA;471335;474242;69;*;2908 ;;rRNA;474312;474428;13;*;117 ;;tRNA;474442;474514;337;*;aac fin;;CDS;474852;475862;;; deb;;CDS;507082;507630;57;*; ;;tRNA;507688;507760;59;*;acg fin;comp;CDS;507820;509192;;0; deb;;CDS;526021;526704;181;*; ;;tRNA;526886;526957;278;*;caa fin;;CDS;527236;528015;;; deb;;CDS;528027;528719;574;*; ;;regulatory;529294;529457;80;*; fin;;CDS;529538;532225;;; deb;comp;CDS;546953;548239;77;*; ;comp;regulatory;548317;548377;91;*; fin;comp;CDS;548469;548831;;; deb;;CDS;551035;551484;65;*; ;;tRNA;551550;551631;34;*;tac ;;tRNA;551666;551737;202;*;caa fin;;CDS;551940;553055;;; deb;;CDS;566792;567247;81;*; ;;tRNA;567329;567413;86;*;ctt fin;;CDS;567500;568147;;; deb;;CDS;582725;583225;101;*; ;;tRNA;583327;583413;6;*;tca ;;tRNA;583420;583493;7;*;gac ;;tRNA;583501;583576;4;*;cac ;;tRNA;583581;583653;71;*;gta fin;;CDS;583725;585191;;0; deb;;CDS;606557;608326;26;*; ;;regulatory;608353;608445;50;*; fin;;CDS;608496;609074;;; deb;comp;CDS;609745;610383;156;*; ;;misc_b;610540;610782;243;*; fin;;CDS;611026;611766;;; deb;;CDS;640648;641976;57;*; ;;tRNA;642034;642106;39;*;agg fin;comp;CDS;642146;642334;;0; deb;;CDS;728387;729252;117;*; ;comp;tRNA;729370;729441;239;*;cgg fin;;CDS;729681;730712;;; deb;;CDS;770203;771387;52;*; ;;tmRNA;771440;771806;177;*; fin;;CDS;771984;772877;;; deb;comp;CDS;783691;784704;88;*; ;;tRNA;784793;784864;33;*;gag fin;;CDS;784898;784993;;0; deb;comp;CDS;877491;878846;218;*; ;;regulatory;879065;879235;91;*; fin;;CDS;879327;880637;;; deb;comp;CDS;916780;917757;129;*; ;;tRNA;917887;917975;134;*;tcg fin;;CDS;918110;919498;;; deb;comp;CDS;923642;924574;136;*; ;;misc_b;924711;924950;42;*; fin;;CDS;924993;925847;;; deb;;CDS;982901;983617;27;*; ;;regulatory;983645;983759;77;*; fin;;CDS;983837;984526;;; deb;comp;CDS;1011692;1012501;102;*; ;;regulatory;1012604;1012662;43;*; fin;;CDS;1012706;1013095;;; deb;;CDS;1095103;1095633;116;*; ;;misc_b;1095750;1096001;60;*; fin;;CDS;1096062;1097180;;; deb;;CDS;1152540;1155044;66;*; ;;misc_b;1155111;1155358;64;*; fin;;CDS;1155423;1156802;;; deb;comp;CDS;1212112;1213236;72;*; ;comp;ncRNA;1213309;1213675;26;*; fin;comp;CDS;1213702;1214121;;; deb;;CDS;1322695;1324020;55;*; ;;misc_b;1324076;1324319;57;*; fin;;CDS;1324377;1325738;;0; deb;comp;CDS;1449420;1449731;14;*; ;comp;misc_f;1449746;1449826;68;*; fin;comp;CDS;1449895;1451271;;0; deb;comp;CDS;1455677;1456573;150;*; ;;tRNA;1456724;1456800;99;*;aga fin;comp;CDS;1456900;1458480;;; deb;comp;CDS;1593167;1594216;37;*; ;comp;misc_b;1594254;1594461;38;*; fin;comp;CDS;1594500;1594850;;; deb;comp;CDS;1606331;1606858;26;*; ;comp;misc_f;1606885;1606996;53;*; fin;comp;CDS;1607050;1608747;;; deb;comp;CDS;1679837;1681135;82;*; ;;tRNA;1681218;1681301;161;*; fin;;CDS;1681463;1681780;;;ctg deb;comp;CDS;1706640;1707839;-3;*; ;comp;regulatory;1707837;1707930;67;*; ;comp;tRNA;1707998;1708070;5;*;gta ;comp;tRNA;1708076;1708147;141;*;gaa deb;comp;CDS;1708289;1709176;107;*; ;comp;tRNA;1709284;1709374;10;*;tcc ;comp;tRNA;1709385;1709457;13;*;aac ;;rRNA;1709471;1709587;69;*;117 ;;rRNA;1709657;1712564;203;*;2908 ;;rRNA;1712768;1714331;649;*;1564 fin;comp;CDS;1714981;1716288;;; deb;comp;CDS;1765715;1766362;152;*; ;comp;misc_b;1766515;1766748;43;*; fin;comp;CDS;1766792;1769098;;0; deb;;CDS;1985984;1986976;213;*; ;;tRNA;1987190;1987263;8;*;cgt ;;tRNA;1987272;1987345;58;*;cca deb;comp;CDS;1987404;1988462;121;*; ;;misc_b;1988584;1988828;71;*; fin;;CDS;1988900;1989913;;0; deb;;CDS;2017560;2019416;56;*; ;;misc_f;2019473;2019530;40;*; fin;;CDS;2019571;2020740;;; deb;;CDS;2039362;2040669;131;*; ;;regulatory;2040801;2040898;72;*; fin;;CDS;2040971;2042281;;; deb;;CDS;2043158;2043412;56;*; ;;misc_b;2043469;2043702;76;*; fin;;CDS;2043779;2045407;;0; </pre> ===ppm=== ====opérons==== =====ppm chromosome===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm opérons|ppm opérons]] *Chromosome<br> <pre> 45.5%GC;26.7.19 Paris;16s 13;110;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;; ;10545..11633;;CDS;;327;327;;;363; ;11961..13519;;16s;;280;;;;; ;13800..16728;;23s;;143;;;;; ;16872..16988;;5s;;232;232;;;;232 ;17221..17640;;CDS;;93 855;;;;140; ;;;;;;;;;; comp;111496..112530;;CDS;;616;;;;345; ;113147..114705;;16s;;207;;;;; ;114913..117843;;23s;;76;;;;; ;117920..118036;;5s;;343;343;;;; ;118380..119837;;CDS;;3 348;;;;486; ;;;;;;;;;; ;123186..124469;;CDS;;90;90;;;428;90 ;124560..124648;;tca;;145;145;;;; ;124794..125135;;CDS;;55 592;;;;114; ;;;;;;;;;; ;180728..181003;;CDS;;412;;;;92; ;181416..182974;;16s;;108;;;;; ;183083..183199;;5s;@1;39;;;;; ;183239..183315;;atc;;20;;;20;; ;183336..183411;;gca;;128;;;;; ;183540..186468;;23s;;130;;;;; ;186599..186690;;agc;;28;;;28;; ;186719..186795;;atgj;;10;;;10;; ;186806..186881;;gta;;4;;;4;; ;186886..186961;;aca;;19;;;19;; ;186981..187057;;gac;;77;;;77;; ;187135..187210;;ttc;;6;;;6;; ;187217..187302;;tac;;7;;;7;; ;187310..187385;;aaa;;154;154;;;;154 ;187540..188682;;CDS;;24 062;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;212745..213341;;CDS;;211;211;;;199;211 comp;213553..213624;;cgg;;259;259;;;; ;213884..214921;;CDS;;238 832;;;;346; ;;;;;;;;;; ;453754..455364;;CDS;;392;;;;537; ;455757..457315;;16s;;207;;;;; ;457523..460453;;23s;;76;;;;; ;460530..460646;;5s;;34;;;;; ;460681..460757;;atc;;22;;;22;; ;460780..460855;;gca;;4;;;4;; ;460860..460935;;aac;;34;;;34;; ;460970..461043;;atgj;;3;;;3;; ;461047..461138;;agc;;31;;;31;; ;461170..461241;;gaa;;6;;;6;; ;461248..461323;;gta;;10;;;10;; ;461334..461407;;atgf;;25;;;25;; ;461433..461509;;gac;;50;;;50;; ;461560..461635;;ttc;;22;;;22;; ;461658..461733;;aca;;5;;;5;; ;461739..461824;;tac;;16;;;16;; ;461841..461913;;cac;;18;;;18;; ;461932..462006;;caa;;4;;;4;; ;462011..462086;;aaa;;15;;;15;; ;462102..462189;;ctg;;6;;;6;; ;462196..462270;;ggc;;10;;;10;; ;462281..462351;;tgc;;26;;;26;; ;462378..462454;;cgt;;22;;;22;; ;462477..462550;;cca;;9;;;9;; ;462560..462630;;gga;;204;204;;;;204 comp;462835..463938;;CDS;;1 537;;;;368; ;;;;;;;;;; ;465476..466216;;CDS;;524;;;;247; ;466741..468299;;16s;;207;;;;; ;468507..471434;;23s;;76;;;;; ;471511..471627;;5s;;629;;;;; ;472257..473588;;CDS;;103 459;;;;444; ;;;;;;;;;; ;577048..577794;;CDS;;1 116;;;;249; ;578911..580469;;16s;;207;;;;; ;580677..583607;;23s;;76;;;;; ;583684..583800;;5s;;82;;;;; ;583883..583958;;gca;;4;;;4;; ;583963..584038;;aac;;3;;;3;; ;584042..584133;;tcc;;19;;;19;; ;584153..584224;;gaa;;9;;;9;; ;584234..584309;;gta;;29;;;29;; ;584339..584412;;atgf;;25;;;25;; ;584438..584514;;gac;;13;;;13;; ;584528..584603;;aca;;4;;;4;; ;584608..584693;;tac;;102;;;102;; ;584796..584870;;caa;;4;;;4;; ;584875..584950;;aaa;;12;;;12;; ;584963..585043;;cta;;10;;;10;; ;585054..585128;;ggc;;5;;;5;; ;585134..585210;;cgt;;12;;;12;; ;585223..585302;;ttg;;7;;;7;; ;585310..585386;;cca;;7;;;7;; ;585394..585464;;gga;;1 133;;;;; ;586598..587560;;CDS;;22 016;;;;321; ;;;;;;;;;; ;609577..609924;;CDS;;73;73;;;116;73 ;609998..610069;;acg;;1 613;;;;; comp;611683..612030;;CDS;;140 810;;;;116; ;;;;;;;;;; ;752841..754124;;CDS;;611;;;;428; ;754736..756294;;16s;;208;;;;; ;756503..759431;;23s;;75;;;;; ;759507..759623;;5s;;183;183;;;;183 comp;759807..760232;;CDS;;173 078;;;;142; ;;;;;;;;;; ;933311..934681;;CDS;;449;;;;457; ;935131..936689;;16s;;221;;;;; ;936911..939839;;23s;;76;;;;; ;939916..940032;;5s;;216;216;;;;216 ;940249..941241;;CDS;;521 183;;;;331; ;;;;;;;;;; ;1462425..1462937;;CDS;;44;44;;;171;44 ;1462982..1463057;;aac;;1;;1;;; ;1463059..1463147;;agc;;122;122;;;; comp;1463270..1464145;;CDS;;74;;;;292; ;;;;;;;;;; comp;1464220..1464981;;CDS;;246;246;;;254; ;1465228..1465299;;gaa;;86;;86;;; ;1465386..1465461;;aaa;;15;;15;;; ;1465477..1465562;;ctc;;162;162;;;;162 ;1465725..1466180;;CDS;;1 667;;;;152; ;;;;;;;;;; comp;1467848..1468585;;CDS;;262;262;;;246; ;1468848..1468930;;ctc;;148;148;;;;148 comp;1469079..1469564;;CDS;;112 990;;;;162; ;;;;;;;;;; ;1582555..1583361;;CDS;;490;;;;269; ;1583852..1583925;;ccc;;244;244;;;; comp;1584170..1585441;;CDS;;32 099;;;;424; ;;;;;;;;;; ;1617541..1619682;;CDS;;107;107;;;714;107 ;1619790..1619860;;gga;;265;265;;;; ;1620126..1621163;;CDS;;254 529;;;;346; ;;;;;;;;;; ;1875693..1876160;;CDS;;129;129;;;156;129 ;1876290..1876365;;gcc;;11;;11;;; ;1876377..1876449;;aag;;520;;;;; comp;1876970..1877974;;CDS;;55 215;;;;335; ;;;;;;;;;; comp;1933190..1933630;;CDS;;381;;;;147; ;1934012..1934096;;ctg;;91;91;;;;91 comp;1934188..1934718;;CDS;;74 847;;;;177; ;;;;;;;;;; comp;2009566..2010102;;CDS;;222;222;;;179; ;2010325..2010409;;ctg;;213;213;;;; ;2010623..2011135;;CDS;;432 608;;;;171; ;;;;;;;;;; ;2443744..2448333;;CDS;;540;;;;1530; ;2448874..2450432;;16s;;400;;;;; ;2450833..2453761;;23s;;143;;;;; ;2453905..2454021;;5s;;236;236;;;;236 comp;2454258..2455367;;CDS;;186 804;;;;370; ;;;;;;;;;; ;2642172..2643329;;CDS;;426;;;;386; ;2643756..2645314;;16s;;343;;;;; ;2645658..2648586;;23s;;144;;;;; ;2648731..2648847;;5s;;156;156;;;;156 ;2649004..2649228;;CDS;;884 577;;;;75; ;;;;;;;;;; comp;3533806..3534249;;CDS;;139;139;;;148;139 ;3534389..3534460;;gtc;;279;279;;;; comp;3534740..3535069;;CDS;;103 837;;;;110; ;;;;;;;;;; ;3638907..3639338;;CDS;;728;;;;144; comp;3640067..3640152;;tta;;249;249;;;;249 ;3640402..3640560;;CDS;;28 092;;;;53; ;;;;;;;;;; ;3668653..3669450;;CDS;;247;247;;;266; comp;3669698..3669766;;atg;;267;267;;;; comp;3670034..3670234;;CDS;;54 456;;;;67; ;;;;;;;;;; ;3724691..3725086;;CDS;;122;122;;;132;122 comp;3725209..3725282;;atgi;;435;;;;; comp;3725718..3726359;;CDS;;612 148;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;4338508..4339209;;CDS;;107;107;;;234;107 comp;4339317..4339390;;cca;;7;;;7;; comp;4339398..4339477;;ttg;;12;;;12;; comp;4339490..4339566;;cgt;;5;;;5;; comp;4339572..4339646;;ggc;;35;;;35;; comp;4339682..4339757;;aaa;;28;;;28;; comp;4339786..4339862;;gac;;26;;;26;; comp;4339889..4339965;;atgf;;30;;;30;; comp;4339996..4340071;;gta;;9;;;9;; comp;4340081..4340152;;gaa;;17;;;17;; comp;4340170..4340261;;tcc;;3;;;3;; comp;4340265..4340340;;aac;;18;;;;; comp;4340359..4340475;;5s;;76;;;;; comp;4340552..4343482;;23s;;400;;;;; comp;4343883..4345441;;16s;;493;;;;; comp;4345935..4347563;;CDS;;46 596;;;;543; ;;;;;;;;;; comp;4394160..4395092;;CDS;;238;238;;;311; ;4395331..4395404;;aga;;214;214;;;; ;4395619..4396383;;CDS;;49 894;;;;255; ;;;;;;;;;; ;4446278..4447621;;CDS;;207;207;;;448; comp;4447829..4447902;;aga;;174;174;;;; ;4448077..4448370;;CDS;;256 556;;;;98; ;;;;;;;;;; ;4704927..4705187;;CDS;;361;;;;87; comp;4705549..4705627;;ttg;;11;;11;;; comp;4705639..4705713;;tgc;;11;;11;;; comp;4705725..4705796;;ggc;;6;;6;;; comp;4705803..4705877;;caa;;9;;9;;; comp;4705887..4705959;;cac;;17;;17;;; comp;4705977..4706050;;tgg;;7;;7;;; comp;4706058..4706143;;tac;;4;;4;;; comp;4706148..4706223;;aca;;22;;22;;; comp;4706246..4706318;;ttc;;35;;35;;; comp;4706354..4706430;;gac;;15;;15;;; comp;4706446..4706522;;atgf;;25;;25;;; comp;4706548..4706623;;gta;;58;;58;;; comp;4706682..4706753;;gaa;;17;;17;;; comp;4706771..4706862;;tcc;;3;;3;;; comp;4706866..4706941;;aac;;326;326;;;; comp;4707268..4707597;;CDS;;279 544;;;;110; ;;;;;;;;;; comp;4987142..4989934;;CDS;;726;;;;931; comp;4990661..4990731;;gga;;9;;;9;; comp;4990741..4990814;;cca;;22;;;22;; comp;4990837..4990913;;cgt;;5;;;5;; comp;4990919..4990993;;ggc;;10;;;10;; comp;4991004..4991084;;cta;;11;;;11;; comp;4991096..4991171;;aaa;;4;;;4;; comp;4991176..4991250;;caa;;55;;;55;; comp;4991306..4991381;;gta;;11;;;11;; comp;4991393..4991464;;gaa;;11;;;11;; comp;4991476..4991548;;acc;;3;;;3;; comp;4991552..4991627;;aac;;18;;;;; comp;4991646..4991762;;5s;;76;;;;; comp;4991839..4994768;;23s;;129;;;;; comp;4994898..4994973;;gca;;20;;;20;; comp;4994994..4995070;;atc;;38;;;;; comp;4995109..4995225;;5s;;93;;;;; comp;4995319..4996877;;16s;;367;;;;; comp;4997245..4997475;;CDS;;60 140;;;;77; ;;;;;;;;;; comp;5057616..5058803;;CDS;;163;163;;;396;163 comp;5058967..5059083;;5s;;76;;;;; comp;5059160..5062089;;23s;;185;;;;; comp;5062275..5062350;;gca;;89;;;;; comp;5062440..5063998;;16s;;380;;;;; comp;5064379..5066394;;CDS;;647 899;;;;672; ;;;;;;;;;; ;5714294..5714611;;CDS;;206;206;;;106; comp;5714818..5714908;;tcg;;77;77;;;;77 comp;5714986..5715210;;CDS;;;;;;75; </pre> =====ppm plasmide===== *Plasmide<br> <pre> plasmide;pSC2;37.6%GC;51;;;;;;; ;;;;;;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;3920..4174;;CDS;;536;536;;;85; ;4711..4803;;agc;+;5;;5;;; ;4809..4883;;tgc;3 aac;63;;63;;; ;4947..5021;;gaa;2 atc;7;;7;;; ;5029..5105;;ctt;2 caa;6;;6;;; ;5112..5186;;cca;2 cca;101;;101;;; ;5288..5361;;tgg;2 cga;4;;4;;; ;5366..5444;;tac;2 gaa;4;;4;;; ;5449..5522;;caa;2 tac;6;;6;;; ;5529..5605;;cac;3 tgg;5;;5;;; ;5611..5686;;gac;;125;;125;;; ;5812..5887;;gga;;10;;10;;; ;5898..5973;;aac;@1;4;;4;;; ;5978..6066;;tac;ctt;9;;9;;; ;6076..6153;;ata;ata;4;;4;;; ;6158..6231;;caa;;4;;4;;; ;6236..6311;;atgi;;5;;5;;; ;6317..6392;;aac;;4;;4;;; ;6397..6470;;tgg;;131;;131;;; ;6602..6678;;gaa;;5;;5;;; ;6684..6757;;ggc;;55;;55;;; ;6813..6885;;ttc;;22;;22;;; ;6908..6983;;cga;;4;;4;;; ;6988..7065;;cca;;5;;5;;; ;7071..7155;;ttg;;5;;5;;; ;7161..7235;;atc;;5;;5;;; ;7241..7317;;atgf;;5;;5;;; ;7323..7398;;gca;;109;;109;;; ;7508..7584;;cga;;3;;3;;; ;7588..7668;;cta;;13;;13;;; ;7682..7758;;atc;;8;;8;;; ;7767..7841;;aac;;4;;4;;; ;7846..7919;;tgg;;33;33;;;;33 ;7953..8324;;CDS;@4;-24;-24;;;124; ;8301..8378;;gac;;8;;8;;; ;8387..8473;;tac;;86;;86;;; ;8560..8632;;aaa;;14;;14;;; ;8647..8720;;gga;;4;;4;;; ;8725..8800;;ttc;;7;;7;;; ;8808..8882;;acg;@2;100;100;;;; comp;8983..9600;;CDS;acg;89;89;;;206; ;9690..9771;;tta;;3;;3;;; ;9775..9849;;aca;;35;35;;;;35 comp;9885..10169;;CDS;;150;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;10320..10622;;CDS;;116;116;;;101; ;10739..10813;;aca;;18;18;;;;18 comp;10832..11146;;CDS;;216;;;;105; ;;;;;;;;;; comp;11363..11599;;CDS;;94;94;;;79;94 ;11694..11768;;aga;;103;103;;;; ;11872..12312;;CDS;;195;;;;147; ;;;;;;;;;; comp;12508..12756;;CDS;;293;293;;;83; ;13050..13126;;atc;;72;72;;;;72 ;13199..14083;;CDS;;226;226;;;295; ;;;;;;;;;; ;14310..14385;;tcg;+;8;;8;;; ;14394..14481;;tcc;2 tcg;7;;7;;; ;14489..14563;;ctt;@3;3;;3;;; ;14567..14654;;tcg;tcg;5;;5;;; ;14660..14751;;tca;ctt;119;119;;;;119 ;14871..15080;;CDS;;212044;;;;70; ;;;;;;;;;; comp;227125..227388;;CDS;;444;444;;;88; comp;227833..227903;;gga;;248;248;;;;248 comp;228152..228391;;CDS;;1401;;;;80; ;;;;;;;;;; comp;229793..229999;;CDS;;24;24;;;69;24 comp;230024..230108;;tca;;289;289;;;; comp;230398..230640;;CDS;;231;;;;81; ;;;;;;;;;; comp;230872..231393;;CDS;;161;161;;;174;161 comp;231555..231640;;tta;;977;977;;;; ;232618..233067;;CDS;;277050;;;;150; ;510118..1;;;;;;;;; </pre> =====ppm plasmide MAJ===== <pre> plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2 MAJ;;;plasmide;;Paenibacillus polymyxa SC2;;; 23.10.19 Tanger;;;;;;26.7.19 Paris;;;; ;;49 aas;doubles;intercalaires;;;;51 aas;doubles;intercalaires 3920..4174;;cds hp;;;;3920..4174;;CDS;;536 4711..4803;;agc;+;;;4711..4803;;agc;+;5 4809..4883;;tgc;3 aac;;;4809..4883;;tgc;3 aac;63 4947..5021;;gaa;2 atc;;;4947..5021;;gaa;2 atc;7 5029..5105;;ctt;2 cca;;;5029..5105;;ctt;2 caa;6 5112..5186;;cca;2 cga;;;5112..5186;;cca;2 cca;101 5288..5361;;tgg;2 gaa;;;5288..5361;;tgg;2 cga;4 5366..5441;;tat;3 tgg;7;;5366..5444;;tac;2 gaa;4 5449..5522;;caa;;;;5449..5522;;caa;2 tac;6 5529..5605;;cac;;;;5529..5605;;cac;3 tgg;5 5611..5686;;gac;;;;5611..5686;;gac;;125 5812..5887;;gga;;;;5812..5887;;gga;;10 5898..5973;;aac;@1;;;5898..5973;;aac;@1;4 5978..6066;;tac;ctt;;;5978..6066;;tac;ctt;9 6076..6153;;ata;ata;82;;6076..6153;;ata;ata;4 ;;****;tat;;;6158..6231;;caa;;4 6236..6311;;atgi;;;;6236..6311;;atgi;;5 6317..6392;;aac;;;;6317..6392;;aac;;4 6397..6470;;tgg;;;;6397..6470;;tgg;;131 6602..6678;;gaa;;;;6602..6678;;gaa;;5 6684..6757;;ggc;;;;6684..6757;;ggc;;55 6813..6885;;ttc;;;;6813..6885;;ttc;;22 6908..6980;;cga;;7;;6908..6983;;cga;;4 6988..7065;;cca;;;;6988..7065;;cca;;5 7071..7155;;ttg;;;;7071..7155;;ttg;;5 7161..7235;;atc;;4;;7161..7235;;atc;;5 7240..7317;;atgf;;;;7241..7317;;atgf;;5 7323..7398;;gca;;;;7323..7398;;gca;;109 7508..7584;;cga;;;;7508..7584;;cga;;3 7588..7668;;cta;;;;7588..7668;;cta;;13 7682..7758;;atc;;;;7682..7758;;atc;;8 7767..7841;;aac;;;;7767..7841;;aac;;4 7846..7919;;tgg;;;;7846..7919;;tgg;;33 7953..8324;;cds hp;;;;7953..8324;;CDS;@4;-24 8301..8378;;gac;;;;8301..8378;;gac;;8 8387..8473;;tac;;;;8387..8473;;tac;;86 8560..8632;;aaa;;;;8560..8632;;aaa;;14 8647..8720;;gga;;;;8647..8720;;gga;;4 8725..8800;;ttc;;;;8725..8800;;ttc;;7 8808..8882;;acg;@2;;;8808..8882;;acg;@2;100 8983..9600;;cds hp;acg;;comp;8983..9600;;CDS;acg;89 9690..9771;;tta;;;;9690..9771;;tta;;3 9775..9849;;aca;;;;9775..9849;;aca;;35 9885..10169;;cds hp;;;comp;9885..10169;;CDS;;150 ;;;;;;;;;; 10320..10622;;cds hp;;;comp;10320..10622;;CDS;;116 10739..10813;;aca;;;;10739..10813;;aca;;18 10832..11146;;cds hp;;;comp;10832..11146;;CDS;;216 ;;;;;;;;;; 11363..11599;;cds hp;;;comp;11363..11599;;CDS;;94 11694..11765;;aga;;85;;11694..11768;;aga;;103 11851..12312;;cds rev-trans;;;;11872..12312;;CDS;;195 ;;;;;;;;;; 12508..12756;;cds trans-rg;;442;comp;12508..12756;;CDS;;293 ****;;****;;;;13050..13126;;atc;;72 13199..14083;;cds hp;;;;13199..14083;;CDS;;226 ;;;;;;;;;; 14310..14385;;tcg;+;;;14310..14385;;tcg;+;8 14394..14481;;tcc;2 tcg;;;14394..14481;;tcc;2 tcg;7 14489..14560;;ctt;@3;6;;14489..14563;;ctt;@3;3 14567..14654;;tcg;tcg;;;14567..14654;;tcg;tcg;5 14660..14751;;tca;ctt;;;14660..14751;;tca;ctt;119 14871..15080;;cds hp;;;;14871..15080;;CDS;;212044 ;;;;;;;;;; 227125..227388;;cds hp;;;comp;227125..227388;;CDS;;444 227833..227903;;gga;;;comp;227833..227903;;gga;;248 228152..228391;;cds hp;;;comp;228152..228391;;CDS;;1401 ;;;;;;;;;; 229793..229999;;cds hp;;;comp;229793..229999;;CDS;;24 230024..230108;;tca;;783;comp;230024..230108;;tca;;289 ****;;****;;;comp;230398..230640;;CDS;;231 ;;;;;;;;;; 230872..231393;;;cds hp;;comp;230872..231393;;CDS;;161 231558..231640;;tta;;;comp;231555..231640;;tta;;977 232618..233067;;cds hp;;;;232618..233067;;CDS;;277050 510118..1;;;;;;510118..1;;;; </pre> ====ppm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_cumuls|ppm cumuls]] *Chromosome<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;13;1;1;0;1;0;100;8;5;40;0 ;16 23 5s 0;7;20;12;46;50;1;200;20;17;60;1 ;16 5 atc gca;2;40;3;15;100;4;300;10;6;80;2 ;16 23 5s a;3;60;1;2;150;8;400;13;9;100;2 ;max a;21;80;0;1;200;6;500;7;4;120;2 ;a doubles;0;100;1;0;250;15;600;2;0;140;3 ;16 gca 23 5s ;1;120;0;1;300;5;700;1;0;160;3 ;total aas;73;140;0;0;350;3;800;1;1;180;2 sans ;opérons;19;160;0;0;400;5;900;0;0;200;1 ;1 aa;15;180;0;0;450;4;1000;1;0;220;3 ;max a;15;200;0;0;500;2;1100;0;0;240;2 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;0;;1 ;total aas;37;;18;65;;64;;64;42;;22 total aas;;110;moyenne;20;17;;193;;292;229;;150 remarques;;1;variance;21;17;;73;;234;123;;58 jaune;;;;;;;sans;;;sans;; </pre> *Plasmide<br> <pre> Paenibacillus polymyxa SC2;;;;;;;;;;;; plasmide;;;;;;;;;;;; ;Opérons;;Fréquences intercalaires;;;;;Fréquences cds;;;; ;;effectifs;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsa;cdsj;gammes;cdsd avec rRNA;opérons;0;1;0;;1;1;60;0;;40;4 ;16 23 5s 0;;20;33;;50;4;80;4;;60;0 ;16 5 atc gca;;40;1;;100;4;100;5;;80;1 ;16 23 5s a;;60;1;;150;3;120;2;;100;1 ;max a;;80;1;;200;1;140;1;;120;1 ;a doubles;;100;1;;250;2;160;2;;140;0 ;16 gca 23 5s ;;120;2;;300;2;180;1;;160;0 ;total aas;;140;2;;350;0;200;0;;180;1 sans ;opérons;10;160;0;;400;0;220;1;;200;0 ;1 aa;6;180;0;;450;1;240;0;;220;0 ;max a;32;200;0;;500;0;260;0;;240;0 ;a doubles;2;;0;;;2;;1;;;1 ;total aas;51;;41;;;20;;17;;;9 total aas;;51;moyenne;6;;;126;;102;;;89 remarques;;3;variance;3;;;92;;32;;;77 ;jaune;;;sans;;;sans;;sans;;; </pre> ====ppm blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_blocs|ppm blocs]] <pre> ppm blocs;;;;;;; cds;392;;cds;1116;;cds;493 $16s;207;;$16s;207;;$16s;400 $23s;76;;$23s;76;;$23s;76 $5s;34;;$5s;82;;$5s;18 atc;22;;gca;4;;aac;3 19aas;*;;15aas;*;;9aas;* gga;'''204’;;gga;1133;;cca;107 cds;;;cds;;;cds; ;;;;;;; cds;367;;cds;412;;cds;380 $16s;93;;$16s;108;;$16s;89 $5s;38;;$5s;39;;gca;185 atc;20;;atc;20;;$23s;76 gca;129;;gca;128;;$5s;163 $23s;76;;$23s;130;;cds; $5s;18;;agc;28;;; aac;3;;6aas;*;;; 9aas;*;;aaa;154;;; gga;726;;cds;;;; cds;;;;;;; ;;;;;;; cds;327;'''616’;524;611;449;540;426 $16s;280;207;207;208;221;400;343 $23s;143;76;76;75;76;143;144 $5s;232;343;629;'''183’;216;'''236’;156 cds;;;;;;; ;;;;;;; $5s;constant;39 aas;117 pbs;;;; </pre> ====ppm distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_distribution|ppm distribution]] *Chromosome <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;;;;;;;;;;ttc;2;tcc;2;tac;3;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1;;;;;;;;;;;atc;1;acc;1;aac;4;agc;2 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;5;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;2;gaa;4;gga;3 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;;;;;;;;;;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;15;;;;;15;;ppm;22;;;;;;22;;;;;;;;;;;ppm;;;;68;;;68 </pre> *Plasmide <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;3;tgc;1 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;3;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;1;aca;1;aaa;1;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;2 gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;2;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ppm;;6;;;;;6;;ppm;45;;;;;;45 </pre> ====ppm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_données_intercalaires|ppm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; ;fxt;fct;ppm;fx;fc;ppm;fx40;fc40;ppm;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;59;90;259;16s tRNA;;;tRNA tRNA;;contig;tRNA tRNA;suite;contig 10;;0;10;16;226;1;0;46;-2;0;0;145;204;98;;gca;28;;agc;7;;cca 20;;0;20;20;240;2;2;33;-3;0;0;157;94;tRNA 23s;;;10;;atgj;12;;ttg 30;;0;30;11;212;3;0;22;-4;7;229;226;122;129;;gca;4;;gta;5;;cgt 40;;0;40;16;141;4;2;28;-5;0;0;1133;246;130;;gca;19;;aca;38;;ggc 50;;1;50;22;136;5;4;25;-6;0;0;73;262;186;;gca;77;;gac;28;;aaa 60;;0;60;16;103;6;3;17;-7;0;6;44;148;5s tRNA;;;9;;ttc;26;;gac 70;;0;70;33;103;7;0;14;-8;2;76;165;130;39;;atc;7;;tac;30;;atgf 80;;2;80;46;105;8;3;12;-9;1;0;107;244;34;;atc;**;;aaa;9;;gta 90;;1;90;60;114;9;0;13;-10;1;4;265;520;82;;gca;22;;atc;17;;gaa 100;2;0;100;49;98;10;2;16;-11;2;27;129;381;2* 18;;aac;4;;gca;3;;tcc 110;;2;110;51;110;11;3;12;-12;1;0;213;91;38;;atc;34;;aac;**;;aac 120;;0;120;58;96;12;2;31;-13;1;1;270;222;23s tRNA;;;3;;atgj;9;;gga 130;3;2;130;54;91;13;2;25;-14;0;22;123;139;131;;agc;31;;agc;22;;cca 140;1;0;140;45;93;14;2;30;-15;0;0;107;279;tRNA tRNA;;intra;6;;gaa;5;;cgt 150;1;1;150;53;69;15;2;23;-16;1;1;214;504;2* 20;;atc gca;10;;gta;10;;ggc 160;;1;160;43;87;16;2;29;-17;1;18;1861;249;tRNA tRNA;;;25;;atgf;11;;cta 170;;1;170;40;88;17;3;21;-18;0;0;2208;247;1;;aac;50;;gac;4;;aaa 180;1;0;180;29;79;18;1;22;-19;0;1;726;122;**;;agc;25;;ttc;55;;caa 190;;0;190;32;84;19;1;21;-20;1;15;77;238;86;;gaa;5;;aca;11;;gta 200;;0;200;35;74;20;2;26;-21;0;0;;207;15;;aaa;16;;tac;11;;gaa 210;3;0;210;40;54;21;1;20;-22;0;1;;174;**;;ctc;18;;cac;3;;acc 220;;2;220;35;56;22;0;21;-23;0;11;;206;11;;gcc;4;;caa;**;;aac 230;1;1;230;36;62;23;1;22;-24;0;1;CDS 16s;;**;;aag;15;;aaa;;; 240;1;0;240;28;45;24;0;19;-25;0;5;323;612;11;;ttg;6;;ctg;;; 250;4;0;250;37;44;25;3;16;-26;1;10;408;570;11;;tgc;10;;ggc;;; 260;1;0;260;16;36;26;0;24;-27;0;0;388;;6;;ggc;26;;tgc;;; 270;1;2;270;22;28;27;2;25;-28;0;1;520;;9;;caa;22;;cgt;;; 280;1;0;280;28;44;28;4;20;-29;0;6;607;;17;;cac;9;;cca;;; 290;;0;290;19;28;29;0;21;-30;0;0;445;;7;;tgg;**;;gga;;; 300;;0;300;20;22;30;0;24;-31;0;0;536;;4;;tac;4;;gca;;; 310;;0;310;15;23;31;3;14;-32;2;3;422;;22;;aca;3;;aac;;; 320;;0;320;14;20;32;1;19;-33;1;0;489;;35;;ttc;19;;tcc;;; 330;;0;330;10;21;33;2;16;-34;0;1;363;;15;;gac;9;;gaa;;; 340;;0;340;14;15;34;0;15;-35;0;4;376;;25;;atgf;29;;gta;;; 350;;0;350;12;22;35;1;14;-36;0;0;16s 23s;;58;;gta;25;;atgf;;; 360;;0;360;11;20;36;0;20;-37;0;0;290;;17;;gaa;13;;gac;;; 370;;0;370;11;8;37;2;8;-38;1;1;4* 217;;3;;tcc;4;;aca;;; 380;;0;380;6;14;38;3;14;-39;0;0;218;;**;;aac;102;;tac;;; 390;1;0;390;4;18;39;3;12;-40;0;2;231;;;;;4;;caa;;; 400;;0;400;9;7;40;1;9;-41;1;2;2* 410;;;;;12;;aaa;;; reste;2;4;reste;151;221;reste;1204;2338;-42;0;0;353;;;;;10;;cta;;; ;23;20;total;1267;3176;total;1267;3176;-43;0;0;23s 5s;;;;;5;;ggc;;; ;21;16;diagr;1116;2936;diagr;63;819;-44;0;4;6* 77;;;;;12;;cgt;;; ;0;0; t30;47;678;;;;-45;1;0;3* 78;;;;;7;;ttg;;; ;;;;;;;;;-46;0;0;144;;;;;7;;cca;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;2* 145;;;;;**;;gga;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;16s 5s;;;;;;;;;; ;;x;1267;29;0;1296;;;-49;0;1;117;;;;;;;;;; ;;c;3157;523;19;3699;;;-50;0;2;102;;;;;;;;;; ;;;;;;4995;190;;reste;3;7;5s CDS;;;;;;;;;; ;;;;;;;5185;;total;29;523;232;176;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;343;183;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;216;236;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;383;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;163;;;;;;;;;; </pre> =====ppm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppm_autres_intercalaires_aas|ppm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppm;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;10545;11633;323;*; ;;rRNA;11957;13510;290;*;1554 ;;rRNA;13801;16726;145;*;2926 ;;rRNA;16872;16988;232;*;117 fin;;CDS;17221;17640;;0; deb;comp;CDS;111496;112530;612;*; ;;rRNA;113143;114696;217;*;1554 ;;rRNA;114914;117842;77;*;2929 ;;rRNA;117920;118036;343;*;117 fin;;CDS;118380;119837;;; deb;;CDS;123186;124469;90;*; ;;tRNA;124560;124648;145;*;tca fin;;CDS;124794;125135;;; deb;;CDS;176747;176944;111;*; ;;ncRNA;177056;177322;155;*; fin;;CDS;177478;179229;;; deb;;CDS;180728;181003;408;*; ;;rRNA;181412;182965;117;*;1554 ;;rRNA;183083;183199;39;*;117 ;;tRNA;183239;183315;20;*;atc ;;tRNA;183336;183411;129;*;gca ;;rRNA;183541;186467;131;*;2927 ;;tRNA;186599;186690;28;*;agc ;;tRNA;186719;186795;10;*;atgj ;;tRNA;186806;186881;4;*;gta ;;tRNA;186886;186961;19;*;aca ;;tRNA;186981;187057;77;*;gac ;;tRNA;187135;187207;9;*;ttc ;;tRNA;187217;187302;7;*;tac ;;tRNA;187310;187382;157;*;aaa fin;;CDS;187540;188682;;; deb;comp;CDS;212745;213326;226;*; ;comp;tRNA;213553;213624;259;*;cgg fin;;CDS;213884;214921;;; deb;;CDS;224658;225137;255;*; ;;tmRNA;225393;225757;618;*; fin;;CDS;226376;227050;;; deb;;CDS;453754;455364;388;*; ;;rRNA;455753;457306;217;*;1554 ;;rRNA;457524;460452;77;*;2929 ;;rRNA;460530;460646;34;*;117 ;;tRNA;460681;460757;22;*;atc ;;tRNA;460780;460855;4;*;gca ;;tRNA;460860;460935;34;*;aac ;;tRNA;460970;461043;3;*;atgj ;;tRNA;461047;461138;31;*;agc ;;tRNA;461170;461241;6;*;gaa ;;tRNA;461248;461323;10;*;gta ;;tRNA;461334;461407;25;*;atgf ;;tRNA;461433;461509;50;*;gac ;;tRNA;461560;461632;25;*;ttc ;;tRNA;461658;461733;5;*;aca ;;tRNA;461739;461824;16;*;tac ;;tRNA;461841;461913;18;*;cac ;;tRNA;461932;462006;4;*;caa ;;tRNA;462011;462086;15;*;aaa ;;tRNA;462102;462189;6;*;ctg ;;tRNA;462196;462270;10;*;ggc ;;tRNA;462281;462351;26;*;tgc ;;tRNA;462378;462454;22;*;cgt ;;tRNA;462477;462550;9;*;cca ;;tRNA;462560;462630;204;*;gga fin;comp;CDS;462835;463938;;; deb;;CDS;465476;466216;520;*; ;;rRNA;466737;468290;217;*;1554 ;;rRNA;468508;471432;78;*;2925 ;;rRNA;471511;471627;176;*;117 fin;comp;CDS;471804;471962;;0; deb;comp;CDS;578235;578336;570;*; ;;rRNA;578907;580460;217;*;1554 ;;rRNA;580678;583605;78;*;2928 ;;rRNA;583684;583800;82;*;117 ;;tRNA;583883;583958;4;*;gca ;;tRNA;583963;584038;3;*;aac ;;tRNA;584042;584133;19;*;tcc ;;tRNA;584153;584224;9;*;gaa ;;tRNA;584234;584309;29;*;gta ;;tRNA;584339;584412;25;*;atgf ;;tRNA;584438;584514;13;*;gac ;;tRNA;584528;584603;4;*;aca ;;tRNA;584608;584693;102;*;tac ;;tRNA;584796;584870;4;*;caa ;;tRNA;584875;584950;12;*;aaa ;;tRNA;584963;585043;10;*;cta ;;tRNA;585054;585128;5;*;ggc ;;tRNA;585134;585210;12;*;cgt ;;tRNA;585223;585302;7;*;ttg ;;tRNA;585310;585386;7;*;cca ;;tRNA;585394;585464;1133;*;gga fin;;CDS;586598;587560;;0; deb;;CDS;609577;609924;73;*; ;;tRNA;609998;610069;94;*;acg fin;comp;CDS;610164;610445;;; deb;;CDS;752841;754124;607;*; ;;rRNA;754732;756285;218;*;1554 ;;rRNA;756504;759429;77;*;2926 ;;rRNA;759507;759623;183;*;117 fin;comp;CDS;759807;760232;;0; deb;;CDS;933311;934681;445;*; ;;rRNA;935127;936680;231;*;1554 ;;rRNA;936912;939838;77;*;2927 ;;rRNA;939916;940032;216;*;117 fin;;CDS;940249;941241;;; deb;;CDS;1462425;1462937;44;*; ;;tRNA;1462982;1463057;1;*;aac ;;tRNA;1463059;1463147;122;*;agc fin;comp;CDS;1463270;1464145;;; deb;comp;CDS;1464220;1464981;246;*; ;;tRNA;1465228;1465299;86;*;gaa ;;tRNA;1465386;1465461;15;*;aaa ;;tRNA;1465477;1465559;165;*;ctc fin;;CDS;1465725;1466180;;; deb;comp;CDS;1467848;1468585;262;*; ;;tRNA;1468848;1468930;148;*;ctc fin;comp;CDS;1469079;1469564;;0; deb;comp;CDS;1583500;1583721;130;*; ;;tRNA;1583852;1583925;244;*;ccc fin;comp;CDS;1584170;1585441;;0; deb;;CDS;1617541;1619682;107;*; ;;tRNA;1619790;1619860;265;*;gga fin;;CDS;1620126;1621163;;; deb;;CDS;1875693;1876160;129;*; ;;tRNA;1876290;1876365;11;*;gcc ;;tRNA;1876377;1876449;520;*;aag fin;comp;CDS;1876970;1877974;;; deb;comp;CDS;1933190;1933630;381;*; ;;tRNA;1934012;1934096;91;*;ctg fin;comp;CDS;1934188;1934718;;0; deb;;CDS;1982038;1982799;58;*; ;;ncRNA;1982858;1983052;216;*; fin;;CDS;1983269;1983661;;0; deb;comp;CDS;2009566;2010102;222;*; ;;tRNA;2010325;2010409;213;*;ctg fin;;CDS;2010623;2011135;;; deb;;CDS;2443744;2448333;536;*; ;;rRNA;2448870;2450423;410;*;1554 ;;rRNA;2450834;2453760;144;*;2927 ;;rRNA;2453905;2454021;236;*;117 fin;comp;CDS;2454258;2455367;;; deb;;CDS;2642172;2643329;422;*; ;;rRNA;2643752;2645305;353;*;1554 ;;rRNA;2645659;2648585;145;*;2927 ;;rRNA;2648731;2648847;383;*;117 fin;;CDS;2649231;2650082;;; deb;comp;CDS;3533806;3534249;139;*; ;;tRNA;3534389;3534460;279;*;gtc fin;comp;CDS;3534740;3535069;;; deb;;CDS;3639395;3639562;504;*; ;comp;tRNA;3640067;3640152;249;*;tta fin;;CDS;3640402;3640560;;; deb;;CDS;3668653;3669450;247;*; ;comp;tRNA;3669698;3669763;270;*;atgj fin;comp;CDS;3670034;3670234;;; deb;;CDS;3724691;3725086;122;*; ;comp;tRNA;3725209;3725282;123;*;atgi fin;comp;CDS;3725406;3725570;;; deb;;CDS;3796407;3797627;286;*; ;comp;ncRNA;3797914;3798312;79;*; fin;comp;CDS;3798392;3798958;;; deb;comp;CDS;4338508;4339209;107;*; ;comp;tRNA;4339317;4339390;7;*;cca ;comp;tRNA;4339398;4339477;12;*;ttg ;comp;tRNA;4339490;4339566;5;*;cgt ;comp;tRNA;4339572;4339646;38;*;ggc ;comp;tRNA;4339685;4339757;28;*;aaa ;comp;tRNA;4339786;4339862;26;*;gac ;comp;tRNA;4339889;4339965;30;*;atgf ;comp;tRNA;4339996;4340071;9;*;gta ;comp;tRNA;4340081;4340152;17;*;gaa ;comp;tRNA;4340170;4340261;3;*;tcc ;comp;tRNA;4340265;4340340;18;*;aac ;comp;rRNA;4340359;4340475;78;*;117 ;comp;rRNA;4340554;4343481;410;*;2928 ;comp;rRNA;4343892;4345445;489;*;1554 fin;comp;CDS;4345935;4347563;;; deb;comp;CDS;4394160;4395092;238;*; ;;tRNA;4395331;4395404;214;*;aga fin;;CDS;4395619;4396383;;0; deb;;CDS;4446278;4447621;207;*; ;comp;tRNA;4447829;4447902;174;*;aga fin;;CDS;4448077;4448370;;0; deb;comp;CDS;4703166;4703687;1861;*; ;comp;tRNA;4705549;4705627;11;*;ttg ;comp;tRNA;4705639;4705713;11;*;tgc ;comp;tRNA;4705725;4705796;6;*;ggc ;comp;tRNA;4705803;4705877;9;*;caa ;comp;tRNA;4705887;4705959;17;*;cac ;comp;tRNA;4705977;4706050;7;*;tgg ;comp;tRNA;4706058;4706143;4;*;tac ;comp;tRNA;4706148;4706223;22;*;aca ;comp;tRNA;4706246;4706318;35;*;ttc ;comp;tRNA;4706354;4706430;15;*;gac ;comp;tRNA;4706446;4706522;25;*;atgf ;comp;tRNA;4706548;4706623;58;*;gta ;comp;tRNA;4706682;4706753;17;*;gaa ;comp;tRNA;4706771;4706862;3;*;tcc ;comp;tRNA;4706866;4706941;2208;*;aac fin;comp;CDS;4709150;4710085;;; deb;comp;CDS;4987142;4989934;726;*; ;comp;tRNA;4990661;4990731;9;*;gga ;comp;tRNA;4990741;4990814;22;*;cca ;comp;tRNA;4990837;4990913;5;*;cgt ;comp;tRNA;4990919;4990993;10;*;ggc ;comp;tRNA;4991004;4991084;11;*;cta ;comp;tRNA;4991096;4991171;4;*;aaa ;comp;tRNA;4991176;4991250;55;*;caa ;comp;tRNA;4991306;4991381;11;*;gta ;comp;tRNA;4991393;4991464;11;*;gaa ;comp;tRNA;4991476;4991548;3;*;acc ;comp;tRNA;4991552;4991627;18;*;aac ;comp;rRNA;4991646;4991762;77;*;117 ;comp;rRNA;4991840;4994767;130;*;2928 ;comp;tRNA;4994898;4994973;20;*;gca ;comp;tRNA;4994994;4995070;38;*;atc ;comp;rRNA;4995109;4995225;102;*;117 ;comp;rRNA;4995328;4996881;363;*;1554 fin;comp;CDS;4997245;4997475;;; deb;comp;CDS;5057616;5058803;163;*; ;comp;rRNA;5058967;5059083;77;*;117 ;comp;rRNA;5059161;5062088;186;*;2928 ;comp;tRNA;5062275;5062350;98;*;gca ;comp;rRNA;5062449;5064002;376;*;1554 fin;comp;CDS;5064379;5066394;;; deb;;CDS;5714294;5714611;206;*; ;comp;tRNA;5714818;5714908;77;*;tcg fin;comp;CDS;5714986;5715210;;; </pre> ====ppmp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_données_intercalaires|ppmp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA hors bloc;; ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;supposé contigu;;intercalaire;; ;fxt;fct;ppmp;fx;fc;ppmp;fx40;fc40;ppmp;x-;c-;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;;1;0;0;3;0;0;3;-1;;4;536;100;tRNA contig;;;tRNA hors;; 10;;;10;0;18;1;0;1;-2;;0;33;89;5;;agc;3;;tta 20;1;;20;0;26;2;0;3;-3;;0;-24;35;63;;tgc;**;;aca 30;;1;30;4;21;3;0;3;-4;;11;106;116;7;;gaa;8;;tcg 40;1;1;40;1;23;4;0;2;-5;;0;226;18;6;;ctt;7;;tcc 50;;;50;2;10;5;0;4;-6;;1;119;94;101;;cca;6;;ctt 60;;;60;3;14;6;0;2;-7;;0;444;977;4;;tgg;5;;tcg 70;;;70;4;22;7;0;0;-8;;4;248;;7;;tat;**;;tca 80;;;80;1;21;8;0;1;-9;;0;126;;6;;caa;;; 90;1;;90;4;20;9;0;1;-10;;0;116;;5;;cac;;; 100;2;;100;2;11;10;0;1;-11;;2;24;;125;;gac;;; 110;;1;110;1;8;11;0;0;-12;;0;763;;10;;gga;;; 120;1;2;120;3;11;12;0;2;-13;;0;164;;4;;aac;;; 130;;1;130;1;12;13;0;7;-14;;2;;;9;;tac;;; 140;;;140;3;14;14;0;1;-15;;0;;;82;;ata;;; 150;;;150;4;14;15;0;4;-16;;0;;;5;;atgi;;; 160;;;160;9;10;16;0;2;-17;;0;;;4;;aac;;; 170;;1;170;2;8;17;0;4;-18;;0;;;131;;tgg;;; 180;;;180;2;8;18;0;4;-19;;0;;;5;;gaa;;; 190;;;190;5;10;19;0;2;-20;;2;;;55;;ggc;;; 200;;;200;2;11;20;0;0;-21;;0;;;22;;ttc;;; 210;;;210;1;7;21;0;2;-22;;1;;;7;;cga;;; 220;;;220;2;13;22;0;3;-23;;1;;;5;;cca;;; 230;;1;230;3;10;23;0;2;-24;;0;;;5;;ttg;;; 240;;;240;1;5;24;1;2;-25;;1;;;4;;atc;;; 250;;1;250;3;7;25;0;3;-26;;0;;;5;;atgf;;; 260;;;260;1;2;26;0;4;-27;;0;;;109;;gca;;; 270;;;270;3;3;27;1;1;-28;;0;;;3;;cga;;; 280;;;280;2;7;28;1;1;-29;;0;;;13;;cta;;; 290;;;290;5;4;29;0;1;-30;;0;;;8;;atc;;; 300;;;300;1;3;30;1;2;-31;;0;;;4;;aac;;; 310;;;310;0;5;31;0;3;-32;;0;;;**;;tgg;;; 320;;;320;1;4;32;0;1;-33;;0;;;8;;gac;;; 330;;;330;0;4;33;0;2;-34;;0;;;86;;tac;;; 340;;;340;2;1;34;0;0;-35;;0;;;14;;aaa;;; 350;;;350;2;1;35;0;2;-36;;0;;;4;;gga;;; 360;;;360;0;5;36;0;6;-37;;0;;;7;;ttc;;; 370;;;370;0;1;37;0;1;-38;;0;;;**;;acg;;; 380;;;380;2;3;38;0;1;-39;;0;;;;;;;; 390;;;390;0;2;39;1;5;-40;;0;;;;;;;; 400;;;400;0;2;40;0;2;-41;;0;;;;;;;; reste;1;3;reste;25;54;reste;102;347;-42;;0;;;;;;;; ;7;13;total;107;438;total;107;438;-43;;0;;;;;;;; ;6;9;diagr;82;381;diagr;5;88;-44;;0;;;;;;;; ;1;1; t30;4;65;;;;-45;;0;;;;;;;; ;;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;; ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;; ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;; ;;x;107;0;0;107;;;-49;;0;;;;;;;; ;;c;435;32;3;470;;;-50;;0;;;;;;;; ;;;;;;577;62;;reste;;2;;;;;;;; ;;;;;;;639;;total;0;32;;;;;;;; </pre> =====ppmp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ppmp_autres_intercalaires_aas|ppmp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;ppmp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3920;4174;536;*; ;;tRNA;4711;4803;5;*;agc ;;tRNA;4809;4883;63;*;tgc ;;tRNA;4947;5021;7;*;gaa ;;tRNA;5029;5105;6;*;ctt ;;tRNA;5112;5186;101;*;cca ;;tRNA;5288;5361;4;*;tgg ;;tRNA;5366;5441;7;*;tat ;;tRNA;5449;5522;6;*;caa ;;tRNA;5529;5605;5;*;cac ;;tRNA;5611;5686;125;*;gac ;;tRNA;5812;5887;10;*;gga ;;tRNA;5898;5973;4;*;aac ;;tRNA;5978;6066;9;*;tac ;;tRNA;6076;6153;82;*;ata ;;tRNA;6236;6311;5;*;atgi ;;tRNA;6317;6392;4;*;aac ;;tRNA;6397;6470;131;*;tgg ;;tRNA;6602;6678;5;*;gaa ;;tRNA;6684;6757;55;*;ggc ;;tRNA;6813;6885;22;*;ttc ;;tRNA;6908;6980;7;*;cga ;;tRNA;6988;7065;5;*;cca ;;tRNA;7071;7155;5;*;ttg ;;tRNA;7161;7235;4;*;atc ;;tRNA;7240;7317;5;*;atgf ;;tRNA;7323;7398;109;*;gca ;;tRNA;7508;7584;3;*;cga ;;tRNA;7588;7668;13;*;cta ;;tRNA;7682;7758;8;*;atc ;;tRNA;7767;7841;4;*;aac ;;tRNA;7846;7919;33;*;tgg deb;;CDS;7953;8324;-24;*; ;;tRNA;8301;8378;8;*;gac ;;tRNA;8387;8473;86;*;tac ;;tRNA;8560;8632;14;*;aaa ;;tRNA;8647;8720;4;*;gga ;;tRNA;8725;8800;7;*;ttc ;;tRNA;8808;8882;100;*;acg deb;comp;CDS;8983;9600;89;*; ;;tRNA;9690;9771;3;*;tta ;;tRNA;9775;9849;35;*;aca fin;comp;CDS;9885;10169;;; deb;comp;CDS;10320;10622;116;*; ;;tRNA;10739;10813;18;*;aca fin;comp;CDS;10832;11146;;; deb;comp;CDS;11363;11599;94;*; ;;tRNA;11694;11765;106;*;aga fin;;CDS;11872;12312;;0; deb;;CDS;13199;14083;226;*; ;;tRNA;14310;14385;8;*;tcg ;;tRNA;14394;14481;7;*;tcc ;;tRNA;14489;14560;6;*;ctt ;;tRNA;14567;14654;5;*;tcg ;;tRNA;14660;14751;119;*;tca fin;;CDS;14871;15080;;0; deb;comp;CDS;227125;227388;444;*; ;comp;tRNA;227833;227903;248;*;gga deb;comp;CDS;228152;228391;126;*; ;comp;tRNA;228518;228624;116;*;other fin;comp;CDS;228741;229064;;; deb;comp;CDS;229793;229999;24;*; ;comp;tRNA;230024;230108;763;*;tca deb;comp;CDS;230872;231393;164;*; ;comp;tRNA;231558;231640;977;*;tta fin;;CDS;232618;233067;;0; deb;;CDS;369072;371174;102;*; ;;misc_b;371277;371523;53;*;misc_b fin;;CDS;371577;374243;;; </pre> ===pmq=== ====pmq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq opérons|pmq opérons]] <pre> 58.3%GC;24.7.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paenibacillus mucilaginosus 3016;;;;;;;;; ;9206..10276;CDS;;322;322;;;357; ;10599..12139;16s;;269;;;;; ;12409..15343;23s;;95;;;;; ;15439..15555;5s;;178;178;;;;178 ;15734..17190;CDS;;3061;;;;486; ;;;;;;;;; ;20252..21532;CDS;;47;47;;;427;47 ;21580..21666;tca;;140;140;;;; ;21807..22157;CDS hp;@1;17;;;;117; ;22175..22357;CDS hp;;23;;;;*61; ;22381..22524;CDS hp;;86;;;;*48; comp;22611..22796;CDS hp;;138;;;;*62; comp;22935..25265;CDS replicase;;156;;;;*777; ;;;;;;;;; ;25422..26165;CDS;;220;220;;;248; comp;26386..26460;cgg;;183;183;;;;183 ;26644..27168;CDS;;151287;;;;175; ;;;;;;;;; ;178456..179454;CDS;;298;298;;;333; ;179753..181299;16s;;254;;;;; ;181554..184488;23s;;168;;;;; ;184657..184773;5s;;15;;;;; ;184789..184876;agc;;29;;;29;; ;184906..184982;atgj;;39;;;39;; ;185022..185097;gta;;15;;;15;; ;185113..185189;atgf;;14;;;14;; ;185204..185280;gac;;48;;;48;; ;185329..185404;ttc;;5;;;5;; ;185410..185485;aca;;9;;;9;; ;185495..185579;tac;;15;;;15;; ;185595..185670;aaa;;183;183;;;;183 comp;185854..187104;CDS;;30460;;;;417; ;;;;;;;;; comp;217565..218146;CDS;;129;129;;;194;129 comp;218276..218350;cgg;;261;261;;;; ;218612..219643;CDS;;34238;;;;344; ;;;;;;;;; ;253882..254526;CDS;;677;*677;;;215; ;255204..256745;16s;;268;;;;; ;257014..259948;23s;;95;;;;; ;260044..260160;5s;;55;;;;; ;260216..260292;atc;;19;;;19;; ;260312..260387;gca;+;16;;;16;; ;260404..260475;gaa;2 gca;9;;;9;; ;260485..260569;tac;;20;;;20;; ;260590..260665;aac;;3;;;3;; ;260669..260744;gta;;19;;;19;; ;260764..260840;gac;;20;;;20;; ;260861..260933;ttc;;15;;;15;; ;260949..261021;aaa;;10;;;10;; ;261032..261118;ctg;;3;;;3;; ;261122..261196;ggc;;12;;;12;; ;261209..261280;tgc;;15;;;15;; ;261296..261369;cgt;;5;;;5;; ;261375..261448;cca;;158;;;*158;; ;261607..261682;gca;;4;;;4;; ;261687..261759;acc;;5;;;5;; 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;;;;;;;;; comp;5005241..5005426;CDS;;127;127;;;62;127 comp;5005554..5005636;ctc;;40;;40;;; comp;5005677..5005765;tcc;;13;;13;;; comp;5005779..5005852;atg;;19;;19;;; comp;5005872..5005958;tcg;;167;167;;;; ;5006126..5006220;ncRNA;;1377035;;;;32; ;;;;;;;;; comp;6383256..6384173;CDS;;228;228;;;306; ;6384402..6384477;gtc;;69;69;;;;69 comp;6384547..6385458;CDS;;5453;;;;304; ;;;;;;;;; comp;6390912..6391130;CDS;;142;142;;;73;142 comp;6391273..6391358;tta;;7;;7;;; comp;6391366..6391442;atgi;;19;;19;;; comp;6391462..6391538;atgf;;370;370;;;; comp;6391909..6392460;CDS;;962046;;;;184; ;;;;;;;;; ;7354507..7354737;CDS;;342;342;;;77;*342 comp;7355080..7355162;ctc;;28;;;28;; comp;7355191..7355279;tcc;;12;;;12;; comp;7355292..7355368;atgf;;14;;;14;; comp;7355383..7355459;atgj;;14;;;14;; comp;7355474..7355561;agc;;8;;;8;; comp;7355570..7355659;tcg;;4;;;4;; comp;7355664..7355736;acc;;4;;;4;; comp;7355741..7355816;gca;;119;;;;; ;7355936..7356030;ncRNA;@3;36;;;;; comp;7356067..7356140;cca;;6;;;6;; comp;7356147..7356220;cgt;;104;;;*104;; 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comp;8258166..8258248;cta;;42;;;42;; comp;8258291..8258366;aaa;;8;;;8;; comp;8258375..8258449;caa;;9;;;9;; comp;8258459..8258532;tgg;;4;;;4;; comp;8258537..8258613;atgf;;5;;;5;; comp;8258619..8258694;gtc;;5;;;5;; comp;8258700..8258774;gaa;;11;;;11;; comp;8258786..8258859;atc;;43;;;;; comp;8258903..8259019;5s;;94;;;;; comp;8259114..8262048;23s;;255;;;;; comp;8262304..8263845;16s;;306;306;;;; comp;8264152..8264370;CDS;;58373;;;;73; ;;;;;;;;; comp;8322744..8323205;CDS;;393;393;;;154;*393 comp;8323599..8323715;5s;;94;;;;; comp;8323810..8326748;23s;;258;;;;; comp;8327007..8328547;16s;;369;369;;;; comp;8328917..8330413;CDS;;21505;;;;499; ;;;;;;;;; comp;8351919..8354414;CDS;;396;396;;;832; comp;8354811..8354884;atg;;149;149;;;;149 comp;8355034..8355537;CDS;;34450;;;;168; ;;;;;;;;; ;8389988..8390512;CDS;;296;296;;;175;*296 comp;8390809..8390925;5s;;94;;;;; comp;8391020..8393954;23s;;259;;;;; comp;8394214..8395754;16s;;234;234;;;; comp;8395989..8396255;CDS;;220222;;;;89; ;;;;;;;;; comp;8616478..8616924;CDS;;417;*417;;;149; ;8617342..8617418;gac;;157;157;;;;157 ;8617576..8618541;CDS;;105821;;;;322; ;;;;;;;;; ;8724363..8724614;CDS;;455;*455;;;84; comp;8725070..8725160;tcg;;165;165;;;;165 comp;8725326..8725559;CDS;;9205;;;;78; ;;opéron;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd </pre> ====pmq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_cumuls|pmq cumuls]] <pre> pmq;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cds dirigé;gammes;cdsa;cdsd avec rRNA;opérons;14;1;0;1;1;0;1;0;100;15;8 ;16 23 5s 0;5;20;14;107;50;3;20;1;200;18;10 ;16 atc gca;0;40;1;12;100;4;40;0;300;12;6 ;16 23 5s a;9;60;1;4;150;11;60;2;400;9;3 ;max a;23;80;0;1;200;11;80;2;500;6;4 ;a doubles;3;100;0;0;250;3;100;1;600;0;0 ;spéciaux;0;120;0;2;300;6;120;3;700;0;0 ;total aas;138;140;0;0;350;7;140;3;800;0;0 sans ;opérons;17;160;0;1;400;6;160;5;900;1;0 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;180;3;1000;1;0 ;max a;9;200;0;0;500;3;200;4;1100;0;0 ;a doubles;1;;2;0;;5;;7;;0;0 ;total aas;35;;18;128;;62;;31;;62;31 total aas;;173;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;16;;;;;;235;213 ;;;variance;;20;;;;;;184;122 sans jaune;;;moyenne;16;14;;207;;126;;; ;;;variance;12;11;;106;;49;;; </pre> ====pmq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_blocs|pmq blocs]] <pre> Les blocs à rRNAs pmq;;;;; CDS;298;324;373;12; 16s;254;258;260;159; 23s;168;166;168;256; 5s;15;31;9;537; 1er aa;agc;aac;aac;ttc; aas;9;16;17;9; CDS;183;187;147;104; ;;;;; CDS;677;797;537;54;43 16s;268;261;252;112;94 23s;95;94;94;258;255 5s;55;43;43;403;306 atc / aas;22;11;19;23;12 CDS;283;577;105;342;83 ;;;;; CDS;322;123;460;393;296 16s;269;167;94;94;94 23s;95;248;258;258;259 5s;178;325;456;369;234 </pre> ====pmq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_distribution|pmq distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ggc2 5s;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;4;tac;6;tgc;3 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;2;aac;5;agc;3 ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;4;cgt;7 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;3;gcc;1;gac;6;ggc;9 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;8;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;7;caa;6;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;1;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;4;gaa;7;gga;2 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;2;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmq;;11;;;;;11;;pmq;22;;;;;;22;;pmq;2;;;;;;2;;pmq;;;;138;;;138 </pre> ====pmq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_données_intercalaires|pmq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmq;fx;fc;pmq;fx40;fc40;pmq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;5;26;0;5;26;-1;0;80;47;222;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;15;298;1;1;52;-2;3;0;137;183;318;399;2* 280;;;29;;agc;11;;atc;28;;ctc;7;;aac ;1;20;15;336;2;1;46;-3;0;1;129;183;299;533;266;;;39;;atgj;5;;gaa;12;;tcc;297;;agc ;0;30;21;274;3;1;35;-4;11;384;283;261;673;793;272;;;15;;gta;5;;gtc;14;;atgf;9;;gaa ;0;40;15;250;4;1;34;-5;0;1;187;169;320;;271;;;14;;atgf;4;;atgf;14;;atgj;**;;ctc ;1;50;21;195;5;1;28;-6;3;1;18;137;377;;263;;;48;;gac;9;;tgg;8;;agc;16;;gca ;0;60;24;156;6;1;32;-7;0;5;180;192;533;;4* 269;;;5;;ttc;8;;caa;4;;tcg;12;;gaa ;1;70;32;142;7;2;28;-8;0;76;159;228;321;;268;;;9;;aca;18;;aaa;4;;acc;16;;gta 1;1;80;45;170;8;2;12;-9;1;0;64;72;272;;259;;;15;;tac;7;;ctg;;119;gca;17;;gac 1;1;90;45;162;9;4;10;-10;1;8;577;342;302;;267;;;**;;aaa;11;;ggc;;36;ncRNA;9;;cac ;0;100;53;148;10;1;21;-11;2;32;150;280;365;;270;;;19;;atc;12;;cgt;6;;cca;9;;caa ;3;110;55;121;11;1;23;-12;0;0;354;335;230;;23s 5s;;;16;;gca;**;;cca;104;;cgt;8;;aaa ;0;120;61;117;12;0;38;-13;0;7;105;86;5s CDS;;2* 97;;;9;;gaa;6;;aac;7;;ggc;3;;ctg ;1;130;78;119;13;1;43;-14;2;27;106;417;178;296;2* 170;;;20;;tac;38;;tcc;9;;ctg;**;;ggc 1;1;140;60;95;14;1;45;-15;0;0;315;455;123;;168;;;3;;aac;11;;gaa;9;;aaa;49;;ctg ;4;150;65;118;15;3;39;-16;0;5;256;;460;;6* 96;;;19;;gta;17;;gta;9;;caa;**;;ctg ;2;160;67;87;16;2;34;-17;2;17;142;;393;;113;;;20;;gac;13;;atgf;17;;cac;40;;ctc 1;1;170;75;94;17;1;25;-18;0;0;394;;;;161;;;15;;ttc;49;;gac;12;;gac;13;;tcc ;1;180;66;111;18;3;36;-19;0;1;142;;;;169;;;10;;aaa;4;;ttc;4;;gta;19;;atgj 2;1;190;81;93;19;3;29;-20;1;14;75;;;;5s tRNA;;agc;3;;ctg;13;;aca;15;;aac;**;;tcg 1;0;200;64;95;20;0;24;-21;0;0;104;;;;15;;atc;12;;ggc;8;;tac;8;;tac;7;;tta ;0;210;66;85;21;6;37;-22;1;5;84;;;;55;;atc;15;;tgc;13;;tgg;5;;aca;19;;atgi ;0;220;59;85;22;1;32;-23;0;13;404;;;;54;;atc;5;;cgt;26;;cac;15;;gaa;**;;atgf 2;0;230;53;78;23;2;24;-24;0;0;396;;;;3* 43;;aac;158;;cca;9;;caa;9;;gcc;230;;cac ;0;240;54;87;24;2;45;-25;1;3;149;;;;9;;aac;4;;gca;12;;ggc;**;;atc;**;;cac ;0;250;48;73;25;0;28;-26;3;13;157;;;;31;;ttc;5;;acc;10;;tgc;5;;ggg;;; ;1;260;42;65;26;5;15;-27;0;0;165;;;;12;;;19;;tcg;20;;tta;106;;cca;;; 1;0;270;43;60;27;2;24;-28;0;0;;;;;;;;17;;agc;3;;cgt;11;;cgt;;; 1;0;280;35;59;28;2;14;-29;0;8;;;;;;;;5;;gtc;**;;ttg;5;;ggc;;; ;1;290;29;45;29;0;25;-30;0;0;;;;;;;;39;;acg;19;;atc;13;;ctg;;; ;0;300;23;35;30;1;30;-31;0;2;;;;;;;;41;;tcc;17;;gca;16;;ctc;;; ;0;310;35;45;31;0;26;-32;1;8;;;;;;;;**;;ctc;8;;gaa;10;;aaa;;; ;1;320;28;32;32;1;21;-33;0;0;;;;;;;;10;;aac;5;;gta;28;;tac;;; ;0;330;28;41;33;1;26;-34;1;2;;;;;;;;38;;tcc;10;;aca;**;;ttc;;; 1;0;340;21;27;34;3;20;-35;1;6;;;;;;;;11;;gaa;18;;tac;5;;gga;;; 1;0;350;25;33;35;1;31;-36;2;0;;;;;;;;17;;gta;4;;aac;16;;cca;;; ;1;360;19;22;36;1;23;-37;0;2;;;;;;;;15;;atgf;21;;gta;4;;cgt;;; ;0;370;15;25;37;3;24;-38;0;2;;;;;;;;67;;gac;12;;atgf;8;;ggc;;; ;0;380;12;32;38;1;24;-39;0;0;;;;;;;;11;;acg;34;;gac;42;;cta;;; ;0;390;15;24;39;2;27;-40;0;1;;;;;;;;10;;cac;13;;cac;8;;aaa;;; ;2;400;10;26;40;2;28;-41;0;5;;;;;;;;5;;caa;8;;caa;9;;caa;;; 2;2;reste;265;354;reste;1817;3356;-42;0;0;;;;;;;;17;;aaa;17;;aaa;4;;tgg;;; 15;27;total;1888;4540;total;1888;4540;-43;0;0;;;;;;;;40;;ggc;13;;ctc;5;;atgf;;; 13;25;diagr;1618;4160;diagr;66;1158;-44;1;3;;;;;;;;24;;ggc;5;;ctg;5;;gtc;;; 0;1; t30;51;908;;;;-45;0;0;;;;;;;;8;;ttg;14;;ggc;11;;gaa;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;19;;cca;10;;tgc;**;;atc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;1;;gga;5;;cgt;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;aga;**;;cca;;;;;; ;x;1883;42;5;1930;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;4514;753;26;5293;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;7223;256;;reste;5;16;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;7479;;total;42;753;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====pmq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires_aas|pmq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9206;10276;318;*; ;;rRNA;10595;12131;280;*;16s ;;rRNA;12412;15341;97;*;23s ;;rRNA;15439;15555;178;*;5s fin;;CDS;15734;17190;;; deb;;CDS;20252;21532;47;*; ;;tRNA;21580;21669;137;*;tca fin;;CDS;21807;22157;;; deb;;CDS;25422;26165;222;*; ;comp;tRNA;26388;26460;183;*;cgg fin;;CDS;26644;27168;;; deb;;CDS;178456;179454;299;*; ;;rRNA;179754;181290;266;*;16s ;;rRNA;181557;184486;170;*;23s ;;rRNA;184657;184773;15;*;5s ;;tRNA;184789;184876;29;*;agc ;;tRNA;184906;184982;39;*;atgj ;;tRNA;185022;185097;15;*;gta ;;tRNA;185113;185189;14;*;atgf ;;tRNA;185204;185280;48;*;gac ;;tRNA;185329;185404;5;*;ttc ;;tRNA;185410;185485;9;*;aca ;;tRNA;185495;185579;15;*;tac ;;tRNA;185595;185670;183;*;aaa fin;comp;CDS;185854;187104;;0; deb;comp;CDS;217565;218146;129;*; ;comp;tRNA;218276;218350;261;*;cgg fin;;CDS;218612;219643;;; deb;;CDS;230970;231455;186;*; ;;tmRNA;231642;232004;140;*; fin;;CDS;232145;232804;;; deb;;CDS;253921;254526;673;*; ;;rRNA;255200;256736;280;*;16s ;;rRNA;257017;259946;97;*;23s ;;rRNA;260044;260160;55;*;5s ;;tRNA;260216;260292;19;*;atc ;;tRNA;260312;260387;16;*;gca ;;tRNA;260404;260475;9;*;gaa ;;tRNA;260485;260569;20;*;tac ;;tRNA;260590;260665;3;*;aac ;;tRNA;260669;260744;19;*;gta ;;tRNA;260764;260840;20;*;gac ;;tRNA;260861;260933;15;*;ttc ;;tRNA;260949;261021;10;*;aaa ;;tRNA;261032;261118;3;*;ctg ;;tRNA;261122;261196;12;*;ggc ;;tRNA;261209;261280;15;*;tgc ;;tRNA;261296;261369;5;*;cgt ;;tRNA;261375;261448;158;*;cca ;;tRNA;261607;261682;4;*;gca ;;tRNA;261687;261759;5;*;acc ;;tRNA;261765;261854;19;*;tcg ;;tRNA;261874;261961;17;*;agc ;;tRNA;261979;262054;5;*;gtc ;;tRNA;262060;262134;39;*;acg ;;tRNA;262174;262262;41;*;tcc ;;tRNA;262304;262386;283;*;ctc fin;;CDS;262670;263515;;; deb;;CDS;578195;579055;320;*; ;;rRNA;579376;580913;269;*;16s ;;rRNA;581183;584112;168;*;23s ;;rRNA;584281;584397;31;*;5s ;;tRNA;584429;584501;10;*;aac ;;tRNA;584512;584600;38;*;tcc ;;tRNA;584639;584710;11;*;gaa ;;tRNA;584722;584797;17;*;gta ;;tRNA;584815;584891;15;*;atgf ;;tRNA;584907;584983;67;*;gac ;;tRNA;585051;585125;11;*;acg ;;tRNA;585137;585212;10;*;cac ;;tRNA;585223;585297;5;*;caa ;;tRNA;585303;585378;17;*;aaa ;;tRNA;585396;585470;40;*;ggc ;;tRNA;585511;585585;24;*;ggc ;;tRNA;585610;585689;8;*;ttg ;;tRNA;585698;585774;19;*;cca ;;tRNA;585794;585867;1;*;gga ;;tRNA;585869;585942;187;*;aga fin;;CDS;586130;586885;;; deb;;CDS;672473;672949;18;*; ;;tRNA;672968;673043;7;*;aac ;;tRNA;673051;673138;297;*;agc ;;tRNA;673436;673507;9;*;gaa ;;tRNA;673517;673599;180;*;ctc fin;;CDS;673780;674199;;; deb;;CDS;674382;675278;159;*; ;;tRNA;675438;675520;64;*;ctc fin;;CDS;675585;675833;;; deb;comp;CDS;694284;695636;793;*; ;;rRNA;696430;697966;272;*;16s ;;rRNA;698239;701168;96;*;23s ;;rRNA;701265;701381;43;*;5s ;;tRNA;701425;701498;11;*;atc ;;tRNA;701510;701584;5;*;gaa ;;tRNA;701590;701665;5;*;gtc ;;tRNA;701671;701747;4;*;atgf ;;tRNA;701752;701825;9;*;tgg ;;tRNA;701835;701909;8;*;caa ;;tRNA;701918;701990;18;*;aaa ;;tRNA;702009;702092;7;*;ctg ;;tRNA;702100;702174;11;*;ggc ;;tRNA;702186;702259;12;*;cgt ;;tRNA;702272;702348;577;*;cca fin;;CDS;702926;703120;;; deb;;CDS;1073441;1074214;377;*; ;;rRNA;1074592;1076128;271;*;16s ;;rRNA;1076400;1079329;170;*;23s ;;rRNA;1079500;1079616;9;*;5s ;;tRNA;1079626;1079701;6;*;aac ;;tRNA;1079708;1079796;38;*;tcc ;;tRNA;1079835;1079906;11;*;gaa ;;tRNA;1079918;1079993;17;*;gta ;;tRNA;1080011;1080087;13;*;atgf ;;tRNA;1080101;1080177;49;*;gac ;;tRNA;1080227;1080302;4;*;ttc ;;tRNA;1080307;1080382;13;*;aca ;;tRNA;1080396;1080481;8;*;tac ;;tRNA;1080490;1080560;13;*;tgg ;;tRNA;1080574;1080649;26;*;cac ;;tRNA;1080676;1080747;9;*;caa ;;tRNA;1080757;1080831;12;*;ggc ;;tRNA;1080844;1080917;10;*;tgc ;;tRNA;1080928;1081016;20;*;tta ;;tRNA;1081037;1081113;3;*;cgt ;;tRNA;1081117;1081196;150;*;ttg fin;;CDS;1081347;1081973;;0; deb;;CDS;1210625;1213519;354;*; ;;tRNA;1213874;1213949;16;*;gca ;;tRNA;1213966;1214037;12;*;gaa ;;tRNA;1214050;1214125;16;*;gta ;;tRNA;1214142;1214218;17;*;gac ;;tRNA;1214236;1214311;9;*;cac ;;tRNA;1214321;1214395;9;*;caa ;;tRNA;1214405;1214477;8;*;aaa ;;tRNA;1214486;1214572;3;*;ctg ;;tRNA;1214576;1214647;169;*;ggc fin;comp;CDS;1214817;1215602;;; deb;;CDS;1594387;1594665;533;*; ;;rRNA;1595199;1596735;263;*;16s ;;rRNA;1596999;1599928;96;*;23s ;;rRNA;1600025;1600141;43;*;5s ;;tRNA;1600185;1600261;19;*;atc ;;tRNA;1600281;1600356;17;*;gca ;;tRNA;1600374;1600445;8;*;gaa ;;tRNA;1600454;1600529;5;*;gta ;;tRNA;1600535;1600610;10;*;aca ;;tRNA;1600621;1600705;18;*;tac ;;tRNA;1600724;1600799;4;*;aac ;;tRNA;1600804;1600879;21;*;gta ;;tRNA;1600901;1600977;12;*;atgf ;;tRNA;1600990;1601066;34;*;gac ;;tRNA;1601101;1601176;13;*;cac ;;tRNA;1601190;1601264;8;*;caa ;;tRNA;1601273;1601345;17;*;aaa ;;tRNA;1601363;1601448;13;*;ctc ;;tRNA;1601462;1601548;5;*;ctg ;;tRNA;1601554;1601628;14;*;ggc ;;tRNA;1601643;1601713;10;*;tgc ;;tRNA;1601724;1601797;5;*;cgt ;;tRNA;1601803;1601876;105;*;cca fin;;CDS;1601982;1602245;;; deb;;CDS;1834781;1835260;106;*; ;;tRNA;1835367;1835439;137;*;gcc fin;comp;CDS;1835577;1835978;;; deb;;CDS;2147627;2148466;89;*; ;;ncRNA;2148556;2148735;114;*; fin;;CDS;2148850;2149506;;0; deb;comp;CDS;2207093;2208091;192;*; ;;tRNA;2208284;2208367;49;*;ctg ;;tRNA;2208417;2208500;315;*;ctg fin;;CDS;2208816;2209952;;; deb;;CDS;3456514;3456786;256;*; ;;tRNA;3457043;3457119;142;*;ccc fin;;CDS;3457262;3457483;;; deb;comp;CDS;5004536;5005159;394;*; ;comp;tRNA;5005554;5005636;40;*;ctc ;comp;tRNA;5005677;5005765;13;*;tcc ;comp;tRNA;5005779;5005852;19;*;atgj ;comp;tRNA;5005872;5005958;167;*;tcg ;;ncRNA;5006126;5006220;132;*; fin;comp;CDS;5006353;5007825;;; deb;comp;CDS;6383256;6384173;228;*; ;;tRNA;6384402;6384474;72;*;gtc fin;comp;CDS;6384547;6385458;;; deb;comp;CDS;6390912;6391130;142;*; ;comp;tRNA;6391273;6391358;7;*;tta ;comp;tRNA;6391366;6391442;19;*;atgi ;comp;tRNA;6391462;6391538;75;*;atgf fin;comp;CDS;6391614;6391778;;; deb;;CDS;6561157;6563109;118;*; ;comp;ncRNA;6563228;6563648;95;*; fin;comp;CDS;6563744;6564859;;; deb;;CDS;7354507;7354737;342;*; ;comp;tRNA;7355080;7355162;28;*;ctc ;comp;tRNA;7355191;7355279;12;*;tcc ;comp;tRNA;7355292;7355368;14;*;atgf ;comp;tRNA;7355383;7355459;14;*;atgj ;comp;tRNA;7355474;7355561;8;*;agc ;comp;tRNA;7355570;7355659;4;*;tcg ;comp;tRNA;7355664;7355736;4;*;acc ;comp;tRNA;7355741;7355816;119;*;gca ;;ncRNA;7355936;7356030;36;*; ;comp;tRNA;7356067;7356140;6;*;cca ;comp;tRNA;7356147;7356220;104;*;cgt ;comp;tRNA;7356325;7356396;7;*;ggc ;comp;tRNA;7356404;7356490;9;*;ctg ;comp;tRNA;7356500;7356572;9;*;aaa ;comp;tRNA;7356582;7356656;9;*;caa ;comp;tRNA;7356666;7356741;17;*;cac ;comp;tRNA;7356759;7356835;12;*;gac ;comp;tRNA;7356848;7356923;4;*;gta ;comp;tRNA;7356928;7357003;15;*;aac ;comp;tRNA;7357019;7357103;8;*;tac ;comp;tRNA;7357112;7357187;5;*;aca ;comp;tRNA;7357193;7357264;15;*;gaa ;comp;tRNA;7357280;7357355;9;*;gcc ;comp;tRNA;7357365;7357438;54;*;atc ;comp;rRNA;7357493;7357609;113;*;5s ;comp;rRNA;7357723;7360652;269;*;23s ;comp;rRNA;7360922;7362458;399;*;16s fin;;CDS;7362858;7363397;;0; deb;;CDS;7618150;7618842;280;*; ;comp;tRNA;7619123;7619193;335;*;ggg fin;;CDS;7619529;7620461;;0; deb;comp;CDS;7666633;7668069;104;*; ;comp;tRNA;7668174;7668244;5;*;ggg ;comp;tRNA;7668250;7668326;106;*;cca ;comp;tRNA;7668433;7668506;11;*;cgt ;comp;tRNA;7668518;7668592;5;*;ggc ;comp;tRNA;7668598;7668684;13;*;ctg ;comp;tRNA;7668698;7668783;16;*;ctc ;comp;tRNA;7668800;7668872;10;*;aaa ;comp;tRNA;7668883;7668967;28;*;tac ;comp;tRNA;7668996;7669071;12;*;ttc ;comp;rRNA;7669084;7669200;161;*;5s ;comp;rRNA;7669362;7672294;268;*;23s ;comp;rRNA;7672563;7674099;533;*;16s fin;;CDS;7674633;7675382;;; deb;comp;CDS;7853177;7853734;84;*; ;comp;tRNA;7853819;7853892;230;*;cac ;comp;tRNA;7854123;7854196;404;*;cac fin;comp;CDS;7854601;7854801;;; deb;comp;CDS;8100441;8100854;123;*; ;comp;rRNA;8100978;8101094;169;*;5s ;comp;rRNA;8101264;8104177;259;*;23s ;comp;rRNA;8104437;8105973;321;*;16s fin;comp;CDS;8106295;8106636;;; deb;comp;CDS;8151918;8152448;460;*; ;comp;rRNA;8152909;8153031;96;*;5s ;comp;rRNA;8153128;8156057;269;*;23s ;comp;rRNA;8156327;8157863;272;*;16s fin;comp;CDS;8158136;8158708;;; deb;;CDS;8256928;8257746;86;*; ;comp;tRNA;8257833;8257903;5;*;gga ;comp;tRNA;8257909;8257985;16;*;cca ;comp;tRNA;8258002;8258078;4;*;cgt ;comp;tRNA;8258083;8258157;8;*;ggc ;comp;tRNA;8258166;8258248;42;*;cta ;comp;tRNA;8258291;8258366;8;*;aaa ;comp;tRNA;8258375;8258449;9;*;caa ;comp;tRNA;8258459;8258532;4;*;tgg ;comp;tRNA;8258537;8258613;5;*;atgf ;comp;tRNA;8258619;8258694;5;*;gtc ;comp;tRNA;8258700;8258774;11;*;gaa ;comp;tRNA;8258786;8258859;43;*;atc ;comp;rRNA;8258903;8259019;96;*;5s ;comp;rRNA;8259116;8262045;267;*;23s ;comp;rRNA;8262313;8263849;302;*;16s fin;comp;CDS;8264152;8264370;;; deb;comp;CDS;8322744;8323205;393;*; ;comp;rRNA;8323599;8323715;96;*;5s ;comp;rRNA;8323812;8326745;269;*;23s ;comp;rRNA;8327015;8328551;365;*;16s fin;comp;CDS;8328917;8330413;;; deb;comp;CDS;8351919;8354414;396;*; ;comp;tRNA;8354811;8354884;149;*;atgj fin;comp;CDS;8355034;8355537;;; deb;;CDS;8389988;8390512;296;*; ;comp;rRNA;8390809;8390925;96;*;5s ;comp;rRNA;8391022;8393951;270;*;23s ;comp;rRNA;8394222;8395758;230;*;16s fin;comp;CDS;8395989;8396255;;; deb;comp;CDS;8399622;8400683;208;*; ;comp;ncRNA;8400892;8401155;47;*; fin;comp;CDS;8401203;8401592;;; deb;comp;CDS;8616478;8616924;417;*; ;;tRNA;8617342;8617418;157;*;gac fin;;CDS;8617576;8618541;;0; deb;;CDS;8724363;8724614;455;*; ;comp;tRNA;8725070;8725160;165;*;tcg fin;comp;CDS;8725326;8725559;;; </pre> ====pmq intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_entre_cds|pmq intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> ;;;pmq 9.11.20;;;;;;;;; pmq;8.2.21 Paris;;pmq 7.2.21;;;;;;;;; pmq;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;795;11.0;'''négatif ;-11;16;-1 à -119;'''8 739 048;-1;795;610;15 ;'''zéro;31;0.4;;;;;'''intercals;0;31;620;10 ;'''1 à 200;4139;57.3;'''0 à 200;88;60;;'''1 202 544;5;200;630;6 ;'''201 à 370;1520;21.0;'''201 à 370;266;46;;'''13.8%;10;113;640;6 ;'''371 à 600;506;7.0;'''371 à 600;460;65;;;15;194;650;10 ;'''601 à max;232;3.2;'''601 à 1028;861;248;;;20;157;660;8 ;'''total 7223;<201;68.7;'''total 7223;165;188;-119 à 1742;;25;177;670;5 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;118;680;5 6589209;1742;-1;795;-70;13;;0;31;35;130;690;6 6004770;1651;0;31;-60;3;;-1;°80;40;135;700;4 4375163;1613;1;°53;-50;6;;-2;3;45;110;710;5 3234976;1576;2;°47;-40;14;;-3;1;50;106;720;5 1433663;1551;3;36;-30;27;'''min à -1;-4;°395;55;93;730;5 1961332;1546;4;35;-20;62;795;-5;1;60;87;740;5 1948392;1534;5;29;-10;104;11.0%;-6;4;65;99;750;4 8025788;1532;6;°33;0;597;;-7;5;70;75;760;6 6672573;1521;7;°30;10;313;;-8;°76;75;106;770;5 4064508;1497;8;14;20;351;;-9;1;80;109;780;4 1735863;1428;9;14;30;295;;-10;9;85;99;790;3 4067449;1378;10;22;40;265;'''1 à 100;-11;°34;90;108;800;5 2875626;1352;11;24;50;216;2448;-12;0;95;98;810;3 896926;1351;12;°38;60;180;33.9%;-13;7;100;103;820;5 6351796;1318;13;°44;70;174;;-14;°29;105;92;830;6 2069562;1279;14;°46;80;215;;-15;0;110;84;840;1 1529184;1277;15;°42;90;207;;-16;5;115;93;850;1 1897252;1277;16;36;100;201;;-17;°19;120;85;860;7 2910237;1276;17;26;110;176;;-18;0;125;100;870;2 3749065;1276;18;°39;120;178;;-19;1;130;97;880;2 4906359;1270;19;32;130;197;;-20;°15;135;72;890;3 1921516;1263;20;24;140;155;;-21;0;140;83;900;3 880003;1252;21;°43;150;183;;-22;6;145;89;910;3 5858747;1240;22;33;160;154;;-23;°13;150;94;920;2 5950046;1211;23;26;170;169;'''1 à 200;-24;0;155;77;930;4 8085655;1206;24;°47;180;177;4139;-25;4;160;77;940;5 7588882;1203;25;28;190;174;57.3%;-26;°16;165;84;950;2 7315024;1200;26;20;200;159;;-27;0;170;85;960;2 5662979;1189;27;°26;210;151;;-28;0;175;91;970;2 8557915;1186;28;16;220;144;;-29;°8;180;86;980;0 359256;1184;29;25;230;131;;-30;0;185;87;990;2 7839445;1169;30;°31;240;141;;-31;2;190;87;1000;2 1773925;1157;31;26;250;121;'''0 à 200;-32;°9;195;80;1010;2 3687367;1141;32;22;260;107;4170;;774;200;79;1020;1 1886363;1109;33;°27;270;103;;reste;52;205;81;1030;2 7335994;1095;34;23;280;94;;total;826;210;70;1040;2 5259590;1088;35;°32;290;74;;;;215;82;1050;2 3089348;1087;36;24;300;58;;;;220;62;1060;4 3287601;1084;37;27;310;80;;'''intercal;'''<u>fréquence5;225;65;1070;0 933373;1077;38;25;320;60;;600;6991;230;66;1080;1 8231158;1055;39;°29;330;69;;650;47;235;68;1090;3 1233491;1054;40;°30;340;48;'''201 à 370;700;28;240;73;1100;1 1379835;1052;reste;5173;350;58;1520;750;24;245;59;1110;1 1438197;1052;total;7223;360;41;21.0%;800;23;250;62;1120;0 2970387;1045;;;370;40;;850;16;255;55;1130;0 5913926;1042;;;380;44;;900;17;260;52;1140;0 7192953;1040;;;390;39;;950;16;265;51;1150;1 247705;1038;;;400;36;;1000;8;270;52;1160;1 1687282;1027;;;410;29;;1050;9;275;42;1170;1 7301491;1024;;;420;25;;1100;9;280;52;1180;0 2362680;1013;;;430;35;;1150;2;285;35;1190;3 ;;;;440;31;;1200;6;290;39;1200;1 ;;;;450;19;;1250;4;295;29;;205 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;460;25;;1300;8;300;29;reste;27 4544722;-119;shift 2;16105;470;17;;1350;1;305;45;total;232 5318942;-119;shift 3;18655;480;21;;1400;3;310;35;; 1976860;-116;shift 4;1615;490;20;;1450;1;315;33;; 5337597;-115;shift 5;1973;500;26;;1500;1;320;27;; 3673911;-113;shift 6;419;510;13;;1550;4;325;30;; 5433750;-101;shift 7;5002;520;14;;1600;2;330;39;; 7350606;-101;shift 8;832;530;14;;1650;1;335;28;; 2131496;-95;shift 9;1189;540;19;'''371 à 600;;230;340;20;; 4669248;-95;;;550;20;506;;;345;34;; 2553569;-89;;;560;12;7.0%;;;350;24;; 2198194;-75;;;570;15;;;;355;28;; 1029214;-74;;;580;9;'''601 à max;;;360;13;; 7372543;-73;;;590;11;232;;;365;21;; 1297148;-65;;;600;12;3.2%;;;370;19;; 3921139;-65;;;reste;232;;reste;2;reste;738;; 6624824;-65;;;total;7223;;total;7223;total;7223;; </pre> ====pmq intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pmq Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1614;4164;5778;458;-832;-651;181;-866;-825;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmq;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;31;-283;664;-7.0;878;304;max190;&-29;229;-645;79;946;263;min70 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-13;112;-388;63;937;287;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;28;31;-;65;poly;813;tF;&143;54;;806;poly;140;SF 31 à 400;;;;;;;;&113;46;-;886;dte;51;Sf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.207;;24.1.22 Paris;;;; 41-n;0.458;-0.832;-0.651;;;;;;;;;;; 1-n;-0.061;-0.866;-0.825;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; pmq;fx;fc;;pmq;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;pmq;Sx-;Sc- 0;5;26;;0;3;6;0;5;26;>0;1880;-1;0;80 10;15;298;;10;9;72;1;1;52;<0;42;-2;3;0 20;15;336;;20;9;81;2;1;46;zéro;5;-3;0;1 30;22;273;;30;14;66;3;1;35;total;1927;-4;11;384 40;16;249;;40;10;60;4;1;34;;c;-5;0;1 50;22;194;;50;14;47;5;1;28;>0;4517;-6;3;1 60;24;156;;60;15;37;6;1;32;<0;753;-7;0;5 70;32;142;;70;20;34;7;2;28;zéro;26;-8;0;76 80;47;168;;80;29;40;8;2;12;total;5296;-9;1;0 90;44;163;;90;27;39;9;4;10;;;-10;1;8 100;53;148;;100;33;36;10;1;21;total;7223;-11;2;32 110;53;123;;110;33;30;11;1;23;;;-12;0;0 120;61;117;;120;38;28;12;0;38;;;-13;0;7 130;77;120;;130;48;29;13;1;43;;;-14;2;27 140;60;95;;140;37;23;14;1;45;;;-15;0;0 150;64;119;;150;40;29;15;3;39;;;-16;0;5 160;67;87;;160;42;21;16;2;34;;;-17;2;17 170;75;94;;170;46;23;17;1;25;;;-18;0;0 180;66;111;;180;41;27;18;3;36;;;-19;0;1 190;81;93;;190;50;22;19;3;29;;;-20;1;14 200;65;94;;200;40;23;20;0;24;;;-21;0;0 210;65;86;;210;40;21;21;6;37;;;-22;1;5 220;58;86;;220;36;21;22;1;32;;;-23;0;13 230;52;79;;230;32;19;23;3;23;;;-24;0;0 240;54;87;;240;33;21;24;2;45;;;-25;1;3 250;47;74;;250;29;18;25;0;28;;;-26;3;13 260;41;66;;260;25;16;26;5;15;;;-27;0;0 270;43;60;;270;27;14;27;2;24;;;-28;0;0 280;35;59;;280;22;14;28;2;14;;;-29;0;8 290;30;44;;290;19;11;29;0;25;;;-30;0;0 300;23;35;;300;14;8;30;1;30;;;-31;0;2 310;35;45;;310;22;11;31;0;26;;;-32;1;8 320;28;32;;320;17;8;32;2;20;;;-33;0;0 330;28;41;;330;17;10;33;1;26;;;-34;1;2 340;21;27;;340;13;6;34;3;20;;;-35;1;6 350;25;33;;350;15;8;35;1;31;;;-36;2;0 360;19;22;;360;12;5;36;1;23;;;-37;0;2 370;14;26;;370;9;6;37;3;24;;;-38;0;2 380;12;32;;380;7;8;38;1;24;;;-39;0;0 390;15;24;;390;9;6;39;2;27;;;-40;0;1 400;10;26;;400;6;6;40;2;28;;;-41;0;5 reste;266;353;;;;;reste;1812;3361;;;-42;0;0 total;1885;4543;;t30;32;218;total;1885;4543;;;-43;0;0 diagr;1614;4164;;;;;diagr;68;1156;;;-44;1;3 - t30;1562;3257;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;2 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;5;16 ;;;;;;;;;;;;total;42;753 </pre> ====pmq intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_négatifs_S-|pmq intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;;à partir de 51 comp’;0;3;0;8;0;3;0;0;1;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;0;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;34;4 continu;80;0;1;387;1;1;5;76;0;9;32;0;7;27;0;5;18;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;3;7;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;0;0;1;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;7;761;17 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pmq;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;11;0;3;0;0;1;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;5;42 ;Sc-;80;0;1;384;1;1;5;76;0;8;32;0;7;27;0;5;17;0;1;14;0;5;13;0;3;13;0;0;8;0;2;8;0;2;6;0;2;2;0;1;5;0;0;3;0;1;1;0;2;1;16;753 </pre> ====pmq autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_autres_intercalaires|pmq autres intercalaires]] <pre> pmq;autres intercalaires;;adresses1;;;pmq;autres intercalaires;;adresses2;;;pmq;autres intercalaires;;adresses3;;;pmq;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;9206;318;;;deb;°CDS;672473;18;;;deb;°CDS;1834781;106;;;deb;°CDS;7666633;104;comp ;$rRNA;10595;280;;;;&tRNA;672968;7;;;;&tRNA;1835367;137;;;;&tRNA;7668174;5;comp ;$rRNA;12412;97;;;;&tRNA;673051;297;;;fin;°CDS;1835577;;comp;;;&tRNA;7668250;106;comp ;$rRNA;15439;178;;;;&tRNA;673436;9;;;deb;°CDS;2147627;89;;;;&tRNA;7668433;11;comp fin;°CDS;15734;;;;;&tRNA;673517;180;;;;ncRNA;2148556;114;;;;&tRNA;7668518;5;comp deb;°CDS;20252;47;;;fin;°CDS;673780;;;;fin;°CDS;2148850;;;;;&tRNA;7668598;13;comp ;&tRNA;21580;137;;;deb;°CDS;674382;159;;;deb;°CDS;2207093;192;comp;;;&tRNA;7668698;16;comp fin;°CDS;21807;;;;;&tRNA;675438;64;;;;&tRNA;2208284;49;;;;&tRNA;7668800;10;comp deb;°CDS;25422;222;;;fin;°CDS;675585;;;;;&tRNA;2208417;315;;;;&tRNA;7668883;28;comp ;&tRNA;26388;183;comp;;deb;°CDS;694284;793;;;fin;°CDS;2208816;;;;;&tRNA;7668996;12;comp fin;°CDS;26644;;;;;$rRNA;696430;272;;;deb;°CDS;3456514;256;;;;$rRNA;7669084;161;comp deb;°CDS;178456;299;;;;$rRNA;698239;96;;;;&tRNA;3457043;142;;;;$rRNA;7669362;268;comp ;$rRNA;179754;266;;;;$rRNA;701265;43;;;fin;°CDS;3457262;;;;;$rRNA;7672563;533;comp ;$rRNA;181557;170;;;;&tRNA;701425;11;;;deb;°CDS;5004536;394;comp;;fin;°CDS;7674633;; ;$rRNA;184657;15;;;;&tRNA;701510;5;;;;&tRNA;5005554;40;comp;;deb;°CDS;7853177;84;comp ;&tRNA;184789;29;;;;&tRNA;701590;5;;;;&tRNA;5005677;13;comp;;;&tRNA;7853819;230;comp ;&tRNA;184906;39;;;;&tRNA;701671;4;;;;&tRNA;5005779;19;comp;;;&tRNA;7854123;404;comp ;&tRNA;185022;15;;;;&tRNA;701752;9;;;;&tRNA;5005872;167;comp;;fin;°CDS;7854601;;comp ;&tRNA;185113;14;;;;&tRNA;701835;8;;;;ncRNA;5006126;132;;;deb;°CDS;8100441;123;comp ;&tRNA;185204;48;;;;&tRNA;701918;18;;;fin;°CDS;5006353;;;;;$rRNA;8100978;169;comp ;&tRNA;185329;5;;;;&tRNA;702009;7;;;deb;°CDS;6383256;228;comp;;;$rRNA;8101264;259;comp ;&tRNA;185410;9;;;;&tRNA;702100;11;;;;&tRNA;6384402;72;;;;$rRNA;8104437;321;comp ;&tRNA;185495;15;;;;&tRNA;702186;12;;;fin;°CDS;6384547;;comp;;fin;°CDS;8106295;;comp ;&tRNA;185595;183;;;;&tRNA;702272;577;;;deb;°CDS;6390912;142;comp;;deb;°CDS;8151918;460;comp fin;°CDS;185854;;comp;;fin;°CDS;702926;;;;;&tRNA;6391273;7;comp;;;$rRNA;8152909;96;comp deb;°CDS;217565;129;comp;;deb;°CDS;1073441;377;;;;&tRNA;6391366;19;comp;;;$rRNA;8153128;269;comp ;&tRNA;218276;261;comp;;;$rRNA;1074592;271;;;;&tRNA;6391462;75;comp;;;$rRNA;8156327;272;comp fin;°CDS;218612;;;;;$rRNA;1076400;170;;;fin;°CDS;6391614;;comp;;fin;°CDS;8158136;;comp deb;°CDS;230970;186;;;;$rRNA;1079500;9;;;deb;°CDS;6561157;118;;;deb;°CDS;8256928;86; ;tmRNA;231642;140;;;;&tRNA;1079626;6;;;;ncRNA;6563228;95;comp;;;&tRNA;8257833;5;comp fin;°CDS;232145;;;;;&tRNA;1079708;38;;;fin;°CDS;6563744;;comp;;;&tRNA;8257909;16;comp deb;°CDS;253921;673;;;;&tRNA;1079835;11;;;deb;°CDS;7354507;342;;;;&tRNA;8258002;4;comp ;$rRNA;255200;280;;;;&tRNA;1079918;17;;;;&tRNA;7355080;28;comp;;;&tRNA;8258083;8;comp ;$rRNA;257017;97;;;;&tRNA;1080011;13;;;;&tRNA;7355191;12;comp;;;&tRNA;8258166;42;comp ;$rRNA;260044;55;;;;&tRNA;1080101;49;;;;&tRNA;7355292;14;comp;;;&tRNA;8258291;8;comp ;&tRNA;260216;19;;;;&tRNA;1080227;4;;;;&tRNA;7355383;14;comp;;;&tRNA;8258375;9;comp ;&tRNA;260312;16;;;;&tRNA;1080307;13;;;;&tRNA;7355474;8;comp;;;&tRNA;8258459;4;comp ;&tRNA;260404;9;;;;&tRNA;1080396;8;;;;&tRNA;7355570;4;comp;;;&tRNA;8258537;5;comp ;&tRNA;260485;20;;;;&tRNA;1080490;13;;;;&tRNA;7355664;4;comp;;;&tRNA;8258619;5;comp ;&tRNA;260590;3;;;;&tRNA;1080574;26;;;;&tRNA;7355741;119;comp;;;&tRNA;8258700;11;comp ;&tRNA;260669;19;;;;&tRNA;1080676;9;;;;ncRNA;7355936;36;;;;&tRNA;8258786;43;comp ;&tRNA;260764;20;;;;&tRNA;1080757;12;;;;&tRNA;7356067;6;comp;;;$rRNA;8258903;96;comp ;&tRNA;260861;15;;;;&tRNA;1080844;10;;;;&tRNA;7356147;104;comp;;;$rRNA;8259116;267;comp ;&tRNA;260949;10;;;;&tRNA;1080928;20;;;;&tRNA;7356325;7;comp;;;$rRNA;8262313;302;comp ;&tRNA;261032;3;;;;&tRNA;1081037;3;;;;&tRNA;7356404;9;comp;;fin;°CDS;8264152;;comp ;&tRNA;261122;12;;;;&tRNA;1081117;150;;;;&tRNA;7356500;9;comp;;deb;°CDS;8322744;393;comp ;&tRNA;261209;15;;;fin;°CDS;1081347;;;;;&tRNA;7356582;9;comp;;;$rRNA;8323599;96;comp ;&tRNA;261296;5;;;deb;°CDS;1210625;354;;;;&tRNA;7356666;17;comp;;;$rRNA;8323812;269;comp ;&tRNA;261375;158;;;;&tRNA;1213874;16;;;;&tRNA;7356759;12;comp;;;$rRNA;8327015;365;comp ;&tRNA;261607;4;;;;&tRNA;1213966;12;;;;&tRNA;7356848;4;comp;;fin;°CDS;8328917;;comp ;&tRNA;261687;5;;;;&tRNA;1214050;16;;;;&tRNA;7356928;15;comp;;deb;°CDS;8351919;396;comp ;&tRNA;261765;19;;;;&tRNA;1214142;17;;;;&tRNA;7357019;8;comp;;;&tRNA;8354811;149;comp ;&tRNA;261874;17;;;;&tRNA;1214236;9;;;;&tRNA;7357112;5;comp;;fin;°CDS;8355034;;comp ;&tRNA;261979;5;;;;&tRNA;1214321;9;;;;&tRNA;7357193;15;comp;;deb;°CDS;8389988;296; ;&tRNA;262060;39;;;;&tRNA;1214405;8;;;;&tRNA;7357280;9;comp;;;$rRNA;8390809;96;comp ;&tRNA;262174;41;;;;&tRNA;1214486;3;;;;&tRNA;7357365;54;comp;;;$rRNA;8391022;270;comp ;&tRNA;262304;283;;;;&tRNA;1214576;169;;;;$rRNA;7357493;113;comp;;;$rRNA;8394222;230;comp fin;°CDS;262670;;;;fin;°CDS;1214817;;comp;;;$rRNA;7357723;269;comp;;fin;°CDS;8395989;;comp deb;°CDS;578195;320;;;deb;°CDS;1594387;533;;;;$rRNA;7360922;399;comp;;deb;°CDS;8399622;208;comp ;$rRNA;579376;269;;;;$rRNA;1595199;263;;;fin;°CDS;7362858;;;;;ncRNA;8400892;47;comp ;$rRNA;581183;168;;;;$rRNA;1596999;96;;;deb;°CDS;7618150;280;;;fin;°CDS;8401203;;comp ;$rRNA;584281;31;;;;$rRNA;1600025;43;;;;&tRNA;7619123;335;comp;;deb;°CDS;8616478;417;comp ;&tRNA;584429;10;;;;&tRNA;1600185;19;;;fin;°CDS;7619529;;;;;&tRNA;8617342;157; ;&tRNA;584512;38;;;;&tRNA;1600281;17;;;;;;;;;fin;°CDS;8617576;; ;&tRNA;584639;11;;;;&tRNA;1600374;8;;;;;;;;;deb;°CDS;8724363;455; ;&tRNA;584722;17;;;;&tRNA;1600454;5;;;;;;;;;;&tRNA;8725070;165;comp ;&tRNA;584815;15;;;;&tRNA;1600535;10;;;;;;;;;fin;°CDS;8725326;;comp ;&tRNA;584907;67;;;;&tRNA;1600621;18;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585051;11;;;;&tRNA;1600724;4;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585137;10;;;;&tRNA;1600804;21;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585223;5;;;;&tRNA;1600901;12;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585303;17;;;;&tRNA;1600990;34;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585396;40;;;;&tRNA;1601101;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585511;24;;;;&tRNA;1601190;8;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585610;8;;;;&tRNA;1601273;17;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585698;19;;;;&tRNA;1601363;13;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585794;1;;;;&tRNA;1601462;5;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;585869;187;;;;&tRNA;1601554;14;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;586130;;;;;&tRNA;1601643;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601724;5;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1601803;105;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1601982;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====pmq intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_tRNA-cds|pmq intercalaires tRNA-cds]] <pre> pmq;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;47;;137;;18;64;'''deb; comp’;222;comp’;183;;47;75;<201;8 ;;comp’;183;;84;105;total;12 ;129;comp’;261;;104;137;taux;67% ;;;283;;106;142;'''fin; ;;;187;;129;149;<201;11 ;18;;180;;142;150;total;15 ;159;;64;;159;157;taux;73% ;;;577;;256;165;; ;;;150;;354;180;'''total; ;354;comp’;169;;394;187;<201;19 ;;;105;;396;283;total;27 ;106;comp’;137;;'''-;315;taux;70% comp’;192;;315;;'''-;404;; ;256;;142;;'''-;577;'''comp’;'''cumuls ;394;;;;86;72;; comp’;228;comp’;72;;192;137;'''deb;2 ;142;;75;;222;169;;8 comp’;342;;;;228;183;; comp’;280;comp’;335;;280;183;'''fin;5 ;104;;;;342;261;;7 ;84;;404;;417;335;'''total; comp’;86;;;;455;'''-;<201;7 ;396;;149;;;;total;15 comp’;417;;157;;;;taux;47% comp’;455;;165;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;; <201;10;16;26;;;;; total;20;22;42;;;;; taux;50%;73%;62%;;;;; </pre> ===lbu=== ====lbu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_opérons|lbu opérons]] <pre> 49.8%GC;29.7.19 Paris;16s 8;;;;;;;; Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé comp;18533..19237;CDS;;128;128;;;235;128 ;19366..19438;act;@1;195;195;;;; ;19634..20371;CDS;;6912;;;;246; ;;;;;;;;; ;27284..29785;CDS;;276;276;;;*834; ;30062..30134;act;;134;134;;;;134 ;30269..30907;CDS;;11768;;;;213; ;;;;;;;;; ;42676..43248;cds hp;;451;*451;;;*191; ;43700..45271;16s;;209;;;;; ;45481..48391;23s;;69;;;;; ;48461..48577;5s;;275;275;;;;275 ;48853..49091;cds hp;;56679;;;;80; ;;;;;;;;; comp;105771..106547;CDS;;56;56;;;259;56 comp;106604..106679;aag;;125;125;;;; ;106805..107533;CDS;;103754;;;;243; ;;;;;;;;; ;211288..212553;CDS;;94;94;;;422; ;212648..212720;acc;;23;23;;;;23 comp<;212744..213262;CDS;;64997;;;;173; ;;;;;;;;; ;278260..278928;CDS;;69;69;;;223;69 comp;278998..279068;ggg;;181;181;;;; ;279250..280275;CDS;;44047;;;;342; ;;;;;;;;; comp;324323..324949;CDS;;117;117;;;209;117 ;325067..325138;ggc;+;4;;4;;; ;325143..325216;ccg;2 ggc;108;;;;; ;325325..325399;ggc;;155;155;;;; ;325555..326016;CDS;;37886;;;;154; ;;;;;;;;; ;363903..364394;CDS;;98;98;;;164;98 ;364493..364564;caa;;614;*614;;;; ;365179..366360;CDS;;-14;;;;*394; ;;;;;;;;; ;366347..367402;CDS;;75;75;;;352; ;367478..367559;tac;;5;;5;;; ;367565..367636;caa;;62;62;;;;62 <;367699..368318;CDS;;14127;;;;207; ;;;;;;;;; ;382446..382907;CDS;;30;30;;;154;30 ;382938..383026;ctt;;118;118;;;; ;383145..383768;CDS;;70441;;;;208; ;;;;;;;;; ;454210..455529;CDS;;61;61;;;440;61 ;455591..455665;agg;;341;341;;;; ;456007..457035;CDS;;75557;;;;343; ;;;;;;;;; ;532593..533285;CDS;;82;82;;;231;82 comp;533368..533442;cgg;;296;296;;;; ;533739..534782;CDS;;48963;;;;348; ;;;;;;;;; ;583746..584728;CDS;;57;57;;;328;57 comp;584786..584858;cag;;5;;5;;; comp;584864..584935;gag;;170;170;;;; ;585106..586110;CDS;;94988;;;;335; ;;;;;;;;; ;681099..682741;CDS;;518;*518;;;*548; ;683260..684831;16s;;106;;;;; ;684938..685011;atc;;69;;;69;; ;685081..685153;gca;;127;;;;; ;685281..688191;23s;;68;;;;; ;688260..688376;5s;;208;208;;;;208 comp;688585..689801;CDS;;55794;;;;406; ;;;;;;;;; comp;745596..745821;CDS;;134;134;;;75;134 comp;745956..746044;tcg;;787;*787;;;; ;746832..749597;CDS;;36741;;;;*922; ;;;;;;;;; ;786339..787004;CDS;;54;54;;;222;54 ;787059..787142;ctg;;109;109;;;; comp;787252..787872;CDS;;2072;;;;207; ;;;;;;;;; comp;789945..791867;CDS;;613;*613;;;*641; ;792481..794052;16s;;105;;;;; ;794158..794231;atc;;69;;;69;; ;794301..794373;gca;;126;;;;; ;794500..797410;23s;;69;;;;; ;797480..797596;5s;;87;87;;;;87 ;797684..798559;CDS;;36;;;;292; ;;;;;;;;; comp;798596..800178;CDS;;530;*530;;;*528; ;800709..800781;aac;@2;3;;3;;; ;800785..800858;cca;;24;;24;;; ;800883..800954;ggc;;30;;30;;; ;800985..801058;cgt;;2;;2;;; ;801061..801133;gta;;3;;3;;; ;801137..801208;gaa;;42;;42;;; ;801251..801338;tca;;9;;9;;; ;801348..801421;atgf;;3;;3;;; ;801425..801498;gac;;6;;6;;; ;801505..801577;ttc;;8;;8;;; ;801586..801667;tac;;4;;4;;; ;801672..801742;tgg;;13;;13;;; ;801756..801831;cac;;26;;26;;; ;801858..801928;tgc;;28;;28;;; ;801957..802041;ttg;;356;356;;;;356 ;802398..802961;CDS;;284259;;;;188; ;;;;;;;;; comp;1087221..1088531;CDS;;157;157;;;437;157 comp;1088689..1088760;caa;;656;*656;;;; comp;1089417..1090313;CDS;;173317;;;;*299; ;;;;;;;;; comp;1263631..1265769;CDS;;188;188;;;*713;188 comp;1265958..1266031;aga;;222;222;;;; ;1266254..1268632;CDS;;84103;;;;*793; ;;;;;;;;; comp;1352736..1354022;CDS;;98;98;;;429;98 ;1354121..1354204;ctg;;204;204;;;; comp;1354409..1354928;CDS;;13182;;;;173; ;;;;;;;;; comp;1368111..1369307;CDS;;161;161;;;399;161 comp;1369469..1369541;gta;;3;;;3;; comp;1369545..1369616;gaa;;138;;;*138;; comp;1369755..1369828;atgj;;6;;;6;; comp;1369835..1369925;tcc;;8;;;8;; comp;1369934..1370006;aac;;7;;;;; comp;1370014..1370130;5s;;69;;;;; comp;1370200..1373111;23s;;126;;;;; comp;1373238..1373310;gca;;69;;;69;; comp;1373380..1373453;atc;;105;;;;; comp;1373559..1375130;16s;;547;*547;;;; ;1375678..1376604;CDS;;102845;;;;*309; ;;;;;;;;; comp;1479450..1479824;CDS;;200;200;;;125; comp;1480025..1480101;gac;;26;;;26;; comp;1480128..1480199;gaa;;3;;;3;; comp;1480203..1480275;gta;;2;;;2;; comp;1480278..1480351;cgt;;35;;;35;; comp;1480387..1480458;ggc;;36;;;;; comp;1480495..1480611;5s;;68;;;;; comp;1480680..1483590;23s;;208;;;;; comp;1483799..1485370;16s;;153;153;;;;153 comp;1485524..1485716;CDS;;20944;;;;64; ;;;;;;;;; comp;1506661..1507464;CDS;;270;270;;;268; comp;1507735..1507807;aag;+;34;;34;;; comp;1507842..1507914;aag;5 aag;33;;33;;; comp;1507948..1508020;aag;;33;;33;;; comp;1508054..1508126;aag;@3;33;;33;;; comp;1508160..1508232;aag;;130;130;;;;130 comp;1508363..1509226;CDS;;167;;;;288; ;;;;;;;;; ;1509394..1510872;CDS;;106;106;;;493;106 comp;1510979..1511051;gta;;3;;3;;; comp;1511055..1511126;gaa;;151;;*151;;; ;1511278..1511366;ctt;;113;113;;;; ;1511480..1512010;CDS;;21195;;;;177; ;;;;;;;;; comp;1533206..1534129;CDS;;355;355;;;308; comp;1534485..1534557;acg;;154;154;;;;154 comp;1534712..1535950;CDS;;18502;;;;413; ;;;;;;;;; ;1554453..1554638;CDS;;303;303;;;62;303 comp;1554942..1555029;agc;;673;*673;;;; comp;1555703..1556203;CDS;;595;;;;*167; ;;;;;;;;; ;1556799..1558178;CDS;;277;277;;;460; comp;1558456..1558572;5s;;68;;;;; comp;1558641..1561551;23s;;126;;;;; comp;1561678..1561750;gca;;69;;;69;; comp;1561820..1561893;atc;;105;;;;; comp;1561999..1563570;16s;;189;189;;;;189 ;1563760..1563948;CDS;;19274;;;;63; ;;;;;;;;; comp;1583223..1584392;CDS;;151;151;;;390;151 comp;1584544..1584628;ttg;+;17;;17;;; comp;1584646..1584730;ttg;2 ttg;28;;28;;; comp;1584759..1584829;tgc;2 ttc;26;;26;;; comp;1584856..1584931;cac;2 atgf;13;;13;;; comp;1584945..1585015;tgg;;4;;4;;; comp;1585020..1585101;tac;;8;;8;;; comp;1585110..1585182;ttc;;6;;6;;; comp;1585189..1585262;gac;;3;;3;;; comp;1585266..1585339;atgf;;9;;9;;; comp;1585349..1585436;tca;;42;;42;;; comp;1585479..1585550;gaa;;258;;*258;;; comp;1585809..1585899;agc;;2;;2;;; comp;1585902..1585975;atc;;3;;3;;; comp;1585979..1586049;gga;;14;;14;;; comp;1586064..1586136;ttc;;17;;17;;; comp;1586154..1586227;atgf;;11;;11;;; comp;1586239..1586312;atgi;;12;;12;;; comp;1586325..1586398;atg;;36;;36;;; comp;1586435..1586508;cca;;6;;6;;; comp;1586515..1586588;cgt;;5;;5;;; comp;1586594..1586679;tta;;15;;15;;; comp;1586695..1586766;ggc;;4;;4;;; comp;1586771..1586843;aca;;11;;11;;; comp;1586855..1586936;cta;;12;;12;;; comp;1586949..1587021;aaa;;2;;2;;; comp;1587024..1587096;gta;;157;157;;;; comp;1587254..1588681;CDS;;539;;;;476; ;;;;;;;;; comp;1589221..1590557;CDS;;156;156;;;446;156 comp;1590714..1590830;5s;;68;;;;; comp;1590899..1593809;23s;;126;;;;; comp;1593936..1594008;gca;;69;;;69;; comp;1594078..1594151;atc;;105;;;;; comp;1594257..1595828;16s;;581;*581;;;; comp;1596410..1597276;CDS;;189853;;;;*289; ;;;;;;;;; comp;1787130..1788440;CDS;;298;298;;;437;298 comp;1788739..1788855;5s;;68;;;;; comp;1788924..1791834;23s;@4;208;;;;; comp;1792043..1793614;16s;;436;*436;;;; comp;1794051..1794596;CDS;;-8;;;;*182; comp;1794589..1795436;CDS;;138;138;;;283;138 comp;1795575..1795648;gac;;3;;;3;; comp;1795652..1795724;gta;;2;;;2;; comp;1795727..1795800;cgt;;35;;;35;; comp;1795836..1795907;ggc;;19;;;19;; comp;1795927..1796000;cca;;3;;;3;; comp;1796004..1796076;aac;;7;;;;; comp;1796084..1796200;5s;;68;;;;; comp;1796269..1799179;23s;;208;;;;; comp;1799388..1800959;16s;;501;*501;;;; comp;1801461..1802087;CDS;;;;;;*209; </pre> ====lbu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_cumuls|lbu cumuls]] <pre> lbu cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;0;1;0;100;5 ;16 23 5s 0;2;20;33;9;50;2;20;0;200;11 ;16 atc gca;5;40;11;3;100;12;40;2;300;19 ;16 23 5s a;2;60;2;0;150;11;60;3;400;11 ;max a;7;80;0;5;200;14;80;3;500;11 ;a doubles;0;100;0;0;250;3;100;4;600;2 ;autres;0;120;0;0;300;6;120;2;700;1 ;total aas;26;140;0;1;350;2;140;5;800;2 sans ;opérons;23;160;1;0;400;2;160;5;900;1 ;1 aa;16;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;26;200;0;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;3;;1;0;;10;;5;;0 ;total aas;72;;48;18;;64;;32;;64 total aas;;98;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;138;;320 ;;;variance;;;;;;81;;182 sans jaune;;;moyenne;14;29;;159;;114;;275 ;;;variance;12;29;;85;;50;;122 </pre> ====lbu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_blocs|lbu blocs]] <pre> lbu blocs;;;;;;; cds;'''277’;;cds;156;;cds;298 $5s;68;;$5s;68;;$5s;68 $23s;126;;$23s;126;;$23s;208 gca;69;;gca;69;;$16s;436 atc;105;;atc;105;;cds;-8 $16s;'''189’;;$16s;581;;cds;138 cds;;;cds;;;gac;3 ;;;;;;4aas;* cds;518;;cds;'''613’;;aac;7 $16s;106;;$16s;105;;$5s;68 atc;69;;atc;69;;$23s;208 gca;127;;gca;126;;$16s;501 $23s;68;;$23s;69;;cds; $5s;'''208’;;$5s;87;;; cds;;;cds;;;; ;;;;;;; cds;161;;cds hp;451;;cds;200 gta;3;;$16s;209;;gac;26 3aas;*;;$23s;69;;3aas;* aac;7;;$5s;275;;ggc;36 $5s;69;;cds hp;;;$5s;68 $23s;126;;;;;$23s;208 gca;69;;;;;$16s;153 atc;105;;;;;cds; $16s;'''547’;;;;;; cds;;;;;;; </pre> ====lbu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_distribution|lbu distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttg2;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;aag5;atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;2;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;3;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total lbu;;16;;;;;16;;lbu;49;;;;;;49;;lbu;7;;;;;;7;;lbu;;;;16;;;16 </pre> ====lbu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_données_intercalaires|lbu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;lbu;fx;fc;lbu;fx40;fc40;lbu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;10;0;2;10;-1;1;80;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;1;142;1;0;24;-2;1;0;195;128;451;613;218;;;3;;gta;4;;ggc 1;0;20;2;128;2;0;36;-3;;1;95;125;518;547;3* 217;;;138;;gaa;108;;ccg ;1;30;9;78;3;0;15;-4;4;55;134;11;510;295;23s 5s;;;6;;atgj;**;;ggc ;0;40;17;35;4;0;10;-5;;0;59;69;258;;3* 71;;;8;;tcc;5;;tac ;0;50;22;43;5;0;11;-6;;0;94;181;298;;6* 70;;;**;;aac;**;;caa 1;2;60;27;43;6;0;5;-7;;3;158;117;501;;16s tRNA;;;26;;gac;5;;cag 1;1;70;31;40;7;0;3;-8;1;38;98;85;5s CDS;;114;;atc;3;;gaa;**;;gag ;1;80;26;34;8;0;4;-9;;0;119;296;308;208;4* 113;;atc;2;;gta;3;;aac 1;0;90;19;33;9;1;17;-10;;1;75;57;87;277;tRNA 23s;;;35;;cgt;24;;cca 1;3;100;21;39;10;0;17;-11;;24;137;170;156;;128;;gca;**;;ggc;30;;ggc 2;1;110;15;43;11;0;15;-12;;0;30;787;298;;4* 127;;gca;3;;gac;2;;cgt 1;2;120;8;37;12;1;16;-13;;1;121;109;;;5s tRNA;;;2;;gta;3;;gta 2;3;130;14;25;13;0;12;-14;1;17;61;530;;;2* 7;;aac;35;;cgt;42;;gaa ;2;140;20;32;14;0;15;-15;2;0;341;222;;;36;;ggc;19;;ggc;9;;tca ;0;150;10;25;15;0;16;-16;;0;204;98;;;tRNA tRNA;;intra;3;;cca;3;;atgf ;5;160;6;34;16;0;12;-17;;7;54;204;;;5* 69;;atc gca;**;;aac;6;;gac 1;0;170;8;29;17;0;10;-18;;1;356;106;;;;;;;;;8;;ttc ;0;180;15;21;18;1;11;-19;;1;157;303;;;;;;;;;4;;tac 1;1;190;8;16;19;0;12;-20;;5;126;;;;;;;;;;13;;tgg ;1;200;11;14;20;0;9;-21;;0;188;;;;;;;;;;29;;cac 1;2;210;7;16;21;0;11;-22;;3;203;;;;;;;;;;28;;tgc ;0;220;8;14;22;1;17;-23;;3;270;;;;;;;;;;**;;ttg 1;0;230;7;11;23;1;7;-24;;0;130;;;;;;;;;;34;;aag ;0;240;5;13;24;1;5;-25;;2;113;;;;;;;;;;33;;aag ;0;250;10;9;25;1;7;-26;;4;355;;;;;;;;;;33;;aag ;0;260;7;7;26;1;8;-27;;0;154;;;;;;;;;;33;;aag ;1;270;5;8;27;1;6;-28;;2;673;;;;;;;;;;**;;aag ;0;280;7;7;28;1;5;-29;2;3;151;;;;;;;;;;3;;gta ;0;290;2;12;29;2;5;-30;;0;157;;;;;;;;;;-;151;gaa 1;0;300;1;5;30;0;7;-31;;2;102;;;;;;;;;;**;;ctt 1;0;310;4;8;31;1;4;-32;;4;;;;;;;;;;;17;;ttg ;0;320;7;2;32;0;4;-33;;0;;;;;;;;;;;28;;ttg ;0;330;6;8;33;1;6;-34;;0;;;;;;;;;;;29;;tgc ;0;340;5;2;34;1;2;-35;;3;;;;;;;;;;;13;;cac ;1;350;0;4;35;0;3;-36;;0;;;;;;;;;;;4;;tgg ;2;360;1;2;36;1;4;-37;;0;;;;;;;;;;;8;;tac ;0;370;1;5;37;1;2;-38;;0;;;;;;;;;;;6;;ttc ;0;380;0;3;38;1;2;-39;1;0;;;;;;;;;;;3;;gac ;0;390;1;7;39;5;6;-40;;1;;;;;;;;;;;9;;atgf ;0;400;3;3;40;6;2;-41;;0;;;;;;;;;;;42;;tca 2;1;reste;32;51;reste;380;705;-42;;0;;;;;;;;;;;261;;gaa 18;30;total;411;1098;total;411;1098;-43;;0;;;;;;;;;;;2;;agc 16;29;diagr;377;1037;diagr;29;383;-44;1;0;;;;;;;;;;;3;;atc 1;1; t30;12;348;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;14;;gga ;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;;;17;;ttc ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;11;;atgf ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;12;;atgi ;x;409;20;2;431;;;-49;;1;;;;;;;;;;;36;;atgj ;c;1088;280;10;1378;;;-50;;15;;;;;;;;;;;6;;cca ;;;;;1809;198;;reste;6;0;;;;;;;;;;;5;;cgt ;;;;;;2007;;total;20;280;;;;;;;;;;;15;;tta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;11;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;12;;cta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;;aaa ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta </pre> =====lbu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#lbu_autres_intercalaires_aas|lbu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;lbu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;18533;19237;128;*; ;;tRNA;19366;19438;195;*;act fin;;CDS;19634;20371;;; deb;;CDS;29805;29966;95;*; ;;tRNA;30062;30134;134;*;act fin;;CDS;30269;30907;;; deb;;CDS;42676;43248;451;*; ;;rRNA;43700;45263;218;*;1564 ;;rRNA;45482;48389;71;*;2908 ;;rRNA;48461;48577;308;*;117 fin;;CDS;48886;49215;;; deb;;CDS;64875;65066;71;*; ;;misc_b;65138;65377;147;*; fin;;CDS;65525;65743;;; deb;comp;CDS;105771;106547;59;*; ;comp;tRNA;106607;106679;125;*;aag fin;;CDS;106805;107533;;; deb;comp;CDS;118390;119745;29;*; ;comp;regulatory;119775;119862;185;*; fin;;CDS;120048;121523;;; deb;comp;CDS;134737;136320;120;*; ;comp;regulatory;136441;136616;92;*; fin;comp;CDS;136709;137335;;0; deb;;CDS;211288;212553;94;*; ;;tRNA;212648;212720;11;*;acc fin;comp;CDS;212732;213079;;; deb;;CDS;215354;216541;50;*; ;;misc_b;216592;216828;95;*; fin;;CDS;216924;217778;;; deb;comp;CDS;242936;243505;67;*; ;comp;regulatory;243573;243670;189;*; fin;;CDS;243860;245017;;; deb;;CDS;278260;278928;69;*; ;comp;tRNA;278998;279068;181;*;ggg fin;;CDS;279250;280275;;; deb;;CDS;280740;281354;106;*; ;;regulatory;281461;281624;89;*; fin;;CDS;281714;284404;;; deb;comp;CDS;324323;324949;117;*; ;;tRNA;325067;325138;4;*;ggc ;;tRNA;325143;325216;108;*;ccg ;;tRNA;325325;325396;158;*;ggc fin;;CDS;325555;326016;;; deb;;CDS;363903;364394;98;*; ;;tRNA;364493;364564;119;*;caa fin;;CDS;364684;364854;;; deb;;CDS;366347;367402;75;*; ;;tRNA;367478;367559;5;*;tac ;;tRNA;367565;367636;137;*;caa fin;;CDS;367774;368166;;; deb;;CDS;382446;382907;30;*; ;;tRNA;382938;383023;121;*;ctt fin;;CDS;383145;383768;;; deb;;CDS;425577;426662;66;*; ;;regulatory;426729;426825;44;*; fin;;CDS;426870;427439;;0; deb;;CDS;454210;455529;61;*; ;;tRNA;455591;455665;341;*;agg fin;;CDS;456007;457035;;; deb;;CDS;532593;533285;85;*; ;comp;tRNA;533371;533442;296;*;cgg fin;;CDS;533739;534782;;; deb;;CDS;574078;575265;66;*; ;;tmRNA;575332;575693;294;*; fin;;CDS;575988;576143;;; deb;;CDS;583246;584728;57;*; ;comp;tRNA;584786;584858;5;*;cag ;comp;tRNA;584864;584935;170;*;gag fin;;CDS;585106;586110;;; deb;;CDS;673933;676341;66;*; ;;misc_b;676408;676655;83;*; fin;;CDS;676739;677599;;; deb;;CDS;681099;682741;518;*; ;;rRNA;683260;684823;114;*;1564 ;;tRNA;684938;685011;69;*;atc ;;tRNA;685081;685153;128;*;gca ;;rRNA;685282;688189;70;*;2908 ;;rRNA;688260;688376;208;*;117 fin;comp;CDS;688585;689738;;; deb;;CDS;727702;728421;27;*; ;;regulatory;728449;728564;80;*; fin;;CDS;728645;729349;;; deb;comp;CDS;745596;745751;204;*; ;comp;tRNA;745956;746044;787;*;tcg fin;;CDS;746832;749597;;; deb;;CDS;755313;756185;29;*; ;;repeat_region;756215;757463;258;*; fin;;CDS;757722;758336;;; deb;;CDS;786339;787004;54;*; ;;tRNA;787059;787142;109;*;ctg fin;comp;CDS;787252;787872;;0; deb;comp;CDS;789978;791867;613;*; ;;rRNA;792481;794044;113;*;1564 ;;tRNA;794158;794231;69;*;atc ;;tRNA;794301;794373;127;*;gca ;;rRNA;794501;797408;71;*;2908 ;;rRNA;797480;797596;87;*;117 fin;;CDS;797684;798559;;0; deb;comp;CDS;798596;800178;530;*; ;;tRNA;800709;800781;3;*;aac ;;tRNA;800785;800858;24;*;cca ;;tRNA;800883;800954;30;*;ggc ;;tRNA;800985;801058;2;*;cgt ;;tRNA;801061;801133;3;*;gta ;;tRNA;801137;801208;42;*;gaa ;;tRNA;801251;801338;9;*;tca ;;tRNA;801348;801421;3;*;atgf ;;tRNA;801425;801498;6;*;gac ;;tRNA;801505;801577;8;*;ttc ;;tRNA;801586;801667;4;*;tac ;;tRNA;801672;801742;13;*;tgg ;;tRNA;801756;801828;29;*;cac ;;tRNA;801858;801928;28;*;tgc ;;tRNA;801957;802041;356;*;ttg fin;;CDS;802398;804017;;; deb;;CDS;862229;862693;29;*; ;;ncRNA;862723;863083;125;*; fin;;CDS;863209;864333;;; deb;comp;CDS;905582;905794;173;*; ;comp;misc_b;905968;906185;390;*; fin;;CDS;906576;907085;;0; deb;comp;CDS;952333;952842;390;*; ;;misc_b;953233;953450;173;*; fin;;CDS;953624;953836;;; deb;comp;CDS;1087221;1088531;157;*; ;comp;tRNA;1088689;1088760;126;*;caa fin;comp;CDS;1088887;1089033;;; deb;comp;CDS;1242851;1243162;16;*; ;comp;misc_f;1243179;1243255;147;*; fin;;CDS;1243403;1243759;;0; deb;comp;CDS;1263631;1265769;188;*; ;comp;tRNA;1265958;1266031;222;*;aga fin;;CDS;1266254;1268632;;; deb;comp;CDS;1297694;1298743;37;*; ;comp;misc_b;1298781;1298982;42;*; fin;comp;CDS;1299025;1299375;;; deb;comp;CDS;1309324;1309845;47;*; ;comp;misc_f;1309893;1310004;394;*; fin;;CDS;1310399;1311799;;0; deb;comp;CDS;1352736;1354022;98;*; ;;tRNA;1354121;1354204;204;*;ctg fin;comp;CDS;1354409;1355976;;; deb;comp;CDS;1368111;1369307;-3;*; ;comp;regulatory;1369305;1369392;76;*; ;comp;tRNA;1369469;1369541;3;*;gta ;comp;tRNA;1369545;1369616;138;*;gaa ;comp;tRNA;1369755;1369828;6;*;atgj ;comp;tRNA;1369835;1369925;8;*;tcc ;comp;tRNA;1369934;1370006;7;*;aac ;comp;rRNA;1370014;1370130;71;*;117 ;comp;rRNA;1370202;1373110;127;*;2909 ;comp;tRNA;1373238;1373310;69;*;gca ;comp;tRNA;1373380;1373453;113;*;atc ;comp;rRNA;1373567;1375130;547;*;1564 fin;;CDS;1375678;1376604;;; deb;comp;CDS;1418883;1420661;53;*; ;comp;ncRNA;1420715;1420811;9;*; fin;comp;CDS;1420821;1421330;;; deb;comp;CDS;1434541;1435050;33;*; ;comp;misc_f;1435084;1435213;440;*; fin;;CDS;1435654;1436972;;; deb;comp;CDS;1479450;1479824;203;*; ;comp;tRNA;1480028;1480101;26;*;gac ;comp;tRNA;1480128;1480199;3;*;gaa ;comp;tRNA;1480203;1480275;2;*;gta ;comp;tRNA;1480278;1480351;35;*;cgt ;comp;tRNA;1480387;1480458;36;*;ggc ;comp;rRNA;1480495;1480611;70;*;117 ;comp;rRNA;1480682;1483589;217;*;2908 ;comp;rRNA;1483807;1485370;510;*;1564 fin;comp;CDS;1485881;1487044;;; deb;comp;CDS;1506661;1507464;270;*; ;comp;tRNA;1507735;1507807;34;*;aag ;comp;tRNA;1507842;1507914;33;*;aag ;comp;tRNA;1507948;1508020;33;*;aag ;comp;tRNA;1508054;1508126;33;*;aag ;comp;tRNA;1508160;1508232;130;*;aag fin;comp;CDS;1508363;1509226;;0; deb;;CDS;1509394;1510872;106;*; ;comp;tRNA;1510979;1511051;3;*;gta ;comp;tRNA;1511055;1511126;151;*;gaa ;;tRNA;1511278;1511366;113;*;ctt fin;;CDS;1511480;1512010;;0; deb;comp;CDS;1533206;1534129;355;*; ;comp;tRNA;1534485;1534557;154;*;acg fin;comp;CDS;1534712;1535950;;0; deb;;CDS;1554441;1554638;303;*; ;comp;tRNA;1554942;1555029;673;*;agc fin;comp;CDS;1555703;1556164;;0; deb;;CDS;1556799;1558178;277;*; ;comp;rRNA;1558456;1558572;70;*;117 ;comp;rRNA;1558643;1561550;127;*;2908 ;comp;tRNA;1561678;1561750;69;*;gca ;comp;tRNA;1561820;1561893;113;*;act ;comp;rRNA;1562007;1563570;258;*;1564 fin;comp;CDS;1563829;1564131;;0; deb;comp;CDS;1583223;1584392;151;*; ;comp;tRNA;1584544;1584628;17;*;ttg ;comp;tRNA;1584646;1584730;28;*;ttg ;comp;tRNA;1584759;1584829;29;*;tgc ;comp;tRNA;1584859;1584931;13;*;cac ;comp;tRNA;1584945;1585015;4;*;tgg ;comp;tRNA;1585020;1585101;8;*;tac ;comp;tRNA;1585110;1585182;6;*;ttc ;comp;tRNA;1585189;1585262;3;*;gac ;comp;tRNA;1585266;1585339;9;*;atgf ;comp;tRNA;1585349;1585436;42;*;tca ;comp;tRNA;1585479;1585550;261;*;gaa ;comp;tRNA;1585812;1585899;2;*;agc ;comp;tRNA;1585902;1585975;3;*;atc ;comp;tRNA;1585979;1586049;14;*;gga ;comp;tRNA;1586064;1586136;17;*;ttc ;comp;tRNA;1586154;1586227;11;*;atgf ;comp;tRNA;1586239;1586312;12;*;atgi ;comp;tRNA;1586325;1586398;36;*;atgj ;comp;tRNA;1586435;1586508;6;*;cca ;comp;tRNA;1586515;1586588;5;*;cgt ;comp;tRNA;1586594;1586679;15;*;tta ;comp;tRNA;1586695;1586766;4;*;ggc ;comp;tRNA;1586771;1586843;11;*;aca ;comp;tRNA;1586855;1586936;12;*;cta ;comp;tRNA;1586949;1587021;2;*;aaa ;comp;tRNA;1587024;1587096;157;*;gta fin;comp;CDS;1587254;1588681;;; 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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009902;ban*;;genome;;;;;;aas;cds dirigé 35.1%GC;15.8.19 Paris;16s 11;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Bacillus anthracis strain 2002013094;;;;;;;;;; ;618142..618366;;CDS;;188;188;;;75;188 ;618555..618627;;gtc;;419;*419;;;; comp;619047..619235;;CDS;;;;;;63; ;;;;;;;;;; comp;1102183..1102602;;CDS;;130;130;;;140;130 comp;1102733..1102804;;gaa;+;1;;;1;; comp;1102806..1102880;;aac;2 aca;8;;;8;; comp;1102889..1102965;;atc;2 tca;11;;;11;; comp;1102977..1103047;;tgg;;6;;;6;; comp;1103054..1103126;;aca;;9;;;9;; comp;1103136..1103211;;ttc;;9;;;9;; comp;1103221..1103296;;gac;;4;;;4;; comp;1103301..1103377;;atgf;;20;;;20;; comp;1103398..1103490;;tca;;54;;;54;; comp;1103545..1103637;;tca;;20;;;20;; comp;1103658..1103730;;gca;;16;;;16;; comp;1103747..1103820;;cca;;10;;;10;; comp;1103831..1103904;;cgt;;3;;;3;; comp;1103908..1103996;;tta;;16;;;16;; comp;1104013..1104087;;ggc;;29;;;29;; comp;1104117..1104197;;cta;;22;;;22;; comp;1104220..1104295;;cac;;9;;;9;; 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;;;;;;;;;; comp;1702642..1703788;;CDS;;114;114;;;382;114 comp;1703903..1703975;;gca;;10;;;10;; comp;1703986..1704057;;ggc;;5;;;5;; comp;1704063..1704138;;aaa;;5;;;5;; comp;1704144..1704218;;caa;;65;;;65;; comp;1704284..1704366;;tac;;17;;;17;; comp;1704384..1704459;;gta;;5;;;5;; comp;1704465..1704539;;gaa;;24;;;24;; comp;1704564..1704636;;acc;;4;;;4;; comp;1704641..1704715;;aac;;9;;;;; comp;1704725..1704840;;5s;;82;;;;; comp;1704923..1707851;;23s;;141;;;;; comp;1707993..1709545;;16s;;223;223;;;; comp;1709769..1709987;;CDS;;;;;;73; ;;;;;;;;;; comp;1767157..1767618;;CDS;;206;206;;;154;206 comp;1767825..1767940;;5s;;45;;;;; comp;1767986..1770913;;23s;;141;;;;; comp;1771055..1772608;;16s;;372;*372;;;; comp;1772981..1774480;;CDS;;;;;;*500; ;;;;;;;;;; comp;1787717..1790188;;CDS;;259;259;;;*824; comp;1790448..1790519;;gaa;;13;;13;;; comp;1790533..1790606;;atgj;@2;160;160;;;;160 comp;1790767..1791249;;CDS;;;;;;161; ;;;;;;;;;; comp;1820538..1820717;;CDS;;190;190;;;60;190 comp;1820908..1821023;;5s;;44;;;;; comp;1821068..1823996;;23s;;77;;;;; comp;1824074..1824149;;gca;;8;;;8;; comp;1824158..1824234;;atc;;130;;;;; comp;1824365..1825919;;16s;;217;217;;;; comp;1826137..1826406;;CDS;;;;;;90; ;;;;;;;;;; comp;1832600..1832992;;CDS;;166;166;;;131; comp;1833159..1833251;;tca;;156;156;;;;156 comp;1833408..1834682;;CDS;;;;;;425; ;;;;;;;;;; ;1839668..1840669;;CDS;;34;34;;;334;34 comp;1840704..1840819;;5s;;44;;;;; comp;1840864..1843791;;23s;;76;;;;; comp;1843868..1843943;;gca;;8;;;8;; comp;1843952..1844028;;atc;;130;;;;; comp;1844159..1845713;;16s;;240;240;;;; comp;1845954..1848425;;CDS;;;;;;*824; ;;;;;;;;;; ;1873838..1875127;;CDS;;139;139;;;430;139 ;1875267..1875342;;aaa;;13;;13;;; ;1875356..1875427;;gaa;;21;;21;;; ;1875449..1875524;;gac;;41;;41;;; ;1875566..1875638;;ttc;;403;*403;;;; ;1876042..1876749;;CDS;;;;;;236; ;;;;;;;;;; comp;2217640..2217846;;CDS;;205;205;;;69;205 ;2218052..2218130;;cgg;;255;255;;;; ;2218386..2219693;;CDS;;;;;;436; ;;;;;;;;;; comp;2428815..2429495;;CDS;;404;*404;;;227; ;2429900..2431456;;16s;;139;;;;; ;2431596..2434524;;23s;;97;;;;; ;2434622..2434737;;5s;;4;;;;; ;2434742..2434817;;gta;+;4;;;4;; ;2434822..2434897;;aca;2 cta;9;;;9;; ;2434907..2434982;;cac;2 aca;22;;;22;; ;2435005..2435085;;cta;;29;;;29;; ;2435115..2435189;;ggc;;16;;;16;; ;2435206..2435294;;tta;;3;;;3;; ;2435298..2435371;;cgt;;10;;;10;; ;2435382..2435455;;cca;;16;;;16;; ;2435472..2435544;;gca;;20;;;20;; ;2435565..2435657;;tca;;54;;;54;; ;2435712..2435805;;cta;;20;;;20;; ;2435826..2435902;;atgf;;1;;;1;; ;2435904..2435979;;gac;;12;;;12;; ;2435992..2436067;;ttc;;14;;;14;; ;2436082..2436157;;aca;;10;;;10;; ;2436168..2436243;;aaa;;13;;;13;; ;2436257..2436327;;gga;;10;;;10;; ;2436338..2436414;;atc;;7;;;7;; ;2436422..2436496;;aac;;7;;;7;; ;2436504..2436594;;agc;;6;;;6;; ;2436601..2436672;;gaa;;59;59;;;;59 ;2436732..2436842;;CDS;;;;;;37; ;;;;;;;;;; ;2798971..2799474;;CDS;;109;109;;;168;109 ;2799584..2799657;;gga;;1;;1;;; ;2799659..2799735;;aga;;407;*407;;;; ;2800143..2800343;;CDS;;;;;;67; ;;;;;;;;;; comp;2991608..2992366;;CDS;;242;242;;;253; ;2992609..2992682;;atgi;;221;221;;;;221 ;2992904..2993515;;CDS;;;;;;204; </pre> ====ban cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_cumuls|ban cumuls]] <pre> ban* cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;3;2;1;0;1;0;100;10 ;16 23 5s 0;4;20;25;47;50;2;20;1;200;9 ;16 atc gca;2;40;3;6;100;3;40;1;300;6 ;16 23 5s a;5;60;4;2;150;6;60;2;400;4 ;max a;21;80;0;2;200;7;80;0;500;4 ;a doubles;2;100;2;0;250;8;100;1;600;1 ;autres;0;120;0;0;300;3;120;4;700;1 ;total aas;66;140;0;0;350;0;140;2;800;0 sans ;opérons;9;160;0;0;400;2;160;2;900;2 ;1 aa;5;180;0;0;450;3;180;0;1000;0 ;max a;33;200;0;0;500;0;200;2;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;0;;4;;0 ;total aas;46;;37;59;;34;;19;;38 total aas;;112;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;18;15;;232;;132;;274 ;;;variance;21;14;;143;;62;;238 sans jaune;;;moyenne;14;;;165;;;;191 ;;;variance;14;;;71;;;;124 </pre> ====ban blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_blocs|ban blocs]] <pre> ban intercalaires des 11 clusters à rrnas;;;;;;;; cds;694’;;cds;386’;;cds;114; 16s;141;;16s;141;;aac;*; 23s;97;;23s;96;;31aas;1; 5s;4;;5s;9;;gga;75; gta;*;;aac;*;;16s;141; 17aas;1;;9aas;10;;23s;46; gaa;130;;ttg;207’;;5s;12; cds;;;cds;;;atgf;3; ;;;;;;gac;174; cds;223;;cds;404’;;cds;; 16s;141;;16s;139;;;; 23s;82;;23s;97;;cds;217;240 5s;9;;5s;4;;16s;130;130 aac;*;;gta;4;;atc;8;8 7aas;10;;19aas;*;;gca;77;76 gca;114;;gaa;59;;23s;44;44 cds;;;cds;;;5s;190;34’ ;;;;;;cds;; cds;476’;451’;294;372;;;; 16s;173;142;153;141;;;; 23s;49;46;45;45;;;; 5s;57’;99’;14’;206;;;; cds;;;;;;;; </pre> ====ban distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_distribution|ban distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;tca2 5s;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;2;tgc;1 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;3;acc;2;aac;6;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt;4 gtc;1;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;6 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;4;tca;5;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;5;aaa;4;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;5;cca;4;caa;4;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;6;gca;4;gaa;6;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;baci;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ban;;5;;;;;5;;ban;8;;;;;;8;;;;;;;;;;;ban;;;;93;;;93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2 1-3aas;33 -16s;; </pre> ====ban données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_données_intercalaires|ban données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ban;fx;fc;ban;fx40;fc40;ban;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;33;0;0;33;-1;;73;188;419;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;16;234;1;1;38;-2;;1;130;210;295;695;5* 146;;;1;;gaa;20;;atgf;13;;gaa ;0;20;41;427;2;2;35;-3;;0;198;205;224;387;147;;;8;;aac;54;;tca;**;;atgj ;0;30;81;192;3;2;40;-4;3;241;115;242;373;477;177;;;11;;atc;20;;tca;139;; ;0;40;134;137;4;3;33;-5;;0;174;;218;452;158;;;6;;tgg;16;;gca;13;;aaa ;0;50;84;97;5;1;20;-6;;0;114;;241;404;144;;;9;;aca;10;;cca;21;;gaa ;0;60;75;97;6;0;22;-7;;3;114;;5s CDS;;23s 5s;;;9;;ttc;3;;cgt;41;;gac ;0;70;35;120;7;3;10;-8;1;84;259;;190;57;2* 101;;;4;;gac;16;;tta;**;;ttc ;0;80;36;127;8;1;7;-9;2;0;160;;206;99;100;;;20;;atgf;29;;ggc;1;;gga ;0;90;38;94;9;0;12;-10;;3;166;;;14;3* 50;;;54;;tca;13;;cta;**;;aga ;0;100;57;108;10;3;17;-11;1;30;156;;;34;2* 49;;;20;;tca;5;;aaa;;; ;1;110;44;135;11;3;31;-12;1;0;139;;;;86;;;16;;gca;87;;caa;;; ;3;120;52;132;12;2;63;-13;;10;403;;;;2* 48;;;10;;cca;46;;gac;;; ;1;130;45;108;13;4;42;-14;1;19;258;;;;16s tRNA;;;3;;cgt;4;;gta;;; ;1;140;38;89;14;6;50;-15;;0;657;;;;2* 132;;atc;16;;tta;8;;gaa;;; ;0;150;55;94;15;2;62;-16;;5;109;;;;tRNA 23s;;gca;29;;ggc;3;;agc;;; ;2;160;37;82;16;4;37;-17;;15;410;;;;80;;;22;;cta;**;;aac;;; ;1;170;45;66;17;4;39;-18;;0;221;;;;79;;;9;;cac;10;;gca;;; ;1;180;39;55;18;5;40;-19;;3;;;;;5s tRNA;;;4;;aca;5;;ggc;;; ;1;190;42;62;19;3;31;-20;;15;;;;;2* 4;;gta;**;;gta;5;;aaa;;; ;1;200;42;51;20;8;32;-21;;0;;;;;2* 9;;aac;14;;tgc;65;;caa;;; 2;0;210;34;65;21;1;29;-22;;3;;;;;12;;atgf;5;;ggc;17;;tac;;; ;0;220;25;48;22;6;21;-23;;10;;;;;tRNA tRNA;;intra;63;;caa;5;;gta;;; ;1;230;30;43;23;7;29;-24;;0;;;;;2* 8;;atc gca;19;;cac;24;;gaa;;; ;0;240;28;35;24;10;21;-25;1;5;;;;;tRNA 16s;;;7;;tgg;4;;acc;;; 1;0;250;22;30;25;6;16;-26;;10;;;;;76;;gaa;17;;tac;**;;aac;;; ;2;260;25;25;26;6;18;-27;;0;;;;;;;;5;;gta;4;;gta;;; ;0;270;22;36;27;9;20;-28;1;3;;;;;;;;24;;gaa;9;;aca;;; ;0;280;26;29;28;13;12;-29;;2;;;;;;;;4;;acc;22;;cac;;; ;0;290;15;28;29;13;16;-30;;0;;;;;;;;**;;aac;29;;cta;;; ;0;300;20;28;30;10;10;-31;;1;;;;;;;;3;;gac;16;;ggc;;; ;0;310;12;32;31;10;22;-32;;6;;;;;;;;**;;atgf;3;;tta;;; ;0;320;17;19;32;5;13;-33;;0;;;;;;;;1;;gga;10;;cgt;;; ;0;330;11;26;33;15;17;-34;;1;;;;;;;;4;;cca;16;;cca;;; ;0;340;22;28;34;10;12;-35;;6;;;;;;;;3;;cgt;20;;gca;;; ;0;350;8;27;35;18;12;-36;;0;;;;;;;;16;;tta;54;;tca;;; ;0;360;19;17;36;12;16;-37;;2;;;;;;;;29;;ggc;20;;cta;;; ;0;370;11;17;37;11;13;-38;;2;;;;;;;;14;;cta;1;;atgf;;; ;0;380;13;13;38;12;13;-39;;0;;;;;;;;5;;aaa;12;;gac;;; ;0;390;10;20;39;19;11;-40;;0;;;;;;;;87;;caa;14;;ttc;;; ;0;400;10;15;40;22;8;-41;;0;;;;;;;;46;;gac;10;;aca;;; 1;3;reste;163;168;reste;1307;2266;-42;1;0;;;;;;;;4;;gta;13;;aaa;;; 4;18;total;1579;3289;total;1579;3289;-43;;0;;;;;;;;1;;gaa;10;;gga;;; 3;15;diagr;1416;3088;diagr;272;990;-44;;2;;;;;;;;8;;aac;7;;atc;;; 0;0; t30;138;853;;;;-45;;0;;;;;;;;11;;atc;7;;aac;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;6;;tgg;6;;agc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;9;;aca;**;;gaa;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;ttc;;;;;; ;x;1579;13;0;1592;;;-49;;1;;;;;;;;4;;gac;;;;;; ;c;3256;564;33;3853;;;-50;;8;;;;;;;;suite;;suite;;;;;; ;;;;;5445;173;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;5618;;total;13;564;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====ban autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#ban_autres_intercalaires_aas|ban autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ban;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;342504;342953;175;*; ;comp;ncRNA;343129;343312;21;*; ;comp;ncRNA;343334;343516;116;*; fin;comp;CDS;343633;344466;;; deb;comp;CDS;359943;361082;180;*; ;comp;ncRNA;361263;361653;87;*; fin;comp;CDS;361741;362079;;; deb;;CDS;618142;618366;188;*; ;;tRNA;618555;618627;419;*;gtc fin;comp;CDS;619047;619235;;; deb;comp;CDS;1102183;1102602;130;*; ;comp;tRNA;1102733;1102804;1;*;gaa ;comp;tRNA;1102806;1102880;8;*;aac ;comp;tRNA;1102889;1102965;11;*;atc ;comp;tRNA;1102977;1103047;6;*;tgg ;comp;tRNA;1103054;1103126;9;*;aca ;comp;tRNA;1103136;1103211;9;*;ttc ;comp;tRNA;1103221;1103296;4;*;gac ;comp;tRNA;1103301;1103377;20;*;atgf ;comp;tRNA;1103398;1103490;54;*;tca ;comp;tRNA;1103545;1103637;20;*;tca ;comp;tRNA;1103658;1103730;16;*;gca ;comp;tRNA;1103747;1103820;10;*;cca ;comp;tRNA;1103831;1103904;3;*;cgt ;comp;tRNA;1103908;1103996;16;*;tta ;comp;tRNA;1104013;1104087;29;*;ggc ;comp;tRNA;1104117;1104197;22;*;cta ;comp;tRNA;1104220;1104295;9;*;cac ;comp;tRNA;1104305;1104380;4;*;aca ;comp;tRNA;1104385;1104460;4;*;gta ;comp;rRNA;1104465;1104580;101;*;116 ;comp;rRNA;1104682;1107601;146;*;2920 ;comp;rRNA;1107748;1109298;695;*;1551 fin;;CDS;1109994;1113038;;0; deb;comp;CDS;1306706;1307848;198;*; ;comp;tRNA;1308047;1308120;115;*;gga fin;comp;CDS;1308236;1308889;;; deb;;CDS;1312025;1312345;210;*; ;comp;tRNA;1312556;1312637;10;*;ttg ;comp;tRNA;1312648;1312718;14;*;tgc ;comp;tRNA;1312733;1312807;5;*;ggc ;comp;tRNA;1312813;1312887;63;*;caa ;comp;tRNA;1312951;1313026;19;*;cac ;comp;tRNA;1313046;1313119;7;*;tgg ;comp;tRNA;1313127;1313210;17;*;tac ;comp;tRNA;1313228;1313303;5;*;gta ;comp;tRNA;1313309;1313383;24;*;gaa ;comp;tRNA;1313408;1313480;4;*;acc ;comp;tRNA;1313485;1313559;9;*;aac ;comp;rRNA;1313569;1313684;100;*;116 ;comp;rRNA;1313785;1316706;146;*;2922 ;comp;rRNA;1316853;1318404;387;*;1552 fin;;CDS;1318792;1319148;;0; deb;;CDS;1556278;1556507;57;*; ;comp;rRNA;1556565;1556680;50;*;116 ;comp;rRNA;1556731;1560125;177;*;3395 ;comp;rRNA;1560303;1562131;477;*;1829 fin;;CDS;1562609;1563322;;; deb;;CDS;1566949;1567219;99;*; ;comp;rRNA;1567319;1567434;50;*;116 ;comp;rRNA;1567485;1570406;147;*;2922 ;comp;rRNA;1570554;1572114;452;*;1561 fin;;CDS;1572567;1574498;;; deb;;CDS;1579539;1580615;14;*; ;comp;rRNA;1580630;1580745;49;*;116 ;comp;rRNA;1580795;1583909;158;*;3115 ;comp;rRNA;1584068;1585719;295;*;1652 fin;comp;CDS;1586015;1587520;;; deb;comp;CDS;1600693;1601166;174;*; ;comp;tRNA;1601341;1601416;3;*;gac ;comp;tRNA;1601420;1601496;12;*;atgf ;comp;rRNA;1601509;1601624;50;*;116 ;comp;rRNA;1601675;1604595;146;*;2921 ;comp;rRNA;1604742;1606293;76;*;1552 ;comp;tRNA;1606370;1606440;1;*;gga ;comp;tRNA;1606442;1606518;4;*;cca ;comp;tRNA;1606523;1606599;3;*;cgt ;comp;tRNA;1606603;1606691;16;*;tta ;comp;tRNA;1606708;1606782;29;*;ggc ;comp;tRNA;1606812;1606892;14;*;cta ;comp;tRNA;1606907;1606982;5;*;aaa ;comp;tRNA;1606988;1607062;87;*;caa ;comp;tRNA;1607150;1607225;46;*;gac ;comp;tRNA;1607272;1607347;4;*;gta ;comp;tRNA;1607352;1607426;1;*;gaa ;comp;tRNA;1607428;1607502;8;*;aac ;comp;tRNA;1607511;1607587;11;*;atc ;comp;tRNA;1607599;1607669;6;*;tgg ;comp;tRNA;1607676;1607748;9;*;aca ;comp;tRNA;1607758;1607833;8;*;ttc ;comp;tRNA;1607842;1607917;4;*;gac ;comp;tRNA;1607922;1607998;20;*;atgf ;comp;tRNA;1608019;1608111;54;*;tca ;comp;tRNA;1608166;1608258;20;*;tca ;comp;tRNA;1608279;1608351;16;*;gca ;comp;tRNA;1608368;1608441;10;*;cca ;comp;tRNA;1608452;1608525;3;*;cgt ;comp;tRNA;1608529;1608617;16;*;tta ;comp;tRNA;1608634;1608708;29;*;ggc ;comp;tRNA;1608738;1608818;13;*;cta ;comp;tRNA;1608832;1608907;5;*;aaa ;comp;tRNA;1608913;1608987;87;*;caa ;comp;tRNA;1609075;1609150;46;*;gac ;comp;tRNA;1609197;1609272;4;*;gta ;comp;tRNA;1609277;1609351;8;*;gaa ;comp;tRNA;1609360;1609450;3;*;agc ;comp;tRNA;1609454;1609528;114;*;aac fin;comp;CDS;1609643;1610101;;0; deb;comp;CDS;1702642;1703788;114;*; ;comp;tRNA;1703903;1703975;10;*;gca ;comp;tRNA;1703986;1704057;5;*;ggc ;comp;tRNA;1704063;1704138;5;*;aaa ;comp;tRNA;1704144;1704218;65;*;caa ;comp;tRNA;1704284;1704366;17;*;tac ;comp;tRNA;1704384;1704459;5;*;gta ;comp;tRNA;1704465;1704539;24;*;gaa ;comp;tRNA;1704564;1704636;4;*;acc ;comp;tRNA;1704641;1704715;9;*;aac ;comp;rRNA;1704725;1704840;86;*;116 ;comp;rRNA;1704927;1707848;146;*;2922 ;comp;rRNA;1707995;1709544;224;*;1550 fin;comp;CDS;1709769;1709987;;0; deb;comp;CDS;1767157;1767618;206;*; ;comp;rRNA;1767825;1767940;49;*;116 ;comp;rRNA;1767990;1770910;146;*;2921 ;comp;rRNA;1771057;1772607;373;*;1551 fin;comp;CDS;1772981;1774480;;; deb;comp;CDS;1787717;1790188;259;*; ;comp;tRNA;1790448;1790519;13;*;gaa ;comp;tRNA;1790533;1790606;160;*;atgj fin;comp;CDS;1790767;1791249;;; deb;comp;CDS;1820538;1820717;190;*; ;comp;rRNA;1820908;1821023;48;*;116 ;comp;rRNA;1821072;1823993;80;*;2922 ;comp;tRNA;1824074;1824149;8;*;gca ;comp;tRNA;1824158;1824234;132;*;atc ;comp;rRNA;1824367;1825918;218;*;1552 fin;comp;CDS;1826137;1826406;;; deb;comp;CDS;1827820;1829508;132;*; ;comp;ncRNA;1829641;1829905;79;*; fin;comp;CDS;1829985;1830485;;0; deb;comp;CDS;1832600;1832992;166;*; ;comp;tRNA;1833159;1833251;156;*;tca fin;comp;CDS;1833408;1834682;;; deb;;CDS;1839668;1840669;34;*; ;comp;rRNA;1840704;1840819;48;*;116 ;comp;rRNA;1840868;1843788;79;*;2921 ;comp;tRNA;1843868;1843943;8;*;gca ;comp;tRNA;1843952;1844028;132;*;atc ;comp;rRNA;1844161;1845712;241;*;1552 fin;comp;CDS;1845954;1848425;;; deb;;CDS;1873838;1875127;139;*; ;;tRNA;1875267;1875342;13;*;aaa ;;tRNA;1875356;1875427;21;*;gaa ;;tRNA;1875449;1875524;41;*;gac ;;tRNA;1875566;1875638;403;*;ttc fin;;CDS;1876042;1876749;;; deb;comp;CDS;2217640;2217846;205;*; ;;tRNA;2218052;2218127;258;*;cgg fin;;CDS;2218386;2219693;;; deb;;CDS;2250178;2250645;126;*; ;;tmRNA;2250772;2251126;407;*; fin;;CDS;2251534;2252211;;; deb;comp;CDS;2428815;2429495;404;*; ;;rRNA;2429900;2431454;144;*;1555 ;;rRNA;2431599;2434520;101;*;2922 ;;rRNA;2434622;2434737;4;*;116 ;;tRNA;2434742;2434817;4;*;gta ;;tRNA;2434822;2434897;9;*;aca ;;tRNA;2434907;2434982;22;*;cac ;;tRNA;2435005;2435085;29;*;cta ;;tRNA;2435115;2435189;16;*;ggc ;;tRNA;2435206;2435294;3;*;tta ;;tRNA;2435298;2435371;10;*;cgt ;;tRNA;2435382;2435455;16;*;cca ;;tRNA;2435472;2435544;20;*;gca ;;tRNA;2435565;2435657;54;*;tca ;;tRNA;2435712;2435805;20;*;cta ;;tRNA;2435826;2435902;1;*;atgf ;;tRNA;2435904;2435979;12;*;gac ;;tRNA;2435992;2436067;14;*;ttc ;;tRNA;2436082;2436157;10;*;aca ;;tRNA;2436168;2436243;13;*;aaa ;;tRNA;2436257;2436327;10;*;gga ;;tRNA;2436338;2436414;7;*;atc ;;tRNA;2436422;2436496;7;*;aac ;;tRNA;2436504;2436594;6;*;agc ;;tRNA;2436601;2436672;657;*;gaa fin;;CDS;2437330;2438274;;0; deb;;CDS;2798971;2799474;109;*; ;;tRNA;2799584;2799657;1;*;gga ;;tRNA;2799659;2799732;410;*;aga fin;;CDS;2800143;2800343;;0; deb;comp;CDS;2991608;2992366;242;*; ;;tRNA;2992609;2992682;221;*;atgi fin;;CDS;2992904;2993515;;; </pre> ====ban séquences==== <pre> 33 aas;inter;21 aas;inter;19 aas;inter;11 aas;inter ;;;;;;; gga;1;;;;;ttg;10 cca;4;;;;;tgc;14 cgt;3;;;;;ggc;5 tta;16;;;;;caa;63 ggc;29;;;;;cac;19 cta;14;;;;;tgg;7 aaa;5;;;;;tac;17 caa;87;;;;;gta;5 gac;46;gaa;6;;;gaa;24 gta;4;agc;7;;;acc;4 gaa;1;aac;7;gaa;1;aac; aac;8;atc;10;aac;8;; atc;11;gga;13;atc;11;; tgg;6;aaa;10;tgg;6;; aca;9;aca;14;aca;9;; ttc;8;ttc;12;ttc;9;; gac;4;gac;1;gac;4;; atgf;20;atgf;20;atgf;20;; tca;54;cta;54;tca;54;9 aas;inter tca;20;tca;20;tca;20;; gca;16;gca;16;gca;16;gca;10 cca;10;cca;10;cca;10;ggc;5 cgt;3;cgt;3;cgt;3;aaa;5 tta;16;tta;16;tta;16;caa;65 ggc;29;ggc;29;ggc;29;tac;17 cta;13;cta;22;cta;22;gta;5 aaa;5;cac;9;cac;9;gaa;24 caa;87;aca;4;aca;4;acc;4 gac;46;gta;;gta;;aac; gta;4;;;;;; gaa;8;;;;;; agc;3;;;;;; aac;;;;;;; </pre> ===bacilli synthèse=== ====bacilli données intercalaires==== * Autres intercalaires: 1456 *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_données_intercalaires|bacilli données intercalaires]] <pre> Les bacilli;;ban;bsu;lbu;lam;lmo;pmq;ppm;ppmp;;;;* Autres intercalaires: 1456;;;Ft: 271;;Ici: 859;;Reste: 326;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;;CDS 16s c;CDS 16s x;5s CDS c;5s CDS x;5s 16s c;;16s 23s;;23s 5s;;16s tRNA;;tRNA 23s;;5s tRNA;;tRNA in;;tRNA contig;;tRNA hors ;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;;218;295;87;14;183;1;144;1;86;1;98;1;79;1;15;1;5;5;1;2;1 tot;fxt;fct;tot;fx;fc;tot;fx40;fc40;tot;x-;c-;;224;349;123;34;;1;147;1;100;1;114;1;80;1;31;1;10;5;2;3;2 0;0;1;0;12;159;0;12;156;-1;1;521;;230;387;130;36;;1;158;1;111;2;99;1;128;1;34;1;12;19;3;13;3 10;0;0;10;94;1534;1;7;263;-2;4;5;;241;399;148;57;;1;177;1;113;2;127;1;129;1;36;1;14;30;4;16;4 20;2;1;20;146;2063;2;10;259;-3;0;2;;243;404;156;99;;1;231;1;133;2;132;1;130;1;38;1;19;38;5;12;5 30;0;3;30;228;1179;3;9;207;-4;50;1360;;258;452;175;208;;1;259;1;144;2;133;1;186;1;39;1;21;14;6;10;6 40;2;2;40;448;807;4;8;156;-5;0;1;;272;477;178;277;;1;263;1;161;4;113;2;81;1;46;1;24;11;7;11;7 50;2;3;50;347;649;5;11;133;-6;5;1;;289;513;190;296;;1;266;1;168;;;2;118;1;54;1;41;17;8;7;8 60;5;6;60;227;606;6;4;126;-7;1;29;;291;533;206;;;1;267;1;169;;;2;172;1;55;2;11;26;9;11;9 70;4;4;70;197;681;7;12;83;-8;5;444;;295;547;237;;;1;268;2;48;;;4;127;1;82;2;20;24;10;1;10 80;3;7;80;216;703;8;14;63;-9;5;0;;298;570;298;;;1;270;2;49;;;;;2;7;2;46;16;11;8;11 90;9;5;90;211;646;9;9;104;-10;5;26;;299;612;308;;;1;271;2;81;;;;;2;12;2;52;13;12;4;12 100;7;4;100;245;606;10;10;122;-11;9;198;;302;613;393;;;1;272;2;97;;;;;2;14;3;8;11;13;6;13 110;3;12;110;212;668;11;8;162;-12;2;0;;309;649;460;;;1;290;2;101;;;;;2;18;5;69;10;14;2;14 120;5;10;120;251;597;12;11;271;-13;1;29;;318;695;767;;;1;353;2;145;;;;;2;20;;;12;15;3;15 130;6;13;130;270;531;13;15;215;-14;5;130;;320;793;;;;2;203;2;170;;;;;3;4;;;11;16;2;16 140;4;7;140;221;470;14;21;239;-15;2;0;;321;;;;;2;218;3;50;;;;;3;43;;;12;17;5;17 150;2;6;150;261;458;15;15;259;-16;3;18;;323;;;;;2;280;3;71;;;;;4;9;;;3;18;0;18 160;0;11;160;241;425;16;11;204;-17;4;97;;344;;;;;2;410;3;78;;;;;6;13;;;12;19;2;19 170;3;8;170;234;388;17;17;170;-18;1;1;;350;;;;;3;167;4;69;;;;;;;;;10;20;0;20 180;3;3;180;204;376;18;18;210;-19;1;13;;363;;;;;4;244;4;80;;;;;;;;;2;21;1;21 190;3;5;190;216;347;19;15;153;-20;3;76;;364;;;;;4;269;6;70;;;;;;;;;8;22;3;22 200;2;4;200;206;327;20;15;154;-21;0;0;;365;;;;;5;146;6;77;;;;;;;;;2;23;1;23 210;6;3;210;199;293;21;10;163;-22;1;17;;373;;;;;5;164;6;96;;;;;;;;;4;24;1;24 220;1;3;220;168;253;22;13;153;-23;1;54;;376;;;;;7;217;8;55;;;;;;;;;5;25;1;25 230;4;7;230;169;255;23;19;124;-24;0;1;;377;;;;;51;;66;;14;;16;;36;;24;;4;26;1;26 240;2;1;240;149;243;24;27;142;-25;3;20;;388;;;;;;;;;;;;;;;;;3;27;1;27 250;5;1;250;151;200;25;17;98;-26;5;53;;408;;;;;tRNA 16s;23s tRNA;16s 5s;;;;;;;;;;5;28;2;28 260;1;3;260;121;173;26;29;98;-27;0;0;;422;;;;;76;131;102;;;;;;;;;;8;29;3;29 270;3;3;270;125;167;27;27;108;-28;1;7;;445;;;;;159;;117;;;;;;;;;;2;30;1;30 280;2;1;280;119;181;28;23;82;-29;3;32;;445;;;;;170;;;;;;;;;;;;1;31;0;31 290;1;1;290;89;144;29;26;94;-30;0;0;;451;;;;;171;;;;;;;;;;;;1;32;0;32 300;1;0;300;82;121;30;33;96;-31;1;7;;451;;;;;341;;;;;;;;;;;;1;33;3;33 310;1;0;310;87;130;31;33;95;-32;3;28;;489;;;;;;;;;;;;;;;;;4;34;2;34 320;0;1;320;81;95;32;30;74;-33;1;0;;501;;;;;;;;;;;;;;;;;2;35;4;35 330;0;0;330;63;128;33;42;99;-34;1;5;;510;;;;;;;;;;;;;;;;;1;36;1;36 340;3;1;340;79;91;34;33;67;-35;1;24;;518;;;;;;;;;;;;;;;;;1;37;0;37 350;1;1;350;57;101;35;45;85;-36;2;0;;520;;;;;;;;;;;;;;;;;3;38;0;38 360;0;4;360;60;82;36;42;88;-37;0;8;;533;;;;;;;;;;;;;;;;;2;39;0;39 370;1;1;370;47;71;37;39;61;-38;1;9;;536;;;;;;;;;;;;;;;;;2;40;2;40 380;0;0;380;39;82;38;49;66;-39;1;0;;562;;;;;;;;;;;;;;;;;2;41;1;41 390;1;2;390;47;88;39;65;85;-40;1;6;;607;;;;;;;;;;;;;;;;;3;42;2;42 400;0;2;400;36;59;40;69;64;-41;1;17;;673;;;;;;;;;;;;;;;;;0;43;0;43 reste;10;13;reste;760;973;reste;6385;12061;-42;2;0;;744;;;;;;;;;;;;;;;;;0;44;0;44 ;108;163;total;7415;18150;total;7308;17712;-43;0;3;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;45;0;45 ;;;diagr;;;diagr;;;-44;2;14;;44;16;15;8;1;8;;;;;;;;;;;;2;46;0;46 t30;2;4; t30;468;4776;;;;-45;1;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;47;0;47 t30%;1.9;2.5;t30%;6.3;26.3;;;;-46;0;5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;48;0;48 ;;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;12;;;;;;;;;;;;;;;;;;;2;49;1;49 ;;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;50;0;50 ;;x;7403;164;12;7472;;;-49;0;7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;19;;20; ;;c;17991;3390;159;21070;42610;;-50;1;31;;;;;;;;;;;;;;;;;;;391;;169; ;;;;;;;1456;;reste;23;47;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;55 ;;;;;;;44066;;total;164;3358;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;58 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;54;1;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;55;1;80 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;81 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;56;1;82 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;60;2;86 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;63;1;101 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;65;1;108 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;67;1;109 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;77;1;111 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;112 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;87;1;125 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;102;1;131 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;104;1;139 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;106;1;157 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;138;1;230 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;158;1;261 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;265;1;297 </pre> ====bacilli distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_génome|bacilli distribution par génome]] <pre> baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total bsu;18;8;;52;2;4;;2;86 lmo;9;8;;44;;4;;2;67 lam;22;14;;16;;4;3;4;63 ppm;67;21;;68;;5;;;161 pmq;22;11;;138;;0;2;;173 lbu;49;16;;16;;10;7;;98 ban;8;5;;60;33;4;;2;112 ;;;;;;;;; total;195;83;0;394;35;31;12;10;760 </pre> ====bacilli distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_du_total|bacilli distribution du total]] <pre> baci8;Sans 2 16s, 10 13aas et 31 +16s;;;;;;717;;baci8;Le reste;;;;;;43 atgi;8;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc; atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;15;acc;1;aac;4;agc; ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;16;tca;17;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;16;gaa;;gga;1 ttg;13;tcg;10;tag;;tgg;15;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg; atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; baci8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;baci8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total type;207;83;0;394;33;0;717;;type;12;;;10;2;31;43 </pre> ====bacilli distribution par type==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_distribution_par_type|bacilli distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> baci8;;;;;;;717;;baci8;;;;;;;83;;baci8;;;;;;;195;;baci8;;;;;;;12;;baci8;;;;;;;427 atgi;8;tct;0;tat;0;atgf;25;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;18 att;0;act;2;aat;0;agt;0;;att;;act;2;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;5;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;23;tcc;12;tac;24;tgc;12;;ttc;0;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;14;tcc;9;tac;13;tgc;7 atc;16;acc;8;aac;32;agc;17;;atc;1;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;3;acc;;aac;9;agc;6;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;12;acc;6;aac;22;agc;10 ctc;11;ccc;2;cac;21;cgt;27;;ctc;3;ccc;2;cac;;cgt;1;;ctc;4;ccc;;cac;9;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;23 gtc;8;gcc;4;gac;34;ggc;39;;gtc;5;gcc;2;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;11;ggc;7;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;3;;gtc;3;gcc;1;gac;22;ggc;29 tta;16;tca;17;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;5;taa;;tga;;;tta;3;tca;5;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;11;tca;7;taa;;tga; ata;1;aca;23;aaa;30;aga;9;;ata;;aca;1;aaa;;aga;7;;ata;1;aca;4;aaa;8;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;18;aaa;22;aga;1 cta;15;cca;27;caa;29;cga;2;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;3;cca;5;caa;10;cga;2;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;12;cca;22;caa;15;cga; gta;36;gca;17;gaa;42;gga;19;;gta;;gca;;gaa;;gga;5;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;28;gca;15;gaa;23;gga;10 ttg;13;tcg;10;tag;0;tgg;15;;ttg;;tcg;5;tag;;tgg;;;ttg;4;tcg;3;tag;;tgg;7;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;8 atgj;14;acg;7;aag;10;agg;3;;atgj;2;acg;3;aag;4;agg;3;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;atgj;8;acg;2;aag;;agg; ctg;15;ccg;2;cag;1;cgg;8;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;1;ccg;2;cag;1;cgg;;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;2;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====bacilli par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacilli par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;43;21;5;13;;;82; 16;moyen;27;59;4;135;2;31;227; 14;fort;13;115;3;279;8;2;418; ; ;83;195;12;427;10;33;760; 10;g+cga;16;12;5;5;;;38; 2;agg+cgg;11;0;;;;;11; 4;carre ccc;12;5;;8;;;25; 5;autres;4;4;;;;;8; ;;43;21;5;13;;;82; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;baci ‰;ref. ‰ 21;faible;57;28;7;17;;;108;26 16;moyen;36;78;5;178;3;41;299;324 14;fort;17;151;4;367;11;3;550;650 ;;109;257;16;562;13;43;760;729 10;g+cga;21;16;7;7;;;50;10 2;agg+cgg;14;;;;;;14; 4;carre ccc;16;7;;11;;;33;16 5;autres;5;5;;;;;11; ;;57;28;7;17;;;108; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;baci8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;148;72;17;238;26;52;11; 16;moyen;93;203;14;310;324;33;30; 14;fort;45;397;10;452;650;16;59; ;;286;672;41;290;729;83;195; 10;g+cga;55;41;17;114;;37;; 2;agg+cgg;38;;;38;;26;; 4;carre ccc;41;17;;59;;28;; 5;autres;14;14;;28;;9;; ;;148;72;17;238;;43;; </pre> ====bacilli, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bacilli,_estimation_des_-rRNAs|bacilli, estimation des -rRNAs]] <pre> ;;;;;;;;bacilli;;;;;;;;;;;;;;;;; 32 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;32;1889;0;0;;indices;;;;32;5903;0;0;;baci7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;290 atgi;20;tct;;tat;;atgf;91;;atgi;63;tct;;tat;;atgf;284;;atgi;5;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;2;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;5;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;63;tcc;30;tac;56;tgc;30;;ttc;197;tcc;94;tac;175;tgc;94;;ttc;9;tcc;3;tac;11;tgc;5 atc;92;acc;27;aac;99;agc;38;;atc;288;acc;84;aac;309;agc;119;;atc;4;acc;2;aac;10;agc;7 ctc;15;ccc;;cac;53;cgt;82;;ctc;47;ccc;;cac;166;cgt;256;;ctc;7;ccc;2;cac;9;cgt;4 gtc;3;gcc;1;gac;106;ggc;101;;gtc;9.4;gcc;3.1;gac;331;ggc;316;;gtc;5;gcc;3;gac;12;ggc;10 tta;59;tca;49;taa;;tga;;;tta;184;tca;153;taa;;tga;;;tta;5;tca;10;taa;;tga; ata;;aca;87;aaa;84;aga;1;;ata;0;aca;272;aaa;263;aga;3.1;;ata;1;aca;5;aaa;8;aga;8 cta;54;cca;77;caa;69;cga;;;cta;169;cca;241;caa;216;cga;;;cta;3;cca;5;caa;14;cga;2 gta;113;gca;122;gaa;94;gga;49;;gta;353;gca;381;gaa;294;gga;153;;gta;8;gca;2;gaa;19;gga;9 ttg;32;tcg;2;tag;;tgg;42;;ttg;100;tcg;6.3;tag;;tgg;131;;ttg;6;tcg;8;tag;;tgg;7 atgj;32;acg;3;aag;;agg;;;atgj;100;acg;9.4;aag;;agg;;;atgj;6;acg;5;aag;10;agg;3 ctg;12;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;37.5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;2;cag;1;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3.1;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg;3 ;;693;;1171;;25;1889;;;;2166;;3659;;78;5903;;;;90;;131;;69;290 29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;29.5.20 Tanger;;;;baci;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;49366;0,2;0;;indices;sans +16s;;;618;49366;0,2;0;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;84;tct;0.3;tat;0.5;atgf;1;;atgi;146;tct;0.3;tat;0.5;atgf;285;;atgi;71;tct;;tat;;atgf;100 att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;0.2;act;11;aat;0.5;agt;;;att;;act;29;aat;;agt; ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;47;cct;0.6;cat;0.2;cgc;0.2;;ctt;71;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;0.2;gct;0.5;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;75;tcc;26;tac;64;tgc;23;;ttc;272;tcc;120;tac;239;tgc;117;;ttc;129;tcc;43;tac;157;tgc;71 atc;23;acc;8;aac;69;agc;40;;atc;310;acc;92;aac;378;agc;159;;atc;57;acc;29;aac;143;agc;100 ctc;28;ccc;6.1;cac;20;cgt;32;;ctc;75;ccc;6.1;cac;186;cgt;288;;ctc;100;ccc;29;cac;129;cgt;57 gtc;44;gcc;27;gac;55;ggc;-6;;gtc;53;gcc;30;gac;386;ggc;310;;gtc;71;gcc;43;gac;171;ggc;143 tta;27;tca;91;taa;1.1;tga;1.8;;tta;211;tca;244;taa;1.1;tga;1.8;;tta;71;tca;143;taa;;tga; ata;2.1;aca;22;aaa;78;aga;116;;ata;2.1;aca;294;aaa;340;aga;119;;ata;14;aca;71;aaa;114;aga;114 cta;30;cca;2;caa;83;cga;6.3;;cta;199;cca;243;caa;299;cga;6.3;;cta;43;cca;71;caa;200;cga;29 gta;44;gca;62;gaa;174;gga;152;;gta;397;gca;443;gaa;468;gga;305;;gta;114;gca;29;gaa;271;gga;129 ttg;25;tcg;41;tag;0.8;tgg;6;;ttg;125;tcg;47;tag;0.8;tgg;137;;ttg;86;tcg;114;tag;;tgg;100 atgj;52;acg;38;aag;73;agg;72;;atgj;152;acg;47;aag;73;agg;72;;atgj;86;acg;71;aag;143;agg;43 ctg;22.5;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;60;ccg;19;cag;17;cgg;109;;ctg;114;ccg;29;cag;14;cgg;114 gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;15;;gtg;0.8;gcg;8.6;gag;16;ggg;18;;gtg;;gcg;;gag;29;ggg;43 ;;654;;845;;582;2081;;;;2820;;4504;;660;7984;;;;1286;;1871;;986;4143 rapports;;23;;19;;88;26;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;baci7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;57;tct;;tat;;atgf;0.2;;fiches;28.90625;;;fréquences;;;;;atgi;14;tct;100;tat;100;atgf;99 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;925;;;0/0;0;;;;att;100;act;62;aat;100;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;1902;;;10;2;;;;ctt;34;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;32;;;20;3;;;;gtt;100;gct;100;gat;;ggt; ttc;28;tcc;22;tac;27;tgc;20;;;;;;30;1;;;;ttc;42;tcc;39;tac;59;tgc;67 atc;7;acc;8;aac;18;agc;25;;baci7;41.429;;;40;9;;;;atc;61;acc;73;aac;52;agc;60 ctc;38;ccc;100;cac;11;cgt;11;;sans;290;;;50;6;21;;;ctc;72;ccc;79;cac;84;cgt;44 gtc;82;gcc;90;gac;14;ggc;-2;;avec;470;;;60;5;;;;gtc;39;gcc;37;gac;68;ggc;104 tta;13;tca;37;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;9;;;;tta;63;tca;36;taa;100;tga;100 ata;100;aca;8;aaa;23;aga;97;;;;;;80;5;;;;ata;85;aca;69;aaa;32;aga;1 cta;15;cca;1.0;caa;28;cga;100;;L’estimation par baci7;;;;90;3;;;;cta;29;cca;97;caa;58;cga;78 gta;11;gca;14;gaa;37;gga;50;;est 43 % au dessus;;;;100;6;;;;gta;62;gca;54;gaa;36;gga;15 ttg;20;tcg;87;tag;;tgg;4;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;71;tcg;64;tag;100;tgg;94 atgj;34;acg;80;aag;100;agg;100;;32;;100;;;50;;;;atgj;39;acg;47;aag;49;agg;40 ctg;38;ccg;100;cag;100;cgg;100;;atc;45;310;;;;;;;ctg;80;ccg;34;cag;16;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;83;;gca;59;443;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;44;ggg;65 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;867;;838;;850;2554 </pre> ==clostridia== ===psor=== ====psor opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_opérons|psor opérons]] <pre> 27.3%GC;8.8.19 Paris;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Paeniclostridium sordellii AM370;;;;;;;;; ;9847..10620;CDS;;205;205;;;258; ;10826..12332;16s;;196;;;;; ;12529..15445;23s;;78;;;;; ;15524..15640;5s;;85;85;;;;85 ;15726..15947;CDS;;;;;;74; ;;;;;;;;; ;18845..19297;CDS;;3;3;;;151;3 ;19301..19393;tcc;;27;;;;; ;19421..19685;ncRNA;;152;152;;;; ;19838..21478;CDS;;;;;;*547; ;;;;;;;;; ;24343..24570;CDS;;309;309;;;76; ;24880..26386;16s;;196;;;;; ;26583..29499;23s;;122;;;;; ;29622..29738;5s;;5;;;5;; ;29744..29832;tta;+;13;;;13;; ;29846..29921;atgf;3 aaa;15;;;15;; ;29937..30011;gaa;6 atg;9;;;9;; ;30021..30094;gga;3 gta;6;;;6;; ;30101..30176;gta;1 cgt;5;;;5;; ;30182..30258;gac;1 ggc;16;;;16;; ;30275..30350;aac;2 fois suite;4;;;4;; ;30355..30429;aca;aac aca aga;4;;;4;; ;30434..30518;tac;caa cac cca;15;;;15;; ;30534..30617;cta;cta gaa gac;14;;;14;; ;30632..30708;aga;gga tac tca;7;;;7;; ;30716..30791;caa;tgc tta ttc;11;;;11;; ;30803..30878;aaa;;6;;;6;; ;30885..30973;tca;;3;;;3;; ;30977..31052;ttc;;9;;;9;; ;31062..31138;atgj;;8;;;8;; ;31147..31223;atgi;;21;;;21;; ;31245..31321;cca;;6;;;6;; ;31328..31404;cac;;4;;;4;; ;31409..31482;tgc;;25;;;25;; ;31508..31596;tta;;13;;;13;; ;31610..31685;atgf;;15;;;15;; ;31701..31775;gaa;;9;;;9;; ;31785..31858;gga;;6;;;6;; ;31865..31940;gta;;5;;;5;; ;31946..32022;gac;;16;;;16;; ;32039..32114;aac;;4;;;4;; ;32119..32193;aca;;4;;;4;; ;32198..32282;tac;;15;;;15;; ;32298..32381;cta;;11;;;11;; ;32393..32467;ggc;;13;;;13;; ;32481..32557;aga;;7;;;7;; ;32565..32640;caa;;11;;;11;; ;32652..32727;aaa;;6;;;6;; ;32734..32822;tca;;3;;;3;; ;32826..32901;ttc;;9;;;9;; ;32911..32987;atgj;;8;;;8;; ;32996..33072;atgi;;21;;;21;; ;33094..33170;cca;;6;;;6;; ;33177..33253;cac;;9;;;9;; ;33263..33338;aaa;;21;;;21;; ;33360..33433;tgc;;6;;;6;; ;33440..33516;cgt;;10;;;;; ;33527..33602;gta;;162;162;;;;162 ;33765..34016;CDS;;;;;;84; ;;;;;;;;; ;34042..34455;CDS;;249;249;;;138; ;34705..36211;16s;;196;;;;; ;36408..39324;23s;;78;;;;; ;39403..39519;5s;;402;*402;;;; comp;39922..40113;CDS;;348;348;;;64; ;40462..41968;16s;;196;;;;; ;42165..45081;23s;;78;;;;; ;45160..45276;5s;;180;180;;;;*180 ;45457..47394;CDS;;;;;;*646; ;;;;;;;;; ;101428..102144;CDS;;276;276;;;239; ;102421..103927;16s;;54;;;;; ;103982..104057;gca;;114;;;;; ;104172..107096;23s;;41;;;;; ;107138..107211;gga;;11;;;;; ;107223..107339;5s;;99;99;;;;99 comp;107439..108617;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;; ;111345..111884;CDS;;431;*431;;;180; ;112316..113822;16s;;54;;;;; ;113877..113952;gca;;114;;;;; ;114067..116982;23s;;193;;;;; ;117176..117292;5s;;5;;;;; ;117298..117386;tta;;9;;;9;; ;117396..117472;atgi;;123;;;;; ;117596..119102;16s;;54;;;;; ;119157..119232;gca;;114;;;;; ;119347..122263;23s;;193;;;;; ;122457..122573;5s;;5;;;;; ;122579..122667;tta;;9;;;9;; ;122677..122753;atgi;;123;;;;; ;122877..124383;16s;;54;;;;; ;124438..124513;gca;;114;;;;; ;124628..127549;23s;;78;;;;; ;127628..127744;5s;;100;100;;;;100 ;127845..129260;CDS;;;;;;472; ;;;;;;;;; ;215388..216260;CDS;;264;264;;;291; ;216525..218030;16s;;123;;;;; ;218154..218229;gca;;152;;;;; ;218382..221296;23s;;50;;;;; ;221347..221420;gga;;12;;;;; ;221433..221549;5s;;109;109;;;;109 ;221659..221940;CDS;;525;*525;;;94; ;222466..223972;16s;;196;;;;; ;224169..227083;23s;;144;;;;; ;227228..227344;5s;;228;228;;;;*228 ;227573..227989;CDS;;;;;;139; ;;;;;;;;; ;449964..450266;CDS;;253;253;;;101; ;450520..452026;16s;;196;;;;; ;452223..455139;23s;;144;;;;; ;455284..455400;5s;;112;112;;;;112 comp;455513..456616;CDS;;;;;;368; ;;;;;;;;; ;498418..499074;CDS;;189;189;;;219; ;499264..500770;16s;;118;;;;; ;500889..500964;gca;;95;;;;; ;501060..503976;23s;;144;;;;; ;504121..504237;5s;;131;131;;;;131 ;504369..504551;CDS;;;;;;61; ;;;;;;;;; ;546886..550416;CDS;;41;41;;;*1177;*41 comp;550458..550544;ttg;;138;138;;;; ;550683..553325;CDS;;;;;;*881; ;;;;;;;;; ;608009..608683;CDS;;195;195;;;225; ;608879..608975;tga;;37;37;;;;37 comp;609013..609732;CDS;;;;;;240; ;;;;;;;;; ;815939..816655;CDS;;71;71;;;239;71 ;816727..816800;tgc;;12;;12;;; ;816813..816888;aac;;3;;3;;; ;816892..816966;aca;;285;285;;;; ;817252..818727;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;; ;1284870..1288097;CDS;;111;111;;;*1076;*111 ;1288209..1288297;cta;;426;*426;;;; ;1288724..1290853;CDS;;;;;;*710; ;;;;;;;;; ;1445161..1445664;CDS;;135;135;;;168;135 ;1445800..1445868;other;@1;258;258;;;; ;1446127..1446813;CDS;;;;;;229; ;;;;;;;;; ;2267513..2267698;CDS;@2;306;306;;;62;*306 comp;2268005..2268088;cta;;404;*404;;;; ;2268493..2269758;CDS;;;;;;422; ;;;;;;;;; ;3094098..3094784;CDS;;40;40;;;229;40 comp;3094825..3094941;5s;;78;;;;; comp;3095020..3097936;23s;;194;;;;; comp;3098131..3099637;16s;;276;276;;;; comp;3099914..3101161;CDS;;;;;;416; ;;;;;;;;; ;3159922..3160827;CDS;;37;37;;;302;37 comp;3160865..3160956;agc;;120;120;;;; comp;3161077..3161376;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;; comp;3274188..3274733;CDS;;245;245;;;182;*245 comp;3274979..3275095;5s;@3;12;;;;; comp;3275108..3275181;gga;;107;;;;; comp;3275289..3278214;23s;;137;;;;; comp;3278352..3279858;16s;;253;253;;;; comp;3280112..3280690;CDS;;;;;;193; ;;;;;;;;; comp;3303104..3304150;CDS;;124;124;;;349;124 comp;3304275..3304459;riboswitch;@4;96;;;;; comp;3304556..3304672;5s;;11;;;;; comp;3304684..3304758;aca;;116;;;;; comp;3304875..3307789;23s;;196;;;;; comp;3307986..3309492;16s;;364;*364;;;; ;3309857..3310504;CDS;;;;;;216; ;;;;;;;;; comp;3438683..3439531;CDS;;142;142;;;283;142 comp;3439674..3439750;aga;;7;;;7;; comp;3439758..3439832;ggc;;9;;;9;; comp;3439842..3439918;gac;;5;;;5;; comp;3439924..3439999;gta;;8;;;8;; comp;3440008..3440082;gaa;;5;;;;; comp;3440088..3440204;5s;;40;;;;; comp;3440245..3443168;23s;;112;;;;; comp;3443281..3443356;gca;;109;;;;; comp;3443466..3444972;16s;;138;;;;; comp;3445111..3445187;atgj;+;13;;;13;; comp;3445201..3445276;ttc;3 atg;6;;;6;; comp;3445283..3445359;atc;2 cca;6;;;6;; comp;3445366..3445442;cca;2 gga;31;;;31;; comp;3445474..3445549;tgg;2 aac;11;;;11;; comp;3445561..3445637;atgi;;6;;;6;; comp;3445644..3445720;cca;;6;;;6;; comp;3445727..3445817;agc;;11;;;11;; comp;3445829..3445917;tca;;6;;;6;; comp;3445924..3445999;aaa;;12;;;12;; comp;3446012..3446087;caa;;6;;;6;; comp;3446094..3446170;aga;;19;;;19;; comp;3446190..3446263;gga;;11;;;11;; comp;3446275..3446359;tac;;4;;;4;; comp;3446364..3446438;aca;;4;;;4;; comp;3446443..3446518;aac;;31;;;31;; comp;3446550..3446625;aac;;16;;;16;; comp;3446642..3446718;gac;;5;;;5;; comp;3446724..3446799;gta;;6;;;6;; comp;3446806..3446879;gga;;9;;;9;; comp;3446889..3446963;gaa;;15;;;15;; comp;3446979..3447054;atgf;;13;;;13;; comp;3447068..3447156;tta;;5;;;;; comp;3447162..3447278;5s;;213;;;;; comp;3447492..3450406;23s;;196;;;;; comp;3450603..3452109;16s;;239;239;;;; comp;3452349..3452552;CDS;;;;;;68; ;;;;;;;;; comp;3523330..3524046;CDS;;129;129;;;239;129 comp;3524176..3524251;gta;+;8;;8;;; comp;3524260..3524334;gaa;2 fois;20;;20;;; comp;3524355..3524430;aaa;gta gaa aaa;10;;10;;; comp;3524441..3524515;aca;;10;;10;;; comp;3524526..3524602;gac;;7;;7;;; comp;3524610..3524685;gta;;9;;9;;; comp;3524695..3524769;gaa;;5;;5;;; comp;3524775..3524850;aaa;;289;289;;;; ;3525140..3526039;CDS;;;;;;300; </pre> ====psor cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_cumuls|psor cumuls]] <pre> psor cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;0;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;6;20;9;65;50;5;20;1;200;8 ;16 atc gca;0;40;0;6;100;4;40;3;300;13 ;16 23 5s a;2;60;0;0;150;10;60;1;400;4 ;max a;44;80;0;0;200;5;80;1;500;4 ;a doubles;2;100;0;0;250;5;100;3;600;1 ;autres;9;120;0;0;300;8;120;3;700;1 ;total aas;87;140;0;0;350;3;140;4;800;1 sans ;opérons;8;160;0;0;400;1;160;1;900;1 ;1 aa;6;180;0;0;450;4;180;2;1000;0 ;max a;8;200;0;0;500;0;200;0;1100;1 ;a doubles;1;;0;0;;1;;3;;1 ;total aas;17;;9;71;;46;;22;;44 total aas;;104;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;9;10;;206;;119;;304 ;;;variance;5;6;;121;;73;;257 sans jaune;;;moyenne;;;;173;;95;;220 ;;;variance;;;;90;;45;;121 </pre> ====psor blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_blocs|psor blocs]] <pre> I;;I2;I3;I4;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 ;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;CDS;124;;; ;;;;;;;CDS;245;riboswitch;96;;; CDS;205;249;348;525;253;40;5s;12;5s;11;CDS;309;5 16s;196;196;196;196;196;78;gga;107;aca;116;16s;196;213 23s;78;78;78;144;144;194;23s;137;23s;196;23s;122;196 5s;85;402;180;228;112;276;16s;253;16s;364;5s;5;239 CDS;;;;;;;CDS;;CDS;;tta;; V;;V2;VI;VI1;VII;VII1;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;;;;;;;;;;;;; CDS;276;264;CDS;431;;;;;CDS;189;gaa;5; 16s;54;123;16s;54;16s;54;16s;54;16s;118;5s;40; gca;114;152;gca;114;gca;114;gca;114;gca;95;23s;112; 23s;41;50;23s;193;23s;193;23s;78;23s;144;gca;109; gga;11;12;5s;5;5s;5;5s;100;5s;131;16s;138; 5s;99;109;tta;9;tta;9;CDS;;CDS;;atgj;; CDS;;;atgi;123;atgi;123;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;; ;CDS;431;;CDS;309;;CDS;142;;CDS;264;; VI;16s;54;IV1;16s;196;;* * * *4aas;8;V2;16s;123;; ;gca;114;;23s;122;;gaa;5;;gca;152;; ;23s;193;;5s;5;;5s;40;;23s;50;; ;5s;5;;tta;13;;23s;112;;gga;12;; ;tta;9;;* * * * 42aas;10;;gca;109;;5s;109;; ;atgi;123;;gta;162;X1;16s;138;;CDS;525;; VII;16s;54;;CDS;25;;atgj;13;I4;16s;196;; ;gca;114;;CDS;249;;* * * *21aas;13;;23s;144;; ;23s;193;I2;16s;196;;tta;5;;5s;228;; ;5s;5;;23s;78;;5s;213;;CDS;;; ;tta;9;;5s;402;;23s;196;;;;; ;atgi;123;;CDS;348;IV2;16s;239;;;;; VIII;16s;54;I3;16s;196;;CDS;;;;;; ;gca;114;;23s;78;;;;;;;; ;23s;78;;5s;180;;;;;;;; ;5s;100;;CDS;;;;;;;;; ;CDS;;;;;;;;;;;; </pre> ====psor distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_distribution|psor distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;3 gga;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca ;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;;;;;;;;;1-3 aas;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;;;;;;;;;2 tta;atc;1;acc;;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;2 atgi;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;4;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total psor;;5 *;;;;;5;;psor;12;;;;;;12;;;;;;;;;;;psor;;;4;72;;7;87 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3 aas;;; </pre> ====psor données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_données_intercalaires|psor données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;psor;fx;fc;psor;fx40;fc40;psor;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;23;0;1;23;-1;;52;3;41;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;8;223;1;1;40;-2;;0;162;138;205;348;8* 196;;;13;;tta;13;;atgj;12;;tgc ;0;20;16;347;2;0;52;-3;;0;195;37;309;264;194;;;15;;atgf;6;;ttc;3;;aac ;0;30;42;182;3;0;19;-4;1;23;71;306;249;364;137;;;9;;gaa;6;;atc;**;;aca 2;0;40;52;86;4;0;22;-5;;3;285;404;276;;23s 5s;;;6;;gga;31;;cca;8;;gta 1;0;50;45;48;5;1;15;-6;;0;111;37;431;;5* 78;;;5;;gta;11;;tgg;20;;gaa ;0;60;21;74;6;1;3;-7;;18;426;289;525;;122;;;16;;gac;6;;atgi;10;;aaa ;0;70;28;60;7;1;4;-8;;50;135;;253;;2* 193;;;4;;aac;6;;cca;10;;aca ;1;80;19;87;8;1;15;-9;;0;258;;189;;3* 144;;;4;;aca;11;;agc;7;;gac ;0;90;19;67;9;3;24;-10;;2;120;;276;;40;;;15;;tac;6;;tca;9;;gta ;0;100;9;76;10;0;29;-11;1;31;142;;253;;213;;;14;;cta;12;;aaa;5;;gaa ;0;110;18;75;11;2;44;-12;;0;129;;239;;16s tRNA;;;7;;aga;6;;caa;**;;aaa ;2;120;15;85;12;1;46;-13;;1;;;5s CDS;;4* 54;;gca;11;;caa;19;;aga;;; ;1;130;12;65;13;1;34;-14;;19;;;85;402;123;;gca;6;;aaa;11;;gga;;; 1;1;140;24;68;14;1;41;-15;;0;;;180;99;118;;gca;3;;tca;4;;tac;;; ;1;150;17;63;15;1;31;-16;;3;;;100;112;109;;gca;9;;ttc;4;;aca;;; ;0;160;27;59;16;1;30;-17;;7;;;109;40;tRNA 23s;;;8;;atgj;31;;aac;;; ;1;170;26;62;17;2;34;-18;;0;;;228;;4* 114;;gca;21;;atgi;16;;aac;;; ;0;180;19;44;18;1;36;-19;;1;;;131;;152;;gca;6;;cca;5;;gac;;; ;0;190;24;48;19;3;26;-20;;7;;;245;;95;;gca;4;;cac;6;;gta;;; ;1;200;22;36;20;3;25;-21;;0;;;;;109;;gca;25;;tgc;9;;gga;;; ;0;210;20;40;21;2;20;-22;;1;;;;;5s tRNA;;;13;;tta;15;;gaa;;; ;0;220;13;35;22;1;19;-23;;2;;;;;4* 5;;tta;15;;atgf;13;;atgf;;; ;0;230;18;25;23;3;22;-24;;0;;;;;5;;gaa;9;;gaa;**;;tta;;; ;0;240;15;28;24;2;24;-25;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;gga;;;;;; ;0;250;7;18;25;3;19;-26;;4;;;;;11;;gga;5;;gta;;;;;; ;1;260;13;24;26;6;16;-27;;0;;;;;2* 12;;gga;16;;gac;;;;;; ;0;270;8;15;27;6;18;-28;;0;;;;;11;;aca;4;;aac;;;;;; ;0;280;7;22;28;6;14;-29;;3;;;;;tRNA 16s;;;4;;aca;;;;;; 1;1;290;9;14;29;4;10;-30;;0;;;;;2* 123;;atgi;15;;tac;;;;;; ;0;300;13;15;30;9;20;-31;;1;;;;;138;;atgj;11;;cta;;;;;; 1;0;310;3;19;31;4;14;-32;;1;;;;;23s tRNA;;;13;;ggc;;;;;; ;0;320;9;11;32;3;12;-33;;0;;;;;41;;gga;7;;aga;;;;;; ;0;330;6;14;33;5;8;-34;;0;;;;;50;;gga;11;;caa;;;;;; ;0;340;6;10;34;5;5;-35;;0;;;;;107;;gga;6;;aaa;;;;;; ;0;350;4;9;35;7;13;-36;;0;;;;;116;;aca;3;;tca;;;;;; ;0;360;4;10;36;5;8;-37;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;ttc;;;;;; ;0;370;6;8;37;5;2;-38;;0;;;;;2* 9;;tta atgi;8;;atgj;;;;;; ;0;380;2;9;38;8;8;-39;;0;;;;;;;;21;;atgi;;;;;; ;0;390;1;8;39;2;7;-40;;0;;;;;;;;6;;cca;;;;;; ;0;400;2;7;40;8;9;-41;;1;;;;;;;;9;;cac;;;;;; 1;1;reste;63;131;reste;574;1489;-42;;0;;;;;;;;21;;aaa;;;;;; 7;12;total;693;2350;total;693;2350;-43;;0;;;;;;;;6;;tgc;;;;;; 6;11;diagr;629;2196;diagr;118;838;-44;;0;;;;;;;;10;;cgt;;;;;; 0;1; t30;66;752;;;;-45;;0;;;;;;;;**;;gta;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;7;;aga;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;9;;ggc;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;5;;gac;;;;;; ;x;692;3;1;696;;;-49;;0;;;;;;;;8;;gta;;;;;; ;c;2327;235;23;2585;;;-50;;1;;;;;;;;**;;gaa;;;;;; ;;;;;3281;226;;reste;1;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3507;;total;3;235;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====psor autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#psor_autres_intercalaires_aas|psor autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;psor;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas fin;;CDS;1;1332;; deb;;CDS;9847;10620;205; ;;rRNA;10826;12332;196;1507 ;;rRNA;12529;15445;78;2917 ;;rRNA;15524;15640;85;117 fin;;CDS;15726;15947;; deb;;CDS;18845;19297;3; ;;tRNA;19301;19393;27;tcc ;;ncRNA;19421;19685;152; fin;;CDS;19838;21478;; deb;;CDS;24343;24570;309; ;;rRNA;24880;26386;196;1507 ;;rRNA;26583;29499;122;2917 ;;rRNA;29622;29738;5;117 ;;tRNA;29744;29832;13;tta ;;tRNA;29846;29921;15;atgf ;;tRNA;29937;30011;9;gaa ;;tRNA;30021;30094;6;gga ;;tRNA;30101;30176;5;gta ;;tRNA;30182;30258;16;gac ;;tRNA;30275;30350;4;aac ;;tRNA;30355;30429;4;aca ;;tRNA;30434;30518;15;tac ;;tRNA;30534;30617;14;cta ;;tRNA;30632;30708;7;aga ;;tRNA;30716;30791;11;caa ;;tRNA;30803;30878;6;aaa ;;tRNA;30885;30973;3;tca ;;tRNA;30977;31052;9;ttc ;;tRNA;31062;31138;8;atgj ;;tRNA;31147;31223;21;atgi ;;tRNA;31245;31321;6;cca ;;tRNA;31328;31404;4;cac ;;tRNA;31409;31482;25;tgc ;;tRNA;31508;31596;13;tta ;;tRNA;31610;31685;15;atgf ;;tRNA;31701;31775;9;gaa ;;tRNA;31785;31858;6;gga ;;tRNA;31865;31940;5;gta ;;tRNA;31946;32022;16;gac ;;tRNA;32039;32114;4;aac ;;tRNA;32119;32193;4;aca ;;tRNA;32198;32282;15;tac ;;tRNA;32298;32381;11;cta ;;tRNA;32393;32467;13;ggc ;;tRNA;32481;32557;7;aga ;;tRNA;32565;32640;11;caa ;;tRNA;32652;32727;6;aaa ;;tRNA;32734;32822;3;tca ;;tRNA;32826;32901;9;ttc ;;tRNA;32911;32987;8;atgj ;;tRNA;32996;33072;21;atgi ;;tRNA;33094;33170;6;cca ;;tRNA;33177;33253;9;cac ;;tRNA;33263;33338;21;aaa ;;tRNA;33360;33433;6;tgc ;;tRNA;33440;33516;10;cgt ;;tRNA;33527;33602;162;gta fin;;CDS;33765;34016;; deb;;CDS;34042;34455;249; ;;rRNA;34705;36211;196;1507 ;;rRNA;36408;39324;78;2917 ;;rRNA;39403;39519;402;117 deb;comp;CDS;39922;40113;348; ;;rRNA;40462;41968;196;1507 ;;rRNA;42165;45081;78;2917 ;;rRNA;45160;45276;180;117 fin;;CDS;45457;47394;; deb;;CDS;101428;102144;276; ;;rRNA;102421;103927;54;1507 ;;tRNA;103982;104057;114;gca ;;rRNA;104172;107096;41;2925 ;;tRNA;107138;107211;11;gga ;;rRNA;107223;107339;99;117 fin;comp;CDS;107439;108617;; deb;;CDS;111345;111884;431; ;;rRNA;112316;113822;54;1507 ;;tRNA;113877;113952;114;gca ;;rRNA;114067;116982;193;2916 ;;rRNA;117176;117292;5;117 ;;tRNA;117298;117386;9;tta ;;tRNA;117396;117472;123;atgi ;;rRNA;117596;119102;54;1507 ;;tRNA;119157;119232;114;gca ;;rRNA;119347;122263;193;2917 ;;rRNA;122457;122573;5;117 ;;tRNA;122579;122667;9;tta ;;tRNA;122677;122753;123;atgi ;;rRNA;122877;124383;54;1507 ;;tRNA;124438;124513;114;gca ;;rRNA;124628;127549;78;2922 ;;rRNA;127628;127744;100;117 fin;;CDS;127845;129260;; deb;;CDS;157173;157352;467; ;;regulatory;157820;157903;46; fin;;CDS;157950;158441;; deb;comp;CDS;215388;216260;264; ;;rRNA;216525;218030;123;1506 ;;tRNA;218154;218229;152;gca ;;rRNA;218382;221296;50;2915 ;;tRNA;221347;221420;12;gga ;;rRNA;221433;221549;109;117 deb;;CDS;221659;221940;525; ;;rRNA;222466;223972;196;1507 ;;rRNA;224169;227083;144;2915 ;;rRNA;227228;227344;228;117 fin;;CDS;227573;227989;; deb;;CDS;349139;349594;119; ;;tmRNA;349714;350063;508; fin;;CDS;350572;351813;; deb;;CDS;449964;450266;253; ;;rRNA;450520;452026;196;1507 ;;rRNA;452223;455139;144;2917 ;;rRNA;455284;455400;112;117 fin;comp;CDS;455513;456616;; deb;;CDS;498418;499074;189; ;;rRNA;499264;500770;118;1507 ;;tRNA;500889;500964;95;gca ;;rRNA;501060;503976;144;2917 ;;rRNA;504121;504237;131;117 fin;;CDS;504369;504551;; deb;;CDS;535194;536090;85; ;;ncRNA;536176;536362;27; fin;comp;CDS;536390;537400;; deb;;CDS;546886;550416;41; ;comp;tRNA;550458;550544;138;ttg fin;;CDS;550683;553325;; deb;;CDS;608009;608683;195; ;;tRNA;608879;608975;37;tga fin;comp;CDS;609013;609732;; deb;;CDS;664519;665208;281; 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dir ;378341..380728;;cds;;583;*583;2388;;796;;cadmium-translocating P-type ATPase dir ;381312..382819;;16s;;311;;1508;;;; dir ;383131..386030;;23s;;126;;2900;;;; dir ;386157..386273;;5s;;177;177;117;;;177; dir ;386451..387059;;cds;;;;609;;203;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;833130..833894;;cds;;258;258;765;;255;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;834153..834243;;agc;;87;87;91;;;87; dir ;834331..835119;;cds;;;;789;;263;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1089165..1090139;;cds;;239;239;975;;325;239;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1090379..1091886;;16s;;320;;1508;;;; dir ;1092207..1095106;;23s;;91;;2900;;;; dir ;1095198..1095271;;gga;@2;8;;74;;;; dir ;1095280..1095396;;5s;;273;273;117;;;; dir ;1095670..1097688;;cds;;;;2019;;673;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1181549..1182958;;cds;;1374;*1374;1410;;470;;MBOAT family protein comp;1184333..1184415;;ttg;;318;318;83;;;318; dir ;1184734..1187382;;cds;;;;2649;;883;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1835768..1837498;;cds;;109;109;1731;;577;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1837608..1837688;;cta;;231;231;81;;;; <dir ;1837920..1838093;;cds;;;;174;;58;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;2981767..2982444;;cds;;159;159;678;;226;159;sortase SrtB comp;2982604..2982678;;aca;@3;94;;75;;;; comp;2982773..2985672;;23s;;184;;2900;;;; comp;2985857..2987364;;16s;;340;340;1508;;;; dir ;2987705..2988643;;cds;;;;939;;313;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; comp;3787361..3788431;;cds;;454;*454;1071;;357;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3788886..3789002;;5s;;126;;117;;;; comp;3789129..3792028;;23s;;281;;2900;;;; comp;3792310..3793817;;16s;;191;191;1508;;;191; comp;3794009..3794587;;cds;;;;579;;193;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;3944262..3944453;;cds;;119;119;192;;64;119;DUF378 domain-containing protein comp;3944573..3944689;;5s;;126;;117;;;; comp;3944816..3947715;;23s;;217;;2900;;;; comp;3947933..3949440;;16s;;282;282;1508;;;; comp;3949723..3950004;;cds;;221;221;282;;94;;hp comp;3950226..3951755;;cds;;;;1530;;510;;lysine--tRNA ligase ;;;;;;;;;;; dir ;4084445..4085437;;cds;;382;*382;993;;331;;DNA replication protein DnaC comp;4085820..4085894;;aca;;33;;75;;;; comp;4085928..4086003;;gta;;4;;76;;;; comp;4086008..4086082;;gaa;;6;;75;;;; comp;4086089..4086164;;aaa;;326;326;76;;;326; comp;4086491..4087780;;cds;;;;1290;;430;;adenylosuccinate synthase </pre> ====cdc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_cumuls|cdc cumuls]] <pre> cdc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;;0;1;1;1;1;100;3 ;16 23 5s 0;3;20;2;61;50;1;20;0;200;5 ;16 gca 235;3;40;1;4;100;3;40;0;300;7 ;16 23 5s a;2;60;;1;150;3;60;0;400;5 ;max a;43;80;;0;200;4;80;1;500;3 ;a doubles;2;100;;2;250;4;100;1;600;3 ;autres;2;120;;0;300;4;120;2;700;1 ;total aas;75;140;;0;350;4;140;1;800;2 sans ;opérons;5;160;;0;400;2;160;1;900;1 ;1 aa;4;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;1;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;5;;4;;1 ;total aas;8;;3;68;;32;;13;;31 total aas;;83;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;12;;313;;165;;378 ;;;variance;;15;;283;;94;;259 sans jaune;;;moyenne;;9;;206;;;;286 ;;;variance;;5;;107;;;;144 </pre> ====cdc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_blocs|cdc blocs]] <pre> 7.11.19 Tanger;;;;;;;;;;;;;; cdc blocs;groupes;;types;;;;absents;;;;;;; ;cds;281;I;;;;;II;;III;;IV;IV1;IV2 IV2;16s;279;;;;;;;;;;;; ;23s;131;CDS;583;454;119;;cds;239;;;;; ;5s;6;16s;311;126;126;;16s;320;cds;159;cds;505;281 ;aac;4;23s;126;281;217;;23s;91;aca;94;16s;279;279 ;**16aas;3;5s;177;191;282;;gga;8;23s;184;23s;180;131 ;ttc;7;CDS;;;;;5s;273;16s;340;5s;6;6 ;atgj;114;;;;;;cds;;cds;;aac;6;4 VIII1;16s;68;;;;;;;;;;;; ;gca;271;;;;;;V;;V2;VI;VI1;VII;VII1 ;23s;126;;;;;;;;;;;; ;5s;213;;;;;;;;;;;; ;cds;372;;;;;;;;;;;; ;cds;21;;;;;;VIII;VIII1;IX;;X;X1; ;cds;776;;;;;;;;;;cds;21; X1;16s;52;;;;;;atgj;114;cds;179;cds;776; ;gca;373;;;;;;16s;68;16s;52;16s;52; ;23s;126;;;;;;gca;271;gca;249;gca;373; ;5s;7;;;;;;23s;126;23s;111;23s;126; ;aac;5;;;;;;5s;213;5s;126;5s;7; ;**7aas;9;;;;;;cds;372;cds;;aac;5; ;aga;975;;;;;;;;;;;; ;cds;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cdc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_distribution|cdc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;avant 5s;atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;gga 1;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;aca 1;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;3;tcc;;tac;3;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;1;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;3;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;3;aaa;4;aga;4 cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;2;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;;;;;;;;;;gta;5;gca;;gaa;4;gga;4 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc;;4 *;;;;;4;;cdc;4;;;;;;4;;;;;;;;;;;cdc;;;2 *;70;;3;75 </pre> ====cdc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_données_intercalaires|cdc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc;fx;fc;cdc;fx40;fc40;cdc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;37;0;0;37;-1;;59;0;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;3;242;1;0;52;-2;;0;75;318;181;507;2* 283;;;6;;aac;4;;aac;33;;aca ;0;20;0;311;2;0;55;-3;;1;975;159;283;342;315;;;15;;tta;5;;gaa;4;;gta ;0;30;0;210;3;1;21;-4;1;44;87;382;778;;324;;;7;;atgf;5;;gta;6;;gaa ;0;40;1;134;4;2;26;-5;;0;1374;;585;;188;;;9;;gaa;10;;gac;**;;aaa ;0;50;2;79;5;0;15;-6;;0;109;;241;;285;;;5;;gga;14;;aca;;; ;0;60;7;80;6;0;6;-7;;16;150;;193;;221;;;5;;gta;9;;tac;;; ;0;70;7;66;7;0;11;-8;;61;242;;284;;23s 5s;;;9;;gac;10;;gga;;; ;1;80;10;68;8;0;12;-9;;0;326;;5s CDS;;114;;;14;;aca;9;;aga;;; ;1;90;17;63;9;0;20;-10;;3;;;126;213;181;;;8;;tac;11;;caa;;; ;0;100;17;67;10;0;24;-11;;30;;;177;;132;;;29;;cta;2;;aaa;;; ;1;110;13;85;11;0;35;-12;;0;;;273;;5* 127;;;7;;aga;17;;tca;;; ;0;120;25;74;12;0;45;-13;;7;;;454;;16s tRNA;;;88;;caa;8;;agc;;; ;0;130;22;55;13;0;25;-14;;17;;;119;;3* 55;;gca;3;;tca;85;;cca;;; ;0;140;20;44;14;0;41;-15;;0;;;;;tRNA 23s;;;6;;ttc;60;;tgg;;; ;1;150;16;50;15;0;30;-16;;2;;;;;250;;gca;14;;atgj;6;;cca;;; 1;0;160;25;41;16;0;26;-17;;12;;;;;272;;gca;23;;atgi;3;;atc;;; ;0;170;23;34;17;0;35;-18;;0;;;;;374;;gca;7;;cca;7;;ttc;;; ;0;180;19;39;18;0;29;-19;;1;;;;;5s tRNA;;;8;;cac;**;;atgj;;; ;0;190;24;46;19;0;21;-20;;8;;;;;2* 6;;aac;7;;aaa;5;;aac;;; ;0;200;13;39;20;0;24;-21;;0;;;;;7;;aac;6;;tgc;15;;tta;;; ;0;210;20;29;21;0;25;-22;;0;;;;;tRNA 5s;;;5;;aac;7;;atgf;;; ;0;220;27;40;22;0;18;-23;;5;;;;;8;;gga;15;;tta;14;;gaa;;; ;0;230;16;32;23;0;24;-24;;1;;;;;tRNA 16s;;;7;;atgf;5;;gga;;; ;0;240;8;27;24;0;22;-25;;1;;;;;116;;atgj;9;;gaa;5;;gta;;; ;1;250;12;28;25;0;22;-26;;5;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;10;;gac;;; 1;0;260;18;32;26;0;17;-27;;0;;;;;92;;gga;5;;gta;9;;ggc;;; ;0;270;19;31;27;0;18;-28;;0;;;;;95;;aca;9;;gac;**;;aga;;; ;0;280;16;22;28;0;23;-29;;6;;;;;;;;14;;aca;;;;;; ;0;290;12;34;29;0;23;-30;;0;;;;;;;;9;;tac;;;;;; ;0;300;14;24;30;0;18;-31;;0;;;;;;;;23;;cta;;;;;; ;0;310;8;24;31;0;21;-32;;5;;;;;;;;24;;ggc;;;;;; 1;0;320;14;24;32;0;17;-33;;0;;;;;;;;9;;aga;;;;;; ;1;330;12;24;33;0;12;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;;;;;; ;0;340;13;17;34;0;12;-35;;1;;;;;;;;2;;aaa;;;;;; ;0;350;6;15;35;0;18;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;;;;;; ;0;360;11;15;36;0;14;-37;;1;;;;;;;;6;;ttc;;;;;; ;0;370;9;17;37;0;10;-38;;0;;;;;;;;14;;atgj;;;;;; ;0;380;6;16;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;; 1;0;390;7;16;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;; ;0;400;3;12;40;1;9;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;; ;2;reste;125;246;reste;636;1655;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;; 4;9;total;640;2589;total;640;2589;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;; 4;6;diagr;515;2306;diagr;4;897;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;; 0;0; t30;3;763;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;3;;;;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;x;640;2;0;642;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;2552;296;37;2885;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3527;282;;reste;1;5;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3809;;total;2;296;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cdc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_autres_intercalaires_aas|cdc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cdc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;9857;10630;181;*; ;;rRNA;10812;12314;55;*;1503 ;;tRNA;12370;12445;250;*;gca ;;rRNA;12696;15593;114;*;2898 ;;rRNA;15708;15824;126;*;117 fin;;CDS;15951;16460;;; deb;;CDS;16472;17353;126;*; ;;misc_b;17480;17686;124;*; fin;;CDS;17811;19082;;; deb;;CDS;19402;19857;0;*; ;;tRNA;19858;19949;37;*;tcc ;;ncRNA;19987;20251;76;*; fin;;CDS;20328;21965;;; deb;comp;CDS;23419;24624;507;*; ;;rRNA;25132;26634;283;*;1503 ;;rRNA;26918;29815;181;*;2898 ;;rRNA;29997;30113;6;*;117 ;;tRNA;30120;30194;6;*;aac ;;tRNA;30201;30286;15;*;tta ;;tRNA;30302;30377;7;*;atgf ;;tRNA;30385;30459;9;*;gaa ;;tRNA;30469;30542;5;*;gga ;;tRNA;30548;30623;5;*;gta ;;tRNA;30629;30705;9;*;gac ;;tRNA;30715;30789;14;*;aca ;;tRNA;30804;30888;8;*;tac ;;tRNA;30897;30980;29;*;cta ;;tRNA;31010;31086;7;*;aga ;;tRNA;31094;31169;88;*;caa ;;tRNA;31258;31346;3;*;tca ;;tRNA;31350;31425;6;*;ttc ;;tRNA;31432;31505;14;*;atgj ;;tRNA;31520;31596;23;*;atgi ;;tRNA;31620;31696;7;*;cca ;;tRNA;31704;31780;8;*;cac ;;tRNA;31789;31864;7;*;aaa ;;tRNA;31872;31945;6;*;tgc ;;tRNA;31952;32026;5;*;aac ;;tRNA;32032;32117;15;*;tta ;;tRNA;32133;32208;7;*;atgf ;;tRNA;32216;32290;9;*;gaa ;;tRNA;32300;32373;5;*;gga ;;tRNA;32379;32454;5;*;gta ;;tRNA;32460;32536;9;*;gac ;;tRNA;32546;32620;14;*;aca ;;tRNA;32635;32719;9;*;tac ;;tRNA;32729;32812;23;*;cta ;;tRNA;32836;32910;24;*;ggc ;;tRNA;32935;33011;9;*;aga ;;tRNA;33021;33096;8;*;caa ;;tRNA;33105;33180;2;*;aaa ;;tRNA;33183;33271;3;*;tca ;;tRNA;33275;33350;6;*;ttc ;;tRNA;33357;33430;14;*;atgj ;;tRNA;33445;33521;17;*;atgi ;;tRNA;33539;33615;8;*;cac ;;tRNA;33624;33699;7;*;aaa ;;tRNA;33707;33780;7;*;tgc ;;tRNA;33788;33864;12;*;cgt ;;tRNA;33877;33952;75;*;gta fin;;CDS;34028;34441;;; deb;;CDS;72345;72830;94;*; ;;misc_b;72925;73133;63;*; fin;;CDS;73197;74912;;; deb;;CDS;90506;91204;51;*; ;;misc_f;91256;91384;42;*; fin;;CDS;91427;91933;;; deb;;CDS;127011;127715;283;*; ;;rRNA;127999;129502;283;*;1504 ;;rRNA;129786;132684;132;*;2899 ;;rRNA;132817;132933;6;*;117 ;;tRNA;132940;133014;4;*;aac ;;tRNA;133019;133093;5;*;gaa ;;tRNA;133099;133174;5;*;gta ;;tRNA;133180;133256;10;*;gac ;;tRNA;133267;133341;14;*;aca ;;tRNA;133356;133440;9;*;tac ;;tRNA;133450;133523;10;*;gga ;;tRNA;133534;133610;9;*;aga ;;tRNA;133620;133695;11;*;caa ;;tRNA;133707;133782;2;*;aaa ;;tRNA;133785;133873;17;*;tca ;;tRNA;133891;133981;8;*;agc ;;tRNA;133990;134066;85;*;cca ;;tRNA;134152;134227;60;*;tgg ;;tRNA;134288;134364;6;*;cca ;;tRNA;134371;134447;3;*;atc ;;tRNA;134451;134526;7;*;ttc ;;tRNA;134534;134610;116;*;atgj ;;rRNA;134727;136128;55;*;1402 ;;tRNA;136184;136259;272;*;gca ;;rRNA;136532;139429;127;*;2898 ;;rRNA;139557;139673;213;*;117 fin;comp;CDS;139887;141071;;0; deb;;CDS;143817;144356;778;*; ;;rRNA;145135;146637;55;*;1503 ;;tRNA;146693;146768;374;*;gca ;;rRNA;147143;150040;127;*;2898 ;;rRNA;150168;150284;7;*;117 ;;tRNA;150292;150366;5;*;aac ;;tRNA;150372;150457;15;*;tta ;;tRNA;150473;150548;7;*;atgf ;;tRNA;150556;150630;14;*;gaa ;;tRNA;150645;150718;5;*;gga ;;tRNA;150724;150799;5;*;gta ;;tRNA;150805;150881;10;*;gac ;;tRNA;150892;150966;9;*;ggc ;;tRNA;150976;151049;975;*;aga fin;;CDS;152025;152864;;; deb;comp;CDS;171557;172066;188;*; ;;regulatory;172255;172358;136;*; fin;;CDS;172495;173688;;; deb;;CDS;193614;194780;59;*; ;;regulatory;194840;194957;124;*; fin;;CDS;195082;195687;;; deb;;CDS;253195;254327;59;*; ;;regulatory;254387;254488;220;*; fin;;CDS;254709;256244;;; deb;;CDS;309184;310275;308;*; ;;regulatory;310584;310674;406;*; fin;;CDS;311081;311398;;; deb;;CDS;378341;380728;585;*; ;;rRNA;381314;382816;315;*;1503 ;;rRNA;383132;386029;127;*;2898 ;;rRNA;386157;386273;177;*;117 fin;;CDS;386451;387059;;0; deb;;CDS;393173;394945;131;*; ;;regulatory;395077;395269;188;*; fin;;CDS;395458;396210;;; deb;comp;CDS;518815;519642;205;*; ;;regulatory;519848;519954;69;*; fin;;CDS;520024;520344;;0; deb;;CDS;601016;601618;560;*; ;;misc_b;602179;602417;63;*; fin;;CDS;602481;604400;;; deb;;CDS;703255;703989;800;*; ;;regulatory;704790;704866;264;*; fin;;CDS;705131;706387;;; deb;;CDS;774245;775042;343;*; ;;misc_b;775386;775620;49;*; fin;;CDS;775670;776689;;; deb;comp;CDS;833130;833894;258;*; ;;tRNA;834153;834243;87;*;agc fin;;CDS;834331;835119;;; deb;;CDS;840990;843056;591;*; ;;misc_b;843648;843858;225;*; fin;;CDS;844084;844899;;; deb;;CDS;1027707;1028153;147;*; ;;misc_b;1028301;1028547;123;*; fin;;CDS;1028671;1030413;;; deb;;CDS;1089165;1090139;241;*; ;;rRNA;1090381;1091883;324;*;1503 ;;rRNA;1092208;1095105;92;*;2898 ;;tRNA;1095198;1095271;8;*;gga ;;rRNA;1095280;1095396;273;*;117 fin;;CDS;1095670;1097688;;; deb;;CDS;1140023;1140928;114;*; ;;ncRNA;1141043;1141223;182;*; fin;;CDS;1141406;1142623;;0; deb;comp;CDS;1181549;1182958;1374;*; ;comp;tRNA;1184333;1184415;318;*;ttg fin;;CDS;1184734;1187382;;; deb;;CDS;1221766;1222134;91;*; ;;regulatory;1222226;1222332;102;*; fin;;CDS;1222435;1223640;;0; deb;;CDS;1292920;1293819;907;*; ;;repeat_region;1294727;1295680;1216;*; fin;;CDS;1296897;1297052;;; deb;;CDS;1347580;1348659;142;*; ;;misc_b;1348802;1349040;67;*; fin;;CDS;1349108;1351747;;; deb;;CDS;1503182;1503538;530;*; ;;repeat_region;1504069;1504755;391;*; fin;comp;CDS;1505147;1506880;;; deb;comp;CDS;1512381;1512557;53;*; ;comp;regulatory;1512611;1512707;354;*; fin;comp;CDS;1513062;1513736;;; deb;;CDS;1583597;1584714;449;*; ;;regulatory;1585164;1585270;105;*; fin;;CDS;1585376;1586341;;; deb;;CDS;1612685;1614778;660;*; ;;repeat_region;1615439;1615732;167;*; fin;comp;CDS;1615900;1616184;;0; deb;;CDS;1620655;1621623;151;*; ;;misc_b;1621775;1622027;71;*; fin;;CDS;1622099;1623307;;0; deb;;CDS;1668527;1669288;160;*; ;;misc_b;1669449;1669706;112;*; fin;;CDS;1669819;1670058;;; deb;;CDS;1708973;1709134;741;*; ;;repeat_region;1709876;1710232;238;*; fin;;CDS;1710471;1710659;;; deb;;CDS;1710778;1711644;452;*; ;;repeat_region;1712097;1712386;122;*; fin;;CDS;1712509;1713036;;; deb;;CDS;1745654;1747510;82;*; ;;misc_b;1747593;1747833;65;*; ;;misc_b;1747899;1748134;84;*; fin;;CDS;1748219;1749436;;; deb;;CDS;1770800;1771111;92;*; ;;regulatory;1771204;1771296;99;*; fin;;CDS;1771396;1772190;;; deb;comp;CDS;1833191;1833988;112;*; ;comp;regulatory;1834101;1834206;91;*; deb;comp;CDS;1834298;1835284;163;*; ;;regulatory;1835448;1835624;143;*; deb;;CDS;1835768;1837498;109;*; ;;tRNA;1837608;1837688;896;*;cta ;;regulatory;1838585;1838689;209;*; fin;;CDS;1838899;1839933;;; deb;comp;CDS;1847745;1849016;646;*; ;;repeat_region;1849663;1850878;408;*; fin;;CDS;1851287;1851574;;0; deb;comp;CDS;1869839;1870468;364;*; ;;regulatory;1870833;1870876;100;*; fin;;CDS;1870977;1871945;;; deb;comp;CDS;1886422;1887495;161;*; ;comp;regulatory;1887657;1887778;188;*; deb;;CDS;1887967;1890450;87;*; ;;regulatory;1890538;1890649;141;*; fin;;CDS;1890791;1892092;;; deb;;CDS;1903300;1903731;430;*; ;;misc_b;1904162;1904373;162;*; fin;;CDS;1904536;1905825;;; deb;;CDS;1963260;1964567;85;*; ;;misc_b;1964653;1964915;125;*; fin;;CDS;1965041;1965844;;; deb;;CDS;1974995;1975732;110;*; ;;misc_b;1975843;1976050;252;*; fin;;CDS;1976303;1977502;;; deb;;CDS;2015338;2017995;53;*; ;;regulatory;2018049;2018151;109;*; fin;;CDS;2018261;2019526;;; deb;comp;CDS;2142818;2143108;130;*; ;comp;regulatory;2143239;2143338;619;*; ;;regulatory;2143958;2144047;52;*; fin;;CDS;2144100;2144276;;0; deb;comp;CDS;2153631;2154182;150;*; ;comp;misc_b;2154333;2154596;435;*; fin;comp;CDS;2155032;2155430;;; deb;comp;CDS;2155785;2156270;82;*; ;comp;regulatory;2156353;2156446;556;*; deb;comp;CDS;2157003;2157185;226;*; ;;regulatory;2157412;2157509;54;*; fin;;CDS;2157564;2157740;;; deb;comp;CDS;2192160;2193194;253;*; ;comp;misc_b;2193448;2193661;222;*; fin;comp;CDS;2193884;2194648;;0; deb;comp;CDS;2199791;2200075;110;*; ;;repeat_region;2200186;2200869;830;*; fin;comp;CDS;2201700;2202572;;; deb;comp;CDS;2207935;2209128;81;*; ;comp;regulatory;2209210;2209378;110;*; fin;comp;CDS;2209489;2210106;;; deb;comp;CDS;2274866;2276242;93;*; ;comp;regulatory;2276336;2276438;249;*; fin;;CDS;2276688;2278034;;; deb;comp;CDS;2289838;2290746;801;*; ;;misc_b;2291548;2291779;107;*; fin;;CDS;2291887;2293368;;; deb;comp;CDS;2432824;2434221;76;*; ;comp;misc_b;2434298;2434531;168;*; fin;comp;CDS;2434700;2434903;;; deb;comp;CDS;2473840;2475960;427;*; ;;regulatory;2476388;2476476;189;*; fin;;CDS;2476666;2478033;;0; deb;comp;CDS;2501260;2501931;184;*; ;;regulatory;2502116;2502205;53;*; fin;;CDS;2502259;2502435;;; deb;comp;CDS;2524251;2524823;182;*; ;comp;regulatory;2525006;2525107;105;*; fin;comp;CDS;2525213;2526364;;; deb;comp;CDS;2555495;2555866;103;*; ;comp;regulatory;2555970;2556080;331;*; fin;comp;CDS;2556412;2558106;;0; deb;comp;CDS;2595509;2596213;63;*; ;comp;regulatory;2596277;2596371;195;*; fin;comp;CDS;2596567;2597583;;; deb;comp;CDS;2695506;2696213;150;*; ;comp;tRNA;2696364;2696460;242;*;tga fin;comp;CDS;2696703;2697542;;; deb;comp;CDS;2719492;2720808;86;*; ;comp;misc_b;2720895;2721106;78;*; fin;comp;CDS;2721185;2721980;;0; deb;comp;CDS;2845118;2845816;42;*; ;comp;misc_b;2845859;2846099;90;*; fin;comp;CDS;2846190;2847593;;0; deb;comp;CDS;2854480;2857587;92;*; ;comp;misc_b;2857680;2857912;174;*; fin;comp;CDS;2858087;2858614;;; deb;comp;CDS;2947183;2948184;58;*; ;comp;misc_b;2948243;2948498;133;*; fin;comp;CDS;2948632;2949822;;; deb;comp;CDS;2957885;2958538;329;*; ;;regulatory;2958868;2958969;72;*; fin;;CDS;2959042;2960385;;; deb;comp;CDS;2978480;2981023;277;*; ;comp;ncRNA;2981301;2981635;131;*; deb;;CDS;2981767;2982444;159;*; ;comp;tRNA;2982604;2982678;95;*;aca ;comp;rRNA;2982774;2985671;188;*;2898 ;comp;rRNA;2985860;2987362;342;*;1503 fin;;CDS;2987705;2988643;;0; deb;comp;CDS;3090012;3095975;123;*; ;comp;regulatory;3096099;3096184;171;*; fin;comp;CDS;3096356;3097759;;; deb;comp;CDS;3135811;3136473;99;*; ;comp;regulatory;3136573;3136658;185;*; deb;comp;CDS;3136844;3139798;112;*; ;comp;regulatory;3139911;3139996;125;*; fin;comp;CDS;3140122;3141300;;0; deb;comp;CDS;3244007;3244435;189;*; ;;repeat_region;3244625;3246042;183;*; fin;comp;CDS;3246226;3246492;;; deb;comp;CDS;3274824;3275954;227;*; ;comp;regulatory;3276182;3276363;52;*; fin;comp;CDS;3276416;3277309;;; deb;comp;CDS;3405889;3407280;143;*; ;comp;regulatory;3407424;3407603;271;*; fin;comp;CDS;3407875;3409527;;; deb;comp;CDS;3489429;3490850;579;*; ;;repeat_region;3491430;3492052;252;*; fin;comp;CDS;3492305;3494290;;; deb;;CDS;3508604;3509509;673;*; ;comp;tmRNA;3510183;3510532;157;*; fin;comp;CDS;3510690;3511145;;0; deb;;CDS;3600566;3601447;77;*; ;;regulatory;3601525;3601699;172;*; fin;;CDS;3601872;3602873;;; deb;comp;CDS;3636881;3639547;75;*; ;comp;misc_b;3639623;3639885;300;*; fin;comp;CDS;3640186;3641013;;; deb;comp;CDS;3654516;3655193;579;*; ;comp;regulatory;3655773;3655856;232;*; fin;comp;CDS;3656089;3656931;;; deb;comp;CDS;3689422;3690501;287;*; ;;regulatory;3690789;3690904;174;*; fin;;CDS;3691079;3692449;;0; deb;comp;CDS;3749041;3749442;795;*; ;;regulatory;3750238;3750334;53;*; fin;;CDS;3750388;3750564;;; deb;comp;CDS;3787361;3788431;454;*; ;comp;rRNA;3788886;3789002;127;*;117 ;comp;rRNA;3789130;3792027;285;*;2898 ;comp;rRNA;3792313;3793815;193;*;1503 fin;comp;CDS;3794009;3794587;;; deb;comp;CDS;3810367;3811866;129;*; ;comp;regulatory;3811996;3812175;66;*; fin;comp;CDS;3812242;3812856;;; deb;comp;CDS;3905129;3905650;161;*; ;comp;regulatory;3905812;3905897;839;*; fin;comp;CDS;3906737;3907687;;; deb;comp;CDS;3931996;3933933;83;*; ;comp;misc_b;3934017;3934263;65;*; fin;comp;CDS;3934329;3934850;;; deb;comp;CDS;3944262;3944453;119;*; ;comp;rRNA;3944573;3944689;127;*;117 ;comp;rRNA;3944817;3947714;221;*;2898 ;comp;rRNA;3947936;3949438;284;*;1503 fin;comp;CDS;3949723;3949917;;; deb;;CDS;4084445;4085437;382;*; ;comp;tRNA;4085820;4085894;33;*;aca ;comp;tRNA;4085928;4086003;4;*;gta ;comp;tRNA;4086008;4086082;6;*;gaa ;comp;tRNA;4086089;4086164;326;*;aaa fin;comp;CDS;4086491;4087780;;; </pre> ====cdc psor==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc_psor|cdc psor]] <pre> cdc-psor comparaison;;7.11.19 Tanger;;;comparaisons internes cdc, psor;;;; cdc;intercal;psor;intercal;diff;cdc;intercal;cdc;intercal;diff cds;505;CDS;309;;cds;505;cds;281; 16s;279;16s;196;;16s;279;16s;279; 23s;180;23s;122;;23s;180;23s;131; 5s;6;5s;5;;5s;6;5s;6; aac;6;tta;13;;aac;6;aac;4; tta;15;atg;15;-2;tta;15;gaa;5; atgf;7;gaa;9;8;atgf;7;gta;5; gaa;9;gga;6;0;gaa;9;gac;10; gga;5;gta;5;1;gga;5;aca;14; gta;5;gac;16;;gta;5;tac;9;0 gac;9;aac;4;;gac;9;gga;10;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;aga;9;0 tac;8;tac;15;7;tac;8;caa;11; cta;29;cta;14;-15;cta;29;aaa;2; aga;7;aga;7;0;aga;7;tca;17;2 caa;88;caa;11;;caa;88;agc;8; tca;3;aaa;6;;tca;3;cca;85; ttc;6;tca;3;0;ttc;6;tgg;60; atgj;11;ttc;9;3;atgj;11;cca;6; atgi;23;atg;8;-3;atgi;23;atc;3; cca;7;atg;21;-2;cca;7;ttc;7; cac;8;cca;6;-1;cac;8;atgj;114; aaa;7;cac;4;;aaa;7;16s;; tgc;6;tgc;25;;tgc;6;cds;776; aac;5;tta;13;-2;aac;5;16s;52; tta;15;atg;15;8;tta;15;gca;373; atgf;7;gaa;9;0;atgf;7;23s;126; gaa;9;gga;6;1;gaa;9;5s;7; gga;5;gta;5;0;gga;5;aac;5; gta;5;gac;16;;gta;5;tta;15;0 gac;9;aac;4;;gac;9;atgf;7;1 aca;14;aca;4;-10;aca;14;gaa;14;0 tac;9;tac;15;6;tac;9;gga;5; cta;23;cta;11;-12;cta;23;gta;5; ggc;24;ggc;13;-11;ggc;24;gac;10; aga;9;aga;7;-2;aga;9;ggc;9;0 caa;8;caa;11;3;caa;8;aga;975;3 aaa;2;aaa;6;4;aaa;2;cds;;0 tca;3;tca;3;0;tca;3;;; ttc;6;ttc;9;3;ttc;6;;; atgj;11;atg;8;-3;atgj;11;;; atgi;17;atg;21;;atgi;17;;; cac;8;cca;6;;cac;8;;; aaa;7;cac;9;1;aaa;7;;; tgc;7;aaa;21;14;tgc;7;;; cgt;12;tgc;6;-1;cgt;12;;; gta;75;cgt;10;-2;gta;75;;; cds;;gta;162;;cds;;;; ;;CDS;;;;;;; ;;;;;psor;;psor;intercal;diff cds;776;;;;CDS;309;CDS;239; 16s;52;;;;16s;196;16s;196; gca;373;;;;23s;122;23s;213; 23s;126;;;;5s;5;5s;5; 5s;7;atg;138;;tta;13;tta;13;0 aac;5;16s;109;;atg;15;atg;15;0 tta;15;gca;112;;gaa;9;gaa;9;0 atgf;7;23s;40;;gga;6;gga;6;0 gaa;14;5s;5;;gta;5;gta;5;0 gga;5;gaa;8;;gac;16;gac;16;0 gta;5;gta;5;0;aac;4;aac;31; gac;10;gac;9;-1;aca;4;aac;4; ggc;9;ggc;7;-2;tac;15;aca;4;0 aga;975;aga;142;;cta;14;tac;11;-4 cds;;CDS;;;aga;7;gga;19;5 ;;;;;caa;11;aga;6;-1 cds;281;CDS;239;;aaa;6;caa;12;1 16s;279;16s;196;;tca;3;aaa;6;0 23s;131;23s;213;;ttc;9;tca;11; 5s;6;5s;5;;atg;8;agc;6; aac;4;tta;13;;atg;21;cca;6; gaa;5;atg;15;;cca;6;atg;11; gta;5;gaa;9;;cac;4;tgg;31; gac;10;gga;6;;tgc;25;cca;6; aca;14;gta;5;;tta;13;atc;6;0 tac;9;gac;16;;atg;15;ttc;13;0 gga;10;aac;31;;gaa;9;atg;138;0 aga;9;aac;4;;gga;6;16s;;0 caa;11;aca;4;-10;gta;5;atg;138;0 aaa;2;tac;11;2;gac;16;16s;109;0 tca;17;gga;19;9;aac;4;gca;112; agc;8;aga;6;-3;aca;4;23s;40;0 cca;85;caa;12;1;tac;15;5s;5; tgg;60;aaa;6;4;cta;11;gaa;8; cca;6;tca;11;-6;ggc;13;gta;5; atc;3;agc;6;-2;aga;7;gac;9;-1 ttc;7;cca;6;;caa;11;ggc;7;1 atgj;114;atg;11;;aaa;6;aga;142;0 16s;;tgg;31;-29;tca;3;CDS;; ;;cca;6;0;ttc;9;;; ;;atc;6;3;atg;8;;; ;;ttc;13;6;atg;21;;; ;;atg;138;;cca;6;;; ;;16s;;;cac;9;;; ;;;;;aaa;21;;; ;;CDS;129;;tgc;6;;; ;;gta;8;;cgt;10;;; ;;gaa;20;;gta;162;;; ;;aaa;10;;CDS;;;; cds;382;aca;10;;;;;; aca;33;gac;7;;;;;; gta;4;gta;9;5;;;;; gaa;6;gaa;5;-1;;;;; aaa;326;aaa;289;;;;;; cds;;CDS;;;;;;; ;;;;;;;;; cdc-psor coservation des cds;;;;;fréquence des diff psor-cdc des intercalaires;;;; cdc;intercal;psor;intercal;protéines;;gamme;fréquence;; cds;0;CDS;3;151 – 152;;-15;2;; tcc;37;tcc;27;;;-14;;; ncRNA;76;ncRNA;152;547 – 546;;-13;;; cds;;CDS;;;;-12;1;; ;;;;;;-11;1;; cds;1374;CDS;41;470 – 1177;;-10;3;; ttg;318;ttg;138;883 – 881;;-9;;; cds;;CDS;;;;-8;;; ;;;;;;-7;;; cds;109;CDS;111;577 – 1076;;-6;1;; cta;231;cta;426;;;-5;;; cds;;CDS;;58 – 577;;-4;;; ;;;;;;-3;3;; cds;258;CDS;37;255 – 302;;-2;7;; agc;87;agc;120;;;-1;4;; cds;;CDS;;263 – 100;;0;8;; ;;;;;;1;4;; ;;CDS;306;62;;2;1;; ;;cta;404;422;;3;4;; ;;CDS;;;;4;2;; ;;;;;;5;1;; ;;CDS;135;;;6;2;; ;;other;258;;;7;1;; ;;CDS;;;;8;2;; ;;;;;;9;1;; ;;CDS;195;;;10;;; ;;tga;37;;;11;;; ;;CDS;;;;12;;; ;;;;;;13;;; ;;CDS;71;;;14;1;; ;;tgc;12;;;15;;; ;;aac;3;;;;;; ;;aca;285;;;total;49;; ;;CDS;;;;sous t. -2+2;24;; </pre> ===cdc8=== ====cdc8 opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_opérons|cdc8 opérons]] <pre> 28.6%GC;11.9.19 Paris;16s 16 ;110 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;pbs;CDS dirigé;protéines Peptoclostridium difficile M68;;;;;;;;;;; dir ;4299490..4300134;;cds;;214;214;;;645;;tyrosine-type recombinase/integrase dir ;4300349..4300807;;cds;@1;554;*554;;;459;;helix-turn-helix domain-containing protein dir ;4301362..4303101;;cds;;0;0;;;*1740;;hypothetical protein dir ;4303102..4303305;;cds;;167;167;;;204;;hp dir ;4303473..4304299;;23s°;;132;;;;827;; dir ;4304432..4304548;;5s;+;6;;;;117;; dir ;4304555..4304629;;aac;;4;;;4;75;; dir ;4304634..4304708;;gaa;2 cca;5;;;5;75;; dir ;4304714..4304789;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4304795..4304871;;gac;;11;;;11;77;; dir ;4304883..4304957;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4304972..4305056;;tac;;9;;;9;85;; dir ;4305066..4305139;;gga;;10;;;10;74;; dir ;4305150..4305226;;aga;;9;;;9;77;; dir ;4305236..4305311;;caa;;11;;;11;76;; dir ;4305323..4305398;;aaa;;2;;;2;76;; dir ;4305401..4305489;;tca;;18;;;18;89;; dir ;4305508..4305598;;agc;;8;;;8;91;; dir ;4305607..4305683;;cca;;85;;;*85;77;; dir ;4305769..4305844;;tgg;;60;;;*60;76;; dir ;4305905..4305981;;cca;;5;;;5;77;; dir ;4305987..4306063;;atc;;3;;;3;77;; dir ;4306067..4306142;;ttc;;7;;;7;76;; dir ;4306150..4306226;;atgj;;114;;;;77;; dir ;4306341..4307538;;16s;;0;0;;;1198;0; dir ;4307539..4308225;;cds;;100;100;;;687;;xylose isomerase dir ;1..796;4308325;23s°;;181;;;;796;; dir ;978..1094;;5s;;6;;;;117;; dir ;1101..1175;;aac;+;6;;;6;75;; dir ;1182..1267;;tta;3 aaa;15;;;15;86;; dir ;1283..1358;;atgf;3 gta;7;;;7;76;; dir ;1366..1440;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;1450..1523;;gga;;5;;;5;74;; dir ;1529..1604;;gta;;5;;;5;76;; dir ;1610..1686;;gac;;9;;;9;77;; dir ;1696..1770;;aca;;14;;;14;75;; dir ;1785..1869;;tac;;10;;;10;85;; 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dir ;4615..4690;;aaa;;7;;;7;76;; dir ;4698..4771;;tgc;;7;;;7;74;; dir ;4779..4855;;cgt;;12;;;12;77;; dir ;4868..4943;;gta;;75;75;;;76;75; dir ;5019..5432;;cds;;308;308;;;414;;hp dir ;5741..9172;;cds;;;;;;*3432;;pyruvate carboxylase ;;;;;;;;;;; dir ;94032..94736;;cds;;281;281;;;705;281;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD dir ;95018..95994;;16s°;;100;;;;977;; dir ;96095..97613;;23s°;;126;;;;1519;; dir ;97740..97856;;5s;;7;;;;117;; dir ;97864..97938;;aac;;6;;;6;75;; dir ;97945..98030;;tta;;15;;;15;86;; dir ;98046..98121;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;98129..98203;;gaa;;8;;;8;75;; dir ;98212..98285;;gga;;4;;;4;74;; dir ;98290..98365;;gta;;5;;;5;76;; dir ;98371..98447;;gac;;10;;;10;77;; dir ;98458..98532;;ggc;;9;;;9;75;; dir ;98542..98615;;aga;;954;*954;;;74;; dir ;99570..100409;;cds;;;;;;840;;TIGR00159 family protein ;;;;;;;;;;; dir ;306829..309216;;cds;;733;;;;*2388;;cadmium-translocating P-type ATPase <> comp;309950..310076;;cds;;1;1;;;127;1;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A dir ;310078..311313;;23s°;;126;;;;1236;; dir ;311440..311556;;5s;;177;177;;;117;; dir ;311734..312342;;cds;;;;;;609;;DedA family protein ;;;;;;;;;;; comp;861856..862620;;cds;;258;258;;;765;;DeoR/GlpR transcriptional regulator dir ;862879..862969;;agc;;87;87;;;91;87; dir ;863057..863845;;cds;;;;;;789;;flagellar motor protein ;;;;;;;;;;; dir ;1106477..1107451;;cds;;238;238;;;975;238;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase dir ;1107690..1109197;;16s;@2;320;;;;1508;; dir ;1109518..1112416;;23s;;91;;;;2899;; dir ;1112508..1112581;;gga;;8;;;;74;; dir ;1112590..1112706;;5s;;273;273;;;117;; dir ;1112980..1114998;;cds;;;;;;*2019;;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ;;;;;;;;;;; comp;1196804..1198213;;cds;;1378;*1378;;;*1410;;MBOAT family protein comp;1199592..1199674;;ttg;;318;318;;;83;318; dir ;1199993..1202641;;cds;;;;;;*2649;;DNA polymerase I ;;;;;;;;;;; dir ;1850896..1852626;;cds;;109;109;;;*1731;109;Na+/H+ antiporter NhaC family protein dir ;1852736..1852816;;cta;;334;334;;;81;; dir ;1853151..1853666;;cds;;;;;;516;;HXXEE domain-containing protein ;;;;;;;;;;; dir ;3024038..3024715;;cds;;150;150;;;678;150;sortase SrtB comp;3024866..3024940;;aca;@3;93;;;;75;; comp;3025034..3027933;;23s;;184;;;;2900;; comp;3028118..3029625;;16s;;374;374;;;1508;; dir ;3030000..3030938;;cds;;;;;;939;;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase ;;;;;;;;;;; dir ;3805298..3806743;;cds;;208;208;;;*1446;;tyrosine-type recombinase/integrase comp;3806952..3807028;;agg;;61;61;;;77;61; <comp;3807090..3808790;;cds;;;;;;*1701;;formate dehydrogenase subunit alpha ;;;;;;;;;;; comp;3875816..3876886;;cds;;452;*452;;;1071;;ABC transporter ATP-binding protein comp;3877339..3877455;;5s;;125;;;;117;; comp;3877581..3880480;;23s;;261;;;;2900;; comp;3880742..3882249;;16s;;190;190;;;1508;190; comp;3882440..3883018;;cds;;;;;;579;;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase ;;;;;;;;;;; comp;4017523..4017714;;cds;;118;118;;;192;118;DUF378 domain-containing protein comp;4017833..4017949;;5s;;126;;;;117;; comp;4018076..4020975;;23s;;321;;;;2900;; comp;4021297..4022804;;16s;;292;292;;;1508;; 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comp;4217110..4218529;;23s°;;250;;;;1420;; comp;4218780..4218855;;gca;;52;;;;76;; comp;4218908..4219471;;16s°;;100;;;;564;; comp;4219572..4219856;;23s°;;217;;;;285;; comp;4220074..4221581;;16s;;179;179;;;1508;179; >comp;4221761..4222206;;cds;;386;386;;;446;386;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor dir ;4222593..4224100;;16s;;321;;;;1508;; dir ;4224422..4227321;;23s;;181;;;;2900;; dir ;4227503..4227619;;5s;;6;;;;117;; dir ;4227626..4227700;;aac;;6;;;6;75;; dir ;4227707..4227792;;tta;;15;;;15;86;; dir ;4227808..4227883;;atgf;;7;;;7;76;; dir ;4227891..4227965;;gaa;;9;;;9;75;; dir ;4227975..4228048;;gga;;5;;;5;74;; dir ;4228054..4228129;;gta;;5;;;5;76;; dir ;4228135..4228211;;gac;;9;;;9;77;; dir ;4228221..4228295;;aca;;14;;;14;75;; dir ;4228310..4228394;;tac;;10;;;10;85;; dir ;4228405..4228488;;cta;;28;;;28;84;; dir ;4228517..4228593;;aga;;7;;;7;77;; dir ;4228601..4228676;;caa;;89;;;*89;76;; dir ;4228766..4228854;;tca;;3;;;3;89;; dir ;4228858..4228933;;ttc;;6;;;6;76;; dir ;4228940..4229016;;atgj;;11;;;11;77;; 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comp;4253521..4253596;;gca;;52;;;;76;; comp;4253649..4254226;;16s°;;282;282;;;578;; dir ;4254509..4254712;;cds;;12;12;;;204;;hp dir ;4254725..4256002;;cds;;;;;;*1278;;phage portal protein </pre> ====cdc8 cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cumuls|cdc8 cumuls]] <pre> cdc8 cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;21;1;;0;1;4;1;3;100;6 ;16 23 5s 0;4;20;2;77;50;2;20;0;200;8 ;16 gca 235;2;40;1;6;100;7;40;0;300;11 ;16 23 5s a;5;60;;0;150;5;60;0;400;5 ;max a;43;80;;1;200;5;80;2;500;5 ;a doubles;2;100;;3;250;6;100;3;600;5 ;autres;10;120;;0;300;5;120;3;700;1 ;total aas;98;140;;0;350;4;140;1;800;1 sans ;opérons;6;160;;0;400;4;160;1;900;1 ;1 aa;5;180;;0;450;0;180;1;1000;0 ;max a;4;200;;0;500;2;200;1;1100;0 ;a doubles;0;;;0;;4;;7;;1 ;total aas;9;;3;87;;48;;22;;44 total aas;;108;;;;;;;;; remarques;;7;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;14;14;;256;;155;;330 ;;;variance;;16;;252;;109;;234 sans jaune;;;moyenne;;10;;182;;;;208 ;;;variance;;6;;117;;;;97 </pre> ====cdc8 blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_blocs|cdc8 blocs]] <pre> cdc8 blocs;;;;;;;; Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupes;intercal;Bloc type;groupe;intercal ;cds;554;;cds;150;;cds;496 ;cds;0;;aca;93;;16s;321 ;cds;168;;23s;184;;23s°;100 ;23s°;133;III;16s;374;;cds;111 IV2;5s;7;;cds;;;cds;228 ;aac;5;;;;;16s;321 ;**16aas;8;;cds;452;;23s°;101 ;atgj;115;;5s;125;;23s°;250 IV1;16s;1;;23s;261;;gca;52 ;cds;100;I2;16s;190;;16s°;100 ;23s°;182;;cds;;;23s°;217 ;5s;7;;;;;16s;179 ;aac;7;;cds;118;;cds;386 ;**41aas;13;;5s;126;IV3;16s;321 ;gta;76;;23s;321;;23s;181 ;cds;308;I3;16s;292;;5s;6 ;cds;;;cds;;;aac;6 ;;;;;;;**17aas;8 ;cds;281;;cds;179;;aaa;353 ;16s°;100;;16s;161;;5s;126 ;23s°;126;;5s;201;;23s;582 X1;5s;7;I1;23s;217;I4;16s;217 ;aac;6;;16s;108;;23s;126 ;**7aas;9;;atgi;11;;5s;216 ;aga;954;;tta;5;;cds;372 ;cds;;;5s;201;;cds;21 ;;;;23s;375;;cds;778 ;cds;733;VII1;gca;52;IV4;16s;261 ;cds;1;;16s’;100;;23s;201 ;23s°;126;;16s’;52;;5s;5 ;5s;177;;gca;248;;tta;11 ;cds;;;23s°;100;;atgi;108 ;;;;16s°;321;;16s;184 ;cds;238;;23s;100;;23s°;100 II;16s;320;;16s°;320;;cds;112 ;23s;91;;23s°;100;;23s’;375 ;gga;8;;23s’;126;;gca;52 ;5s;273;;5s;127;;16s°;282 ;cds;;;cds;;;cds; </pre> ====cdc8 cdc psor 43==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_43|cdc8 cdc psor 43]] <pre> cdc8;43aas;cdc;43aas;;;cdc8;43aas;psor;44aas; 16s;1;;;;;16s;1;;; cds;100;16s;279;;;cds;100;16s;196; 23s°;181;23s;180;-1;;23s°;181;23s;122; 5s;6;5s;6;0;;5s;6;5s;5; aac;6;aac;6;0;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; gac;9;gac;9;0;;gac;9;aac;4; aca;14;aca;14;0;;aca;14;aca;4;-10 tac;10;tac;8;-2;;tac;10;tac;15;5 cta;28;cta;29;1;;cta;28;cta;14;-14 aga;7;aga;7;0;;aga;7;aga;7;0 caa;89;caa;88;-1;;caa;89;caa;11; tca;3;tca;3;0;;tca;3;aaa;6; ttc;6;ttc;6;0;;ttc;6;tca;3;0 atgj;11;atgj;11;0;;atgj;11;ttc;9;3 atgi;29;atgi;23;-6;;atgi;29;atg;8;-3 cca;7;cca;7;0;;cca;7;atg;21;-8 cac;8;cac;8;0;;cac;8;cca;6;-1 aaa;7;aaa;7;0;;aaa;7;cac;4; tgc;6;tgc;6;0;;tgc;6;tgc;25; aac;6;aac;5;-1;;aac;6;tta;13;-2 tta;15;tta;15;0;;tta;15;atg;15;8 atgf;7;atgf;7;0;;atgf;7;gaa;9;0 gaa;9;gaa;9;0;;gaa;9;gga;6;1 gga;5;gga;5;0;;gga;5;gta;5;0 gta;5;gta;5;0;;gta;5;gac;16; 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;comp;3882440..3883018;cds;;579;precorrin;;;dir ;4237342..4237458;5s;216;117;;;;;; ;;;;;;;;;comp;4237675..4238859;cds;372;1185;B6;;;;; ;comp;4017523..4017714;cds;118;192;DUF378;;5;dir ;4239232..4241583;cds;21;2352;Art-red;;;;; ;comp;4017833..4017949;5s;126;117;;;;dir ;4241605..4242144;cds;778;540;Art-reda;;;;; 14;comp;4018076..4020975;23s;321;2900;;;insert;dir ;4242923..4244459;16s;261;1537;;;;;; ;comp;4021297..4022804;16s;292;1508;;;insert;dir ;4244721..4247619;23s;201;2899;;;;;; ;comp;4023097..4023378;cds;221;282;hp-282;;insert;dir ;4247821..4247937;5s;5;117;;111345..111884;CDS;431;540;Art-reda ;comp;4023600..4025129;cds;;1530;K-ligase;;insert;dir ;4247943..4248031;tta;11;89;;112316..113822;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4248043..4248119;atgi;108;77;;113877..113952;gca;114;; ;dir ;4135881..4136873;cds;383;993; DnaC;;insert;dir ;4248228..4249735;16s;184;1508;;114067..116982;23s;193;; ;comp;4137257..4137331;aca;33;75;;;insert;dir ;4249920..4250564;23s°;100;645;;117176..117292;5s;5;; 15;comp;4137365..4137440;gta;4;76;;;insert;<dir ;4250665..4250923;cds;112;259;hp-259;117298..117386;tta;9;; ;comp;4137445..4137519;gaa;6;75;;;insert;comp;4251036..4253145;23s’;375;2110;;117396..117472;atg;123;; ;comp;4137526..4137601;aaa;331;76;;;insert;comp;4253521..4253596;gca;52;76;;117596..119102;16s;54;; ;comp;4137933..4139222;cds;;1290;succinate;;insert;comp;4253649..4254226;16s°;282;578;;119157..119232;gca;114;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254509..4254712;cds;12;204;hp-204;119347..122263;23s;193;; ;;;;;;;;insert;dir ;4254725..4256002;cds;;1278;phagePP;122457..122573;5s;5;; ;;;;;;;;;;;;;;;122579..122667;tta;9;; ;;;;;;;;début;début;début;début;début;début;début;122677..122753;atg;123;; ;;;;;;;;insert;dir ;4299490..4300134;cds;214;645;Y-r1;122877..124383;16s;54;; ;;;;;;;;insert;dir ;4300349..4300807;cds;554;459;Helix;124438..124513;gca;114;; ;;;;;;;;;dir ;4301362..4303101;cds;0;1740;hp-1740;124628..127549;23s;78;; ;;;;;;;;;dir ;4303102..4303305;cds;167;204;hp-204;127628..127744;5s;100;; ;;;;;;;;4;dir ;4303473..4304299;23s°;132;827;;127845..129260;CDS;;1416;R-deca </pre> ====cdc8 cdc création de cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_création_de_cds|cdc8 cdc création de cds]] <pre> ;;création de cds;;;; ;cdc8;pbs;cdc;pbs;psor;pbs seleno A;309950..310076;127;0;;-; Y-r;457663..457878;216;457207..457422;216;-; ;1237414..1237986;573;1223841..1224413;573;; ;1291413..1292327;915;1277836..1278750;915;; ;1418672..1419580;909;1405262..1406170;909;; ;2120221..2121348;1128;;;; ;2785863..2786042;180;;;; ;3564835..3565434;600;;;; Y-r2;3805298..3806743;1446;;;; Y-r1;4299490..4300134;645;;;; Helix;351106..351336;231;391813..392001;189;-; ;379952..380503;552;429510..430061;552;; ;456588..456776;189;461727..462398;672;; ;1187185..1187736;552;1169984..1170535;552;; ;1466364..1466783;420;1292255..1292926;672;; ;1467749..1468147;399;1454375..1454773;399;; ;1605760..1606344;585;1517855..1518619;765;; ;1694358..1694750;393;1592306..1592890;585;; ;1936722..1937267;546;1682266..1682658;393;; ;2105662..2106711;1050;1695592..1696284;693;; ;2196549..2198204;1656;1916424..1916630;207;; ;2342487..2342690;204;1922813..1923358;546;; ;2353934..2354578;645;2164151..2165806;1656;; ;2378761..2379891;1131;2308386..2308589;204;; ;2721795..2722316;522;2319833..2320477;645;; ;3485137..3486024;888;2344477..2345607;1131;; ;3570953..3571183;231;2501260..2501931;672;; ;3571660..3571878;219;2688255..2688776;522;; ;3804379..3804627;249;3459701..3460588;888;; ;3804878..3805279;402;3475449..3475589;141;; ;4286854..4287222;369;;;; ;4288799..4289518;720;;;; ;4300349..4300807;459;;;; xylose;3383443..3384780;1338;3349843..3351180;1338;0; ;<4307539..4308225;687;;;; CHAP;<4213228..>4213849;622;0;;-; A-1chlor;4213961..4214620;660;0;;0; SigB2;4221761..4222206;446;0;;0; fdHa;4221761..4222206;1701;3711229..3713373;2145;-; R-deca;0;;0;;127845..129260;1416 ;;;;;876023..877522;1500 phagePP;1448919..1449983;1065;1435547..1436611;1065;1489507..1490769;1263 ;1450539..1450985;447;1437167..1437613;447;; ;1709611..1711050;1440;1697521..1698963;1443;; ;1718404..1718844;441;1708192..1708632;441;; ;3560756..3561910;1155;3841162..3842367;1206;; ;4254725..4256002;1278;;;; ;4260531..4261586;1056;;;; ;4262058..4262474;417;;;; hp-204;4254509..4254712;204;;;; phagePP;4254725..4256002;1278;;;; phageHM;4255980..4256741;762;;;; hp;;;3840525..3841067;543;; phagePP;;;3841162..3842367;1206;; hydrolase;;;3842345..3842512;168;; terminase;;;;;1487770..1489491;1722 phagePP;;;;;1489507..1490769;1263 Clp;;;;;1490762..1491607;846 </pre> ====cdc8 cdc abrégé protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_abrégé_protéines|cdc8 cdc abrégé protéines]] <pre> A-1chlor;type A-1 chloramphenicol O-acetyltransferase ABC;ABC transporter ATP-binding protein Ala amid;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase Art-red;anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase Art-reda;anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein B6;pyridoxal phosphate-dependent aminotransferase cad;cadmium-translocating P-type ATPase CHAP;CHAP domain-containing protein CwlD;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase CwlD DedA;DedA family protein DeoR;DeoR/GlpR transcriptional regulator DnaC;DNA replication protein DnaC DUF378;DUF378 domain-containing protein fdHa;formate dehydrogenase subunit alpha flagellar;flagellar motor protein Glyco-tr;glycosyl transferase Helix;helix-turn-helix domain-containing protein hp-1740;hp-1740 hp-204;hp-204 hp-282;hp-282 hp-414;hp-414 HXXEE;HXXEE domain-containing protein III-tau;DNA polymerase III subunit gamma/tau K-ligase;lysine--tRNA ligase S-ligase;serine--tRNA ligase lactam;delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase Mannosyl;Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase MBOAT;MBOAT family protein mecano;mechanosensitive ion channel NadR;transcription repressor NadR NhaC;Na+/H+ antiporter NhaC family protein Nuc-de;nucleoside deaminase phagePP;phage portal protein PolyI;DNA polymerase I precorrin;bifunctional precorrin-2 dehydrogenase/sirohydrochlorin ferrochelatase pyruvate;pyruvate carboxylase R-deca;arginine decarboxylase seleno;glycine/sarcosine/betaine reductase complex selenoprotein A SigB;SigB/SigF/SigG family RNA polymerase sigma factor SigB2;B/F/G family RNA polymerase sigma-70 factor SrtB;sortase SrtB succinate;adenylosuccinate synthase TIGR;TIGR00159 family protein xylose;xylose isomerase Y-r1;tyrosine-type recombinase/integrase – 1 Y-r2;tyrosine-type recombinase/integrase – 2 </pre> ====cdc8 cdc psor stats==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_cdc_psor_stats|cdc8 cdc psor stats]] <pre> NCBI du 13.11.19;cdc8;cdc;psor date;15-MAR-2017;18-MAY-2017;08-JAN-2018 DNA circulaire;4 308 325;4 110 554;3 550 458 Genes (total) ;4 025;3 807;3 528 CDS (total) ;3 870;3 691;3 368 Genes (coding) ;3 763;3 615;3 327 CDS (coding) ;3 763;3 615;3 327 Genes (RNA) ;155;116;160 RRNAs (5S, 16S, 23S); 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 complete rRNAs ; 14, 16, 13; 9, 10, 10;17, 17, 17 tRNAs ;108;83;105 ncRNAs ;4;4;4 Pseudo Genes (total) ;107;76;41 Pseudo Genes (ambiguous residues) ; 0 of 107; 0 of 76; 0 of 41 Pseudo Genes (frameshifted) ; 60 of 107; 42 of 76; 4 of 41 Pseudo Genes (incomplete) ; 35 of 107; 30 of 76; 18 of 41 Pseudo Genes (internal stop) ; 31 of 107; 18 of 76; 22 of 41 Pseudo Genes (multiple problems) ; 18 of 107; 12 of 76; 3 of 41 CRISPR Arrays ;4;9; - ;;; Décompte du 19.11.19;;; hypothetical protein;609;523;1 256 hp / cds (total);0,16;0,14;0,37 </pre> ====cdc8 distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_distribution|cdc8 distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga; cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cdc8;;5;;;;;5;;cdc8;4;;;;;;9 </pre> ====cdc8 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cdc8_données_intercalaires|cdc8 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cdc8;fx;fc;cdc8;fx40;fc40;cdc8;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;39;0;0;39;-1;;71;75;258;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA contig;;suite;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;5;241;1;0;48;-2;;0;954;318;240;376;324;;;6;;aac;6;;aac;33;;aca ;0;20;3;344;2;0;53;-3;;1;87;150;192;498;188;;;15;;tta;15;;tta;4;;gta ;0;30;4;232;3;1;24;-4;1;51;1378;208;294;81;2* 265;;;7;;atgf;7;;atgf;6;;gaa ;0;40;0;138;4;2;29;-5;;0;109;383;181;388;2* 325;;;9;;gaa;9;;gaa;**;;aaa ;0;50;4;89;5;0;15;-6;;0;334;;181;;2* 221;;;5;;gga;5;;gga;;; ;0;60;9;87;6;0;7;-7;;15;150;;780;;23s 5s;;;5;;gta;5;;gta;;; ;1;70;6;73;7;0;11;-8;1;68;264;;5s CDS;;126;;;9;;gac;9;;gac;;; ;1;80;11;66;8;0;13;-9;;0;67;;177;216;2* 127;;;14;;aca;14;;aca;;; ;1;90;15;73;9;1;21;-10;;2;331;;273;;3* 202;;;10;;tac;10;;tac;;; ;0;100;21;72;10;1;20;-11;;32;0;;452;;182;;;28;;cta;28;;cta;;; ;1;110;16;84;11;0;38;-12;;0;;;118;;16s tRNA;;;7;;aga;7;;aga;;; ;0;120;23;86;12;0;46;-13;;7;;;127;;55;;gca;89;;caa;89;;caa;;; ;0;130;25;53;13;1;30;-14;;15;;;5s 16s;;tRNA 23s;;;3;;tca;3;;tca;;; ;0;140;21;49;14;0;39;-15;;0;;;;161;376;;gca;6;;ttc;6;;ttc;;; 1;1;150;15;53;15;0;36;-16;;2;;;16s CDS;;390;;gca;14;;atgj;14;;atgj;;; ;0;160;23;44;16;0;28;-17;1;14;;;2;;5s tRNA;;;29;;atgi;29;;atgi;;; ;0;170;24;38;17;1;45;-18;;0;;;294;;3* 6;;aac;7;;cca;7;;cca;;; ;0;180;22;44;18;1;31;-19;;1;;;23s CDS;87;7;;aac;8;;cac;8;;cac;;; ;0;190;26;43;19;0;27;-20;;7;;;;;2* 5;;tta;7;;aaa;**;;aaa;;; ;0;200;18;43;20;0;24;-21;;0;;;;;tRNA 5s;;;6;;tgc;4;;aac;;; 1;0;210;22;36;21;1;24;-22;1;0;;;;;8;;gga;6;;aac;5;;gaa;;; ;0;220;25;39;22;0;22;-23;;6;;;;;tRNA 16s;;;15;;tta;5;;gta;;; ;0;230;14;30;23;0;28;-24;;1;;;;;2* 110;;atgi;7;;atgf;11;;gac;;; ;0;240;9;27;24;0;21;-25;;0;;;;;116;;atgj;9;;gaa;14;;aca;;; ;0;250;15;30;25;1;27;-26;;6;;;;;23s tRNA;;;5;;gga;9;;tac;;; 1;0;260;15;30;26;1;19;-27;;0;;;;;94;;aca;5;;gta;10;;gga;;; ;1;270;18;30;27;0;19;-28;;1;;;;;8;;gga;9;;gac;9;;aga;;; ;0;280;12;19;28;1;26;-29;;8;;;;;5s tRNA;;;14;;aca;11;;caa;;; ;0;290;16;38;29;0;24;-30;;0;;;;;;353;aaa;9;;tac;2;;aaa;;; ;0;300;17;23;30;0;22;-31;;1;;;;;tRNA tRNA;;intra;24;;cta;18;;tca;;; ;0;310;7;29;31;0;20;-32;;5;;;;;2* 11;;atgi;24;;ggc;8;;agc;;; 1;0;320;18;22;32;0;18;-33;;0;;;;;**;;tta;9;;aga;85;;cca;;; ;0;330;14;30;33;0;13;-34;;0;;;;;;;;8;;caa;60;;tgg;;; ;2;340;9;13;34;0;12;-35;;2;;;;;;;;2;;aaa;5;;cca;;; ;0;350;6;15;35;0;17;-36;;0;;;;;;;;3;;tca;3;;atc;;; ;0;360;16;18;36;0;14;-37;;0;;;;;;;;6;;ttc;7;;ttc;;; ;0;370;7;16;37;0;13;-38;;1;;;;;;;;14;;atgj;**;;atgj;;; ;0;380;6;17;38;0;11;-39;;0;;;;;;;;17;;atgi;;;;;; 1;0;390;7;14;39;0;10;-40;;1;;;;;;;;8;;cac;;;;;; ;0;400;4;18;40;0;10;-41;;0;;;;;;;;7;;aaa;;;;;; ;2;reste;138;242;reste;674;1733;-42;;0;;;;;;;;7;;tgc;;;;;; 5;11;total;686;2727;total;686;2727;-43;;0;;;;;;;;12;;cgt;;;;;; 5;8;diagr;548;2446;diagr;12;955;-44;;1;;;;;;;;**;;gta;;;;;; 0;0; t30;12;817;;;;-45;;0;;;;;;;;6;;aac;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;15;;tta;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;;;;;;;;7;;atgf;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;8;;gaa;;;;;; ;x;686;4;0;690;;;-49;;0;;;;;;;;4;;gga;;;;;; ;c;2688;326;39;3053;;;-50;;0;;;;;;;;5;;gta;;;;;; ;;;;;3743;348;;reste;;5;;;;;;;;10;;gac;;;;;; ;;;;;;4091;;total;4;326;;;;;;;;9;;ggc;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aga;;;;;; </pre> ===cbc=== ====cbc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_opérons|cbc* opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 5;;52;doubles;intercalaires Clostridium botulinum CDC_297;;;NCBI;gtRNAdb;; comp;1309334..1309408;;Glu;gag;; ;;;;;; comp;1385938..1386012;;Asn;aac;;8 comp;1386021..1386134;;5s;;;108 comp;1386243..1389140;;23s;;;228 comp;1389369..1390866;;16s;;@1; ;;;;;; comp;1392997..1393072;;Phe;ttc;;7 comp;1393080..1393193;;5s;;;108 comp;1393302..1396199;;23s;;;228 comp;1396428..1397925;;16s;;; ;;;;;; comp;1408673..1408762;;Ser;tcc;; ;;;;;; comp;1412183..1412259;;Arg;agg;; ;;;;;; comp;1415464..1415540;;Arg;cgt;;84 comp;1415625..1415715;;Ser;agc;+;20 comp;1415736..1415826;;Ser;tca;2 agc;306 comp;1416133..1416223;;Ser;agc;2 tca;20 comp;1416244..1416334;;Ser;tca;@4; ;;;;;; comp;1425969..1426044;;Ala;gca;;3 comp;1426048..1426124;;Met;atgi;;8 comp;1426133..1426246;;5s;;;79 comp;1426326..1427823;;16s;;@2;117 comp;1427941..1428051;;MNEGCDRILIVVARWQVSKNKKMLTKIKKRATIIKH;CDS 108pb;; ;;;;;; ;1694943..1695017;;Gln;cag;; ;;;;;; comp;1722580..1722664;;Tyr;tac;;5 comp;1722670..1722745;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1841437..1841510;;Cys;tgc;; ;;;;;; comp;1842698..1842811;;5s;;;108 comp;1842920..1845817;;23s;;;228 comp;1846046..1847543;;16s;;; ;;;;;; ;1890534..1890608;;Glu;gaa;+;17 ;1890626..1890701;;Val;gta;3 gaa;9 ;1890711..1890787;;Asp;gac;3 gta;4 ;1890792..1890867;;Thr;aca;3 gac;5 ;1890873..1890947;;Glu;gaa;2 aca;18 ;1890966..1891041;;Val;gta;;7 ;1891049..1891125;;Asp;gac;;57 ;1891183..1891257;;Glu;gaa;;17 ;1891275..1891350;;Val;gta;;9 ;1891360..1891436;;Asp;gac;;4 ;1891441..1891516;;Thr;aca;; ;;;;;; comp;1948153..1948228;;Pro;cca;; ;;;;;; ;1969157..1969245;;Leu;tta;;4 ;1969250..1969325;;Met;atgf;+;53 ;1969379..1969454;;Met;atgf;2 atgf;10 ;1969465..1969541;;Met;atg;; ;;;;;; ;1987541..1989040;;16s;;@3;226 ;1989267..1992166;;23s;;;93 ;1992260..1992375;;5s;;;7 ;1992383..1992457;;Asn;aac;+;27 ;1992485..1992559;;Asn;aac;; ;;;;;; ;2013239..2013313;;Gly;ggg;;18 ;2013332..2013407;;Thr;acc;; ;;;;;; ;2222515..2222590;;Trp;tgg;; ;;;;;; ;2294767..2294842;;Pro;cca;+;7 ;2294850..2294923;;Gly;gga;2 cca;6 ;2294930..2295006;;Arg;aga;2 gga;5 ;2295012..2295087;;Lys;aag;;26 ;2295114..2295189;;Pro;cca;;29 ;2295219..2295292;;Gly;gga;;24 ;2295317..2295393;;Arg;cga;; ;;;;;; ;2402556..2402631;;Val;gta;;5 ;2402637..2402713;;Asp;gac;;3 ;2402717..2402792;;Phe;ttc;;4 ;2402797..2402871;;Gly;ggc;;9 ;2402881..2402954;;Cys;tgc;; ;;;;;; ;2517305..2517391;;Leu;ttg;; ;;;;;; ;2548708..2548792;;Leu;ctc;; ;;;;;; ;2583298..2583388;;SeC;tga;; </pre> ====cbc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_cumuls|cbc* cumuls]] <pre> cbc* cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;5;1;0;0 ;16 23 5s 0;1;20;22;1 ;16 atc gca;0;40;3;1 ;16 23 5s a;3;60;2;0 ;max a;2;80;0;0 ;a doubles;1;100;1;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;6;140;0;0 sans ;opérons;17;160;0;0 ;1 aa;10;180;0;0 ;max a;11;200;0;0 ;a doubles;4;;0;0 ;total aas;46;;28;2 total aas;;52;;; remarques;;4;;; avec jaune;;;moyenne;17;15 ;;;variance;19; sans jaune;;;moyenne;15; ;;;variance;14; </pre> ====cbc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_blocs|cbc* blocs]] <pre> cbc* blocs;;;; aac;8;7;-; 5s;108;108;108;226 23s;228;228;228;93 16s;;;-;7 ;;;; gca;3;;; atgi;8;;; 5s;79;;; 16s;;;; </pre> ====cbc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_distribution|cbc distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;1-3 aas att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;gca ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;atgi gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aac ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;ttc atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;aac2 ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;>1aa tta;;tca;;taa;;tga;1;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;atgf2 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;; atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total; cbc*;;10;;;;;10;;cbc*;36;;;;;;34;;cbc*;2;;;;;;2; </pre> ====cbc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_données_intercalaires|cbc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-CDS;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; frequence;effectif;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbc;fx;fc;cbc;fx40;fc40;cbc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;24;0;1;24;-1;;72;1018;103;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;5;198;1;1;55;-2;;0;419;184;909;;3* 228;;;3;;gca;84;;cgt ;0;20;2;293;2;2;38;-3;;0;732;35;387;;226;;;**;;atgi;20;;agc 1;0;30;11;166;3;0;14;-4;3;58;389;227;117;;23s 5s;;;27;;aac;306;;tca 1;0;40;15;108;4;1;18;-5;;0;156;30;416;;3* 108;;;**;;aac;20;;agc ;0;50;9;61;5;0;15;-6;1;0;164;90;570;;93;;;;;;**;;tca ;2;60;11;83;6;0;11;-7;;4;276;431;5s CDS;;16s 5s;;;;;;5;;tac ;2;70;13;65;7;0;3;-8;;40;162;584;363;;79;;;;;;**;;aca ;2;80;12;73;8;1;18;-9;;0;53;;;;5s tRNA;;;;;;17;;gaa 1;1;90;12;68;9;0;10;-10;;8;170;;;;8;;aac;;;;9;;gta ;2;100;16;58;10;0;16;-11;;25;318;;;;7;;ttc;;;;4;;gac 1;0;110;18;52;11;0;28;-12;;0;80;;;;8;;atgi;;;;5;;aca ;0;120;19;66;12;0;44;-13;;3;172;;;;7;;aac;;;;18;;gaa ;0;130;19;59;13;0;28;-14;;13;92;;;;;;;;;;7;;gta ;0;140;16;61;14;0;32;-15;;0;77;;;;;;;;;;57;;gac ;2;150;15;64;15;0;36;-16;;1;142;;;;;;;;;;17;;gaa ;1;160;19;48;16;0;21;-17;;11;328;;;;;;;;;;9;;gta ;3;170;15;48;17;0;26;-18;;0;187;;;;;;;;;;4;;gac ;1;180;17;46;18;1;30;-19;1;4;64;;;;;;;;;;**;;aca 1;1;190;19;32;19;0;24;-20;;11;82;;;;;;;;;;4;;tta ;0;200;20;39;20;1;24;-21;;0;51;;;;;;;;;;53;;atgf ;0;210;17;44;21;2;17;-22;;2;239;;;;;;;;;;10;;atgf ;0;220;16;31;22;1;21;-23;;8;145;;;;;;;;;;**;;atgj 1;0;230;15;40;23;1;14;-24;;0;387;;;;;;;;;;18;;ggg ;1;240;7;36;24;0;20;-25;;1;64;;;;;;;;;;**;;acc ;0;250;15;18;25;0;22;-26;;6;313;;;;;;;;;;7;;cca ;0;260;12;22;26;1;13;-27;;0;97;;;;;;;;;;6;;gga ;0;270;14;35;27;3;17;-28;;2;556;;;;;;;;;;5;;aga ;1;280;15;31;28;0;18;-29;;2;754;;;;;;;;;;26;;aag ;0;290;12;29;29;2;12;-30;;0;745;;;;;;;;;;29;;cca ;0;300;18;27;30;1;12;-31;;2;;;;;;;;;;;24;;gga ;0;310;11;29;31;2;9;-32;;3;;;;;;;;;;;**;;cga ;2;320;16;21;32;0;9;-33;;0;;;;;;;;;;;5;;gta ;1;330;23;18;33;1;12;-34;;1;;;;;;;;;;;3;;gac ;0;340;12;14;34;3;13;-35;;1;;;;;;;;;;;4;;ttc ;0;350;9;25;35;1;13;-36;;0;;;;;;;;;;;9;;ggc ;0;360;10;27;36;4;12;-37;;0;;;;;;;;;;;**;;tgc ;0;370;13;24;37;1;11;-38;;3;;;;;;;;;;;;; ;0;380;12;22;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;; ;2;390;8;19;39;2;12;-40;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;8;22;40;0;11;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 2;6;reste;172;326;reste;685;1783;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 8;30;total;719;2572;total;719;2572;-43;;0;;;;;;;;;;;;; ;;diagr;;;diagr;;;-44;1;1;;;;;;;;;;;;; ;; t30;;;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;712;7;1;720;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;2548;288;24;2860;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;3580;88;;reste;1;4;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3668;;total;7;288;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cbc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbc_autres_intercalaires_aas|cbc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;1307968;1308315;1018;*; ;comp;tRNA;1309334;1309408;419;*;gag fin;comp;CDS;1309828;1312056;;; deb;;CDS;1384971;1385834;103;*; ;comp;tRNA;1385938;1386012;8;*;aac ;comp;rRNA;1386021;1386134;108;*;114 ;comp;rRNA;1386243;1389140;228;*;2898 ;comp;rRNA;1389369;1390866;909;*;1498 deb;comp;CDS;1391776;1392264;732;*; ;comp;tRNA;1392997;1393072;7;*;ttc ;comp;rRNA;1393080;1393193;108;*;114 ;comp;rRNA;1393302;1396199;228;*;2898 ;comp;rRNA;1396428;1397925;387;*;1498 fin;comp;CDS;1398313;1399257;;; deb;comp;CDS;1406658;1408283;389;*; ;comp;tRNA;1408673;1408762;156;*;tcc fin;comp;CDS;1408919;1409365;;; deb;comp;CDS;1411833;1412018;164;*; ;comp;tRNA;1412183;1412259;184;*;agg fin;;CDS;1412444;1412764;;; deb;;CDS;1414541;1415428;35;*; ;comp;tRNA;1415464;1415540;84;*;cgt ;comp;tRNA;1415625;1415715;20;*;agc ;comp;tRNA;1415736;1415826;306;*;tca ;comp;tRNA;1416133;1416223;20;*;agc ;comp;tRNA;1416244;1416334;276;*;tca fin;comp;CDS;1416611;1417891;;; deb;comp;CDS;1425354;1425806;162;*; ;comp;tRNA;1425969;1426044;3;*;gca ;comp;tRNA;1426048;1426124;8;*;atgi ;comp;rRNA;1426133;1426246;79;*;114 ;comp;rRNA;1426326;1427823;117;*;1498 fin;comp;CDS;1427941;1428051;;; deb;;CDS;1694365;1694889;53;*; ;;tRNA;1694943;1695017;170;*;cag fin;;CDS;1695188;1695592;;; deb;comp;CDS;1721086;1722261;318;*; ;comp;tRNA;1722580;1722664;5;*;tac ;comp;tRNA;1722670;1722745;227;*;aca fin;;CDS;1722973;1723695;;; deb;;CDS;1840498;1841406;30;*; ;comp;tRNA;1841437;1841510;80;*;tgc deb;comp;CDS;1841591;1842334;363;*; ;comp;rRNA;1842698;1842811;108;*;114 ;comp;rRNA;1842920;1845817;228;*;2898 ;comp;rRNA;1846046;1847543;416;*;1498 fin;comp;CDS;1847960;1850440;;; deb;;CDS;1889552;1890361;172;*; ;;tRNA;1890534;1890608;17;*;gaa ;;tRNA;1890626;1890701;9;*;gta ;;tRNA;1890711;1890787;4;*;gac ;;tRNA;1890792;1890867;5;*;aca ;;tRNA;1890873;1890947;18;*;gaa ;;tRNA;1890966;1891041;7;*;gta ;;tRNA;1891049;1891125;57;*;gac ;;tRNA;1891183;1891257;17;*;gaa ;;tRNA;1891275;1891350;9;*;gta ;;tRNA;1891360;1891436;4;*;gac ;;tRNA;1891441;1891516;90;*;aca fin;comp;CDS;1891607;1892584;;; deb;comp;CDS;1946711;1948060;92;*; ;comp;tRNA;1948153;1948228;77;*;cca fin;comp;CDS;1948306;1948614;;; deb;;CDS;1968610;1969014;142;*; ;;tRNA;1969157;1969245;4;*;tta ;;tRNA;1969250;1969325;53;*;atgf ;;tRNA;1969379;1969454;10;*;atgf ;;tRNA;1969465;1969541;328;*;atgj fin;;CDS;1969870;1972257;;; deb;;CDS;1985594;1986970;570;*; ;;rRNA;1987541;1989040;226;*;1500 ;;rRNA;1989267;1992166;93;*;2900 ;;rRNA;1992260;1992375;7;*;116 ;;tRNA;1992383;1992457;27;*;aac ;;tRNA;1992485;1992559;187;*;aac fin;;CDS;1992747;1994819;;; deb;;CDS;2012533;2013174;64;*; ;;tRNA;2013239;2013313;18;*;ggg ;;tRNA;2013332;2013407;82;*;acc fin;;CDS;2013490;2014683;;; deb;;CDS;2222077;2222463;51;*; ;;tRNA;2222515;2222590;239;*;tgg fin;;CDS;2222830;2224086;;0; deb;;CDS;2294151;2294621;145;*; ;;tRNA;2294767;2294842;7;*;cca ;;tRNA;2294850;2294923;6;*;gga ;;tRNA;2294930;2295006;5;*;aga ;;tRNA;2295012;2295087;26;*;aag ;;tRNA;2295114;2295189;29;*;cca ;;tRNA;2295219;2295292;24;*;gga ;;tRNA;2295317;2295393;387;*;cga fin;;CDS;2295781;2297040;;; deb;;CDS;2401601;2402491;64;*; ;;tRNA;2402556;2402631;5;*;gta ;;tRNA;2402637;2402713;3;*;gac ;;tRNA;2402717;2402792;4;*;ttc ;;tRNA;2402797;2402871;9;*;ggc ;;tRNA;2402881;2402954;313;*;tgc fin;;CDS;2403268;2403963;;; deb;comp;CDS;2515386;2516873;431;*; ;;tRNA;2517305;2517391;584;*;ttg fin;comp;CDS;2517976;2518125;;; deb;;CDS;2548065;2548610;97;*; ;;tRNA;2548708;2548792;556;*;ctc fin;;CDS;2549349;2549786;;0; deb;;CDS;2580636;2582543;754;*; ;;tRNA;2583298;2583388;745;*;tga fin;;CDS;2584134;2585648;;; </pre> ===cbn=== ====cbn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_opérons|cbn opérons]] <pre> 28%GC;30.6.19 Paris;16s 10;86;doubles;intercal;aa;avec aa ;Clostridium botulinum BKT015925;;;;;; ;20666..20741;;acg;;;; ;;;;;;; ;36413..36487;;gaa;+;12;12; ;36500..36575;;gta;2 gaa;13;13; ;36589..36665;;gac;2 gta;5;5; ;36671..36746;;aca;2 gac;18;18; ;36765..36839;;gaa;2 aca;12;12; ;36852..36927;;gta;;13;13; ;36941..37017;;gac;;5;5; ;37023..37098;;aca;;;; ;;;;;;; ;137366..137441;;cca;;;; ;;;;;;; ;161964..162052;;tta;+;5;5; ;162058..162133;;atgf;3 tta;5;5; ;162139..162215;;atgj;3 atgf;46;46; ;162262..162350;;tta;2 atgj;5;5; ;162356..162431;;atgf;;30;30; ;162462..162538;;atgj;;46;46; ;162585..162673;;tta;;5;5; ;162679..162754;;atgf;;;; ;;;;;;; ;76258..176332;;aac;;;; ;;;;;;; ;180177..181695;;16s;@5;233;; ;181929..184836;;23s;;45;; ;184882..184956;;aac;+;14;; ;184971..185087;;5s;;7;; ;185095..185169;;aac;2 aac;;; ;;;;;;; ;222409..222484;;acc;;;; ;;;;;;; comp;578417..578492;;cag;;;; ;;;;;;; comp;944747..944833;;ttg;;;; ;;;;;;; ;955546..955630;;ctt;;;; ;;;;;;; ;1026946..1027021;;gta;;17;17;17 ;1027039..1027115;;gac;;14;14;14 ;1027130..1027205;;ttc;;4;4;4 ;1027210..1027284;;ggc;;8;8;8 ;1027293..1027367;;tgc;+;57;57;57 ;1027425..1027499;;tgc;2 tgc;;; ;;;;;;; comp;2030816..2030890;;aac;;45;; comp;2030936..2033842;;23s;;96;; comp;2033939..2034015;;atc;;7;;7 comp;2034023..2034098;;gca;;121;; comp;2034220..2035734;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2283768..2283884;;5s;;95;; comp;2283980..2286886;;23s;;233;; comp;2287120..2288638;;16s;@3;464;; comp;2289103..2289176;;gga;;15;;15 comp;2289192..2289268;;atc;;7;;7 comp;2289276..2289351;;gca;;;; ;;;;;;; comp;2350598..2350674;;cga;+;21;21; comp;2350696..2350769;;gga;4 gga;28;28; comp;2350798..2350873;;aaa;2 aaa;4;4; comp;2350878..2350952;;caa;2 caa;4;4; comp;2350957..2351032;;cac;2 cac;5;5; comp;2351038..2351112;;aag;3 aag;3;3; comp;2351116..2351192;;aga;3 aga;6;6; comp;2351199..2351272;;gga;2 cca;4;4; comp;2351277..2351352;;cca;2 ggc;21;21; comp;2351374..2351449;;aag;;5;5; comp;2351455..2351531;;aga;;5;5; comp;2351537..2351610;;gga;;5;5; comp;2351616..2351690;;ggc;;3;3; comp;2351694..2351777;;cta;;22;22; comp;2351800..2351875;;aaa;;4;4; comp;2351880..2351954;;caa;;4;4; comp;2351959..2352034;;cac;;5;5; comp;2352040..2352115;;aag;;5;5; comp;2352121..2352197;;aga;;5;5; comp;2352203..2352276;;gga;;5;5; comp;2352282..2352356;;ggc;;6;6; comp;2352363..2352438;;cca;;;; ;;;;;;; comp;2432784..2432859;;tgg;;;; ;;;;;;; comp;2454880..2454964;;tac;+;39;39; comp;2455004..2455079;;gta;2 tac;8;8; comp;2455088..2455172;;tac;;4;4; comp;2455177..2455252;;aca;;;; ;;;;;;; comp;2697795..2697911;;5s;@1;31;; comp;2697943..2700847;;23s;;233;; comp;2701081..2702599;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2703946..2704021;;aaa;;311;;311 comp;2704333..2704408;;ttc;;5;; comp;2704414..2704530;;5s;;336;; comp;2704867..2704942;;ttc;;5;; comp;2704948..2705064;;5s;;97;; comp;2705162..2708066;;23s;;233;; comp;2708300..2709814;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2721253..2721328;;aaa;@2;5;; comp;2721334..2721450;;5s;;95;; comp;2721546..2724452;;23s;;233;; comp;2724686..2726203;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2731902..2731976;;gag;;61;;61 comp;2732038..2732112;;caa;;6;;6 comp;2732119..2732195;;aga;;4;;4 comp;2732200..2732273;;gga;;19;;19 comp;2732293..2732376;;cta;;16;;16 comp;2732393..2732467;;gaa;;4;; comp;2732472..2732588;;5s;;97;; comp;2732686..2735592;;23s;@4;94;; comp;2735687..2735763;;atc;;3;; comp;2735767..2735842;;gca;;74;; comp;2735917..2737435;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2742262..2742351;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;2743220..2743312;;tcg;;;; ;;;;;;; comp;2743891..2743967;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2748534..2748610;;cgt;;144;144; comp;2748755..2748845;;agc;;23;23; comp;2748869..2748959;;tca;+;69;69; comp;2749029..2749119;;tca;2 tca;;; ;;;;;;; comp;2758688..2758763;;gca;;4;;4 comp;2758768..2758844;;atgi;;3;; comp;2758848..2758964;;5s;;73;; comp;2759038..2761942;;23s;;233;; comp;2762176..2763694;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2150504..2150620;;5s;;31;; comp;2150652..2153560;;23s;;233;; comp;2153794..2155308;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2169525..2169641;;5s;;32;; comp;2169674..2172579;;23s;;233;; comp;2172813..2174331;;16s;;;; ;;;;;;; sur plasmide;;;tgg;;;; </pre> ====cbn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_cumuls|cbn cumuls]] <pre> cbn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;10;1;0;0 ;16 23 5s 0;3;20;34;9 ;16 gca atc;2;40;7;0 ;16 23 5s a;4;60;3;0 ;max a;8;80;1;1 ;a doubles;1;100;0;0 ;spéciaux;1;120;0;0 ;total aas;22;140;0;0 sans ;opérons;18;160;1;0 ;1 aa;12;180;0;0 ;max a;22;200;0;0 ;a doubles;6;;0;0 ;total aas;64;;46;10 total aas;;86;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;17; ;;;variance;25; sans jaune;;;moyenne;14;14 ;;;variance;15;17 </pre> ====cbn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_blocs|cbn blocs]] <pre> cbn blocs;;;;;; 5s;31;31;32;;; 23s;233;233;233;;; 16s;;;;;; ;;;;;ttc;5 ;;;;;5s;336 aaa;5;3;;;ttc;5 5s;95;73;5s;95;5s;97 23s;233;233;23s;233;23s;233 16s;aaa;atgi;16s;464;16s; ;;;gga;15;; 16s;233;;;;; 23s;45;;;;; aac;14;;;;; 5s;7;;;;; aac;;;;;; gaa;4;;;;; 5s;97;aac;45;;; 23s;94;23s;96;;; atc;3;atc;7;;; gca;74;gca;121;;; 16s;;16s;;;; </pre> ====cbn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_distribution|cbn distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;avant 5s;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;2 aac;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;4-8 aas;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;gag;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;caa;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;aga;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;gga;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;2;aga;3;;ata;;aca;;aaa;;aga;;cta;ata;;aca;;aaa;;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa;cta;1;cca;;caa;1;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;>1aa;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;3;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgc2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;tca2;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cbn;;12;;;;;12;;cbn;48;;;;;;48;;cbn;4;;;;;;4;;cbn;;;;6;;;6 </pre> ====cbn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_données_intercalaires|cbn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbn;fx;fc;cbn;fx40;fc40;cbn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;10;0;1;10;-1;0;34;214;206;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;10;172;1;1;37;-2;0;0;168;307;453;111;8* 237;;;311;;aaa;12;;gaa ;0;20;3;211;2;1;31;-3;0;0;131;106;423;111;23s 5s;;;**;;ttc;13;;gta ;0;30;19;147;3;2;13;-4;0;28;158;480;424;;2* 34;;;61;;gag;5;;gac ;0;40;24;90;4;2;12;-5;0;0;115;435;423;;35;;;6;;caa;18;;aca ;0;50;33;61;5;0;17;-6;1;0;275;60;346;;2* 98;;;4;;aga;12;;gaa 1;2;60;28;67;6;0;13;-7;0;5;140;348;393;;2* 100;;;19;;gga;13;;gta ;5;70;26;71;7;1;11;-8;1;30;106;104;402;;76;;;16;;cta;5;;gac ;2;80;17;53;8;0;9;-9;1;0;67;117;369;;16s tRNA;;;**;;gaa;**;;aca ;1;90;13;59;9;1;10;-10;0;6;261;255;5s CDS;;124;;gca;4;;gca;5;;tta ;1;100;18;68;10;2;19;-11;2;13;59;130;128;590;77;;gca;**;;atgi;5;;atgf 2;1;110;12;42;11;0;22;-12;1;0;82;;138;144;tRNA 23s;;;;;;46;;atgj 1;2;120;16;50;12;0;32;-13;0;2;379;;;;97;;atc;;;;5;;tta 1;1;130;24;50;13;0;22;-14;0;7;265;;;;95;;atc;;;;30;;atgf ;2;140;4;50;14;0;22;-15;0;0;233;;;;5s tRNA;;;;;;46;;atgj ;0;150;11;50;15;0;23;-16;0;3;199;;;;7;;aac;;;;5;;tta ;1;160;7;45;16;1;20;-17;1;10;73;;;;13;;ttc;;;;**;;atgf ;1;170;16;48;17;1;16;-18;0;0;295;;;;15;;ttc;;;;17;;gta ;0;180;16;36;18;0;20;-19;0;2;58;;;;5;;aaa;;;;14;;gac ;1;190;12;42;19;1;14;-20;0;7;324;;;;4;;gaa;;;;4;;ttc ;1;200;15;31;20;0;20;-21;1;0;183;;;;3;;atgi;;;;8;;ggc 1;0;210;11;27;21;0;20;-22;0;1;80;;;;23s tRNA;;;;;;57;;tgc ;1;220;12;29;22;1;17;-23;0;2;245;;;;2* 48;;aac;;;;**;;tgc ;0;230;11;30;23;3;12;-24;0;0;408;;;;tRNA 5s;;;;;;15;;gga ;1;240;15;19;24;1;13;-25;0;1;111;;;;336;;ttc;;;;7;;atc ;1;250;14;14;25;1;19;-26;0;2;64;;;;14;;aac;;;;**;;gca 1;0;260;14;16;26;2;10;-27;1;0;69;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;21;;cga ;2;270;11;10;27;3;17;-28;0;1;65;;;;7;;gca atc;;;;28;;gga ;1;280;6;8;28;3;13;-29;0;5;95;;;;3;;gca atc;;;;4;;aaa ;0;290;9;10;29;2;12;-30;0;0;61;;;;;;;;;;4;;caa ;1;300;11;21;30;3;14;-31;0;1;125;;;;;;;;;;5;;cac 1;0;310;4;7;31;2;11;-32;0;1;;;;;;;;;;;3;;aag ;0;320;5;7;32;2;5;-33;0;0;;;;;;;;;;;6;;aga ;1;330;5;11;33;4;11;-34;0;0;;;;;;;;;;;4;;gga ;0;340;11;5;34;0;8;-35;0;2;;;;;;;;;;;21;;cca 1;0;350;4;9;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;;;;5;;aag ;0;360;2;12;36;3;8;-37;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga ;0;370;6;8;37;2;11;-38;0;0;;;;;;;;;;;5;;gga ;1;380;6;7;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;3;;ggc ;0;390;1;6;39;7;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;22;;cta ;0;400;5;4;40;2;12;-41;0;1;;;;;;;;;;;4;;aaa 2;1;reste;52;62;reste;483;1145;-42;0;0;;;;;;;;;;;4;;caa 11;31;total;540;1775;total;540;1775;-43;0;0;;;;;;;;;;;5;;cac 9;30;diagr;487;1703;diagr;56;620;-44;0;1;;;;;;;;;;;5;;aag 0;0; t30;32;530;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;5;;aga ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;5;;gga ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;6;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;**;;cca ;x;539;9;1;549;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;39;;tac ;c;1765;167;10;1942;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;8;;gta ;;;;;2491;147;;reste;0;0;;;;;;;;;;;4;;tac ;;;;;;2638;;total;9;167;;;;;;;;;;;**;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;144;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;23;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;tca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tca </pre> =====cbn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires_aas|cbn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;20118;20459;206;*; ;;tRNA;20666;20741;214;*;acg fin;;CDS;20956;21813;;; deb;comp;CDS;34861;36105;307;*; ;;tRNA;36413;36487;12;*;gaa ;;tRNA;36500;36575;13;*;gta ;;tRNA;36589;36665;5;*;gac ;;tRNA;36671;36746;18;*;aca ;;tRNA;36765;36839;12;*;gaa ;;tRNA;36852;36927;13;*;gta ;;tRNA;36941;37017;5;*;gac ;;tRNA;37023;37098;106;*;aca fin;comp;CDS;37205;38164;;; deb;comp;CDS;135851;137197;168;*; ;comp;tRNA;137366;137441;131;*;cca fin;comp;CDS;137573;137743;;0; deb;;CDS;161395;161805;158;*; ;;tRNA;161964;162052;5;*;tta ;;tRNA;162058;162133;5;*;atgf ;;tRNA;162139;162215;46;*;atgj ;;tRNA;162262;162350;5;*;tta ;;tRNA;162356;162431;30;*;atgf ;;tRNA;162462;162538;46;*;atgj ;;tRNA;162585;162673;5;*;tta ;;tRNA;162679;162754;480;*;atgf fin;comp;CDS;163235;163759;;0; deb;;CDS;174610;176142;115;*; ;;tRNA;176258;176332;275;*;aac fin;;CDS;176608;177999;;; deb;;CDS;178351;179727;453;*; ;;rRNA;180181;181692;237;*;16s ;;rRNA;181930;184833;48;*;23s ;;tRNA;184882;184956;14;*;aac ;;rRNA;184971;185087;7;*;5s ;;tRNA;185095;185169;435;*;aac fin;comp;CDS;185605;186639;;0; deb;;CDS;221558;222268;140;*; ;;tRNA;222409;222484;106;*;aac fin;;CDS;222591;223772;;; deb;;CDS;577193;578356;60;*; ;comp;tRNA;578417;578492;67;*;cag fin;comp;CDS;578560;579072;;; deb;comp;CDS;943937;944485;261;*; ;comp;tRNA;944747;944833;348;*;ttg fin;;CDS;945182;945985;;; deb;;CDS;954881;955486;59;*; ;;tRNA;955546;955630;82;*;ctt fin;;CDS;955713;956147;;; deb;;CDS;1025682;1026566;379;*; ;;tRNA;1026946;1027021;17;*;gta ;;tRNA;1027039;1027115;14;*;gac ;;tRNA;1027130;1027205;4;*;ttc ;;tRNA;1027210;1027284;8;*;ggc ;;tRNA;1027293;1027367;57;*;tgc ;;tRNA;1027425;1027499;265;*;tgc fin;;CDS;1027765;1027989;;; deb;;CDS;1679540;1680001;6;*; ;comp;gene;1680008;1681575;128;*; fin;comp;CDS;1681704;1683125;;; deb;;CDS;1865810;1866349;45;*; ;;gene;1866395;1867531;88;*; fin;comp;CDS;1867620;1868972;;; deb;;CDS;2029941;2030711;104;*; ;comp;tRNA;2030816;2030890;48;*;aac ;comp;rRNA;2030939;2033841;97;*;23s ;comp;tRNA;2033939;2034015;7;*;atc ;comp;tRNA;2034023;2034098;124;*;gca ;comp;rRNA;2034223;2035730;423;*;16s fin;comp;CDS;2036154;2036600;;; deb;comp;CDS;2149914;2150375;128;*; ;comp;rRNA;2150504;2150620;34;*;5s ;comp;rRNA;2150655;2153559;237;*;23s ;comp;rRNA;2153797;2155304;424;*;16s fin;comp;CDS;2155729;2156664;;0; deb;;CDS;2168490;2168942;590;*; ;comp;rRNA;2169533;2169641;35;*;5s ;comp;rRNA;2169677;2172578;237;*;23s ;comp;rRNA;2172816;2174327;111;*;16s fin;;CDS;2174439;2174690;;; deb;;CDS;2281037;2283634;144;*; ;comp;rRNA;2283779;2283884;98;*;5s ;comp;rRNA;2283983;2286885;237;*;23s ;comp;rRNA;2287123;2288634;111;*;16s deb;;CDS;2288746;2288985;117;*; ;comp;tRNA;2289103;2289176;15;*;gga ;comp;tRNA;2289192;2289268;7;*;atc ;comp;tRNA;2289276;2289351;233;*;gca fin;comp;CDS;2289585;2290127;;0; deb;comp;CDS;2349136;2350398;199;*; ;comp;tRNA;2350598;2350674;21;*;cga ;comp;tRNA;2350696;2350769;28;*;gga ;comp;tRNA;2350798;2350873;4;*;aaa ;comp;tRNA;2350878;2350952;4;*;caa ;comp;tRNA;2350957;2351032;5;*;cac ;comp;tRNA;2351038;2351112;3;*;aag ;comp;tRNA;2351116;2351192;6;*;aga ;comp;tRNA;2351199;2351272;4;*;gga ;comp;tRNA;2351277;2351352;21;*;cca ;comp;tRNA;2351374;2351449;5;*;aag ;comp;tRNA;2351455;2351531;5;*;aga ;comp;tRNA;2351537;2351610;5;*;gga ;comp;tRNA;2351616;2351690;3;*;ggc ;comp;tRNA;2351694;2351777;22;*;cta ;comp;tRNA;2351800;2351875;4;*;aaa ;comp;tRNA;2351880;2351954;4;*;caa ;comp;tRNA;2351959;2352034;5;*;cac ;comp;tRNA;2352040;2352115;5;*;aag ;comp;tRNA;2352121;2352197;5;*;aga ;comp;tRNA;2352203;2352276;5;*;gga ;comp;tRNA;2352282;2352356;6;*;ggc ;comp;tRNA;2352363;2352438;73;*;cca fin;comp;CDS;2352512;2352910;;; deb;comp;CDS;2430767;2432488;295;*; ;comp;tRNA;2432784;2432859;58;*;tgg fin;comp;CDS;2432918;2433805;;0; deb;comp;CDS;2453380;2454555;324;*; ;comp;tRNA;2454880;2454964;39;*;tac ;comp;tRNA;2455004;2455079;8;*;gta ;comp;tRNA;2455088;2455172;4;*;tac ;comp;tRNA;2455177;2455252;255;*;aca fin;;CDS;2455508;2456227;;; deb;comp;CDS;2696774;2697664;138;*; ;comp;rRNA;2697803;2697911;34;*;5s ;comp;rRNA;2697946;2700846;237;*;23s ;comp;rRNA;2701084;2702595;423;*;16s deb;comp;CDS;2703019;2703762;183;*; ;comp;tRNA;2703946;2704021;311;*;aaa ;comp;tRNA;2704333;2704408;13;*;ttc ;comp;rRNA;2704422;2704530;336;*;5s ;comp;tRNA;2704867;2704942;15;*;ttc ;comp;rRNA;2704958;2705064;100;*;5s ;comp;rRNA;2705165;2708065;237;*;23s ;comp;rRNA;2708303;2709810;346;*;16s fin;comp;CDS;2710157;2711029;;; deb;comp;CDS;2720030;2721172;80;*; ;comp;tRNA;2721253;2721328;5;*;aaa ;comp;rRNA;2721334;2721450;98;*;5s ;comp;rRNA;2721549;2724451;237;*;23s ;comp;rRNA;2724689;2726199;393;*;16s fin;comp;CDS;2726593;2727531;;; deb;comp;CDS;2730964;2731656;245;*; ;comp;tRNA;2731902;2731976;61;*;gag ;comp;tRNA;2732038;2732112;6;*;caa ;comp;tRNA;2732119;2732195;4;*;aga ;comp;tRNA;2732200;2732273;19;*;gga ;comp;tRNA;2732293;2732376;16;*;cta ;comp;tRNA;2732393;2732467;4;*;gaa ;comp;rRNA;2732472;2732588;100;*;5s ;comp;rRNA;2732689;2735591;95;*;23s ;comp;tRNA;2735687;2735763;3;*;atc ;comp;tRNA;2735767;2735842;77;*;gca ;comp;rRNA;2735920;2737431;402;*;16s fin;comp;CDS;2737834;2738727;;; deb;comp;CDS;2740228;2741853;408;*; ;comp;tRNA;2742262;2742351;111;*;tcc deb;comp;CDS;2742463;2743155;64;*; ;comp;tRNA;2743220;2743312;69;*;tcg deb;comp;CDS;2743382;2743825;65;*; ;comp;tRNA;2743891;2743967;130;*;agg fin;;CDS;2744098;2744829;;; deb;comp;CDS;2746633;2748438;95;*; ;comp;tRNA;2748534;2748610;144;*;cgt ;comp;tRNA;2748755;2748845;23;*;agc ;comp;tRNA;2748869;2748959;69;*;tca ;comp;tRNA;2749029;2749119;61;*;tca fin;comp;CDS;2749181;2750461;;; deb;comp;CDS;2758098;2758562;125;*; ;comp;tRNA;2758688;2758763;4;*;gca ;comp;tRNA;2758768;2758844;3;*;atgi ;comp;rRNA;2758848;2758964;76;*;5s ;comp;rRNA;2759041;2761941;237;*;23s ;comp;rRNA;2762179;2763690;369;*;16s fin;comp;CDS;2764060;2766609;;; </pre> ====cbn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_entre_cds|cbn intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cbn;2.2.21 Paris;;cbn 31.1.14;;;;;;; cbn;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;176;7.1;'''négatif ;-11;10;-1 à -47;'''2 773 157;-1;176 ;'''zéro;11;0.4;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1767;70.9;'''0 à 200;71;60;;'''313 764;5;116 ;'''201 à 370;394;15.8;'''201 à 370;266;48;;'''11.3%;10;66 ;'''371 à 600;117;4.7;'''371 à 600;464;65;;;15;121 ;'''601 à max;26;1.0;'''601 à 1028;810;204;;;20;93 ;'''total 2491;<201;78.4;'''total 2491;125;141;-47 à 1443;;25;87 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;79 624731;1443;-1;176;-70;0;;0;11;35;50 834812;1270;0;11;-60;0;;-1;°34;40;64 1909773;1149;1;°38;-50;0;;-2;0;45;44 1395656;1025;2;°32;-40;4;;-3;0;50;50 1366434;952;3;15;-30;4;'''min à -1;-4;°28;55;60 2662601;856;4;14;-20;21;176;-5;0;60;35 1385645;836;5;°17;-10;47;7.1%;-6;1;65;56 754437;826;6;13;0;111;;-7;5;70;41 1803918;777;7;12;10;182;;-8;°31;75;32 1826878;759;8;9;20;214;;-9;1;80;38 1307165;753;9;11;30;166;;-10;6;85;35 627889;751;10;°21;40;114;'''1 à 100;-11;°15;90;37 1388755;748;11;22;50;94;1190;-12;1;95;40 2579132;747;12;°32;60;95;47.8%;-13;2;100;46 1789056;745;13;22;70;97;;-14;°7;105;28 1830367;730;14;22;80;70;;-15;0;110;26 841754;723;15;°23;90;72;;-16;3;115;35 1855513;710;16;21;100;86;;-17;°11;120;31 2136552;703;17;17;110;54;;-18;0;125;41 390878;696;18;°20;120;66;;-19;2;130;33 943107;680;19;15;130;74;;-20;°7;135;25 2674137;655;20;20;140;54;;-21;1;140;29 1095841;652;21;°20;150;61;;-22;1;145;30 2644575;626;22;18;160;52;;-23;°2;150;31 261153;625;23;15;170;64;'''1 à 200;-24;0;155;21 1887215;619;24;14;180;52;1767;-25;1;160;31 2676061;600;25;°20;190;54;70.9%;-26;°2;5;34 2443011;582;26;12;200;46;;-27;1;170;30 1811650;581;27;°20;210;38;;-28;1;175;27 1933429;576;28;16;220;41;;-29;°5;180;25 1797999;574;29;14;230;41;;-30;0;185;23 2550424;574;30;°17;240;34;;-31;1;190;31 2050753;573;31;13;250;28;;-32;1;195;23 923904;572;32;7;260;30;'''0 à 200;;181;200;23 313619;570;33;°15;270;21;1778;reste;6;205;19 1471664;569;34;8;280;14;;total;187;210;19 1133306;567;35;7;290;19;;;;215;17 262285;563;36;11;300;32;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;24 ;;37;°13;310;11;;600;2465;225;25 ;;38;9;320;12;;620;1;230;16 ;;39;°17;330;16;;640;2;235;17 ;;40;14;340;16;'''201 à 370;660;2;240;17 ;;reste;1628;350;13;394;680;1;245;15 ;;total;2491;360;14;15.8%;700;1;250;13 ;;;;370;14;;720;2;255;15 ;;;;380;13;;740;2;260;15 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;7;;760;6;265;10 1144166;-47;shift 2;1795;400;9;;780;1;270;11 369225;-46;shift 2;3395;410;5;;800;0;275;9 1579583;-44;shift 2;487;420;6;;820;0;280;5 430053;-41;;;430;3;;840;2;285;9 1494403;-35;;;440;2;;860;1;290;10 1957540;-35;;;450;8;;880;0;295;15 733250;-32;;;460;6;;900;0;300;17 271633;-31;;;470;5;;920;0;305;6 913392;-29;;;480;5;;940;0;310;5 1503608;-29;;;490;6;;960;1;315;9 1620962;-29;;;500;7;;980;0;320;3 1725747;-29;;;510;6;;1000;0;325;13 1823162;-29;;;520;1;;1020;0;330;3 2449289;-28;;;530;1;'''371 à 600;1040;1;335;5 1086603;-27;;;540;11;117;1060;0;340;11 783920;-26;;;550;2;4.7%;1080;0;345;4 2471206;-26;;;560;2;;1100;0;350;9 2107067;-25;;;570;4;'''601 à max;1120;0;355;10 292336;-23;;;580;5;26;1140;0;360;4 2553714;-23;;;590;2;1.0%;1160;1;365;8 2686151;-22;;;600;1;;;24;370;6 1577865;-21;;;reste;26;;reste;2;reste;143 500363;-20;;;total;2491;;total;2491;total;2491 </pre> ====cbn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;15;-107;126;33;450;238;max50;&-50;394;-1048;106;855;263;min50 31 à 400;;;;;;;;&8.8;-32;-123;49;932;121;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;86;43;-;424;dte;26;tf;&184;63;-;652;poly;203;SF 31 à 400;;;-;;;;;&120;45;-;891;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.731;0.543;0.505;;;;;-0.382;;;;;; 1-n;0.271;-0.222;-0.114;;;;;;;;;14.8.21 paris;; cbn;fx;fc;;cbn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbn;Sx-;Sc- 0;1;10;;0;2;6;0;1;10;>0;543;-1;0;34 10;10;172;;10;20;101;1;1;37;<0;9;-2;0;0 20;3;211;;20;6;124;2;1;31;zéro;1;-3;0;0 30;19;147;;30;39;86;3;2;13;total;553;-4;0;28 40;24;90;;40;49;53;4;2;12;;c;-5;0;0 50;34;60;;50;70;35;5;0;17;>0;1763;-6;1;0 60;28;67;;60;57;39;6;0;13;<0;167;-7;0;5 70;26;71;;70;53;42;7;1;11;zéro;10;-8;1;30 80;17;53;;80;35;31;8;0;9;total;1940;-9;1;0 90;13;59;;90;27;35;9;1;10;;;-10;0;6 100;18;68;;100;37;40;10;2;19;total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reste;54;62;;;;;reste;487;1143;;;-42;0;0 total;544;1773;;t30;65;312;total;544;1773;;;-43;0;0 diagr;489;1701;;;;;diagr;56;620;;;-44;0;1 - t30;457;1171;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;9;167 </pre> ====cbn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_négatifs_S-|cbn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;;;1;;;1;;2;1;;;;;1;;;;1;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;0;8 continu;34;0;0;28;0;0;5;31;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;168 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;2;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9 ;Sc-;34;0;0;28;0;0;5;30;0;6;13;0;2;7;0;3;10;0;2;7;0;1;2;0;1;2;0;1;5;0;1;1;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;167 </pre> ====cbn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_autres_intercalaires|cbn autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;20118;206;comp;;deb;°CDS;1865810;45;;;deb;°CDS;2453380;324;comp ;&tRNA;20666;214;;;;gene;1866395;88;;;;&tRNA;2454880;39;comp fin;°CDS;20956;;;;fin;°CDS;1867620;;comp;;;&tRNA;2455004;8;comp deb;°CDS;34861;307;comp;;deb;°CDS;2029941;104;;;;&tRNA;2455088;4;comp ;&tRNA;36413;12;;;;&tRNA;2030816;48;comp;;;&tRNA;2455177;255;comp ;&tRNA;36500;13;;;;$rRNA;2030939;97;comp;;fin;°CDS;2455508;; ;&tRNA;36589;5;;;;&tRNA;2033939;7;comp;;deb;°CDS;2696774;138;comp ;&tRNA;36671;18;;;;&tRNA;2034023;124;comp;;;$rRNA;2697803;34;comp ;&tRNA;36765;12;;;;$rRNA;2034223;423;comp;;;$rRNA;2697946;237;comp ;&tRNA;36852;13;;;fin;°CDS;2036154;;comp;;;$rRNA;2701084;423;comp ;&tRNA;36941;5;;;deb;°CDS;2149914;128;comp;;deb;°CDS;2703019;183;comp ;&tRNA;37023;106;;;;$rRNA;2150504;34;comp;;;&tRNA;2703946;311;comp fin;°CDS;37205;;comp;;;$rRNA;2150655;237;comp;;;&tRNA;2704333;13;comp deb;°CDS;135851;168;comp;;;$rRNA;2153797;424;comp;;;$rRNA;2704422;336;comp ;&tRNA;137366;131;comp;;fin;°CDS;2155729;;comp;;;&tRNA;2704867;15;comp fin;°CDS;137573;;comp;;deb;°CDS;2168490;590;;;;$rRNA;2704958;100;comp deb;°CDS;161395;158;;;;$rRNA;2169533;35;comp;;;$rRNA;2705165;237;comp ;&tRNA;161964;5;;;;$rRNA;2169677;237;comp;;;$rRNA;2708303;346;comp ;&tRNA;162058;5;;;;$rRNA;2172816;111;comp;;fin;°CDS;2710157;;comp ;&tRNA;162139;46;;;fin;°CDS;2174439;;;;deb;°CDS;2720030;80;comp ;&tRNA;162262;5;;;deb;°CDS;2281037;144;;;;&tRNA;2721253;5;comp ;&tRNA;162356;30;;;;$rRNA;2283779;98;comp;;;$rRNA;2721334;98;comp ;&tRNA;162462;46;;;;$rRNA;2283983;237;comp;;;$rRNA;2721549;237;comp ;&tRNA;162585;5;;;;$rRNA;2287123;111;comp;;;$rRNA;2724689;393;comp ;&tRNA;162679;480;;;deb;°CDS;2288746;117;comp;;fin;°CDS;2726593;;comp fin;°CDS;163235;;comp;;;&tRNA;2289103;15;comp;;deb;°CDS;2730964;245;comp deb;°CDS;174610;115;;;;&tRNA;2289192;7;comp;;;&tRNA;2731902;61;comp ;&tRNA;176258;275;;;;&tRNA;2289276;233;comp;;;&tRNA;2732038;6;comp fin;°CDS;176608;;;;fin;°CDS;2289585;;comp;;;&tRNA;2732119;4;comp deb;°CDS;178351;453;;;deb;°CDS;2349136;199;comp;;;&tRNA;2732200;19;comp ;$rRNA;180181;237;;;;&tRNA;2350598;21;comp;;;&tRNA;2732293;16;comp ;$rRNA;181930;48;;;;&tRNA;2350696;28;comp;;;&tRNA;2732393;4;comp ;&tRNA;184882;14;;;;&tRNA;2350798;4;comp;;;$rRNA;2732472;100;comp ;$rRNA;184971;7;;;;&tRNA;2350878;4;comp;;;$rRNA;2732689;95;comp ;&tRNA;185095;435;;;;&tRNA;2350957;5;comp;;;&tRNA;2735687;3;comp fin;°CDS;185605;;comp;;;&tRNA;2351038;3;comp;;;&tRNA;2735767;77;comp deb;°CDS;221558;140;;;;&tRNA;2351116;6;comp;;;$rRNA;2735920;402;comp ;&tRNA;222409;106;;;;&tRNA;2351199;4;comp;;fin;°CDS;2737834;;comp fin;°CDS;222591;;;;;&tRNA;2351277;21;comp;;deb;°CDS;2740228;408;comp deb;°CDS;577193;60;;;;&tRNA;2351374;5;comp;;;&tRNA;2742262;111;comp ;&tRNA;578417;67;comp;;;&tRNA;2351455;5;comp;;deb;°CDS;2742463;64;comp fin;°CDS;578560;;comp;;;&tRNA;2351537;5;comp;;;&tRNA;2743220;69;comp deb;°CDS;943937;261;comp;;;&tRNA;2351616;3;comp;;deb;°CDS;2743382;65;comp ;&tRNA;944747;348;comp;;;&tRNA;2351694;22;comp;;;&tRNA;2743891;130;comp fin;°CDS;945182;;;;;&tRNA;2351800;4;comp;;fin;°CDS;2744098;; deb;°CDS;954881;59;;;;&tRNA;2351880;4;comp;;deb;°CDS;2746633;95;comp ;&tRNA;955546;82;;;;&tRNA;2351959;5;comp;;;&tRNA;2748534;144;comp fin;°CDS;955713;;;;;&tRNA;2352040;5;comp;;;&tRNA;2748755;23;comp deb;°CDS;1025682;379;;;;&tRNA;2352121;5;comp;;;&tRNA;2748869;69;comp ;&tRNA;1026946;17;;;;&tRNA;2352203;5;comp;;;&tRNA;2749029;61;comp ;&tRNA;1027039;14;;;;&tRNA;2352282;6;comp;;fin;°CDS;2749181;;comp ;&tRNA;1027130;4;;;;&tRNA;2352363;73;comp;;deb;°CDS;2758098;125;comp ;&tRNA;1027210;8;;;fin;°CDS;2352512;;comp;;;&tRNA;2758688;4;comp ;&tRNA;1027293;57;;;deb;°CDS;2430767;295;comp;;;&tRNA;2758768;3;comp ;&tRNA;1027425;265;;;;&tRNA;2432784;58;comp;;;$rRNA;2758848;76;comp fin;°CDS;1027765;;;;fin;°CDS;2432918;;comp;;;$rRNA;2759041;237;comp deb;°CDS;1679540;6;;;;;;;;;;$rRNA;2762179;369;comp ;gene;1680008;128;comp;;;;;;;;fin;°CDS;2764060;;comp fin;°CDS;1681704;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbn intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_tRNA-cds|cbn intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbn;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls comp’;206;;214;;59;58;; comp’;307;comp’;106;;64;61;'''deb; ;168;;131;;65;67;<201;12 ;158;comp’;480;;80;69;total;18 ;115;;275;;98;73;taux;67% ;;comp’;435;;115;82;; ;140;;106;;125;106;'''fin; comp’;60;;67;;140;111;<201;9 ;261;comp’;348;;158;131;total;12 ;59;;82;;168;214;taux;75% ;379;;265;;183;265;; comp’;104;;;;199;275;'''total; ;199;;73;;245;;<201;21 ;295;;58;;261;;total;30 ;324;comp’;255;;295;;taux;70% ;183;;;;324;;; ;80;;;;379;;; ;245;;;;408;;'''comp’;'''cumuls ;408;;111;;60;106;'''deb;2 ;64;;69;;104;130;;4 ;65;comp’;130;;206;255;'''fin;2 ;98;;61;;307;348;;6 ;125;;;;'''-;435;'''total; ;;;;;'''-;480;<201;4 ;;;;;;;total;10 ;;;;;;;taux;40% ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;14;11;25;;;; ;total;22;18;40;;;; ;taux;64%;61%;63%;;;; </pre> ===cle=== ====cle opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_opérons|cle opérons]] <pre> 34.3%GC;30.6.19 Paris;16s 11;104;doubles;intercalaires;; ;Clostridium lentocellum DSM 5427;;;;;; ;10157..10246;;agc;@1;202;; ;10449..11981;;16s;;72;; ;12054..12171;;5s;;4;; ;12176..12248;;gca;;262;; ;12511..15414;;23s;;55;; ;15470..15543;;gac;;61;;61 ;15605..15677;;gta;;7;;7 ;15685..15757;;aca;;34;;34 ;15792..15872;;tac;;12;;12 ;15885..15961;;atgj;;3;;3 ;15965..16040;;ttc;;3;;3 ;16044..16116;;aaa;;;; ;;;;;30118;; ;46235..47767;;16s;@3;21284;; ;;;;;;; ;69052..71964;;23s;;;; ;;;;;4873;; ;76838..78371;;16s;;72;; ;78444..78561;;5s;;5;; ;78567..78639;;gca;;282;; ;78922..81829;;23s;;;; ;;;;;904;; ;82734..82851;;5s;;4;; ;82856..82928;;ggc;;;; ;;;;;1463;; ;84392..85929;;16s;;72;; ;86002..86119;;5s;;4;; ;86124..86196;;gca;;280;; ;86477..89386;;23s;;;; ;;;;;7380;; ;96767..96884;;5s;;89;; ;96974..97047;;ggc;;;; ;;;;;5082;; ;102130..102204;;cag;;;; ;;;;;;; ;104716..104799;;tta;;13;13; ;104813..104898;;tca;;;; ;;;;;;; ;141499..143034;;16s;;138;; ;143173..143290;;5s;;7;; ;143298..143374;;atc; ;258;; ;143633..146538;;23s;;;; ;;;;;;; ;150968..151085;;5s;@4;4;; ;151090..151161;;gaa;;457;; ;151619..153160;;16s;;605;; ;153766..156671;;23s;;475;; ;157147..157219;;aaa;;9;;9 ;157229..157299;;gga;;6;;6 ;157306..157379;;aga;;;; ;;;;;4223;; ;161603..161720;;5s;;4;; ;161725..161797;;ggc;;;; ;;;;;11104;; ;172902..172973;;gaa;;23;23; ;172997..173071;;cca;;45;45; ;173117..173189;;aaa;;11;11; ;173201..173274;;gac;;56;56; ;173331..173403;;gta;;7;7; ;173411..173494;;tta;;187;187; ;173682..173754;;aca;;26;26; ;173781..173861;;tac;;10;10; ;173872..173948;;atgj;;31;31; ;173980..174052;;ttc;;;; ;;;;;248498;; ;422551..424086;;16s;;;; ;;;;;113898;; ;537985..540890;;23s;;;; ;;;;;25153;; ;566044..566117;;cac;;23;23; ;566141..566212;;caa;;32;32; ;566245..566330;;tca;;;; ;;;;;;; ;571984..573519;;16s;;72;; ;573592..573709;;5s;;4;; ;573714..573786;;gca;;282;; ;574069..576975;;23s;;;; ;;;;;25302;; ;602278..603812;;16s;;137;; ;603950..604067;;5s;;;; ;;;;;11014;; ;615082..617987;;23s;;;; ;;;;;21159;; ;639147..639362;;16s°;@5;;; ;;;;;98139;; ;737502..737619;;5s;;4;; ;737624..737696;;ggc;;;; ;;;;;3291;; ;740988..741058;;gga;;;; ;;;;;;; ;759839..759920;;cta;;;; ;;;;;;; ;911999..912083;;ctt;+;148;148; ;912232..912316;;ctt;2 ctt;;; ;;;;;;; ;1035192..1035265;;cga;;;; ;;;;;;; ;1061152..1061225;;agg;;;; ;;;;;;; comp;1136376..1136448;;ccc;;;; ;;;;;;; ;1229184..1230718;;16s;@2;72;; ;1230791..1230908;;5s;;7;; ;1230916..1230989;;atc;;53;;53 ;1231043..1231115;;gca;;261;; ;1231377..1234282;;23s;;110;; ;1234393..1234464;;aac;+;9;;9 ;1234474..1234545;;gaa;2 tgc ;6;;6 ;1234552..1234622;;tgc;2 aac;23;;23 ;1234646..1234717;;aac;;58;;58 ;1234776..1234846;;tgc;;;; ;;;;;;; ;1280211..1280283;;atgf;;;; ;;;;;;; ;1283250..1283320;;gga;+;5;5; ;1283326..1283399;;aga;2 gga;5;5; ;1283405..1283478;;cac;2 aga;31;31; ;1283510..1283581;;caa;2 caa;23;23; ;1283605..1283677;;aaa;;30;30; ;1283708..1283792;;cta;;23;23; ;1283816..1283886;;gga;;5;5; ;1283892..1283965;;aga;;6;6; ;1283972..1284043;;caa;;;; ;;;;;;; ;1299560..1299632;;ggc;;4;4; ;1299637..1299711;;cca;;;; ;;;;;;; ;1346208..1346290;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1363346..1363428;;ctg;;;; ;;;;;;; ;1515234..1515305;;gaa;;62;62; ;1515368..1515442;;cca;;22;22; ;1515465..1515537;;aaa;;;; ;;;;;;; ;1597292..1597364;;acg;;;; ;;;;;;; ;1611976..1612042;;acg;;;; ;;;;;;; ;2065352..2065425;;ata;;;; ;;;;;;; comp;2090478..2090550;;acc;;;; ;;;;;;; ;2394421..2394501;;tac;;3;3; ;2394505..2394577;;ttc;;;; ;;;;;;; ;2592342..2592422;;ttg;;;; ;;;;;;; ;2606024..2606104;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;2737232..2737304;;gcc;;;; ;;;;;;; comp;2798802..2798874;;aag;;;; ;;;;;;; comp;2881571..2881642;;gag;;;; ;;;;;;; comp;3215471..3215545;;cca;;;; ;;;;;;; comp;3252582..3252655;;atgj;;7;7; comp;3252663..3252735;;gta;;4;4; comp;3252740..3252813;;gac;;10;10; comp;3252824..3252896;;tgg;;20;20; comp;3252917..3252988;;aac;;;; ;;;;;683;; comp;3253672..3253748;;atgj;;7;;7 comp;3253756..3253828;;gta;;9;;9 comp;3253838..3253910;;tgg;;18;;18 comp;3253929..3254000;;aac;;60;; comp;3254061..3256967;;23s;;;; ;;;;;362637;; comp;3619605..3619677;;aca;+;4;;4 comp;3619682..3619755;;cgt;2 cgt;50;;50 comp;3619806..3619879;;cgt;2 aca;27;;27 comp;3619907..3619990;;tta;;3;;3 comp;3619994..3620069;;gta;;47;;47 comp;3620117..3620190;;gac;;22;;22 comp;3620213..3620289;;atgi;;23;;23 comp;3620313..3620385;;aca;;14;;14 comp;3620400..3620471;;gaa;;9;;9 comp;3620481..3620552;;aac;;110;; comp;3620663..3623568;;23s;;261;; comp;3623830..3623902;;gca;;53;;53 comp;3623956..3624029;;atc;;7;; comp;3624037..3624154;;5s;;72;; comp;3624227..3625761;;16s;;149;; comp;3625911..3625999;;tcc;;33;;33 comp;3626033..3626118;;tca;;;; ;;;;;;; comp;3714637..3714709;;gta;;1;1; comp;3714711..3714787;;atgj;;;; </pre> ====cle cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_cumuls|cle cumuls]] <pre> cle cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;19;1;1;0 ;16 5 aa 23;5;20;14;15 ;16 5 atc gca;2;40;10;6 ;solo;11;60;2;5 ;max a;14;80;1;1 ;a doubles;2;100;0;0 ;indéterminé;1;120;0;0 ;total aas;46;140;0;0 sans ;opérons;29;160;1;0 ;1 aa;19;180;0;0 ;max a;10;200;1;0 ;a doubles;2;;0;0 ;total aas;59;;30;27 total aas;;105;;; remarques;;5;;; avec jaune;;;moyenne;29; ;;;variance;41; sans jaune;;;moyenne;19;22 ;;;variance;16;19 </pre> ====cle blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_blocs|cle blocs]] <pre> cle blocs;;; Solitaires;;; 16s;*2;16s°;@5 ;;; 23s;*3;; ;;; 5s;3*4;89; ggc;;; ;;; aac;60;; 23s;;; ;;; 16s;137;; 5s;;; ;;; 16s;72;72;72 5s;5;4;4 gca;282;280;282 23s;;; ;;; ;;agc;202 16s;138;16s;72 5s;7;5s;4 atc;258;gca;262 23s;;23s;55 ;;gac;61 ;;; ;;; ;;aac;110 16s;72;23s;261 5s;7;gca;53 atc;53;atc;7 gca;261;5s;72 23s;110;16s;149 aac;9;tcc;33 ;;; ;;; 5s;4;;@4 gaa;457;; 16s;605;; 23s;475;; aaa;9;; </pre> ====cle distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_distribution|cle distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;après 16s;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;1-3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;(atcgca)2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;aaa;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gca4;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;aga;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;atc1;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;gga;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;4;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;après 5s;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;16s5saa23s;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;4 ggc;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;gaa;tta;1;tca;;taa;;tga; ata;1;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;3;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;1;;cta;1;cca;3;caa;3;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;cgt2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;3;gca;;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga;;ctt2;gta;3;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;2;aag;1;agg;1;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;16s5saa23s;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total cle;;19;;;;;19;;cle;38;;;;;;38;;cle;2;;;;;;2;;cle;;;;26;3;9;26 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8 1-3aas;;; </pre> ====cle données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_données_intercalaires|cle données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;tRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cle;fx;fc;cle;fx40;fc40;cle;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;35;0;0;35;-1;0;78;421;212;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;278;1;0;56;-2;0;0;121;409;437;347;6* 79;;;61;;gac;13;;tta ;0;20;6;387;2;0;50;-3;0;0;275;214;643;;146;;;7;;gta;**;;tca ;1;30;5;213;3;0;36;-4;8;107;757;50;302;;144;;;34;;aca;23;;gaa ;0;40;12;144;4;2;24;-5;0;1;262;622;325;;16s 23s;;;12;;tac;45;;cca 1;1;50;21;85;5;2;20;-6;1;0;487;66;602;;613;;;3;;atgj;11;;aaa ;1;60;27;93;6;1;8;-7;0;10;207;224;331;;5s tRNA;;;3;;ttc;56;;gac 1;1;70;20;88;7;1;7;-8;1;72;92;142;323;;3* 4;;gca;**;;aaa;7;;gta ;1;80;37;104;8;2;12;-9;0;0;289;264;5s CDS;;5;;gca;9;;aaa;187;;tta 1;0;90;35;84;9;1;30;-10;0;5;489;142;301;;89;;ggc;6;;gga;26;;aca ;4;100;29;82;10;0;35;-11;1;41;125;405;16s CDS;;3* 7;;atc;**;;aga;10;;tac ;1;110;24;80;11;2;55;-12;0;0;322;227;695;228;4;;gaa;9;;aac;31;;atgj ;3;120;17;65;12;0;64;-13;1;7;121;454;CDS 23s;;3* 4;;ggc;6;;gaa;**;;ttc 1;5;130;26;79;13;2;39;-14;1;28;342;139;531;;tRNA 23s;;;23;;tgc;23;;cac 1;1;140;21;63;14;0;32;-15;1;0;44;445;563;;263;;gca;58;;aac;32;;caa 3;2;150;21;79;15;1;42;-16;1;2;61;195;407;;2* 283;;gca;**;;tgc;**;;tca 1;1;160;31;72;16;0;37;-17;0;12;231;154;23s CDS;;284;;gca;7;;atgj;148;;ctt ;0;170;26;55;17;0;36;-18;0;0;132;201;313;188;262;;atc;9;;gta;**;;ctt ;2;180;21;50;18;1;28;-19;0;2;75;527;237;260;2* 262;;gca;18;;tgg;5;;gga ;0;190;39;58;19;0;34;-20;1;14;125;409;299;;tRNA 16s;;;**;;aac;5;;aga 1;1;200;22;50;20;0;20;-21;0;0;112;149;357;;204;;agc;4;;aca;31;;cac 1;2;210;24;48;21;0;25;-22;1;2;91;87;188;;459;;gaa;50;;cgt;23;;caa 2;1;220;20;42;22;0;21;-23;0;8;53;125;336;;151;;tcc;27;;cgt;30;;aaa 2;1;230;25;28;23;0;24;-24;0;0;124;;CDS 5s;;23s tRNA;;;6;;tta;26;;cta ;2;240;13;30;24;0;24;-25;0;5;473;;335;228;56;;gac;47;;gta;5;;gga ;1;250;17;32;25;2;18;-26;1;9;141;;;343;476;;aaa;25;;gac;6;;aga ;0;260;15;41;26;0;18;-27;0;0;174;;;184;2* 111;;aac;23;;atgi;**;;caa 1;2;270;17;35;27;1;31;-28;0;1;198;;;301;61;;aac;14;;aca;4;;ggc ;1;280;14;26;28;0;18;-29;0;8;101;;;;tRNA tRNA;;intra;9;;gaa;**;;cca ;1;290;14;22;29;0;16;-30;0;0;238;;;;2* 53;;atc;**;;aac;62;;gaa ;0;300;14;29;30;2;18;-31;0;1;29;;;;**;;gca;33;;tcc;22;;cca ;1;310;10;21;31;3;21;-32;2;8;93;;;;;;;**;;tca;**;;aaa ;0;320;8;20;32;2;26;-33;0;0;223;;;;;;;;;;3;;tac ;2;330;5;7;33;0;10;-34;0;1;112;;;;;;;;;;**;;ttc ;0;340;11;14;34;2;7;-35;0;2;95;;;;;;;;;;7;;atgj ;1;350;4;12;35;2;9;-36;0;0;155;;;;;;;;;;4;;gta ;0;360;10;22;36;1;13;-37;0;0;523;;;;;;;;;;10;;gac ;0;370;6;14;37;1;19;-38;0;2;178;;;;;;;;;;20;;tgg ;0;380;10;9;38;1;15;-39;0;0;141;;;;;;;;;;**;;aac ;0;390;4;13;39;0;13;-40;0;0;116;;;;;;;;;;4;;gta ;0;400;6;6;40;0;11;-41;0;2;212;;;;;;;;;;**;;atgj 7;6;reste;83;185;reste;747;1843;-42;0;0;209;;;;;;;;;;;; 23;46;total;779;2900;total;779;2900;-43;0;0;329;;;;;;;;;;;; 16;40;diagr;696;2680;diagr;32;1022;-44;1;0;267;;;;;;;;;;;; 0;1; t30;20;878;;;;-45;0;0;249;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;310;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;779;21;0;800;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;; ;c;2865;441;35;3341;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;4141;273;;reste;0;10;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4414;;total;21;441;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cle autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cle_autres_intercalaires_aas|cle autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cle;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;8716;9735;421;*; ;;tRNA;10157;10246;204;*;agc ;;rRNA;10451;11974;79;*;1524 ;;rRNA;12054;12171;4;*;118 ;;tRNA;12176;12248;263;*;gca ;;rRNA;12512;15413;56;*;2902 ;;tRNA;15470;15543;61;*;gac ;;tRNA;15605;15677;7;*;gta ;;tRNA;15685;15757;34;*;aca ;;tRNA;15792;15872;12;*;tac ;;tRNA;15885;15961;3;*;atgj ;;tRNA;15965;16040;3;*;ttc ;;tRNA;16044;16116;121;*;aaa fin;;CDS;16238;16705;;; deb;;CDS;44432;45799;437;*; ;;rRNA;46237;47760;695;*;1524 fin;;CDS;48456;50240;;0; deb;;CDS;66902;68521;531;*; ;;rRNA;69053;71963;313;*;2911 fin;;CDS;72277;72981;;; deb;;CDS;72981;76196;643;*; ;;rRNA;76840;78364;79;*;1525 ;;rRNA;78444;78561;5;*;118 ;;tRNA;78567;78639;283;*;gca ;;rRNA;78923;81828;188;*;2906 deb;comp;CDS;82017;82505;228;*; ;;rRNA;82734;82851;4;*;118 ;;tRNA;82856;82928;275;*;ggc deb;;CDS;83204;84091;302;*; ;;rRNA;84394;85922;79;*;1529 ;;rRNA;86002;86119;4;*;118 ;;tRNA;86124;86196;284;*;gca ;;rRNA;86481;89385;237;*;2905 fin;;CDS;89623;90231;;; deb;comp;CDS;94411;96423;343;*; ;;rRNA;96767;96884;89;*;118 ;;tRNA;96974;97044;757;*;ggc fin;;CDS;97802;98497;;; deb;comp;CDS;101240;101917;212;*; ;;tRNA;102130;102201;409;*;cag fin;comp;CDS;102611;103510;;; deb;comp;CDS;103635;104501;214;*; ;;tRNA;104716;104799;13;*;tta ;;tRNA;104813;104898;262;*;tca fin;;CDS;105161;106408;;; deb;comp;CDS;135278;135838;80;*; ;comp;regulatory;135919;136018;495;*; fin;;CDS;136514;138715;;; deb;;CDS;140906;141175;325;*; ;;rRNA;141501;143026;146;*;1526 ;;rRNA;143173;143290;7;*;118 ;;tRNA;143298;143371;262;*;atc ;;rRNA;143634;146537;299;*;2904 fin;;CDS;146837;147139;;0; deb;;CDS;149226;150632;335;*; ;;rRNA;150968;151085;4;*;118 ;;tRNA;151090;151161;459;*;gaa ;;rRNA;151621;153153;613;*;1533 ;;rRNA;153767;156670;476;*;2904 ;;tRNA;157147;157219;9;*;aaa ;;tRNA;157229;157299;6;*;gga ;;tRNA;157306;157379;487;*;aga fin;;CDS;157867;158490;;; deb;comp;CDS;160912;161418;184;*; ;;rRNA;161603;161720;4;*;118 ;;tRNA;161725;161797;50;*;ggc fin;comp;CDS;161848;162624;;; deb;comp;CDS;162740;165070;522;*; ;;misc_b;165593;165910;56;*; fin;;CDS;165967;167493;;; deb;comp;CDS;171336;172279;622;*; ;;tRNA;172902;172973;23;*;gaa ;;tRNA;172997;173071;45;*;cca ;;tRNA;173117;173189;11;*;aaa ;;tRNA;173201;173274;56;*;gac ;;tRNA;173331;173403;7;*;gta ;;tRNA;173411;173494;187;*;tta ;;tRNA;173682;173754;26;*;aca ;;tRNA;173781;173861;10;*;tac ;;tRNA;173872;173948;31;*;atgj ;;tRNA;173980;174052;207;*;ttc fin;;CDS;174260;174673;;; deb;comp;CDS;190039;190368;288;*; ;;misc_b;190657;190881;79;*; fin;;CDS;190961;192721;;; deb;comp;CDS;421861;422205;347;*; ;;rRNA;422553;424078;228;*;1526 fin;comp;CDS;424307;425017;;0; deb;;CDS;459976;460971;367;*; ;;regulatory;461339;461464;137;*; fin;;CDS;461602;462906;;0; deb;comp;CDS;473892;474338;416;*; ;;regulatory;474755;474880;137;*; fin;;CDS;475018;476358;;; deb;;CDS;536211;537422;563;*; ;;rRNA;537986;540889;357;*;2904 fin;;CDS;541247;541735;;0; deb;;CDS;564995;565951;92;*; ;;tRNA;566044;566117;23;*;cac ;;tRNA;566141;566212;32;*;caa ;;tRNA;566245;566330;289;*;tca fin;;CDS;566620;567750;;; deb;;CDS;570670;571383;602;*; ;;rRNA;571986;573512;79;*;1527 ;;rRNA;573592;573709;4;*;118 ;;tRNA;573714;573786;283;*;gca ;;rRNA;574070;576974;187;*;2905 fin;;CDS;577162;578526;;; deb;;CDS;601262;601948;331;*; ;;rRNA;602280;603805;144;*;1526 ;;rRNA;603950;604067;301;*;118 fin;;CDS;604369;605106;;; deb;;CDS;614484;614675;407;*; ;;rRNA;615083;617986;260;*;2904 fin;comp;CDS;618247;619251;;0; deb;;CDS;685823;686155;210;*; ;;misc_b;686366;686632;51;*; fin;;CDS;686684;686965;;; deb;comp;CDS;736286;737200;301;*; ;;rRNA;737502;737619;4;*;118 ;;tRNA;737624;737696;489;*;ggc fin;;CDS;738186;738905;;; deb;;CDS;740293;740862;125;*; ;;tRNA;740988;741058;322;*;gga fin;;CDS;741381;742271;;; deb;;CDS;757105;759717;121;*; ;;tRNA;759839;759920;66;*;cta fin;comp;CDS;759987;760835;;0; deb;;CDS;786859;787458;71;*; ;;misc_b;787530;787823;195;*; fin;;CDS;788019;789995;;; deb;;CDS;825593;830971;885;*; ;;regulatory;831857;832030;230;*; fin;;CDS;832261;833262;;; deb;comp;CDS;910521;911774;224;*; ;;tRNA;911999;912083;148;*;ctt ;;tRNA;912232;912316;342;*;ctt fin;;CDS;912659;914539;;0; deb;;CDS;1015700;1016551;80;*; ;;misc_b;1016632;1016837;131;*; fin;;CDS;1016969;1018252;;0; deb;;CDS;1034743;1035147;44;*; ;;tRNA;1035192;1035265;142;*;cga fin;comp;CDS;1035408;1036631;;; deb;;CDS;1060209;1061090;61;*; ;;tRNA;1061152;1061225;231;*;agg fin;;CDS;1061457;1061942;;0; deb;;CDS;1135668;1136111;264;*; ;comp;tRNA;1136376;1136448;142;*;ccc fin;;CDS;1136591;1137205;;; deb;;CDS;1181242;1181676;81;*; ;;ncRNA;1181758;1182021;95;*; fin;comp;CDS;1182117;1183028;;; deb;;CDS;1228173;1228862;323;*; ;;rRNA;1229186;1230711;79;*;1526 ;;rRNA;1230791;1230908;7;*;118 ;;tRNA;1230916;1230989;53;*;atc ;;tRNA;1231043;1231115;262;*;gca ;;rRNA;1231378;1234281;111;*;2904 ;;tRNA;1234393;1234464;9;*;aac ;;tRNA;1234474;1234545;6;*;gaa ;;tRNA;1234552;1234622;23;*;tgc ;;tRNA;1234646;1234717;58;*;aac ;;tRNA;1234776;1234846;132;*;tgc fin;;CDS;1234979;1235152;;; deb;;CDS;1279854;1280135;75;*; ;;tRNA;1280211;1280283;125;*;atgf fin;;CDS;1280409;1281519;;; deb;;CDS;1282595;1283137;112;*; ;;tRNA;1283250;1283320;5;*;gga ;;tRNA;1283326;1283399;5;*;aga ;;tRNA;1283405;1283478;31;*;cac ;;tRNA;1283510;1283581;23;*;caa ;;tRNA;1283605;1283677;30;*;aaa ;;tRNA;1283708;1283789;26;*;cta ;;tRNA;1283816;1283886;5;*;gga ;;tRNA;1283892;1283965;6;*;aga ;;tRNA;1283972;1284043;405;*;caa fin;comp;CDS;1284449;1284907;;0; deb;;CDS;1298530;1299468;91;*; ;;tRNA;1299560;1299632;4;*;ggc ;;tRNA;1299637;1299711;227;*;cca fin;comp;CDS;1299939;1300463;;; deb;;CDS;1317893;1318795;58;*; ;;misc_b;1318854;1319058;143;*; fin;;CDS;1319202;1320467;;; deb;;CDS;1330208;1331050;68;*; ;;regulatory;1331119;1331225;168;*; fin;;CDS;1331394;1332701;;; deb;;CDS;1344739;1346154;53;*; ;;tRNA;1346208;1346290;124;*;ctg fin;;CDS;1346415;1347350;;; deb;;CDS;1361763;1362872;473;*; ;;tRNA;1363346;1363428;454;*;ctg fin;comp;CDS;1363883;1365469;;; deb;;CDS;1501342;1502331;88;*; ;;misc_b;1502420;1502635;130;*; fin;;CDS;1502766;1505162;;0; deb;;CDS;1514802;1515092;141;*; ;;tRNA;1515234;1515305;62;*;gaa ;;tRNA;1515368;1515442;22;*;cca ;;tRNA;1515465;1515537;174;*;aaa fin;;CDS;1515712;1516611;;; deb;comp;CDS;1536473;1538146;169;*; ;;misc_b;1538316;1538527;148;*; fin;;CDS;1538676;1539512;;; deb;;CDS;1558609;1559226;150;*; ;;ncRNA;1559377;1559568;105;*; fin;;CDS;1559674;1560162;;; deb;comp;CDS;1596655;1597152;139;*; ;;tRNA;1597292;1597364;198;*;acg fin;;CDS;1597563;1600298;;0; deb;;CDS;1776389;1777042;54;*; ;;regulatory;1777097;1777202;89;*; fin;;CDS;1777292;1778305;;; deb;;CDS;1809551;1811686;53;*; ;;regulatory;1811740;1811862;110;*; fin;;CDS;1811973;1812599;;0; deb;;CDS;1897547;1898221;77;*; ;;misc_b;1898299;1898549;46;*; fin;;CDS;1898596;1899603;;; deb;;CDS;2051328;2051531;445;*; ;comp;tRNA;2051977;2052063;101;*;acc fin;comp;CDS;2052165;2053262;;; deb;;CDS;2064667;2065113;238;*; ;;tRNA;2065352;2065425;29;*;ata fin;;CDS;2065455;2066012;;; deb;;CDS;2089815;2090282;195;*; ;comp;tRNA;2090478;2090550;93;*;acc fin;comp;CDS;2090644;2091279;;0; deb;;CDS;2125666;2126805;19;*; ;;misc_b;2126825;2127056;63;*; fin;;CDS;2127120;2127326;;; deb;comp;CDS;2290223;2291446;61;*; ;comp;misc_b;2291508;2291704;185;*; fin;;CDS;2291890;2293848;;0; deb;;CDS;2378236;2379462;104;*; ;;misc_b;2379567;2379785;50;*; fin;;CDS;2379836;2380420;;; deb;comp;CDS;2393679;2394266;154;*; ;;tRNA;2394421;2394501;3;*;tac ;;tRNA;2394505;2394577;223;*;ttc fin;;CDS;2394801;2396147;;; deb;comp;CDS;2447012;2447701;85;*; ;comp;regulatory;2447787;2447882;852;*; fin;comp;CDS;2448735;2450363;;; deb;comp;CDS;2573684;2574703;297;*; ;;ncRNA;2575001;2575351;65;*; fin;comp;CDS;2575417;2577075;;; deb;comp;CDS;2589039;2590424;65;*; ;comp;misc_b;2590490;2590663;90;*; fin;comp;CDS;2590754;2591524;;; deb;comp;CDS;2591541;2592140;201;*; ;;tRNA;2592342;2592422;112;*;ttg fin;;CDS;2592535;2593464;;0; deb;comp;CDS;2603463;2605496;527;*; ;;tRNA;2606024;2606100;409;*;ttg fin;comp;CDS;2606510;2606668;;; deb;comp;CDS;2735781;2737136;95;*; ;comp;tRNA;2737232;2737304;155;*;gcc fin;comp;CDS;2737460;2738386;;0; deb;comp;CDS;2797787;2798278;523;*; ;comp;tRNA;2798802;2798874;178;*;aag fin;comp;CDS;2799053;2800327;;; deb;comp;CDS;2820846;2822237;109;*; ;comp;misc_b;2822347;2822575;116;*; fin;comp;CDS;2822692;2823483;;; deb;comp;CDS;2848560;2849579;82;*; ;comp;misc_b;2849662;2849892;105;*; fin;comp;CDS;2849998;2851539;;; deb;comp;CDS;2880836;2881429;141;*; ;comp;tRNA;2881571;2881642;116;*;gag fin;comp;CDS;2881759;2882100;;; deb;comp;CDS;2978303;2979394;255;*; ;comp;regulatory;2979650;2979765;74;*; fin;comp;CDS;2979840;2980706;;; deb;comp;CDS;3048813;3049790;231;*; ;comp;tmRNA;3050022;3050370;186;*; fin;comp;CDS;3050557;3051027;;0; deb;comp;CDS;3096224;3097831;76;*; ;comp;misc_b;3097908;3098167;611;*; fin;comp;CDS;3098779;3100596;;0; deb;comp;CDS;3190635;3191126;123;*; ;comp;misc_f;3191250;3191389;88;*; deb;comp;CDS;3191478;3193451;103;*; ;comp;misc_b;3193555;3193827;401;*; fin;comp;CDS;3194229;3194576;;; deb;comp;CDS;3214425;3215258;212;*; ;comp;tRNA;3215471;3215545;209;*;cca fin;comp;CDS;3215755;3217302;;; deb;comp;CDS;3252067;3252252;329;*; ;comp;tRNA;3252582;3252655;7;*;atgj ;comp;tRNA;3252663;3252735;4;*;gta ;comp;tRNA;3252740;3252813;10;*;gac ;comp;tRNA;3252824;3252896;20;*;tgg ;comp;tRNA;3252917;3252988;149;*;aac deb;;CDS;3253138;3253587;87;*; ;comp;tRNA;3253675;3253748;7;*;atgj ;comp;tRNA;3253756;3253828;9;*;gta ;comp;tRNA;3253838;3253910;18;*;tgg ;comp;tRNA;3253929;3254000;61;*;aac ;comp;rRNA;3254062;3256966;336;*;2905 fin;comp;CDS;3257303;3257995;;0; deb;comp;CDS;3407358;3408182;69;*; ;comp;regulatory;3408252;3408361;113;*; fin;comp;CDS;3408475;3410325;;; deb;comp;CDS;3489519;3490856;58;*; ;comp;regulatory;3490915;3491016;261;*; fin;;CDS;3491278;3492633;;0; deb;;CDS;3618295;3619479;125;*; ;comp;tRNA;3619605;3619677;4;*;aca ;comp;tRNA;3619682;3619755;50;*;cgt ;comp;tRNA;3619806;3619879;27;*;cgt ;comp;tRNA;3619907;3619990;6;*;tta ;comp;tRNA;3619997;3620069;47;*;gta ;comp;tRNA;3620117;3620190;25;*;gac ;comp;tRNA;3620216;3620289;23;*;atgi ;comp;tRNA;3620313;3620385;14;*;aca ;comp;tRNA;3620400;3620471;9;*;gaa ;comp;tRNA;3620481;3620552;111;*;aac ;comp;rRNA;3620664;3623567;262;*;2904 ;comp;tRNA;3623830;3623902;53;*;gca ;comp;tRNA;3623956;3624029;7;*;atc ;comp;rRNA;3624037;3624154;79;*;118 ;comp;rRNA;3624234;3625759;151;*;1526 ;comp;tRNA;3625911;3625999;33;*;tcc ;comp;tRNA;3626033;3626118;267;*;tca fin;comp;CDS;3626386;3627084;;0; deb;comp;CDS;3713386;3714387;249;*; ;comp;tRNA;3714637;3714709;4;*;gta ;comp;tRNA;3714714;3714787;310;*;atgj fin;comp;CDS;3715098;3715457;;; deb;comp;CDS;3740094;3741623;336;*; ;comp;regulatory;3741960;3742137;71;*; fin;comp;CDS;3742209;3742868;;; deb;comp;CDS;3876932;3877417;18;*; ;comp;misc_f;3877436;3877575;59;*; fin;comp;CDS;3877635;3878774;;; deb;comp;CDS;3921947;3923137;87;*; ;comp;regulatory;3923225;3923325;65;*; fin;comp;CDS;3923391;3923816;;; deb;comp;CDS;3971663;3972166;188;*; ;;misc_b;3972355;3972601;74;*; fin;;CDS;3972676;3975807;;0; deb;comp;CDS;4298681;4299859;146;*; ;comp;misc_b;4300006;4300267;210;*; fin;;CDS;4300478;4301533;;0; deb;comp;CDS;4552288;4553814;82;*; ;comp;misc_b;4553897;4554160;196;*; fin;;CDS;4554357;4554878;;0; deb;comp;CDS;4592703;4593860;153;*; ;comp;regulatory;4594014;4594127;357;*; fin;;CDS;4594485;4595609;;; deb;comp;CDS;4661871;4663577;550;*; ;;regulatory;4664128;4664228;86;*; fin;;CDS;4664315;4664980;;0; deb;comp;CDS;4694284;4695744;237;*; ;comp;regulatory;4695982;4696073;275;*; fin;comp;CDS;4696349;4697491;;0; </pre> ===hmo=== ====hmo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo opérons]] <pre> 57%GC;24.7.19 Paris;16s ;109;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé Heliobacterium modesticaldum Ice1 ATCC 51547 ;;;;;;;;;; ;103699..104088;;CDS;;380;;;;130; ;;;;;;;;;; ;104469..105695;;CDS;;186;186;;;409;186 comp;105882..105956;;ggc;;1;;1;;; comp;105958..106044;;ctg;;321;321;;;; comp;106366..106929;;CDS;@1;241;241;;;188;241 comp;107171..107246;;aca;;202;202;;;;202 comp;107449..108183;;CDS;;111772;;;;245; ;;;;;;;;;; comp;219956..220483;;CDS;;260;260;;;176;260 comp;220744..220820;;gac;;5;;;5;; comp;220826..220901;;gta;;10;;;10;; comp;220912..220987;;gaa;;4;;;4;; comp;220992..221067;;aaa;;18;;;18;; comp;221086..221160;;caa;;103;;;;; comp;221264..224182;;23s;;237;;;;; comp;224420..224495;;gcc;;64;;;;; comp;224560..224676;;5s;@2;328;;;;; comp;225005..226536;;16s;;651;651;;;; comp;227188..228162;;CDS;;98792;;;;325; ;;;;;;;;;; comp;326955..328340;;CDS;;178;178;;;462;178 comp;328519..328601;;cta;;65;;65;;; comp;328667..328743;;aga;;60;;60;;; comp;328804..328880;;cca;;568;568;;;; comp;329449..330090;;CDS;;57730;;;;214; ;;;;;;;;;; comp;387821..388105;;CDS;;135;135;;;95; ;388241..388317;;ccc;;7;;7;;; ;388325..388410;;tac;;47;47;;;;47 comp;388458..388742;;CDS;;588493;;;;95; ;;;;;;;;;; comp;977236..978504;;CDS;;439;439;;;423; comp;978944..981860;;23s;;237;;;;; comp;982098..982173;;gcc;;64;;;;; comp;982238..982354;;5s;;328;;;;; comp;982683..984208;;16s;;460;;;;; comp;984669..984744;;tgg;@3;5;;;5;; comp;984750..984824;;cgg;;207;207;;;;207 comp;985032..987656;;CDS;;26258;;;;875; ;;;;;;;;;; comp;1013915..1014760;;CDS;;105;105;;;282;105 comp;1014866..1014942;;gac;;75;;75;;; comp;1015018..1015093;;gaa;;265;265;;;; comp;1015359..1016642;;CDS;;40115;;;;428; ;;;;;;;;;; ;1056758..1058014;;CDS;;121;121;;;419;121 comp;1058136..1058233;;tga;;173;173;;;; ;1058407..1058733;;CDS;;62951;;;;109; ;;;;;;;;;; ;1121685..1122878;;CDS;;588;588;;;398; ;1123467..1124998;;16s;;328;;;;; ;1125327..1125443;;5s;;64;;;;; ;1125508..1125583;;gcc;;233;;;;; ;1125817..1128734;;23s;;337;337;;;;337 >;1129072..1129785;;CDS;;24938;;;;238; ;;;;;;;;;; ;1154724..1155224;;CDS;;99;99;;;167; ;1155324..1155413;;tca;;56;56;;;;56 comp;1155470..1156627;;CDS;;13350;;;;386; ;;;;;;;;;; ;1169978..1171828;;CDS;;129;129;;;617;129 ;1171958..1172034;;cgt;;85;;85;;; ;1172120..1172196;;agg;;181;181;;;; ;1172378..1172812;;CDS;;62;62;;;145;62 ;1172875..1172966;;tcg;;548;548;;;; ;1173515..1174330;;CDS;;6655;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;1180986..1182974;;CDS;;444;444;;;663; ;1183419..1183512;;tcc;;39;39;;;;39 ;1183552..1183817;;ncRNA;;11908;;;;89; ;;;;;;;;;; ;1195726..1195998;;CDS;;181;181;;;91; ;1196180..1196255;;gcg;;151;151;;;;151 ;1196407..1197051;;CDS;;86894;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;1283946..1285331;;CDS;;177;177;;;462;177 ;1285509..1285584;;atgf;;5;;5;;; ;1285590..1285667;;atgj;;7;;7;;; ;1285675..1285750;;gaa;;542;542;;;; ;1286293..1287630;;CDS;;63447;;;;446; ;;;;;;;;;; ;1351078..1352549;;CDS;;704;704;;;491; ;1353254..1354786;;16s;;252;;;;; ;1355039..1355155;;5s;;64;;;;; ;1355220..1355296;;atc;;194;;;;; ;1355491..1358408;;23s;;112;;;;; ;1358521..1358595;;aac;;109;109;;;;109 comp;1358705..1358926;;CDS;;139555;;;;74; ;;;;;;;;;; ;1498482..1498898;;CDS;;535;535;;;139; comp;1499434..1499509;;acg;;238;238;;;;238 ;1499748..1500836;;CDS;;262182;;;;363; ;;;;;;;;;; ;1763019..1763858;;CDS;;68;68;;;280;68 ;1763927..1764003;;gac;;4;;4;;; ;1764008..1764083;;ttc;;3;;3;;; ;1764087..1764161;;ggc;;92;92;;;; comp;1764254..1764493;;CDS;;72;72;;;80;72 ;1764566..1764641;;tgc;;18;;18;;; ;1764660..1764746;;tta;;253;253;;;; comp;1765000..1765467;;CDS;;52131;;;;156; ;;;;;;;;;; ;1817599..1818318;;CDS;;487;487;;;240; ;1818806..1820337;;16s;;252;;;;; ;1820590..1820706;;5s;;64;;;;; ;1820771..1820847;;atc;;6;;;6;; ;1820854..1820929;;gca;;229;;;;; ;1821159..1824076;;23s;;112;;;;; ;1824189..1824263;;aac;;6;;;6;; ;1824270..1824345;;atgf;;243;243;;;;243 ;1824589..1825014;;CDS;;168198;;;;142; ;;;;;;;;;; ;1993213..1994328;;CDS;;99;99;;;372; ;1994428..1994502;;atgi;;41;41;;;;41 ;1994544..1995368;;CDS;;284281;;;;275; ;;;;;;;;;; ;2279650..2279997;;CDS ;;541;541;;;116; ;2280539..2282070;;16s;;253;;;;; ;2282324..2282440;;5s;;64;;;;; ;2282505..2282580;;gcc;;234;;;;; ;2282815..2285735;;23s;;119;;;;; ;2285855..2285948;;tcc;;6;;;6;; ;2285955..2286031;;ccg;;10;;;10;; ;2286042..2286115;;gga;;14;;;14;; ;2286130..2286205;;cac;;1;;;1;; ;2286207..2286281;;tgc;;9;;;9;; ;2286291..2286367;;gtc;;3;;;3;; ;2286371..2286446;;ttc;;6;;;6;; ;2286453..2286537;;tac;;4;;;4;; ;2286542..2286616;;caa;;17;;;17;; ;2286634..2286709;;aaa;;4;;;4;; ;2286714..2286789;;gaa;;5;;;5;; ;2286795..2286870;;gta;;5;;;5;; ;2286876..2286952;;gac;;7;;;7;; ;2286960..2287050;;agc;;43;;;43;; ;2287094..2287170;;ccc;;30;;;30;; ;2287201..2287287;;ctg;;3;;;3;; ;2287291..2287365;;ggc;;4;;;4;; ;2287370..2287446;;cgt;;4;;;4;; ;2287451..2287526;;acc;;352;352;;;;352 ;2287879..2288343;;CDS ;;33184;;;;155; ;;;;;;;;;; comp;2321528..2322544;;CDS ;;268;268;;;339; comp;2322813..2322889;;gtc;;9;;9;;; comp;2322899..2322973;;cgg;;81;81;;;;81 comp;2323055..2323243;;CDS ;;3375;;;;63; ;;;;;;;;;; ;2326619..2327947;;CDS ;;464;464;;;443;464 ;2328412..2329943;;16s;;327;;;;; ;2330271..2330387;;5s;;226;;;;; ;2330614..2333532;;23s;;98;;;;; ;2333631..2333706;;aaa;;4;;;4;; ;2333711..2333786;;acc;;8;;;8;; ;2333795..2333877;;ctc;;89;89;;;;89 comp;2333967..2334704;;CDS;;7389;;;;246; ;;;;;;;;;; ;2342094..2342804;;CDS;;155;155;;;237;155 comp;2342960..2343030;;ttc;;213;213;;;; ;2343244..2343936;;CDS;;563;563;;;231; ;2344500..2346025;;16s;;252;;;;; ;2346278..2346394;;5s;;64;;;;; ;2346459..2346535;;atc;;141;;;;; ;2346677..2349594;;23s;;100;;;;; ;2349695..2349769;;aac;;6;;;6;; ;2349776..2349851;;atgf;;102;102;;;;102 ;2349954..2350976;;CDS;;113601;;;;341; ;;;;;;;;;; ;2464578..2465114;;CDS;;271;271;;;179;271 comp;2465386..2465461;;aca;;432;432;;;; ;2465894..2466226;;CDS;;4722;;;;111; ;;;;;;;;;; ;2470949..2471977;;CDS;;69;69;;;343;69 ;2472047..2472133;;ctg;;678;678;;;; ;2472812..2473192;;CDS;;22232;;;;127; ;;;;;;;;;; ;2495425..2496048;;CDS;;402;402;;;208; comp;2496451..2496527;;gtc;;4;;4;;; comp;2496532..2496609;;atgj;;175;175;;;;175 ;2496785..2497120;;CDS;;217;217;;;112; comp;2497338..2497420;;ctc;;7;;7;;; comp;2497428..2497503;;acc;;18;;18;;; comp;2497522..2497596;;tgg;;14;;14;;; comp;2497611..2497684;;ggg;;19;;19;;; comp;2497704..2497778;;ggc;;7;;7;;; comp;2497786..2497873;;ttg;;8;;8;;; comp;2497882..2497958;;gtg;;-10;-10;;;;-10 comp;2497949..2498185;;CDS;;66;66;;;79;66 ;2498252..2498328;;ccg;;314;314;;;; comp;2498643..2499506;;CDS;;55292;;;;288; ;;;;;;;;;; ;2554799..2554984;;CDS;;109;109;;;62;109 ;2555094..2555169;;gaa;;2;;2;;; ;2555172..2555247;;ttc;;6;;6;;; ;2555254..2555338;;tac;;4;;4;;; ;2555343..2555417;;caa;;18;;18;;; ;2555436..2555511;;aaa;;4;;4;;; ;2555516..2555590;;ggc;;9;;9;;; ;2555600..2555675;;cac;;117;117;;;; comp;2555793..2557049;;CDS;;235940;;;;419; ;;;;;;;;;; comp;2792990..2793442;;CDS;;219;219;;;151;219 comp;2793662..2796583;;23s;;236;;;;; comp;2796820..2796895;;gca;;6;;;6;; comp;2796902..2796978;;atc;;64;;;;; comp;2797043..2797159;;5s;;328;;;;; comp;2797488..2799019;;16s;;505;;;;; comp;2799525..2799599;;ggc;+;1;;;1;; comp;2799601..2799687;;ctg;2 ggc;32;;;32;; comp;2799720..2799796;;ccc;;42;;;42;; comp;2799839..2799915;;cgt;;4;;;4;; comp;2799920..2799994;;ggc;;120;;;120;; comp;2800115..2800192;;atgj;;42;;;42;; comp;2800235..2800325;;agc;;16;;;16;; comp;2800342..2800417;;atgf;;6;;;6;; comp;2800424..2800498;;aac;;7;;;7;; comp;2800506..2800581;;gaa;;4;;;4;; comp;2800586..2800661;;aaa;;18;;;18;; comp;2800680..2800754;;caa;;4;;;4;; comp;2800759..2800843;;tac;;91;;;91;; comp;2800935..2801011;;gtc;;7;;;7;; comp;2801019..2801093;;tgc;;325;325;;;; ;2801419..2801724;;CDS;;230813;;;;102; ;;;;;;;;;; ;3032538..3032729;;CDS;;109;109;;;64;109 comp;3032839..3035757;;23s;;233;;;;; comp;3035991..3036066;;gcc;;64;;;;; comp;3036131..3036247;;5s;;253;;;;; comp;3036501..3038026;;16s;;779;779;;;; comp;3038806..3040017;;CDS;;232;;;;404; ;;;;;;;;;; comp;3040250..3042013;;CDS;;;;;;588; </pre> ====hmo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_cumuls|hmo cumuls]] <pre> hmo cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;1;2;1;1;40;1;100;10 ;16 5s gcc 23;5;20;20;34;50;3;80;8;200;16 ;16 5s atc 23;2;40;0;2;100;11;120;7;300;14 ;16 5 23s a;1;60;1;3;150;9;160;4;400;8 ;max a;20;80;2;0;200;9;200;4;500;11 ;a doubles;1;100;1;1;250;8;240;4;600;0 ;16 5s atc gca;2;120;0;1;300;5;280;4;700;2 ;total aas;60;140;0;0;350;4;320;0;800;0 sans ;opérons;24;160;0;0;400;1;360;2;900;1 ;1 aa;12;180;0;0;450;4;400;0;1000;0 ;max a;7;200;0;0;500;2;440;0;1100;0 ;a doubles;0;;0;0;;11;;1;;0 ;total aas;49;;25;43;;68;;35;;62 total aas;;109;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;8;8;;196;;137;;230 ;;;variance;6;7;;120;;71;;128 </pre> ====hmo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_blocs|hmo blocs]] <pre> hmo blocs;;;;;tgg CDS ;541;651;588;779;460 16s;253;328;328;253;328 5s;64;64;64;64;64 gcc;234;237;233;233;237 23s;119;103;337;109;439 tcc;tcc;caa;cds;cds;cds ;;;;; CDS;704;563;;CDS ;464 16s;252;252;;16s;327 5s;64;64;;5s;226 atc;194;141;;23s;98 23s;112;100;;aaa; aac;aac;aac;;; ;;;;; ;;ggc;;; CDS;487;505;;; 16s;252;328;;; 5s;64;64;;; atc;6;6;;; gca;229;236;;; 23s;112;219;;; aac;aac;cds;;; </pre> ====hmo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_distribution|hmo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;;;;;;;;;1-3 aas;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;ctc;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;acc;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;3 aac;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;2;tgc;1;;;;;;;;;;aaa;ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;2 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;;;;;;;;;2 atgf;atc;;acc;1;aac;1;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;;;;;;;;;tgg;ctc;;ccc;2;cac;1;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;4;;;;;;;;;;cgg;gtc;2;gcc;;gac;2;ggc;3 tta;;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;3;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;;;;;;;;;;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;1 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;1;;;;;;;;;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;;;;;;;;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;1;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total hmo;;12;;;;;12;;hmo;37;;;;;;37;;;;;;;;;;;hmo;;;;39;;11;39 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;10 1-3 aas;;; </pre> ====hmo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_données_intercalaires|hmo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;hmo;fx;fc;hmo;fx40;fc40;hmo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;17;0;0;17;-1;0;36;321;186;CDS 16s;;16s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;183;1;1;21;-2;1;0;268;135;652;;4* 337;;;5;;gac;1;;ggc ;0;20;10;167;2;3;38;-3;0;0;202;121;20;;3* 261;;;10;;gta;**;;ctg ;0;30;4;109;3;0;37;-4;3;149;260;173;559;;2* 262;;;4;;gaa;65;;cta ;0;40;6;77;4;0;21;-5;0;0;268;56;705;;336;;;18;;aaa;60;;aga ;0;50;9;70;5;0;18;-6;0;0;176;444;488;;5s 23s;;;**;;caa;**;;cca 1;0;60;9;64;6;2;9;-7;0;11;1012;159;542;;230;;;6;;aac;7;;ccc ;3;70;8;66;7;0;8;-8;0;23;159;535;459;;5s tRNA;;;**;;atgf;**;;tac 1;0;80;12;71;8;0;7;-9;0;1;207;238;558;;5* 64;;gcc;6;;tcc;5;;tgg 1;1;90;27;71;9;3;11;-10;0;7;165;92;506;;4* 64;;atc;10;;ccg;**;;cgg 1;2;100;7;68;10;0;13;-11;0;17;265;72;774;;tRNA 23s;;;14;;gga;75;;gac ;1;110;18;66;11;1;15;-12;0;0;99;253;23s CDS;;2* 241;;gcc;1;;cac;**;;gaa 1;1;120;18;53;12;1;16;-13;1;8;129;89;463;109;2* 237;;gcc;9;;tgc;85;;cgt 1;2;130;16;56;13;1;24;-14;0;15;157;158;322;;198;;atc;3;;gtc;**;;agg 1;0;140;16;47;14;0;23;-15;1;0;62;222;223;;233;;gca;6;;ttc;5;;atgf ;1;150;16;57;15;0;15;-16;0;0;551;271;;;238;;gcc;4;;tac;7;;atgj 2;2;160;12;43;16;0;13;-17;0;12;181;432;;;145;;atc;17;;caa;**;;gaa ;1;170;10;46;17;1;16;-18;0;0;205;402;;;240;;gca;4;;aaa;4;;gac 2;1;180;16;36;18;1;18;-19;0;3;542;175;;;23s tRNA;;;5;;gaa;3;;ttc 1;1;190;10;32;19;3;11;-20;0;8;431;217;;;103;;caa;5;;gta;**;;ggc ;0;200;7;31;20;2;16;-21;0;0;68;314;;;2* 112;;aac;7;;gac;18;;tgc ;3;210;14;24;21;2;16;-22;0;2;243;117;;;119;;tcc;43;;agc;**;;tta 1;0;220;8;32;22;0;6;-23;0;5;99;325;;;98;;aaa;30;;ccc;9;;gtc 1;0;230;15;20;23;0;9;-24;0;0;116;;;;100;;aac;3;;ctg;**;;cgg 1;0;240;16;27;24;0;12;-25;0;4;352;;;;tRNA tRNA;;intra;4;;ggc;4;;gtc ;1;250;15;30;25;0;4;-26;0;2;268;;;;2* 6;;atc;4;;cgt;**;;atgj 1;1;260;10;23;26;0;12;-27;0;0;81;;;;**;;gca;**;;acc;7;;ctc ;4;270;7;17;27;0;19;-28;0;2;126;;;;;;;4;;aaa;18;;acc 1;0;280;7;21;28;1;13;-29;0;1;69;;;;;;;8;;acc;14;;tgg ;0;290;7;20;29;0;8;-30;0;0;148;;;;;;;**;;ctc;19;;ggg ;0;300;6;16;30;1;10;-31;0;1;109;;;;;;;6;;aac;7;;ggc ;0;310;5;13;31;1;11;-32;1;3;;;;;;;;**;;atgf;8;;ttg 1;0;320;7;10;32;1;8;-33;0;0;;;;;;;;1;;ggc;;293;gtg 1;1;330;12;12;33;0;14;-34;1;1;;;;;;;;32;;ctg;**;;ccg ;0;340;1;11;34;0;6;-35;0;1;;;;;;;;42;;ccc;2;;gaa ;0;350;6;6;35;1;6;-36;0;0;;;;;;;;4;;cgt;6;;ttc ;1;360;3;10;36;1;11;-37;0;2;;;;;;;;120;;ggc;4;;tac ;0;370;12;13;37;0;7;-38;0;2;;;;;;;;42;;atgj;18;;caa ;0;380;3;11;38;1;4;-39;0;0;;;;;;;;16;;agc;4;;aaa ;0;390;6;7;39;0;4;-40;1;0;;;;;;;;6;;atgf;9;;ggc ;0;400;2;6;40;1;6;-41;0;0;;;;;;;;7;;aac;**;;cac 4;4;reste;58;108;reste;431;1314;-42;0;0;;;;;;;;4;;gaa;;; 23;31;total;460;1867;total;460;1867;-43;0;0;;;;;;;;18;;aaa;;; 19;27;diagr;402;1742;diagr;29;536;-44;0;0;;;;;;;;4;;caa;;; 0;0; t30;23;459;;;;-45;0;0;;;;;;;;91;;tac;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;7;;gtc;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;**;;tgc;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;460;11;0;471;;;-49;0;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1850;332;17;2199;;;-50;0;15;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2670;223;;reste;2;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2893;;total;11;332;;;;;;;;;;;;; </pre> =====hmo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_autres_intercalaires_aas|hmo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;hmo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;83932;85227;106;*; ;comp;regulatory;85334;85456;283;*; fin;;CDS;85740;86651;;; deb;;CDS;104469;105695;186;*; ;comp;tRNA;105882;105956;1;*;ggc ;comp;tRNA;105958;106044;321;*;ctg deb;comp;CDS;106366;106902;268;*; ;comp;tRNA;107171;107246;202;*;aca fin;comp;CDS;107449;108138;;; deb;comp;CDS;119439;119855;458;*; ;comp;regulatory;120314;120402;165;*; fin;comp;CDS;120568;129390;;; deb;comp;CDS;219956;220483;260;*; ;comp;tRNA;220744;220820;5;*;gac ;comp;tRNA;220826;220901;10;*;gta ;comp;tRNA;220912;220987;4;*;gaa ;comp;tRNA;220992;221067;18;*;aaa ;comp;tRNA;221086;221160;103;*;caa ;comp;rRNA;221264;224178;241;*;2915 ;comp;tRNA;224420;224495;64;*;gcc ;comp;rRNA;224560;224676;337;*;117 ;comp;rRNA;225014;226535;652;*;1522 fin;comp;CDS;227188;228162;;; deb;;CDS;268169;269791;139;*; ;;repeat_region;269931;271232;197;*; fin;comp;CDS;271430;272362;;; deb;comp;CDS;326955;328250;268;*; ;comp;tRNA;328519;328601;65;*;cta ;comp;tRNA;328667;328743;60;*;aga ;comp;tRNA;328804;328880;176;*;cca fin;comp;CDS;329057;329254;;; deb;;CDS;377234;378433;102;*; ;;ncRNA;378536;378894;134;*; fin;;CDS;379029;380159;;; deb;;CDS;384528;384812;140;*; ;;misc_b;384953;385256;391;*; fin;;CDS;385648;387258;;0; deb;comp;CDS;387821;388105;135;*; ;;tRNA;388241;388317;7;*;ccc ;;tRNA;388325;388410;1012;*;tac fin;;CDS;389423;390235;;0; deb;comp;CDS;562422;562793;296;*; ;;regulatory;563090;563272;296;*; fin;;CDS;563569;564243;;; deb;comp;CDS;574512;575822;83;*; ;comp;regulatory;575906;576021;352;*; fin;;CDS;576374;577480;;0; deb;comp;CDS;600853;602214;294;*; ;;repeat_region;602509;603596;212;*; fin;comp;CDS;603809;605377;;; deb;;CDS;644127;645932;398;*; ;comp;tmRNA;646331;646683;325;*; fin;;CDS;647009;648202;;0; deb;comp;CDS;977236;978480;463;*; ;comp;rRNA;978944;981856;241;*;2913 ;comp;tRNA;982098;982173;64;*;gcc ;comp;rRNA;982238;982354;337;*;117 ;comp;rRNA;982692;984213;20;*;1522 deb;comp;CDS;984234;984509;159;*; ;comp;tRNA;984669;984744;5;*;tgg ;comp;tRNA;984750;984824;207;*;cgg fin;comp;CDS;985032;987656;;; deb;comp;CDS;1013915;1014700;165;*; ;comp;tRNA;1014866;1014942;75;*;gac ;comp;tRNA;1015018;1015093;265;*;gaa fin;comp;CDS;1015359;1016642;;0; deb;;CDS;1056587;1058014;121;*; ;comp;tRNA;1058136;1058233;173;*;tga fin;;CDS;1058407;1058733;;; deb;;CDS;1121685;1122878;589;*; ;;rRNA;1123468;1124989;337;*;1522 ;;rRNA;1125327;1125443;64;*;117 ;;tRNA;1125508;1125583;237;*;gcc ;;rRNA;1125821;1128734;322;*;2914 fin;;CDS;1129057;1129959;;; deb;;CDS;1145930;1146832;103;*; ;;misc_b;1146936;1147145;99;*; fin;;CDS;1147245;1148408;;; deb;;CDS;1154724;1155224;99;*; ;;tRNA;1155324;1155413;56;*;tca fin;comp;CDS;1155470;1156627;;; deb;;CDS;1169978;1171828;129;*; ;;tRNA;1171958;1172034;85;*;cgt ;;tRNA;1172120;1172196;157;*;agg deb;;CDS;1172354;1172812;62;*; ;;tRNA;1172875;1172966;551;*;tcg fin;;CDS;1173518;1174330;;; deb;comp;CDS;1180986;1182974;444;*; ;;tRNA;1183419;1183512;39;*;tcc ;;ncRNA;1183552;1183817;122;*; fin;;CDS;1183940;1185760;;0; deb;;CDS;1195726;1195998;181;*; ;;tRNA;1196180;1196255;205;*;gcg fin;;CDS;1196461;1197051;;; deb;comp;CDS;1202248;1202961;83;*; ;comp;regulatory;1203045;1203106;414;*; fin;;CDS;1203521;1205617;;; deb;comp;CDS;1283946;1285349;159;*; ;;tRNA;1285509;1285584;5;*;atgf ;;tRNA;1285590;1285667;7;*;atgj ;;tRNA;1285675;1285750;542;*;gaa fin;;CDS;1286293;1287630;;0; deb;;CDS;1351078;1352549;705;*; ;;rRNA;1353255;1354777;261;*;1523 ;;rRNA;1355039;1355155;64;*;117 ;;tRNA;1355220;1355296;198;*;atc ;;rRNA;1355495;1358408;112;*;2914 ;;tRNA;1358521;1358595;431;*;aac fin;;CDS;1359027;1360454;;0; deb;;CDS;1387701;1388411;58;*; ;;misc_f;1388470;1388647;25;*; fin;;CDS;1388673;1389203;;; deb;;CDS;1498482;1498898;535;*; ;comp;tRNA;1499434;1499509;238;*;acg fin;;CDS;1499748;1500836;;0; deb;comp;CDS;1553617;1554957;296;*; ;;regulatory;1555254;1555354;211;*; fin;;CDS;1555566;1556966;;0; deb;;CDS;1733682;1734398;211;*; ;;regulatory;1734610;1734715;150;*; fin;;CDS;1734866;1736005;;; deb;;CDS;1763019;1763858;68;*; ;;tRNA;1763927;1764003;4;*;gac ;;tRNA;1764008;1764083;3;*;ttc ;;tRNA;1764087;1764161;92;*;ggc deb;comp;CDS;1764254;1764493;72;*; ;;tRNA;1764566;1764641;18;*;tgc ;;tRNA;1764660;1764746;253;*;tta fin;comp;CDS;1765000;1765479;;0; deb;;CDS;1817623;1818318;488;*; ;;rRNA;1818807;1820328;261;*;1522 ;;rRNA;1820590;1820706;64;*;117 ;;tRNA;1820771;1820847;6;*;atc ;;tRNA;1820854;1820929;233;*;gca ;;rRNA;1821163;1824076;112;*;2914 ;;tRNA;1824189;1824263;6;*;aac ;;tRNA;1824270;1824345;243;*;atgf fin;;CDS;1824589;1825014;;; deb;;CDS;1854540;1855880;78;*; ;;regulatory;1855959;1856148;170;*; ;;regulatory;1856319;1856511;32;*; fin;;CDS;1856544;1857368;;; deb;;CDS;1882378;1883172;126;*; ;;regulatory;1883299;1883521;158;*; fin;;CDS;1883680;1884993;;; deb;;CDS;1993213;1994328;99;*; ;;tRNA;1994428;1994502;116;*;atgi fin;;CDS;1994619;1995368;;; deb;comp;CDS;2030610;2030810;83;*; ;comp;regulatory;2030894;2030999;259;*; fin;comp;CDS;2031259;2032233;;0; deb;;CDS;2073488;2074249;237;*; ;;regulatory;2074487;2074659;123;*; fin;;CDS;2074783;2076180;;; deb;;CDS;2145684;2146346;57;*; ;;regulatory;2146404;2146520;136;*; fin;;CDS;2146657;2147781;;; deb;;CDS;2279650;2279997;542;*; ;;rRNA;2280540;2282061;262;*;1522 ;;rRNA;2282324;2282440;64;*;117 ;;tRNA;2282505;2282580;238;*;gcc ;;rRNA;2282819;2285735;119;*;2917 ;;tRNA;2285855;2285948;6;*;tcc ;;tRNA;2285955;2286031;10;*;ccg ;;tRNA;2286042;2286115;14;*;gga ;;tRNA;2286130;2286205;1;*;cac ;;tRNA;2286207;2286281;9;*;tgc ;;tRNA;2286291;2286367;3;*;gtc ;;tRNA;2286371;2286446;6;*;ttc ;;tRNA;2286453;2286537;4;*;tac ;;tRNA;2286542;2286616;17;*;caa ;;tRNA;2286634;2286709;4;*;aaa ;;tRNA;2286714;2286789;5;*;gaa ;;tRNA;2286795;2286870;5;*;gta ;;tRNA;2286876;2286952;7;*;gac ;;tRNA;2286960;2287050;43;*;agc ;;tRNA;2287094;2287170;30;*;ccc ;;tRNA;2287201;2287287;3;*;ctg ;;tRNA;2287291;2287365;4;*;ggc ;;tRNA;2287370;2287446;4;*;cgt ;;tRNA;2287451;2287526;352;*;acc fin;;CDS;2287879;2288343;;; deb;;CDS;2303367;2303639;73;*; ;;regulatory;2303713;2303896;104;*; fin;;CDS;2304001;2304804;;; deb;comp;CDS;2321528;2322544;268;*; ;comp;tRNA;2322813;2322889;9;*;gtc ;comp;tRNA;2322899;2322973;81;*;cgg fin;comp;CDS;2323055;2323441;;0; deb;;CDS;2326619;2327947;459;*; ;;rRNA;2328407;2329934;336;*;1528 ;;rRNA;2330271;2330387;230;*;117 ;;rRNA;2330618;2333532;98;*;2915 ;;tRNA;2333631;2333706;4;*;aaa ;;tRNA;2333711;2333786;8;*;acc ;;tRNA;2333795;2333877;89;*;ctc fin;comp;CDS;2333967;2334704;;; deb;;CDS;2342094;2342804;158;*; ;comp;tRNA;2342963;2343030;222;*;ttc deb;;CDS;2343253;2343936;558;*; ;;rRNA;2344495;2346016;261;*;1522 ;;rRNA;2346278;2346394;64;*;117 ;;tRNA;2346459;2346535;145;*;atc ;;rRNA;2346681;2349594;100;*;2914 ;;tRNA;2349695;2349769;6;*;aac ;;tRNA;2349776;2349851;126;*;atgf fin;;CDS;2349978;2350976;;; deb;;CDS;2375597;2375872;14;*; ;;regulatory;2375887;2376057;106;*; fin;;CDS;2376164;2377375;;; deb;;CDS;2464578;2465114;271;*; ;comp;tRNA;2465386;2465461;432;*;aca fin;;CDS;2465894;2466226;;0; deb;;CDS;2471030;2471977;69;*; ;;tRNA;2472047;2472133;148;*;ctg fin;;CDS;2472282;2472431;;; deb;;CDS;2478637;2479455;61;*; ;;misc_b;2479517;2479758;48;*; fin;;CDS;2479807;2480301;;; deb;comp;CDS;2488189;2488956;8;*; ;comp;regulatory;2488965;2489129;204;*; fin;;CDS;2489334;2491055;;; deb;;CDS;2495461;2496048;402;*; ;comp;tRNA;2496451;2496527;4;*;gtc ;comp;tRNA;2496532;2496609;175;*;atgj deb;;CDS;2496785;2497120;217;*; ;comp;tRNA;2497338;2497420;7;*;ctc ;comp;tRNA;2497428;2497503;18;*;acc ;comp;tRNA;2497522;2497596;14;*;tgg ;comp;tRNA;2497611;2497684;19;*;ggg ;comp;tRNA;2497704;2497778;7;*;ggc ;comp;tRNA;2497786;2497873;8;*;ttg ;comp;tRNA;2497882;2497958;293;*;gtg ;;tRNA;2498252;2498328;314;*;ccg fin;comp;CDS;2498643;2499167;;0; deb;;CDS;2525576;2528362;87;*; ;;ncRNA;2528450;2528627;152;*; fin;;CDS;2528780;2529436;;; deb;;CDS;2554799;2554984;109;*; ;;tRNA;2555094;2555169;2;*;gaa ;;tRNA;2555172;2555247;6;*;ttc ;;tRNA;2555254;2555338;4;*;tac ;;tRNA;2555343;2555417;18;*;caa ;;tRNA;2555436;2555511;4;*;aaa ;;tRNA;2555516;2555590;9;*;ggc ;;tRNA;2555600;2555675;117;*;cac fin;comp;CDS;2555793;2557220;;; deb;comp;CDS;2792990;2793442;223;*; ;comp;rRNA;2793666;2796579;240;*;2914 ;comp;tRNA;2796820;2796895;6;*;gca ;comp;tRNA;2796902;2796978;64;*;atc ;comp;rRNA;2797043;2797159;337;*;117 ;comp;rRNA;2797497;2799018;506;*;1522 ;comp;tRNA;2799525;2799599;1;*;ggc ;comp;tRNA;2799601;2799687;32;*;ctg ;comp;tRNA;2799720;2799796;42;*;ccc ;comp;tRNA;2799839;2799915;4;*;cgt ;comp;tRNA;2799920;2799994;120;*;ggc ;comp;tRNA;2800115;2800192;42;*;atgj ;comp;tRNA;2800235;2800325;16;*;agc ;comp;tRNA;2800342;2800417;6;*;atgf ;comp;tRNA;2800424;2800498;7;*;aac ;comp;tRNA;2800506;2800581;4;*;gaa ;comp;tRNA;2800586;2800661;18;*;aaa ;comp;tRNA;2800680;2800754;4;*;caa ;comp;tRNA;2800759;2800843;91;*;tac ;comp;tRNA;2800935;2801011;7;*;gtc ;comp;tRNA;2801019;2801093;325;*;tgc fin;;CDS;2801419;2801724;;; deb;;CDS;3032538;3032729;109;*; ;comp;rRNA;3032839;3035753;237;*;2915 ;comp;tRNA;3035991;3036066;64;*;gcc ;comp;rRNA;3036131;3036247;262;*;117 ;comp;rRNA;3036510;3038031;774;*;1522 fin;comp;CDS;3038806;3040017;;; </pre> ===cbei=== ====cbei opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_opérons|cbei opérons]] <pre> 29.65%GC;29.7.19 Paris;16s 16 ;;;;;;;; Clostridium beijerinckii strain NCIMB 14988;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;CDS dirigé ;6477551..6480031;;CDS;;496;496;;;827; ;6480528..6482044;;16s;;213;;;;; ;6482258..6485171;;23s;;108;;;;; ;6485280..6485394;;5s;;14;;;;; ;15..91;;atgi;;1;;;1;; ;93..168;;gca;;85;85;;;;85 ;254..769;;CDS;;1940;;;;172; ;;;;;;;;;; ;2710..2937;;CDS;;119;119;;;76;119 ;3057..3147;;tca;+;30;;30;;; ;3178..3268;;agc;2 tca;241;;*241;;; ;3510..3600;;tca;2 agc;18;;18;;; ;3619..3709;;agc;;125;125;;;; ;3835..4350;;CDS;;9470;;;;172; ;;;;;;;;;; ;13821..14726;;CDS;;187;187;;;302; ;14914..14988;;cgt;;34;34;;;;34 comp;15023..15913;;CDS;;109014;;;;297; ;;;;;;;;;; ;124928..125338;;CDS;;275;275;;;137;275 ;125614..125702;;tta;+;20;;20;;; ;125723..125798;;atgf;4 tta;7;;7;;; ;125806..125882;;atgj;4 atgf;6;;6;;; ;125889..125977;;tta;2 atgj;22;;22;;; ;126000..126075;;atgf;;7;;7;;; ;126083..126159;;atgj;;6;;6;;; ;126166..126254;;tta;;21;;21;;; ;126276..126351;;atgf;;70;;70;;; ;126422..126510;;tta;;21;;21;;; ;126532..126607;;atgf;;664;664;;;; ;127272..129683;;CDS;;8954;;;;804; ;;;;;;;;;; ;138638..140143;;CDS;;307;307;;;502; ;140451..140525;;aac;+;234;;*234;;; ;140760..140834;;aac;3 aac;439;;*439;;; ;141274..141348;;aac;@6;299;299;;;;299 ;141648..143039;;CDS;;1587;;;;464; ;;;;;;;;;; comp;144627..145649;;CDS;;543;543;;;341; ;146193..147709;;16s;;140;;;;; ;147850..147925;;gca;;3;;;3;; ;147929..148005;;atc;;111;;;;; ;148117..151030;;23s;;70;;;;; ;151101..151217;;5s;;5;;;5;; ;151223..151298;;ttc;;4;;;;; ;151303..151377;;tgc;;167;167;;;;167 ;151545..151841;;CDS;;25608;;;;99; ;;;;;;;;;; ;177450..178097;;CDS;;76;76;;;216; ;178174..178249;;acc;;65;65;;;;65 ;178315..179508;;CDS;;134221;;;;398; ;;;;;;;;;; ;313730..316207;;CDS;;90;90;;;826;90 ;316298..316382;;cta;;4;;4;;; ;316387..316461;;ggg;;120;120;;;; comp;316582..316986;;CDS;;85487;;;;135; ;;;;;;;;;; ;402474..402953;;CDS;;125;125;;;160;125 ;403079..403154;;cca;+;17;;17;;; ;403172..403245;;gga;2x;149;;*149;;; ;403395..403471;;aga;cca gga aga;6;;6;;; ;403478..403553;;cca;;16;;16;;; ;403570..403643;;gga;;35;;35;;; ;403679..403755;;aga;;5;;5;;; ;403761..403836;;cac;;3;;3;;; ;403840..403914;;caa;2x;7;;7;;; ;403922..403997;;aaa;caa aaa cta ;18;;18;;; ;404016..404100;;cta;ggc gga ;5;;5;;; ;404106..404180;;ggc;;25;;25;;; ;404206..404279;;gga;;5;;5;;; ;404285..404360;;aag;;57;;57;;; ;404418..404492;;caa;;7;;7;;; ;404500..404575;;aaa;;18;;18;;; ;404594..404678;;cta;;5;;5;;; ;404684..404758;;ggc;;25;;25;;; ;404784..404857;;gga;;46;;46;;; ;404904..404980;;cga;;325;325;;;; <;405306..405467;;CDS;;8393;;;;54; ;;;;;;;;;; ;413861..415921;;CDS;;385;385;;;687; ;416307..417823;;16s;@5;132;;;;; ;417956..418032;;atc;;84;;;;; ;418117..421031;;23s;;71;;;;; ;421103..421177;;aac;;345;345;;;;345 ;421523..422449;;CDS;;63814;;;;309; ;;;;;;;;;; ;486264..486668;;CDS;;159;159;;;135;159 ;486828..486912;;tac;+;9;;9;;; ;486922..486997;;gta;3 tac;27;;27;;; ;487025..487099;;aca;2 gta;12;;12;;; ;487112..487196;;tac;2 aca;9;;9;;; ;487206..487281;;gta;;30;;30;;; ;487312..487386;;aca;;12;;12;;; ;487399..487483;;tac;;451;451;;;; ;487935..489110;;CDS;;50956;;;;392; ;;;;;;;;;; ;540067..540969;;CDS;;187;187;;;301;187 ;541157..541231;;tgg;;208;208;;;; ;541440..541820;;CDS;;97;;;;127; ;;;;;;;;;; comp;541918..542985;;CDS;;252;252;;;356;252 ;543238..543312;;tgg;;354;354;;;; ;543667..544683;;CDS;;347735;;;;339; ;;;;;;;;;; ;892419..893339;;CDS;;560;560;;;307; ;893900..895416;;16s;;137;;;;; ;895554..895629;;gca;;118;;;;; ;895748..898661;;23s;;204;;;;; ;898866..898982;;5s;;552;552;;;;*552 ;899535..900446;;CDS;;351;;;;304; ;;;;;;;;;; ;900798..902048;;CDS;;704;704;;;417; ;902753..904269;;16s;;339;;;;; ;904609..907522;;23s;;273;;;;; ;907796..907912;;5s;;69;69;;;;69 comp;907982..908449;;CDS;;43545;;;;156; ;;;;;;;;;; ;951995..952630;;CDS;;97;97;;;212;97 ;952728..952813;;ctc;;396;396;;;; ;953210..954919;;CDS;;784414;;;;570; ;;;;;;;;;; ;1739334..1739933;;CDS;;380;380;;;200;380 ;1740314..1740389;;cac;;3;;3;;; ;1740393..1740467;;cag;;5;;5;;; ;1740473..1740548;;aaa;;443;443;;;; comp;1740992..1742350;;CDS;;151829;;;;453; ;;;;;;;;;; ;1894180..1895406;;CDS;;34;34;;;409;34 comp;1895441..1895527;;ttg;;574;574;;;; ;1896102..1896794;;CDS;;200701;;;;231; ;;;;;;;;;; ;2097496..2097915;;CDS;;722;722;;;140; ;2098638..2100154;;16s;;502;;;;; ;2100657..2103569;;23s;;205;;;;; ;2103775..2103891;;5s;;315;315;;;;315 ;2104207..2104905;;CDS;;234313;;;;233; ;;;;;;;;;; ;2339219..2340322;;CDS;;662;662;;;368; ;2340985..2342501;;16s;;338;;;;; ;2342840..2345755;;23s;;140;;;;; ;2345896..2345970;;aac;;3;;;;; ;2345974..2346090;;5s;;429;429;;;;429 ;2346520..2348088;;CDS;;3574;;;;523; ;;;;;;;;;; ;2351663..2352139;;CDS;;568;568;;;159; ;2352708..2354224;;16s;;338;;;;; ;2354563..2357477;;23s;;140;;;;; ;2357618..2357692;;aac;;3;;;;; ;2357696..2357812;;5s;;90;90;;;;90 ;2357903..2358316;;CDS;;406783;;;;138; ;;;;;;;;;; ;2765100..2765525;;CDS;;625;625;;;142; ;2766151..2767667;;16s;;503;;;;; ;2768171..2771082;;23s;;202;;;;; ;2771285..2771401;;5s;;5;;;;; ;2771407..2771482;;ttc;;6;;;6;; ;2771489..2771565;;gac;;25;;;25;; ;2771591..2771665;;gaa;;448;448;;;;448 ;2772114..2774864;;CDS;;781818;;;;917; ;;;;;;;;;; ;3556683..3557051;;CDS;;565;565;;;123;*565 ;3557617..3557691;;gag;;925;925;;;; comp;3558617..3559759;;CDS;;192275;;;;381; ;;;;;;;;;; comp;3752035..3752652;;CDS;;245;245;;;206;245 comp;3752898..3752985;;agt;@1;711;711;;;; comp;3753697..3755112;;CDS;;501326;;;;472; ;;;;;;;;;; comp;4256439..4258403;;CDS;;267;267;;;655;267 comp;4258671..4258746;;aaa;;79;;79;;; comp;4258826..4258901;;cac;;7;;7;;; comp;4258909..4258985;;aga;;35;;35;;; comp;4259021..4259094;;gga;;752;752;;;; ;4259847..4260392;;CDS;;619853;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;4880246..4880488;;CDS;;508;508;;;81;*508 comp;4880997..4881113;;5s;;274;;;;; comp;4881388..4884300;;23s;;578;;;;; comp;4884879..4886395;;16s;;703;703;;;; comp;4887099..4888034;;CDS;;1272704;;;;312; ;;;;;;;;;; comp;6160739..6161977;;CDS;;343;343;;;413; ;6162321..6162396;;cca;;242;242;;;;242 ;6162639..6163283;;CDS;;2040;;;;215; ;;;;;;;;;; ;6165324..6165734;;CDS;;222;222;;;137; comp;6165957..6166032;;ttc;;5;;;;; comp;6166038..6166154;;5s;@2;188;188;;;;188 ;6166343..6167074;;CDS;;8085;;;;244; ;;;;;;;;;; comp;6175160..6175597;;CDS;;249;249;;;146;249 comp;6175847..6175922;;gca;;1;;;1;; comp;6175924..6176000;;atgi;;44;;;;; comp;6176045..6176161;;5s;;138;;;;; comp;6176300..6179216;;23s;;339;;;;; comp;6179556..6181072;;16s;;567;567;;;; comp;6181640..6182446;;CDS;;223;;;;269; ;;;;;;;;;; ;6182670..6183419;;CDS;;190;190;;;250;190 comp;6183610..6183685;;aaa;+;5;;;;; comp;6183691..6183807;;5s;2 aaa;159;159;;;;159 comp;6183967..6184914;;CDS;@3;294;294;;;316;294 comp;6185209..6185284;;aaa;;7;;;;; comp;6185292..6185408;;5s;;138;;;;; comp;6185547..6188463;;23s;;339;;;;; comp;6188803..6190319;;16s;;771;771;;;; comp;6191091..6192203;;CDS;;7306;;;;371; ;;;;;;;;;; comp;6199510..6202059;;CDS;;661;661;;;850; comp;6202721..6202837;;5s;@4;139;;;;; comp;6202977..6205893;;23s;;339;;;;; comp;6206233..6207749;;16s;;1102;;;;; comp;6208852..6208968;;5s;;138;;;;; comp;6209107..6212023;;23s;;339;;;;; comp;6212363..6213879;;16s;;502;502;;;;*502 comp;6214382..6215329;;CDS;;90019;;;;316; ;;;;;;;;;; comp;6305349..6306314;;CDS;;123;123;;;322;123 comp;6306438..6306527;;tcc;;281;281;;;; comp;6306809..6307984;;CDS;;66527;;;;392; ;;;;;;;;;; ;6374512..6375684;;CDS;;125;125;;;391;125 comp;6375810..6375884;;agg;;303;303;;;; comp;6376188..6378578;;CDS;;13398;;;;797; ;;;;;;;;;; comp;6391977..6392753;;CDS;;114;114;;;259;114 comp;6392868..6392984;;5s;;134;;;;; comp;6393119..6396033;;23s;;214;;;;; comp;6396248..6397764;;16s;;1120;;;;; comp;6398885..6399001;;5s;;139;;;;; comp;6399141..6402055;;23s;;214;;;;; comp;6402270..6403786;;16s;;748;748;;;; comp;6404535..6405107;;CDS;;31702;;;;191; ;;;;;;;;;; ;6436810..6437790;;CDS;;192;192;;;327; comp;6437983..6438059;;gac;+;6;;6;;; comp;6438066..6438141;;gta;3x;14;;14;;; comp;6438156..6438230;;gaa;gac gta ;29;;29;;; comp;6438260..6438334;;aca;gaa aca – 1;10;;10;;; comp;6438345..6438421;;gac;;6;;6;;; comp;6438428..6438503;;gta;;16;;16;;; comp;6438520..6438594;;gaa;;29;;29;;; comp;6438624..6438698;;aca;;10;;10;;; comp;6438709..6438785;;gac;;6;;6;;; comp;6438792..6438867;;gta;;14;;14;;; comp;6438882..6438956;;gaa;;162;162;;;;162 comp;6439119..6439685;;CDS;;37865;;;;189; </pre> ====cbei cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_cumuls|cbei cumuls]] <pre> cbei cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;17;1;0;2;1;0;1;0;100;4 ;16 23 5s 0;7;20;34;3;50;2;50;2;200;19 ;16 atc gca;1;40;12;1;100;7;100;6;300;11 ;16 23 5s a;4;60;2;0;150;7;150;5;400;20 ;max a;4;80;2;0;200;9;200;7;500;6 ;a doubles;1;100;0;0;250;5;250;3;600;3 ;autres;6;120;0;0;300;6;300;5;700;2 ;total aas;19;140;0;0;350;6;350;2;800;1 sans ;opérons;20;160;1;0;400;4;400;1;900;4 ;1 aa;11;180;0;0;450;3;450;2;1000;1 ;max a;19;200;0;0;500;2;500;0;1100;0 ;a doubles;5;;3;0;;21;;4;;0 ;total aas;74;;54;6;;72;;37;;71 total aas;;93;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;18;7;;350;;195;;328 ;;;variance;17;9;;225;;111;;206 </pre> ====cbei blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_blocs|cbei blocs]] <pre> cbei blocs;;;; 16s;213;503;339; 23s;108;202;138; 5s;14;5;44; atgi;atgi;ttc;atgi; ;;;; 16s;339;502;578; 23s;273;205;274; 5s;;;; ;;;; aaa;5;;; 5s;159;5s;139;134 cds;294;23s;339;214 aaa;7;16s;1102;1120 5s;138;5s;138;139 23s;339;23s;339;214 16s;;16s;; ;;;; 16s;338;338;16s;140 23s;140;140;gca;3 aac;3;3;atc;111 5s;aac;aac;23s;70 ;;;5s;5 ;;;ttc; ;;;; 16s;137;;16s;132 gca;118;;atc;84 23s;204;;23s;71 5s;;;aac; ;;;; ttc;5;;; 5s;;;; </pre> ====cbei distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_distribution|cbei distribution]] <pre> ;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 aac 3 -5 et 3 >1;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt; aaa 2 +5 et 4 >1;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gca 2+16s, 2+5s;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;3;tgc; les +5s sont;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;3;agc;2 des 1-3aas;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;2 ;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;2;taa;;tga; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;3 ;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;1 ;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;3;gga;5 ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; ;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;1;agg; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; ;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1 ;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;cbei;;11;;;;;11;;cbei;63;;;;;;63 </pre> ====cbei données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_données_intercalaires|cbei données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cbei;fx;fc;cbei;fx40;fc40;cbei;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;19;0;0;19;-1;0;71;85;34;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;0;10;6;249;1;3;55;-2;0;0;119;120;390;548;5* 339;;;1;;atgi;30;;tca;6;;gac ;1;20;12;375;2;1;39;-3;0;0;125;252;565;;502;;;**;;gca;241;;agc;14;;gta ;0;30;7;204;3;0;23;-4;2;83;187;443;709;;2* 338;;;4;;ttc;18;;tca;29;;gaa 2;0;40;10;126;4;0;36;-5;1;0;275;34;727;;503;;;**;;tgc;**;;agc;10;;aca ;0;50;10;119;5;0;17;-6;0;0;664;574;667;;578;;;6;;ttc;20;;tta;6;;gac ;0;60;24;126;6;1;16;-7;0;8;307;505;573;;2* 214;;;25;;gac;7;;atgf;16;;gta ;1;70;30;98;7;0;8;-8;1;72;299;752;282;;213;;;**;;gaa;6;;atgj;29;;gaa ;1;80;25;95;8;0;15;-9;0;0;681;343;703;;23s 5s;;;1;;gca;22;;tta;10;;aca ;2;90;19;100;9;0;23;-10;0;5;76;222;572;;70;;;**;;atgi;7;;atgf;6;;gac ;1;100;33;101;10;1;17;-11;0;38;65;190;776;;204;;;;;;6;;atgj;14;;gta ;0;110;34;103;11;3;48;-12;0;0;90;125;507;;273;;;;;;21;;tta;**;;gaa 1;1;120;29;89;12;2;51;-13;0;4;125;192;753;;205;;;;;;70;;atgf;;; 1;2;130;34;79;13;0;41;-14;0;21;325;;501;;202;;;;;;21;;tta;;; ;1;140;38;85;14;0;47;-15;0;0;345;;5s CDS;;274;;;;;;**;;atgf;;; ;0;150;32;102;15;1;43;-16;0;3;159;;552;69;138;;;;;;234;;aac;;; ;1;160;47;86;16;2;29;-17;0;21;451;;315;188;138;;;;;;439;;aac;;; ;1;170;33;85;17;0;25;-18;0;0;187;;429;114;139;;;;;;**;;aac;;; ;0;180;30;78;18;0;38;-19;0;2;208;;90;;138;;;;;;4;;cta;;; 1;2;190;33;68;19;2;23;-20;0;11;354;;508;;134;;;;;;**;;ggg;;; 1;0;200;24;79;20;2;30;-21;1;0;97;;159;;139;;;;;;17;;cca;;; ;1;210;38;63;21;2;32;-22;0;1;396;;661;;108;;;;;;149;;gga;;; ;0;220;24;75;22;0;25;-23;0;9;380;;5s 16s;;16s tRNA;;;;;;6;;aga;;; 1;0;230;28;60;23;0;18;-24;0;0;448;;1107;;140;;gca;;;;16;;cca;;; ;0;240;25;61;24;0;21;-25;1;1;565;;1125;;132;;atc;;;;35;;gga;;; ;3;250;35;47;25;0;23;-26;1;10;248;;;;137;;gca;;;;5;;aga;;; 1;0;260;23;60;26;1;22;-27;0;0;13;;;;tRNA 23s;;;;;;3;;cac;;; ;1;270;18;61;27;0;18;-28;0;4;267;;;;111;;atc;;;;7;;caa;;; ;1;280;21;62;28;1;11;-29;0;5;242;;;;84;;atc;;;;18;;aaa;;; ;1;290;18;48;29;2;16;-30;0;0;249;;;;118;;gca;;;;5;;cta;;; ;2;300;26;53;30;1;18;-31;0;0;294;;;;5s tRNA;;;;;;25;;ggc;;; ;2;310;21;38;31;0;18;-32;0;0;135;;;;3* 5;;ttc;;;;5;;gga;;; ;0;320;24;38;32;1;13;-33;0;0;281;;;;44;;atgi;;;;57;;aag;;; ;1;330;23;46;33;1;11;-34;0;0;303;;;;5;;aaa;;;;7;;caa;;; ;0;340;17;36;34;2;12;-35;0;4;162;;;;7;;aaa;;;;18;;aaa;;; 1;1;350;18;40;35;0;13;-36;0;0;;;;;14;;atgi;;;;5;;cta;;; ;1;360;15;28;36;1;9;-37;0;1;;;;;23s tRNA;;;;;;25;;ggc;;; ;0;370;15;35;37;0;8;-38;1;4;;;;;2* 140;;aac;;;;46;;gga;;; ;1;380;18;35;38;2;11;-39;0;0;;;;;71;;aac;;;;**;;cga;;; ;0;390;20;37;39;2;15;-40;0;1;;;;;tRNA 5s;;;;;;9;;tac;;; ;1;400;13;25;40;1;16;-41;0;1;;;;;2* 3;;aac;;;;27;;gta;;; 4;5;reste;262;596;reste;1177;3037;-42;0;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;12;;aca;;; 13;35;total;1212;4010;total;1212;4010;-43;0;1;;;;;3;;gca atc;;;;9;;tac;;; 9;30;diagr;950;3395;diagr;35;954;-44;0;2;;;;;;;;;;;30;;gta;;; 0;1; t30;25;828;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;12;;aca;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;**;;tac;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;3;;cac;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;5;;cag;;; ;x;1212;10;0;1222;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;**;;aaa;;; ;c;3991;390;19;4400;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;79;;aaa;;; ;;;;;5622;192;;reste;1;4;;;;;;;;;;;7;;cac;;; ;;;;;;5814;;total;10;390;;;;;;;;;;;35;;aga;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gga;;; </pre> =====cbei autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires_aas|cbei autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cbei;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;tRNA;15;91;1;*;atgi ;;tRNA;93;168;85;*;gca fin;;CDS;254;769;;; deb;;CDS;2710;2937;119;*; ;;tRNA;3057;3147;30;*;tca ;;tRNA;3178;3268;241;*;agc ;;tRNA;3510;3600;18;*;tca ;;tRNA;3619;3709;125;*;agc fin;;CDS;3835;4350;;; deb;;CDS;13821;14726;187;*; ;;tRNA;14914;14988;34;*;cgt fin;comp;CDS;15023;15913;;0; deb;;CDS;124928;125338;275;*; ;;tRNA;125614;125702;20;*;tta ;;tRNA;125723;125798;7;*;atgf ;;tRNA;125806;125882;6;*;atgj ;;tRNA;125889;125977;22;*;tta ;;tRNA;126000;126075;7;*;atgf ;;tRNA;126083;126159;6;*;atgj ;;tRNA;126166;126254;21;*;tta ;;tRNA;126276;126351;70;*;atgf ;;tRNA;126422;126510;21;*;tta ;;tRNA;126532;126607;664;*;atgf fin;;CDS;127272;129683;;; deb;;CDS;138638;140143;307;*; ;;tRNA;140451;140525;234;*;aac ;;tRNA;140760;140834;439;*;aac ;;tRNA;141274;141348;299;*;aac fin;;CDS;141648;143039;;; deb;comp;CDS;144627;145649;548;*; ;;rRNA;146198;147709;140;*;16s ;;tRNA;147850;147925;3;*;gca ;;tRNA;147929;148005;111;*;atc ;;rRNA;148117;151030;70;*;23s ;;rRNA;151101;151217;5;*;5s ;;tRNA;151223;151298;4;*;ttc ;;tRNA;151303;151377;681;*;tgc fin;;CDS;152059;153456;;0; deb;;CDS;177450;178097;76;*; ;;tRNA;178174;178249;65;*;acc fin;;CDS;178315;179508;;; deb;;CDS;313730;316207;90;*; ;;tRNA;316298;316382;4;*;cta ;;tRNA;316387;316461;120;*;ggg fin;comp;CDS;316582;316986;;0; deb;;CDS;402474;402953;125;*; ;;tRNA;403079;403154;17;*;cca ;;tRNA;403172;403245;149;*;gga ;;tRNA;403395;403471;6;*;aga ;;tRNA;403478;403553;16;*;cca ;;tRNA;403570;403643;35;*;gga ;;tRNA;403679;403755;5;*;aga ;;tRNA;403761;403836;3;*;cac ;;tRNA;403840;403914;7;*;caa ;;tRNA;403922;403997;18;*;aaa ;;tRNA;404016;404100;5;*;cta ;;tRNA;404106;404180;25;*;ggc ;;tRNA;404206;404279;5;*;gga ;;tRNA;404285;404360;57;*;aag ;;tRNA;404418;404492;7;*;caa ;;tRNA;404500;404575;18;*;aaa ;;tRNA;404594;404678;5;*;cta ;;tRNA;404684;404758;25;*;ggc ;;tRNA;404784;404857;46;*;gga ;;tRNA;404904;404980;325;*;cga fin;;CDS;405306;405467;;; deb;;CDS;413861;415921;390;*;atc ;;rRNA;416312;417823;132;*;16s ;;tRNA;417956;418032;84;*; ;;rRNA;418117;421031;71;*;23s ;;tRNA;421103;421177;345;*;aac fin;;CDS;421523;422449;;; deb;;CDS;486264;486668;159;*; ;;tRNA;486828;486912;9;*;tac ;;tRNA;486922;486997;27;*;gta ;;tRNA;487025;487099;12;*;aca ;;tRNA;487112;487196;9;*;tac ;;tRNA;487206;487281;30;*;gta ;;tRNA;487312;487386;12;*;aca ;;tRNA;487399;487483;451;*;tac fin;;CDS;487935;489110;;; deb;;CDS;540067;540969;187;*; ;;tRNA;541157;541231;208;*;tgg fin;;CDS;541440;541820;;0; deb;comp;CDS;541918;542985;252;*; ;;tRNA;543238;543312;354;*; fin;;CDS;543667;544683;;; deb;;CDS;772270;774093;262;*; ;;tmRNA;774356;774713;871;*; fin;;CDS;775585;776133;;; deb;;CDS;892419;893339;565;*; ;;rRNA;893905;895416;137;*;16s ;;tRNA;895554;895629;118;*;gca ;;rRNA;895748;898661;204;*;23s ;;rRNA;898866;898982;552;*;5s fin;;CDS;899535;900446;;; deb;;CDS;900798;902048;709;*; ;;rRNA;902758;904269;339;*;16s ;;rRNA;904609;907522;273;*;23s ;;rRNA;907796;907912;69;*;5s fin;comp;CDS;907982;908449;;0; deb;;CDS;951995;952630;97;*; ;;tRNA;952728;952813;396;*;ctc fin;;CDS;953210;954919;;; deb;;CDS;1017389;1017694;70;*; ;;ncRNA;1017765;1018113;758;*; fin;;CDS;1018872;1020263;;; deb;;CDS;1646835;1647233;56;*; ;;ncRNA;1647290;1647483;182;*; fin;comp;CDS;1647666;1647878;;0; deb;;CDS;1739334;1739933;380;*; ;;tRNA;1740314;1740389;3;*;cac ;;tRNA;1740393;1740467;5;*;cag ;;tRNA;1740473;1740548;443;*;aaa fin;comp;CDS;1740992;1742350;;0; deb;;CDS;1846157;1848058;-183;*; ;;gene;1847876;1848058;588;*; fin;;CDS;1848647;1849633;;; deb;;CDS;1894180;1895406;34;*; ;comp;tRNA;1895441;1895527;574;*;ttg fin;;CDS;1896102;1896794;;; deb;;CDS;2097496;2097915;727;*; ;;rRNA;2098643;2100154;502;*;16s ;;rRNA;2100657;2103569;205;*;23s ;;rRNA;2103775;2103891;315;*;5s fin;;CDS;2104207;2104905;;; deb;;CDS;2296804;2297472;104;*; ;comp;ncRNA;2297577;2297769;380;*; fin;;CDS;2298150;2299064;;; deb;;CDS;2305297;2306502;275;*; ;comp;ncRNA;2306778;2307043;230;*; fin;;CDS;2307274;2308908;;0; deb;;CDS;2339219;2340322;667;*; ;;rRNA;2340990;2342501;338;*;16s ;;rRNA;2342840;2345755;140;*;23s ;;tRNA;2345896;2345970;3;*;aac ;;rRNA;2345974;2346090;429;*;5s fin;;CDS;2346520;2348088;;; deb;;CDS;2351663;2352139;573;*; ;;rRNA;2352713;2354224;338;*;16s ;;rRNA;2354563;2357477;140;*;23s ;;tRNA;2357618;2357692;3;*;aac ;;rRNA;2357696;2357812;90;*;5s fin;;CDS;2357903;2358316;;0; deb;;CDS;2765706;2765873;282;*; ;;rRNA;2766156;2767667;503;*;16s ;;rRNA;2768171;2771082;202;*;23s ;;rRNA;2771285;2771401;5;*;5s ;;tRNA;2771407;2771482;6;*;ttc ;;tRNA;2771489;2771565;25;*;gac ;;tRNA;2771591;2771665;448;*;gaa fin;;CDS;2772114;2774864;;; deb;;CDS;3556683;3557051;565;*; ;;tRNA;3557617;3557691;505;*;gag fin;comp;CDS;3558197;3558508;;; deb;comp;CDS;3752035;3752652;248;*; ;comp;tRNA;3752901;3752985;13;*;agt fin;comp;CDS;3752999;3753169;;0; deb;comp;CDS;4256439;4258403;267;*; ;comp;tRNA;4258671;4258746;79;*;aaa ;comp;tRNA;4258826;4258901;7;*;cac ;comp;tRNA;4258909;4258985;35;*;aga ;comp;tRNA;4259021;4259094;752;*;gga fin;;CDS;4259847;4260392;;; deb;comp;CDS;4880246;4880488;508;*; ;comp;rRNA;4880997;4881113;274;*;5s ;comp;rRNA;4881388;4884300;578;*;23s ;comp;rRNA;4884879;4886395;703;*;16s fin;comp;CDS;4887099;4888034;;0; deb;comp;CDS;6160739;6161977;343;*; ;;tRNA;6162321;6162396;242;*;cca fin;;CDS;6162639;6163283;;0; deb;;CDS;6165324;6165734;222;*; ;comp;tRNA;6165957;6166032;5;*;ttc ;comp;rRNA;6166038;6166154;188;*;5s fin;;CDS;6166343;6167074;;0; deb;comp;CDS;6175160;6175597;249;*; ;comp;tRNA;6175847;6175922;1;*;gca ;comp;tRNA;6175924;6176000;44;*;atgi ;comp;rRNA;6176045;6176161;138;*;5s ;comp;rRNA;6176300;6179216;339;*;23s ;comp;rRNA;6179556;6181067;572;*;16s fin;comp;CDS;6181640;6182446;;0; deb;;CDS;6182670;6183419;190;*; ;comp;tRNA;6183610;6183685;5;*;aaa ;comp;rRNA;6183691;6183807;159;*;5s deb;comp;CDS;6183967;6184914;294;*; ;comp;tRNA;6185209;6185284;7;*;aaa ;comp;rRNA;6185292;6185408;138;*;5s ;comp;rRNA;6185547;6188463;339;*;23s ;comp;rRNA;6188803;6190314;776;*;16s fin;comp;CDS;6191091;6192203;;; deb;comp;CDS;6199510;6202059;661;*; ;comp;rRNA;6202721;6202837;139;*;5s ;comp;rRNA;6202977;6205893;339;*;23s ;comp;rRNA;6206233;6207744;1107;*;16s ;comp;rRNA;6208852;6208968;138;*;5s ;comp;rRNA;6209107;6212023;339;*;23s ;comp;rRNA;6212363;6213874;507;*;16s fin;comp;CDS;6214382;6215329;;; deb;;CDS;6256716;6257600;154;*; ;comp;ncRNA;6257755;6258021;316;*; fin;comp;CDS;6258338;6258889;;; deb;comp;CDS;6305349;6306302;135;*; ;comp;tRNA;6306438;6306527;281;*;tcc fin;comp;CDS;6306809;6307984;;; deb;;CDS;6374512;6375684;125;*; ;comp;tRNA;6375810;6375884;303;*;agg fin;comp;CDS;6376188;6378578;;0; deb;comp;CDS;6391977;6392753;114;*; ;comp;rRNA;6392868;6392984;134;*;5s ;comp;rRNA;6393119;6396033;214;*;23s ;comp;rRNA;6396248;6397759;1125;*;16s ;comp;rRNA;6398885;6399001;139;*;5s ;comp;rRNA;6399141;6402055;214;*;23s ;comp;rRNA;6402270;6403781;753;*;16s fin;comp;CDS;6404535;6405107;;; deb;;CDS;6436810;6437790;192;*; ;comp;tRNA;6437983;6438059;6;*;gac ;comp;tRNA;6438066;6438141;14;*;gta ;comp;tRNA;6438156;6438230;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438260;6438334;10;*;aca ;comp;tRNA;6438345;6438421;6;*;gac ;comp;tRNA;6438428;6438503;16;*;gta ;comp;tRNA;6438520;6438594;29;*;gaa ;comp;tRNA;6438624;6438698;10;*;aca ;comp;tRNA;6438709;6438785;6;*;gac ;comp;tRNA;6438792;6438867;14;*;gta ;comp;tRNA;6438882;6438956;162;*;gaa fin;comp;CDS;6439119;6439685;;0; deb;;CDS;6477551;6480031;501;*; ;;rRNA;6480533;6482044;213;*;16s ;;rRNA;6482258;6485171;108;*;23s ;;rRNA;6485280;6485394;14;*;5s </pre> ====cbei intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_entre_cds|cbei intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> cbei;2.2.21 Paris;;cbei 31.7.20;;;;;;;;; cbei;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;400;7.1;'''négatif ;-11;12;-1 à -64;'''6 485 394;-1;400;610;14 ;'''zéro;19;0.3;;;;;'''intercals;0;19;620;19 ;'''1 à 200;2957;52.6;'''0 à 200;83;61;;'''1 159 420;5;174;630;8 ;'''201 à 370;1240;22.1;'''201 à 370;275;48;;'''17.9%;10;81;640;14 ;'''371 à 600;713;12.7;'''371 à 600;464;66;;;15;236;650;10 ;'''601 à max;293;5.2;'''601 à 1028;808;203;;;20;151;660;8 ;'''total 5623;<201;60.0;'''total 5620;205;211;-64 à 1555;;25;121;670;13 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;90;680;7 1860894;2121;-1;400;-70;1;;0;19;35;71;690;9 1898453;1881;0;19;-60;4;;-1;°71;40;65;700;14 4639922;1555;1;°58;-50;1;;-2;0;45;61;710;7 6361933;1545;2;°40;-40;8;;-3;0;50;68;720;8 5176736;1499;3;23;-30;10;'''min à -1;-4;°85;55;81;730;6 2532196;1482;4;36;-20;44;400;-5;1;60;69;740;12 3181990;1469;5;17;-10;94;7.1%;-6;0;65;68;750;5 4033167;1431;6;17;0;257;;-7;8;70;60;760;6 4590435;1429;7;8;10;255;;-8;°73;75;70;770;7 3571512;1391;8;15;20;387;;-9;0;80;50;780;4 4428508;1372;9;23;30;211;;-10;5;85;61;790;8 5504697;1348;10;18;40;136;;-11;°38;90;58;800;4 1486045;1326;11;°51;50;129;;-12;0;95;76;810;2 2570075;1302;12;°53;60;150;;-13;4;100;58;820;6 4602139;1289;13;41;70;128;'''1 à 100;-14;°21;105;68;830;5 3981561;1239;14;°47;80;120;1769;-15;0;110;69;840;5 4621836;1226;15;°44;90;119;31.5%;-16;3;115;53;850;3 4088892;1221;16;31;100;134;;-17;°21;120;65;860;2 4296061;1207;17;25;110;137;;-18;0;125;48;870;2 6061011;1205;18;°38;120;118;;-19;2;130;65;880;5 2648455;1201;19;25;130;113;;-20;°11;135;65;890;2 4064421;1178;20;32;140;123;;-21;1;140;58;900;4 4839562;1176;21;°34;150;134;;-22;1;145;67;910;4 3909835;1173;22;25;160;133;;-23;°9;150;67;920;4 2456047;1153;23;18;170;118;'''1 à 200;-24;0;155;65;930;1 3569689;1127;24;21;180;108;2957;-25;2;160;68;940;2 3023607;1112;25;°23;190;101;52.6%;-26;°11;165;64;950;0 4726206;1107;26;°23;200;103;;-27;0;170;54;960;3 1550735;1102;27;18;210;101;;-28;4;175;53;970;3 4395515;1078;28;12;220;99;;-29;°5;180;55;980;1 1099864;1072;29;18;230;88;;-30;0;185;44;990;2 3075992;1065;30;°19;240;86;;-31;0;190;57;1000;4 3857530;1064;31;°18;250;82;'''0 à 200;-32;0;195;51;1010;3 776201;1058;32;14;260;83;2976;;395;200;52;1020;4 2291086;1058;33;12;270;79;;reste;24;205;53;1030;2 5939293;1054;34;°14;280;83;;total;419;210;48;1040;3 2680682;1051;35;°13;290;66;;;;215;38;1050;0 3035780;1051;36;10;300;79;;;;220;61;1060;5 4035399;1040;37;8;310;59;;'''intercal;'''<u>frequencef;225;45;1070;2 6351672;1032;38;13;320;62;;600;5330;230;43;1080;2 2453621;1031;39;°17;330;69;;650;65;235;40;1090;0 5871985;1027;40;°17;340;53;'''201 à 370;700;51;240;46;1100;0 5197163;1021;reste;4215;350;58;1240;750;38;245;39;1110;2 ;;total;5623;360;43;22.1%;800;29;250;43;1120;1 ;;;;370;50;;850;21;255;46;1130;1 ;;;;380;53;;900;15;260;37;1140;0 ;;;;390;57;;950;11;265;38;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;38;;1000;13;270;41;1160;1 4624137;-110;shift 2;673;410;48;;1050;12;275;48;1170;0 1868484;-64;shift 2;608;420;44;;1100;9;280;35;1180;3 3204859;-64;shift 2;665;430;32;;1150;4;285;37;1190;0 2485518;-62;shift 2;184;440;36;;1200;4;290;29;1200;0 3963063;-60;;;450;42;;1250;6;295;41;reste;21 2029018;-50;;;460;39;;1300;1;300;38;total;293 5912545;-49;;;470;28;;1350;3;305;30;; 5354783;-47;;;480;27;;1400;2;310;29;; 1515675;-46;;;490;24;;1450;2;315;28;; 4067020;-44;;;500;28;;1500;3;320;34;; 5920392;-44;;;510;23;;1550;1;325;33;; 1552479;-43;;;520;19;;1600;1;330;36;; 330305;-41;;;530;23;;;291;335;26;; 4488902;-40;;;540;27;'''371 à 600;;;340;27;; 2489800;-38;;;550;18;714;;;345;33;; 2856876;-38;;;560;27;12.7%;;;350;25;; 4401424;-38;;;570;21;;;;355;26;; 4678887;-38;;;580;20;'''601 à max;;;360;17;; 5785183;-38;;;590;20;293;;;365;28;; 3964014;-37;;;600;20;5.2%;;;370;22;; 1257344;-35;;;reste;293;;reste;2;reste;1007;; 4675094;-35;;;total;5623;;total;5623;total;5623;; </pre> ====cbei intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cbei Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;20.2.22; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; pmq;min10;1613;4170;5783;455;-834;-652;182;-867;-826;-61;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; 32;217;0.15;1926;5302;3;5;22;142;68;1155;-203;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; cbei;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;32;-258;570;-3.2;723;269;max160;&-46;339;-824;83;780;246;min50 31 à 400;12.7;-134;357;3.5;790;352;*;&-1.4;16;-123;40;937;391;1 partie droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;5;26;-;4;poly;708;tF;&123;50;-;566;poly;214;SF 31 à 400;36;30;-;345;poly;445;tF *;&75;37;-;929;dte;8;Sf * diagramme en effectifs de 1 à 600;;;;;;;;;;;;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;;;;;; 41-n;0.402;-0.509;-0.375;;;;;0.272;;;;;;;;complément à 800;; 1-n;-0.290;-0.649;-0.648;;;;;;;;;20.2.22;;;;effectifs;; cbei;fx;fc;;cbei;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;cbei;Sx-;Sc-;;cbei;fx;fc 0;0;19;;0;0;6;0;0;19;>0;1212;-1;;71;;410;17;31 10;6;249;;10;6;73;1;3;55;<0;10;-2;;0;;420;12;32 20;12;375;;20;13;110;2;1;39;zéro;0;-3;;0;;430;6;26 30;7;204;;30;7;60;3;0;23;total;1222;-4;2;83;;440;11;25 40;10;126;;40;11;37;4;0;36;;c;-5;1;0;;450;19;23 50;10;119;;50;11;35;5;0;17;>0;3991;-6;;0;;460;13;26 60;24;126;;60;25;37;6;1;16;<0;390;-7;;8;;470;11;17 70;30;98;;70;32;29;7;0;8;zéro;19;-8;1;72;;480;6;21 80;25;95;;80;26;28;8;0;15;total;4400;-9;;0;;490;9;15 90;19;100;;90;20;29;9;0;23;;;-10;;5;;500;10;18 100;33;101;;100;35;30;10;1;17;total;5622;-11;;38;;510;6;16 110;34;103;;110;36;30;11;3;48;;;-12;;0;;520;2;17 120;29;89;;120;31;26;12;2;51;;;-13;;4;;530;5;18 130;34;79;;130;36;23;13;0;41;;5203;-14;;21;;540;7;20 140;38;85;;140;40;25;14;0;47;;;-15;;0;;550;5;13 150;32;102;;150;34;30;15;1;43;;;-16;;3;;560;12;15 160;47;86;;160;49;25;16;2;29;;;-17;;21;;570;7;14 170;33;85;;170;35;25;17;0;25;;;-18;;0;;580;4;16 180;30;78;;180;32;23;18;0;38;;;-19;;2;;590;9;11 190;33;68;;190;35;20;19;2;23;;;-20;;11;;600;9;11 200;24;79;;200;25;23;20;2;30;;;-21;1;0;;610;2;12 210;38;63;;210;40;19;21;2;32;;;-22;;1;;620;4;15 220;24;75;;220;25;22;22;0;25;;;-23;;9;;630;3;5 230;28;60;;230;29;18;23;0;18;;;-24;;0;;640;4;10 240;25;61;;240;26;18;24;0;21;;;-25;1;1;;650;2;8 250;35;47;;250;37;14;25;0;23;;;-26;1;10;;660;3;5 260;23;60;;260;24;18;26;1;22;;;-27;;0;;670;3;10 270;18;61;;270;19;18;27;0;18;;;-28;;4;;680;4;3 280;21;62;;280;22;18;28;1;11;;;-29;;5;;690;1;8 290;18;48;;290;19;14;29;2;16;;;-30;;0;;700;6;8 300;26;53;;300;27;16;30;1;18;;;-31;;0;;710;3;4 310;21;38;;310;22;11;31;0;18;;;-32;;0;;720;2;6 320;24;38;;320;25;11;32;1;13;;;-33;;0;;730;3;3 330;23;46;;330;24;14;33;1;11;;;-34;;0;;740;5;7 340;17;36;;340;18;11;34;2;12;;;-35;;4;;750;2;3 350;18;40;;350;19;12;35;0;13;;;-36;;0;;760;1;5 360;15;28;;360;16;8;36;1;9;;;-37;;1;;770;1;6 370;15;35;;370;16;10;37;0;8;;;-38;1;4;;780;1;3 380;18;35;;380;19;10;38;2;11;;;-39;;0;;790;0;8 390;20;37;;390;21;11;39;2;15;;;-40;;1;;800;1;3 400;13;25;;400;14;7;40;1;16;;;-41;;1;;reste;31;79 reste;262;596;;;;;reste;1177;3037;;;-42;;0;;total;231;517 total;1212;4010;;t30;26;244;total;1212;4010;;;-43;;1;;;; diagr;950;3395;;;;;diagr;35;954;;;-44;;2;;;; - t30;925;2567;;;;;;;;;;-45;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-46;1;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-47;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-48;;0;;;; ;;;;;;;;;;;;-49;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;-50;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;reste;1;4;;;; ;;;;;;;;;;;;total;10;390;;;; </pre> ====cbei intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_négatifs_S-|cbei intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;3;1;;;1;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;1;;;;;1;11 continu;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;cbei;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;total ;Sx-;0;0;0;3;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;11 ;Sc-;71;0;0;82;0;0;8;72;0;5;38;0;4;21;0;3;21;0;2;11;0;1;9;0;1;10;0;4;5;0;0;0;0;0;4;0;1;4;0;1;1;0;1;2;0;0;1;0;1;1;4;389 </pre> ====cbei autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_autres_intercalaires|cbei autres intercalaires]] <pre> cbei;autres intercalaires;;adresses1;;;cbei;autres intercalaires;;adresses2;;;cbei;autres intercalaires;;adresses3;; ;&tRNA;15;1;;;deb;°CDS;540067;187;;;deb;°CDS;4256439;267;comp; ;&tRNA;93;85;;;;&tRNA;541157;208;;;;&tRNA;4258671;79;comp; fin;°CDS;254;;;;fin;°CDS;541440;;;;;&tRNA;4258826;7;comp; deb;°CDS;2710;119;;;deb;°CDS;541918;252;comp;;;&tRNA;4258909;35;comp; ;&tRNA;3057;30;;;;&tRNA;543238;354;;;;&tRNA;4259021;752;comp; ;&tRNA;3178;241;;;fin;°CDS;543667;;;;fin;°CDS;4259847;;; ;&tRNA;3510;18;;;deb;°CDS;772270;262;;;deb;°CDS;4880246;508;comp; ;&tRNA;3619;125;;;;tmRNA;774356;871;;;;$rRNA;4880997;274;comp; fin;°CDS;3835;;;;fin;°CDS;775585;;;;;$rRNA;4881388;578;comp; deb;°CDS;13821;187;;;deb;°CDS;892419;565;;;;$rRNA;4884879;703;comp; ;&tRNA;14914;34;;;;$rRNA;893905;137;;;fin;°CDS;4887099;;comp; fin;°CDS;15023;;comp;;;&tRNA;895554;118;;;deb;°CDS;6160739;343;comp; deb;°CDS;124928;275;;;;$rRNA;895748;204;;;;&tRNA;6162321;242;; ;&tRNA;125614;20;;;;$rRNA;898866;552;;;fin;°CDS;6162639;;; ;&tRNA;125723;7;;;fin;°CDS;899535;;;;deb;°CDS;6165324;222;; ;&tRNA;125806;6;;;deb;°CDS;900798;709;;;;&tRNA;6165957;5;comp; ;&tRNA;125889;22;;;;$rRNA;902758;339;;;;$rRNA;6166038;188;comp; ;&tRNA;126000;7;;;;$rRNA;904609;273;;;fin;°CDS;6166343;;; ;&tRNA;126083;6;;;;$rRNA;907796;69;;;deb;°CDS;6175160;249;comp; ;&tRNA;126166;21;;;fin;°CDS;907982;;comp;;;&tRNA;6175847;1;comp; ;&tRNA;126276;70;;;deb;°CDS;951995;97;;;;&tRNA;6175924;44;comp; ;&tRNA;126422;21;;;;&tRNA;952728;396;;;;$rRNA;6176045;138;comp; ;&tRNA;126532;664;;;fin;°CDS;953210;;;;;$rRNA;6176300;339;comp; fin;°CDS;127272;;;;deb;°CDS;1017389;70;;;;$rRNA;6179556;572;comp; deb;°CDS;138638;307;;;;ncRNA;1017765;758;;;fin;°CDS;6181640;;comp; ;&tRNA;140451;234;;;fin;°CDS;1018872;;;;deb;°CDS;6182670;190;; ;&tRNA;140760;439;;;deb;°CDS;1646835;56;;;;&tRNA;6183610;5;comp; ;&tRNA;141274;299;;;;ncRNA;1647290;182;;;;$rRNA;6183691;159;comp; fin;°CDS;141648;;;;fin;°CDS;1647666;;comp;;deb;°CDS;6183967;294;comp; deb;°CDS;144627;548;;;deb;°CDS;1739334;380;;;;&tRNA;6185209;7;comp; ;$rRNA;146198;140;;;;&tRNA;1740314;3;;;;$rRNA;6185292;138;comp; ;&tRNA;147850;3;;;;&tRNA;1740393;5;;;;$rRNA;6185547;339;comp; ;&tRNA;147929;111;;;;&tRNA;1740473;443;;;;$rRNA;6188803;776;comp; ;$rRNA;148117;70;;;fin;°CDS;1740992;;comp;;fin;°CDS;6191091;;comp; ;$rRNA;151101;5;;;deb;°CDS;1846157;-183;;;deb;°CDS;6199510;661;comp; ;&tRNA;151223;4;;;;gene;1847876;588;;;;$rRNA;6202721;139;comp; ;&tRNA;151303;681;;;fin;°CDS;1848647;;;;;$rRNA;6202977;339;comp; fin;°CDS;152059;;;;deb;°CDS;1894180;34;;;;$rRNA;6206233;1107;comp; deb;°CDS;177450;76;;;;&tRNA;1895441;574;comp;;;$rRNA;6208852;138;comp; ;&tRNA;178174;65;;;fin;°CDS;1896102;;;;;$rRNA;6209107;339;comp; fin;°CDS;178315;;;;deb;°CDS;2097496;727;;;;$rRNA;6212363;507;comp; deb;°CDS;313730;90;;;;$rRNA;2098643;502;;;fin;°CDS;6214382;;comp; ;&tRNA;316298;4;;;;$rRNA;2100657;205;;;deb;°CDS;6256716;154;; ;&tRNA;316387;120;;;;$rRNA;2103775;315;;;;ncRNA;6257755;316;comp; fin;°CDS;316582;;comp;;fin;°CDS;2104207;;;;fin;°CDS;6258338;;comp; deb;°CDS;402474;125;;;deb;°CDS;2296804;104;;;deb;°CDS;6305349;135;comp; ;&tRNA;403079;17;;;;ncRNA;2297577;380;comp;;;&tRNA;6306438;281;comp; ;&tRNA;403172;149;;;fin;°CDS;2298150;;;;fin;°CDS;6306809;;comp; ;&tRNA;403395;6;;;deb;°CDS;2305297;275;;;deb;°CDS;6374512;125;; ;&tRNA;403478;16;;;;ncRNA;2306778;230;comp;;;&tRNA;6375810;303;comp; ;&tRNA;403570;35;;;fin;°CDS;2307274;;;;fin;°CDS;6376188;;comp; ;&tRNA;403679;5;;;deb;°CDS;2339219;667;;;deb;°CDS;6391977;114;comp; ;&tRNA;403761;3;;;;$rRNA;2340990;338;;;;$rRNA;6392868;134;comp; ;&tRNA;403840;7;;;;$rRNA;2342840;140;;;;$rRNA;6393119;214;comp; ;&tRNA;403922;18;;;;&tRNA;2345896;3;;;;$rRNA;6396248;1125;comp; ;&tRNA;404016;5;;;;$rRNA;2345974;429;;;;$rRNA;6398885;139;comp; ;&tRNA;404106;25;;;fin;°CDS;2346520;;;;;$rRNA;6399141;214;comp; ;&tRNA;404206;5;;;deb;°CDS;2351663;573;;;;$rRNA;6402270;753;comp; ;&tRNA;404285;57;;;;$rRNA;2352713;338;;;fin;°CDS;6404535;;comp; ;&tRNA;404418;7;;;;$rRNA;2354563;140;;;deb;°CDS;6436810;192;; ;&tRNA;404500;18;;;;&tRNA;2357618;3;;;;&tRNA;6437983;6;comp; ;&tRNA;404594;5;;;;$rRNA;2357696;90;;;;&tRNA;6438066;14;comp; ;&tRNA;404684;25;;;fin;°CDS;2357903;;;;;&tRNA;6438156;29;comp; ;&tRNA;404784;46;;;deb;°CDS;2765706;282;;;;&tRNA;6438260;10;comp; ;&tRNA;404904;325;;;;$rRNA;2766156;503;;;;&tRNA;6438345;6;comp; fin;°CDS;405306;;;;;$rRNA;2768171;202;;;;&tRNA;6438428;16;comp; deb;°CDS;413861;390;;;;$rRNA;2771285;5;;;;&tRNA;6438520;29;comp; ;$rRNA;416312;132;;;;&tRNA;2771407;6;;;;&tRNA;6438624;10;comp; ;&tRNA;417956;84;;;;&tRNA;2771489;25;;;;&tRNA;6438709;6;comp; ;$rRNA;418117;71;;;;&tRNA;2771591;448;;;;&tRNA;6438792;14;comp; ;&tRNA;421103;345;;;fin;°CDS;2772114;;;;;&tRNA;6438882;162;comp; fin;°CDS;421523;;;;deb;°CDS;3556683;565;;;fin;°CDS;6439119;;comp; deb;°CDS;486264;159;;;;&tRNA;3557617;505;;;deb;°CDS;6477551;501;;erreur à corriger ;&tRNA;486828;9;;;fin;°CDS;3558197;;comp;;;$rRNA;6480533;213;; ;&tRNA;486922;27;;;deb;°CDS;3752035;248;comp;;;$rRNA;6482258;108;; ;&tRNA;487025;12;;;;&tRNA;3752901;13;comp;;;$rRNA;6485280;14;; ;&tRNA;487112;9;;;fin;°CDS;3752999;;comp;;;;;;; ;&tRNA;487206;30;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487312;12;;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;487399;451;;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;487935;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cbei intercalaires tRNA-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_tRNA-cds|cbei intercalaires tRNA-cds]] <pre> cbei;intercalaires tRNA-cds;;;;;;; comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;85;;76;13;; ;119;;125;;90;65;deb; ;187;comp’;34;;97;85;<201;9 ;275;;664;;119;125;total;17 ;307;;299;;125;162;taux;53% ;;;681;;135;208;; ;76;;65;;159;242;fin; ;90;comp’;120;;187;281;<201;5 ;125;;325;;187;299;total;18 ;;;345;;248;303;taux;28% ;159;;451;;249;325;; ;187;;208;;267;345;total; comp’;252;;354;;275;354;<201;14 ;97;;396;;294;396;total;35 ;380;comp’;443;;307;448;taux;40% comp’;34;comp’;574;;380;451;; ;;;448;;565;664;; ;565;comp’;505;;-;681;comp’;cumuls ;248;;13;;34;120;deb;4 ;267;comp’;752;;125;443;;7 comp’;343;;242;;190;505;fin;1 comp’;222;;;;192;574;;5 ;249;;;;222;752;total; comp’;190;;;;252;-;<201;5 ;294;;;;343;-;total;12 ;135;;281;;;;taux;42% comp’;125;;303;;;;; comp’;192;;162;;;;; ;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;; ;<201;13;6;19;;;; ;total;24;23;47;;;; ;taux;54%;26%;40%;;;; </pre> ===afn=== ====afn opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_opérons|afn opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Acid_ferm_DSM_20731/;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_013740.1;afn;;;; 56%GC;30.6.19 Paris;16s 6;60;doubles;intercalaires ;Acidaminococcus fermentans DSM 20731;;;; ;24678..26242;;16s;@1;359 ;26602..29507;;23s;;228 ;29736..29852;;5s;; ;;;;; ;36819..36894;;acg;; ;;;;; ;57713..59277;;16s;;359 ;59637..62543;;23s;;228 ;62772..62888;;5s;; ;;;;; ;169459..169534;;gcc;; ;;;;; ;249791..249867;;agg;; ;;;;; comp;274627..274703;;cgt;; ;;;;; ;311123..311198;;aca;;22 ;311221..311305;;tac;;5 ;311311..311386;;atg;;3 ;311390..311465;;acc;;6 ;311472..311548;;atgf;; ;;;;; ;380482..382046;;16s;;251 ;382298..385204;;23s;;229 ;385434..385550;;5s;; ;;;;; ;461553..461627;;aac;;3 ;461631..461705;;gaa;;8 ;461714..461789;;gta;;50 ;461840..461916;;cca;;11 ;461928..462001;;gga;;8 ;462010..462086;;aga;; ;;;;; ;526984..527070;;ctg;+;30 ;527101..527186;;ctc;2 ctg;52 ;527239..527325;;ctg;; ;;;;; ;578049..578123;;ggc;; ;;;;; ;636984..638548;;16s;@2;94 ;638643..638719;;atc;;66 ;638786..638861;;gca;;273 ;639135..642040;;23s;;139 ;642180..642296;;5s;; ;;;;; ;712229..712304;;cac;;18 ;712323..712398;;caa;;3 ;712402..712477;;aaa;;16 ;712494..712577;;cta;; ;;;;; comp;724421..724497;;gtc;; ;;;;; ;774880..774956;;gac;;4 ;774961..775036;;ttc;;8 ;775045..775119;;ggc;;9 ;775129..775202;;tgc;;13 ;775216..775304;;tta;; ;;;;; ;796654..796728;;cgg;; ;;;;; ;842393..842469;;gac;;2 ;842472..842547;;ttc;;8 ;842556..842630;;ggc;;9 ;842640..842713;;tgc;; ;;;;; ;889670..889746;;ccc;; ;;;;; ;906136..906210;;aac;; ;;;;; ;1022783..1022859;;gac;;2 ;1022862..1022936;;ggc;;1 ;1022938..1023011;;tgg;; ;;;;; ;1555201..1555277;;ccg;; ;;;;; comp;1567911..1567999;;tca;; ;;;;; comp;1613773..1613863;;agc;; ;;;;; ;1702659..1702744;;ttg;; ;;;;; comp;1711770..1711886;;5s;;228 comp;1712115..1715021;;23s;;359 comp;1715381..1716945;;16s;; ;;;;; comp;1823852..1823927;;gta;;6 comp;1823934..1824008;;gaa;;8 comp;1824017..1824092;;aag;; ;;;;; ;1909446..1909536;;tcc;; ;;;;; comp;1911342..1911429;;tcg;; ;;;;; comp;1974984..1975058;;atgi;; ;;;;; comp;1984782..1984856;;gag;;12 comp;1984869..1984942;;cag;+;111 comp;1985054..1985127;;cag;2 cag; ;;;;; comp;2072279..2072395;;5s;;228 comp;2072624..2075529;;23s;;298 comp;2075828..2075903;;gca;;66 comp;2075970..2076046;;atc;;94 comp;2076141..2077705;;16s;; ;;;;; ;2148343..2148418;;gcg;; ;;;;; comp;2287117..2287192;;aaa;; ;;;;; comp;2303018..2303094;;gtg;; ;;;;; comp;2323563..2323636;;ggg;; </pre> ====afn cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_cumuls|afn cumuls]] <pre> afn cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;21; ;16 atc gca;2;40;2; ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;0; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;1; ;total aas;4;140;0; sans ;opérons;29;160;0; ;1 aa;20;180;0; ;max a;6;200;0; ;a doubles;2;;0; ;total aas;56;;27;0 total aas;;60;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;16; ;;;variance;23; sans jaune;;;moyenne;12; ;;;variance;13; </pre> ====afn blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_blocs|afn blocs]] <pre> afn blocs;;;;;; 16s;359;1565;359;1565;251;1565 23s;228;2906;228;2907;229;2907 5s;;117;;117;;117 ;;;;;; 16s;94;1565;;5s;228;117 atc;66;;;23s;298;2906 gca;273;;;gca;66; 23s;139;2906;;atc;94; 5s;;117;;16s;;1565 ;;;;;; 5s;228;117;;;; 23s;359;2907;;;; 16s;;1565;;;; </pre> ====afn remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_remarques|afn remarques]] <pre> afn;;;;;;;60 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;2;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====negativicutes distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes_distribution|negativicutes distribution]] <pre> 22.1.21 Paris;;tRNAs total des negatives;;;;;;;;;;;;;; genomes;;total;;;total;ttt;tgt;;1-3aas;;;;total;;ttt;tgt 9;;582;;;571;;;;;;;;58;;; atgi;8;tct;;tat;;atgf;15;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;17;tcc;10;tac;16;tgc;13;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;17;acc;11;aac;26;agc;11;;atc;18;acc;;aac;6;agc;1 ctc;11;ccc;7;cac;10;cgt;16;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;8;gcc;7;gac;24;ggc;33;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;11;tca;10;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;13;aaa;20;aga;9;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;9;cca;11;caa;13;cga;2;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;24;gca;21;gaa;25;gga;10;;gta;;gca;21;gaa;1;gga; ttg;11;tcg;9;tag;;tgg;13;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;12;acg;9;aag;10;agg;9;;atgj;;acg;1;aag;;agg; ctg;10;ccg;7;cag;11;cgg;9;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;186;;263;;122;571;;;;7;;11;;1;19 9-23;;;;total;;ttt;tgt;;-rRNA;;;;total;;ttt;tgt ;;;;92;;;;;attention au -2;;;;421;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;7;tct;;tat;;atgf;12 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;3;tgc;2;;ttc;11;tcc;8;tac;12;tgc;11 atc;1;acc;;aac;5;agc;2;;atc;-2;acc;11;aac;15;agc;8 ctc;2;ccc;;cac;3;cgt;4;;ctc;9;ccc;7;cac;5;cgt;10 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;8;gcc;7;gac;17;ggc;30 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;7;tca;9;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;8;aaa;15;aga;9 cta;1;cca;2;caa;5;cga;;;cta;8;cca;9;caa;7;cga;2 gta;7;gca;;gaa;5;gga;4;;gta;17;gca;0;gaa;19;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;9;tcg;9;tag;;tgg;7 atgj;1;acg;;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;8;aag;8;agg;9 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;8;ccg;7;cag;11;cgg;9 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;5;gag;5;ggg;8 ;;24;;64;;4;92;;;;118;;188;;117;423 ;;;;;;;;;;;116;;188;;117;421 </pre> ====afn distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_distribution|afn distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total afn;;20;;;;;20;;afn;34;;;;;;34;;afn;2;;;;;;2 </pre> ====afn données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_données_intercalaires|afn données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;afn;fx;fc;afn;fx40;fc40;afn;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;9;0;2;9;-1;0;38;105;361;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;4;180;1;1;38;-2;0;0;105;51;319;;3* 359;;;22;;aca ;0;20;3;248;2;2;25;-3;0;0;122;188;346;;251;;;5;;tac ;3;30;7;105;3;0;20;-4;1;129;195;268;485;;23s 5s;;;3;;atgj ;1;40;21;48;4;0;28;-5;0;0;200;61;300;;4* 228;;;6;;acc ;2;50;15;38;5;0;13;-6;0;1;131;80;391;;229;;;**;;atgf 1;2;60;16;44;6;0;9;-7;0;6;74;134;265;;139;;;3;;aac 2;0;70;5;42;7;0;5;-8;0;41;266;393;5s CDS;;16s tRNA;;;8;;gaa 1;4;80;8;41;8;0;7;-9;0;1;145;158;286;266;2* 94;;atc;50;;gta ;1;90;8;45;9;1;19;-10;0;1;54;91;296;262;tRNA 23s;;;11;;cca 1;3;100;11;34;10;0;16;-11;0;19;131;70;;512;273;;gca;8;;gga ;4;110;10;32;11;1;28;-12;0;0;194;196;;193;298;;gca;**;;aga ;3;120;8;42;12;0;46;-13;0;5;96;;;;tRNA tRNA;;intra;30;;ctg ;3;130;15;43;13;1;29;-14;0;8;214;;;;2* 66;;atc gca;52;;ctc 1;4;140;21;34;14;0;22;-15;0;0;111;;;;;;;**;;ctg ;1;150;13;29;15;0;37;-16;0;3;73;;;;;;;18;;cac 1;2;160;14;27;16;0;24;-17;0;10;159;;;;;;;3;;caa ;0;170;10;28;17;0;10;-18;0;0;119;;;;;;;16;;aaa ;0;180;2;22;18;0;25;-19;0;2;127;;;;;;;**;;cta 1;1;190;13;13;19;1;12;-20;0;6;71;;;;;;;4;;gac 1;3;200;13;12;20;0;15;-21;0;0;156;;;;;;;8;;ttc ;0;210;10;15;21;1;20;-22;0;0;58;;;;;;;9;;ggc ;2;220;12;20;22;1;13;-23;0;4;102;;;;;;;13;;tgc ;1;230;9;25;23;0;11;-24;0;0;137;;;;;;;**;;tta ;0;240;12;21;24;1;9;-25;0;0;112;;;;;;;2;;gac ;0;250;6;12;25;0;9;-26;0;4;24;;;;;;;8;;ttc ;0;260;7;9;26;0;6;-27;0;0;21;;;;;;;9;;ggc 1;1;270;5;16;27;1;14;-28;0;0;93;;;;;;;**;;tgc ;0;280;6;10;28;0;10;-29;0;3;215;;;;;;;2;;gac ;0;290;5;6;29;2;3;-30;0;0;76;;;;;;;1;;ggc ;0;300;8;9;30;1;10;-31;0;2;379;;;;;;;**;;tgg ;0;310;4;11;31;2;5;-32;0;2;83;;;;;;;6;;gta ;0;320;4;4;32;2;5;-33;0;0;182;;;;;;;8;;gaa ;0;330;5;8;33;2;3;-34;0;0;136;;;;;;;**;;aag ;0;340;1;8;34;5;5;-35;0;3;23;;;;;;;12;;gag ;0;350;3;9;35;2;6;-36;0;0;222;;;;;;;111;;cag ;0;360;2;8;36;3;3;-37;0;1;39;;;;;;;**;;cag 1;0;370;4;10;37;0;8;-38;0;2;122;;;;;;;;; ;1;380;4;4;38;3;3;-39;0;0;106;;;;;;;;; ;0;390;3;4;39;2;6;-40;1;0;91;;;;;;;;; 1;1;400;1;6;40;0;4;-41;0;1;451;;;;;;;;; ;2;reste;16;54;reste;309;795;-42;0;0;45;;;;;;;;; 12;45;total;346;1385;total;346;1385;-43;0;0;486;;;;;;;;; 12;43;diagr;328;1322;diagr;35;581;-44;0;1;45;;;;;;;;; 0;3; t30;14;533;;;;-45;1;0;393;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;344;4;2;350;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1376;303;9;1688;;;-50;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;2038;154;;reste;1;9;;;;;;;;;; ;;;;;;2192;;total;4;303;;;;;;;;;; </pre> =====afn autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires_aas|afn autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *contrôlé le 21.7.22 <pre> autres intercalaires;;afn;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;23699;24358;319;*; ;;rRNA;24678;26242;359;*;16s ;;rRNA;26602;29507;228;*;23s ;;rRNA;29736;29852;286;*;5s fin;;CDS;30139;30339;;0; deb;;CDS;35919;36713;105;*; ;;tRNA;36819;36894;105;*;acg fin;;CDS;37000;37914;;; deb;;CDS;56077;57366;346;*; ;;rRNA;57713;59277;359;*;16s ;;rRNA;59637;62543;228;*;23s ;;rRNA;62772;62888;266;*;5s fin;comp;CDS;63155;64390;;0; deb;;CDS;168443;169336;122;*; ;;tRNA;169459;169534;361;*;gcc fin;comp;CDS;169896;170894;;; deb;comp;CDS;181646;182656;89;*; ;comp;misc_b;182746;182986;130;*; fin;comp;CDS;183117;183803;;; deb;comp;CDS;183775;185160;510;*; ;;misc_b;185671;185909;146;*; fin;;CDS;186056;187753;;; deb;;CDS;249164;249595;195;*; ;;tRNA;249791;249867;51;*;agg fin;comp;CDS;249919;250062;;; deb;;CDS;253385;254824;90;*; ;;misc_b;254915;255170;84;*; fin;;CDS;255255;256238;;; deb;comp;CDS;273899;274426;200;*; ;comp;tRNA;274627;274703;188;*;cgt fin;;CDS;274892;276166;;; deb;;CDS;310188;310991;131;*; ;;tRNA;311123;311198;22;*;aca ;;tRNA;311221;311305;5;*;tac ;;tRNA;311311;311386;3;*;atgj ;;tRNA;311390;311465;6;*;acc ;;tRNA;311472;311548;74;*;atgf fin;;CDS;311623;312816;;; deb;;CDS;359181;360227;58;*; ;;regulatory;360286;360394;52;*; fin;;CDS;360447;361625;;; deb;;CDS;378908;379996;485;*; ;;rRNA;380482;382046;251;*;16s ;;rRNA;382298;385204;229;*;23s ;;rRNA;385434;385550;262;*;5s fin;comp;CDS;385813;386838;;; deb;;CDS;414288;416231;246;*; ;;regulatory;416478;416590;98;*; fin;;CDS;416689;417768;;; deb;;CDS;460654;461286;266;*; ;;tRNA;461553;461627;3;*;aac ;;tRNA;461631;461705;8;*;gaa ;;tRNA;461714;461789;50;*;gta ;;tRNA;461840;461916;11;*;cca ;;tRNA;461928;462001;8;*;gga ;;tRNA;462010;462086;145;*;aga fin;;CDS;462232;463230;;; deb;;CDS;466993;468717;232;*; ;;misc_b;468950;469148;36;*; fin;;CDS;469185;471839;;; deb;;CDS;526396;526929;54;*; ;;tRNA;526984;527070;30;*;ctg ;;tRNA;527101;527186;52;*;ctc ;;tRNA;527239;527325;268;*;ctg fin;comp;CDS;527594;528586;;0; deb;comp;CDS;570200;571507;65;*; ;comp;regulatory;571573;571669;209;*; fin;;CDS;571879;575394;;; deb;;CDS;577378;577917;131;*; ;;tRNA;578049;578123;194;*;ggc fin;;CDS;578318;579067;;; deb;;CDS;635289;636683;300;*; ;;rRNA;636984;638548;94;*;16s ;;tRNA;638643;638719;66;*;atc ;;tRNA;638786;638861;273;*;gca ;;rRNA;639135;642040;139;*;23s ;;rRNA;642180;642296;296;*;5s fin;;CDS;642593;643381;;0; deb;;CDS;677296;678177;181;*; ;;misc_f;678359;678410;368;*; fin;;CDS;678779;679798;;; deb;;CDS;711704;712132;96;*; ;;tRNA;712229;712304;18;*;cac ;;tRNA;712323;712398;3;*;caa ;;tRNA;712402;712477;16;*;aaa ;;tRNA;712494;712577;61;*;cta fin;comp;CDS;712639;712809;;0; deb;;CDS;723480;724340;80;*; ;comp;tRNA;724421;724497;134;*;gtc fin;;CDS;724632;725645;;; deb;;CDS;774399;774665;214;*; ;;tRNA;774880;774956;4;*;gac ;;tRNA;774961;775036;8;*;ttc ;;tRNA;775045;775119;9;*;ggc ;;tRNA;775129;775202;13;*;tgc ;;tRNA;775216;775304;111;*;tta fin;;CDS;775416;776684;;; deb;;CDS;796146;796580;73;*; ;;tRNA;796654;796728;159;*;cgg fin;;CDS;796888;797310;;; deb;;CDS;841590;842273;119;*; ;;tRNA;842393;842469;2;*;gac ;;tRNA;842472;842547;8;*;ttc ;;tRNA;842556;842630;9;*;ggc ;;tRNA;842640;842713;127;*;tgc fin;;CDS;842841;843362;;; deb;;CDS;881739;882029;121;*; ;;repeat_reg;882151;886170;278;*; fin;;CDS;886449;887618;;; deb;;CDS;889017;889598;71;*; ;;tRNA;889670;889746;156;*;ccc fin;;CDS;889903;891513;;; deb;;CDS;905286;906077;58;*; ;;tRNA;906136;906210;102;*;aac fin;;CDS;906313;907125;;; deb;;CDS;913707;915986;78;*; ;;regulatory;916065;916164;91;*; fin;;CDS;916256;917077;;; deb;;CDS;947642;948565;32;*; ;;ncRNA;948598;948943;38;*; fin;;CDS;948982;949302;;; deb;comp;CDS;1017827;1018843;92;*; ;;misc_b;1018936;1019130;36;*; fin;;CDS;1019167;1020189;;; deb;;CDS;1020207;1022645;137;*; ;;tRNA;1022783;1022859;2;*;gac ;;tRNA;1022862;1022936;1;*;ggc ;;tRNA;1022938;1023011;112;*;tgg fin;;CDS;1023124;1023423;;; deb;comp;CDS;1111497;1112716;73;*; ;comp;misc_b;1112790;1113035;267;*; fin;;CDS;1113303;1114085;;; deb;;CDS;1305277;1306137;298;*; ;;regulatory;1306436;1306545;70;*; fin;;CDS;1306616;1307653;;; deb;;CDS;1328649;1328930;26;*; ;;tmRNA;1328957;1329305;406;*; fin;comp;CDS;1329712;1332120;;; deb;comp;CDS;1403493;1404494;52;*; ;comp;misc_b;1404547;1404789;111;*; fin;comp;CDS;1404901;1406295;;; deb;comp;CDS;1485384;1487072;59;*; ;comp;misc_b;1487132;1487376;146;*; fin;comp;CDS;1487523;1488698;;; deb;;CDS;1536256;1537929;68;*; ;;regulatory;1537998;1538074;113;*;erreur fin;;CDS;1538188;1539855;;0; deb;;CDS;1553542;1555176;24;*; ;;tRNA;1555201;1555277;393;*;ccg fin;comp;CDS;1555671;1556342;;; deb;comp;CDS;1567689;1567889;21;*; ;comp;tRNA;1567911;1567999;93;*;tca fin;comp;CDS;1568093;1568569;;; deb;;CDS;1612826;1613614;158;*; ;comp;tRNA;1613773;1613863;215;*;agc fin;comp;CDS;1614079;1614846;;0; deb;comp;CDS;1668440;1668919;42;*; ;comp;ncRNA;1668962;1669144;51;*; fin;comp;CDS;1669196;1669855;;0; deb;;CDS;1701767;1702582;76;*; ;;tRNA;1702659;1702744;91;*;ttg fin;comp;CDS;1702836;1703666;;; deb;;CDS;1710214;1711257;512;*; ;comp;rRNA;1711770;1711886;228;*;5s ;comp;rRNA;1712115;1715021;359;*;23s ;comp;rRNA;1715381;1716945;391;*;16s fin;comp;CDS;1717337;1718857;;; deb;comp;CDS;1823002;1823472;379;*; ;comp;tRNA;1823852;1823927;6;*;gta ;comp;tRNA;1823934;1824008;8;*;gaa ;comp;tRNA;1824017;1824092;83;*;aag fin;comp;CDS;1824176;1825210;;; deb;comp;CDS;1907578;1909263;182;*; ;;tRNA;1909446;1909536;53;*;tcc ;;ncRNA;1909590;1909689;115;*; deb;comp;CDS;1909805;1911205;136;*; ;comp;tRNA;1911342;1911429;23;*;tcg fin;comp;CDS;1911453;1911932;;; deb;comp;CDS;1912058;1912981;43;*; ;comp;misc_b;1913025;1913256;130;*; fin;;CDS;1913387;1914049;;; deb;comp;CDS;1973889;1974761;222;*; ;comp;tRNA;1974984;1975058;39;*;atgi fin;comp;CDS;1975098;1976867;;; deb;comp;CDS;1983694;1984659;122;*; ;comp;tRNA;1984782;1984856;12;*;gag ;comp;tRNA;1984869;1984942;111;*;cag ;comp;tRNA;1985054;1985127;106;*;cag fin;comp;CDS;1985234;1985980;;; deb;;CDS;2070538;2072085;193;*; ;comp;rRNA;2072279;2072395;228;*;5s ;comp;rRNA;2072624;2075529;298;*;23s ;comp;tRNA;2075828;2075903;66;*;gca ;comp;tRNA;2075970;2076046;94;*;atc ;comp;rRNA;2076141;2077705;265;*;16s fin;comp;CDS;2077971;2079029;;; deb;;CDS;2147697;2148251;91;*; ;;tRNA;2148343;2148418;70;*;gcg fin;comp;CDS;2148489;2148716;;; deb;comp;CDS;2285667;2286665;451;*; ;comp;tRNA;2287117;2287192;45;*;aaa fin;comp;CDS;2287238;2288464;;; deb;comp;CDS;2301950;2302531;486;*; ;comp;tRNA;2303018;2303094;45;*;gtg fin;comp;CDS;2303140;2303844;;; deb;comp;CDS;2322585;2323169;393;*; ;comp;tRNA;2323563;2323636;196;*;ggg fin;;CDS;2323833;2328641;;0; </pre> ====afn intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_entre_cds|afn intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> afn;23.2.22 Paris;;afn 30.8.20;;;;;;; afn;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquenceffrequence5 ;'''négatif;307;15.1;'''négatif ;-10;14;-1 à -83;'''2 329 769;-1;307 ;'''zéro;11;0.5;;;;;'''intercals;0;11 ;'''1 à 200;1324;65.0;'''0 à 200;66;58;;'''220 467;5;127 ;'''201 à 370;304;14.9;'''201 à 370;267;49;;'''9.5%;10;57 ;'''371 à 600;69;3.4;'''371 à 600;449;59;;;15;164 ;'''601 à max;23;1.1;'''601 à 992;743;108;;;20;87 ;'''total 2038;<201;80.6;'''total 2034;105;133;-83 à 992;;25;65 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquenceffréquence6;cumul et %;intercal;<u>fréquenceffréquence-1;30;47 1555671;2261;-1;307;-70;5;;0;11;35;37 1949615;1154;0;11;-60;3;;-1;°38;40;32 1841522;1130;1;°39;-50;3;;-2;0;45;25 1001677;992;2;27;-40;4;;-3;0;50;28 434858;957;3;20;-30;10;'''min à -1;-4;°130;55;31 865205;922;4;°28;-20;17;307;-5;0;60;29 463581;845;5;13;-10;48;15.1%;-6;1;65;23 1969579;795;6;9;0;228;;-7;6;70;24 1287774;772;7;5;10;184;;-8;°41;75;32 843665;744;8;7;20;251;;-9;1;80;17 1081454;736;9;°20;30;112;;-10;1;85;25 34;721;10;16;40;69;;-11;°19;90;28 1347444;718;11;29;50;53;;-12;0;95;16 2155062;701;12;°46;60;60;;-13;5;100;29 1227328;693;13;30;70;48;;-14;°8;105;20 893831;683;14;22;80;49;;-15;0;110;22 1185969;679;15;°37;90;53;'''1 à 100;-16;3;115;28 1657318;677;16;24;100;45;923;-17;°10;120;22 1282010;667;17;10;110;42;45.3%;-18;0;125;29 872797;649;18;°25;120;50;;-19;2;130;29 1240102;647;19;13;130;58;;-20;°6;135;24 1246797;636;20;15;140;55;;-21;0;140;31 117980;628;21;°21;150;42;;-22;0;145;20 867763;580;22;14;160;41;;-23;°4;150;22 406827;567;23;11;170;38;'''1 à 200;-24;0;155;18 1121221;551;24;°10;180;24;1324;-25;0;160;23 2231462;551;25;9;190;26;65%;-26;4;165;21 901417;550;26;6;200;25;;-27;0;170;17 39288;548;27;°15;210;25;;-28;0;175;11 791634;544;28;10;220;32;;-29;°3;180;13 1481233;542;29;5;230;34;;-30;0;185;8 691218;519;30;°11;240;33;'''0 à 200;-31;2;190;18 1388835;517;31;7;250;18;1335;-32;2;195;16 2163709;515;32;7;260;16;;total;297;200;9 1189403;513;33;5;270;21;;reste;21;205;15 1783994;508;34;°10;280;16;;;318;210;10 1749779;507;35;8;290;11;;;;215;18 847959;503;36;6;300;17;;intercal;<u>fréquencef;220;14 1268481;502;37;8;310;15;;600;2015;225;23 ;;38;6;320;8;;620;;230;11 ;;39;8;330;13;;640;2;235;14 ;;40;4;340;9;'''201 à 370;660;2;240;19 ;;reste;1104;350;12;304;680;3;245;7 ;;total;2038;360;10;14.9%;700;2;250;11 ;;;;370;14;;720;2;255;5 2109623;-113;shift2;425;380;8;;740;2;260;11 598105;-83;comp;;390;7;;760;1;265;7 1667526;-79;shift2;915;400;7;;780;1;270;14 2031132;-74;shift2;614;410;1;;800;1;275;5 935587;-71;shift2;518;420;5;;820;;280;11 2283155;-68;shift2;1952;430;2;;840;;285;8 846262;-67;shift2;132;440;4;;860;1;290;3 1528664;-67;shift2;108;450;4;;880;;295;7 1794682;-59;shift2;1601;460;3;;900;;300;10 808710;-53;shift2;1034;470;1;;920;;305;10 1101239;-50;shift2;2423;480;5;;940;1;310;5 287845;-45;;;490;1;;960;1;315;4 532761;-44;;;500;5;;980;;320;4 50634;-41;;;510;4;;1000;1;325;8 434100;-40;;;520;4;;1020;;330;5 276227;-38;;;530;0;;1040;;335;3 629222;-38;;;540;0;'''371 à 600;1060;;340;6 1090320;-37;;;550;4;69;1080;;345;9 503812;-35;;;560;2;3.4%;1100;;350;3 1225885;-35;;;570;1;;1120;;355;3 1260789;-35;;;580;1;'''601 à max;1140;1;360;7 706234;-32;;;590;0;23;1160;1;365;8 2148489;-32;;;600;0;1.1%;;22;370;6 460032;-31;;;reste;23;;reste;1;reste;92 1743849;-31;;;total;2038;;total;2038;total;2038 </pre> ====afn intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> afn Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; afn;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-227;419;16;486;261;max40,140;&-95;712;-1690;137;722;250;min50 31 à 400;;;;;;;2 parties;&9.5;-42;-63;38;904;147;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;75;40;-;303;poly;183;tF;&197;65;;425;poly;297;SF 31 à 400;;;;;;;;&92;36;-;859;dte;45;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.607;-0.017;0.108;;;;;-0.369;;;;;; 1-n;-0.008;-0.467;-0.407;;;;;;;;;14.8.21 paris;; afn;fx;fc;;afn;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;afn;Sx-;Sc- 0;2;9;;0;6;7;0;2;9;>0;344;-1;0;38 10;4;180;;10;12;136;1;1;38;<0;4;-2;0;0 20;3;248;;20;9;188;2;2;25;zéro;2;-3;0;0 30;8;104;;30;24;79;3;0;20;total;350;-4;1;129 40;21;48;;40;64;36;4;0;28;;c;-5;0;0 50;15;38;;50;46;29;5;0;13;>0;1376;-6;0;1 60;16;44;;60;49;33;6;0;9;<0;303;-7;0;6 70;5;42;;70;15;32;7;0;5;zéro;9;-8;0;41 80;8;41;;80;24;31;8;0;7;total;1688;-9;0;1 90;8;45;;90;24;34;9;1;19;;;-10;0;1 100;11;34;;100;34;26;10;0;16;total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reste;16;54;;;;;reste;308;796;;;-42;0;0 total;346;1385;;t30;46;402;total;346;1385;;;-43;0;0 diagr;328;1322;;;;;diagr;36;580;;;-44;0;1 - t30;313;790;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;reste;1;9 ;;;;;;;;;;;;total;4;303 </pre> ====afn intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_négatifs_S-|afn intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;1;;;;;;1;4 continu;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> 14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;afn;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;4 ;Sc-;38;0;0;129;0;1;6;41;1;1;19;0;5;8;0;3;10;0;2;6;0;0;4;0;0;4;0;0;3;0;2;2;0;0;3;0;1;2;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;1;9;303 </pre> ====afn autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_autres_intercalaires|afn autres intercalaires]] <pre> afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1;;;afn;autres intercalaires;;adresses1; deb;°CDS;23699;319;;;deb;°CDS;635289;300;;;deb;°CDS;1485384;59;comp ;$rRNA;24678;359;;;;$rRNA;636984;94;;;;misc_binding;1487132;146;comp ;$rRNA;26602;228;;;;&tRNA;638643;66;;;fin;°CDS;1487523;;comp ;$rRNA;29736;286;;;;&tRNA;638786;273;;;deb;°CDS;1536256;68; fin;°CDS;30139;;;;;$rRNA;639135;139;;;;regulatory;1537998;113; deb;°CDS;35919;105;;;;$rRNA;642180;296;;;fin;°CDS;1538188;; ;&tRNA;36819;105;;;fin;°CDS;642593;;;;deb;°CDS;1553542;24; fin;°CDS;37000;;;;deb;°CDS;677296;181;;;;&tRNA;1555201;393; deb;°CDS;56077;346;;;;misc_feature;678359;368;;;fin;°CDS;1555671;;comp ;$rRNA;57713;359;;;fin;°CDS;678779;;;;deb;°CDS;1567689;21;comp ;$rRNA;59637;228;;;deb;°CDS;711704;96;;;;&tRNA;1567911;93;comp ;$rRNA;62772;266;;;;&tRNA;712229;18;;;fin;°CDS;1568093;;comp fin;°CDS;63155;;comp;;;&tRNA;712323;3;;;deb;°CDS;1612826;158; deb;°CDS;168443;122;;;;&tRNA;712402;16;;;;&tRNA;1613773;215;comp ;&tRNA;169459;361;;;;&tRNA;712494;61;;;fin;°CDS;1614079;;comp fin;°CDS;169896;;comp;;fin;°CDS;712639;;comp;;deb;°CDS;1668440;42;comp deb;°CDS;181646;89;comp;;deb;°CDS;723480;80;;;;ncRNA;1668962;51;comp ;misc_binding;182746;130;comp;;;&tRNA;724421;134;comp;;fin;°CDS;1669196;;comp fin;°CDS;183117;;comp;;fin;°CDS;724632;;;;deb;°CDS;1701767;76; deb;°CDS;183775;510;comp;;deb;°CDS;774399;214;;;;&tRNA;1702659;91; ;misc_binding;185671;146;;;;&tRNA;774880;4;;;fin;°CDS;1702836;;comp fin;°CDS;186056;;;;;&tRNA;774961;8;;;deb;°CDS;1710214;512; deb;°CDS;249164;195;;;;&tRNA;775045;9;;;;$rRNA;1711770;228;comp ;&tRNA;249791;51;;;;&tRNA;775129;13;;;;$rRNA;1712115;359;comp fin;°CDS;249919;;comp;;;&tRNA;775216;111;;;;$rRNA;1715381;391;comp deb;°CDS;253385;90;;;fin;°CDS;775416;;;;fin;°CDS;1717337;;comp ;misc_binding;254915;84;;;deb;°CDS;796146;73;;;deb;°CDS;1823002;379;comp fin;°CDS;255255;;;;;&tRNA;796654;159;;;;&tRNA;1823852;6;comp deb;°CDS;273899;200;comp;;fin;°CDS;796888;;;;;&tRNA;1823934;8;comp ;&tRNA;274627;188;comp;;deb;°CDS;841590;119;;;;&tRNA;1824017;83;comp fin;°CDS;274892;;;;;&tRNA;842393;2;;;fin;°CDS;1824176;;comp deb;°CDS;310188;131;;;;&tRNA;842472;8;;;deb;°CDS;1907578;182;comp ;&tRNA;311123;22;;;;&tRNA;842556;9;;;;&tRNA;1909446;53;comp ;&tRNA;311221;5;;;;&tRNA;842640;127;;;;ncRNA;1909590;115; ;&tRNA;311311;3;;;fin;°CDS;842841;;;;deb;°CDS;1909805;136; ;&tRNA;311390;6;;;deb;°CDS;881739;121;;;;&tRNA;1911342;23; ;&tRNA;311472;74;;;;repeat_region;882151;278;;;fin;°CDS;1911453;; fin;°CDS;311623;;;;fin;°CDS;886449;;;;deb;°CDS;1912058;43;comp deb;°CDS;359181;58;;;deb;°CDS;889017;71;;;;misc_binding;1913025;130;comp ;regulatory;360286;52;;;;&tRNA;889670;156;;;fin;°CDS;1913387;; fin;°CDS;360447;;;;fin;°CDS;889903;;;;deb;°CDS;1973889;222;comp deb;°CDS;378908;485;;;deb;°CDS;905286;58;;;;&tRNA;1974984;39;comp ;$rRNA;380482;251;;;;&tRNA;906136;102;;;fin;°CDS;1975098;;comp ;$rRNA;382298;229;;;fin;°CDS;906313;;;;deb;°CDS;1983694;122;comp ;$rRNA;385434;262;;;deb;°CDS;913707;78;;;;&tRNA;1984782;12;comp fin;°CDS;385813;;comp;;;regulatory;916065;91;;;;&tRNA;1984869;111;comp deb;°CDS;414288;246;;;fin;°CDS;916256;;;;;&tRNA;1985054;106;comp ;regulatory;416478;98;;;deb;°CDS;947642;32;;;fin;°CDS;1985234;;comp fin;°CDS;416689;;;;;ncRNA;948598;38;;;deb;°CDS;2070538;193; deb;°CDS;460654;266;;;fin;°CDS;948982;;;;;$rRNA;2072279;228;comp ;&tRNA;461553;3;;;deb;°CDS;1017827;92;comp;;;$rRNA;2072624;298;comp ;&tRNA;461631;8;;;;misc_binding;1018936;36;;;;&tRNA;2075828;66;comp ;&tRNA;461714;50;;;fin;°CDS;1019167;;;;;&tRNA;2075970;94;comp ;&tRNA;461840;11;;;deb;°CDS;1020207;137;;;;$rRNA;2076141;265;comp ;&tRNA;461928;8;;;;&tRNA;1022783;2;;;fin;°CDS;2077971;;comp ;&tRNA;462010;145;;;;&tRNA;1022862;1;;;deb;°CDS;2147697;91; fin;°CDS;462232;;;;;&tRNA;1022938;112;;;;&tRNA;2148343;70; deb;°CDS;466993;232;;;fin;°CDS;1023124;;;;fin;°CDS;2148489;;comp ;misc_binding;468950;36;;;deb;°CDS;1111497;73;comp;;deb;°CDS;2285667;451;comp fin;°CDS;469185;;;;;misc_binding;1112790;267;comp;;;&tRNA;2287117;45;comp deb;°CDS;526396;54;;;fin;°CDS;1113303;;;;fin;°CDS;2287238;;comp ;&tRNA;526984;30;;;deb;°CDS;1305277;298;;;deb;°CDS;2301950;486;comp ;&tRNA;527101;52;;;;regulatory;1306436;70;;;;&tRNA;2303018;45;comp ;&tRNA;527239;268;;;fin;°CDS;1306616;;;;fin;°CDS;2303140;;comp fin;°CDS;527594;;comp;;deb;°CDS;1328649;26;;;deb;°CDS;2322585;393;comp deb;°CDS;570200;65;comp;;;tmRNA;1328957;406;;;;&tRNA;2323563;196;comp ;regulatory;571573;209;comp;;fin;°CDS;1329712;;comp;;fin;°CDS;2323833;; fin;°CDS;571879;;;;deb;°CDS;1403493;52;comp;;;;;; deb;°CDS;577378;131;;;;misc_binding;1404547;111;comp;;;;;; ;&tRNA;578049;194;;;fin;°CDS;1404901;;comp;;;;;; fin;°CDS;578318;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====afn intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_tRNA|afn intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;105;;105;;21;23;deb; ;;;122;comp’;361;;24;39;<201;20 ;;;195;comp’;51;;54;45;total;25 ;3 8 50 11 8;;200;comp’;188;;58;70;%;80% ;;;131;;145;;71;83;; ;30 52;;54;comp’;268;;73;93;fin; ;;;131;;194;;76;102;<201;17 ;18 3 16;;96;comp’;61;;91;105;total;18 ;;comp’;80;comp’;134;;96;106;%;94% ;4 8 9 13;;214;;111;;105;111;; ;;;73;;159;;119;112;total; ;2 8 9;;119;;127;;122;127;<201;37 ;;;71;;156;;122;145;total;43 ;;;58;;102;;131;156;%;86% ;2 1;;137;;112;;131;159;; ;;;24;comp’;393;;136;194;; ;;;21;;93;;137;196;; ;;comp’;158;;215;;182;215;; ;;;76;comp’;91;;195;;; ;6 8;;379;;83;;200;;; ;;;182;;;;214;;; ;;;136;;23;;222;;; ;;;222;;39;;379;;; ;12 111;;122;;106;;393;;; ;;;91;comp’;70;;451;;comp’;cumuls ;;;451;;45;;80;51;deb;2 ;;;393;comp’;196;;158;61;<201;100% ;;;;;;;;91;fin; ;;;;;;;;134;<201;5 ;deb;fin;total;;;;;188;total;8 <201;22;22;44;;;;;268;%;63% total;27;26;53;;;;;361;total;10 taux;81%;85%;83%;;;;;393;<201;70% </pre> ====afn par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_par_rapport_au_groupe_de_référence|afn par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;3;2;;;;16; 16;moyen;5;12;;;;4;21; 14;fort;4;19;;;;;23; ; ;20;34;2;;;4;60; 10;g+cga;6;2;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;11;3;2;;;;16; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;afn;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;183;50;33;;;;267;26 16;moyen;83;200;0;;;67;350;324 14;fort;67;317;0;;;;383;650 ; ;333;567;33;;;67;60;729 10;g+cgg;100;33;33;;;;167;10 2;agg+cga;33;;;;;;33; 4;carre ccc;50;17;;;;;67;16 5;autres;;;;;;;; ;;183;50;33;;;;267; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;afn;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;196;54;36;286;26;55;9; 16;moyen;89;214;;304;324;25;35; 14;fort;71;339;;411;650;20;56; ; ;357;607;36;56;729;20;34; 10;g+cgg;107;36;36;179;10;55;; 2;agg+cga;36;;;36;;18;; 4;carre ccc;54;18;;71;16;27;; 5;autres;;;;;;;; ;;196;54;36;286;;11;; </pre> ===negativicutes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#negativicutes,_estimation_des_-rRNAs|negativicutes, estimation des -rRNAs]] <pre> negativicutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;9;149; ; ;;indices;;;;9;1656;0;0;;neg1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;33;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;2;tac;4;tgc;2;;ttc;67;tcc;22;tac;44;tgc;22;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;18;acc;;aac;11;agc;3;;atc;200;acc;;aac;122;agc;33;;atc;;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;6;;ctc;22;ccc;;cac;56;cgt;67;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;7;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;78;ggc;33;;gtc;1;gcc;1;gac;3;ggc;4 tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;44;tca;11;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;5;aaa;5;aga;;;ata;;aca;56;aaa;56;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;6;cga;;;cta;11;cca;22;caa;67;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;7;gca;21;gaa;6;gga;4;;gta;78;gca;233;gaa;67;gga;44;;gta;2;gca;;gaa;2;gga;1 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;6;;ttg;22;tcg;;tag;;tgg;67;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;11;acg;11;aag;22;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;22;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;2;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;69;;75;;5;149;;;;767;;833;;56;1656;;;;16;;24;;16;56 11.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;22.1.21 Paris;;;;nega;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;9;571;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;5600 atgi;78;tct;;tat;;atgf;133;;atgi;89;tct;;tat;;atgf;167;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;89;tac;133;tgc;122;;ttc;189;tcc;111;tac;178;tgc;144;;ttc;200;tcc;100;tac;100;tgc;200 atc;-11;acc;122;aac;167;agc;89;;atc;189;acc;122;aac;289;agc;122;;atc;;acc;100;aac;200;agc;100 ctc;100;ccc;78;cac;56;cgt;111;;ctc;122;ccc;78;cac;111;cgt;178;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;89;gcc;78;gac;189;ggc;333;;gtc;89;gcc;78;gac;267;ggc;367;;gtc;100;gcc;100;gac;300;ggc;400 tta;78;tca;100;taa;;tga;11;;tta;122;tca;111;taa;;tga;11;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;;aca;89;aaa;167;aga;100;;ata;;aca;144;aaa;222;aga;100;;ata;;aca;100;aaa;200;aga;100 cta;89;cca;100;caa;78;cga;22;;cta;100;cca;122;caa;144;cga;22;;cta;100;cca;100;caa;100;cga; gta;189;gca;0;gaa;211;gga;67;;gta;267;gca;233;gaa;278;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;78;;ttg;122;tcg;100;tag;;tgg;144;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;122;acg;89;aag;89;agg;100;;atgj;133;acg;100;aag;111;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;89;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;111;ccg;78;cag;122;cgg;100;;ctg;200;ccg;100;cag;200;cgg;100 gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;44;gcg;56;gag;56;ggg;89;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1300;;2089;;1300;4689;;;;2067;;2922;;1356;6344;;;;1600;;2400;;1600;5600 rapports;;63;;71;;96;74;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;neg1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;88;tct;;tat;;atgf;80;;fiches;50.667;;;fréquences;;;;;atgi;22;tct;;tat;;atgf;25 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;456;;;0/0;2;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;152;;;10;11;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;9;;;20;13;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;65;tcc;80;tac;75;tgc;85;;;;;;30;9;;;;ttc;39;tcc;11;tac;25;tgc;39 atc;-6;acc;100;aac;58;agc;73;;neg1;56;;;40;5;;;;atc;100;acc;18;aac;17;agc;11 ctc;82;ccc;100;cac;50;cgt;63;;sans;56;;;50;3;41;;;ctc;0;ccc;22;cac;44;cgt;10 gtc;100;gcc;100;gac;71;ggc;91;;avec;4;;;60;2;;;;gtc;11;gcc;22;gac;37;ggc;17 tta;64;tca;90;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;22;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;62;aaa;75;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;11;aaa;17;aga;0 cta;89;cca;82;caa;54;cga;100;;L’estimation par nega;;;;90;0;;;;cta;11;cca;0;caa;22;cga;100 gta;71;gca;0;gaa;76;gga;60;;est 10% au dessus;;;;100;3;;;;gta;6;gca;;gaa;5;gga;33 ttg;82;tcg;100;tag;;tgg;54;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;0;tag;;tgg;22 atgj;92;acg;89;aag;80;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;18;acg;11;aag;11;agg;0 ctg;80;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;56;ccg;22;cag;39;cgg;0 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;56;gcg;44;gag;44;ggg;11 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;275;;263;;294;832 </pre> ===clostridia synthèse=== ====clostridia distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_génome|clostridia distribution par génome]] <pre> clos;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total psor;12;5;4;72;;7;;4;104 cdc;4;4;2;70;;3;;;83 cdc8;4;5;2;89;;4;;4;108 cbc*;36;10;;0;;0;;6;52 cbn;52;12;2;6;3;4;;7;86 cle;40;19;;26;3;9;;8;105 hmo;37;12;;39;;11;;10;109 cbei;63;11;3;0;;4;;12;93 ;;;;;;;;; total;248;78;13;302;6;42;0;51;740 </pre> ====clostridia distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_du_total|clostridia distribution du total]] <pre> clos8;;;;;;;628;;;;;;;;;57;;;;;;;;;55 atgi;10;tct;;tat;;atgf;22;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;1;acc;1;aac;7;agc;1;;atc;11;acc;;aac;5;agc; ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;4;;gtc;;gcc;5;gac;;ggc; tta;22;tca;19;taa;;tga;3;;tta;4;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;;aga; cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;41;gca;;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;5;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;26;gaa;;gga;5 ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;11;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;clos8;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;;;51;6;;57;;total;8;;13;;;42;55 ;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;;;;;;;;; </pre> ====clostridia distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_distribution_par_type|clostridia distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> clos8;;;;;;;628;;clos8;1208;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;2;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;19;tcc;7;tac;23;tgc;16;;ttc;1;tcc;6;tac;;tgc;1;;ttc;6;tcc;;tac;10;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;12;tcc;1;tac;13;tgc;10 atc;3;acc;9;aac;22;agc;13;;atc;;acc;3;aac;1;agc;3;;atc;;acc;3;aac;5;agc;5;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;3;acc;3;aac;16;agc;5 ctc;3;ccc;4;cac;16;cgt;11;;ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;8;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;2;cac;8;cgt;7 gtc;4;gcc;1;gac;32;ggc;20;;gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;15;ggc;11;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;17;ggc;9 tta;22;tca;19;taa;0;tga;3;;tta;;tca;1;taa;;tga;3;;tta;11;tca;6;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;11;tca;10;taa;;tga; ata;1;aca;30;aaa;31;aga;24;;ata;1;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;15;aaa;14;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;13;aaa;17;aga;14 cta;19;cca;25;caa;22;cga;4;;cta;5;cca;4;caa;;cga;1;;cta;6;cca;10;caa;8;cga;3;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;11;caa;14;cga; gta;41;gca;0;gaa;36;gga;29;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;13;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;21;gca;;gaa;19;gga;15 ttg;9;tcg;2;tag;0;tgg;11;;ttg;8;tcg;2;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;4 atgj;23;acg;4;aag;6;agg;6;;atgj;;acg;4;aag;1;agg;5;;atgj;10;acg;;aag;5;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;13;acg;;aag;;agg; ctg;6;ccg;2;cag;4;cgg;1;;ctg;3;ccg;1;cag;3;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;1;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;4;ggg;3;;gtg;;gcg;1;gag;3;ggg;;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;248;78;13;302;6;42;740;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====clostridia par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia_par_rapport_au_groupe_de_référence|clostridia par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;31;19;2;6;2;5;65; 16;moyen;36;66;4;101;20;42;269; 14;fort;11;155;2;195;29;14;406; ; ;78;240;8;302;51;61;740; 10;g+cga;16;13;;2;;;31; 2;agg+cgg;5;2;;;1;;8; 4;carre ccc;4;4;;4;1;5;13; 5;autres;6;;2;;;;8; ;;31;19;2;6;2;5;65; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;42;26;3;8;3;7;88;26 16;moyen;49;89;5;136;27;57;364;324 14;fort;15;209;3;264;39;19;549;650 ; ;105;324;11;408;69;82;740;729 10;g+cga;22;18;;3;;;42;10 2;agg+cgg;7;3;;;1;;11; 4;carre ccc;5;5;;5;1;7;18;16 5;autres;8;0;3;0;;;11; ;;42;26;3;8;3;7;88; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;clos8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;95;58;6;160;26;40;8; 16;moyen;110;202;12;325;324;46;28; 14;fort;34;475;6;515;650;14;65; ; ;239;736;25;326;729;78;240; 10;g+cga;49;40;;89;10;52;; 2;agg+cgg;15;6;;21;;16;; 4;carre ccc;12;12;;25;16;13;; 5;autres;18;;6;25;;19;; ;;95;58;6;160;;31;; </pre> ====clostridia, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#clostridia,_estimation_des_-rRNAs|clostridia, estimation des -rRNAs]] <pre> clostridia;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 43 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;clos;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;43;856; ; ;;indices;;;;43;1991;;;;clos8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;326 atgi;29;tct;;tat;;atgf;30;;atgi;67;tct;;tat;;atgf;70;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;1 ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;3;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;44;tcc;1;tac;26;tgc;16;;ttc;102;tcc;2.3;tac;60;tgc;37;;ttc;7;tcc;6;tac;10;tgc;6 atc;72;acc;10;aac;64;agc;11;;atc;167;acc;23;aac;149;agc;26;;atc;;acc;6;aac;6;agc;8 ctc;2;ccc;3;cac;12;cgt;8;;ctc;4.7;ccc;7.0;cac;28;cgt;19;;ctc;3;ccc;2;cac;8;cgt;4 gtc;4;gcc;12;gac;40;ggc;23;;gtc;9.3;gcc;28;gac;93;ggc;53;;gtc;2;gcc;1;gac;15;ggc;11 tta;19;tca;13;taa;;tga;;;tta;44;tca;30;taa;;tga;;;tta;11;tca;9;taa;;tga;3 ata;;aca;29;aaa;48;aga;21;;ata;;aca;67;aaa;112;aga;49;;ata;1;aca;17;aaa;14;aga;10 cta;18;cca;17;caa;25;cga;1;;cta;42;cca;40;caa;58;cga;2.3;;cta;11;cca;14;caa;8;cga;4 gta;38;gca;92;gaa;45;gga;31;;gta;88;gca;214;gaa;105;gga;72;;gta;20;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;;tcg;1;tag;;tgg;9;;ttg;;tcg;2.3;tag;;tgg;21;;ttg;9;tcg;2;tag;;tgg;7 atgj;18;acg;3;aag;2;agg;1;;atgj;42;acg;7.0;aag;4.7;agg;2.3;;atgj;10;acg;4;aag;6;agg;6 ctg;5;ccg;2;cag;1;cgg;3;;ctg;12;ccg;4.7;cag;2.3;cgg;7.0;;ctg;4;ccg;1;cag;4;cgg;1 gtg;1;gcg;;gag;4;ggg;2;;gtg;2.3;gcg;;gag;9.3;ggg;4.7;;gtg;1;gcg;1;gag;3;ggg;3 ;;346;;468;;42;856;;;;805;;1088;;98;1991;;;;107;;168;;51;326 27.5.20 Tanger;;;;clos;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;clos8;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;11144;4.0;0.6;;indices;sans +16s;;;174;11144;4.0;0.6;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;92;tct;1.1;tat;;atgf;117;;atgi;159;tct;1.1;tat;;atgf;187;;atgi;13;tct;;tat;;atgf;138 att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;1.1;act;;aat;;agt;0.6;;att;;act;;aat;;agt;13 ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;15.5;cct;2.3;cat;;cgc;;;ctt;38;cct;;cat;;cgc; gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.6;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;104;tcc;101;tac;127;tgc;114;;ttc;206;tcc;103;tac;187;tgc;151;;ttc;88;tcc;75;tac;125;tgc;75 atc;-15;acc;79;aac;99;agc;107;;atc;152;acc;102;aac;248;agc;133;;atc;;acc;75;aac;75;agc;100 ctc;76;ccc;55;cac;112;cgt;97;;ctc;81;ccc;62;cac;140;cgt;116;;ctc;38;ccc;25;cac;100;cgt;50 gtc;44;gcc;33;gac;149;ggc;167;;gtc;53;gcc;61;gac;242;ggc;220;;gtc;25;gcc;13;gac;188;ggc;138 tta;128;tca;112;taa;1.1;tga;55;;tta;172;tca;142;taa;1.1;tga;55;;tta;138;tca;113;taa;;tga;38 ata;2.9;aca;151;aaa;159;aga;125;;ata;2.9;aca;218;aaa;271;aga;174;;ata;13;aca;213;aaa;175;aga;125 cta;106;cca;123;caa;98;cga;46;;cta;148;cca;163;caa;156;cga;48;;cta;138;cca;175;caa;100;cga;50 gta;198;gca;5;gaa;134;gga;171;;gta;286;gca;219;gaa;239;gga;243;;gta;250;gca;;gaa;213;gga;175 ttg;108;tcg;81;tag;2.3;tgg;99;;ttg;108;tcg;83;tag;2.3;tgg;120;;ttg;113;tcg;25;tag;;tgg;88 atgj;90;acg;70;aag;115;agg;94;;atgj;132;acg;77;aag;120;agg;96;;atgj;125;acg;50;aag;75;agg;75 ctg;64;ccg;59;cag;75;cgg;53;;ctg;76;ccg;64;cag;77;cgg;60;;ctg;50;ccg;13;cag;50;cgg;13 gtg;32;gcg;35;gag;74;ggg;65;;gtg;34;gcg;35;gag;83;ggg;70;;gtg;13;gcg;13;gag;38;ggg;38 ;;1426;;1894;;1080;4400;;;;2231;;2982;;1177;6390;;;;1325;;2100;;638;4063 rapports;;64;;64;;92;69;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;clos8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;58;tct;;tat;;atgf;63;;fiches;47.674;;;fréquences;;;;;atgi;86;tct;100;tat;;atgf;15 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2050;;;0/0;;;;;att;100;act;;aat;;agt;95 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;888;;;10;11;;;;ctt;59;cct;100;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;43;;;20;6;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;50;tcc;98;tac;68;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;16;tcc;26;tac;1;tgc;34 atc;-10;acc;77;aac;40;agc;81;;clos8;40.75;;;40;5;;;;atc;100;acc;5;aac;24;agc;7 ctc;94;ccc;89;cac;80;cgt;84;;sans;326;;;50;4;36;;;ctc;51;ccc;55;cac;11;cgt;49 gtc;82;gcc;54;gac;62;ggc;76;;avec;752;;;60;3;;;;gtc;43;gcc;62;gac;21;ggc;17 tta;74;tca;79;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;4;;;;tta;7;tca;1;taa;100;tga;32 ata;100;aca;69;aaa;59;aga;72;;;;;;80;3;;;;ata;77;aca;29;aaa;9;aga;0 cta;72;cca;75.7;caa;63;cga;95;;L’estimation par clos8;;;;90;1;;;;cta;23;cca;29;caa;2;cga;9 gta;69;gca;2;gaa;56;gga;70;;est 15 % en dessous;;;;100;2;;;;gta;21;gca;100;gaa;37;gga;2 ttg;100;tcg;97;tag;;tgg;83;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;4;tcg;69;tag;100;tgg;12 atgj;68;acg;91;aag;96;agg;98;;43;;100;;;49;;;;atgj;28;acg;29;aag;35;agg;20 ctg;85;ccg;93;cag;97;cgg;88;;atc;59;152;;;;;;;ctg;22;ccg;79;cag;33;cgg;76 gtg;93;gcg;100;gag;89;ggg;93;;gca;73;219;;;;;;;gtg;61;gcg;64;gag;49;ggg;43 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;265;;272;;944;1481 </pre> ==gamma== ===Shewanella=== ====spl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_opérons|spl opérons]] <pre> 39.1%GC;30.6.19 Paris;16s 11;147;doubles;intercalaires ;Shewanella pealeana;;;; ;45136..46685;;16s;@1;339 ;47025..49946;;23s;;112 ;50059..50174;;5s;; ;;;;; ;51490..53039;;16s;;339 ;53379..56298;;23s;;114 ;56413..56528;;5s;; ;;;;; ;182271..183820;;16s;@2;71 ;183892..183968;;atc;;65 ;184034..184109;;gca;;364 ;184474..187395;;23s;;112 ;187508..187623;;5s;;100 ;187724..187800;;gac;; ;;;;; ;191614..191689;;aca;;8 ;191698..191782;;tac;;35 ;191818..191891;;gga;; ;;;;; ;235182..236731;;16s;;374 ;237106..240025;;23s;;114 ;240140..240255;;5s;; ;;;;; ;243631..245180;;16s;;338 ;245519..248440;;23s;;113 ;248554..248669;;5s;;68 ;248738..248813;;acc;;17 ;248831..248946;;5s;; ;;;;; ;416766..416842;;cgg;;39 ;416882..416957;;cac;;41 ;416999..417075;;cca;+;58 ;417134..417210;;cca;2 cca; ;;;;; ;493711..495260;;16s;;339 ;495600..498519;;23s;;114 ;498634..498749;;5s;; ;;;;; ;641376..641466;;tca;@3;1172 ;642639..642729;;tca;; ;;;;; ;645847..647396;;16s;;71 ;647468..647544;;atc;;65 ;647610..647685;;gca;;329 ;648015..650937;;23s;;156 ;651094..651209;;5s;; ;;;;; ;728115..728199;;ttg;; ;;;;; comp;1168942..1169018;;atgi;; ;;;;; comp;1339706..1339781;;aca;+;52 comp;1339834..1339909;;ttc;2 ttc;539 comp;1340449..1340524;;aca;2 aca;52 comp;1340577..1340652;;ttc;; ;;;;; comp;1342467..1342542;;aca;;52 comp;1342595..1342670;;ttc;; ;;;;; ;1456724..1456815;;agc;;21 ;1456837..1456913;;cgt;+;30 ;1456944..1457020;;cgt;7 cgt;32 ;1457053..1457129;;cgt;3 agc;30 ;1457160..1457236;;cgt;;33 ;1457270..1457346;;cgt;;9 ;1457356..1457447;;agc;;76 ;1457524..1457600;;cgt;;35 ;1457636..1457712;;cgt;;9 ;1457722..1457813;;agc;; ;;;;; comp;1627363..1627438;;agg;; ;;;;; comp;1770483..1770558;;gta;+;37 comp;1770596..1770671;;gta;11 gta;37 comp;1770709..1770784;;gta;;37 comp;1770822..1770897;;gta;;37 comp;1770935..1771010;;gta;;37 comp;1771048..1771123;;gta;;37 comp;1771161..1771236;;gta;;37 comp;1771274..1771349;;gta;;37 comp;1771387..1771462;;gta;;37 comp;1771500..1771575;;gta;;39 comp;1771615..1771690;;gta;; ;;;;; ;1773910..1773985;;gcc;+;80 ;1774066..1774141;;gaa;13 gaa;102 ;1774244..1774319;;gaa;2 gcc;102 ;1774422..1774497;;gaa;;102 ;1774600..1774675;;gaa;;102 ;1774778..1774853;;gaa;;102 ;1774956..1775031;;gaa;;102 ;1775134..1775209;;gaa;;102 ;1775312..1775387;;gaa;;253 ;1775641..1775716;;gaa;;102 ;1775819..1775894;;gaa;;102 ;1775997..1776072;;gaa;;102 ;1776175..1776250;;gaa;;102 ;1776353..1776428;;gaa;;47 ;1776476..1776551;;gcc;; ;;;;; ;2081297..2082846;;16s;;338 ;2083185..2086104;;23s;;114 ;2086219..2086334;;5s;; ;;;;; comp;2143274..2143350;;ccc;; ;;;;; comp;2366164..2366240;;atgf;+;40 comp;2366281..2366357;;atgf;4 atgf;40 comp;2366398..2366474;;atgf;;40 comp;2366515..2366591;;atgf;; ;;;;; ;2376218..2376308;;tca;; ;;;;; ;2379767..2379842;;ggc;;13 ;2379856..2379929;;tgc;;85 ;2380015..2380100;;tta;; ;;;;; ;2550857..2550932;;ggc;;13 ;2550946..2551019;;tgc;+;95 ;2551115..2551200;;tta;3 tgc;634 ;2551835..2551908;;tgc;3 tta;95 ;2552004..2552089;;tta;;479 ;2552569..2552642;;tgc;;132 ;2552775..2552860;;tta;; ;;;;; ;2558019..2558109;;tca;; ;;;;; comp;2717566..2717655;;tcc;; ;;;;; comp;2759730..2759806;;atgf;+;189 comp;2759996..2760072;;atgf;4 atgf;45 comp;2760118..2760194;;gtc;2 gtc;2 comp;2760197..2760273;;atgf;;35 comp;2760309..2760385;;gtc;;13 comp;2760399..2760475;;atgf;; ;;;;; ;2858823..2858907;;tac;+;30 ;2858938..2859022;;tac;5 tac;85 ;2859108..2859192;;tac;;107 ;2859300..2859384;;tac;;107 ;2859492..2859576;;tac;; ;;;;; ;2866268..2866343;;aac;+;45 ;2866389..2866464;;aac;7aac;41 ;2866506..2866581;;aac;;26 ;2866608..2866683;;aac;;32 ;2866716..2866791;;aac;;33 ;2866825..2866900;;aac;;40 ;2866941..2867016;;aac;; ;;;;; comp;2929429..2929505;;gac;+;97 comp;2929603..2929679;;gac;4 gac;97 comp;2929777..2929853;;gac;;83 comp;2929937..2930013;;gac;; ;;;;; comp;3120289..3120364;;aaa;+;58 comp;3120423..3120498;;aaa;12 aaa;58 comp;3120557..3120632;;aaa;;58 comp;3120691..3120766;;aaa;;59 comp;3120826..3120901;;aaa;;57 comp;3120959..3121034;;aaa;;58 comp;3121093..3121168;;aaa;;58 comp;3121227..3121302;;aaa;;59 comp;3121362..3121437;;aaa;;58 comp;3121496..3121571;;aaa;;59 comp;3121631..3121706;;aaa;;59 comp;3121766..3121841;;aaa;; ;;;;; comp;3269860..3269935;;cac;;8 comp;3269944..3270020;;aga;;63 comp;3270084..3270160;;cca;; ;;;;; comp;3757983..3758059;;atgf;; comp;3758163..3758249;;ctc;; ;;;;; comp;3835257..3835331;;caa;+;51 comp;3835383..3835467;;cta;5 caa;131 comp;3835599..3835673;;caa;5 cta;20 comp;3835694..3835778;;cta;3 atg;96 comp;3835875..3835949;;caa;;49 comp;3835999..3836083;;cta;;211 comp;3836295..3836371;;atg;;5 comp;3836377..3836451;;caa;;47 comp;3836499..3836583;;cta;;55 comp;3836639..3836715;;atg;;5 comp;3836721..3836795;;caa;;47 comp;3836843..3836927;;cta;;55 comp;3836983..3837059;;atg;; ;;;;; comp;3862885..3862961;;tgg;+;167 comp;3863129..3863205;;tgg;2 tgg; ;;;;; comp;3867049..3867164;;5s;;114 comp;3867279..3870198;;23s;;338 comp;3870537..3872086;;16s;; ;;;;; ;3882154..3882229;;ttc;; ;;;;; comp;4331488..4331563;;ggc;+;130 comp;4331694..4331769;;ggc;6 ggc;47 comp;4331817..4331892;;ggc;;162 comp;4332055..4332130;;ggc;;16 comp;4332147..4332222;;ggc;;48 comp;4332271..4332346;;ggc;; ;;;;; comp;4616881..4616996;;5s;;112 comp;4617109..4620030;;23s;;364 comp;4620395..4620470;;gca;;65 comp;4620536..4620612;;atc;;71 comp;4620684..4622233;;16s;; ;;;;; comp;5129770..5129846;;gac;;100 comp;5129947..5130062;;5s;;115 comp;5130178..5133097;;23s; ;339 comp;5133437..5134986;;16s;; </pre> ====spl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_cumuls|spl cumuls]] <pre> spl cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;6;20;12;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;27;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;2;60;28;;150;;60;;400; ;max a;3;80;3;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;8;;250;;100;;600; ;spéciaux;0;120;13;;300;;120;;700; ;total aas;9;140;3;;350;;140;;800; sans ;opérons;29;160;0;;400;;160;;900; ;1 aa;8;180;2;;450;;180;;1000; ;max a;15;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;15;;6;;;;;;; ;total aas;133;;103;;;0;;0;;0 total aas;;142;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;88;;;;;;; ;;;variance;143;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;58;;;;;;; ;;;variance;35;;;;;;; </pre> ====spl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_blocs|spl blocs]] <pre> spl blocs;;;;;;; 16s;339;339;374;339;338;338; 23s;112;114;114;114;114;114; 5s;;;;;;; ;;;;;;; 16s;71;71;71;16s;338;16s;339 atc;65;65;65;23s;113;23s;115 gca;364;329;364;5s;68;5s;100 23s;112;156;112;acc;17;gac; 5s;100;;;5s;;; gac;;;;;;; </pre> ====spl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_distribution|spl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;1-3 aas;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt;;spl;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;après 5s;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc;;gta11;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tca2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;2 gac;ttc;3;tcc;;tac;;tgc;4;cca2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;cca2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;3;tac5;atc;;acc;;aac;7;agc;;tac5;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt;7;aac7;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;séquences;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;4;ggc;8;gac4 ;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;(aca ttc)2;tta;4;tca;;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;2;taa;;tga;;aaa12;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;(tgc tta)3;ata;;aca;4;aaa;;aga;1;gaa13;ata;;aca;;aaa;12;aga;;gaa13;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;(atf gtc)2;cta;5;cca;1;caa;5;cga;;atgf4+2;cta;;cca;2;caa;;cga;;atgf4+2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;(caa cta atgj)3 ;gta;;gca;;gaa;;gga;1;cgt5+2;gta;11;gca;;gaa;13;gga;;cgt5+2;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;ou;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;ggc8;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;1;(caa cta)5;atgj;3;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg;;tgg2;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total spl;;8;;;;;8;;spl;46;;;;;;46;;spl;79;;;;;;79;;spl;;;;3;;;3 </pre> ====spl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_données_intercalaires|spl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;spl;fx;fc;spl;fx40;fc40;spl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;;c;x; 1;0;0;1;17;0;1;17;-1;;126;606;234;CDS 16s ;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;0;10;8;284;1;0;46;-2;2;0;195;236;647;614;4* 349;;;8;;aca;45;;aac ;0;20;19;193;2;0;53;-3;;0;155;320;988;687;384;;;35;;tac;41;;aac ;0;30;13;120;3;1;29;-4;5;136;789;-23;876;1908;3* 348;;;**;;gga;26;;aac 1;0;40;29;86;4;0;22;-5;;0;695;286;206;1178;23s 5s;;;39;;cgg;32;;aac ;0;50;17;74;5;1;16;-6;;0;220;330;611;807;8* 132;;;41;;cac;33;;aac ;0;60;39;80;6;2;13;-7;;10;441;117;5s CDS;;2* 133;;;58;;cca;40;;aac ;0;70;50;72;7;2;14;-8;2;46;913;500;703;339;177;;;**;;cca;**;;aac ;0;80;68;100;8;1;29;-9;;0;1058;545;727;454;16s tRNA;;;1172;;tca;97;;gac ;1;90;53;92;9;1;29;-10;;8;581;34;;768;3* 74;;atc;**;;tca;97;;gac 1;0;100;56;90;10;0;33;-11;;28;176;705;;304;tRNA 23s;;;52;;aca;83;;gac ;1;110;38;64;11;2;27;-12;;0;257;977;;454;371;;gca;539;;ttc;**;;gac 1;2;120;54;73;12;1;35;-13;;5;104;136;;798;336;;gca;52;;aca;58;;aaa ;1;130;44;84;13;3;20;-14;;15;134;383;5s 16s;;371;;gca;**;;ttc;58;;aaa 1;1;140;26;56;14;1;29;-15;1;0;455;254;1319;;5s tRNA;;;52;;aca;58;;aaa ;0;150;27;51;15;5;15;-16;;3;216;545;;;100;;gac;**;;ttc;59;;aaa ;4;160;30;52;16;0;10;-17;1;8;152;184;;;68;;acc;21;;agc;57;;aaa ;1;170;31;49;17;3;13;-18;;0;530;98;;;100;;gac;30;;cgt;58;;aaa ;3;180;36;53;18;2;20;-19;;1;595;291;;;tRNA 5s;;;32;;cgt;58;;aaa 2;1;190;24;43;19;1;14;-20;;7;89;1011;;;17;;acc;30;;cgt;59;;aaa ;3;200;34;36;20;1;10;-21;;0;178;465;;;tRNA tRNA;;intra;33;;cgt;58;;aaa ;0;210;24;37;21;2;12;-22;;0;192;289;;;3* 65;;atc gca;9;;cgt;59;;aaa ;2;220;25;39;22;1;12;-23;;4;353;187;;;;;;76;;agc;59;;aaa ;0;230;25;33;23;0;13;-24;;0;315;;;;;;;35;;cgt;**;;aaa 2;0;240;27;32;24;4;19;-25;;0;187;;;;;;;9;;cgt;8;;cac ;0;250;23;25;25;3;3;-26;;2;572;;;;;;;**;;agc;63;;aga 1;2;260;22;30;26;0;9;-27;;0;124;;;;;;;9* 37;;gta;**;;cca ;0;270;23;31;27;2;21;-28;;1;830;;;;;;;39;;gta;103;;atgf ;0;280;24;23;28;0;9;-29;;2;193;;;;;;;**;;gta;**;;ctc 2;0;290;27;29;29;1;11;-30;;0;255;;;;;;;80;;gcc;51;;caa 1;0;300;21;23;30;0;11;-31;;0;157;;;;;;;11* 102;;gaa;131;;cta ;0;310;18;18;31;3;17;-32;;3;114;;;;;;;253;;gaa;20;;caa 1;1;320;16;19;32;4;9;-33;;0;162;;;;;;;47;;gaa;96;;cta 1;0;330;11;18;33;3;8;-34;;1;495;;;;;;;**;;gcc;49;;caa ;0;340;16;20;34;5;9;-35;;0;180;;;;;;;3* 40;;atgf;211;;cta ;0;350;13;17;35;2;8;-36;;0;160;;;;;;;**;;atgf;5;;atgj ;1;360;14;16;36;1;6;-37;;0;663;;;;;;;13;;ggc;47;;caa ;0;370;15;22;37;4;6;-38;;1;113;;;;;;;85;;tgc;55;;cta ;0;380;10;9;38;5;10;-39;;0;427;;;;;;;**;;tta;5;;atgj 1;0;390;14;10;39;1;7;-40;;0;;;;;;;;13;;ggc;47;;caa ;0;400;10;9;40;1;6;-41;;1;;;;;;;;95;;tgc;55;;cta 7;15;reste;230;253;reste;1235;1782;-42;;0;;;;;;;;634;;tta;**;;atgj 23;39;total;1305;2482;total;1305;2482;-43;;1;;;;;;;;95;;tgc;167;;tgg 15;24;diagr;1074;2212;diagr;69;683;-44;;0;;;;;;;;479;;tta;**;;tgg 0;0; t30;40;597;;;;-45;;0;;;;;;;;132;;tgc;20;;ggc ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;**;;tta;13;;ggt ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;128;;cat;47;;ggc ;x;1304;12;1;1317;;;-49;;0;;;;;;;;189;;atgf;15;;ggt ;c;2465;414;17;2896;;;-50;;0;;;;;;;;45;;atgf;16;;ggc ;;;;;4213;253;;reste;1;5;;;;;;;;2;;gtc;48;;ggc ;;;;;;4466;;total;12;414;;;;;;;;35;;atgf;**;;ggc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;13;;gtc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;30;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;85;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;107;;tac;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;tac;;; </pre> =====spl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires_aas|spl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;spl;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;43968;44525;614;*; ;;rRNA;45140;46682;349;*;16s ;;rRNA;47032;49926;132;*;23s ;;rRNA;50059;50174;1319;*;5s ;;rRNA;51494;53036;349;*;16s ;;rRNA;53386;56280;132;*;23s ;;rRNA;56413;56528;339;*;5s fin;comp;CDS;56868;57011;;; deb;comp;CDS;146328;146498;-16;*; ;comp;regulatory;146483;146744;188;*; fin;;CDS;146933;149083;;; deb;comp;CDS;181132;181587;687;*; ;;rRNA;182275;183817;74;*;16s ;;tRNA;183892;183968;65;*;atc ;;tRNA;184034;184109;371;*;gca ;;rRNA;184481;187375;132;*;23s ;;rRNA;187508;187623;100;*;5s ;;tRNA;187724;187800;606;*;gac fin;;CDS;188407;189432;;; deb;comp;CDS;190429;191379;234;*; ;;tRNA;191614;191689;8;*;aca ;;tRNA;191698;191782;35;*;tac ;;tRNA;191818;191891;195;*;gga fin;;CDS;192087;193271;;; deb;;CDS;233942;234538;647;*; ;;rRNA;235186;236728;384;*;16s ;;rRNA;237113;240007;132;*;23s ;;rRNA;240140;240255;454;*;5s deb;comp;CDS;240710;241726;1908;*; ;;rRNA;243635;245177;348;*;16s ;;rRNA;245526;248420;133;*;23s ;;rRNA;248554;248669;68;*;5s ;;tRNA;248738;248813;17;*;acc ;;rRNA;248831;248946;703;*;5s fin;;CDS;249650;250924;;0; deb;;CDS;282426;283268;135;*; ;;ncRNA;283404;283755;313;*; fin;comp;CDS;284069;285322;;; deb;comp;CDS;413908;416529;236;*; ;;tRNA;416766;416842;39;*;cgg ;;tRNA;416882;416957;41;*;cac ;;tRNA;416999;417075;58;*;cca ;;tRNA;417134;417210;320;*;cca fin;comp;CDS;417531;419450;;; deb;comp;CDS;492003;492536;1178;*; ;;rRNA;493715;495257;349;*;16s ;;rRNA;495607;498501;132;*;23s ;;rRNA;498634;498749;768;*;5s fin;comp;CDS;499518;500534;;; deb;;CDS;550745;552652;-23;*; ;comp;tRNA;552630;552724;286;*;tga fin;;CDS;553011;553874;;; deb;;CDS;640018;641220;155;*; ;;tRNA;641376;641466;1172;*;tca ;;tRNA;642639;642729;789;*;tca deb;;CDS;643519;644862;988;*; ;;rRNA;645851;647393;74;*;16s ;;tRNA;647468;647544;65;*;atc ;;tRNA;647610;647685;336;*;gca ;;rRNA;648022;650916;177;*;23s ;;rRNA;651094;651209;727;*;5s fin;;CDS;651937;653757;;0; deb;comp;CDS;727650;727784;330;*; ;;tRNA;728115;728199;695;*;ttg fin;;CDS;728895;730808;;0; deb;;CDS;878528;879232;406;*; ;;regulatory;879639;879784;204;*; fin;;CDS;879989;881359;;; deb;;CDS;1166653;1168824;117;*; ;comp;tRNA;1168942;1169018;220;*;atgi fin;comp;CDS;1169239;1171089;;; deb;;CDS;1284512;1284730;-193;*; ;comp;misc_f;1284538;1284656;121;*; fin;comp;CDS;1284778;1285140;;0; deb;;CDS;1337892;1339205;500;*; ;comp;tRNA;1339706;1339781;52;*;aca ;comp;tRNA;1339834;1339909;539;*;ttc ;comp;tRNA;1340449;1340524;52;*;aca ;comp;tRNA;1340577;1340652;545;*;ttc deb;;CDS;1341198;1342432;34;*; ;comp;tRNA;1342467;1342542;52;*;aca ;comp;tRNA;1342595;1342670;441;*;ttc fin;comp;CDS;1343112;1343390;;; deb;;CDS;1455613;1455810;913;*; ;;tRNA;1456724;1456815;21;*;agc ;;tRNA;1456837;1456913;30;*;cgt ;;tRNA;1456944;1457020;32;*;cgt ;;tRNA;1457053;1457129;30;*;cgt ;;tRNA;1457160;1457236;33;*;cgt ;;tRNA;1457270;1457346;9;*;cgt ;;tRNA;1457356;1457447;76;*;agc ;;tRNA;1457524;1457600;35;*;cgt ;;tRNA;1457636;1457712;9;*;cgt ;;tRNA;1457722;1457813;1058;*;agc fin;;CDS;1458872;1459117;;; deb;comp;CDS;1564741;1565973;165;*; ;comp;tmRNA;1566139;1566494;110;*; fin;comp;CDS;1566605;1567099;;0; deb;comp;CDS;1625951;1626781;581;*; ;comp;tRNA;1627363;1627438;176;*;agg fin;comp;CDS;1627615;1628784;;0; deb;comp;CDS;1769998;1770225;257;*; ;comp;tRNA;1770483;1770558;37;*;gta ;comp;tRNA;1770596;1770671;37;*;gta ;comp;tRNA;1770709;1770784;37;*;gta ;comp;tRNA;1770822;1770897;37;*;gta ;comp;tRNA;1770935;1771010;37;*;gta ;comp;tRNA;1771048;1771123;37;*;gta ;comp;tRNA;1771161;1771236;37;*;gta ;comp;tRNA;1771274;1771349;37;*;gta ;comp;tRNA;1771387;1771462;37;*;gta ;comp;tRNA;1771500;1771575;39;*;gta ;comp;tRNA;1771615;1771690;705;*;gta deb;;CDS;1772396;1773805;104;*; ;;tRNA;1773910;1773985;80;*;gcc ;;tRNA;1774066;1774141;102;*;gaa ;;tRNA;1774244;1774319;102;*;gaa ;;tRNA;1774422;1774497;102;*;gaa ;;tRNA;1774600;1774675;102;*;gaa ;;tRNA;1774778;1774853;102;*;gaa ;;tRNA;1774956;1775031;102;*;gaa ;;tRNA;1775134;1775209;102;*;gaa ;;tRNA;1775312;1775387;253;*;gaa ;;tRNA;1775641;1775716;102;*;gaa ;;tRNA;1775819;1775894;102;*;gaa ;;tRNA;1775997;1776072;102;*;gaa ;;tRNA;1776175;1776250;102;*;gaa ;;tRNA;1776353;1776428;47;*;gaa ;;tRNA;1776476;1776551;977;*;gcc fin;comp;CDS;1777529;1779358;;0; deb;comp;CDS;1928606;1930189;113;*; ;comp;misc_f;1930303;1930412;474;*; fin;;CDS;1930887;1931621;;; deb;;CDS;2079870;2080424;876;*; ;;rRNA;2081301;2082843;348;*;16s ;;rRNA;2083192;2086086;132;*;23s ;;rRNA;2086219;2086334;304;*;5s fin;comp;CDS;2086639;2087564;;; deb;;CDS;2142913;2143137;136;*; ;comp;tRNA;2143274;2143350;134;*;ccc fin;comp;CDS;2143485;2145269;;; deb;;CDS;2225993;2226382;125;*; ;;regulatory;2226508;2226638;52;*; fin;;CDS;2226691;2228829;;; deb;comp;CDS;2365103;2365708;455;*; ;comp;tRNA;2366164;2366240;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366281;2366357;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366398;2366474;40;*;atgf ;comp;tRNA;2366515;2366591;383;*;atgf fin;;CDS;2366975;2369110;;; deb;comp;CDS;2374251;2375963;254;*; ;;tRNA;2376218;2376308;216;*;tca fin;;CDS;2376525;2377169;;; deb;;CDS;2379066;2379614;152;*; ;;tRNA;2379767;2379842;13;*;ggc ;;tRNA;2379856;2379929;85;*;tgc ;;tRNA;2380015;2380100;530;*;tta fin;;CDS;2380631;2381200;;; deb;;CDS;2548825;2550261;595;*; ;;tRNA;2550857;2550932;13;*;ggc ;;tRNA;2550946;2551019;95;*;tgc ;;tRNA;2551115;2551200;634;*;tta ;;tRNA;2551835;2551908;95;*;tgc ;;tRNA;2552004;2552089;479;*;tta ;;tRNA;2552569;2552642;132;*;tgc ;;tRNA;2552775;2552860;545;*;tta fin;comp;CDS;2553406;2553735;;; deb;;CDS;2556685;2557929;89;*; ;;tRNA;2558019;2558109;184;*;tca fin;comp;CDS;2558294;2559073;;; deb;;CDS;2716829;2717467;98;*; ;comp;tRNA;2717566;2717655;178;*;tcc fin;comp;CDS;2717834;2719828;;; deb;comp;CDS;2758794;2759069;192;*; ;comp;tRNA;2759262;2759367;128;*;cat ;comp;tRNA;2759496;2759601;128;*;cat ;comp;tRNA;2759730;2759806;189;*;atgf ;comp;tRNA;2759996;2760072;45;*;atgf ;comp;tRNA;2760118;2760194;2;*;gtc ;comp;tRNA;2760197;2760273;35;*;atgf ;comp;tRNA;2760309;2760385;13;*;gtc ;comp;tRNA;2760399;2760475;353;*;atgf fin;comp;CDS;2760829;2762043;;; deb;comp;CDS;2858049;2858531;291;*; ;;tRNA;2858823;2858907;30;*;tac ;;tRNA;2858938;2859022;85;*;tac ;;tRNA;2859108;2859192;107;*;tac ;;tRNA;2859300;2859384;107;*;tac ;;tRNA;2859492;2859576;315;*;tac fin;;CDS;2859892;2860968;;0; deb;comp;CDS;2863253;2865256;1011;*; ;;tRNA;2866268;2866343;45;*;aac ;;tRNA;2866389;2866464;41;*;aac ;;tRNA;2866506;2866581;26;*;aac ;;tRNA;2866608;2866683;32;*;aac ;;tRNA;2866716;2866791;33;*;aac ;;tRNA;2866825;2866900;40;*;aac ;;tRNA;2866941;2867016;187;*;aac fin;;CDS;2867204;2869120;;; deb;comp;CDS;2904901;2906862;188;*; ;comp;regulatory;2907051;2907149;230;*; fin;comp;CDS;2907380;2908291;;0; deb;comp;CDS;2926979;2928856;572;*; ;comp;tRNA;2929429;2929505;97;*;gac ;comp;tRNA;2929603;2929679;97;*;gac ;comp;tRNA;2929777;2929853;83;*;gac ;comp;tRNA;2929937;2930013;124;*;gac fin;comp;CDS;2930138;2931472;;; deb;comp;CDS;3118298;3119458;830;*; ;comp;tRNA;3120289;3120364;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120423;3120498;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120557;3120632;58;*;aaa ;comp;tRNA;3120691;3120766;59;*;aaa ;comp;tRNA;3120826;3120901;57;*;aaa ;comp;tRNA;3120959;3121034;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121093;3121168;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121227;3121302;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121362;3121437;58;*;aaa ;comp;tRNA;3121496;3121571;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121631;3121706;59;*;aaa ;comp;tRNA;3121766;3121841;193;*;aaa fin;comp;CDS;3122035;3122760;;; deb;;CDS;3243130;3243747;634;*; ;comp;ncRNA;3244382;3244478;176;*; fin;comp;CDS;3244655;3244972;;0; deb;comp;CDS;3268300;3269604;255;*; ;comp;tRNA;3269860;3269935;8;*;cac ;comp;tRNA;3269944;3270020;63;*;aga ;comp;tRNA;3270084;3270160;465;*;cca fin;;CDS;3270626;3271480;;0; deb;comp;CDS;3757370;3757825;157;*; ;comp;tRNA;3757983;3758059;103;*;atgf ;comp;tRNA;3758163;3758249;114;*;ctc fin;comp;CDS;3758364;3758699;;; deb;comp;CDS;3834636;3835094;162;*; ;comp;tRNA;3835257;3835331;51;*;caa ;comp;tRNA;3835383;3835467;131;*;cta ;comp;tRNA;3835599;3835673;20;*;caa ;comp;tRNA;3835694;3835778;96;*;cta ;comp;tRNA;3835875;3835949;49;*;caa ;comp;tRNA;3835999;3836083;211;*;cta ;comp;tRNA;3836295;3836371;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836377;3836451;47;*;caa ;comp;tRNA;3836499;3836583;55;*;cta ;comp;tRNA;3836639;3836715;5;*;atgj ;comp;tRNA;3836721;3836795;47;*;caa ;comp;tRNA;3836843;3836927;55;*;cta ;comp;tRNA;3836983;3837059;495;*;atgj fin;comp;CDS;3837555;3838646;;; deb;comp;CDS;3862357;3862704;180;*; ;comp;tRNA;3862885;3862961;167;*;tgg ;comp;tRNA;3863129;3863205;160;*;tgg fin;comp;CDS;3863366;3864334;;; deb;;CDS;3865578;3866594;454;*; ;comp;rRNA;3867049;3867164;132;*;5s ;comp;rRNA;3867297;3870191;348;*;23s ;comp;rRNA;3870540;3872082;807;*;16s fin;;CDS;3872890;3873405;;0; deb;comp;CDS;3879732;3881864;289;*; ;;tRNA;3882154;3882229;187;*;ttc fin;comp;CDS;3882417;3884279;;0; deb;comp;CDS;3930329;3932182;122;*; ;comp;regulatory;3932305;3932527;233;*; fin;comp;CDS;3932761;3933408;;0; deb;;CDS;4051244;4051564;82;*; ;;ncRNA;4051647;4051828;251;*; fin;comp;CDS;4052080;4052250;;; deb;comp;CDS;4130284;4131048;211;*; ;comp;regulatory;4131260;4131412;506;*; fin;comp;CDS;4131919;4132536;;0; deb;;CDS;4146436;4146708;183;*; ;;regulatory;4146892;4146991;94;*; fin;;CDS;4147086;4148081;;0; deb;comp;CDS;4330369;4330824;663;*; ;comp;tRNA;4331488;4331563;20;*;ggc ;comp;tRNA;4331584;4331680;13;*;ggt ;comp;tRNA;4331694;4331769;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331817;4331892;47;*;ggc ;comp;tRNA;4331940;4332039;15;*;ggt ;comp;tRNA;4332055;4332130;16;*;ggc ;comp;tRNA;4332147;4332222;48;*;ggc ;comp;tRNA;4332271;4332346;113;*;ggc fin;comp;CDS;4332460;4333005;;0; deb;comp;CDS;4446808;4448991;66;*; ;comp;regulatory;4449058;4449140;441;*; fin;;CDS;4449582;4449893;;; deb;comp;CDS;4452358;4453668;212;*; ;;regulatory;4453881;4453980;104;*; fin;;CDS;4454085;4455455;;0; deb;;CDS;4615072;4616082;798;*; ;comp;rRNA;4616881;4616996;132;*;5s ;comp;rRNA;4617129;4620023;371;*;23s ;comp;tRNA;4620395;4620470;65;*;gca ;comp;tRNA;4620536;4620612;74;*;atc ;comp;rRNA;4620687;4622229;206;*;16s fin;comp;CDS;4622436;4623133;;; deb;comp;CDS;5003438;5004418;-13;*; ;comp;regulatory;5004406;5004542;257;*; fin;;CDS;5004800;5006449;;0; deb;comp;CDS;5129088;5129342;427;*; ;comp;tRNA;5129770;5129846;100;*;gac ;comp;rRNA;5129947;5130062;133;*;5s ;comp;rRNA;5130196;5133090;349;*;23s ;comp;rRNA;5133440;5134982;611;*;16s fin;comp;CDS;5135594;5137015;;0; </pre> ====spl intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_entre_cds|spl intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> spl;31.1.21 Paris;NCBI;spl 24-9-2020;;;;;;;;; spl;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;426;10.1;'''négatif ;-7;10;-1 à -98;'''5 174 581;-1;426;610;5 ;'''zéro;18;0.4;;;;;'''intercals;0;18;620;10 ;'''1 à 200;2448;58.1;'''0 à 200;82;58;;'''730 981;5;168;630;7 ;'''201 à 370;776;18.4;'''201 à 370;274;48;;'''14.1%;10;124;640;6 ;'''371 à 600;378;9.0;'''371 à 600;462;62;;;15;138;650;6 ;'''601 à max;167;4.0;'''601 à 1028;849;331;;;20;74;660;6 ;'''total 4213;<201;68.6;'''total 4213;173;207;-98 à 3180;;25;69;670;7 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;64;680;6 3787762;3180;-1;426;-70;2;;0;18;35;68;690;3 2676990;2727;0;18;-60;0;;-1;°126;40;47;700;5 4795292;1942;1;°46;-50;4;;-2;2;45;49;710;6 3628609;1722;2;°53;-40;2;;-3;0;50;42;720;6 1384243;1674;3;°30;-30;5;'''min à -1;-4;°141;55;52;730;2 5168395;1593;4;22;-20;16;426;-5;0;60;67;740;7 1692692;1489;5;17;-10;70;10.1%;-6;0;65;56;750;4 4989087;1401;6;15;0;345;;-7;10;70;66;760;1 5017524;1331;7;16;10;292;;-8;°48;75;77;770;3 1530827;1329;8;°30;20;212;;-9;0;80;91;780;3 4000859;1318;9;°30;30;133;;-10;8;85;67;790;4 1999942;1254;10;°33;40;115;'''1 à 100;-11;°28;90;78;800;4 1605218;1225;11;°29;50;91;1561;-12;0;95;65;810;2 897237;1221;12;°36;60;119;37.1%;-13;5;100;81;820;3 1570703;1178;13;23;70;122;;-14;°15;105;41;830;1 4927424;1166;14;°30;80;168;;-15;1;110;61;840;3 1817514;1161;15;20;90;145;;-16;3;115;52;850;2 3532660;1157;16;10;100;146;;-17;°9;120;75;860;1 1716642;1154;17;16;110;102;;-18;0;125;64;870;4 1413389;1150;18;°22;120;127;;-19;1;130;64;880;2 2276940;1141;19;15;130;128;;-20;°7;135;37;890;3 600202;1140;20;11;140;82;;-21;0;140;45;900;1 1996502;1103;21;°14;150;78;;-22;0;145;45;910;2 3325479;1046;22;13;160;82;;-23;°4;150;33;920;2 223647;1016;23;13;170;80;'''1 à 200;-24;0;155;43;930;1 3589524;1016;24;°23;180;89;2448;-25;0;160;39;940;3 967539;1009;25;6;190;67;58.1%;-26;°2;165;42;950;3 4112640;1007;26;9;200;70;;-27;0;170;38;960;3 4903734;975;27;°23;210;61;;-28;1;175;45;970;1 3472661;968;28;9;220;64;;-29;°2;180;44;980;1 750412;959;29;12;230;58;;-30;0;185;34;990;0 2804938;959;30;11;240;59;;-31;0;190;33;1000;0 2670476;957;31;°20;250;48;;-32;°3;195;35;1010;2 2620635;946;32;13;260;52;;;434;200;35;1020;2 2967190;944;33;11;270;54;;reste;10;205;33;1030;0 4243039;944;34;°14;280;47;'''0 à 200;total;444;210;28;1040;0 2002234;937;35;10;290;56;2466;;;215;23;1050;1 3578230;936;36;7;300;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;41;1060;0 4121391;933;37;°10;310;36;;600;4046;225;35;1070;0 1500535;926;38;°15;320;35;;650;34;230;23;1080;0 4952031;915;39;8;330;29;;700;27;235;32;1090;0 2490814;912;40;7;340;36;'''201 à 370;750;25;240;27;1100;0 2028503;909;reste;3017;350;30;776;800;15;245;25;1110;1 4150415;904;total;4213;360;30;18.4%;850;11;250;23;1120;0 2127775;897;;;370;37;;900;11;255;26;1130;0 1003095;887;;;380;19;;950;11;260;26;1140;1 2921392;885;;;390;24;;1000;5;265;31;1150;2 2262088;884;;;400;19;;1050;5;270;23;1160;2 2877064;877;;;410;32;;1100;0;275;24;1170;2 4984821;874;;;420;31;;1150;4;280;23;1180;1 4474909;866;;;430;24;;1200;5;285;30;1190;0 1417740;865;;;440;20;;1250;2;290;26;1200;0 4759907;862;;;450;20;;1300;1;295;19;reste;14 3297697;861;;;460;20;;1350;3;300;25;total;167 ;;;;470;19;;1400;0;305;20;; ;;;;480;12;;1450;1;310;16;; '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;490;12;;1500;1;315;20;; 4734113;-98;shift2;629;500;19;;1550;0;320;15;; 4557422;-77;shift2;764;510;13;;1600;1;325;15;; 2893452;-56;shift2;1688;520;14;;1650;0;330;14;; 4567483;-53;shift2;4142;530;12;;1700;1;335;17;; 5067715;-53;shift2;2369;540;12;'''371 à 600;1750;1;340;19;; 4015714;-52;comp;;550;9;378;1800;0;345;15;; 1735201;-43;shift2;;560;11;9.0%;1850;0;350;15;; 1578876;-41;shift2;;570;15;;1900;0;355;15;; 164778;-38;shift2;;580;7;'''601 à max;1950;1;360;15;; 5173629;-34;shift2;;590;7;167;;165;365;19;; 73781;-32;shift2;;600;7;4.0%;;;370;18;; 2497076;-32;shift2;;reste;167;;reste;2;reste;545;; 2892533;-32;shift2;;total;4213;;total;4213;total;4213;; </pre> ====spl intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> spl. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; spl;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;47;-333;594;7.7;611;236;max80;-47;363;-934;95;806;257;min50 31 à 400;-;-;-;-;-;-;;10.3;-50;-57;43;915;162;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;59;37;-;275;poly;336;tF;158;57;;614;poly;192;SF 31 à 400;;;;;;;;106;43;-;885;dte;30;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;-0.342;;;;; 41-n;0.884;0.735;0.784;;;;;;;;;;; 1-n;0.172;-0.353;-0.202;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; spl;fx;fc;;spl;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;spl;Sx-;Sc- 0;1;17;;0;1;8;0;1;17;>0;1300;-1;0;126 10;8;284;;10;7;128;1;0;46;<0;12;-2;2;0 20;19;193;;20;18;87;2;0;53;zéro;1;-3;0;0 30;13;120;;30;12;54;3;1;29;total;1313;-4;5;136 40;29;86;;40;27;39;4;0;22;;c;-5;0;0 50;16;75;;50;15;34;5;1;16;>0;2469;-6;0;0 60;39;80;;60;36;36;6;2;13;<0;414;-7;0;10 70;50;72;;70;47;33;7;2;14;zéro;17;-8;2;46 80;67;101;;80;63;46;8;1;29;total;2900;-9;0;0 90;52;93;;90;49;42;9;1;29;;;-10;0;8 100;56;90;;100;52;41;10;0;33;;;-11;0;28 110;38;64;;110;35;29;11;2;27;;;-12;0;0 120;54;73;;120;50;33;12;1;35;;;-13;0;5 130;44;84;;130;41;38;13;3;20;;;-14;0;15 140;26;56;;140;24;25;14;1;29;;;-15;1;0 150;27;51;;150;25;23;15;5;15;;;-16;0;3 160;30;52;;160;28;23;16;0;10;;;-17;1;8 170;30;50;;170;28;23;17;3;13;;;-18;0;0 180;36;53;;180;34;24;18;2;20;;;-19;0;1 190;24;43;;190;22;19;19;1;14;;;-20;0;7 200;33;37;;200;31;17;20;1;10;;;-21;0;0 210;24;37;;210;22;17;21;2;12;;;-22;0;0 220;25;39;;220;23;18;22;1;12;;;-23;0;4 230;25;33;;230;23;15;23;0;13;;;-24;0;0 240;28;31;;240;26;14;24;4;19;;;-25;0;0 250;23;25;;250;21;11;25;3;3;;;-26;0;2 260;22;30;;260;21;14;26;0;9;;;-27;0;0 270;23;31;;270;21;14;27;2;21;;;-28;0;1 280;25;22;;280;23;10;28;0;9;;;-29;0;2 290;27;29;;290;25;13;29;1;11;;;-30;0;0 300;20;24;;300;19;11;30;0;11;;;-31;0;0 310;18;18;;310;17;8;31;3;17;;;-32;0;3 320;16;19;;320;15;9;32;4;9;;;-33;0;0 330;11;18;;330;10;8;33;3;8;;;-34;0;1 340;16;20;;340;15;9;34;5;9;;;-35;0;0 350;13;17;;350;12;8;35;2;8;;;-36;0;0 360;14;16;;360;13;7;36;1;6;;;-37;0;0 370;15;22;;370;14;10;37;4;6;;;-38;0;1 380;10;9;;380;9;4;38;5;10;;;-39;0;0 390;14;10;;390;13;5;39;1;7;;;-40;0;0 400;11;8;;400;10;4;40;1;6;;;-41;0;1 reste;229;254;;;;;reste;1231;1786;;;-42;0;0 total;1301;2486;;t30;37;270;total;1301;2486;;;-43;0;1 diagr;1071;2215;;t60;116;378;diagr;69;683;;;-44;0;0 - t30;1031;1618;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;947;1377;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;5 ;;;;;;;;;;;;total;12;414 ;;;;;;;;;;;;-52;1; </pre> ====spl intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_négatifs_S-|spl intercalaires négatifs S-]] 9.6.21 Paris <pre> spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;5;;;;2;;;;;;;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;12 continu;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> *14.8.21 Paris <pre> 14.8.21 Paris;spl;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;5;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;12 ;Sc-;126;0;0;136;0;0;10;46;0;8;28;0;5;15;0;3;8;0;1;7;0;0;4;0;0;2;0;1;2;0;0;3;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;5;414 </pre> ====spl autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_autres_intercalaires|spl autres intercalaires]] <pre> spl;autres intercalaires;;adresses1;;;spl;autres intercalaires;;adresses2;;;spl;autres intercalaires;;adresses3;;;spl;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;43968;614;comp;;deb;°CDS;1337892;500;;;deb;°CDS;2379066;152;;;deb;°CDS;3757370;157;comp ;$rRNA;45140;349;;;;&tRNA;1339706;52;comp;;;&tRNA;2379767;13;;;;&tRNA;3757983;103;comp ;$rRNA;47032;132;;;;&tRNA;1339834;539;comp;;;&tRNA;2379856;85;;;;&tRNA;3758163;114;comp ;$rRNA;50059;1319;;;;&tRNA;1340449;52;comp;;;&tRNA;2380015;530;;;fin;°CDS;3758364;;comp ;$rRNA;51494;349;;;;&tRNA;1340577;545;comp;;fin;°CDS;2380631;;;;deb;°CDS;3834636;162;comp ;$rRNA;53386;132;;;deb;°CDS;1341198;34;;;deb;°CDS;2548825;595;;;;&tRNA;3835257;51;comp ;$rRNA;56413;339;;;;&tRNA;1342467;52;comp;;;&tRNA;2550857;13;;;;&tRNA;3835383;131;comp fin;°CDS;56868;;comp;;;&tRNA;1342595;441;comp;;;&tRNA;2550946;95;;;;&tRNA;3835599;20;comp deb;°CDS;146328;-16;comp;;fin;°CDS;1343112;;comp;;;&tRNA;2551115;634;;;;&tRNA;3835694;96;comp ;regulatory;146483;188;comp;;deb;°CDS;1455613;913;;;;&tRNA;2551835;95;;;;&tRNA;3835875;49;comp fin;°CDS;146933;;;;;&tRNA;1456724;21;;;;&tRNA;2552004;479;;;;&tRNA;3835999;211;comp deb;°CDS;181132;687;comp;;;&tRNA;1456837;30;;;;&tRNA;2552569;132;;;;&tRNA;3836295;5;comp ;$rRNA;182275;74;;;;&tRNA;1456944;32;;;;&tRNA;2552775;545;;;;&tRNA;3836377;47;comp ;&tRNA;183892;65;;;;&tRNA;1457053;30;;;fin;°CDS;2553406;;comp;;;&tRNA;3836499;55;comp ;&tRNA;184034;371;;;;&tRNA;1457160;33;;;deb;°CDS;2556685;89;;;;&tRNA;3836639;5;comp ;$rRNA;184481;132;;;;&tRNA;1457270;9;;;;&tRNA;2558019;184;;;;&tRNA;3836721;47;comp ;$rRNA;187508;100;;;;&tRNA;1457356;76;;;fin;°CDS;2558294;;comp;;;&tRNA;3836843;55;comp ;&tRNA;187724;606;;;;&tRNA;1457524;35;;;deb;°CDS;2716829;98;;;;&tRNA;3836983;495;comp fin;°CDS;188407;;;;;&tRNA;1457636;9;;;;&tRNA;2717566;178;;;fin;°CDS;3837555;;comp deb;°CDS;190429;234;comp;;;&tRNA;1457722;1058;;;fin;°CDS;2717834;;comp;;deb;°CDS;3862357;180;comp ;&tRNA;191614;8;;;fin;°CDS;1458872;;;;deb;°CDS;2758794;192;comp;;;&tRNA;3862885;167;comp ;&tRNA;191698;35;;;deb;°CDS;1564741;165;comp;;;&tRNA;2759262;128;comp;;;&tRNA;3863129;160;comp ;&tRNA;191818;195;;;;tmRNA;1566139;110;comp;;;&tRNA;2759496;128;comp;;fin;°CDS;3863366;;comp fin;°CDS;192087;;;;fin;°CDS;1566605;;comp;;;&tRNA;2759730;189;comp;;deb;°CDS;3865578;454; deb;°CDS;233942;647;;;deb;°CDS;1625951;581;comp;;;&tRNA;2759996;45;comp;;;$rRNA;3867049;132;comp ;$rRNA;235186;384;;;;&tRNA;1627363;176;comp;;;&tRNA;2760118;2;comp;;;$rRNA;3867297;348;comp ;$rRNA;237113;132;;;fin;°CDS;1627615;;comp;;;&tRNA;2760197;35;comp;;;$rRNA;3870540;807;comp ;$rRNA;240140;454;;;deb;°CDS;1769998;257;comp;;;&tRNA;2760309;13;comp;;fin;°CDS;3872890;; deb;°CDS;240710;1908;comp;;;&tRNA;1770483;37;;;;&tRNA;2760399;353;comp;;deb;°CDS;3879732;289;comp ;$rRNA;243635;348;;;;&tRNA;1770596;37;;;fin;°CDS;2760829;;comp;;;&tRNA;3882154;187; ;$rRNA;245526;133;;;;&tRNA;1770709;37;;;deb;°CDS;2858049;291;comp;;fin;°CDS;3882417;;comp ;$rRNA;248554;68;;;;&tRNA;1770822;37;;;;&tRNA;2858823;30;;;deb;°CDS;3930329;122;comp ;&tRNA;248738;17;;;;&tRNA;1770935;37;;;;&tRNA;2858938;85;;;;regulatory;3932305;233;comp ;$rRNA;248831;703;;;;&tRNA;1771048;37;;;;&tRNA;2859108;107;;;fin;°CDS;3932761;;comp fin;°CDS;249650;;;;;&tRNA;1771161;37;;;;&tRNA;2859300;107;;;deb;°CDS;4051244;82; deb;°CDS;282426;135;;;;&tRNA;1771274;37;;;;&tRNA;2859492;315;;;;ncRNA;4051647;251; 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aa1;aa2;aa3;;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls &234;&455;&830;;;;;606;;89;113;; 8;40*3;58*3;;comp’;&234;;195;;98;114;'''deb; 35;&152;59;;comp’;&236;comp’;320;;104;124;<201;9 &236;13;57;;comp’;-23;comp’;286;;152;134;total;18 39;85;58*2;;;&155;;789;;155;160;taux;50% 41;&595;59;;comp’;330;;695;;157;176;; 58;13;58;;comp’;117;;220;;162;187;'''fin; &155;95;59*2;;comp’;&500;comp’;545;;180;193;<201;9 1172;634;&255;;comp’;&34;;441;;192;195;total;21 &500;95;8;;;&913;;1058;;255;216;taux;43% 52;479;63;;;581;;176;;427;220;; 539;132;&157;;comp’;&257;;705;;455;315;'''total; 52;&192;103;;;&104;comp’;977;;572;353;<201;18 &34;128*2;&162;;comp’;136;;134;;581;441;total;39 52;189;51;;;&455;comp’;383;;595;495;taux;46% &913;45;131;;comp’;254;;216;;663;530;; 21;2;20;;;&152;;530;;830;606;; 30;35;96;;;89;comp’;184;;913;695;; 32;13;49;;;98;;178;;'''-;705;; 30;&291;211;;;&595;comp’;545;;'''-;789;; 33;30;5;;;&192;;353;;'''-;1058;'''comp’;'''cumuls 9;85;47;;comp’;&291;;315;;-23;178;'''deb; 76;107*2;55;;comp’;&1011;;187;;34;184;<201;4 35;&1011;5;;;&572;;124;;117;187;total;13 9;45;47;;;&830;;193;;136;286;taux;31% &257;41;55;;;&255;comp’;465;;234;320;'''fin; 37*9;26;&180;;;&157;;114;;236;383;<201;3 39;32;167;;;&162;;495;;254;465;total;10 &104;33;&663;;;&180;;160;;257;545;taux;30% 80;40;20;;comp’;289;comp’;187;;289;545;; 102*7;&572;13;;;&663;;113;;291;977;'''total; 253;97*2;47*2;;;427;;;;330;'''-;<201;7 102*4;83;15;;;;;;;500;'''-;total;23 47;;16;;;;;;;1011;'''-;taux;30% ;;48;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;<201;13;12;25 ;;;;;;;;;total;31;31;62 ;;;;;;;;;taux;42%;39%;40% </pre> ===Vibrio parahaemolyticus=== ====vpb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_opérons|vpb opérons]] <pre> 45.3%GC;6.7.19 Paris;16s 11 ;126;doubles;intercalaires Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr1;; ;33614..35175;;16s;@4;80 ;35256..35331;;gaa;;2 ;35334..35409;;aaa;;30 ;35440..35515;;gta;;55 comp;35571..35768;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;59 ;35828..38743;;23s;;73 ;38817..38932;;5s;; ;;;;; ;49997..50073;;cgg;;32 ;50106..50181;;cac;+;72 ;50254..50330;;cca;2 cac;49 ;50380..50455;;cac;2 cca;24 ;50480..50556;;cca;; ;;;;; comp;400045..400120;;atgi;; ;;;;; ;577971..579532;;16s;;88 ;579621..579696;;gcc;;12 ;579709..579784;;gaa;;258 ;580043..582958;;23s;;73 ;583032..583147;;5s;;30 ;583178..583254;;gac;;35 ;583290..583366;;tgg;; ;;;;; comp;769649..769733;;cta;+;29 comp;769763..769847;;cta;10 cta;47 comp;769895..769971;;atg;4 atg;24 comp;769996..770080;;cta;5 caa;52 comp;770133..770207;;caa;;29 comp;770237..770321;;cta;;53 comp;770375..770451;;atg;;24 comp;770476..770560;;cta;;52 comp;770613..770687;;caa;;29 comp;770717..770801;;cta;;54 comp;770856..770930;;caa;;29 comp;770960..771044;;cta;;35 comp;771080..771154;;caa;;48 comp;771203..771287;;cta;;31 comp;771319..771403;;cta;;77 comp;771481..771557;;atg;;77 comp;771635..771709;;caa;;31 comp;771741..771825;;cta;;40 comp;771866..771942;;atg;; ;;;;; ;786939..787015;;cca;; ;;;;; comp;802315..802391;;agg;; ;;;;; ;910219..910295;;aga;; ;;;;; comp;982089..982173;;tac;+;81 comp;982255..982339;;tac;4 tac;81 comp;982421..982505;;tac;;81 comp;982587..982671;;tac;; ;;;;; ;1124715..1124802;;tcc;; ;;;;; ;1418321..1418397;;gtc;+;32 ;1418430..1418506;;gtc;2gtc; ;;;;; comp;1988127..1988202;;ggc;+;10 comp;1988213..1988299;;tta;2 ggc;76 comp;1988376..1988451;;ggc;;20 comp;1988472..1988545;;tgc;; ;;;;; ;2164082..2164157;;aac;; ;;;;; ;2193593..2193683;;tca;; ;;;;; comp;2547884..2547960;;atgf;;56 comp;2548017..2548100;;ctc;; ;;;;; ;2652092..2652168;;cgt;+;56 comp;2652225..2652301;;cgt;9 cgt;57 comp;2652359..2652435;;cgt;2 agc;57 comp;2652493..2652569;;cgt;;57 comp;2652627..2652703;;cgt;;57 comp;2652761..2652837;;cgt;;56 comp;2652894..2652970;;cgt;;210 comp;2653181..2653257;;cgt;;31 comp;2653289..2653380;;agc;@5;320 comp;2653701..2653777;;cgt;;31 comp;2653809..2653900;;agc;; ;;;;; ;2735697..2735772;;ttc;+;64 ;2735837..2735912;;aca;3 ttc;7 ;2735920..2735995;;ttc;2 aca;70 ;2736066..2736141;;aac;2 aac;71 ;2736213..2736288;;aca;;7 ;2736296..2736371;;ttc;;43 ;2736415..2736490;;aac;; ;;;;; ;2738623..2738698;;ttc;;51 ;2738750..2738825;;aca;+;21 ;2738847..2738922;;aac;2 aca;39 ;2738962..2739037;;aca;2 aac;15 ;2739053..2739128;;aac;; ;;;;; comp;2741263..2741339;;gac;;31 comp;2741371..2741487;;5s;;57 comp;2741545..2741620;;acc;;100 comp;2741721..2741836;;5s;;73 comp;2741910..2744825;;23s;;257 comp;2745083..2745158;;gca;;41 comp;2745200..2745276;;atc;;56 comp;2745333..2746894;;16s;; ;;;;; comp;2755928..2756012;;ttg;; ;;;;; comp;2847646..2847722;;tgg;;68 comp;2847791..2847867;;gac;;30 comp;2847898..2848013;;5s;;73 comp;2848087..2851002;;23s;;258 comp;2851261..2851336;;gaa;;80 comp;2851417..2852978;;16s;; ;;;;; comp;2987485..2987561;;atgf;+;56 comp;2987618..2987693;;ggc;5 atgf;18 comp;2987712..2987788;;atgf;8 ggc;35 comp;2987824..2987899;;ggc;;50 comp;2987950..2988025;;ggc;;49 comp;2988075..2988150;;ggc;;49 comp;2988200..2988275;;ggc;;30 comp;2988306..2988382;;atgf;;55 comp;2988438..2988513;;ggc;;30 comp;2988544..2988620;;atgf;;39 comp;2988660..2988735;;ggc;;19 comp;2988755..2988831;;atgf;;35 comp;2988867..2988942;;ggc;; ;;;;; comp;3060924..3061000;;tgg;;68 comp;3061069..3061145;;gac;;30 comp;3061176..3061291;;5s;;73 comp;3061365..3064280;;23s;;257 comp;3064538..3064613;;gta;;14 comp;3064628..3064703;;gca;;32 comp;3064736..3064811;;aaa;;2 comp;3064814..3064889;;gaa;;80 comp;3064970..3066531;;16s;@3;319 comp;3066851..3066966;;5s;;73 comp;3067040..3069955;;23s;;261 comp;3070217..3071778;;16s;; ;;;;; comp;3105094..3105169;;acc;;13 comp;3105183..3105257;;gga;;35 comp;3105293..3105377;;tac;;36 comp;3105414..3105489;;aca;; ;;;;; comp;3111073..3111149;;gac;;30 comp;3111180..3111295;;5s;;73 comp;3111369..3114284;;23s;;261 comp;3114546..3116107;;16s;@1;317 comp;3116425..3116540;;5s;;73 comp;3116614..3119529;;23s;;261 comp;3119791..3121352;;16s;; ;;;;; comp;3175944..3176034;;tca;;69 comp;3176104..3176219;;5s;;73 comp;3176293..3179211;;23s;;257 comp;3179469..3179544;;gca;;41 comp;3179586..3179662;;atc;;56 comp;3179719..3181280;;16s;@2; ;;;;; comp;3217187..3217263;;gac;;30 comp;3217294..3217409;;5s;;73 comp;3217483..3220398;;23s;;59 ;3220458..3220655;;MQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKL LKSYVSSQGSTFSKDFQSRRF;CDS 198;55 comp;3220711..3220786;;gta;;30 comp;3220817..3220892;;aaa;;2 comp;3220895..3220970;;gaa;;80 comp;3221051..3222612;;16s;; Vibrio parahaemolyticus BB22OP;;;chr2;; ;132908..134469;;16s;;80 ;134550..134625;;gaa;;2 ;134628..134703;;aaa;;16 ;134720..134795;;gca;;14 ;134810..134885;;gta;;54 comp;134940..135122;;MTSHQSCLQFLNMMQTRFCRTQIPRTLECVILVFVIKTNIENFTNNNKLLFCQLSKLLKS;CDS 180;19 ;135142..138059;;23s;;73 ;138133..138248;;5s;;69 ;138318..138408;;tca;; ;;;;; comp;192886..192969;;ctc;; ;;;;; comp;591931..592021;;tca;; ;;;;; comp;1009457..1009530;;tgc;;73 comp;1009604..1009690;;tta;; ;;;;; comp;1021568..1021641;;tgc;;73 comp;1021715..1021801;;tta;; ;;;;; comp;1029973..1030048;;ggc;;3 comp;1030052..1030125;;tgc;; </pre> ====vpb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_cumuls|vpb cumuls]] <pre> vpb cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;9;1;0;0;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;9;8;50;;20;;200; ;16 atc gca;2;40;24;4;100;;40;;300; ;16 23 5s a;1;60;21;2;150;;60;;400; ;max a;6;80;9;2;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;3;0;250;;100;;600; ;spéciaux;6;120;0;0;300;;120;;700; ;total aas;33;140;0;0;350;;140;;800; sans ;opérons;25;160;0;0;400;;160;;900; ;1 aa;11;180;0;0;450;;180;;1000; ;max a;19;200;0;0;500;;200;;1100; ;a doubles;8;;1;0;;;;;; ;total aas;93;;67;16;;0;;0;;0 total aas;;126;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;46;26;;;;;; ;;;variance;29;22;;;;;; sans jaune;;;moyenne;43;;;;;;; ;;;variance;17;;;;;;; </pre> ====vpb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_blocs|vpb blocs]] <pre> vpb blocs;;;;;;; 16s;80;16s;80;16s;80;; gaa;2;gaa;2;gaa;2;; aaa;30;aaa;30;aaa;16;; gta;55;gta;55;gca;14;; cds 198;59;cds 198;59;gta;54;; 23s;73;23s;73;cds 180;19;; 5s;;5s;30;23s;73;; ;;gac;;5s;69;; ;;;;tca;;; ;;;;;;; 16s;56;16s;56;16s;88;16s;80 atc;41;atc;41;gcc;12;gaa;258 gca;257;gca;257;gaa;258;23s;73 23s;73;23s;73;23s;73;5s;30 5s;100;5s;69;5s;30;gac; acc;57;tca;;gac;;; 5s;31;;;;;; gac;;;;;;; ;;;;;;; 16s;261;16s;261;;;; 23s;73;23s;73;;;; 5s;319;5s;317;;;; 16s;80;16s;261;;;; gaa;2;23s;73;;;; aaa;32;5s;30;;;; gca;14;gac;;;;; gta;257;;;;;; 23s;73;;;;;; 5s;30;;;;;; gac;;;;;;; </pre> ====vpb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb_distribution|vpb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;6;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt;;cta2+2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt;;cgt8;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;ggc4;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;4;ggc4;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;;ggc4;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;acc 5s + 1 >a;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt;8;acc 5s + 1 >a;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;7;tca 2 5s+ 2 a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;4;tca 2 5s+ 2 a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;3;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;6;cca;2;caa;5;cga;;;cta;4;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;4;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vpb;;11;;;;;11;;vpb;60;;;;;;60;;vpb;22;;;;;;22;;vpb;;;;12;;;12 </pre> ====vpb1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_données_intercalaires|vpb1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNAbloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;aa;intercalaire;;;intercalaire;;aa;intercalaire;;aa fxt;fct;vpb1;fx;fc;vpb1;fx40;fc40;vpb1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;;c;x;aa;c;x;hors bloc;c;x;hors bloc ;0;0;1;9;0;1;9;-1;;83;cont;x;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;;suite ;0;10;12;254;1;2;25;-2;;0;284;337;454;556;3* 277;;;35;;gac;32;;cgg;64;;ttc ;3;20;12;187;2;1;45;-3;;0;140;243;504;496;23s 5s;;;**;;tgg;72;;cac;7;;aca ;0;30;9;114;3;2;36;-4;2;115;366;139;487;;10* 91;;;2* 68;;tgg;49;;cac;70;;ttc ;0;40;16;74;4;1;16;-5;;0;18;259;575;;16s tRNA;;;**;;gac;24;;cac;71;;aac ;1;50;26;58;5;0;24;-6;1;0;268;290;817;;97;;gcc;;;;**;;cac;7;;aca ;0;60;35;45;6;1;8;-7;;7;179;203;472;;2* 65;;atc;;;;29;;cta;43;;ttc ;0;70;57;54;7;1;15;-8;1;41;50;477;5s CDS;;4* 89;;gaa;;;;47;;cta;**;;aac ;0;80;56;57;8;2;21;-9;;0;144;282;;110;tRNA 23s;;;;;;24;;atgj;51;;ttc ;0;90;48;57;9;1;44;-10;;4;457;95;5s 16s;;2* 264;;gca;;;;52;;cta;21;;aca 3;1;100;36;48;10;1;20;-11;2;29;179;587;319;;2* 265;;gaa;;;;29;;caa;39;;aac ;1;110;36;60;11;1;25;-12;;0;736;168;317;;264;;gta;;;;53;;cta;15;;aca ;0;120;20;53;12;0;31;-13;;3;390;135;;;2* 319;;gta;;;;24;;atgj;**;;aac ;0;130;33;50;13;0;21;-14;;21;327;302;;;5s tRNA;;;;;;52;;cta;56;;atgf 2;1;140;22;38;14;1;23;-15;1;0;153;456;;;5* 30;;gac;;;;29;;caa;18;;ggc ;1;150;15;47;15;2;18;-16;;1;227;620;;;31;;gac;;;;54;;cta;35;;atgf ;2;160;13;47;16;0;9;-17;;12;15;96;;;100;;acc;;;;29;;caa;50;;ggc 1;0;170;16;47;17;1;19;-18;;0;569;206;;;69;;tca;;;;35;;cta;49;;ggc ;2;180;11;42;18;3;17;-19;;2;243;497;;;tRNA 5s;;;;;;48;;caa;49;;ggc ;1;190;18;31;19;2;8;-20;;10;11;964;;;57;;acc;;;;31;;cta;30;;ggc ;0;200;16;31;20;2;16;-21;1;0;243;93;;;tRNA tRNA;intra;;;;;77;;cta;55;;atgf 2;0;210;9;26;21;2;14;-22;1;2;100;;;;2;;gaa;;;;77;;atgj;30;;ggc ;0;220;15;21;22;0;8;-23;;5;272;;;;30;;aaa;;;;31;;caa;39;;atgf ;1;230;14;26;23;0;9;-24;;0;234;;;;**;;gta;;;;40;;cta;19;;ggc ;1;240;8;21;24;1;20;-25;;1;565;;;;12;;gcc;;;;**;;atgj;35;;atgf 1;2;250;8;22;25;0;10;-26;;1;190;;;;**;;gaa;;;;81;;tac;**;;ggc 1;0;260;12;15;26;1;15;-27;;0;156;;;;41;;gca;;;;81;;tac;13;;acc ;1;270;15;17;27;1;6;-28;;0;103;;;;**;;atc;;;;81;;tac;35;;gga ;1;280;8;12;28;1;18;-29;;2;;;;;14;;gta;;;;**;;tac;36;;tac 2;1;290;12;15;29;2;5;-30;;0;;;;;32;;gca;;;;32;;gtc;**;;aca ;0;300;9;19;30;1;9;-31;;0;;;;;2;;aaa;;;;**;;gtc;;; 1;0;310;7;18;31;1;11;-32;;1;;;;;**;;gaa;;;;10;;ggc;;; ;0;320;12;6;32;1;11;-33;;0;;;;;41;;gca;;;;76;;tta;;; ;1;330;6;8;33;3;6;-34;;1;;;;;**;;atc;;;;20;;ggc;;; 1;0;340;4;6;34;4;9;-35;;2;;;;;30;;gta;;;;**;;tgc;;; ;0;350;11;8;35;0;5;-36;;0;;;;;2;;aaa;;;;56;;atgf;;; ;0;360;7;4;36;0;10;-37;;0;;;;;**;;gaa;;;;**;;ctc;;; ;1;370;8;6;37;2;6;-38;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;; ;0;380;5;4;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; ;1;390;7;3;39;2;6;-40;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; ;0;400;7;4;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; 6;4;reste;90;93;reste;732;1119;-42;;0;;;;;;;;;;;57;;cgt;;; 20;27;total;782;1757;total;782;1757;-43;;0;;;;;;;;;;;56;;cgt;;; 14;23;diagr;691;1655;diagr;49;629;-44;1;0;;;;;;;;;;;210;;cgt;;; 0;3;t30;33;555;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;;;31;;cgt;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;**;;agc;;; ;x;781;13;1;795;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;c;1748;344;9;2101;;;-50;;1;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2896;203;;reste;1;0;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;3099;;total;13;344;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====vpb2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_données_intercalaires|vpb2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vpb2;fx;fc;vpb2;fx40;fc40;vpb2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;11;0;1;11;-1;;50;32;501;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;116;1;0;18;-2;1;0;843;563;468;;91;;;73;;tgc ;0;20;6;71;2;1;16;-3;;0;356;24;;;16s tRNA;;;**;;tta 1;0;30;11;46;3;2;7;-4;4;53;221;329;;;89;;gaa;73;;tgc 1;1;40;8;27;4;1;6;-5;;0;222;678;;;tRNA 23s;;;**;;tta ;0;50;17;21;5;0;4;-6;1;0;;537;;;263;;gta;3;;ggc ;0;60;14;28;6;0;6;-7;;1;;314;;;5s tRNA;;;**;;tgc ;0;70;29;30;7;1;4;-8;;23;;34;;;69;;tca;;; ;0;80;39;25;8;1;8;-9;;0;;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;0;90;32;33;9;3;29;-10;;1;;;;;2;;gaa;;; ;0;100;28;24;10;2;18;-11;1;11;;;;;16;;aaa;;; ;0;110;24;18;11;0;14;-12;;0;;;;;14;;gca;;; ;0;120;29;19;12;1;13;-13;;1;;;;;**;;gta;;; ;0;130;18;17;13;1;5;-14;3;6;;;;;;;;;; ;0;140;11;16;14;0;6;-15;;0;;;;;;;;;; ;0;150;16;15;15;1;8;-16;;0;;;;;;;;;; ;0;160;15;30;16;0;4;-17;;6;;;;;;;;;; ;0;170;10;19;17;0;2;-18;;0;;;;;;;;;; ;0;180;8;23;18;1;9;-19;;1;;;;;;;;;; ;0;190;11;17;19;2;3;-20;;2;;;;;;;;;; ;0;200;7;3;20;0;7;-21;;0;;;;;;;;;; ;0;210;14;16;21;1;7;-22;;0;;;;;;;;;; ;0;220;9;14;22;1;6;-23;1;2;;;;;;;;;; ;2;230;9;13;23;0;4;-24;;0;;;;;;;;;; ;0;240;13;18;24;0;5;-25;;0;;;;;;;;;; ;0;250;14;9;25;1;4;-26;;4;;;;;;;;;; ;0;260;12;7;26;1;4;-27;;0;;;;;;;;;; ;0;270;11;9;27;3;4;-28;;0;;;;;;;;;; ;0;280;6;8;28;2;6;-29;;2;;;;;;;;;; ;0;290;7;6;29;0;3;-30;;0;;;;;;;;;; ;0;300;3;9;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;; ;0;310;2;6;31;0;3;-32;;1;;;;;;;;;; 1;0;320;6;3;32;0;5;-33;;0;;;;;;;;;; 1;0;330;8;3;33;1;3;-34;;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;8;34;1;2;-35;;1;;;;;;;;;; ;0;350;1;8;35;1;2;-36;;0;;;;;;;;;; ;1;360;6;8;36;1;1;-37;;0;;;;;;;;;; ;0;370;5;2;37;1;3;-38;;1;;;;;;;;;; ;0;380;7;2;38;1;1;-39;1;0;;;;;;;;;; ;0;390;3;5;39;2;2;-40;;1;;;;;;;;;; ;0;400;4;2;40;0;5;-41;;0;;;;;;;;;; 4;1;reste;71;63;reste;524;557;-42;;0;;;;;;;;;; 8;5;total;561;828;total;561;828;-43;;0;;;;;;;;;; 4;4;diagr;489;754;diagr;36;260;-44;;0;;;;;;;;;; 1;0;t30;28;233;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;1;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;; ;x;560;14;1;575;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;817;171;11;999;;;-50;;3;;;;;;;;;; ;;;;;1574;32;;reste;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;;1606;;total;14;171;;;;;;;;;; </pre> =====vpb1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb1_autres_intercalaires_aas|vpb1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb1;;;;; deb;;CDS;32632;33159;454;*; ;;rRNA;33614;35166;89;*;1553 ;;tRNA;35256;35331;2;*;gaa ;;tRNA;35334;35409;30;*;aaa ;;tRNA;35440;35515;319;*;gta ;;rRNA;35835;38725;91;*;2891 ;;rRNA;38817;38932;110;*;116 fin;comp;CDS;39043;39933;;0; deb;comp;CDS;49246;49659;337;*; ;;tRNA;49997;50073;32;*;cgg ;;tRNA;50106;50181;72;*;cac ;;tRNA;50254;50330;49;*;cac ;;tRNA;50380;50455;24;*;cac ;;tRNA;50480;50556;243;*;cac fin;comp;CDS;50800;51525;;0; deb;;CDS;330209;330847;37;*; ;;regulatory;330885;331020;72;*; fin;;CDS;331093;332085;;; deb;comp;CDS;398957;399760;284;*; ;comp;tRNA;400045;400120;140;*;atgi fin;comp;CDS;400261;402123;;; deb;;CDS;447282;448145;166;*; ;;ncRNA;448312;448741;175;*; fin;;CDS;448917;449867;;; deb;comp;CDS;503781;504251;439;*; ;;misc_f;504691;504810;54;*; fin;;CDS;504865;507324;;; deb;comp;CDS;568478;569656;13;*; ;comp;misc_f;569670;569792;107;*; fin;comp;CDS;569900;570226;;; deb;;CDS;574893;577466;504;*; ;;rRNA;577971;579523;97;*;1553 ;;tRNA;579621;579696;12;*;gcc ;;tRNA;579709;579784;265;*;gaa ;;rRNA;580050;582940;91;*;2891 ;;rRNA;583032;583147;30;*;116 ;;tRNA;583178;583254;35;*;gac ;;tRNA;583290;583366;366;*;tgg fin;;CDS;583733;584065;;; deb;comp;CDS;670277;672010;111;*; ;comp;tmRNA;672122;672489;67;*; fin;comp;CDS;672557;673042;;0; deb;;CDS;768334;769509;139;*; ;comp;tRNA;769649;769733;29;*;cta ;comp;tRNA;769763;769847;47;*;cta ;comp;tRNA;769895;769971;24;*;atgj ;comp;tRNA;769996;770080;52;*;cta ;comp;tRNA;770133;770207;29;*;caa ;comp;tRNA;770237;770321;53;*;cta ;comp;tRNA;770375;770451;24;*;atgj ;comp;tRNA;770476;770560;52;*;cta ;comp;tRNA;770613;770687;29;*;caa ;comp;tRNA;770717;770801;54;*;cta ;comp;tRNA;770856;770930;29;*;caa ;comp;tRNA;770960;771044;35;*;cta ;comp;tRNA;771080;771154;48;*;caa ;comp;tRNA;771203;771287;31;*;cta ;comp;tRNA;771319;771403;77;*;cta ;comp;tRNA;771481;771557;77;*;atgj ;comp;tRNA;771635;771709;31;*;caa ;comp;tRNA;771741;771825;40;*;cta ;comp;tRNA;771866;771942;18;*;atgj fin;comp;CDS;771961;772221;;; deb;comp;CDS;786539;786679;259;*; ;;tRNA;786939;787015;290;*;cca fin;comp;CDS;787306;788178;;0; deb;comp;CDS;801540;802046;268;*; ;comp;tRNA;802315;802391;179;*;agg fin;comp;CDS;802571;803704;;0; deb;comp;CDS;909155;910015;203;*; ;;tRNA;910219;910295;50;*;aga fin;;CDS;910346;910864;;; deb;;CDS;980739;981611;477;*; ;comp;tRNA;982089;982173;81;*;tac ;comp;tRNA;982255;982339;81;*;tac ;comp;tRNA;982421;982505;81;*;tac ;comp;tRNA;982587;982671;282;*;tac fin;;CDS;982954;984048;;; deb;;CDS;997215;999218;137;*; ;;ncRNA;999356;999452;132;*; fin;;CDS;999585;1000319;;0; deb;comp;CDS;1081601;1082191;116;*; ;comp;regulatory;1082308;1082397;266;*; fin;comp;CDS;1082664;1083668;;; deb;;CDS;1124121;1124570;144;*; ;;tRNA;1124715;1124802;457;*;tcc fin;;CDS;1125260;1126897;;; deb;comp;CDS;1170475;1170882;597;*; ;;regulatory;1171480;1171660;113;*; fin;;CDS;1171774;1173375;;0; deb;comp;CDS;1176029;1176982;364;*; ;;misc_f;1177347;1177484;54;*; fin;;CDS;1177539;1178435;;; deb;;CDS;1417803;1418141;179;*; ;;tRNA;1418321;1418397;32;*;gtc ;;tRNA;1418430;1418506;95;*;gtc fin;comp;CDS;1418602;1419771;;; deb;comp;CDS;1803089;1803247;528;*; ;;regulatory;1803776;1803877;118;*; fin;;CDS;1803996;1805372;;0; deb;comp;CDS;1984514;1987390;736;*; ;comp;tRNA;1988127;1988202;10;*;ggc ;comp;tRNA;1988213;1988299;76;*;tta ;comp;tRNA;1988376;1988451;20;*;ggc ;comp;tRNA;1988472;1988545;390;*;tgc fin;comp;CDS;1988936;1989493;;; deb;;CDS;2000638;2000763;-54;*; ;;misc_f;2000710;2000813;125;*; fin;;CDS;2000939;2002516;;; deb;comp;CDS;2157175;2158164;-12;*; ;comp;regulatory;2158153;2158286;173;*; fin;;CDS;2158460;2159353;;0; deb;comp;CDS;2161464;2163494;587;*; ;;tRNA;2164082;2164157;327;*;aac fin;;CDS;2164485;2165063;;; deb;;CDS;2191631;2193439;153;*; ;;tRNA;2193593;2193683;168;*;tca fin;comp;CDS;2193852;2194760;;0; deb;comp;CDS;2547201;2547656;227;*; ;comp;tRNA;2547884;2547960;56;*;atgf ;comp;tRNA;2548017;2548100;15;*;ctc fin;comp;CDS;2548116;2548454;;; deb;comp;CDS;2651265;2651522;569;*; ;comp;tRNA;2652092;2652168;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652225;2652301;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652359;2652435;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652493;2652569;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652627;2652703;57;*;cgt ;comp;tRNA;2652761;2652837;56;*;cgt ;comp;tRNA;2652894;2652970;210;*;cgt ;comp;tRNA;2653181;2653257;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653289;2653380;243;*;agc deb;comp;CDS;2653624;2653689;11;*; ;comp;tRNA;2653701;2653777;31;*;cgt ;comp;tRNA;2653809;2653900;243;*;agc fin;comp;CDS;2654144;2654341;;; deb;;CDS;2699087;2699395;8;*; ;;ncRNA;2699404;2699588;4;*; fin;;CDS;2699593;2700186;;; deb;;CDS;2734457;2735596;100;*; ;;tRNA;2735697;2735772;64;*;ttc ;;tRNA;2735837;2735912;7;*;aca ;;tRNA;2735920;2735995;70;*;ttc ;;tRNA;2736066;2736141;71;*;aac ;;tRNA;2736213;2736288;7;*;aca ;;tRNA;2736296;2736371;43;*;ttc ;;tRNA;2736415;2736490;272;*;aac deb;;CDS;2736763;2738388;234;*; ;;tRNA;2738623;2738698;51;*;ttc ;;tRNA;2738750;2738825;21;*;aca ;;tRNA;2738847;2738922;39;*;aac ;;tRNA;2738962;2739037;15;*;aca ;;tRNA;2739053;2739128;135;*;aac deb;comp;CDS;2739264;2740697;565;*; ;comp;tRNA;2741263;2741339;31;*;gac ;comp;rRNA;2741371;2741487;57;*;117 ;comp;tRNA;2741545;2741620;100;*;acc ;comp;rRNA;2741721;2741836;91;*;116 ;comp;rRNA;2741928;2744818;264;*;2891 ;comp;tRNA;2745083;2745158;41;*;gca ;comp;tRNA;2745200;2745276;65;*;atc ;comp;rRNA;2745342;2746894;487;*;1553 fin;comp;CDS;2747382;2748635;;; deb;;CDS;2754342;2755625;302;*; ;comp;tRNA;2755928;2756012;190;*;ttg fin;comp;CDS;2756203;2756868;;0; deb;comp;CDS;2838215;2839336;326;*; ;;regulatory;2839663;2839841;102;*; fin;;CDS;2839944;2841296;;0; deb;;CDS;2847001;2847189;456;*; ;comp;tRNA;2847646;2847722;68;*;tgg ;comp;tRNA;2847791;2847867;30;*;gac ;comp;rRNA;2847898;2848013;91;*;116 ;comp;rRNA;2848105;2850995;265;*;2891 ;comp;tRNA;2851261;2851336;89;*;gaa ;comp;rRNA;2851426;2852978;575;*;1553 fin;comp;CDS;2853554;2854333;;; deb;;CDS;2985737;2986864;620;*; ;comp;tRNA;2987485;2987561;56;*;atgf ;comp;tRNA;2987618;2987693;18;*;ggc ;comp;tRNA;2987712;2987788;35;*;atgf ;comp;tRNA;2987824;2987899;50;*;ggc ;comp;tRNA;2987950;2988025;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988075;2988150;49;*;ggc ;comp;tRNA;2988200;2988275;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988306;2988382;55;*;atgf ;comp;tRNA;2988438;2988513;30;*;ggc ;comp;tRNA;2988544;2988620;39;*;atgf ;comp;tRNA;2988660;2988735;19;*;ggc ;comp;tRNA;2988755;2988831;35;*;atgf ;comp;tRNA;2988867;2988942;156;*;ggc fin;comp;CDS;2989099;2989644;;0; deb;;CDS;3060116;3060827;96;*; ;comp;tRNA;3060924;3061000;68;*;tgg ;comp;tRNA;3061069;3061145;30;*;gac ;comp;rRNA;3061176;3061291;91;*;116 ;comp;rRNA;3061383;3064273;264;*;2891 ;comp;tRNA;3064538;3064613;14;*;gta ;comp;tRNA;3064628;3064703;32;*;gca ;comp;tRNA;3064736;3064811;2;*;aaa ;comp;tRNA;3064814;3064889;89;*;gaa ;comp;rRNA;3064979;3066531;319;*;1553 ;comp;rRNA;3066851;3066966;91;*;116 ;comp;rRNA;3067058;3069948;277;*;2891 ;comp;rRNA;3070226;3071778;817;*;1553 fin;comp;CDS;3072596;3074731;;; deb;comp;CDS;3103806;3104990;103;*; ;comp;tRNA;3105094;3105169;13;*;acc ;comp;tRNA;3105183;3105257;35;*;gga ;comp;tRNA;3105293;3105377;36;*;tac ;comp;tRNA;3105414;3105489;206;*;aca fin;;CDS;3105696;3106619;;0; deb;;CDS;3109235;3110575;497;*; ;comp;tRNA;3111073;3111149;30;*;gac ;comp;rRNA;3111180;3111295;91;*;116 ;comp;rRNA;3111387;3114277;277;*;2891 ;comp;rRNA;3114555;3116107;317;*;1553 ;comp;rRNA;3116425;3116540;91;*;116 ;comp;rRNA;3116632;3119522;277;*;2891 ;comp;rRNA;3119800;3121352;556;*;1553 fin;;CDS;3121909;3122364;;1; deb;comp;CDS;3123914;3125749;55;*; ;comp;regulatory;3125805;3126005;184;*; fin;;CDS;3126190;3127299;;0; deb;;CDS;3173798;3174979;964;*; ;comp;tRNA;3175944;3176034;69;*;tca ;comp;rRNA;3176104;3176219;91;*;116 ;comp;rRNA;3176311;3179204;264;*;2894 ;comp;tRNA;3179469;3179544;41;*;gca ;comp;tRNA;3179586;3179662;65;*;atc ;comp;rRNA;3179728;3181280;472;*;1553 fin;comp;CDS;3181753;3182466;;; deb;comp;CDS;3213224;3215164;168;*; ;comp;regulatory;3215333;3215431;61;*; fin;comp;CDS;3215493;3215876;;0; deb;;CDS;3216111;3217093;93;*; ;comp;tRNA;3217187;3217263;30;*;gac ;comp;rRNA;3217294;3217409;91;*;116 ;comp;rRNA;3217501;3220391;319;*;2891 ;comp;tRNA;3220711;3220786;30;*;gta ;comp;tRNA;3220817;3220892;2;*;aaa ;comp;tRNA;3220895;3220970;89;*;gaa ;comp;rRNA;3221060;3222612;496;*;1553 fin;;CDS;3223109;3223657;;0; </pre> =====vpb2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vpb2_autres_intercalaires_aas|vpb2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vpb2;;;;; deb;comp;CDS;126972;127829;96;*; ;comp;regulatory;127926;128033;312;*; fin;;CDS;128346;129731;;; deb;;CDS;131915;132439;468;*; ;;rRNA;132908;134460;89;*;1553 ;;tRNA;134550;134625;2;*;gaa ;;tRNA;134628;134703;16;*;aaa ;;tRNA;134720;134795;14;*;gca ;;tRNA;134810;134885;263;*;gta ;;rRNA;135149;138041;91;*;2893 ;;rRNA;138133;138248;69;*;116 ;;tRNA;138318;138408;501;*;tca fin;comp;CDS;138910;139266;;; deb;comp;CDS;192242;192853;32;*; ;comp;tRNA;192886;192969;563;*;ctc fin;;CDS;193533;194741;;0; deb;;CDS;590953;591906;24;*; ;comp;tRNA;591931;592021;329;*;tca fin;;CDS;592351;593031;;0; deb;comp;CDS;1006811;1008613;843;*; ;comp;tRNA;1009457;1009530;73;*;tgc ;comp;tRNA;1009604;1009690;678;*;tta fin;;CDS;1010369;1012618;;0; deb;comp;CDS;1019688;1021211;356;*; ;comp;tRNA;1021568;1021641;73;*;tgc ;comp;tRNA;1021715;1021801;537;*;tta fin;;CDS;1022339;1023970;;; deb;comp;CDS;1028849;1029751;221;*; ;comp;tRNA;1029973;1030048;3;*;ggc ;comp;tRNA;1030052;1030125;222;*;tgc fin;comp;CDS;1030348;1031802;;; deb;comp;CDS;1124360;1124878;314;*; ;;tRNA;1125193;1125267;34;*;gga fin;comp;CDS;1125302;1126159;;; deb;;CDS;1291846;1292463;104;*; ;;regulatory;1292568;1292708;113;*; fin;;CDS;1292822;1293478;;; deb;;CDS;1311512;1311652;298;*; ;;regulatory;1311951;1312050;89;*; fin;;CDS;1312140;1313153;;; deb;;CDS;1632173;1633153;424;*; ;;regulatory;1633578;1633682;100;*; fin;;CDS;1633783;1635246;;0; </pre> ===Escherichia albertii=== ====eal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal opérons]] <pre> 49.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7;89;doubles;intercalaires Escherichia albertii;;;;; ;219063..219144;;tac;+;212 ;219357..219438;;tac;2 tac; ;;;;; ;413135..413219;;tcc;; ;;;;; ;462888..462972;;tca;; ;;;;; comp;489120..489191;;gga;;6 comp;489198..489270;;aca;; ;;;;; ;615149..615233;;tcc;; ;;;;; comp;756823..756895;;aaa;+;5 comp;756901..756973;;gta;3 aaa ;48 comp;757022..757094;;aaa;2 gta;5 comp;757100..757172;;gta;;48 comp;757221..757293;;aaa;; ;;;;; ;834529..834602;;atgj;+;10 ;834613..834694;;cta;2atgj ;26 ;834721..834792;;caa;2caa ;37 ;834830..834901;;caa;2 cag;18 ;834920..834993;;atgj;;51 ;835045..835116;;cag;;35 ;835152..835223;;cag;; ;;;;; comp;968958..969031;;aga;; ;;;;; comp;1192416..1192488;;acg;; ;;;;; comp;1269526..1269599;;gac;; ;;;;; comp;1277040..1277113;;gac;;52 comp;1277166..1277285;;5s;@1;169 comp;1277455..1280377;;23s;;186 comp;1280564..1280636;;gca;;45 comp;1280682..1280755;;atc;;70 comp;1280826..1282367;;16s;; ;;;;; ;1567231..1567314;;ctg;+;31 ;1567346..1567429;;ctg;3 ctg;35 ;1567465..1567548;;ctg;; ;;;;; comp;1657309..1657390;;ttg;; ;;;;; comp;1765401..1765473;;ggc;+;159 comp;1765633..1765705;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;1795516..1795588;;ttc;; ;;;;; comp;2006002..2006121;;5s;;169 comp;2006291..2009214;;23s;;186 comp;2009401..2009473;;gca;;45 comp;2009519..2009592;;atc;;70 comp;2009663..2011202;;16s;; ;;;;; comp;2042057..2043241;;tuf1;CDS 1185pb;117 comp;2043359..2043431;;acc;;9 comp;2043441..2043512;;gga;;119 comp;2043632..2043713;;tac;;11 comp;2043725..2043797;;aca;@3; ;;;;; comp;2047429..2047548;;5s;;169 comp;2047718..2050648;;23s;;186 comp;2050835..2050907;;gca;;45 comp;2050953..2051026;;atc;;68 comp;2051095..2052636;;16s;; ;;;;; comp;2208305..2208424;;5s;@2;169 comp;2208594..2211517;;23s;;198 comp;2211716..2211788;;gaa;;85 comp;2211874..2213418;;16s;; ;;;;; comp;2267554..2267627;;cca;;43 comp;2267671..2267754;;ctg;;23 comp;2267778..2267850;;cac;;61 comp;2267912..2267985;;cgg;; ;;;;; comp;2305358..2305430;;tgg;;11 comp;2305442..2305515;;gac;;52 comp;2305568..2305687;;5s;;169 comp;2305857..2308779;;23s;;198 comp;2308978..2309050;;gaa;;85 comp;2309136..2310676;;16s;; ;;;;; comp;2426158..2426248;;tga;; ;;;;; ;2556305..2556378;;ccg;; ;;;;; ;2810766..2812307;;16s;;85 ;2812393..2812465;;gaa;;198 ;2812664..2815586;;23s;;169 ;2815756..2815875;;5s;;151 ;2816027..2816099;;acc;;40 ;2816140..2816259;;5s;; ;;;;; ;2911129..2911212;;ctc;; ;;;;; ; 2913088..2913161;;atgf;; ;;;;; comp;3010332..3010404;;atgi;; ;;;;; comp;3177717..3177789;;ttc;; ;;;;; ;3301617..3301687;;ggg;; ;;;;; comp;3366868..3366941;;atgf;+;37 comp;3366979..3367052;;atgf;3 atgf;37 comp;3367090..3367163;;atgf;; ;;;;; ;3469914..3470003;;agc;;6 ;3470010..3470083;;cgt;+;201 ;3470285..3470358;;cgt;3 cgt;200 ; 3470559..3470632;;cgt;; ;;;;; ;3505321..3505393;;atgi;; ;;;;; ;3563056..3564598;;16s;;85 ;3564684..3564756;;gaa;;198 ;3564955..3567876;;23s;;169 ;3568046..3568165;;5s;; ;;;;; comp;3779750..3779822;;aaa;;7 comp;3779830..3779902;;gta;+;47 comp;3779950..3780022;;gta;2 gta; ;;;;; ;3782718..3782790;;gcc;+;42 ;3782833..3782905;;gcc;2 gcc; ;;;;; comp;3810369..3810440;;agg;; ;;;;; comp;3993500..3993573;;ccc;; ;;;;; comp;4232176..4232248;;aac;; ;;;;; ;4233996..4234068;;aac;; ;;;;; comp;4242952..4243024;;aac;; ;;;;; comp;4248342..4248414;;aac;; ;;;;; ;4249406..4249492;;tcg;; ;;;;; ;4256696..4256768;;atgi;;100 ;4256869..4256942;;aga;; ;;;;; ;4317980..4318052;;ggc;;56 ;4318109..4318179;;tgc;;14 ;4318194..4318277;;tta;; ;;;;; comp;4556753..4556826;;gtc;+;7 comp;4556834..4556907;;gtc;2 gtc; </pre> ====eal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_cumuls|eal cumuls]] <pre> eal cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;8;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;7;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;1;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;13;140;0;;350;;140;;800; sans ;opérons;38;160;1;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;1;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;2;;;;;;; ;total aas;71;;33;0;;0;;0;;0 total aas;;84;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;53;;;;;;; ;;;variance;59;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_blocs|eal blocs]] <pre> eal blocs;;; 16s;70;70;68 atc;45;45;45 gca;186;186;186 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;85;85 gaa;198;198;198 23s;169;169;169 5s;52;; gac;;; ;;; 16s;85;; gaa;198;; 23s;169;; 5s;151;; acc;40;; 5s;;; </pre> ====eal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_distribution|eal distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;atgi 2a+>a;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;atgi 2a+>a;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;2;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;caa2;tta;1;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga;;caa2;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;cag2;ata;;aca;2;aaa;4;aga;1;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga;;cag2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;atgf3;cta;1;cca;1;caa;;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;2;cga;;atgf3;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;2;cgt3;gta;2;gca;;gaa;;gga;;cgt3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;ggc2;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;aaa (gta aaa)2;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eal;;23;;;;;23;;eal;25;;;;;;25;;eal;23;;;;;;23;;eal;;;;4;;;4 </pre> ====eal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_données_intercalaires|eal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eal;fx;fc;eal;fx40;fc40;eal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;12;18;0;12;18;-1;0;157;158;376;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;45;323;1;5;35;-2;4;0;294;233;364;339;7* 169;;;212;;tac 1;1;20;26;264;2;8;39;-3;0;0;162;276;370;477;16s tRNA;;;**;;tac ;0;30;28;126;3;10;50;-4;39;250;479;441;161;467;2* 70;;atc;6;;gga 1;0;40;60;94;4;4;29;-5;0;0;284;601;;264;68;;atc;**;;aca 2;1;50;80;91;5;1;17;-6;2;0;170;156;5s CDS;;4* 85;;gaa;5;;aaa 3;0;60;55;106;6;4;15;-7;2;13;164;256;300;113;tRNA 23s;;;48;;gta ;0;70;43;83;7;2;18;-8;1;58;223;248;56;98;3* 186;;gca;5;;aaa 2;1;80;31;75;8;3;18;-9;3;0;114;17;;460;4* 198;;gaa;48;;gta ;0;90;42;75;9;3;47;-10;2;6;437;41;;;5s tRNA;;;**;;aaa 2;3;100;38;74;10;5;55;-11;0;37;132;195;;;2* 52;;gac;10;;atgj 1;3;110;40;77;11;2;42;-12;1;0;165;272;;;151;;acc;26;;cta 1;3;120;27;61;12;2;36;-13;0;2;189;120;;;tRNA 5s;;;37;;caa 1;1;130;37;57;13;2;19;-14;10;17;189;37;;;40;;acc;18;;caa 1;1;140;33;55;14;1;47;-15;1;0;210;92;;;tRNA tRNA;;intra;51;;atgj ;3;150;34;50;15;6;26;-16;2;2;106;184;;;3* 45;;atc gca;35;;cag 1;2;160;38;45;16;3;25;-17;3;8;117;347;;;tRNA contig;;contig;**;;cag 1;5;170;26;31;17;3;18;-18;2;0;150;59;;;11;;tgg;31;;ctg ;0;180;24;37;18;4;14;-19;1;5;102;125;;;**;;gac;35;;ctg 1;2;190;43;31;19;1;17;-20;2;10;167;78;;;;;;**;;ctg 1;2;200;21;30;20;2;20;-21;0;0;398;237;;;;;;159;;ggc ;2;210;24;30;21;2;18;-22;1;1;91;510;;;;;;**;;ggc ;0;220;36;33;22;3;18;-23;1;7;408;367;;;;;;9;;acc ;1;230;21;23;23;0;11;-24;3;0;14;235;;;;;;119;;gga 3;0;240;13;19;24;3;17;-25;2;4;203;135;;;;;;11;;tac 2;0;250;15;25;25;4;9;-26;4;6;200;243;;;;;;**;;aca 1;0;260;19;27;26;5;7;-27;1;0;105;102;;;;;;43;;cca ;0;270;18;25;27;2;12;-28;1;3;144;58;;;;;;23;;ctc 2;0;280;14;22;28;5;4;-29;2;6;345;162;;;;;;61;;cac ;2;290;10;23;29;3;8;-30;3;0;315;71;;;;;;**;;cgg 1;1;300;7;19;30;1;22;-31;1;2;283;324;;;;;;37;;atgf ;0;310;11;16;31;6;8;-32;0;5;150;41;;;;;;37;;atgf ;1;320;15;10;32;4;7;-33;2;0;123;93;;;;;;**;;atgf 1;0;330;13;12;33;3;11;-34;1;0;192;55;;;;;;6;;agc ;0;340;9;5;34;5;10;-35;1;5;74;298;;;;;;201;;cgt 1;1;350;3;12;35;3;8;-36;0;0;100;;;;;;;200;;cgt ;0;360;6;14;36;6;11;-37;0;0;655;;;;;;;**;;cgt 1;0;370;13;8;37;5;11;-38;1;2;100;;;;;;;7;;aaa 1;0;380;15;10;38;11;9;-39;2;0;49;;;;;;;47;;gta ;0;390;10;3;39;14;9;-40;0;1;502;;;;;;;**;;gta ;1;400;8;9;40;3;10;-41;2;2;151;;;;;;;42;;gcc 3;5;reste;122;138;reste;1014;1461;-42;0;0;111;;;;;;;**;;gcc 35;42;total;1185;2286;total;1185;2286;-43;0;2;;;;;;;;100;;atgi 32;37;diagr;1051;2130;diagr;159;807;-44;0;1;;;;;;;;**;;aga 1;1;t30;99;713;;;;-45;0;0;;;;;;;;56;;ggc ;;;;;;;;-46;1;1;;;;;;;;14;;tgc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;**;;tta ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;3;0;;;;;;;;7;;gtc ;x;1173;119;12;1304;;;-49;2;0;;;;;;;;**;;gtc ;c;2268;617;18;2903;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;4207;537;;reste;7;4;;;;;;;;;; ;;;;;;4744;;total;119;617;;;;;;;;;; </pre> =====eal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_autres_intercalaires_aas|eal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;eal;;;;; deb;;CDS;1006;1392;99;*; ;comp;gene;1492;5941;-3070;*; fin;;CDS;2872;2988;;; deb;;CDS;3611;3976;-366;*; ;;mobile_el;3611;4839;-906;*; fin;;CDS;3934;4839;;; deb;;CDS;14985;15332;-348;*; ;;mobile_el;14985;16921;-1540;*; ;;gene;15382;16569;549;*; fin;;CDS;17119;18501;;; deb;comp;CDS;34568;34681;26;*; ;;gene;34708;38448;-4;*; fin;;CDS;38445;39989;;; deb;comp;CDS;99647;99793;-25;*; ;;gene;99769;99909;51;*; fin;;CDS;99961;100896;;0; deb;comp;CDS;102850;103833;195;*; ;;gene;104029;105320;30;*; fin;comp;CDS;105351;105914;;0; deb;;CDS;191840;192184;85;*; ;comp;gene;192270;193340;282;*; fin;comp;CDS;193623;194339;;0; deb;;CDS;199369;199794;-426;*; ;;mobile_el;199369;201785;-1995;*; fin;;CDS;199791;200141;;; deb;;CDS;218062;218904;158;*; ;;tRNA;219063;219144;212;*;tac ;;tRNA;219357;219438;376;*;tac fin;comp;CDS;219815;220912;;; deb;comp;CDS;239027;239722;104;*; ;comp;gene;239827;239964;271;*; fin;;CDS;240236;241336;;0; deb;comp;CDS;242534;244144;22;*; ;comp;gene;244167;244856;122;*; deb;;CDS;244979;245305;-327;*; ;;mobile_el;244979;246192;-891;*; fin;;CDS;245302;246192;;0; deb;;CDS;277602;278456;130;*; ;;gene;278587;280453;49;*; fin;comp;CDS;280503;280757;;0; deb;comp;CDS;285209;286279;9;*; ;comp;gene;286289;287587;329;*; fin;;CDS;287917;289449;;0; deb;comp;CDS;297458;298864;-1407;*; ;comp;mobile_el;297458;299261;-348;*; fin;comp;CDS;298914;299261;;; deb;comp;CDS;300053;300712;71;*; ;comp;gene;300784;300984;220;*; fin;;CDS;301205;301894;;; deb;comp;CDS;303386;307822;-3485;*; ;;repeat_reg;304338;304360;-23;*; ;;misc_f;304338;304432;-72;*; ;;repeat_reg;304361;304409;0;*; ;;repeat_reg;304410;304432;3985;*; fin;;CDS;308418;308762;;; deb;;CDS;309802;310167;-366;*; ;;mobile_el;309802;311030;-906;*; fin;;CDS;310125;311030;;; deb;;CDS;313323;313712;-232;*; ;;repeat_reg;313481;313501;-21;*; ;;misc_f;313481;313581;-93;*; ;;repeat_reg;313489;313509;-13;*; ;;repeat_reg;313497;313517;-16;*; ;;repeat_reg;313502;313520;-11;*; ;;repeat_reg;313510;313528;276;*; fin;comp;CDS;313805;314563;;; deb;comp;CDS;316137;316262;245;*; ;;gene;316508;316948;113;*; fin;comp;CDS;317062;318312;;1; deb;;CDS;332934;333359;-426;*; ;;mobile_el;332934;335350;-1995;*; fin;;CDS;333356;333706;;; deb;comp;CDS;411963;412901;233;*; ;;tRNA;413135;413219;276;*;tcc fin;comp;CDS;413496;414182;;; deb;;CDS;422060;426022;39;*; ;comp;gene;426062;426701;264;*; fin;;CDS;426966;427097;;; deb;comp;CDS;461328;462446;441;*; ;;tRNA;462888;462972;601;*;tca fin;comp;CDS;463574;463717;;0; deb;;CDS;463890;464255;-366;*; ;;mobile_el;463890;465118;-906;*; fin;;CDS;464213;465118;;; deb;comp;CDS;488610;488825;294;*; ;comp;tRNA;489120;489191;6;*;gga ;comp;tRNA;489198;489270;162;*;aca fin;comp;CDS;489433;489567;;; deb;comp;CDS;522240;523853;-1614;*; ;comp;mobile_el;522240;524454;-605;*; ;comp;gene;523850;524032;-4;*; fin;comp;CDS;524029;524454;;; deb;comp;CDS;545508;546056;180;*; ;comp;gene;546237;548084;260;*; fin;comp;CDS;548345;552805;;; deb;;CDS;590349;590696;-348;*; ;;mobile_el;590349;592284;-1539;*; fin;;CDS;590746;592284;;0; deb;comp;CDS;603716;607669;-1361;*; ;;repeat_reg;606309;606328;-20;*; ;;misc_f;606309;606445;-117;*; ;;repeat_reg;606329;606347;0;*; ;;repeat_reg;606348;606367;0;*; ;;repeat_reg;606368;606386;0;*; ;;repeat_reg;606387;606406;0;*; ;;repeat_reg;606407;606425;0;*; ;;repeat_reg;606426;606445;1358;*; fin;comp;CDS;607804;608298;;0; deb;;CDS;614451;614669;479;*; ;;tRNA;615149;615233;284;*;tcc fin;;CDS;615518;615646;;0; deb;;CDS;625353;625628;-276;*; ;;mobile_el;625353;626050;-504;*; fin;;CDS;625547;626050;;; deb;comp;CDS;660139;661350;273;*; ;;gene;661624;662214;34;*; fin;comp;CDS;662249;662533;;0; deb;;CDS;664227;664940;-14;*; ;comp;gene;664927;666254;7;*; fin;comp;CDS;666262;668610;;; deb;comp;CDS;730722;731225;-504;*; ;comp;mobile_el;730722;731371;-228;*; fin;comp;CDS;731144;731419;;0; deb;comp;CDS;747736;748551;79;*; ;comp;gene;748631;749979;68;*; fin;comp;CDS;750048;750362;;0; deb;comp;CDS;756185;756652;170;*; ;comp;tRNA;756823;756895;5;*;aaa ;comp;tRNA;756901;756973;48;*;gta ;comp;tRNA;757022;757094;5;*;aaa ;comp;tRNA;757100;757172;48;*;gta ;comp;tRNA;757221;757293;164;*;aaa fin;comp;CDS;757458;758249;;; deb;;CDS;782199;782768;47;*; ;;gene;782816;785265;13;*; fin;;CDS;785279;786010;;; deb;comp;CDS;797253;797513;3;*; ;comp;gene;797517;798173;1830;*; fin;comp;CDS;800004;803876;;; deb;;CDS;832389;834305;223;*; ;;tRNA;834529;834602;10;*;atgj ;;tRNA;834613;834694;26;*;cta ;;tRNA;834721;834792;37;*;caa ;;tRNA;834830;834901;18;*;caa ;;tRNA;834920;834993;51;*;atgj ;;tRNA;835045;835116;35;*;cag ;;tRNA;835152;835223;156;*;cag fin;comp;CDS;835380;836555;;0; deb;comp;CDS;849004;850455;-4;*; ;comp;gene;850452;851159;103;*; fin;;CDS;851263;851817;;0; deb;comp;CDS;957178;958083;-906;*; ;comp;mobile_el;957178;958406;-366;*; fin;comp;CDS;958041;958406;;; deb;comp;CDS;958518;960056;-1539;*; ;comp;mobile_el;958518;960453;-348;*; deb;comp;CDS;960106;960453;867;*; ;;gene;961321;961434;545;*; fin;;CDS;961980;962675;;; deb;;CDS;966714;967040;-327;*; ;;mobile_el;966714;967930;-894;*; ;;gene;967037;967156;84;*; ;;gene;967241;967930;273;*; fin;;CDS;968204;968368;;; deb;;CDS;968555;968701;256;*; ;comp;tRNA;968958;969031;248;*;aga fin;;CDS;969280;969912;;0; deb;;CDS;1004964;1006640;32;*; ;;repeat_reg;1006673;1006697;-25;*; ;;misc_f;1006673;1006819;-122;*; ;;repeat_reg;1006698;1006733;0;*; ;;repeat_reg;1006734;1006758;0;*; ;;repeat_reg;1006759;1006794;0;*; ;;repeat_reg;1006795;1006819;21;*; fin;comp;CDS;1006841;1008145;;0; deb;comp;CDS;1031529;1033142;-1614;*; ;comp;mobile_el;1031529;1033944;-772;*; fin;comp;CDS;1033173;1033523;;; deb;;CDS;1122706;1123071;-366;*; ;;mobile_el;1122706;1123934;-906;*; fin;;CDS;1123029;1123934;;1; deb;;CDS;1143090;1144676;107;*; ;comp;gene;1144784;1144987;240;*; fin;comp;CDS;1145228;1145341;;0; deb;;CDS;1146049;1146696;709;*; ;comp;gene;1147406;1148787;9;*; fin;comp;CDS;1148797;1149747;;; deb;;CDS;1172631;1172978;-348;*; ;;mobile_el;1172631;1174566;-1539;*; fin;;CDS;1173028;1174566;;; 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fin;;CDS;4484839;4485159;;; deb;comp;CDS;4556336;4556641;111;*; ;comp;tRNA;4556753;4556826;7;*;gtc ;comp;tRNA;4556834;4556907;298;*;gtc fin;;CDS;4557206;4558462;;0; deb;;CDS;4580951;4581385;46;*; ;comp;gene;4581432;4581897;273;*; fin;;CDS;4582171;4583292;;; deb;;CDS;4603717;4604412;51;*; ;;gene;4604464;4604628;-165;*; ;;mobile_el;4604464;4605677;-1072;*; ;;gene;4604606;4604806;-20;*; fin;;CDS;4604787;4605677;;0; deb;comp;CDS;4657614;4658519;-906;*; ;comp;mobile_el;4657614;4658842;-366;*; fin;comp;CDS;4658477;4658842;;; deb;comp;CDS;4660407;4662020;-1614;*; ;comp;mobile_el;4660407;4662823;-773;*; fin;comp;CDS;4662051;4662401;;; deb;;CDS;4681148;4681423;-276;*; ;;mobile_el;4681148;4681845;-504;*; fin;;CDS;4681342;4681845;;0; deb;comp;CDS;4698147;4698425;-27;*; ;;gene;4698399;4698569;7;*; ;;gene;4698577;4699832;109;*; fin;;CDS;4699942;4701063;;0; </pre> ===Escherichia coli=== ====eco opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco opérons]] <pre> Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;; 50.6%GC;10.3.19 Paris;16s 7 ;89;doubles;interca;EcoCyc;adIP ;223771..225312;;16s;;68;opéron; ;225381..225457;;atc;;42;ileV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30045] ;225500..225575;;gca;;183;« ; ;225759..228662;;23s;;93;« ; ;228756..228875;;5s;@1;52;« ; ;228928..229004;;gac;;;aspU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30024] ;;;;;;; ;236931..237007;;gac;;;; ;;;;;;; ;262871..262946;;acg;;;; ;;;;;;; ;564723..564799;;aga;;;; ;;;;;;; comp;696430..696504;;cag;+;37;opéron; comp;696542..696616;;cag;2 cag;47;glnT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30029] comp;696664..696740;;atg;2 atg;15;« ; comp;696756..696830;;caa;2 caa;34;« ; comp;696865..696939;;caa;;23;« ; comp;696963..697047;;cta;;9;« ; comp;697057..697133;;atg;;;; ;;;;;;; ;780554..780629;;aaa;+;135;lysT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30055] ;780765..780840;;gta;5 aaa;2;opéron; ;780843..780918;;aaa;2 gta;149;« ; ;781068..781143;;gta;;3;valZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6389] ;781147..781222;;aaa;;146;opéron; ;781369..781444;;aaa;;132;lysZ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6391] ;781577..781652;;aaa;;;lysQ;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=G6392] ;;;;;;EcoCyc;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30055&chromosome=COLI-K12] comp;925884..925971;;tcc;;;InfA-serW;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] ;;;;;;; comp;1031625..1031712;;tca;;;; ;;;;;;; comp;1097565..1097652;;tcc;;;; ;;;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;cds 90pb;67;tpr; comp;1287244..1287328;;tac;+;209;opéron; comp;1287538..1287622;;tac;2 tac;;tyrT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30106] ;;;;;;; ; 1746435..1746511;;gtc;+;4;valV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30111] ; 1746516..1746592;;gtc;2 gtc;;opéron; ;;;;;;«RNA 67pb; comp;1991815..1991901;;tta;;12;leuZ;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1983402/2000314] comp;1991914..1991987;;tgc;;54;« ; comp;1992042..1992117;;ggc;;;opéron; ;;;;;;; comp;2043468..2043557;;tcg;;;; ;;;;;;; ;2044549..2044624;;aac;;;; ;;;;;;; comp;2058027..2058102;;aac;;;; ;;;;;;; ; 2059851..2059926;;aac;;;; ;;;;;;; ;2062260..2062335;;aac;;;; ;;;;;;; ;2286211..2286287;;ccc;;;; ;;;;;;; ;2466309..2466383;;agg;;;; ;;;;;;; comp;2518041..2518116;;gcc;+;39;alaX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30012] comp;2518156..2518231;;gcc;2 gcc;;opéron; ;;;;;;; ;2520931..2521006;;gta;+;44;valU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30110] ;2521051..2521126;;gta;3gta;46;opéron; ;2521173..2521248;;gta;;4;« ; ;2521253..2521328;;aaa;;;« ; ;;;;;;; comp;2726069..2726188;;5s;@2;92;opéron; comp;2726281..2729184;;23s;;184;; comp;2729369..2729444;;gaa;;171;; comp;2729616..2731157;;16s;;;; ;;;;;;; comp;2785762..2785837;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;2817784..2817860;;cgt;+;198;« ; comp;2818059..2818135;;cgt;4 cgt;62;« ; comp;2818198..2818274;;cgt;;198;« ; comp;2818473..2818549;;cgt;;3;opéron; comp;2818553..2818645;;agc;;;serV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30013] ;;;;;;; ;2947387..2947463;;atgf;+;33;opéron; ;2947497..2947573;;atgf;3 atgf;33;metW;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG31117] ;2947607..2947683;;atgf;;;« ; ;;;;;;; comp;2998984..2999057;;ggg;;;; ;;;;;;; ;3110366..3110441;;ttc;;;; ;;;;;;; ;3215598..3215673;;atgi;;;; ;;;;;;; comp;3318213..3318289;;atgf;;;; ;;;;;;; comp;3322072..3322158;;ctc;;;; ;;;;;;; comp;3423423..3423542;;5s;;37;« ; comp;3423580..3423655;;acc;;12;« ; comp;3423668..3423787;;5s;;92;« ; comp;3423880..3426783;;23s;;174;« ; comp;3426958..3427033;;gca;;42;« ; comp;3427076..3427152;;atc;;68;ileU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30044] comp;3427221..3428762;;16s;;;opéron; ;;;;;;; comp;3708616..3708692;;ccg;;;; ;;;;;;; ;3836222..3836316;;tga;;;; ;;;;;;ecoliwiki;[https://ecoliwiki.org/colipedia/index.php/Category:rRNA_operons] ;3941808..3943349;;16s;;85;gltU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30033] ;3943435..3943510;;gaa;;193;opéron; ;3943704..3946607;;23s;;92;« ; ;3946700..3946819;;5s;;52;« ; ;3946872..3946948;;gac;;8;aspT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30023] ;3946957..3947032;;tgg;;;trpT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30105] ;;;;;;; ;3982375..3982451;;cgg;;57;argX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30017] ;3982509..3982585;;cac;;20;opéron; ;3982606..3982692;;ctg;;42;« ; ;3982735..3982811;;cca;;;« ; ;;;;;;; ;4035531..4037072;;16s;;68;opéron; ;4037141..4037217;;atc;;42;ileT;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30043] ;4037260..4037335;;gca;;183;« ; ;4037519..4040423;;23s;;93;« ; ;4040517..4040636;;5s;;;« ; ;;;;;;; ;4166659..4168200;;16s;;171;opéron; ;4168372..4168447;;gaa;;193;; ;4168641..4171544;;23s;;92;; ;4171637..4171756;;5s;;;; ;;;;;;; ;4175388..4175463;;aca;@3;8;thrU;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30101] ;4175472..4175556;;tac;;116;opéron; ;4175673..4175747;;gga;;6;« ; ;4175754..4175829;;acc;;114;« ; ;4175944..4177128;;tufb;cds 1185 pb;;« ; ;;;;;;; ;4208147..4209688;;16s;;85;opéron; ;4209774..4209849;;gaa;;193;; ;4210043..4212946;;23s;;93;; ;4213040..4213159;;5s;;;; ;;;;;;; comp;4362551..4362626;;ttc;;;; ;;;;;;; ;4392360..4392435;;ggc;+;36;opéron; ;4392472..4392547;;ggc;3 ggc;35;glyX;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30040] ;4392583..4392658;;ggc;;;« ; ;;;;;;; ;4496405..4496489;;ttg;;;; ;;;;;;; comp;4606079..4606165;;ctg;+;34;opéron; comp;4606200..4606286;;ctg;3 ctg;28;leuV;[https://biocyc.org/gene?orgid=ECOLI&id=EG30051] comp;4606315..4606401;;ctg;;;« ; </pre> ====eco cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cumuls|eco cumuls]] <pre> eco cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;7;1;0;-;1;;1;;100; ;16 23 5s 0;0;20;11;;50;;20;;200; ;16 atc gca;3;40;10;;100;;40;;300; ;16 23 5s a;0;60;6;;150;;60;;400; ;max a;3;80;1;;200;;80;;500; ;a doubles;0;100;0;;250;;100;;600; ;spéciaux;4;120;1;;300;;120;;700; ;total aas;14;140;2;;350;;140;;800; sans ;opérons;36;160;2;;400;;160;;900; ;1 aa;23;180;0;;450;;180;;1000; ;max a;7;200;2;;500;;200;;1100; ;a doubles;10;;1;;;;;;; ;total aas;72;;36;0;;0;;0;;0 total aas;;86;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;57;;;;;;; ;;;variance;60;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;; </pre> ====eco cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_cds|eco cds]] <pre> les CDS eco pour opérons;;;;;;;;; clusters;6.8.19 Paris ;;;interca;cdsa;promoteur;terminateur;notes; ;222833..223408;;cds;362;192;sigma FIS;;; ;223771..225312;;16s;68;;;;; ;225381..225457;;atc;42;;;;; ;225500..225575;;gca;183;;;;; ;225759..228662;;23s;93;;;;; ;228756..228875;;5s;52;;;;; ;228928..229004;;gac;162;;Terminateur;+ sigma;; ;229167..229970;;cds;;268;;;; ;;;;;;;;; comp;2724448..2725746;;cds;322;433;rien;début opéron ;rien; comp;2726069..2726188;;5s;92;;;;; comp;2726281..2729184;;23s;184;;;;; comp;2729369..2729444;;gaa;171;;;;; comp;2729616..2731157;;16s;442;;sigma FIS;;; comp;2731600..2734173;;cds;;858;;;; ;;;;;;;;; ;3422436..3423194;;cds;228;253;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3423423..3423542;;5s;37;;;;; comp;3423580..3423655;;acc;12;;;;; comp;3423668..3423787;;5s;92;;;;; comp;3423880..3426783;;23s;174;;;;; comp;3426958..3427033;;gca;42;;;;; comp;3427076..3427152;;atc;68;;;;; comp;3427221..3428762;;16s;473;;sigma FIS;;; ;3429236..3429790;;cds;;185;;;; ;;;;;;;;; comp;3940635..3941327;;cds;480;231;sigma FIS;;; ;3941808..3943349;;16s;85;;;;; ;3943435..3943510;;gaa;193;;;;; ;3943704..3946607;;23s;92;;;;; ;3946700..3946819;;5s;52;;;;; ;3946872..3946948;;gac;8;;;;; ;3946957..3947032;;tgg;95;;Terminateur;fin opéron ;rien; comp;3947128..3947967;;cds;;280;;;; ;;;;;;;;; ;4034608..4035153;;cds;377;182;Sigma Lrp-leu;;; ;4035531..4037072;;16s;68;;;;; ;4037141..4037217;;atc;42;;;;; ;4037260..4037335;;gca;183;;;;; ;4037519..4040423;;23s;93;;;;; ;4040517..4040636;;5s;228;;;;; ;4040865..4040900;;rprg;5;;pas de Term;fin opéron ;rien; comp;4040906..4041433;;cds;;176;;;; ;;;;;;;;; ;4165428..4166285;;cds;373;286;Sigma Lrp-leu;;; ;4166659..4168200;;16s;171;;;;; ;4168372..4168447;;gaa;193;;;;; ;4168641..4171544;;23s;92;;;;; ;4171637..4171756;;5s;300;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4172057..4173085;;cds;;343;;;; ;;;;;;;;; comp;4205943..4207532;;cds;614;530;sigma FIS;;; ;4208147..4209688;;16s;85;;;;; ;4209774..4209849;;gaa;193;;;;; ;4210043..4212946;;23s;93;;;;; ;4213040..4213159;;5s;74;;Terminateur;début opéron ;rien; ;4213234..4213617;;cds;;128;;;; ;;;;;;;;; ;695101..696276;;cds;31;392;;;; comp;696308..696378;;rprg;51;;Terminateur;fin opéron;rien; comp;696430..696504;;cag;37;;;;; comp;696542..696616;;cag;47;;;;; comp;696664..696740;;atg;15;;;;; comp;696756..696830;;caa;34;;;;; comp;696865..696939;;caa;23;;;;; comp;696963..697047;;cta;9;;;;; comp;697057..697133;;atg;379;;sigma FIS;fin opéron;rien; comp;697513..699177;;cds;;555;;;; ;;;;;;;;; ;779598..780389;;cds;164;264;sigma FIS;fin opéron;rien; ;780554..780629;;aaa;135;;;;; ;780765..780840;;gta;2;;;;; ;780843..780918;;aaa;149;;;;; ;781068..781143;;gta;3;;;;; ;781147..781222;;aaa;146;;;;; ;781369..781444;;aaa;132;;;;; ;781577..781652;;aaa;432;;Terminateur;début opéron;NadR pas sigma; ;782085..783128;;cds;;348;;;; ;;;;;;;;; ;1286709..1286984;;cds;81;92;Terminateur;;; comp;1287066..1287236;;ncRNA;-150;;;;; comp;1287087..1287176;;tpr ;67;30;;;; comp;1287244..1287328;;tac;209;;;;; comp;1287538..1287622;;tac;159;;sigma FIS;;; comp;1287782..1288624;;cds;;281;;;; ;;;;;;;;; solitaires;;;;promoteur;terminateur;interc avant;interc après;protéines;lien ;236931..237007;;gac;sigma FIS;Term 1;133;328;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=228513/245425] ;262871..262946;;acg;sigma FIS;rien;115;204;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=262297/263521] ;564723..564799;;aga;sigma FIS;rien;243;16;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=564149/565373] comp;925884..925971;;InfA-tcc;sigma FIS;Term 1;344;254;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=EG30096&chromosome=COLI-K12] comp;1031625..1031712;;tca;sigma FIS;Term 2;207;427;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1023213/1040125] comp;1097565..1097652;;tcc;sigma FIS;Term 4;736;234;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=1089153/1106065] comp;2043468..2043557;;tcg;sigma -;Term 1;570;94;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2035057/2051969] ;2044549..2044624;;aac;sigma -;Term 1;101;314;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2036131/2053043] comp;2058027..2058102;;aac;sigma -;Term 1;453;101;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2049609/2066521] ; 2059851..2059926;;aac;sigma -;Term 1;5;38;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2051433/2068345] ;2062260..2062335;;aac;sigma NtrC;rien;327;56;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2053842/2070754] ;2286211..2286287;;ccc;sigma FIS;Term 1;75;103;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2277793/2294705] ;2466309..2466383;;agg;sigma -;Term 1;76;162;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2457890/2474802] comp;2785762..2785837;;atgi;rien;rien;410;-37;évidence faible1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2777344/2794256] comp;2998984..2999057;;ggg;sigma FIS;rien;156;79;évidence faible;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=2990565/3007477] ;3110366..3110441;;ttc;sigma FIS;Term 1;106;149;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3101948/3118860] ;3215598..3215673;;atgi;sigma -;Term 1;125;54;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3207180/3224092] comp;3318213..3318289;;atgf;sigma FIS;Term 2;207;348;protéines1;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3309795/3326707] comp;3322072..3322158;;ctc;sigma -;Term 1;459;15;protéine2;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3313659/3330571] comp;3708616..3708692;;ccg;sigma FIS;Term 2;911;92;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3700198/3717110] ;3836222..3836316;;tga;sigma -;rien;293;109;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=3827813/3844725] comp;4362551..4362626;;ttc;sigma FIS;Term 1;198;107;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4354133/4371045] ;4496405..4496489;;ttg;sigma FIS;Term 1;196;261;;[https://biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=LOCUS-POSITION&object=NIL&chromosome=COLI-K12&orgids=ECOLI&bp-range=4487991/4504903] </pre> ====eco blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_blocs|eco blocs]] <pre> eco blocs;;;; 16s;68;16s;68;68 atc;42;atc;42;42 gca;174;gca;183;183 23s;92;23s;93;93 5s;12;5s;52; acc;37;gac;; 5s;;;; ;;;; 16s;85;171;171;85 gaa;193;184;193;193 23s;92;92;92;93 5s;52;;; gac;;;; </pre> ====eco distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_distribution|eco distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt;;gac a+2 5s;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gtc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;gta3;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;gta3;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;4;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;ctg3;atc;;acc;;aac;;agc;;ctg3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;gcc2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;tac2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;tac2;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;3;tac2;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;;23;;4;;;29;;eco;;;;4;;;4 </pre> ====eco données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_données_intercalaires|eco données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;eco;fx;fc;eco;fx40;fc40;eco;c-;x-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;13;16;0;13;16;-1;162;0;162;242;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;35;345;1;4;43;-2;0;2;132;153;362;473;3* 93;;;37;;cag 0;1;20;10;265;2;6;51;-3;0;0;327;343;442;480;4* 92;;;47;;cag 0;0;30;18;135;3;10;44;-4;260;43;114;426;377;614;16s tRNA;;;15;;atgj 2;0;40;63;79;4;5;27;-5;0;0;379;735;373;;2* 171;;gaa;34;;caa 0;0;50;78;73;5;1;14;-6;0;0;164;233;5s CDS;;3* 68;;atc;23;;caa 2;0;60;51;104;6;3;13;-7;14;1;432;307;300;81;2* 85;;gaa;9;;cta 0;1;70;37;89;7;3;24;-8;59;1;253;569;74;228;tRNA 23s;;;**;;atgj 1;3;80;21;88;8;1;15;-9;0;2;206;93;;269;184;;gaa;135;;aaa 0;0;90;29;67;9;2;56;-10;6;0;67;452;;;174;;gca;2;;gta 2;3;100;34;82;10;0;58;-11;34;0;159;4;;;3* 193;;gaa;149;;aaa 0;4;110;36;83;11;2;48;-12;0;1;107;37;;;2* 183;;gca;3;;gta 0;2;120;32;58;12;3;39;-13;3;0;151;326;;;5s tRNA;;;146;;aaa 1;0;130;33;52;13;0;23;-14;14;5;100;55;;;12;;acc;132;;aaa 0;1;140;39;51;14;0;37;-15;0;0;313;235;;;2* 52;;gac;**;;aaa 1;1;150;28;50;15;1;23;-16;2;1;100;258;;;tRNA 5s;;;209;;tac 1;3;160;39;41;16;2;20;-17;10;0;74;264;;;37;;acc;**;;tac 0;2;170;32;41;17;1;19;-18;0;2;75;208;;;tRNA tRNA;;intra;4;;gtc 0;0;180;22;41;18;0;19;-19;4;1;208;73;;;3* 42;;atc gca;**;;gtc 0;0;190;30;37;19;0;14;-20;9;1;750;148;;;;;;12;;tta 1;0;200;29;31;20;1;23;-21;0;2;280;124;;;;;;54;;tgc 1;4;210;35;36;21;1;17;-22;3;0;315;53;;;;;;**;;ggc 0;0;220;29;37;22;0;18;-23;6;1;155;347;;;;;;39;;ggc 0;0;230;20;20;23;1;13;-24;0;2;78;292;;;;;;**;;ggc 2;1;240;24;18;24;6;19;-25;2;2;105;95;;;;;;44;;gta 1;0;250;24;17;25;0;10;-26;7;1;206;361;;;;;;46;;gta 1;1;260;22;26;26;1;14;-27;0;1;458;195;;;;;;4;;gta 1;1;270;14;14;27;0;14;-28;3;1;14;38;;;;;;**;;aaa 0;1;280;21;16;28;4;8;-29;4;1;910;;;;;;;198;;cgt 0;0;290;17;21;29;2;9;-30;0;1;91;;;;;;;62;;cgt 1;0;300;9;17;30;3;13;-31;1;0;102;;;;;;;198;;cgt 1;0;310;9;13;31;3;6;-32;5;1;146;;;;;;;3;;cgt 0;2;320;16;12;32;3;7;-33;0;1;114;;;;;;;**;;agc 1;1;330;7;11;33;2;7;-34;0;0;106;;;;;;;33;;atgf 0;0;340;11;6;34;7;8;-35;1;3;210;;;;;;;33;;atgf 2;0;350;2;9;35;5;7;-36;0;0;233;;;;;;;**;;atgf 0;0;360;11;10;36;4;15;-37;1;0;267;;;;;;;8;;gac 1;0;370;7;12;37;11;7;-38;1;1;;;;;;;;**;;tgg 0;1;380;18;4;38;6;7;-39;0;1;;;;;;;;57;;cgg 0;0;390;6;3;39;14;8;-40;0;0;;;;;;;;20;;cac 0;0;400;6;10;40;8;7;-41;0;1;;;;;;;;42;;ctg 4;4;reste;57;64;reste;935;1364;-42;0;0;;;;;;;;**;;cca 28;37;total;1074;2204;total;1074;2204;-43;8;0;;;;;;;;8;;aca 24;33;diagr;1004;2124;diagr;126;824;-44;1;1;;;;;;;;116;;tac 1;1;t30;63;745;;;;-45;0;0;;;;;;;;6;;gga ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;**;;acc ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;36;;ggc ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;1;;;;;;;;35;;ggc ;x;1061;95;13;1169;;;-49;1;0;;;;;;;;**;;ggc ;c;2188;647;16;2851;;;-50;1;0;;;;;;;;34;;ctg ;;;;;4020;712;;reste;25;13;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;4732;;total;647;95;;;;;;;;**;;ctg </pre> =====eco autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires_aas|eco autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> ;autres intercalaires;;eco27622;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre inter;aas deb;;CDS;14168;15298;88;; ;;mobile_el;15387;16731;-1287;*; fin;;CDS;15445;16557;;; deb;comp;CDS;16751;16960;-9;; ;;ncRNA;16952;17010;478;*; fin;;CDS;17489;18655;;; deb;;CDS;18715;19620;175;; ;comp;mobile_el;19796;20563;-753;*; fin;comp;CDS;19811;20314;;; deb;comp;CDS;74497;75480;35;; ;comp;ncRNA;75516;75608;35;*; deb;comp;CDS;75644;77299;67;; ;;ncRNA;77367;77593;-206;*; fin;;CDS;77388;77519;;; deb;;CDS;91413;93179;-695;; ;;ncRNA;92485;92658;507;*; fin;;CDS;93166;94653;;; deb;comp;CDS;188712;189506;205;; ;;ncRNA;189712;189847;26;*; fin;;CDS;189874;190599;;; deb;;CDS;193521;194717;66;; ;;ncRNA;194784;194844;58;*; fin;;CDS;194903;195664;;; deb;;CDS;222833;223408;362;; 16s;;rRNA;223771;225312;68;*; ;;tRNA;225381;225457;42;*;atc 23s;;tRNA;225500;225575;183;*;gca 5s;;rRNA;225759;228662;93;*; ;;rRNA;228756;228875;52;*; ;;tRNA;228928;229004;162;*;gac fin;;CDS;229167;229970;;; deb;;CDS;236067;236798;132;; ;;tRNA;236931;237007;327;*;gac fin;;CDS;237335;238120;;; deb;comp;CDS;238257;238736;9;; ;comp;gene;238746;239084;105;*; ;;gene;239190;239378;40;*; fin;comp;CDS;239419;240189;;; deb;;CDS;247637;248134;223;; ;comp;gene;248358;250070;1;*; ;;gene;250072;250827;70;*; fin;;CDS;250898;251953;;; deb;;CDS;252709;253161;305;; ;;gene;253467;253733;-32;*; ;;gene;253702;254202;56;*; fin;comp;CDS;254259;255716;;; deb;;CDS;256527;257771;57;; ;;misc_f;257829;257899;8;*; ;comp;mobile_el;257908;258675;-753;*; fin;comp;CDS;257923;258426;;; deb;comp;CDS;258345;258620;55;; ;;misc_f;258676;259006;38;*; fin;comp;CDS;259045;260100;;; deb;;CDS;261503;262756;114;; ;;tRNA;262871;262946;-49;*;acg ;;misc_f;262898;297205;-34056;*; ;comp;gene;263150;263212;115;*; fin;comp;CDS;263328;263669;;; deb;comp;CDS;266110;266553;-1;; ;comp;gene;266553;266774;1;*; ;comp;gene;266776;266967;216;*; fin;comp;CDS;267184;268005;;; deb;comp;CDS;269289;270182;23;; ;;mobile_el;270206;270540;-263;*; ;;misc_f;270278;270540;0;*; ;;mobile_el;270541;271761;-1159;*; deb;;CDS;270603;271754;7;; ;;mobile_el;271762;272190;-427;*; ;;misc_f;271764;272190;389;*; ;;ncRNA;272580;272654;192;*; deb;;CDS;272847;273992;-38;; ;comp;mobile_el;273955;275149;-1049;*; fin;comp;CDS;274101;275081;;; deb;comp;CDS;277756;278802;11;; ;comp;gene;278814;279162;0;*; ;comp;mobile_el;279163;279930;-753;*; fin;comp;CDS;279178;279681;;; deb;comp;CDS;279600;279875;55;; ;;gene;279931;280104;-174;*; ;;mobile_el;279931;280111;2;*; ;comp;gene;280114;280362;-249;*; ;comp;mobile_el;280114;280425;-41;*; fin;comp;CDS;280385;280735;;; deb;;CDS;290510;290638;-5;; ;comp;mobile_el;290634;291401;-753;*; fin;comp;CDS;290649;291152;;; deb;comp;CDS;313141;313242;473;; ;comp;gene;313716;313805;551;*; ;;gene;314357;315244;-16;*; ;;mobile_el;315229;316483;-1193;*; fin;;CDS;315291;315590;;; deb;;CDS;315587;316453;-4;; ;comp;gene;316450;317136;302;*; ;;gene;317439;317567;158;*; fin;comp;CDS;317726;318319;;; deb;comp;CDS;380069;380842;1;; ;comp;misc_f;380844;381260;-1;*; ;;mobile_el;381260;382590;-1240;*; fin;;CDS;381351;381716;;; deb;;CDS;381674;382579;11;; ;comp;misc_f;382591;382872;-134;*; fin;comp;CDS;382739;383935;;; deb;comp;CDS;388753;389727;523;; ;;misc_f;390251;391708;-117;*; deb;comp;CDS;391592;391648;60;; ;comp;mobile_el;391709;392966;-1228;*; fin;comp;CDS;391739;392605;;; deb;comp;CDS;392602;392901;68;; ;;misc_f;392970;394418;87;*; fin;;CDS;394506;395129;;; deb;;CDS;408177;408461;147;; ;;gene;408609;408950;-4;*; fin;;CDS;408947;409030;;; deb;comp;CDS;475982;476371;76;; ;;ncRNA;476448;476561;110;*; fin;;CDS;476672;477025;;; deb;comp;CDS;506603;507082;121;; ;;ncRNA;507204;507287;-2;*; fin;comp;CDS;507286;508080;;; deb;;CDS;527581;527949;-1;; ;;gene;527949;528659;-20;*; ;;gene;528640;529130;366;*; ;;gene;529497;529592;52;*; fin;comp;CDS;529645;530016;;; deb;;CDS;533011;533826;-198;; ;;ncRNA;533629;533863;52;*; fin;;CDS;533916;535697;;; deb;comp;CDS;563848;564480;242;; ;;tRNA;564723;564799;-45;*;aga ;;misc_f;564755;586056;-21242;*; 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fin;comp;CDS;687997;688977;;; deb;;CDS;695101;696276;153;; ;comp;tRNA;696430;696504;37;*;cag ;comp;tRNA;696542;696616;47;*;cag ;comp;tRNA;696664;696740;15;*;atgj ;comp;tRNA;696756;696830;34;*;caa ;comp;tRNA;696865;696939;23;*;caa ;comp;tRNA;696963;697047;9;*;cta ;comp;tRNA;697057;697133;379;*;atgj fin;comp;CDS;697513;699177;;; deb;;CDS;706093;707757;478;; ;;ncRNA;708236;708333;0;*; fin;;CDS;708334;709740;;; deb;;CDS;715412;715906;40;; ;comp;gene;715947;716597;123;*; ;comp;gene;716721;716870;75;*; fin;comp;CDS;716946;718265;;; deb;;CDS;733776;734102;117;; ;;gene;734220;735653;-4;*; fin;;CDS;735650;736219;;; deb;;CDS;736445;736699;200;; ;;gene;736900;737961;130;*; fin;;CDS;738092;738853;;; deb;;CDS;764180;765049;0;; ;;ncRNA;765050;765150;2;*; fin;comp;CDS;765153;765875;;; deb;;CDS;779598;780389;164;; ;;tRNA;780554;780629;135;*;aaa ;;tRNA;780765;780840;2;*;gta ;;tRNA;780843;780918;149;*;aaa ;;tRNA;781068;781143;3;*;gta ;;tRNA;781147;781222;146;*;aaa ;;tRNA;781369;781444;132;*;aaa ;;tRNA;781577;781652;432;*;aaa fin;;CDS;782085;783128;;; 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fin;;CDS;4252506;4253003;;; deb;;CDS;4262840;4263082;56;; ;;ncRNA;4263139;4263249;-2;*; fin;comp;CDS;4263248;4264231;;; deb;;CDS;4277469;4277933;-8;; ;comp;ncRNA;4277926;4278066;412;*; fin;;CDS;4278479;4279828;;; deb;comp;CDS;4321697;4322422;20;; ;comp;gene;4322443;4323281;54;*; fin;comp;CDS;4323336;4324352;;; deb;comp;CDS;4360396;4361934;256;; ;comp;gene;4362191;4362353;197;*; ;comp;tRNA;4362551;4362626;106;*;ttc fin;comp;CDS;4362733;4363308;;; deb;comp;CDS;4365472;4366773;65;; ;comp;ncRNA;4366839;4366951;-61;*; fin;comp;CDS;4366891;4368327;;; deb;;CDS;4391604;4392149;210;; ;;tRNA;4392360;4392435;36;*;ggc ;;tRNA;4392472;4392547;35;*;ggc ;;tRNA;4392583;4392658;233;*;ggc fin;;CDS;4392892;4392945;;; deb;comp;CDS;4426628;4427422;271;; ;;gene;4427694;4428095;-17;*; fin;comp;CDS;4428079;4428717;;; deb;;CDS;4457959;4459311;176;; ;;gene;4459488;4459855;44;*; fin;comp;CDS;4459900;4460364;;; deb;comp;CDS;4495190;4496209;195;; ;;tRNA;4496405;4496489;185;*;ttg ;;misc_f;4496675;4497940;-1191;*; ;;gene;4496750;4497940;240;*; ;;mobile_el;4498181;4499511;-1240;*; fin;;CDS;4498272;4498637;;; deb;;CDS;4498595;4499500;92;; ;comp;gene;4499593;4500791;468;*; deb;;CDS;4501260;4501589;500;; ;comp;mobile_el;4502090;4503515;-1413;*; fin;comp;CDS;4502103;4503431;;; deb;;CDS;4506448;4506573;52;; ;comp;gene;4506626;4506856;4;*; ;;gene;4506861;4507109;15;*; ;;mobile_el;4507125;4507458;-262;*; ;;misc_f;4507197;4507451;7;*; ;comp;mobile_el;4507459;4508679;-1214;*; deb;comp;CDS;4507466;4508617;62;; ;comp;mobile_el;4508680;4509006;-323;*; ;comp;gene;4508684;4508942;64;*; ;;mobile_el;4509007;4509801;-793;*; ;;misc_f;4509009;4509479;-1;*; ;;misc_f;4509479;4509793;10;*; ;;gene;4509804;4510133;556;*; fin;comp;CDS;4510690;4511457;;; deb;;CDS;4518372;4518440;31;; ;;mobile_el;4518472;4519239;-713;*; deb;;CDS;4518527;4518802;-82;; ;;gene;4518721;4519224;113;*; fin;comp;CDS;4519338;4520324;;; deb;comp;CDS;4527549;4527980;-4;; ;;ncRNA;4527977;4528066;44;*; fin;comp;CDS;4528111;4528917;;; deb;comp;CDS;4530530;4531651;398;; ;comp;gene;4532050;4532310;126;*; fin;comp;CDS;4532437;4533183;;; deb;comp;CDS;4533796;4534053;376;; ;comp;gene;4534430;4534675;339;*; ;;gene;4535015;4536031;565;*; fin;;CDS;4536597;4536695;;; deb;comp;CDS;4568692;4568727;270;; ;;gene;4568998;4569918;243;*; fin;comp;CDS;4570162;4571574;;; deb;;CDS;4572414;4573931;203;; ;;gene;4574135;4576855;56;*; fin;comp;CDS;4576912;4577958;;; deb;comp;CDS;4579499;4579840;-6;; ;;ncRNA;4579835;4579911;156;*; fin;comp;CDS;4580068;4581462;;; deb;;CDS;4605804;4606040;38;; ;comp;tRNA;4606079;4606165;34;*;ctg ;comp;tRNA;4606200;4606286;28;*;ctg ;comp;tRNA;4606315;4606401;267;*;ctg fin;comp;CDS;4606669;4607700;;; </pre> ====eco intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_entre_cds|eco intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> eco;6.2.21 Paris;;eco 23-9-2020;;;;;;; eco;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;738;18.3;'''négatif ;-9;14;-1 à -89;'''4 641 652;-1;738 ;'''zéro;29;0.7;;;;;'''intercals;0;29 ;'''1 à 200;2511;62.4;'''0 à 200;72;58;;'''421 229;5;203 ;'''201 à 370;572;14.2;'''201 à 370;264;47;;'''9.1%;10;174 ;'''371 à 600;142;3.5;'''371 à 600;440;60;;;15;176 ;'''601 à max;32;0.8;'''601 à 1028;693;97;;;20;99 ;'''total 4024;<201;81.5;'''total 4004;103;126;-89 à 950;;25;85 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;67 4538785;1455;-1;738;-70;30;;0;29;35;56 2901896;1372;0;29;-60;2;;-1;°163;40;87 2876581;950;1;°47;-50;2;;-2;2;45;80 2405703;919;2;°57;-40;12;;-3;0;50;72 4077449;852;3;°54;-30;18;'''min à -1;-4;°303;55;82 767978;846;4;°31;-20;45;738;-5;0;60;72 1985139;796;5;14;-10;84;18.3%;-6;0;65;66 310746;775;6;16;0;574;;-7;15;70;60 1253085;768;7;°26;10;377;;-8;°60;75;57 1102546;754;8;16;20;275;;-9;2;80;52 3111266;728;9;°58;30;152;;-10;6;85;50 2303905;714;10;°58;40;143;'''1 à 100;-11;°34;90;49 2455083;680;11;°50;50;152;1701;-12;1;95;58 3353121;674;12;42;60;154;42.3%;-13;3;100;56 1907448;669;13;23;70;126;;-14;°20;105;56 2798091;668;14;°37;80;109;;-15;0;110;64 83622;659;15;24;90;99;;-16;3;115;40 2136104;658;16;22;100;114;;-17;°10;120;51 4325298;657;17;20;110;120;;-18;2;125;34 4294481;641;18;19;120;91;;-19;5;130;53 1299567;634;19;14;130;87;;-20;°9;135;41 2404629;630;20;°24;140;90;;-21;2;140;49 4502103;626;21;18;150;78;;-22;3;145;26 582875;620;22;18;160;81;;-23;°7;150;52 4602088;618;23;14;170;72;'''1 à 200;-24;2;155;51 3922060;616;24;°25;180;62;2511;-25;4;160;30 384059;615;25;10;190;68;62.4%;-26;°8;165;36 3550080;611;26;15;200;61;;-27;1;170;36 1711523;610;27;14;210;72;;-28;4;175;34 1292509;604;28;12;220;66;;-29;°5;180;28 985894;602;29;11;230;40;;-30;1;185;36 88028;601;30;15;240;41;'''0 à 200;-31;1;190;32 4150447;597;31;9;250;41;2540;-32;°7;195;31 654583;588;32;10;260;47;;;712;200;30 1089866;586;33;10;270;27;;reste;55;205;39 ;;34;15;280;37;;total;767;210;33 ;;35;12;290;38;;;;215;29 ;;36;°19;300;26;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;37 ;;37;18;310;22;;600;3992;225;16 ;;38;13;320;29;;610;4;230;24 ;;39;°22;330;18;;620;5;235;19 ;;40;15;340;18;'''201 à 370;630;2;240;22 ;;reste;2310;350;11;572;640;1;245;24 ;;total;4024;360;20;14.2%;650;1;250;17 ;;;;370;19;;660;3;255;19 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;23;;670;2;260;28 164730;-2400;cont;2400;390;9;;680;2;265;15 2731600;-2130;cont;2130;400;18;;690;0;270;12 492092;-1295;cont;1295;410;10;;700;0;275;23 4577958;-897;cont;897;420;7;;710;0;280;14 1179520;-729;cont;729;430;13;;720;1;285;21 3111128;-723;comp';'''20;440;8;;730;1;290;17 3838248;-530;comp';'''20;450;3;;740;0;295;17 10643;-527;comp';'''486;460;8;;750;0;300;9 1639030;-448;cont;'''255;470;4;;760;1;305;10 3796948;-436;comp';'''75;480;6;;770;1;310;12 578107;-242;cont;'''123;490;3;;780;1;315;14 508875;-212;cont;212;500;4;;790;0;320;15 3993739;-210;comp';210;510;1;;800;1;325;8 16751;-153;cont;153;520;5;;810;0;330;10 1240260;-129;comp';129;530;3;;820;0;335;10 4011076;-113;comp';113;540;3;'''371 à 600;830;0;340;8 1491922;-110;cont;110;550;4;142;840;0;345;7 3086145;-102;comp';102;560;3;3.5%;850;1;350;4 3519465;-89;cont;89;570;1;;860;1;355;13 1529922;-86;comp';86;580;3;'''601 à max;total;28;360;7 2475873;-85;cont;85;590;2;32;;;365;13 19811;-82;cont;82;600;1;0.8%;;;370;6 257923;-82;cont;82;reste;32;;reste;4;reste;174 279178;-82;cont;82;total;4024;;total;4024;total;4024 </pre> ====eco intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> eco Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; eco;min20;1003;2130;3133;735;296;440;144;-178;-64;287;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; 63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; eco;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;22;-151;195;32;532;230;max50;-74;565;-1405;124;805;255;min50 31 à 400;;;;;;;;7.6;-18;-162;50;934;79;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;94;44;-;489;dte;43;tm;197;65;-;540;poly;265;SF 31 à 400;;;;;;;;117;43;-;873;poly;61;tm </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> 25.1.22 Paris;;;;;;;;;;;;; ;400;200;250;;corrélation;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;-0.119;;;;;;;; 41-n;0.735;0.296;0.440;;;;;;;;;; 1-n;0.287;-0.178;-0.064;;;;;;;;25.1.22 Paris;; eco;fx;fc;;fx40;fc40;eco;fx%;fc%;;x;eco;Sx-;Sc- 0;13;16;0;13;16;0;13;8;>0;1062;-1;0;163 10;36;341;1;4;43;10;36;160;<0;94;-2;2;0 20;11;264;2;6;51;20;11;124;zéro;13;-3;0;0 30;16;136;3;10;44;30;16;64;total;1169;-4;43;260 40;63;80;4;5;26;40;63;38;;c;-5;0;0 50;79;73;5;1;13;50;79;34;>0;2195;-6;0;0 60;51;103;6;4;12;60;51;48;<0;644;-7;1;14 70;37;89;7;3;23;70;37;42;zéro;16;-8;1;59 80;20;89;8;1;15;80;20;42;total;2855;-9;2;0 90;30;69;9;2;56;90;30;32;;;-10;0;6 100;32;82;10;0;58;100;32;38;total;4024;-11;0;34 110;36;84;11;2;48;110;36;39;;;-12;1;0 120;32;59;12;3;39;120;32;28;;;-13;0;3 130;34;53;13;1;22;130;34;25;;;-14;5;15 140;39;51;14;0;37;140;39;24;;;-15;0;0 150;29;49;15;1;23;150;29;23;;;-16;1;2 160;39;42;16;2;20;160;39;20;;;-17;0;10 170;32;40;17;1;19;170;32;19;;;-18;2;0 180;22;40;18;0;19;180;22;19;;;-19;1;4 190;30;38;19;0;14;190;30;18;;;-20;1;8 200;29;32;20;1;23;200;29;15;;;-21;2;0 210;35;37;21;1;17;210;35;17;;;-22;0;3 220;29;37;22;0;18;220;29;17;;;-23;1;6 230;21;19;23;1;13;230;21;9;;;-24;2;0 240;23;18;24;6;19;240;23;8;;;-25;2;2 250;24;17;25;0;10;250;24;8;;;-26;1;7 260;22;25;26;1;14;260;22;12;;;-27;1;0 270;12;15;27;0;14;270;12;7;;;-28;1;3 280;20;17;28;4;8;280;20;8;;;-29;1;4 290;17;21;29;2;9;290;17;10;;;-30;1;0 300;9;17;30;1;14;300;9;8;;;-31;0;1 310;9;13;31;2;7;310;9;6;;;-32;2;5 320;16;13;32;3;7;320;16;6;;;-33;1;0 330;8;10;33;3;7;330;8;5;;;-34;0;0 340;12;6;34;7;8;340;12;3;;;-35;3;1 350;2;9;35;5;7;350;2;4;;;-36;0;0 360;10;10;36;4;15;360;10;5;;;-37;0;1 370;6;13;37;11;7;370;6;6;;;-38;1;1 380;18;5;38;6;7;380;18;2;;;-39;1;0 390;6;3;39;14;8;390;6;1;;;-40;0;0 400;7;11;40;8;7;400;7;5;;;-41;1;0 reste;59;65;reste;936;1374;;;;;;-42;0;0 total;1075;2211;total;1075;2211;t30;63;348;;;-43;0;8 diagr;1003;2130;diagr;126;821;t60;218;302;;;-44;1;1 - t30;940;1389;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;747;1133;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;reste;11;21 ;;;;;;;;;;;total;94;644 </pre> ====eco intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_négatifs_S-|eco intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;2;0;42;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;0;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;8;91;11 continu;163;0;0;261;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;1;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;7;0;0;1;0;0;0;1;;;;;;;;;;;;10;647;22 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;eco;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;43;0;0;1;1;2;0;0;1;0;5;0;1;0;2;1;1;2;0;1;2;2;1;1;1;1;1;0;2;1;0;3;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;11;94 ;Sc-;163;0;0;260;0;0;14;59;0;6;34;0;3;15;0;2;10;0;4;8;0;3;6;0;2;7;0;3;4;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;8;1;0;0;0;0;0;1;22;644 </pre> ====eco autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_autres_intercalaires|eco autres intercalaires]] <pre> eco;autres intercalaires;;adresses1;;;eco;autres intercalaires;;adresses2;;;eco;autres intercalaires;;adresses3;;;eco;autres intercalaires;;adresses4; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;14168;88;;;deb;°CDS;1205731;-74;;;deb;°CDS;2170532;30;;;deb;°CDS;3579768;116; ;mobile;15387;-1287;;;;gene;1206131;-10;;;;misc_f;2171429;105;;;;ncRNA;3580922;121; fin;°CDS;15445;;;;fin;°CDS;1206913;;;;deb;°CDS;2171833;47;;;fin;°CDS;3581138;; deb;°CDS;16751;-9;;;deb;°CDS;1208517;-1;;;;gene;2172921;3;;;deb;°CDS;3581863;-4; ;ncRNA;16952;482;;;;gene;1209119;29;;;fin;°CDS;2174282;;;;;misc_f;3583038;0; fin;°CDS;17489;;;;fin;°CDS;1209685;;;;deb;°CDS;2196474;111;;;;mobile;3583428;-713; deb;°CDS;18715;175;;;deb;°CDS;1210346;233;;;;gene;2197410;9;;;fin;°CDS;3583483;; ;mobile;19796;-753;;;;gene;1211413;102;;;fin;°CDS;2200279;;;;deb;°CDS;3583677;24; fin;°CDS;19811;;;;fin;°CDS;1211680;;;;deb;°CDS;2226509;52;;;;misc_f;3584205;94; deb;°CDS;74497;35;;;deb;°CDS;1218983;399;;;;gene;2227323;223;;;fin;°CDS;3584404;; ;ncRNA;75516;35;;;;gene;1219601;56;;;fin;°CDS;2228982;;;;deb;°CDS;3623399;104; deb;°CDS;75644;67;;;fin;°CDS;1222305;;;;deb;°CDS;2284376;74;;;;gene;3623887;245; ;ncRNA;77367;-206;;;deb;°CDS;1223264;114;;;;&tRNA;2286211;102;;;fin;°CDS;3624378;; fin;°CDS;77388;;;;;gene;1223564;371;;;;misc_f;2286390;4;;;deb;°CDS;3630968;261; deb;°CDS;188712;205;;;fin;°CDS;1224279;;;;;mobile;2288919;-1049;;;;gene;3632852;382; ;ncRNA;189712;26;;;deb;°CDS;1238879;238;;;deb;°CDS;2289065;68;;;fin;°CDS;3634841;; fin;°CDS;189874;;;;;mobile;1240188;-30;;;;misc_f;2290114;319;;;deb;°CDS;3647705;274; deb;°CDS;222833;362;;;fin;°CDS;1240260;;;;fin;°CDS;2290500;;;;;ncRNA;3648063;149; ;$rRNA;223771;68;;;deb;°CDS;1269168;47;;;deb;°CDS;2311646;334;;;;ncRNA;3648294;152; ;&tRNA;225381;42;;;;ncRNA;1269323;313;;;;ncRNA;2313084;311;;;fin;°CDS;3648528;; ;&tRNA;225500;183;;;deb;°CDS;1269703;47;;;fin;°CDS;2313488;;;;deb;°CDS;3650237;628; ;$rRNA;225759;93;;;;ncRNA;1269858;314;;;deb;°CDS;2328148;0;;;;misc_f;3651291;-1; ;$rRNA;228756;52;;;deb;°CDS;1270238;47;;;;gene;2329798;-67;;;;mobile;3652036;-1049; ;&tRNA;228928;162;;;;ncRNA;1270393;288;;;fin;°CDS;2334336;;;;deb;°CDS;3652182;73; fin;°CDS;229167;;;;fin;°CDS;1270749;;;;deb;°CDS;2348822;214;;;;misc_f;3653236;247; deb;°CDS;236067;132;;;deb;°CDS;1286709;81;;;;gene;2349687;41;;;fin;°CDS;3653961;; ;&tRNA;236931;327;;;;ncRNA;1287066;-150;;;fin;°CDS;2349935;;;;deb;°CDS;3656995;417; fin;°CDS;237335;;;;deb;°CDS;1287087;67;comp;;deb;°CDS;2356904;12;;;;ncRNA;3657985;311; deb;°CDS;238257;9;;;;&tRNA;1287244;209;comp;;;gene;2357816;40;;;deb;°CDS;3658366;98; ;gene;238746;105;;;;&tRNA;1287538;159;comp;;fin;°CDS;2358042;;;;;ncRNA;3658992;149; ;gene;239190;40;;;fin;°CDS;1287782;;comp;;deb;°CDS;2451584;19;;;fin;°CDS;3659232;; fin;°CDS;239419;;;;deb;°CDS;1293527;281;;;;gene;2452356;81;;;deb;°CDS;3663890;245; deb;°CDS;247637;223;;;;gene;1294426;-897;;;fin;°CDS;2455083;;;;;ncRNA;3664864;16; ;gene;248358;1;;;;mobile;1294426;40;;;deb;°CDS;2465301;75;;;fin;°CDS;3664986;; ;gene;250072;70;;;fin;°CDS;1295446;;;;;&tRNA;2466309;-15;;;deb;°CDS;3692618;-4; fin;°CDS;250898;;;;deb;°CDS;1298598;253;;;;misc_f;2466369;-10039;;;;gene;3695233;11; deb;°CDS;252709;305;;;;mobile;1299499;-1127;;;fin;°CDS;2466545;;;;fin;°CDS;3695997;; ;gene;253467;-32;;;fin;°CDS;1299567;;;;deb;°CDS;2470497;159;;;deb;°CDS;3699980;48; 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;;;;;;;;;; comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;162;;67;14;; ;;;132;;327;;74;78;; ;;;114;;;;75;91;'''deb; ;;comp’;242;;;;100;100;<201;10 6 aas;37 47 15 34 23 9;comp’;153;;379;;102;106;total;17 6 aas;135 2 149 3 146 132;;164;;432;;105;107;taux;59% ;;comp’;343;;253;;114;114;; ;;;206;comp’;426;;128;146;'''fin; ;;comp’;735;comp’;233;;132;151;<201;11 ;209;;67;;159;;155;159;total;20 ;4;comp’;307;;107;;164;162;taux;55% ;12 54;;-;;151;;206;235;; ;;comp’;569;comp’;93;;206;253;'''total; ;;;100;;313;;210;267;<201;21 ;;comp’;452;;100;;280;313;total;37 ;;comp’;4;comp’;37;;458;315;taux;57% ;;comp’;326;comp’;55;;750;327;; ;;;74;;;;910;379;; ;;;75;;;;233;432;comp’;cumuls ;39;comp’;208;;235;;4;37;; ;44 46 4;comp’;258;comp’;264;;38;53;; ;;;750;;;;124;55;'''deb; 4 aas;198 62 198 3;;280;;315;;153;73;<201;5 ;;comp’;208;comp’;73;;195;93;total;17 ;33 33;;155;;78;;208;95;taux;29% ;;;105;comp’;148;;208;148;; ;;comp’;124;comp’;53;;242;233;'''fin; ;;;206;comp’;347;;258;264;<201;7 ;;;458;;14;;292;347;total;11 ;;;910;;91;;307;426;taux;64% ;;comp’;292;;;;326;'''-;; 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;234732..237319;;23s;;83;;;;2588;;; ;237403..237518;;5s;;54;;;;116;;; ;237573..237649;;gac;;162;162;;;;162;; ;237812..238615;;CDS;;;;;;268;;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;* ;;;;;;;;;;;; ;244934..245665;;CDS;;132;132;;;244;;DNA polymerase III subunit epsilon;* ;245798..245874;;gac;;120;120;;;;120;; comp;245995..246852;;CDS;;;;;;286;;DUF4942 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;367329..368582;;CDS;;114;114;;;418;114;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;* ;368697..368772;;acg;;154;154;;;;;; ;368927..369265;;CDS;;;;;;113;;DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;631149..632015;;CDS;;270;270;;;289;;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;* ;632286..632362;;aga;;15;15;;;;15;; comp;632378..632997;;CDS;;;;;;207;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;733188..734363;;CDS;;153;153;;;392;153;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;* comp;734517..734591;;cag;+;37;;37;;;;; comp;734629..734703;;cag;2 cag;48;;48;;;;; comp;734752..734828;;atgj;2 atgj;15;;15;;;;; comp;734844..734918;;caa;2 caa;34;;34;;;;; comp;734953..735027;;caa;;23;;23;;;;; comp;735051..735135;;cta;;10;;10;;;;; comp;735146..735222;;atgj;;380;380;;;;;; comp;735603..737267;;CDS;;;;;;555;;asparagine synthase B;* ;;;;;;;;;;;; ;807377..808169;;CDS;;164;164;;;264;164;Pseudo, cell division protein CpoB;* ;808334..808409;;aaa;+;35;;35;;;;; ;808445..808520;;gta;5 aaa;2;;2;;;;; ;808523..808598;;aaa;2 gta;51;;51;;;;; ;808650..808725;;gta;;3;;3;;;;; ;808729..808804;;aaa;;48;;48;;;;; ;808853..808928;;aaa;;33;;33;;;;; ;808962..809037;;aaa;;277;277;;;;;; ;809315..810358;;CDS;;;;;;348;;quinolinate synthase NadA;* ;;;;;;;;;;;; ;950069..952345;;CDS;;343;343;;;*759;343;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;* comp;952689..952776;;tcc;;253;253;;;;;; comp;953030..953248;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;; comp;1047224..1047883;;CDS;;206;206;;;220;206;FtsH protease modulator YccA;* comp;1048090..1048177;;tca;;426;*426;;;;;; ;1048604..1049722;;CDS;;;;;;373;;hydrogenase 1 small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;1183656..1184018;;CDS;;463;*463;;;121;;hp;* ;1184482..1184558;;aga;;278;278;;;;278;; > comp;1184837..1185786;;CDS;;;;;;317;;Pseudo, IS4 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1213982..1214809;;CDS;;165;165;;;276;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1214975..1215062;;tcc;;233;233;;;;;; ;1215296..1216234;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1216817..1217098;;CDS;;165;165;;;94;165;DUF4942 domain-containing protein;* comp;1217264..1217351;;tcc;;234;234;;;;;; ;1217586..1218524;;CDS;;;;;;313;;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;* ;;;;;;;;;;;; ;1457038..1458129;;CDS;;16;16;;;364;16;acyl-CoA desaturase;* comp;1458146..1458277;;ncRNA;;46;;;;44;;RtT sRNA; comp;1458324..1458408;;tac;+;33;;33;;;;; comp;1458442..1458526;;tac;2 tac;159;159;;;;;; comp;1458686..1459528;;CDS;;;;;;281;;formyltetrahydrofolate deformylase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1829066..1830322;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1830630..1830706;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1830711..1830787;;gtc;2 gtc;6;6;;;;6;; <;1830794..1831177;;CDS;@4;;;;;128;;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;* ;;;;;;;;;;;; comp;1831218..1832474;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1832782..1832858;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1832863..1832939;;gtc;2 gtc;8;8;;;;8;; <;1832948..1833280;;CDS;;;;;;111;;Pseudo, MATE family efflux transporter;* ;;;;;;;;;;;; comp;1833321..1834577;;CDS;;307;307;;;419;;hp;* ;1834885..1834961;;gtc;+;4;;4;;;;; ;1834966..1835042;;gtc;2 gtc;108;108;;;;108;; ;1835151..1835456;;CDS;;;;;;102;;monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2115794..2116459;;CDS;;195;195;;;222;;UPF0149 family protein YecA;* comp;2116655..2116741;;tta;;12;;12;;;;; comp;2116754..2116827;;tgc;;53;;53;;;;; comp;2116881..2116956;;ggc;;151;151;;;;151;; comp;2117108..2117656;;CDS;;;;;;183;;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2191451..2192287;;CDS;;278;278;;;279;;hp;* comp;2192566..2192655;;tcg;;93;93;;;;93;; ;2192749..2193546;;CDS;;100;100;;;266;100;DgsA anti-repressor MtfA;* ;2193647..2193722;;aac;;161;161;;;;;; ;2193884..2195146;;CDS;;;;;;421;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2232607..2233323;;CDS;;453;*453;;;239;;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;* comp;2233777..2233852;;acc;;326;326;;;;326;; ;2234179..2235096;;CDS;;;;;;306;;nitrogen assimilation transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;2235198..2236148;;CDS;;37;37;;;317;;HTH-type transcriptional regulator Cbl;* comp;2236186..2236261;;aac;;4;4;;;;4;; ;2236266..2237909;;CDS;;100;100;;;548;100;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;* ;2238010..2238085;;aac;;161;161;;;;;; ;2238247..2239518;;CDS;;;;;;424;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; ;2546968..2548728;;CDS;;74;74;;;587;74;cardiolipin transport protein PbgA;* ;2548803..2548879;;ccc;;101;101;;;;;; comp;2548981..2549136;;CDS;;;;;;52;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;2717780..2718712;;CDS;;75;75;;;311;75;formate/nitrite transporter family protein;* ;2718788..2718862;;agg;;437;*437;;;;;; comp;2719300..2719830;;CDS;;;;;;177;;OmpH family outer membrane protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2768744..2770933;;CDS;;206;206;;;*730;206;sensor domain-containing phosphodiesterase;* comp;2771140..2771215;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;2771255..2771330;;gcc;2 gcc;220;220;;;;;; ;2771551..2771910;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2772355..2773770;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;2774029..2774104;;gta;+;43;;43;;;;; ;2774148..2774223;;gta;3 gta;46;;46;;;;; ;2774270..2774345;;gta;;4;;4;;;;; ;2774350..2774425;;aaa;;110;110;;;;110;; comp;2774536..2775420;;CDS;;;;;;295;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;2959205..2960503;;CDS;;323;323;;;433;323;alpha-ketoglutarate permease;* comp;2960827..2960942;;5s;;83;;;;116;;; comp;2961026..2965477;;23s;;184;;;;4452;;; comp;2965662..2965737;;gaa;;431;;;;;;; comp;2966169..2967720;;16s;;441;*441;;;1552;;; comp;2968162..2970735;;CDS;;;;;;*858;;ATP-dependent chaperone ClpB;* ;;;;;;;;;;;; comp;3027207..3027773;;CDS;;280;280;;;189;280;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;* comp;3028054..3028130;;cgt;+;63;;63;;;;; comp;3028194..3028270;;cgt;5 cgt;62;;62;;;;; comp;3028333..3028409;;cgt;;62;;62;;;;; comp;3028472..3028548;;cgt;;64;;64;;;;; comp;3028613..3028689;;cgt;;3;;3;;;;; comp;3028693..3028785;;agc;;315;315;;;;;; comp;3029101..3029286;;CDS;;;;;;62;;carbon storage regulator CsrA;* ;;;;;;;;;;;; comp;3157337..3158434;;CDS;;208;208;;;366;208;murein transglycosylase A;* ;3158643..3158719;;atgf;+;33;;33;;;;; ;3158753..3158829;;atgf;3 atgf;33;;33;;;;; ;3158863..3158939;;atgf;;635;*635;;;;;; ;3159575..3160075;;CDS;;;;;;167;;type VI secretion system contractile sheath small subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;3230172..3231401;;CDS;;316;316;;;410;;HAAAP family serine/threonine permease;* comp;3231718..3231791;;ggg;;78;78;;;;78;; comp;3231870..3232625;;CDS;;;;;;252;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;3341048..3341755;;CDS;;105;105;;;236;105;DUF554 domain-containing protein;* ;3341861..3341936;;ttc;;197;197;;;;;; ;3342134..3343399;;CDS;;;;;;422;;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;3569308..3569814;;CDS;;124;124;;;169;;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;* ;3569939..3570014;;atgi;;53;53;;;;53;; comp;3570068..3570832;;CDS;;;;;;255;;NADPH-dependent ferric chelate reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3670227..3670679;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3670886..3670962;;atgf;;347;347;;;;;; >;3671310..3672155;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3673935..3674387;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3674594..3674670;;atgf;;347;347;;;;;; >;3675018..3675869;;CDS;;;;;;284;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3677794..3678246;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3678453..3678529;;atgf;;347;347;;;;;; >;3678877..3679722;;CDS;;;;;;282;;Pseudo, argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3681532..3681984;;CDS;;206;206;;;151;206;ribosome maturation factor RimP;* comp;3682191..3682267;;atgf;;347;347;;;;;; ;3682615..3683958;;CDS;;;;;;448;;argininosuccinate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;3683966..3685591;;CDS;;456;*456;;;542;;phosphoethanolamine transferase;* comp;3686048..3686134;;ctc;;14;14;;;;14;; comp;3686149..3686481;;CDS;;;;;;111;;preprotein translocase subunit SecG;* ;;;;;;;;;;;; ;3784553..3785311;;CDS;;62;62;;;253;62;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* comp;3785374..3785489;;5s;@3;39;;;;116;;; comp;3785529..3785605;;acc;;14;;;;;;; comp;3785620..3785735;;5s;;777;;;;116;;; comp;3786513..3786588;;acc;;14;;;;;;; comp;3786603..3786718;;5s;;1834;;;;116;;; comp;3788553..3788628;;gaa;;1360;*1360;;;;;; ;3789989..3790543;;CDS;;;;;;185;;gamma carbonic anhydrase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4078635..4080242;;CDS;;743;*743;;;536;;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;* comp;4080986..4081062;;ccg;;91;91;;;;91;; comp;4081154..4082845;;CDS;;;;;;564;;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4205966..4207348;;CDS;;292;292;;;461;292;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;4207641..4207735;;tga;;300;300;;;;;; >;4208036..4208857;;CDS;;;;;;274;;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;4338643..4339335;;CDS;;479;*479;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;4339815..4341342;;16s;;73;;;;1528;;; ;4341416..4341491;;gaa;;184;;;;;;; ;4341676..4344286;;23s;;83;;;;2611;;; ;4344370..4344485;;5s;;53;;;;116;;; ;4344539..4344615;;gac;;8;;;;;;; ;4344624..4344699;;tgg;;95;95;;;;95;; comp;4344795..4345634;;CDS;;;;;;280;;HTH-type transcriptional regulator HdfR;* ;;;;;;;;;;;; ;4377681..4379066;;CDS;;102;102;;;462;102;amino acid permease;* ;4379169..4379245;;cgg;;58;;58;;;;; ;4379304..4379379;;cac;;20;;20;;;;; ;4379400..4379486;;ctg;;42;;42;;;;; ;4379529..4379605;;cca;;146;146;;;;;; ;4379752..4380987;;CDS;;;;;;412;;anaerobic sulfatase maturase;* ;;;;;;;;;;;; ;4460971..4461516;;CDS;;377;377;;;182;;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;* ;4461894..4463631;;16s;;56;;;;1738;;; ;4463688..4463764;;atc;;42;;;42;;;; ;4463807..4463882;;gca;;165;;;;;;; ;4464048..4467338;;23s;;83;;;;3291;;; ;4467422..4467537;;5s;;104;104;;;116;104;; comp;4467642..4468169;;CDS;;;;;;176;;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;* ;;;;;;;;;;;; ;4605577..4606434;;CDS;;374;374;;;286;;glutamate racemase;* ;4606809..4608362;;16s;;363;;;;1554;;; ;4608726..4608801;;gaa;;1112;;;;;;; ;4609914..4610029;;5s;;136;136;;;116;136;; ;4610166..4611194;;CDS;;;;;;343;;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;* ;;;;;;;;;;;; comp;4612185..4613135;;CDS;;361;361;;;317;;type I pantothenate kinase;* ;4613497..4613572;;aca;;8;;8;;;;; ;4613581..4613665;;tac;;116;;*116;;;;; ;4613782..4613856;;gga;;6;;6;;;;; ;4613863..4613938;;acc;;114;114;;;;114;; ;4614053..4615237;;CDS;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;; comp;4642984..4644573;;CDS;;616;*616;;;530;;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;* ;4645190..4646378;;16s’;@1;83;83;;;1189;83;; ;4646462..4648150;;CDS;;436;*436;;;563;;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;* ;4648587..4648662;;gaa;;185;;;;;;; ;4648848..4651319;;23s;;83;;;;2472;;; ;4651403..4651518;;5s;;76;76;;;116;76;; ;4651595..4651978;;CDS;;;;;;128;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; < comp;4834504..4834961;;CDS;;197;197;;;153;;pseudo, integrase;* comp;4835159..4835234;;ttc;;106;106;;;;106;; comp;4835341..4835916;;CDS;;;;;;192;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; ;4864628..4865173;;CDS;;210;210;;;182;210;oligoribonuclease;* ;4865384..4865459;;ggc;+;36;;36;;;;; ;4865496..4865571;;ggc;3 ggc;35;;35;;;;; ;4865607..4865682;;ggc;;233;233;;;;;; ;4865916..4865969;;CDS;;;;;;18;;hp;* ;;;;;;;;;;;; comp;4974178..4975197;;CDS;;195;195;;;340;;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;* ;4975393..4975477;;ttg;;39;39;;;;39;; <> comp;4975517..4976055;;CDS;;;;;;180;;pseudo, IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5042527..5042763;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5042802..5042888;;ctg;+;34;;34;;;;; comp;5042923..5043009;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5043038..5043124;;ctg;;290;290;;;;;; comp;5043415..5044446;;CDS;;;;;;344;;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;* ;;;;;;;;;;;; comp;5079375..5079581;;CDS;;117;117;;;69;117;AlpA family transcriptional regulator;* ;5079699..5081218;;16s;;73;;;;1520;;; ;5081292..5081368;;gaa;;12;;;12;;;; ;5081381..5081454;;gca;;366;366;;;;;; ;5081821..5082018;;CDS;;524;*524;;;66;;hypothetical protein;* comp;5082543..5082754;;CDS;;;;;;71;;hypothetical protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5090325..5090876;;CDS;;1808;*1808;;;184;;MarR family transcriptional regulator;* comp;5092685..5092760;;gaa;;588;*588;;;;*588;; < comp ;5093349..5093474;;CDS;;592;*592;;;42;;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;* ;5094067..5094142;;gaa;+;1472;;;*1472;;;; ;5095615..5095691;;atc;3 gaa;42;;;42;;;; ;5095734..5095809;;atc;2 atc;1130;;;*1130;;;; ;5096940..5097015;;gaa;;1145;;;*1145;;;; ;5098161..5098236;;gaa;;185;;;;;;; ;5098422..5100893;;23s;;83;;;;2472;;; ;5100977..5101092;;5s;;76;76;;;116;76;; ;5101169..5101552;;CDS;;63;63;;;128;;hypothetical protein;* comp;5101616..5102059;;CDS;;;;;;148;;acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;5124754..5125197;;CDS;;63;63;;;148;;acetyltransferase;* comp;5125261..5125644;;CDS;;76;76;;;128;;hypothetical protein;* comp;5125721..5125836;;5s;;83;;;;116;;; comp;5125920..5128366;;23s’;@2;-10;*-10;;;2447;*-10;; <;5128357..5128479;;CDS;;;;;;41;;pilus assembly protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;5252659..5253870;;CDS;;300;300;;;404;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5254171..5254249;;tga;;292;292;;;;292;; >;5254542..5255171;;CDS;;;;;;210;;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5305902..5306228;;CDS;;0;0;;;109;0;pseudo, hp;* comp;5306229..5306302;;atc;;1096;*1096;;;;;; ;5307399..5308450;;CDS;;;;;;351;;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;* ;;;;;;;;;;;; comp;5321144..5321869;;CDS;;206;206;;;242;206;pseudo, histidine kinase;* comp;5322076..5322151;;gcc;+;39;;39;;;;; comp;5322191..5322266;;gcc;3 gcc;39;;39;;;;; comp;5322306..5322381;;gcc;;220;220;;;;;; ;5322602..5322961;;CDS;;;;;;120;;putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; comp;5323406..5324821;;CDS;;258;258;;;472;;glutamate--tRNA ligase;* ;5325080..5325155;;gta;+;44;;44;;;;; ;5325200..5325275;;gta;2 gta;0;0;;;;0;; <;5325276..5325389;;CDS;;;;;;38;;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;; >;5375524..5376270;;CDS;;891;*891;;;249;*891;pseudo, AI-2E family transporter;* ;5377162..5377237;;gaa;;1047;*1047;;;;;; comp;5378285..5379589;;CDS;;;;;;435;;isocitrate lyase;* ;;;;;;;;;;;; comp >;5341397..5341492;;CDS;;-2;*-2;;;32;*-2;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;5341491..5344303;;23s;;174;;;;2813;;; comp;5344478..5344553;;gca;;42;;;42;;;; comp;5344596..5344672;;atc;;56;;;;;;; comp;5344729..5346282;;16s;;1063;;;;1554;;; comp;5347346..5347421;;gca;;42;;;42;;;; comp;5347464..5347540;;atc;;56;;;;;;; comp;5347597..5349150;;16s;;365;365;;;1554;;; comp;5349516..5350088;;CDS;;187;187;;;191;;D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase;* >;5350276..5350914;;CDS;;;;;;213;;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;* ;;;;;;;;;;;; > comp;5359583..5360512;;CDS;;120;120;;;310;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;5360633..5360708;;gca;;42;;;;;;; comp;5360751..5360827;;atc;;56;;;;;;; comp;5360884..5362138;;16s’;;1;1;;;1255;1;; < comp;5362140..5363543;;CDS;;;;;;468;;IS66 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;5425965..5426201;;CDS;;38;38;;;79;38;DUF1435 domain-containing protein;* comp;5426240..5426325;;ctg;+;26;;26;;;;a disparu le 20.12.19;* comp;5426352..5426438;;ctg;3 ctg;28;;28;;;;; comp;5426467..5426553;;ctg;;63;63;;;;;; < comp;5426617..5427150;;CDS;;;;;;178;;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; >;5433568..5433687;;CDS;;39;39;;;40;39;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;* comp;5433727..5433814;;tcc;;253;253;;;;;; comp;5434068..5434286;;CDS;;;;;;73;;translation initiation factor IF-1;* </pre> ====ecoN cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_cumuls|ecoN cumuls]] <pre> ecoN cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;12;1;0;;1;5;1;5;100;16;1;0 ;16 23 5s;0;20;13;2;50;11;40;10;200;34;30;1 ;16 atc gca;2;40;17;;100;17;80;7;300;29;60;6 ;16 gaa 235;2;60;9;4;150;16;120;16;400;18;90;8 ;max a;5;80;4;;200;15;160;3;500;18;120;8 ;a doubles;1;100;0;;250;14;200;4;600;8;150;7 ;spéciaux;8;120;1;;300;14;240;9;700;0;180;11 ;total aas;27;140;0;;350;12;280;2;800;2;210;11 sans ;opérons;50;160;0;;400;7;320;2;900;1;240;6 ;1 aa;32;180;0;;450;4;360;3;1000;0;270;9 ;max a;7;200;0;;500;4;400;0;1100;0;300;12 ;a doubles;15;;0;;;11;;2;;0;;0 ;total aas;94;;44;6;;130;;63;;126;;79 total aas;;121;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;33;32;;253;;142;;272;;172 ;;;variance;23;15;;258;;145;;162;;79 sans jaune;;;moyenne;31;;;178;;127;;260;; ;;;variance;19;;;109;;91;;142;; </pre> ====ecoN blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_blocs|ecoN blocs]] <pre> ecoN blocs;;;;;;;;;;;; gène;interca;pbs;cdsa;;;gène;interca;pbs;cdsa;;;rRNAs cds;365;;191;D-glycero;;cds;374;;286;Glu race;;16s 16s;73;1520;;;;16s;363;1554;;;;1189 gaa;12;;;;;gaa;1112;;;;;1255 gca;174;;;;;5s;136;116;;;;1520 23s;83;2588;;;;cds;;;343;UDP-N;;1520 5s;54;116;;;;;;;;;;1528 gac;162;;;;;cds;117;;69;tr AlpA;;1552 cds;;;268;gluDkgB;;16s;73;1520;;;;1554 ;;;;;;gaa;12;;;;;1554 cds;323;;433;glutarate pm;;gca;366;;;;;1554 5s;83;116;;;;cds;524;;66;hp-66;;1738 23s;184;4452;;;;cds;;;71;hp-71;; gaa;431;;;;;;;;;;; 16s;441;1552;;;;cds;-2;;32;ABC 32;;23s cds;;;858;ClpB dep;;23s;174;2813;;;;2447 ;;;;;;gca;42;;;;;2472 cds;616;;530;AICAR2;;atc;56;;;;;2472 16s’;83;1189;;;;16s;1063;1554;;;;2588 cds;436;;563;kinase isocit;;gca;42;;;;;2611 gaa;185;;;;;atc;56;;;;;2813 23s;83;2472;;;;16s;365;1554;;;;3291 5s;76;116;;;;cds;187;;191;D-glycero;;4452 cds;;;128;hp-128;;cds;;;213;ABC MetN;; ;;;;;;;;;;;;5s cds;62;;253;pu-ABC;;cds;120;;310;Tyr recb 310;;116 x 11 5s;39;116;;;;gca;42;;;;; acc;14;;;;;atc;56;;;;; 5s;777;116;;;;16s’;1;1255;;;; acc;14;;;;;cds;;;468;IS66;; 5s;1834;116;;;;;;;;;; gaa;1360;;;;;cds;63;;148;transferase;; cds;;;185;gc anhydrase;;cds;76;;128;hp-128;; ;;;;;;5s;83;116;;;; cds;377;;182;porphyrine M;;23s’;-10;2447;;;; 16s;56;1738;;;;cds;;;41;pilus;; atc;42;;;;;;;;;;; gca;165;;;;;cds;1808;;184;MarR ;; 23s;83;3291;;;;gaa;588;;;;; 5s;104;116;;;;cds;592;;42;sn-glycerol;; cds;;;176;Mlb pB;;gaa;1472;;;;; ;;;;;;atc;42;;;;; cds;479;;231;FadR tr ;;atc;1130;;;;; 16s;73;1528;;;;gaa;1145;;;;; gaa;184;;;;;gaa;185;;;;; 23s;83;2611;;;;23s;83;2472;;;; 5s;53;116;;;;5s;76;116;;;; gac;8;;;;;cds;63;;128;hp-128;; tgg;95;;;;;cds;;;148;transferase;; cds;;;280;HdfR HTH;;;;;;;; </pre> ====ecoN distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_distribution|ecoN distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;ecoN;;;;6;;;6 </pre> ====ecoN eco==== =====ecoN eco tableaux===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_tableaux|ecoN eco tableaux]] <pre> ;;;;;;rouge;ff6600;$;jaune;ffff00;#;;;;;;;;;;; ;;eco ecoN;;;;orange;ffcc00;&;cyan;66ffff;°;gris2;dddddd;];;;;;;;; ;;;;;;jaunev;ccff66;@;turquoise;33ff99;%;Jaunev 5;669900;(;;;;;;;; ;19.12.19 Paris;;pour les cds;;;bleu;00ccff;§;gris1;eeeeee;[;;;;;;;;;;; ;Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;eco;;;;;;;;ecoN;;;;;;;;;;;;; cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;cluster;sens;;gènes;interca;cdsa;cds;;ecoN suite;sens;;gènes;interca;cdsa;cds eco1;;222833..223408;cds;362;192;@D-glycero;;ecoN1;;231864..232436;CDS;365;191;@D-glycero;;EcoN 48;comp;5079375..5079581;CDS;117;69;tr AlpA ;;223771..225312;$16s;68;&1542;;;;;232802..234321;$16s;73;&1520;;;ok;;5079699..5081218;$16s;73;&1520; ;;225381..225457;atc;42;;;;;;234395..234471;gaa;12;;;;;;5081292..5081368;gaa;12;; ;;225500..225575;gca;183;;;;;;234484..234557;gca;174;;;;;;5081381..5081454;gca;366;; ;;225759..228662;$23s;93;&2904;;;;;234732..237319;$23s;83;&2588;;;;;5081821..5082018;CDS;524;66;hp-66 ;;228756..228875;$5s;52;&120;;;;;237403..237518;$5s;54;&116;;;;comp;5082543..5082754;CDS;;71;hp-71 ;;228928..229004;gac;162;;;;;;237573..237649;gac;162;;;;;;;;;; ;;229167..229970;cds;;268;@metDkgB;;;;237812..238615;CDS;;268;@gluDkgB;;eco1;;222833..223408;cds;[362;192;]D-glycero 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comp;4834504..4834961;CDS;197;153;§pu-integrase;;;;;;;; ;comp;4362191..4362353;pseudo;197;&163;yjdQ;;;comp;4835159..4835234;ttc;106;;;;;;;;;; ;comp;4362551..4362626;ttc;106;;;;;comp;4835341..4835916;CDS;;192;@tr 192;;;;;;;; ;comp;4362733..4363308;cds;;192;@pu-tr YjdC;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco45;;4391604..4392149;cds;210;182;@oligo-rnase;;ecoN45;;4864628..4865173;CDS;210;182;@oligo-rnase;;;;;;;; ;;4392360..4392435;°ggc;36;;;;;;4865384..4865459;°ggc;36;;;;;;;;;; ;;4392472..4392547;°ggc;35;;;;;;4865496..4865571;°ggc;35;;;;;;;;;; ;;4392583..4392658;°ggc;233;;;;;;4865607..4865682;°ggc;233;;;;;;;;;; ;;4392892..4392945;cds;;18;@un-YjeV;;;;4865916..4865969;CDS;;18;@hp-18;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco46;comp;4495190..4496209;cds;195;340;@NADPH- Ah;;ecoN46;comp;4974178..4975197;CDS;195;340;@NADPH- Ahr;;;;;;;; ;;4496405..4496489;ttg;260;;;;;;4975393..4975477;ttg;39;;;;;;;;;; ;;4496750..4497940;cds;;397;§pu-KpLE2;;;<> comp;4975517..4976055;CDS;;180;§p-IS630 ;;;;;;;; ;;4496675..4497940;#phage;;422;pp PR-Y;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco47;;4605804..4606040;cds;38;79;%protein YjjZ;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606079..4606165;°ctg;34;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;comp;4606200..4606286;°ctg;28;;;;ecoN47;;5042527..5042763;CDS;38;79;%DUF1435;;EcoN 58;;5425965..5426201;CDS;38;79;%DUF1435 ;comp;4606315..4606401;°ctg;157;;;;;comp;5042802..5042888;°ctg;34;;;;ok;comp;5426240..5426325;°ctg;26;; ;;4606559..4606594;rpr;22;&36;rpt 36;;;comp;5042923..5043009;°ctg;28;;;;;comp;5426352..5426438;°ctg;28;; ;comp;4606617..4606650;rpr;18;&34;rpt 34;;;comp;5043038..5043124;°ctg;290;;;;;comp;5426467..5426553;°ctg;63;; ;comp;4606669..4607700;cds;;344;@G1207;;;comp;5043415..5044446;CDS;;344;@G1207 RsmC;;;< comp;5426617..5427150;CDS;;178;p-IS630 </pre> =====ecoN eco noms cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_eco_noms_cds|ecoN eco noms cds]] <pre> fonction;Noms courts;Noms longs;;;;; tr-regulator; XapR;DNA-binding transcriptional activator XapR;;;;;* permease;aa permease;amino acid permease;;;;;* ABC bind;ABC 32;ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* ABC bind;ABC MetN;methionine ABC transporter ATP-binding protein MetN;;;;;* desaturase;acyl-CoA ;acyl-CoA desaturase;;;;;* adhesin;adhes YdhQ;adhesin-like autotransporter YdhQ;;;;;* adhesin;adhes YejO;adhesin-like autotransporter YejO, gene fragment 2 of yejO, misc_feature ;;;;;* hydrolase ;AICAR1;bifunctional AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase;;;;;* hydrolase ;AICAR2;bifunctional phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase ;;;;;* amidase;Ala C;N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase C;;;;;* maturase;ans maturase;anaerobic sulfatase maturase;;;;;* synthetase;Arg-suc;argininosuccinate synthetase;;;;;* integrase;arm-type;integrase arm-type DNA-binding domain-containing protein;;;;;* synthetase;Asn B;asparagine synthetase B;;;;;* protease b;ATP ClpA;ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA;;;;;* kinase;B5 kinase;pantothenate kinase;;;;;* kinase;B5 kinase I;type I pantothenate kinase;;;;;* transporter;barrel;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;;;;;* tr-regulator;CadC;DNA-binding transcriptional activator CadC;;;;;* cardiolipin ;cardiolipine;cardiolipin transport protein PbgA;;;;;* transferase;CDP-diacyl;CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase;;;;;* division;cell CpoB;cell division coordinator CpoB;;;;;* chaperone;ClpB;ClpB chaperone;;;;;* chaperone;ClpB dep;ATP-dependent chaperone ClpB;;;;;* storage;Csr;carbon storage regulator;;;;;* storage;CsrA;carbon storage regulator CsrA;;;;;* hydrolase ;cyclo FolD;bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD;;;;;* phosphatase;D-glycero;D-glycero-beta-D-manno-heptose-1,7-bisphosphate 7-phosphatase;;;;;* ABC bind;dip ABC;dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein;;;;;* polymerase;DNAIIIe;DNA polymerase III subunit epsilon;;;;;* ABC bind;DppA;dipeptide ABC transporter substrate-binding protein DppA;;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4102;DUF4102 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF4942;DUF4942 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF5507;DUF5507 domain-containing protein YpjC;;;;;* DUF;DUF554 ;DUF554 domain-containing protein;;;;;* DUF;DUF554 Yqg;DUF554 domain-containing protein YqgA;;;;;* peptidase;ErfK;L,D-transpeptidase ErfK;;;;;* exporter;exporter;FMN/FAD exporter;;;;;* tr-regulator;FadR tr ;FadR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;ferric ;NADPH-dependent ferric chelate reductase;;;;;* phosphatase;fructose;fructose-1-phosphatase;;;;;* phosphatase;fructose 6;fructose-1-phosphate/6-phosphogluconate phosphatase;;;;;* deformylase;fTHF;formyltetrahydrofolate deformylase;;;;;* protase;FtsH;modulator of FtsH protease;;;;;* protease;FtsH YccA;FtsH protease modulator YccA;;;;;* glycosylase;G/U;G/U mismatch-specific DNA glycosylase;;;;;* glycosylase;G/U station;stationary phase mismatch/uracil DNA glycosylase;;;;;* transferase;G1207;16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase;;;;;* transferase;G1207 RsmC;16S rRNA (guanine(1207)-N(2))-methyltransferase RsmC;;;;;* anhydrase;gc anhydrase;gamma carbonic anhydrase family protein;;;;;* ligase;Glu ligase;glutamate--tRNA ligase;;;;;* racemase;Glu race;glutamate racemase;;;;;* dehydrogenase;glu5dH;glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase;;;;;* reductase;gluDkgB;2,5-didehydrogluconate reductase DkgB;;;;;* permease;glutarate pm;alpha-ketoglutarate permease;;;;;* symporter;glutarate sm;alpha-ketoglutarate:H(+) symporter;;;;;* peptidase;glycan DD;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;;;;* synthetase;glycerolP;phosphatidylglycerophosphate synthase;;;;;* transporter;glycoside-p5;glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* reductase;glyoxyl A;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase A;;;;;* reductase;glyoxyl GhrA;glyoxylate/hydroxypyruvate reductase GhrA;;;;;* permease;HAAAP;HAAAP family serine/threonine permease;;;;;* tr-regulator;HdfR;DNA-binding transcriptional dual regulator HdfR;;;;;* tr-regulator;HdfR HTH;HTH-type transcriptional regulator HdfR;;;;;* hydrogenase;Hnase1;hydrogenase 1 small subunit;;;;;* hp;hp-121;hp-121;;;;; hp;hp-128;hypothetical protein;;;;;* hp;hp-18;hp-18;;;;;* adhesin;Inv-adhesin;inverse autotransporter adhesin;;;;;* transposase;IS66;IS66 family transposase;;;;;* lyase;isocitrate;isocitrate lyase;;;;;* transferase;kdo2;kdo(2)-lipid A phosphoethanolamine 7''-transferase;;;;;* kinase/Pase;kinase isocit;bifunctional isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase;;;;;* prophage;KpLE1;CPS-53 (KpLE1) prophage, prophage CPS-53 integrase;;;;;* lipoprotein;lipo YafT;lipoprotein YafT;;;;;* tr-regulator;LysR;LysR family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;MarR;MarR family transcriptional regulator;;;;;* reductase;metDkgB;methylglyoxal reductase DkgB;;;;;* GDP;Mlb adapt;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis adaptor protein;;;;;* GDP;Mlb pB;molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B;;;;;* oxygenase;mono-O2;monooxygenase;;;;;* titration;Mtf;Mlc titration factor;;;;;* tr-regulator;MtfA;DgsA anti-repressor MtfA;;;;;* glycosylase;murein;murein transglycosylase A;;;;;* glycosylase;murein lytic;membrane-bound lytic murein transglycosylase A;;;;;* reductase;NADPH- Ah;aldehyde reductase, NADPH-dependent;;;;;* reductase;NADPH- Ahr;NADPH-dependent aldehyde reductase Ahr;;;;;* transporter;nitrite;formate/nitrite transporter family protein;;;;;* hydroxylase;octaprenyl;2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase;;;;;* rnase;oligo-rnase;oligoribonuclease;;;;;* protein;OmpH;OmpH family outer membrane protein;;;;;* transferase;p-Ada;pseudo, bifunctional DNA-binding transcriptional regulator/O6-methylguanine-DNA methyltransferase Ada;;;;;* transporter;p-AI-2E;pseudo, AI-2E family transporter;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 282;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* synthetase;p-Arg-sc 284;Pseudo, argininosuccinate synthase;;;;;* division;p-cell CpoB;Pseudo, cell division protein CpoB;;;;;* DUF;p-DUF4102;Pseudo, DUF4102 domain-containing protein;;;;;* transporter;p-glycoside;pseudo, glycoside-pentoside-hexuronide family transporter;;;;;* kinase;p-His kinase;pseudo, histidine kinase;;;;;* hp;p-hp;pseudo, hp 109;;;;;* integrase;p-integrase;pseudo, integrase;;;;;* transposase;p-IS4;Pseudo, IS4 family transposase;;;;;* transposase;p-IS630 ;pseudo, IS630 family transposase;;;;;* transporter;p-MATE;Pseudo, MATE family efflux transporter;;;;;* transporter;p-MdtK;Pseudo, multidrug efflux MATE transporter MdtK;;;;;* amidase;p-Nam;pseudo, nicotinamide-nucleotide amidase;;;;;* tr-regulator;p-pu-tr 38;pseudo, putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* protein;p-un-YchS;putative uncharacterized protein YchS;;;;;* gene;p-yicT;p-yicT;;;;;* transferase;Pet;phosphoethanolamine transferase;;;;;* protein;pilus;pilus assembly protein;;;;;* dehydrogenase;porphyrine M;menaquinone-dependent protoporphyrinogen IX dehydrogenase;;;;;* oxidase;porphyrine O;protoporphyrinogen oxidase;;;;;* prophage;pp CP4-6;note="cryptic prophage CP4-6" misc_feature;;;;;* prophage;pp CPS-53;cryptic prophage CPS-53, misc_feature;;;;;* prophage;pp DLP12;note="cryptic prophage DLP12" misc_feature;;;;;* prophage;pp PR-Y;cryptic prophage PR-Y;;;;;* protein;protein YjjZ;protein YjjZ;;;;;* protein;protein YrdA;protein YrdA;;;;;* tr-regulator;pu- YfeC;putative DNA-binding transcriptional regulator YfeC;;;;;* ABC bind;pu-ABC;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;;;;;* exporter;pu-arabi;putative arabinose exporter;;;;;* sulfatase;pu-AslB;putative anaerobic sulfatase maturation enzyme AslB;;;;;* cardiolipin ;pu-cardiolip;putative cardiolipin transport protein;;;;;* cytochrome;pu-cytochrom;putative cytochrome;;;;;* hydrolase;pu-hydrolase;putative hydrolase, inner membrane;;;;;* integrase;pu-KpLE2;KpLE2 phage-like element putative integrase;;;;;* peptidase;pu-LysM;LysM domain-containing putative peptidase lipoprotein YgeR;;;;;* GMP;pu-sensor;putative c-di-GMP phosphodiesterase PdeA;;;;;* protein;Pu-ssM;putative type II secretion system M-type protein;;;;;* tr-regulator;pu-tr 120;putative DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;pu-tr YieP;putative transcriptional regulator YieP;;;;;* tr-regulator;pu-tr YjdC;putative DNA-binding transcriptional regulator YjdC;;;;;* tr-regulator;pu-tr-YeeN;putative transcriptional regulator YeeN;;;;;* protein;pu-unYgaQ;putative uncharacterized protein YgaQ;;;;;* oxygenase;pu-YdhR;putative monooxygenase YdhR;;;;;* ABC bind;pu-YhdZ;putative ABC transporter ATP-binding subunit YhdZ;;;;;* transporter;pu-YicJ;putative xyloside transporter YicJ;;;;;* transporter;pu-YifK;putative transporter YifK;;;;;* prophage;put DLP12;DLP12 prophage putative integrase;;;;;* tr-regulator;put FimZ;putative LuxR family transcriptional regulator FimZ;;;;;* synthetase;quino;quinolinate synthase;;;;;* synthetase;quino NadA;quinolinate synthase NadA;;;;;* ribosome;RimP;ribosome maturation factor RimP;;;;;* rpt;rpt-29;rpt-29;;;;; rpt;rpt-34;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt-36;rpt_type=other;;;;;* rpt;rpt71;rpt_type=other 71;;;;;* sRNA;RttR sRNA;small RNA RttR;;;;;* translocase;SecE;Sec translocon subunit SecE;;;;;* translocase;SecG-p;preprotein translocase subunit SecG;;;;;* translocase;SecG-t;Sec translocon subunit SecG;;;;;* esterase;sensor;sensor domain-containing phosphodiesterase;;;;;* ABC bind;sn-glycerol;sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding protein UgpB;;;;;* protein;sscs VI;type VI secretion system contractile sheath small subunit;;;;;* protein;stress;stress response protein;;;;;* tr-regulator;tact Cbl;DNA-binding transcriptional activator Cbl;;;;;* translation;tif IF-1;translation initiation factor IF-1;;;;;* protein;tpr;protamine-like protein;;;;;* tr-regulator;tr 192;transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr AlpA;AlpA family transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-Cbl;HTH-type transcriptional regulator Cbl;;;;;* tr-regulator;tr-Nac;DNA-binding transcriptional dual regulator Nac;;;;;* tr-regulator;tr-nitrogen;nitrogen assimilation transcriptional regulator;;;;;* tr-regulator;tr-YebC;YebC/PmpR family DNA-binding transcriptional regulator;;;;;* transferase;transferase;acetyltransferase;;;;;* transporter;trp-YeeO;toxic metabolite efflux MATE transporter YeeO;;;;;* translation;tuf;elongation factor Tu;;;;;* translation;tufb;tufb, translation elongation factor Tu 2;;;;;* integrase;Tyr recb 207;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 404;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 421;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* integrase;Tyr recb 424;tyrosine-type recombinase/integrase;;;;;* reductase;UDP-N;UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase;;;;;* protein;un-YcdU;uncharacterized protein YcdU;;;;;* protein;un-YjeV;uncharacterized protein YjeV;;;;;* protein;UPF0149 YecA;UPF0149 family protein YecA;;;;;* protein;YdiA;YdiA family protein;;;;;* protein;YfdC;inner membrane protein YfdC;;;;;* protein;YgeQ;protein YgeQ;;;;;* gene;yjdQ;gene="yjdQ";;;;;* DUF;DUF1435;DUF1435 domain-containing protein;;;;;* transposase;p-IS630;pseudo, IS630-like element IS630 family transposase;;;;;* </pre> ====ecoN données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_données_intercalaires|ecoN données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;;aa fxt;fct;ecoN;fx;fc;ecoN;fx40;fc40;ecoN;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;hors bloc ;2;0;18;29;0;18;29;-1;2;173;162;120;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; 1;2;10;44;403;1;10;51;-2;4;5;132;15;385;479;6* 95;;;8;;gac;37;;cag 1;1;20;22;337;2;9;61;-3;2;0;114;153;441;117;1881;;;**;;tgg;48;;cag ;0;30;23;182;3;9;58;-4;39;328;154;343;377;;16s tRNA;;;1472;;gaa;15;;atgj 4;1;40;90;109;4;3;27;-5;2;2;32;426;374;;3* 85;;gaa;42;;atc;34;;caa ;0;50;95;113;5;2;18;-6;0;0;380;278;365;;443;;gaa;2351;;atc;23;;caa 1;0;60;69;147;6;4;17;-7;1;16;164;165;672;;375;;gaa;**;;gaa;10;;cta ;1;70;48;109;7;3;24;-8;2;81;277;233;5s CDS;;4* 68;;atc;42;;gca;**;;atgj ;3;80;36;110;8;1;16;-9;3;2;253;165;323;62;tRNA 16s;;;**;;atc;35;;aaa ;0;90;39;112;9;1;66;-10;0;7;206;234;136;104;1063;;gca;;;;2;;gta 2;3;100;43;99;10;2;65;-11;1;48;463;307;3* 76;;tRNA 23s;;;;;;51;;aaa 1;4;110;36;96;11;1;53;-12;2;3;159;307;23s CDS;;269;;gaa;;;;3;;gta 1;3;120;38;70;12;7;53;-13;1;6;6;307;331;;2* 193;;gaa;;;;48;;aaa 2;0;130;37;63;13;0;29;-14;5;23;8;93;385;;2* 194;;gaa;;;;33;;aaa ;1;140;43;52;14;0;38;-15;0;0;108;453;;;174;;gca;;;;**;;aaa 1;1;150;29;68;15;2;39;-16;1;3;195;326;;;183;;;;;;33;;tac 1;3;160;44;50;16;6;29;-17;1;11;151;37;;;5s tRNA;;;;;;**;;tac 2;4;170;27;45;17;4;21;-18;3;0;278;4;;;54;;gac;;;;4;;gtc ;0;180;28;42;18;0;34;-19;2;4;100;125;;;2* 14;;acc;;;;**;;gtc ;0;190;38;44;19;1;18;-20;1;9;161;437;;;53;;gac;;;;4;;gtc 1;3;200;34;36;20;1;23;-21;0;0;100;220;;;tRNA 5s;;;;;;**;;gtc 1;8;210;31;36;21;1;24;-22;0;3;161;258;;;39;;acc;;;;4;;gtc 2;0;220;35;43;22;0;23;-23;0;8;74;110;;;777;;acc;;;;**;;gtc ;0;230;26;30;23;2;11;-24;2;0;75;208;;;1360;;gaa;;;;12;;tta 2;1;240;21;25;24;4;27;-25;2;2;206;316;;;1112;;gaa;;;;53;;tgc ;0;250;27;18;25;0;19;-26;1;9;280;124;;;tRNA tRNA;;intra;;;;**;;ggc 2;2;260;27;24;26;1;15;-27;1;0;315;53;;;4* 42;;atc gca;;;;39;;gcc ;0;270;18;23;27;2;25;-28;1;3;635;347;;;;;;;;;**;;gcc 1;3;280;24;20;28;4;8;-29;4;5;78;347;;;;;;;;;43;;gta ;1;290;19;18;29;5;14;-30;4;0;105;347;;;;;;;;;46;;gta 2;2;300;9;15;30;4;16;-31;0;0;197;347;;;;;;;;;4;;gta 3;0;310;13;17;31;4;13;-32;1;7;206;1360;;;;;;;;;**;;aaa 1;1;320;22;12;32;3;12;-33;0;0;206;292;;;;;;;;;63;;cgt 1;0;330;11;16;33;7;9;-34;0;0;206;95;;;;;;;;;62;;cgt ;0;340;14;8;34;9;17;-35;2;4;206;361;;;;;;;;;62;;cgt 5;0;350;5;15;35;11;8;-36;0;0;456;195;;;;;;;;;64;;cgt ;0;360;9;12;36;4;15;-37;1;3;14;39;;;;;;;;;3;;cgt 1;0;370;10;14;37;10;5;-38;2;1;743;38;;;;;;;;;**;;agc ;1;380;19;12;38;12;7;-39;2;0;91;1174;;;;;;;;;33;;atgf ;0;390;10;9;39;13;10;-40;1;1;300;592;;;;;;;;;33;;atgf ;0;400;9;14;40;17;13;-41;1;1;102;292;;;;;;;;;**;;atgf 7;7;reste;142;125;reste;1185;1762;-42;0;0;146;1096;;;;;;;;;58;;cgg 46;58;total;1382;2822;total;1382;2822;-43;0;3;114;220;;;;;;;;;20;;cac 39;49;diagr;1222;2668;diagr;179;1031;-44;1;0;436;258;;;;;;;;;42;;ctg 2;3;t30;89;922;;;;-45;0;0;197;150;;;;;;;;;**;;cca ;;;;;;;;-46;0;0;106;39;;;;;;;;;8;;aca ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;1;0;210;;;;;;;;;;116;;tac ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;233;;;;;;;;;;6;;gga ;x;1364;105;18;1487;;;-49;0;0;290;;;;;;;;;;**;;acc ;c;2793;782;29;3604;;;-50;0;1;1537;;;;;;;;;;36;;ggc ;;;;;5091;217;;reste;5;10;588;;;;;;;;;;35;;ggc ;;;;;;5308;;total;105;782;300;;;;;;;;;;**;;ggc ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;34;;ctg ;;;;;;;;;;;206;;;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;;;;;;0;;;;;;;;;;**;;ctg ;;;;;;;;;;;120;;;;;;;;;;39;;gcc ;;;;;;;;;;;63;;;;;;;;;;39;;gcc ;;;;;;;;;;;253;;;;;;;;;;**;;gcc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;44;;gta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;gta ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;28;;ctg ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ctg </pre> =====ecoN autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_autres_intercalaires_aas|ecoN autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ecoN;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;231864;232436;365;*; ;;rRNA;232802;234309;85;*;16s ;;tRNA;234395;234471;269;*;gaa ;;rRNA;234741;237307;95;*;23s ;;rRNA;237403;237518;54;*;5s ;;tRNA;237573;237649;162;*;gac fin;;CDS;237812;238615;;1; deb;;CDS;244934;245665;132;*; ;;tRNA;245798;245874;120;*;gac fin;comp;CDS;245995;246852;;0; deb;;CDS;367329;368582;114;*; ;;tRNA;368697;368772;154;*;acg fin;;CDS;368927;369265;;0; deb;comp;CDS;555847;556158;162;*; ;;ncRNA;556321;556417;119;*; fin;;CDS;556537;556890;;0; deb;;CDS;632056;632253;32;*; ;;tRNA;632286;632362;15;*;aga fin;comp;CDS;632378;632979;;0; deb;;CDS;733188;734363;153;*; ;comp;tRNA;734517;734591;37;*;cag ;comp;tRNA;734629;734703;48;*;cag ;comp;tRNA;734752;734828;15;*;atgj ;comp;tRNA;734844;734918;34;*;caa ;comp;tRNA;734953;735027;23;*;caa ;comp;tRNA;735051;735135;10;*;cta ;comp;tRNA;735146;735222;380;*;atgj fin;comp;CDS;735603;737267;;; deb;;CDS;807377;808169;164;*; ;;tRNA;808334;808409;35;*;aaa ;;tRNA;808445;808520;2;*;gta ;;tRNA;808523;808598;51;*;aaa ;;tRNA;808650;808725;3;*;gta ;;tRNA;808729;808804;48;*;aaa ;;tRNA;808853;808928;33;*;aaa ;;tRNA;808962;809037;277;*;aaa fin;;CDS;809315;810358;;; deb;;CDS;950069;952345;343;*; ;comp;tRNA;952689;952776;253;*;tcc fin;comp;CDS;953030;953248;;; deb;comp;CDS;1047224;1047883;206;*; ;comp;tRNA;1048090;1048177;426;*;tca fin;;CDS;1048604;1049722;;; deb;;CDS;1183734;1184018;463;*; ;;tRNA;1184482;1184558;278;*;aga fin;comp;CDS;1184837;1185786;;; deb;;CDS;1213982;1214809;165;*; ;comp;tRNA;1214975;1215062;233;*;tcc fin;;CDS;1215296;1216234;;; deb;;CDS;1216586;1217098;165;*; ;comp;tRNA;1217264;1217351;234;*;tcc fin;;CDS;1217586;1218524;;; deb;;CDS;1457038;1458129;16;*; ;comp;ncRNA;1458146;1458277;46;*; ;comp;tRNA;1458324;1458408;33;*;tac ;comp;tRNA;1458442;1458526;159;*;tac fin;comp;CDS;1458686;1459528;;; deb;comp;CDS;1829066;1830322;307;*; ;;tRNA;1830630;1830706;4;*;gtc ;;tRNA;1830711;1830787;6;*;gtc fin;;CDS;1830794;1831177;;0; deb;comp;CDS;1831218;1832474;307;*; ;;tRNA;1832782;1832858;4;*;gtc ;;tRNA;1832863;1832939;8;*;gtc fin;;CDS;1832948;1833280;;0; deb;comp;CDS;1833321;1834577;307;*; ;;tRNA;1834885;1834961;4;*;gtc ;;tRNA;1834966;1835042;108;*;gtc fin;;CDS;1835151;1835456;;; deb;;CDS;1857352;1858464;185;*; ;;ncRNA;1858650;1858757;135;*; fin;;CDS;1858893;1859249;;; deb;comp;CDS;2115794;2116459;195;*; ;comp;tRNA;2116655;2116741;12;*;tta ;comp;tRNA;2116754;2116827;53;*;tgc ;comp;tRNA;2116881;2116956;151;*;ggc fin;comp;CDS;2117108;2117656;;; deb;comp;CDS;2191451;2192287;278;*; ;comp;tRNA;2192566;2192655;93;*;tcg deb;;CDS;2192749;2193546;100;*; ;;tRNA;2193647;2193722;161;*;aac fin;;CDS;2193884;2195146;;0; deb;;CDS;2232607;2233323;453;*; ;comp;tRNA;2233777;2233852;326;*;acc fin;;CDS;2234179;2235096;;; deb;;CDS;2235198;2236148;37;*; ;comp;tRNA;2236186;2236261;4;*;aac deb;;CDS;2236266;2237909;100;*; ;;tRNA;2238010;2238085;161;*;aac fin;;CDS;2238247;2239518;;0; deb;;CDS;2546968;2548728;74;*; ;;tRNA;2548803;2548879;125;*;ccc fin;comp;CDS;2549005;2549919;;0; deb;;CDS;2717780;2718712;75;*; ;;tRNA;2718788;2718862;437;*;agg fin;comp;CDS;2719300;2719818;;; deb;comp;CDS;2768744;2770933;206;*; ;comp;tRNA;2771140;2771215;39;*;gcc ;comp;tRNA;2771255;2771330;220;*;gcc fin;;CDS;2771551;2771910;;; deb;comp;CDS;2772355;2773770;258;*; ;;tRNA;2774029;2774104;43;*;gta ;;tRNA;2774148;2774223;46;*;gta ;;tRNA;2774270;2774345;4;*;gta ;;tRNA;2774350;2774425;110;*;aaa fin;comp;CDS;2774536;2775420;;; deb;comp;CDS;2959205;2960503;323;*; ;comp;rRNA;2960827;2960942;1881;*;5s ;comp;rRNA;2962824;2965468;193;*;23s ;comp;tRNA;2965662;2965737;443;*;gaa ;comp;rRNA;2966181;2967720;441;*;16s fin;comp;CDS;2968162;2970735;;; deb;;CDS;2991343;2991825;214;*; ;;tmRNA;2992040;2992402;88;*; fin;comp;CDS;2992491;2992679;;; deb;comp;CDS;3027207;3027773;280;*; ;comp;tRNA;3028054;3028130;63;*;cgt ;comp;tRNA;3028194;3028270;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028333;3028409;62;*;cgt ;comp;tRNA;3028472;3028548;64;*;cgt ;comp;tRNA;3028613;3028689;3;*;cgt ;comp;tRNA;3028693;3028785;315;*;agc fin;comp;CDS;3029101;3029286;;; deb;comp;CDS;3157337;3158434;208;*; ;;tRNA;3158643;3158719;33;*;atgf ;;tRNA;3158753;3158829;33;*;atgf ;;tRNA;3158863;3158939;635;*;atgf fin;;CDS;3159575;3160075;;; deb;;CDS;3230172;3231401;316;*; ;comp;tRNA;3231718;3231791;78;*;ggg fin;comp;CDS;3231870;3232625;;0; deb;;CDS;3287195;3287524;41;*; ;;ncRNA;3287566;3287749;20;*; fin;;CDS;3287770;3288372;;0; deb;;CDS;3341048;3341755;105;*; ;;tRNA;3341861;3341936;197;*;ttc fin;;CDS;3342134;3343399;;; deb;comp;CDS;3569308;3569814;124;*; ;;tRNA;3569939;3570014;53;*;atgi fin;comp;CDS;3570068;3570832;;0; deb;;CDS;3620528;3620746;556;*; ;comp;ncRNA;3621303;3621679;32;*; fin;comp;CDS;3621712;3622857;;; deb;comp;CDS;3670227;3670679;206;*; ;comp;tRNA;3670886;3670962;347;*;atgf fin;;CDS;3671310;3672155;;0; deb;comp;CDS;3673935;3674387;206;*; ;comp;tRNA;3674594;3674670;347;*;atgf fin;;CDS;3675018;3675869;;1; deb;comp;CDS;3677794;3678246;206;*; ;comp;tRNA;3678453;3678529;347;*;atgf fin;;CDS;3678877;3679722;;0; deb;comp;CDS;3681532;3681984;206;*; ;comp;tRNA;3682191;3682267;347;*;atgf fin;;CDS;3682615;3683958;;0; deb;comp;CDS;3683966;3685591;456;*; ;comp;tRNA;3686048;3686134;14;*;ctc fin;comp;CDS;3686149;3686481;;; deb;;CDS;3784553;3785311;62;*; ;comp;rRNA;3785374;3785489;39;*;5s ;comp;tRNA;3785529;3785605;14;*;acc ;comp;rRNA;3785620;3785735;777;*;5s ;comp;tRNA;3786513;3786588;14;*;acc ;comp;rRNA;3786603;3786718;1834;*;5s ;comp;tRNA;3788553;3788628;1360;*;gaa fin;;CDS;3789989;3790543;;1; deb;comp;CDS;4078635;4080242;743;*; ;comp;tRNA;4080986;4081062;91;*;ccg fin;comp;CDS;4081154;4082845;;; deb;comp;CDS;4205966;4207348;292;*; ;;tRNA;4207641;4207735;300;*;tga fin;;CDS;4208036;4208857;;; deb;comp;CDS;4338643;4339335;479;*; ;;rRNA;4339815;4341330;85;*;16s ;;tRNA;4341416;4341491;193;*;gaa ;;rRNA;4341685;4344274;95;*;23s ;;rRNA;4344370;4344485;53;*;5s ;;tRNA;4344539;4344615;8;*;gac ;;tRNA;4344624;4344699;95;*;tgg fin;comp;CDS;4344795;4345634;;0; deb;;CDS;4377681;4379066;102;*; ;;tRNA;4379169;4379245;58;*;cgg ;;tRNA;4379304;4379379;20;*;cac ;;tRNA;4379400;4379486;42;*;ctg ;;tRNA;4379529;4379605;146;*;cca fin;;CDS;4379752;4380987;;0; deb;;CDS;4460971;4461516;377;*; ;;rRNA;4461894;4463619;68;*;16s ;;tRNA;4463688;4463764;42;*;atc ;;tRNA;4463807;4463882;174;*;gca ;;rRNA;4464057;4467326;95;*;23s ;;rRNA;4467422;4467537;104;*;5s fin;comp;CDS;4467642;4468169;;; deb;;CDS;4605577;4606434;374;*; ;;rRNA;4606809;4608350;375;*;16s ;;tRNA;4608726;4608801;1112;*;gaa ;;rRNA;4609914;4610029;136;*;5s fin;;CDS;4610166;4611194;;; deb;comp;CDS;4612185;4613135;361;*; ;;tRNA;4613497;4613572;8;*;aca ;;tRNA;4613581;4613665;116;*;tac ;;tRNA;4613782;4613856;6;*;gga ;;tRNA;4613863;4613938;114;*;acc fin;;CDS;4614053;4615237;;; deb;;CDS;4646462;4648150;436;*; ;;tRNA;4648587;4648662;194;*;gaa ;;rRNA;4648857;4651307;95;*;23s ;;rRNA;4651403;4651518;76;*;5s fin;;CDS;4651595;4651978;;0; deb;comp;CDS;4834504;4834961;197;*; ;comp;tRNA;4835159;4835234;106;*;ttc fin;comp;CDS;4835341;4835916;;; deb;;CDS;4864628;4865173;210;*; ;;tRNA;4865384;4865459;36;*;ggc ;;tRNA;4865496;4865571;35;*;ggc ;;tRNA;4865607;4865682;233;*;ggc fin;;CDS;4865916;4865969;;1; deb;comp;CDS;4974178;4975197;195;*; ;;tRNA;4975393;4975477;39;*;ttg fin;comp;CDS;4975517;4976055;;; deb;;CDS;5042527;5042763;38;*; ;comp;tRNA;5042802;5042888;34;*;ctg ;comp;tRNA;5042923;5043009;28;*;ctg ;comp;tRNA;5043038;5043124;290;*;ctg fin;comp;CDS;5043415;5044446;;0; deb;comp;CDS;5079375;5079581;117;*; ;;rRNA;5079699;5081206;85;*;16s ;;tRNA;5081292;5081368;1174;*;gaa fin;comp;CDS;5082543;5082754;;; deb;comp;CDS;5091016;5091147;1537;*; ;comp;tRNA;5092685;5092760;588;*;gaa deb;comp;CDS;5093349;5093474;592;*; ;;tRNA;5094067;5094142;1472;*;gaa ;;tRNA;5095615;5095691;42;*;atc ;;tRNA;5095734;5095809;2351;*;atc ;;tRNA;5098161;5098236;194;*;gaa ;;rRNA;5098431;5100881;95;*;23s ;;rRNA;5100977;5101092;76;*;5s fin;;CDS;5101169;5101552;;0; deb;comp;CDS;5125261;5125644;76;*; ;comp;rRNA;5125721;5125836;95;*;5s ;comp;rRNA;5125932;5128422;331;*;23s fin;comp;CDS;5128754;5129323;;; deb;comp;CDS;5252659;5253870;300;*; ;comp;tRNA;5254171;5254249;292;*;tga fin;;CDS;5254542;5255171;;; deb;comp;CDS;5305902;5306228;0;*; ;comp;tRNA;5306229;5306302;1096;*;atc fin;;CDS;5307399;5308450;;; deb;comp;CDS;5321441;5321869;206;*; ;comp;tRNA;5322076;5322151;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322191;5322266;39;*;gcc ;comp;tRNA;5322306;5322381;220;*;gcc fin;;CDS;5322602;5322961;;; deb;comp;CDS;5323406;5324821;258;*; ;;tRNA;5325080;5325155;44;*;gta ;;tRNA;5325200;5325275;0;*;gta fin;;CDS;5325276;5325389;;0; deb;comp;CDS;5340863;5341019;385;*; ;comp;rRNA;5341405;5344294;183;*;23s ;comp;tRNA;5344478;5344553;42;*;gca ;comp;tRNA;5344596;5344672;68;*;atc ;comp;rRNA;5344741;5346282;1063;*;16s ;comp;tRNA;5347346;5347421;42;*;gca ;comp;tRNA;5347464;5347540;68;*;atc ;comp;rRNA;5347609;5349150;365;*;16s fin;comp;CDS;5349516;5350088;;0; deb;comp;CDS;5359583;5360512;120;*; ;comp;tRNA;5360633;5360708;42;*;gca ;comp;tRNA;5360751;5360827;68;*;atc ;comp;rRNA;5360896;5362388;672;*;16s fin;comp;CDS;5363061;5363543;;; deb;;CDS;5425965;5426201;150;*; ;comp;tRNA;5426352;5426438;28;*;ctg ;comp;tRNA;5426467;5426553;63;*;ctg fin;comp;CDS;5426617;5427150;;; deb;;CDS;5433568;5433687;39;*; ;comp;tRNA;5433727;5433814;253;*;tcc fin;comp;CDS;5434068;5434286;;; </pre> ===Vibrio campbellii=== ====vha opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_opérons|vha opérons]] <pre> 45.4%GC;26.7.19 Paris;16s 10;121;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd Vibrio campbellii ATCC BAA-1116;;;;;;;;;; comp;1..1384;;16s;@1;103;103;;;; comp;1488..1604;;CDS;;102507;;;;39; ;;;;;;;;;; ;104112..105239;;CDS;;529;*529;;;*376;*529 comp;105769..105845;;atgf;+;158;;*158;;; comp;106004..106079;;ggc;7 ggc;35;;35;;; comp;106115..106190;;ggc;5 atgf;35;;35;;; comp;106226..106301;;ggc;;18;;18;;; comp;106320..106396;;atgf;;39;;39;;; comp;106436..106511;;ggc;;90;;90;;; comp;106602..106678;;atgf;;39;;39;;; comp;106718..106793;;ggc;;18;;18;;; comp;106812..106888;;atgf;;39;;39;;; comp;106928..107003;;ggc;;18;;18;;; comp;107022..107098;;atgf;;39;;39;;; comp;107138..107213;;ggc;;156;156;;;;156 comp;107370..107915;;CDS;;81764;;;;182; ;;;;;;;;;; ;189680..190715;;CDS;;101;101;;;345;101 comp;190817..190933;;5s;;107;;;;; comp;191041..193955;;23s;;290;;;;; comp;194246..194321;;gca;;43;;;43;; comp;194365..194441;;atc;;97;;;;; comp;194539..196096;;16s;@2;371;;;;; comp;196468..196584;;5s;;77;;;;; comp;196662..199576;;23s;;290;;;;; comp;199867..199942;;gca;;43;;;43;; comp;199986..200062;;atc;;97;;;;; comp;200160..201717;;16s;;853;*853;;;;*853 comp;202571..204706;;CDS;;29595;;;;*712; ;;;;;;;;;; comp;234302..235486;;CDS;;101;101;;;395;101 comp;235588..235663;;acc;;13;;13;;; comp;235677..235751;;gga;;35;;35;;; comp;235787..235871;;tac;;52;;52;;; comp;235924..235999;;aca;;206;206;;;; ;236206..237129;;CDS;;4144;;;;308; ;;;;;;;;;; comp;241274..242467;;CDS;;546;*546;;;*398;*546 comp;243014..243090;;tgg;;68;;;68;; comp;243159..243235;;gac;;32;;;;; comp;243268..243384;;5s;;117;;;;; comp;243502..246404;;23s;;310;;;;; comp;246715..246790;;gta;;30;;;30;; comp;246821..246896;;aaa;;2;;;2;; comp;246899..246974;;gaa;;122;;;;; comp;247097..248654;;16s;;554;*554;;;;*554 ;249209..249664;;CDS;;60596;;;;*152; ;;;;;;;;;; ;310261..311296;;CDS;;121;121;;;345;121 comp;311418..311508;;tca;;91;;;;; comp;311600..311716;;5s;;108;;;;; comp;311825..314739;;23s;;289;;;;; comp;315029..315104;;gca;;43;;;43;; comp;315148..315224;;atc;;56;;;;; comp;315281..316842;;16s;;471;*471;;;;*471 comp;317314..318027;;CDS;;40242;;;;*238; ;;;;;;;;;; ;358270..359305;;CDS;;147;147;;;345; comp;359453..359529;;gac;;31;;;;; comp;359561..359677;;5s;;108;;;;; comp;359786..362700;;23s;;310;;;;; comp;363011..363086;;gta;;30;;;30;; comp;363117..363192;;aaa;;2;;;2;; comp;363195..363270;;gaa;;82;;;;; comp;363353..364914;;16s;;83;83;;;;83 comp;364998..365133;;CDS;;84252;;;;45; ;;;;;;;;;; ;449386..449521;;CDS;;83;83;;;45;83 ;449605..451162;;16s;;122;;;;; ;451285..451360;;gaa;;2;;;2;; ;451363..451438;;aaa;;9;;;9;; ;451448..451523;;gca;;37;;;37;; ;451561..451636;;gta;;51;51;;;;51 comp;451688..451873;;CDS;;16;16;;;62;16 ;451890..454804;;23s;;77;;;;; ;454882..454998;;5s;;32;;;;; ;455031..455107;;gac;;162;162;;;; comp;455270..455533;;CDS;;11718;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;467252..467665;;CDS;;361;361;;;138; ;468027..468103;;cgg;;35;;35;;; ;468139..468214;;cac;;76;;76;;; ;468291..468367;;cca;;46;;46;;; ;468414..468489;;cac;;64;;64;;; ;468554..468630;;cca;;194;194;;;;194 comp;468825..469550;;CDS;;365688;;;;242; ;;;;;;;;;; comp;835239..835550;;CDS;;138;138;;;104;138 comp;835689..835764;;atgi;;145;145;;;; comp;835910..837772;;CDS;;182191;;;;621; ;;;;;;;;;; ;1019964..1020128;;CDS;;119;119;;;55; ;1020248..1021805;;16s;;129;;;;; ;1021935..1022010;;gcc;;41;;;41;; ;1022052..1022127;;gaa;;55;55;;;;55 comp;1022183..1022368;;CDS;;16;16;;;62;16 ;1022385..1025299;;23s;;111;;;;; ;1025411..1025527;;5s;;31;;;;; ;1025559..1025635;;gac;;35;;;35;; ;1025671..1025747;;tgg;;3;3;;;;3 comp;1025751..1025933;;CDS;;225465;;;;61; ;;;;;;;;;; ;1251399..1252574;;CDS;;158;158;;;392; comp;1252733..1252817;;cta;+;54;;54;;; comp;1252872..1252946;;caa;5 cta;46;;46;;; comp;1252993..1253077;;cta;3 atgj;21;;21;;; comp;1253099..1253183;;cta;2 caa;18;;18;;; comp;1253202..1253278;;atgj;;23;;23;;; comp;1253302..1253386;;cta;;70;;70;;; comp;1253457..1253533;;atgj;;79;;79;;; comp;1253613..1253687;;caa;;31;;31;;; comp;1253719..1253803;;cta;;39;;39;;; comp;1253843..1253919;;atgj;;26;26;;;;26 comp;1253946..1254157;;CDS;;14564;;;;71; ;;;;;;;;;; comp;1268722..1268862;;CDS;;260;260;;;47; ;1269123..1269199;;cca;;243;243;;;;*243 comp;1269443..1269628;;CDS;;16361;;;;62; ;;;;;;;;;; ;1285990..1286571;;CDS;;88;88;;;194; comp;1286660..1286736;;agg;;68;68;;;;68 comp;1286805..1287938;;CDS;;116753;;;;378; ;;;;;;;;;; comp;1404692..1405552;;CDS;;204;204;;;287;*204 ;1405757..1405833;;aga;;244;244;;;; ;1406078..1407685;;CDS;;49950;;;;536; ;;;;;;;;;; ;1457636..1458508;;CDS;;407;407;;;291; comp;1458916..1459000;;tac;+;100;;100;;; comp;1459101..1459185;;tac;4 tac;100;;100;;; comp;1459286..1459370;;tac;@7;100;;100;;; comp;1459471..1459555;;tac;;282;282;;;;*282 ;1459838..1460935;;CDS;;170368;;;;366; ;;;;;;;;;; ;1631304..1631753;;CDS;;144;144;;;150;144 ;1631898..1631985;;tcc;;312;312;;;; ;1632298..1632684;;CDS;;550413;;;;129; ;;;;;;;;;; ;2183098..2183436;;CDS;;179;179;;;113; ;2183616..2183692;;gtc;+;46;;46;;; ;2183739..2183815;;gtc;2 gtc;149;149;;;;149 ;2183965..2185344;;CDS;;578546;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;2763891..2766782;;CDS;;763;*763;;;*964;*763 comp;2767546..2767621;;ggc;+;11;;11;;; comp;2767633..2767719;;tta;2 ggc;78;;78;;; comp;2767798..2767873;;ggc;;37;;37;;; comp;2767911..2767984;;tgc;;400;400;;;;*400 comp;2768385..2768942;;CDS;;82481;;;;186; ;;;;;;;;;; ;2851424..2851855;;CDS;;62;62;;;144;62 ;2851918..2851992;;gga;;333;333;;;; ;2852326..2852970;;CDS;;133282;;;;215; ;;;;;;;;;; comp;2986253..2986402;;CDS;;1;*1;;;50;1 ;2986404..2986479;;aac;;372;372;;;; ;2986852..2989149;;CDS;;60873;;;;766; ;;;;;;;;;; ;3050023..3051831;;CDS;;139;139;;;603;139 ;3051971..3052061;;tca;;321;321;;;; ;3052383..3053693;;CDS;;384243;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;3437937..3438392;;CDS;;233;233;;;152; comp;3438626..3438702;;atgf;;56;;56;;; comp;3438759..3438842;;ctc;;18;18;;;;18 comp;3438861..3439199;;CDS;;113972;;;;113; ;;;;;;;;;; comp;3553172..3554167;;CDS;;189;189;;;332;189 comp;3554357..3554433;;cgt;+;59;;59;;; comp;3554493..3554569;;cgt;7 cgt;57;;57;;; comp;3554627..3554703;;cgt;2 agc;57;;57;;; comp;3554761..3554837;;cgt;;57;;57;;; comp;3554895..3554971;;cgt;;57;;57;;; comp;3555029..3555105;;cgt;;85;;85;;; comp;3555191..3555282;;agc;;29;;29;;; comp;3555312..3555388;;cgt;;31;;31;;; comp;3555420..3555511;;agc;;243;243;;;; comp;3555755..3555952;;CDS;;83212;;;;66; ;;;;;;;;;; ;3639165..3640295;;CDS;;108;108;;;377;108 ;3640404..3640479;;ttc;+;51;;51;;; ;3640531..3640606;;aca;3 ttc;7;;7;;; ;3640614..3640689;;ttc;2 aca;43;;43;;; ;3640733..3640808;;aac;2 aac;69;;69;;; ;3640878..3640953;;aca;;10;;10;;; ;3640964..3641039;;ttc;;42;;42;;; ;3641082..3641158;;aac;;292;292;;;; ;3641451..3643076;;CDS;;233;233;;;542; ;3643310..3643385;;ttc;;51;;51;;; ;3643437..3643512;;aca;+;21;;21;;; ;3643534..3643609;;aac;2 aca;39;;39;;; ;3643649..3643724;;aca;2 aac;15;;15;;; ;3643740..3643815;;aac;;156;156;;;;156 comp;3643972..3645405;;CDS;;561;*561;;;*478;*561 comp;3645967..3646043;;gac;;31;;;;; comp;3646075..3646191;;5s;;57;;;;; comp;3646249..3646324;;acc;;100;;;;; comp;3646425..3646541;;5s;;111;;;;; comp;3646653..3649567;;23s;;-13;*-13;;;;*-13 comp;3649555..3649797;;CDS;@3;35;35;;;81;35 comp;3649833..3649908;;gca;;43;;;43;; comp;3649952..3650028;;atc;;97;;;;; comp;3650126..3651683;;16s;;557;*557;;;;*557 comp;3652241..3653491;;CDS;;9514;;;;*417; ;;;;;;;;;; comp;3663006..3663598;;CDS;;181;181;;;198; comp;3663780..3663864;;ttg;;177;177;;;;177 comp;3664042..3664707;;CDS;;93515;;;;222; ;;;;;;;;;; ;3758223..3759258;;CDS;;578;*578;;;*345;*578 comp;3759837..3759913;;gac;;68;;;;; comp;3759982..3760098;;5s;;111;;;;; comp;3760210..3763124;;23s;;290;;;;; comp;3763415..3763490;;gca;;43;;;43;; comp;3763534..3763610;;atc;;97;;;;; comp;3763708..3765265;;16s;;86;;;;; comp;3765351;;16s;début;;;;;; Chromosome II;;;;;;;;;; comp;673782..674186;;CDS;;358;358;;;135; comp;674545..674635;;tca;;329;329;;;;*329 ;674965..675645;;CDS;;205537;;;;227; ;;;;;;;;;; ;881183..882640;;CDS;;244;244;;;486;*244 ;882885..882958;;tgc;;302;302;;;; ;883261..883725;;CDS;;1229;;;;155; ;;;;;;;;;; ;884955..886649;;CDS;;245;245;;;565;*245 ;886895..886981;;tta;;97;;97;;; ;887079..887154;;ggc;;5;;5;;; ;887160..887233;;tgc;;317;317;;;; ;887551..889074;;CDS;;465;;;;508; ;;;;;;;;;; comp;889540..890328;;CDS;;386;386;;;263; ;890715..890801;;tta;+;53;;53;;; ;890855..890928;;tgc;2 tgc;181;;*181;;; ;891110..891183;;tgc;;366;366;;;;*366 ;891550..891891;;CDS;;443950;;;;114; ;;;;;;;;;; ;1335842..1336042;;CDS;;17;17;;;;17 ;1336060..1336134;;gga;;272;272;;;; comp;1336407..1337222;;CDS;;505333;;;;272; ;;;;;;;;;; ;1842556..1842741;;CDS;;-36;*-36;;;62;*-36 ;1842706..1842789;;ctc;;29;29;;;;29 ;1842819..1843430;;CDS;;77699;;;;204; ;;;;;;;;;; ;1921130..1921561;;CDS;;62;62;;;144;62 ;1921624..1921698;;gga;;337;337;;;; comp;1922036..1922209;;CDS;;15660;;;;58; ;;;;;;;;;; comp;1937870..1939129;;CDS;;84;84;;;420; comp;1939214..1939304;;tca;;90;;;;; comp;1939395..1939511;;5s;;77;;;;; comp;1939589..1942503;;23s;;306;;;;; comp;1942810..1942885;;gta;;35;;;35;; comp;1942921..1942996;;gca;;24;;;24;; comp;1943021..1943096;;aaa;;2;;;2;; comp;1943099..1943174;;gaa;;114;;;;; comp;1943289..1944850;;16s;;83;83;;;;83 comp;1944934..1945071;;CDS;;;;;;46; </pre> ====vha cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_cumuls|vha cumuls]] <pre> vha cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;11;1;0;0;1;3;1;1;100;17 ;16 aas 23 5s ;3;20;10;5;50;8;20;5;200;17 ;16 atc gca;4;40;17;6;100;10;40;3;300;10 ;16 cds 23 5s ;3;60;16;6;150;12;60;2;400;13 ;max a;5;80;6;1;200;9;80;3;500;6 ;a doubles;0;100;6;0;250;9;100;3;600;4 ;spéciaux;1;120;0;0;300;4;120;3;700;2 ;total aas;37;140;0;0;350;7;140;3;800;2 sans ;opérons;27;160;1;0;400;6;160;4;900;0 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;1;1000;1 ;max a;12;200;1;0;500;1;200;2;1100;0 ;a doubles;10;;0;0;;8;;8;;0 ;total aas;84;;57;18;;78;;38;;72 total aas;;121;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;30;;;;;;266 ;;;variance;;19;;;;;;199 sans jaune;;;moyenne;46;;;183;;86;;240 ;;;variance;25;;;114;;59;;178 </pre> ====vha blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_blocs|vha blocs]] <pre> vha blocs;;;;;;; cds;853;cds;471;cds;103 $16s;97;$16s;56;$16s;<u>86 atc;43;atc;43;$16s;97 gca;290;gca;289;atc;43 $23s;77;$23s;108;gca;290 $5s;<u>371;$5s;91;$23s;111 $16s;97;tca;121;$5s;68 atc;43;cds;;gac;578 gca;290;;;cds; $23s;107;;;; $5s;101;;;; cds;;;;; ;;;;; cds;554;cds;83;cds;119 $16s;122;$16s;82;$16s;129 gaa;2;gaa;2;gcc;41 aaa;30;aaa;30;gaa;55 gta;310;gta;310;&cds;16 $23s;117;$23s;108;$23s;111 $5s;32;$5s;31;$5s;31 gac;68;gac;147;gac;35 tgg;546;cds;;tgg;3 cds;;;;cds; ;;;;; cds;83;cds;83;cds;557 $16s;114;$16s;122;$16s;97 gaa;2;gaa;2;atc;43 aaa;24;aaa;9;gca;35 gca;35;gca;37;&cds;-13 gta;306;gta;51;$23s;111 $23s;77;&cds;16;$5s;100 $5s;90;$23s;77;acc;57 tca;84;$5s;32;$5s;31 cds;;gac;162;gac;561 ;;cds;;cds; </pre> ====vha distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha_distribution|vha distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt;;cta2;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc;;tac4;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;tgc2;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;cgt6;ttc;4;tcc;;tac;1;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;4;tgc;2;cgt6;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;4;agc;2;ggc3;atc;;acc;;aac;;agc;;ggc3;atc;;acc;1;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;2;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;6;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5;acc 5s + 1 >a;gtc;2;gcc;;gac;;ggc;3;acc 5s + 1 >a;gtc;;gcc;;gac;6;ggc; tta;;tca;2;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;3;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;;taa;;tga;;tca 2 5s+ 2 a;tta;;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;gga 1>a + 3a;ata;;aca;5;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga;;gga 1>a + 3a;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;3;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;3;séquences;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;;acg;;aag;;agg;1;(cac cca)2;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;cgt5 (cgt agc)2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;ttc (aca aac)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(atgf ggc) ggc2 (atgf ggc)4;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total vha;;14;;;;;14;ttc aca (ttc aac) aca (ttc aac);vha;51;;;;;;51;;vha;19;;;;;;19;;vha;;;;11;;;11 </pre> ====vha1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_données_intercalaires|vha1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha1;fx;fc;vha1;fx40;fc40;vha1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;3;9;0;3;9;-1;0;98;cont;x;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;246;1;1;30;-2;0;0;156;529;631;554;125;;;158;;atgf ;1;20;16;193;2;1;40;-3;0;2;101;206;853;492;2* 95;;;35;;ggc ;0;30;16;96;3;2;39;-4;9;141;546;121;471;;135;;;35;;ggc ;0;40;29;76;4;0;17;-5;0;1;138;147;451;;2* 126;;;18;;ggc ;0;50;22;55;5;1;25;-6;1;0;145;162;543;;3* 129;;;39;;atgf ;0;60;37;90;6;0;11;-7;0;10;284;361;557;;16s tRNA;;;90;;ggc ;2;70;64;61;7;1;13;-8;1;37;497;194;5s CDS;;4* 102;;atc;39;;atgf ;0;80;43;62;8;2;16;-9;1;0;68;260;;101;65;;atc;18;;ggc 1;0;90;46;56;9;0;31;-10;0;2;159;158;5s 16s;;2* 127;;gaa;39;;atgf ;0;100;41;55;10;3;24;-11;1;26;144;260;371;;91;;gaa;18;;ggc ;2;110;40;59;11;0;21;-12;0;0;312;88;16s 16s;;134;;gcc;39;;atgf ;0;120;28;67;12;0;32;-13;0;4;179;204;0;deb fin chr c;tRNA 23s;;;**;;ggc 1;0;130;23;55;13;1;27;-14;0;20;149;407;;;3* 297;;gca;13;;acc ;2;140;24;54;14;2;27;-15;2;0;763;282;;;2* 317;;gta;35;;gga 1;3;150;24;51;15;0;13;-16;0;3;400;558;;;296;;gca;52;;tac 2;2;160;28;54;16;3;9;-17;0;11;62;321;;;272;;gca;**;;aca 1;0;170;20;38;17;2;18;-18;0;0;363;156;;;260;;gta;35;;cgg ;2;180;22;45;18;1;22;-19;0;4;372;578;;;264;;gaa;76;;cac ;2;190;18;35;19;2;11;-20;0;13;139;;;;5s tRNA;;;46;;cca 1;0;200;17;30;20;5;13;-21;1;0;233;;;;2* 32;;gac;64;;cac 2;0;210;15;38;21;1;15;-22;1;1;18;;;;3* 31;;gac;**;;cca ;0;220;17;25;22;4;8;-23;0;5;189;;;;68;;gac;54;;cta ;0;230;15;27;23;1;11;-24;0;0;243;;;;91;;tca;46;;caa ;2;240;21;26;24;3;9;-25;0;1;108;;;;100;;acc;21;;cta ;1;250;10;21;25;0;9;-26;0;2;292;;;;tRNA 5s;;;18;;cta 2;0;260;16;22;26;1;8;-27;0;0;233;;;;57;;acc;23;;atgj ;0;270;10;16;27;2;12;-28;0;0;558;;;;tRNA tRNA;;intra;70;;cta ;0;280;14;16;28;2;8;-29;0;1;181;;;;5* 43;;gca;79;;atgj 1;1;290;12;15;29;1;7;-30;0;0;177;;;;**;;atc;31;;caa ;1;300;15;17;30;1;9;-31;0;0;;;;;2* 30;;gta;39;;cta ;0;310;8;20;31;3;11;-32;1;5;;;;;2* 2;;aaa;**;;atgj ;1;320;7;13;32;3;6;-33;0;0;;;;;**;;gaa;100;;tac 1;0;330;15;9;33;3;6;-34;0;1;;;;;2;;gaa;100;;tac ;0;340;8;9;34;3;8;-35;0;5;;;;;9;;aaa;100;;tac ;0;350;15;7;35;1;6;-36;0;0;;;;;37;;gca;**;;tac ;0;360;7;7;36;1;8;-37;0;0;;;;;**;;gta;46;;gtc 1;1;370;7;6;37;5;5;-38;1;3;;;;;41;;gcc;**;;gtc ;1;380;4;7;38;5;9;-39;0;0;;;;;**;;gaa;11;;ggc ;0;390;7;7;39;2;7;-40;0;1;;;;;tRNA contig;;contig;78;;tta ;1;400;14;4;40;3;10;-41;1;0;;;;;68;;tgg;37;;ggc 4;4;reste;125;146;reste;859;1325;-42;0;0;;;;;**;;gac;**;;tgc 18;29;total;934;1945;total;934;1945;-43;0;0;;;;;35;;gac;56;;atgf 14;25;diagr;806;1790;diagr;72;611;-44;1;2;;;;;**;;tgg;**;;ctc 0;1;t30;43;535;;;;-45;0;0;;;;;;;;59;;cgt ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;57;;cgt ;x;931;25;3;959;;;-49;0;0;;;;;;;;57;;cgt ;c;1936;402;9;2347;;;-50;2;3;;;;;;;;85;;cgt ;;;;;3306;190;;reste;0;0;;;;;;;;29;;agc ;;;;;;3496;;total;25;402;;;;;;;;31;;cgt ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;agc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;7;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;43;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;69;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;10;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;42;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;51;;ttc ;;;;;;;;;;;;;;;;;;21;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;aac ;;;;;;;;;;;;;;;;;;15;;aca ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;aac </pre> ====vha1 autres intercalaires aas==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha1_autres_intercalaires_aas|autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha1;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;comp;rRNA;1;1384;631;*;1384 fin;comp;CDS;2016;2795;;; deb;;CDS;104112;105239;529;*; ;comp;tRNA;105769;105845;158;*;atgf ;comp;tRNA;106004;106079;35;*;ggc ;comp;tRNA;106115;106190;35;*;ggc ;comp;tRNA;106226;106301;18;*;ggc ;comp;tRNA;106320;106396;39;*;atgf ;comp;tRNA;106436;106511;90;*;ggc ;comp;tRNA;106602;106678;39;*;atgf ;comp;tRNA;106718;106793;18;*;ggc ;comp;tRNA;106812;106888;39;*;atgf ;comp;tRNA;106928;107003;18;*;ggc ;comp;tRNA;107022;107098;39;*;atgf ;comp;tRNA;107138;107213;156;*;ggc fin;comp;CDS;107370;107915;;0; deb;;CDS;189680;190715;101;*; ;comp;rRNA;190817;190933;125;*;117 ;comp;rRNA;191059;193948;297;*;2890 ;comp;tRNA;194246;194321;43;*;gca ;comp;tRNA;194365;194441;102;*;atc ;comp;rRNA;194544;196096;371;*;1553 ;comp;rRNA;196468;196584;95;*;117 ;comp;rRNA;196680;199569;297;*;2890 ;comp;tRNA;199867;199942;43;*;gca ;comp;tRNA;199986;200062;102;*;atc ;comp;rRNA;200165;201717;853;*;1553 fin;comp;CDS;202571;204706;;; deb;comp;CDS;234302;235486;101;*; ;comp;tRNA;235588;235663;13;*;acc ;comp;tRNA;235677;235751;35;*;gga ;comp;tRNA;235787;235871;52;*;tac ;comp;tRNA;235924;235999;206;*;aca fin;;CDS;236206;237129;;0; deb;comp;CDS;241274;242467;546;*; ;comp;tRNA;243014;243090;68;*;tgg ;comp;tRNA;243159;243235;32;*;gac ;comp;rRNA;243268;243384;135;*;117 ;comp;rRNA;243520;246397;317;*;2878 ;comp;tRNA;246715;246790;30;*;gta ;comp;tRNA;246821;246896;2;*;aaa ;comp;tRNA;246899;246974;127;*;gaa ;comp;rRNA;247102;248654;554;*;1553 fin;;CDS;249209;249664;;1; deb;comp;CDS;251637;253490;57;*; ;comp;regulatory;253548;253749;184;*; fin;;CDS;253934;255043;;0; deb;;CDS;310261;311296;121;*; ;comp;tRNA;311418;311508;91;*;tca ;comp;rRNA;311600;311716;126;*;117 ;comp;rRNA;311843;314732;296;*;2890 ;comp;tRNA;315029;315104;43;*;gca ;comp;tRNA;315148;315224;65;*;atc ;comp;rRNA;315290;316842;471;*;1553 fin;comp;CDS;317314;318027;;; deb;comp;CDS;352647;354587;165;*; ;comp;regulatory;354753;354851;61;*; fin;comp;CDS;354913;355296;;; deb;;CDS;358270;359305;147;*; ;comp;tRNA;359453;359529;31;*;gac ;comp;rRNA;359561;359677;126;*;117 ;comp;rRNA;359804;362693;317;*;2890 ;comp;tRNA;363011;363086;30;*;gta ;comp;tRNA;363117;363192;2;*;aaa ;comp;tRNA;363195;363270;91;*;gaa ;comp;rRNA;363362;364914;492;*;1553 fin;;CDS;365407;365958;;0; deb;;CDS;448626;449153;451;*; ;;rRNA;449605;451157;127;*;1553 ;;tRNA;451285;451360;2;*;gaa ;;tRNA;451363;451438;9;*;aaa ;;tRNA;451448;451523;37;*;gca ;;tRNA;451561;451636;260;*;gta ;;rRNA;451897;454786;95;*;2890 ;;rRNA;454882;454998;32;*;117 ;;tRNA;455031;455107;162;*;gac fin;comp;CDS;455270;455566;;; deb;comp;CDS;467252;467665;361;*; ;;tRNA;468027;468103;35;*;cgg ;;tRNA;468139;468214;76;*;cac ;;tRNA;468291;468367;46;*;cca ;;tRNA;468414;468489;64;*;cac ;;tRNA;468554;468630;194;*;cca fin;comp;CDS;468825;469550;;0; deb;;CDS;769806;770444;32;*; ;;regulatory;770477;770626;68;*; fin;;CDS;770695;771687;;; deb;comp;CDS;835239;835550;138;*; ;comp;tRNA;835689;835764;145;*;atgi fin;comp;CDS;835910;837772;;; deb;;CDS;883125;883988;533;*; ;;ncRNA;884522;884950;176;*; fin;;CDS;885127;886077;;; deb;comp;CDS;941166;941636;439;*; ;;misc_f;942076;942195;53;*; fin;;CDS;942249;944708;;; deb;comp;CDS;1010675;1011853;13;*; ;comp;misc_f;1011867;1011988;108;*; fin;comp;CDS;1012097;1012423;;; deb;;CDS;1017131;1019704;543;*; ;;rRNA;1020248;1021800;134;*;1553 ;;tRNA;1021935;1022010;41;*;gcc ;;tRNA;1022052;1022127;264;*;gaa ;;rRNA;1022392;1025281;129;*;2890 ;;rRNA;1025411;1025527;31;*;117 ;;tRNA;1025559;1025635;35;*;gac ;;tRNA;1025671;1025747;260;*;tgg fin;comp;CDS;1026008;1026983;;0; deb;comp;CDS;1138561;1139793;183;*; ;comp;tmRNA;1139977;1140344;68;*; fin;comp;CDS;1140413;1140898;;0; deb;;CDS;1251399;1252574;158;*; ;comp;tRNA;1252733;1252817;54;*;cta ;comp;tRNA;1252872;1252946;46;*;caa ;comp;tRNA;1252993;1253077;21;*;cta ;comp;tRNA;1253099;1253183;18;*;cta ;comp;tRNA;1253202;1253278;23;*;atgj ;comp;tRNA;1253302;1253386;70;*;cta ;comp;tRNA;1253457;1253533;79;*;atgj ;comp;tRNA;1253613;1253687;31;*;caa ;comp;tRNA;1253719;1253803;39;*;cta ;comp;tRNA;1253843;1253919;284;*;atgj fin;comp;CDS;1254204;1255295;;; deb;comp;CDS;1268722;1268862;260;*; ;;tRNA;1269123;1269199;497;*;cca fin;;CDS;1269697;1270497;;0; deb;;CDS;1286065;1286571;88;*; ;comp;tRNA;1286660;1286736;68;*;agg fin;comp;CDS;1286805;1287938;;0; deb;comp;CDS;1404692;1405552;204;*; ;;tRNA;1405757;1405833;159;*;aga fin;;CDS;1405993;1407685;;; deb;;CDS;1457636;1458508;407;*; ;comp;tRNA;1458916;1459000;100;*;tac ;comp;tRNA;1459101;1459185;100;*;tac ;comp;tRNA;1459286;1459370;100;*;tac ;comp;tRNA;1459471;1459555;282;*;tac fin;;CDS;1459838;1460935;;; deb;;CDS;1470331;1472328;142;*; ;;ncRNA;1472471;1472567;143;*; fin;;CDS;1472711;1473337;;; deb;comp;CDS;1587286;1587876;116;*; ;comp;regulatory;1587993;1588082;279;*; fin;comp;CDS;1588362;1589366;;; deb;;CDS;1631304;1631753;144;*; ;;tRNA;1631898;1631985;312;*;tcc fin;;CDS;1632298;1632684;;; deb;;CDS;1842140;1843741;180;*; ;;misc_f;1843922;1844060;53;*; fin;;CDS;1844114;1845010;;; deb;;CDS;2183098;2183436;179;*; ;;tRNA;2183616;2183692;46;*;gtc ;;tRNA;2183739;2183815;149;*;gtc fin;;CDS;2183965;2185344;;; deb;comp;CDS;2484550;2484708;529;*; ;;regulatory;2485238;2485339;116;*; fin;;CDS;2485456;2486832;;; deb;comp;CDS;2763891;2766782;763;*; ;comp;tRNA;2767546;2767621;11;*;ggc ;comp;tRNA;2767633;2767719;78;*;tta ;comp;tRNA;2767798;2767873;37;*;ggc ;comp;tRNA;2767911;2767984;400;*;tgc fin;comp;CDS;2768385;2768942;;; deb;;CDS;2780030;2780155;-54;*; ;;misc_f;2780102;2780205;125;*; fin;;CDS;2780331;2781896;;; deb;;CDS;2851424;2851855;62;*; ;;tRNA;2851918;2851992;363;*;gga fin;;CDS;2852356;2852970;;0; deb;comp;CDS;2977057;2978046;-12;*; ;comp;regulatory;2978035;2978168;175;*; fin;;CDS;2978344;2979249;;0; deb;comp;CDS;2983815;2985845;558;*; ;;tRNA;2986404;2986479;372;*;aac fin;;CDS;2986852;2989149;;; deb;;CDS;3050023;3051831;139;*; ;;tRNA;3051971;3052061;321;*;tca fin;comp;CDS;3052383;3053693;;; deb;comp;CDS;3437937;3438392;233;*; ;comp;tRNA;3438626;3438702;56;*;atgf ;comp;tRNA;3438759;3438842;18;*;ctc fin;comp;CDS;3438861;3439199;;; deb;comp;CDS;3553172;3554167;189;*; ;comp;tRNA;3554357;3554433;59;*;cgt ;comp;tRNA;3554493;3554569;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554627;3554703;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554761;3554837;57;*;cgt ;comp;tRNA;3554895;3554971;57;*;cgt ;comp;tRNA;3555029;3555105;85;*;cgt ;comp;tRNA;3555191;3555282;29;*;agc ;comp;tRNA;3555312;3555388;31;*;cgt ;comp;tRNA;3555420;3555511;243;*;agc fin;comp;CDS;3555755;3555952;;; deb;;CDS;3603439;3603747;8;*; ;;ncRNA;3603756;3603940;5;*; fin;;CDS;3603946;3604539;;; deb;;CDS;3639165;3640295;108;*; ;;tRNA;3640404;3640479;51;*;ttc ;;tRNA;3640531;3640606;7;*;aca ;;tRNA;3640614;3640689;43;*;ttc ;;tRNA;3640733;3640808;69;*;aac ;;tRNA;3640878;3640953;10;*;aca ;;tRNA;3640964;3641039;42;*;ttc ;;tRNA;3641082;3641158;292;*;aac deb;;CDS;3641451;3643076;233;*; ;;tRNA;3643310;3643385;51;*;ttc ;;tRNA;3643437;3643512;21;*;aca ;;tRNA;3643534;3643609;39;*;aac ;;tRNA;3643649;3643724;15;*;aca ;;tRNA;3643740;3643815;156;*;aac deb;comp;CDS;3643972;3645408;558;*; ;comp;tRNA;3645967;3646043;31;*;gac ;comp;rRNA;3646075;3646191;57;*;117 ;comp;tRNA;3646249;3646324;100;*;acc ;comp;rRNA;3646425;3646541;129;*;117 ;comp;rRNA;3646671;3649560;272;*;2890 ;comp;tRNA;3649833;3649908;43;*;gca ;comp;tRNA;3649952;3650028;102;*;atc ;comp;rRNA;3650131;3651683;557;*;1553 fin;comp;CDS;3652241;3653491;;; deb;comp;CDS;3663006;3663598;181;*; ;comp;tRNA;3663780;3663864;177;*;ttg fin;comp;CDS;3664042;3664707;;0; deb;;CDS;3758223;3759258;578;*; ;comp;tRNA;3759837;3759913;68;*;gac ;comp;rRNA;3759982;3760098;129;*;117 ;comp;rRNA;3760228;3763117;297;*;2890 ;comp;tRNA;3763415;3763490;43;*;gca ;comp;tRNA;3763534;3763610;102;*;atc ;comp;rRNA;3763713;3765265;0;*;1553 </pre> ====vha2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_données_intercalaires|vha2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;vha2;fx;fc;vha2;fx40;fc40;vha2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;1;16;0;1;16;-1;0;62;412;329;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;14;120;1;0;14;-2;2;0;244;386;448;;95;;;97;;tta ;0;20;14;97;2;2;14;-3;0;0;302;325;;;16s tRNA;;;5;;ggc ;1;30;14;53;3;0;13;-4;3;77;245;272;;;123;;gaa;**;;tgc ;0;40;15;19;4;1;13;-5;0;1;317;337;;;tRNA 23s;;;53;;tta ;0;50;15;35;5;2;6;-6;2;0;366;;;;313;;gta;181;;tgc ;0;60;25;50;6;1;5;-7;0;4;-36;;;;5s tRNA;;;**;;tgc ;1;70;33;42;7;2;2;-8;0;22;29;;;;90;;tca;;; ;0;80;38;39;8;1;11;-9;1;0;62;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;1;90;31;35;9;2;27;-10;0;2;84;;;;35;;gta;;; ;0;100;31;34;10;3;15;-11;4;17;;;;;24;;gca;;; ;0;110;26;25;11;1;18;-12;0;0;;;;;2;;aaa;;; ;0;120;31;48;12;2;25;-13;0;2;;;;;**;;gaa;;; ;0;130;20;32;13;0;7;-14;0;11;;;;;;;;;; ;0;140;20;30;14;2;12;-15;1;0;;;;;;;;;; ;0;150;21;24;15;1;8;-16;0;1;;;;;;;;;; ;0;160;12;21;16;0;7;-17;0;8;;;;;;;;;; ;0;170;13;23;17;2;4;-18;0;0;;;;;;;;;; ;0;180;13;21;18;0;6;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;14;15;19;4;7;-20;1;1;;;;;;;;;; ;0;200;13;11;20;2;3;-21;0;0;;;;;;;;;; ;0;210;11;20;21;1;9;-22;0;0;;;;;;;;;; ;0;220;12;20;22;2;10;-23;0;2;;;;;;;;;; ;0;230;11;15;23;3;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;0;240;15;14;24;1;3;-25;0;0;;;;;;;;;; ;2;250;9;9;25;1;2;-26;0;3;;;;;;;;;; ;0;260;11;12;26;2;9;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;9;17;27;1;3;-28;0;0;;;;;;;;;; 1;0;280;8;10;28;0;4;-29;1;2;;;;;;;;;; ;0;290;13;13;29;3;4;-30;0;0;;;;;;;;;; ;0;300;6;13;30;0;4;-31;1;1;;;;;;;;;; ;1;310;14;7;31;0;3;-32;3;1;;;;;;;;;; ;1;320;6;5;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;; 2;0;330;7;6;33;3;2;-34;0;1;;;;;;;;;; 1;0;340;7;7;34;2;1;-35;0;4;;;;;;;;;; ;0;350;7;5;35;3;2;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;4;4;36;1;1;-37;0;0;;;;;;;;;; ;1;370;9;5;37;2;1;-38;0;1;;;;;;;;;; ;0;380;10;7;38;0;1;-39;1;0;;;;;;;;;; 1;0;390;5;4;39;1;1;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;8;40;1;1;-41;0;0;;;;;;;;;; ;1;reste;96;84;reste;631;770;-42;0;0;;;;;;;;;; 5;10;total;689;1075;total;689;1075;-43;0;0;;;;;;;;;; 5;8;diagr;592;975;diagr;57;289;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;1;t30;42;270;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;2;0;;;;;;;;;; ;x;688;25;1;714;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1059;227;16;1302;;;-50;3;3;;;;;;;;;; ;;;;;2016;33;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;2049;;total;25;227;;;;;;;;;; </pre> =====vha2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#vha2_autres_intercalaires_aas|vha2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;vha2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;545001;545657;173;*; ;comp;regulatory;545831;545971;122;*; fin;comp;CDS;546094;546711;;; deb;comp;CDS;673809;674132;412;*; ;comp;tRNA;674545;674635;329;*;tca fin;;CDS;674965;675645;;; deb;;CDS;881183;882640;244;*; ;;tRNA;882885;882958;302;*;tgc fin;;CDS;883261;883725;;; deb;;CDS;884955;886649;245;*; ;;tRNA;886895;886981;97;*;tta ;;tRNA;887079;887154;5;*;ggc ;;tRNA;887160;887233;317;*;tgc fin;;CDS;887551;889074;;; deb;comp;CDS;889540;890328;386;*; ;;tRNA;890715;890801;53;*;tta ;;tRNA;890855;890928;181;*;tgc ;;tRNA;891110;891183;366;*;tgc fin;;CDS;891550;891992;;; deb;comp;CDS;1335216;1335734;325;*; ;;tRNA;1336060;1336134;272;*;gga fin;comp;CDS;1336407;1337222;;; deb;;CDS;1582077;1582217;305;*; ;;regulatory;1582523;1582622;100;*; fin;;CDS;1582723;1583730;;; deb;;CDS;1842556;1842741;-36;*; ;;tRNA;1842706;1842789;29;*;ctc fin;;CDS;1842819;1843430;;0; deb;;CDS;1921130;1921561;62;*; ;;tRNA;1921624;1921698;337;*;gga fin;comp;CDS;1922036;1922209;;; deb;comp;CDS;1937870;1939129;84;*; ;comp;tRNA;1939214;1939304;90;*;tca ;comp;rRNA;1939395;1939511;95;*;117 ;comp;rRNA;1939607;1942496;313;*;2890 ;comp;tRNA;1942810;1942885;35;*;gta ;comp;tRNA;1942921;1942996;24;*;gca ;comp;tRNA;1943021;1943096;2;*;aaa ;comp;tRNA;1943099;1943174;123;*;gaa ;comp;rRNA;1943298;1944850;468;*;1553 fin;comp;CDS;1945319;1945843;;0; deb;comp;CDS;1948023;1949408;356;*; ;;regulatory;1949765;1949875;108;*; fin;;CDS;1949984;1950871;;; </pre> ===Aeromonas media WS=== ====amed opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed opérons]] <pre> 61.2%GC;25.7.19 Paris;16s ;126;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Aeromonas media WS;;;;;;;;;; ;6590..7159;;CDS;;3;;;;190; ;;;;;;;;;; comp;7163..8359;;CDS;;512;*512;;;399; ;8872..10421;;16s;;66;;;;; ;10488..10564;;atc;;10;;;10;; ;10575..10650;;gca;;231;;;;; ;10882..13800;;23s;;98;;;;; ;13899..14013;;5s;;386;*386;;;;*386 ;14400..14717;;CDS;;102422;;;;106; ;;;;;;;;;; ;117140..117850;;CDS;;47;47;;;237;47 ;117898..117973;;ttc;;52;;52;;; ;118026..118101;;aca;;3;;3;;; ;118105..118180;;ttc;;45;;45;;; ;118226..118301;;aac;;252;252;;;; ;118554..119573;;CDS;;50489;;;;340; ;;;;;;;;;; comp;170063..170329;;CDS;;103;103;;;89;103 comp;170433..170518;;ctg;+;71;;71;;; comp;170590..170675;;ctg;5 ctg;46;;46;;; comp;170722..170807;;ctg;;46;;46;;; comp;170854..170939;;ctg;;51;;51;;; comp;170991..171076;;ctg;;116;116;;;; comp;171193..172653;;CDS;;146173;;;;487; ;;;;;;;;;; ;318827..320692;;CDS;;190;190;;;622;190 ;320883..320959;;atgi;;244;244;;;; comp;321204..323780;;CDS;;62601;;;;*859; ;;;;;;;;;; ;386382..386732;;CDS;;514;*514;;;117; ;387247..388802;;16s;;268;;;;; ;389071..389146;;gaa;;245;;;;; ;389392..392312;;23s;;104;;;;; ;392417..392531;;5s;;268;268;;;;268 comp;392800..394413;;CDS;;81847;;;;538; ;;;;;;;;;; ;476261..476482;;CDS;;64;64;;;74;64 comp;476547..476622;;aac;;5;;5;;; comp;476628..476703;;ttc;;622;*622;;;; ;477326..477547;;CDS;;22721;;;;*74; ;;;;;;;;;; ;500269..500814;;CDS;;177;177;;;182;177 ;500992..501067;;ggc;+;24;;24;;; ;501092..501167;;ggc;6 ggc;29;;29;;; ;501197..501272;;ggc;;38;;38;;; ;501311..501386;;ggc;;25;;25;;; ;501412..501487;;ggc;;23;;23;;; ;501511..501586;;ggc;;363;*363;;;; comp;501950..502159;;CDS;;4810;;;;70; ;;;;;;;;;; ;506970..507110;;CDS;;236;236;;;47;236 ;507347..507422;;gcc;+;28;;28;;; ;507451..507526;;gcc;5 gcc;66;;66;;; ;507593..507668;;gcc;;58;;58;;; ;507727..507802;;gcc;;40;;40;;; ;507843..507918;;gcc;;471;*471;;;; ;508390..508473;;riboswitch;@1;134002;;;;28; ;;;;;;;;;; ;642476..642802;;CDS;;9;9;;;109;9 ;642812..642896;;ctc;;91;;91;;; ;642988..643064;;atgf;;166;166;;;; ;643231..643689;;CDS;;128528;;;;153; ;;;;;;;;;; ;772218..774050;;CDS;;195;195;;;611;195 comp;774246..774329;;cta;+;8;;8;;; comp;774338..774414;;atg;3 atg;38;;38;;; comp;774453..774527;;caa;4 caa;47;;47;;; comp;774575..774649;;caa;;17;;17;;; comp;774667..774743;;atg;;35;;35;;; comp;774779..774853;;caa;;47;;47;;; comp;774901..774975;;caa;;13;;13;;; comp;774989..775065;;atg;;235;235;;;; comp;775301..776392;;CDS;;3148;;;;364; ;;;;;;;;;; comp;779541..780557;;CDS;;104;104;;;339;104 comp;780662..780736;;caa;;-21;*-21;;;;*-21 comp;780716..781612;;CDS;;373301;;;;299; ;;;;;;;;;; comp;1154914..1155384;;CDS;;131;131;;;157;131 comp;1155516..1155592;;ccc;;226;226;;;; comp;1155819..1157162;;CDS;;67691;;;;448; ;;;;;;;;;; comp;1224854..1226290;;CDS;;301;301;;;479; comp;1226592..1226667;;aac;;2;;2;;; comp;1226670..1226744;;gga;;164;164;;;;164 comp;1226909..1227181;;CDS;;13604;;;;91; ;;;;;;;;;; comp;1240786..1241733;;CDS;;350;*350;;;316; comp;1242084..1242156;;aac;+;2;;2;;; comp;1242159..1242234;;aac;2 aac;49;49;;;;49 ;1242284..1242496;;CDS;;294;;;;71; ;;;;;;;;;; ;1242791..1244527;;CDS;;181;181;;;579;181 ;1244709..1244796;;tcc;;407;*407;;;; ;1245204..1246064;;CDS;;161293;;;;287; ;;;;;;;;;; comp;1407358..1408338;;CDS;;410;*410;;;327; comp;1408749..1408836;;tcc;;177;177;;;;177 comp;1409014..1409631;;CDS;;34595;;;;206; ;;;;;;;;;; ;1444227..1444688;;CDS;;146;146;;;154; ;1444835..1444922;;tcc;;127;127;;;;127 ;1445050..1446834;;CDS;;14349;;;;595; ;;;;;;;;;; comp;1461184..1462401;;CDS;;163;163;;;406;163 comp;1462565..1462640;;cac;;124;;124;;; comp;1462765..1462838;;aga;;240;240;;;; comp;1463079..1464389;;CDS;;61984;;;;437; ;;;;;;;;;; comp;1526374..1527606;;CDS;;151;151;;;411;151 comp;1527758..1527833;;cac;;123;;123;;; comp;1527957..1528033;;aga;;36;;36;;; comp;1528070..1528146;;cca;;203;203;;;; ;1528350..1529207;;CDS;;60230;;;;286; ;;;;;;;;;; ;1589438..1589644;;CDS;;138;138;;;69; comp;1589783..1589858;;aac;;132;132;;;;132 ;1589991..1592003;;CDS;;57434;;;;671; ;;;;;;;;;; ;1649438..1651867;;CDS;;104;104;;;*810;104 comp;1651972..1652048;;gtc;+;36;;36;;; comp;1652085..1652161;;gtc;5 gtc;26;;26;;; comp;1652188..1652264;;gtc;;15;;15;;; comp;1652280..1652356;;gtc;;11;;11;;; comp;1652368..1652444;;gtc;;170;170;;;; comp;1652615..1653994;;CDS;;277443;;;;460; ;;;;;;;;;; comp;1931438..1932934;;CDS;;145;145;;;499;145 comp;1933080..1933156;;atgf;+;110;;110;;; 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;;;;;;;;;; ;2978639..2979358;;CDS;;119;119;;;240;119 comp;2979478..2979552;;gga;;104;;104;;; comp;2979657..2979730;;ggg;;201;201;;;; ;2979932..2981701;;CDS;;41492;;;;590; ;;;;;;;;;; ;3023194..3023487;;CDS;;75;75;;;98;75 comp;3023563..3023636;;tgc;;57;;57;;; comp;3023694..3023769;;ggc;;248;248;;;; ;3024018..3027455;;CDS;;17375;;;;*1146; ;;;;;;;;;; ;3044831..3045361;;CDS;;133;133;;;177;133 comp;3045495..3045584;;tcg;;380;*380;;;; ;3045965..3046882;;CDS;;221147;;;;306; ;;;;;;;;;; comp;3268030..3268398;;CDS;;318;318;;;123; comp;3268717..3268804;;tca;;198;198;;;;198 ;3269003..3269752;;CDS;;20717;;;;250; ;;;;;;;;;; ;3290470..3291624;;CDS;;50;50;;;385;50 ;3291675..3291751;;agg;;126;126;;;; comp;3291878..3292804;;CDS;;41865;;;;309; ;;;;;;;;;; ;3334670..3335758;;CDS;;230;230;;;363; ;3335989..3336073;;tac;+;32;;32;;; ;3336106..3336190;;tac;3 tac;45;;45;;; ;3336236..3336320;;tac;;135;135;;;;135 ;3336456..3336731;;CDS;;169091;;;;92; ;;;;;;;;;; comp;3505823..3506272;;CDS;;275;275;;;150;275 comp;3506548..3506662;;5s;;101;;;;; 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;4233450..4233525;;acc;;23;;;;; ;4233549..4233663;;5s;;164;164;;;;164 ;4233828..4234793;;CDS;;119351;;;;322; ;;;;;;;;;; comp;4354145..4355686;;CDS;;622;*622;;;*514; ;4356309..4357863;;16s;;268;;;;; ;4358132..4358207;;gaa;;230;;;;; ;4358438..4361364;;23s;;102;;;;; ;4361467..4361581;;5s;;106;;;;; ;4361688..4361763;;acc;;233;233;;;;233 ;4361997..4363241;;CDS;;71363;;;;415; ;;;;;;;;;; ;4434605..4435198;;CDS;;465;*465;;;198; ;4435664..4437217;;16s;;219;;;;; ;4437437..4437512;;gaa;;229;;;;; ;4437742..4440657;;23s;;103;;;;; ;4440761..4440875;;5s;;98;;;;; ;4440974..4441050;;gac;;167;167;;;;167 ;4441218..4442054;;CDS;;39919;;;;279; ;;;;;;;;;; comp;4481974..4482513;;CDS;;477;*477;;;180; ;4482991..4484545;;16s;;513;;;;; ;4485059..4485549;;23s°;;37;;;;; comp;4485587..4486115;;23s°;;229;;;;; comp;4486345..4486419;;gaa;;218;;;;; comp;4486638..4488193;;16s;;94;94;;;;94 comp;4488288..4488509;;CDS;;72132;;;;74; ;;;;;;;;;; comp;4560642..4561676;;CDS;;192;192;;;345; comp;4561869..4561944;;gta;+;18;;18;;; comp;4561963..4562038;;aaa;7 gta;34;;34;;; comp;4562073..4562148;;gta;5 aaa;18;;18;;; comp;4562167..4562242;;aaa;2 aag;23;;23;;; comp;4562266..4562341;;gta;;18;;18;;; comp;4562360..4562435;;aaa;;23;;23;;; comp;4562459..4562534;;gta;;18;;18;;; comp;4562553..4562628;;aaa;;34;;34;;; comp;4562663..4562738;;gta;;22;;22;;; comp;4562761..4562836;;aag;;46;;46;;; comp;4562883..4562958;;gta;;22;;22;;; comp;4562981..4563056;;aag;;46;;46;;; comp;4563103..4563178;;gta;;32;;32;;; comp;4563211..4563286;;aaa;;174;174;;;;174 comp;4563461..4564276;;CDS;;70895;;;;272; ;;;;;;;;;; comp;4635172..4636173;;CDS;;275;275;;;334;275 comp;4636449..4636525;;gac;;95;;;;; comp;4636621..4636735;;5s;;101;;;;; comp;4636837..4639756;;23s;;231;;;;; comp;4639988..4640063;;gca;;10;;;10;; comp;4640074..4640150;;atc;;66;;;;; comp;4640217..4641771;;16s;;512;*512;;;; ;4642284..4643480;;CDS;;3;;;;399; ;;;;;;;;;; comp;4643484..4644053;;CDS;;;;;;190; </pre> ====amed cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_cumuls|amed cumuls]] <pre> amed cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;10;1;0;-;1;1;40;1;100;14 ;16 gaa 23 5s ;6;20;15;;50;5;60;5;200;21 ;16 atc gca;3;40;27;;100;8;80;2;300;15 ;16 23 5s ;0;60;14;;150;19;100;3;400;18 ;max a;3;80;2;;200;17;120;4;500;11 ;a doubles;0;100;3;;250;13;140;7;600;6 ;spéciaux;1;120;8;;300;8;160;2;700;3 ;total aas;18;140;2;;350;6;180;8;800;0 sans ;opérons;38;160;0;;400;4;200;5;900;4 ;1 aa;16;180;0;;450;4;220;3;1000;1 ;max a;14;200;0;;500;3;240;2;1100;0 ;a doubles;12;;0;;;8;;6;;2 ;total aas;109;;71;0;;96;;48;;95 total aas;;127;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;49;;;;;156;; ;;;variance;34;;;;;77;; sans jaune;;;moyenne;;;;214;;;;274 ;;;variance;;;;122;;;;157 </pre> ====amed blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_blocs|amed blocs]] <pre> amed blocs;;;;; cds;512;cds;302;cds;275 16s;66;gac;98;gac;95 atc;10;5s;105;5s;101 gca;231;23s;231;23s;231 23s;98;gca;10;gca;10 5s;386;atc;66;atc;66 ;;16s;420;16s;512 ;;;;; cds;514;275;99;; 16s;268;101;101;; gaa;245;229;231;; 23s;104;218;192;; 5s;268;592;94;; ;;;;; cds;428;CDS;622;cds;465 16s;192;16s;268;16s;219 gaa;229;gaa;230;gaa;229 23s;104;23s;102;23s;103 5s;106;5s;106;5s;98 acc;23;acc;233;gac;167 5s;164;;;; </pre> ====amed distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_distribution|amed distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf;9;amed;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt;;gtc5;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc;;ctg5;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc5;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;3;tac;;tgc;;tac3+2;ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;2;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;5;tgc;;tac3+2;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;aac2;atc;;acc;;aac;3;agc;1;aac2;atc;;acc;;aac;2;agc;;aac2;atc;;acc;2;aac;;agc; ctc;;ccc;2;cac;;cgt;;caa2+2;ctc;1;ccc;;cac;3;cgt;;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;caa2+2;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;atgf9;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;atgf9;gtc;5;gcc;5;gac;;ggc;6;atgf9;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;cgt5;tta;1;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga;;cgt5;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;1;aaa;5;aga;2;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga;;ggc6;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;4;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;7;gca;;gaa;;gga;3;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;séquences;atgj;3;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;5;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;(atgj caa2)2;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(gta aaa)4 (gta aag)2 gta aaa;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total amed;;16;;;;;16;;amed;47;;;;;;47;;amed;46;;;;;;46;;amed;;;;5;;;5 </pre> ====amed autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires|amed autres intercalaires]] <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ====amed données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_données_intercalaires|amed données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;amed;fx;fc;amed;fx40;fc40;amed;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;2;12;0;2;12;-1;0;91;47;244;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;1;10;38;225;1;2;26;-2;1;0;252;64;518;516;2* 120;;;52;;ttc;40;;tta ;0;20;20;167;2;0;41;-3;0;0;103;363;424;596;2* 126;;;3;;aca;35;;tgc ;0;30;23;110;3;4;34;-4;8;212;116;195;432;627;2* 123;;;45;;ttc;**;;ggc ;0;40;34;92;4;9;18;-5;0;0;190;556;469;626;127;;;**;;aac;30;;tac ;2;50;43;75;5;0;12;-6;1;0;881;203;599;481;124;;;71;;ctg;**;;tac ;2;60;76;92;6;6;6;-7;0;10;177;132;;516;122;;;46;;ctg;104;;gga 1;0;70;90;111;7;4;12;-8;3;47;236;104;5s CDS;;16s tRNA;;;46;;ctg;**;;ggg 1;0;80;100;99;8;6;17;-9;1;0;9;271;386;268;3* 72;;atc;51;;ctg;57;;tgc ;3;90;59;120;9;3;34;-10;0;2;166;126;275;99;2* 274;;gaa;**;;ctg;**;;ggc ;0;100;54;90;10;4;25;-11;2;31;235;121;164;;2* 198;;gaa;5;;aac;32;;tac 1;1;110;58;112;11;1;21;-12;0;0;173;119;;;2* 224;;gaa;**;;ttc;45;;tac 1;3;120;50;96;12;3;18;-13;2;6;-21;201;;;225;;gaa;24;;ggc;**;;tac 3;1;130;35;81;13;2;20;-14;1;7;131;75;;;tRNA 23s;;;29;;ggc;25;;cgt 2;3;140;30;74;14;2;22;-15;1;0;226;248;;;3* 238;;gca;38;;ggc;25;;cgt 1;2;150;25;72;15;1;14;-16;0;8;301;133;;;252;;gaa;25;;ggc;26;;cgt ;2;160;33;70;16;3;13;-17;0;4;460;380;;;3* 236;;gaa;23;;ggc;98;;cgt ;4;170;29;32;17;2;20;-18;1;0;425;198;;;237;;gaa;**;;ggc;4;;cgt ;6;180;35;50;18;1;17;-19;1;1;181;126;;;238;;gaa;28;;gcc;**;;agc ;3;190;25;44;19;2;6;-20;1;7;83;142;;;5s tRNA;;;66;;gcc;38;;gga 2;0;200;37;53;20;3;16;-21;1;0;83;369;;;98;;gac;58;;gcc;**;;tac 3;0;210;39;48;21;3;11;-22;2;1;177;302;;;2* 106;;acc;40;;gcc;58;;cca ;1;220;25;34;22;0;8;-23;0;1;146;263;;;98;;gac;**;;gcc;20;;ctg ;2;230;30;26;23;1;16;-24;0;0;127;202;;;95;;gac;91;;ctc;49;;cac ;3;240;26;30;24;3;10;-25;1;2;163;258;;;tRNA 5s;;;**;;atgf;**;;cgg 2;0;250;20;26;25;3;13;-26;0;1;438;;;;23;;acc;8;;cta;18;;gta 1;2;260;21;25;26;1;7;-27;0;0;151;;;;tRNA tRNA;;intra;38;;atgj;34;;aaa 1;1;270;22;36;27;4;10;-28;0;0;772;;;;3* 10;;atc;47;;caa;18;;gta 1;0;280;25;28;28;2;11;-29;1;1;170;;;;**;;gca;17;;caa;23;;aaa ;0;290;13;24;29;2;15;-30;0;0;145;;;;;;;35;;atgj;18;;gta ;0;300;8;14;30;4;9;-31;0;1;268;;;;;;;47;;caa;23;;aaa 1;2;310;19;17;31;3;9;-32;0;0;350;;;;;;;13;;caa;18;;gta ;1;320;12;14;32;3;11;-33;2;0;181;;;;;;;**;;atgj;34;;aaa ;0;330;8;15;33;4;11;-34;0;2;259;;;;;;;2;;aac;22;;gta ;0;340;9;8;34;1;9;-35;2;2;87;;;;;;;**;;gga;46;;aag ;2;350;13;13;35;1;12;-36;1;0;114;;;;;;;123;;cac;22;;gta ;0;360;15;8;36;1;5;-37;0;0;318;;;;;;;36;;aga;46;;aag 2;0;370;7;5;37;5;4;-38;1;0;50;;;;;;;**;;cca;32;;gta 1;0;380;8;7;38;7;13;-39;0;0;230;;;;;;;36;;gtc;**;;aaa ;0;390;7;9;39;7;10;-40;0;0;135;;;;;;;26;;gtc;;; ;0;400;10;9;40;2;8;-41;0;0;113;;;;;;;15;;gtc;;; 1;6;reste;110;109;reste;1226;1776;-42;0;0;213;;;;;;;11;;gtc;;; 25;54;total;1343;2382;total;1343;2382;-43;0;0;60;;;;;;;**;;gtc;;; 24;47;diagr;1231;2261;diagr;115;594;-44;0;1;52;;;;;;;110;;atgf;;; 0;1;t30;81;502;;;;-45;0;0;171;;;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;;;;-46;3;0;306;;;;;;;101;;atgf;;; ;Récapitulatif des effectifs;;;;;;;-47;0;0;658;;;;;;;101;;atgf;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;140;;;;;;;103;;atgf;;; ;x;1341;42;2;1385;;;-49;0;0;174;;;;;;;102;;atgf;;; ;c;2370;444;12;2826;;;-50;1;0;233;;;;;;;102;;atgf;;; ;;;;;4211;239;;reste;4;6;167;;;;;;;92;;atgf;;; ;;;;;;4450;;total;42;444;153;;;;;;;**;;atgf;;; ;;;;;;;;;;;174;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;344;;;;;;;;;;;; </pre> =====amed autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_autres_intercalaires_aas|amed autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;amed;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7163;8359;516;*; ;;rRNA;8876;10415;72;*;1540 ;;tRNA;10488;10564;10;*;atc ;;tRNA;10575;10650;238;*;gca ;;rRNA;10889;13778;120;*;2890 ;;rRNA;13899;14013;386;*;115 fin;;CDS;14400;14717;;; deb;;CDS;45743;46576;187;*; ;;ncRNA;46764;47150;46;*; fin;;CDS;47197;48777;;0; deb;;CDS;117188;117850;47;*; ;;tRNA;117898;117973;52;*;ttc ;;tRNA;118026;118101;3;*;aca ;;tRNA;118105;118180;45;*;ttc ;;tRNA;118226;118301;252;*;aac fin;;CDS;118554;119573;;; deb;comp;CDS;170063;170329;103;*; ;comp;tRNA;170433;170518;71;*;ctg ;comp;tRNA;170590;170675;46;*;ctg ;comp;tRNA;170722;170807;46;*;ctg ;comp;tRNA;170854;170939;51;*;ctg ;comp;tRNA;170991;171076;116;*;ctg fin;comp;CDS;171193;172653;;; deb;;CDS;318836;320692;190;*; ;;tRNA;320883;320959;244;*;atgi fin;comp;CDS;321204;323780;;; deb;;CDS;386382;386732;518;*; ;;rRNA;387251;388796;274;*;1546 ;;tRNA;389071;389146;252;*;gaa ;;rRNA;389399;392290;126;*;2892 ;;rRNA;392417;392531;268;*;115 fin;comp;CDS;392800;394413;;0; deb;;CDS;476261;476482;64;*; ;comp;tRNA;476547;476622;5;*;aac ;comp;tRNA;476628;476703;881;*;ttc fin;comp;CDS;477585;478565;;; deb;;CDS;500269;500814;177;*; ;;tRNA;500992;501067;24;*;ggc ;;tRNA;501092;501167;29;*;ggc ;;tRNA;501197;501272;38;*;ggc ;;tRNA;501311;501386;25;*;ggc ;;tRNA;501412;501487;23;*;ggc ;;tRNA;501511;501586;363;*;ggc fin;comp;CDS;501950;502159;;; deb;;CDS;505552;507110;236;*; ;;tRNA;507347;507422;28;*;gcc ;;tRNA;507451;507526;66;*;gcc ;;tRNA;507593;507668;58;*;gcc ;;tRNA;507727;507802;40;*;gcc ;;tRNA;507843;507918;471;*;gcc ;;regulatory;508390;508473;148;*; fin;;CDS;508622;511627;;0; deb;;CDS;642476;642802;9;*; ;;tRNA;642812;642896;91;*;ctc ;;tRNA;642988;643064;166;*;atgf fin;;CDS;643231;643689;;; deb;;CDS;772218;774050;195;*; ;comp;tRNA;774246;774329;8;*;cta ;comp;tRNA;774338;774414;38;*;atgj ;comp;tRNA;774453;774527;47;*;caa ;comp;tRNA;774575;774649;17;*;caa ;comp;tRNA;774667;774743;35;*;atgj ;comp;tRNA;774779;774853;47;*;caa ;comp;tRNA;774901;774975;13;*;caa ;comp;tRNA;774989;775065;235;*;atgj fin;comp;CDS;775301;776392;;; deb;comp;CDS;779541;780488;173;*; ;comp;tRNA;780662;780736;-21;*;caa fin;comp;CDS;780716;781630;;; deb;comp;CDS;1154914;1155384;131;*; ;comp;tRNA;1155516;1155592;226;*;ccc fin;comp;CDS;1155819;1157162;;0; deb;comp;CDS;1224854;1226290;301;*; ;comp;tRNA;1226592;1226667;2;*;aac ;comp;tRNA;1226670;1226744;460;*;gga fin;comp;CDS;1227205;1228818;;; deb;comp;CDS;1240786;1241733;425;*; ;comp;tRNA;1242159;1242234;556;*;aac deb;;CDS;1242791;1244527;181;*; ;;tRNA;1244709;1244796;83;*;tcc fin;;CDS;1244880;1246145;;0; deb;comp;CDS;1407358;1408665;83;*; ;comp;tRNA;1408749;1408836;177;*;tcc fin;comp;CDS;1409014;1409631;;; deb;;CDS;1444233;1444688;146;*; ;;tRNA;1444835;1444922;127;*;tcc fin;;CDS;1445050;1446834;;; deb;comp;CDS;1461184;1462401;163;*; ;comp;tRNA;1462565;1462640;438;*;cac fin;comp;CDS;1463079;1464389;;; deb;comp;CDS;1526374;1527606;151;*; ;comp;tRNA;1527758;1527833;123;*;cac ;comp;tRNA;1527957;1528033;36;*;aga ;comp;tRNA;1528070;1528146;203;*;cca fin;;CDS;1528350;1529207;;0; deb;comp;CDS;1587325;1589010;772;*; ;comp;tRNA;1589783;1589858;132;*;aac fin;;CDS;1589991;1592003;;; deb;;CDS;1649438;1651867;104;*; ;comp;tRNA;1651972;1652048;36;*;gtc ;comp;tRNA;1652085;1652161;26;*;gtc ;comp;tRNA;1652188;1652264;15;*;gtc ;comp;tRNA;1652280;1652356;11;*;gtc ;comp;tRNA;1652368;1652444;170;*;gtc fin;comp;CDS;1652615;1653994;;; deb;comp;CDS;1734629;1735525;28;*; ;comp;misc_f;1735554;1735678;185;*; fin;;CDS;1735864;1736109;;; deb;comp;CDS;1931438;1932934;145;*; ;comp;tRNA;1933080;1933156;110;*;atgf ;comp;tRNA;1933267;1933343;102;*;atgf ;comp;tRNA;1933446;1933522;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933624;1933700;101;*;atgf ;comp;tRNA;1933802;1933877;103;*;atgf ;comp;tRNA;1933981;1934057;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934160;1934236;102;*;atgf ;comp;tRNA;1934339;1934415;92;*;atgf ;comp;tRNA;1934508;1934584;268;*;atgf fin;comp;CDS;1934853;1935572;;; deb;;CDS;1977322;1978332;353;*; ;comp;ncRNA;1978686;1978779;94;*; fin;;CDS;1978874;1979143;;0; deb;comp;CDS;1980394;1981206;97;*; ;comp;ncRNA;1981304;1981397;269;*; fin;;CDS;1981667;1981849;;0; deb;comp;CDS;1997119;1998258;85;*; ;comp;ncRNA;1998344;1998440;102;*; fin;comp;CDS;1998543;1999331;;; deb;;CDS;2154455;2154631;277;*; ;;ncRNA;2154909;2155037;-9;*; fin;comp;CDS;2155029;2155319;;0; deb;;CDS;2234810;2235142;16;*; ;;ncRNA;2235159;2235341;133;*; fin;comp;CDS;2235475;2236674;;; deb;comp;CDS;2426470;2427675;350;*; ;comp;tRNA;2428026;2428112;40;*;tta ;comp;tRNA;2428153;2428226;35;*;tgc ;comp;tRNA;2428262;2428337;181;*;ggc fin;comp;CDS;2428519;2429073;;; deb;comp;CDS;2546995;2547534;271;*; ;;tRNA;2547806;2547882;259;*;ccc fin;;CDS;2548142;2548282;;; deb;;CDS;2658354;2659094;87;*; ;;tRNA;2659182;2659257;114;*;acg fin;;CDS;2659372;2659665;;0; deb;comp;CDS;2827175;2828170;-13;*; ;comp;regulatory;2828158;2828297;79;*; fin;;CDS;2828377;2830089;;; deb;comp;CDS;2858527;2859036;126;*; ;;tRNA;2859163;2859247;30;*;tac ;;tRNA;2859278;2859362;121;*;tac fin;comp;CDS;2859484;2863335;;; deb;;CDS;2953473;2953961;121;*; ;;tmRNA;2954083;2954442;177;*; fin;;CDS;2954620;2955903;;; deb;;CDS;2978639;2979358;119;*; ;comp;tRNA;2979478;2979552;104;*;gga ;comp;tRNA;2979657;2979730;201;*;ggg fin;;CDS;2979932;2981701;;; deb;;CDS;3023194;3023487;75;*; ;comp;tRNA;3023563;3023636;57;*;tgc ;comp;tRNA;3023694;3023769;248;*;ggc fin;;CDS;3024018;3027455;;0; deb;;CDS;3044891;3045361;133;*; ;comp;tRNA;3045495;3045584;380;*;tcg fin;;CDS;3045965;3046882;;; deb;comp;CDS;3052964;3053617;105;*; ;comp;regulatory;3053723;3053869;209;*; fin;;CDS;3054079;3054915;;0; deb;comp;CDS;3093394;3094776;249;*; ;comp;regulatory;3095026;3095141;508;*; fin;;CDS;3095650;3096798;;0; deb;comp;CDS;3268030;3268398;318;*; ;comp;tRNA;3268717;3268804;198;*;tca fin;;CDS;3269003;3269752;;0; deb;comp;CDS;3286866;3287465;164;*; ;;misc_f;3287630;3287752;38;*; fin;;CDS;3287791;3288963;;0; deb;;CDS;3290470;3291624;50;*; ;;tRNA;3291675;3291751;126;*;agg fin;comp;CDS;3291878;3292798;;0; deb;;CDS;3334670;3335758;230;*; ;;tRNA;3335989;3336073;32;*;tac ;;tRNA;3336106;3336190;45;*;tac ;;tRNA;3336236;3336320;135;*;tac fin;;CDS;3336456;3336731;;; deb;comp;CDS;3382564;3385161;111;*; ;comp;regulatory;3385273;3385359;203;*; fin;comp;CDS;3385563;3389024;;; deb;comp;CDS;3497173;3497463;91;*; ;;regulatory;3497555;3497645;99;*; fin;;CDS;3497745;3498725;;; deb;comp;CDS;3505823;3506272;275;*; ;comp;rRNA;3506548;3506662;123;*;115 ;comp;rRNA;3506786;3509675;236;*;2890 ;comp;tRNA;3509912;3509987;224;*;gaa ;comp;rRNA;3510212;3511756;596;*;1545 fin;;CDS;3512353;3515220;;; deb;comp;CDS;3676304;3677323;113;*; ;comp;tRNA;3677437;3677521;142;*;ttg fin;;CDS;3677664;3678182;;0; deb;;CDS;3688045;3688872;369;*; ;comp;tRNA;3689242;3689318;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689344;3689420;25;*;cgt ;comp;tRNA;3689446;3689522;26;*;cgt ;comp;tRNA;3689549;3689625;98;*;cgt ;comp;tRNA;3689724;3689800;4;*;cgt ;comp;tRNA;3689805;3689897;213;*;agc fin;comp;CDS;3690111;3690299;;; deb;;CDS;3886846;3887601;302;*; ;comp;tRNA;3887904;3887980;98;*;gac ;comp;rRNA;3888079;3888193;127;*;115 ;comp;rRNA;3888321;3891210;238;*;2890 ;comp;tRNA;3891449;3891524;10;*;gca ;comp;tRNA;3891535;3891611;72;*;atc ;comp;rRNA;3891684;3893228;424;*;1545 fin;comp;CDS;3893653;3894195;;; deb;comp;CDS;3912946;3913317;60;*; ;comp;tRNA;3913378;3913454;52;*;tgg deb;comp;CDS;3913507;3914691;171;*; ;comp;tRNA;3914863;3914937;38;*;gga ;comp;tRNA;3914976;3915060;263;*;tac fin;;CDS;3915324;3916262;;0; deb;comp;CDS;3962163;3963533;306;*; ;comp;tRNA;3963840;3963916;202;*;tgg fin;;CDS;3964119;3964703;;; deb;comp;CDS;4024345;4026816;658;*; ;comp;tRNA;4027475;4027551;140;*;ccg fin;comp;CDS;4027692;4028417;;; deb;;CDS;4109413;4111986;99;*; ;comp;rRNA;4112086;4112200;123;*;115 ;comp;rRNA;4112324;4115213;238;*;2890 ;comp;tRNA;4115452;4115527;198;*;gaa ;comp;rRNA;4115726;4117269;627;*;1544 fin;;CDS;4117897;4118388;;0; deb;comp;CDS;4119290;4121155;51;*; ;comp;regulatory;4121207;4121385;207;*; fin;;CDS;4121593;4122102;;; deb;comp;CDS;4149775;4150278;174;*; ;comp;tRNA;4150453;4150529;58;*;cca ;comp;tRNA;4150588;4150673;20;*;ctg ;comp;tRNA;4150694;4150769;49;*;cac ;comp;tRNA;4150819;4150895;258;*;cgg fin;;CDS;4151154;4151744;;; deb;;CDS;4226547;4227725;432;*; ;;rRNA;4228158;4229702;198;*;1545 ;;tRNA;4229901;4229976;236;*;gaa ;;rRNA;4230213;4233102;126;*;2890 ;;rRNA;4233229;4233343;106;*;115 ;;tRNA;4233450;4233525;23;*;acc ;;rRNA;4233549;4233663;164;*;115 fin;;CDS;4233828;4234793;;; deb;comp;CDS;4354145;4355686;626;*; ;;rRNA;4356313;4357857;274;*;1545 ;;tRNA;4358132;4358207;237;*;gaa ;;rRNA;4358445;4361342;124;*;2898 ;;rRNA;4361467;4361581;106;*;115 ;;tRNA;4361688;4361763;233;*;acc fin;;CDS;4361997;4363241;;; deb;;CDS;4434674;4435198;469;*; ;;rRNA;4435668;4437211;225;*;1544 ;;tRNA;4437437;4437512;236;*;gaa ;;rRNA;4437749;4440638;122;*;2890 ;;rRNA;4440761;4440875;98;*;115 ;;tRNA;4440974;4441050;167;*;gac fin;;CDS;4441218;4442054;;0; deb;comp;CDS;4481974;4482513;481;*; ;;rRNA;4482995;4484539;547;*;1545 ;;misc_f;4485087;4486108;236;*; ;comp;tRNA;4486345;4486419;224;*;gaa ;comp;rRNA;4486644;4488189;559;*;1546 fin;comp;CDS;4488749;4489795;;; deb;comp;CDS;4560642;4561715;153;*; ;comp;tRNA;4561869;4561944;18;*;gta ;comp;tRNA;4561963;4562038;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562073;4562148;18;*;gta ;comp;tRNA;4562167;4562242;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562266;4562341;18;*;gta ;comp;tRNA;4562360;4562435;23;*;aaa ;comp;tRNA;4562459;4562534;18;*;gta ;comp;tRNA;4562553;4562628;34;*;aaa ;comp;tRNA;4562663;4562738;22;*;gta ;comp;tRNA;4562761;4562836;46;*;aag ;comp;tRNA;4562883;4562958;22;*;gta ;comp;tRNA;4562981;4563056;46;*;aag ;comp;tRNA;4563103;4563178;32;*;gta ;comp;tRNA;4563211;4563286;174;*;aaa fin;comp;CDS;4563461;4564267;;; deb;;CDS;4626091;4627785;262;*; ;;regulatory;4628048;4628133;65;*; fin;;CDS;4628199;4629623;;; deb;comp;CDS;4635172;4636104;344;*; ;comp;tRNA;4636449;4636525;95;*;gac ;comp;rRNA;4636621;4636735;120;*;115 ;comp;rRNA;4636856;4639749;238;*;2894 ;comp;tRNA;4639988;4640063;10;*;gca ;comp;tRNA;4640074;4640150;72;*;atc ;comp;rRNA;4640223;4641767;516;*;1545 fin;;CDS;4642284;4643480;;0; deb;comp;CDS;4698779;4700680;360;*; ;comp;regulatory;4701041;4701154;88;*; fin;;CDS;4701243;4702160;;; </pre> ===gamma synthèse=== ====gamma distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_génome|gamma distribution par génome]] <pre> gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total spl;46;8;;;;6;79;3;142 vpb;60;11;;;;21;22;12;126 vha;51;14;;;;26;19;11;121 amed;47;16;;;;13;46;5;127 eal;25;23;;;;10;23;4;85 eco;20;23;;;;10;29;4;86 ecoN;20;34;;;;17;44;6;121 ;;;;;;;;; total;269;129;0;0;0;103;262;45;808 </pre> ====gamma distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_du_total|gamma distribution du total]] <pre> gama7;;;;;;;660;;gamma7;;;;;;;148 atgi;11;tct;;tat;;atgf;48;;atgi;;tct;;tat;;atgf;0 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;23;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;2;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;;tga;4;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;8;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;;gaa;17;gga;14;;gta;8;gca;29;gaa;34;gga; ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;531;129;0;0;0;0;660;;1-3aas;;;;45;;103;148 </pre> ====gamma distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_distribution_par_type|gamma distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> gama7;;;;;;;660;;gama7;;;;;;;129;;gama7;;;;;;;269;;gama7;;;;;;;262;;gama7;;;;;;;45 atgi;11;tct;0;tat;0;atgf;48;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;6;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;18;;atgi;;tct;;tat;;atgf;24;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18;;ttc;7;tcc;14;tac;;tgc;1;;ttc;14;tcc;;tac;6;tgc;15;;ttc;;tcc;;tac;24;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;3;acc;6;aac;34;agc;11;;atc;1;acc;1;aac;14;agc;;;atc;;acc;5;aac;11;agc;11;;atc;2;acc;;aac;9;agc;;;atc;;acc;9;aac;;agc; ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40;;ctc;5;ccc;6;cac;;cgt;;;ctc;4;ccc;;cac;12;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;38;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;;ggc;17;;gtc;19;gcc;14;gac;4;ggc;29;;gtc;;gcc;;gac;23;ggc; tta;14;tca;12;taa;0;tga;4;;tta;;tca;10;taa;;tga;4;;tta;14;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;4;taa;;tga; ata;0;aca;19;aaa;33;aga;10;;ata;;aca;;aaa;;aga;6;;ata;;aca;19;aaa;15;aga;4;;ata;;aca;;aaa;18;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;24;cca;14;caa;23;cga;0;;cta;;cca;2;caa;1;cga;;;cta;18;cca;10;caa;12;cga;;;cta;6;cca;2;caa;10;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;34;gca;0;gaa;17;gga;14;;gta;;gca;;gaa;4;gga;4;;gta;13;gca;;gaa;;gga;10;;gta;21;gca;;gaa;13;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga; ttg;7;tcg;4;tag;0;tgg;4;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;8 atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7;;atgj;;acg;4;aag;;agg;7;;atgj;19;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7;;ctg;;ccg;4;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;;cag;;cgg;7;;ctg;17;ccg;;cag;6;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;4;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;3;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;45;;; </pre> ====gamma par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma_par_rapport_au_groupe_de_référence|gamma par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;37;18;39;;;2;96; 16;moyen;51;104;31;;21;52;259; 14;fort;41;147;192;;24;49;453; ; ;129;269;262;;45;103;808; 10;g+cga;15;3;6;;;;24; 2;agg+cgg;7;7;;;;;14; 4;carre ccc;11;8;33;;;2;54; 5;autres;4;;;;;;4; ;;37;18;39;;;2;96; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;gama ‰;ref. ‰ 21;faible;46;22;48;;;2;119;26 16;moyen;63;129;38;;26;64;321;324 14;fort;51;182;238;;30;61;561;650 ;;160;333;324;;56;127;808;729 10;g+cga;19;4;7;;;;30;10 2;agg+cgg;9;9;;;;;17; 4;carre ccc;14;10;41;;;2;67;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;46;22;48;;;2;119; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;gama7;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;56;27;59;142;26;29;7;15 16;moyen;77;158;47;282;324;40;39;12 14;fort;62;223;291;576;650;32;55;73 ;;195;408;397;660;729;129;269;262 10;g+cga;23;5;9;36;10;41;;15 2;agg+cgg;11;11;;21;;19;; 4;carre ccc;17;12;50;79;16;30;;85 5;autres;6;;;6;;11;; ;;56;27;59;142;;37;;39 </pre> ====gamma, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#gamma,_estimation_des_-rRNAs|gamma, estimation des -rRNAs]] <pre> gamma;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 144 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;144;1536; ; ;;indices;;;;144;1067;0;0;;gama7;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;660 atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;11;tct;;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;21;tcc;14;tac;30;tgc;18 atc;373;acc;57;aac;;agc;3;;atc;259;acc;40;aac;;agc;2;;atc;3;acc;6;aac;34;agc;11 ctc;;ccc;;cac;10;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;7;cgt;;;ctc;9;ccc;6;cac;12;cgt;40 gtc;;gcc;3;gac;151;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;105;ggc;;;gtc;21;gcc;16;gac;7;ggc;46 tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;14;tca;12;taa;;tga;4 ata;;aca;;aaa;13;aga;;;ata;;aca;;aaa;9;aga;;;ata;;aca;19;aaa;33;aga;10 cta;;cca;14;caa;;cga;;;cta;;cca;10;caa;;cga;;;cta;24;cca;14;caa;23;cga; gta;14;gca;378;gaa;423;gga;;;gta;10;gca;263;gaa;294;gga;;;gta;34;gca;;gaa;17;gga;14 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;73;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;51;;ttg;7;tcg;4;tag;;tgg;4 atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;19;acg;4;aag;2;agg;7 ctg;;ccg;;cag;;cgg;11;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;8;;ctg;21;ccg;4;cag;6;cgg;7 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;4 ;;900;;622;;14;1536;;;;625;;432;;10;1067;;;;186;;380;;94;660 27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;gama;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;1.5;0;;avec +16s;;;;1183;86713;1.5;0;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;290;;atgi;130;tct;1.7;tat;1.3;atgf;292;;atgi;157;tct;;tat;;atgf;686 att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;0.1;act;0.5;aat;0.2;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;0.9;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;0.5;gct;;gat;;ggt;0.5;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;173;tcc;152;tac;226;tgc;114;;ttc;175;tcc;152;tac;227;tgc;114;;ttc;300;tcc;200;tac;429;tgc;257 atc;26;acc;115;aac;311;agc;104;;atc;285;acc;155;aac;311;agc;106;;atc;43;acc;86;aac;486;agc;157 ctc;102;ccc;86;cac;108;cgt;298;;ctc;102;ccc;86;cac;115;cgt;298;;ctc;129;ccc;86;cac;171;cgt;571 gtc;173;gcc;165;gac;184;ggc;351;;gtc;173;gcc;167;gac;289;ggc;351;;gtc;300;gcc;229;gac;100;ggc;657 tta;119;tca;138;taa;1.0;tga;64;;tta;120;tca;140;taa;1.0;tga;64;;tta;200;tca;171;taa;;tga;57 ata;0.8;aca;141;aaa;368;aga;151;;ata;0.8;aca;141;aaa;377;aga;151;;ata;;aca;271;aaa;471;aga;143 cta;128;cca;131;caa;189;cga;13;;cta;128;cca;141;caa;189;cga;13;;cta;343;cca;200;caa;329;cga; gta;311;gca;21;gaa;30;gga;114;;gta;321;gca;283;gaa;324;gga;114;;gta;486;gca;;gaa;243;gga;200 ttg;102;tcg;83;tag;2.7;tgg;62;;ttg;103;tcg;83;tag;2.7;tgg;113;;ttg;100;tcg;57;tag;;tgg;57 atgj;169;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;170;acg;71;aag;24;agg;110;;atgj;271;acg;57;aag;29;agg;100 ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;92;;ctg;252;ccg;62;cag;102;cgg;100;;ctg;300;ccg;57;cag;86;cgg;100 gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;8.3;gcg;6.9;gag;7.6;ggg;72;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;57 ;;1892;;3118;;1244;6254;;;;2517;;3550;;1254;7321;;;;2657;;5429;;1343;9429 rapports;;75;;88;;99;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;gama7;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;99;;fiches;57.882;;;fréquences;;;;;atgi;17;tct;100;tat;100;atgf;58 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;8335;;;0/0;;;;;att;100;act;100;aat;100;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;avec;1401;;;10;7;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;144;;;20;7;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt;100 ttc;99;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;42;tcc;24;tac;47;tgc;56 atc;9;acc;74;aac;100;agc;98;;gama7;94.2857142857143;;;40;8;;;;atc;39;acc;26;aac;36;agc;34 ctc;100;ccc;100;cac;94;cgt;100;;sans;660;;;50;10;38;;;ctc;21;ccc;0;cac;37;cgt;48 gtc;100;gcc;99;gac;64;ggc;100;;avec;148;;;60;2;;;;gtc;42;gcc;28;gac;46;ggc;47 tta;99;tca;99;taa;;tga;100;;genom;7;;;70;1;;;;tta;40;tca;20;taa;100;tga;11 ata;100;aca;100;aaa;98;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;48;aaa;22;aga;5 cta;100;cca;93;caa;100;cga;100;;L’estimation par gama7;;;;90;1;;;;cta;63;cca;34;caa;42;cga;100 gta;97;gca;7;gaa;9;gga;100;;est 62% au dessus;;;;100;6;;;;gta;36;gca;100;gaa;88;gga;43 ttg;99;tcg;100;tag;100;tgg;55;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;31;tag;100;tgg;8 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;38;acg;20;aag;16;agg;9 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;92;;;;;;;;;;;ctg;16;ccg;8;cag;16;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;21 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;425;;656;;229;1310 </pre> ==alpha== ===rtb=== ====rtb opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_opérons|rtb opérons]] <pre> 29.0%GC;31.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia typhi str. B9991CWPP ;;;;;;;;;;;; comp;7429..8469;;cds;;381;381;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* comp;8851..8926;;ttc;;368;368;;;;;;* ;9295..10278;;cds;;;;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;;;;;;;;;;;;* ;14663..18055;;cds;;108;108;;;1131;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;18164..18238;;gaa;;1394;*1394;;;;;;* comp;19633..20106;;cds;;;;;;158;;crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;48065..48709;;cds;;278;278;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;48988..49064;;atgf;;110;110;;;;;;* comp;49175..49411;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;73627..73929;;cds;;17;17;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;73947..74021;;acc;;139;139;;;;;;* comp;74161..75417;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* ;155064..157163;;cds;;143;143;;;700;;elongation factor G;* ;157307..157382;;tgg;;167;167;;;;;;* ;157550..157750;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;189197..189400;;cds;;889;*889;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* comp;190290..190365;;acg;;142;142;;;;;;* comp;190508..192814;;cds;;;;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;;;;;;;;;;;;* ;255010..255921;;cds;;732;*732;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;256654..259439;;23s;;206;;;;2786;;;* ;259646..259760;;5s;;173;173;;;115;;;* comp;259934..261007;;cds;;;;;;358;;cell division protein ZapE;* ;;;;;;;;;;;;* ;291358..291843;;cds;;35;35;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;291879..291955;;atgj;;1364;*1364;;;;;;* comp;293320..293805;;cds;;;;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;335194..336996;;cds;;402;402;;;601;;elongation factor 4;* ;337399..337473;;aac;;633;*633;;;;;;* comp;338107..338793;;cds;;;;;;229;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;440466..440933;;cds;;496;496;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;441430..441504;;tgc;;31;31;;;;;;* ;441536..442456;;cds;;;;;;307;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;469056..469781;;cds;;218;218;;;242;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;470000..470075;;aaa;;15;;15;;;;;* ;470091..470167;;atc;;1922;*1922;;;;;;* ;472090..472662;;cds;;;;;;191;;GTP cyclohydrolase I FolE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564534..565562;;cds;;1530;*1530;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* comp;567093..567180;;tcc;;218;218;;;;;;* comp;567399..568145;;cds;;;;;;249;;NTP transferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;583250..584149;;cds;;1278;*1278;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* comp;585428..585518;;tca;;58;58;;;;;;* comp;585577..586569;;cds;;;;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;598723..599706;;cds;;26;26;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;599733..599809;;cgg;;60;;60;;;;;* comp;599870..599944;;caa;;62;62;;;;;;* comp;600007..601779;;cds;;;;;;591;;aminopeptidase P family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;644357..644745;;cds;;499;499;;;130;;p-ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;645245..645321;;gac;@1;1051;;1051;;;;;* comp;646373..646448;;gcc;;222;222;;;;;;* comp;646671..647276;;cds;;;;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;;;;;;;;;;;;* comp;649389..650048;;cds;;452;452;;;220;;(d)CMP kinase;* ;650501..650577;;gtc;;1274;*1274;;;;;;* comp;651852..652094;;cds;;;;;;81;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;696163..697398;;cds;;1535;*1535;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;698934..699010;;cgt;;1028;*1028;;;;;;* ;700039..705720;;cds;;;;;;1894;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;727560..728087;;cds;;1164;*1164;;;176;;copper chaperone Pcu(A)C;* comp;729252..729326;;gca;;32;32;;;;;;* comp;729359..729574;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;739215..740075;;cds;;181;181;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;740257..740343;;ctc;;246;246;;;;;;* ;740590..741960;;cds;;1199;*1199;;;457;;magnesium transporter;* ;743160..743234;;ggc;;1090;*1090;;;;;;* ;744325..744753;;cds;;;;;;143;;preprotein translocase subunit YajC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;775944..777866;;cds;;2465;*2465;;;641;;hp;* comp;780332..781831;;16s;;1854;*1854;;;1500;;;* comp;783686..785485;;cds;;;;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;814590..814823;;cds;;349;349;;;78;;hp;* comp;815173..815248;;gta;;68;68;;;;;;* comp;815317..815589;;cds;;;;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;;;;;;;;;;;;* comp;829300..830484;;cds;;82;82;;;395;;elongation factor Tu;* comp;830567..830640;;gga;;95;;95;;;;;* comp;830736..830821;;tac;;183;183;;;;;;* ;831005..831733;;cds;;;;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;839841..839969;;cds;;145;145;;;43;;dimethyladenosine transferase;* ;840115..840200;;tta;;2009;*2009;;;;;;* ;842210..842446;;cds;;;;;;79;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;876906..877589;;cds;;401;401;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;877991..878067;;cac;;145;145;;;;;;* ;878213..879943;;cds;;;;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;918938..919882;;cds;;951;*951;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;920834..920925;;agc;;1945;*1945;;;;;;* comp;922871..924049;;cds;;;;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;961209..962297;;cds;;41;41;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* comp;962339..962415;;atgi;;390;390;;;;;;* comp;962806..963273;;cds;;;;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;;;;;;;;;;;;* ;1023375..1023626;;cds;;1585;*1585;;;84;;BolA family transcriptional regulator;* ;1025212..1025288;;cca;;17;17;;;;;;* ;1025306..1025521;;cds;;;;;;72;;translation initiation factor IF-1;* ;;;;;;;;;;;;* ;1053321..1054139;;cds;;2191;*2191;;;273;;alpha/beta hydrolase;* comp;1056331..1056407;;aga;;98;98;;;;;;* ;1056506..1056823;;cds;;;;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098776..1099240;;cds;;40;40;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* comp;1099281..1099365;;cta;;145;145;;;;;;* comp;1099511..1100662;;cds;;;;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1102351..1102980;;cds;;475;475;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* comp;1103456..1103530;;aca;;130;130;;;;;;* comp;1103661..1103996;;cds;;;;;;112;;30S ribosomal protein S16;* </pre> ====rtb cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_cumuls|rtb cumuls]] <pre> rtb cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;11;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;8;40;;200;13;60;1 ;16s;1;40;;;100;5;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;9;120;;400;13;120;4 ;max a;0;80;;;200;4;160;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;1;;250;4;200;;600;3;180;7 ;spéciaux;0;120;;;300;1;240;;700;3;210;3 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;4 sans ;opérons;29;160;;;400;3;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;3 ;max a;2;200;;;500;4;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;2;;20 ;total aas;33;;4;0;;62;;0;;61;;61 total aas;;33;;;;21;1430;;;;;; remarques;;1;;;;;491;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;612;;;;310;; ;;;variance;;;;665;;;;291;; sans jaune;;;moyenne;57;;;193;;;;269;;176 ;;;variance;40;;;148;;;;176;;86 </pre> ====rtb blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_blocs|rtb blocs]] ====rtb distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_distribution|rtb distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rtb;;25;;;;;25;;rtb;8;;;;;;8 </pre> ====rtb données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_données_intercalaires|rtb données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;hors bloc fxt;fct;rtb;fx;fc;rtb;fx40;fc40;rtb;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;4;0;1;4;-1;0;10;381;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;; ;0;10;2;64;1;0;10;-2;1;0;108;1394;1854;;228;;;15;;aaa ;2;20;3;37;2;0;7;-3;0;0;278;411;5s CDS;;;;;**;;atc ;1;30;1;17;3;0;8;-4;0;33;110;633;16s CDS;173;;;;;60;cgg ;4;40;2;13;4;0;13;-5;0;0;17;496;2466;;;;;**;;caa ;1;50;3;7;5;2;2;-6;0;0;139;218;CDS 23s;;;;;;1051;gac ;1;60;4;9;6;0;5;-7;0;2;143;1278;736;;;;;**;;gcc ;2;70;6;16;7;0;3;-8;0;16;167;499;;;;;;95;;gga ;0;80;12;9;8;0;7;-9;0;0;142;452;;;;;;**;;tac ;1;90;6;7;9;0;7;-10;0;1;35;1274;;;;;;;; 1;0;100;5;20;10;0;2;-11;0;2;1364;1535;;;;;;;; ;2;110;6;17;11;1;5;-12;0;0;402;183;;;;;;;; ;0;120;3;17;12;0;5;-13;0;3;31;401;;;;;;;; ;1;130;3;18;13;0;3;-14;1;6;1922;1945;;;;;;;; ;1;140;5;21;14;1;4;-15;0;0;1530;2191;;;;;;;; ;4;150;3;14;15;0;5;-16;0;1;218;98;;;;;;;; ;0;160;4;13;16;1;5;-17;0;7;58;;;;;;;;; ;1;170;4;17;17;0;1;-18;0;0;26;;;;;;;;; ;0;180;4;12;18;0;3;-19;0;0;62;;;;;;;;; 1;1;190;4;11;19;0;3;-20;0;2;222;;;;;;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;0;0;1028;;;;;;;;; ;0;210;3;4;21;0;2;-22;0;1;1164;;;;;;;;; 1;1;220;3;4;22;0;2;-23;0;3;32;;;;;;;;; ;1;230;4;7;23;1;0;-24;0;0;181;;;;;;;;; ;0;240;3;5;24;0;4;-25;0;1;246;;;;;;;;; ;1;250;3;6;25;0;3;-26;0;5;1199;;;;;;;;; ;0;260;4;5;26;0;2;-27;0;0;1090;;;;;;;;; ;0;270;4;2;27;0;0;-28;0;0;349;;;;;;;;; ;1;280;3;0;28;0;2;-29;0;0;68;;;;;;;;; ;0;290;4;2;29;0;2;-30;0;0;82;;;;;;;;; ;0;300;0;1;30;0;0;-31;0;0;382;;;;;;;;; ;0;310;2;1;31;0;0;-32;0;1;2009;;;;;;;;; ;0;320;0;3;32;1;2;-33;0;0;145;;;;;;;;; ;0;330;0;2;33;0;3;-34;0;0;951;;;;;;;;; ;0;340;1;1;34;0;0;-35;1;1;41;;;;;;;;; ;1;350;1;2;35;0;1;-36;0;0;390;;;;;;;;; ;0;360;0;2;36;0;1;-37;0;0;1585;;;;;;;;; 1;0;370;0;2;37;0;2;-38;0;2;17;;;;;;;;; ;0;380;0;0;38;0;0;-39;0;0;40;;;;;;;;; ;3;390;0;1;39;0;2;-40;0;0;145;;;;;;;;; ;0;400;2;3;40;1;2;-41;0;1;475;;;;;;;;; 12;12;reste;66;100;reste;177;370;-42;0;0;130;;;;;;;;; 16;42;total;186;505;total;186;505;-43;0;0;;;;;;;;;; 4;30;diagr;118;402;diagr;8;131;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;3; t30;6;118;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;185;4;1;190;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;501;98;4;603;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;793;75;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;868;;total;4;98;;;;;;;;;; </pre> =====rtb autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires_aas|rtb autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rtb;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;7429;8469;381;*; ;comp;tRNA;8851;8926;368;*;ttc fin;;CDS;9295;10278;;; deb;;CDS;14663;18055;108;*; ;;tRNA;18164;18238;1394;*;gaa fin;comp;CDS;19633;20106;;; deb;comp;CDS;48065;48709;278;*; ;comp;tRNA;48988;49064;110;*;atgf fin;comp;CDS;49175;49411;;; deb;comp;CDS;73627;73929;17;*; ;comp;tRNA;73947;74021;139;*;acc fin;comp;CDS;74161;75417;;; deb;;CDS;155064;157163;143;*; ;;tRNA;157307;157382;167;*;tgg fin;;CDS;157550;157750;;; deb;comp;CDS;189738;189878;411;*; ;comp;tRNA;190290;190365;142;*;acg fin;comp;CDS;190508;192814;;; deb;;CDS;255010;255921;736;*; ;;rRNA;256658;259417;228;*;23s ;;rRNA;259646;259760;173;*;5s fin;comp;CDS;259934;261007;;; deb;;CDS;291358;291843;35;*; ;;tRNA;291879;291955;1364;*;atgj fin;comp;CDS;293320;293805;;; deb;;CDS;335194;336996;402;*; ;;tRNA;337399;337473;633;*;aac fin;comp;CDS;338107;338793;;; deb;comp;CDS;440466;440933;496;*; ;;tRNA;441430;441504;31;*;tgc fin;;CDS;441536;442456;;; deb;comp;CDS;469056;469781;218;*; ;;tRNA;470000;470075;15;*;aaa ;;tRNA;470091;470167;1922;*;atc fin;;CDS;472090;472662;;; deb;comp;CDS;564534;565562;1530;*; ;comp;tRNA;567093;567180;218;*;tcc fin;comp;CDS;567399;568145;;; deb;;CDS;583250;584149;1278;*; ;comp;tRNA;585428;585518;58;*;tca fin;comp;CDS;585577;586569;;0; deb;;CDS;598723;599706;26;*; ;;tRNA;599733;599809;60;*;cgg ;comp;tRNA;599870;599944;62;*;caa fin;comp;CDS;600007;601779;;; deb;comp;CDS;608541;609209;176;*; ;comp;ncRNA;609386;609769;248;*; fin;;CDS;610018;612660;;; deb;comp;CDS;644395;644745;499;*; ;;tRNA;645245;645321;1051;*;gac ;comp;tRNA;646373;646448;222;*;gcc fin;comp;CDS;646671;647276;;; deb;comp;CDS;649389;650048;452;*; ;;tRNA;650501;650577;1274;*;gtc fin;comp;CDS;651852;652094;;; deb;comp;CDS;696163;697398;1535;*; ;;tRNA;698934;699010;1028;*;cgt fin;;CDS;700039;705720;;0; deb;comp;CDS;727560;728087;1164;*; ;comp;tRNA;729252;729326;32;*;cga fin;comp;CDS;729359;729574;;; deb;;CDS;739215;740075;181;*; ;;tRNA;740257;740343;246;*;ctc deb;;CDS;740590;741960;1199;*; ;;tRNA;743160;743234;1090;*;ggc fin;;CDS;744325;744753;;; deb;comp;CDS;775944;777866;2466;*; ;comp;rRNA;780333;781831;1854;*;16s fin;comp;CDS;783686;785485;;; deb;comp;CDS;814590;814823;349;*; ;comp;tRNA;815173;815248;68;*;gta fin;comp;CDS;815317;815589;;; deb;comp;CDS;829300;830484;82;*; ;comp;tRNA;830567;830640;95;*;gga ;comp;tRNA;830736;830821;183;*;tac fin;;CDS;831005;831733;;; deb;comp;CDS;839520;839732;382;*; ;;tRNA;840115;840200;2009;*;tta fin;;CDS;842210;842446;;; deb;comp;CDS;876906;877589;401;*; ;;tRNA;877991;878067;145;*;cac fin;;CDS;878213;879943;;; deb;comp;CDS;911079;911558;179;*; ;comp;tmRNA;911738;912287;74;*; fin;;CDS;912362;913186;;; deb;;CDS;918938;919882;951;*; ;;tRNA;920834;920925;1945;*;agc fin;comp;CDS;922871;924049;;; deb;comp;CDS;941489;942730;156;*; ;comp;ncRNA;942887;943045;9;*; fin;comp;CDS;943055;943372;;; deb;comp;CDS;961209;962297;41;*; ;comp;tRNA;962339;962415;390;*;atgi fin;comp;CDS;962806;963273;;; deb;;CDS;1023375;1023626;1585;*; ;;tRNA;1025212;1025288;17;*;cca fin;;CDS;1025306;1025521;;; deb;;CDS;1053321;1054139;2191;*; ;comp;tRNA;1056331;1056407;98;*;aga fin;;CDS;1056506;1056823;;; deb;;CDS;1090984;1091625;14;*; ;;ncRNA;1091640;1091733;152;*; fin;;CDS;1091886;1093411;;; deb;comp;CDS;1098776;1099240;40;*; ;comp;tRNA;1099281;1099365;145;*;cta fin;comp;CDS;1099511;1100662;;; deb;comp;CDS;1102351;1102980;475;*; ;comp;tRNA;1103456;1103530;130;*;aca fin;comp;CDS;1103661;1103996;;; </pre> ====rtb intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_entre_cds|rtb intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rtb;28.1.21 Paris;NCBI;7.12.2020;;;;;;;;; rtb;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5;intercal;frequencez ;'''négatif;102;12.9;'''négatif ;-11;10;-50 à -1;'''1 112 957;-1;102;610;1 ;'''zéro;5;0.6;;;;;'''intercals;0;5;620;2 ;'''1 à 200;430;54.2;'''0 à 200;85;61;;'''224 467;5;42;630;1 ;'''201 à 370;84;10.6;'''201 à 370;261;43;;'''20.2%;10;24;640;3 ;'''371 à 600;52;6.6;'''371 à 600;481;63;;;15;24;650;2 ;'''601 à max;120;15.1;'''601 à 1028;1173;515;;;20;16;660;3 ;'''total 793;<201;67.7;'''total 793;282;445;-50 à 3216;;25;12;670;0 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul, %;intercal;fréquence;30;6;680;7 665700;3216;-1;102;-70;0;;0;5;35;7;690;0 1032528;3065;0;5;-60;0;;-1;°10;40;8;700;1 506416;2624;1;°10;-50;1;;-2;1;45;2;710;1 64385;2360;2;7;-40;1;;-3;0;50;8;720;2 801292;2313;3;8;-30;5;'''min à -1;-4;°33;55;5;730;2 272796;2262;4;°13;-20;12;102;-5;0;60;8;740;0 131965;2171;5;4;-10;21;12.9%;-6;0;65;10;750;1 763244;2078;6;5;0;67;;-7;2;70;12;760;1 101695;2071;7;3;10;66;;-8;°16;75;9;770;2 446016;1893;8;°7;20;40;;-9;0;80;12;780;2 905133;1870;9;°7;30;18;;-10;1;85;9;790;0 141270;1858;10;2;40;15;'''1 à 100;-11;°2;90;4;800;1 570117;1846;11;°6;50;10;243;-12;0;95;10;810;3 129767;1794;12;5;60;13;30.6%;-13;3;100;15;820;0 378376;1765;13;3;70;22;;-14;°7;105;11;830;4 232652;1743;14;5;80;21;;-15;0;110;12;840;0 871293;1715;15;5;90;13;;-16;1;115;10;850;1 998041;1656;16;°6;100;25;;-17;°7;120;10;860;1 359936;1637;17;1;110;23;;-18;0;125;13;870;0 1014216;1621;18;3;120;20;;-19;0;130;8;880;1 847537;1581;19;3;130;21;;-20;°2;135;16;890;1 338816;1539;20;3;140;26;;-21;0;140;10;900;1 808693;1532;21;2;150;17;;-22;1;145;10;910;2 950532;1524;22;2;160;17;'''1 à 200;-23;°3;150;7;920;1 969491;1524;23;1;170;21;430;-24;0;155;8;930;1 706435;1485;24;°4;180;16;54%;-25;1;160;9;940;1 536071;1468;25;3;190;15;;-26;°5;165;12;950;3 638208;1464;26;2;200;11;;-27;0;170;9;960;0 597131;1463;27;0;210;7;;;100;175;9;970;0 544938;1446;28;2;220;7;;reste;7;180;7;980;1 235220;1444;29;2;230;11;;total;107;185;8;990;0 90984;1401;30;0;240;8;;;;190;7;1000;1 693395;1374;31;0;250;9;;'''intercal;'''<u>fréquencef;195;6;1010;1 422301;1373;32;3;260;9;'''0 à 200;600;673;200;5;1020;1 678698;1370;33;3;270;6;435;650;9;205;3;1030;1 476675;1354;34;0;280;3;;700;11;210;4;1040;1 1079428;1335;35;1;290;6;;750;6;215;3;1050;2 270767;1318;36;1;300;1;;800;6;220;4;1060;2 687447;1302;37;2;310;3;;850;8;225;5;1070;1 49408;1282;38;0;320;3;;900;4;230;6;1080;1 247450;1266;39;2;330;2;;950;8;235;5;1090;0 398128;1260;40;3;340;2;;1000;2;240;3;1100;0 577310;1255;reste;547;350;3;;1050;6;245;6;1110;2 676898;1227;total;793;360;2;'''201 à 370;1100;4;250;3;1120;2 425653;1184;;;370;2;84;1150;7;255;5;1130;1 915284;1182;;;380;0;10.6%;1200;5;260;4;1140;0 ;;;;390;1;;1250;1;265;4;1150;2 ;;;;400;5;;1300;4;270;2;1160;0 ;;;;410;4;;1350;3;275;1;1170;2 ;;;;420;3;;1400;4;280;2;1180;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;2;;1450;3;285;3;1190;2 384083;-50;comp;;440;2;;1500;4;290;3;1200;0 523034;-41;shift2;646;450;3;;1550;4;295;1;reste;44 362986;-38;shift2;850;460;2;;1600;1;300;0;total;793 864784;-38;shift2;2407;470;1;;1650;2;305;3;; 628502;-35;shift2;571;480;2;;1700;1;310;0;; 1068153;-35;comp;;490;3;;1750;2;315;1;; 1110540;-32;shift2;997;500;3;;1800;2;320;2;; 511489;-26;shift2;;510;4;'''371 à 600;1850;1;325;2;; 661241;-26;shift2;;520;3;52;1900;3;330;0;; 710083;-26;shift2;;530;3;6.6%;1950;0;335;1;; 899806;-26;shift2;;540;0;;2000;0;340;1;; 1089393;-26;shift2;;550;0;;2050;0;345;2;; 417665;-25;shift2;;560;3;;2100;2;350;1;; 276966;-23;shift2;;570;3;;2150;0;355;1;; 480829;-23;shift2;;580;1;'''601 à max;2200;1;360;1;; 981350;-23;shift2;;590;1;120;;114;365;1;; 110015;-22;shift2;;600;3;15.1%;;;370;1;; 415433;-20;shift2;;reste;120;;reste;6;reste;172;; 748256;-20;shift2;;total;793;;total;793;total;793;; </pre> ====rtb intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> rtb Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; bsu;min10;1028;2444;3472;659;8;282;274;152;257;470;;; rtb;min30;118;402;520;536;-105;148;253;-277;-165;202;;; afn;min10;328;1323;1651;603;-26;101;127;-468;-407;-9;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;;; 51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;;; 46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rtb;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;45;-332;590;12;496;246;max80;&-36;279;-782;91;569;258;min50 31 à 400;;;;;;;;&70;-478;827;-4.5;788;228;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;2 parties;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;91;44;-;304;poly;191;tF;&174;61;-;487;poly;82;Sm 31 à 400;;;;;;;;&-36;44;-;598;poly;190;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; 41-n;0.536;-0.105;0.148;;;;;-0.081;;;;;; 1-n;0.202;-0.277;-0.165;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; rtb;fx;fc;;rtb;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rtb;Sx-;Sc- 0;1;4;;0;8;10;0;1;4;>0;184;-1;0;10 10;2;64;;10;17;159;1;0;10;<0;4;-2;1;0 20;3;37;;20;25;92;2;0;7;zéro;1;-3;0;0 30;1;17;;30;8;42;3;0;8;total;189;-4;0;33 40;2;13;;40;17;32;4;0;13;;c;-5;0;0 50;3;7;;50;25;17;5;2;2;>0;502;-6;0;0 60;4;9;;60;34;22;6;0;5;<0;98;-7;0;2 70;6;16;;70;51;40;7;0;3;zéro;4;-8;0;16 80;12;9;;80;102;22;8;0;7;total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reste;66;100;;;;;reste;176;371;;;-42;0;0 total;185;506;;t30;51;294;total;185;506;;;-43;0;0 diagr;118;402;;;;;diagr;8;131;;;-44;0;0 - t30;112;284;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;0;0 ;;;;;;;;;;;;total;4;98 </pre> ====rtb intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_négatifs_S-|rtb intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;0;3 continu;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;99 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rtb;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;4 ;Sc-;10;0;0;33;0;0;2;16;0;1;2;0;3;6;0;1;7;0;0;2;0;1;3;0;1;5;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;98 </pre> ====rtb autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_autres_intercalaires|rtb autres intercalaires]] <pre> rtb;les autres intercalaires;;adresses1;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses2;;;rtb;les autres intercalaires;;adresses3; deb; °CDS;7429;381;comp;;deb; °CDS;564534;1530;comp;;deb; °CDS;829300;82;comp ; &tRNA;8851;368;comp;;; &tRNA;567093;218;comp;;; &tRNA;830567;95;comp fin; °CDS;9295;;;;fin; °CDS;567399;;comp;;; &tRNA;830736;183;comp deb; °CDS;14663;108;;;deb; °CDS;583250;1278;;;fin; °CDS;831005;; ; &tRNA;18164;1394;;;; &tRNA;585428;58;comp;;deb; °CDS;839520;382; fin; °CDS;19633;;comp;;fin; °CDS;585577;;comp;;; &tRNA;840115;2009; deb; °CDS;48065;278;comp;;deb; °CDS;598723;26;;;fin; °CDS;842210;; ; &tRNA;48988;110;comp;;; &tRNA;599733;60;;;deb; °CDS;876906;401;comp fin; °CDS;49175;;comp;;; &tRNA;599870;62;comp;;; &tRNA;877991;145; deb; °CDS;73627;17;comp;;fin; °CDS;600007;;comp;;fin; °CDS;878213;; ; &tRNA;73947;139;comp;;deb; °CDS;608541;176;comp;;deb; °CDS;911079;179;comp fin; °CDS;74161;;comp;;; ncRNA;609386;248;comp;;; tmRNA;911738;74;comp deb; °CDS;155064;143;;;fin; °CDS;610018;;;;fin; °CDS;912362;; ; &tRNA;157307;167;;;deb; °CDS;644395;499;comp;;deb; °CDS;918938;951; fin; °CDS;157550;;;;; &tRNA;645245;1051;;;; &tRNA;920834;1945; deb; °CDS;189738;411;;;; &tRNA;646373;222;comp;;fin; °CDS;922871;;comp ; &tRNA;190290;142;comp;;fin; °CDS;646671;;comp;;deb; °CDS;941489;156;comp fin; °CDS;190508;;comp;;deb; °CDS;649389;452;comp;;; ncRNA;942887;9;comp deb; °CDS;255010;736;;;; &tRNA;650501;1274;;;fin; °CDS;943055;;comp 23s; $rRNA;256658;228;;;fin; °CDS;651852;;comp;;deb; °CDS;961209;41;comp 5s; $rRNA;259646;173;;;deb; °CDS;696163;1535;comp;;; &tRNA;962339;390;comp fin; °CDS;259934;;comp;;; &tRNA;698934;1028;;;fin; °CDS;962806;;comp deb; °CDS;291358;35;;;fin; °CDS;700039;;;;deb; °CDS;1023375;1585; ; &tRNA;291879;1364;;;deb; °CDS;727560;1164;comp;;; &tRNA;1025212;17; fin; °CDS;293320;;;;; &tRNA;729252;32;comp;;fin; °CDS;1025306;; deb; °CDS;335194;402;;;fin; °CDS;729359;;comp;;deb; °CDS;1053321;2191; ; &tRNA;337399;633;;;deb; °CDS;739215;181;;;; &tRNA;1056331;98;comp fin; °CDS;338107;;comp;;; &tRNA;740257;246;;;fin; °CDS;1056506;; deb; °CDS;440466;496;comp;;deb; °CDS;740590;1199;;;deb; °CDS;1090984;14; ; &tRNA;441430;31;;;; &tRNA;743160;1090;;;; ncRNA;1091640;152; fin; °CDS;441536;;;;fin; °CDS;744325;;;;fin; °CDS;1091886;; deb; °CDS;469056;218;comp;;deb; °CDS;775944;2466;comp;;deb; °CDS;1098776;40;comp ; &tRNA;470000;15;;;16s; $rRNA;780333;1854;comp;;; &tRNA;1099281;145;comp ; &tRNA;470091;1922;;;fin; °CDS;783686;;comp;;fin; °CDS;1099511;;comp fin; °CDS;472090;;;;deb; °CDS;814590;349;comp;;deb; °CDS;1102351;475;comp ;;;;;;; &tRNA;815173;68;comp;;; &tRNA;1103456;130;comp ;;;;;;fin; °CDS;815317;;comp;;fin; °CDS;1103661;;comp </pre> ====rtb intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_tRNA|rtb intercalaires tRNA]] <pre> ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;; ;;;;;;;;;; ;15;;381;comp’;368;;17;31;'''deb; comp’;60;;108;comp’;1394;;26;32;<201;9 comp’;1051;;278;;110;;35;58;total;19 ;95;;17;;139;;40;62;taux;47% ;;;143;;167;;82;68;; ;;comp’;411;;142;;108;110;'''fin; ;;;;;;;143;130;<201;12 ;;;35;;1364;;176;139;total;21 ;;;402;comp’;633;;181;142;taux;57% ;;comp’;496;;31;;278;145;; ;;comp’;218;;1922;;349;145;'''total; ;;;1530;;218;;381;167;<201;21 ;;comp’;1278;;58;;382;218;total;40 ;;;26;;62;;402;222;taux;53% ;;;176;;248;;475;246;; ;;comp’;499;;222;;951;248;; ;;comp’;452;comp’;1274;;1164;1028;; ;;comp’;1535;;1028;;1199;1090;; ;;;1164;;32;;1530;1364;; ;;;181;;246;;'''-;1922;; ;;;1199;;1090;;'''-;2009;'''comp’;'''cumuls ;;;349;;68;;218;98;'''deb;9 ;;;82;comp’;183;;401;183;<201;0 ;;;382;;2009;;411;368;'''fin;7 ;;comp’;401;;145;;452;633;<201;2 ;;;951;comp’;1945;;496;1274;; ;;comp’;2191;comp’;98;;499;1394;'''total; ;;;40;;145;;1278;1945;<201;2 ;;;475;;130;;1535;'''-;total;16 ;;;;;;;2191;'''-;taux;13% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;9;14;23;;;;; ;;total;28;28;56;;;;; ;;taux;32%;50%;41%;;;;; </pre> ===rpl=== ====rpl opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_opérons|rpl opérons]] <pre> 29.0%GC;30.12.19 Paris;16s 1 ;33 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rickettsia prowazekii str. Breinl ;;;;;;;;;;;; comp;31462..31892;;cds;;263;263;;;144;;p-preprotein translocase subunit YajC;* comp;32156..32181;;rpr;;870;870;;;26;;tandem;* comp;33052..33126;;ggc;;1253;1253;;;;;;* comp;34380..35750;;cds;;256;256;;;;;magnesium transporter;* comp;36007..36093;;ctc;;190;190;;;;;;* comp;36284..37144;;cds;;;;;;287;;TIGR01459 family HAD-type hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;46825..47040;;cds;;31;31;;;72;;hp;* ;47072..47146;;gca;;1964;1964;;;;;;* ;49111..49650;;cds;;;;;;180;;copper chaperone Pcu(A)C;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71150..76816;;cds;;933;933;;;1889;;alpha-2-macroglobulin family protein;* comp;77750..77826;;cgt;;1179;1179;;;;;;* ;79006..80241;;cds;;;;;;412;;tyrosine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;;* ;121704..121946;;cds;;984;984;;;81;;HU family DNA-binding protein;* comp;122931..123007;;gtc;;446;446;;;;;;* ;123454..124113;;cds;;;;;;220;;(d)CMP kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;126222..126827;;cds;;236;236;;;202;;ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP;* ;127064..127139;;gcc;@1;830;;830;;;;;* comp;127970..128046;;gac;;365;365;;;;;;* ;128412..128843;;cds;;;;;;144;;ribosome-associated translation inhibitor RaiA;* ;;;;;;;;;;;;* ;171237..173012;;cds;;50;50;;;592;;aminopeptidase P family protein;* ;173063..173137;;caa;;49;;49;;;;;* comp;173187..173263;;cgg;;18;18;;;;;;* comp;173282..174265;;cds;;;;;;328;;polyprenyl synthetase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;186344..187336;;cds;;58;58;;;331;;tryptophan--tRNA ligase;* ;187395..187484;;tca;;354;354;;;;;;* comp;187839..188738;;cds;;;;;;300;;hydroxymethylbilane synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;203097..203846;;cds;;219;219;;;250;;bifunctional N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase/glucosamine-1-phosphate acetyltransferase;* ;204066..204153;;tcc;;1457;1457;;;;;;* ;205611..206639;;cds;;;;;;343;;type 2 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;299321..300853;;cds;;419;419;;;511;;hp;* comp;301273..301349;;atc;;15;;15;;;;;* comp;301365..301440;;aaa;;219;219;;;;;;* ;301660..302400;;cds;;;;;;247;;3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;328700..329635;;cds;;22;22;;;312;;site-specific tyrosine recombinase XerD;* comp;329658..329732;;tgc;;499;499;;;;;;* ;330232..330699;;cds;;;;;;156;;DUF2155 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;429121..429807;;cds;;723;723;;;229;;hp;* comp;430531..430605;;aac;;359;359;;;;;;* comp;430965..432767;;cds;;;;;;601;;elongation factor 4;* ;;;;;;;;;;;;* ;473867..474352;;cds;;928;928;;;162;;RNA pyrophosphohydrolase;* comp;475281..475357;;atgj;;40;40;;;;;;* comp;475398..475883;;cds;;;;;;162;;30S ribosomal protein S9;* ;;;;;;;;;;;;* ;506934..508007;;cds;;183;183;;;358;;cell division protein ZapE;* comp;508191..508305;;5s;;240;;;;115;;;* comp;508546..511330;;23s;;716;716;;;2785;;;* comp;512047..512958;;cds;;;;;;304;;methionyl-tRNA formyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;577419..579725;;cds;;138;138;;;769;;outer membrane protein assembly factor BamA;* ;579864..579939;;acg;;1026;1026;;;;;;* comp;580966..581169;;cds;;;;;;68;;DUF2674 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;612439..612639;;cds;;143;143;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;612783..612858;;tgg;;143;143;;;;;;* comp;613002..615101;;cds;;;;;;700;;elongation factor G;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656226..656870;;cds;;296;296;;;215;;YihA family ribosome biogenesis GTP-binding protein;* comp;657167..657243;;atgf;;119;119;;;;;;* comp;657363..657599;;cds;;;;;;79;;50S ribosomal protein L31;* ;;;;;;;;;;;;* comp;678911..679213;;cds;;19;19;;;101;;preprotein translocase subunit SecG;* comp;679233..679307;;acc;;159;159;;;;;;* comp;679467..680723;;cds;;;;;;419;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;746326..746529;;cds;;1664;1664;;;68;;hp;* comp;748194..748268;;gaa;;109;109;;;;;;* comp;748378..749421;;cds;;;;;;348;;autotransporter outer membrane beta-barrel domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;756703..757686;;cds;;363;363;;;328;;tRNA dihydrouridine synthase DusB;* ;758050..758125;;ttc;;564;564;;;;;;* ;758690..759730;;cds;;;;;;347;;UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;776202..776537;;cds;;154;154;;;112;;30S ribosomal protein S16;* ;776692..776766;;aca;;467;467;;;;;;* ;777234..777863;;cds;;;;;;210;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;779197..780348;;cds;;140;140;;;384;;succinyl-diaminopimelate desuccinylase;* ;780489..780573;;cta;;37;37;;;;;;* ;780611..781075;;cds;;;;;;155;;DNA polymerase III subunit chi;* ;;;;;;;;;;;;* comp;823242..823559;;cds;;98;98;;;106;;DUF167 domain-containing protein;* ;823658..823734;;aga;;1364;1364;;;;;;* comp;825099..825230;;cds;;;;;;44;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;854241..854456;;cds;;17;17;;;72;;translation initiation factor IF-1;* comp;854474..854550;;cca;;1573;1573;;;;;;* comp;856124..856357;;cds;;;;;;78;;BolA family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;915034..915501;;cds;;391;391;;;156;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* ;915893..915969;;atgi;;41;41;;;;;;* ;916011..917099;;cds;;;;;;363;;YjgP/YjgQ family permease;* ;;;;;;;;;;;;* ;953564..954742;;cds;;696;696;;;393;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* comp;955439..955530;;agc;;898;898;;;;;;* comp;956429..957373;;cds;;;;;;315;;ACP S-malonyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1009435..1011165;;cds;;142;142;;;577;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;1011308..1011384;;cac;;346;346;;;;;;* ;1011731..1012414;;cds;;;;;;228;;7-cyano-7-deazaguanine synthase QueC;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1045414..1045656;;cds;;2381;2381;;;81;;hp;* comp;1048038..1048123;;tta;;135;135;;;;;;* comp;1048259..1048387;;cds;;;;;;43;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1056245..1056973;;cds;;188;188;;;243;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1057162..1057247;;tac;;105;;105;;;;;* ;1057353..1057426;;gga;;82;82;;;;;;* ;1057509..1058693;;cds;;;;;;395;;elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;1072391..1072663;;cds;;62;62;;;91;;30S ribosomal protein S20;* ;1072726..1072801;;gta;;1181;1181;;;;;;* comp;1073983..1074648;;cds;;;;;;222;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1102136..1103935;;cds;;1458;1462;;;600;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;1105394..1106893;;16s;;1462;1462;;;1500;;;* ;1108356..1109301,1..184;;cds;;;;;;377;;P-hp;* </pre> ====rpl cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_cumuls|rpl cumuls]] <pre> rpl cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;2;1;;-;1;0;1;;100;12;30;0 ;23s5s;1;20;1;;50;9;40;;200;11;60;2 ;16s;1;40;;;100;4;80;;300;12;90;9 ;16s23s;0;60;1;;150;8;120;;400;15;120;4 ;max a;0;80;;;200;5;160;;500;2;150;2 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;4;180;6 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;2;210;2 ;total aas;0;140;;;350;1;280;;800;1;240;5 sans ;opérons;29;160;;;400;5;320;;900;0;270;3 ;1 aa;25;180;;;450;2;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;2;400;;1100;0;330;5 ;a doubles;0;;1;;;21;;;;1;;20 ;total aas;33;;4;0;;63;;0;;60;;60 total aas;;33;;;;21;1204;;;;;; remarques;;1;;;;;453;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;528;;;;293;; ;;;variance;;;;558;;;;271;; sans jaune;;;moyenne;56;;;191;;;;243;;172 ;;;variance;45;;;140;;;;145;;89 </pre> ====rpl blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_blocs|rpl blocs]] ====rpl distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_distribution|rpl distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpl;;25;;;;;25;;rpl;8;;;;;;8 </pre> ====rpl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_données_intercalaires|rpl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpl;fx;fc;rpl;fx40;fc40;rpl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;5;0;0;5;-1;;10;1159;1179;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;2;64;1;0;8;-2;1;0;1253;984;1458;;261;;;;830;gcc ;3;20;4;35;2;0;10;-3;;0;256;446;5s CDS;;;;;**;;gac ;1;30;2;19;3;0;9;-4;;35;190;365;-;183;;;;;49;caa ;3;40;4;11;4;0;11;-5;;0;31;354;16s CDS;;;;;**;;cgg ;2;50;1;8;5;2;4;-6;;0;1964;219;1463;;;;;15;;atc ;1;60;4;10;6;0;4;-7;;2;933;499;CDS 23s;;;;;**;;aaa ;1;70;5;14;7;0;3;-8;;17;236;723;719;;;;;105;;tac ;0;80;12;13;8;0;6;-9;;0;50;928;;;;;;**;;gga ;1;90;7;18;9;0;6;-10;;1;18;1026;;;;;;;; 1;0;100;4;16;10;0;3;-11;;2;58;1999;;;;;;;; ;1;110;3;19;11;0;3;-12;;0;219;363;;;;;;;; ;1;120;7;17;12;1;7;-13;;3;1457;98;;;;;;;; ;0;130;4;21;13;0;3;-14;1;7;419;1971;;;;;;;; ;2;140;3;17;14;1;2;-15;;0;22;696;;;;;;;; ;3;150;3;14;15;1;3;-16;;1;359;346;;;;;;;; ;2;160;3;22;16;1;4;-17;;6;40;373;;;;;;;; ;0;170;4;16;17;0;2;-18;;0;138;188;;;;;;;; ;0;180;6;8;18;0;4;-19;;0;143;1181;;;;;;;; 1;1;190;4;10;19;0;4;-20;;1;143;;;;;;;;; ;0;200;2;9;20;0;3;-21;;0;296;;;;;;;;; ;0;210;3;4;21;0;5;-22;;1;119;;;;;;;;; 1;1;220;6;5;22;0;1;-23;;5;19;;;;;;;;; ;0;230;3;9;23;1;1;-24;;0;159;;;;;;;;; ;1;240;0;5;24;0;6;-25;;1;109;;;;;;;;; ;0;250;5;8;25;0;3;-26;;4;564;;;;;;;;; ;1;260;4;5;26;0;1;-27;;0;154;;;;;;;;; ;0;270;4;1;27;1;0;-28;;0;467;;;;;;;;; ;0;280;0;4;28;0;1;-29;;0;140;;;;;;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;37;;;;;;;;; ;1;300;1;0;30;0;1;-31;;0;17;;;;;;;;; ;0;310;1;3;31;0;0;-32;;1;1573;;;;;;;;; ;0;320;1;3;32;1;4;-33;;0;391;;;;;;;;; ;0;330;0;1;33;1;3;-34;;0;41;;;;;;;;; ;0;340;0;0;34;0;2;-35;1;1;898;;;;;;;;; 1;0;350;3;4;35;1;0;-36;;0;142;;;;;;;;; 1;1;360;0;1;36;0;0;-37;;0;2381;;;;;;;;; 2;0;370;1;4;37;0;1;-38;;3;82;;;;;;;;; 1;0;380;2;1;38;0;0;-39;;0;62;;;;;;;;; ;0;390;4;1;39;1;1;-40;;0;;;;;;;;;; ;1;400;1;0;40;0;0;-41;;1;;;;;;;;;; 11;11;reste;59;102;reste;171;393;-42;;0;;;;;;;;;; 19;39;total;183;527;total;183;527;-43;;0;;;;;;;;;; 8;28;diagr;124;420;diagr;12;129;-44;;1;;;;;;;;;; 0;4; t30;8;118;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;; ;x;183;5;0;188;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;522;103;5;630;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;818;75;;reste;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;;893;;total;5;103;;;;;;;;;; </pre> =====rpl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpl_autres_intercalaires_aas|rpl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;rpl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;31462;31892;1159;*; ;comp;tRNA;33052;33126;1253;*;ggc deb;comp;CDS;34380;35750;256;*; ;comp;tRNA;36007;36093;190;*;ctc fin;comp;CDS;36284;37144;;0; deb;;CDS;46825;47040;31;*; ;;tRNA;47072;47146;1964;*;gca fin;;CDS;49111;49650;;; deb;comp;CDS;71150;76816;933;*; ;comp;tRNA;77750;77826;1179;*;cgt fin;;CDS;79006;80241;;; deb;;CDS;121704;121946;984;*; ;comp;tRNA;122931;123007;446;*;gtc fin;;CDS;123454;124113;;; deb;;CDS;126222;126827;236;*; ;;tRNA;127064;127139;830;*;gcc ;comp;tRNA;127970;128046;365;*;gac fin;;CDS;128412;128915;;; deb;comp;CDS;160532;163174;244;*; ;;ncRNA;163419;163803;171;*; fin;;CDS;163975;164643;;; deb;;CDS;171237;173012;50;*; ;;tRNA;173063;173137;49;*;caa ;comp;tRNA;173187;173263;18;*;cgg fin;comp;CDS;173282;174265;;; deb;;CDS;186344;187336;58;*; ;;tRNA;187395;187484;354;*;tca fin;comp;CDS;187839;188738;;; deb;;CDS;203097;203846;219;*; ;;tRNA;204066;204153;1457;*;tcc fin;;CDS;205611;206639;;0; deb;comp;CDS;299321;300853;419;*; ;comp;tRNA;301273;301349;15;*;atc ;comp;tRNA;301365;301440;219;*;aaa fin;;CDS;301660;302400;;; deb;comp;CDS;328700;329635;22;*; ;comp;tRNA;329658;329732;499;*;tgc fin;;CDS;330232;330699;;; deb;;CDS;429121;429807;723;*; ;comp;tRNA;430531;430605;359;*;aac fin;comp;CDS;430965;432767;;0; deb;;CDS;473867;474352;928;*; ;comp;tRNA;475281;475357;40;*;atgj fin;comp;CDS;475398;475883;;; deb;;CDS;506934;508007;183;*; ;comp;rRNA;508191;508305;261;*;115 ;comp;rRNA;508567;511327;719;*;2761 fin;comp;CDS;512047;512958;;; deb;;CDS;577419;579725;138;*; ;;tRNA;579864;579939;1026;*;acg fin;comp;CDS;580966;581169;;0; deb;comp;CDS;612439;612639;143;*; ;comp;tRNA;612783;612858;143;*;tgg fin;comp;CDS;613002;615101;;; deb;comp;CDS;656226;656870;296;*; ;comp;tRNA;657167;657243;119;*;atgf fin;comp;CDS;657363;657599;;; deb;comp;CDS;678911;679213;19;*; ;comp;tRNA;679233;679307;159;*;acc fin;comp;CDS;679467;680723;;; deb;;CDS;745691;746194;1999;*; ;comp;tRNA;748194;748268;109;*;gaa fin;comp;CDS;748378;749594;;; deb;comp;CDS;756703;757686;363;*; ;;tRNA;758050;758125;564;*;ttc fin;;CDS;758690;759730;;; deb;;CDS;776202;776537;154;*; ;;tRNA;776692;776766;467;*;aca fin;;CDS;777234;777863;;; deb;;CDS;779197;780348;140;*; ;;tRNA;780489;780573;37;*;cta fin;;CDS;780611;781075;;0; deb;comp;CDS;786459;787982;143;*; ;comp;ncRNA;788126;788219;14;*; fin;comp;CDS;788234;788875;;0; deb;comp;CDS;823242;823559;98;*; ;;tRNA;823658;823734;1971;*;aga fin;comp;CDS;825706;826527;;; deb;comp;CDS;854241;854456;17;*; ;comp;tRNA;854474;854550;1573;*;cca fin;comp;CDS;856124;856357;;0; deb;;CDS;915034;915501;391;*; ;;tRNA;915893;915969;41;*;atgi fin;;CDS;916011;917099;;; deb;;CDS;934616;934933;9;*; ;;ncRNA;934943;935101;153;*; fin;;CDS;935255;936496;;0; deb;;CDS;953564;954742;696;*; ;comp;tRNA;955439;955530;898;*;agc fin;comp;CDS;956429;957373;;; deb;comp;CDS;963044;963856;74;*; ;;tmRNA;963931;964460;185;*; fin;;CDS;964646;965125;;; deb;comp;CDS;1009435;1011165;142;*; ;comp;tRNA;1011308;1011384;346;*;cac fin;;CDS;1011731;1012414;;; deb;comp;CDS;1045414;1045656;2381;*; ;comp;tRNA;1048038;1048123;373;*;tta fin;;CDS;1048497;1048709;;; deb;comp;CDS;1056245;1056973;188;*; ;;tRNA;1057162;1057247;105;*;tac ;;tRNA;1057353;1057426;82;*;gga fin;;CDS;1057509;1058693;;; deb;;CDS;1072391;1072663;62;*; ;;tRNA;1072726;1072801;1181;*;gta fin;comp;CDS;1073983;1074648;;; deb;;CDS;1102136;1103935;1458;*; ;;rRNA;1105394;1106892;1463;*;1499 fin;;CDS;1108356;17;;; </pre> ===rpm=== ====rpm opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm opérons]] <pre> ;20 m23s;17 m16s;;;;;;;;;; ;;9 m16s seuls;;;;;;;;;; http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_phot_DSM_122/rhodPhot_DSM122-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017059.1;rpm;;genome;24.12.19;;;;;;;; 64.7%GC;26.12.19 Paris;16s 7;95 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum photometricum DSM 122;;;;;;;;;;;; comp;3322..4194;;cds;;30;30;;;291;;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein;* comp;4225..4821;;23s°;@1;196;;;;595;;;* comp;5018..5093;;gca;;182;;;;;;;* comp;5276..5684;;16s°;;38;38;;;407;;;* ;5723..6664;;cds;;;;;;314;;SEL1-like repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp <;12458..13198;;cds;;242;242;;;247;;p-transposase;* comp;13441..13555;;5s;@2;72;;;;113;;;* comp;13628..13880;;23s°;;-7;*-7;;;251;;;* comp;13874..15127;;cds;;;;;;418;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;21325..22362;;cds;;586;*586;;;346;;hp;* ;22949..23237;;16s°;;85;85;;;287;;;* comp;23323..23490;;cds;;;;;;56;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;24015..24287;;cds;;250;250;;;91;;TraYdomain-containingprotein;* comp;24538..24652;;5s;;71;;;;113;;;* comp;24724..27490;;23s;;212;;;;2765;;;* comp;27703..27779;;atc;;112;;;;;;;* comp;27892..28378;;16s°;;18;18;;;485;;;* <>;28397..29119;;cds;;;;;;241;;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;32782..33759;;cds;;190;190;;;326;;glycosyltransferase;* ;33950..34357;;16s°;;112;;;;406;;;* ;34470..34546;;atc;;216;;;;;;;* ;34763..35591;;23s°;;44;;;;827;;;* comp;35636..35750;;5s;;72;;;;113;;;* comp;35823..38589;;23s;;215;;;;2765;;;* comp;38805..38881;;atc;;112;;;;;;;* comp;38994..40502;;16s;;260;;;;1507;;;* comp;40763..42629;;23s°;;-15;;;;1865;;;* ;42615..42903;;16s°;;112;;;;287;;;* ;43016..43092;;atc;;213;;;;;;;* ;43306..44132;;23s°;;-1;;;;825;;;* comp;44132..44835;;23s°;;-5;*-5;;;702;;;* ;44831..45121;;cds;;;;;;97;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <;45496..45768;;cds;;553;*553;;;91;;p-glycosyl transferase family 1;* ;46322..47040;;16s°;;0;*0;;;717;;;* comp;47041..47433;;cds;;;;;;131;;winged helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;49761..51017;;cds;;128;128;;;419;;glycosyltransferase;* comp;51146..51221;;23s°;;214;;;;74;;;* comp;51436..51512;;atc;;112;;;;;;;* comp;51625..52017;;16s°;;-7;;;;391;;;* ;52011..52881;;23s°;;106;106;;;869;;;* ;52988..53464;;cds;;-37;*-37;;;159;;hp;* >;53428..53694;;cds;;86;86;;;89;;p-glycosyltransferase;* comp;53781..54709;;23s°;;26;;;;927;;;* ;54736..54898;;16s°;;112;;;;161;;;* ;55011..55087;;atc;;216;;;;;;;* ;55304..55741;;23s°;;438;*438;;;436;;;* ;56180..56440;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;82891..83088;;cds;;116;116;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;83205..83280;;tgg;;199;199;;;;;;* >comp;83480..84178;;cds;;;;;;233;;p-elongation factor Tu;* ;;;;;;;;;;;;* ;417242..417412;;cds;;142;142;;;57;;tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase;* ;417555..417631;;atgj;+;24;;24;;;;;* ;417656..417732;;atgj;2 atgj;38;38;;;;;;* comp;417771..418796;;cds;;;;;;342;;tRNA epoxyqueuosine(34) reductase QueG;* ;;;;;;;;;;;;* ;434306..435142;;cds;;512;*512;;;279;;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase;* ;435655..435842;;16s°;;-6;;;;186;;;* ;435837..436075;;23s°;;72;;;;237;;;* ;436148..436262;;5s;;51;;;;113;;;* ;436314..436390;;atgf;;196;196;;;;;;* ;436587..436883;;cds;;;;;;99;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;467261..468370;;cds;;167;167;;;370;;3-isopropylmalate dehydrogenase;* ;468538..468667;;23s°;;72;;;;128;;;* ;468740..468854;;5s;;51;;;;113;;;* ;468906..468982;;atgf;;125;125;;;;;;* ;469108..469863;;cds;;;;;;252;;SAM-dependent chlorinase/fluorinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;534521..536161;;cds;;367;367;;;547;;glucose-6-phosphate isomerase;* ;536529..536603;;acg;;92;92;;;;;;* comp;536696..537778;;cds;;;;;;361;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;658467..658931;;cds;;110;110;;;155;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;659042..659116;;gtc;;155;155;;;;;;* ;659272..660159;;cds;;106;106;;;296;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;660266..660340;;gtc;;648;*648;;;;;;* comp;660989..661800;;cds;;;;;;271;;p-N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* 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;875638..876117;;cds;;;;;;160;;CreA family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;885688..886299;;cds;;176;176;;;204;;LysE family translocator;* ;886476..886552;;ccc;;144;144;;;;;;* comp;886697..887233;;cds;;;;;;179;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;932708..934243;;cds;;93;93;;;512;;Fic family protein;* comp;934337..934413;;cgt;+;35;;35;;;;;* comp;934449..934525;;cgt;3 cgt;44;;44;;;;;* comp;934570..934646;;cgt;;449;*449;;;;;;* ;935096..936175;;cds;;;;;;360;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;978995..979396;;cds;;138;138;;;134;;MFS transporter;* comp;979535..979609;;ggc;+;23;;23;;;;;* comp;979633..979707;;ggc;4 ggc;45;;45;;;;;* comp;979753..979827;;ggc;;29;;29;;;;;* comp;979857..979931;;ggc;;206;206;;;;;;* ;980138..981679;;cds;;;;;;514;;murein biosynthesis integral membrane protein MurJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;997575..997898;;cds;;95;95;;;108;;DUF1476 domain-containing protein;* comp;997994..998067;;cag;+;54;;54;;;;;* comp;998122..998195;;cag;2 cag;168;168;;;;;;* ;998364..999509;;cds;;;;;;382;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1050081..1051028;;cds;;60;60;;;316;;NnrS family protein;* comp;1051089..1051163;;acc;+;16;;16;;;;;* comp;1051180..1051254;;acc;3 acc;18;;18;;;;;* comp;1051273..1051347;;acc;;170;170;;;;;;* comp;1051518..1053305;;cds;;;;;;596;;EAL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1197836..1199341;;cds;;197;197;;;502;;aldehyde dehydrogenase;* ;1199539..1199623;;cta;;126;126;;;;;;* ;1199750..1201090;;cds;;;;;;447;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1206196..1206501;;cds;;93;93;;;102;;HU family DNA-binding protein;* ;1206595..1206670;;gta;;50;50;;;;;;* ;1206721..1207092;;cds;;;;;;124;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1213113..1214459;;cds;;210;210;;;449;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit;* comp;1214670..1214874;;16s°;;600;*600;;;203;;;* comp;1215475..1216716;;cds;;;;;;414;;polyphosphate kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1349719..1350132;;cds;;109;109;;;138;;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha;* comp;1350242..1350608;;23s°;;212;;;;365;;;* comp;1350821..1350897;;atc;;115;;;;;;;* comp;1351013..1351438;;16s°;;23;23;;;424;;;* < comp;1351462..1352160;;cds;;;;;;233;;p-tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1359745..1360302;;cds;;176;176;;;186;;hp;* ;1360479..1360555;;gac;+;37;;37;;;;;* ;1360593..1360669;;gac;2 gac;274;274;;;;;;* ;1360944..1361204;;cds;;;;;;87;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1416615..1417769;;cds;;214;214;;;385;;glycosyltransferase family 61 protein;* ;1417984..1418074;;tcc;;154;154;;;;;;* comp;1418229..1419095;;cds;;;;;;289;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1472421..1473403;;cds;;250;250;;;328;;biotin synthase BioB;* comp;1473654..1473740;;ttg;;77;77;;;;;;* comp;1473818..1474678;;cds;;;;;;287;;homocysteine S-methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1735298..1736380;;cds;;209;209;;;361;;DUF262 domain-containing protein;* ;1736590..1736859;;23s°;;72;;;;268;;;* ;1736932..1737046;;5s;;52;;;;113;;;* ;1737099..1737175;;atgf;;93;93;;;;;;* comp;1737269..1737694;;cds;;;;;;142;;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1812365..1813924;;cds;;894;*894;;;520;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;1814819..1815040;;16s°;;-7;*-7;;;222;;;* <comp;1815034..1815837;;cds;;80;80;;;268;;p-elongation factor Tu;* comp;1815918..1815991;;gga;;34;;34;;;;;* comp;1816026..1816111;;tac;;144;144;;;;;;* ;1816256..1817143;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1833109..1833603;;cds;;83;83;;;165;;MBL fold metallo-hydrolase;* comp;1833687..1833762;;aag;+;24;;24;;;;;* comp;1833787..1833862;;aag;2 aag;198;198;;;;;;* comp;1834061..1835224;;cds;;;;;;388;;rod shape-determining protein RodA;* ;;;;;;;;;;;;* >;1941413..1943059;;cds;;-30;*-30;;;549;;p-recombinase family protein;* comp;1943030..1943121;;agc;;160;160;;;;;;* comp;1943282..1944133;;cds;;;;;;284;;FAD-dependent thymidylate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2087696..2090938;;cds;;705;*705;;;1081;;PAS domain-containing protein;* ;2091644..2091826;;16s°;;7;7;;;181;;;* ;2091834..2092247;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2095044..2095490;;cds;;48;48;;;149;;hp;* comp;2095539..2095733;;16s°;;614;*614;;;193;;;* comp;2096348..2097337;;cds;;;;;;330;;trypsin-like serine protease;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2113248..2114603;;cds;;219;219;;;452;;hp;* comp;2114823..2114899;;aga;;55;55;;;;;;* comp;2114955..2115251;;cds;;71;71;;;99;;ETC complex I subunit;* comp;2115323..2115399;;cca;;261;261;;;;;;* comp;2115661..2115960;;cds;;;;;;100;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2144042..2146288;;cds;;308;308;;;749;;HAMP domain-containing protein;* ;2146597..2147256;;23s°;;72;;;;658;;;* ;2147329..2147443;;5s;;52;;;;113;;;* ;2147496..2147572;;atgf;;645;*645;;;;;;* comp;2148218..2148664;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2268003..2268461;;cds;;87;87;;;153;;23S rRNA (pseudouridine(1915)-N(3))-methyltransferase RlmH;* comp;2268549..2268625;;ccg;+;165;;*165;;;;;* comp;2268791..2268867;;ccg;2 ccg;56;56;;;;;;* comp;2268924..2269910;;cds;;;;;;329;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2321621..2322145;;cds;;332;332;;;175;;hp;* ;2322478..2322554;;ccc;;225;225;;;;;;* ;2322780..2322974;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2393295..2396009;;cds;@3;1003;*1003;;;905;;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3;* ;2397013..2397919;;16s°;;2;2;;;905;;;* ;2397922..2400888;;cds;;;;;;989;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2517845..2520559;;cds;;229;229;;;905;;phosphoenolpyruvate carboxylase;* comp;2520789..2520903;;5s;;72;;;;113;;;* comp;2520976..2521339;;23s°;;189;189;;;362;;;* comp;2521529..2522152;;cds;;;;;;208;;3-isopropylmalate dehydratase small subunit;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2596508..2596738;;cds;;989;989;;;77;;motility twitching protein PilT;* comp;2597728..2597815;;tca;;194;194;;;;;;* ;2598010..2599204;;cds;;;;;;398;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2621435..2622058;;cds;;106;106;;;208;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* comp;2622165..2622251;;ctc;;202;202;;;;;;* ;2622454..2623107;;cds;;;;;;218;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;2631201..2631554;;cds;;192;192;;;118;;hp;* ;2631747..2631822;;gcc;+;70;;70;;;;;* ;2631893..2631968;;gcc;4 gcc;69;;69;;;;;* ;2632038..2632113;;gcc;;57;;57;;;;;* ;2632171..2632246;;gcc;;166;166;;;;;;* <;2632413..2632965;;cds;;-41;*-41;;;184;;p-IS256 family transposase;* ;2632925..2633473;;cds;;30;30;;;183;;hp;* comp;2633504..2633579;;aca;;93;93;;;;;;* comp;2633673..2634200;;cds;;271;271;;;176;;N-acetyltransferase;* comp;2634472..2634561;;tcg;;155;155;;;;;;* ;2634717..2635742;;cds;;;;;;342;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2655872..2656489;;cds;;182;182;;;206;;YitT family protein;* comp;2656672..2656747;;gag;;141;141;;;;;;* comp;2656889..2657674;;cds;;;;;;262;;MetQ/NlpA family ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2758160..2758312;;cds;;110;110;;;51;;light-harvesting protein;* comp;2758423..2758509;;tta;;94;94;;;;;;* comp;2758604..2759899;;cds;;;;;;432;;bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* >;2768823..2769518;;cds;;-12;*-12;;;232;;methyltransferase;* ;2769507..2769776;;23s°;;71;;;;268;;;* ;2769848..2769962;;5s;;118;118;;;113;;;* comp;2770081..2771016;;cds;;;;;;312;;tetratricopeptide repeat protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2792922..2794778;;cds;;129;129;;;619;;glutathione-regulated potassium-efflux system protein KefB;* ;2794908..2794982;;caa;;92;92;;;;;;* comp;2795075..2795686;;cds;;;;;;204;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2862755..2862982;;cds;;123;123;;;76;;hp;* ;2863106..2863182;;cca;;117;;*117;;;;;* ;2863300..2863374;;atgi;;373;;*373;;;;;* ;2863748..2863823;;gca;;157;;*157;;;;;* ;2863981..2864056;;aca;;15;;;;;;;* ;2864072..2864317;;cds;;8;;;;82;;DUF2829 domain-containing protein;* ;2864326..2864401;;aaa;;250;250;;;;;;* >;2864652..2865041;;cds;;;;;;130;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2867066..2868112;;cds;;76;76;;;349;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2868189..2868264;;aaa;;99;99;;;;;;* comp;2868364..2868870;;cds;;;;;;169;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2893891..2894430;;cds;;25;25;;;180;;phage portal protein;* ;2894456..2894570;;5s;;51;;;;113;;;* ;2894622..2894698;;atgf;;285;285;;;;;;* ;2894984..2895400;;cds;;;;;;139;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3034652..3035092;;cds;;250;250;;;147;;hp;* comp;3035343..3035418;;aaa;;8;8;;;;;;* comp;3035427..3035986;;cds;;;;;;187;;DUF2829 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3305068..3306534;;cds;;379;*379;;;489;;S8 family serine peptidase;* comp;3306914..3306989;;ttc;+;29;;29;;;;;* comp;3307019..3307094;;ttc;4 ttc;34;;34;;;;;* comp;3307129..3307204;;ttc;;33;;33;;;;;* comp;3307238..3307313;;ttc;;60;60;;;;;;* comp;3307374..3308864;;cds;;;;;;497;;RimK family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3332977..3334356;;cds;;54;54;;;460;;type II secretion system protein;* ;3334411..3334487;;cgg;;176;176;;;;;;* < comp;3334664..3335983;;cds;;;;;;440;;p-hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3408217..3409026;;cds;;91;91;;;270;;hp;* comp;3409118..3409232;;5s;;71;;;;113;;;* comp;3409304..3409410;;23s°;;1;*1;;;105;;;* <;3409412..3409711;;cds;;;;;;100;;p-IS5/IS1182 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3456276..3461666;;cds;;387;*387;;;1797;;alpha-2-macroglobulin family protein;* ;3462054..3462130;;agg;;29;29;;;;;;* ;3462160..3462951;;cds;;;;;;264;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3500025..3500675;;cds;;210;210;;;217;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;3500886..3500959;;tgc;+;27;;27;;;;;* ;3500987..3501061;;aac;2 aac;31;;31;;;;;* ;3501093..3501167;;aac;;84;84;;;;;;* comp;3501252..3501659;;cds;;;;;;136;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3639978..3641276;;cds;;172;172;;;433;;outer membrane efflux protein;* ;3641449..3641525;;gcg;+;70;;70;;;;;* ;3641596..3641671;;gcg;3 gcg;33;;33;;;;;* ;3641705..3641780;;gcg;;389;*389;;;;;;* ;3642170..3644392;;cds;;;;;;741;;sigma-54-dependent Fis family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;3651524..3652711;;cds;;55;55;;;396;;aminotransferase;* ;3652767..3652843;;cac;;202;202;;;;;;* <comp;3653046..3653543;;cds;;;;;;166;;arsenical-resistance protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;3710072..3710840;;cds;;126;126;;;256;;TonB family protein;* comp;3710967..3711042;;gaa;+;214;;*214;;;;;* comp;3711257..3711332;;gaa;2 gaa;125;125;;;;;;* comp;3711458..3711664;;cds;;;;;;69;;cold-shock protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3727874..3729085;;cds;;828;*828;;;404;;hp;* ;3729914..3730068;;16s°;;87;87;;;153;;;* ;3730156..3730545;;cds;;;;;;130;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3804728..3805231;;cds;;118;118;;;168;;response regulator;* comp;3805350..3805425;;gag;;241;241;;;;;;* comp;3805667..3806140;;cds;;;;;;158;;transcription elongation factor GreA;* ;;;;;;;;;;;;* ;3813820..3815895;;cds;;138;138;;;692;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;3816034..3816109;;atgi;;94;94;;;;;;* ;3816204..3818993;;cds;;;;;;930;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3827982..3828878;;cds;;90;90;;;299;;phosphoserine phosphatase SerB;* comp;3828969..3829042;;ggg;@5;292;292;;;;;;* ;3829335..3830670;;cds;;;;;;445;;chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3832305..3833264;;cds;;311;311;;;320;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;3833576..3833662;;ctg;+;47;;47;;;;;* ;3833710..3833796;;ctg;5 ctg;153;;*153;;;;;* ;3833950..3834036;;ctg;;48;;48;;;;;* ;3834085..3834171;;ctg;;47;;47;;;;;* ;3834219..3834305;;ctg;;113;113;;;;;;* ;3834419..3835039;;cds;;;;;;207;;ribonuclease D;* </pre> ====rpm cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_cumuls|rpm cumuls]] <pre> rpm cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;27;1;0;;1;9;1;;100;20;1;0 ;16s°atc23s°;7;20;2;;50;15;40;;200;35;30;0 ;16s°gca23s°;1;40;14;;100;30;80;;300;30;60;3 ;16s°23s°;1;60;7;;150;24;120;;400;23;90;10 ;max a;1;80;3;;200;23;160;;500;14;120;10 ;a doubles;0;100;0;;250;16;200;;600;7;150;14 ;spéciaux;18;120;1;;300;5;240;;700;2;180;13 ;total aas;13;140;0;;350;4;280;;800;3;210;11 sans ;opérons;47;160;2;;400;5;320;;900;0;240;6 ;1 aa;30;180;1;;450;2;360;;1000;4;270;9 ;max a;5;200;0;;500;0;400;;1100;1;300;9 ;a doubles;15;;2;;;14;;;;2;;56 ;total aas;79;;32;0;;147;;0;;141;;141 total aas;;92;;;;;;;;;;; remarques;;5;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;69;;;194;;;;310;; ;;;variance;75;;;197;;;;248;; sans jaune;;;moyenne;39;;;147;;;;252;;170 ;;;variance;16;;;112;;;;134;;71 </pre> ====rpm blocs==== ====rpm blocs protéines==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_protéines|rpm blocs protéines]] <pre> 23s;23s rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB 3-isop;3-isopropylmalate dehydrogenase 3-isop-sub;3-isopropylmalate dehydratase small subunit acetyl;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit cas3;CRISPR-associated helicase/endonuclease Cas3 CDP;CDP-diacylglycerol--serine O-phosphatidyltransferase ComF;ComF family protein CRISPR;CRISPR DUF262;DUF262 domain-containing protein FeFe;[FeFe] hydrogenase H-cluster radical SAM maturase HydE glyco;glycosyltransferase HAMP;HAMP domain-containing protein LysM ;LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein methyl;methyltransferase NAD;NAD(P) transhydrogenase subunit alpha p-elon;p-elongation factor Tu p-EscV;p-EscV/YscV/HrcVfamilytypeIIIsecretionsystemexportapparatusprotein p-glyco;p-glycosyltransferase P-glyco1;p-glycosyl transferase family 1 p-IS5;p-IS5/IS1182 family transposase p-tetra;p-tetratricopeptide repeat protein p-trans;p-transposase PAS;PAS domain-containing protein peptido;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein phage;phage portal protein phospho;phosphoenolpyruvate carboxylase polypho;polyphosphate kinase respons;response regulator SAM;SAM-dependent chlorinase/fluorinase SEL1;SEL1-like repeat protein tetra;tetratricopeptide repeat protein TraY;TraY domain-containing protein trypsin;trypsin-like serine protease type II;type II toxin-antitoxin system VapC family toxin VWA;VWA domain-containing protein winged ;winged helix-turn-helix domain-containing protein </pre> ====rpm blocs construits==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_blocs_construits|rpm blocs construits]] *Notes: J'ai gardé les symboles de coloration. Il suffit de les rechercher et les remplacer et sans désélectionner colorer comme suite: *: - '''*''' jaune, ffff00 *: - '''$''' orange, ff6600 *: - '''?''' cyan, 66ffff *: - '''§''' vert, 99ff33 *: - '''&''' bleu, 00ccff *: - '''(''' gris, dddddd *: - enlever le '''gras''', et <u>surligne</u>. <pre> rpm blocs;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;9 blocs 16s° solitaires, 6 blocs atc gca;;;;;;;;;;9 blocs 23s°5s, 3 blocs complets;;;;;; sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait;;sens;adresse;;bloc;interca;cdsa;protéine;rRNA°;ordre fait ;21325..22362;;cds;586;346;hp;1493;;;comp;13874..15127;;cds;-7;418;hp;1505; ;22949..23237;;*16s°;85;§287;;;;;comp;13628..13880;;*23s°;?72;§251;;; comp;23323..23490;;cds;;56;hp;;b3;;comp;13441..13555;;$5s;242;§113;;; ;;;;;;;;;;comp <;12458..13198;;cds;;247;p-trans;;b5 <;45496..45768;;cds;553;91;p-glyco1;1383;;;;;;;;;;; ;46322..47040;;*16s°;0;§717;;;;;comp;691078..691773;;cds;4;232;ComF;814; comp;47041..47433;;cds;;131;winged ;;b4;;;691778..691897;;*23s°;?72;§118;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;acc3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;atgj2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;cag2;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;;ccg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;;gac;;ggc;;cgt3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ctg5;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1;gaa2;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;gac2;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;gcc4;gta;;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;gcg3;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc4;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;gtg2;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;5;ccg;2;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;2;ggg;1;ttc4;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;3;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;gca >1 16s;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rpm;;30;;;;;30;;rpm;7;;;;;;7;;rpm;42;;;;;;42;;rpm;;;;5;;;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;5 1-3aas;;; </pre> ====rpm données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_données_intercalaires|rpm données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rpm;fx;fc;rpm;fx40;fc40;rpm;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;9;0;4;9;-1;0;65;418;38; CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;2;10;14;213;1;2;30;-2;3;1;116;367;;1026;68;;;24;;atgj ;1;20;6;171;2;1;36;-3;0;0;199;92;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgj ;1;30;8;116;3;2;23;-4;7;338;142;155;173;114;116;;atc;25;;gtg 1;0;40;27;74;4;2;31;-5;0;0;196;648;250;161;tRNA 23s;;;**;;gtg ;1;50;95;61;5;2;22;-6;0;0;125;195;229;118;240;;atc;35;;cgt 2;4;60;78;63;6;1;8;-7;0;3;110;144;25;91;243;;atc;44;;cgt ;0;70;47;80;7;0;11;-8;1;40;106;93;16s CDS;;5s tRNA;;;**;;cgt 2;3;80;30;75;8;2;18;-9;1;0;350;449;-3;;51;;atgf;23;;ggc 2;4;90;21;69;9;0;20;-10;0;6;88;206;;;51;;atgf;45;;ggc 5;4;100;27;59;10;2;14;-11;0;18;81;95;;;52;;atgf;29;;ggc 1;3;110;24;54;11;0;18;-12;0;0;176;168;;;52;;atgf;**;;ggc ;3;120;25;53;12;1;29;-13;1;8;138;60;;;51;;atgf;54;;cag 1;5;130;18;63;13;0;19;-14;1;20;170;154;;;;;;**;;cag ;2;140;25;50;14;2;16;-15;0;0;197;93;;;;;;16;;acc 1;3;150;21;57;15;1;22;-16;0;2;126;195;;;;;;18;;acc 3;1;160;16;56;16;0;21;-17;0;10;93;645;;;;;;**;;acc 1;2;170;16;42;17;1;16;-18;3;0;50;87;;;;;;37;;gac 1;3;180;18;38;18;1;12;-19;1;3;176;74;;;;;;**;;gac 1;1;190;16;37;19;0;13;-20;1;5;274;194;;;;;;34;;gga 3;5;200;19;32;20;0;5;-21;0;0;214;205;;;;;;**;;tac 3;0;210;19;37;21;1;17;-22;0;1;250;538;;;;;;24;;aag ;3;220;8;25;22;0;13;-23;0;5;77;155;;;;;;**;;aag ;1;230;21;27;23;1;11;-24;0;0;80;110;;;;;;165;;ccg ;0;240;12;29;24;1;13;-25;0;1;83;92;;;;;;**;;ccg ;4;250;13;36;25;1;11;-26;3;5;198;76;;;;;;70;;gcc ;0;260;17;12;26;0;9;-27;0;0;141;54;;;;;;69;;gcc ;1;270;15;16;27;0;8;-28;0;2;160;176;;;;;;57;;gcc ;2;280;26;10;28;1;14;-29;2;5;219;387;;;;;;**;;gcc ;1;290;14;13;29;1;12;-30;0;0;55;210;;;;;;117;;cca 1;0;300;13;11;30;2;8;-31;0;5;71;84;;;;;;373;;atgi ;0;310;15;12;31;0;7;-32;0;2;261;184;;;;;;157;;gca 1;0;320;9;9;32;2;10;-33;0;0;56;126;;;;;;**;;aca ;0;330;8;12;33;1;12;-34;0;3;225;292;;;;;;29;;ttc ;0;340;8;8;34;5;4;-35;0;1;989;311;;;;;;34;;ttc ;1;350;9;8;35;0;4;-36;0;0;106;;;;;;;33;;ttc ;0;360;6;8;36;3;9;-37;0;2;192;;;;;;;**;;ttc 1;0;370;8;9;37;3;10;-38;0;5;166;;;;;;;27;;tgc ;1;380;4;5;38;5;5;-39;0;0;93;;;;;;;31;;aac 1;1;390;6;8;39;4;6;-40;0;1;271;;;;;;;**;;aac ;0;400;13;4;40;4;7;-41;0;2;182;suite c;;;;;;70;;gcg 4;2;reste;107;76;reste;847;1264;-42;1;0;141;60;;;;;;33;;gcg 35;65;total;906;1847;total;906;1847;-43;0;4;94;29;;;;;;**;;gcg 31;63;diagr;795;1762;diagr;55;574;-44;1;2;129;172;;;;;;214;;gaa 0;4; t30;28;500;;;;-45;0;0;123;389;;;;;;**;;gaa ;;;;;;;;-46;0;0;15;55;;;;;;47;;ctg ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;2;8;125;;;;;;153;;ctg ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;250;118;;;;;;48;;ctg ;x;902;46;4;952;;;-49;2;2;99;241;;;;;;47;;ctg ;c;1838;603;9;2450;;;-50;0;2;285;138;;;;;;**;;ctg ;;;;;3402;243;;reste;16;32;250;220;;;;;;;; ;;;;;;3645;;total;46;603;8;90;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;379;113;;;;;;;; </pre> =====rpm autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_autres_intercalaires_aas|rpm autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rpm;;;; deb fin;comp;gen;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;3322;4086;198; ;comp;misc_f;4285;4778;239; ;comp;tRNA;5018;5093;199;gca ;comp;misc_f;5293;5425;62; ;comp;misc_f;5488;5583;7; fin;;CDS;5591;6664;; deb;comp;CDS;12473;13267;173; ;comp;rRNA;13441;13555;82;115 ;comp;misc_f;13638;13881;-8; fin;comp;CDS;13874;15127;; deb;;CDS;21325;22362;656; ;;misc_f;23019;23290;32; fin;comp;CDS;23323;23490;; deb;comp;CDS;24015;24287;250; ;comp;rRNA;24538;24652;68;115 ;comp;rRNA;24721;27462;240;2742 ;comp;tRNA;27703;27779;129;atc ;comp;misc_f;27909;28041;5; ;comp;misc_f;28047;28494;-14; fin;;CDS;28481;29194;; deb;comp;CDS;32782;33759;290; ;;misc_f;34050;34145;62; ;;misc_f;34208;34340;129; ;;tRNA;34470;34546;259;atc ;;misc_f;34806;35299;7; ;comp;misc_f;35307;35750;69; ;comp;rRNA;35820;38561;243;2742 ;comp;tRNA;38805;38881;116;atc ;comp;rRNA;38998;40479;268;1482 ;;misc_f;40748;45159;-2406; ;;misc_f;42754;42886;129; ;;tRNA;43016;43092;256;atc ;;misc_f;43349;43842;7; ;;misc_f;43850;44142;601; fin;;CDS;44744;45121;; deb;;CDS;45496;45768;576; ;;misc_f;46345;47084;10; fin;comp;CDS;47095;47433;; deb;comp;CDS;49761;51017;418; ;comp;tRNA;51436;51512;129;atc ;comp;misc_f;51642;51774;62; ;comp;misc_f;51837;51932;84; ;;misc_f;52017;52217;76; ;;misc_f;52294;52918;69; fin;;CDS;52988;53464;; deb;;CDS;53428;53694;87; ;comp;misc_f;53782;53921;72; ;comp;misc_f;53994;54619;90; ;;misc_f;54710;54881;129; ;;tRNA;55011;55087;289;atc ;;misc_f;55377;55746;433; fin;;CDS;56180;56440;; deb;comp;CDS;82891;83088;116; ;comp;tRNA;83205;83280;199;tgg fin;comp;CDS;83480;84178;; deb;;CDS;417242;417412;142; ;;tRNA;417555;417631;24;atgj ;;tRNA;417656;417732;38;atgj fin;comp;CDS;417771;418820;; deb;;CDS;434306;435142;672; ;;misc_f;435815;436065;82; ;;rRNA;436148;436262;51;115 ;;tRNA;436314;436390;196;atgf fin;;CDS;436587;436883;; deb;comp;CDS;467261;468367;193; ;;misc_f;468561;468657;82; ;;rRNA;468740;468854;51;115 ;;tRNA;468906;468982;125;atgf fin;;CDS;469108;469863;; deb;comp;CDS;534521;536161;367; ;;tRNA;536529;536603;92;acg fin;comp;CDS;536696;537778;; deb;;CDS;619174;620157;82; ;;regulatory;620240;620316;45; fin;;CDS;620362;621558;; deb;comp;CDS;658467;658931;110; ;comp;tRNA;659042;659116;155;gtc deb;;CDS;659272;660159;106; ;;tRNA;660266;660340;648;gtc fin;comp;CDS;660989;661800;; deb;comp;CDS;684188;685114;350; ;comp;tRNA;685465;685539;25;gtg ;comp;tRNA;685565;685639;195;gtg fin;;CDS;685835;686251;; deb;comp;CDS;691078;691803;-14; ;;misc_f;691790;691887;82; ;;rRNA;691970;692084;114;115 fin;comp;CDS;692199;694505;; deb;;CDS;750262;751398;161; ;comp;rRNA;751560;751674;82;115 ;comp;misc_f;751757;752004;598; ;;repeat_region;752603;752814;388; fin;;CDS;753203;753760;; deb;comp;CDS;839402;839962;163; ;comp;misc_f;840126;840415;631; fin;comp;CDS;841047;844388;; deb;;CDS;874585;875391;88; ;;tRNA;875480;875556;81;cac fin;;CDS;875638;876117;; deb;;CDS;885688;886299;176; 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gtg;2;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> =====gamma codes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#gamma_codes|gamma codes]] <pre> 19/01/20;Paris;;;;;; gamma;10500;1161;;;;88462;86720 ttt;18;tct;20;tat;15;tgt;2 att;1;act;6;aat;2;agt;0 ctt;11;cct;1;cat;3;cgc;0 gtt;6;gct;0;gat;0;ggt;6 ttc;2,075;tcc;1,795;tac;2,687;tgc;1,345 atc;3,369;acc;1,829;aac;3,679;agc;1,256 ctc;1,204;ccc;1,012;cac;1,369;cgt;3,520 gtc;2,046;gcc;1,973;gac;3,421;ggc;4,151 tta;1,422;tca;1,662;taa;12;tga;762 ata;10;aca;1,666;aaa;4,457;aga;1,784 cta;1,516;cca;1,671;caa;2,239;cga;156 gta;3,798;gca;3,342;gaa;3,829;gga;1,347 ttg;1,214;tcg;984;tag;32;tgg;1,340 atg;7,009;acg;845;aag;282;agg;1,298 ctg;2,977;ccg;729;cag;1,208;cgg;1,182 gtg;98;gcg;82;gag;90;ggg;855 ;;;;;;; indices;;;;;;; gamma;904;1161;;;;88462;7469 ttt;1.55;tct;1.72;tat;1.29;tgt;0.17 att;0.09;act;0.52;aat;0.17;agt;0 ctt;0.95;cct;0.09;cat;0.26;cgc;0 gtt;0.52;gct;0;gat;0;ggt;0.52 ttc;179;tcc;155;tac;231;tgc;116 atc;290;acc;158;aac;317;agc;108 ctc;104;ccc;87;cac;118;cgt;303 gtc;176;gcc;170;gac;295;ggc;358 tta;122;tca;143;taa;1.03;tga;66 ata;0.86;aca;143;aaa;384;aga;154 cta;131;cca;144;caa;193;cga;13.4 gta;327;gca;288;gaa;330;gga;116 ttg;105;tcg;85;tag;2.76;tgg;115 atg;604;acg;73;aag;24.3;agg;112 ctg;256;ccg;63;cag;104;cgg;102 gtg;8.4;gcg;7.1;gag;7.8;ggg;74 </pre> ===rru=== ====rru opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Rhod_rubr_ATCC_11170/rhodRubr_ATCC11170-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007643.1;rru;;genome;3.8.16;;;;;;;; 64.97%GC;26.12.19 Paris;16s 4 ;55 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Rhodospirillum rubrum ATCC 11170;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16232..16852;;cds;;163;163;;;207;;3'-5' exonuclease;* comp;17016..17102;;ctg;;253;253;;;;;;* ;17356..18378;;cds;;;;;;341;;3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;117072..117287;;cds;;37;37;;;72;;slyX;* comp;117325..117401;;agg;;341;341;;;;;;* ;117743..123022;;cds;;;;;;*1760;;alpha-2-macroglobulin-like protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;149921..151015;;cds;;225;225;;;365;;hp;* ;151241..151317;;cgg;;136;136;;;;;;* comp;151454..152929;;cds;;;;;;492;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;189941..191668;;cds;;859;*859;;;576;;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;* ;192528..194004;;16s;;184;;;;1477;;;* ;194189..194265;;atc;;66;;;66;;;;* ;194332..194407;;gca;;362;;;;;;;* ;194770..197527;;23s;;119;;;;2758;;;* ;197647..197761;;5s;;96;;;;115;;;* ;197858..197934;;atgf;;287;287;;;;;;* comp;198222..198455;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;305449..306648;;cds;;257;257;;;400;;Ppx/GppA phosphatase;* ;306906..306979;;cag;;319;319;;;;;;* comp;307299..308303;;cds;;;;;;335;;LacI family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;322896..323807;;cds;;292;292;;;304;;hp;* comp;324100..324174;;caa;;98;98;;;;;;* comp;324273..325601;;cds;;;;;;443;;chemotaxis sensory transducer protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;362552..362881;;cds;;224;224;;;110;;hp;* ;363106..363181;;gcc;+;202;;202;;;;;* ;363384..363459;;gcc;2 gcc;43;43;;;;;;* comp;363503..364531;;cds;;;;;;343;;esterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;407067..407606;;cds;;92;92;;;180;;YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;407699..407790;;agc;;141;141;;;;;;* ;407932..408774;;cds;;;;;;281;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;466945..467925;;cds;;115;115;;;327;;hp;* comp;468041..468126;;tta;;83;83;;;;;;* comp;468210..468458;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;559038..559610;;cds;;86;86;;;191;;OsmC-like protein;* ;559697..559772;;aag;;140;140;;;;;;* ;559913..560608;;cds;;;;;;232;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794877..795188;;cds;;-81;*-81;;;104;;hp;* comp;795108..795188;;Sig-pep;;217;217;;;27;;hp;* ;795406..795496;;tcc;;44;44;;;;;;* ;795541..795846;;cds;;;;;;102;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;908584..910185;;cds;;-102;*-102;;;534;;peptidase M23B;* comp;910084..910185;;Sig-pep;@1;1212;*1212;;;34;;hp;* ;911398..912874;;16s;;182;;;;1477;;;* ;913057..913133;;atc;;66;;;66;;;;* ;913200..913275;;gca;;361;;;;;;;* ;913637..916394;;23s;;118;;;;2758;;;* ;916513..916627;;5s;;95;;;;115;;;* ;916723..916799;;atgf;;573;*573;;;;;;* ;917373..921860;;cds;;;;;;*1496;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1159249..1160091;;cds;;71;71;;;281;;Linocin_M18 bacteriocin protein;* ;1160163..1160238;;gag;;117;117;;;;;;* ;1160356..1160613;;cds;;;;;;86;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1464820..1465122;;cds;;283;283;;;101;;50S ribosomal protein L21;* ;1465406..1465495;;tcg;;139;139;;;;;;* comp;1465635..1466303;;cds;;;;;;223;;cytochrome B561;* ;;;;;;;;;;;;* ;1791953..1792159;;cds;;116;116;;;69;;hp;* comp;1792276..1792351;;gaa;;131;131;;;;;;* comp;1792483..1792689;;cds;;;;;;69;;cold-shock DNA-binding protein family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1824302..1825738;;cds;;98;98;;;479;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1825837..1825921;;cta;;102;102;;;;;;* ;1826024..1827415;;cds;;;;;;464;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1833133..1833408;;cds;;284;284;;;92;;histone-like DNA-binding protein;* ;1833693..1833768;;gta;;70;70;;;;;;* comp;1833839..1835326;;cds;;;;;;496;;methyl-accepting chemotaxis sensory transducer;* ;;;;;;;;;;;;* ;1933506..1934138;;cds;;-633;*-633;;;211;;hp;* ;1933506..1933652;;Sig-pep;;571;*571;;;49;;hp;* ;1934224..1934300;;cca;;63;63;;;;;;* ;1934364..1934663;;cds;;12;12;;;100;;ETC complex I subunit region;* ;1934676..1934752;;aga;;396;*396;;;;;;* ;1935149..1939624;;cds;;;;;;*1492;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1959133..1959858;;cds;;175;175;;;242;;MerR family transcriptional regulator;* ;1960034..1960110;;ccc;@2;1062;*1062;;;;;;* ;1961173..1961367;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1996760..1998124;;cds;;-120;*-120;;;455;;lytic murein transglycosylase;* comp;1998005..1998124;;Sig-pep;;119;119;;;40;;hp;* ;1998244..1998333;;tca;;927;*927;;;;;;* comp;1999261..1999929;;cds;;;;;;223;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2032027..2032863;;cds;;123;123;;;279;;phage integrase;* comp;2032987..2033062;;aaa;;186;186;;;;;;* comp;2033249..2033755;;cds;;;;;;169;;peptidyl-prolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2093327..2093977;;cds;;295;295;;;217;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* ;2094273..2094346;;tgc;;81;;81;;;;;* ;2094428..2094502;;aac;;150;150;;;;;;* ;2094653..2094916;;cds;;;;;;88;;prevent-host-death protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2304404..2305834;;cds;;89;89;;;477;;divalent cation transporter;* comp;2305924..2306010;;ctc;;178;178;;;;;;* ;2306189..2306839;;cds;;;;;;217;;lipoate-protein ligase B;* ;;;;;;;;;;;;* ;2331183..2331521;;cds;;73;73;;;113;;hp;* ;2331595..2331671;;atgj;;126;126;;;;;;* comp;2331798..2332040;;cds;;;;;;81;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2411337..2411804;;cds;;-72;*-72;;;156;;CreA;* comp;2411733..2411804;;Sig-pep;;202;202;;;24;;hp;* comp;2412007..2412083;;cac;;75;75;;;;;;* comp;2412159..2413343;;cds;;;;;;395;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2729598..2731271;;cds;;449;*449;;;558;;macrocin-O-methyltransferase;* comp;2731721..2731797;;atgf;;95;;;;;;;* comp;2731893..2732007;;5s;;119;;;115;;;;* comp;2732127..2734884;;23s;;362;;;2758;;;;* comp;2735247..2735322;;gca;;66;;;66;;;;* comp;2735389..2735465;;atc;;184;;;;;;;* comp;2735650..2737126;;16s;;606;*606;;1477;;;;* comp;2737733..2738110;;cds;;;;;;126;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2959802..2961874;;cds;;354;*354;;;*691;;chemotaxis sensory transducer protein;* comp;2962229..2962303;;gtc;;123;123;;;;;;* ;2962427..2963359;;cds;;;;;;311;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3124836..3125033;;cds;;151;151;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;3125185..3125260;;tgg;;343;343;;;;;;* comp;3125604..3126794;;cds;;93;93;;;397;;elongation factor Tu;* comp;3126888..3126961;;gga;;27;;27;;;;;* comp;3126989..3127074;;tac;;37;37;;;;;;* ;3127112..3128158;;cds;;57;57;;;349;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;3128216..3128291;;aca;;127;127;;;;;;* ;3128419..3128652;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3193350..3194507;;cds;;430;*430;;;386;;acyltransferase;* comp;3194938..3195013;;ttc;;103;103;;;;;;* comp;3195117..3195635;;cds;;;;;;173;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3320745..3322115;;cds;;-1371;*-1371;;;457;;virulence protein;* ;3320745..3320816;;Sig-pep;;1389;*1389;;;24;;hp;* comp;3322206..3322281;;atgi;;60;60;;;;;;* comp;3322342..3324432;;cds;;;;;;*697;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3377932..3378114;;cds;;140;140;;;61;;hp;* ;3378255..3378329;;acc;+;165;;165;;;;;* ;3378495..3378569;;acc;2 acc;237;237;;;;;;* ;3378807..3379370;;cds;;234;234;;;188;;hp;* ;3379605..3379681;;gac;;77;77;;;;;;* comp;3379759..3380517;;cds;;;;;;253;;diguanylate phosphodiesterase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3399207..3399494;;cds;;262;262;;;96;;hp;* comp;3399757..3399833;;ccg;;56;56;;;;;;* comp;3399890..3400972;;cds;;;;;;361;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3490378..3491148;;cds;;84;84;;;257;;2-phosphoglycolate phosphatase;* ;3491233..3491307;;gtg;;407;*407;;;;;;* ;3491715..3492080;;cds;;;;;;122;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3719367..3719753;;cds;;163;163;;;129;;hp;* comp;3719917..3719990;;ggg;;95;95;;;;;;* comp;3720086..3720859;;cds;;;;;;258;;enoyl-ACP reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3805869..3806813;;cds;;130;130;;;315;;inner-membrane translocator;* comp;3806944..3807058;;5s;;116;;;;115;;;* comp;3807175..3809932;;23s;;362;;;;2758;;;* comp;3810295..3810370;;gca;;66;;;66;;;;* comp;3810437..3810513;;atc;;184;;;;;;;* comp;3810698..3812174;;16s;;1227;*1227;;;1477;;;* ;3813402..3814118;;cds;;;;;;239;;transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3824154..3825854;;cds;;76;76;;;567;;phage integrase;* comp;3825931..3826007;;cgt;;387;*387;;;;;;* ;3826395..3827531;;cds;;;;;;379;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4021982..4023163;;cds;;27;27;;;394;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;4023191..4023277;;ttg;;224;224;;;;;;* ;4023502..4023855;;cds;;;;;;118;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4058818..4059117;;cds;;187;187;;;100;;hp;* ;4059305..4059380;;gcg;;179;179;;;;;;* comp;4059560..4060126;;cds;;;;;;189;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4105626..4107317;;cds;;-114;*-114;;;564;;chemotaxis sensory transducer;* comp;4107204..4107317;;Sig-pep;;721;*721;;;38;;hp;* comp;4108039..4108113;;acg;;148;148;;;;;;* ;4108262..4108843;;cds;;;;;;194;;D-alpha,beta-D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4261100..4262038;;cds;;269;269;;;313;;thioredoxin-like protein;* ;4262308..4262382;;ggc;;118;118;;;;;;* ;4262501..4263136;;cds;;;;;;212;;lysine exporter protein LysE/YggA;* </pre> ====rru cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_cumuls|rru cumuls]] <pre> rru cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cds 300 avec rRNA;opérons;4;1;;;1;7;1;;100;23;1;0 ;16atcgca235;1;20;;;50;6;40;;200;17;30;3 ;Id-atgf;3;40;1;;100;19;80;;300;16;60;4 ;-;;60;;;150;20;120;;400;17;90;12 ;max a;3;80;;4;200;8;160;;500;8;120;10 ;a doubles;0;100;1;;250;7;200;;600;5;150;3 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;2;180;4 ;total aas;11;140;;;350;3;280;;800;0;210;5 sans ;opérons;40;160;;;400;3;320;;900;0;240;8 ;1 aa;36;180;1;;450;3;360;;1000;0;270;4 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;300;3 ;a doubles;2;;1;;;10;;;;3;;35 ;total aas;44;;4;4;;95;;0;;91;;91 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;119;66;;208;;;;292;; ;;;variance;79;0;;333;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;;;;148;;;;237;;140 ;;;variance;;;;83;;;;132;;69 </pre> ====rru blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_blocs|rru blocs]] <pre> rru blocs;;;;;;; cds;859;576;sulfate;cds;606;126;hp 16s;184;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;362;;;gca;362;; 23s;119;2758;;23s;119;2758; 5s;96;115;;5s;95;115; atgf;287;;;atgf;449;; cds;;78;hp;cds;;558;macrocin ;;;;;;; cds;-102;534;peptidase;;;; Sig-pep;1212;34;hp;cds;1227;239;transposase 16s;182;1477;;16s;184;1477; atc;66;;;atc;66;; gca;361;;;gca;362;; 23s;118;2758;;23s;116;2758; 5s;95;115;;5s;130;115; atgf;573;;;cds;;315;inner cds;;1496;hp;;;; ;;;;;;; sulfate;sulfate transporter/antisigma-factor antagonist;;;;;; inner;inner-membrane translocator;;;;;; macrocin;macrocin-O-methyltransferase;;;;;; peptidase;peptidase M23B;;;;;; </pre> ====rru distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_distribution|rru distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total rru;;36;;;;;36;;rru;4;;;;;;4;;rru;4;;;;;;4;;rru;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====rru données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_données_intercalaires|rru données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;rru;fx;fc;rru;fx40;fc40;rru;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;81;163;253;CDS 16s ;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;45;244;1;4;21;-2;1;0;406;37;841;1193;2* 119;;;202;;gcc ;1;20;50;189;2;2;32;-3;0;0;98;299;972;999;118;;;**;;gcc 1;0;30;52;115;3;3;38;-4;27;394;224;147;5s CDS;;116;;;81;;tgc 1;0;40;27;83;4;4;43;-5;0;0;92;136;;130;16s tRNA;;atc;**;;aac 1;0;50;23;99;5;4;29;-6;2;0;141;287;;;180;;;27;;gga ;3;60;34;100;6;1;19;-7;0;5;83;257;;;178;;;**;;tac 1;1;70;31;82;7;5;11;-8;0;42;170;319;;;180;;;165;;acc 1;3;80;24;87;8;5;22;-9;0;0;86;43;;;180;;;**;;acc 1;5;90;29;93;9;6;14;-10;3;6;738;115;;;tRNA 23s;;gca;;; ;5;100;30;96;10;11;15;-11;4;22;71;239;;;347;;;;; ;2;110;38;64;11;7;34;-12;0;0;117;217;;;346;;;;; 2;2;120;27;67;12;7;30;-13;0;4;131;283;;;347;;;;; 2;1;130;30;59;13;2;26;-14;2;11;98;139;;;347;;;;; 3;1;140;25;67;14;2;26;-15;1;0;150;116;;;5s tRNA;;;;; 2;3;150;27;56;15;8;13;-16;1;2;284;70;;;96;;atgf;;; ;1;160;27;60;16;3;13;-17;3;11;85;164;;;95;;atgf;;; 2;3;170;28;64;17;9;16;-18;0;0;63;396;;;95;;atgf;;; 3;1;180;16;46;18;7;9;-19;1;4;12;123;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;190;32;36;19;3;10;-20;4;3;261;295;;;4*66;;atc gca;;; ;0;200;24;42;20;2;12;-21;1;0;175;178;;;;;;;; ;1;210;18;27;21;8;5;-22;1;0;215;126;;;;;;;; 1;1;220;21;35;22;8;12;-23;1;1;186;449;;;;;;;; 1;1;230;15;32;23;4;11;-24;0;0;150;171;;;;;;;; 1;2;240;15;24;24;8;9;-25;1;1;89;166;;;;;;;; ;0;250;19;20;25;5;16;-26;2;2;73;90;;;;;;;; 2;0;260;16;27;26;2;8;-27;1;0;202;140;;;;;;;; 1;2;270;18;15;27;5;13;-28;0;0;75;77;;;;;;;; ;0;280;13;20;28;4;16;-29;1;2;354;387;;;;;;;; 2;1;290;17;14;29;3;14;-30;0;0;151;27;;;;;;;; 2;0;300;17;12;30;5;11;-31;0;2;343;224;;;;;;;; ;0;310;15;18;31;1;9;-32;0;1;93;187;;;;;;;; 1;0;320;14;8;32;4;10;-33;0;0;57;179;;;;;;;; ;0;330;9;6;33;3;7;-34;0;1;127;148;;;;;;;; ;0;340;7;12;34;2;11;-35;1;0;430;269;;;;;;;; ;1;350;10;7;35;3;4;-36;0;0;103;;;;;;;;; ;1;360;11;3;36;3;7;-37;0;0;60;;;;;;;;; ;0;370;10;10;37;3;10;-38;1;0;237;;;;;;;;; ;0;380;3;6;38;5;6;-39;0;0;234;;;;;;;;; 1;0;390;4;5;39;1;9;-40;2;0;262;;;;;;;;; 1;0;400;5;4;40;2;10;-41;1;2;56;;;;;;;;; 1;5;reste;90;70;reste;792;1493;-42;0;0;84;;;;;;;;; 35;48;total;967;2136;total;967;2136;-43;0;1;407;;;;;;;;; 34;43;diagr;876;2054;diagr;174;631;-44;0;0;163;;;;;;;;; 1;1; t30;147;548;;;;-45;1;0;95;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;103;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;721;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;118;;;;;;;;; ;x;966;74;1;1041;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;2124;609;12;2745;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;3786;160;;reste;9;11;;;;;;;;;; ;;;;;;3946;;total;74;609;;;;;;;;;; </pre> =====rru autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires_aas|rru autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;rru;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16232;16852;163;*; ;comp;tRNA;17016;17102;253;*;ctg fin;;CDS;17356;18378;;0; deb;;CDS;117072;117287;37;*; ;comp;tRNA;117325;117401;299;*;agg fin;;CDS;117701;123022;;; deb;comp;CDS;149921;151093;147;*; ;;tRNA;151241;151317;136;*;cgg fin;comp;CDS;151454;152929;;0; deb;;CDS;189941;191668;841;*; ;;rRNA;192510;194008;180;*;1477 ;;tRNA;194189;194265;66;*;atc ;;tRNA;194332;194407;347;*;gca ;;rRNA;194755;197527;119;*;2758 ;;rRNA;197647;197761;96;*;115 ;;tRNA;197858;197934;287;*;atgf deb;comp;CDS;198222;198455;222;*; ;;rpr;198678;199866;145;*; fin;comp;CDS;200012;200305;;; deb;comp;CDS;211593;213335;261;*; ;;rpr;213597;214174;128;*; fin;comp;CDS;214303;215160;;; deb;comp;CDS;305449;306648;257;*; ;;tRNA;306906;306979;319;*;cag fin;comp;CDS;307299;308303;;; deb;comp;CDS;322896;323693;406;*; ;comp;tRNA;324100;324174;98;*;caa fin;comp;CDS;324273;325601;;; deb;;CDS;362552;362881;224;*; ;;tRNA;363106;363181;202;*;gcc ;;tRNA;363384;363459;43;*;gcc fin;comp;CDS;363503;364531;;; deb;;CDS;407067;407606;92;*; ;;tRNA;407699;407790;141;*;agc fin;;CDS;407932;408774;;0; deb;;CDS;419952;420275;57;*; ;;rpr;420333;422803;228;*; fin;comp;CDS;423032;423388;;0; deb;;CDS;466945;467925;115;*; ;comp;tRNA;468041;468126;83;*;tta fin;comp;CDS;468210;468458;;; deb;;CDS;529650;529988;67;*; ;;rpr;530056;530553;180;*; fin;comp;CDS;530734;534255;;0; deb;comp;CDS;536858;537154;111;*; ;;regulatory;537266;537472;38;*; fin;;CDS;537511;538188;;; deb;comp;CDS;559038;559457;239;*; ;;tRNA;559697;559772;170;*;aag fin;;CDS;559943;560608;;0; deb;;CDS;571949;572881;20;*; ;;regulatory;572902;573134;194;*; fin;;CDS;573329;575266;;; deb;comp;CDS;794877;795188;217;*; ;;tRNA;795406;795496;86;*;tcc fin;;CDS;795583;795846;;; deb;comp;CDS;908584;910185;1193;*; ;;rRNA;911379;912878;178;*;1477 ;;tRNA;913057;913133;66;*;atc ;;tRNA;913200;913275;346;*;gca ;;rRNA;913622;916394;118;*;2758 ;;rRNA;916513;916627;95;*;115 ;;tRNA;916723;916799;738;*;atgf fin;;CDS;917538;921860;;0; deb;;CDS;988887;989177;204;*; ;;rpr;989382;991847;533;*; fin;comp;CDS;992381;992809;;; deb;comp;CDS;1144656;1145123;314;*; ;comp;ncRNA;1145438;1145866;15;*; fin;comp;CDS;1145882;1146607;;; deb;;CDS;1159249;1160091;71;*; ;;tRNA;1160163;1160238;117;*;gag fin;;CDS;1160356;1160613;;0; deb;;CDS;1339162;1340364;168;*; ;;regulatory;1340533;1340749;238;*; fin;;CDS;1340988;1342007;;; deb;comp;CDS;1362782;1363687;177;*; ;;rpr;1363865;1364439;208;*; fin;comp;CDS;1364648;1365022;;; deb;comp;CDS;1464820;1465122;283;*; ;;tRNA;1465406;1465495;139;*;tcg fin;comp;CDS;1465635;1466303;;; deb;comp;CDS;1499517;1501538;136;*; ;comp;regulatory;1501675;1501900;100;*; fin;;CDS;1502001;1504436;;; deb;;CDS;1578910;1579551;1039;*; ;;rpr;1580591;1581961;284;*; fin;comp;CDS;1582246;1583757;;0; deb;comp;CDS;1692844;1693890;162;*; ;;rpr;1694053;1695967;193;*; fin;comp;CDS;1696161;1697498;;; deb;comp;CDS;1706399;1707355;230;*; ;;regulatory;1707586;1707782;93;*; fin;;CDS;1707876;1709765;;; deb;;CDS;1791953;1792159;116;*; ;comp;tRNA;1792276;1792351;131;*;gaa fin;comp;CDS;1792483;1792689;;; deb;;CDS;1824299;1825738;98;*; ;;tRNA;1825837;1825921;150;*;cta fin;;CDS;1826072;1827415;;; deb;;CDS;1833133;1833408;284;*; ;;tRNA;1833693;1833768;70;*;gta fin;comp;CDS;1833839;1835326;;0; deb;;CDS;1933548;1934138;85;*; ;;tRNA;1934224;1934300;63;*;cca deb;;CDS;1934364;1934663;12;*; ;;tRNA;1934676;1934752;396;*;aga fin;comp;CDS;1935149;1939624;;0; deb;;CDS;1959133;1959858;175;*; ;;tRNA;1960034;1960110;215;*;ccc fin;;CDS;1960326;1960439;;; deb;comp;CDS;1996760;1998079;164;*; ;;tRNA;1998244;1998333;261;*;tca fin;;CDS;1998595;2002550;;0; deb;comp;CDS;2008544;2008912;206;*; ;;regulatory;2009119;2009340;129;*; fin;;CDS;2009470;2011794;;; deb;;CDS;2031997;2032863;123;*; ;comp;tRNA;2032987;2033062;186;*;aaa fin;comp;CDS;2033249;2033809;;; deb;comp;CDS;2093327;2093977;295;*; ;;tRNA;2094273;2094346;81;*;tgc ;;tRNA;2094428;2094502;150;*;aac fin;;CDS;2094653;2094916;;; deb;comp;CDS;2304404;2305834;89;*; ;comp;tRNA;2305924;2306010;178;*;ctc fin;;CDS;2306189;2306839;;; deb;comp;CDS;2318681;2319718;138;*; ;;regulatory;2319857;2319989;73;*; fin;;CDS;2320063;2321928;;; deb;;CDS;2331183;2331521;73;*; ;;tRNA;2331595;2331671;126;*;atgj fin;comp;CDS;2331798;2332040;;0; deb;comp;CDS;2411337;2411804;202;*; ;comp;tRNA;2412007;2412083;75;*;cac fin;comp;CDS;2412159;2413343;;0; deb;comp;CDS;2550773;2550985;186;*; ;;regulatory;2551172;2551329;147;*; fin;;CDS;2551477;2552121;;0; deb;;CDS;2559473;2560621;36;*; ;;tmRNA;2560658;2560994;131;*; fin;;CDS;2561126;2561716;;; deb;;CDS;2667051;2667758;354;*; ;;rpr;2668113;2669657;204;*; fin;comp;CDS;2669862;2670212;;; deb;;CDS;2714978;2715835;129;*; ;;rpr;2715965;2716300;262;*; fin;;CDS;2716563;2717564;;0; deb;;CDS;2729598;2731271;449;*; ;comp;tRNA;2731721;2731797;95;*;atgf ;comp;rRNA;2731893;2732007;119;*;115 ;comp;rRNA;2732127;2734899;347;*;2758 ;comp;tRNA;2735247;2735322;66;*;gca ;comp;tRNA;2735389;2735465;180;*;atc ;comp;rRNA;2735646;2737144;972;*;1477 fin;comp;CDS;2738117;2739718;;0; deb;comp;CDS;2959802;2961874;354;*; ;comp;tRNA;2962229;2962303;171;*;gtc fin;;CDS;2962475;2963359;;; deb;comp;CDS;3124836;3125033;151;*; ;comp;tRNA;3125185;3125260;343;*;tgg deb;comp;CDS;3125604;3126794;93;*; ;comp;tRNA;3126888;3126961;27;*;gga ;comp;tRNA;3126989;3127074;166;*;tac deb;;CDS;3127241;3128158;57;*; ;;tRNA;3128216;3128291;127;*;aca fin;;CDS;3128419;3128652;;; deb;comp;CDS;3193350;3194507;430;*; ;comp;tRNA;3194938;3195013;103;*;ttc fin;comp;CDS;3195117;3195512;;; deb;;CDS;3320745;3322115;90;*; ;comp;tRNA;3322206;3322281;60;*;atgi fin;comp;CDS;3322342;3324432;;; deb;comp;CDS;3377932;3378114;140;*; ;;tRNA;3378255;3378329;165;*;acc ;;tRNA;3378495;3378569;237;*;acc deb;;CDS;3378807;3379370;234;*; ;;tRNA;3379605;3379681;77;*;gac fin;comp;CDS;3379759;3380517;;; deb;comp;CDS;3399207;3399494;262;*; ;comp;tRNA;3399757;3399833;56;*;ccg fin;comp;CDS;3399890;3400915;;0; deb;;CDS;3490378;3491148;84;*; ;;tRNA;3491233;3491307;407;*;gtg fin;;CDS;3491715;3492080;;; deb;comp;CDS;3514107;3515234;56;*; ;comp;regulatory;3515291;3515396;4;*; ;comp;regulatory;3515401;3515512;88;*; fin;comp;CDS;3515601;3516149;;0; deb;;CDS;3523910;3524125;371;*; ;;rpr;3524497;3525372;79;*; fin;comp;CDS;3525452;3526372;;; deb;comp;CDS;3705744;3706985;56;*; ;comp;regulatory;3707042;3707118;399;*; fin;;CDS;3707518;3707919;;; deb;comp;CDS;3719367;3719753;163;*; ;comp;tRNA;3719917;3719990;95;*;ggg fin;comp;CDS;3720086;3720859;;; deb;;CDS;3805869;3806813;130;*; ;comp;rRNA;3806944;3807058;116;*;115 ;comp;rRNA;3807175;3809947;347;*;2758 ;comp;tRNA;3810295;3810370;66;*;gca ;comp;tRNA;3810437;3810513;180;*;atc ;comp;rRNA;3810694;3812192;999;*;1477 fin;;CDS;3813192;3814118;;; deb;comp;CDS;3824154;3825827;103;*; ;comp;tRNA;3825931;3826007;387;*;cgt fin;;CDS;3826395;3827531;;0; deb;comp;CDS;3996560;3998539;58;*; ;comp;ncRNA;3998598;3998695;106;*; fin;comp;CDS;3998802;3999287;;0; deb;;CDS;4021982;4023163;27;*; ;comp;tRNA;4023191;4023277;224;*;ttg fin;;CDS;4023502;4023855;;0; deb;comp;CDS;4058818;4059117;187;*; ;;tRNA;4059305;4059380;179;*;gcg fin;comp;CDS;4059560;4060126;;; deb;comp;CDS;4105626;4107317;721;*; ;comp;tRNA;4108039;4108113;148;*;acg fin;;CDS;4108262;4108843;;0; deb;comp;CDS;4261100;4262038;269;*; ;;tRNA;4262308;4262382;118;*;ggc fin;;CDS;4262501;4263136;;; </pre> ====rru intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_entre_cds|rru intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> rru;27.1.21 paris;NCBI;10.3.20;;;;;;;;; rru;intercalaires;total;%;intercalaires;moyennes;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;683;18.0;'''négatif ;-8;15;-73 à -1;'''4 352 825;-1;683;610;1 ;'''zéro;13;0.3;;;;;'''intercals;0;13;620;0 ;'''1 à 200;2368;62.5;'''0 à 200;78;58;;'''429 144;5;180;630;5 ;'''201 à 370;535;14.1;'''201 à 370;268;46;;'''9.9%;10;109;640;6 ;'''371 à 600;139;3.7;'''371 à 600;453;60;;;15;155;650;1 ;'''601 à max;48;1.3;'''601 à 1028;733;105;;;20;84;660;4 ;'''total 3786;<201;80.9;'''total 3779;112;136;-73 à 995;;25;86;670;3 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;81;680;1 3818575;1469;-1;683;-70;8;;0;13;35;54;690;2 844364;995;0;13;-60;5;;-1;°81;40;56;700;1 3816901;954;1;25;-50;8;;-2;1;45;59;710;1 3134490;938;2;34;-40;8;;-3;0;50;63;720;0 3477618;929;3;°41;-30;6;'''min à -1;-4;°421;55;67;730;0 1097019;885;4;°47;-20;21;683;-5;0;60;67;740;3 3856065;884;5;°33;-10;75;18.0%;-6;2;65;61;750;0 566184;881;6;20;0;565;;-7;5;70;52;760;1 1833839;873;7;16;10;289;;-8;°42;75;59;770;2 3136049;866;8;°27;20;239;;-9;0;80;52;780;3 2475546;802;9;20;30;167;;-10;9;85;58;790;3 93164;788;10;26;40;110;;-11;°26;90;64;800;0 409696;787;11;°41;50;122;;-12;0;95;51;810;1 400635;785;12;37;60;134;;-13;4;100;75;820;0 1366462;777;13;28;70;113;;-14;°13;105;49;830;0 3456663;777;14;°28;80;111;;-15;1;110;53;840;0 3312945;771;15;21;90;122;'''1 à 100;-16;3;115;49;850;0 550038;769;16;16;100;126;1533;-17;°14;120;45;860;0 2493887;767;17;°25;110;102;41%;-18;0;125;44;870;1 1410707;755;18;16;120;94;;-19;5;130;45;880;1 1423514;739;19;13;130;89;;-20;°7;135;48;890;3 2688282;734;20;°14;140;92;;-21;1;140;44;900;0 3627241;732;21;13;150;83;;-22;1;145;41;910;0 2706640;702;22;°20;160;87;;-23;°2;150;42;920;0 3937050;697;23;15;170;92;;-24;0;155;44;930;1 1011650;686;24;17;180;62;;-25;2;160;43;940;1 742860;682;25;°21;190;68;'''1 à 200;-26;°4;165;42;950;0 3424033;675;26;10;200;66;2368;-27;1;170;50;960;1 139185;669;27;18;210;45;62.5%;-28;0;175;31;970;0 880072;663;28;°20;220;56;;-29;°3;180;31;980;0 1976647;662;29;17;230;47;;-30;0;185;28;990;0 2640270;659;30;16;240;39;;-31;2;190;40;1000;1 90214;657;31;10;250;39;;-32;1;195;39;1010;0 961964;656;32;°14;260;43;;;664;200;27;1020;0 1209394;652;33;10;270;33;'''0 à 200;reste;32;205;19;1030;0 2536913;650;34;13;280;33;2381;total;696;210;26;1040;0 2591508;639;35;7;290;31;;;;215;25;1050;0 55947;637;36;10;300;29;;intercal;<u>frequencef;220;31;1060;0 1786743;636;37;°13;310;33;;600;3738;225;25;1070;0 2231609;636;38;11;320;22;;620;1;230;22;1080;0 3609912;633;39;10;330;15;;640;11;235;18;1090;0 3187318;631;40;°12;340;19;;660;5;240;21;1100;0 ;;reste;2285;350;17;;680;4;245;24;1110;0 ;;total;3786;360;14;'''201 à 370;700;3;250;15;1120;0 ;;;;370;20;535;720;1;255;21;1130;0 ;;;;380;9;14.1%;740;3;260;22;1140;0 ;;;;390;9;;760;1;265;23;1150;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;9;;780;5;270;10;1160;0 2068001;-137;shift2;1009;410;14;;800;3;275;15;1170;0 651352;-122;comp;;420;14;;820;1;280;18;1180;0 2462962;-120;comp;;430;9;;840;0;285;13;1190;0 1155908;-106;comp;;440;4;;860;0;290;18;1200;0 2381188;-104;comp;;450;15;;880;2;295;14;reste;1 3871151;-104;comp;;460;5;;900;3;300;15;total;3786 4292550;-73;shift2;662;470;5;'''371 à 600;920;0;305;18;; 664620;-70;comp;;480;4;139;940;2;310;15;; 3822351;-68;shift2;682;490;4;3.7%;960;1;315;10;; 3867765;-65;shift2;451;500;5;;980;0;320;12;; 1091959;-64;shift2;1268;510;7;;1000;1;325;8;; 3289914;-62;shift2;;520;1;;;47;330;7;; 1568904;-61;shift2;;530;3;;;;335;11;; 465562;-59;comp;;540;4;;;;340;8;; 2309068;-59;shift2;;550;7;;;;345;12;; 780196;-58;shift2;;560;2;;;;350;5;; 2759874;-55;comp;;570;1;;;;355;7;; 3267314;-53;shift2;;580;5;'''601 à max;;;360;7;; 210683;-52;shift2;;590;1;48;;;365;7;; 1365051;-52;shift2;;600;2;1.3%;;;370;13;; 622208;-50;comp;;reste;48;;reste;1;reste;187;; 2342888;-49;comp;;total;3786;;total;3786;total;3786;; </pre> ====rru intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru intercalaires positifs S+]] *Légende: *Tableaux <pre> rru. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; rru;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-13;90;-272;53;818;231;min50;-34;275;-804;94;878;270;min40 31 à 400;12;-97;135;28;833;269;2 parties;13;-61;-91;52;957;156;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;103;46;-;798;dte;20;Sf;181;62;-;739;poly;139;SF 31 à 400;86;41;-;797;dte;36;tf;137;50;-;916;dte;41;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.017;;;;; 41-n;0.829;0.193;0.611;;;;;;;;;;; 1-n;0.861;0.722;0.792;;;;;;;;;14.8.21 Paqris;; rru;fx;fc;;rru;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;rru;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;1;6;0;1;12;>0;962;-1;0;81 10;47;242;;10;54;118;1;4;21;<0;74;-2;1;0 20;50;189;;20;57;92;2;3;31;zéro;1;-3;0;0 30;51;116;;30;58;56;3;3;38;total;1037;-4;27;394 40;27;83;;40;31;40;4;4;43;;c;-5;0;0 50;23;99;;50;26;48;5;4;29;>0;2128;-6;2;0 60;34;100;;60;39;49;6;2;18;<0;609;-7;0;5 70;31;82;;70;35;40;7;5;11;zéro;12;-8;0;42 80;24;87;;80;27;42;8;5;22;total;2749;-9;0;0 90;29;93;;90;33;45;9;6;14;;;-10;3;6 100;30;96;;100;34;47;10;11;15;;;-11;4;22 110;38;64;;110;43;31;11;7;34;;;-12;0;0 120;27;67;;120;31;33;12;7;30;;;-13;0;4 130;30;59;;130;34;29;13;2;26;;;-14;2;11 140;25;67;;140;29;33;14;2;26;;;-15;1;0 150;28;55;;150;32;27;15;8;13;;;-16;1;2 160;27;60;;160;31;29;16;3;13;;;-17;3;11 170;28;64;;170;32;31;17;9;16;;;-18;0;0 180;16;46;;180;18;22;18;7;9;;;-19;1;4 190;32;36;;190;37;18;19;3;10;;;-20;4;3 200;23;43;;200;26;21;20;2;12;;;-21;1;0 210;18;27;;210;21;13;21;8;5;;;-22;1;0 220;21;35;;220;24;17;22;8;12;;;-23;1;1 230;15;32;;230;17;16;23;4;11;;;-24;0;0 240;15;24;;240;17;12;24;7;10;;;-25;1;1 250;16;23;;250;18;11;25;5;16;;;-26;2;2 260;16;27;;260;18;13;26;2;8;;;-27;1;0 270;18;15;;270;21;7;27;5;13;;;-28;0;0 280;13;20;;280;15;10;28;4;16;;;-29;1;2 290;17;14;;290;19;7;29;3;14;;;-30;0;0 300;17;12;;300;19;6;30;5;11;;;-31;0;2 310;15;18;;310;17;9;31;1;9;;;-32;0;1 320;14;8;;320;16;4;32;4;10;;;-33;0;0 330;9;6;;330;10;3;33;3;7;;;-34;0;1 340;7;12;;340;8;6;34;2;11;;;-35;1;0 350;10;7;;350;11;3;35;3;4;;;-36;0;0 360;11;3;;360;13;1;36;3;7;;;-37;0;0 370;10;10;;370;11;5;37;3;10;;;-38;1;0 380;3;6;;380;3;3;38;5;6;;;-39;0;0 390;4;5;;390;5;2;39;1;9;;;-40;2;0 400;5;4;;400;6;2;40;2;10;;;-41;1;2 reste;88;72;;;;;reste;787;1498;;;-42;0;0 total;963;2140;;t30;169;266;total;963;2140;;;-43;0;1 diagr;874;2056;;;;;diagr;175;630;;;-44;0;0 - t30;726;1509;;;;;;;;;;-45;1;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;reste;9;11 ;;;;;;;;;;;;total;74;609 </pre> ====rru intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_négatifs_S-|rru intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;;; comp’;0;1;0;25;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;0;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;4;69;7 continu;81;0;0;396;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;2;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;2;1;0;0;0;0;1;1;0;1;1;0;1;1;0;0;1;0;0;3;614;13 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;rru;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;27;0;2;0;0;0;3;4;0;0;2;1;1;3;0;1;4;1;1;1;0;1;2;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;1;1;9;74 ;Sc-;81;0;0;394;0;0;5;42;0;6;22;0;4;11;0;2;11;0;4;3;0;0;1;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;11;609 </pre> ====rru autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_autres_intercalaires|rru autres intercalaires]] <pre> rru;autres intercalaires;;adresses1;;;rru;autres intercalaires;;adresses2;;;rru;autres intercalaires;;adresses2; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;16232;163;comp;;deb;°CDS;1362782;177;comp;;deb;°CDS;2729598;449; ;&tRNA;17016;253;comp;;;repeat_region;1363865;208;;;;&tRNA;2731721;95;comp fin;°CDS;17356;;;;fin;°CDS;1364648;;comp;;5s;$rRNA;2731893;119;comp deb;°CDS;117072;37;;;deb;°CDS;1464820;283;comp;;23s;$rRNA;2732127;347;comp ;&tRNA;117325;299;comp;;;&tRNA;1465406;139;;;;&tRNA;2735247;66;comp fin;°CDS;117701;;;;fin;°CDS;1465635;;comp;;;&tRNA;2735389;180;comp deb;°CDS;149921;147;comp;;deb;°CDS;1499517;136;comp;;16s;$rRNA;2735646;972;comp ;&tRNA;151241;136;;;;regulatory;1501675;100;comp;;fin;°CDS;2738117;;comp fin;°CDS;151454;;comp;;fin;°CDS;1502001;;;;deb;°CDS;2959802;354;comp deb;°CDS;189941;841;;;deb;°CDS;1578910;1039;;;;&tRNA;2962229;171;comp 16s;$rRNA;192510;180;;;;repeat_region;1580591;284;;;fin;°CDS;2962475;; ;&tRNA;194189;66;;;fin;°CDS;1582246;;comp;;deb;°CDS;3124836;151;comp ;&tRNA;194332;347;;;deb;°CDS;1692844;162;comp;;;&tRNA;3125185;343;comp 23s;$rRNA;194755;119;;;;repeat_region;1694053;193;;;deb;°CDS;3125604;93;comp 5s;$rRNA;197647;96;;;fin;°CDS;1696161;;comp;;;&tRNA;3126888;27;comp ;&tRNA;197858;287;;;deb;°CDS;1706399;230;comp;;;&tRNA;3126989;166;comp deb;°CDS;198222;222;comp;;;regulatory;1707586;93;;;deb;°CDS;3127241;57; ;repeat_region;198678;145;;;fin;°CDS;1707876;;;;;&tRNA;3128216;127; fin;°CDS;200012;;comp;;deb;°CDS;1791953;116;;;fin;°CDS;3128419;; deb;°CDS;211593;261;comp;;;&tRNA;1792276;131;comp;;deb;°CDS;3193350;430;comp ;repeat_region;213597;128;;;fin;°CDS;1792483;;comp;;;&tRNA;3194938;103;comp fin;°CDS;214303;;comp;;deb;°CDS;1824299;98;;;fin;°CDS;3195117;;comp deb;°CDS;305449;257;comp;;;&tRNA;1825837;150;;;deb;°CDS;3320745;90; ;&tRNA;306906;319;;;fin;°CDS;1826072;;;;;&tRNA;3322206;60;comp fin;°CDS;307299;;comp;;deb;°CDS;1833133;284;;;fin;°CDS;3322342;;comp deb;°CDS;322896;406;comp;;;&tRNA;1833693;70;;;deb;°CDS;3377932;140;comp ;&tRNA;324100;98;comp;;fin;°CDS;1833839;;comp;;;&tRNA;3378255;165; fin;°CDS;324273;;comp;;deb;°CDS;1933548;85;;;;&tRNA;3378495;237; deb;°CDS;362552;224;;;;&tRNA;1934224;63;;;deb;°CDS;3378807;234; ;&tRNA;363106;202;;;deb;°CDS;1934364;12;;;;&tRNA;3379605;77; ;&tRNA;363384;43;;;;&tRNA;1934676;396;;;fin;°CDS;3379759;;comp fin;°CDS;363503;;comp;;fin;°CDS;1935149;;;;deb;°CDS;3399207;262;comp deb;°CDS;407067;92;;;deb;°CDS;1959133;175;;;;&tRNA;3399757;56;comp ;&tRNA;407699;141;;;;&tRNA;1960034;215;;;fin;°CDS;3399890;;comp fin;°CDS;407932;;;;fin;°CDS;1960326;;;;deb;°CDS;3490378;84; deb;°CDS;419952;57;;;deb;°CDS;1996760;164;comp;;;&tRNA;3491233;407; ;repeat_region;420333;228;;;;&tRNA;1998244;261;;;fin;°CDS;3491715;; fin;°CDS;423032;;comp;;fin;°CDS;1998595;;comp;;deb;°CDS;3514107;56;comp deb;°CDS;466945;115;;;deb;°CDS;2008544;206;comp;;;regulatory;3515291;4;comp ;&tRNA;468041;83;comp;;;regulatory;2009119;129;;;;regulatory;3515401;88;comp fin;°CDS;468210;;comp;;fin;°CDS;2009470;;;;fin;°CDS;3515601;;comp deb;°CDS;529650;67;;;deb;°CDS;2031997;123;;;deb;°CDS;3523910;371; ;repeat_region;530056;180;;;;&tRNA;2032987;186;comp;;;repeat_region;3524497;79; fin;°CDS;530734;;comp;;fin;°CDS;2033249;;comp;;fin;°CDS;3525452;;comp deb;°CDS;536858;111;comp;;deb;°CDS;2093327;295;comp;;deb;°CDS;3705744;56;comp ;regulatory;537266;38;;;;&tRNA;2094273;81;;;;regulatory;3707042;399;comp fin;°CDS;537511;;;;;&tRNA;2094428;150;;;fin;°CDS;3707518;; deb;°CDS;559038;239;comp;;fin;°CDS;2094653;;;;deb;°CDS;3719367;163;comp ;&tRNA;559697;170;;;deb;°CDS;2304404;89;comp;;;&tRNA;3719917;95;comp fin;°CDS;559943;;;;;&tRNA;2305924;178;comp;;fin;°CDS;3720086;;comp deb;°CDS;571949;20;;;fin;°CDS;2306189;;;;deb;°CDS;3805869;130; ;regulatory;572902;194;;;deb;°CDS;2318681;138;comp;;5s;$rRNA;3806944;116;comp fin;°CDS;573329;;;;;regulatory;2319857;73;;;23s;$rRNA;3807175;347;comp deb;°CDS;794877;217;comp;;fin;°CDS;2320063;;;;;&tRNA;3810295;66;comp ;&tRNA;795406;86;;;deb;°CDS;2331183;73;;;;&tRNA;3810437;180;comp fin;°CDS;795583;;;;;&tRNA;2331595;126;;;16s;$rRNA;3810694;999;comp deb;°CDS;908584;1193;comp;;fin;°CDS;2331798;;comp;;fin;°CDS;3813192;; 16s;$rRNA;911379;178;;;deb;°CDS;2411337;202;comp;;deb;°CDS;3824154;103;comp ;&tRNA;913057;66;;;;&tRNA;2412007;75;comp;;;&tRNA;3825931;387;comp ;&tRNA;913200;346;;;fin;°CDS;2412159;;comp;;fin;°CDS;3826395;; 23s;$rRNA;913622;118;;;deb;°CDS;2550773;186;comp;;deb;°CDS;3996560;58;comp 5s;$rRNA;916513;95;;;;regulatory;2551172;147;;;;ncRNA;3998598;106;comp ;&tRNA;916723;738;;;fin;°CDS;2551477;;;;fin;°CDS;3998802;;comp fin;°CDS;917538;;;;deb;°CDS;2559473;36;;;deb;°CDS;4021982;27; deb;°CDS;988887;204;;;;tmRNA;2560658;131;;;;&tRNA;4023191;224;comp ;repeat_region;989382;533;;;fin;°CDS;2561126;;;;fin;°CDS;4023502;; fin;°CDS;992381;;comp;;deb;°CDS;2667051;354;;;deb;°CDS;4058818;187;comp deb;°CDS;1144656;314;comp;;;repeat_region;2668113;204;;;;&tRNA;4059305;179; ;ncRNA;1145438;15;comp;;fin;°CDS;2669862;;comp;;fin;°CDS;4059560;;comp fin;°CDS;1145882;;comp;;deb;°CDS;2714978;129;;;deb;°CDS;4105626;721;comp deb;°CDS;1159249;71;;;;repeat_region;2715965;262;;;;&tRNA;4108039;148;comp ;&tRNA;1160163;117;;;fin;°CDS;2716563;;;;fin;°CDS;4108262;; fin;°CDS;1160356;;;;;;;;;;deb;°CDS;4261100;269;comp deb;°CDS;1339162;168;;;;;;;;;;&tRNA;4262308;118; ;regulatory;1340533;238;;;;;;;;;fin;°CDS;4262501;; fin;°CDS;1340988;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====rru intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_tRNA|rru intercalaires tRNA]] <pre> rru;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;;163;comp’;253;;12;56;'''deb; ;202;comp’;37;comp’;299;;57;60;<201;15 ;66;comp’;147;comp’;136;;71;63;total;24 ;81;;;;287;;73;75;taux;63% ;66;comp’;257;comp’;319;;84;83;; ;27;;406;;98;;85;86;'''fin; ;165;;224;comp’;43;;89;95;<201;18 ;66;;92;;141;;92;98;total;25 ;;comp’;115;;83;;93;103;taux;72% ;;comp’;239;;170;;98;117;; 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;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;25;29;54;;;;; ;;total;41;42;83;;;;; ;;taux;61%;69%;65%;;;;; </pre> ===oan=== ====oan opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;oan;;genome;;;;;;;;; 56.1%GC;27.12.19 Paris;16s 4 ;61 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 ;;;;;;;;;;;; chromosom1;;;;;;;;;;;; ;34057..34446;;cds;;224;224;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;34671..34746;;gcc;@1;-40;*-40;;;;;;* ;34707..35480;;cds;;;;;;258;;glutathione S-transferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;223549..224394;;cds;;164;164;;;282;;3'(2'),5'-bisphosphate nucleotidase CysQ;* ;224559..224635;;ccg;;109;109;;;;;;* comp;224745..225806;;cds;;;;;;354;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;337757..338197;;cds;;158;158;;;147;;DMT family transporter;* comp;338356..338431;;ttc;;171;171;;;;;;* comp;338603..338818;;cds;;;;;;72;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* comp;344419..344598;;cds;;147;147;;;60;;hp;* ;344746..344820;;acc;;397;397;;;;;;* ;345218..346030;;cds;;;;;;271;;DUF2189 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;351922..353328;;cds;;167;167;;;469;;deoxyribodipyrimidine photo-lyase;* comp;353496..353572;;cgt;;159;159;;;;;;* comp;353732..355285;;cds;;;;;;*518;;HAMP domain-containing histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;725472..726479;;cds;;219;219;;;336;;glycosyltransferase family 4 protein;* ;726699..726773;;caa;;61;61;;;;;;* comp;726835..727413;;cds;;;;;;193;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;934613..934987;;cds;;333;333;;;125;;transposase;* comp;935321..935397;;agg;;114;114;;;;;;* comp;935512..936675;;cds;;;;;;388;;amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1049919..1051202;;cds;;24;24;;;428;;cystathionine gamma-synthase family protein;* comp;1051227..1051311;;ttg;@2;593;*593;;;;;;* comp;1051905..1053539;;cds;;;;;;*545;;phosphoethanolamine transferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1081066..1083021;;cds;;998;*998;;;*652;;M23 family metallopeptidase;* ;1084020..1085508;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1085777..1085853;;atc;;11;;;11;;;;* ;1085865..1085940;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1085980..1086168;;cds;@3;38;38;;;63;;P-hp;* ;1086207..1089125;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1089312..1089426;;5s;;54;;;;115;;;* ;1089481..1089557;;atgf;;363;363;;;;;;* ;1089921..1090091;;cds;;;;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1096454..1096912;;cds;;7;7;;;153;;hp;* comp;1096920..1097009;;tcg;;352;352;;;;;;* ;1097362..1097751;;cds;;;;;;130;;50S ribosomal protein L21;* ;;;;;;;;;;;;* ;1311344..1311823;;cds;;211;211;;;160;;hp;* ;1312035..1312109;;gag;;88;88;;;;;;* ;1312198..1312467;;cds;;;;;;90;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1344750..1345565;;cds;;677;*677;;;272;;IclR family transcriptional regulator;* ;1346243..1347731;;16s;;268;;;;1489;;;* ;1348000..1348076;;atc;;11;;;11;;;;* ;1348088..1348163;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;1348203..1348391;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;1348430..1351348;;23s;;186;;;;2919;;;* ;1351535..1351649;;5s;;54;;;;115;;;* ;1351704..1351780;;atgf;;360;360;;;;;;* ;1352141..1353082;;cds;;;;;;314;;LysR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1354558..1355604;;cds;;85;85;;;349;;polysaccharide deacetylase family protein;* comp;1355690..1355764;;ggc;;136;136;;;;;;* comp;1355901..1357280;;cds;;;;;;460;;MFS transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1386666..1387982;;cds;;819;*819;;;439;;hp;* comp;1388802..1388891;;tcc;;374;374;;;;;;* ;1389266..1389589;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1405236..1405859;;cds;;139;139;;;208;;5,6-dimethylbenzimidazole synthase;* comp;1405999..1406085;;ctg;;146;146;;;;;;* comp;1406232..1406852;;cds;;;;;;207;;2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1604615..1604854;;cds;;26;26;;;80;;hp;* comp;1604881..1604958;;atgj;;10;10;;;;;;* comp;1604969..1605214;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1639492..1640289;;cds;;-44;*-44;;;266;;hp;* comp;1640246..1640322;;atgj;;55;55;;;;;;* ;1640378..1640572;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1778816..1779571;;cds;;385;385;;;252;;SIMPL domain-containing protein;* ;1779957..1780033;;atgi;;265;265;;;;;;* ;1780299..1780844;;cds;;;;;;182;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* >;1945985..1946374;;cds;;721;*721;;;130;;P-hp;* comp;1947096..1947171;;aag;;-38;*-38;;;;;;* comp;1947134..1947319;;cds;;;;;;62;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2014813..2015097;;cds;;103;103;;;95;;DUF2218 domain-containing protein;* comp;2015201..2015275;;gaa;+;146;;146;;;;;* comp;2015422..2015496;;gaa;2 gaa;200;200;;;;;;* comp;2015697..2016962;;cds;;;;;;422;;DUF882 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2040234..2040453;;cds;;91;91;;;73;;hp;* ;2040545..2040629;;tac;;24;;24;;;;;* ;2040654..2040727;;gga;;6;6;;;;;;* comp;2040734..2040916;;cds;;-50;*-50;;;61;;hp;* ;2040867..2042042;;cds;;65;65;;;392;;elongation factor Tu;* ;2042108..2042183;;tgg;;420;*420;;;;;;* ;2042604..2042804;;cds;;;;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* ;2168416..2168658;;cds;;28;28;;;81;;PepSY domain-containing protein;* comp;2168687..2168760;;ggg;;289;289;;;;;;* ;2169050..2169946;;cds;;;;;;299;;lipid kinase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2244184..2245050;;cds;;112;112;;;289;;mechanosensitive ion channel;* comp;2245163..2245248;;tta;;200;200;;;;;;* ;2245449..2246705;;cds;;;;;;419;;threonine ammonia-lyase IlvA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2267888..2268835;;cds;;305;305;;;316;;patatin family protein;* ;2269141..2269225;;ctc;;66;66;;;;;;* comp;2269292..2270185;;cds;;;;;;298;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2332394..2333530;;cds;;393;393;;;379;;glycosyltransferase family 2 protein;* comp;2333924..2334000;;cgg;;169;169;;;;;;* comp;2334170..2335792;;cds;;;;;;*541;;ABC-F family ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2339396..2340514;;cds;;1650;*1650;;;373;;porin;* comp;2342165..2342239;;gtg;;178;178;;;;;;* comp;2342418..2344424;;cds;;;;;;*669;;murein L,D-transpeptidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2369668..2370441;;cds;;152;152;;;258;;NAD kinase;* ;2370594..2370669;;aca;;987;*987;;;;;;* comp;2371657..2372076;;cds;;;;;;140;;SUF system Fe-S cluster assembly protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2442729..2443145;;cds;;299;299;;;139;;hp;* comp;2443445..2443519;;atgf;;70;70;;;;;;* <comp;2443590..2443799;;cds;;;;;;70;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2449947..2451311;;cds;;156;156;;;455;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;2451468..2451550;;cta;;236;236;;;;;;* comp;2451787..2452356;;cds;;;;;;190;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2548914..2550098;;cds;;513;*513;;;395;;alpha/beta hydrolase;* comp;2550612..2550688;;gac;+;245;;245;;;;;* comp;2550934..2551010;;gac;2 gac;328;328;;;;;;* ;2551339..2551956;;cds;;;;;;206;;TetR/AcrR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2604616..2605908;;cds;;824;*824;;;431;;FAD-binding oxidoreductase;* comp;2606733..2606808;;gta;;264;264;;;;;;* comp;2607073..2607996;;cds;;;;;;308;;sugar kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2641040..2641360;;cds;;97;97;;;107;;YnfA family protein;* ;2641458..2641534;;ccc;;94;94;;;;;;* ;2641629..2642357;;cds;;;;;;243;;SDR family oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2696299..2697183;;cds;;54;54;;;295;;transcriptional regulator GcvA;* comp;2697238..2697314;;aga;;123;123;;;;;;* comp;2697438..2697743;;cds;;156;156;;;102;;ETC complex I subunit;* comp;2697900..2697976;;cca;;186;186;;;;;;* ;2698163..2698309;;cds;;;;;;49;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2771579..2772697;;cds;;584;*584;;;373;;porin;* ;2773282..2773372;;agc;;203;203;;;;;;* ;2773576..2774643;;cds;;;;;;356;;porin;* chromosom2;;;;;;;;;;;;* ;149537..151504;;cds;;355;355;;;*656;;selenocysteine-specific translation elongation factor;* ;151860..151955;;tga;;14;14;;;;;;* comp;151970..152605;;cds;;;;;;212;;lipase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;298403..299422;;cds;;300;300;;;340;;TerC family protein;* comp;299723..299796;;cag;;361;361;;;;;;* comp;300158..300460;;cds;;;;;;101;;DUF1127 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;455428..456111;;cds;;713;*713;;;228;;FkbM family methyltransferase;* ;456825..458313;;16s;;268;;;;1489;;;* ;458582..458658;;atc;;11;;;11;;;;* ;458670..458745;;gca;;39;39;;;;;;* >comp;458785..458973;;cds;;38;38;;;63;;P-hp;* ;459012..461930;;23s;;186;;;;2919;;;* ;462117..462231;;5s;;54;;;;115;;;* ;462286..462362;;atgf;;-44;*-44;;;;;;* comp;462319..463974;;cds;;;;;;*552;;recombinase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;572059..572721;;cds;;545;*545;;;221;;response regulator transcription factor;* comp;573267..573357;;other;@4;620;*620;;;;;;* comp;573978..575285;;cds;;;;;;436;;SidA/IucD/PvdA family monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;611464..611742;;cds;;88;88;;;93;;hp;* comp;611831..611905;;ggc;;387;387;;;;;;* ;612293..612814;;cds;;;;;;174;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;991265..991999;;cds;;217;217;;;245;;alpha/beta hydrolase;* comp;992217..992306;;tca;;323;323;;;;;;* ;992630..992884;;cds;;;;;;85;;DUF2171 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1031528..1032946;;cds;;607;*607;;;473;;PepSY domain-containing protein;* comp;1033554..1033629;;aaa;;327;327;;;;;;* ;1033957..1035651;;cds;;;;;;*565;;membrane protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1067405..1068742;;cds;;131;131;;;446;;DNA polymerase IV;* ;1068874..1068947;;tgc;;739;*739;;;;;;* ;1069687..1069905;;cds;;;;;;73;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1081639..1082031;;cds;;103;103;;;131;;hp;* comp;1082135..1082209;;aac;;168;168;;;;;;* ;1082378..1082653;;cds;;;;;;92;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1333375..1333587;;cds;;209;209;;;71;;hp;* comp;1333797..1333873;;cac;;352;352;;;;;;* ;1334226..1337393;;cds;;;;;;*1056;;PAS domain S-box protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1473437..1474405;;cds;;269;269;;;323;;nitronate monooxygenase;* ;1474675..1474750;;acg;;156;156;;;;;;* >comp;1474907..1475239;;cds;;;;;;111;;DNA adenine methylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1597496..1597666;;cds;;363;363;;;57;;LysR family transcriptional regulator;* comp;1598030..1598106;;atgf;;54;;;;;;;* comp;1598161..1598275;;5s;;186;;;;115;;;* comp;1598462..1601380;;23s;;38;38;;;2919;;;* <;1601419..1601607;;cds;;39;39;;;63;;P-hp;* comp;1601647..1601722;;gca;;11;;;11;;;;* comp;1601734..1601810;;atc;;268;;;;;;;* comp;1602079..1603567;;16s;;743;*743;;;1489;;;* ;1604311..1605192;;cds;;;;;;294;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1720169..1720531;;cds;;113;113;;;121;;response regulator;* ;1720645..1720719;;gtc;;465;*465;;;;;;* ;1721185..1721838;;cds;;;;;;218;;protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase;* </pre> ====oan cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_cumuls|oan cumuls]] <pre> oan cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;;4;1;5;1;;100;25;1;0 ;16atcgca-cds;4;20;;;50;15;40;;200;20;30;0 ;-;;40;1;;100;12;80;;300;21;60;4 ;-;;60;;;150;12;120;;400;15;90;18 ;max a;3;80;;;200;15;160;;500;11;120;8 ;a doubles;0;100;;;250;7;200;;600;5;150;9 ;spéciaux;0;120;;;300;6;240;;700;3;180;3 ;total aas;12;140;;;350;5;280;;800;0;210;6 sans ;opérons;45;160;1;;400;12;320;;900;0;240;4 ;1 aa;42;180;;;450;1;360;;1000;0;270;6 ;max a;2;200;;;500;1;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;2;;1;;;16;;;;0;;35 ;total aas;48;;3;4;;107;;0;;101;;101 total aas;;60;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;138;11;;258;;;;256;; ;;;variance;111;0;;268;;;;180;; sans jaune;;;moyenne;;;;174;;;;218;;150 ;;;variance;;;;117;;;;132;;81 </pre> ====oan blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_blocs|oan blocs]] <pre> oan blocs;;;; Constantes;;;; cds;;intercal;cdsa; 16s;;268;1489; atc;;11;; gca;;39;; cds;;38;63;P-hp 23s;;186;2919; 5s;;54;115; atgf;;;; cds;;;; Variations;;;; blocs 16s;;intercal;cdsa; 1084020..1085508;;998;652;M23 family metallopeptidase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator ;;;; 1346243..1347731;;677;272;IclR family transcriptional regulator ;;360;314;LysR family transcriptional regulator ;;;; 456825..458313;;713;228;FkbM family methyltransferase ;;-44;552;recombinase family protein ;;;; 1602079..1603567;;743;294;ATPase ;;363;57;LysR family transcriptional regulator </pre> *Détails <pre> cds;743’;713;677;998’ 16s;268;268;268;268 atc;11;11;11;11 gca;39’;39’;39’;39’ cds;38’;38’;38’;38’ 23s;186;186;186;186 5s;54;54;54;54 atgf;363;-44';360;363 cds;;;; </pre> ====oan distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_distribution|oan distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;;;;;;;;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;;;;;;;;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;;;;;;;;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;;;;;;;;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;;;;;;;;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;;;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total oan;;41;;;;;41;;oan;6;;;;;;6;;;;;;;;;;;oan;;;;4;;;4 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;4 1-3aas;;; </pre> ====oan1 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_données_intercalaires|oan1 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;oan1;fx;fc;oan1;fx40;fc40;oan1;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;12;9;0;12;9;-1;0;93;224;109;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;42;226;1;3;24;-2;1;0;95;147;678;999;2* 194;;;146;;gaa ;0;20;29;119;2;4;45;-3;0;0;164;219;;;16s tRNA;;;**;;gaa 2;1;30;16;70;3;5;30;-4;22;215;158;24;;;2*273;;atc;24;;tac ;0;40;21;48;4;4;22;-5;0;0;171;7;;;tRNA 23s;;;**;;gga ;0;50;33;45;5;5;21;-6;1;0;397;352;;;2* 270;;gca;245;;gac 1;0;60;43;49;6;5;12;-7;4;3;167;85;;;5s tRNA;;;**;;gac 1;2;70;31;61;7;5;10;-8;2;27;159;374;;;2* 54;;atgf;;; ;0;80;28;67;8;3;20;-9;1;0;172;-44;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;90;23;43;9;4;14;-10;1;3;333;186;;;2* 11;;atc gca;;; ;3;100;25;51;10;4;28;-11;2;20;114;385;;;;;;;; 1;1;110;20;43;11;4;16;-12;2;0;593;721;;;;;;;; ;2;120;12;52;12;2;16;-13;3;3;363;578;;;;;;;; ;1;130;13;45;13;3;15;-14;2;9;211;318;;;;;;;; ;3;140;25;36;14;4;19;-15;3;0;88;28;;;;;;;; 1;1;150;23;48;15;1;13;-16;0;1;363;289;;;;;;;; 1;4;160;24;32;16;3;9;-17;2;4;136;197;;;;;;;; ;3;170;27;33;17;3;9;-18;1;0;819;66;;;;;;;; ;3;180;14;34;18;3;12;-19;0;1;139;393;;;;;;;; 2;0;190;24;30;19;4;4;-20;1;6;146;152;;;;;;;; 1;1;200;12;32;20;2;6;-21;0;1;26;987;;;;;;;; ;1;210;14;29;21;2;10;-22;0;2;10;328;;;;;;;; 1;1;220;22;20;22;3;6;-23;0;2;265;824;;;;;;;; ;1;230;18;19;23;1;11;-24;0;0;103;54;;;;;;;; ;1;240;15;27;24;2;6;-25;0;0;200;186;;;;;;;; ;0;250;15;15;25;1;5;-26;1;4;139;584;;;;;;;; ;0;260;6;12;26;1;4;-27;0;1;65;;;;;;;;; ;2;270;12;17;27;3;6;-28;0;0;420;;;;;;;;; ;0;280;8;16;28;0;6;-29;0;2;112;;;;;;;;; 1;0;290;9;7;29;1;9;-30;0;0;305;;;;;;;;; ;1;300;12;17;30;2;7;-31;2;0;169;;;;;;;;; ;1;310;8;12;31;1;3;-32;0;0;1650;;;;;;;;; 1;0;320;8;5;32;1;4;-33;0;0;178;;;;;;;;; 1;0;330;13;14;33;1;8;-34;0;0;299;;;;;;;;; ;1;340;7;14;34;1;9;-35;0;0;70;;;;;;;;; ;0;350;9;16;35;2;6;-36;1;0;156;;;;;;;;; 1;0;360;6;5;36;3;2;-37;0;0;236;;;;;;;;; ;2;370;6;7;37;3;3;-38;0;1;513;;;;;;;;; 1;0;380;5;8;38;2;9;-39;0;0;264;;;;;;;;; 1;0;390;7;5;39;4;1;-40;0;0;97;;;;;;;;; 1;1;400;4;9;40;3;3;-41;0;0;94;;;;;;;;; 5;5;reste;70;70;reste;651;1045;-42;0;0;123;;;;;;;;; 26;44;total;771;1517;total;771;1517;-43;0;0;156;;;;;;;;; 20;39;diagr;689;1438;diagr;108;463;-44;0;0;203;;;;;;;;; 3;2; t30;87;415;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;759;55;12;826;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1508;402;9;1919;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;2745;105;;reste;3;4;;;;;;;;;; ;;;;;;2850;;total;55;402;;;;;;;;;; </pre> =====oan1 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan1_autres_intercalaires_aas|oan1 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;oan1;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;aas deb;comp;CDS;20987;21391;93; ;;ncRNA;21485;21582;117; fin;;CDS;21700;23517;; deb;;CDS;34057;34446;224; ;;tRNA;34671;34746;95;gcc fin;;CDS;34842;35480;; deb;comp;CDS;36750;37604;244; ;comp;regulatory;37849;38001;259; fin;;CDS;38261;40249;; deb;;CDS;223549;224394;164; ;;tRNA;224559;224635;109;ccg fin;comp;CDS;224745;225806;; deb;comp;CDS;295366;296238;86; ;comp;regulatory;296325;296481;233; fin;;CDS;296715;298838;; deb;comp;CDS;337757;338197;158; ;comp;tRNA;338356;338431;171;ttc fin;comp;CDS;338603;338818;; deb;comp;CDS;344419;344598;147; ;;tRNA;344746;344820;397;acc fin;;CDS;345218;346030;; deb;comp;CDS;351922;353328;167; ;comp;tRNA;353496;353572;159;cgt fin;comp;CDS;353732;355285;; deb;comp;CDS;424109;425302;91; ;comp;regulatory;425394;425473;298; fin;;CDS;425772;426863;; deb;comp;CDS;725472;726479;219; ;;tRNA;726699;726773;172;caa fin;;CDS;726946;729048;; deb;comp;CDS;934613;934987;333; ;comp;tRNA;935321;935397;114;agg fin;comp;CDS;935512;936675;; deb;;CDS;1049919;1051202;24; ;comp;tRNA;1051227;1051311;593;ttg fin;comp;CDS;1051905;1053539;; deb;comp;CDS;1081066;1083021;999; ;;rRNA;1084021;1085503;273;1483 ;;tRNA;1085777;1085853;11;atc ;;tRNA;1085865;1085940;270;gca ;;rRNA;1086211;1089117;194;2907 ;;rRNA;1089312;1089426;54;115 ;;tRNA;1089481;1089557;363;atgj f fin;;CDS;1089921;1090091;; deb;;CDS;1096454;1096912;7; ;comp;tRNA;1096920;1097009;352;tcg fin;;CDS;1097362;1097751;; deb;comp;CDS;1202605;1203609;41; ;comp;regulatory;1203651;1203765;95; fin;;CDS;1203861;1204517;; deb;;CDS;1263516;1263881;88; ;;ncRNA;1263970;1264128;99; fin;;CDS;1264228;1265223;; deb;;CDS;1311344;1311823;211; ;;tRNA;1312035;1312109;88;gag fin;;CDS;1312198;1312467;; deb;;CDS;1344750;1345565;678; ;;rRNA;1346244;1347726;273;1483 ;;tRNA;1348000;1348076;11;atc ;;tRNA;1348088;1348163;270;gca ;;rRNA;1348434;1351340;194;2907 ;;rRNA;1351535;1351649;54;115 ;;tRNA;1351704;1351780;363;atgj f fin;;CDS;1352144;1353082;; deb;;CDS;1354558;1355604;85; ;comp;tRNA;1355690;1355764;136;ggc fin;comp;CDS;1355901;1357280;; deb;comp;CDS;1386666;1387982;819; ;comp;tRNA;1388802;1388891;374;tcc fin;;CDS;1389266;1389589;; deb;comp;CDS;1405236;1405859;139; ;comp;tRNA;1405999;1406085;146;ctg fin;comp;CDS;1406232;1406852;; deb;comp;CDS;1604615;1604854;26; ;comp;tRNA;1604881;1604958;10;atgj j fin;comp;CDS;1604969;1605214;; deb;;CDS;1639492;1640289;-44; ;comp;tRNA;1640246;1640322;186;atgj j fin;;CDS;1640509;1641465;; deb;comp;CDS;1778816;1779571;385; ;;tRNA;1779957;1780033;265;atgi fin;;CDS;1780299;1780844;; deb;;CDS;1818096;1818755;175; ;;ncRNA;1818931;1819358;205; fin;;CDS;1819564;1820313;; deb;;CDS;1881047;1881754;33; ;comp;tmRNA;1881788;1882155;188; fin;;CDS;1882344;1882655;; deb;;CDS;1917737;1918849;108; ;;regulatory;1918958;1919182;154; fin;;CDS;1919337;1921202;; deb;;CDS;1945985;1946374;721; ;comp;tRNA;1947096;1947171;578;aag fin;;CDS;1947750;1948412;; deb;;CDS;1973835;1975286;48; ;;regulatory;1975335;1975573;50; fin;;CDS;1975624;1975812;; deb;comp;CDS;2014813;2015097;103; ;comp;tRNA;2015201;2015275;146;gaa ;comp;tRNA;2015422;2015496;200;gaa fin;comp;CDS;2015697;2016962;; deb;comp;CDS;2039366;2040226;318; ;;tRNA;2040545;2040629;24;tac ;;tRNA;2040654;2040727;139;gga deb;;CDS;2040867;2042042;65; ;;tRNA;2042108;2042183;420;tgg fin;;CDS;2042604;2042804;; deb;;CDS;2168416;2168658;28; ;comp;tRNA;2168687;2168760;289;ggg fin;;CDS;2169050;2169946;; deb;comp;CDS;2244184;2245050;112; ;comp;tRNA;2245163;2245248;197;tta fin;;CDS;2245446;2246705;; deb;;CDS;2267888;2268835;305; ;;tRNA;2269141;2269225;66;ctc fin;comp;CDS;2269292;2270185;; deb;;CDS;2332394;2333530;393; ;comp;tRNA;2333924;2334000;169;cgg fin;comp;CDS;2334170;2335792;; deb;comp;CDS;2339396;2340514;1650; ;comp;tRNA;2342165;2342239;178;gtg fin;comp;CDS;2342418;2344424;; deb;comp;CDS;2369668;2370441;152; ;;tRNA;2370594;2370669;987;aca fin;comp;CDS;2371657;2372076;; deb;comp;CDS;2442729;2443145;299; ;comp;tRNA;2443445;2443519;70;atgj f fin;comp;CDS;2443590;2443781;; deb;comp;CDS;2449947;2451311;156; ;comp;tRNA;2451468;2451550;236;cta fin;comp;CDS;2451787;2452356;; deb;comp;CDS;2548914;2550098;513; ;comp;tRNA;2550612;2550688;245;gac ;comp;tRNA;2550934;2551010;328;gac fin;;CDS;2551339;2551956;; deb;;CDS;2604616;2605908;824; ;comp;tRNA;2606733;2606808;264;gta fin;comp;CDS;2607073;2607996;; deb;;CDS;2641040;2641360;97; ;;tRNA;2641458;2641534;94;ccc fin;;CDS;2641629;2642357;; deb;;CDS;2696299;2697183;54; ;comp;tRNA;2697238;2697314;123;aga deb;comp;CDS;2697438;2697743;156; ;comp;tRNA;2697900;2697976;186;cca fin;;CDS;2698163;2698309;; deb;comp;CDS;2771579;2772697;584; ;;tRNA;2773282;2773372;203;agc fin;;CDS;2773576;2774643;; </pre> ====oan2 données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_données_intercalaires|oan2 données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;oan2;fx;fc;oan2;fx40;fc40;oan2;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa 1;0;0;2;1;0;2;1;-1;0;48;355;14;CDS 16s ;;23s 5s;; ;0;10;29;159;1;2;26;-2;1;0;300;-44;714;744;2* 194;; 1;0;20;25;104;2;3;23;-3;1;0;361;387;;;16s tRNA;; ;0;30;9;49;3;8;18;-4;12;195;545;217;;;2* 273;;atc ;0;40;21;49;4;4;17;-5;0;0;620;323;;;tRNA 23s;; ;0;50;15;25;5;2;14;-6;0;0;88;327;;;2* 270;;gca ;0;60;17;29;6;3;4;-7;0;2;607;103;;;5s tRNA;; ;0;70;13;45;7;5;8;-8;1;16;131;168;;;2* 54;;atgf ;0;80;13;35;8;1;15;-9;0;0;739;352;;;tRNA tRNA;;intra ;1;90;18;32;9;1;12;-10;0;2;209;156;;;2* 11;;atc gca ;0;100;13;31;10;0;22;-11;0;8;269;;;;;; 1;0;110;25;29;11;4;26;-12;1;0;363;;;;;; ;1;120;7;32;12;4;19;-13;1;0;113;;;;;; ;0;130;16;20;13;2;12;-14;0;6;465;;;;;; ;1;140;12;30;14;2;10;-15;0;0;;;;;;; ;0;150;10;17;15;2;6;-16;2;0;;;;;;; 1;0;160;15;20;16;0;6;-17;0;1;;;;;;; 1;0;170;13;14;17;4;3;-18;1;0;;;;;;; ;0;180;13;12;18;3;4;-19;1;0;;;;;;; ;0;190;11;18;19;2;8;-20;0;3;;;;;;; ;0;200;10;10;20;2;10;-21;1;0;;;;;;; ;1;210;9;7;21;1;6;-22;0;0;;;;;;; 1;0;220;10;10;22;2;5;-23;0;1;;;;;;; ;0;230;5;16;23;0;7;-24;0;0;;;;;;; ;0;240;6;10;24;2;7;-25;0;1;;;;;;; ;0;250;7;12;25;1;1;-26;0;0;;;;;;; ;0;260;6;7;26;0;9;-27;1;0;;;;;;; ;1;270;5;8;27;0;4;-28;0;1;;;;;;; ;0;280;6;2;28;3;1;-29;0;1;;;;;;; ;0;290;2;7;29;0;3;-30;0;0;;;;;;; ;1;300;6;3;30;0;6;-31;0;0;;;;;;; ;0;310;8;7;31;0;4;-32;0;2;;;;;;; ;0;320;3;7;32;1;4;-33;0;0;;;;;;; 2;0;330;7;4;33;3;7;-34;0;0;;;;;;; ;0;340;4;5;34;0;3;-35;0;1;;;;;;; ;0;350;8;1;35;1;5;-36;0;0;;;;;;; 1;1;360;3;4;36;2;9;-37;0;0;;;;;;; ;2;370;7;3;37;4;6;-38;0;0;;;;;;; ;0;380;6;2;38;3;3;-39;0;0;;;;;;; 1;0;390;3;5;39;4;6;-40;0;0;;;;;;; ;0;400;2;1;40;3;2;-41;2;0;;;;;;; ;5;reste;40;32;reste;374;552;-42;0;0;;;;;;; 10;14;total;460;914;total;460;914;-43;0;0;;;;;;; 9;9;diagr;418;881;diagr;84;361;-44;0;0;;;;;;; 1;0; t30;63;312;;;;-45;0;0;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;2;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;; ;x;458;28;2;488;;;-49;0;0;;;;;;; ;c;913;292;1;1206;;;-50;0;0;;;;;;; ;;;;;1694;46;;reste;2;2;;;;;;; ;;;;;;1740;;total;28;292;;;;;;; </pre> =====oan2 autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan2_autres_intercalaires_aas|oan2 autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires ;;oan2;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;149537;151504;355;*; ;;tRNA;151860;151955;14;*;tga fin;comp;CDS;151970;152605;;; deb;;CDS;249965;250795;64;*; ;;regulatory;250860;251074;365;*; fin;;CDS;251440;251661;;; deb;comp;CDS;298403;299422;300;*; ;comp;tRNA;299723;299796;361;*;cag fin;comp;CDS;300158;300460;;; deb;;CDS;455428;456111;714;*; ;;rRNA;456826;458308;273;*;1483 ;;tRNA;458582;458658;11;*;atc ;;tRNA;458670;458745;270;*;gca ;;rRNA;459016;461922;194;*;2907 ;;rRNA;462117;462231;54;*;115 ;;tRNA;462286;462362;-44;*;atgf fin;comp;CDS;462319;463974;;; deb;comp;CDS;572059;572721;545;*; ;comp;tRNA;573267;573357;620;*;other fin;comp;CDS;573978;575285;;; deb;comp;CDS;611464;611742;88;*; ;comp;tRNA;611831;611905;387;*;ggc fin;;CDS;612293;612814;;; deb;;CDS;850872;851594;138;*; ;;regulatory;851733;851842;43;*; fin;;CDS;851886;852806;;; deb;;CDS;991265;991999;217;*; ;comp;tRNA;992217;992306;323;*;tca fin;;CDS;992630;992884;;; deb;comp;CDS;1031528;1032946;607;*; ;comp;tRNA;1033554;1033629;327;*;aaa fin;;CDS;1033957;1035651;;; deb;;CDS;1067405;1068742;131;*; ;;tRNA;1068874;1068947;739;*;tgc fin;;CDS;1069687;1069905;;; deb;;CDS;1081639;1082031;103;*; ;comp;tRNA;1082135;1082209;168;*;aac fin;;CDS;1082378;1082653;;; deb;comp;CDS;1215924;1217189;597;*; ;;regulatory;1217787;1217947;76;*; fin;;CDS;1218024;1218500;;; deb;comp;CDS;1273601;1274704;142;*; ;comp;regulatory;1274847;1274930;495;*; fin;;CDS;1275426;1275572;;; deb;comp;CDS;1327333;1328361;180;*; ;comp;regulatory;1328542;1328776;221;*; fin;;CDS;1328998;1329948;;; deb;comp;CDS;1333375;1333587;209;*; ;comp;tRNA;1333797;1333873;352;*;cac fin;;CDS;1334226;1337393;;; deb;;CDS;1473437;1474405;269;*; ;;tRNA;1474675;1474750;156;*;acg fin;comp;CDS;1474907;1475239;;; deb;comp;CDS;1597496;1597666;363;*; ;comp;tRNA;1598030;1598106;54;*;atgf ;comp;rRNA;1598161;1598275;194;*;115 ;comp;rRNA;1598470;1601376;270;*;2907 ;comp;tRNA;1601647;1601722;11;*;gca ;comp;tRNA;1601734;1601810;273;*;atc ;comp;rRNA;1602084;1603566;744;*;1483 fin;;CDS;1604311;1605192;;; deb;;CDS;1720169;1720531;113;*; ;;tRNA;1720645;1720719;465;*;gtc fin;;CDS;1721185;1721838;;; </pre> ===abq=== ====abq opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abq;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;29.12.19 Paris;16s 9 ;88 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; ;125527..126444;;cds;;127;127;;;306;;restriction endonuclease;* comp;126572..126647;;gcg;;206;206;;;;;;* ;126854..127138;;cds;;;;;;95;;YggT family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;163237..164982;;cds;;175;175;;;582;;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;* ;165158..165234;;agg;;59;59;;;;;;* ;165294..166022;;cds;;;;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;188235..189860;;cds;;42;42;;;542;;glycosyltransferase;* comp;189903..189977;;acg;;81;81;;;;;;* comp;190059..191987;;cds;;;;;;643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;250833..251111;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;251281..251356;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;251498..251893;;cds;;;;;;132;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;458142..458459;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;458669..458758;;tcg;;63;63;;;;;;* comp;458822..459664;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;496776..497171;;cds;;162;162;;;132;;cupin domain-containing protein;* comp;497334..497420;;ttg;;137;137;;;;;;* ;497558..498085;;cds;;;;;;176;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;615937..616350;;cds;;121;121;;;138;;hp;* comp;616472..616548;;ccg;+;206;;206;;;;;* comp;616755..616831;;ccg;2 ccg;109;109;;;;;;* comp;616941..617957;;cds;;;;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;748703..749161;;cds;;38;38;;;153;;hp;* comp;749200..749275;;aca;;91;91;;;;;;* comp;749367..750221;;cds;;144;144;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;750366..750451;;tac;;60;;60;;;;;* ;750512..750585;;gga;;81;81;;;;;;* ;750667..751857;;cds;;153;153;;;397;;elongation factor Tu;* ;752011..752086;;tgg;;69;69;;;;;;* ;752156..752353;;cds;;;;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* ;;;;;;;;;;;;* comp;794457..795983;;cds;;296;296;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;796280..796355;;aag;+;76;;76;;;;;* ;796432..796507;;aag;2 aag;109;109;;;;;;* comp;796617..797057;;cds;;;;;;147;;MaoC family dehydratase;* ;;;;;;;;;;;;* ;870412..872373;;cds;;159;159;;;654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;872533..872608;;atgi;;5;5;;;;;;* comp;872614..873093;;cds;;134;134;;;160;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;873228..873304;;cgt;;212;212;;;;;;* ;873517..874023;;cds;;;;;;169;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;931962..933011;;cds;;68;68;;;350;;low specificity L-threonine aldolase;* ;933080..933155;;gag;+;38;;38;;;;;* ;933194..933269;;gag;2 gag;72;72;;;;;;* comp;933342..934340;;cds;;;;;;333;;transglycosylase SLT domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;997881..998357;;cds;;246;246;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;998604..998678;;acc;;175;175;;;;;;* comp;998854..1000815;;cds;;;;;;654;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1164137..1165048;;cds;;159;159;;;304;;DUF3108 domain-containing protein;* ;1165208..1165282;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;1165415..1165489;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;1165721..1165885;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1242416..1242919;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;1243005..1243081;;ccc;;139;139;;;;;;* comp;1243221..1244999;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1353398..1353895;;cds;;118;118;;;166;;hp;* ;1354014..1354091;;cca;;49;49;;;;;;* ;1354141..1354437;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1354448..1354524;;aga;;443;*443;;;;;;* ;1354968..1355213;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1370270..1370500;;cds;;196;196;;;77;;hp;* comp;1370697..1370772;;aac;@2;220;;220;;;;;* comp;1370993..1371066;;tgc;;218;218;;;;;;* ;1371285..1371941;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1427443..1427733;;cds;;236;236;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1427970..1428085;;5s;;129;;;;116;;;* comp;1428215..1430967;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;1431234..1431309;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1431340..1431416;;atc;;108;;;;;;;* comp;1431525..1433015;;16s;;779;*779;;;1491;;;* ;1433795..1437778;;cds;;;;;;1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1576457..1577296;;cds;;243;243;;;280;;aldo/keto reductase;* comp;1577540..1577615;;gaa;;123;123;;;;;;* comp;1577739..1579538;;cds;;;;;;600;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1723089..1723457;;cds;;344;344;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* comp;1723802..1723878;;gac;;164;;164;;;;;* comp;1724043..1724117;;gta;;106;106;;;;;;* comp;1724224..1724496;;cds;;;;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1730385..1731719;;cds;;91;91;;;445;;trigger factor;* comp;1731811..1731895;;cta;;173;173;;;;;;* comp;1732069..1733634;;cds;;;;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1733741..1735207;;cds;;129;129;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* comp;1735337..1735412;;cac;+;109;;109;;;;;* comp;1735522..1735597;;cac;2 cac;337;337;;;;;;* ;1735935..1736273;;cds;;;;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1951126..1951752;;cds;;149;149;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;1951902..1951987;;tac;;74;74;;;;;;* comp;1952062..1952424;;cds;;;;;;121;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1996903..1997244;;cds;;595;*595;;;114;;hp;* comp;1997840..1997914;;atgj;;131;131;;;;;;* comp;1998046..1999179;;cds;;;;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* ;2086487..2088658;;cds;;156;156;;;724;;malate synthase G;* comp;2088815..2088889;;gtc;;234;234;;;;;;* ;2089124..2090002;;cds;;;;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2303404..2303880;;cds;;414;*414;;;159;;bacterioferritin;* comp;2304295..2304377;;tta;;406;*406;;;;;;* comp;2304784..2305029;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2482875..2484518;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2484884..2484974;;tcc;;120;120;;;;;;* comp;2485095..2485898;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2640759..2641325;;cds;;149;149;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;2641475..2641549;;ggc;;688;*688;;;;;;* ;2642238..2642915;;cds;;;;;;226;;dimethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2764482..2765567;;cds;;659;*659;;;362;;hp;* comp;2766227..2766300;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;2766336..2766995;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2781933..2783774;;cds;;187;187;;;614;;EAL and GGDEF domain-containing protein;* comp;2783962..2784077;;5s;;129;;;;116;;;* comp;2784207..2786959;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;2787215..2787290;;gca;;30;;;30;;;;* comp;2787321..2787397;;atc;;108;;;;;;;* comp;2787506..2789006;;16s;;496;*496;;;1501;;;* comp;2789503..2790207;;cds;;;;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2843264..2843443;;cds;;77;77;;;60;;hp;* comp;2843521..2843597;;cgt;;170;170;;;;;;* ;2843768..2844268;;cds;;;;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* comp;51090..51836;;cds;;481;*481;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* comp;52318..52393;;tgg;;363;*363;;;;;;* ;52757..53587;;cds;;;;;;277;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;809229..810019;;cds;;870;*870;;;264;;IS5 family transposase;* comp;810890..810966;;atgf;;96;;;;;;;* comp;811063..811178;;5s;;127;;;;116;;;* comp;811306..814058;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;814325..814400;;gca;;30;;;30;;;;* comp;814431..814507;;atc;;108;;;;;;;* comp;814616..816106;;16s;;452;*452;;;1491;;;* comp;816559..817443;;cds;;;;;;295;;helix-turn-helix domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* ;196992..199346;;cds;;148;148;;;785;;mechanosensitive ion channel;* ;199495..199581;;ctg;;30;;30;;;;;* ;199612..199687;;gcc;;188;188;;;;;;* ;199876..201333;;cds;;;;;;486;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;237538..238578;;cds;;92;92;;;347;;response regulator;* comp;238671..238747;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;238844..239821;;cds;;;;;;326;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;257739..258470;;cds;;125;125;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;258596..258682;;ctc;;123;123;;;;;;* comp;258806..259108;;cds;;;;;;101;;STAS domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;399367..400527;;cds;;278;278;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;400806..400921;;5s;;129;;;;116;;;* comp;401051..403803;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;404059..404134;;gca;;30;;;30;;;;* comp;404165..404241;;atc;;108;;;;;;;* comp;404350..405850;;16s;;502;*502;;;1501;;;* comp;406353..406547;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;504531..504893;;cds;;82;82;;;121;;response regulator;* ;504976..505051;;aac;;3;;3;;;;;* ;505055..505131;;gac;;4;;4;;;;;* ;505136..505210;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;505313..506080;;cds;;83;83;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;506164..506790;;cds;;202;202;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;506993..507108;;5s;;127;;;;116;;;* comp;507236..509988;;23s;;266;;;;2753;;;* comp;510255..510330;;gca;;30;;;30;;;;* comp;510361..510437;;atc;;110;;;;;;;* comp;510548..512038;;16s;;615;*615;;;1491;;;* ;512654..513568;;cds;;;;;;305;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;588108..590768;;cds;;340;340;;;887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;591109..591184;;ttc;;286;286;;;;;;* ;591471..592979;;cds;;;;;;503;;FAD-binding oxidoreductase;* plasmide5;;;;;;;;;;;;* ;86421..87089;;cds;;455;*455;;;223;;RraA family protein;* ;87545..87619;;ggc;;193;193;;;;;;* ;87813..88865;;cds;;;;;;351;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* plasmide1;;;;@3;;;;;;;;* >comp;115594..115896;;cds;;394;*394;;;101;;P-IS5/IS1182 family transposase;* comp;116291..116367;;atgf;;96;;;;;;;* comp;116464..116579;;5s;;129;;;;116;;;* comp;116709..119461;;23s;;255;;;;2753;;;* comp;119717..119792;;gca;;30;;;30;;;;* comp;119823..119899;;atc;;108;;;;;;;* comp;120008..121498;;16s;;740;*740;;;1491;;;* ;122239..123597;;cds;;;;;;453;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;217550..218176;;cds;;123;123;;;209;;ribonuclease D;* comp;218300..218386;;ctg;;228;228;;;;;;* ;218615..219604;;cds;;;;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;300477..301733;;cds;;472;*472;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;302206..303696;;16s;;108;;;;1491;;;* ;303805..303881;;atc;;30;;;30;;;;* ;303912..303987;;gca;;255;;;;;;;* ;304243..306995;;23s;;129;;;;2753;;;* ;307125..307240;;5s;;96;;;;116;;;* ;307337..307413;;atgf;;161;161;;;;;;* <comp;307575..307805;;cds;;;;;;77;;p-ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;466493..467710;;cds;;231;231;;;406;;site-specific integrase;* comp;467942..468031;;tca;;205;205;;;;;;* comp;468237..468809;;cds;;;;;;191;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;512242..512790;;cds;;136;136;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;512927..513002;;aaa;;209;209;;;;;;* ;513212..514036;;cds;;;;;;275;;DUF3618 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;931813..933912;;cds;;79;79;;;700;;membrane protein;* ;933992..934066;;caa;;382;*382;;;;;;* comp;934449..935270;;cds;;;;;;274;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;948715..949743;;cds;;199;199;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;949943..950016;;cag;;246;246;;;;;;* comp;950263..950829;;cds;;;;;;189;;IS3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* >;971260..971532;;cds;;493;*493;;;91;;P-hp;* comp;972026..972119;;agc;;197;197;;;;;;* ;972317..972550;;cds;;;;;;78;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1302373..1303350;;cds;;166;166;;;326;;alpha-1,3-fucosyltransferase;* comp;1303517..1303592;;ttc;;98;98;;;;;;* comp;1303691..1303876;;cds;;;;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;;;;;;;;;;;;* ;1349823..1350929;;cds;;145;145;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;1351075..1353828;;23s;;262;;;;2754;;;* comp;1354091..1355591;;16s;@1;676;*676;;;1501;;;* ;1356268..1356726;;cds;;;;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1441708..1443066;;cds;;153;153;;;453;;hp;* ;1443220..1443294;;acc;;1;;1;;;;;* ;1443296..1443371;;gcg;;99;;99;;;;;* ;1443471..1443547;;gac;;44;;44;;;;;* ;1443592..1443666;;gtc;;1;;1;;;;;* ;1443668..1443741;;cag;;137;137;;;;;;* comp;1443879..1446428;;cds;;;;;;850;;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1566394..1566612;;cds;;193;193;;;73;;hp;* comp;1566806..1566921;;5s;;128;;;;116;;;* comp;1567050..1569802;;23s;;254;;;;2753;;;* comp;1570057..1570132;;gca;;30;;;30;;;;* comp;1570163..1570239;;atc;;94;;;;;;;* comp;1570334..1571834;;16s;;444;*444;;;1501;;;* comp;1572279..1572707;;cds;;;;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1723583..1724962;;cds;;94;94;;;460;;hp;* comp;1725057..1725143;;ctc;;475;*475;;;;;;* ;1725619..1726311;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1757680..1760568;;cds;;308;308;;;963;;PAS domain-containing protein;* ;1760877..1760963;;ctg;;29;;29;;;;;* ;1760993..1761068;;gcc;;247;247;;;;;;* comp;1761316..1761840;;cds;;;;;;175;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1854042..1855049;;cds;;135;135;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;1855185..1855259;;ggc;;243;243;;;;;;* ;1855503..1858685;;cds;;;;;;1061;;AAA family ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;1883235..1883816;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;1884027..1884102;;aac;;4;;4;;;;;* ;1884107..1884183;;gac;;32;32;;;;;;* comp;1884216..1884821;;cds;;;;;;202;;hp;* </pre> ====abq cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_cumuls|abq cumuls]] <pre> abq cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;9;1;2;;1;0;1;;100;17;1;0 ;16atcgca235;5;20;3;;50;7;40;;200;29;30;0 ;Id-atgf;3;40;3;8;100;19;80;;300;24;60;2 ;16s23s;1;60;2;;150;26;120;;400;18;90;9 ;max a;3;80;1;;200;20;160;;500;8;120;11 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;8;150;8 ;spéciaux;0;120;1;;300;3;240;;700;5;180;11 ;total aas;19;140;1;;350;4;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;4;320;;900;2;240;6 ;1 aa;38;180;1;;450;4;360;;1000;1;270;6 ;max a;5;200;0;;500;7;400;;1100;1;300;8 ;a doubles;5;;2;;;9;;;;1;;46 ;total aas;68;;17;8;;121;;0;;116;;116 total aas;;87;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;30;;227;;;;308;; ;;;variance;72;0;;175;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;153;;;;249;;166 ;;;variance;;;;74;;;;142;;71 </pre> ====abq blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_blocs|abq blocs]] <pre> abq blocs;;;;;;;;;;;;;;; bloc;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;779;1328;non ribosom;496;235;PAP2 fam;502;65;hp;615;305;lytic dom;444;143;DUF1489 $16s;108;§1491;;108;§1501;;108;§1501;;110;1491;;94;§1501; atc;30;;;30;;;30;;;30;;;30;; gca;266;;;255;;;255;;;266;;;254;; $23s;129;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;127;2753;;128;§2753; $5s;236;§116;;187;§116;;278;§116;;202;116;;193;§116; cds;;97;YkgJ fam;;614;EAL & GGDEF;;387;PQQ;;209;pyridoxamine;;73;hp ;;;;;;;;;;;;;;; cds;452;295;Hx-t-Hx;740;453;peptido fam;472;419;exo SbcD;;;;;; $16s;108;§1491;;108;§1491;;108;§1491;;;;;;; atc;30;;;30;;;30;;;;;;;; gca;266;;;255;;;255;;;;cds;676;153;MarR fam; $23s;127;§2753;;129;§2753;;129;§2753;;;$16s;262;§1501;; $5s;96;§116;;96;§116;;96;§116;;;$23s;145;§2754;; atgf;870;;;394;;;161;;;;cds;;369;GNAT fam; cds;;264;IS5 fam;;101;p-IS5/IS1182;;77;p-ATP-bind;;;;;; </pre> ====abq distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_distribution|abq distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;aag2;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;cac2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ccg2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;gag2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gtg2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;ggc;gtc;1;gcc;2;gac;3;ggc;3;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;3 1aa;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;1 >1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abq;;38;;;;;38;;abq;20;;;;;;20;;abq;10;;;;;;10;;abq;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abq données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_données_intercalaires|abq données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abq;fx;fc;abq;fx40;fc40;abq;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;4;0;2;4;-1;0;61;59;127;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;65;170;1;4;13;-2;1;0;42;206;496;779;2* 134;;;206;;ccg ;0;20;54;138;2;4;15;-3;0;0;81;175;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;ccg ;0;30;57;90;3;10;20;-4;6;199;169;209;236;187;2* 114;;atc;60;;tac ;2;40;17;65;4;11;26;-5;0;0;141;63;;;tRNA 23s;;;**;;gga ;2;50;24;74;5;6;24;-6;1;0;162;137;;;267;;gca;76;;aag ;1;60;21;59;6;7;12;-7;1;1;121;144;;;256;;gca;**;;aag 1;2;70;24;47;7;8;15;-8;1;20;109;296;;;tRNA tRNA;;intra;38;;gag 3;0;80;31;67;8;4;16;-9;0;0;38;109;;;2* 30;;atc gca;**;;gag ;3;90;24;68;9;6;8;-10;1;1;91;5;;;;;;132;;gtg ;2;100;29;70;10;5;21;-11;1;6;81;212;;;;;;**;;gtg 1;2;110;29;61;11;3;17;-12;0;0;153;72;;;;;;220;;aac 1;1;120;23;59;12;6;14;-13;0;4;69;246;;;;;;**;;tgc 1;3;130;26;56;13;6;22;-14;1;3;159;165;;;;;;164;;gac 2;2;140;21;50;14;2;21;-15;0;0;134;139;;;;;;**;;gta 2;2;150;27;44;15;8;14;-16;0;1;68;118;;;;;;109;;cac 1;2;160;25;47;16;11;14;-17;3;2;175;218;;;;;;**;;cac 2;2;170;33;37;17;1;8;-18;0;1;231;337;;;;;;;; 1;2;180;15;41;18;3;7;-19;0;1;85;74;;;;;;;; 1;0;190;22;24;19;8;13;-20;0;7;49;595;;;;;;;; ;1;200;24;36;20;6;8;-21;0;0;10;156;;;;;;;; 2;0;210;27;24;21;10;8;-22;0;0;443;234;;;;;;;; 2;0;220;13;24;22;9;8;-23;3;3;196;187;;;;;;;; ;0;230;18;16;23;5;3;-24;1;0;243;365;;;;;;;; 1;1;240;17;19;24;4;9;-25;0;1;123;149;;;;;;;; 1;1;250;14;17;25;7;11;-26;1;2;344;77;;;;;;;; ;0;260;16;15;26;6;13;-27;0;0;106;170;;;;;;;; ;0;270;19;17;27;5;11;-28;0;0;91;;;;;;;;; ;0;280;15;7;28;3;8;-29;3;2;173;;;;;;;;; ;0;290;9;2;29;0;8;-30;0;0;129;;;;;;;;; 1;0;300;6;8;30;8;11;-31;0;4;149;;;;;;;;; ;0;310;7;9;31;0;11;-32;1;0;131;;;;;;;;; ;0;320;9;7;32;3;5;-33;0;0;414;;;;;;;;; ;0;330;8;5;33;2;8;-34;0;0;120;;;;;;;;; 1;0;340;9;3;34;5;6;-35;0;0;688;;;;;;;;; ;1;350;3;3;35;3;7;-36;0;0;659;;;;;;;;; ;0;360;5;3;36;1;9;-37;0;0;35;;;;;;;;; 1;0;370;8;9;37;1;5;-38;3;0;;;;;;;;;; ;0;380;6;2;38;0;3;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;2;7;39;1;4;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;4;4;40;1;7;-41;2;1;;;;;;;;;; 1;4;reste;82;57;reste;695;1098;-42;0;0;;;;;;;;;; 27;37;total;890;1565;total;890;1565;-43;0;1;;;;;;;;;; 26;33;diagr;806;1504;diagr;193;463;-44;0;0;;;;;;;;;; 1;1; t30;176;398;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;888;37;2;927;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1561;330;4;1895;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;2822;104;;reste;5;7;;;;;;;;;; ;;;;;;2926;;total;37;330;;;;;;;;;; </pre> =====abq autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_autres_intercalaires_aas|abq autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abq;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;125527;126444;127;*; ;comp;tRNA;126572;126647;206;*;gcg fin;;CDS;126854;127138;;; deb;comp;CDS;163237;164982;175;*; ;;tRNA;165158;165234;59;*;agg fin;;CDS;165294;166022;;; deb;comp;CDS;188235;189860;42;*; ;comp;tRNA;189903;189977;81;*;acg fin;comp;CDS;190059;191987;;; deb;comp;CDS;250833;251111;169;*; ;comp;tRNA;251281;251356;141;*;gcc fin;comp;CDS;251498;251893;;0; deb;;CDS;409912;410451;134;*; ;;ncRNA;410586;410683;99;*; fin;;CDS;410783;412645;;; deb;comp;CDS;458142;458459;209;*; ;;tRNA;458669;458758;63;*;tcg fin;comp;CDS;458822;459664;;; deb;comp;CDS;496776;497171;162;*; ;comp;tRNA;497334;497420;137;*;ttg fin;;CDS;497558;498085;;; deb;comp;CDS;599094;599591;554;*; ;comp;ncRNA;600146;600563;62;*; fin;comp;CDS;600626;601336;;; deb;comp;CDS;615937;616350;121;*; ;comp;tRNA;616472;616548;206;*;ccg ;comp;tRNA;616755;616831;109;*;ccg fin;comp;CDS;616941;617957;;0; deb;comp;CDS;748703;749161;38;*; ;comp;tRNA;749200;749275;91;*;aca deb;comp;CDS;749367;750221;144;*; ;;tRNA;750366;750451;60;*;tac ;;tRNA;750512;750585;81;*;gga deb;;CDS;750667;751857;153;*; ;;tRNA;752011;752086;69;*;tgg fin;;CDS;752156;752353;;; deb;comp;CDS;794457;795983;296;*; ;;tRNA;796280;796355;76;*;aag ;;tRNA;796432;796507;109;*;aag fin;comp;CDS;796617;797057;;; deb;;CDS;870412;872373;159;*; ;;tRNA;872533;872608;5;*;atgi deb;comp;CDS;872614;873093;134;*; ;comp;tRNA;873228;873304;212;*;cgt fin;;CDS;873517;874023;;; deb;;CDS;931977;933011;68;*; ;;tRNA;933080;933155;38;*;gag ;;tRNA;933194;933269;72;*;gag fin;comp;CDS;933342;934340;;0; deb;;CDS;965995;966240;85;*; ;;regulatory;966326;966425;175;*; fin;;CDS;966601;967713;;; deb;;CDS;987790;988104;13;*; ;;ncRNA;988118;988277;39;*; fin;;CDS;988317;988940;;; deb;;CDS;997881;998357;246;*; ;comp;tRNA;998604;998678;175;*;acc fin;comp;CDS;998854;1000815;;; deb;comp;CDS;1164137;1165042;165;*; ;;tRNA;1165208;1165282;132;*;gtg ;;tRNA;1165415;1165489;231;*;gtg fin;;CDS;1165721;1165885;;; deb;;CDS;1242416;1242919;85;*; ;;tRNA;1243005;1243081;139;*;ccc fin;comp;CDS;1243221;1244972;;0; deb;comp;CDS;1353398;1353895;118;*; ;;tRNA;1354014;1354091;49;*;cca deb;;CDS;1354141;1354437;10;*; ;;tRNA;1354448;1354524;443;*;aga fin;;CDS;1354968;1355213;;0; deb;comp;CDS;1370270;1370500;196;*; ;comp;tRNA;1370697;1370772;220;*;aac ;comp;tRNA;1370993;1371066;218;*;tgc fin;;CDS;1371285;1371941;;; deb;comp;CDS;1427443;1427733;236;*; ;comp;rRNA;1427970;1428085;134;*;116 ;comp;rRNA;1428220;1430966;267;*;2747 ;comp;tRNA;1431234;1431309;30;*;gca ;comp;tRNA;1431340;1431416;114;*;atc ;comp;rRNA;1431531;1433015;779;*;1485 fin;;CDS;1433795;1437778;;; deb;comp;CDS;1553335;1555176;116;*; ;comp;regulatory;1555293;1555405;204;*; fin;;CDS;1555610;1555798;;0; deb;comp;CDS;1576457;1577296;243;*; ;comp;tRNA;1577540;1577615;123;*;gaa fin;comp;CDS;1577739;1579538;;; deb;comp;CDS;1723089;1723457;344;*; ;comp;tRNA;1723802;1723878;164;*;gac ;comp;tRNA;1724043;1724117;106;*;gta fin;comp;CDS;1724224;1724496;;; deb;comp;CDS;1730385;1731719;91;*; ;comp;tRNA;1731811;1731895;173;*;cta fin;comp;CDS;1732069;1733634;;; deb;comp;CDS;1733741;1735207;129;*; ;comp;tRNA;1735337;1735412;109;*;cac ;comp;tRNA;1735522;1735597;337;*;cac fin;;CDS;1735935;1736273;;; deb;comp;CDS;1819331;1820473;69;*; ;comp;regulatory;1820543;1820640;161;*; fin;;CDS;1820802;1821179;;0; deb;comp;CDS;1862505;1863443;95;*; ;;tmRNA;1863539;1863915;31;*; fin;;CDS;1863947;1864516;;; deb;;CDS;1951126;1951752;149;*; ;;tRNA;1951902;1951987;74;*;tac fin;comp;CDS;1952062;1952424;;; deb;;CDS;1996903;1997244;595;*; ;comp;tRNA;1997840;1997914;131;*;atgj fin;comp;CDS;1998046;1999179;;; deb;;CDS;2086487;2088658;156;*; ;comp;tRNA;2088815;2088889;234;*;gtc fin;;CDS;2089124;2090002;;; deb;comp;CDS;2281336;2282022;151;*; ;comp;regulatory;2282174;2282326;63;*; fin;comp;CDS;2282390;2284078;;0; deb;comp;CDS;2303404;2303880;414;*; ;comp;tRNA;2304295;2304377;187;*;tta fin;;CDS;2304565;2304732;;0; deb;;CDS;2482875;2484518;365;*; ;comp;tRNA;2484884;2484974;120;*;tcc fin;comp;CDS;2485095;2485898;;0; deb;;CDS;2526814;2528505;73;*; ;;regulatory;2528579;2528683;49;*; fin;;CDS;2528733;2529680;;1; deb;comp;CDS;2640759;2641325;149;*; ;;tRNA;2641475;2641549;688;*;ggc fin;;CDS;2642238;2642915;;; deb;comp;CDS;2764482;2765567;659;*; ;comp;tRNA;2766227;2766300;35;*;ggg fin;comp;CDS;2766336;2766995;;0; deb;;CDS;2781933;2783774;187;*; ;comp;rRNA;2783962;2784077;134;*;116 ;comp;rRNA;2784212;2786958;256;*;2747 ;comp;tRNA;2787215;2787290;30;*;gca ;comp;tRNA;2787321;2787397;114;*;atc ;comp;rRNA;2787512;2789006;496;*;1495 fin;comp;CDS;2789503;2790207;;; deb;;CDS;2843264;2843443;77;*; ;comp;tRNA;2843521;2843597;170;*;cgt fin;;CDS;2843768;2844268;;0; deb;comp;CDS;2886497;2887705;76;*; ;comp;regulatory;2887782;2887861;126;*; fin;;CDS;2887988;2888500;;; </pre> ====abqp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_données_intercalaires|abqp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abqp;fx;fc;abqp;fx40;fc40;abqp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;30;394;228;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;35;82;1;7;10;-2;1;0;123;161;444;734;269;;;29;;ctg 1;0;20;32;85;2;0;10;-3;0;0;231;382;;472;23s 5s;;;**;;gcc ;0;30;28;64;3;2;10;-4;1;143;205;199;;643;2* 134;;;4;;aac 1;0;40;5;60;4;3;10;-5;0;0;136;246;5s CDS;;133;;;**;;gac ;0;50;16;34;5;2;7;-6;0;0;209;19;;193;16s tRNA;;atc;1;;acc ;0;60;13;39;6;3;8;-7;0;4;79;197;23s CDS;;2* 114;;;99;;gcg ;0;70;14;41;7;4;8;-8;1;11;166;177;;151;100;;;44;;gac ;1;80;16;38;8;1;7;-9;0;0;98;137;;;tRNA 23s;;gca;1;;gtc ;0;90;9;28;9;2;6;-10;1;1;308;94;;;2* 256;;;**;;cag 1;1;100;15;40;10;11;6;-11;2;12;;418;;;255;;;;; ;0;110;15;33;11;2;14;-12;1;0;;247;;;5s tRNA;;;;; ;0;120;14;24;12;4;6;-13;0;2;;135;;;2* 96;;atgf;;; ;1;130;15;23;13;9;15;-14;0;3;;351;;;tRNA tRNA;;intra;;; 2;1;140;17;32;14;0;12;-15;0;1;;213;;;3* 30;;atc gca;;; ;0;150;21;29;15;2;5;-16;1;2;;32;;;;;;;; ;0;160;13;30;16;3;10;-17;1;3;;;;;;;;;; 1;1;170;20;25;17;2;6;-18;0;0;;;;;;;;;; 1;0;180;11;15;18;3;9;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;14;17;19;4;6;-20;0;1;;;;;;;;;; 2;0;200;8;17;20;3;2;-21;0;0;;;;;;;;;; ;2;210;9;16;21;5;8;-22;0;1;;;;;;;;;; 1;0;220;12;19;22;5;5;-23;1;3;;;;;;;;;; 1;0;230;6;10;23;4;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;1;240;8;11;24;1;6;-25;0;1;;;;;;;;;; 2;0;250;14;6;25;3;6;-26;1;4;;;;;;;;;; ;0;260;8;7;26;0;8;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;8;3;27;4;7;-28;1;1;;;;;;;;;; ;0;280;8;6;28;3;7;-29;0;3;;;;;;;;;; ;0;290;7;5;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;; ;0;300;6;6;30;1;5;-31;1;0;;;;;;;;;; ;1;310;4;4;31;2;9;-32;1;0;;;;;;;;;; ;0;320;5;3;32;0;7;-33;1;0;;;;;;;;;; ;0;330;4;6;33;2;5;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;6;34;0;4;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;6;0;35;0;11;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;4;2;36;0;5;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;1;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;1;1;38;0;8;-39;0;0;;;;;;;;;; 1;0;390;1;3;39;0;5;-40;0;0;;;;;;;;;; ;1;400;5;0;40;1;5;-41;1;0;;;;;;;;;; 1;0;reste;43;46;reste;396;628;-42;0;0;;;;;;;;;; 16;10;total;497;921;total;497;921;-43;1;0;;;;;;;;;; 15;10;diagr;453;873;diagr;100;291;-44;1;0;;;;;;;;;; 1;0; t30;95;231;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;496;26;1;523;;;-49;0;1;;;;;;;;;; ;c;919;235;2;1156;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1679;65;;reste;6;7;;;;;;;;;; ;;;;;;1744;;total;26;235;;;;;;;;;; </pre> =====abqp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abqp_autres_intercalaires_aas|abqp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abqp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;115594;115896;394;*; ;comp;tRNA;116291;116367;96;*;atgf ;comp;rRNA;116464;116579;134;*;116 ;comp;rRNA;116714;119460;256;*;2747 ;comp;tRNA;119717;119792;30;*;gca ;comp;tRNA;119823;119899;114;*;atc ;comp;rRNA;120014;121498;734;*;1485 fin;;CDS;122233;123597;;0; deb;;CDS;138420;138878;54;*; ;;regulatory;138933;139152;115;*; fin;;CDS;139268;141196;;; deb;comp;CDS;217550;218176;123;*; ;comp;tRNA;218300;218386;228;*;ctg fin;;CDS;218615;219604;;; deb;comp;CDS;241293;242384;76;*; ;comp;regulatory;242461;242590;232;*; fin;comp;CDS;242823;243398;;; deb;comp;CDS;300477;301733;472;*; ;;rRNA;302206;303690;114;*;1485 ;;tRNA;303805;303881;30;*;atc ;;tRNA;303912;303987;256;*;gca ;;rRNA;304244;306990;134;*;2747 ;;rRNA;307125;307240;96;*;116 ;;tRNA;307337;307413;161;*;atgf fin;comp;CDS;307575;307805;;0; deb;;CDS;353736;354107;193;*; ;;regulatory;354301;354527;305;*; fin;;CDS;354833;355231;;; deb;comp;CDS;358353;360380;175;*; ;;regulatory;360556;360807;103;*; fin;;CDS;360911;361297;;0; deb;;CDS;366313;366825;113;*; ;;regulatory;366939;367191;109;*; fin;;CDS;367301;369220;;; deb;comp;CDS;466493;467710;231;*; ;comp;tRNA;467942;468031;205;*;tca fin;comp;CDS;468237;468809;;; deb;;CDS;512242;512790;136;*; ;;tRNA;512927;513002;209;*;aaa fin;;CDS;513212;514036;;; deb;;CDS;931813;933912;79;*; ;;tRNA;933992;934066;382;*;caa fin;comp;CDS;934449;935270;;; deb;comp;CDS;948715;949743;199;*; ;;tRNA;949943;950016;246;*;cag fin;comp;CDS;950263;950616;;; deb;;CDS;970933;972006;19;*; ;comp;tRNA;972026;972119;197;*;agc fin;;CDS;972317;972550;;0; deb;comp;CDS;1161686;1162450;290;*; ;;regulatory;1162741;1162957;38;*; fin;;CDS;1162996;1164069;;; deb;comp;CDS;1302373;1303350;166;*; ;comp;tRNA;1303517;1303592;98;*;ttc fin;comp;CDS;1303691;1303876;;; deb;;CDS;1349865;1350929;151;*; ;comp;rRNA;1351081;1353827;269;*;2747 ;comp;rRNA;1354097;1355591;643;*;1495 fin;;CDS;1356235;1356726;;; deb;comp;CDS;1441708;1443042;177;*; ;;tRNA;1443220;1443294;1;*;acc ;;tRNA;1443296;1443371;99;*;gcg ;;tRNA;1443471;1443547;44;*;gac ;;tRNA;1443592;1443666;1;*;gtc ;;tRNA;1443668;1443741;137;*;cag fin;comp;CDS;1443879;1444727;;; deb;;CDS;1566394;1566612;193;*; ;comp;rRNA;1566806;1566921;133;*;116 ;comp;rRNA;1567055;1569801;255;*;2747 ;comp;tRNA;1570057;1570132;30;*;gca ;comp;tRNA;1570163;1570239;100;*;atc ;comp;rRNA;1570340;1571834;444;*;1495 fin;comp;CDS;1572279;1572707;;; deb;;CDS;1722755;1724962;94;*; ;comp;tRNA;1725057;1725143;418;*;ctc fin;;CDS;1725562;1726311;;; deb;;CDS;1757680;1760568;308;*; ;;tRNA;1760877;1760963;29;*;ctg ;;tRNA;1760993;1761068;247;*;gcc fin;comp;CDS;1761316;1761840;;0; deb;;CDS;1854042;1855049;135;*; ;comp;tRNA;1855185;1855259;351;*;ggc fin;;CDS;1855611;1858685;;0; deb;comp;CDS;1883235;1883813;213;*; ;;tRNA;1884027;1884102;4;*;aac ;;tRNA;1884107;1884183;32;*;gac fin;comp;CDS;1884216;1884821;;; </pre> ===abs=== ====abs opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs opérons]] <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;; ;abs;;genome;;;;;;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;16s 5 ;80 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;;; comp;16414..16980;;cds;;163;163;;;189;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;17144..17218;;ggc;;670;*670;;;;;;* ;17889..18566;;cds;;;;;;226;;demethylmenaquinone methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;84790..85017;;cds;;114;114;;;76;;osmotically-inducible lipoprotein B;* comp;85132..85205;;ggg;;35;35;;;;;;* comp;85241..85900;;cds;;;;;;220;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;93530..94258;;cds;;60;60;;;243;;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;* comp;94319..94395;;agg;;175;175;;;;;;* ;94571..96262;;cds;;;;;;564;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;131833..132117;;cds;;206;206;;;95;;YggT family protein;* ;132324..132399;;gcg;;140;140;;;;;;* comp;132540..133586;;cds;;;;;;349;;DMT family transporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;483582..484082;;cds;;170;170;;;167;;xanthine phosphoribosyltransferase;* ;484253..484329;;cgt;;77;77;;;;;;* comp;484407..484586;;cds;;;;;;60;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;536869..537573;;cds;;495;*495;;;235;;phosphatase PAP2 family protein;* ;538069..539152;;16s’;@1;189;;;;1084;;;* ;539342..540019;;23s°;;127;;;;678;;;* ;540147..540262;;5s;;153;153;;;116;;;* comp;540416..542290;;cds;;;;;;*625;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;600048..601079;;cds;;79;79;;;344;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;601159..601233;;acg;;81;81;;;;;;* comp;601315..603243;;cds;;;;;;*643;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;656242..656520;;cds;;169;169;;;93;;hp;* comp;656690..656765;;gcc;;141;141;;;;;;* comp;656907..657305;;cds;;;;;;133;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;864141..864458;;cds;;209;209;;;106;;50S ribosomal protein L21;* ;864668..864757;;tcg;;79;79;;;;;;* comp;864837..865679;;cds;;;;;;281;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;927651..927896;;cds;;392;*392;;;82;;hp;* ;928289..928371;;tta;;175;175;;;;;;* ;928547..929164;;cds;;;;;;206;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1148345..1149223;;cds;;234;234;;;293;;N-formylglutamate amidohydrolase;* ;1149458..1149532;;gtc;;106;106;;;;;;* comp;1149639..1151516;;cds;;;;;;*626;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1243974..1245108;;cds;;131;131;;;378;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;1245240..1245314;;atgj;;354;*354;;;;;;* comp;1245669..1246637;;cds;;;;;;323;;NAD(+) diphosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1279875..1280237;;cds;;74;74;;;121;;hp;* comp;1280312..1280397;;tac;;148;148;;;;;;* comp;1280546..1281172;;cds;;;;;;209;;nitrogen fixation protein NifQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1500772..1501110;;cds;;338;338;;;113;;P-II family nitrogen regulator;* ;1501449..1501524;;cac;+;109;;109;;;;;* ;1501634..1501709;;cac;2 cac;129;129;;;;;;* ;1501839..1503305;;cds;;106;106;;;489;;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;* ;1503412..1504977;;cds;;173;173;;;522;;malonyl-CoA decarboxylase;* ;1505151..1505235;;cta;;91;91;;;;;;* ;1505327..1506661;;cds;;;;;;445;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;1511745..1512017;;cds;;105;105;;;91;;HU family DNA-binding protein;* ;1512123..1512197;;gta;;163;;163;;;;;* ;1512361..1512437;;gac;;344;344;;;;;;* ;1512782..1513150;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1657596..1659397;;cds;;123;123;;;*601;;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;1659521..1659596;;gaa;;234;234;;;;;;* ;1659831..1660671;;cds;;;;;;280;;aldo/keto reductase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1808199..1808735;;cds;;79;79;;;179;;hp;* ;1808815..1808892;;cca;;49;49;;;;;;* ;1808942..1809238;;cds;;10;10;;;99;;ETC complex I subunit;* ;1809249..1809325;;aga;;442;*442;;;;;;* ;1809768..1810013;;cds;;;;;;82;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1825075..1825305;;cds;;210;210;;;77;;hp;* comp;1825516..1825591;;aac;@2;219;;219;;;;;* comp;1825811..1825884;;tgc;;217;217;;;;;;* ;1826102..1826758;;cds;;;;;;219;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1878424..1878714;;cds;;244;244;;;97;;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;1878959..1879074;;5s;;123;;;;116;;;* comp;1879198..1881950;;23s;;272;;;;2753;;;* comp;1882223..1882298;;gca;;32;;;32;;;;* comp;1882331..1882407;;atc;;110;;;;;;;* comp;1882518..1883224;;16s°;;100;100;;;707;;;* <comp;1883325..1883763;;cds;;;;;;146;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1896604..1897080;;cds;;192;192;;;159;;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;* comp;1897273..1897347;;acc;;162;162;;;;;;* comp;1897510..1899495;;cds;;;;;;*662;;polysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2032701..2033588;;cds;;165;165;;;296;;DUF3108 domain-containing protein;* ;2033754..2033828;;gtg;+;132;;132;;;;;* ;2033961..2034035;;gtg;2 gtg;231;231;;;;;;* ;2034267..2034431;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2113098..2113601;;cds;;85;85;;;168;;MerR family transcriptional regulator;* ;2113687..2113763;;ccc;;140;140;;;;;;* comp;2113904..2115682;;cds;;;;;;593;;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2163405..2167388;;cds;;775;*775;;;*1328;;non-ribosomal peptide synthetase;* ;2168164..2168552;;16s°;;100;;;;389;;;* comp;2168653..2169323;;16s°;;522;*522;;;671;;;* comp;2169846..2170325;;cds;;;;;;160;;DUF2141 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2176963..2177427;;cds;;107;107;;;155;;membrane protein;* comp;2177535..2177610;;gcc;;30;;30;;;;;* comp;2177641..2177727;;ctg;;135;135;;;;;;* comp;2177863..2180208;;cds;;;;;;*782;;mechanosensitive ion channel;* ;;;;;;;;;;;;* ;2233677..2234435;;cds;;92;92;;;253;;hp;* comp;2234528..2234603;;gag;+;38;;38;;;;;* comp;2234642..2234717;;gag;2 gag;68;68;;;;;;* comp;2234786..2235836;;cds;;;;;;350;;p-low specificity L-threonine aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2293087..2293593;;cds;;211;211;;;169;;hp;* ;2293805..2293881;;cgt;;137;137;;;;;;* ;2294019..2294495;;cds;;5;5;;;159;;GNAT family N-acetyltransferase;* comp;2294501..2294576;;atgi;;145;145;;;;;;* comp;2294722..2296683;;cds;;;;;;*654;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;;* ;2372946..2373401;;cds;;86;86;;;152;;MaoC family dehydratase;* comp;2373488..2373563;;aag;+;74;;74;;;;;* comp;2373638..2373713;;aag;2 aag;309;309;;;;;;* ;2374023..2375549;;cds;;;;;;509;;methyltransferase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2418203..2418400;;cds;;69;69;;;66;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2418470..2418545;;tgg;;152;152;;;;;;* comp;2418698..2419888;;cds;;81;81;;;397;;elongation factor Tu;* comp;2419970..2420043;;gga;;60;;60;;;;;* comp;2420104..2420189;;tac;;144;144;;;;;;* ;2420334..2421188;;cds;;91;91;;;285;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;2421280..2421355;;aca;;137;137;;;;;;* ;2421493..2423187;;cds;;;;;;565;;site-specific integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2561207..2562223;;cds;;109;109;;;339;;farnesyltranstransferase;* ;2562333..2562409;;ccg;+;205;;205;;;;;* ;2562615..2562691;;ccg;2 ccg;136;136;;;;;;* ;2562828..2563241;;cds;;;;;;138;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2680406..2680930;;cds;;140;140;;;175;;disulfide bond formation protein B;* ;2681071..2681157;;ttg;;162;162;;;;;;* ;2681320..2681715;;cds;;;;;;132;;cupin domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856509..2858152;;cds;;365;*365;;;548;;recombinase family protein;* comp;2858518..2858608;;tcc;;118;118;;;;;;* comp;2858727..2859530;;cds;;;;;;268;;alpha/beta hydrolase;* plasmide1;;;@3;;;;;;;;;* ;198109..199200;;cds;;84;84;;;364;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;199285..199360;;aaa;;135;135;;;;;;* comp;199496..200044;;cds;;;;;;183;;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;243776..244348;;cds;;205;205;;;191;;hp;* ;244554..244643;;tca;;143;143;;;;;;* ;244787..245683;;cds;;;;;;299;;diguanylate cyclase;* ;;;;;;;;;;;;* ;338004..339383;;cds;;116;116;;;460;;hp;* comp;339500..339586;;ctc;;257;257;;;;;;* comp;339844..340836;;cds;;;;;;331;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;364473..365501;;cds;;200;200;;;343;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;365702..365775;;cag;;746;*746;;;;;;* ;366522..367214;;cds;;;;;;231;;FadR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;474173..477079;;cds;;298;298;;;*969;;PAS domain-containing protein;* ;477378..477464;;ctg;;30;;30;;;;;* ;477495..477570;;gcc;;238;238;;;;;;* ;477809..478123;;cds;;;;;;105;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;599223..600230;;cds;;245;245;;;336;;inorganic phosphate transporter;* comp;600476..600550;;ggc;;351;*351;;;;;;* ;600902..602071;;cds;;;;;;390;;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;629856..631229;;cds;;154;154;;;458;;tetratricopeptide repeat protein;* ;631384..631458;;acc;;1;;1;;;;;* ;631460..631535;;gcg;;99;;99;;;;;* ;631635..631711;;gac;;35;;35;;;;;* ;631747..631821;;gtc;;1;;1;;;;;* ;631823..631896;;cag;;153;153;;;;;;* ;632050..632259;;cds;;;;;;70;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;699265..699846;;cds;;210;210;;;194;;P-hp;* ;700057..700132;;aac;;4;;4;;;;;* ;700137..700213;;gac;;32;32;;;;;;* comp;700246..700851;;cds;;;;;;202;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;909530..909766;;cds;;153;153;;;79;;hp;* comp;909920..910035;;5s;;127;;;;116;;;* comp;910163..912915;;23s;;271;;;;2753;;;* comp;913187..913262;;gca;;30;;;30;;;;* comp;913293..913369;;atc;;110;;;;;;;* comp;913480..914970;;16s;;486;*486;;;1491;;;* ;915457..916713;;cds;;;;;;419;;exonuclease subunit SbcD;* ;;;;;;;;;;;;* comp;998160..999149;;cds;;229;229;;;330;;complex I NDUFA9 subunit family protein;* ;999379..999465;;ctg;;123;123;;;;;;* ;999589..1000215;;cds;;;;;;209;;ribonuclease D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1098197..1098655;;cds;;675;*675;;;153;;MarR family transcriptional regulator;* ;1099331..1100821;;16s;;107;;;;1491;;;* ;1100929..1101005;;atc;;31;;;31;;;;* ;1101037..1101112;;gca;;271;;;;;;;* ;1101384..1104136;;23s;;147;147;;;2753;;;* comp;1104284..1105390;;cds;;;;;;369;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1157171..1157356;;cds;;98;98;;;62;;DNA gyrase inhibitor YacG;* ;1157455..1157530;;ttc;;178;178;;;;;;* ;1157709..1158686;;cds;;;;;;326;;alpha-(1,3)-fucosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1394614..1396740;;cds;;453;*453;;;*709;;PAS domain S-box protein;* ;1397194..1397287;;agc;;52;52;;;;;;* comp;1397340..1397858;;cds;;;;;;173;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1399009..1399830;;cds;;301;301;;;274;;hp;* comp;1400132..1400206;;caa;;79;79;;;;;;* comp;1400286..1402379;;cds;;;;;;*698;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1577667..1578095;;cds;;457;*457;;;143;;DUF1489 domain-containing protein;* ;1578553..1580043;;16s;;110;;;;1491;;;* ;1580154..1580230;;atc;;31;;;31;;;;* ;1580262..1580337;;gca;;269;;;;;;;* ;1580607..1581986;;23s°;;100;;;;1380;;;* ;1582087..1582616;;23s°;;123;;;;530;;;* ;1582740..1582855;;5s;;100;;;;116;;;* ;1582956..1583032;;atgf;;706;*706;;;;;;* ;1583739..1585157;;cds;;;;;;473;;pyruvate kinase;* plasmide2;;;;;;;;;;;;* ;271302..272090;;cds;;529;*529;;;263;;ATP-binding cassette domain-containing protein;* ;272620..272695;;tgg;;480;*480;;;;;;* ;273176..273922;;cds;;;;;;249;;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;* ;;;;;;;;;;;;* ;449562..450338;;cds;;465;*465;;;259;;IclR family transcriptional regulator;* ;450804..452289;;16s;;584;;;;1486;;;* ;452874..453640;;23s°;;128;;;;767;;;* ;453769..453884;;5s;;101;;;;116;;;* ;453986..454062;;atgf;;359;*359;;;;;;* comp;454422..457751;;cds;;;;;;*1110;;NERD domain-containing protein;* plasmide4;;;;;;;;;;;;* >comp;131140..131621;;cds;;193;193;;;161;;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;* ;131815..131891;;atgf;;202;202;;;;;;* comp;132094..132276;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;197300..198643;;cds;;738;*738;;;448;;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;199382..199953;;16s°;;193;;;;572;;;* ;200147..200223;;atgf;;437;*437;;;;;;* comp;200661..202571;;cds;;;;;;*637;;PAS domain-containing sensor histidine kinase;* ;;;;;;;;;;;;* ;246777..248687;;cds;;208;208;;;*637;;RNA-directed DNA polymerase;* comp;248896..248972;;cgg;;96;96;;;;;;* comp;249069..249983;;cds;;;;;;305;;alpha/beta hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;319641..319943;;cds;;134;134;;;101;;STAS domain-containing protein;* comp;320078..320164;;ctc;;125;125;;;;;;* ;320290..321018;;cds;;;;;;243;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* comp;401067..402227;;cds;;281;281;;;387;;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;* comp;402509..402624;;5s;;129;;;;116;;;* comp;402754..403402;;23s°;;106;;;;649;;;* comp;403509..403880;;16s°;;502;*502;;;372;;;* comp;404383..404577;;cds;;;;;;65;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;501394..501756;;cds;;95;95;;;121;;response regulator;* ;501852..501927;;aac;;4;;4;;;;;* ;501932..502008;;gac;;4;;4;;;;;* ;502013..502087;;ggc;;102;102;;;;;;* comp;502190..502957;;cds;;;;;;256;;helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;503041..503667;;cds;;249;249;;;209;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;* comp;503917..504474;;16s°;;547;*547;;;558;;;* ;505022..506005;;cds;;;;;;328;;lytic transglycosylase domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;601019..603679;;cds;;358;*358;;;*887;;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;* ;604038..604113;;ttc;;318;318;;;;;;* >;604432..605613;;cds;;;;;;394;;site-specific integrase;* plasmide6;;;;;;;;;;;;* ;88804..89472;;cds;;397;*397;;;223;;RraA family protein;* ;89870..89944;;ggc;;249;249;;;;;;* ;90194..91186;;cds;;;;;;331;;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);* </pre> ====abs cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_cumuls|abs cumuls]] <pre> abs cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;cdsa 30-300; avec rRNA;opérons;10;1;2;;1;0;1;;100;18;1;0 ;16atcgca235;1;20;3;;50;5;40;;200;29;30;0 ;Id-23s°-atgf;1;40;4;4;100;22;80;;300;26;60;3 ;1623s°5atgf;1;60;1;;150;29;120;;400;20;90;10 ;max a;3;80;1;;200;18;160;;500;7;120;9 ;a doubles;0;100;1;;250;18;200;;600;6;150;8 ;autres;7;120;1;;300;3;240;;700;9;180;13 ;total aas;10;140;1;;350;5;280;;800;2;210;9 sans ;opérons;51;160;0;;400;7;320;;900;1;240;6 ;1 aa;39;180;1;;450;2;360;;1000;1;270;8 ;max a;5;200;0;;500;6;400;;1100;0;300;7 ;a doubles;5;;2;;;10;;;;2;;48 ;total aas;67;;17;4;;125;;0;;121;;121 total aas;;;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;71;31;;221;;;;308;; ;;;variance;72;1;;168;;;;230;; sans jaune;;;moyenne;;;;151;;;;242;;166 ;;;variance;;;;72;;;;137;;72 </pre> ====abs blocs==== =====abs blocs abrégé===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_abrégé|abs blocs abrégé]] <pre> abs abq;;; abrégé;nom;; 23s RlmB;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;;* 50s L21;50S ribosomal protein L21;;* AAA fam;AAA family ATPase;;* ab hydrolase;alpha/beta hydrolase;;* ab hydrolase f;alpha/beta hydrolase fold domain-containing protein;;* AG cyclase;adenylate/guanylate cyclase domain-containing protein;;* ak reductase;aldo/keto reductase;;* ATP bind;ATP-binding cassette domain-containing protein;;* bacteriofer;bacterioferritin;;* bif CoA;bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase;;* bif NAD;bifunctional ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase/NAD(P)H-hydrate epimerase;;* chemotaxis p;methyl-accepting chemotaxis protein;;* cupin dom;cupin domain-containing protein;;* cyclicN bind;cyclic nucleotide-binding domain-containing protein;;* diG cyclase;diguanylate cyclase;;* dip ABC;dipeptide ABC transporter ATP-binding protein;;* disulfide;disulfide bond formation protein B;;* DMT fam;DMT family transporter;;* DUF1489;DUF1489 domain-containing protein;;* DUF2141;DUF2141 domain-containing protein;;* DUF3108;DUF3108 domain-containing protein;;* DUF3618;DUF3618 domain-containing protein;;* EAL & GGDEF;EAL and GGDEF domain-containing protein;;* elonga Tu;elongation factor Tu;;* ETC complex;ETC complex I subunit;;* exo SbcD;exonuclease subunit SbcD;;* FAD bind;FAD-binding oxidoreductase;;* FadR fam;FadR family transcriptional regulator;;* farnesyl;farnesyltranstransferase;;* fucosyl;alpha-1,3-fucosyltransferase;;* GGDEF dom;GGDEF domain-containing protein;;* glycosyl;glycosyltransferase;;* GNAT fam;GNAT family N-acetyltransferase;;* gyrase YacG;DNA gyrase inhibitor YacG;;* Hase HypA;hydrogenase maturation nickel metallochaperone HypA;;* helicas RecQ;DNA helicase RecQ;;* HU bind;HU family DNA-binding protein;;* Hx-t-Hx;helix-turn-helix transcriptional regulator;;* Hx-t-Hx dom;helix-turn-helix domain-containing protein;;* IclR fam;IclR family transcriptional regulator;;* inorganic P;inorganic phosphate transporter;;* IS3 fam;IS3 family transposase;;* IS5 fam;IS5 family transposase;;* L-iso-Asp;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;;* lipoyl LipB;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;;* low Thr;low specificity L-threonine aldolase;;* lytic dom;lytic transglycosylase domain-containing protein;;* malate G;malate synthase G;;* malonyl CoA;malonyl-CoA decarboxylase;;* MaoC fam;MaoC family dehydratase;;* MarR fam;MarR family transcriptional regulator;;* mecano ion;mechanosensitive ion channel;;* membrane p;membrane protein;;* menaquinone;dimethylmenaquinone methyltransferase;;* MerR fam;MerR family transcriptional regulator;;* methyl trans;methyltransferase domain-containing protein;;* N-acetyl trans;N-acetyltransferase;;* N-formyl Glu;N-formylglutamate amidohydrolase;;* NAD diP;NAD(+) diphosphatase;;* NADH-quinone;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;;* NDUFA9;complex I NDUFA9 subunit family protein;;* NERD dom;NERD domain-containing protein;;* nitrogen NifQ;nitrogen fixation protein NifQ;;* non ribosom;non-ribosomal peptide synthetase;;* osmose LipB;osmotically-inducible lipoprotein B;;* p-ATP-bind;p-ATP-binding protein;;* p-erythrose;p-erythrose-4-phosphate dehydrogenase;;* P-II nitrogen;P-II family nitrogen regulator;;* p-IS5/IS1182;P-IS5/IS1182 family transposase;;* p-low Thr;p-low specificity L-threonine aldolase;;* p-ssDNA exo;p-single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* pantetheine;pantetheine-phosphate adenylyltransferase;;* PAP2 fam;phosphatase PAP2 family protein;;* PAS dom;PAS domain-containing protein;;* PAS kinase;PAS domain-containing sensor histidine kinase;;* PAS S-box;PAS domain S-box protein;;* peptido fam;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;;* peptido Pal;peptidoglycan-associated lipoprotein Pal;;* polymerase;RNA-directed DNA polymerase;;* polysacchard;polysaccharide biosynthesis protein;;* Ppx/GppA;Ppx/GppA family phosphatase;;* PQQ;PQQ-dependent sugar dehydrogenase;;* Prolyl-tRNA;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;;* pyridoxamine;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase;;* pyruvate kin;pyruvate kinase;;* recombinase;recombinase family protein;;* response reg;response regulator;;* restriction end;restriction endonuclease;;* ribonucleaseD;ribonuclease D;;* RraA fam;RraA family protein;;* SDR fam;SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase;;* sigma RpoD;RNA polymerase sigma factor RpoD;;* sigma-70 fam;sigma-70 family RNA polymerase sigma factor;;* SLT dom;transglycosylase SLT domain-containing protein;;* ss integrase;site-specific integrase;;* Ss-DNA;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;;* STAS dom;STAS domain-containing protein;;* subunit SecE;preprotein translocase subunit SecE;;* tetratricopep;tetratricopeptide repeat protein;;* TIGR02300;TIGR02300 family protein;;* trigger factor;trigger factor;;* tRNA MnmA;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;;* Tyr rec/int;tyrosine-type recombinase/integrase;;* UDP-N-acetyl;UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase (inverting);;* xanthine;xanthine phosphoribosyltransferase;;* YggT fam;YggT family protein;;* YkgJ fam;YkgJ family cysteine cluster protein;;* </pre> =====abs blocs tableau===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_blocs_tableau|abs blocs tableau]] <pre> abs blocs;;;;;;;;;;; gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé;gène;inter;long;abrégé cds;486;419;SbcD;cds;100;146;P-eryt;cds;675;153;MarR 16s;110;1491;;16s°;110;707;;16s;107;1491; atc;30;;;atc;32;;;atc;31;; gca;271;;;gca;272;;;gca;271;; 23s;127;2753;;23s;123;2753;;23s;147;2753; 5s;153;116;;5s;244;116;;cds;;369;GNAT cds;;79;hp;cds;;97;YkgJ;;;; ;;;;;;;;;;; cds;457;143;DUF1489;;;;;;;; 16s;110;1491;;;;;;;;; atc;31;;;;;;;;;; gca;269;;;;;10 cds < 259 sur 20;;;;; 23s°;100;1380;;;;Dont 2 hp + 1 p;;;;; 23s°;123;530;;;;;;;;; 5s;100;116;;;;;;;;; atgf;706;;;;;;;;;; cds;;473;pyruvat;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; cds;465;259;IclR;cds;502;65;hp;cds;495;235;PAP2 16s;584;1486;;16s°;106;372;;16s’;189;1084; 23s°;128;767;;23s°;129;649;;23s°;127;678; 5s;101;116;;5s;281;116;;5s;153;116; atgf;359;;;cds;;387;PQQ;cds;;625;GGDEF cds;;1110;NERD;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 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(d'où?) 3 fois <pre> ;gtRNAdb;;;;;;;;;;gtRNAdb;;;;; ;abs;genome;;;;;;;;;abq;genome;;;; 68.45%GC;10.1.20 Paris;80 aas;intercalaires;cdsa;protéines;;;;;68.45%GC;29.12.19 Paris;88 aas;intercalaires;cdsa;protéines; Azospirillum brasilense strain Sp245;;;;;;;;;;Azospirillum brasilense strain Az39;;;;;; chromosome;;;;;;;;;;chromosome;;;;;; ;2856509..2858152;cds;365;548;recombinase;* CHA1;;* comp;;;2482875..2484518;cds;365;548;recombinase;* CHA1 comp;2858518..2858608;tcc;118;;;*;;* hp caracter;;comp;2484884..2484974;tcc;120;;;* comp;2858727..2859530;cds;;268;ab hydrolase;* ;;* modif;;comp;2485095..2485898;cds;;268;ab hydrolase;* ;;;;;;;;* déplacé;;;;;;;;* comp;16414..16980;cds;163;189;Prolyl-tRNA;* ;;* d’où?;;comp;2640759..2641325;cds;149;189;Prolyl-tRNA;* ;17144..17218;ggc;670;;;*;;* recomb;;;2641475..2641549;ggc;688;;;* ;17889..18566;cds;;226;menaquinone;*;;* insertion;;;2642238..2642915;cds;;226;menaquinone;* ;;;;;;*;;* bloc?;;;;;;;;* ;84790..85017;cds;114;76;@osmose LipB;* comp;;* réunion;;comp;2764482..2765567;cds;659;362;@hp;* comp;85132..85205;ggg;35;;;*;;* recombi;;comp;2766227..2766300;ggg;35;;;* comp;85241..85900;cds;;220;N-acetyl trans;*;;;;comp;2766336..2766995;cds;;220;N-acetyl trans;* ;;;;;;;;;;;;;;;; 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ctt;;cct;;cat;;cgc;;aag2;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;cac2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;;ccg2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;1;gag2;atc;;acc;1;aac;3;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;1;cac;;cgt;2;gtg2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;3;;gtc;1;gcc;2;gac;4;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;ggc;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;3 1aa;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;1 >1aa;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;2;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;2;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total abs;;39;;;;;;;abs;20;;;;;;20;;abs;10;;;;;;10;;abs;;;;3;;;3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;3 1-3aas;;; </pre> ====abs données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_données_intercalaires|abs données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abs;fx;fc;abs;fx40;fc40;abs;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;55;670;163;5s CDS;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;1;10;65;167;1;4;12;-2;1;0;35;114;244;153;128;;;32;;atc gca;109;;cac ;0;20;41;134;2;1;18;-3;0;0;60;175;;;tRNA 23s;;;;;;**;;cac ;0;30;61;89;3;13;20;-4;3;194;81;206;;;272;;gca;;;;163;;gta ;1;40;24;76;4;13;21;-5;0;0;169;140;;;;;;;;;**;;gac ;1;50;27;62;5;2;24;-6;1;0;141;170;;;;;;;;;219;;aac ;1;60;25;63;6;14;9;-7;1;4;175;77;;;;;;;;;**;;tgc ;2;70;16;52;7;9;14;-8;0;23;131;79;;;;;;;;;132;;gtg 5;0;80;34;64;8;1;17;-9;0;0;148;209;;;;;;;;;**;;gtg 1;3;90;28;70;9;6;11;-10;1;2;129;79;;;;;;;;;30;;gcc 1;2;100;32;71;10;2;21;-11;0;7;173;187;;;;;;;;;**;;ctg 2;2;110;29;52;11;3;20;-12;0;0;91;234;;;;;;;;;38;;gag 1;1;120;22;59;12;5;13;-13;0;3;105;106;;;;;;;;;**;;gag ;2;130;24;59;13;4;23;-14;0;4;344;354;;;;;;;;;74;;aag 3;5;140;25;54;14;4;15;-15;1;0;123;74;;;;;;;;;**;;aag 1;3;150;21;52;15;4;17;-16;0;1;234;338;;;;;;;;;60;;gga ;1;160;29;37;16;4;9;-17;4;2;49;79;;;;;;;;;**;;tac 3;3;170;30;36;17;1;6;-18;0;1;10;217;;;;;;;;;205;;ccg 1;2;180;24;43;18;5;6;-19;1;1;442;192;;;;;;;;;**;;ccg 1;0;190;19;35;19;9;13;-20;1;4;210;165;;;;;;;;;;; 1;0;200;17;34;20;2;12;-21;0;1;162;140;;;;;;;;;;; 2;1;210;13;17;21;12;5;-22;0;0;231;107;;;;;;;;;;; 2;0;220;23;23;22;12;7;-23;2;3;85;92;;;;;;;;;;; ;0;230;13;22;23;3;7;-24;1;0;135;211;;;;;;;;;;; 1;2;240;13;15;24;9;11;-25;1;2;68;5;;;;;;;;;;; ;0;250;17;15;25;6;11;-26;0;2;134;86;;;;;;;;;;; ;0;260;9;15;26;0;9;-27;0;0;145;309;;;;;;;;;;; ;0;270;18;18;27;5;10;-28;0;0;69;144;;;;;;;;;;; ;0;280;10;11;28;6;12;-29;5;1;152;140;;;;;;;;;;; ;0;290;9;10;29;2;9;-30;0;0;81;365;;;;;;;;;;; ;0;300;10;7;30;6;8;-31;1;2;91;;;;;;;;;;;; 1;0;310;6;10;31;1;11;-32;1;0;137;;;;;;;;;;;; ;0;320;7;9;32;1;7;-33;0;0;109;;;;;;;;;;;; ;0;330;10;3;33;4;10;-34;0;0;136;;;;;;;;;;;; 1;0;340;11;2;34;4;5;-35;1;1;162;;;;;;;;;;;; ;1;350;4;2;35;4;6;-36;0;0;118;;;;;;;;;;;; 1;0;360;5;5;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;370;8;7;37;6;8;-38;1;0;;;;;;;;;;;;; ;0;380;2;3;38;1;8;-39;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;390;4;2;39;2;10;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;6;4;40;0;6;-41;0;0;;;;;;;;;;;;; ;2;reste;90;55;reste;690;1098;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 30;36;total;883;1570;total;883;1570;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 30;34;diagr;791;1509;diagr;191;466;-44;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;1; t30;167;390;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;881;34;2;917;;;-49;1;0;;;;;;;;;;;;; ;c;1564;324;6;1894;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;2811;110;;reste;3;11;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;2921;;total;34;324;;;;;;;;;;;;; </pre> =====abs autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_autres_intercalaires_aas|abs autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abs;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;16414;16980;163;*; ;;tRNA;17144;17218;670;*;ggc fin;;CDS;17889;18566;;; deb;;CDS;84790;85017;114;*; ;comp;tRNA;85132;85205;35;*;ggg fin;comp;CDS;85241;85900;;0; deb;comp;CDS;93530;94258;60;*; ;comp;tRNA;94319;94395;175;*;agg fin;;CDS;94571;96262;;0; deb;comp;CDS;131833;132117;206;*; ;;tRNA;132324;132399;140;*;gcg fin;comp;CDS;132540;133586;;; deb;comp;CDS;440193;440705;127;*; ;;regulatory;440833;440912;76;*; fin;;CDS;440989;442197;;; deb;comp;CDS;483582;484082;170;*; ;;tRNA;484253;484329;77;*;cgt fin;comp;CDS;484407;484586;;0; deb;;CDS;536869;537573;506;*; ;;misc_f;538080;538894;491;*; ;;misc_f;539386;539554;19;*; ;;misc_f;539574;539733;19;*; ;;misc_f;539753;540001;145;*; ;;rRNA;540147;540262;153;*;116 fin;comp;CDS;540416;542290;;0; deb;;CDS;600048;601079;79;*; ;comp;tRNA;601159;601233;81;*;acg fin;comp;CDS;601315;603243;;; deb;comp;CDS;656242;656520;169;*; ;comp;tRNA;656690;656765;141;*;gcc fin;comp;CDS;656907;657305;;0; deb;;CDS;815905;816444;135;*; ;;ncRNA;816580;816677;99;*; fin;;CDS;816777;818633;;; deb;comp;CDS;864141;864458;209;*; ;;tRNA;864668;864757;79;*;tcg fin;comp;CDS;864837;865679;;; deb;comp;CDS;927934;928101;187;*; ;;tRNA;928289;928371;175;*;tta fin;;CDS;928547;929164;;; deb;;CDS;946069;947757;64;*; ;;regulatory;947822;947974;151;*; fin;;CDS;948126;948812;;; deb;comp;CDS;1148345;1149223;234;*; ;;tRNA;1149458;1149532;106;*;gtc fin;comp;CDS;1149639;1151516;;; deb;;CDS;1244040;1245108;131;*; ;;tRNA;1245240;1245314;354;*;atgj fin;comp;CDS;1245669;1246637;;; deb;;CDS;1279875;1280237;74;*; ;comp;tRNA;1280312;1280397;148;*;tac fin;comp;CDS;1280546;1281172;;; deb;comp;CDS;1369782;1370351;31;*; ;comp;tmRNA;1370383;1370759;95;*; fin;;CDS;1370855;1371793;;; deb;comp;CDS;1414313;1414690;160;*; ;;regulatory;1414851;1414948;69;*; fin;;CDS;1415018;1416172;;; deb;comp;CDS;1500772;1501110;338;*; ;;tRNA;1501449;1501524;109;*;cac ;;tRNA;1501634;1501709;129;*;cac fin;;CDS;1501839;1503305;;; deb;;CDS;1503412;1504977;173;*; ;;tRNA;1505151;1505235;91;*;cta fin;;CDS;1505327;1506661;;; deb;;CDS;1511745;1512017;105;*; ;;tRNA;1512123;1512197;163;*;gta ;;tRNA;1512361;1512437;344;*;gac fin;;CDS;1512782;1513150;;; deb;;CDS;1657596;1659397;123;*; ;;tRNA;1659521;1659596;234;*;gaa fin;;CDS;1659831;1660671;;; deb;comp;CDS;1671855;1672043;204;*; ;;regulatory;1672248;1672360;116;*; fin;;CDS;1672477;1674318;;0; deb;comp;CDS;1808199;1808735;79;*; ;;tRNA;1808815;1808892;49;*;cca deb;;CDS;1808942;1809238;10;*; ;;tRNA;1809249;1809325;442;*;aga fin;;CDS;1809768;1810013;;0; deb;comp;CDS;1825075;1825305;210;*; ;comp;tRNA;1825516;1825591;219;*;aac ;comp;tRNA;1825811;1825884;217;*;tgc fin;;CDS;1826102;1826758;;; deb;comp;CDS;1878424;1878714;244;*; ;comp;rRNA;1878959;1879074;128;*;116 ;comp;rRNA;1879203;1881950;272;*;2748 ;comp;tRNA;1882223;1882298;32;*;gca ;comp;tRNA;1882331;1882407;129;*;atc ;comp;misc_f;1882537;1883185;139;*; fin;comp;CDS;1883325;1883763;;; deb;;CDS;1886482;1886796;13;*; ;;ncRNA;1886810;1886969;39;*; fin;;CDS;1887009;1887617;;; deb;;CDS;1896604;1897080;192;*; ;comp;tRNA;1897273;1897347;162;*;acc fin;comp;CDS;1897510;1899495;;; deb;comp;CDS;2032701;2033588;165;*; ;;tRNA;2033754;2033828;132;*;gtg ;;tRNA;2033961;2034035;231;*;gtg fin;;CDS;2034267;2034431;;; deb;;CDS;2113098;2113601;85;*; ;;tRNA;2113687;2113763;140;*;ccc fin;comp;CDS;2113904;2115682;;0; deb;comp;CDS;2163405;2167388;813;*; ;;misc_f;2168202;2168532;294;*; ;comp;misc_f;2168827;2169315;530;*; fin;comp;CDS;2169846;2170325;;; deb;;CDS;2176963;2177427;107;*; ;comp;tRNA;2177535;2177610;30;*;gcc ;comp;tRNA;2177641;2177727;135;*;ctg fin;comp;CDS;2177863;2180208;;0; deb;comp;CDS;2197944;2199056;175;*; ;comp;regulatory;2199232;2199345;72;*; fin;comp;CDS;2199418;2199663;;0; deb;;CDS;2233677;2234435;92;*; ;comp;tRNA;2234528;2234603;38;*;gag ;comp;tRNA;2234642;2234717;68;*;gag fin;comp;CDS;2234786;2235821;;; deb;comp;CDS;2293087;2293593;211;*; ;;tRNA;2293805;2293881;134;*;cgt deb;;CDS;2294016;2294495;5;*; ;comp;tRNA;2294501;2294576;145;*;atgi fin;comp;CDS;2294722;2296683;;; deb;;CDS;2372946;2373401;86;*; ;comp;tRNA;2373488;2373563;74;*;aag ;comp;tRNA;2373638;2373713;309;*;aag fin;;CDS;2374023;2375549;;1; deb;comp;CDS;2418203;2418400;69;*; ;comp;tRNA;2418470;2418545;152;*;tgg deb;comp;CDS;2418698;2419888;81;*; ;comp;tRNA;2419970;2420043;60;*;gga ;comp;tRNA;2420104;2420189;144;*;tac deb;;CDS;2420334;2421188;91;*; ;;tRNA;2421280;2421355;137;*;aca fin;;CDS;2421493;2423187;;; deb;;CDS;2561207;2562223;109;*; ;;tRNA;2562333;2562409;205;*;ccg ;;tRNA;2562615;2562691;136;*;ccg fin;;CDS;2562828;2563241;;0; deb;;CDS;2577826;2578533;62;*; ;;ncRNA;2578596;2578998;554;*; fin;;CDS;2579553;2580050;;; deb;comp;CDS;2680406;2680930;140;*; ;;tRNA;2681071;2681157;162;*;ttg fin;;CDS;2681320;2681715;;; deb;;CDS;2856509;2858152;365;*; ;comp;tRNA;2858518;2858608;118;*;tcc fin;comp;CDS;2858727;2859530;;0; deb;;CDS;2940550;2940948;67;*; ;;regulatory;2941016;2941120;49;*; fin;;CDS;2941170;2942093;;0; </pre> ====absp données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_données_intercalaires|absp données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;absp;fx;fc;absp;fx40;fc40;absp;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;0;0;0;0;-1;0;26;135;84;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;38;87;1;4;8;-2;2;0;205;116;457;486;128;;;30;;ctg ;0;20;28;81;2;1;9;-3;0;0;143;200;;642;132;;;**;;gcc ;0;30;27;59;3;4;16;-4;2;124;257;245;5s CDS;;16s tRNA;;;1;;acc 1;0;40;12;44;4;7;10;-5;0;0;746;351;;153;2* 116;;atc;99;;gcg ;0;50;15;38;5;3;7;-6;0;0;298;178;23s CDS;;113;;atc;35;;gac 1;0;60;8;39;6;2;3;-7;0;1;238;213;;151;tRNA 23s;;;1;;gtc ;0;70;14;33;7;7;7;-8;1;12;153;32;;;2* 272;;gca;**;;cag ;1;80;15;31;8;0;11;-9;0;0;123;229;;;270;;gca;4;;aac 1;0;90;14;23;9;2;5;-10;1;0;98;52;;;5s tRNA;;;**;;gac ;1;100;9;41;10;8;11;-11;1;6;178;301;;;100;;atgf;;; ;0;110;13;29;11;1;7;-12;1;0;453;;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;0;120;18;28;12;0;6;-13;0;2;79;;;;30;;atc gca;;; ;1;130;12;24;13;5;14;-14;0;4;706;;;;2* 31;;atc gca;;; ;1;140;15;34;14;1;15;-15;0;0;;;;;;;;;; ;1;150;18;25;15;3;3;-16;1;1;;;;;;;;;; ;1;160;8;22;16;4;9;-17;0;2;;;;;;;;;; ;0;170;26;30;17;3;6;-18;0;0;;;;;;;;;; 1;1;180;8;19;18;4;10;-19;0;1;;;;;;;;;; ;0;190;10;14;19;3;7;-20;3;1;;;;;;;;;; 1;0;200;6;12;20;4;4;-21;0;0;;;;;;;;;; ;1;210;6;10;21;1;6;-22;0;0;;;;;;;;;; 1;0;220;12;17;22;8;3;-23;0;1;;;;;;;;;; 1;0;230;6;9;23;5;5;-24;0;0;;;;;;;;;; ;1;240;12;11;24;1;3;-25;0;1;;;;;;;;;; 1;0;250;6;13;25;4;9;-26;1;2;;;;;;;;;; ;1;260;6;8;26;4;9;-27;0;0;;;;;;;;;; ;0;270;11;9;27;1;8;-28;1;1;;;;;;;;;; ;0;280;9;5;28;1;8;-29;0;1;;;;;;;;;; ;0;290;4;3;29;2;4;-30;0;0;;;;;;;;;; ;1;300;5;5;30;0;4;-31;1;0;;;;;;;;;; 1;0;310;2;3;31;1;3;-32;0;0;;;;;;;;;; ;0;320;6;3;32;2;3;-33;0;0;;;;;;;;;; ;0;330;4;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;7;34;2;7;-35;0;2;;;;;;;;;; ;0;350;6;1;35;1;8;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;2;3;36;1;4;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;1;4;37;1;3;-38;0;2;;;;;;;;;; ;0;380;0;1;38;0;5;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;1;0;39;2;6;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;2;2;40;1;2;-41;1;1;;;;;;;;;; ;3;reste;52;44;reste;367;602;-42;0;0;;;;;;;;;; 11;14;total;472;873;total;472;873;-43;1;0;;;;;;;;;; 11;11;diagr;420;829;diagr;105;271;-44;1;0;;;;;;;;;; 0;0; t30;93;227;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;472;25;0;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;; ;c;873;206;0;1079;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1576;54;;reste;5;14;;;;;;;;;; </pre> =====absp autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#absp_autres_intercalaires_aas|absp autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;absp;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;198109;199200;84;*; ;comp;tRNA;199285;199360;135;*;aaa fin;comp;CDS;199496;200044;;; deb;;CDS;243776;244348;205;*; ;;tRNA;244554;244643;143;*;tca fin;;CDS;244787;245683;;0; deb;;CDS;338004;339383;116;*; ;comp;tRNA;339500;339586;257;*;ctc fin;comp;CDS;339844;340836;;; deb;comp;CDS;364473;365501;200;*; ;;tRNA;365702;365775;746;*;cag fin;;CDS;366522;367214;;; deb;;CDS;474173;477079;298;*; ;;tRNA;477378;477464;30;*;ctg ;;tRNA;477495;477570;238;*;gcc fin;;CDS;477809;478123;;; deb;comp;CDS;496623;497399;289;*; ;;regulatory;497689;497905;38;*; fin;;CDS;497944;499011;;; deb;;CDS;599223;600230;245;*; ;comp;tRNA;600476;600550;351;*;ggc fin;;CDS;600902;602071;;; deb;comp;CDS;629856;631205;178;*; ;;tRNA;631384;631458;1;*;acc ;;tRNA;631460;631535;99;*;gcg ;;tRNA;631635;631711;35;*;gac ;;tRNA;631747;631821;1;*;gtc ;;tRNA;631823;631896;153;*;cag fin;;CDS;632050;632259;;; deb;comp;CDS;699265;699843;213;*; ;;tRNA;700057;700132;4;*;aac ;;tRNA;700137;700213;32;*;gac fin;comp;CDS;700246;700851;;; deb;;CDS;909530;909766;153;*; ;comp;rRNA;909920;910035;132;*;116 ;comp;rRNA;910168;912914;272;*;2747 ;comp;tRNA;913187;913262;30;*;gca ;comp;tRNA;913293;913369;116;*;atc ;comp;rRNA;913486;914970;486;*;1485 fin;;CDS;915457;916713;;; deb;comp;CDS;975367;977091;141;*; ;;regulatory;977233;977362;74;*; fin;;CDS;977437;978516;;; deb;comp;CDS;998160;999149;229;*; ;;tRNA;999379;999465;123;*;ctg fin;;CDS;999589;1000215;;; deb;comp;CDS;1066729;1068657;115;*; ;comp;regulatory;1068773;1068992;54;*; fin;comp;CDS;1069047;1069505;;0; deb;comp;CDS;1098197;1098688;642;*; ;;rRNA;1099331;1100815;113;*;1485 ;;tRNA;1100929;1101005;31;*;atc ;;tRNA;1101037;1101112;272;*;gca ;;rRNA;1101385;1104132;151;*;2748 fin;comp;CDS;1104284;1105390;;; deb;;CDS;1157171;1157356;98;*; ;;tRNA;1157455;1157530;178;*;ttc fin;;CDS;1157709;1158686;;; deb;;CDS;1394614;1396740;453;*; ;;tRNA;1397194;1397287;52;*;agc fin;comp;CDS;1397340;1397858;;; deb;;CDS;1399009;1399830;301;*; ;comp;tRNA;1400132;1400206;79;*;caa fin;comp;CDS;1400286;1402385;;; deb;;CDS;1577667;1578095;457;*; ;;rRNA;1578553;1580037;116;*;1485 ;;tRNA;1580154;1580230;31;*;atc ;;tRNA;1580262;1580337;270;*;gca ;;rRNA;1580608;1582611;128;*;2004 ;;rRNA;1582740;1582855;100;*;116 ;;tRNA;1582956;1583032;706;*;atgf fin;;CDS;1583739;1585157;;0; </pre> ===agr=== ====agr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr opérons]] <pre> 59.3%GC;29.12.19 Paris;16s 5 ;58 aas;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Agrobacterium sp. H13-3 ;;;;;;;;;;;; chromosoml;;;;;;;;;;;; comp;1064633..1065274;;cds;;296;296;;;214;;hp;* ;1065571..1065655;;ttg;;266;266;;;;;;* ;1065922..1066437;;cds;;;;;;172;;disulfide bond formation protein B;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1178605..1179114;;cds;;256;256;;;170;;prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein;* ;1179371..1179445;;ggc;@1;793;;793;;;;;* comp;1180239..1180315;;atgj;;135;135;;;;;;* comp;1180451..1181647;;cds;;;;;;399;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1320644..1321006;;cds;;318;318;;;121;;hp;* comp;1321325..1321414;;tcg;;197;197;;;;;;* comp;1321612..1322493;;cds;;;;;;294;;dihydrodipicolinate synthase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1361929..1362942;;cds;;554;*554;;;338;;sugar ABC transporter substrate-binding protein;* comp;1363497..1363571;;gtc;;81;81;;;;;;* comp;1363653..1364015;;cds;;;;;;121;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1426814..1427137;;cds;;105;105;;;108;;hp;* ;1427243..1428733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1429071..1429147;;atc;;59;;;59;;;;* ;1429207..1429282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1429429..1429626;;cds;@2;241;241;;;66;;P-hp;* ;1429868..1432681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1432924..1433038;;5s;;257;;;;115;;;* ;1433296..1433372;;atgf;;311;311;;;;;;* ;1433684..1434118;;cds;;;;;;145;;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;* ;;;;;;;;;;;;* ;1503534..1504520;;cds;;122;122;;;329;;beta-ketoacyl-ACP synthase III;* comp;1504643..1504716;;cag;;123;123;;;;;;* comp;1504840..1505277;;cds;;;;;;146;;Lrp/AsnC family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1605356..1605856;;cds;;71;71;;;167;;hp;* comp;1605928..1606003;;gcc;;152;152;;;;;;* comp;1606156..1606545;;cds;;;;;;130;;TIGR02300 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1687683..1688015;;cds;;105;105;;;111;;hp;* ;1688121..1689611;;16s;;337;;;;1491;;;* ;1689949..1690025;;atc;;59;;;59;;;;* ;1690085..1690160;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;1690307..1690504;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;1690746..1693559;;23s;;242;;;;2814;;;* ;1693802..1693916;;5s;;257;;;;115;;;* ;1694174..1694250;;atgf;;203;203;;;;;;* comp;1694454..1694645;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2103153..2103404;;cds;;105;105;;;84;;P-hp;* ;2103510..2105000;;16s;;337;;;;1491;;;* ;2105338..2105414;;atc;;59;;;59;;;;* ;2105474..2105549;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;2105696..2105893;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;2106135..2108948;;23s;;242;;;;2814;;;* ;2109191..2109305;;5s;;257;;;;115;;;* ;2109563..2109639;;atgf;;633;*633;;;;;;* ;2110273..2110680;;cds;;;;;;136;;membrane protein;* chromosomc;;;;;;;;;;;;* <comp;56862..57137;;cds;;105;105;;;92;;P-hp;* ;57243..58733;;16s;;337;;;;1491;;;* ;59071..59147;;atc;;59;;;59;;;;* ;59207..59282;;gca;;146;146;;;;;;* <comp;59429..59626;;cds;;241;241;;;66;;P-hp;* ;59868..62681;;23s;;242;;;;2814;;;* ;62924..63038;;5s;;257;;;;115;;;* ;63296..63372;;atgf;;196;196;;;;;;* ;63569..65377;;cds;;;;;;*603;;DNA helicase RecQ;* ;;;;;;;;;;;;* comp;125821..127722;;cds;;287;287;;;*634;;molecular chaperone DnaK;* comp;128010..128099;;tcc;;220;220;;;;;;* ;128320..128637;;cds;;;;;;106;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;227621..228004;;cds;;240;240;;;128;;membrane protein;* comp;228245..228331;;ctg;;120;120;;;;;;* comp;228452..228757;;cds;;;;;;102;;SelT/SelW/SelH family protein;* ;;;;;;;;;;;;* >;378307..378396;;cds;;40;40;;;30;;P-hp;* ;378437..378513;;cgt;;174;174;;;;;;* ;378688..379500;;cds;;;;;;271;;class I SAM-dependent methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;407277..407435;;cds;;167;167;;;53;;YqaE/Pmp3 family membrane protein;* comp;407603..407678;;acg;;137;137;;;;;;* comp;407816..408778;;cds;;;;;;321;;nitronate monooxygenase;* ;;;;;;;;;;;;* ;425990..427087;;cds;;56;56;;;366;;2'-deoxycytidine 5'-triphosphate deaminase;* ;427144..427217;;ggg;;154;154;;;;;;* ;427372..428058;;cds;;;;;;229;;aquaporin Z;* ;;;;;;;;;;;;* ;458659..459081;;cds;;285;285;;;141;;hp;* ;459367..459442;;ttc;;246;246;;;;;;* comp;459689..460033;;cds;;;;;;115;;cation:proton antiporter;* ;;;;;;;;;;;;* comp;493759..494025;;cds;;155;155;;;89;;hp;* ;494181..494255;;acc;;195;195;;;;;;* comp;494451..495686;;cds;;;;;;412;;flagellin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;564938..568684;;cds;;361;*361;;;*1249;;PAS domain S-box protein;* ;569046..569122;;cac;;79;79;;;;;;* ;569202..570920;;cds;;;;;;573;;Ppx/GppA family phosphatase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;763448..764356;;cds;;202;202;;;303;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;764559..764633;;caa;;263;263;;;;;;* comp;764897..766549;;cds;;;;;;551;;malate dehydrogenase (quinone);* ;;;;;;;;;;;;* comp;767020..767439;;cds;;264;264;;;140;;hp;* ;767704..767780;;ccg;;159;159;;;;;;* comp;767940..768260;;cds;;;;;;107;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;960360..960701;;cds;;163;163;;;114;;hp;* ;960865..960955;;agc;;500;*500;;;;;;* comp;961456..961671;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1123408..1124136;;cds;;141;141;;;243;;hp;* ;1124278..1124363;;tta;;241;241;;;;;;* ;1124605..1127115;;cds;;;;;;*837;;copper-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1154411..1154803;;cds;;91;91;;;131;;DUF2934 domain-containing protein;* comp;1154895..1154969;;aac;;176;176;;;;;;* ;1155146..1155424;;cds;;;;;;93;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1162767..1163027;;cds;;138;138;;;87;;hp;* comp;1163166..1163242;;ccc;;218;218;;;;;;* ;1163461..1163997;;cds;;;;;;179;;DUF1269 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1192452..1194650;;cds;;660;*660;;;*733;;esterase-like activity of phytase family protein;* comp;1195311..1195386;;gta;+;446;;446;;;;;* ;1195833..1195909;;gac;2 gac;41;;41;;;;;* ;1195951..1196027;;gac;;435;*435;;;;;;* ;1196463..1196828;;cds;;;;;;122;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;;* ;1421863..1422201;;cds;;134;134;;;113;;hp;* comp;1422336..1422425;;tca;;88;88;;;;;;* comp;1422514..1422678;;cds;;;;;;55;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1468229..1469110;;cds;;180;180;;;294;;HNH endonuclease;* comp;1469291..1469367;;atgf;;132;132;;;;;;* comp;1469500..1470450;;cds;;;;;;317;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1508458..1508883;;cds;;558;*558;;;142;;PAS domain-containing protein;* comp;1509442..1509526;;ctc;;189;189;;;;;;* ;1509716..1510447;;cds;;;;;;244;;lipoyl(octanoyl) transferase LipB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1531160..1531933;;cds;;447;*447;;;258;;amino acid ABC transporter ATP-binding protein;* ;1532381..1532455;;gaa;;121;121;;;;;;* ;1532577..1532818;;cds;;89;89;;;81;;P-hp;* ;1532908..1532982;;gaa;;129;129;;;;;;* comp;1533112..1534920;;cds;;;;;;*603;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;;;;;;;;;;;;* ;1584509..1584763;;cds;;155;155;;;85;;GlsB/YeaQ/YmgE family stress response membrane protein;* ;1584919..1584994;;aag;;134;134;;;;;;* comp;1585129..1585575;;cds;;;;;;149;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1612420..1613898;;cds;;240;240;;;493;;trigger factor;* comp;1614139..1614221;;cta;;447;*447;;;;;;* <;1614669..1614876;;cds;;;;;;69;;P-hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1672216..1672887;;cds;;245;245;;;224;;protein-L-isoaspartate O-methyltransferase;* comp;1673133..1673206;;tgc;;240;240;;;;;;* comp;1673447..1673599;;cds;;;;;;51;;DUF3309 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1744688..1745434;;cds;;341;341;;;249;;cytochrome c biogenesis protein CcdA;* ;1745776..1745851;;aaa;;310;310;;;;;;* ;1746162..1746743;;cds;;;;;;194;;DUF1003 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1770727..1772280;;cds;;91;91;;;518;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;1772372..1772448;;cca;;265;265;;;;;;* ;1772714..1773019;;cds;;51;51;;;102;;ETC complex I subunit;* ;1773071..1773147;;aga;;7;7;;;;;;* comp;1773155..1773892;;cds;;;;;;246;;DUF429 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1902337..1902537;;cds;;184;184;;;67;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1902722..1902797;;tgg;;241;241;;;;;;* comp;1903039..1903845;;cds;;;;;;269;;glycosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1908698..1908892;;cds;;70;70;;;65;;hp;* comp;1908963..1909036;;gga;;26;26;26;;;;;* comp;1909063..1909147;;tac;;209;209;;;;;;* ;1909357..1910244;;cds;;;;;;296;;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;;;;;;;;;;;;* ;1922447..1922800;;cds;;55;55;;;118;;hp;* comp;1922856..1922931;;aca;;207;207;;;;;;* ;1923139..1924878;;cds;;;;;;580;;GGDEF domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2079925..2080287;;cds;;156;156;;;121;;hp;* comp;2080444..2080519;;atgi;;178;178;;;;;;* ;2080698..2081441;;cds;;;;;;248;;SIMPL domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2275632..2276138;;cds;;522;*522;;;169;;winged helix-turn-helix transcriptional regulator;* ;2276661..2276737;;cgg;;287;287;;;;;;* ;2277025..2277264;;cds;;;;;;80;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2388300..2388497;;cds;;87;87;;;66;;hp;* ;2388585..2388659;;ggc;;361;*361;;;;;;* ;2389021..2391024;;cds;;;;;;*668;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2490745..2491854;;cds;;535;*535;;;370;;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;* comp;2492390..2492466;;atgf;;287;;;;115;;;* comp;2492754..2492868;;5s;;242;;;;2814;;;* comp;2493111..2495924;;23s;;241;241;;;;;;* >;2496166..2496363;;cds;;146;146;;;66;;P-hp;* comp;2496510..2496585;;gca;;59;;;59;;;;* comp;2496645..2496721;;atc;;337;;;;;;;* comp;2497059..2498549;;16s;;105;105;;;1491;;;* >;2498655..2498930;;cds;;;;;;92;;P-hp;* </pre> ====agr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_cumuls|agr cumuls]] <pre> agr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;5;1;;;1;0;1;;100;24;1;0 ;16atcgca235;0;20;;;50;3;40;;200;30;30;1 ;Id-atgf;5;40;1;;100;12;80;;300;14;60;3 ;16s23s;0;60;1;5;150;22;120;;400;8;90;17 ;max a;3;80;;;200;17;160;;500;2;120;13 ;a doubles;0;100;;;250;18;200;;600;4;150;14 ;spéciaux;0;120;;;300;9;240;;700;4;180;5 ;total aas;15;140;;;350;4;280;;800;1;210;1 sans ;opérons;38;160;;;400;2;320;;900;1;240;3 ;1 aa;35;180;;;450;3;360;;1000;0;270;7 ;max a;3;200;;;500;1;400;;1100;0;300;4 ;a doubles;1;;2;;;6;;;;1;;21 ;total aas;42;;4;5;;97;;0;;89;;89 total aas;;57;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;59;;213;;;;230;; ;;;variance;;0;;134;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;172;;;;185;;137 ;;;variance;;;;76;;;;131;;71 </pre> ====agr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_blocs|agr blocs]] <pre> agr blocs;;;;;;;;; chromoml;intercal;cdsa;;intercal;cdsa;;intercal;cdsa; cds;105;108;hp;105;111;hp;105;84;P-hp 16s;337;1491;;337;1491;;337;1491; atc;59;;;59;;;59;; gca;146;;;146;;;146;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;241;66;P-hp 23s;242;2814;;242;2814;;242;2814; 5s;257;115;;257;115;;257;115; atgf;311;;;203;;;633;; cds;;145;CoA;;64;hp;;136;membrane chromosomc;;;;;;;;; cds;105;92;P-hp;105;92;P-hp;;; 16s;337;1491;;337;1491;;;; atc;59;;;59;;;;; gca;146;;;146;;;;; cds;241;66;P-hp;241;66;P-hp;;; 23s;242;2814;;242;2814;;;; 5s;257;115;;287;115;;;; atgf;196;;;535;;;;; cds;;603;helicase;;370;2Fe-2S;;; ;;;;;;;;; ;;;;;;;;; CoA;acetyl-CoA carboxylase biotin carboxyl carrier protein subunit;;;;;;;; helicase;DNA helicase RecQ;;;;;;;; 2Fe-2S;2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein;;;;;;;; membrane;membrane protein;;;;;;;; </pre> ====agr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_distribution|agr distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total agr;;35;;;;;35;;agr;5;;;;;;5;;agr;2;;;;;;;;agr;;;;5;;;5 </pre> ====agrc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_données_intercalaires|agrc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;agrc;fx;fc;agrc;fx40;fc40;agrc;x-;c-;cont;x;c;x;cont;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;3;0;9;3;-1;;57;196;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;42;173;1;2;26;-2;5;0;287;240;;689;2* 249;;;41;;gac ;0;20;36;142;2;2;20;-3;;0;120;246;;585;16s tRNA;;;**;;gac ;0;30;28;69;3;11;32;-4;6;226;217;155;;;2* 342;;atc;452;;gaa ;0;40;22;56;4;6;26;-5;;1;174;195;;;tRNA 23s;;;**;;gaa 1;0;50;31;39;5;2;11;-6;;0;167;361;;;2* 585;;gca;26;;gga 1;2;60;41;42;6;6;14;-7;;2;137;202;;;5s tRNA;;;**;;tac 1;0;70;30;63;7;5;8;-8;3;21;56;263;;;257;;atgf;;; ;0;80;33;53;8;0;6;-9;1;0;154;264;;;287;;atgf;;; ;0;90;17;62;9;6;13;-10;;2;285;159;;;tRNA tRNA;;intra;;; 1;1;100;21;54;10;2;17;-11;;14;166;163;;;2* 59;;atc gca;;; ;0;110;30;55;11;3;25;-12;;0;778;91;;;;;;;; ;1;120;23;65;12;5;28;-13;;3;141;176;;;;;;;; 1;1;130;23;56;13;4;10;-14;1;3;247;218;;;;;;;; 2;3;140;21;47;14;3;17;-15;;0;138;41;;;;;;;; ;1;150;32;41;15;6;13;-16;;0;311;134;;;;;;;; 3;2;160;16;50;16;4;13;-17;1;5;123;189;;;;;;;; 1;2;170;19;43;17;1;11;-18;;0;435;129;;;;;;;; 2;1;180;23;21;18;4;4;-19;3;0;584;134;;;;;;;; 1;1;190;16;36;19;4;10;-20;1;2;1054;657;;;;;;;; 1;1;200;17;35;20;2;11;-21;;0;132;341;;;;;;;; 2;0;210;24;25;21;4;13;-22;1;1;597;265;;;;;;;; 2;1;220;16;26;22;5;6;-23;1;1;447;7;;;;;;;; ;0;230;18;15;23;2;8;-24;;0;155;70;;;;;;;; 1;2;240;19;19;24;3;5;-25;1;0;240;209;;;;;;;; 1;3;250;13;16;25;2;4;-26;;1;245;55;;;;;;;; ;0;260;15;11;26;4;9;-27;;0;240;270;;;;;;;; 4;0;270;12;20;27;4;7;-28;;0;310;156;;;;;;;; ;0;280;11;11;28;2;4;-29;;1;91;178;;;;;;;; ;3;290;10;7;29;1;6;-30;1;0;51;522;;;;;;;; ;0;300;8;16;30;1;7;-31;;0;184;373;;;;;;;; ;1;310;10;10;31;4;10;-32;1;1;241;;;;;;;;; ;1;320;10;3;32;2;3;-33;;0;287;;;;;;;;; ;0;330;5;6;33;2;9;-34;1;0;403;;;;;;;;; ;0;340;10;6;34;1;8;-35;1;1;535;;;;;;;;; 1;0;350;6;5;35;2;2;-36;;;;;;;;;;;; ;0;360;5;5;36;0;9;-37;;;;;;;;;;;; 1;0;370;5;5;37;3;5;-38;;;;;;;;;;;; 1;0;380;3;7;38;3;1;-39;;;;;;;;;;;; ;0;390;4;9;39;2;3;-40;;;;;;;;;;;; ;0;400;5;5;40;3;6;-41;1;1;;;;;;;;;; 2;8;reste;57;34;reste;659;1023;-42;;;;;;;;;;;; 31;35;total;796;1466;total;796;1466;-43;;;;;;;;;;;; 29;27;diagr;730;1429;diagr;128;440;-44;;;;;;;;;;;; 1;0; t30;106;384;;;;-45;1;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;;;;;;;;;;; ;x;787;35;9;831;;;-49;1;;;;;;;;;;; ;c;1463;345;3;1811;;;-50;;;;;;;;;;;; ;;;;;2642;109;;reste;1;2;;;;;;;;;; ;;;;;;2751;;total;35;345;;;;;;;;;; </pre> =====agrc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrc_autres_intercalaires_aas|agrc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agr-c;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54088;56574;669;*; ;;rRNA;57244;58728;342;*;1485 ;;tRNA;59071;59147;59;*;atc ;;tRNA;59207;59282;585;*;gca ;;rRNA;59868;62674;249;*;2807 ;;rRNA;62924;63038;257;*;115 ;;tRNA;63296;63372;196;*;atgf fin;;CDS;63569;65377;;; deb;;CDS;70038;70667;131;*; ;;regulatory;70799;71023;255;*; fin;;CDS;71279;71500;;; deb;comp;CDS;99269;101146;162;*; ;comp;ncRNA;101309;101405;77;*; fin;;CDS;101483;101899;;; deb;comp;CDS;125821;127722;287;*; ;comp;tRNA;128010;128099;220;*;tcc fin;;CDS;128320;128637;;; deb;;CDS;227621;228004;240;*; ;comp;tRNA;228245;228331;120;*;ctg fin;comp;CDS;228452;228757;;; deb;;CDS;376801;378219;217;*; ;;tRNA;378437;378513;174;*;cgt fin;;CDS;378688;379500;;; deb;comp;CDS;407277;407435;167;*; ;comp;tRNA;407603;407678;137;*;acg fin;comp;CDS;407816;408778;;; deb;comp;CDS;424611;425795;42;*; ;comp;regulatory;425838;425916;73;*; deb;;CDS;425990;427087;56;*; ;;tRNA;427144;427217;154;*;ggg fin;;CDS;427372;428058;;; deb;;CDS;458659;459081;285;*; ;;tRNA;459367;459442;246;*;ttc fin;comp;CDS;459689;460033;;; deb;comp;CDS;493759;494025;155;*; ;;tRNA;494181;494255;195;*;acc fin;comp;CDS;494451;495686;;; deb;comp;CDS;564938;568684;361;*; ;;tRNA;569046;569122;166;*;cac fin;;CDS;569289;570920;;; deb;comp;CDS;763448;764356;202;*; ;;tRNA;764559;764633;263;*;caa fin;comp;CDS;764897;766630;;; deb;comp;CDS;767020;767439;264;*; ;;tRNA;767704;767780;159;*;ccg fin;comp;CDS;767940;768260;;; deb;;CDS;829597;830517;91;*; ;;regulatory;830609;830834;165;*; fin;;CDS;831000;831182;;; deb;comp;CDS;960360;960701;163;*; ;;tRNA;960865;960955;778;*;agc fin;;CDS;961734;962801;;; deb;;CDS;1095507;1096961;76;*; ;;misc_f;1097038;1097093;74;*; fin;;CDS;1097168;1098649;;; deb;;CDS;1123408;1124136;141;*; ;;tRNA;1124278;1124363;247;*;tta fin;;CDS;1124611;1127115;;; deb;;CDS;1154411;1154803;91;*; ;comp;tRNA;1154895;1154969;176;*;aac fin;;CDS;1155146;1155424;;; deb;comp;CDS;1162767;1163027;138;*; ;comp;tRNA;1163166;1163242;218;*;ccc fin;;CDS;1163461;1163997;;; deb;comp;CDS;1194859;1194999;311;*; ;comp;tRNA;1195311;1195386;41;*;gta deb;;CDS;1195428;1195709;123;*; ;;tRNA;1195833;1195909;41;*;gac ;;tRNA;1195951;1196027;435;*;gac fin;;CDS;1196463;1196828;;; deb;comp;CDS;1367095;1368234;154;*; ;comp;regulatory;1368389;1368476;124;*; fin;comp;CDS;1368601;1368786;;; deb;;CDS;1421863;1422201;134;*; ;comp;tRNA;1422336;1422425;584;*;tca fin;comp;CDS;1423010;1423237;;; deb;;CDS;1440191;1441231;40;*; ;comp;regulatory;1441272;1441350;365;*; fin;;CDS;1441716;1441916;;; deb;comp;CDS;1467928;1468236;1054;*; ;comp;tRNA;1469291;1469367;132;*;atgf fin;comp;CDS;1469500;1470450;;; deb;comp;CDS;1508458;1508844;597;*; ;comp;tRNA;1509442;1509526;189;*;ctc fin;;CDS;1509716;1510447;;; deb;;CDS;1531160;1531933;447;*; ;;tRNA;1532381;1532455;452;*;gaa ;;tRNA;1532908;1532982;129;*;gaa fin;comp;CDS;1533112;1534914;;; deb;;CDS;1584509;1584763;155;*; ;;tRNA;1584919;1584994;134;*;aag fin;comp;CDS;1585129;1585674;;; deb;comp;CDS;1600224;1600940;97;*; ;comp;regulatory;1601038;1601224;128;*; fin;comp;CDS;1601353;1602183;;; deb;comp;CDS;1612420;1613898;240;*; ;comp;tRNA;1614139;1614221;657;*;cta fin;;CDS;1614879;1615025;;; deb;comp;CDS;1672216;1672887;245;*; ;comp;tRNA;1673133;1673206;240;*;tgc fin;comp;CDS;1673447;1673599;;; deb;comp;CDS;1744688;1745434;341;*; ;;tRNA;1745776;1745851;310;*;aaa fin;;CDS;1746162;1746743;;; deb;comp;CDS;1770727;1772280;91;*; ;comp;tRNA;1772372;1772448;265;*;cca deb;;CDS;1772714;1773019;51;*; ;;tRNA;1773071;1773147;7;*;aga fin;comp;CDS;1773155;1773892;;; deb;comp;CDS;1902337;1902537;184;*; ;comp;tRNA;1902722;1902797;241;*;tgg fin;comp;CDS;1903039;1903845;;; deb;;CDS;1908698;1908892;70;*; ;comp;tRNA;1908963;1909036;26;*;gga ;comp;tRNA;1909063;1909147;209;*;tac fin;;CDS;1909357;1910244;;; deb;;CDS;1922447;1922800;55;*; ;comp;tRNA;1922856;1922931;270;*;aca fin;;CDS;1923202;1924878;;; deb;comp;CDS;1963129;1963437;141;*; ;;tmRNA;1963579;1963951;229;*; fin;;CDS;1964181;1964693;;; deb;comp;CDS;2025879;2026319;399;*; ;comp;ncRNA;2026719;2027124;56;*; fin;comp;CDS;2027181;2028371;;; deb;;CDS;2079925;2080287;156;*; ;comp;tRNA;2080444;2080519;178;*;atgi fin;;CDS;2080698;2081441;;; deb;comp;CDS;2275632;2276138;522;*; ;;tRNA;2276661;2276737;287;*;cgg fin;;CDS;2277025;2277264;;; deb;comp;CDS;2387990;2388211;373;*; ;;tRNA;2388585;2388659;403;*;ggc fin;;CDS;2389063;2391024;;; deb;comp;CDS;2490745;2491854;535;*; ;comp;tRNA;2492390;2492466;287;*;atgf ;comp;rRNA;2492754;2492868;249;*;115 ;comp;rRNA;2493118;2495924;585;*;2807 ;comp;tRNA;2496510;2496585;59;*;gca ;comp;tRNA;2496645;2496721;342;*;atc ;comp;rRNA;2497064;2498548;585;*;1485 fin;;CDS;2499134;2500084;;; deb;comp;CDS;2519640;2521463;94;*; ;comp;regulatory;2521558;2521669;180;*; fin;;CDS;2521850;2522101;;; deb;comp;CDS;2681110;2682123;37;*; ;comp;regulatory;2682161;2682271;45;*; fin;comp;CDS;2682317;2682709;;; deb;comp;CDS;2684632;2685285;90;*; ;;regulatory;2685376;2685452;82;*; fin;;CDS;2685535;2686461;;; deb;comp;CDS;2791781;2792167;154;*; ;comp;regulatory;2792322;2792537;127;*; fin;;CDS;2792665;2793282;;; </pre> ====agrl données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_données_intercalaires|agrl données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;agrl;fx;fc;agrl;fx40;fc40;agrl;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;2;0;1;2;-1;0;46;266;296;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;21;151;1;1;25;-2;1;0;135;256;561;714;3* 249;;;;793;ggc ;0;20;19;126;2;1;19;-3;0;0;318;122;2136;;16s tRNA;;;**;;atgj ;0;30;20;63;3;5;18;-4;9;199;197;71;;;3* 342;;atc;;; ;0;40;19;34;4;4;24;-5;0;0;554;203;;;tRNA 23s;;;;; ;0;50;19;39;5;2;12;-6;1;0;81;;;;3* 585;;gca;;; ;0;60;20;50;6;3;8;-7;2;4;311;;;;5s tRNA;;;;; ;0;70;18;56;7;1;10;-8;0;23;123;;;;3* 257;;atgf;;; 1;0;80;12;39;8;2;11;-9;0;0;152;;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;1;90;20;30;9;0;8;-10;1;1;633;;;;3* 59;;atc gca;;; ;0;100;20;32;10;2;16;-11;0;9;;;;;;;;;; ;0;110;11;29;11;2;14;-12;0;0;;;;;;;;;; ;0;120;20;30;12;4;20;-13;0;1;;;;;;;;;; 1;1;130;13;27;13;0;20;-14;2;8;;;;;;;;;; ;1;140;15;26;14;1;10;-15;0;0;;;;;;;;;; ;0;150;10;26;15;3;9;-16;0;2;;;;;;;;;; ;1;160;9;21;16;2;10;-17;0;3;;;;;;;;;; ;0;170;7;20;17;0;13;-18;1;0;;;;;;;;;; ;0;180;16;14;18;3;15;-19;0;0;;;;;;;;;; ;0;190;10;19;19;3;11;-20;0;4;;;;;;;;;; ;1;200;18;17;20;1;4;-21;0;0;;;;;;;;;; 1;0;210;11;17;21;4;4;-22;0;1;;;;;;;;;; ;0;220;16;19;22;0;8;-23;0;4;;;;;;;;;; ;0;230;7;11;23;2;7;-24;0;0;;;;;;;;;; ;0;240;9;14;24;5;5;-25;0;0;;;;;;;;;; ;0;250;10;9;25;2;6;-26;0;1;;;;;;;;;; 1;0;260;7;9;26;1;6;-27;0;0;;;;;;;;;; ;1;270;10;11;27;1;4;-28;1;0;;;;;;;;;; ;0;280;3;3;28;1;5;-29;1;1;;;;;;;;;; ;0;290;7;6;29;2;7;-30;0;0;;;;;;;;;; 1;0;300;5;11;30;2;11;-31;1;0;;;;;;;;;; ;0;310;9;5;31;4;5;-32;2;0;;;;;;;;;; ;2;320;9;5;32;0;4;-33;1;0;;;;;;;;;; ;0;330;6;3;33;1;1;-34;0;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;5;34;1;3;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;4;1;35;0;5;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;3;2;36;2;3;-37;1;0;;;;;;;;;; ;0;370;3;6;37;2;8;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;5;6;38;5;5;-39;1;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;2;39;0;0;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;3;40;4;0;-41;0;0;;;;;;;;;; ;2;reste;42;41;reste;419;664;-42;0;0;;;;;;;;;; 5;10;total;499;1040;total;499;1040;-43;0;0;;;;;;;;;; 5;8;diagr;456;997;diagr;79;374;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;0; t30;60;340;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;498;25;1;524;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1038;308;2;1348;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1872;40;;reste;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;;1912;;total;25;308;;;;;;;;;; </pre> =====agrl autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agrl_autres_intercalaires_aas|agrl autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;agrl;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;784904;786193;181;*; ;;regulatory;786375;786477;128;*; fin;;CDS;786606;787391;;; deb;comp;CDS;928915;929946;164;*; ;comp;regulatory;930111;930346;39;*; fin;comp;CDS;930386;931264;;0; deb;comp;CDS;1064633;1065274;296;*; ;;tRNA;1065571;1065655;266;*;ttg fin;;CDS;1065922;1066437;;0; deb;comp;CDS;1178605;1179114;256;*; ;;tRNA;1179371;1179445;793;*;ggc ;comp;tRNA;1180239;1180315;135;*;atgj fin;comp;CDS;1180451;1181647;;; deb;comp;CDS;1212291;1213553;234;*; ;comp;ncRNA;1213788;1213946;78;*; fin;comp;CDS;1214025;1214402;;; deb;comp;CDS;1320644;1321006;318;*; ;comp;tRNA;1321325;1321414;197;*;tcg fin;comp;CDS;1321612;1322493;;; deb;comp;CDS;1361929;1362942;554;*; ;comp;tRNA;1363497;1363571;81;*;gtc fin;comp;CDS;1363653;1364015;;0; deb;;CDS;1425957;1426682;561;*; ;;rRNA;1427244;1428728;342;*;1485 ;;tRNA;1429071;1429147;59;*;atc ;;tRNA;1429207;1429282;585;*;gca ;;rRNA;1429868;1432674;249;*;2807 ;;rRNA;1432924;1433038;257;*;115 ;;tRNA;1433296;1433372;311;*;atgf fin;;CDS;1433684;1434118;;; deb;;CDS;1503534;1504520;122;*; ;comp;tRNA;1504643;1504716;123;*;cag fin;comp;CDS;1504840;1505277;;0; deb;;CDS;1605356;1605856;71;*; ;comp;tRNA;1605928;1606003;152;*;gcc fin;comp;CDS;1606156;1606545;;0; deb;comp;CDS;1685461;1687407;714;*; ;;rRNA;1688122;1689606;342;*;1485 ;;tRNA;1689949;1690025;59;*;atc ;;tRNA;1690085;1690160;585;*;gca ;;rRNA;1690746;1693552;249;*;2807 ;;rRNA;1693802;1693916;257;*;115 ;;tRNA;1694174;1694250;203;*;atgf fin;comp;CDS;1694454;1694645;;; deb;;CDS;2101066;2101374;2136;*; ;;rRNA;2103511;2104995;342;*;1485 ;;tRNA;2105338;2105414;59;*;atc ;;tRNA;2105474;2105549;585;*;gca ;;rRNA;2106135;2108941;249;*;2807 ;;rRNA;2109191;2109305;257;*;115 ;;tRNA;2109563;2109639;633;*;atgf fin;;CDS;2110273;2110680;;; </pre> ===aua=== ====aua opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua opérons]] <pre> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP006367.1;aua;;genome;;pau20rrn;;;;;;; 67%GC;8.8.19 Paris;16s 1;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;aas;cdsd;protéines; Aureimonas sp. AU20;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;; pAU20rrn;;;;;;;;;;;; ;324..1028;;CDS rep;;461;;;;235;;replication initiation protein;* comp;1490..1604;;5s;@1;82;;;;115;;; comp;1687..4515;;23s;;-15;;;;2829;;; comp;4501..4851;;CDS hp;;142;;;;117;;hp; comp;4994..5069;;gca;;33;;;33;;;; comp;5103..5179;;atc;;233;;;;;;; comp;5413..6898;;16s;;1752;;;;1486;;; comp;8651..9109;;CDS hp;;;;;;153;;hp; ;;;;;;;;;;;; Chromosome;;;;;;;;;;;; comp;170900..171925;;CDS;;368;368;;;342;;; ;172294..172378;;ctg;;130;130;;;;130;; ;172509..172772;;CDS;;;;;;88;;; ;;;;;;;;;;;; comp;330094..330690;;CDS;;338;338;;;199;;; ;331029..331103;;ggc;@2;404;;*404;;;;; comp;331508..331584;;atgf;+;44;;44;;;;; comp;331629..331705;;atgf;2 atg;255;255;;;;255;; comp;331961..333217;;CDS;;;;;;419;;; ;;;;;;;;;;;; ;344949..346025;;CDS;;589;589;;;359;589;; ;346615..346704;;tcg;;609;609;;;;;; ;347314..348471;;CDS;;;;;;386;;; ;;;;;;;;;;;; comp;393335..395356;;CDS;;800;*800;;;*674;;; comp;396157..396232;;gcc;;439;439;;;;439;; comp;396672..397094;;CDS;;;;;;141;;; ;;;;;;;;;;;; ;635177..637537;;CDS;;640;640;;;*787;;; comp;638178..638253;;gcg;;182;182;;;;182;; ;638436..638738;;CDS;;;;;;101;;; ;;;;;;;;;;;; comp;924507..925466;;CDS;;529;529;;;320;;; comp;925996..926085;;tcc;;349;349;;;;349;; ;926435..926767;;CDS;;;;;;111;;; ;;;;;;;;;;;; ;1216789..1217439;;CDS;;60;60;;;217;60;; ;1217500..1217576;;agg;;68;68;;;;;; comp;1217645..1218760;;CDS;;;;;;372;;; ;;;;;;;;;;;; ;1350534..1352180;;CDS;@4;-30;*-30;;;*549;;; comp;1352151..1352227;;cgt;+;51;;51;;;;; comp;1352279..1352355;;cgt;2 cgt;169;169;;;;;; comp;1352525..1353967;;CDS;;;;;;*481;;; ;;;;;;;;;;;; ;1401921..1402442;;CDS;;142;142;;;174;142;; ;1402585..1402661;;cac;;585;585;;;;;; ;1403247..1404875;;CDS;;;;;;*543;;; ;;;;;;;;;;;; ;1544580..1546277;;CDS;;455;455;;;*566;;; comp;1546733..1546808;;ttc;@2;161;;161;;;;; ;1546970..1547044;;acc;;414;414;;;;414;; ;1547459..1549516;;CDS;;;;;;*686;;; ;;;;;;;;;;;; ;1609269..1610216;;CDS;;278;278;;;316;;; comp;1610495..1610571;;cgg;;121;121;;;;121;; comp;1610693..1611427;;CDS;;;;;;245;;; ;;;;;;;;;;;; >;1683255..1683581;;CDS;;209;209;;;109;209;; comp;1683791..1683864;;cag;;580;580;;;;;; ;1684445..1685734;;CDS;;;;;;430;;; ;;;;;;;;;;;; ;1700827..1701852;;CDS;;300;300;;;342;;; comp;1702153..1702227;;gtc;+;128;;128;;;;; comp;1702356..1702430;;gtc;3 gtc;186;;186;;;;; comp;1702617..1702691;;gtc;;68;68;;;;68;; comp;1702760..1703125;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;1946715..1946936;;CDS;;6;6;;;74;6;; comp;1946943..1947018;;atgi;;105;105;;;;;; ;1947124..1947345;;CDS;;;;;;74;;; ;;;;;;;;;;;; ;1981934..1983139;;CDS;;139;139;;;402;139;; ;1983279..1983368;;agc;;825;*825;;;;;; ;1984194..1985339;;CDS;;;;;;382;;; ;;;;;;;;;;;; ;1996083..1997171;;CDS;;243;243;;;363;;; comp;1997415..1997490;;acg;;112;112;;;;112;; comp;1997603..1998583;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2263930..2264781;;CDS;;30;30;;;284;30;; comp;2264812..2264886;;gtg;;111;111;;;;;; comp;2264998..2265768;;CDS;;;;;;257;;; ;;;;;;;;;;;; ;2363764..2364786;;CDS;;18;18;;;341;18;; comp;2364805..2364879;;gaa;+;140;;140;;;;; comp;2365020..2365094;;gaa;2 gaa;69;69;;;;69;; comp;2365164..2366144;;CDS;;;;;;327;;; ;;;;;;;;;;;; ;2367774..2368247;;CDS;;105;105;;;158;;; ;2368353..2368429;;cca;@3;43;43;;;;43;; ;2368473..2368778;;CDS;;36;36;;;102;36;; ;2368815..2368890;;aga;;448;448;;;;;; ;2369339..2369929;;CDS;;;;;;197;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2401620..2402732;;CDS;;155;155;;;371;155;; comp;2402888..2402963;;aaa;;169;169;;;;;; ;2403133..2403870;;CDS;;;;;;246;;; ;;;;;;;;;;;; ;2419689..2420852;;CDS;;13;13;;;388;13;; ;2420866..2420955;;tca;;238;238;;;;;; ;2421194..2421934;;CDS;;;;;;247;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2601493..2601858;;CDS;;287;287;;;122;287;; comp;2602146..2602222;;gac;+;58;;58;;;;; comp;2602281..2602357;;gac;2 gac;270;;270;;;;; ;2602628..2602703;;gta;@2;330;330;;;;;; comp;2603034..2603312;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2608494..2609852;;CDS;;73;73;;;*453;73;; comp;2609926..2610009;;cta;;307;307;;;;;; ;2610317..2610460;;CDS;;;;;;48;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2641174..2641824;;CDS;@3;125;125;;;217;125;; comp;2641950..2642023;;tgc;;153;153;;;;;; comp <;2642177..2642443;;CDS;;296;296;;;89;;; ;2642740..2642814;;aac;;269;269;;;;269;; ;2643084..2644127;;CDS;;;;;;348;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2651145..2652935;;CDS;;239;239;;;*597;239;; ;2653175..2653259;;tta;;265;265;;;;;; ;2653525..2653725;;CDS;;;;;;67;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2749758..2750318;;CDS;;3102;*3102;;;187;;; comp;2753421..2753497;;atgf;;83;83;;;;83;; comp;2753581..2754180;;CDS;;;;;;200;;; ;;;;;;;;;;;; ;2768127..2769224;;CDS;;63;63;;;366;63;; comp;2769288..2769364;;ccg;@2;173;;173;;;;; ;2769538..2769612;;caa;;528;528;;;;;; comp;2770141..2770566;;CDS;;;;;;142;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2787112..2788920;;CDS;;217;217;;;*603;217;; comp;2789138..2789214;;ccc;;265;265;;;;;; comp;2789480..2790022;;CDS;;;;;;181;;; ;;;;;;;;;;;; ;2927857..2928789;;CDS;;136;136;;;311;136;; comp;2928926..2929010;;ctc;+;132;;132;;;;; comp;2929143..2929227;;ctc;2 ctc;175;175;;;;;; ;2929403..2930164;;CDS;;;;;;254;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2971057..2971257;;CDS;;130;130;;;67;;; comp;2971388..2971463;;tgg;;53;53;;;;53;; comp;2971517..2972374;;CDS;;;;;;286;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2973322..2974497;;CDS;;291;291;;;392;;; comp;2974789..2974862;;gga;;24;;24;;;;; comp;2974887..2974971;;tac;;259;259;;;;259;; ;2975231..2976097;;CDS;;;;;;289;;; ;;;;;;;;;;;; comp;2979955..2981049;;CDS;;221;221;;;365;;; ;2981271..2981346;;aca;;55;55;;;;55;; comp;2981402..2981752;;CDS;;;;;;117;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3063743..3064045;;CDS;;106;106;;;101;106;; comp;3064152..3064227;;aag;;147;147;;;;;; comp;3064375..3064803;;CDS;;;;;;143;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3194307..3194906;;CDS;;249;249;;;200;;; ;3195156..3195232;;atgj;;173;173;;;;173;; ;3195406..3196356;;CDS;;;;;;317;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3206006..3206455;;CDS;;743;*743;;;150;;; comp;3207199..3207273;;gag;;50;50;;;;50;; comp;3207324..3207689;;CDS;;;;;;122;;; ;;;;;;;;;;;; ;3398165..3399901;;CDS;;554;554;;;*579;;; ;3400456..3400530;;aac;;115;115;;;;115;; ;3400646..3400924;;CDS;;;;;;93;;; ;;;;;;;;;;;; ;3401737..3403497;;CDS;;227;227;;;*587;;; comp;3403725..3403799;;ggc;;208;;208;;;;; comp;3404008..3404082;;ggg;;74;74;;;;74;; comp;3404157..3404819;;CDS;;;;;;221;;; ;;;;;;;;;;;; comp;3597872..3598414;;CDS;;370;370;;;181;;; ;3598785..3598869;;ttg;;151;151;;;;151;; comp;3599021..3599251;;CDS;;;;;;77;;; </pre> ====aua cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_cumuls|aua cumuls]] <pre> aua cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;0;-;1;1;1;0;100;10;1;0 ;16 aas 23 5s ;0;20;0;;50;7;40;7;200;22;30;0 ;16 atc gca hp;1;40;1;;100;10;80;9;300;11;60;1 ;16 cds 23 5s ;0;60;3;;150;14;120;9;400;20;90;7 ;max a;2;80;0;;200;8;160;4;500;5;120;8 ;a doubles;0;100;0;;250;8;200;3;600;6;150;7 ;spéciaux;0;120;0;;300;10;240;4;700;3;180;2 ;total aas;2;140;3;;350;4;280;1;800;1;210;7 sans ;opérons;38;160;0;;400;2;320;0;900;0;240;3 ;1 aa;26;180;2;;450;3;360;2;1000;0;270;5 ;max a;3;200;1;;500;1;400;0;1100;0;300;3 ;a doubles;6;;3;;;12;;1;;0;;35 ;total aas;53;;13;0;;80;;40;;78;;78 total aas;;55;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;;;;;;; ;;;variance;;;;;;;;;; sans jaune;;;moyenne;131;;;226;;153;;235;;158 ;;;variance;75;;;165;;128;;125;;69 </pre> ====aua blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_blocs|aua blocs]] <pre> CDS ;1752;153;hp 16s;233;1486; atc;33;; gca;142;; CDS;-15;117;hp 23s;82;2829; 5s;461;115; CDS ;;235;replication initiation protein </pre> ====aua distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_distribution|aua distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;aua;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;ctc2;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;gtc3;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;2;agc;1;gac2;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;;gaa2;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;cgt2;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;2;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;atgf2;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total aua;;30;;;;;30;;aua;10;;;;;;10;;aua;13;;;;;;13 </pre> ====aua données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_données_intercalaires|aua données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;aua;fx;fc;aua;fx40;fc40;aua;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;3;0;0;3;0;-1;0;87;130;368;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;50;230;1;1;32;-2;1;0;255;338;1752;;82;;;;404;ggc 1;2;20;38;127;2;1;24;-3;0;0;589;640;5s CDS;;16s tRNA;;;44;;atgf ;2;30;38;96;3;9;36;-4;14;345;660;182;;461;233;;atc;**;;atgf ;1;40;23;58;4;8;33;-5;0;1;812;349;;;tRNA 23s;;;51;;cgt ;2;50;29;57;5;2;32;-6;1;0;439;68;;;478;;gca;**;;cgt 1;2;60;48;59;6;11;13;-7;1;0;529;-30;;;tRNA tRNA;;intra;;161;ttc 2;2;70;41;77;7;3;11;-8;3;27;60;455;;;33;;atc gca;**;;acc ;3;80;33;80;8;3;17;-9;0;1;169;278;;;;;;128;;gtc ;1;90;39;71;9;10;12;-10;0;2;142;209;;;;;;186;;gtc ;0;100;35;71;10;2;20;-11;0;16;175;580;;;;;;**;;gtc ;2;110;24;63;11;3;22;-12;1;0;414;300;;;;;;140;;gaa ;2;120;25;52;12;4;31;-13;1;5;121;6;;;;;;**;;gaa 1;4;130;21;63;13;3;12;-14;2;4;68;126;;;;;;58;;gac 1;1;140;23;57;14;0;13;-15;0;1;139;234;;;;;;;270;gac ;2;150;31;69;15;7;8;-16;1;1;112;243;;;;;;**;;gta 1;1;160;19;44;16;1;5;-17;0;4;30;18;;;;;;;173;ccg 1;2;170;21;37;17;3;14;-18;2;0;111;177;;;;;;**;;caa 2;2;180;18;35;18;4;6;-19;0;3;69;169;;;;;;132;;ctc 1;0;190;23;34;19;11;6;-20;1;6;105;330;;;;;;**;;ctc ;0;200;30;32;20;2;10;-21;0;0;43;307;;;;;;24;;gga 1;0;210;29;33;21;8;9;-22;0;0;36;296;;;;;;**;;tac ;0;220;20;35;22;3;15;-23;3;1;170;239;;;;;;208;;ggc 2;0;230;21;26;23;3;11;-24;0;0;13;63;;;;;;**;;ggg 2;0;240;22;25;24;5;7;-25;2;0;277;528;;;;;;;; 2;0;250;11;26;25;2;13;-26;1;2;287;136;;;;;;;; 1;1;260;14;23;26;2;12;-27;1;0;76;175;;;;;;;; ;3;270;23;19;27;5;10;-28;1;0;125;259;;;;;;;; 1;1;280;13;10;28;6;5;-29;1;3;72;221;;;;;;;; ;1;290;13;19;29;0;8;-30;0;0;269;55;;;;;;;; 2;1;300;15;9;30;4;6;-31;1;0;265;249;;;;;;;; 1;0;310;13;14;31;2;8;-32;1;0;24;311;;;;;;;; 1;0;320;13;12;32;2;9;-33;0;0;83;227;;;;;;;; 1;0;330;9;10;33;4;4;-34;0;0;16;370;;;;;;;; 1;0;340;9;6;34;1;6;-35;0;1;265;151;;;;;;;; 1;0;350;11;6;35;1;6;-36;1;0;130;;;;;;;;; ;0;360;8;8;36;5;1;-37;0;0;53;;;;;;;;; 2;0;370;6;5;37;3;2;-38;1;0;291;;;;;;;;; ;0;380;7;5;38;1;7;-39;0;0;106;;;;;;;;; ;0;390;4;7;39;3;6;-40;1;0;147;;;;;;;;; ;0;400;5;1;40;1;9;-41;0;1;173;;;;;;;;; 4;7;reste;97;92;reste;823;1292;-42;0;0;743;;;;;;;;; 35;45;total;975;1803;total;975;1803;-43;0;1;50;;;;;;;;; 30;38;diagr;875;1711;diagr;149;511;-44;0;0;154;;;;;;;;; 2;4; t30;126;453;;;;-45;0;0;74;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;972;55;3;1030;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1803;523;0;2326;;;-50;1;0;;;;;;;;;; ;;;;;3356;117;;reste;9;10;;;;;;;;;; ;;;;;;3473;;total;55;523;;;;;;;;;; </pre> =====aua autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_autres_intercalaires_aas|aua autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *Attention les rRNA sont dans le plasmide uniquement <pre> autres intercalaires ;;aua;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157474;158811;438;*; ;;regulatory;159250;159351;138;*; fin;;CDS;159490;160275;;; deb;comp;CDS;170900;171925;368;*; ;;tRNA;172294;172378;130;*;ctg fin;;CDS;172509;172772;;; deb;comp;CDS;330094;330690;338;*; ;;tRNA;331029;331103;404;*;ggc ;comp;tRNA;331508;331584;44;*;atgf ;comp;tRNA;331629;331705;255;*;atgf fin;comp;CDS;331961;333217;;0; deb;;CDS;344949;346025;589;*; ;;tRNA;346615;346704;660;*;tcg fin;;CDS;347365;348471;;0; deb;comp;CDS;393335;395344;812;*; ;comp;tRNA;396157;396232;439;*;gcc fin;comp;CDS;396672;397094;;0; deb;;CDS;636089;637537;640;*; ;comp;tRNA;638178;638253;182;*;gcg fin;;CDS;638436;638738;;; deb;;CDS;680871;681065;46;*; ;;regulatory;681112;681214;62;*; fin;;CDS;681277;683100;;; deb;comp;CDS;762422;762607;31;*; ;comp;regulatory;762639;762877;116;*; fin;comp;CDS;762994;763371;;; deb;;CDS;894578;894772;102;*; ;;regulatory;894875;895098;119;*; fin;;CDS;895218;896204;;; deb;comp;CDS;924507;925466;529;*; ;comp;tRNA;925996;926085;349;*;tcc fin;;CDS;926435;926767;;; deb;comp;CDS;973959;974375;30;*; ;;ncRNA;974406;974502;208;*; fin;comp;CDS;974711;975313;;0; deb;comp;CDS;1215259;1216272;45;*; ;comp;regulatory;1216318;1216420;368;*; deb;;CDS;1216789;1217439;60;*; ;;tRNA;1217500;1217576;68;*;agg fin;comp;CDS;1217645;1218760;;; deb;;CDS;1350534;1352180;-30;*; ;comp;tRNA;1352151;1352227;51;*;cgt ;comp;tRNA;1352279;1352355;169;*;cgt fin;comp;CDS;1352525;1353967;;0; deb;;CDS;1401921;1402442;142;*; ;;tRNA;1402585;1402661;175;*;cac fin;;CDS;1402837;1402989;;; deb;;CDS;1544580;1546277;455;*; ;comp;tRNA;1546733;1546808;161;*;ttc ;;tRNA;1546970;1547044;414;*;acc fin;;CDS;1547459;1549516;;0; deb;;CDS;1609269;1610216;278;*; ;comp;tRNA;1610495;1610571;121;*;cgg fin;comp;CDS;1610693;1611427;;; deb;;CDS;1619798;1621321;102;*; ;;regulatory;1621424;1621513;147;*; fin;;CDS;1621661;1622968;;; deb;;CDS;1683255;1683581;209;*; ;comp;tRNA;1683791;1683864;580;*;cag fin;;CDS;1684445;1685734;;; deb;;CDS;1700827;1701852;300;*; ;comp;tRNA;1702153;1702227;128;*;gtc ;comp;tRNA;1702356;1702430;186;*;gtc ;comp;tRNA;1702617;1702691;68;*;gtc fin;comp;CDS;1702760;1703125;;0; deb;;CDS;1946715;1946936;6;*; ;comp;tRNA;1946943;1947018;126;*;atgi fin;;CDS;1947145;1947345;;0; deb;;CDS;1981934;1983139;139;*; ;;tRNA;1983279;1983368;234;*;agc fin;comp;CDS;1983603;1984061;;0; deb;;CDS;1996083;1997171;243;*; ;comp;tRNA;1997415;1997490;112;*;acg fin;comp;CDS;1997603;1998583;;0; deb;;CDS;2082120;2083970;0;*; ;;regulatory;2083971;2084083;157;*; fin;;CDS;2084241;2085203;;; deb;comp;CDS;2263930;2264781;30;*; ;comp;tRNA;2264812;2264886;111;*;gtg fin;comp;CDS;2264998;2265768;;0; deb;;CDS;2363764;2364786;18;*; ;comp;tRNA;2364805;2364879;140;*;gaa ;comp;tRNA;2365020;2365094;69;*;gaa fin;comp;CDS;2365164;2366240;;; deb;;CDS;2367774;2368247;105;*; ;;tRNA;2368353;2368429;43;*;cca deb;;CDS;2368473;2368778;36;*; ;;tRNA;2368815;2368890;177;*;aga fin;comp;CDS;2369068;2369220;;0; deb;comp;CDS;2401620;2402717;170;*; ;comp;tRNA;2402888;2402963;169;*;aaa fin;;CDS;2403133;2403870;;; deb;;CDS;2419602;2420852;13;*; ;;tRNA;2420866;2420955;277;*;tca fin;;CDS;2421233;2421934;;; deb;comp;CDS;2601493;2601858;287;*; ;comp;tRNA;2602146;2602222;58;*;gac ;comp;tRNA;2602281;2602357;270;*;gac ;;tRNA;2602628;2602703;330;*;gta fin;comp;CDS;2603034;2603312;;; deb;comp;CDS;2608494;2609849;76;*; ;comp;tRNA;2609926;2610009;307;*;cta fin;;CDS;2610317;2610460;;; deb;comp;CDS;2641174;2641824;125;*; ;comp;tRNA;2641950;2642023;72;*;tgc deb;comp;CDS;2642096;2642443;296;*; ;;tRNA;2642740;2642814;269;*;aac fin;;CDS;2643084;2644127;;; deb;comp;CDS;2651145;2652935;239;*; ;;tRNA;2653175;2653259;265;*;tta fin;;CDS;2653525;2653725;;0; deb;comp;CDS;2753154;2753396;24;*; ;comp;tRNA;2753421;2753497;83;*;atgf fin;comp;CDS;2753581;2754180;;; deb;;CDS;2768127;2769224;63;*; ;comp;tRNA;2769288;2769364;173;*;ccg ;;tRNA;2769538;2769612;528;*;caa fin;comp;CDS;2770141;2770566;;0; deb;comp;CDS;2787112;2789121;16;*; ;comp;tRNA;2789138;2789214;265;*;ccc fin;comp;CDS;2789480;2790022;;; deb;;CDS;2927857;2928789;136;*; ;comp;tRNA;2928926;2929010;132;*;ctc ;comp;tRNA;2929143;2929227;175;*;ctc fin;;CDS;2929403;2930164;;; deb;comp;CDS;2971057;2971257;130;*; ;comp;tRNA;2971388;2971463;53;*;tgg fin;comp;CDS;2971517;2972374;;; deb;comp;CDS;2973322;2974497;291;*; ;comp;tRNA;2974789;2974862;24;*;gga ;comp;tRNA;2974887;2974971;259;*;tac fin;;CDS;2975231;2976097;;0; deb;comp;CDS;2979955;2981049;221;*; ;;tRNA;2981271;2981346;55;*;aca fin;comp;CDS;2981402;2981752;;; deb;comp;CDS;3063743;3064045;106;*; ;comp;tRNA;3064152;3064227;147;*;aag fin;comp;CDS;3064375;3064803;;; deb;;CDS;3082739;3084151;84;*; ;;tmRNA;3084236;3084602;54;*; fin;;CDS;3084657;3085265;;; deb;comp;CDS;3194307;3194906;249;*; ;;tRNA;3195156;3195232;173;*;atgj fin;;CDS;3195406;3196356;;0; deb;comp;CDS;3206006;3206455;743;*; ;comp;tRNA;3207199;3207273;50;*;gag fin;comp;CDS;3207324;3207689;;1; deb;;CDS;3243122;3243553;99;*; ;comp;ncRNA;3243653;3243811;80;*; fin;comp;CDS;3243892;3244527;;; deb;comp;CDS;3301324;3301785;705;*; ;comp;ncRNA;3302491;3302881;111;*; fin;comp;CDS;3302993;3303622;;; deb;comp;CDS;3399971;3400144;311;*; ;;tRNA;3400456;3400530;154;*;aac fin;;CDS;3400685;3400924;;; deb;;CDS;3401737;3403497;227;*; ;comp;tRNA;3403725;3403799;208;*;ggc ;comp;tRNA;3404008;3404082;74;*;ggg fin;comp;CDS;3404157;3404834;;; deb;comp;CDS;3404854;3405936;125;*; ;;regulatory;3406062;3406139;56;*; fin;;CDS;3406196;3407389;;; deb;comp;CDS;3597872;3598414;370;*; ;;tRNA;3598785;3598869;151;*;ttg fin;comp;CDS;3599021;3599251;;0; </pre> ===alpha synthèse=== ====alpha distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_génome|alpha distribution par génome]] <pre> alpha8;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total rtb;8;25;;;;0;;;33 rpm;7;30;;;;8;42;5;92 rru;4;36;;;;8;4;3;55 oan;6;41;;;;8;;4;59 abq;20;38;;;;16;10;3;87 abs;20;39;;;;8;10;3;80 agr;5;35;;;;10;2;5;57 aua;10;30;;;;2;13;;55 ;;;;;;;;; total;80;274;0;0;0;60;81;23;518 </pre> ====alpha distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_du_total|alpha distribution du total]] <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;83 atgi;9;tct;;tat;;atgf;7;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;33;acc;0;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;;gcc;;gac;0;ggc; tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;0;taa;;tga; ata;;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;;gca;27;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;0 atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;161;274;0;0;0;0;435;;1-3aas;;;;23;;60;83 </pre> ====alpha distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_distribution_par_type|alpha distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> alpha8;;;;;;;435;;alpha8;;;;;;;274;;alpha8;;;;;;;80;;alpha8;;;;;;;81;;alpha6;;;;;;; atgi;9;tct;0;tat;0;atgf;7;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;23 att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8;;ttc;8;tcc;8;tac;2;tgc;4;;ttc;1;tcc;;tac;8;tgc;4;;ttc;4;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;13;aac;14;agc;8;;atc;;acc;5;aac;5;agc;8;;atc;1;acc;3;aac;7;agc;;;atc;;acc;5;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13;;ctc;9;ccc;8;cac;7;cgt;8;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;4;cgt;5;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22;;gtc;8;gcc;5;gac;1;ggc;11;;gtc;2;gcc;5;gac;10;ggc;7;;gtc;3;gcc;6;gac;6;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;8;tca;8;taa;0;tga;1;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;9;aaa;10;aga;8;;ata;;aca;8;aaa;9;aga;8;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;8;cca;9;caa;8;cga;0;;cta;8;cca;8;caa;6;cga;;;cta;;cca;1;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8;;gta;4;gca;1;gaa;6;gga;;;gta;3;gca;1;gaa;2;gga;8;;gta;;gca;;gaa;4;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;7;tcg;7;tag;0;tgg;10;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6;;atgj;7;acg;8;aag;4;agg;6;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;6;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8;;ctg;6;ccg;3;cag;6;cgg;7;;ctg;4;ccg;1;cag;2;cgg;1;;ctg;5;ccg;6;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7;;gtg;3;gcg;4;gag;5;ggg;6;;gtg;;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;6;gcg;3;gag;4;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;alpha 6;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;;;;1-3aas;;;;23;;; </pre> ====alpha par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha_par_rapport_au_groupe_de_référence|alpha par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;90;14;38;;;;142; 16;moyen;103;15;16;;;60;134; 14;fort;81;51;27;;23;;182; ; ;274;80;81;;23;60;518; 10;g+cga;46;6;27;;;;79; 2;agg+cgg;13;1;;;;;14; 4;carre ccc;30;7;11;;;;48; 5;autres;1;;;;;;1; ;;90;14;38;;;;142; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;174;27;73;;;;274;26 16;moyen;199;29;31;;;116;259;324 14;fort;156;98;52;;44;;351;650 ;;529;154;156;;44;116;518;729 10;g+cga;89;12;52;;;;153;10 2;agg+cgg;25;2;0;;;;27; 4;carre ccc;58;14;21;;;;93;16 5;autres;2;0;0;;;;2; ;;174;27;73;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;207;32;87;326;26;33;18;47 16;moyen;237;34;37;308;324;38;19;20 14;fort;186;117;62;366;650;30;64;33 ;;630;184;186;435;729;274;80;81 10;g+cga;106;14;62;182;10;51;;71 2;agg+cgg;30;2;0;32;;14;; 4;carre ccc;69;16;25;110;16;33;;29 5;autres;2;0;0;2;;1;; ;;207;32;87;326;;90;;38 </pre> ====alpha, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#alpha,_estimation_des_-rRNAs|alpha, estimation des -rRNAs]] <pre> alpha;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 70 génomes total avec rRNA;;;;alpha8;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;sans +16s;;;70;525; ; ;;indices;;;;70;750;0;0;;alpha8;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;435 atgi;;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;;tct;;tat;;atgf;206;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;13;tcc;8;tac;10;tgc;8 atc;189;acc;;aac;;agc;;;atc;270;acc;;aac;;agc;;;atc;1;acc;13;aac;14;agc;8 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;11;ccc;8;cac;11;cgt;13 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;13;gcc;16;gac;17;ggc;22 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;8;tca;8;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;9;aaa;10;aga;8 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;8;cca;9;caa;8;cga; gta;;gca;191;gaa;;gga;;;gta;;gca;273;gaa;;gga;;;gta;7;gca;2;gaa;12;gga;8 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;7;tcg;7;tag;;tgg;10 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;10;acg;8;aag;10;agg;6 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1.4;;ctg;15;ccg;10;cag;10;cgg;8 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;9;gcg;9;gag;9;ggg;7 ;;380;;144;;1;525;;;;543;;206;;1;750;;;;134;;159;;142;435 27.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;30.5.20 Tanger;;;;alpha;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;16935;0.6;0.3;;indices;sans +16s;;;347;16935;0,6;0,3;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;30;;atgi;106;tct;;tat;0.9;atgf;236;;atgi;113;tct;;tat;;atgf;88 att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;0.3;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;1.2;cct;0.3;cat;;cgc;0.3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;0.6;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;109;tcc;101;tac;104;tgc;105;;ttc;163;tcc;100;tac;125;tgc;100 atc;-1;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;269;acc;108;aac;111;agc;101;;atc;13;acc;163;aac;175;agc;100 ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;116;ccc;82;cac;102;cgt;112;;ctc;138;ccc;100;cac;138;cgt;163 gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;105;gcc;97;gac;150;ggc;133;;gtc;163;gcc;200;gac;213;ggc;275 tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;94;tca;102;taa;1.2;tga;10;;tta;100;tca;100;taa;;tga;13 ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;1.7;aca;107;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;113;aaa;125;aga;100 cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;103;cca;104;caa;113;cga;9.2;;cta;100;cca;113;caa;100;cga; gta;105;gca;-2;gaa;141;gga;104;;gta;105;gca;271;gaa;141;gga;104;;gta;88;gca;25;gaa;150;gga;100 ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;91;tcg;89;tag;0.3;tgg;102;;ttg;88;tcg;88;tag;;tgg;125 atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;116;acg;91;aag;80;agg;75;;atgj;125;acg;100;aag;125;agg;75 ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;106;;ctg;90;ccg;71;cag;65;cgg;107;;ctg;188;ccg;125;cag;125;cgg;100 gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;59;gcg;59;gag;54;ggg;70;;gtg;113;gcg;113;gag;113;ggg;88 ;;1421;;1529;;1241;4191;;;;1964;;1735;;1242;4941;;;;1675;;1988;;1775;5438 rapports;;72;;88;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;alpha8;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;13;;fiches;45.571;;;fréquences;;;;;atgi;6;tct;;tat;100;atgf;66 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;3190;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;525;;;10;18;;;;ctt;100;cct;100;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;70;;;20;9;;;;gtt;;gct;;gat;100;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;33;tcc;1;tac;17;tgc;5 atc;0;acc;100;aac;100;agc;100;;alpha8;54.375;;;40;6;;;;atc;108;acc;34;aac;37;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;435;;;50;4;39;;;ctc;16;ccc;18;cac;26;cgt;31 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;205;;;60;4;;;;gtc;35;gcc;52;gac;29;ggc;52 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;8;;;70;1;;;;tta;6;tca;2;taa;100;tga;20 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;5;aaa;15;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par alpha8;;;;90;0;;;;cta;3;cca;8;caa;12;cga;100 gta;100;gca;-1;gaa;100;gga;100;;est 19 % au dessus;;;;100;2;;;;gta;17;gca;107;gaa;6;gga;4 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;2;;;;ttg;4;tcg;2;tag;100;tgg;18 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;70;;100;;;48;;;;atgj;7;acg;9;aag;36;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;99;;atc;189;269;;;;;;;ctg;52;ccg;43;cag;48;cgg;5 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;gca;191;271;;;;;;;gtg;48;gcg;48;gag;52;ggg;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;178;;330;;451;959 </pre> ===cvi=== ====cvi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_opérons|cvi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Chro_viol_ATCC_12472/chroViol-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_005085.1;cvi;genome;;; 65%GC;30.6.19 Paris;16s 8;98;doubles;intercalaires ;Chromobacterium violaceum ATCC 12472;;;; ;421217..422762;;16s;@1;179 ;422942..423018;;atc;;86 ;423105..423180;;gca;;249 ;423430..426324;;23s;;125 ;426450..426564;;5s;; ;;;;; ;502182..503727;;16s;;79 ;503807..503883;;atc;;12 ;503896..503971;;gca;;250 ;504222..507116;;23s;;122 ;507239..507353;;5s;; ;;;;; comp;682034..682118;;ttg;; ;;;;; ;759824..759908;;tac;; ;;;;; comp;878775..878849;;agg;; ;;;;; ;955155..955230;;gcg;; ;;;;; ;975612..975696;;ctc;; ;;;;; ;1006822..1006897;;ttc;+;6 ;1006904..1006979;;ttc;2 ttc; ;;;;; ;1058518..1058611;;agc;;6 ;1058618..1058694;;cgt;;3 ;1058698..1058772;;gaa;; ;;;;; comp;1061741..1061815;;gaa;+;3 comp;1061819..1061895;;cgt;2 gaa;7 comp;1061903..1061977;;gaa;2cgt;5 comp;1061983..1062059;;cgt;; ;;;;; ;1154020..1155565;;16s;;179 ;1155745..1155821;;atc;;86 ;1155908..1155983;;gca;;250 ;1156234..1159128;;23s;;122 ;1159251..1159365;;5s;; ;;;;; comp;1263556..1263645;;tcg;; ;;;;; ;1273710..1273786;;atgf;; ;;;;; ;1377435..1377510;;ggc;+;23 ;1377534..1377609;;ggc;5 ggc;22 ;1377632..1377707;;ggc;;24 ;1377732..1377807;;ggc;;29 ;1377837..1377912;;ggc;;45 ;1377958..1378031;;tgc;; ;;;;; ;1387010..1387094;;tta;; ;;;;; ;1420085..1420161;;gtc;; ;;;;; ;1427771..1427847;;ccc;; ;;;;; comp;1433244..1433319;;aac;+;32 comp;1433352..1433427;;aac;3 aac;31 comp;1433459..1433534;;aac;; ;;;;; ;1646821..1648366;;16s;;179 ;1648546..1648622;;atc;;86 ;1648709..1648784;;gca;;249 ;1649034..1651928;;23s;;122 ;1652051..1652165;;5s;;89 ;1652255..1652369;;5s;; ;;;;; ;1746117..1746207;;tcc;+;53 ;1746261..1746351;;tcc;2 tcc; ;;;;; ;1978844..1978919;;aac;; ;;;;; comp;2094372..2094447;;cac;+;26 comp;2094474..2094549;;cac;3 cac;45 comp;2094595..2094670;;cac;;27 comp;2094698..2094774;;aga;;18 comp;2094793..2094869;;cca;; ;;;;; comp;2511625..2511712;;tca;; ;;;;; comp;2747299..2747375;;gac;;7 comp;2747383..2747458;;gta;; ;;;;; ;2853221..2853305;;cta;; ;;;;; ;3187082..3187157;;aca;; ;;;;; ;3257362..3257437;;gcc;; ;;;;; ;3262246..3262321;;gcc;+;8 ;3262330..3262405;;gaa;2 gcc;11 ;3262417..3262492;;gcc;; ;;;;; comp;3371478..3371592;;5s;;122 comp;3371715..3374609;;23s;;250 comp;3374860..3374935;;gca;;12 comp;3374948..3375024;;atc;;79 comp;3375104..3376649;;16s;; ;;;;; ;3472822..3472897;;gta;+;12 ;3472910..3472986;;gac;5 gta;26 ;3473013..3473088;;gta;6 gac;12 ;3473101..3473177;;gac;1gtg;26 ;3473204..3473279;;gta;;12 ;3473292..3473368;;gac;;26 ;3473395..3473470;;gta;;12 ;3473483..3473559;;gac;;27 ;3473587..3473663;;gtg;;6 ;3473670..3473746;;gac;;27 ;3473774..3473850;;gtg;;6 ;3473857..3473933;;gac;; ;;;;; ;3622292..3622365;;ggg;; ;;;;; comp;3820120..3820234;;5s;;122 comp;3820357..3823251;;23s;;249 comp;3823501..3823576;;gca;;86 comp;3823663..3823739;;atc;;179 comp;3823919..3825464;;16s;; ;;;;; ;3828836..3828922;;ctg;+;51 ;3828974..3829060;;ctg;4 ctg;33 ;3829094..3829180;;ctg;;57 ;3829238..3829324;;ctg;; ;;;;; ;3854547..3854622;;caa;@2;*557 ;3855180..3855255;;acg;;61 ;3855317..3855393;;ccg;+;78 ;3855472..3855548;;ccg;2 ccg; ;;;;; comp;4059834..4059912;;atgi;; ;;;;; comp;4244591..4244705;;5s;;122 comp;4244828..4247722;;23s;;249 comp;4247972..4248047;;gca;;86 comp;4248134..4248210;;atc;;179 comp;4248390..4249935;;16s;; ;;;;; comp;4325718..4325794;;atgf;; ;;;;; comp;4389268..4389342;;caa;; ;;;;; ;4402077..4402153;;cgg;; ;;;;; comp;4434130..4434244;;5s;;122 comp;4434367..4437261;;23s;;249 comp;4437511..4437586;;gca;;86 comp;4437673..4437749;;atc;;179 comp;4437929..4439474;;16s;; ;;;;; ;4474196..4474272;;atg;+;35 ;4474308..4474384;;atg;2 atg; ;;;;; comp;4529616..4529690;;acc;; ;;;;; comp;4532053..4532128;;tgg;; ;;;;; comp;4533370..4533444;;acc;;24 comp;4533469..4533542;;gga;;52 comp;4533595..4533679;;tac;; ;;;;; comp;4586712..4586787;;aaa;+;38 comp;4586826..4586901;;aag;3 aaa;35 comp;4586937..4587012;;aaa;2 aag;28 comp;4587041..4587116;;aag;;37 comp;4587154..4587229;;aaa;; </pre> ====cvi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_cumuls|cvi cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;8;1;0;- ;16 23 5s 0;0;20;16;2 ;16 atc gca;8;40;20; ;16 23 5s a;0;60;6; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0;6 ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;16;140;0; sans ;opérons;37;160;0; ;1 aa;22;180;0; ;max a;12;200;0; ;a doubles;12;;1; ;total aas;82;;45;8 total aas;;98;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;; ;;;variance;; sans jaune;;;moyenne;26;86 ;;;variance;18;0 </pre> ====cvi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_blocs|cvi blocs]] <pre> cvi blocs;;;;;; 16s;179;1546;79;1546;179;1546 atc;86;;12;;86; gca;249;;250;;250; 23s;125;2895;122;2895;122;2895 5s;;115;;115;;115 ;;;;;; ;;;;;; 5s;122;115;122;115;122;115 23s;250;2895;249;2895;249;2895 gca;12;;86;;86; atc;79;;179;;179; 16s;;1546;;1546;;1546 ;;;;;; 16s;179;1546;;5s;122;115 atc;86;;;23s;249;2895 gca;249;;;gca;86; 23s;122;2895;;atc;179; 5s;89;115;;16s;;1546 5s;;115;;;; </pre> ====cvi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_distribution|cvi distribution]] <pre> beta1;;;;;;;82;;beta1;;;;;;;22;;beta1;;;;;;;37;;beta1;;;;;;;23 atgi;1;tct;0;tat;0;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc; atc;0;acc;1;aac;4;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;3;agc; ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;3;cgt; gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;2;gac;7;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;0;tga;0;;tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;0;aca;1;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;3;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;2;cga;0;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;6;gca;0;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;0;tgg;1;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;4;ccg;2;cag;0;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg; gtg;1;gcg;2;gag;0;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;;;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====cvi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_données_intercalaires|cvi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;cvi;fx;fc;cvi;fx40;fc40;cvi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;5;10;0;5;10;-1;0;118;177;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite 0;2;10;62;334;1;7;58;-2;3;0;58;57;447;506;127;;;6;;ttc;51;;ctg 0;3;20;33;245;2;3;44;-3;0;0;858;51;370;450;7* 124;;;**;;ttc;33;;ctg 0;2;30;18;120;3;10;42;-4;22;375;19;110;439;391;5s 5s;;;6;;agc;57;;ctg 0;1;40;19;114;4;6;30;-5;0;0;49;46;439;;89;;;3;;cgt;**;;ctg 2;3;50;43;99;5;2;25;-6;2;0;329;190;437;;16s tRNA;;;**;;gaa;61;;acg 2;3;60;71;107;6;8;13;-7;2;10;19;180;5s CDS;;6* 182;;atc;3;;gaa;78;;ccg 2;2;70;92;154;7;6;18;-8;0;56;91;425;280;137;2* 82;;atc;7;;cgt;**;;ccg 1;1;80;58;138;8;5;13;-9;1;0;155;707;189;154;tRNA 23s;;;5;;gaa;35;;atgj 0;3;90;32;83;9;8;41;-10;0;6;62;136;415;101;3* 254;;gca;**;;cgt;**;;atgj 1;4;100;52;95;10;7;50;-11;4;31;173;211;213;206;5* 253;;gca;23;;ggc;24;;acc 2;1;110;36;81;11;2;42;-12;1;0;120;66;;;tRNA tRNA;;intra;22;;ggc;52;;gga 0;1;120;44;73;12;6;26;-13;2;10;435;225;;;6* 86;;atc gca;24;;ggc;**;;tac 0;3;130;46;81;13;4;35;-14;0;21;101;182;;;2* 12;;atc gca;29;;ggc;38;;aaa 2;1;140;32;60;14;3;25;-15;0;0;183;70;;;;;;45;;ggc;35;;aag 0;0;150;21;50;15;4;21;-16;0;4;182;49;;;;;;**;;tgc;28;;aaa 2;2;160;32;49;16;5;28;-17;3;16;30;205;;;;;;32;;aac;37;;aag 0;2;170;22;50;17;0;19;-18;0;0;204;151;;;;;;31;;aac;**;;aaa 1;3;180;20;43;18;3;17;-19;2;3;98;303;;;;;;**;;aac;;; 2;2;190;28;39;19;5;18;-20;1;12;59;106;;;;;;53;;tcc;;; 0;1;200;38;28;20;1;14;-21;1;0;360;212;;;;;;**;;tcc;;; 1;2;210;24;34;21;1;16;-22;1;1;25;73;;;;;;26;;cac;;; 2;0;220;12;26;22;2;13;-23;1;4;15;651;;;;;;45;;cac;;; 1;1;230;17;25;23;1;7;-24;1;0;93;97;;;;;;27;;cac;;; 0;0;240;23;14;24;3;18;-25;1;2;230;137;;;;;;18;;aga;;; 0;0;250;11;11;25;1;10;-26;0;3;130;265;;;;;;**;;cca;;; 0;0;260;16;13;26;2;13;-27;0;0;46;;;;;;;7;;gac;;; 1;0;270;16;21;27;3;7;-28;1;0;71;;;;;;;**;;gta;;; 0;0;280;17;14;28;2;12;-29;1;2;48;;;;;;;8;;gcc;;; 0;0;290;17;11;29;2;13;-30;0;0;411;;;;;;;11;;gaa;;; 0;0;300;7;15;30;1;11;-31;3;1;163;;;;;;;**;;gcc;;; 1;0;310;12;9;31;1;17;-32;2;0;170;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;320;6;14;32;0;12;-33;0;0;55;;;;;;;26;;gac;;; 0;1;330;2;9;33;5;12;-34;0;0;770;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;340;10;9;34;0;11;-35;2;1;201;;;;;;;26;;gac;;; 0;0;350;6;5;35;1;9;-36;0;0;92;;;;;;;12;;gta;;; 0;1;360;6;5;36;1;11;-37;1;0;747;;;;;;;26;;gac;;; 0;0;370;7;11;37;5;9;-38;0;2;151;;;;;;;12;;gta;;; 0;0;380;4;6;38;1;9;-39;0;0;89;;;;;;;27;;gac;;; 0;0;390;3;7;39;3;10;-40;0;1;6;;;;;;;6;;gta;;; 0;0;400;5;6;40;2;14;-41;2;1;87;;;;;;;27;;gac;;; 3;5;reste;89;94;reste;977;1589;-42;0;0;125;;;;;;;6;;gtg;;; 26;50;total;1114;2412;total;1114;2412;-43;1;0;86;;;;;;;**;;gac;;; 23;45;diagr;1020;2308;diagr;132;813;-44;0;3;179;;;;;;;;;;;; 0;7; t30;113;699;;;;-45;0;0;64;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;10;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;40;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;139;;;;;;;;;;;; ;x;1109;69;5;1183;;;-49;1;0;194;;;;;;;;;;;; ;c;2402;687;10;3099;;;-50;1;0;130;;;;;;;;;;;; ;;;;;4282;205;;reste;6;4;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;4487;;total;69;687;;;;;;;;;;;;; </pre> =====cvi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires_aas|cvi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;cvi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;242272;242931;116;*; ;;regulatory;243048;243195;76;*; fin;;CDS;243272;245170;;; deb;comp;CDS;419401;420717;506;*; ;;rRNA;421224;422759;182;*;16s ;;tRNA;422942;423018;86;*;atc ;;tRNA;423105;423180;253;*;gca ;;rRNA;423434;426322;127;*;23s ;;rRNA;426450;426564;137;*;5s fin;comp;CDS;426702;427856;;; deb;;CDS;500524;501741;447;*; ;;rRNA;502189;503724;82;*;16s ;;tRNA;503807;503883;12;*;atc ;;tRNA;503896;503971;254;*;gca ;;rRNA;504226;507114;124;*;23s ;;rRNA;507239;507353;280;*;5s fin;;CDS;507634;508074;;; deb;comp;CDS;521304;522338;119;*; ;;regulatory;522458;522723;124;*; fin;;CDS;522848;524695;;; deb;;CDS;526333;526644;31;*; ;;ncRNA;526676;526859;12;*; fin;;CDS;526872;527483;;; deb;comp;CDS;578634;581798;106;*; ;;ncRNA;581905;582364;130;*; fin;;CDS;582495;583553;;; deb;comp;CDS;680663;681856;177;*; ;comp;tRNA;682034;682118;58;*;ttg fin;comp;CDS;682177;684003;;1; deb;comp;CDS;758940;759671;152;*; ;;tRNA;759824;759908;57;*;tac fin;comp;CDS;759966;760805;;; deb;comp;CDS;877002;877916;858;*; ;comp;tRNA;878775;878849;19;*;agg fin;comp;CDS;878869;879849;;0; deb;;CDS;952811;955105;49;*; ;;tRNA;955155;955230;329;*;gcg fin;;CDS;955560;956537;;; deb;;CDS;975236;975592;19;*; ;;tRNA;975612;975696;91;*;ctc fin;;CDS;975788;976144;;; deb;comp;CDS;996781;998367;89;*; ;;regulatory;998457;998548;72;*; fin;;CDS;998621;1000021;;; deb;;CDS;1006022;1006666;155;*; ;;tRNA;1006822;1006897;6;*;ttc ;;tRNA;1006904;1006979;51;*;ttc fin;comp;CDS;1007031;1008230;;; deb;;CDS;1057229;1058455;62;*; ;;tRNA;1058518;1058611;6;*;agc ;;tRNA;1058618;1058694;3;*;cgt ;;tRNA;1058698;1058772;110;*;gaa deb;comp;CDS;1058883;1061567;173;*; ;comp;tRNA;1061741;1061815;3;*;gaa ;comp;tRNA;1061819;1061895;7;*;cgt ;comp;tRNA;1061903;1061977;5;*;gaa ;comp;tRNA;1061983;1062059;46;*;cgt fin;;CDS;1062106;1063701;;1; deb;;CDS;1153105;1153656;370;*; ;;rRNA;1154027;1155562;182;*;16s ;;tRNA;1155745;1155821;86;*;atc ;;tRNA;1155908;1155983;254;*;gca ;;rRNA;1156238;1159126;124;*;23s ;;rRNA;1159251;1159365;189;*;5s fin;;CDS;1159555;1160445;;0; deb;;CDS;1262223;1263365;190;*; ;comp;tRNA;1263556;1263645;120;*;tcg fin;comp;CDS;1263766;1264999;;; deb;;CDS;1272648;1273274;435;*; ;;tRNA;1273710;1273786;180;*;atgf fin;comp;CDS;1273967;1274848;;; deb;;CDS;1292860;1293150;191;*; ;;rpr;1293342;1295116;324;*; fin;;CDS;1295441;1297966;;; deb;;CDS;1376752;1377333;101;*; ;;tRNA;1377435;1377510;23;*;ggc ;;tRNA;1377534;1377609;22;*;ggc ;;tRNA;1377632;1377707;24;*;ggc ;;tRNA;1377732;1377807;29;*;ggc ;;tRNA;1377837;1377912;45;*;ggc ;;tRNA;1377958;1378031;425;*;tgc fin;comp;CDS;1378457;1378696;;1; deb;comp;CDS;1385508;1386302;707;*; ;;tRNA;1387010;1387094;183;*;tta fin;;CDS;1387278;1387724;;; deb;comp;CDS;1418833;1419948;136;*; ;;tRNA;1420085;1420161;182;*;gtc fin;;CDS;1420344;1422245;;; deb;;CDS;1427387;1427740;30;*; ;;tRNA;1427771;1427847;204;*;ccc fin;;CDS;1428052;1428429;;; deb;comp;CDS;1432303;1433145;98;*; ;comp;tRNA;1433244;1433319;32;*;aac ;comp;tRNA;1433352;1433427;31;*;aac ;comp;tRNA;1433459;1433534;211;*;aac fin;;CDS;1433746;1434780;;; deb;comp;CDS;1451057;1452388;323;*; ;;rpr;1452712;1454024;105;*; fin;comp;CDS;1454130;1454693;;; deb;;CDS;1458879;1461128;179;*; ;;rpr;1461308;1462500;144;*; fin;;CDS;1462645;1463904;;; deb;;CDS;1644076;1646388;439;*; ;;rRNA;1646828;1648363;182;*;16s ;;tRNA;1648546;1648622;86;*;atc ;;tRNA;1648709;1648784;253;*;gca ;;rRNA;1649038;1651926;124;*;23s ;;rRNA;1652051;1652165;89;*;5s ;;rRNA;1652255;1652369;154;*;5s fin;comp;CDS;1652524;1652721;;0; deb;comp;CDS;1689363;1690409;107;*; ;comp;regulatory;1690517;1690702;42;*; fin;comp;CDS;1690745;1691731;;; deb;;CDS;1744930;1746057;59;*; ;;tRNA;1746117;1746207;53;*;tcc ;;tRNA;1746261;1746351;360;*;tcc fin;;CDS;1746712;1748223;;; deb;;CDS;1786722;1786937;25;*; ;;tRNA;1786963;1787055;15;*;other fin;;CDS;1787071;1788270;;; deb;;CDS;1899096;1900754;223;*; ;;rpr;1900978;1902570;157;*; fin;comp;CDS;1902728;1903315;;; deb;;CDS;1975805;1978750;93;*; ;;tRNA;1978844;1978919;66;*;aac fin;comp;CDS;1978986;1979954;;0; deb;comp;CDS;2093021;2094141;230;*; ;comp;tRNA;2094372;2094447;26;*;cac ;comp;tRNA;2094474;2094549;45;*;cac ;comp;tRNA;2094595;2094670;27;*;cac ;comp;tRNA;2094698;2094774;18;*;aga ;comp;tRNA;2094793;2094869;225;*;cca fin;;CDS;2095095;2095946;;; deb;;CDS;2186305;2186922;69;*; ;;tmRNA;2186992;2187356;205;*; fin;;CDS;2187562;2187735;;; deb;comp;CDS;2192639;2193253;145;*; ;comp;regulatory;2193399;2193497;4;*; ;comp;regulatory;2193502;2193587;65;*; fin;comp;CDS;2193653;2196067;;; deb;;CDS;2337863;2338135;-1;*; ;;ncRNA;2338135;2338209;0;*; fin;;CDS;2338210;2338812;;; deb;comp;CDS;2511015;2511494;130;*; ;comp;tRNA;2511625;2511712;46;*;tca fin;comp;CDS;2511759;2513429;;; deb;comp;CDS;2560167;2560490;264;*; ;comp;ncRNA;2560755;2560853;168;*; fin;;CDS;2561022;2562185;;; deb;comp;CDS;2745389;2747227;71;*; ;comp;tRNA;2747299;2747375;7;*;gac ;comp;tRNA;2747383;2747458;48;*;gta fin;comp;CDS;2747507;2747776;;; deb;comp;CDS;2852349;2853038;182;*; ;;tRNA;2853221;2853305;70;*;cta fin;comp;CDS;2853376;2857686;;; deb;comp;CDS;3186574;3187032;49;*; ;;tRNA;3187082;3187157;411;*;aca fin;;CDS;3187569;3188321;;0; deb;comp;CDS;3256344;3257156;205;*; ;;tRNA;3257362;3257437;151;*;gcc fin;comp;CDS;3257589;3259631;;; deb;comp;CDS;3261178;3261942;303;*; ;;tRNA;3262246;3262321;8;*;gcc ;;tRNA;3262330;3262405;11;*;gaa ;;tRNA;3262417;3262492;106;*;gcc fin;comp;CDS;3262599;3263309;;; deb;comp;CDS;3368966;3371062;415;*; ;comp;rRNA;3371478;3371592;124;*;5s ;comp;rRNA;3371717;3374605;254;*;23s ;comp;tRNA;3374860;3374935;12;*;gca ;comp;tRNA;3374948;3375024;82;*;atc ;comp;rRNA;3375107;3376642;439;*;16s fin;comp;CDS;3377082;3377729;;; deb;comp;CDS;3447322;3448338;50;*; ;comp;regulatory;3448389;3448483;124;*; fin;;CDS;3448608;3450053;;; deb;comp;CDS;3471644;3472609;212;*; ;;tRNA;3472822;3472897;12;*;gta ;;tRNA;3472910;3472986;26;*;gac ;;tRNA;3473013;3473088;12;*;gta ;;tRNA;3473101;3473177;26;*;gac ;;tRNA;3473204;3473279;12;*;gta ;;tRNA;3473292;3473368;26;*;gac ;;tRNA;3473395;3473470;12;*;gta ;;tRNA;3473483;3473559;27;*;gac ;;tRNA;3473587;3473663;6;*;gta ;;tRNA;3473670;3473746;27;*;gac ;;tRNA;3473774;3473850;6;*;gtg ;;tRNA;3473857;3473933;163;*;gac fin;;CDS;3474097;3475629;;; deb;;CDS;3621600;3622121;170;*; ;;tRNA;3622292;3622365;55;*;ggg fin;;CDS;3622421;3624571;;0; deb;comp;CDS;3727029;3728117;40;*; ;comp;regulatory;3728158;3728256;14;*; ;comp;regulatory;3728271;3728361;172;*; fin;comp;CDS;3728534;3729817;;; deb;comp;CDS;3818863;3819906;213;*; ;comp;rRNA;3820120;3820234;124;*;5s ;comp;rRNA;3820359;3823247;253;*;23s ;comp;tRNA;3823501;3823576;86;*;gca ;comp;tRNA;3823663;3823739;182;*;atc ;comp;rRNA;3823922;3825457;437;*;16s deb;comp;CDS;3825895;3828762;73;*; ;;tRNA;3828836;3828922;51;*;ctg ;;tRNA;3828974;3829060;33;*;ctg ;;tRNA;3829094;3829180;57;*;ctg ;;tRNA;3829238;3829324;651;*;ctg fin;comp;CDS;3829976;3831349;;; deb;comp;CDS;3854191;3854409;770;*; ;comp;tRNA;3855180;3855255;61;*;acg ;comp;tRNA;3855317;3855393;78;*;ccg ;comp;tRNA;3855472;3855548;97;*;ccg fin;;CDS;3855646;3856641;;; deb;comp;CDS;4058859;4059632;201;*; ;comp;tRNA;4059834;4059912;92;*;atgi fin;comp;CDS;4060005;4061936;;; deb;;CDS;4244169;4244489;101;*; ;comp;rRNA;4244591;4244705;124;*;5s ;comp;rRNA;4244830;4247718;253;*;23s ;comp;tRNA;4247972;4248047;86;*;gca ;comp;tRNA;4248134;4248210;182;*;atc ;comp;rRNA;4248393;4249928;450;*;16s fin;;CDS;4250379;4251968;;; deb;comp;CDS;4324029;4324970;747;*; ;comp;tRNA;4325718;4325794;151;*;atgf fin;comp;CDS;4325946;4326557;;; deb;comp;CDS;4388195;4389178;89;*; ;comp;tRNA;4389268;4389342;6;*;caa fin;comp;CDS;4389349;4390203;;; deb;comp;CDS;4401196;4401939;137;*; ;;tRNA;4402077;4402153;265;*;cgg fin;comp;CDS;4402419;4404281;;; deb;;CDS;4433423;4433923;206;*; ;comp;rRNA;4434130;4434244;124;*;5s ;comp;rRNA;4434369;4437257;253;*;23s ;comp;tRNA;4437511;4437586;86;*;gca ;comp;tRNA;4437673;4437749;182;*;atc ;comp;rRNA;4437932;4439467;391;*;16s fin;;CDS;4439859;4440494;;0; deb;;CDS;4472951;4474108;87;*; ;;tRNA;4474196;4474272;35;*;atgj ;;tRNA;4474308;4474384;125;*;atgj fin;;CDS;4474510;4474914;;; deb;comp;CDS;4529035;4529529;86;*; ;comp;tRNA;4529616;4529690;179;*;acc fin;comp;CDS;4529870;4530565;;; deb;comp;CDS;4531632;4531988;64;*; ;comp;tRNA;4532053;4532128;10;*;tgg deb;comp;CDS;4532139;4533329;40;*; ;comp;tRNA;4533370;4533444;24;*;acc ;comp;tRNA;4533469;4533542;52;*;gga ;comp;tRNA;4533595;4533679;139;*;tac fin;comp;CDS;4533819;4534070;;; deb;comp;CDS;4549877;4550914;87;*; ;;regulatory;4551002;4551150;131;*; fin;;CDS;4551282;4551914;;; deb;comp;CDS;4586188;4586517;194;*; ;comp;tRNA;4586712;4586787;38;*;aaa ;comp;tRNA;4586826;4586901;35;*;aag ;comp;tRNA;4586937;4587012;28;*;aaa ;comp;tRNA;4587041;4587116;37;*;aag ;comp;tRNA;4587154;4587229;130;*;aaa fin;comp;CDS;4587360;4587695;;0; </pre> ====cvi intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_entre_cds|cvi intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> cvi;4.2.21 Paris;;cvi 25.12.20;;;;;;;;; cvi;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;756;17.7;'''négatif ;-8;11;-1 à -102;'''4 751 080;-1;756;610;2 ;'''zéro;15;0.4;;;;;'''intercals;0;15;620;1 ;'''1 à 200;2842;66.4;'''0 à 200;74;55;;'''452 650;5;227;630;2 ;'''201 à 370;455;10.6;'''201 à 370;266;47;;'''9.5%;10;169;640;1 ;'''371 à 600;147;3.4;'''371 à 600;453;59;;;15;168;650;1 ;'''601 à max;67;1.6;'''601 à 1309;795;172;;;20;110;660;4 ;'''total 4282;<201;84.4;'''total 4281;104;142;-102 à 1309;;25;72;670;4 adresse;intercalx;intercal;<u>'''fréquence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul,t %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;66;680;2 1407250;1977;-1;756;-70;6;;0;15;35;68;690;3 2476400;1309;0;15;-60;1;;-1;°118;40;65;700;5 667844;1253;1;°65;-50;4;;-2;3;45;75;710;2 448587;1220;2;47;-40;9;;-3;0;50;67;720;1 357760;1187;3;°52;-30;12;'''min à -1;-4;°397;55;84;730;5 707510;1165;4;36;-20;32;756;-5;0;60;94;740;2 139762;1148;5;27;-10;103;17.7%;-6;2;65;120;750;1 1309853;1098;6;21;0;604;;-7;12;70;126;760;2 2457295;1068;7;°24;10;396;;-8;°56;75;114;770;1 669869;1004;8;18;20;278;;-9;1;80;82;780;1 2288697;984;9;49;30;138;;-10;6;85;62;790;1 1828489;968;10;°57;40;133;'''1 à 100;-11;°35;90;53;800;4 3613803;905;11;44;50;142;1969;-12;1;95;81;810;1 2465473;902;12;32;60;178;46.0%;-13;12;100;66;820;2 2025387;900;13;°39;70;246;;-14;°21;105;60;830;0 869124;888;14;28;80;196;;-15;0;110;57;840;1 2030614;865;15;25;90;115;;-16;4;115;69;850;0 664864;858;16;°33;100;147;;-17;°19;120;48;860;1 2442265;838;17;19;110;117;;-18;0;125;58;870;1 561508;819;18;20;120;117;;-19;5;130;69;880;0 1345805;811;19;°23;130;127;;-20;°13;135;48;890;1 27453;809;20;15;140;92;;-21;1;140;44;900;1 3009727;799;21;°17;150;71;;-22;2;145;41;910;2 914899;796;22;15;160;81;;-23;°5;150;30;920;0 344593;793;23;8;170;72;'''1 à 200;-24;1;155;46;930;0 1783705;791;24;°21;180;63;2842;-25;3;160;35;940;0 1569417;787;25;11;190;67;66.4%;-26;°3;165;41;950;0 3000804;771;26;°15;200;66;;-27;0;170;31;960;0 34255;767;27;10;210;58;;-28;1;175;37;970;1 136535;759;28;°14;220;38;;-29;°3;180;26;980;0 2126902;751;29;15;230;42;;-30;0;185;39;990;1 1360178;742;30;12;240;37;;-31;4;190;28;1000;0 3310655;736;31;°18;250;22;'''0 à 200;-32;2;195;34;1010;1 2140607;733;32;12;260;29;2857;total;75;200;32;1020;0 ;;33;°17;270;37;;reste;26;205;32;1030;0 ;;34;11;280;31;;total;771;210;26;1040;0 ;;35;10;290;28;;;;215;19;1050;0 ;;36;12;300;22;;intercal;<u>'''frequencef;220;19;1060;0 ;;37;°14;310;21;;600;4215;225;21;1070;1 ;;38;10;320;20;;620;3;230;21;1080;0 ;;39;13;330;11;;640;3;235;17;1090;0 ;;40;°16;340;19;'''201 à 370;660;5;240;20;1100;1 ;;reste;2566;350;11;455;680;6;245;11;1110;0 ;;total;4282;360;11;10.6%;700;8;250;11;1120;0 ;;;;370;18;;720;3;255;9;1130;0 ;;;;380;10;;740;7;260;20;1140;0 ;;;;390;10;;760;3;265;17;1150;1 '''adresses;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;11;;780;2;270;20;1160;0 4014450;-102;comp;;410;11;;800;5;275;15;1170;1 1765439;-97;shift2;1671;420;9;;820;3;280;16;1180;0 1246857;-94;shift2;798;430;12;;840;1;285;17;1190;1 4426186;-80;comp;;440;14;;860;1;290;11;1200;0 3511064;-73;shift2;1;450;9;;880;1;295;14;reste;4 3199809;-71;shift2;494;460;5;;900;2;300;8;total;4282 3580355;-61;comp;;470;6;;920;2;305;14;; 4088183;-59;comp;;480;6;;940;;310;7;; 2599768;-57;comp;;490;5;;960;;315;14;; 1062106;-56;comp;;500;1;;980;1;320;6;; 3542032;-50;comp;;510;10;;1000;1;325;5;; 834886;-49;comp;;520;5;;1020;1;330;6;; 2603937;-44;shift2;;530;4;;1040;;335;13;; 2822032;-44;shift2;;540;2;'''371 à 600;1060;;340;6;; 4104968;-44;shift2;;550;4;147;1080;1;345;6;; 283435;-43;comp;;560;3;3.4%;1100;1;350;5;; 226851;-41;comp;;570;5;;1120;;355;6;; 387678;-41;comp;;580;3;'''601 à max;1140;;360;5;; 1796583;-41;shift2;;590;0;67;1160;1;365;10;; 4120154;-40;shift2;;600;2;1.6%;;61;370;8;; 3951302;-38;shift2;;reste;67;;reste;6;reste;214;; 4595659;-38;shift2;;total;4282;;total;4282;total;4282;; </pre> ====cvi intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> cvi;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;29;-174;154;42;611;200;max70;&-44;372;-1071;112;852;282;min50 31 à 400;;;;;;;;&5.3;22;-332;69;915;-138;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;131;52;-;581;dte;30;tf;&204;67;;649;poly;203;SF 31 à 400;;;;;;;;&149;52;-;808;poly;107;tF corrélations cvi. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400 ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814 cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696 abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+ 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243 </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60 70, '''t30 t70'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.582;;;;; 41-n;0.931;0.858;0.891;;;;;;;;;;;; 1-n;0.696;0.434;0.549;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; cvi;fx;fc;;cvi;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;;cvi;Sx-;Sc- 0;5;10;;0;5;4;;0;5;10;;x;-1;0;118 10;62;334;;10;62;144;;1;7;58;>0;1097;-2;3;0 20;33;245;;20;33;106;;2;3;44;<0;69;-3;0;0 30;18;120;;30;18;52;;3;10;42;zéro;5;-4;22;375 40;17;116;;40;17;50;;4;6;30;total;1171;-5;0;0 50;43;99;;50;43;43;;5;2;25;;c;-6;2;0 60;71;107;;60;70;46;;6;8;13;>0;2414;-7;2;10 70;92;154;;70;91;66;;7;6;18;<0;687;-8;0;56 80;56;140;;80;56;60;;8;5;13;zéro;10;-9;1;0 90;32;83;;90;32;36;;9;8;41;total;3111;-10;0;6 100;52;95;;100;52;41;;10;7;50;;;-11;4;31 110;35;82;;110;35;35;;11;2;42;;;-12;1;0 120;44;73;;120;44;31;;12;6;26;;;-13;2;10 130;43;84;;130;43;36;;13;4;35;;;-14;0;21 140;32;60;;140;32;26;;14;3;25;;;-15;0;0 150;20;51;;150;20;22;;15;4;21;;;-16;0;4 160;32;49;;160;32;21;;16;5;28;;;-17;3;16 170;22;50;;170;22;22;;17;0;19;;;-18;0;0 180;20;43;;180;20;19;;18;3;17;;;-19;2;3 190;28;39;;190;28;17;;19;5;18;;;-20;1;12 200;36;30;;200;36;13;;20;1;14;;;-21;1;0 210;23;35;;210;23;15;;21;1;16;;;-22;1;1 220;12;26;;220;12;11;;22;2;13;;;-23;1;4 230;17;25;;230;17;11;;23;1;7;;;-24;1;0 240;23;14;;240;23;6;;24;3;18;;;-25;1;2 250;11;11;;250;11;5;;25;1;10;;;-26;0;3 260;16;13;;260;16;6;;26;2;13;;;-27;0;0 270;16;21;;270;16;9;;27;3;7;;;-28;1;0 280;17;14;;280;17;6;;28;2;12;;;-29;1;2 290;17;11;;290;17;5;;29;2;13;;;-30;0;0 300;7;15;;300;7;6;;30;1;11;;;-31;3;1 310;12;9;;310;12;4;;31;1;17;;;-32;2;0 320;6;14;;320;6;6;;32;0;12;;;-33;0;0 330;2;9;;330;2;4;;33;4;13;;;-34;0;0 340;10;9;;340;10;4;;34;0;11;;;-35;2;1 350;6;5;;350;6;2;;35;1;9;;;-36;0;0 360;6;5;;360;6;2;;36;1;11;;;-37;1;0 370;7;11;;370;7;5;;37;5;9;;;-38;0;2 380;4;6;;380;4;3;;38;1;9;;;-39;0;0 390;3;7;;390;3;3;;39;3;10;;;-40;0;1 400;5;6;;400;5;3;;40;1;15;;;-41;2;1 reste;89;94;;;;;;reste;967;1599;;;-42;0;0 total;1102;2424;;t30;112;301;;total;1102;2424;;;-43;1;0 diagr;1008;2320;;t70;333;506;;diagr;130;815;;;-44;0;3 - t30;895;1621;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t70;672;1145;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;1;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;6;4 ;;;;;;;;;;;;;total;69;687 </pre> ====cvi intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_négatifs_S-|cvi intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;20;0;2;2;0;1;0;3;0;2;0;0;0;2;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;62;6 continu;118;0;0;377;0;0;10;56;0;6;32;1;10;21;0;4;17;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;2;1;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;694;4 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;cvi;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;22;0;2;2;0;1;0;4;1;2;0;0;0;3;0;2;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;3;2;0;0;2;0;1;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;6;69 ;Sc-;118;0;0;375;0;0;10;56;0;6;31;0;10;21;0;4;16;0;3;12;0;1;4;0;2;3;0;0;2;0;1;0;0;0;1;0;0;2;0;1;1;0;0;3;0;0;0;0;0;0;4;687 </pre> ====cvi autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_autres_intercalaires|cvi autres intercalaires]] <pre> ;cvi;autres intercalaires;;adresses1;;cvi;autres intercalaires;;adresses2;;;cvi;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;242272;116;comp;;deb;°CDS;1427387;30;;;deb;°CDS;3471644;212;comp ;regulatory;243048;76;;;;&tRNA;1427771;204;;;;&tRNA;3472822;12; fin;°CDS;243272;;;;fin;°CDS;1428052;;;;;&tRNA;3472910;26; deb;°CDS;419401;506;comp;;deb;°CDS;1432303;98;comp;;;&tRNA;3473013;12; ;$rRNA;421224;182;;;;&tRNA;1433244;32;comp;;;&tRNA;3473101;26; ;&tRNA;422942;86;;;;&tRNA;1433352;31;comp;;;&tRNA;3473204;12; ;&tRNA;423105;253;;;;&tRNA;1433459;211;comp;;;&tRNA;3473292;26; ;$rRNA;423434;127;;;fin;°CDS;1433746;;;;;&tRNA;3473395;12; ;$rRNA;426450;137;;;deb;°CDS;1451057;323;comp;;;&tRNA;3473483;27; fin;°CDS;426702;;comp;;;repeat_region;1452712;105;;;;&tRNA;3473587;6; deb;°CDS;500524;447;;;fin;°CDS;1454130;;comp;;;&tRNA;3473670;27; ;$rRNA;502189;82;;;deb;°CDS;1458879;179;;;;&tRNA;3473774;6; ;&tRNA;503807;12;;;;repeat_region;1461308;144;;;;&tRNA;3473857;163; ;&tRNA;503896;254;;;fin;°CDS;1462645;;;;fin;°CDS;3474097;; ;$rRNA;504226;124;;;deb;°CDS;1644076;439;;;deb;°CDS;3621600;170; ;$rRNA;507239;280;;;;$rRNA;1646828;182;;;;&tRNA;3622292;55; fin;°CDS;507634;;;;;&tRNA;1648546;86;;;fin;°CDS;3622421;; deb;°CDS;521304;119;comp;;;&tRNA;1648709;253;;;deb;°CDS;3727029;40;comp ;regulatory;522458;124;;;;$rRNA;1649038;124;;;;regulatory;3728158;14;comp fin;°CDS;522848;;;;;$rRNA;1652051;89;;;;regulatory;3728271;172;comp deb;°CDS;526333;31;;;;$rRNA;1652255;154;;;fin;°CDS;3728534;;comp ;ncRNA;526676;12;;;fin;°CDS;1652524;;comp;;deb;°CDS;3818863;213;comp fin;°CDS;526872;;;;deb;°CDS;1689363;107;comp;;;$rRNA;3820120;124;comp deb;°CDS;578634;106;comp;;;regulatory;1690517;42;comp;;;$rRNA;3820359;253;comp ;ncRNA;581905;130;;;fin;°CDS;1690745;;comp;;;&tRNA;3823501;86;comp fin;°CDS;582495;;;;deb;°CDS;1744930;59;;;;&tRNA;3823663;182;comp deb;°CDS;680663;177;comp;;;&tRNA;1746117;53;;;;$rRNA;3823922;437;comp ;&tRNA;682034;58;comp;;;&tRNA;1746261;360;;;deb;°CDS;3825895;73;comp fin;°CDS;682177;;comp;;fin;°CDS;1746712;;;;;&tRNA;3828836;51; deb;°CDS;758940;152;comp;;deb;°CDS;1786722;25;;;;&tRNA;3828974;33; ;&tRNA;759824;57;;;;&tRNA;1786963;15;;;;&tRNA;3829094;57; 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deb;°CDS;1057229;62;;;deb;°CDS;2192639;145;comp;;deb;°CDS;4324029;747;comp ;&tRNA;1058518;6;;;;regulatory;2193399;4;comp;;;&tRNA;4325718;151;comp ;&tRNA;1058618;3;;;;regulatory;2193502;65;comp;;fin;°CDS;4325946;;comp ;&tRNA;1058698;110;;;fin;°CDS;2193653;;comp;;deb;°CDS;4388195;89;comp deb;°CDS;1058883;173;comp;;deb;°CDS;2337863;-1;;;;&tRNA;4389268;6;comp ;&tRNA;1061741;3;comp;;;ncRNA;2338135;0;;;fin;°CDS;4389349;;comp ;&tRNA;1061819;7;comp;;fin;°CDS;2338210;;;;deb;°CDS;4401196;137;comp ;&tRNA;1061903;5;comp;;deb;°CDS;2511015;130;comp;;;&tRNA;4402077;265; ;&tRNA;1061983;46;comp;;;&tRNA;2511625;46;comp;;fin;°CDS;4402419;;comp fin;°CDS;1062106;;;;fin;°CDS;2511759;;comp;;deb;°CDS;4433423;206; deb;°CDS;1153105;370;;;deb;°CDS;2560167;264;comp;;;$rRNA;4434130;124;comp ;$rRNA;1154027;182;;;;ncRNA;2560755;168;comp;;;$rRNA;4434369;253;comp ;&tRNA;1155745;86;;;fin;°CDS;2561022;;;;;&tRNA;4437511;86;comp ;&tRNA;1155908;254;;;deb;°CDS;2745389;71;comp;;;&tRNA;4437673;182;comp ;$rRNA;1156238;124;;;;&tRNA;2747299;7;comp;;;$rRNA;4437932;391;comp ;$rRNA;1159251;189;;;;&tRNA;2747383;48;comp;;fin;°CDS;4439859;; 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;&tRNA;1377958;425;;;;$rRNA;3371478;124;comp;;fin;°CDS;4551282;; fin;°CDS;1378457;;comp;;;$rRNA;3371717;254;comp;;deb;°CDS;4586188;194;comp deb;°CDS;1385508;707;comp;;;&tRNA;3374860;12;comp;;;&tRNA;4586712;38;comp ;&tRNA;1387010;183;;;;&tRNA;3374948;82;comp;;;&tRNA;4586826;35;comp fin;°CDS;1387278;;;;;$rRNA;3375107;439;comp;;;&tRNA;4586937;28;comp deb;°CDS;1418833;136;comp;;fin;°CDS;3377082;;comp;;;&tRNA;4587041;37;comp ;&tRNA;1420085;182;;;deb;°CDS;3447322;50;comp;;;&tRNA;4587154;130;comp fin;°CDS;1420344;;;;;regulatory;3448389;124;comp;;fin;°CDS;4587360;;comp ;;;;;;fin;°CDS;3448608;;;;;;;; </pre> ====cvi intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_tRNA|cvi intercalaires tRNA]] <pre> cvi intercalaires tRNA ;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;177;;58;;19;6;deb; ;;comp’;152;comp’;57;;25;10;<201;22 ;;;858;;19;;30;15;total;27 ;;;49;;329;;40;19;taux;81% ;;;19;;91;;49;46;; ;6;;155;;51;;59;48;fin; ;6 3;;62;comp’;110;;62;51;<201;20 ;3 7 5;;173;comp’;46;;64;55;total;25 ;;comp’;190;;120;;71;58;taux;80% ;;;435;comp’;180;;86;91;; ;;;191;;324;;87;92;total; ;23 22 24 29 45;;101;comp’;425;;89;120;<201;42 ;;comp’;707;;183;;93;125;total;52 ;;comp’;136;;182;;98;130;taux;81% ;;;30;;204;;101;139;; ;32 31;;98;comp’;211;;130;151;; ;53;;59;;360;;155;163;; ;;;25;;15;;170;179;; ;;;93;comp’;66;;173;182;; ;26 45 27 18;;230;comp’;225;;177;183;; ;;;130;;46;;191;204;; ;7;;71;;48;;194;324;; ;;comp’;182;comp’;70;;201;329;; ;;comp’;49;;411;;230;360;; ;;comp’;205;comp’;151;;435;411;; ;8 11;comp’;303;comp’;106;;747;;; ;12 26 12 26 12 26;comp’;212;;163;;858;;comp’;cumuls ;12 27 6 27 6;;;;;;49;46;deb; ;;;170;;55;;73;57;<201;7 ;51 33 57;comp’;73;comp’;651;;136;66;total;12 ;61 78;;770;comp’;97;;137;70;taux;58% ;;;201;;92;;152;97;; ;;;747;;151;;182;106;fin; ;;;89;;6;;190;110;<201;9 ;;comp’;137;comp’;265;;205;151;total;14 ;35;;87;;125;;212;180;taux;64% ;;;86;;179;;303;211;; ;;;64;;10;;707;225;total; ;24 52;;40;;139;;770;265;<201;16 ;38 35 28 37;;194;;130;;-;425;total;26 ;;;;;;;-;651;taux;62% ;;;;;;;;;; continu + comp’;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;29;58;;;;;;; total;39;39;78;;;;;;; taux;74%;74%;74%;;;;;;; </pre> ====cvi par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_par_rapport_au_groupe_de_référence|cvi par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;9;7;2;;;;18; 16;moyen;7;3;11;;;16;37; 14;fort;6;27;10;;;;43; ; ;22;37;23;;;16;98; 10;g+cga;3;5;2;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;2;;;;;6; 5;autres;;;;;;;0; ;;9;7;2;;;;18; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;92;71;20;;;;184;26 16;moyen;71;31;112;;;163;378;324 14;fort;61;276;102;;;;439;650 ; ;224;378;235;;;163;98;729 10;g+cgg;31;51;20;;;;102;10 2;agg+cga;20;;;;;;20; 4;carre ccc;41;20;;;;;61;16 5;autres;;;;;;;0; ;;92;71;20;;;;184; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cvi;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;110;85;24;220;26;41;19;9 16;moyen;85;37;134;256;324;32;8;48 14;fort;73;329;122;524;650;27;73;43 ; ;268;451;280;82;729;22;37;23 10;g+cgg;37;61;24;122;10;;; 2;agg+cga;24;;;24;;;; 4;carre ccc;49;24;;73;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;110;85;24;220;;;; </pre> ====beta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta,_estimation_des_-rRNAs|beta, estimation des -rRNAs]] <pre> 44 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;44;351; ; ;;indices;;;;44;798;0;0;;beta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;82 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;10;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;23;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;159;acc;10;aac;;agc;1;;atc;361;acc;23;aac;;agc;2;;atc;;acc;1;aac;4;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;;gca;159;gaa;;gga;10;;gta;;gca;361;gaa;;gga;23;;gta;6;gca;;gaa;4;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1 ;;329;;22;;0;351;;;;748;;50;;0;798;;;;21;;43;;18;82 11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;beta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;268;15707;5.2;0;;indices;;;;268;15707;5.2;0;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;172;;atgi;99;tct;0.4;tat;;atgf;177;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;200 att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;1.1;act;0.7;aat;0.4;agt;0.4;;att;;act;;aat;;agt; ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;2.2;cct;;cat;;cgc;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;108;tcc;101;tac;84;tgc;142;;ttc;108;tcc;101;tac;107;tgc;142;;ttc;200;tcc;200;tac;200;tgc;100 atc;6;acc;79;aac;184;agc;99;;atc;367;acc;102;aac;184;agc;101;;atc;;acc;100;aac;400;agc;100 ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;143;ccc;100;cac;109;cgt;187;;ctc;100;ccc;100;cac;300;cgt;300 gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;150;gcc;124;gac;246;ggc;224;;gtc;100;gcc;300;gac;700;ggc;500 tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;55;tca;99;taa;;tga;60;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;0.4;aca;114;aaa;121;aga;114;;ata;;aca;100;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;137;caa;123;cga;0;;cta;101;cca;137;caa;123;cga;;;cta;100;cca;100;caa;200;cga; gta;118;gca;12;gaa;202;gga;78;;gta;118;gca;373;gaa;202;gga;101;;gta;600;gca;;gaa;400;gga;100 ttg;102;tcg;111;tag;2.6;tgg;102;;ttg;102;tcg;111;tag;3;tgg;102;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;107;acg;96;aag;103;agg;99;;atgj;200;acg;100;aag;200;agg;100 ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;191;ccg;92;cag;0.7;cgg;107;;ctg;400;ccg;200;cag;;cgg;100 gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;90;gcg;79;gag;0.4;ggg;82;;gtg;100;gcg;200;gag;;ggg;100 ;;1517;;2099;;1440;5057;;;;2265;;2149;;1440;5854;;;;2100;;4300;;1800;8200 rapports;;67;;98;;100;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;beta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;97;;fiches;54.068;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;100;tat;;atgf;14 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2379;;;0/0;1;;;;att;100;act;100;aat;100;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;353;;;10;12;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;44;;;20;4;;;;gtt;100;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;79;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;46;tcc;50;tac;58;tgc;30 atc;2;acc;78;aac;100;agc;98;;beta1;82;;;40;4;;;;atc;100;acc;21;aac;54;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;82;;;50;6;30;;;ctc;30;ccc;0;cac;64;cgt;38 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;16;;;60;7;;;;gtc;33;gcc;59;gac;65;ggc;55 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;3;;;;tta;45;tca;1;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;12;aaa;60;aga;12 cta;100;cca;100;caa;100;cga;;;L’estimation par beta ;;;;90;1;;;;cta;1;cca;27;caa;39;cga; gta;100;gca;3;gaa;100;gga;77;;est 52% en dessous;;;;100;6;;;;gta;80;gca;100;gaa;50;gga;22 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;10;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;47;acg;4;aag;49;agg;1 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;52;ccg;54;cag;100;cgg;7 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;10;gcg;61;gag;100;ggg;18 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;328;;618;;335;1281 </pre> ====cvi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_remarques|cvi remarques]] *code génétique cvi <pre> cvi;;;;;98;;99 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;1 atc;8;acc;2;aac;4;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;3;cgt;3 gtc;1;gcc;3;gac;7;ggc;5 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga; gta;5;gca;8;gaa;4;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;4;ccg;2;cag;;cgg;1 gtg;2;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ===ade=== ====ade opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_opérons|ade opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Anae_deha_2CP_C/anaeDeha_2CP_C-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_011891.1;ade;genome;;; 75%GC;30.6.19 Paris;16s 2;49;doubles;intercalaires ;Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C;;;; ;8147..8220;;caa;; ;;;;; ;21040..21112;;ttc;; ;;;;; comp;433303..433378;;ggg;; ;;;;; comp;666509..666585;;gac;;6 comp;666592..666666;;gta;; ;;;;; comp;693146..693229;;ctg;; ;;;;; ;851483..851555;;atg;; ;;;;; comp;1057311..1057386;;gcg;; ;;;;; comp;1306222..1306295;;ccc;; ;;;;; ;1442379..1442450;;tgc;; ;;;;; ;1495545..1497102;;16s;@1;187 ;1497290..1497367;;atc;;22 ;1497390..1497465;;gca;;194 ;1497660..1500648;;23s;;152 ;1500801..1500917;;5s;; ;;;;; ;1509186..1509259;;cag;;60 ;1509320..1509394;;gag;; ;;;;; ;1691085..1691160;;gcc;; ;;;;; ;819377..1819453;;atg;; ;;;;; ;2235670..2235741;;gtc;; ;;;;; comp;2314981..2315079;;tga;; ;;;;; comp;2337031..2337104;;atg;; ;;;;; ;2376009..2376080;;gtg;; ;;;;; comp;2429718..2429790;;acg;; ;;;;; comp;2623942..2624017;;tgg;; ;;;;; comp;2625463..2625535;;acc;;22 comp;2625558..2625633;;gga;;63 comp;2625697..2625779;;tac;;46 comp;2625826..2625898;;aca;; ;;;;; ;2653452..2653535;;ttg;; ;;;;; ;2680790..2680871;;ctc;; ;;;;; comp;2747806..2747879;;agg;; ;;;;; ;3029047..3029122;;aac;; ;;;;; comp;3076236..3076352;;5s;;152 comp;3076505..3079493;;23s;;194 comp;3079688..3079763;;gca;;22 comp;3079786..3079863;;atc;;187 comp;3080051..3081608;;16s;; ;;;;; comp;3144286..3144357;;aaa;; ;;;;; ;3156732..3156804;;gaa;; ;;;;; ;3253990..3254063;;cgg;; ;;;;; comp;3793996..3794069;;ccg;; ;;;;; ;3806164..3806249;;tta;; ;;;;; comp;3915708..3915789;;cta;; ;;;;; comp;3920245..3920317;;aag;@2;*248 comp;3920566..3920639;;aga;;*140 comp;3920780..3920854;;cac;;18 comp;3920873..3920946;;cga;;*134 comp;3921081..3921154;;cca;; ;;;;; comp;4121675..4121749;;ggc;; ;;;;; comp;4195371..4195460;;tcc;;*278 comp;4195739..4195829;;tcg;; ;;;;; ;4456675..4456764;;tca;;27 ;4456792..4456883;;agc;;73 ;4456957..4457033;;cgt;; </pre> ====ade cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_cumuls|ade cumuls]] <pre> cvi cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;2;1;0; ;16 23 5s 0;0;20;2; ;16 atc gca;2;40;2;2 ;16 23 5s a;0;60;2; ;max a;2;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;4;140;2; sans ;opérons;33;160;0; ;1 aa;27;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;0;;2; ;total aas;45;;12;2 total aas;;49;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;93; ;;;variance;90; sans jaune;;;moyenne;39;22 ;;;variance;24;0 </pre> ====ade blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_blocs|ade blocs]] <pre> ade blocs;;;;; 16s;187;1558;5s;152;117 atc;22;;23s;194;2989 gca;194;;gca;22; 23s;152;2989;atc;187; 5s;;117;16s;;1558 </pre> ====ade distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_distribution|ade distribution]] <pre> delta1;;;;;;;49;;delta1;;;;;;;27;;delta1;;;;;;;18 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;1;tac;1;tgc; atc;2;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;1;;tta;;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;1;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;18;27;;;;4;49;;;;*;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====ade données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_données_intercalaires|ade données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ade;fx;fc;ade;fx40;fc40;ade;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 0;0;0;12;17;0;12;17;-1;0;70;91;220;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 0;2;10;102;373;1;10;35;-2;3;0;44;157;691;;2* 152;;;6;;gac 0;2;20;105;250;2;5;63;-3;0;0;158;333;590;;16s tRNA;;;**;;gta 0;0;30;65;128;3;18;55;-4;33;537;119;68;5s CDS;;2* 187;;atc;60;;cag 2;2;40;33;124;4;14;25;-5;0;0;79;105;167;75;tRNA 23s;;;**;;gag 0;2;50;21;94;5;7;19;-6;2;0;456;130;;;2* 194;;gca;22;;acc 0;3;60;52;104;6;10;24;-7;1;6;157;96;;;tRNA tRNA;;intra;63;;gga 2;2;70;49;129;7;9;26;-8;5;20;53;38;;;2* 22;;atc gca;46;;tac 0;4;80;59;106;8;8;37;-9;0;0;36;222;;;;;;**;;aca 0;1;90;49;98;9;14;51;-10;1;2;350;190;;;;;;248;;aag 2;4;100;43;84;10;7;38;-11;4;17;105;111;;;;;;142;;aga 2;4;110;49;75;11;4;32;-12;1;0;14;124;;;;;;18;;cac 1;3;120;44;84;12;13;41;-13;3;7;111;110;;;;;;134;;cga 3;1;130;49;67;13;10;39;-14;4;12;3;94;;;;;;**;;cca 0;0;140;47;62;14;7;28;-15;1;0;9;161;;;;;;278;;tcc 0;0;150;37;53;15;14;26;-16;1;3;110;193;;;;;;**;;tcg 1;2;160;30;37;16;13;23;-17;7;4;53;226;;;;;;27;;tca 1;0;170;28;47;17;7;16;-18;0;0;38;127;;;;;;73;;agc 0;1;180;33;41;18;16;19;-19;0;2;77;63;;;;;;**;;cgt 1;1;190;31;50;19;15;14;-20;1;3;92;34;;;;;;;; 1;0;200;34;21;20;6;12;-21;0;0;406;246;;;;;;;; 0;0;210;30;27;21;7;12;-22;0;2;53;715;;;;;;;; 1;0;220;28;20;22;8;17;-23;2;6;437;;;;;;;;; 2;1;230;27;18;23;11;13;-24;0;0;62;;;;;;;;; 0;0;240;17;17;24;10;8;-25;1;0;15;;;;;;;;; 1;0;250;27;12;25;4;14;-26;1;5;65;;;;;;;;; 0;0;260;28;19;26;8;14;-27;0;0;105;;;;;;;;; 0;0;270;15;15;27;7;9;-28;1;0;100;;;;;;;;; 0;0;280;17;10;28;7;20;-29;2;2;91;;;;;;;;; 0;0;290;11;9;29;2;7;-30;0;0;106;;;;;;;;; 0;0;300;11;9;30;1;14;-31;0;0;184;;;;;;;;; 0;1;310;10;11;31;2;13;-32;2;1;230;;;;;;;;; 0;0;320;8;10;32;1;14;-33;0;0;306;;;;;;;;; 0;0;330;10;5;33;7;15;-34;2;2;78;;;;;;;;; 1;0;340;3;8;34;7;19;-35;1;1;694;;;;;;;;; 0;1;350;6;3;35;2;11;-36;0;0;130;;;;;;;;; 0;0;360;10;7;36;4;9;-37;1;1;386;;;;;;;;; 0;0;370;5;1;37;2;15;-38;1;0;111;;;;;;;;; 0;0;380;5;4;38;1;8;-39;0;0;81;;;;;;;;; 0;1;390;2;3;39;2;6;-40;1;0;179;;;;;;;;; 0;0;400;3;3;40;5;14;-41;2;0;76;;;;;;;;; 1;5;reste;69;80;reste;997;1443;-42;0;0;50;;;;;;;;; 22;43;total;1314;2335;total;1314;2335;-43;0;0;492;;;;;;;;; 21;38;diagr;1233;2238;diagr;305;875;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;4; t30;272;751;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;2;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;1302;103;12;1417;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;2318;712;17;3047;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;4464;105;;reste;15;9;;;;;;;;;; ;;;;;;4569;;total;103;712;;;;;;;;;; </pre> =====ade autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires_aas|ade autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ade;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;7060;8055;91;*; ;;tRNA;8147;8220;44;*;caa fin;;CDS;8265;8786;;; deb;;CDS;20441;20881;158;*; ;;tRNA;21040;21112;220;*;ttc fin;comp;CDS;21333;22034;;; deb;comp;CDS;432722;433183;119;*; ;comp;tRNA;433303;433378;79;*;ggg fin;comp;CDS;433458;435416;;0; deb;comp;CDS;664814;666052;456;*; ;comp;tRNA;666509;666585;6;*;gac ;comp;tRNA;666592;666666;157;*;gta fin;;CDS;666824;669520;;0; deb;comp;CDS;691951;692988;157;*; ;comp;tRNA;693146;693229;333;*;ctg fin;;CDS;693563;694450;;0; deb;;CDS;849021;851429;53;*; ;;tRNA;851483;851555;36;*;atgi fin;;CDS;851592;852335;;; deb;;CDS;883315;883644;64;*; ;;rpr;883709;886604;98;*; fin;comp;CDS;886703;887395;;; deb;comp;CDS;887392;888668;77;*; ;;rpr;888746;892491;95;*; fin;;CDS;892587;893286;;; deb;;CDS;1055941;1057242;68;*; ;comp;tRNA;1057311;1057386;105;*;gcg fin;;CDS;1057492;1059753;;; deb;comp;CDS;1305647;1305871;350;*; ;comp;tRNA;1306222;1306295;105;*;ccc fin;comp;CDS;1306401;1306958;;; deb;comp;CDS;1311419;1312015;33;*; ;comp;ncRNA;1312049;1312239;302;*; fin;;CDS;1312542;1313453;;0; deb;;CDS;1441648;1442364;14;*; ;;tRNA;1442379;1442450;111;*;tgc fin;;CDS;1442562;1443500;;0; deb;;CDS;1492304;1494853;691;*; ;;rRNA;1495545;1497102;187;*;16s ;;tRNA;1497290;1497367;22;*;atc ;;tRNA;1497390;1497465;194;*;gca ;;rRNA;1497660;1500648;152;*;23s ;;rRNA;1500801;1500917;75;*;5s fin;comp;CDS;1500993;1501436;;0; deb;;CDS;1508769;1509182;3;*; ;;tRNA;1509186;1509259;60;*;cag ;;tRNA;1509320;1509394;130;*;gag fin;comp;CDS;1509525;1511858;;; deb;;CDS;1690794;1691075;9;*; ;;tRNA;1691085;1691157;96;*;gcc fin;comp;CDS;1691254;1691583;;0; deb;;CDS;1818424;1819266;110;*; ;;tRNA;1819377;1819453;53;*;atgf fin;;CDS;1819507;1820262;;; deb;;CDS;1968293;1969147;141;*; ;;regulatory;1969289;1969371;108;*; fin;;CDS;1969480;1970796;;; deb;;CDS;2235017;2235631;38;*; ;;tRNA;2235670;2235741;77;*;gtc fin;;CDS;2235819;2237771;;; deb;;CDS;2313926;2314942;38;*; ;comp;tRNA;2314981;2315079;92;*;tga fin;comp;CDS;2315172;2317013;;; deb;comp;CDS;2335260;2336624;406;*; ;comp;tRNA;2337031;2337104;222;*;atgj fin;;CDS;2337327;2339093;;; deb;;CDS;2375620;2375955;53;*; ;;tRNA;2376009;2376080;437;*;gtg fin;;CDS;2376518;2377108;;; deb;;CDS;2429105;2429527;190;*; ;comp;tRNA;2429718;2429790;111;*;acg fin;;CDS;2429902;2430240;;0; deb;comp;CDS;2623487;2623879;62;*; ;comp;tRNA;2623942;2624017;15;*;tgg fin;comp;CDS;2624033;2624191;;; deb;comp;CDS;2624207;2625397;65;*; ;comp;tRNA;2625463;2625535;22;*;acc ;comp;tRNA;2625558;2625633;63;*;gga ;comp;tRNA;2625697;2625779;46;*;tac ;comp;tRNA;2625826;2625898;105;*;aca fin;comp;CDS;2626004;2626774;;; deb;comp;CDS;2652965;2653327;124;*; ;;tRNA;2653452;2653535;100;*;ttg fin;;CDS;2653636;2654361;;0; deb;;CDS;2680375;2680698;91;*; ;;tRNA;2680790;2680871;110;*;ctc fin;comp;CDS;2680982;2681350;;; deb;;CDS;2747439;2747711;94;*; ;comp;tRNA;2747806;2747879;106;*;agg fin;comp;CDS;2747986;2748264;;0; deb;comp;CDS;3027884;3028885;161;*; ;;tRNA;3029047;3029122;184;*;aac fin;;CDS;3029307;3029750;;; deb;comp;CDS;3075187;3076068;167;*; ;comp;rRNA;3076236;3076352;152;*;5s ;comp;rRNA;3076505;3079493;194;*;23s ;comp;tRNA;3079688;3079763;22;*;gca ;comp;tRNA;3079786;3079863;187;*;atc ;comp;rRNA;3080051;3081608;590;*;16s fin;comp;CDS;3082199;3082876;;; deb;comp;CDS;3143759;3144055;230;*; ;comp;tRNA;3144286;3144357;306;*;aaa fin;comp;CDS;3144664;3145676;;; deb;;CDS;3155946;3156653;78;*; ;;tRNA;3156732;3156804;694;*;gaa fin;;CDS;3157499;3158125;;; deb;comp;CDS;3253083;3253796;193;*; ;;tRNA;3253990;3254063;130;*;cgg fin;;CDS;3254194;3254382;;; deb;;CDS;3372825;3372986;107;*; ;;tmRNA;3373094;3373444;219;*; fin;;CDS;3373664;3374548;;; deb;;CDS;3793550;3793769;226;*; ;comp;tRNA;3793996;3794069;386;*;ccg fin;comp;CDS;3794456;3795775;;; deb;;CDS;3805030;3806052;111;*; ;;tRNA;3806164;3806249;127;*;tta fin;comp;CDS;3806377;3806679;;0; deb;comp;CDS;3914337;3915626;81;*; ;comp;tRNA;3915708;3915789;63;*;cta fin;;CDS;3915853;3916260;;1; deb;comp;CDS;3919322;3920065;179;*; ;comp;tRNA;3920245;3920317;248;*;aag ;comp;tRNA;3920566;3920639;142;*;aga ;comp;tRNA;3920782;3920854;18;*;cac ;comp;tRNA;3920873;3920946;134;*;cga ;comp;tRNA;3921081;3921154;76;*;cca fin;comp;CDS;3921231;3921950;;; deb;;CDS;4031625;4031963;149;*; ;;regulatory;4032113;4032269;67;*; fin;;CDS;4032337;4034331;;; deb;;CDS;4120462;4121640;34;*; ;comp;tRNA;4121675;4121749;246;*;ggc fin;;CDS;4121996;4123084;;0; deb;;CDS;4164508;4166256;430;*; ;comp;ncRNA;4166687;4167096;43;*; fin;comp;CDS;4167140;4167832;;0; deb;comp;CDS;4193348;4195153;55;*; ;comp;ncRNA;4195209;4195302;68;*; ;comp;tRNA;4195371;4195460;278;*;tcc ;comp;tRNA;4195739;4195829;50;*;tcg fin;comp;CDS;4195880;4196344;;0; deb;comp;CDS;4454313;4455959;715;*; ;;tRNA;4456675;4456764;27;*;tca ;;tRNA;4456792;4456883;73;*;agc ;;tRNA;4456957;4457033;492;*;cgt fin;;CDS;4457526;4459313;;; </pre> ====ade intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_entre_cds|ade intercalaires entre cds]] *'''Intercalaires entre cds, Tableau''' <pre> ade;4.2.21 Paris;;ade 16.7.20;;;;;;;;; ade;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5;intercal;<u>'''frequencez ;'''négatif;815;18.3;'''négatif ;-8;15;-1 à -116;'''5 029 329;-1;815;610;5 ;'''zéro;29;0.6;;;;;'''intercals;0;29;620;3 ;'''1 à 200;2987;66.9;'''0 à 200;70;57;;'''42 8947;5;251;630;2 ;'''201 à 370;464;10.4;'''201 à 370;260;44;;'''8.5%;10;224;640;0 ;'''371 à 600;124;2.8;'''371 à 600;469;63;;;15;214;650;3 ;'''601 à max;45;1.0;'''601 à 1160;771;157;;;20;141;660;1 ;'''total 4464;<201;85.8;'''total 4461;93;127;-116 à 1160;;25;104;670;0 adresse;intercal;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;89;680;1 4491815;1915;-1;815;-70;14;;0;29;35;91;690;1 3576176;1774;0;29;-60;8;;-1;°70;40;66;700;1 4068576;1388;1;45;-50;2;;-2;3;45;58;710;1 3337295;1160;2;68;-40;7;;-3;0;50;57;720;2 3373664;1119;3;°73;-30;12;'''min à -1;-4;°570;55;74;730;1 2044486;1080;4;39;-20;26;815;-5;0;60;82;740;2 4163005;1080;5;26;-10;69;18.3%;-6;2;65;92;750;2 1981544;1014;6;°34;0;706;;-7;7;70;86;760;0 427780;984;7;35;10;475;;-8;°25;75;87;770;0 540538;963;8;45;20;355;;-9;0;80;78;780;0 1223737;917;9;°65;30;193;;-10;3;85;70;790;1 1005799;900;10;45;40;157;'''1 à 100;-11;°21;90;77;800;1 4943119;860;11;36;50;115;2068;-12;1;95;66;810;1 4581242;849;12;°54;60;156;46.3%;-13;10;100;61;820;1 104609;834;13;49;70;178;;-14;°16;105;69;830;1 4846209;821;14;35;80;165;;-15;1;110;55;840;1 1084460;817;15;°40;90;147;;-16;4;115;65;850;1 2814006;807;16;36;100;127;;-17;°11;120;63;860;1 2386981;793;17;23;110;124;;-18;0;125;60;870;0 3422997;788;18;°35;120;128;;-19;2;130;56;880;0 494107;749;19;29;130;116;;-20;°4;135;64;890;0 3820597;741;20;18;140;109;;-21;0;140;45;900;1 4073584;732;21;19;150;90;;-22;2;145;50;910;0 1445527;731;22;°25;160;67;;-23;°8;150;40;920;1 3757399;730;23;24;170;75;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;0 4117240;719;24;18;180;74;2987;-25;1;160;31;940;0 3533685;715;25;18;190;81;67%;-26;°6;165;34;950;0 3631148;704;26;°22;200;55;;-27;0;170;41;960;0 2060112;697;27;16;210;57;;-28;1;175;36;970;1 1026522;689;28;°27;220;48;;-29;°4;180;38;980;0 4180297;676;29;9;230;45;;-30;0;185;40;990;1 3200409;660;30;15;240;34;;-31;0;190;41;1000;0 1266186;649;31;15;250;39;;-32;°3;195;29;1010;0 4553826;643;32;15;260;47;;total;66;200;26;1020;1 4101937;641;33;22;270;30;'''0 à 200;reste;40;205;27;1030;0 ;;34;°26;280;27;3016;;844;210;30;1040;0 ;;35;13;290;20;;;;215;26;1050;0 ;;36;13;300;20;;intercal;<u>'''frequencef;220;22;1060;0 ;;37;17;310;21;;600;4419;225;28;1070;0 ;;38;9;320;18;;620;8;230;17;1080;2 ;;39;8;330;15;;640;2;235;13;1090;0 ;;40;°19;340;11;'''201 à 370;660;4;240;21;1100;0 ;;reste;2440;350;9;464;680;1;245;18;1110;0 ;;total;4464;360;17;10.4%;700;2;250;21;1120;1 ;;;;370;6;;720;3;255;23;1130;0 adresse;intercaln;décalage;long;380;9;;740;3;260;24;1140;0 3295433;-116;comp;;390;5;;760;2;265;17;1150;0 4579158;-110;comp;;400;6;;780;;270;13;1160;1 1556750;-109;shift2;738;410;10;;800;2;275;16;1170;0 4555636;-109;comp;;420;4;;820;2;280;11;1180;0 4916430;-107;comp;;430;2;;840;2;285;13;1190;0 3210093;-106;shift2;1146;440;11;;860;2;290;7;1200;0 3997874;-104;comp;;450;5;;880;;295;10;reste;3 2946107;-101;comp;;460;8;;900;1;300;10;total;4464 3213081;-100;shift2;279;470;8;;920;1;305;10;; 1033174;-98;comp;;480;6;;940;;310;11;; 4178347;-86;comp;;490;4;;960;;315;13;; 1150010;-82;comp;;500;4;;980;1;320;5;; 526736;-79;comp;;510;8;;1000;1;325;9;; 1558055;-74;comp;;520;4;;1020;1;330;6;; 178866;-68;shift2;797;530;4;;1040;;335;6;; 4625265;-68;shift2;869;540;7;'''371 à 600;1060;;340;5;; 1268795;-67;;;550;3;124;1080;2;345;6;; 1590849;-67;;;560;6;2.8%;1100;;350;3;; 1222168;-65;;;570;3;;1120;1;355;11;; 3832496;-65;;;580;1;'''601 à max;1140;;360;6;; 23880;-61;;;590;3;45;1160;1;365;5;; 157893;-61;;;600;3;1.0%;;42;370;1;; 4881610;-59;;;reste;45;;reste;3;;169;; 3182922;-55;;;total;4464;;total;4464;;4464;; </pre> ====ade intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ade;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-20;145;-446;69;782;242;min50;&-61;489;-1310;125;843;267;min50 31 à 400;32;-228;356;20;874;238;2 parties;&2.5;38;-356;69;957;-507;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;144;54;-;743;dte;39;Sf;&218;70;-;610;poly;232;SF 31 à 400;112;46;-;807;poly;67;tm;&149;51;-;854;poly;103;tF ;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;; ade. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.459;;;ade;Sx-;Sc- 41-n;0.867;0.624;0.758;;;;;;;;;;-1;0;70 1-n;0.903;0.879;0.897;;;;;;;;;;-2;3;0 ade;fx;fc;;ade;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;12;17;;0;10;8;;0;12;17;>0;1298;-4;33;537 10;102;373;;10;83;166;;1;10;35;<0;102;-5;0;0 20;104;251;;20;85;112;;2;5;63;zéro;12;-6;2;0 30;65;128;;30;53;57;;3;18;55;total;1412;-7;1;6 40;33;124;;40;27;55;;4;14;25;;c;-8;5;20 50;22;93;;50;18;41;;5;7;19;>0;2322;-9;0;0 60;52;104;;60;42;46;;6;10;24;<0;713;-10;1;2 70;49;129;;70;40;58;;7;9;26;zéro;17;-11;4;17 80;59;106;;80;48;47;;8;8;37;total;3052;-12;1;0 90;48;99;;90;39;44;;9;14;51;;;-13;3;7 100;43;84;;100;35;37;;10;7;38;;;-14;4;12 110;48;76;;110;39;34;;11;4;32;;;-15;1;0 120;44;84;;120;36;37;;12;12;42;;;-16;1;3 130;49;67;;130;40;30;;13;10;39;;;-17;7;4 140;46;63;;140;37;28;;14;7;28;;;-18;0;0 150;37;53;;150;30;24;;15;14;26;;;-19;0;2 160;30;37;;160;24;17;;16;13;23;;;-20;1;3 170;28;47;;170;23;21;;17;7;16;;;-21;0;0 180;33;41;;180;27;18;;18;16;19;;;-22;0;2 190;31;50;;190;25;22;;19;15;14;;;-23;2;6 200;33;22;;200;27;10;;20;6;12;;;-24;0;0 210;30;27;;210;24;12;;21;7;12;;;-25;1;0 220;28;20;;220;23;9;;22;8;17;;;-26;0;6 230;27;18;;230;22;8;;23;11;13;;;-27;0;0 240;17;17;;240;14;8;;24;10;8;;;-28;1;0 250;27;12;;250;22;5;;25;4;14;;;-29;2;2 260;28;19;;260;23;8;;26;8;14;;;-30;0;0 270;15;15;;270;12;7;;27;7;9;;;-31;0;0 280;17;10;;280;14;4;;28;7;20;;;-32;2;1 290;11;9;;290;9;4;;29;2;7;;;-33;0;0 300;11;9;;300;9;4;;30;1;14;;;-34;2;2 310;10;11;;310;8;5;;31;2;13;;;-35;1;1 320;8;10;;320;7;4;;32;1;14;;;-36;0;0 330;10;5;;330;8;2;;33;7;15;;;-37;1;1 340;3;8;;340;2;4;;34;7;19;;;-38;1;0 350;6;3;;350;5;1;;35;2;11;;;-39;0;0 360;10;7;;360;8;3;;36;4;9;;;-40;1;0 370;5;1;;370;4;0;;37;2;15;;;-41;2;0 380;5;4;;380;4;2;;38;1;8;;;-42;0;0 390;2;3;;390;2;1;;39;2;6;;;-43;0;0 400;3;3;;400;2;1;;40;5;14;;;-44;0;0 reste;69;80;;;;;;;994;1446;;;-45;0;0 total;1310;2339;;t30;221;335;;;1310;2339;;;-46;2;0 diagr;1229;2242;;t50;265;432;;;304;876;;;-47;1;0 - t30;958;1490;;;;;;;;;;;-48;0;0 - t50;903;1273;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;15;9 ;;;;;;;;;;;;;total;102;713 </pre> ====ade intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_négatifs_S-|ade intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;;; comp’;0;3;0;30;0;2;1;4;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;8;97;14 continu;70;0;0;540;0;0;6;21;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;4;718;10 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ade;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;33;0;2;1;5;0;1;4;1;3;4;1;1;7;0;0;1;0;0;2;0;1;0;0;1;2;0;0;2;0;2;1;0;1;1;0;1;2;0;0;0;0;2;1;0;1;0;15;102 ;Sc-;70;0;0;537;0;0;6;20;0;2;17;0;7;12;0;3;4;0;2;3;0;2;6;0;0;6;0;0;2;0;0;1;0;2;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;9;713 </pre> ====ade autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_autres_intercalaires|ade autres intercalaires]] <pre> deb;°CDS;7060;91;;;deb;°CDS;1818424;110;;;deb;°CDS;3143759;230;comp ;&tRNA;8147;44;;;;&tRNA;1819377;53;;;;&tRNA;3144286;306;comp fin;°CDS;8265;;;;fin;°CDS;1819507;;;;fin;°CDS;3144664;;comp deb;°CDS;20441;158;;;deb;°CDS;1968293;141;;;deb;°CDS;3155946;78; ;&tRNA;21040;220;;;;regulatory;1969289;108;;;;&tRNA;3156732;694; fin;°CDS;21333;;comp;;fin;°CDS;1969480;;;;fin;°CDS;3157499;; deb;°CDS;432722;119;comp;;deb;°CDS;2235017;38;;;deb;°CDS;3253083;193;comp ;&tRNA;433303;79;comp;;;&tRNA;2235670;77;;;;&tRNA;3253990;130; fin;°CDS;433458;;comp;;fin;°CDS;2235819;;;;fin;°CDS;3254194;; deb;°CDS;664814;456;comp;;deb;°CDS;2313926;38;;;deb;°CDS;3372825;107; ;&tRNA;666509;6;comp;;;&tRNA;2314981;92;comp;;;tmRNA;3373094;219; ;&tRNA;666592;157;comp;;fin;°CDS;2315172;;comp;;fin;°CDS;3373664;; fin;°CDS;666824;;;;deb;°CDS;2335260;406;comp;;deb;°CDS;3793550;226; deb;°CDS;691951;157;comp;;;&tRNA;2337031;222;comp;;;&tRNA;3793996;386;comp ;&tRNA;693146;333;comp;;fin;°CDS;2337327;;;;fin;°CDS;3794456;;comp fin;°CDS;693563;;;;deb;°CDS;2375620;53;;;deb;°CDS;3805030;111; deb;°CDS;849021;53;;;;&tRNA;2376009;437;;;;&tRNA;3806164;127; ;&tRNA;851483;36;;;fin;°CDS;2376518;;;;fin;°CDS;3806377;;comp fin;°CDS;851592;;;;deb;°CDS;2429105;190;;;deb;°CDS;3914337;81;comp deb;°CDS;883315;64;;;;&tRNA;2429718;111;comp;;;&tRNA;3915708;63;comp ;repeat_region;883709;98;;;fin;°CDS;2429902;;;;fin;°CDS;3915853;; fin;°CDS;886703;;comp;;deb;°CDS;2623487;62;comp;;deb;°CDS;3919322;179;comp deb;°CDS;887392;77;comp;;;&tRNA;2623942;15;comp;;;&tRNA;3920245;248;comp ;repeat_region;888746;95;;;fin;°CDS;2624033;;comp;;;&tRNA;3920566;142;comp fin;°CDS;892587;;;;deb;°CDS;2624207;65;comp;;;&tRNA;3920782;18;comp deb;°CDS;1055941;68;;;;&tRNA;2625463;22;comp;;;&tRNA;3920873;134;comp ;&tRNA;1057311;105;comp;;;&tRNA;2625558;63;comp;;;&tRNA;3921081;76;comp fin;°CDS;1057492;;;;;&tRNA;2625697;46;comp;;fin;°CDS;3921231;;comp deb;°CDS;1305647;350;comp;;;&tRNA;2625826;105;comp;;deb;°CDS;4031625;149; ;&tRNA;1306222;105;comp;;fin;°CDS;2626004;;comp;;;regulatory;4032113;67; fin;°CDS;1306401;;comp;;deb;°CDS;2652965;124;comp;;fin;°CDS;4032337;; deb;°CDS;1311419;33;comp;;;&tRNA;2653452;100;;;deb;°CDS;4120462;34; ;ncRNA;1312049;302;comp;;fin;°CDS;2653636;;;;;&tRNA;4121675;246;comp fin;°CDS;1312542;;;;deb;°CDS;2680375;91;;;fin;°CDS;4121996;; deb;°CDS;1441648;14;;;;&tRNA;2680790;110;;;deb;°CDS;4164508;430; ;&tRNA;1442379;111;;;fin;°CDS;2680982;;comp;;;ncRNA;4166687;43;comp fin;°CDS;1442562;;;;deb;°CDS;2747439;94;;;fin;°CDS;4167140;;comp deb;°CDS;1492304;691;;;;&tRNA;2747806;106;comp;;deb;°CDS;4193348;55;comp ;$rRNA;1495545;187;;;fin;°CDS;2747986;;comp;;;ncRNA;4195209;68;comp ;&tRNA;1497290;22;;;deb;°CDS;3027884;161;comp;;;&tRNA;4195371;278;comp ;&tRNA;1497390;194;;;;&tRNA;3029047;184;;;;&tRNA;4195739;50;comp ;$rRNA;1497660;152;;;fin;°CDS;3029307;;;;fin;°CDS;4195880;;comp ;$rRNA;1500801;75;;;deb;°CDS;3075187;167;comp;;deb;°CDS;4454313;715;comp fin;°CDS;1500993;;comp;;;$rRNA;3076236;152;comp;;;&tRNA;4456675;27; deb;°CDS;1508769;3;;;;$rRNA;3076505;194;comp;;;&tRNA;4456792;73; ;&tRNA;1509186;60;;;;&tRNA;3079688;22;comp;;;&tRNA;4456957;492; ;&tRNA;1509320;130;;;;&tRNA;3079786;187;comp;;fin;°CDS;4457526;; fin;°CDS;1509525;;comp;;;$rRNA;3080051;590;comp;;;;;; deb;°CDS;1690794;9;;;fin;°CDS;3082199;;comp;;;;;; ;&tRNA;1691085;96;;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;1691254;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====ade intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_tRNA|ade intercalaires tRNA]] <pre> ade intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;91;;44;;3;15;deb; ;;;158;comp’;220;;9;36;<201;20 ;;;119;;79;;14;43;total;25 ;6;;456;comp’;156;;38;44;taux;80% ;;;157;comp’;353;;38;50;; ;;;53;;36;;53;53;fin; ;;comp’;68;comp’;105;;53;76;<201;16 ;;;350;;105;;62;77;total;22 ;;;14;;111;;65;79;taux;73% ;60;;3;comp’;130;;78;100;; ;;;9;comp’;96;;81;105;total; ;;;110;;53;;91;105;<201;36 ;;;38;;77;;91;106;total;47 ;;;38;comp’;92;;107;111;taux;77% ;;;406;comp’;222;;110;130;; ;;;53;;437;;111;184;; ;;comp’;190;comp’;111;;119;219;; ;;;62;;15;;157;306;; ;22 63 46;;65;;105;;158;386;; ;;comp’;124;;100;;179;437;; ;;;91;comp’;110;;230;492;; ;;comp’;94;;106;;350;694;; ;;comp’;161;;184;;406;-;; ;;;230;;306;;430;-;; ;;;78;;694;;456;-;comp’;cumuls ;;comp’;193;;130;;34;63;deb; ;;;107;;219;;68;92;<201;7 ;;comp’;226;;386;;94;96;total;9 ;;;111;comp’;127;;124;105;taux;78% ;;;81;comp’;63;;161;110;fin; ;248 142 18 134;;179;;76;;190;111;<201;9 ;;comp’;34;comp’;246;;193;127;total;13 ;;;430;;43;;226;130;taux;69% ;278;;;;50;;715;156;; ;27 73;comp’;715;;492;;-;220;total; ;;;;;;;-;222;<201;16 ;;;;;;;-;246;total;22 ;;;;;;;-;353;taux;73% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;29;25;54;;;;;;; total;34;35;69;;;;;;; taux;85%;71%;78%;;;;;;; </pre> ====ade par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_par_rapport_au_groupe_de_référence|ade par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ade;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;12;5;;;;;17; 16;moyen;9;6;;;;4;19; 14;fort;6;7;;;;;13; ; ;27;18;;;;4;49; 10;g+cga;5;5;;;;;10; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;1;;;;;;1; ;;12;5;;;;;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;245;102;;;;;347;26 16;moyen;184;122;;;;82;388;324 14;fort;122;143;;;;;265;650 ; ;551;367;;;;82;49;729 10;g+cgg;102;102;;;;;204;10 2;agg+cga;41;;;;;;41; 4;carre ccc;82;;;;;;82;16 5;autres;20;;;;;;20; ;;245;102;;;;;347; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;ade;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;267;111;;378;26;44;28; 16;moyen;200;133;;333;324;33;33; 14;fort;133;156;;289;650;22;39; ; ;600;400;;45;729;27;18; 10;g+cgg;111;111;;222;10;42;; 2;agg+cga;44;;;44;;17;; 4;carre ccc;89;;;89;16;33;; 5;autres;22;;;22;;8;; ;;267;111;;378;;12;; </pre> ====delta, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta,_estimation_des_-rRNAs|delta, estimation des -rRNAs]] <pre> delta;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 19 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;19;90; ; ;;indices;;;;19;474;0;0;;delta1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;à faire;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;45;acc;;aac;;agc;;;atc;237;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;44;gaa;;gga;;;gta;;gca;232;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;14;;14;;17;45 11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;delta;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;65;3550;1.4;0;;indices;;;;65;3550;1.4;0;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;97;tct;;tat;;atgf;144;;atgi;97;tct;;tat;;atgf;149;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;1.5;cct;;cat;;cgc;9.0;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;122;tcc;109;tac;118;tgc;108;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;6;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;243;acc;118;aac;122;agc;105;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;129;ccc;106;cac;111;cgt;134;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100 gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;131;gac;165;ggc;175;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;108;tca;108;taa;;tga;86;;tta;108;tca;108;taa;3.1;tga;86;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;0.0;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;102;aaa;118;aga;106;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;108;cca;105;caa;111;cga;65;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;115;gca;2;gaa;180;gga;105;;gta;115;gca;234;gaa;180;gga;105;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;126;tcg;106;tag;1.5;tgg;111;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;112;acg;98;aag;85;agg;100;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;122;ccg;98;cag;88;cgg;92;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;83;gcg;78;gag;40;ggg;94;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1558;;1816;;1581;4954;;;;2026;;1821;;1581;5428;;;;1400;;1400;;1700;4500 rapports;;77;;100;;100;91;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;delta1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;96;;fiches;57.737;;;fréquences;;;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;30 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1097;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;89;;;10;22;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;19;;;20;12;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;5;;;;ttc;18;tcc;8;tac;15;tgc;7 atc;3;acc;100;aac;100;agc;100;;delta1;45;;;40;3;;;;atc;100;acc;15;aac;18;agc;5 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;45;;;50;2;;;;ctc;22;ccc;6;cac;10;cgt;25 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;4;;;60;1;;;;gtc;0;gcc;24;gac;39;ggc;43 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;0;;;;tta;7;tca;7;taa;;tga;14 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;2;aaa;15;aga;6 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par delta;;;;90;0;;;;cta;7;cca;5;caa;10;cga;35 gta;100;gca;1;gaa;100;gga;100;;est 22% en dessous;;;;100;3;;;;gta;13;gca;100;gaa;44;gga;5 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;6;tag;;tgg;10 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;11;acg;2;aag;15;agg;0 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;18;ccg;2;cag;12;cgg;8 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;17;gcg;22;gag;60;ggg;6 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;136;;284;;250;670 </pre> ====ade remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_remarques|ade remarques]] *code génétique ade <pre> ade;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ==epsilon== ===Arcobacter nitrofigilis DSM 7299=== ====ant opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_opérons|ant opérons]] *notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Arco_nitr_DSM_7299/arcoNitr_DSM7299-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_014166.1;ant;génome;;;;;;;;;; 28.4%GC;12.1.21 Paris;16s 4;55;;;;;;;cds dirigé;; Arcobacter nitrofigilis DSM 7299;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;167574..168434;;cds;;66;66;;;287;66;4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase;* ;168501..168577;;cga;@1;447;*447;;;;;; ;169025..169261;;cds;;;;;;79;;DNA-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;237275..237622;;cds;;305;305;;;116;*305;nucleotide pyrophosphohydrolase;* ;237928..239444;;16s;;111;;;111;;;; ;239556..239632;;atc;;19;;19;;;;; ;239652..239727;;gca;;301;;;301;;;; ;240029..242945;;23s;;202;;;;;;; ;243148..243263;;5s;;354;354;;;;;; comp;243618..244301;;cds;;;;;;228;;bifunctional phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP diphosphatase HisIE;* ;;;;;;;;;;;; comp;302333..303160;;cds;;155;155;;;276;;AraC family transcriptional regulator;* ;303316..303393;;cca;;10;;10;;;;; ;303404..303480;;cac;;16;;16;;;;; ;303497..303573;;aga;;61;;61;;;;; ;303635..303719;;cta;;96;;96;;;;; ;303816..303892;;atgf;;70;70;;;;70;; ;303963..304103;;cds;;;;;;47;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;316375..317343;;cds;;110;110;;;323;;glycine betaine/L-proline ABC transporter substrate-binding protein ProX";* ;317454..317530;;atgf;;109;109;;;;109;; ;317640..318416;;cds;;;;;;259;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; ;373519..375741;;cds;;120;120;;;*741;;PAS domain-containing protein;* ;375862..375937;;ttc;;5;;5;;;;; ;375943..376027;;tac;;65;65;;;;65;; ;376093..376725;;cds;;;;;;211;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;597419..598486;;cds;;47;47;;;356;47;class II fructose-bisphosphate aldolase;* ;598534..598618;;ttg;;208;208;;;;;; ;598827..600107;;cds;;;;;;427;;tyrosine-type recombinase/integrase;* ;;;;;;;;;;;; comp;751446..752990;;cds;@2;73;73;;;515;;cache domain-containing protein;* comp;753064..753140;;gac;+;16;;16;;;;; comp;753157..753232;;gta;2 gac gta gaa;3;;3;;;;; comp;753236..753310;;gaa;2 aaa;31;;31;;;;; comp;753342..753417;;aaa;;8;;8;;;;; comp;753426..753502;;gac;;22;;22;;;;; comp;753525..753600;;gta;;3;;3;;;;; comp;753604..753678;;gaa;;42;;42;;;;; comp;753721..753796;;aaa;;40;40;;;;40;; comp;753837..754343;;cds;;;;;;169;;CinA family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;833388..833978;;cds;;142;142;;;197;;LemA family protein;* comp;834121..834204;;ctc;;93;93;;;;93;; comp;834298..836409;;cds;;;;;;*704;;methyl-accepting chemotaxis protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1445917..1449822;;cds;;93;93;;;*1302;93;hemolysin-type calcium-binding region;* ;1449916..1449991;;gaa;;270;270;;;;;; ;1450262..1450510;;cds;;;;;;83;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;1615201..1615542;;cds;;29;29;;;114;29;hp; ;1615572..1615647;;gtc;;99;99;;;;;; ;1615747..1616595;;cds;;;;;;283;;universal stress protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1703617..1703835;;cds;;1;1;;;73;1;hp; comp;1703837..1703913;;atgf;;12;;12;;;;; comp;1703926..1704000;;caa;;117;117;;;;;; ;1704118..1705149;;cds;;;;;;344;;bifunctional 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase/GTP cyclohydrolase II;* ;;;;;;;;;;;; comp;2221719..2222525;;cds;+;242;242;;;269;;hp; comp;2222768..2222842;;aac;2 aac;33;;33;;;;; comp;2222876..2222950;;aac;;72;72;;;;72;; comp;2223023..2223931;;cds;@3;;;;;303;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2282678..2283442;;cds;;349;349;;;255;;oxidoreductase;* comp;2283792..2283880;;tcc;;81;;81;;;;; comp;2283962..2284038;;gga;;39;;39;;;;; comp;2284078..2284154;;atgi;;15;;15;;;;; comp;2284170..2284259;;agc;;102;102;;;;102;; comp;2284362..2285048;;cds;;;;;;229;;orotidine-5'-phosphate decarboxylase;* ;;;;;;;;;;;; ;2323802..2324866;;cds;@4;12;12;;;355;12;methyltransferase domain-containing protein;* comp;2324879..2324954;;acc;;167;;;167;;;; comp;2325122..2325237;;5s;;202;;;;;;; comp;2325440..2328356;;23s;;300;;;300;;;; comp;2328657..2328732;;gca;;19;;19;;;;; comp;2328752..2328828;;atc;;111;;;111;;;; comp;2328940..2330456;;16s;;378;378;;;;;; comp;2330835..2331530;;cds;;;;;;232;;5'-methylthioadenosine/adenosylhomocysteine nucleosidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2581821..2582840;;cds;;192;192;;;340;;UDP-glucose 4-epimerase GalE;* comp;2583033..2583108;;tgc;;45;;45;;;;; comp;2583154..2583242;;tca;;16;;16;;;;; comp;2583259..2583345;;tta;;143;143;;;;*143;; ;2583489..2585177;;cds;;;;;;563;;dihydroxy-acid dehydratase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637277..2637459;;cds;;81;81;;;61;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2637541..2637616;;tgg;;31;31;;;;31;; comp;2637648..2637815;;cds;;;;;;56;;50S ribosomal protein L33;* ;;;;;;;;;;;; comp;2637824..2639032;;cds;;240;240;;;403;;elongation factor Tu;* comp;2639273..2639349;;gga;;8;;8;;;;; comp;2639358..2639442;;tac;;69;;69;;;;; comp;2639512..2639588;;aca;;21;;21;;;;; comp;2639610..2639685;;ttc;;41;41;;;;41;; comp;2639727..2640881;;cds;;;;;;385;;UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine—D-glutamate ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;2656033..2656263;;cds;;231;231;;;77;*231;transcriptional antiterminator Rof;* comp;2656495..2656610;;5s;;223;;;;;;; comp;2656834..2659750;;23s;;301;;;301;;;; comp;2660052..2660127;;gca;;19;;19;;;;; comp;2660147..2660223;;atc;;111;;;111;;;; comp;2660335..2661851;;16s;;292;292;;;;;; comp;2662144..2662782;;cds;;;;;;213;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;2693436..2695451;;cds;;95;95;;;*672;;dynamin family protein;* ;2695547..2695621;;caa;;16;;16;;;;; ;2695638..2695724;;tta;;7;;7;;;;; ;2695732..2695808;;gga;;14;;14;;;;; ;2695823..2695898;;aaa;;16;;16;;;;; ;2695915..2695991;;atgf;;14;;14;;;;; ;2696006..2696082;;atgj;;12;;12;;;;; ;2696095..2696171;;aca;;30;;30;;;;; ;2696202..2696290;;tca;;90;90;;;;90;; ;2696381..2696893;;cds;;;;;;171;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;3082950..3083174;;cds;;143;143;;;75;*143;CcoQ/FixQ family Cbb3-type cytochrome c oxidase assembly chaperone;* comp;3083318..3083393;;acc;;173;;;173;;;; comp;3083567..3083682;;5s;;202;;;;;;; comp;3083885..3086801;;23s;;273;;;273;;;; comp;3087075..3087150;;gca;;19;;19;;;;; comp;3087170..3087246;;atc;;111;;;111;;;; comp;3087358..3088874;;16s;;462;*462;;;;;; ;3089337..3090032;;cds;;;;;;232;;Bax inhibitor-1/YccA family protein;* </pre> ====ant cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_cumuls|ant cumuls]] *Notes: * pour les jaunes <pre> ant cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;4;1;0;;1;1;1;1;100;8 ;16 23 5s 0;;20;21;;50;6;20;1;200;5 ;16 atc gca;4;40;6;;100;11;40;3;300;12 ;16 23 5s a;;60;2;;150;8;60;2;400;7 ;max a;3;80;2;;200;2;80;4;500;2 ;a doubles;;100;2;;250;4;100;3;600;2 ;autres;;120;;4;300;2;120;2;700;*1 ;total aas;10;140;;0;350;2;140;0;800;*2 sans ;opérons;16;160;;0;400;2;160;*2;900;0 ;1 aa;7;180;;2;450;*1;180;0;1000;0 ;max a;8;200;;0;500;*1;200;0;1100;0 ;a doubles;2;;;4;;0;;*2;;*1 ;total aas;45;;33;10;;40;;20;;40 total aas;;55;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;25;196;;155;;89;;301 ;;;variance;22;88;;121;;73;;240 sans jaune;;;moyenne;;;;139;;60;;239 ;;;variance;;;;102;;33;;132 </pre> ====ant blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_blocs|ant blocs]] <pre> Blocs 16s ant;;;;;;;; cds;143;12;;cds;231;;cds;305 acc;173;167;;5s;223;;16s;111 5s;202;202;;23s;301;;atc;19 23s;273;300;;gca;19;;gca;301 gca;19;19;;atc;111;;23s;202 atc;111;111;;16s;292;;5s;354 16s;462;378;;cds;;;cds; cds;;;;;;;; </pre> ====ant remarques==== ====ant distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_distribution|ant distribution]] *Notes: atgf gaa ont chacun un 1aa le reste >1aa. aac est un double. <pre> distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;38;7;;2;;8;55 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;ant;;;;;; atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;4;acc;2;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;4;gaa;3;gga;3 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;24;;28;;3;;55 </pre> ====ant données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_données_intercalaires|ant données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ant;fx;fc;ant;fx40;fc40;ant;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;9;56;0;9;56;-1;0;164;66;155;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;81;480;1;11;109;-2;0;0;447;1;305;462;3* 202;;;10;;cca 1;0;20;51;231;2;15;55;-3;0;0;70;117;378;;223;;;16;;cac ;1;30;35;74;3;3;56;-4;42;219;110;12;292;;16s tRNA;;;61;;aga ;2;40;17;53;4;7;24;-5;0;2;109;143;5s CDS;;4* 111;;atc;96;;cta ;2;50;16;62;5;11;22;-6;7;0;120;143;;354;tRNA 23s;;;**;;atgf ;0;60;18;73;6;8;18;-7;0;12;65;;;231;2* 301;;gca;5;;ttc ;3;70;19;83;7;7;14;-8;6;97;47;;;;300;;gca;**;;tac ;2;80;20;83;8;4;46;-9;3;0;208;;;;273;;gca;16;;gac ;2;90;35;77;9;6;88;-10;1;7;73;;;;5s tRNA;;;3;;gta ;4;100;24;54;10;9;48;-11;3;46;40;;;;167;;acc;31;;gaa ;3;110;32;40;11;5;43;-12;4;0;142;;;;173;;acc;8;;aaa 1;1;120;26;50;12;7;45;-13;0;9;93;;;;tRNA tRNA;;intra;22;;gac ;0;130;28;34;13;7;32;-14;3;32;93;;;;4* 19;;atc gca;3;;gta ;0;140;26;31;14;7;15;-15;3;0;270;;;;;;;42;;gaa 2;1;150;19;29;15;2;19;-16;1;0;29;;;;;;;**;;aaa 1;0;160;32;21;16;2;19;-17;2;24;99;;;;;;;12;;atgf ;0;170;9;11;17;3;12;-18;0;0;242;;;;;;;**;;caa ;0;180;8;22;18;4;22;-19;0;2;72;;;;;;;33;;aac ;0;190;19;11;19;10;16;-20;1;19;349;;;;;;;**;;aac ;1;200;11;15;20;4;8;-21;1;0;102;;;;;;;81;;tcc ;1;210;11;9;21;6;16;-22;0;0;192;;;;;;;39;;gga ;0;220;9;9;22;4;7;-23;0;9;81;;;;;;;15;;atgi ;0;230;3;10;23;5;6;-24;1;0;31;;;;;;;**;;agc ;1;240;6;10;24;2;4;-25;0;2;240;;;;;;;45;;tgc ;1;250;5;4;25;4;4;-26;1;5;41;;;;;;;16;;tca ;0;260;8;5;26;2;10;-27;2;0;95;;;;;;;**;;tta ;1;270;7;2;27;3;5;-28;0;0;90;;;;;;;8;;gga ;0;280;2;7;28;2;4;-29;1;7;;;;;;;;69;;tac ;0;290;3;2;29;4;12;-30;0;0;;;;;;;;21;;aca ;0;300;9;3;30;3;6;-31;0;1;;;;;;;;**;;ttc ;0;310;4;1;31;3;8;-32;1;5;;;;;;;;16;;caa ;0;320;1;2;32;1;1;-33;0;0;;;;;;;;7;;tta ;0;330;3;4;33;2;8;-34;0;0;;;;;;;;14;;gga ;0;340;0;4;34;1;5;-35;1;2;;;;;;;;16;;aaa ;1;350;1;1;35;2;5;-36;0;0;;;;;;;;14;;atgf ;0;360;0;3;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;12;;atgj ;0;370;1;1;37;1;6;-38;2;2;;;;;;;;30;;aca ;0;380;1;0;38;2;4;-39;0;0;;;;;;;;**;;tca ;0;390;1;3;39;2;7;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;1;1;40;2;4;-41;1;0;;;;;;;;;; ;1;reste;22;29;reste;440;806;-42;0;0;;;;;;;;;; 6;28;total;633;1700;total;633;1700;-43;1;0;;;;;;;;;; 6;27;diagr;602;1615;diagr;184;838;-44;0;0;;;;;;;;;; 2;1; t30;167;785;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;624;90;9;723;;;-49;1;0;;;;;;;;;; ;c;1644;672;56;2372;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;3095;95;;reste;1;6;;;;;;;;;; ;;;;;;3190;;total;90;672;;;;;;;;;; </pre> =====ant autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires_aas|ant autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ant;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;167574;168434;66;*; ;;tRNA;168501;168577;447;*;cga fin;;CDS;169025;169261;;; deb;;CDS;237275;237622;305;*; ;;rRNA;237928;239444;111;*;16s ;;tRNA;239556;239632;19;*;atc ;;tRNA;239652;239727;301;*;gca ;;rRNA;240029;242945;202;*;23s ;;rRNA;243148;243263;354;*;5s fin;comp;CDS;243618;244301;;; deb;comp;CDS;302333;303160;155;*; ;;tRNA;303316;303393;10;*;cca ;;tRNA;303404;303480;16;*;cac ;;tRNA;303497;303573;61;*;aga ;;tRNA;303635;303719;96;*;cta ;;tRNA;303816;303892;70;*;atgf fin;;CDS;303963;304103;;0; deb;;CDS;316375;317343;110;*; ;;tRNA;317454;317530;109;*;atgf fin;;CDS;317640;318416;;; deb;comp;CDS;373519;375741;120;*; ;comp;tRNA;375862;375937;5;*;ttc ;comp;tRNA;375943;376027;65;*;tac fin;comp;CDS;376093;376725;;; deb;;CDS;597419;598486;47;*; ;;tRNA;598534;598618;208;*;ttg fin;;CDS;598827;600107;;; deb;comp;CDS;751446;752990;73;*; ;comp;tRNA;753064;753140;16;*;gac ;comp;tRNA;753157;753232;3;*;gta ;comp;tRNA;753236;753310;31;*;gaa ;comp;tRNA;753342;753417;8;*;aaa ;comp;tRNA;753426;753502;22;*;gac ;comp;tRNA;753525;753600;3;*;gta ;comp;tRNA;753604;753678;42;*;gaa ;comp;tRNA;753721;753796;40;*;aaa fin;comp;CDS;753837;754343;;; deb;comp;CDS;833388;833978;142;*; ;comp;tRNA;834121;834204;93;*;ctc fin;comp;CDS;834298;836409;;0; deb;;CDS;1445917;1449822;93;*; ;;tRNA;1449916;1449991;270;*;gaa fin;;CDS;1450262;1450510;;; deb;;CDS;1615201;1615542;29;*; ;;tRNA;1615572;1615647;99;*;gtc fin;;CDS;1615747;1616595;;; deb;;CDS;1703617;1703835;1;*; ;comp;tRNA;1703837;1703913;12;*;atgf ;comp;tRNA;1703926;1704000;117;*;caa fin;;CDS;1704118;1705149;;0; deb;;CDS;1907982;1908272;-5;*; ;comp;ncRNA;1908268;1908590;28;*; fin;comp;CDS;1908619;1909146;;0; deb;comp;CDS;2221719;2222525;242;*; ;comp;tRNA;2222768;2222842;33;*;aac ;comp;tRNA;2222876;2222950;72;*;aac fin;comp;CDS;2223023;2223931;;; deb;comp;CDS;2282678;2283442;349;*; ;comp;tRNA;2283792;2283880;81;*;tcc ;comp;tRNA;2283962;2284038;39;*;gga ;comp;tRNA;2284078;2284154;15;*;atgi ;comp;tRNA;2284170;2284259;102;*;agc fin;comp;CDS;2284362;2285048;;; deb;;CDS;2323802;2324866;12;*; ;comp;tRNA;2324879;2324954;167;*;acc ;comp;rRNA;2325122;2325237;202;*;5s ;comp;rRNA;2325440;2328356;300;*;23s ;comp;tRNA;2328657;2328732;19;*;gca ;comp;tRNA;2328752;2328828;111;*;atc ;comp;rRNA;2328940;2330456;378;*;16s fin;comp;CDS;2330835;2331530;;; deb;comp;CDS;2425110;2427044;353;*; ;;tmRNA;2427398;2427792;181;*; fin;;CDS;2427974;2428249;;; deb;comp;CDS;2581821;2582840;192;*; ;comp;tRNA;2583033;2583108;45;*;tgc ;comp;tRNA;2583154;2583242;16;*;tca ;comp;tRNA;2583259;2583345;143;*;tta fin;;CDS;2583489;2585177;;; deb;comp;CDS;2637277;2637459;81;*; ;comp;tRNA;2637541;2637616;31;*;tgg fin;comp;CDS;2637648;2637815;;; deb;comp;CDS;2637824;2639032;240;*; ;comp;tRNA;2639273;2639349;8;*;gga ;comp;tRNA;2639358;2639442;69;*;tac ;comp;tRNA;2639512;2639588;21;*;aca ;comp;tRNA;2639610;2639685;41;*;ttc fin;comp;CDS;2639727;2640881;;; deb;;CDS;2656033;2656263;231;*; ;comp;rRNA;2656495;2656610;223;*;5s ;comp;rRNA;2656834;2659750;301;*;23s ;comp;tRNA;2660052;2660127;19;*;gca ;comp;tRNA;2660147;2660223;111;*;atc ;comp;rRNA;2660335;2661851;292;*;16s fin;comp;CDS;2662144;2662782;;; deb;;CDS;2693436;2695451;95;*; ;;tRNA;2695547;2695621;16;*;caa ;;tRNA;2695638;2695724;7;*;tta ;;tRNA;2695732;2695808;14;*;gga ;;tRNA;2695823;2695898;16;*;aaa ;;tRNA;2695915;2695991;14;*;atgf ;;tRNA;2696006;2696082;12;*;atgj ;;tRNA;2696095;2696171;30;*;aca ;;tRNA;2696202;2696290;90;*;tca fin;;CDS;2696381;2696893;;; deb;comp;CDS;2739487;2740119;88;*; ;comp;regulatory;2740208;2740350;48;*; fin;comp;CDS;2740399;2740944;;; deb;;CDS;2825449;2825763;163;*; ;;rpr;2825927;2827069;233;*; fin;;CDS;2827303;2828151;;; deb;;CDS;3082950;3083174;143;*; ;comp;tRNA;3083318;3083393;173;*;acc ;comp;rRNA;3083567;3083682;202;*;5s ;comp;rRNA;3083885;3086801;273;*;23s ;comp;tRNA;3087075;3087150;19;*;gca ;comp;tRNA;3087170;3087246;111;*;atc ;comp;rRNA;3087358;3088874;462;*;16s fin;;CDS;3089337;3090032;;; </pre> ====ant intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_entre_cds|ant intercalaires entre cds]] *'''Le tableau''' <pre> ant;5.2.21 Paris;;ant 24.9.20;;;;;;; ant;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;762;24.6;'''négatif ;-8;9;-1 à -79;'''3 192 235;-1;762 ;'''zéro;65;2.1;;;;;'''intercals;0;65 ;'''1 à 200;2060;66.6;'''0 à 200;56;54;;'''192 251;5;313 ;'''201 à 370;150;4.8;'''201 à 370;258;43;;'''6.0%;10;248 ;'''371 à 600;33;1.1;'''371 à 600;470;68;;;15;182 ;'''601 à max;25;0.8;'''601 à 1028;769;128;;;20;100 ;'''total 3095;<201;93.3;'''total 3094;60;105;-79 à 1028;;25;58 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;Cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;51 184238;1181;-1;762;-70;2;;0;65;35;36 2384649;1028;0;65;-60;1;;-1;°164;40;34 710835;984;1;°120;-50;4;;-2;0;45;33 982825;947;2;70;-40;3;;-3;0;50;45 3045330;924;3;59;-30;14;'''min à -1;-4;°261;55;47 1534263;916;4;31;-20;49;762;-5;2;60;44 2391806;863;5;°33;-10;137;24.6%;-6;7;65;60 269108;850;6;26;0;617;;-7;12;70;42 1454453;848;7;21;10;561;;-8;°103;75;54 1174364;789;8;50;20;282;;-9;3;80;49 1115863;783;9;°94;30;109;;-10;8;85;56 2054584;776;10;57;40;70;'''1 à 100;-11;°49;90;56 2920637;773;11;48;50;78;1586;-12;4;95;31 1754154;772;12;°52;60;91;51.2%;-13;9;100;47 997474;739;13;39;70;102;;-14;°35;105;38 1906747;712;14;22;80;103;;-15;3;110;34 1172194;702;15;°21;90;112;;-16;1;115;45 606029;672;16;21;100;78;;-17;°26;120;31 1071807;649;17;15;110;72;;-18;0;125;35 1204569;642;18;°26;120;76;;-19;2;130;27 792914;628;19;26;130;62;;-20;°20;135;33 2100174;625;20;12;140;57;;-21;1;140;24 949485;617;21;°22;150;48;;-22;0;145;24 2733159;613;22;11;160;53;;-23;°9;150;24 2042643;612;23;11;170;20;'''1 à 200;-24;1;155;21 2270147;596;24;6;180;30;2060;-25;2;160;32 3006396;587;25;8;190;30;66.6%;-26;°6;165;16 2176130;583;26;°12;200;26;;-27;2;170;4 27717;575;27;8;210;20;;-28;0;175;15 1024897;562;28;6;220;18;;-29;°8;180;15 715253;551;29;°16;230;13;;-30;0;185;15 2128182;532;30;9;240;16;;-31;1;190;15 1829788;526;31;°11;250;9;;-32;°6;195;14 1763296;520;32;2;260;13;'''0 à 200;;810;200;12 ;;33;°10;270;9;2125;reste;17;205;11 ;;34;6;280;9;;total;827;210;9 ;;35;7;290;5;;;;215;10 ;;36;6;300;12;;'''intercal;<u>'''frequencef;220;8 ;;37;7;310;5;;600;3070;225;5 ;;38;6;320;3;;620;3;230;8 ;;39;°9;330;7;;640;2;235;6 ;;40;6;340;4;'''201 à 370;660;2;240;10 ;;;1246;350;2;150;680;1;245;6 ;;;3095;360;3;4.8%;700;;250;3 ;;;;370;2;;720;2;255;7 ;;;;380;1;;740;1;260;6 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;4;;760;;265;5 3067823;-79;comp;;400;2;;780;3;270;4 2531271;-71;shift2;1430;410;3;;800;2;275;5 1382616;-65;shift2;248;420;1;;820;;280;4 1058996;-59;shift2;389;430;0;;840;;285;3 2237436;-56;shift2;872;440;0;;860;2;290;2 641645;-55;shift2;861;450;3;;880;1;295;5 1374304;-53;shift2;1223;460;4;;900;;300;7 3090072;-49;;;470;0;;920;1;305;1 542837;-43;;;480;1;;940;1;310;4 2236436;-41;;;490;1;;960;1;315;3 907463;-38;;;500;1;;980;;320;0 984116;-38;;;510;2;;1000;1;325;3 1476725;-38;;;520;2;;1020;;330;4 1904926;-38;;;530;1;;1040;1;335;3 1716281;-35;;;540;1;'''371 à 600;;24;340;1 2233985;-35;;;550;0;33;;;345;0 3184884;-35;;;560;1;1.1%;;;350;2 531215;-32;;;570;1;;;;355;2 642505;-32;;;580;1;'''601 à max;;;360;1 1843228;-32;;;590;2;25;;;365;1 2546649;-32;;;600;1;0.8%;;;370;1 2808157;-32;;;reste;25;;reste;1;reste;58 3127986;-32;;;total;3095;;total;3095;total;3095 </pre> ====ant intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ant;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-25;209;-664;88;680;279;min40;-135;1021;-2424;183;664;252;min40 31 à 400;60;-400;637;9.8;785;222;2 parties;4.8;28;-332;62;888;-194;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;183;63;-;609;poly;70;SF;262;79;-;358;poly;306;SF 31 à 400;132;48;-;673;poly;112;tF;130;43;-;746;poly;142;tF ;;;;;;;;;;;;;; ant. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;0.038;0.255;0.669;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.575;;;;; ;0.730;0.271;0.538;;;;;;;;;;;; ;0.876;0.892;0.886;;;;;;;;;;;; ant;fx;fc;;ant;fx%;fc%;;fre;fx40;fc40;;x;ant;comp’;continu 0;9;56;;0;15;35;;0;9;56;>0;622;-1;0;164 10;82;479;;10;136;296;;1;11;109;<0;83;-2;0;0 20;52;230;;20;87;142;;2;16;54;zéro;9;-3;0;0 30;35;74;;30;58;46;;3;3;56;total;714;-4;40;221 40;17;53;;40;28;33;;4;7;24;;c;-5;0;2 50;15;63;;50;25;39;;5;11;22;>0;1646;-6;7;0 60;18;73;;60;30;45;;6;8;18;<0;679;-7;0;12 70;19;83;;70;32;51;;7;7;14;zéro;56;-8;5;98 80;20;83;;80;33;51;;8;4;46;total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reste;21;30;;;;;;reste;436;810;;;-42;0;0 total;631;1702;;t30;281;485;;total;631;1702;;;-43;1;0 diagr;601;1616;;t60;364;601;;diagr;186;836;;;-44;0;0 - t30;432;833;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;382;644;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;1;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;;total;83;679 </pre> ====ant intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_négatifs_S-|ant intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;;; comp’;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83;1 continu;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679;6 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;ant;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total Sx-;;0;0;0;40;0;7;0;5;3;1;3;3;0;1;3;1;2;0;0;1;1;0;0;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;1;83 Sc-;;164;0;0;221;2;0;12;98;0;7;46;1;9;34;0;0;24;0;2;19;0;0;9;0;2;5;0;0;7;0;1;5;0;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;6;679 </pre> ====ant autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_autres_intercalaires|ant autres intercalaires]] <pre> ant;autres intercalaires;;adresses1;;;ant;autres intercalaires;;adresses2;;;ant;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;167574;66;;;deb;°CDS;1445917;93;;;deb;°CDS;2637277;81;comp ;&tRNA;168501;447;;;;&tRNA;1449916;270;;;;&tRNA;2637541;31;comp fin;°CDS;169025;;;;fin;°CDS;1450262;;;;fin;°CDS;2637648;;comp deb;°CDS;237275;305;;;deb;°CDS;1615201;29;;;deb;°CDS;2637824;240;comp ;$rRNA;237928;111;;;;&tRNA;1615572;99;;;;&tRNA;2639273;8;comp ;&tRNA;239556;19;;;fin;°CDS;1615747;;;;;&tRNA;2639358;69;comp ;&tRNA;239652;301;;;deb;°CDS;1703617;1;;;;&tRNA;2639512;21;comp ;$rRNA;240029;202;;;;&tRNA;1703837;12;comp;;;&tRNA;2639610;41;comp ;$rRNA;243148;354;;;;&tRNA;1703926;117;comp;;fin;°CDS;2639727;;comp fin;°CDS;243618;;comp;;fin;°CDS;1704118;;;;deb;°CDS;2656033;231; deb;°CDS;302333;155;comp;;deb;°CDS;1907982;-5;;;;$rRNA;2656495;223;comp ;&tRNA;303316;10;;;;ncRNA;1908268;28;comp;;;$rRNA;2656834;301;comp ;&tRNA;303404;16;;;fin;°CDS;1908619;;comp;;;&tRNA;2660052;19;comp ;&tRNA;303497;61;;;deb;°CDS;2221719;242;comp;;;&tRNA;2660147;111;comp ;&tRNA;303635;96;;;;&tRNA;2222768;33;comp;;;$rRNA;2660335;292;comp ;&tRNA;303816;70;;;;&tRNA;2222876;72;comp;;fin;°CDS;2662144;;comp fin;°CDS;303963;;;;fin;°CDS;2223023;;comp;;deb;°CDS;2693436;95; deb;°CDS;316375;110;;;deb;°CDS;2282678;349;comp;;;&tRNA;2695547;16; ;&tRNA;317454;109;;;;&tRNA;2283792;81;comp;;;&tRNA;2695638;7; fin;°CDS;317640;;;;;&tRNA;2283962;39;comp;;;&tRNA;2695732;14; deb;°CDS;373519;120;;;;&tRNA;2284078;15;comp;;;&tRNA;2695823;16; ;&tRNA;375862;5;;;;&tRNA;2284170;102;comp;;;&tRNA;2695915;14; ;&tRNA;375943;65;;;fin;°CDS;2284362;;comp;;;&tRNA;2696006;12; fin;°CDS;376093;;;;deb;°CDS;2323802;12;;;;&tRNA;2696095;30; deb;°CDS;597419;47;;;;&tRNA;2324879;167;comp;;;&tRNA;2696202;90; ;&tRNA;598534;208;;;;$rRNA;2325122;202;comp;;fin;°CDS;2696381;; fin;°CDS;598827;;;;;$rRNA;2325440;300;comp;;deb;°CDS;2739487;88;comp deb;°CDS;751446;73;comp;;;&tRNA;2328657;19;comp;;;Regulatory;2740208;48;comp ;&tRNA;753064;16;comp;;;&tRNA;2328752;111;comp;;fin;°CDS;2740399;;comp ;&tRNA;753157;3;comp;;;$rRNA;2328940;378;comp;;deb;°CDS;2825449;163; ;&tRNA;753236;31;comp;;fin;°CDS;2330835;;comp;;;repeat_region;2825927;233; ;&tRNA;753342;8;comp;;deb;°CDS;2425110;353;;;fin;°CDS;2827303;; ;&tRNA;753426;22;comp;;;tmRNA;2427398;181;comp;;deb;°CDS;3082950;143; ;&tRNA;753525;3;comp;;fin;°CDS;2427974;;comp;;;&tRNA;3083318;173;comp ;&tRNA;753604;42;comp;;deb;°CDS;2581821;192;comp;;;$rRNA;3083567;202;comp ;&tRNA;753721;40;comp;;;&tRNA;2583033;45;comp;;;$rRNA;3083885;273;comp fin;°CDS;753837;;comp;;;&tRNA;2583154;16;comp;;;&tRNA;3087075;19;comp deb;°CDS;833388;142;comp;;;&tRNA;2583259;143;comp;;;&tRNA;3087170;111;comp ;&tRNA;834121;93;comp;;fin;°CDS;2583489;;;;;$rRNA;3087358;462;comp fin;°CDS;834298;;comp;;;;;;;;fin;°CDS;3089337;; </pre> ====ant intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_tRNA|ant intercalaires tRNA]] <pre> ant ;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;66;;447;;29;31;'''deb; ;10 16 61 96;comp’;155;;70;;47;40;<201;11 ;;;110;;109;;66;41;total;14 ;5;;120;;65;;73;65;taux;79% ;;;47;;208;;81;70;'''fin; ;16 3 31 8 22 3 42;;73;;40;;93;73;<201;12 ;;;142;;93;;95;90;total;15 ;;;93;;270;;110;93;taux;80% ;;;29;;99;;120;99;'''total; ;12;comp’;1;;117;;142;102;<201;23 ;33;;242;;73;;192;109;total;29 ;81 39 15;;349;;102;;240;117;taux;79% ;;comp’;12;;;;242;208;; ;45 16;;192;comp’;143;;349;270;; ;;;81;;31;;'''-;447;'''comp’;'''cumuls ;8 69 21;;240;;41;;1;143;'''deb;100% ;16 7 14 16 14 12 30;;95;;90;;12;-;'''fin;100% ;;comp’;143;;;;143;-;'''total;100% ;;;;;;;155;-;; ;;;;;;;;;; comp’+continu;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;15;13;28;;;;;;; total;18;16;34;;;;;;; %;83%;81%;82%;;;;;;; </pre> ====ant par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_par_rapport_au_groupe_de_référence|ant par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;ant;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;;;;;;3; 16;moyen;2;12;;;2;8;24; 14;fort;2;24;2;;;;28; ; ;7;36;2;0;2;8;55; 10;g+cga;1;;;;;;1; 2;agg+cgg;;;;;;;0; 4;carre ccc;2;;;;;;2; 5;autres;;;;;;;0; ;;3;0;0;0;0;0;3; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;55;;;;;;55;26 16;moyen;36;218;0;;36;145;436;324 14;fort;36;436;36;;;;509;650 ;;127;655;36;0;36;145;55;729 10;g+cga;18;;;;;;18;10 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;36;;;;;;36;16 5;autres;;;;;;;; ;;55;0;0;0;0;0;55; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;67;;;67;26;;0; 16;moyen;44;267;;311;324;;33; 14;fort;44;533;44;622;650;;67; ;;156;800;44;45;729;;36; 10;g+cga;22;;;22;10;;; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;44;;;44;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;67;;;67;;;; </pre> ====epsilon, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#epsilon,_estimation_des_-rRNAs|epsilon, estimation des -rRNAs]] <pre> epsilon;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 40 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;40;187; ; ;;indices;;;;40;468;0;0;;epsi1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;45 atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;3;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;80;acc;3;aac;3;agc;;;atc;200;acc;8;aac;8;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;2;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;2;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;2;aaa;3;aga;1 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3;caa;;cga;;;cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;89;gaa;;gga;;;gta;5;gca;223;gaa;;gga;;;gta;2;gca;;gaa;3;gga;3 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;172;;13;;2;187;;;;430;;33;;5;468;;;;14;;28;;3;45 11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;epsilon;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;161;6531;0;0;;indices;;;;161;6531;0;0;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4500 atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;104;;atgi;99;tct;;tat;0.6;atgf;106;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;400 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;95;;ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;1.2;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;107;tcc;97;tac;103;tgc;101;;ttc;200;tcc;100;tac;200;tgc;100 atc;-9;acc;92;aac;105;agc;101;;atc;191;acc;99;aac;112;agc;101;;atc;;acc;;aac;200;agc;100 ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;101;ccc;55;cac;100;cgt;0;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt; gtc;98;gcc;95;gac;134;ggc;140;;gtc;98;gcc;95;gac;139;ggc;140;;gtc;100;gcc;;gac;200;ggc; tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;104;tca;101;taa;;tga;60;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.0;aca;108;aaa;143;aga;124;;ata;;aca;108;aaa;150;aga;124;;ata;;aca;200;aaa;300;aga;100 cta;101;cca;99;caa;109;cga;100;;cta;101;cca;101;caa;109;cga;100;;cta;100;cca;200;caa;100;cga;100 gta;134;gca;-24;gaa;173;gga;111;;gta;139;gca;199;gaa;173;gga;111;;gta;200;gca;;gaa;300;gga;300 ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;101;tcg;0.6;tag;0.6;tgg;100;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;100 atgj;98;acg;1.9;aag;6.5;agg;96;;atgj;98;acg;1.9;aag;9.0;agg;96;;atgj;100;acg;;aag;;agg; ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;1.2;ccg;0.6;cag;0.6;cgg;1.2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;23;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;25;ggg;1.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1287;;1663;;641;3591;;;;1717;;1695;;646;4058;;;;1400;;2800;;300;4500 rapports;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;epsi1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;98;;fiches;39.7;;;fréquences;;;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;74 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1588;;;0/0;4;cgt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;97;;avec;188;;;10;13;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;40;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;0;;;;ttc;47;tcc;3;tac;49;tgc;1 atc;-5;acc;92;aac;93;agc;100;;epsi1;45;;;40;2;;;;atc;100;acc;100;aac;48;agc;1 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;45;;;50;7;23;;;ctc;1;ccc;100;cac;0;cgt; gtc;100;gcc;100;gac;96;ggc;100;;avec;10;;;60;2;;;;gtc;2;gcc;100;gac;33;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;48;tca;50;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;95;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;;aca;46;aaa;53;aga;19 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par epsilon;;;;90;0;;;;cta;1;cca;51;caa;8;cga;0 gta;96;gca;-12;gaa;100;gga;100;;est 13% au dessu;;;;100;18;;;;gta;33;gca;100;gaa;42;gga;63 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;72;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;2;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;90;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100 ;;75;;98;;99;88;;;;;;;;;;;;;127;;546;;3;676 </pre> ===pub=== ====pub opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_opérons|pub opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Cand_Pela_ubique_HTCC1062/candPela_UBIQUE_HTCC1062-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007205.1;ant;génome;;;;;;;;;; 29.2%GC;30.1.21 Paris;16s 1;31;;;;;;;cds dirigé;; Pelagibacter ubique;;;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; ;41060..41653;;cds;;20;20;;;198;;ABC transporter substrate-binding protein;* comp;41674..41750;;atgi;;66;;66;;;;; comp;41817..41891;;gtc;;8;8;;;;8;; comp;41900..43723;;cds;;;;;;*608;;RNA polymerase sigma factor RpoD;* ;;;;;;;;;;;; comp;114873..116147;;cds;;3;3;;;425;3;CCA tRNA nucleotidyltransferase;* comp;116151..116224;;caa;;32;32;;;;;; comp;116257..117102;;cds;;;;;;282;;4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;319204..319548;;cds;;22;22;;;115;22;4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase;* comp;319571..319645;;ggc;;97;97;;;;;; ;319743..320384;;cds;;;;;;214;;LON peptidase substrate-binding domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;407852..408448;;cds;;68;68;;;199;;DedA family protein;* ;408517..408601;;ttg;;7;7;;;;7;; ;408609..410315;;cds;;;;;;*569;;AMP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;414886..415407;;cds;;26;26;;;174;26;PaaI family thioesterase;* comp;415434..415510;;cgt;;75;75;;;;;; ;415586..416773;;cds;;;;;;396;;acetyl-CoA C-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;438405..440213;;cds;;2;2;;;*603;2;elongation factor 4;* ;440216..440305;;tcc;;5;5;;;;5;; comp;440311..441081;;cds;;;;;;257;;FkbM family methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;461643..462362;;cds;;2;2;;;240;2;VTT domain-containing protein;* comp;462365..462438;;acc;;101;101;;;;;; ;462540..462737;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;; ;466335..466550;;cds;;5;5;;;72;5;translation initiation factor IF-1;* ;466556..466631;;ttc;;88;88;;;;;; ;466720..466932;;cds;;235;235;;;71;;cold-shock protein;* ;467168..467242;;cac;;5;5;;;;5;; ;467248..468645;;cds;;;;;;466;;histidine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;509729..511027;;cds;;330;*330;;;433;*330;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* ;511358..512832;;16s;@1;98;;;;;;; ;512931..513007;;atc;;9;;;9;;;; ;513017..513092;;gca;;149;;;;;;; ;513242..515995;;23s;;446;*446;;;;;; ;516442..516975;;cds;;46625;;;;178;;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;; ;563601..564479;;cds;;52;52;;;293;;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* ;564532..564646;;5s;;13;13;;;;13;; ;564660..564785;;cds;;;;;;42;;type B 50S ribosomal protein L36;* ;;;;;;;;;;;; ;567715..568413;;cds;;18;18;;;233;;transaldolase;* comp;568432..568508;;atgf;;6;6;;;;6;; comp;568515..568709;;cds;;;;;;65;;30S ribosomal protein S21;* ;;;;;;;;;;;; comp;593396..594376;;cds;;23;23;;;327;;RluA family pseudouridine synthase;* ;594400..594476;;cga;@2;16;16;;;;16;; comp;594493..595425;;cds;;;;;;311;;threonylcarbamoyl-AMP synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;842772..843023;;cds;;101;101;;;84;;DUF1289 domain-containing protein;* ;843125..843209;;cta;;16;16;;;;16;; ;843226..844659;;cds;;;;;;478;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;846722..849106;;cds;;49;49;;;*795;49;endopeptidase La;* ;849156..849231;;gta;;13;;13;;;;; ;849245..849321;;gac;;88;88;;;;;; ;849410..849778;;cds;;;;;;123;;NADH-quinone oxidoreductase subunit A;* ;;;;;;;;;;;; ;934654..936063;;cds;;31;31;;;470;31;potassium transporter Trk;* ;936095..936171;;aga;;170;170;;;;;; ;936342..937382;;cds;;;;;;347;;amino acid ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; ;941232..942389;;cds;;19;19;;;386;19;hp;* comp;942409..942484;;aac;;52;;52;;;;; comp;942537..942610;;tgc;;128;128;;;;;; ;942739..945366;;cds;;;;;;*876;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; ;970015..971127;;cds;;200;200;;;371;;tRNA guanosine(34) transglycosylase Tgt;* ;971328..971403;;aaa;;20;20;;;;20;; comp;971424..972251;;cds;;;;;;276;;M48 family metallopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; ;975062..975328;;cds;;0;0;;;89;0;succinate dehydrogenase assembly factor 2;* comp;975329..975418;;tca;;92;92;;;;;; ;975511..976392;;cds;;;;;;294;;EamA family transporter RarD;* ;;;;;;;;;;;; comp;985615..986127;;cds;;93;93;;;171;;zinc-ribbon domain-containing protein;* ;986221..986297;;cca;;4;4;;;;4;; ;986302..986583;;cds;;;;;;94;;ETC complex I subunit;* ;;;;;;;;;;;; ;988522..990216;;cds;;50;50;;;*565;;single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ;* ;990267..990341;;gaa;;23;23;;;;23;; ;990365..990598;;cds;;;;;;78;;GIY-YIG nuclease family protein;* ;;;;;;;;;;;; ;1029539..1031752;;cds;;0;0;;;*738;0;lytic transglycosylase domain-containing protein;* comp;1031753..1031844;;agc;;68;68;;;;;; ;1031913..1033166;;cds;;;;;;418;;sarcosine oxidase subunit beta family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1085222..1085413;;cds;;19;19;;;64;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;1085433..1085508;;tgg;;7;7;;;;7;; comp;1085516..1086706;;cds;;47;47;;;397;47;elongation factor Tu;* comp;1086754..1086827;;gga;;46;;46;;;;; comp;1086874..1086959;;tac;;131;131;;;;;; ;1087091..1087834;;cds;;33;33;;;248;33;23S rRNA (guanosine(2251)-2'-O)-methyltransferase RlmB;* ;1087868..1087943;;aca;;4;4;;;;4;; comp;1087948..1088727;;cds;;4;4;;;260;4;NAD kinase;* comp;1088732..1088816;;tta;;79;79;;;;;; comp;1088896..1089312;;cds;;;;;;139;;Gamma-glutamylcyclotransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;1165696..1166454;;cds;;141;141;;;253;;pilin;* comp;1166596..1166672;;atgj;;64;64;;;;64;; comp;1166737..1166964;;cds;;;;;;76;;hp;* </pre> ====pub cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_cumuls|pub cumuls]] <pre> pub cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;2;100;11 ;16 atcgca 23;1;20;1;1;50;31;20;18;200;8 ;16 atc23s5s;;40;;;100;11;40;5;300;11 ;16gca23s5s;;60;2;;150;5;60;2;400;7 ;max a;2;80;1;;200;2;80;1;500;6 ;a doubles;;100;;;250;1;100;;600;2 ;autres;;120;;;300;;120;;700;2 ;total aas;2;140;;;350;1;140;;800;2 sans ;opérons;25;160;;;400;;160;;900;1 ;1 aa;21;180;;;450;1;180;;1000; ;max a;2;200;;;500;;200;;1100; ;a doubles;0;;;;;;;1;; ;total aas;29;;4;1;;54;;29;;50 total aas;;31;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;44;9;;63;;27;;299 ;;;variance;22;0;;85;;61;;203 sans jaune;;;moyenne;;;;50;;16;;237 ;;;variance;;;;55;;16;;134 </pre> ====pub blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_blocs|pub blocs]] <pre> Blocs 16s pub;;;; cds;330;433;peptidoglycan DD-metalloendopeptidase family protein;* 16s;98;1475;; atc;9;77;; gca;149;76;; 23s;446;2754;; cds;46625;178;WbuC family cupin fold metalloprotein;* ;;;; cds;52;293;NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein;* 5s;13;115;; cds;;42;type B 50S ribosomal protein L36;* </pre> ====pub distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_distribution|pub distribution]] <pre> distribution;pub;;;;;;31 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;8;21;;;;2;31 ;;1aa;1;11;9;; ;;>1aa;1;2;5;; distribution;scc;;min;inter;max;;29 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total ;13;;14;;2;;29 </pre> ====pub données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_données_intercalaires|pub données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;; fxt;fct;pub;fx;fc;pub;fx40;fc40;pub;x-;c-;c;x;c;x;aa 2;0;0;13;58;0;13;58;-1;0;152;8;20;CDS 16s;; 3;10;10;39;256;1;4;52;-2;3;0;3;97;;330; 5;2;20;15;51;2;12;57;-3;0;0;32;68;23s CDS;; 1;3;30;15;30;3;6;37;-4;44;79;22;75;446;; ;3;40;19;30;4;5;25;-5;0;1;7;5;5s CDS;; ;3;50;17;32;5;4;26;-6;2;0;26;2;13;; ;0;60;19;29;6;1;14;-7;1;2;2;101;CDS 5s;; 2;1;70;10;18;7;3;12;-8;14;42;5;18;52;; 1;1;80;15;15;8;2;13;-9;7;0;88;23;16s tRNA;; ;2;90;6;18;9;2;12;-10;0;2;235;16;98;; 3;0;100;7;9;10;0;8;-11;5;30;5;101;tRNA 23s;; 2;0;110;5;7;11;3;5;-12;4;0;6;19;149;; ;0;120;9;8;12;0;7;-13;1;2;16;128;tRNA tRNA;;intra 1;0;130;7;6;13;0;6;-14;2;18;49;20;9;;atc gca 1;0;140;4;6;14;2;10;-15;0;0;88;0;tRNA tRNA;; 1;0;150;3;3;15;0;2;-16;0;2;31;92;66;;atgi ;0;160;6;1;16;2;3;-17;1;9;170;93;**;;gtc ;1;170;3;2;17;3;3;-18;2;0;200;0;13;;gta ;0;180;2;3;18;2;6;-19;0;1;4;68;**;;gac ;0;190;1;6;19;0;4;-20;3;10;50;131;52;;aac ;1;200;4;1;20;3;5;-21;0;0;23;4;**;;tgc ;0;210;1;1;21;5;4;-22;0;1;19;141;46;;gga ;0;220;2;1;22;1;4;-23;1;5;7;;**;;tac ;0;230;1;2;23;0;3;-24;3;0;47;;;; ;1;240;1;0;24;3;5;-25;0;1;33;;;; ;0;250;0;1;25;2;2;-26;0;3;4;;;; ;0;260;1;0;26;0;3;-27;0;0;79;;;; ;0;270;1;0;27;2;2;-28;0;1;64;;;; ;0;280;0;1;28;2;2;-29;0;1;;;;; ;0;290;1;0;29;0;3;-30;1;0;;;;; ;0;300;0;0;30;0;2;-31;0;1;;;;; ;0;310;1;0;31;0;3;-32;0;1;;;;; ;0;320;0;2;32;3;5;-33;0;0;;;;; ;0;330;0;0;33;4;1;-34;0;1;;;;; ;0;340;1;0;34;0;2;-35;0;2;;;;; ;0;350;0;0;35;4;4;-36;0;0;;;;; ;0;360;1;0;36;3;4;-37;0;0;;;;; ;0;370;0;0;37;2;3;-38;0;2;;;;; ;0;380;0;0;38;1;1;-39;0;0;;;;; ;0;390;0;0;39;2;4;-40;0;0;;;;; ;0;400;0;0;40;0;3;-41;0;2;;;;; ;0;reste;4;4;reste;133;176;-42;0;0;;;;; 22;28;total;234;601;total;234;601;-43;1;0;;;;; 20;28;diagr;217;539;diagr;88;367;-44;0;1;;;;; 9;15; t30;69;337;;;;-45;0;0;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;2;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;; ;x;221;95;13;329;;;-49;0;0;;;;; ;c;543;377;58;978;;;-50;0;0;;;;; ;;;;;1307;79;;reste;0;3;;;;; ;;;;;;1386;;total;95;377;;;;; </pre> =====pub autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires_aas|pub autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pub;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;9267;10214;4;*; ;;tmRNA;10219;10520;-2;*; fin;comp;CDS;10519;10890;;0; deb;comp;CDS;38328;38795;255;*; ;comp;ncRNA;39051;39405;42;*; fin;comp;CDS;39448;40191;;; deb;;CDS;41060;41653;20;*; ;comp;tRNA;41674;41750;66;*;atgi ;comp;tRNA;41817;41891;8;*;gtc fin;comp;CDS;41900;43723;;; deb;comp;CDS;114873;116147;3;*; ;comp;tRNA;116151;116224;32;*;caa fin;comp;CDS;116257;117102;;0; deb;comp;CDS;319204;319548;22;*; ;comp;tRNA;319571;319645;97;*;ggc fin;;CDS;319743;320384;;0; deb;comp;CDS;407852;408448;68;*; ;;tRNA;408517;408601;7;*;ttg fin;;CDS;408609;410315;;; deb;comp;CDS;414886;415407;26;*; ;comp;tRNA;415434;415510;75;*;cgt fin;;CDS;415586;416773;;; deb;;CDS;438405;440213;2;*; ;;tRNA;440216;440305;5;*;tcc fin;comp;CDS;440311;441081;;; deb;;CDS;461643;462362;2;*; ;comp;tRNA;462365;462438;101;*;acc fin;;CDS;462540;462737;;; deb;;CDS;466335;466550;5;*; ;;tRNA;466556;466631;88;*;ttc deb;;CDS;466720;466932;235;*; ;;tRNA;467168;467242;5;*;cac fin;;CDS;467248;468645;;; deb;comp;CDS;496262;498457;70;*; ;comp;regulatory;498528;498615;91;*; fin;;CDS;498707;499813;;1; deb;comp;CDS;509729;511027;330;*; ;;rRNA;511358;512832;98;*;1475 ;;tRNA;512931;513007;9;*;atc ;;tRNA;513017;513092;149;*;gca ;;rRNA;513242;515995;446;*;2754 fin;;CDS;516442;516975;;; deb;;CDS;563601;564479;52;*; ;;rRNA;564532;564646;13;*;115 fin;;CDS;564660;564785;;; deb;;CDS;567715;568413;18;*; ;comp;tRNA;568432;568508;6;*;atgf fin;comp;CDS;568515;568709;;; deb;comp;CDS;593396;594376;23;*; ;;tRNA;594400;594476;16;*;cga fin;comp;CDS;594493;595425;;; deb;;CDS;648881;649762;24;*; ;;regulatory;649787;649876;77;*; fin;;CDS;649954;651060;;; deb;comp;CDS;731869;732777;9;*; ;comp;regulatory;732787;732850;88;*; fin;comp;CDS;732939;733529;;0; deb;;CDS;785951;786466;32;*; ;;regulatory;786499;786587;-13;*; fin;;CDS;786575;788023;;; deb;comp;CDS;842772;843023;101;*; ;;tRNA;843125;843209;16;*;cta fin;;CDS;843226;844659;;; deb;;CDS;846722;849106;49;*; ;;tRNA;849156;849231;13;*;gta ;;tRNA;849245;849321;88;*;gac fin;;CDS;849410;849778;;; deb;;CDS;934654;936063;31;*; ;;tRNA;936095;936171;170;*;aga fin;;CDS;936342;937382;;; deb;;CDS;941232;942389;19;*; ;comp;tRNA;942409;942484;52;*;aac ;comp;tRNA;942537;942610;128;*;tgc fin;;CDS;942739;945366;;; deb;;CDS;970015;971127;200;*; ;;tRNA;971328;971403;20;*;aaa fin;comp;CDS;971424;972251;;0; deb;;CDS;975062;975328;0;*; ;comp;tRNA;975329;975418;92;*;tca fin;;CDS;975511;976392;;; deb;comp;CDS;985615;986127;93;*; ;;tRNA;986221;986297;4;*;cca fin;;CDS;986302;986583;;; deb;;CDS;988522;990216;50;*; ;;tRNA;990267;990341;23;*;gaa fin;;CDS;990365;990598;;; deb;comp;CDS;1005217;1005678;139;*; ;;regulatory;1005818;1005886;4;*; fin;;CDS;1005891;1007219;;1; deb;;CDS;1029539;1031752;0;*; ;comp;tRNA;1031753;1031844;68;*;agc fin;;CDS;1031913;1033166;;; deb;comp;CDS;1085222;1085413;19;*; ;comp;tRNA;1085433;1085508;7;*;tgg deb;comp;CDS;1085516;1086706;47;*; ;comp;tRNA;1086754;1086827;46;*;gga ;comp;tRNA;1086874;1086959;131;*;tac deb;;CDS;1087091;1087834;33;*; ;;tRNA;1087868;1087943;4;*;aca deb;comp;CDS;1087948;1088727;4;*; ;comp;tRNA;1088732;1088816;79;*;tta fin;comp;CDS;1088896;1089312;;1; deb;comp;CDS;1125607;1126158;4;*; ;comp;regulatory;1126163;1126227;3;*; deb;comp;CDS;1126231;1127292;66;*; ;comp;regulatory;1127359;1127423;295;*; fin;comp;CDS;1127719;1127925;;; deb;;CDS;1165696;1166454;141;*; ;comp;tRNA;1166596;1166672;64;*;atgj fin;comp;CDS;1166737;1166964;;; </pre> ====pub intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_entre_cds|pub intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> 28.1.21 paris;24.1.21;1380;pilM ;Pseudo : incomplete, partial in the middle of a contig, missing N-terminus;;;;;; pub;intercalaires;total;%;intercalaires;;;plage;ADN;intercal;<u>'''frequence5 ;'''négatif;473;36.2;'''négatif ;-8;9;-65 à -1;'''1 308 759;-1;473 ;'''zéro;71;5.4;;;;;'''intercals;0;71 ;'''1 à 200;736;56.3;'''0 à 200;37;45;;'''39 179;5;228 ;'''201 à 370;19;1.5;'''201 à 370;260;47;;'''3.0%;10;67 ;'''371 à 600;7;0.5;'''371 à 600;475;70;;;15;35 ;'''601 à max;1;0.1;'''601 et +;-;;;;20;31 ;'''total 1307;<201;97.9;'''total 1306;26;61;-65 à 596;;25;29 adresse;intercalx;intercal;<u>'''frequence1;intercal;<u>'''fréquence6;cumul, %;intercal;<u>'''fréquence-1;30;16 73227;1380;-1;473;-70;0;;0;71;35;26 999551;596;0;71;-60;1;;-1;°152;40;23 1162229;549;1;56;-50;2;;-2;3;45;33 537246;464;2;°69;-40;6;'''-65 à -1;-3;0;50;16 1119848;445;3;43;-30;8;473;-4;°123;55;23 1180952;435;4;30;-20;29;36%;-5;2;60;25 193367;434;5;°30;-10;79;;-6;2;65;15 398173;403;6;15;0;419;;-7;3;70;13 408609;356;7;15;10;295;;-8;°56;75;17 762333;335;8;°15;20;66;;-9;7;80;12 1122717;318;9;14;30;45;'''1 à 100;-10;2;85;10 338267;317;10;8;40;49;649;-11;°35;90;14 997872;304;11;°8;50;49;49.7%;-12;4;95;7 334628;284;12;7;60;48;;-13;3;100;9 675167;279;13;6;70;28;;-14;°20;105;8 1135181;268;14;°12;80;29;;-15;0;110;4 627169;255;15;2;90;24;;-16;2;115;9 1118568;248;16;5;100;16;;-17;°10;120;8 79392;239;17;6;110;12;'''1 à 200;-18;2;125;7 807867;230;18;°8;120;17;736;-19;1;130;6 58997;223;19;4;130;13;56.3%;-20;°13;135;5 1152723;221;20;8;140;10;;-21;0;140;5 761553;219;21;°9;150;6;;-22;1;145;1 782276;217;22;5;160;7;;-23;°6;150;5 612190;216;23;3;170;5;;-24;3;155;2 351261;209;24;°8;180;5;;-25;1;160;5 838936;201;25;4;190;7;'''0 à 200;-26;°3;165;3 744621;200;26;3;200;5;807;-27;0;170;2 166432;195;27;°4;210;2;;-28;1;175;4 625822;195;28;4;220;3;;-29;1;180;1 164576;191;29;3;230;3;;-30;1;185;6 217060;191;30;2;240;1;;-31;1;190;1 1163621;188;31;3;250;1;;-32;1;195;4 798049;185;32;°8;260;1;;;530;200;1 422106;184;33;5;270;1;;reste;14;205;1 288782;182;34;2;280;1;'''201 à 370;total;544;210;1 560488;182;35;°8;290;1;19;;;215;0 262705;181;36;7;300;0;1.5%;;;220;3 469675;181;37;5;310;1;;;;225;2 832239;177;38;2;320;2;;;;230;1 939877;174;39;°6;330;0;;;;235;0 ;;40;3;340;1;;;;240;1 ;;reste;308;350;0;;;;245;0 ;;total;1307;360;1;;;;250;1 ;;;;370;0;;;;255;1 ;;;;380;0;;;;260;0 ;;;;390;0;;;;265;0 ;;;;400;0;;;;270;1 ;;;;410;1;;;;275;0 ;;;;420;0;;;;280;1 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;430;0;;;;285;1 817687;-65;shift2;2521;440;2;;;;290;0 410672;-59;shift2;856;450;1;;;;295;0 1196013;-56;shift2;445;460;0;;;;300;0 474189;-47;shift2;1222;470;1;;;;305;1 682918;-47;shift2;1435;480;0;;;;310;0 1025350;-44;shift2;544;490;0;;;;315;0 1197066;-43;comp;;500;0;'''371 à 600;;;320;2 584040;-41;shift2;934;510;0;7;;;325;0 707855;-41;shift2;319;520;0;0.5%;;;330;0 802906;-38;shift2;;530;0;;;;335;1 1038898;-38;shift2;;540;0;;;;340;0 279711;-35;shift2;;550;1;;;;345;0 1027659;-35;shift2;;560;0;;;;350;0 928018;-34;shift2;;570;0;;;;355;0 803426;-32;shift2;;580;0;;;;360;1 1176246;-31;shift2;;590;0;'''max;;;365;0 429007;-30;comp;;600;1;1380;;;370;0 992704;-29;shift2;;reste;1;;;;reste;8 1233832;-28;shift2;;total;1307;;;;total;1307 </pre> ====pub intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Maj 25.1.22;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pub;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-58;495;-1405;136;853;284;min20;&-236;1732;-3869;256;559;245;min30 31 à 400;-49;437;-1304;133;918;297;2 parties;&-48;403;-1093;97;945;280;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;243;75;-;604;poly;249;SF;&308;88;;221;poly;338;SF 31 à 400;190;60;-;662;poly;256;SF;&117;36;-;580;poly;365;SF ;;;;;;;;;;;;;; pub. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Diagrammes 400: Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;26.1.22 Paris;;;;;;corrélation;;14.8.21 Paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;0.715;;pub;Sx-;Sc- 41-400;0.908;0.857;0.883;;;;;;;;;;-1;0;152 1-400;0.840;0.866;0.852;;;;;;;;;;-2;3;0 pub;fx;fc;;pub;fx%;fc%;;x;;fx40;fc40;;-3;0;0 0;13;58;;0;60;108;>0;222;0;13;58;;-4;43;80 10;39;256;;10;179;477;<0;92;1;4;52;;-5;1;1 20;15;51;;20;69;95;zéro;13;2;11;58;;-6;1;1 30;15;30;;30;69;56;total;327;3;6;37;;-7;1;2 40;19;30;;40;87;56;;c;4;5;25;;-8;14;42 50;17;32;;50;78;60;>0;541;5;4;26;;-9;7;0 60;19;29;;60;87;54;<0;381;6;2;13;;-10;0;2 70;10;18;;70;46;34;zéro;58;7;3;12;;-11;4;31 80;15;14;;80;69;26;total;980;8;2;13;;-12;3;1 90;6;18;;90;28;34;;;9;2;12;;-13;1;2 100;7;9;;100;32;17;total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reste;4;4;;;;;;;reste;135;175;;-45;0;0 total;235;599;;t30;317;628;;;total;236;600;;-46;0;0 diagr;218;537;;;;;;;diagr;88;367;;-47;0;2 - t30;149;200;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;3 ;;;;;;;;;;;;;total;92;381 </pre> ====pub intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_négatifs_S-|pub intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;3;0;42;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;2;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;90 continu;152;0;0;81;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;11;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;383 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;pub;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;3;0;43;1;1;1;14;7;0;4;3;1;2;0;0;1;2;0;3;0;0;1;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;92 ;Sc-;152;0;0;80;1;1;2;42;0;2;31;1;2;18;0;2;9;0;1;10;0;1;5;0;1;3;0;1;1;0;1;1;0;1;2;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;0;2;0;0;0;3;381 </pre> ====pub autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_autres_intercalaires|pub autres intercalaires]] <pre> pub;autres intercalaires;;adresses1;;;pub;autres intercalaires;;adresses2;;;pub;autres intercalaires;;adresses3; deb;°CDS;9267;4;comp;;deb;°CDS;509729;330;comp;;deb;°CDS;970015;200; ;tmRNA;10219;-2;;;;$rRNA;511358;98;;;;&tRNA;971328;20; fin;°CDS;10519;;comp;;;&tRNA;512931;9;;;fin;°CDS;971424;;comp deb;°CDS;38328;255;comp;;;&tRNA;513017;149;;;deb;°CDS;975062;0; ;ncRNA;39051;42;comp;;;$rRNA;513242;446;;;;&tRNA;975329;92;comp fin;°CDS;39448;;comp;;fin;°CDS;516442;;;;fin;°CDS;975511;; deb;°CDS;41060;20;;;deb;°CDS;563601;52;;;deb;°CDS;985615;93;comp ;&tRNA;41674;66;comp;;;$rRNA;564532;13;;;;&tRNA;986221;4; ;&tRNA;41817;8;comp;;fin;°CDS;564660;;;;fin;°CDS;986302;; fin;°CDS;41900;;comp;;deb;°CDS;567715;18;;;deb;°CDS;988522;50; deb;°CDS;114873;3;comp;;;&tRNA;568432;6;comp;;;&tRNA;990267;23; ;&tRNA;116151;32;comp;;fin;°CDS;568515;;comp;;fin;°CDS;990365;; fin;°CDS;116257;;comp;;deb;°CDS;593396;23;comp;;deb;°CDS;1005217;139;comp deb;°CDS;319204;22;comp;;;&tRNA;594400;16;;;;regulatory;1005818;4; ;&tRNA;319571;97;comp;;fin;°CDS;594493;;comp;;fin;°CDS;1005891;; fin;°CDS;319743;;;;deb;°CDS;648881;24;;;deb;°CDS;1029539;0; deb;°CDS;407852;68;comp;;;regulatory;649787;77;;;;&tRNA;1031753;68;comp ;&tRNA;408517;7;;;fin;°CDS;649954;;;;fin;°CDS;1031913;; fin;°CDS;408609;;;;deb;°CDS;731869;9;comp;;deb;°CDS;1085222;19;comp deb;°CDS;414886;26;comp;;;regulatory;732787;88;comp;;;&tRNA;1085433;7;comp ;&tRNA;415434;75;comp;;fin;°CDS;732939;;comp;;deb;°CDS;1085516;47;comp fin;°CDS;415586;;;;deb;°CDS;785951;32;;;;&tRNA;1086754;46;comp deb;°CDS;438405;2;;;;regulatory;786499;-13;;;;&tRNA;1086874;131;comp ;&tRNA;440216;5;;;fin;°CDS;786575;;;;deb;°CDS;1087091;33; fin;°CDS;440311;;comp;;deb;°CDS;842772;101;comp;;;&tRNA;1087868;4; deb;°CDS;461643;2;;;;&tRNA;843125;16;;;deb;°CDS;1087948;4;comp ;&tRNA;462365;101;comp;;fin;°CDS;843226;;;;;&tRNA;1088732;79;comp fin;°CDS;462540;;;;deb;°CDS;846722;49;;;fin;°CDS;1088896;;comp deb;°CDS;466335;5;;;;&tRNA;849156;13;;;deb;°CDS;1125607;4;comp ;&tRNA;466556;88;;;;&tRNA;849245;88;;;;regulatory;1126163;3;comp deb;°CDS;466720;235;;;fin;°CDS;849410;;;;deb;°CDS;1126231;66;comp ;&tRNA;467168;5;;;deb;°CDS;934654;31;;;;regulatory;1127359;295;comp fin;°CDS;467248;;;;;&tRNA;936095;170;;;fin;°CDS;1127719;;comp deb;°CDS;496262;70;comp;;fin;°CDS;936342;;;;deb;°CDS;1165696;141; ;regulatory;498528;91;comp;;deb;°CDS;941232;19;;;;&tRNA;1166596;64;comp fin;°CDS;498707;;;;;&tRNA;942409;52;comp;;fin;°CDS;1166737;;comp ;;;;;;;&tRNA;942537;128;comp;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;942739;;;;;;;; </pre> ====pub intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_tRNA|pub intercalaires tRNA]] <pre> pub;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;deb;fin;; ;;;;;;;;;; ;66;comp’;20;;8;;2;4;deb; ;9;;3;;32;;3;5;<201;13 ;13;;22;comp’;97;;4;6;total;14 comp’;52;comp’;68;;7;;5;7;taux;93% ;46;;26;comp’;75;;19;7;fin; ;;;2;comp’;5;;22;8;<201;14 ;;comp’;2;comp’;101;;26;16;total;14 ;;;5;;88;;31;23;taux;100% ;;;235;;5;;33;32;total; ;;comp’;18;;6;;47;64;<201;27 ;;comp’;23;comp’;16;;49;79;total;28 ;;comp’;101;;16;;50;88;taux;96% ;;;49;;88;;200;88;; ;;;31;;170;;235;170;comp’;cumuls ;;comp’;19;comp’;128;;0;4;; ;;;200;comp’;20;;0;5;deb;11 ;;comp’;0;comp’;92;;2;16;<201;100% ;;comp’;93;;4;;18;20;; ;;;50;;23;;19;68;fin;11 ;;comp’;0;comp’;68;;20;75;<201;100% ;;;19;;7;;23;92;; ;;;47;comp’;131;;68;97;total; ;;;33;comp’;4;;93;101;<201;22 ;;;4;;79;;101;128;total;22 ;;comp’;141;;64;;141;131;taux;100% ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;; ;;;deb;fin;total;;;;; ;;<201;24;25;49;;;;; ;;total;25;25;50;;;;; ;;taux;96%;100%;98%;;;;; </pre> ==actino== ===Actinoplanes sp. SE50/110=== ====ase opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acti_SE50_110/actiSp_SE50_110-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_017803.1;ase;;genome;;;;;;;; 71.15%GC;13.8.19 Paris;16s 6;;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Actinoplanes sp. SE50/110;;;;;;;;;;; ;12658..13392;;CDS;;78;78;;;245;; ;13471..13547;;atc;@1;242;;*242;;;; ;13790..13862;;gca;;202;202;;;;; comp;14065..14607;;CDS;;;;;;181;; ;;;;;;;;;;; ;153733..155094;;CDS;;556;*556;;;454;; ;155651..157174;;16s;;308;;;;1524;; ;157483..160591;;23s;;99;;;;3109;; ;160691..160807;;5s;;134;134;;;117;; comp;160942..161988;;CDS;;;;;;349;; ;;;;;;;;;;; comp;45153..45968;;CDS;;276;276;;;272;; comp;46245..46330;;ctg;;257;257;;;;; ;46588..47385;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; ;568633..569007;;CDS;;492;*492;;;125;; ;569500..571022;;16s;;308;;;;1523;; ;571331..574439;;23s;;108;;;;3109;; ;574548..574664;;5s;;245;245;;;117;; ;574910..576340;;CDS;;;;;;477;; ;;;;;;;;;;; comp;66324..66533;;CDS;;177;177;;;70;; comp;66711..66784;;ggg;;151;151;;;;; comp;66936..67442;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; comp;145264..145572;;CDS;;595;*595;;;103;; comp;146168..146244;;ttc;;12;;12;;;; comp;146257..146333;;gac;;62;;62;;;; comp;146396..146468;;gaa;;338;338;;;;; comp;146807..148066;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; ;164168..164716;;CDS;;92;92;;;183;; ;164809..164883;;aaa;;250;250;;;;; ;165134..166444;;CDS;;;;;;437;; ;;;;;;;;;;; comp;457033..458760;;CDS;;116;116;;;*576;; ;458877..458950;;acg;;74;74;;;;; comp;459025..460758;;CDS;;;;;;*578;; ;;;;;;;;;;; ;627485..628396;;CDS;;42;42;;;304;; ;628439..628515;;gac;;5;5;;;;; comp;628521..629174;;CDS;;;;;;218;; ;;;;;;;;;;; ;645098..645421;;CDS;;355;355;;;108;; ;645777..645849;;agg;;459;*459;;;;; comp;646309..648462;;CDS;;;;;;*718;; ;;;;;;;;;;; ;747312..748337;;CDS;;430;*430;;;342;; comp;748768..748851;;tac;;148;148;;;;; ;749000..749491;;CDS;;;;;;164;; ;;;;;;;;;;; ;752175..754703;;CDS;;94;94;;;*843;; ;754798..754873;;acc;;44;;44;;;; ;754918..754990;;atgj;;138;138;;;;; ;755129..755296;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; ;755829..756224;;CDS;;79;79;;;132;; ;756304..756376;;tgg;;103;103;;;;; ;756480..756857;;CDS;;;;;;126;; ;;;;;;;;;;; ;940643..942004;;CDS;;55;55;;;454;; ;942060..942142;;tta;;221;221;;;;; ;942364..943218;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; comp;1155560..1155901;;CDS;;200;200;;;114;; comp;1156102..1156177;;gcc;;89;89;;;;; comp;1156267..1156824;;CDS;;;;;;186;; ;;;;;;;;;;; ;1222705..1223634;;CDS;;259;259;;;310;; comp;1223894..1223980;;cta;;244;244;;;;; comp;1224225..1224701;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; ;1237525..1238115;;CDS;;91;91;;;197;; ;1238207..1238282;;cac;;54;54;;;;; comp;1238337..1238684;;CDS;;;;;;116;; ;;;;;;;;;;; comp;1248040..1249266;;CDS;;132;132;;;409;; ;1249399..1249474;;aag;+;118;;*118;;;; ;1249593..1249668;;aag;2 aag;-15;*-15;;;;; comp;1249654..1249878;;CDS;@2;;;;;75;; ;;;;;;;;;;; ;1335812..1336096;;CDS;;296;296;;;95;; comp;1336393..1336465;;aga;;13;13;;;;; comp;1336479..1337558;;CDS;;;;;;360;; ;;;;;;;;;;; comp;1399552..1400070;;CDS;;376;376;;;173;; comp;1400447..1400520;;gga;;130;;*130;;;; ;1400651..1400724;;cca;;38;38;;;;; ;1400763..1402112;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; comp;1406634..1406849;;CDS;;586;*586;;;72;; ;1407436..1408958;;16s;;307;;;;1523;; ;1409266..1412374;;23s;;99;;;;3109;; ;1412474..1412590;;5s;;122;122;;;117;; comp;1412713..1413510;;CDS;;;;;;266;; ;;;;;;;;;;; comp;1519931..1520254;;CDS;;217;217;;;108;; ;1520472..1520544;;aac;;315;315;;;;; ;1520860..1522122;;CDS;;236;236;;;421;; ;1522359..1522432;;atgi;;1097;*1097;;;;; < comp;1523530..1523919;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;1604562..1605026;;CDS;;38;38;;;155;; ;1605065..1605139;;gta;;357;357;;;;; <>;1605497..1605583;;CDS;;;;;;29;; ;;;;;;;;;;; comp;1935668..1936510;;CDS;;317;317;;;281;; comp;1936828..1936904;;ttg;;131;131;;;;; ;1937036..1937656;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;2434408..2435559;;CDS;;19;19;;;384;; comp;2435579..2435661;;ctc;;151;151;;;;; ;2435813..2438881;;CDS;;;;;;*1023;; ;;;;;;;;;;; comp;2570204..2570824;;CDS;;794;*794;;;207;; ;2571619..2573141;;16s;;315;;;;1523;; ;2573457..2576562;;23s;;98;;;;3106;; ;2576661..2576777;;5s;;247;247;;;117;; comp;2577025..2577462;;CDS;;;;;;146;; ;;;;;;;;;;; comp;4900233..4901780;;CDS;;19;19;;;*516;; comp;4901800..4901878;;tgc;;29;;29;;;; comp;4901908..4901981;;gcg;;19;19;;;;; comp;4902001..4902321;;CDS;;23;23;;;107;; comp;4902345..4902417;;gac;;31;31;;;;; comp;4902449..4903369;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;5443888..5444526;;CDS;;409;*409;;;213;; ;5444936..5445012;;ctc;;17;;17;;;; ;5445030..5445114;;tac;;29;29;;;;; comp;5445144..5446565;;CDS;;;;;;474;; ;;;;;;;;;;; ;6208479..6209489;;CDS;;101;101;;;337;; comp;6209591..6209666;;cgg;;9;;9;;;; comp;6209676..6209749;;cca;;17;;17;;;; comp;6209767..6209859;;agc;;5;;5;;;; comp;6209865..6209939;;ctg;;4;;4;;;; comp;6209944..6210015;;cag;;8;;8;;;; comp;6210024..6210100;;ggc;;4;;4;;;; comp;6210105..6210177;;cgt;;3;;3;;;; comp;6210181..6210254;;gcc;;43;;43;;;; comp;6210298..6210369;;tgg;;562;*562;;;;; comp;6210932..6212365;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; ;6397923..6398423;;CDS;;699;*699;;;167;; ;6399123..6399196;;tgg;;199;;*199;;;; ;6399396..6399468;;ggg;;157;;*157;;;; ;6399626..6399701;;gcc;;61;;61;;;; ;6399763..6399837;;gag;;78;;78;;;; ;6399916..6399992;;gga;;359;;*359;;;; ;6400352..6400426;;ttg;;1;;1;;;; ;6400428..6400500;;acc;;5;;5;;;; ;6400506..6400577;;ggc;;25;25;;;;; ;6400603..6401055;;CDS;;35;35;;;151;; ;6401091..6401163;;cag;;110;;*110;;;; ;6401274..6401350;;ctc;;1;;1;;;; ;6401352..6401427;;acg;;1;;1;;;; ;6401429..6401503;;ctg;;5;;5;;;; ;6401509..6401584;;gcg;;30;;30;;;; ;6401615..6401686;;gac;;5;;5;;;; ;6401692..6401779;;agc;;1;;1;;;; ;6401781..6401854;;atc;;6;6;;;;; ;6401861..6402227;;ncRNA;@3;7;7;;;;; ;6402235..6402309;;cgt;;10;;10;;;; ;6402320..6402395;;other;@4;11;;11;;;; ;6402407..6402477;;aag;;14;;14;;;; ;6402492..6402565;;aga;;11;;11;;;; ;6402577..6402650;;aaa;;1;;1;;;; ;6402652..6402727;;atgf;;1;;1;;;; ;6402729..6402804;;gtc;;1;;1;;;; ;6402806..6402879;;gaa;;5;;5;;;; ;6402885..6402958;;aac;;44;;44;;;; ;6403003..6403088;;tcc;;1;;1;;;; ;6403090..6403163;;gtg;;2;;2;;;; ;6403166..6403239;;cac;;93;;*93;;;; ;6403333..6403405;;other;;411;*411;;;;; comp;6403817..6404185;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;6543230..6543619;;CDS;;412;*412;;;130;; ;6544032..6544106;;ctg;;152;;*152;;;; ;6544259..6544331;;gca;;410;*410;;;;; ;6544742..6545917;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; ;6934653..6935819;;CDS;;69;69;;;389;; comp;6935889..6935962;;ccc;;51;51;;;;; comp;6936014..6937450;;CDS;;;;;;479;; ;;;;;;;;;;; comp;6991952..6992437;;CDS;;174;174;;;162;; comp;6992612..6992728;;5s;;170;;;;117;; comp;6992899..6996006;;23s;;307;;;;3108;; comp;6996314..6997836;;16s;;531;*531;;;1523;; comp;6998368..6999624;;CDS;;;;;;419;; ;;;;;;;;;;; ;7455514..7456608;;CDS;;167;167;;;365;; comp;7456776..7456847;;gtg;;55;55;;;;; comp;7456903..7457310;;CDS;;;;;;136;; ;;;;;;;;;;; ;7481671..7483989;;CDS;;83;83;;;*773;; comp;7484073..7484189;;5s;;169;;;;117;; comp;7484359..7487466;;23s;;315;;;;3108;; comp;7487782..7489304;;16s;;800;*800;;;1523;; comp;7490105..7490731;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;7670534..7671652;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7671789..7671863;;gtc;;18;;18;;;; comp;7671882..7671952;;tgc;;38;;38;;;; comp;7671991..7672063;;ggc;;116;116;;;;; comp;7672180..7674045;;CDS;;;;;;*622;; ;;;;;;;;;;; ;7710075..7711193;;CDS;;136;136;;;373;; comp;7711330..7711404;;gtc;;28;;28;;;; comp;7711433..7711503;;tgc;;38;;38;;;; comp;7711542..7711614;;ggc;;112;112;;;;; ;7711727..7712905;;CDS;;;;;;393;; ;;;;;;;;;;; ;8111157..8111843;;CDS;;546;*546;;;229;; comp;8112390..8112465;;gag;+;532;;*532;;;; comp;8112998..8113070;;gag;2 gag;57;;57;;;; comp;8113128..8113199;;cag;;451;*451;;;;; comp;8113651..8114457;;CDS;;;;;;269;; ;;;;;;;;;;; ;8275151..8275810;;CDS;;65;65;;;220;; ;8275876..8275950;;cgg;;416;*416;;;;; comp;8276367..8276921;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; comp;8391343..8392530;;CDS;;255;255;;;396;; comp;8392786..8392862;;atgf;;296;296;;;;; comp;8393159..8394607;;CDS;;;;;;483;; ;;;;;;;;;;; comp;8397029..8399113;;CDS;;596;*596;;;*695;; comp;8399710..8399786;;atgf;;71;71;;;;; comp;8399858..8402857;;CDS;;;;;;*1000;; ;;;;;;;;;;; comp;8601686..8603128;;CDS;;81;81;;;481;; comp;8603210..8603280;;caa;;37;37;;;;; comp;8603318..8604199;;CDS;;;;;;294;; ;;;;;;;;;;; ;8623005..8623730;;CDS;;64;64;;;242;; comp;8623795..8623871;;gcg;;171;171;;;;; comp;8624043..8624792;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;8821061..8822146;;CDS;;136;136;;;362;; ;8822283..8822356;;aca;;175;175;;;;; comp;8822532..8824421;;CDS;;;;;;*630;; ;;;;;;;;;;; ;8945870..8946763;;CDS;;190;190;;;298;; ;8946954..8947030;;ccg;;204;204;;;;; comp;8947235..8947531;;CDS;;;;;;99;; ;;;;;;;;;;; comp;8963177..8966704;;CDS;;104;104;;;*1176;; comp;8966809..8966904;;ncRNA;;83;83;*83;;;; ;8966988..8967075;;tcc;;270;270;;;;; comp;8967346..8967687;;CDS;;;;;;114;; ;;;;;;;;;;; ;8968639..8969070;;CDS;;521;*521;;;144;; comp;8969592..8969681;;tcg;;116;116;;;;; ;8969798..8970505;;CDS;;;;;;236;; ;;;;;;;;;;; ;9077764..9078855;;CDS;;326;326;;;364;; comp;9079182..9079256;;cgt;;370;370;;;;; comp;9079627..9082830;;CDS;;;;;;*1068;; ;;;;;;;;;;; comp;9084051..9086675;;CDS;;560;*560;;;*875;; comp;9087236..9087311;;cgt;;40;;40;;;; comp;9087352..9087442;;agc;;399;399;;;;; ;9087842..9089017;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;9100587..9101549;;CDS;;77;77;;;321;; ;9101627..9101714;;tca;;144;144;;;;; comp;9101859..9102145;;CDS;;;;;;96;; </pre> ====ase cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_cumuls|ase cumuls]] <pre> ase cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;8;-;1;1;1;;100;8;30;1 ;16 23 5s 0;6;20;19;;50;16;20;;200;29;60;1 ;16 atc gca;0;40;6;;100;19;40;;300;19;90;3 ;16 23 5s a;0;60;4;;150;17;60;;400;19;120;10 ;max a;0;80;3;;200;9;80;;500;14;150;9 ;a doubles;0;100;2;;250;9;100;;600;3;180;8 ;autres;0;120;2;;300;7;120;;700;3;210;8 ;total aas;0;140;1;;350;4;140;;800;2;240;5 sans ;opérons;45;160;2;;400;5;160;;900;2;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;6;180;;1000;1;300;5 ;max a;29;200;1;;500;3;200;;1100;2;330;4 ;a doubles;2;;3;;;13;;;;1;;43 ;total aas;98;;51;0;;109;;0;;103;;103 total aas;;98;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;58;;;229;;;;328;; ;;;variance;98;;;206;;;;173;; sans jaune;;;moyenne;19;;;147;;;;254;;179 ;;;variance;21;;;104;;;;111;;62 </pre> ====ase blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_blocs|ase blocs]] <pre> ase blocs;;;;;; CDS;556;454;492;125;586;72 16s;308;1524;308;1523;307;1523 23s;99;3109;108;3109;99;3109 5s;134;117;245;117;122;117 CDS;;349;;477;;266 ;;;;;; CDS;794;207;531;419;800;209 16s;315;1523;307;1523;315;1523 23s;98;3106;170;3108;169;3108 5s;247;117;174;117;83;117 CDS;;146;;162;;773 </pre> ====ase remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_remarques|ase remarques]] ====ase distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_distribution|ase distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;3;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;2;acc;2;aac;1;agc;3;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;2;ggc;;;gtc;3;gcc;2;gac;2;ggc;4;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;2;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;2;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;3;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;3;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;2;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ase; ;32;;;;;;;ase;58;;;;;;;;ase;6;;;;;; </pre> ====ase données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_données_intercalaires|ase données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;CDS rRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ase;fx;fc;ase;fx40;fc40;ase;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;22;13;0;22;13;-1;0;168;78;202;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite 1;0;10;141;464;1;20;60;-2;18;0;279;257;555;585;2* 345;;;245;;atc;97;;cgt 1;3;20;91;281;2;4;60;-3;0;0;151;387;491;793;2* 344;;;**;;gca;14;;aag ;2;30;93;195;3;23;38;-4;90;886;595;185;530;;2* 352;;;15;;ttc;11;;aga 1;6;40;63;226;4;21;48;-5;0;1;338;74;799;;23s 5s;;;62;;gac;1;;aaa 1;2;50;101;178;5;10;43;-6;2;0;92;8;5s CDS;;2* 105;;;**;;gaa;1;;atgf 1;3;60;128;185;6;13;27;-7;11;18;274;459;245;377;114;;;47;;acc;1;;gtc 2;1;70;139;191;7;13;30;-8;6;71;434;430;983;122;100;;;**;;atgj;5;;gaa 2;3;80;126;160;8;9;37;-9;2;1;817;148;;247;176;;;118;;aag;44;;aac ;2;90;105;170;9;16;54;-10;4;9;42;262;;83;175;;;**;;aag;1;;tcc 1;3;100;104;123;10;12;67;-11;17;22;1343;54;;;;;;;130;gga;2;;gtg 1;1;110;96;121;11;9;49;-12;5;0;94;132;;;;;;**;;cca;96;;cac 2;2;120;82;98;12;11;33;-13;6;12;138;-12;;;;;;29;;tgc;**;;other ;0;130;97;95;13;8;33;-14;18;12;79;296;;;;;;**;;gcg;152;;ctg 5;2;140;88;89;14;4;27;-15;11;1;103;217;;;;;;20;;ctc;**;;gca 1;0;150;62;78;15;11;23;-16;4;5;55;827;;;;;;**;;tac;18;;gtc 1;1;160;73;82;16;16;29;-17;12;6;221;1132;;;;;;9;;cgg;38;;tgc 1;0;170;67;70;17;6;23;-18;4;0;203;131;;;;;;17;;cca;**;;ggc 2;1;180;59;57;18;8;12;-19;6;5;89;19;;;;;;5;;agc;28;;gtc 1;1;190;61;70;19;10;17;-20;5;6;244;151;;;;;;4;;ctg;38;;tgc ;0;200;66;57;20;8;35;-21;1;0;91;278;;;;;;11;;cag;**;;ggc 2;1;210;56;44;21;15;20;-22;2;3;13;32;;;;;;4;;ggc;532;;gag 1;0;220;39;46;22;11;24;-23;8;7;373;104;tRNA CDS;suite;;;;3;;cgt;57;;gag ;1;230;42;53;23;7;23;-24;7;0;38;43;34;77;;;;43;;gcc;**;;cag ;0;240;39;37;24;11;13;-25;1;5;315;345;35;1017;;;;**;;tgg;40;;cgt ;1;250;42;47;25;11;18;-26;8;5;47;411;412;;;;;199;;tgg;**;;agc 1;0;260;36;17;26;2;24;-27;0;1;38;178;380;;;;;157;;ggg;;; 1;0;270;43;33;27;17;14;-28;3;4;362;69;113;;;;;64;;gcc;;; 2;2;280;34;33;28;6;14;-29;3;4;19;167;51;;;;;81;;gag;;; ;0;290;23;29;29;4;28;-30;2;0;19;136;55;;;;;141;;gga;;; 1;1;300;22;29;30;9;17;-31;4;1;23;136;116;;;;;144;;caa;;; ;0;310;31;21;31;1;22;-32;8;3;31;112;451;;;;;1;;ttg;;; ;2;320;22;22;32;6;34;-33;2;0;22;546;65;;;;;5;;acc;;; 1;0;330;16;20;33;10;20;-34;3;1;409;419;135;;;;;**;;ggc;;; ;1;340;20;32;34;4;23;-35;6;0;317;64;296;;;;;110;;cag;;; 1;0;350;22;24;35;4;22;-36;1;0;699;136;599;;;;;4;;ctc;;; ;0;360;25;18;36;7;19;-37;1;2;;175;71;;;;;1;;acg;;; ;2;370;14;16;37;7;23;-38;5;0;;204;81;;;;;5;;ctg;;; ;2;380;11;14;38;7;29;-39;0;0;;273;37;;;;;30;;gcg;;; 1;0;390;13;14;39;7;14;-40;2;1;;91;171;;;;;5;;gac;;; ;0;400;15;10;40;10;20;-41;0;3;;116;190;;;;;1;;agc;;; 9;10;reste;262;292;reste;2281;2675;-42;2;0;;329;370;;;;;**;;atc;;; 45;56;total;2691;3854;total;2691;3854;-43;2;1;;408;524;;;;;;;;;; 35;46;diagr;2398;3558;diagr;389;1165;-44;2;4;;;;;;;;;;;;; 2;5; t30;;;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;2;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;2669;352;22;3043;;;-49;0;2;;;;;;;;;;;;; ;c;3841;1300;13;5154;;;-50;3;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;8197;183;;reste;53;28;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;8380;;total;352;1300;;;;;;;;;;;;; </pre> =====ase autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires_aas|ase autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ase;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;12497;13392;78;*; ;;tRNA;13471;13544;245;*;atc ;;tRNA;13790;13862;202;*;gca fin;comp;CDS;14065;14607;;; deb;comp;CDS;45153;45968;279;*; ;comp;tRNA;46248;46330;257;*;ctg fin;;CDS;46588;47385;;; deb;;CDS;65469;66323;387;*; ;comp;tRNA;66711;66784;151;*;ggg fin;comp;CDS;66936;67442;;0; deb;comp;CDS;145264;145572;595;*; ;comp;tRNA;146168;146244;15;*;ttc ;comp;tRNA;146260;146333;62;*;gac ;comp;tRNA;146396;146468;338;*;gaa fin;comp;CDS;146807;147778;;; deb;;CDS;153733;155094;555;*; ;;rRNA;155650;157166;345;*;16s ;;rRNA;157512;160585;105;*;23s ;;rRNA;160691;160807;377;*;5s fin;comp;CDS;161185;161988;;0; deb;;CDS;164168;164716;92;*; ;;tRNA;164809;164883;274;*;aaa fin;;CDS;165158;166444;;; deb;;CDS;261106;261627;434;*; ;;tRNA;262062;262130;817;*;aaa fin;;CDS;262948;263811;;0; deb;comp;CDS;457033;458691;185;*; ;;tRNA;458877;458950;74;*;acg fin;comp;CDS;459025;460683;;0; deb;;CDS;568633;569007;491;*; ;;rRNA;569499;571014;345;*;16s ;;rRNA;571360;574433;114;*;23s ;;rRNA;574548;574664;245;*;5s fin;;CDS;574910;576340;;; deb;;CDS;627485;628396;42;*; ;;tRNA;628439;628512;8;*;gac fin;comp;CDS;628521;629174;;0; deb;;CDS;643285;644433;1343;*; ;;tRNA;645777;645849;459;*;agg fin;comp;CDS;646309;648462;;; deb;;CDS;747348;748337;430;*; ;comp;tRNA;748768;748851;148;*;tac fin;;CDS;749000;749491;;; deb;;CDS;752175;754703;94;*; ;;tRNA;754798;754870;47;*;acc ;;tRNA;754918;754990;138;*;atgj fin;;CDS;755129;755296;;; deb;;CDS;755829;756224;79;*; ;;tRNA;756304;756376;103;*;tgg fin;;CDS;756480;756857;;; deb;;CDS;940643;942004;55;*; ;;tRNA;942060;942142;221;*;tta fin;;CDS;942364;943218;;0; deb;;CDS;1120784;1121443;33;*; ;;tmRNA;1121477;1121858;553;*; fin;comp;CDS;1122412;1122636;;; deb;comp;CDS;1155560;1155901;203;*; ;comp;tRNA;1156105;1156177;89;*;gcc fin;comp;CDS;1156267;1156824;;0; deb;;CDS;1222705;1223634;262;*; ;comp;tRNA;1223897;1223980;244;*;cta fin;comp;CDS;1224225;1224701;;; deb;;CDS;1237525;1238115;91;*; ;;tRNA;1238207;1238282;54;*;cac fin;comp;CDS;1238337;1239056;;0; deb;comp;CDS;1248040;1249266;132;*; ;;tRNA;1249399;1249474;118;*;aag ;;tRNA;1249593;1249665;-12;*;aag fin;comp;CDS;1249654;1249878;;; deb;;CDS;1335812;1336096;296;*; ;comp;tRNA;1336393;1336465;13;*;aga fin;comp;CDS;1336479;1337558;;0; deb;comp;CDS;1399552;1400076;373;*; ;comp;tRNA;1400450;1400520;130;*;gga ;;tRNA;1400651;1400724;38;*;cca fin;;CDS;1400763;1402112;;; deb;comp;CDS;1406634;1406849;585;*; ;;rRNA;1407435;1408950;344;*;16s ;;rRNA;1409295;1412368;105;*;23s ;;rRNA;1412474;1412590;122;*;5s fin;comp;CDS;1412713;1413510;;0; deb;comp;CDS;1519931;1520254;217;*; ;;tRNA;1520472;1520544;315;*;aac fin;;CDS;1520860;1522122;;; deb;;CDS;1522138;1522311;47;*; ;;tRNA;1522359;1522432;827;*;atgi fin;comp;CDS;1523260;1523757;;0; deb;;CDS;1604562;1605026;38;*; ;;tRNA;1605065;1605136;1132;*;gta fin;comp;CDS;1606269;1606883;;; deb;comp;CDS;1618796;1619428;261;*; ;comp;ncRNA;1619690;1620093;61;*; fin;;CDS;1620155;1620919;;0; deb;comp;CDS;1935668;1936465;362;*; ;comp;tRNA;1936828;1936904;131;*;ttg fin;;CDS;1937036;1937656;;; deb;;CDS;2434657;2435559;19;*; ;comp;tRNA;2435579;2435661;151;*;ctc fin;;CDS;2435813;2438881;;; deb;comp;CDS;2570204;2570824;793;*; ;;rRNA;2571618;2573133;352;*;16s ;;rRNA;2573486;2576560;100;*;23s ;;rRNA;2576661;2576777;247;*;5s fin;comp;CDS;2577025;2577462;;; deb;comp;CDS;4900233;4901780;19;*; ;comp;tRNA;4901800;4901878;29;*;tgc ;comp;tRNA;4901908;4901981;19;*;gcg deb;comp;CDS;4902001;4902321;23;*; ;comp;tRNA;4902345;4902417;31;*;gac fin;comp;CDS;4902449;4903369;;; deb;;CDS;4989030;4989761;22;*; ;;tRNA;4989784;4989878;278;*;other fin;comp;CDS;4990157;4990528;;0; deb;;CDS;5443888;5444526;409;*; ;;tRNA;5444936;5445009;20;*;ctc ;;tRNA;5445030;5445111;32;*;tac fin;comp;CDS;5445144;5446565;;; deb;;CDS;6208479;6209489;104;*; ;comp;tRNA;6209594;6209666;9;*;cgg ;comp;tRNA;6209676;6209749;17;*;cca ;comp;tRNA;6209767;6209859;5;*;agc ;comp;tRNA;6209865;6209939;4;*;ctg ;comp;tRNA;6209944;6210015;11;*;cag ;comp;tRNA;6210027;6210100;4;*;ggc ;comp;tRNA;6210105;6210177;3;*;cgt ;comp;tRNA;6210181;6210254;43;*;gcc ;comp;tRNA;6210298;6210369;345;*;tgg fin;;CDS;6210715;6210885;;0; deb;comp;CDS;6288256;6290592;317;*; ;comp;tRNA;6290910;6291005;43;*;tga fin;;CDS;6291049;6292041;;0; deb;;CDS;6397947;6398423;699;*; ;;tRNA;6399123;6399196;199;*;tgg ;;tRNA;6399396;6399468;157;*;ggg ;;tRNA;6399626;6399698;64;*;gcc ;;tRNA;6399763;6399834;81;*;gag ;;tRNA;6399916;6399989;141;*;gga ;;tRNA;6400131;6400207;144;*;caa ;;tRNA;6400352;6400426;1;*;ttg ;;tRNA;6400428;6400500;5;*;acc ;;tRNA;6400506;6400577;34;*;ggc deb;;CDS;6400612;6401055;35;*; ;;tRNA;6401091;6401163;110;*;cag ;;tRNA;6401274;6401347;4;*;ctc ;;tRNA;6401352;6401427;1;*;acg ;;tRNA;6401429;6401503;5;*;ctg ;;tRNA;6401509;6401584;30;*;gcg ;;tRNA;6401615;6401686;5;*;gac ;;tRNA;6401692;6401779;1;*;agc ;;tRNA;6401781;6401854;6;*;atc ;;ncRNA;6401861;6402227;7;*; ;;tRNA;6402235;6402309;97;*;cgt ;;tRNA;6402407;6402477;14;*;aag ;;tRNA;6402492;6402565;11;*;aga ;;tRNA;6402577;6402650;1;*;aaa ;;tRNA;6402652;6402727;1;*;atgf ;;tRNA;6402729;6402804;1;*;gtc ;;tRNA;6402806;6402879;5;*;gaa ;;tRNA;6402885;6402958;44;*;aac ;;tRNA;6403003;6403088;1;*;tcc ;;tRNA;6403090;6403163;2;*;gtg ;;tRNA;6403166;6403236;96;*;cac ;;tRNA;6403333;6403405;411;*;other fin;comp;CDS;6403817;6404185;;; deb;;CDS;6543191;6543619;412;*; ;;tRNA;6544032;6544106;152;*;ctg ;;tRNA;6544259;6544331;380;*;gca deb;;CDS;6544712;6545917;113;*; ;;tRNA;6546031;6546105;178;*;gac fin;comp;CDS;6546284;6546739;;; deb;;CDS;6934653;6935819;69;*; ;comp;tRNA;6935889;6935962;51;*;ccc fin;comp;CDS;6936014;6937450;;; deb;comp;CDS;6991353;6991628;983;*; ;comp;rRNA;6992612;6992728;176;*;5s ;comp;rRNA;6992905;6995977;344;*;23s ;comp;rRNA;6996322;6997837;530;*;16s fin;comp;CDS;6998368;6999624;;0; deb;;CDS;7455514;7456608;167;*; ;comp;tRNA;7456776;7456847;55;*;gtg fin;comp;CDS;7456903;7457310;;0; deb;;CDS;7481701;7483989;83;*; ;comp;rRNA;7484073;7484189;175;*;5s ;comp;rRNA;7484365;7487437;352;*;23s ;comp;rRNA;7487790;7489305;799;*;16s fin;comp;CDS;7490105;7490731;;; deb;;CDS;7670534;7671652;136;*; ;comp;tRNA;7671789;7671863;18;*;gtc ;comp;tRNA;7671882;7671952;38;*;tgc ;comp;tRNA;7671991;7672063;116;*;ggc fin;comp;CDS;7672180;7674045;;; deb;;CDS;7710075;7711193;136;*; ;comp;tRNA;7711330;7711404;28;*;gtc ;comp;tRNA;7711433;7711503;38;*;tgc ;comp;tRNA;7711542;7711614;112;*;ggc fin;;CDS;7711727;7712905;;1; deb;;CDS;8111157;8111843;546;*; ;comp;tRNA;8112390;8112465;532;*;gag ;comp;tRNA;8112998;8113070;57;*;gag ;comp;tRNA;8113128;8113199;451;*;cag fin;comp;CDS;8113651;8114445;;; deb;;CDS;8275151;8275810;65;*; ;;tRNA;8275876;8275947;419;*;cgg fin;comp;CDS;8276367;8276921;;; deb;comp;CDS;8391343;8392650;135;*; ;comp;tRNA;8392786;8392862;296;*;atgf fin;comp;CDS;8393159;8394526;;0; deb;comp;CDS;8397029;8399113;599;*; ;comp;tRNA;8399713;8399786;71;*;atgf fin;comp;CDS;8399858;8402857;;; deb;comp;CDS;8601686;8603128;81;*; ;comp;tRNA;8603210;8603280;37;*;caa fin;comp;CDS;8603318;8604127;;0; deb;;CDS;8623005;8623730;64;*; ;comp;tRNA;8623795;8623871;171;*;gcg fin;comp;CDS;8624043;8624798;;; deb;comp;CDS;8821061;8822146;136;*; ;;tRNA;8822283;8822356;175;*;aca fin;comp;CDS;8822532;8824394;;; deb;;CDS;8945870;8946763;190;*; ;;tRNA;8946954;8947030;204;*;ccg fin;comp;CDS;8947235;8947531;;0; deb;comp;CDS;8963177;8966704;104;*; ;comp;ncRNA;8966809;8966904;83;*; ;;tRNA;8966988;8967072;273;*;tcc fin;comp;CDS;8967346;8967687;;; deb;;CDS;8969168;8969500;91;*; ;comp;tRNA;8969592;8969681;116;*;tcg fin;;CDS;8969798;8970505;;0; deb;;CDS;9077764;9078855;329;*; ;comp;tRNA;9079185;9079256;370;*;cgt fin;comp;CDS;9079627;9082830;;0; deb;comp;CDS;9084051;9086714;524;*; ;comp;tRNA;9087239;9087311;40;*;cgt ;comp;tRNA;9087352;9087442;408;*;agc fin;;CDS;9087851;9089017;;0; deb;comp;CDS;9100587;9101549;77;*; ;;tRNA;9101627;9101711;1017;*;tca fin;comp;CDS;9102729;9103751;;0; </pre> ====ase intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_entre_cds|ase intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> ase;2.2.21 Paris;;ase 17.12.20;;;;;;;;; ase;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;1652;20.2;'''négatif ;-11;18;-1 à -120;'''9 239 851;-1;1652;610;9 ;'''zéro;35;0.4;;;;;'''intercals;0;35;620;10 ;'''1 à 200;4832;58.9;'''0 à 200;76;56;;'''1 063 558;5;327;630;11 ;'''201 à 370;1047;12.8;'''201 à 370;270;48;;'''11.5%;10;278;640;9 ;'''371 à 600;399;4.9;'''371 à 600;466;64;;;15;208;650;8 ;'''601 à max;232;2.8;'''601 à 1028;901;335;;;20;164;660;5 ;'''total 8197;<201;79.5;'''total 8191;125;189;-120 à 2272;;25;153;670;10 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;135;680;7 3108649;3760;-1;1652;-70;42;;0;35;35;146;690;2 5950001;3290;0;35;-60;13;;-1;°168;40;143;700;3 9227973;3263;1;°80;-50;29;;-2;18;45;135;710;4 5776402;3118;2;64;-40;23;;-3;0;50;144;720;4 6218652;2918;3;61;-30;39;'''min à -1;-4;°976;55;169;730;4 2517961;2663;4;°69;-20;73;1652;-5;1;60;144;740;5 7134889;2272;5;53;-10;159;20.2%;-6;2;65;154;750;6 355339;2255;6;40;0;1309;;-7;29;70;176;760;4 6142216;2155;7;43;10;605;;-8;°77;75;138;770;5 744687;2103;8;46;20;372;;-9;3;80;148;780;3 7132107;2080;9;70;30;288;;-10;13;85;145;790;4 713737;2014;10;°79;40;289;'''1 à 100;-11;°39;90;130;800;5 56486;1991;11;58;50;279;3264;-12;5;95;123;810;3 7915401;1920;12;44;60;313;39.8%;-13;18;100;104;820;5 1728815;1782;13;41;70;330;;-14;°30;105;106;830;3 6917877;1616;14;31;80;286;;-15;12;110;111;840;5 3627392;1532;15;34;90;275;;-16;9;115;101;850;3 6902269;1526;16;°45;100;227;;-17;°18;120;79;860;1 7156539;1508;17;29;110;217;;-18;4;125;101;870;4 4817485;1484;18;20;120;180;;-19;11;130;91;880;4 3228912;1467;19;27;130;192;;-20;°11;135;89;890;4 1528987;1458;20;°43;140;177;;-21;1;140;88;900;1 8078456;1411;21;35;150;140;;-22;5;145;76;910;1 8199307;1409;22;35;160;155;;-23;°15;150;64;920;1 5463416;1395;23;30;170;137;'''1 à 200;-24;7;155;89;930;1 1188761;1392;24;24;180;116;4832;-25;6;160;66;940;1 9239126;1338;25;29;190;131;58.9%;-26;°13;165;76;950;2 3240125;1331;26;26;200;123;;-27;1;170;61;960;0 1083604;1320;27;31;210;100;;-28;7;175;58;970;7 6788001;1297;28;20;220;85;;-29;°7;180;58;980;0 3417418;1292;29;32;230;95;;-30;2;185;67;990;3 6304514;1289;30;26;240;76;'''0 à 200;-31;5;190;64;1000;4 8425004;1285;31;23;250;89;4867;-32;°11;195;72;1010;0 5338257;1267;32;°40;260;53;;;1559;200;51;1020;1 204079;1263;33;30;270;76;;reste;128;205;54;1030;1 6897972;1260;34;27;280;67;;total;1687;210;46;1040;2 ;;35;26;290;52;;;;215;45;1050;3 ;;36;26;300;51;;'''intercal;'''<u>frequence5;220;40;1060;2 ;;37;30;310;52;;600;7965;225;50;1070;0 ;;38;°36;320;44;;650;47;230;45;1080;0 ;;39;21;330;36;;700;27;235;43;1090;3 ;;40;30;340;52;'''201 à 370;750;23;240;33;1100;0 ;;reste;4956;350;46;1047;800;21;245;45;1110;1 ;;total;8197;360;43;12.8%;850;19;250;44;1120;1 ;;;;370;30;;900;14;255;28;1130;1 ;;;;380;25;;950;6;260;25;1140;0 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;27;;1000;14;265;34;1150;0 1905626;-120;comp;;400;25;;1050;7;270;42;1160;0 1623585;-119;shift2;1160;410;16;;1100;5;275;37;1170;0 3648339;-119;comp;;420;36;;1150;3;280;30;1180;2 5459717;-119;shift2;533;430;19;;1200;4;285;23;1190;1 2592786;-111;comp;;440;20;;1250;2;290;29;1200;1 7166313;-110;shift2;3494;450;19;;1300;11;295;24;reste;42 2954690;-109;;;460;19;;1350;3;300;27;total;8197 3376872;-109;;;470;16;;1400;2;305;28;; 1386988;-107;;;480;20;;1450;2;310;24;; 1241468;-106;;;490;21;;1500;3;315;23;; 2667462;-106;;;500;13;;1550;3;320;21;; 5582768;-106;;;510;22;;1600;0;325;19;; 4986287;-105;;;520;14;;1650;1;330;17;; 5304717;-101;;;530;4;;1700;0;335;33;; 3730598;-100;;;540;16;'''371 à 600;1750;0;340;19;; 5353721;-97;;;550;11;399;1800;1;345;22;; 6351308;-97;;;560;10;4.9%;1850;0;350;24;; 9179797;-95;;;570;12;;1900;0;355;21;; 594603;-94;;;580;14;'''601 à max;1950;1;360;22;; 6906822;-94;;;590;12;232;2000;1;365;12;; 323356;-93;;;600;8;2.8%;;220;370;18;; 1310874;-93;;;reste;232;;reste;12;reste;631;; 5450079;-91;;;total;8197;;total;8197;total;8197;; </pre> ====ase intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations;;;;;;;;;;;;;; ase. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; ase;min40;2398;3558;5956;959;922;940;18;646;725;814;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; 135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; ase;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;19;-108;35;46;872;189;max70;&-43;352;-987;104;910;273;min50 31 à 400;22;-129;74;44;881;195;2 parties;&-18;182;-637;85;976;337;2 parties droite;-a;cste; -;R2;note;R2’;;&-a;cste; -;R2;note;R2’; 1 à 400;125;51; -;847;dte;25;tf;&184;63; -;694;poly;216;SF 31 à 400;129;52; -;849;dte;32;tf;&141;51; -;827;poly;149;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50, '''t30 t50'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;corrélation;;;;;;;;;;;;; 41-n;0.959;0.922;0.940;;0.346;;;;;;;;;;;;; 1-n;0.814;0.646;0.725;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;; ase;fx;fc;;fx40;fc40;;ase;fx%;fc%;;x;;ase;comp’;continu;ase;comp’;continu 0;22;13;0;22;13;;0;9;4;>0;2657;;-1;0;168;-51;3;0 10;141;464;1;20;60;;10;59;130;<0;352;;-2;18;0;-52;0;3 20;93;279;2;5;59;;20;39;78;zéro;22;;-3;0;0;-53;4;0 30;92;196;3;23;38;;30;38;55;total;3031;;-4;91;885;-54;1;0 40;63;226;4;21;48;;40;26;64;;c;;-5;0;1;-55;0;1 50;101;178;5;10;43;;50;42;50;>0;3853;;-6;2;0;-56;4;0 60;130;183;6;12;28;;60;54;51;<0;1300;;-7;11;18;-57;1;0 70;137;193;7;12;31;;70;57;54;zéro;13;;-8;6;71;-58;3;0 80;126;160;8;9;37;;80;53;45;total;5166;;-9;2;1;-59;4;2 90;104;171;9;17;53;;90;43;48;;;;-10;4;9;-60;0;0 100;101;126;10;12;67;;100;42;35;;;;-11;17;22;-61;0;0 110;95;122;11;9;49;;110;40;34;;;;-12;5;0;-62;2;0 120;82;98;12;11;33;;120;34;28;;;;-13;6;12;-63;0;0 130;96;96;13;8;33;;130;40;27;;;;-14;18;12;-64;1;0 140;89;88;14;5;26;;140;37;25;;;;-15;11;1;-65;3;0 150;62;78;15;11;23;;150;26;22;;;;-16;4;5;-66;1;0 160;73;82;16;17;28;;160;30;23;;;;-17;12;6;-67;2;1 170;66;71;17;6;23;;170;28;20;;;;-18;4;0;-68;2;0 180;59;57;18;8;12;;180;25;16;;;;-19;6;5;-69;1;0 190;61;70;19;10;17;;190;25;20;;;;-20;5;6;-70;0;2 200;65;58;20;8;35;;200;27;16;;;;-21;1;0;-71;0;0 210;55;45;21;15;20;;210;23;13;;;;-22;2;3;-72;2;0 220;39;46;22;11;24;;220;16;13;;;;-23;8;7;-73;0;0 230;42;53;23;7;23;;230;18;15;;;;-24;7;0;-74;1;1 240;39;37;24;10;14;;240;16;10;;;;-25;1;5;-75;0;0 250;41;48;25;11;18;;250;17;13;;;;-26;8;5;-76;0;1 260;36;17;26;2;24;;260;15;5;;;;-27;0;1;-77;0;0 270;43;33;27;17;14;;270;18;9;;;;-28;3;4;-78;0;0 280;34;33;28;6;14;;280;14;9;;;;-29;3;4;-79;0;1 290;23;29;29;4;28;;290;10;8;;;;-30;2;0;-80;1;0 300;22;29;30;9;17;;300;9;8;;;;-31;4;1;-81;1;0 310;31;21;31;1;22;;310;13;6;;;;-32;7;4;-82;2;1 320;22;22;32;6;34;;320;9;6;;;;-33;2;0;-83;0;0 330;16;20;33;10;20;;330;7;6;;;;-34;3;1;-84;0;0 340;20;32;34;4;23;;340;8;9;;;;-35;6;0;-85;0;0 350;22;24;35;4;22;;350;9;7;;;;-36;1;0;-86;2;1 360;24;19;36;7;19;;360;10;5;;;;-37;1;2;-87;1;0 370;14;16;37;7;23;;370;6;4;;;;-38;5;0;-88;1;0 380;11;14;38;7;29;;380;5;4;;;;-39;0;0;-89;0;1 390;13;14;39;7;14;;390;5;4;;;;-40;2;1;-90;0;0 400;15;10;40;10;20;;400;6;3;;;;-41;0;3;-91;0;1 reste;259;295;;2268;2688;;;;;;;;-42;2;0;-92;0;0 total;2679;3866;;2679;3866;;t30;136;264;;;;-43;2;1;-93;2;0 diagr;2398;3558;;389;1165;;t50;204;377;;;;-44;2;4;-94;0;2 - t30;2072;2619;;;;;;;;;;;-45;0;0;-95;0;1 - t50;1908;2215;;;;;;;;;;;-46;0;1;-96;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;2;1;-97;0;2 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;-98;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;2;-99;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;3;0;-100;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;53;28;reste;8;7 ;;;;;;;;;;;;;total;352;1300;total;53;28 </pre> ====ase intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_négatifs_S-|ase intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;;; comp’;0;18;0;84;0;2;10;5;2;4;15;4;4;17;10;4;11;4;5;5;1;2;7;6;1;8;0;2;3;1;3;5;2;3;5;1;1;5;0;1;0;2;2;1;0;0;2;0;0;2;2;0;3;1;0;4;0;2;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;319;49 continu;168;0;0;892;1;0;19;72;1;9;24;1;14;13;2;5;7;0;6;6;0;3;8;1;5;5;1;5;4;1;2;6;0;1;1;0;2;0;0;2;3;0;1;5;0;1;1;0;2;1;1;3;1;0;1;0;1;1;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;1;6;1333;32 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;ase;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total;-51;-52;-53;-54;-55;-56;-57;-58;-59;-60;-61;-62;-63;-64;-65;-66;-67;-68;-69;-70;-71;-72;-73;-74;-75;-76;-77;-78;-79;-80;-81;-82;-83;-84;-85;-86;-87;-88;-89;-90;-91;-92;-93;-94;-95;-96;-97;-98;-99;-100;reste;total ;comp’;0;18;0;91;0;2;11;6;2;4;17;5;6;18;11;4;12;4;6;5;1;2;8;7;1;8;0;3;3;2;4;7;2;3;6;1;1;5;0;2;0;2;2;2;0;0;2;0;0;3;53;352;3;0;4;1;0;4;1;3;4;0;0;2;0;1;3;1;2;2;1;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;1;1;2;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;8;53 ;continu;168;0;0;885;1;0;18;71;1;9;22;0;12;12;1;5;6;0;5;6;0;3;7;0;5;5;1;4;4;0;1;4;0;1;0;0;2;0;0;1;3;0;1;4;0;1;1;0;2;0;28;1300;0;3;0;0;1;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;2;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;7;28 </pre> ====ase autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_autres_intercalaires|ase autres intercalaires]] <pre> ase;autres intercalaires;;adresses1;;;ase;autres intercalaires;;adresses2;;;ase;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;12497;78;;;deb;°CDS;1519931;217;comp;;deb;°CDS;6543191;412; ;&tRNA;13471;245;;;;&tRNA;1520472;315;;;;&tRNA;6544032;152; ;&tRNA;13790;202;;;fin;°CDS;1520860;;;;;&tRNA;6544259;380; fin;°CDS;14065;;comp;;deb;°CDS;1522138;47;;;deb;°CDS;6544712;113; deb;°CDS;45153;279;comp;;;&tRNA;1522359;827;;;;&tRNA;6546031;178; ;&tRNA;46248;257;comp;;fin;°CDS;1523260;;comp;;fin;°CDS;6546284;; fin;°CDS;46588;;;;deb;°CDS;1604562;38;;;deb;°CDS;6934653;69; deb;°CDS;65469;387;comp;;;&tRNA;1605065;1132;;;;&tRNA;6935889;51;comp ;&tRNA;66711;151;comp;;fin;°CDS;1606269;;;;fin;°CDS;6936014;;comp fin;°CDS;66936;;comp;;deb;°CDS;1618796;261;comp;;deb;°CDS;6991353;983;comp deb;°CDS;145264;595;comp;;;ncRNA;1619690;61;comp;;;$rRNA;6992612;176;comp ;&tRNA;146168;15;comp;;fin;°CDS;1620155;;;;;$rRNA;6992905;344;comp ;&tRNA;146260;62;comp;;deb;°CDS;1935668;362;comp;;;$rRNA;6996322;530;comp ;&tRNA;146396;338;comp;;;&tRNA;1936828;131;comp;;fin;°CDS;6998368;;comp fin;°CDS;146807;;comp;;fin;°CDS;1937036;;;;deb;°CDS;7455514;167; deb;°CDS;153733;555;;;deb;°CDS;2434657;19;;;;&tRNA;7456776;55;comp ;$rRNA;155650;345;;;;&tRNA;2435579;151;comp;;fin;°CDS;7456903;;comp ;$rRNA;157512;105;;;fin;°CDS;2435813;;;;deb;°CDS;7481701;83; ;$rRNA;160691;377;;;deb;°CDS;2570204;793;comp;;;$rRNA;7484073;175;comp fin;°CDS;161185;;comp;;;$rRNA;2571618;352;;;;$rRNA;7484365;352;comp deb;°CDS;164168;92;;;;$rRNA;2573486;100;;;;$rRNA;7487790;799;comp ;&tRNA;164809;274;;;;$rRNA;2576661;247;;;fin;°CDS;7490105;;comp fin;°CDS;165158;;;;fin;°CDS;2577025;;comp;;deb;°CDS;7670534;136; deb;°CDS;261106;434;;;deb;°CDS;4900233;19;comp;;;&tRNA;7671789;18;comp ;&tRNA;262062;817;;;;&tRNA;4901800;29;comp;;;&tRNA;7671882;38;comp fin;°CDS;262948;;;;;&tRNA;4901908;19;comp;;;&tRNA;7671991;116;comp deb;°CDS;457033;185;comp;;deb;°CDS;4902001;23;comp;;fin;°CDS;7672180;;comp ;&tRNA;458877;74;;;;&tRNA;4902345;31;comp;;deb;°CDS;7710075;136; fin;°CDS;459025;;comp;;fin;°CDS;4902449;;comp;;;&tRNA;7711330;28;comp deb;°CDS;568633;491;;;deb;°CDS;4989030;22;;;;&tRNA;7711433;38;comp ;$rRNA;569499;345;;;;&tRNA;4989784;278;;;;&tRNA;7711542;112;comp ;$rRNA;571360;114;;;fin;°CDS;4990157;;comp;;fin;°CDS;7711727;; ;$rRNA;574548;245;;;deb;°CDS;5443888;409;;;deb;°CDS;8111157;546; fin;°CDS;574910;;;;;&tRNA;5444936;20;;;;&tRNA;8112390;532;comp deb;°CDS;627485;42;;;;&tRNA;5445030;32;;;;&tRNA;8112998;57;comp ;&tRNA;628439;8;;;fin;°CDS;5445144;;comp;;;&tRNA;8113128;451;comp fin;°CDS;628521;;comp;;deb;°CDS;6208479;104;;;fin;°CDS;8113651;;comp deb;°CDS;643285;1343;;;;&tRNA;6209594;9;comp;;deb;°CDS;8275151;65; ;&tRNA;645777;459;;;;&tRNA;6209676;17;comp;;;&tRNA;8275876;419; fin;°CDS;646309;;comp;;;&tRNA;6209767;5;comp;;fin;°CDS;8276367;;comp deb;°CDS;747348;430;;;;&tRNA;6209865;4;comp;;deb;°CDS;8391343;135;comp ;&tRNA;748768;148;comp;;;&tRNA;6209944;11;comp;;;&tRNA;8392786;296;comp fin;°CDS;749000;;;;;&tRNA;6210027;4;comp;;fin;°CDS;8393159;;comp deb;°CDS;752175;94;;;;&tRNA;6210105;3;comp;;deb;°CDS;8397029;599;comp ;&tRNA;754798;47;;;;&tRNA;6210181;43;comp;;;&tRNA;8399713;71;comp ;&tRNA;754918;138;;;;&tRNA;6210298;345;comp;;fin;°CDS;8399858;;comp fin;°CDS;755129;;;;fin;°CDS;6210715;;comp;;deb;°CDS;8601686;81;comp deb;°CDS;755829;79;;;deb;°CDS;6288256;317;comp;;;&tRNA;8603210;37;comp ;&tRNA;756304;103;;;;&tRNA;6290910;43;comp;;fin;°CDS;8603318;;comp fin;°CDS;756480;;;;fin;°CDS;6291049;;;;deb;°CDS;8623005;64; deb;°CDS;940643;55;;;deb;°CDS;6397947;699;;;;&tRNA;8623795;171;comp ;&tRNA;942060;221;;;;&tRNA;6399123;199;;;fin;°CDS;8624043;;comp fin;°CDS;942364;;;;;&tRNA;6399396;157;;;deb;°CDS;8821061;136;comp deb;°CDS;1120784;33;;;;&tRNA;6399626;64;;;;&tRNA;8822283;175; ;tmRNA;1121477;553;;;;&tRNA;6399763;81;;;fin;°CDS;8822532;;comp fin;°CDS;1122412;;comp;;;&tRNA;6399916;141;;;deb;°CDS;8945870;190; deb;°CDS;1155560;203;comp;;;&tRNA;6400131;144;;;;&tRNA;8946954;204; ;&tRNA;1156105;89;comp;;;&tRNA;6400352;1;;;fin;°CDS;8947235;;comp fin;°CDS;1156267;;comp;;;&tRNA;6400428;5;;;deb;°CDS;8963177;104;comp deb;°CDS;1222705;262;;;;&tRNA;6400506;34;;;;ncRNA;8966809;83;comp ;&tRNA;1223897;244;comp;;deb;°CDS;6400612;35;;;;&tRNA;8966988;273; fin;°CDS;1224225;;comp;;;&tRNA;6401091;110;;;fin;°CDS;8967346;;comp deb;°CDS;1237525;91;;;;&tRNA;6401274;4;;;deb;°CDS;8969168;91; ;&tRNA;1238207;54;;;;&tRNA;6401352;1;;;;&tRNA;8969592;116;comp fin;°CDS;1238337;;comp;;;&tRNA;6401429;5;;;fin;°CDS;8969798;; deb;°CDS;1248040;132;comp;;;&tRNA;6401509;30;;;deb;°CDS;9077764;329; ;&tRNA;1249399;118;;;;&tRNA;6401615;5;;;;&tRNA;9079185;370;comp ;&tRNA;1249593;-12;;;;&tRNA;6401692;1;;;fin;°CDS;9079627;;comp fin;°CDS;1249654;;comp;;;&tRNA;6401781;6;;;deb;°CDS;9084051;524;comp deb;°CDS;1335812;296;;;;ncRNA;6401861;7;;;;&tRNA;9087239;40;comp ;&tRNA;1336393;13;comp;;;&tRNA;6402235;97;;;;&tRNA;9087352;408;comp fin;°CDS;1336479;;comp;;;&tRNA;6402407;14;;;fin;°CDS;9087851;; deb;°CDS;1399552;373;comp;;;&tRNA;6402492;11;;;deb;°CDS;9100587;77;comp ;&tRNA;1400450;130;comp;;;&tRNA;6402577;1;;;;&tRNA;9101627;1017; ;&tRNA;1400651;38;;;;&tRNA;6402652;1;;;fin;°CDS;9102729;;comp fin;°CDS;1400763;;;;;&tRNA;6402729;1;;;;;;; deb;°CDS;1406634;585;comp;;;&tRNA;6402806;5;;;;;;; ;$rRNA;1407435;344;;;;&tRNA;6402885;44;;;;;;; ;$rRNA;1409295;105;;;;&tRNA;6403003;1;;;;;;; ;$rRNA;1412474;122;;;;&tRNA;6403090;2;;;;;;; fin;°CDS;1412713;;comp;;;&tRNA;6403166;96;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;6403333;411;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;6403817;;comp;;;;;; </pre> ====ase intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_tRNA|ase intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;245;;78;comp’;202;;19;13;; ;;;279;comp’;257;;22;19;'''deb; ;;;387;;151;;23;31;<201;18 ;15;;595;;338;;35;34;total;32 ;62;;;;;;38;37;taux;56% ;;;92;;274;;42;38;; ;;;434;;817;;47;51;'''fin; ;;comp’;185;comp’;74;;55;55;<201;16 ;;;42;comp’;8;;65;71;total;28 ;;;1343;comp’;459;;78;89;taux;57% ;;comp’;430;comp’;148;;79;103;; ;47;;94;;138;;81;116;'''total; ;;;79;;103;;91;138;<201;34 ;;;55;;221;;92;151;total;60 ;;;203;;89;;94;171;taux;57% ;;comp’;262;;244;;113;178;; ;;;91;comp’;54;;135;221;; ;118;comp’;132;comp’;-12;;190;244;; ;;comp’;296;;13;;203;274;; comp’;130;;373;;38;;279;296;; ;;comp’;217;;315;;317;315;; ;;;47;comp’;827;;362;338;; ;;;38;;1132;;373;345;; ;;;362;comp’;131;;387;370;; ;;comp’;19;comp’;151;;409;380;; ;29;;19;;19;;412;451;; ;;;23;;31;;434;817;; ;;;22;comp’;278;;524;1132;; ;20;;409;comp’;32;;595;'''-;; 5aas;9 17 5 4 11 ;comp’;104;;345;;599;'''-;; 3aas;4 3 43;;;;;;699;'''-;; ;;;317;comp’;43;;1343;'''-;'''comp’;'''cumuls 8aas;199 157 64 81 141 144 1 5;;699;;34;;19;'''-12;; 7aas;110 4 1 5 30 5 1 6ncRNA7;;35;comp’;411;;64;8;'''deb; 11aas ;97 14 11 1 1 1 5 44 1 2 96;;;;;;69;32;<201;12 ;152;;412;;380;;77;43;total;18 ;;;113;;178;;91;54;taux;67% ;;comp’;69;;51;;104;74;; ;;comp’;167;;55;;132;112;'''fin; ;18 38;comp’;136;;116;;136;116;<201;12 ;28 38;comp’;136;comp’;112;;136;131;total;23 ;532 57;comp’;546;;451;;136;148;taux;34% ;;;65;comp’;419;;167;151;; ;;;135;;296;;185;175;'''total; ;;;599;;71;;217;202;<201;24 ;;;81;;37;;262;204;total;41 ;;comp’;64;;171;;296;257;taux;59% ;;comp’;136;comp’;175;;329;273;; ;;;190;comp’;204;;430;278;; ;;;;comp’;273;;546;408;; ;;comp’;91;comp’;116;;'''-;411;; ;;comp’;329;;370;;'''-;419;; ;40;;524;comp’;408;;'''-;459;; ;;comp’;77;comp’;1017;;'''-;827;; ;;;;;;;'''-;1017;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;30;28;58;;;;;;; total;50;51;101;;;;;;; taux;60%;55%;57%;;;;;;; </pre> ===blo=== ====blo opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_opérons|blo opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Bifi_long_NCC2705/bifiLong-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_004307.2;blo;genome;57;;; 60%GC;30.6.19 Paris;16s 4;NCBI;gtRNAdb;doubles;intercalaires ;Bifidobacterium longum NCC2705;;;;; ;115187..115260;;val;gta;; ;;;;;; ;159243..160772;;16s;;@1;430 ;161203..164268;;23s;;;168 ;164437..164556;;5s;;; ;;;;;; comp;207382..207457;;tgg;tgg;; ;;;;;; comp;382849..382924;;aac;aac;+;43 comp;382968..383040;;aac;aac;2 aac; ;;;;;; comp;440078..440150;;aac;aac;; ;;;;;; ;503549..503624;;gly;ggc;+;24 ;503649..503719;;tgc;tgc;2 ggc;41 ;503761..503835;;val;gtc;;45 ;503881..503953;;val;gtg;;31 ;503985..504060;;gly;ggc;; ;;;;;; ;521008..521084;;pro;ccc;; ;;;;;; ;648764..648851;;leu;ctc;; ;;;;;; comp;747296..747369;;arg;cgt;+;29 comp;747399..747472;;arg;cgt;2 cgt; ;;;;;; ;775646..775716;;gln;caa;; ;;;;;; ;778709..778784;;ala;gcc;+;86 ;778871..778946;;ala;gcc;2 gcc; ;;;;;; ;793729..793805;;pro;cca;; ;;;;;; comp;804390..804463;;leu;ttg;; ;;;;;; comp;841055..841136;;leu;tta;; ;;;;;; ;937056..937131;;cac;cac;; ;;;;;; comp;981177..981253;;arg;aga;; ;;;;;; ;1202433..1202505;;thr;acg;;87 ;1202593..1202676;;leu;cta;; ;;;;;; ;1208139..1208211;;thr;acg;; ;;;;;; comp;1264390..1264465;;val;gtg;;48 comp;1264514..1264585;;val;gtc;;46 comp;1264632..1264704;;gly;ggc;; ;;;;;; comp;1280591..1280666;;arg;cgg;; ;;;;;; ;1295466..1295542;;atg;atgf;; ;;;;;; comp;1350001..1350074;;lys;aag;; ;;;;;; comp;1388875..1388950;;lys;aaa;; ;;;;;; ;1410594..1410681;;ser;tcc;; ;;;;;; comp;1424793..1424867;;gln;cag;;36 comp;1424904..1424979;;glu;gag;; ;;;;;; comp;1524142..1524215;;gly;ggg;; ;;;;;; ;1534802..1534887;;leu;ctg;; ;;;;;; ;1606163..1606236;;ile;atc;;42 ;1606279..1606351;;ala;gca;; ;;;;;; comp;1646835..1646911;;thr;aca;; ;;;;;; ;1705902..1707431;;16s;;;429 ;1707861..1710926;;23s;;;168 ;1711095..1711215;;5s;;; ;;;;;; ;1712083..1713614;;16s;;;422 ;1714037..1717102;;23s;;;168 ;1717271..1717390;;5s;;; ;;;;;; ;1769952..1770027;;ala;gcg;; ;;;;;; ;1905665..1905740;;tgg;tgg;; ;;;;;; ;1908902..1910431;;16s;;;428 ;1910860..1913926;;23s;;;168 ;1914095..1914214;;5s;;; ;;;;;; ;1936132..1936205;;gly;gga;; ;;;;;; ;1971396..1971477;;tac;tac;;1 ;1971479..1971550;;thr;acc;;4 ;1971555..1971631;;atg;atgj;; ;;;;;; ;1979312..1979401;;ser;agc;; ;;;;;; ;2016025..2016112;;ser;tcg;; ;;;;;; ;2047072..2047159;;ser;tca;; ;;;;;; comp;2068637..2068713;;pro;ccg;; ;;;;;; comp;2085402..2085473;;glu;gaa;; ;;;;;; ;2087969..2088042;;gac;gac;;47 ;2088090..2088165;;ttc;ttc;; ;;;;;; ;2110850..2110926;;gac;gac;; ;;;;;; ;2130626..2130699;;atg;atgi;; ;;;;;; ;2171440..2171512;;arg;agg;; </pre> ====blo cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_cumuls|blo cumuls]] <pre> blo cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;4;1;1;- ;16 23 5s 0;4;20;1; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;7; ;max a;0;80;0; ;a doubles;0;100;2; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;41;160;0; ;1 aa;31;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;4;;0; ;total aas;55;;15;0 total aas;;55;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;41; ;;;variance;24; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;16; </pre> ====blo blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_blocs|blo blocs]] <pre> blo blocs;;;; 16s;430;1530;422;1532 23s;168;3066;168;3066 5s;;120;;120 ;;;; 16s;429;1530;428;1530 23s;168;3066;168;3067 5s;;121;;120 </pre> ====blo remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_remarques|blo remarques]] ====blo distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_distribution|blo distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;2;gcc;;gac;1;ggc;3;;gtc;;gcc;2;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total blo;;31;;;;;;;blo;19;;;;;;;;blo;6;;;;;; </pre> ====blo données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_données_intercalaires|blo données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;blo;fx;fc;blo;fx40;fc40;blo;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 2;1;0;2;1;0;2;1;-1;;52;163;190;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;17;87;1;1;12;-2;1;0;231;284;618;518;432;;;43;;aac ;0;20;8;70;2;1;15;-3;;0;-17;-39;573;;3* 431;;;**;;aac ;0;30;15;50;3;1;8;-4;2;109;154;558;5s CDS;;23s 5s;;;27;;ggc ;1;40;14;34;4;2;5;-5;;0;148;159;375;188;4* 170;;;41;;tgc ;0;50;16;40;5;3;9;-6;;1;64;95;;251;;;;48;;gtc ;2;60;17;51;6;1;9;-7;;1;216;204;5s 16s;;;;;31;;gtg 1;4;70;16;43;7;1;4;-8;2;8;60;336;866;;;;;**;;ggc 1;3;80;18;40;8;1;8;-9;;0;187;76;;;;;;29;;cgt ;0;90;27;47;9;4;6;-10;;3;117;288;;;;;;**;;cgt 2;1;100;14;34;10;2;11;-11;;9;116;206;;;;;;89;;gcc ;1;110;15;42;11;1;10;-12;;0;94;167;;;;;;**;;gcc ;4;120;17;40;12;0;7;-13;;0;218;193;;;;;;87;;acg ;2;130;18;38;13;1;7;-14;1;10;206;97;;;;;;**;;cta ;1;140;16;38;14;2;3;-15;;0;272;215;;;;;;48;;gtg ;3;150;15;30;15;1;14;-16;;1;467;175;;;;;;46;;gtc 1;3;160;24;25;16;0;8;-17;1;7;67;580;;;;;;**;;ggc 1;1;170;12;43;17;0;9;-18;;0;192;469;;;;;;39;;cag 1;2;180;20;33;18;1;5;-19;1;2;158;-8;;;;;;**;;gag 1;1;190;8;15;19;1;3;-20;1;1;149;62;;;;;;42;;atc 1;3;200;10;24;20;1;4;-21;;0;251;356;;;;;;**;;gca 3;1;210;15;14;21;0;7;-22;1;0;192;309;;;;;;1;;tac 1;2;220;16;16;22;2;6;-23;;0;256;204;;;;;;4;;acc ;2;230;12;11;23;2;8;-24;;0;365;519;;;;;;**;;atgj ;1;240;5;17;24;3;4;-25;1;0;433;333;;;;;;47;;gac ;1;250;9;12;25;1;6;-26;;1;113;253;;;;;;**;;ttc 1;2;260;6;11;26;3;7;-27;;0;199;;;;;;;;; ;0;270;6;17;27;1;3;-28;1;1;75;;;;;;;;; ;2;280;11;11;28;1;3;-29;;0;142;;;;;;;;; 2;0;290;4;3;29;1;4;-30;;0;74;;;;;;;;; ;0;300;5;12;30;1;2;-31;;1;306;;;;;;;;; 1;1;310;6;7;31;2;6;-32;1;0;871;;;;;;;;; ;1;320;5;11;32;1;3;-33;;0;102;;;;;;;;; ;2;330;3;3;33;4;2;-34;;0;314;;;;;;;;; 2;0;340;7;5;34;1;4;-35;1;0;130;;;;;;;;; ;0;350;2;3;35;0;2;-36;;0;55;;;;;;;;; 1;0;360;6;6;36;1;3;-37;;0;329;;;;;;;;; ;1;370;3;1;37;1;3;-38;1;0;130;;;;;;;;; ;1;380;5;4;38;1;2;-39;1;0;37;;;;;;;;; ;0;390;2;2;39;1;9;-40;;0;178;;;;;;;;; ;1;400;3;3;40;2;0;-41;;0;519;;;;;;;;; 4;5;reste;49;51;reste;443;803;-42;;0;61;;;;;;;;; 26;56;total;499;1045;total;499;1045;-43;;1;71;;;;;;;;; 20;50;diagr;448;993;diagr;54;241;-44;;0;376;;;;;;;;; 0;0; t30;40;207;;;;-45;;0;397;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;327;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;179;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;245;;;;;;;;; ;x;497;18;2;517;;;-49;;0;222;;;;;;;;; ;c;1044;210;1;1255;;;-50;;0;271;;;;;;;;; ;;;;;1772;128;;reste;2;2;69;;;;;;;;; ;;;;;;1900;;total;18;210;224;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;422;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;117;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;137;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;156;;;;;;;;; </pre> =====blo autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires_aas|blo autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;blo;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;54774;55427;6;*; ;comp;regulatory;55434;55585;84;*; fin;;CDS;55670;56692;;0; deb;;CDS;114598;115023;163;*; ;;tRNA;115187;115260;231;*;gta fin;;CDS;115492;117195;;; deb;comp;CDS;139965;140909;-10;*; ;comp;regulatory;140900;141008;336;*; fin;;CDS;141345;142817;;; deb;;CDS;158126;158626;618;*; ;;rRNA;159245;160770;432;*;16s ;;rRNA;161203;164268;170;*;23s ;;rRNA;164439;164555;188;*;5s fin;comp;CDS;164744;165571;;0; deb;;CDS;205431;206360;187;*; ;;tmRNA;206548;206944;238;*; deb;comp;CDS;207183;207404;-17;*; ;comp;tRNA;207388;207457;154;*;tgg fin;comp;CDS;207612;207896;;; deb;;CDS;327271;327864;8;*; ;comp;ncRNA;327873;328247;493;*; fin;;CDS;328741;329403;;; deb;;CDS;381615;382658;190;*; ;comp;tRNA;382849;382924;43;*;aac ;comp;tRNA;382968;383040;284;*;aac fin;;CDS;383325;384260;;0; deb;;CDS;439838;440116;-39;*; ;comp;tRNA;440078;440150;558;*;aac fin;;CDS;440709;441398;;0; deb;comp;CDS;502556;503389;159;*; ;;tRNA;503549;503621;27;*;ggc ;;tRNA;503649;503719;41;*;tgc ;;tRNA;503761;503832;48;*;gtc ;;tRNA;503881;503953;31;*;gtg ;;tRNA;503985;504060;148;*;ggc fin;;CDS;504209;506242;;; deb;;CDS;518814;520943;64;*; ;;tRNA;521008;521081;216;*;ccc fin;;CDS;521298;522827;;; deb;comp;CDS;647871;648668;95;*; ;;tRNA;648764;648851;60;*;ctc fin;;CDS;648912;649790;;; deb;comp;CDS;745690;747108;187;*; ;comp;tRNA;747296;747369;29;*;cgt ;comp;tRNA;747399;747472;117;*;cgt fin;comp;CDS;747590;749008;;; deb;;CDS;774507;775529;116;*; ;;tRNA;775646;775716;94;*;caa fin;;CDS;775811;777193;;; deb;;CDS;777792;778490;218;*; ;;tRNA;778709;778781;89;*;gcc ;;tRNA;778871;778943;206;*;gcc fin;;CDS;779150;780820;;; deb;;CDS;790385;793456;272;*; ;;tRNA;793729;793802;467;*;cca fin;;CDS;794270;795018;;1; deb;comp;CDS;803537;804322;67;*; ;comp;tRNA;804390;804463;204;*;ttg fin;;CDS;804668;805267;;0; deb;comp;CDS;840296;840865;192;*; ;comp;tRNA;841058;841136;158;*;tta fin;comp;CDS;841295;842296;;; deb;comp;CDS;884674;884868;174;*; ;comp;regulatory;885043;885146;70;*; fin;comp;CDS;885217;886689;;0; deb;comp;CDS;902480;903079;104;*; ;comp;regulatory;903184;903288;90;*; fin;comp;CDS;903379;904746;;0; deb;comp;CDS;935658;936719;336;*; ;;tRNA;937056;937131;149;*;cac fin;;CDS;937281;938306;;0; deb;comp;CDS;980173;980928;251;*; ;comp;tRNA;981180;981253;76;*;aga fin;;CDS;981330;982538;;0; deb;comp;CDS;1200444;1202144;288;*; ;;tRNA;1202433;1202505;87;*;acg ;;tRNA;1202593;1202673;192;*;cta fin;;CDS;1202866;1203867;;0; deb;comp;CDS;1206664;1207932;206;*; ;;tRNA;1208139;1208211;167;*;acg fin;comp;CDS;1208379;1209137;;; deb;comp;CDS;1263240;1264136;256;*; ;comp;tRNA;1264393;1264465;48;*;gtg ;comp;tRNA;1264514;1264585;46;*;gtc ;comp;tRNA;1264632;1264704;193;*;ggc fin;;CDS;1264898;1265449;;; deb;comp;CDS;1279836;1280225;365;*; ;comp;tRNA;1280591;1280666;97;*;cgg fin;;CDS;1280764;1281390;;0; deb;comp;CDS;1294216;1295250;215;*; ;;tRNA;1295466;1295542;433;*;atgf fin;;CDS;1295976;1296182;;; deb;comp;CDS;1349627;1349887;113;*; ;comp;tRNA;1350001;1350074;199;*;aag fin;comp;CDS;1350274;1350720;;; deb;comp;CDS;1387168;1388802;75;*; ;comp;tRNA;1388878;1388950;175;*;aaa fin;;CDS;1389126;1390664;;; deb;comp;CDS;1408202;1410013;580;*; ;;tRNA;1410594;1410678;469;*;tcc fin;comp;CDS;1411148;1411789;;0; deb;comp;CDS;1424162;1424650;142;*; ;comp;tRNA;1424793;1424867;39;*;cag ;comp;tRNA;1424907;1424979;-8;*;gag fin;;CDS;1424972;1425556;;0; deb;comp;CDS;1446913;1448064;71;*; ;comp;ncRNA;1448136;1448230;433;*; fin;;CDS;1448664;1450847;;0; deb;comp;CDS;1477877;1479229;47;*; ;comp;regulatory;1479277;1479373;128;*; fin;comp;CDS;1479502;1480089;;; deb;;CDS;1523012;1524079;62;*; ;comp;tRNA;1524142;1524215;74;*;ggg fin;comp;CDS;1524290;1525228;;; deb;;CDS;1533182;1534495;306;*; ;;tRNA;1534802;1534887;871;*;ctg fin;;CDS;1535759;1536615;;0; deb;;CDS;1605867;1606060;102;*; ;;tRNA;1606163;1606236;42;*;atc ;;tRNA;1606279;1606351;356;*;gca fin;comp;CDS;1606708;1606953;;; deb;comp;CDS;1645027;1646523;314;*; ;comp;tRNA;1646838;1646911;130;*;aca fin;comp;CDS;1647042;1648019;;; deb;comp;CDS;1704570;1705325;578;*; ;;rRNA;1705904;1707429;431;*;16s ;;rRNA;1707861;1710926;170;*;23s ;;rRNA;1711097;1711213;866;*;5s ;;rRNA;1712080;1713605;431;*;16s ;;rRNA;1714037;1717102;170;*;23s ;;rRNA;1717273;1717389;251;*;5s fin;comp;CDS;1717641;1718426;;; deb;;CDS;1769786;1769896;55;*; ;;tRNA;1769952;1770024;329;*;gcg fin;;CDS;1770354;1771364;;0; deb;;CDS;1904329;1905534;130;*; ;;tRNA;1905665;1905740;37;*;tgg fin;;CDS;1905778;1906005;;; deb;;CDS;1907638;1908330;573;*; ;;rRNA;1908904;1910429;431;*;16s ;;rRNA;1910861;1913926;170;*;23s ;;rRNA;1914097;1914213;375;*;5s fin;;CDS;1914589;1915422;;; deb;;CDS;1935774;1935953;178;*; ;;tRNA;1936132;1936205;519;*;gga fin;;CDS;1936725;1939109;;; deb;comp;CDS;1969854;1971086;309;*; ;;tRNA;1971396;1971477;1;*;tac ;;tRNA;1971479;1971550;4;*;acc ;;tRNA;1971555;1971628;61;*;atgj fin;;CDS;1971690;1971857;;; deb;;CDS;1978293;1979240;71;*; ;;tRNA;1979312;1979398;376;*;agc fin;;CDS;1979775;1981118;;; deb;;CDS;2014827;2015627;397;*; ;;tRNA;2016025;2016109;327;*;tcg fin;;CDS;2016437;2018005;;; deb;;CDS;2045606;2046892;179;*; ;;tRNA;2047072;2047156;245;*;tca fin;;CDS;2047402;2047542;;; deb;comp;CDS;2067227;2068417;222;*; ;comp;tRNA;2068640;2068713;204;*;ccg fin;;CDS;2068918;2070600;;; deb;comp;CDS;2084303;2085130;271;*; ;comp;tRNA;2085402;2085473;69;*;gaa fin;comp;CDS;2085543;2086448;;0; deb;;CDS;2086731;2087744;224;*; ;;tRNA;2087969;2088042;47;*;gac ;;tRNA;2088090;2088165;519;*;ttc fin;comp;CDS;2088685;2089989;;0; deb;comp;CDS;2108837;2110516;333;*; ;;tRNA;2110850;2110926;422;*;gac fin;;CDS;2111349;2112299;;0; deb;;CDS;2129279;2130508;117;*; ;;tRNA;2130626;2130699;137;*;atgi fin;;CDS;2130837;2131049;;; deb;comp;CDS;2170074;2171186;253;*; ;;tRNA;2171440;2171512;156;*;agg fin;;CDS;2171669;2171887;;; </pre> ====blo intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_entre_cds|blo intercalaires entre cds]] *'''Tableau''' <pre> blo;2.2.21 Paris;;blo 25.10.20;;;;;;; blo;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;228;12.9;'''négatif ;-8;13;-1 à -102;'''2 256 640;-1;228 ;'''zéro;3;0.2;;;;;'''intercals;0;3 ;'''1 à 200;1141;64.4;'''0 à 200;88;57;;'''240 201;5;57 ;'''201 à 370;281;15.9;'''201 à 370;265;46;;'''10.6%;10;47 ;'''371 à 600;85;4.8;'''371 à 600;459;65;;;15;46 ;'''601 à max;34;1.9;'''601 à 1028;732;131;;;20;32 ;'''total 1772;<201;77.4;'''total 1770;133;145;-102 à 1039;;25;39 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;26 1260892;1331;-1;228;-70;3;;0;3;35;25 249292;1253;0;3;-60;0;;-1;°52;40;23 620443;1039;1;13;-50;1;;-2;1;45;27 1772723;1037;2;°16;-40;1;;-3;0;50;29 605939;1003;3;9;-30;5;'''min à -1;-4;°111;55;26 1482011;982;4;7;-20;7;228;-5;0;60;42 2120197;922;5;°12;-10;35;12.9%;-6;1;65;34 1612791;831;6;10;0;179;;-7;1;70;25 1661121;780;7;5;10;104;;-8;°10;75;29 1176021;773;8;9;20;78;;-9;0;80;29 934521;765;9;10;30;65;;-10;3;85;31 1783600;752;10;°13;40;48;'''1 à 100;-11;°9;90;43 1589918;746;11;11;50;56;658;-12;0;95;20 550195;745;12;7;60;68;37.1%;-13;0;100;28 1622403;735;13;8;70;59;;-14;°11;105;34 2035292;729;14;5;80;58;;-15;0;110;23 1358695;698;15;°15;90;74;;-16;1;115;36 1450919;688;16;8;100;48;;-17;°8;120;21 1873696;679;17;9;110;57;;-18;0;125;32 1968887;673;18;6;120;57;;-19;3;130;24 1571609;667;19;4;130;56;;-20;°2;135;33 2192649;666;20;5;140;54;;-21;0;140;21 543951;653;21;7;150;45;;-22;1;145;20 551929;649;22;8;160;49;;-23;0;150;25 1166018;635;23;°10;170;55;'''1 à 200;-24;0;155;24 1199447;631;24;7;180;53;1141;-25;1;160;25 132442;628;25;7;190;23;64.4%;-26;1;165;27 1498961;627;26;°10;200;34;;-27;0;170;28 24634;626;27;4;210;29;;-28;°2;175;28 1942663;620;28;4;220;32;;-29;0;180;25 1750223;618;29;5;230;23;;-30;0;185;10 1648197;606;30;3;240;22;;-31;1;190;13 716378;605;31;8;250;21;'''0 à 200;-32;1;195;20 1804621;603;32;4;260;17;1144;;223;200;14 2208591;593;33;6;270;23;;reste;8;205;17 332770;589;34;5;280;22;;total;231;210;12 1653948;587;35;2;290;7;;;;215;17 618810;586;36;4;300;17;;;;220;15 598849;559;37;4;310;13;;intercal;<u>frequencef;225;12 1698789;559;38;3;320;16;;600;1738;230;11 1425641;557;39;°10;330;6;;620;5;235;14 1925114;557;40;2;340;12;'''201 à 370;640;5;240;8 1592846;554;reste;1246;350;5;281;660;2;245;11 733957;552;total;1 772;360;12;15.9%;680;4;250;10 986367;549;;;370;4;;700;2;255;9 1178750;549;;;380;9;;720;;260;8 1832484;546;;;390;4;;740;2;265;11 ;;;;400;6;;760;3;270;12 ;;;;410;5;;780;3;275;15 ;;;;420;11;;800;;280;7 ;;;;430;3;;820;;285;4 ;;;;440;3;;840;1;290;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;450;2;;860;;295;8 516682;-102;comp;;460;4;;880;;300;9 267103;-86;shift2;131;470;3;;900;;305;8 822434;-85;comp;;480;3;;920;;310;5 513572;-53;comp;;490;5;;940;1;315;7 287052;-43;shift2;936;500;3;;960;;320;9 398186;-39;comp;;510;2;;980;;325;2 1553080;-38;;;520;3;;1000;1;330;4 1313073;-35;;;530;3;;1020;1;335;5 1110610;-32;;;540;3;'''371 à 600;1040;2;340;7 2249673;-31;;;550;3;85;;32;345;1 946203;-28;;;560;6;4.8%;;;350;4 2164932;-28;;;570;0;;;;355;7 1823782;-26;;;580;0;'''601 à max;;;360;5 794270;-25;;;590;3;34;;;365;2 2058333;-22;;;600;1;1.9%;;;370;2 268522;-20;;;reste;34;;reste;2;reste;119 1310253;-20;;;total;1772;;total;1772;total;1772 </pre> ====blo intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> blo Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; blo;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-233;362;24;728;235;min20;&-5.7;69;-354;69;868;404;min40 31 à 400;;;;;;;2 parties;&28;-174;163;38;897;207;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;93;44;-;590;poly;138;tF;&159;58;;827;dte;41;Sf 31 à 400;;;;;;;;&136;51;-;861;dte;36;tf </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;corrélation;;;;;; ;400;200;250;;;;;-0.109;;;;;; 41-n;0.820;0.406;0.537;;;;;;;;;;; 1-n;0.669;0.038;0.255;;;;;;;;;14.8.21 paris;; blo;fx;fc;;blo;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;blo;Sx-;Sc- 0;2;1;;0;4;1;0;2;1;>0;497;-1;0;52 10;17;87;;10;38;88;1;1;12;<0;18;-2;1;0 20;8;70;;20;18;70;2;1;15;zéro;2;-3;0;0 30;15;50;;30;33;50;3;1;8;total;517;-4;2;109 40;14;34;;40;31;34;4;2;5;;c;-5;0;0 50;16;40;;50;36;40;5;3;9;>0;1044;-6;0;1 60;17;51;;60;38;51;6;1;9;<0;210;-7;0;1 70;16;43;;70;36;43;7;1;4;zéro;1;-8;2;8 80;18;40;;80;40;40;8;1;8;total;1255;-9;0;0 90;27;47;;90;60;47;9;4;6;;;-10;0;3 100;14;34;;100;31;34;10;2;11;total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reste;49;51;;;;;reste;443;803;;;-42;0;0 total;499;1045;;t30;89;208;total;499;1045;;;-43;0;1 diagr;448;993;;;;;diagr;54;241;;;-44;0;0 - t30;408;786;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;total;18;210 </pre> ====blo intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_négatifs_S-|blo intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;1;;2;;;;2;;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;1;;;;1;;;1;;;1;1;;;;;;;;;;;;2;16 continu;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;2;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;212 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;blo;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;18 ;Sc-;52;0;0;109;0;1;1;8;0;3;9;0;0;10;0;1;7;0;2;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;2;210 </pre> ====blo autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_autres_intercalaires|blo autres intercalaires]] <pre> blo;autres intercalaires;;adresses1;;;blo;autres intercalaires;;adresses2;;;blo;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;54774;6;comp;;deb;°CDS;840296;192;comp;;deb;°CDS;1645027;314;comp ;regulatory;55434;84;comp;;;&tRNA;841058;158;comp;;;&tRNA;1646838;130;comp fin;°CDS;55670;;;;fin;°CDS;841295;;comp;;fin;°CDS;1647042;;comp deb;°CDS;114598;163;;;deb;°CDS;884674;174;comp;;deb;°CDS;1704570;578;comp ;&tRNA;115187;231;;;;regulatory;885043;70;comp;;;$rRNA;1705904;431; fin;°CDS;115492;;;;fin;°CDS;885217;;comp;;;$rRNA;1707861;170; deb;°CDS;139965;-10;comp;;deb;°CDS;902480;104;comp;;;$rRNA;1711097;866; ;regulatory;140900;336;comp;;;regulatory;903184;90;comp;;;$rRNA;1712080;431; fin;°CDS;141345;;;;fin;°CDS;903379;;comp;;;$rRNA;1714037;170; deb;°CDS;158126;618;;;deb;°CDS;935658;336;comp;;;$rRNA;1717273;251; ;$rRNA;159245;432;;;;&tRNA;937056;149;;;fin;°CDS;1717641;;comp ;$rRNA;161203;170;;;fin;°CDS;937281;;;;deb;°CDS;1769786;55; ;$rRNA;164439;188;;;deb;°CDS;980173;251;comp;;;&tRNA;1769952;329; fin;°CDS;164744;;comp;;;&tRNA;981180;76;comp;;fin;°CDS;1770354;; deb;°CDS;205431;187;;;fin;°CDS;981330;;;;deb;°CDS;1904329;130; ;tmRNA;206548;238;;;deb;°CDS;1200444;288;comp;;;&tRNA;1905665;37; deb;°CDS;207183;-17;comp;;;&tRNA;1202433;87;;;fin;°CDS;1905778;; ;&tRNA;207388;154;comp;;;&tRNA;1202593;192;;;deb;°CDS;1907638;573; fin;°CDS;207612;;comp;;fin;°CDS;1202866;;;;;$rRNA;1908904;431; deb;°CDS;327271;8;;;deb;°CDS;1206664;206;comp;;;$rRNA;1910861;170; ;ncRNA;327873;493;comp;;;&tRNA;1208139;167;;;;$rRNA;1914097;375; fin;°CDS;328741;;;;fin;°CDS;1208379;;comp;;fin;°CDS;1914589;; deb;°CDS;381615;190;;;deb;°CDS;1263240;256;comp;;deb;°CDS;1935774;178; ;&tRNA;382849;43;comp;;;&tRNA;1264393;48;comp;;;&tRNA;1936132;519; ;&tRNA;382968;284;comp;;;&tRNA;1264514;46;comp;;fin;°CDS;1936725;; fin;°CDS;383325;;;;;&tRNA;1264632;193;comp;;deb;°CDS;1969854;309;comp deb;°CDS;439838;-39;;;fin;°CDS;1264898;;;;;&tRNA;1971396;1; ;&tRNA;440078;558;comp;;deb;°CDS;1279836;365;comp;;;&tRNA;1971479;4; fin;°CDS;440709;;;;;&tRNA;1280591;97;comp;;;&tRNA;1971555;61; deb;°CDS;502556;159;comp;;fin;°CDS;1280764;;;;fin;°CDS;1971690;; ;&tRNA;503549;27;;;deb;°CDS;1294216;215;comp;;deb;°CDS;1978293;71; ;&tRNA;503649;41;;;;&tRNA;1295466;433;;;;&tRNA;1979312;376; ;&tRNA;503761;48;;;fin;°CDS;1295976;;;;fin;°CDS;1979775;; ;&tRNA;503881;31;;;deb;°CDS;1349627;113;comp;;deb;°CDS;2014827;397; ;&tRNA;503985;148;;;;&tRNA;1350001;199;comp;;;&tRNA;2016025;327; fin;°CDS;504209;;;;fin;°CDS;1350274;;comp;;fin;°CDS;2016437;; deb;°CDS;518814;64;;;deb;°CDS;1387168;75;comp;;deb;°CDS;2045606;179; ;&tRNA;521008;216;;;;&tRNA;1388878;175;comp;;;&tRNA;2047072;245; fin;°CDS;521298;;;;fin;°CDS;1389126;;;;fin;°CDS;2047402;; deb;°CDS;647871;95;comp;;deb;°CDS;1408202;580;comp;;deb;°CDS;2067227;222;comp ;&tRNA;648764;60;;;;&tRNA;1410594;469;;;;&tRNA;2068640;204;comp fin;°CDS;648912;;;;fin;°CDS;1411148;;comp;;fin;°CDS;2068918;; deb;°CDS;745690;187;comp;;deb;°CDS;1424162;142;comp;;deb;°CDS;2084303;271;comp ;&tRNA;747296;29;comp;;;&tRNA;1424793;39;comp;;;&tRNA;2085402;69;comp ;&tRNA;747399;117;comp;;;&tRNA;1424907;-8;comp;;fin;°CDS;2085543;;comp fin;°CDS;747590;;comp;;fin;°CDS;1424972;;;;deb;°CDS;2086731;224; deb;°CDS;774507;116;;;deb;°CDS;1446913;71;comp;;;&tRNA;2087969;47; ;&tRNA;775646;94;;;;ncRNA;1448136;433;comp;;;&tRNA;2088090;519; fin;°CDS;775811;;;;fin;°CDS;1448664;;;;fin;°CDS;2088685;;comp deb;°CDS;777792;218;;;deb;°CDS;1477877;47;comp;;deb;°CDS;2108837;333;comp ;&tRNA;778709;89;;;;regulatory;1479277;128;comp;;;&tRNA;2110850;422; ;&tRNA;778871;206;;;fin;°CDS;1479502;;comp;;fin;°CDS;2111349;; fin;°CDS;779150;;;;deb;°CDS;1523012;62;;;deb;°CDS;2129279;117; deb;°CDS;790385;272;;;;&tRNA;1524142;74;comp;;;&tRNA;2130626;137; ;&tRNA;793729;467;;;fin;°CDS;1524290;;comp;;fin;°CDS;2130837;; fin;°CDS;794270;;;;deb;°CDS;1533182;306;;;deb;°CDS;2170074;253;comp deb;°CDS;803537;67;comp;;;&tRNA;1534802;871;;;;&tRNA;2171440;156; ;&tRNA;804390;204;comp;;fin;°CDS;1535759;;;;fin;°CDS;2171669;; fin;°CDS;804668;;;;deb;°CDS;1605867;102;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606163;42;;;;;;; ;;;;;;;&tRNA;1606279;356;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1606708;;comp;;;;;; </pre> ====blo intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_tRNA|blo intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aas;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; *;;;163;;231;;'''-17;60;; ;;;-17;;154;;24;61;'''deb; ;43;comp’;190;comp’;284;;65;69;<201;15 ;;comp’;-39;comp’;558;;67;74;total;26 ;27 41 48 31;comp’;159;;148;;71;94;taux;58% ;;;24;;216;;75;117;; ;;comp’;95;;60;;102;130;'''fin; ;29;;187;;117;;113;137;<201;15 ;;;116;;94;;116;148;total;26 ;89;;218;;206;;117;149;taux;58% ;;;212;;467;;142;154;; ;;;67;comp’;204;;163;156;'''total; ;;;192;;158;;179;158;<201;30 ;;comp’;336;;149;;187;192;total;52 ;;;251;comp’;76;;192;199;taux;58% ;87;comp’;288;;192;;212;206;; ;;comp’;206;comp’;167;;218;216;; ;48 46;;256;comp’;193;;222;231;; ;;;365;comp’;97;;224;245;; ;;comp’;215;;433;;251;327;; ;;;113;;199;;256;329;; ;;;75;comp’;175;;271;376;; ;;comp’;580;comp’;469;;306;422;; ;39;;142;comp’;-8;;314;433;; ;;comp’;62;;74;;365;467;; ;;;306;;871;;397;871;'''comp’;'''cumuls ;42;;102;comp’;356;;'''-39;'''-8;'''deb; ;;;314;;130;;62;76;<201;5 ;;;65;;329;;95;97;total;13 ;1 4;comp’;309;;61;;159;167;taux;38% ;;;71;;376;;190;175;'''fin; ;;;397;;327;;206;193;<201;6 ;;;179;;245;;215;204;total;13 ;;;222;comp’;204;;253;204;taux;46% ;;;271;;69;;288;284;; ;47;;224;comp’;519;;309;356;'''total; ;;comp’;333;;422;;333;469;<201;11 ;;;117;;137;;336;519;total;26 ;;comp’;253;;156;;580;558;taux;42% ;;;;;;;;;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;20;21;41;;;;;; ;total;39;39;78;;;;;; ;taux;51%;54%;53%;;;;;; </pre> ===sma=== ====sma opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_opérons|sma opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Stre_aver_MA_4680_NBRC_14893/streAver_MA_4680_NBRC_14893-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_003155.5;sma;;;; 70%GC;30.6.19 Paris;16s 6;74;doubles;intercalaires ;Streptomyces avermitilis MA-4680;;;; ;357776..357847;;gtg;; ;;;;; comp;1219274..1219346;;gga;; ;;;;; comp;1225751..1225823;;gga;; ;;;;; ;1675869..1675942;;atgf;; ;;;;; comp;1965347..1965423;;ccc;; ;;;;; comp;1992012..1992088;;ccc;; ;;;;; comp;2222599..2222686;;ctc;; ;;;;; comp;3072632..3072707;;acc;; ;;;;; comp;3073568..3073684;;5s;@1;84 comp;3073769..3076918;;23s;;288 comp;3077207..3078737;;16s;; ;;;;; comp;3295252..3295324;;gag;+;20 comp;3295345..3295416;;cag;3 gag ;21 comp;3295438..3295510;;gag;2 cag;62 comp;3295573..3295645;;gag;;42 comp;3295688..3295759;;cag;; ;;;;; ;3655871..3655942;;cgg;; ;;;;; comp;3813093..3813166;;atgf;; ;;;;; comp;3815457..3815530;;atgf;; ;;;;; comp;4362610..4362695;;tta;; ;;;;; ;4410534..4410608;;caa;; ;;;;; comp;4542466..4542542;;gcg;; ;;;;; ;4589760..4589835;;agg;; ;;;;; comp;4886830..4886906;;aca;; ;;;;; comp;5024109..5024225;;5s;;84 comp;5024310..5027458;;23s;;288 comp;5027747..5029277;;16s;; ;;;;; comp;5051970..5052043;;atgf;; ;;;;; comp;5055486..5055561;;aaa;; ;;;;; ;5063087..5063159;;gaa;;47 ;5063207..5063281;;gac;;24 ;5063306..5063382;;ttc;; ;;;;; ;5068123..5068197;;gac;; ;;;;; ;5081640..5081711;;gga;;79 ;5081791..5081866;;ggc;; ;;;;; ;5085779..5085854;;ggc;; ;;;;; ;5095224..5095311;;tcc;; ;;;;; ;5129698..5129782;;tcg;; ;;;;; comp;5154937..5155009;;cgt;;205 comp;5155215..5155305;;agc;; ;;;;; comp;5177691..5177777;;tca;; ;;;;; comp;5206939..5207028;;agc;; ;;;;; comp;5299302..5299378;;atc;; ;;;;; ;5304905..5304977;;gca;; ;;;;; ;5322106..5322192;;ctg;; ;;;;; comp;5452769..5452842;;ggg;; ;;;;; comp;5594481..5594554;;ccg;; ;;;;; ;5650316..5650389;;acg;; ;;;;; ;5759342..5760872;;16s;;288 ;5761161..5764309;;23s;;84 ;5764394..5764510;;5s;; ;;;;; ;5950170..5950251;;tac;; ;;;;; ;5956602..5956674;;acc;;46 ;5956721..5956793;;atg;; ;;;;; ;5964532..5964607;;tgg;; ;;;;; ;6124386..6125916;;16s;;288 ;6126205..6129353;;23s;;84 ;6129438..6129554;;5s;; ;;;;; comp;6242261..6242335;;tgc;; ;;;;; comp;6279029..6279112;;cta;; ;;;;; comp;6329202..6329278;;aag;; ;;;;; comp;6335068..6335141;;aag;; ;;;;; comp;6349312..6349385;;aag;; ;;;;; comp;6372705..6372777;;cac;; ;;;;; comp;6501509..6501584;;aga;; ;;;;; comp;6604435..6604508;;gga;;153 comp;6604662..6604738;;cca;; ;;;;; ;6653846..6653918;;gcc;; ;;;;; ;6658303..6658375;;gcc;; ;;;;; ;6875603..6875675;;aac;+;5 ;6875681..6875753;;aac;2 aac;166 ;6875920..6875996;;atgi;; ;;;;; ;7021984..7022058;;gta;; ;;;;; ;7025336..7025415;;gtg;; ;;;;; comp;7471270..7471342;;ttg;; ;;;;; ;7765513..7767043;;16s;;284 ;7767328..7770477;;23s;;133 ;7770611..7770727;;5s;; ;;;;; comp;7937463..7937550;;ctc;; ;;;;; comp;8122352..8122426;;gtc;+;40 comp;8122467..8122538;;gtc;3 gtc;19 comp;8122558..8122629;;gtc;;1 comp;8122631..8122704;;tgc;;38 comp;8122743..8122815;;ggc;; ;;;;; ;8129564..8129635;;gtg;; ;;;;; ;8139938..8140012;;gtg;; ;;;;; ;8328596..8330126;;16s;;288 ;8330415..8333563;;23s;;84 ;8333648..8333764;;5s;; ;;;;; ;8576989..8577062;;ccc;; </pre> ====sma cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_cumuls|sma cumuls]] <pre> sma cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;6;1;1;- ;16 23 5s 0;6;20;3; ;16 atc gca;0;40;4; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;2; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;0; sans ;opérons;56;160;1; ;1 aa;48;180;1; ;max a;5;200;0; ;a doubles;3;;1; ;total aas;72;;16;0 total aas;;72;;; remarques;;1;;; avec jaune;;;moyenne;61; ;;;variance;61; sans jaune;;;moyenne;34; ;;;variance;22; </pre> ====sma blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_blocs|sma blocs]] <pre> sma blocs;;;;;; 5s;84;117;84;117;288;1531 23s;288;3150;288;3149;84;3149 16s;;1531;;1531;;117 ;;;;;; 16s;288;1531;284;1531;288;1531 23s;84;3149;133;3150;84;3149 5s;;117;;117;;117 </pre> ====sma remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_remarques|sma remarques]] ====sma données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_données_intercalaires|sma données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;sma;fx;fc;sma;fx40;fc40;sma;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;9;11;0;9;11;-1;0;126;116;509;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;75;332;1;10;35;-2;4;0;467;132;615;852;5* 312;;;37;;other ;0;20;67;220;2;3;44;-3;0;0;1265;480;653;675;308;;;37;;other ;1;30;85;143;3;13;35;-4;15;752;179;36;607;;23s 5s;;;34;;other 2;2;40;73;167;4;14;34;-5;0;0;403;84;641;;5* 89;;;**;;tct 3;1;50;86;141;5;3;47;-6;2;1;430;99;5s CDS;;138;;;20;;gag 5;0;60;86;121;6;9;25;-7;2;12;563;198;114;114;;;;21;;cag ;3;70;78;135;7;9;22;-8;5;56;83;682;134;;;;;62;;gag 3;0;80;101;144;8;7;27;-9;0;0;91;176;77;;;;;42;;gag 1;2;90;101;123;9;3;27;-10;1;7;210;58;144;;;;;**;;cag 4;3;100;85;131;10;4;36;-11;9;20;229;49;150;;;;;47;;gaa 2;4;110;86;144;11;5;29;-12;0;0;44;57;;;;;;24;;gac 1;6;120;83;122;12;9;22;-13;3;7;112;387;;;;;;**;;ttc 2;0;130;91;136;13;5;25;-14;12;9;568;-3;;;;;;79;;gga 4;1;140;77;123;14;3;32;-15;3;0;118;183;;;;;;**;;ggc 1;3;150;84;119;15;10;21;-16;1;5;416;422;;;;;;205;;cgt 1;0;160;71;111;16;5;21;-17;3;8;426;376;;;;;;**;;agc 1;1;170;71;94;17;4;15;-18;3;0;504;56;;;;;;46;;acc 1;1;180;62;75;18;13;13;-19;4;5;112;236;;;;;;**;;atgj 4;4;190;73;79;19;6;27;-20;7;11;218;51;;;;;;;153;gga 1;2;200;61;72;20;7;15;-21;0;0;143;116;;;;;;**;;cca ;1;210;59;68;21;11;15;-22;4;1;149;216;;;;;;5;;aac 1;1;220;41;62;22;6;17;-23;4;4;186;133;;;;;;166;;aac 2;1;230;45;58;23;7;13;-24;1;0;94;136;;;;;;**;;atgi 1;0;240;52;61;24;12;14;-25;0;4;186;40;;;;;;40;;gtc 1;0;250;51;69;25;8;12;-26;2;3;200;334;;;;;;19;;gtc ;1;260;54;40;26;7;21;-27;0;0;170;182;;;;;;1;;gtc 2;2;270;45;45;27;10;13;-28;0;2;23;408;;;;;;38;;tgc ;0;280;32;34;28;12;13;-29;2;2;270;520;;;;;;**;;ggc ;1;290;31;50;29;8;18;-30;1;0;65;131;;;;;;;; ;1;300;28;40;30;4;7;-31;2;2;183;340;;;;;;;; 2;0;310;31;41;31;7;17;-32;2;1;294;269;;;;;;;; ;0;320;30;30;32;3;23;-33;1;0;63;719;;;;;;;; ;0;330;24;41;33;8;16;-34;2;2;256;50;;;;;;;; 2;0;340;24;31;34;7;20;-35;2;1;120;223;;;;;;;; ;0;350;27;19;35;4;22;-36;2;0;33;372;;;;;;;; ;0;360;20;29;36;7;17;-37;0;1;108;249;;;;;;;; ;0;370;20;23;37;9;11;-38;1;1;1408;80;;;;;;;; 3;0;380;24;25;38;5;13;-39;3;0;88;305;;;;;;;; 1;0;390;25;33;39;13;13;-40;2;1;107;44;;;;;;;; ;1;400;13;23;40;10;15;-41;3;1;148;229;;;;;;;; 7;12;reste;300;329;reste;2272;3021;-42;1;0;64;58;;;;;;;; 59;56;total;2581;3894;total;2581;3894;-43;2;1;131;104;;;;;;;; 51;43;diagr;2272;3554;diagr;300;862;-44;0;1;-10;166;;;;;;;; 0;1; t30;227;695;;;;-45;0;0;191;310;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;117;377;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;185;97;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;97;147;;;;;;;; ;x;2572;135;9;2716;;;-49;0;2;424;128;;;;;;;; ;c;3883;1077;11;4971;;;-50;0;3;400;181;;;;;;;; ;;;;;7687;164;;reste;23;24;105;267;;;;;;;; ;;;;;;7851;;total;135;1077;261;92;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;105;97;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;544;101;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;39;187;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;285;127;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;155;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;76;;;;;;;; </pre> =====sma autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_autres_intercalaires_aas|sma autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;sma;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;357102;357266;509;*; ;;tRNA;357776;357847;116;*;gtg fin;;CDS;357964;359805;;; deb;;CDS;615881;616378;467;*; ;;tRNA;616846;616941;1265;*;tcg fin;;CDS;618207;618728;;; deb;;CDS;1218971;1219141;132;*; ;comp;tRNA;1219274;1219346;480;*;gga fin;;CDS;1219827;1220234;;; deb;;CDS;1674937;1675689;179;*; ;;tRNA;1675869;1675942;36;*;atgf fin;comp;CDS;1675979;1676188;;0; deb;;CDS;1964411;1965265;84;*; ;comp;tRNA;1965350;1965423;99;*;ccc fin;;CDS;1965523;1966050;;; deb;comp;CDS;1990145;1991611;403;*; ;comp;tRNA;1992015;1992088;198;*;ccc fin;;CDS;1992287;1992997;;; deb;comp;CDS;2220285;2222168;430;*; ;comp;tRNA;2222599;2222686;682;*;ctc fin;;CDS;2223369;2223569;;0; deb;comp;CDS;2801738;2802733;176;*; ;;tRNA;2802910;2803004;37;*;other ;;tRNA;2803042;2803136;37;*;other ;;tRNA;2803174;2803268;34;*;other ;;tRNA;2803303;2803400;563;*;tct fin;;CDS;2803964;2804761;;; deb;;CDS;3069826;3072573;58;*; ;comp;tRNA;3072632;3072707;83;*;acc deb;comp;CDS;3072791;3073453;114;*; ;comp;rRNA;3073568;3073684;89;*;117 ;comp;rRNA;3073774;3076897;312;*;3124 ;comp;rRNA;3077210;3078735;615;*;1526 fin;comp;CDS;3079351;3081036;;; deb;;CDS;3294558;3295202;49;*; ;comp;tRNA;3295252;3295324;20;*;gag ;comp;tRNA;3295345;3295416;21;*;cag ;comp;tRNA;3295438;3295510;62;*;gag ;comp;tRNA;3295573;3295645;42;*;gag ;comp;tRNA;3295688;3295759;91;*;cag fin;comp;CDS;3295851;3296585;;; deb;comp;CDS;3655220;3655813;57;*; ;;tRNA;3655871;3655942;387;*;cgg fin;comp;CDS;3656330;3657742;;; deb;;CDS;3812904;3813095;-3;*; ;comp;tRNA;3813093;3813166;210;*;atgf deb;comp;CDS;3813377;3815227;229;*; ;comp;tRNA;3815457;3815530;44;*;atgf fin;comp;CDS;3815575;3818571;;0; deb;;CDS;4361587;4362429;183;*; ;comp;tRNA;4362613;4362695;422;*;tta fin;;CDS;4363118;4363888;;; deb;comp;CDS;4408838;4410157;376;*; ;;tRNA;4410534;4410605;112;*;caa fin;;CDS;4410718;4412166;;; deb;comp;CDS;4541721;4541900;568;*; ;comp;tRNA;4542469;4542542;118;*;gcg fin;comp;CDS;4542661;4544010;;; deb;;CDS;4588309;4589343;416;*; ;;tRNA;4589760;4589835;426;*;agg fin;;CDS;4590262;4590483;;0; deb;;CDS;4885883;4886776;56;*; ;comp;tRNA;4886833;4886906;236;*;aca fin;;CDS;4887143;4888279;;; deb;comp;CDS;5023429;5023974;134;*; ;comp;rRNA;5024109;5024225;89;*;117 ;comp;rRNA;5024315;5027437;312;*;3123 ;comp;rRNA;5027750;5029275;653;*;1526 fin;comp;CDS;5029929;5030477;;0; deb;comp;CDS;5050422;5051465;504;*; ;comp;tRNA;5051970;5052043;112;*;atgf fin;comp;CDS;5052156;5053286;;0; deb;comp;CDS;5054956;5055270;218;*; ;comp;tRNA;5055489;5055561;143;*;aaa fin;comp;CDS;5055705;5057240;;; deb;;CDS;5061300;5062937;149;*; ;;tRNA;5063087;5063159;47;*;gaa ;;tRNA;5063207;5063281;24;*;gac ;;tRNA;5063306;5063379;186;*;ttc fin;;CDS;5063566;5063820;;; deb;;CDS;5064051;5068028;94;*; ;;tRNA;5068123;5068197;186;*;gac fin;;CDS;5068384;5068575;;0; deb;;CDS;5081122;5081439;200;*; ;;tRNA;5081640;5081711;79;*;gga ;;tRNA;5081791;5081866;170;*;ggc fin;;CDS;5082037;5083050;;; deb;;CDS;5085108;5085755;23;*; ;;tRNA;5085779;5085854;51;*;ggc fin;comp;CDS;5085906;5086805;;; deb;comp;CDS;5092525;5094970;83;*; ;comp;ncRNA;5095054;5095152;71;*; ;;tRNA;5095224;5095311;270;*;tcc fin;;CDS;5095582;5098305;;; deb;;CDS;5129099;5129632;65;*; ;;tRNA;5129698;5129782;183;*;tcg fin;;CDS;5129966;5130373;;; deb;;CDS;5154416;5154820;116;*; ;comp;tRNA;5154937;5155009;205;*;cgt ;comp;tRNA;5155215;5155305;216;*;agc fin;;CDS;5155522;5155989;;; deb;;CDS;5170356;5170676;133;*; ;comp;tRNA;5170810;5170919;294;*;tca fin;comp;CDS;5171214;5171450;;; deb;;CDS;5177342;5177554;136;*; ;comp;tRNA;5177691;5177777;63;*;tca fin;comp;CDS;5177841;5179259;;0; deb;;CDS;5206071;5206901;40;*; ;comp;tRNA;5206942;5207028;256;*;agc fin;comp;CDS;5207285;5207524;;; deb;;CDS;5298444;5299181;120;*; ;;tRNA;5299302;5299378;334;*;atc fin;comp;CDS;5299713;5300060;;0; deb;comp;CDS;5304174;5304722;182;*; ;;tRNA;5304905;5304977;408;*;gca fin;comp;CDS;5305386;5306087;;0; deb;comp;CDS;5320728;5321585;520;*; ;;tRNA;5322106;5322189;131;*;ctg fin;comp;CDS;5322321;5322974;;0; deb;;CDS;5451109;5452428;340;*; ;comp;tRNA;5452769;5452842;269;*;ggg fin;;CDS;5453112;5453279;;; deb;;CDS;5593279;5593761;719;*; ;comp;tRNA;5594481;5594554;33;*;ccg fin;comp;CDS;5594588;5595373;;; deb;;CDS;5648606;5650207;108;*; ;;tRNA;5650316;5650389;50;*;acg fin;comp;CDS;5650440;5651066;;0; deb;comp;CDS;5757496;5758491;852;*; ;;rRNA;5759344;5760869;312;*;1526 ;;rRNA;5761182;5764304;89;*;3123 ;;rRNA;5764394;5764510;77;*;117 fin;;CDS;5764588;5765232;;; deb;comp;CDS;5949458;5949946;223;*; ;;tRNA;5950170;5950251;1408;*;tac fin;;CDS;5951660;5951977;;0; deb;comp;CDS;5954988;5956229;372;*; ;;tRNA;5956602;5956674;46;*;acc ;;tRNA;5956721;5956793;88;*;atgj fin;;CDS;5956882;5957046;;; deb;comp;CDS;5963056;5964282;249;*; ;;tRNA;5964532;5964604;107;*;tgg fin;;CDS;5964712;5964999;;; deb;;CDS;6122773;6123780;607;*; ;;rRNA;6124388;6125913;312;*;1526 ;;rRNA;6126226;6129348;89;*;3123 ;;rRNA;6129438;6129554;114;*;117 fin;comp;CDS;6129669;6130979;;; deb;;CDS;6202121;6202654;102;*; ;;tmRNA;6202757;6203145;383;*; fin;;CDS;6203529;6204158;;0; deb;;CDS;6240993;6242183;80;*; ;comp;tRNA;6242264;6242335;305;*;tgc fin;;CDS;6242641;6244095;;; deb;;CDS;6278382;6278984;44;*; ;comp;tRNA;6279029;6279112;148;*;cta fin;comp;CDS;6279261;6280244;;0; deb;comp;CDS;6328439;6329140;64;*; ;comp;tRNA;6329205;6329278;229;*;aag fin;;CDS;6329508;6330707;;; deb;;CDS;6333360;6335009;58;*; ;comp;tRNA;6335068;6335141;131;*;aag fin;comp;CDS;6335273;6336031;;; deb;;CDS;6347684;6349207;104;*; ;comp;tRNA;6349312;6349385;-10;*;aag fin;comp;CDS;6349376;6350023;;; deb;comp;CDS;6372118;6372513;191;*; ;comp;tRNA;6372705;6372777;117;*;cac fin;comp;CDS;6372895;6373497;;; deb;;CDS;6500479;6501345;166;*; ;comp;tRNA;6501512;6501584;310;*;aga fin;;CDS;6501895;6503502;;; deb;;CDS;6603863;6604057;377;*; ;comp;tRNA;6604435;6604508;153;*;gga ;;tRNA;6604662;6604738;185;*;cca fin;;CDS;6604924;6606315;;; deb;;CDS;6653086;6653748;97;*; ;;tRNA;6653846;6653918;97;*;gcc fin;comp;CDS;6654016;6654909;;0; deb;comp;CDS;6656953;6658155;147;*; ;;tRNA;6658303;6658375;128;*;gcc fin;comp;CDS;6658504;6660114;;; deb;comp;CDS;6875107;6875421;181;*; ;;tRNA;6875603;6875675;5;*;aac ;;tRNA;6875681;6875753;166;*;aac ;;tRNA;6875920;6875993;424;*;atgi fin;;CDS;6876418;6876726;;0; deb;comp;CDS;7020916;7021716;267;*; ;;tRNA;7021984;7022058;92;*;gta fin;comp;CDS;7022151;7022579;;0; deb;;CDS;7024786;7024941;400;*; ;;tRNA;7025342;7025415;97;*;gtg fin;comp;CDS;7025513;7025833;;; deb;;CDS;7092672;7093520;145;*; ;;ncRNA;7093666;7094071;529;*; fin;comp;CDS;7094601;7095764;;; deb;comp;CDS;7470385;7471164;105;*; ;comp;tRNA;7471270;7471342;101;*;ttg fin;;CDS;7471444;7472100;;0; deb;;CDS;7764232;7764873;641;*; ;;rRNA;7765515;7767040;308;*;1526 ;;rRNA;7767349;7770472;138;*;3124 ;;rRNA;7770611;7770727;144;*;117 fin;;CDS;7770872;7772263;;; deb;comp;CDS;7933326;7937201;261;*; ;comp;tRNA;7937463;7937550;187;*;ctc fin;;CDS;7937738;7939063;;; deb;;CDS;8121931;8122224;127;*; ;comp;tRNA;8122352;8122426;40;*;gtc ;comp;tRNA;8122467;8122538;19;*;gtc ;comp;tRNA;8122558;8122629;1;*;gtc ;comp;tRNA;8122631;8122704;38;*;tgc ;comp;tRNA;8122743;8122815;155;*;ggc fin;;CDS;8122971;8124014;;; deb;;CDS;8129024;8129458;105;*; ;;tRNA;8129564;8129635;544;*;gtg fin;;CDS;8130180;8131466;;; deb;;CDS;8139440;8139898;39;*; ;;tRNA;8139938;8140009;76;*;gtg fin;comp;CDS;8140086;8140811;;0; deb;comp;CDS;8327473;8327922;675;*; ;;rRNA;8328598;8330123;312;*;1526 ;;rRNA;8330436;8333558;89;*;3123 ;;rRNA;8333648;8333764;150;*;117 fin;;CDS;8333915;8334523;;; deb;;CDS;8575186;8576703;285;*; ;;tRNA;8576989;8577062;76;*;ccc fin;comp;CDS;8577139;8577675;;0; </pre> ====sma distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#sma_distribution|sma distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;4;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;3;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;2;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;3;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;4;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;1;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;2;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total sma;;48;;;;;;;sma;17;;;;;;;;sma;7;;;;;; </pre> ===ksk=== ====ksk opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_opérons|ksk opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Kita_seta_KM_6054/kitaSeta_KM_6054-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_016109.1;ksk;;;; 72%GC;30.6.19 Paris;16s 9;74;doubles;intercalaires ;Kitasatospora setae KM-6054;;;; comp;631024..631098;;act;; ;;;;; ;976172..976245;;tgc;; ;;;;; comp;1615691..1615765;;gtg;+;206 comp;1615972..1616046;;gtg;2 gtg; ;;;;; ;1621501..1621576;;ggc;;76 ;1621653..1621726;;tgc;;36 ;1621763..1621834;;gtc;+;34 ;1621869..1621940;;gtc;3 gtc;37 ;1621978..1622052;;gtc;; ;;;;; comp;1707344..1707460;;5s;@1;73 comp;1707534..1710667;;23s;;267 comp;1710935..1712463;;16s;; ;;;;; comp;1888620..1888736;;5s;;73 comp;1888810..1891942;;23s;;267 comp;1892210..1893738;;16s;; ;;;;; ;1970574..1970661;;ctc;; ;;;;; ;2264495..2264580;;ttg;; ;;;;; comp;2741186..2741257;;gta;; ;;;;; comp;2788071..2788147;;atgi;; ;;;;; comp;2790422..2790494;;aac;+;5 comp;2790500..2790572;;aac;2 aac; ;;;;; comp;2887231..2887303;;gcc;+;269 comp;2887573..2887645;;gcc;3 gcc;38 comp;2887684..2887756;;gcc;@2; ;;;;; comp;2932411..2932487;;cca;;151 direct;2932639..2932712;;gga;; ;;;;; comp;2982955..2983071;;5s;;73 comp;2983145..2986276;;23s;;266 comp;2986543..2988071;;16s;; ;;;;; ;3018063..3018138;;cac;; ;;;;; ;3036654..3036730;;aag;; ;;;;; ;3044201..3044277;;aag;; ;;;;; ;3111827..3111900;;aag;;129 ;3112030..3112103;;aag;; ;;;;; ;3157748..3157834;;cta;; ;;;;; ;3210241..3210315;;tgc;; ;;;;; comp;3289891..3290007;;5s;;73 comp;3290081..3293213;;23s;;267 comp;3293481..3295009;;16s;; ;;;;; comp;3608705..3608777;;tgg;; ;;;;; comp;3616894..3616969;;atgj;;42 comp;3617012..3617084;;acc;; ;;;;; comp;3618677..3618757;;tac;; ;;;;; comp;3851412..3851488;;aca;; ;;;;; comp;3987214..3987290;;acg;; ;;;;; ;4071208..4071281;;ccg;; ;;;;; ;4095099..4095186;;tcc;; ;;;;; ;4142544..4142633;;tcg;; ;;;;; comp;4160864..4160939;;cgt;+;35 comp;4160975..4161050;;cgt;2 cgt;240 comp;4161291..4161381;;agc;@; ;;;;; comp;4177523..4177608;;tca;; ;;;;; comp;4240397..4240470;;ggg;; ;;;;; ;4285828..4285900;;ggc;+;51 ;4285952..4286027;;ggc;2 ggc; ;;;;; ;4383368..4383444;;atc;; ;;;;; ;4385556..4385631;;gca;; ;;;;; ;4401492..4401575;;ctg;; ;;;;; comp;4622975..4623048;;gac;; ;;;;; comp;4640883..4640959;;ttc;;34 comp;4640994..4641067;;gac;;42 comp;4641110..4641182;;gaa;; ;;;;; ;4651832..4651904;;aaa;; ;;;;; comp;4773547..4773620;;atgf;; ;;;;; comp;4774128..4774201;;atgf;; ;;;;; ;4796510..4798038;;16s;;267 ;4798306..4801439;;23s;;71 ;4801511..4801627;;5s;; ;;;;; ;5027433..5027508;;agg;; ;;;;; ;5076388..5076464;;gcg;; ;;;;; ;5123784..5123856;;acc;; ;;;;; ;5132819..5132892;;caa;; ;;;;; comp;5216466..5216550;;tta;; ;;;;; ;5430075..5430148;;atgf;; ;;;;; comp;5530949..5531020;;cgg;; ;;;;; ;5714968..5715039;;cag;;21 ;5715061..5715133;;gag;+;38 ;5715172..5715244;;gag;3 gag;13 ;5715258..5715330;;gag;2 cag;4 ;5715335..5715409;;cag;; ;;;;; ;5853168..5854696;;16s;;256 ;5854953..5858085;;23s;;73 ;5858159..5858275;;5s;; ;;;;; ;5932168..5933696;;16s;;256 ;5933953..5937085;;23s;;71 ;5937157..5937273;;5s;; ;;;;; ;6074082..6075610;;16s;;264 ;6075875..6079006;;23s; ;73 ;6079080..6079196;;5s;; ;;;;; comp;6104344..6104419;;aga;; ;;;;; ;6400221..6401749;;16s;;267 ;6402017..6405146;;23s; ;106 ;6405253..6405369;;5s;; ;;;;; ;6485836..6485909;;ccc;; ;;;;; ;7355279..7355354;;tgc;;19 ;7355374..7355449;;ggc;; ;;;;; comp;7461078..7461165;;ctc;; </pre> ====ksk cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_cumuls|ksk cumuls]] <pre> ksk cumuls;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs avec rRNA;opérons;9;1;0;- ;16 23 5s 0;9;20;4; ;16 atc gca;0;40;8; ;16 23 5s a;0;60;3; ;max a;0;80;1; ;a doubles;0;100;0; ;spéciaux;0;120;0; ;total aas;0;140;1; sans ;opérons;49;160;1; ;1 aa;37;180;0; ;max a;5;200;0; ;a doubles;7;;3; ;total aas;70;;21;0 total aas;;70;;; remarques;;2;;; avec jaune;;;moyenne;72; ;;;variance;79; sans jaune;;;moyenne;33; ;;;variance;18; </pre> ====ksk blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_blocs|ksk blocs]] <pre> ksk blocs;;;;;; ;;;;;; 5s;73;117;73;117;73;117 23s;267;3134;267;3133;266;3132 16s;;1529;;1529;;1529 ;;;;;; 16s;73;117;267;1529;256;1529 23s;267;3133;71;3134;73;3133 5s;;1529;;117;;117 ;;;;;; 16s;256;1529;264;1529;267;1529 23s;71;3133;73;3132;106;3130 5s;;117;;117;;117 </pre> ====ksk remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_remarques|ksk remarques]] ====ksk données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_données_intercalaires|ksk données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;ksk;fx;fc;ksk;fx40;fc40;ksk;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;7;4;0;7;4;-1;0;107;188;214;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 1;0;10;98;244;1;2;28;-2;1;0;140;967;619;672;5* 291;;;35;;other ;1;20;92;147;2;1;40;-3;0;1;66;108;525;734;290;;;**;;other ;1;30;100;126;3;4;26;-4;12;663;71;462;645;;2* 280;;;209;;gtg ;1;40;93;170;4;4;29;-5;0;0;108;303;553;;288;;;**;;gtg 2;0;50;75;173;5;3;38;-6;0;1;92;240;452;;23s 5s;;;79;;ggc ;3;60;101;159;6;10;16;-7;7;10;156;551;405;;6* 78;;;36;;tgc 3;2;70;104;153;7;47;13;-8;1;45;254;1;611;;2* 76;;;34;;gtc 5;2;80;118;172;8;3;12;-9;1;0;114;92;5s CDS;;108;;;37;;gtc ;3;90;97;176;9;13;19;-10;3;9;176;79;101;82;;;;**;;gtc 3;1;100;102;157;10;11;23;-11;4;22;108;172;182;;;;;5;;aac 1;5;110;92;183;11;3;27;-12;0;0;101;292;251;;;;;**;;aac 2;4;120;74;130;12;8;12;-13;4;9;70;299;553;;;;;269;;gcc ;2;130;70;171;13;9;13;-14;2;16;84;119;205;;;;;38;;gcc 2;2;140;68;123;14;3;22;-15;0;1;312;309;271;;;;;**;;gcc ;3;150;63;112;15;9;10;-16;3;3;139;151;3080;;;;;;151;cca 2;3;160;74;110;16;9;12;-17;3;12;83;112;239;;;;;**;;gga ;2;170;62;135;17;9;16;-18;1;0;748;66;;;;;;18;;cga 3;1;180;56;95;18;13;7;-19;0;5;117;176;;;;;;18;;cga 1;1;190;48;106;19;16;13;-20;3;7;88;252;;;;;;18;;other ;1;200;48;87;20;13;15;-21;1;0;402;70;;;;;;18;;cga 1;0;210;45;69;21;13;7;-22;1;2;329;463;;;;;;**;;other 2;0;220;54;57;22;14;14;-23;3;6;52;1447;;;;;;129;;aag ;0;230;45;77;23;11;18;-24;1;0;159;310;;;;;;**;;aag 1;0;240;44;60;24;11;8;-25;1;1;278;263;;;;;;42;;atgj 1;1;250;40;57;25;12;8;-26;1;3;252;75;;;;;;**;;acc 2;3;260;44;43;26;4;13;-27;1;0;58;214;;;;;;35;;cgt 2;0;270;42;51;27;8;9;-28;4;3;1021;93;;;;;;240;;cgt ;1;280;36;37;28;9;15;-29;4;2;154;314;;;;;;**;;agc ;1;290;36;45;29;7;23;-30;2;0;161;201;;;;;;51;;ggc 2;0;300;30;36;30;11;11;-31;0;2;16;157;;;;;;**;;ggc 3;0;310;36;33;31;8;18;-32;2;0;285;76;;;;;;34;;ttc 1;2;320;25;22;32;5;14;-33;0;0;110;353;;;;;;42;;gac ;1;330;28;22;33;7;11;-34;2;1;116;47;;;;;;**;;gaa ;0;340;20;22;34;15;19;-35;2;1;109;405;;;;;;21;;cag 1;0;350;19;23;35;14;19;-36;1;0;145;75;;;;;;38;;gag 1;0;360;26;20;36;6;17;-37;0;0;122;-3;;;;;;13;;gag ;0;370;12;20;37;12;18;-38;0;1;245;70;;;;;;4;;gag ;0;380;18;10;38;8;30;-39;0;0;849;46;;;;;;**;;gag ;0;390;13;22;39;8;13;-40;2;1;71;180;;;;;;22;;tgc ;0;400;12;20;40;10;11;-41;0;1;113;246;;;;;;**;;ggc 8;4;reste;297;316;reste;2174;3304;-42;0;0;149;350;;;;;;;; 51;52;total;2564;3995;total;2564;3995;-43;0;1;167;80;;;;;;;; 42;47;diagr;2260;3675;diagr;383;687;-44;0;0;124;183;;;;;;;; 1;2; t30;290;517;;;;-45;2;0;318;135;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;57;140;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;259;749;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;199;819;;;;;;;; ;x;2557;93;7;2657;;;-49;1;1;148;251;;;;;;;; ;c;3991;959;4;4954;;;-50;2;1;-13;94;;;;;;;; ;;;;;7611;171;;reste;14;21;25;270;;;;;;;; ;;;;;;7782;;total;93;959;32;;;;;;;;; </pre> =====ksk autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_autres_intercalaires_aas|ksk autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;ksk;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;629741;630835;188;*; ;comp;tRNA;631024;631098;140;*;act fin;comp;CDS;631239;632909;;; deb;comp;CDS;975508;975957;214;*; ;;tRNA;976172;976242;66;*;tgc fin;;CDS;976309;977706;;0; deb;comp;CDS;1013242;1014198;71;*; ;comp;tRNA;1014270;1014354;35;*;other ;comp;tRNA;1014390;1014474;967;*;other fin;;CDS;1015442;1015951;;; deb;;CDS;1614812;1615585;108;*; ;comp;tRNA;1615694;1615765;209;*;gtg ;comp;tRNA;1615975;1616046;462;*;gtg fin;;CDS;1616509;1616922;;; deb;comp;CDS;1620154;1621197;303;*; ;;tRNA;1621501;1621573;79;*;ggc ;;tRNA;1621653;1621726;36;*;tgc ;;tRNA;1621763;1621834;34;*;gtc ;;tRNA;1621869;1621940;37;*;gtc ;;tRNA;1621978;1622052;240;*;gtc fin;comp;CDS;1622293;1622469;;0; deb;comp;CDS;1706631;1707242;101;*; ;comp;rRNA;1707344;1707460;78;*;117 ;comp;rRNA;1707539;1710646;291;*;3108 ;comp;rRNA;1710938;1712461;672;*;1524 fin;;CDS;1713134;1713583;;; deb;;CDS;1888172;1888537;82;*; ;comp;rRNA;1888620;1888736;78;*;117 ;comp;rRNA;1888815;1891921;291;*;3107 ;comp;rRNA;1892213;1893736;619;*;1524 fin;comp;CDS;1894356;1895450;;; deb;comp;CDS;1969567;1970022;551;*; ;;tRNA;1970574;1970661;1;*;ctc fin;comp;CDS;1970663;1971622;;0; deb;comp;CDS;2263749;2264402;92;*; ;;tRNA;2264495;2264577;108;*;ttg fin;;CDS;2264686;2265490;;0; deb;;CDS;2661716;2662345;70;*; ;comp;ncRNA;2662416;2662817;52;*; fin;comp;CDS;2662870;2663124;;1; deb;;CDS;2740927;2741106;79;*; ;comp;tRNA;2741186;2741257;172;*;gta fin;;CDS;2741430;2742695;;; deb;;CDS;2785520;2787781;292;*; ;comp;tRNA;2788074;2788147;299;*;atgi fin;;CDS;2788447;2789340;;; deb;;CDS;2789514;2790302;119;*; ;comp;tRNA;2790422;2790494;5;*;aac ;comp;tRNA;2790500;2790572;309;*;aac fin;;CDS;2790882;2791175;;; deb;comp;CDS;2885846;2887138;92;*; ;comp;tRNA;2887231;2887303;269;*;gcc ;comp;tRNA;2887573;2887645;38;*;gcc ;comp;tRNA;2887684;2887756;156;*;gcc fin;comp;CDS;2887913;2888560;;; deb;comp;CDS;2930765;2932159;254;*; ;comp;tRNA;2932414;2932487;151;*;cca ;;tRNA;2932639;2932712;151;*;gga fin;comp;CDS;2932864;2933883;;; deb;comp;CDS;2982257;2982772;182;*; ;comp;rRNA;2982955;2983071;78;*;117 ;comp;rRNA;2983150;2986255;290;*;3106 ;comp;rRNA;2986546;2988069;525;*;1524 fin;comp;CDS;2988595;2989311;;; deb;;CDS;3017346;3017948;114;*; ;;tRNA;3018063;3018138;176;*;cac fin;;CDS;3018315;3018761;;0; deb;;CDS;3036003;3036545;108;*; ;;tRNA;3036654;3036727;101;*;aag fin;;CDS;3036829;3037074;;1; deb;comp;CDS;3042508;3044088;112;*; ;;tRNA;3044201;3044274;66;*;aag fin;comp;CDS;3044341;3044712;;0; deb;comp;CDS;3073276;3074226;70;*; ;comp;tRNA;3074297;3074387;18;*;cga ;comp;tRNA;3074406;3074496;18;*;cga ;comp;tRNA;3074515;3074605;18;*;other ;comp;tRNA;3074624;3074714;18;*;cga ;comp;tRNA;3074733;3074823;176;*;other fin;;CDS;3075000;3076004;;; deb;;CDS;3110984;3111742;84;*; ;;tRNA;3111827;3111900;129;*;aag ;;tRNA;3112030;3112103;312;*;aag fin;;CDS;3112416;3114647;;; deb;comp;CDS;3155159;3157495;252;*; ;;tRNA;3157748;3157831;70;*;cta fin;comp;CDS;3157902;3158507;;; deb;comp;CDS;3209463;3209777;463;*; ;;tRNA;3210241;3210315;1447;*;tgc fin;comp;CDS;3211763;3211972;;; deb;comp;CDS;3232464;3233834;193;*; ;comp;tmRNA;3234028;3234406;122;*; fin;comp;CDS;3234529;3235011;;; deb;comp;CDS;3289487;3289639;251;*; ;comp;rRNA;3289891;3290007;78;*;117 ;comp;rRNA;3290086;3293192;291;*;3107 ;comp;rRNA;3293484;3295007;645;*;1524 fin;comp;CDS;3295653;3296657;;0; deb;comp;CDS;3608197;3608565;139;*; ;comp;tRNA;3608705;3608777;310;*;tgg fin;;CDS;3609088;3610326;;; deb;comp;CDS;3616649;3616813;83;*; ;comp;tRNA;3616897;3616969;42;*;atgj ;comp;tRNA;3617012;3617084;263;*;acc deb;;CDS;3617348;3618601;75;*; ;comp;tRNA;3618677;3618757;214;*;tac fin;;CDS;3618972;3619460;;; deb;;CDS;3848397;3851321;93;*; ;comp;tRNA;3851415;3851488;314;*;aca fin;;CDS;3851803;3852900;;; deb;comp;CDS;3985689;3986465;748;*; ;comp;tRNA;3987214;3987290;117;*;acg fin;comp;CDS;3987408;3988070;;; deb;;CDS;4070175;4071119;88;*; ;;tRNA;4071208;4071281;402;*;ccg fin;;CDS;4071684;4073162;;; deb;comp;CDS;4092593;4094809;66;*; ;comp;ncRNA;4094876;4094966;132;*; ;;tRNA;4095099;4095183;329;*;tcc fin;;CDS;4095513;4095974;;; deb;;CDS;4142060;4142491;52;*; ;;tRNA;4142544;4142633;159;*;tcg fin;;CDS;4142793;4143458;;0; deb;comp;CDS;4160403;4160585;278;*; ;comp;tRNA;4160864;4160939;35;*;cgt ;comp;tRNA;4160975;4161050;240;*;cgt ;comp;tRNA;4161291;4161381;201;*;agc fin;;CDS;4161583;4164981;;0; deb;comp;CDS;4176515;4177270;252;*; ;comp;tRNA;4177523;4177608;58;*;tca fin;comp;CDS;4177667;4178776;;0; deb;comp;CDS;4235119;4239375;1021;*; ;comp;tRNA;4240397;4240470;157;*;ggg fin;;CDS;4240628;4240849;;; deb;;CDS;4285356;4285673;154;*; ;;tRNA;4285828;4285900;51;*;ggc ;;tRNA;4285952;4286024;161;*;ggc fin;;CDS;4286186;4287187;;; deb;;CDS;4381966;4383351;16;*; ;;tRNA;4383368;4383441;285;*;atc fin;;CDS;4383727;4384749;;; deb;;CDS;4385317;4385445;110;*; ;;tRNA;4385556;4385628;76;*;gca fin;comp;CDS;4385705;4386631;;0; deb;comp;CDS;4400257;4401138;353;*; ;;tRNA;4401492;4401575;47;*;ctg fin;comp;CDS;4401623;4402147;;0; deb;;CDS;4622363;4622569;405;*; ;comp;tRNA;4622975;4623048;116;*;gac fin;comp;CDS;4623165;4627139;;0; deb;comp;CDS;4640228;4640773;109;*; ;comp;tRNA;4640883;4640959;34;*;ttc ;comp;tRNA;4640994;4641067;42;*;gac ;comp;tRNA;4641110;4641182;145;*;gaa fin;comp;CDS;4641328;4641669;;0; deb;;CDS;4651026;4651709;122;*; ;;tRNA;4651832;4651904;245;*;aaa fin;;CDS;4652150;4652317;;0; deb;comp;CDS;4770979;4772697;849;*; ;comp;tRNA;4773547;4773620;75;*;atgf deb;;CDS;4773696;4774130;-3;*; ;comp;tRNA;4774128;4774201;71;*;atgf fin;comp;CDS;4774273;4775532;;0; deb;;CDS;4794735;4795958;553;*; ;;rRNA;4796512;4798035;291;*;1524 ;;rRNA;4798327;4801434;76;*;3108 ;;rRNA;4801511;4801627;280;*;117 fin;;CDS;4801908;4802828;;; deb;;CDS;5026285;5027319;113;*; ;;tRNA;5027433;5027505;70;*;agg fin;comp;CDS;5027576;5028037;;1; deb;;CDS;5075303;5076238;149;*; ;;tRNA;5076388;5076464;46;*;gcg fin;comp;CDS;5076511;5077533;;0; deb;comp;CDS;5121699;5123603;180;*; ;;tRNA;5123784;5123856;167;*;acc fin;;CDS;5124024;5124683;;; deb;comp;CDS;5131586;5132572;246;*; ;;tRNA;5132819;5132889;124;*;caa fin;;CDS;5133014;5134459;;; deb;comp;CDS;5215779;5216147;318;*; ;comp;tRNA;5216466;5216550;350;*;tta fin;;CDS;5216901;5217674;;; deb;;CDS;5427006;5430017;57;*; ;;tRNA;5430075;5430148;259;*;atgf fin;;CDS;5430408;5432459;;; deb;;CDS;5530116;5530868;80;*; ;comp;tRNA;5530949;5531020;183;*;cgg fin;;CDS;5531204;5531737;;; deb;;CDS;5713254;5714768;199;*; ;;tRNA;5714968;5715039;21;*;cag ;;tRNA;5715061;5715133;38;*;gag ;;tRNA;5715172;5715244;13;*;gag ;;tRNA;5715258;5715330;4;*;gag ;;tRNA;5715335;5715409;135;*;gag fin;comp;CDS;5715545;5716258;;0; deb;comp;CDS;5851701;5852435;734;*; ;;rRNA;5853170;5854693;280;*;1524 ;;rRNA;5854974;5858080;78;*;3107 ;;rRNA;5858159;5858275;205;*;117 fin;;CDS;5858481;5859890;;; deb;;CDS;5930032;5931717;452;*; ;;rRNA;5932170;5933693;280;*;1524 ;;rRNA;5933974;5937080;76;*;3107 ;;rRNA;5937157;5937273;271;*;117 fin;;CDS;5937545;5938228;;0; deb;;CDS;6072887;6073678;405;*; ;;rRNA;6074084;6075607;288;*;1524 ;;rRNA;6075896;6079001;78;*;3106 ;;rRNA;6079080;6079196;3080;*;117 fin;;CDS;6082277;6082420;;; deb;;CDS;6103592;6104206;140;*; ;comp;tRNA;6104347;6104419;749;*;aga fin;;CDS;6105169;6105423;;; deb;;CDS;6398346;6399611;611;*; ;;rRNA;6400223;6401746;291;*;1524 ;;rRNA;6402038;6405144;108;*;3107 ;;rRNA;6405253;6405369;239;*;117 fin;;CDS;6405609;6406436;;; deb;;CDS;6484449;6485687;148;*; ;;tRNA;6485836;6485909;819;*;ccc fin;comp;CDS;6486729;6487430;;; deb;comp;CDS;7351591;7353366;251;*; ;;tRNA;7353618;7353693;-13;*;gcc fin;;CDS;7353681;7353821;;; deb;;CDS;7353841;7355253;25;*; ;;tRNA;7355279;7355351;22;*;tgc ;;tRNA;7355374;7355446;32;*;ggc fin;;CDS;7355479;7356687;;0; deb;;CDS;7459688;7460983;94;*; ;comp;tRNA;7461078;7461165;270;*;ctc fin;;CDS;7461436;7462761;;; </pre> ====ksk distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ksk_distribution|ksk distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;1;tcc;;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;2;;gtc;3;gcc;3;gac;;ggc;2 tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;2;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;2;gcg;;gag;3;ggg; actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ksk;;37;;;;;;;ksk;14;;;;;;;;ksk;19;;;;;; </pre> ===actino synthèse=== ====actino distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_génome|actino distribution par génome]] <pre> actino;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ase;58;32;;;;0;6;;96 blo;19;31;;;;0;6;;56 sma;17;48;;;;0;7;;72 ksk;14;37;;;;0;19;;70 total;108;148;0;0;0;0;38;0;294 </pre> ====actino distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_du_total|actino distribution du total]] <pre> actino4;;;;;;;294 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295 </pre> ====actino distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_distribution_par_type|actino distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38 atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4 gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====actino par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actino_par_rapport_au_groupe_de_référence|actino par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;55;28;26;;;;109; 16;moyen;50;38;;;;;88; 14;fort;43;42;12;;;;97; ; ;148;108;38;;;;294; 10;g+cga;31;18;15;;;;64; 2;agg+cgg;8;1;;;;;9; 4;carre ccc;15;9;11;;;;35; 5;autres;1;;;;;;1; ;;55;28;26;;;;109; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;187;95;88;;;;371;26 16;moyen;170;129;;;;;299;324 14;fort;146;143;41;;;;330;650 ; ;503;367;129;;;;294;729 10;g+cga;105;61;51;;;;218;10 2;agg+cgg;27;3;;;;;31; 4;carre ccc;51;31;37;;;;119;16 5;autres;3;;;;;;3; ;;187;95;88;;;;371; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;actino4;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;187;95;88;371;26;37;26;68 16;moyen;170;129;;299;324;34;35; 14;fort;146;143;41;330;650;29;39;32 ; ;503;367;129;294;729;148;108;38 10;g+cga;105;61;51;218;10;56;64;58 2;agg+cgg;27;3;;31;;15;4; 4;carre ccc;51;31;37;119;16;27;32;42 5;autres;3;;;3;;2;; ;;187;95;88;371;;55;28;26 </pre> ====actinobacteria, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#actinobacteria,_estimation_des_-rRNAs|actinobacteria, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 99 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;99;2; ; ;;indices;;;;99;2;0;0;;actino4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;294 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;11 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;2;tac;;tgc;;;ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10 atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;5;acc;7;aac;9;agc;7 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;5;aga;5 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;4;cca;6;caa;3;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;88;;97;;109;294 26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;26.5.20 Tanger;;;;actino;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;86713;0.5;0.2;;;;;;618;21937;0,5;0,2;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;104;tct;0.2;tat;;atgf;135;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;275 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;;act;25;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;106;tcc;98;tac;104;tgc;118;;ttc;106;tcc;100;tac;104;tgc;118;;ttc;125;tcc;125;tac;125;tgc;250 atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;104;acc;111;aac;126;agc;104;;atc;125;acc;175;aac;225;agc;175 ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;113;ccc;106;cac;100;cgt;131;;ctc;200;ccc;150;cac;125;cgt;225 gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;145;gcc;129;gac;138;ggc;184;;gtc;275;gcc;250;gac;250;ggc;350 tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga;19;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;1.2;aca;100;aaa;104;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;125;aga;125 cta;100;cca;100;caa;99;cga;1;;cta;100;cca;100;caa;99;cga;1.4;;cta;100;cca;150;caa;75;cga; gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;98;gca;119;gaa;101;gga;108;;gta;100;gca;125;gaa;125;gga;175 ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;105;tcg;125;tag;0.9;tgg;109;;ttg;125;tcg;100;tag;;tgg;175 atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;102;acg;104;aag;126;agg;104;;atgj;100;acg;150;aag;275;agg;100 ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;100;ccg;99;cag;110;cgg;105;;ctg;175;ccg;100;cag;200;cgg;125 gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;114;gcg;86;gag;143;ggg;104;;gtg;250;gcg;150;gag;250;ggg;125 ;;1677;;1634;;1736;5047;;;;1679;;1634;;1736;5049;;;;2200;;2425;;2725;7350 rapports;;100;;100;;100;100;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;actino;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;54.081;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;100;tat;;atgf;51 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;5354;;;0/0;;;;;att;;act;97;aat;;agt;100 ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;2;;;10;10;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;99;;;20;12;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;98;tac;100;tgc;100;;;;;;30;2;;;;ttc;15;tcc;22;tac;17;tgc;53 atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;actino;73.5;;;40;5;;;;atc;17;acc;37;aac;44;agc;41 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;294;;;50;12;41;;;ctc;44;ccc;29;cac;20;cgt;42 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;0;;;60;4;;;;gtc;47;gcc;48;gac;45;ggc;47 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;0;aaa;17;aga;18 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par actino ;;;;90;0;;;;cta;0;cca;33;caa;24;cga;100 gta;100;gca;100;gaa;100;gga;100;;est 36% au dessus;;;;100;3;;;;gta;2;gca;5;gaa;19;gga;38 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;16;tcg;20;tag;100;tgg;38 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;2;acg;31;aag;54;agg;4 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;43;ccg;1;cag;45;cgg;16 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;54;gcg;43;gag;43;ggg;17 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;313;;395;;593;1301 </pre> ==cyano== ===npu=== ====npu opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_opérons|npu opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Nost_punc_PCC_73102_ATCC_29133/nostPunc_PCC_73102_ATCC29133-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_010628.1;npu;;genome;;;;;;;; 41.4%GC;12.8.19 Paris;16s 4;79;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Nostoc punctiforme PCC 73102 ATCC 29133 ;;;;;;;;;;; ;199270..199464;;CDS;;237;237;;;65;; comp;199702..199775;;agg;;33;33;;;;; comp;199809..200906;;CDS;;;;;;366;; ;;;;;;;;;;; comp;352653..353060;;CDS;;690;*690;;;136;; comp;353751..353822;;ggc;;147;147;;;;; comp;353970..354548;;CDS;;;;;;193;; ;;;;;;;;;;; ;503259..503606;;CDS;;145;145;;;116;; ;503752..503827;;atgj;+;-1;;*-1;;;; ;503827..503901;;atgj;2 atg;397;397;;;;; ;504299..505384;;CDS;@1;;;;;362;; ;;;;;;;;;;; comp;777899..778429;;CDS;;34;34;;;177;; ;778464..778537;;cgt;;38;38;;;;; comp;778576..779829;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;878016..878609;;CDS;;384;384;;;198;; ;878994..879064;;tgc;;205;205;;;;; ;879270..879491;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;951559..952671;;CDS;;53;53;;;371;; ;952725..952796;;acc;;310;310;;;;; comp;953107..953340;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;954493..955170;;CDS;;72;72;;;226;; comp;955243..955315;;aga;;356;356;;;;; ;955672..956331;;CDS;;;;;;220;; ;;;;;;;;;;; ; 1054005..1054811;;CDS;;290;290;;;269;; comp;1055102..1055172;;gga;;50;50;;;;; comp;1055223..1056383;;CDS;;;;;;387;; ;;;;;;;;;;; comp;1175326..1175523;;CDS;;247;247;;;66;; comp;1175771..1175844;;ccg;;138;138;;;;; ;1175983..1176855;;CDS;;;;;;291;; ;;;;;;;;;;; ;1380042..1380593;;CDS;;226;226;;;184;; comp;1380820..1380904;;tcc;;107;107;;;;; ;1381012..1381380;;CDS;;;;;;123;; ;;;;;;;;;;; ;1442145..1442867;;CDS;;32;32;;;241;; ;1442900..1442974;;ttc;;362;362;;;;; ;1443337..1444770;;CDS;;;;;;478;; ;;;;;;;;;;; comp;1650791..1652236;;CDS;;133;133;;;482;; comp;1652370..1652443;;gac;;111;111;;;;; comp;1652555..1653088;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;2020233..2021171;;CDS;;317;317;;;313;; ;2021489..2022985;;16s;;123;;;;1497;; ;2023109..2023185;;atc;;79;;;79;;; ;2023265..2023340;;gca;;249;;;;;; ;2023590..2026486;;23s;;59;;;;2897;; ;2026546..2026663;;5s;;230;230;;;118;; > comp;2026894..2027373;;CDS;;;;;;160;; ;;;;;;;;;;; comp;2303766..2304149;;CDS;;124;124;;;128;; ;2304274..2304349;;cac;;1362;*1362;;;;; ;2305712..2308132;;CDS;;;;;;*807;; ;;;;;;;;;;; comp;3372671..3373291;;CDS;;143;143;;;207;; ;3373435..3373507;;gta;;415;*415;;;;; ;3373923..3374555;;CDS;;;;;;211;; ;;;;;;;;;;; comp;3434121..3435443;;CDS;;204;204;;;441;; comp;3435648..3435739;;agc;;141;141;;;;; comp;3435881..3436813;;CDS;;;;;;311;; ;;;;;;;;;;; ;3439846..3440202;;CDS;@2;-19;*-19;;;119;; comp;3440184..3440257;;gca;;48;;48;;;; comp;3440306..3440378;;aca;+;8;;8;;;; comp;3440387..3440462;;atgf;2 aca;11;;11;;;; comp;3440474..3440546;;cta;;4;;4;;;; comp;3440551..3440623;;ccg;;6;;6;;;; comp;3440630..3440706;;ctc;;2;;2;;;; comp;3440709..3440785;;ctg;;3;;3;;;; comp;3440789..3440861;;cca;;1;;1;;;; comp;3440863..3440940;;tta;;6;;6;;;; comp;3440947..3441023;;ttg;;6;;6;;;; comp;3441030..3441105;;caa;;3;;3;;;; comp;3441109..3441181;;cag;;5;;5;;;; comp;3441187..3441261;;aac;;6;;6;;;; comp;3441268..3441365;;aca;;81;;*81;;;; comp;3441447..3441521;;cgt;;4;;4;;;; comp;3441526..3441615;;agc;;113;;*113;;;; comp;3441729..3441800;;gaa;;58;;58;;;; comp;3441859..3441933;;tgg;;88;;*88;;;; comp;3442022..3442095;;tgc;;132;;*132;;;; comp;3442228..3442301;;gac;;118;118;;;;; comp;3442420..3442614;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;3448311..3448919;;CDS;;80;80;;;203;; comp;3449000..3449072;;gaa;;120;120;;;;; ;3449193..3449375;;CDS;;;;;;61;; ;;;;;;;;;;; ;4538041..4538745;;CDS;;151;151;;;235;; ;4538897..4538981;;tcg;;194;194;;;;; ;4539176..4540357;;CDS;;;;;;394;; ;;;;;;;;;;; comp;4869164..4869988;;CDS;;584;*584;;;275;; comp;4870573..4870646;;cca;;298;298;;;;; comp;4870945..4871493;;CDS;;;;;;183;; ;;;;;;;;;;; comp;5426384..5427841;;CDS;;100;100;;;486;; comp;5427942..5428018;;atgf;;46;46;;;;; comp;5428065..5429018;;CDS;;;;;;318;; ;;;;;;;;;;; comp;5480844..5481563;;CDS;;407;*407;;;240;; comp;5481971..5482043;;gcc;;94;94;;;;; comp;5482138..5482332;;CDS;;;;;;65;; ;;;;;;;;;;; ;5510568..5511620;;CDS;;319;319;;;351;; comp;5511940..5512057;;5s;;59;;;;118;; comp;5512117..5515016;;23s;;249;;;;2900;; comp;5515266..5515341;;gca;;82;;;82;;; comp;5515424..5515497;;atc;;123;;;;;; comp;5515621..5517117;;16s;;682;*682;;;1497;; comp;5517800..5519035;;CDS;;;;;;412;; ;;;;;;;;;;; comp;5572068..5572769;;CDS;;290;290;;;234;; ;5573060..5573132;;atgi;;153;153;;;;; comp;5573286..5573720;;CDS;;;;;;145;; ;;;;;;;;;;; ;5573827..5574450;;CDS;;93;93;;;208;; comp;5574544..5574615;;aca;;345;345;;;;; ;5574961..5575881;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; < comp;5655591..5655800;;CDS;;21;21;;;70;; comp;5655822..5655893;;aac;;144;144;;;;; comp;5656038..5656589;;CDS;;;;;;184;; ;;;;;;;;;;; ;5688669..5689538;;CDS;;75;75;;;290;; ;5689614..5689689;;ttc;;663;*663;;;;; comp;5690353..5692080;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;5756596..5757801;;CDS;;66;66;;;402;; ;5757868..5757940;;cgg;;400;400;;;;; comp;5758341..5759045;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; comp;6075820..6077016;;CDS;;175;175;;;399;; comp;6077192..6077263;;ggg;;171;171;;;;; comp;6077435..6078052;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;6083633..6084493;;CDS;;676;*676;;;287;; ;6085170..6086666;;16s;;123;;;;1497;; ;6086790..6086866;;atc;;79;;;79;;; ;6086946..6087021;;gca;;249;;;;;; ;6087271..6090169;;23s;;59;;;;2899;; ;6090229..6090346;;5s;;176;176;;;118;; comp;6090523..6090720;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; comp;6498176..6499135;;CDS;;149;149;;;320;; comp;6499285..6499402;;5s;;59;;;;118;; comp;6499462..6502360;;23s;;249;;;;2899;; comp;6502610..6502685;;gca;;79;;;79;;; comp;6502765..6502841;;atc;;123;;;;;; comp;6502965..6504461;;16s;;315;315;;;1497;; ;6504777..6505643;;CDS;;;;;;289;; ;;;;;;;;;;; ;6889916..6890785;;CDS;;61;61;;;290;; ;6890847..6890918;;aaa;;294;294;;;;; comp;6891213..6892148;;CDS;;;;;;312;; ;;;;;;;;;;; ;6948457..6949644;;CDS;;162;162;;;396;; ;6949807..6949888;;cta;;400;400;;;;; ;6950289..6950609;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; comp;6980662..6982233;;CDS;;171;171;;;*524;; ;6982405..6982478;;gtc;;1521;*1521;;;;; comp;6984000..6985919;;CDS;;;;;;*640;; ;;;;;;;;;;; ;7066111..7067829;;CDS;;232;232;;;*573;; comp;7068062..7068133;;caa;;270;270;;;;; comp;7068404..7069606;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;7071719..7071991;;CDS;;39;39;;;91;; comp;7072031..7072114;;ttg;;109;109;;;;; comp;7072224..7073345;;CDS;;;;;;374;; ;;;;;;;;;;; comp;7074644..7076011;;CDS;;409;*409;;;456;; ;7076421..7076502;;ctg;;95;95;;;;; ;7076598..7077374;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; ;7130044..7131132;;CDS;;131;131;;;363;; comp;7131264..7131335;;acg;;33;33;;;;; ;7131369..7131662;;CDS;;;;;;98;; ;;;;;;;;;;; ;7224805..7225167;;CDS;;146;146;;;121;; ;7225314..7225386;;tgg;;378;378;;;;; ;7225765..7225986;;CDS;;;;;;74;; ;;;;;;;;;;; comp;7346902..7348245;;CDS;;396;396;;;448;; ;7348642..7348724;;ctc;;127;127;;;;; ;7348852..7349475;;CDS;;;;;;208;; ;;;;;;;;;;; ;7506243..7506593;;CDS;;747;*747;;;117;; comp;7507341..7507414;;ccc;;50;50;;;;; comp;7507465..7507830;;CDS;;;;;;122;; ;;;;;;;;;;; ;7517008..7519347;;CDS;;167;167;;;*780;; ;7519515..7519588;;atgj;;213;213;;;;; <> comp;7519802..7520109;;CDS;;;;;;103;; ;;;;;;;;;;; comp;7571389..7571706;;CDS;;895;*895;;;106;; comp;7572602..7572676;;aag;;63;63;;;;; comp;7572740..7574992;;CDS;;;;;;*751;; ;;;;;;;;;;; comp;7610323..7610769;;CDS;;481;*481;;;149;; comp;7611251..7611323;;gca;;71;71;;;;; ;7611395..7612312;;CDS;;;;;;306;; ;;;;;;;;;;; ;7936008..7936736;;CDS;;65;65;;;243;; ;7936802..7936874;;gcg;;437;*437;;;;; ;7937312..7938874;;CDS;;;;;;*521;; ;;;;;;;;;;; ;7972961..7973239;;CDS;;313;313;;;93;; comp;7973553..7973624;;acc;;88;;*88;;;; comp;7973713..7973798;;tac;;124;124;;;;; comp;7973923..7974897;;CDS;;;;;;325;; ;;;;;;;;;;; ;7975047..7975976;;CDS;;100;100;;;310;; ;7976077..7976161;;tca;;374;374;;;;; ;7976536..7978545;;CDS;;;;;;*670;; </pre> ====npu cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_cumuls|npu cumuls]] <pre> npu cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;4;1;2;;1;1;1;;100;13;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;12;;50;10;40;;200;21;60;0 ;16 atc gca;4;40;0;;100;14;80;;300;22;90;10 ;16 23 5s a;0;60;2;;150;18;120;;400;19;120;9 ;max a;2;80;0;3;200;9;160;;500;10;150;7 ;a doubles;0;100;3;1;250;8;200;;600;4;180;3 ;autres;0;120;1;;300;5;240;;700;2;210;10 ;total aas;8;140;1;;350;6;280;;800;2;240;7 sans ;opérons;43;160;0;;400;9;320;;900;1;270;4 ;1 aa;40;180;0;;450;4;360;;1000;0;300;6 ;max a;20;200;0;;500;1;400;;1100;0;330;9 ;a doubles;2;;0;;;9;;;;0;;29 ;total aas;64;;21;4;;94;;0;;94;;94 total aas;;72;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;79;;254;;;;279;; ;;;variance;43;0;;254;;;;171;; sans jaune;;;moyenne;11;;;176;;;;240;;188 ;;;variance;17;;;111;;;;122;;85 </pre> ====npu blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_blocs|npu blocs]] <pre> npu blocs;;;; CDS;317;313;676;287 16s;123;1497;123;1497 atc;79;;79; gca;249;;249; 23s;59;2897;59;2899 5s;230;118;176;118 CDS;;160;;66 ;;;; CDS;319;351;149;320 5s;59;118;59;118 23s;249;2900;249;2899 gca;82;;79; atc;123;;123; 16s;682;1497;315;1497 CDS;;412;;289 </pre> ====npu remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_remarques|npu remarques]] <pre> gtRNAdb;;;;;;;79;;cumuls;;;;;;;72 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;2;tgc;2;;ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;4;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;4;acc;2;aac;2;agc;2 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;1;cac;1;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;1;aca;2;aaa;2;aga;1;;ata;;aca;3;aaa;1;aga;1 cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1;;gta;1;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;3;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;3;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;3;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====npu distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_distribution|npu distribution]] <pre> atgi;2;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;1;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total npu;;39;;;;;;;npu;21;;;;;;;;npu;4;;;;;; </pre> ====npu données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_données_intercalaires|npu données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;npu;fx;fc;npu;fx40;fc40;npu;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;4;15;0;4;15;-1;0;54;33;237;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;50;188;1;2;22;-2;6;0;690;34;;317;4* 61;;;-1;;atgj ;0;20;52;152;2;4;24;-3;0;1;147;38;;317;16s tRNA;;;**;;atgj ;1;30;43;135;3;8;22;-4;15;135;145;356;;676;4* 131;;atc;44;;other 3;4;40;53;132;4;8;16;-5;1;0;397;290;;315;tRNA 23s;;;**;;other ;3;50;54;142;5;10;25;-6;2;0;216;518;5s CDS;;4* 260;;gca;156;;aaa 1;0;60;63;142;6;3;17;-7;1;8;615;138;149;68;tRNA tRNA;;intra;7;;other 1;4;70;74;115;7;2;17;-8;1;34;5;226;;319;4* 82;;atc gca;6;;cac 2;2;80;59;146;8;6;16;-9;1;0;231;107;;176;;;;48;;gca ;0;90;64;129;9;5;12;-10;1;6;384;124;;;;;;8;;aca 1;4;100;59;129;10;2;17;-11;0;27;205;143;;;;;;10;;atgf 2;1;110;63;168;11;8;15;-12;0;0;72;102;;;;;;4;;cta ;2;120;61;138;12;3;17;-13;0;11;50;80;;;;;;6;;ccg 1;2;130;56;101;13;5;15;-14;2;23;37;327;;;;;;5;;ctc 3;1;140;84;119;14;8;23;-15;1;1;247;51;;;;;;3;;ctg 1;6;150;63;107;15;4;15;-16;0;5;705;290;;;;;;1;;cca 1;1;160;60;99;16;3;9;-17;0;15;145;153;;;;;;6;;tta ;2;170;49;104;17;4;16;-18;2;0;32;93;;;;;;6;;ttg 1;2;180;49;81;18;2;9;-19;1;1;368;345;;;;;;3;;caa ;0;190;47;79;19;10;19;-20;1;10;133;666;;;;;;5;;cag ;1;200;49;73;20;5;14;-21;1;0;111;137;;;;;;6;;aac ;2;210;60;55;21;3;15;-22;0;2;1365;427;;;;;;81;;aca ;1;220;33;65;22;7;5;-23;2;6;415;294;;;;;;4;;cgt 1;0;230;29;69;23;3;11;-24;0;0;204;171;;;;;;4;;agc 2;1;240;38;54;24;4;10;-25;0;2;141;1521;;;;;;7;;tac ;1;250;39;63;25;3;11;-26;2;8;118;232;;;;;;62;;gaa ;0;260;31;74;26;4;19;-27;1;0;409;409;;;;;;3;;tgg ;2;270;33;53;27;7;15;-28;2;4;151;131;;;;;;11;;atgi ;0;280;31;53;28;5;18;-29;3;1;194;33;;;;;;3;;tgc 2;0;290;34;47;29;3;16;-30;0;0;599;396;;;;;;4;;other 1;1;300;42;48;30;4;15;-31;0;2;298;747;;;;;;**;;gac 1;0;310;25;42;31;6;13;-32;0;4;100;301;;;;;;88;;acc ;1;320;27;42;32;3;12;-33;2;0;46;71;;;;;;**;;tac 1;0;330;26;33;33;6;12;-34;0;0;407;70;;;;;;;; ;0;340;22;37;34;4;7;-35;0;6;94;;;;;;;;; 1;0;350;34;43;35;3;10;-36;0;0;24;;;;;;;;; 1;0;360;27;42;36;10;16;-37;1;4;144;;;;;;;;; ;1;370;15;20;37;4;13;-38;2;5;75;;;;;;;;; ;2;380;36;33;38;5;17;-39;0;0;66;;;;;;;;; ;1;390;18;17;39;10;19;-40;0;1;268;;;;;;;;; 1;1;400;16;29;40;2;13;-41;0;1;175;tRNA CDS;;;;;;;; 6;11;reste;535;586;reste;2105;3377;-42;0;0;171;suite;;;;;;;; 34;62;total;2307;3999;total;2307;3999;-43;0;1;61;50;;;;;;;; 28;51;diagr;1768;3398;diagr;198;607;-44;1;1;162;167;;;;;;;; 0;2; t30;145;475;;;;-45;0;0;313;898;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;1;0;270;63;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;1;39;481;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;109;65;;;;;;;; ;x;2303;67;4;2374;;;-49;0;0;95;437;;;;;;;; ;c;3984;402;15;4401;;;-50;0;0;146;124;;;;;;;; ;;;;;6775;156;;reste;12;22;378;100;;;;;;;; ;;;;;;6931;;total;67;402;127;374;;;;;;;; </pre> =====npu autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#npu_autres_intercalaires_aas|npu autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;npu;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;199270;199464;237;*; ;comp;tRNA;199702;199775;33;*;agg fin;comp;CDS;199809;200906;;0; deb;comp;CDS;352653;353060;690;*; ;comp;tRNA;353751;353822;147;*;ggc fin;comp;CDS;353970;354548;;; deb;;CDS;503259;503606;145;*; ;;tRNA;503752;503827;-1;*;atgj ;;tRNA;503827;503901;397;*;atgj deb;;CDS;504299;505384;216;*; ;;tRNA;505601;505673;615;*;ata fin;;CDS;506289;507815;;; deb;;CDS;727418;728587;5;*; ;;tRNA;728593;728664;231;*;other fin;;CDS;728896;730239;;; deb;comp;CDS;777899;778429;34;*; ;;tRNA;778464;778537;38;*;cgt fin;comp;CDS;778576;779829;;; deb;;CDS;878016;878609;384;*; ;;tRNA;878994;879064;205;*;tgc fin;;CDS;879270;879491;;; deb;comp;CDS;954493;955170;72;*; ;comp;tRNA;955243;955315;356;*;aga fin;;CDS;955672;956331;;; deb;;CDS;1054005;1054811;290;*; ;comp;tRNA;1055102;1055172;50;*;gga fin;comp;CDS;1055223;1056383;;; deb;comp;CDS;1081601;1082335;518;*; ;;tRNA;1082854;1082983;44;*;other ;;tRNA;1083028;1083149;37;*;other fin;;CDS;1083187;1084788;;; deb;comp;CDS;1175326;1175523;247;*; ;comp;tRNA;1175771;1175844;138;*;ccg fin;;CDS;1175983;1176855;;; deb;;CDS;1380042;1380593;226;*; ;comp;tRNA;1380820;1380904;107;*;tcc fin;;CDS;1381012;1381380;;; deb;;CDS;1440092;1440529;705;*; ;;tRNA;1441235;1441304;145;*;other fin;;CDS;1441450;1441650;;; deb;;CDS;1442145;1442867;32;*; ;;tRNA;1442900;1442968;368;*;ttc fin;;CDS;1443337;1444770;;; deb;;CDS;1484155;1484853;46;*; ;;ncRNA;1484900;1485316;115;*; fin;;CDS;1485432;1486151;;; deb;comp;CDS;1650791;1652236;133;*; ;comp;tRNA;1652370;1652443;111;*;gac fin;comp;CDS;1652555;1653130;;0; deb;comp;CDS;2020233;2021171;317;*; ;;rRNA;2021489;2022977;131;*;1489 ;;tRNA;2023109;2023182;82;*;atc ;;tRNA;2023265;2023337;260;*;gca ;;rRNA;2023598;2026484;61;*;2887 ;;rRNA;2026546;2026663;68;*;118 fin;comp;CDS;2026732;2026957;;; deb;comp;CDS;2303766;2304149;124;*; ;;tRNA;2304274;2304346;1365;*;cac fin;;CDS;2305712;2308132;;0; deb;comp;CDS;3372671;3373291;143;*; ;;tRNA;3373435;3373507;415;*;gta fin;;CDS;3373923;3374555;;; deb;comp;CDS;3434121;3435443;204;*; ;comp;tRNA;3435648;3435739;141;*;agc fin;comp;CDS;3435881;3436813;;; deb;;CDS;3438597;3439685;102;*; ;comp;tRNA;3439788;3439858;156;*;aaa ;comp;tRNA;3440015;3440097;7;*;other ;comp;tRNA;3440105;3440177;6;*;cac ;comp;tRNA;3440184;3440257;48;*;gca ;comp;tRNA;3440306;3440378;8;*;aca ;comp;tRNA;3440387;3440463;10;*;atgf ;comp;tRNA;3440474;3440546;4;*;cta ;comp;tRNA;3440551;3440623;6;*;ccg ;comp;tRNA;3440630;3440706;5;*;ctc ;comp;tRNA;3440712;3440785;3;*;ctg ;comp;tRNA;3440789;3440861;1;*;cca ;comp;tRNA;3440863;3440940;6;*;tta ;comp;tRNA;3440947;3441023;6;*;ttg ;comp;tRNA;3441030;3441105;3;*;caa ;comp;tRNA;3441109;3441181;5;*;cag ;comp;tRNA;3441187;3441261;6;*;aac ;comp;tRNA;3441268;3441365;81;*;aca ;comp;tRNA;3441447;3441521;4;*;cgt ;comp;tRNA;3441526;3441615;4;*;agc ;comp;tRNA;3441620;3441721;7;*;tac ;comp;tRNA;3441729;3441799;62;*;gaa ;comp;tRNA;3441862;3441933;3;*;tgg ;comp;tRNA;3441937;3442010;11;*;atgi ;comp;tRNA;3442022;3442095;3;*;tgc ;comp;tRNA;3442099;3442223;4;*;other ;comp;tRNA;3442228;3442301;118;*;gac fin;comp;CDS;3442420;3442614;;0; deb;;CDS;3448311;3448919;80;*; ;comp;tRNA;3449000;3449072;327;*;gaa fin;;CDS;3449400;3451319;;; deb;;CDS;3675128;3675659;409;*; ;;tRNA;3676069;3676151;51;*;tca fin;comp;CDS;3676203;3676421;;; deb;;CDS;4538041;4538745;151;*; ;;tRNA;4538897;4538981;194;*;tcg fin;;CDS;4539176;4540357;;0; deb;comp;CDS;4869164;4869973;599;*; ;comp;tRNA;4870573;4870646;298;*;cca fin;comp;CDS;4870945;4871493;;0; deb;comp;CDS;5108061;5113469;362;*; ;comp;ncRNA;5113832;5114015;60;*; fin;comp;CDS;5114076;5115230;;; deb;comp;CDS;5426384;5427841;100;*; ;comp;tRNA;5427942;5428018;46;*;atgf fin;comp;CDS;5428065;5429018;;; deb;comp;CDS;5480844;5481563;407;*; ;comp;tRNA;5481971;5482043;94;*;gcc fin;comp;CDS;5482138;5482332;;; deb;;CDS;5510568;5511620;319;*; ;comp;rRNA;5511940;5512057;61;*;118 ;comp;rRNA;5512119;5515008;260;*;2890 ;comp;tRNA;5515269;5515341;82;*;gca ;comp;tRNA;5515424;5515497;131;*;atc ;comp;rRNA;5515629;5517117;317;*;1489 fin;;CDS;5517435;5517515;;0; deb;comp;CDS;5572068;5572769;290;*; ;;tRNA;5573060;5573132;153;*;atgi fin;comp;CDS;5573286;5573720;;0; deb;;CDS;5573827;5574450;93;*; ;comp;tRNA;5574544;5574615;345;*;aca fin;;CDS;5574961;5575881;;; deb;comp;CDS;5655654;5655797;24;*; ;comp;tRNA;5655822;5655893;144;*;aac fin;comp;CDS;5656038;5656589;;; deb;;CDS;5688669;5689538;75;*; ;;tRNA;5689614;5689686;666;*;ttc fin;comp;CDS;5690353;5692080;;; deb;;CDS;5756596;5757801;66;*; ;;tRNA;5757868;5757940;137;*;cgg fin;comp;CDS;5758078;5758233;;; deb;;CDS;6022666;6023613;294;*; ;;tmRNA;6023908;6024297;537;*; fin;comp;CDS;6024835;6025290;;0; deb;comp;CDS;6048961;6050142;268;*; ;comp;tRNA;6050411;6050520;427;*;other fin;;CDS;6050948;6051328;;; deb;comp;CDS;6075820;6077016;175;*; ;comp;tRNA;6077192;6077263;171;*;ggg fin;comp;CDS;6077435;6078040;;; deb;comp;CDS;6083633;6084493;676;*; ;;rRNA;6085170;6086658;131;*;1489 ;;tRNA;6086790;6086863;82;*;atc ;;tRNA;6086946;6087018;260;*;gca ;;rRNA;6087279;6090167;61;*;2889 ;;rRNA;6090229;6090346;176;*;118 fin;comp;CDS;6090523;6090720;;; deb;comp;CDS;6498176;6499135;149;*; ;comp;rRNA;6499285;6499402;61;*;118 ;comp;rRNA;6499464;6502352;260;*;2889 ;comp;tRNA;6502613;6502685;82;*;gca ;comp;tRNA;6502768;6502841;131;*;atc ;comp;rRNA;6502973;6504461;315;*;1489 fin;;CDS;6504777;6505643;;0; deb;;CDS;6889916;6890785;61;*; ;;tRNA;6890847;6890918;294;*;aaa fin;comp;CDS;6891213;6892148;;; deb;;CDS;6948457;6949644;162;*; ;;tRNA;6949807;6949888;313;*;cta fin;;CDS;6950202;6950609;;0; deb;comp;CDS;6980662;6982233;171;*; ;;tRNA;6982405;6982478;1521;*;gtc fin;comp;CDS;6984000;6985919;;0; deb;;CDS;7066111;7067829;232;*; ;comp;tRNA;7068062;7068133;270;*;caa fin;comp;CDS;7068404;7069606;;; deb;comp;CDS;7071719;7071991;39;*; ;comp;tRNA;7072031;7072114;109;*;ttg fin;comp;CDS;7072224;7073345;;; deb;comp;CDS;7074644;7076011;409;*; ;;tRNA;7076421;7076502;95;*;ctg fin;;CDS;7076598;7077374;;0; deb;;CDS;7130044;7131132;131;*; ;comp;tRNA;7131264;7131335;33;*;acg fin;;CDS;7131369;7131662;;0; deb;;CDS;7224805;7225167;146;*; ;;tRNA;7225314;7225386;378;*;tgg fin;;CDS;7225765;7225986;;; deb;comp;CDS;7324019;7324405;25;*; ;comp;ncRNA;7324431;7324527;37;*; fin;comp;CDS;7324565;7324831;;0; deb;comp;CDS;7346902;7348245;396;*; ;;tRNA;7348642;7348724;127;*;ctc fin;;CDS;7348852;7349475;;; deb;;CDS;7506243;7506593;747;*; ;comp;tRNA;7507341;7507414;50;*;ccc fin;comp;CDS;7507465;7507830;;; deb;;CDS;7517041;7519347;167;*; ;;tRNA;7519515;7519588;301;*;atgj fin;comp;CDS;7519890;7520066;;; deb;comp;CDS;7571389;7571706;898;*; ;comp;tRNA;7572605;7572676;63;*;aag fin;comp;CDS;7572740;7574992;;; deb;comp;CDS;7610323;7610769;481;*; ;comp;tRNA;7611251;7611323;71;*;gca fin;;CDS;7611395;7612312;;0; deb;;CDS;7936008;7936736;65;*; ;;tRNA;7936802;7936874;437;*;gcg fin;;CDS;7937312;7938874;;; deb;;CDS;7973321;7973482;70;*; ;comp;tRNA;7973553;7973624;88;*;acc ;comp;tRNA;7973713;7973798;124;*;tac fin;comp;CDS;7973923;7974897;;0; deb;;CDS;7975047;7975976;100;*; ;;tRNA;7976077;7976161;374;*;tca fin;;CDS;7976536;7978545;;; </pre> ===pmg=== ====pmg opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_opérons|pmg opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Proc_mari_MIT_9301/procMari_MIT_9301-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009091.1;pmg;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;13.8.19 Paris;16s 1;37;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Prochlorococcus marinus str. MIT 9301;;;;;;;;;;; comp;74235..75521;;CDS;;4;4;;;429;; comp;75526..75607;;ctt;;259;259;;;;; ;75867..77216;;CDS;;;;;;450;; ;;;;;;;;;;; ;132034..132708;;CDS;;49;49;;;225;; ;132758..132829;;aac;;566;*566;;;;; ;133396..133845;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;239249..240268;;CDS;;170;170;;;340;; comp;240439..240520;;cta;;71;71;;;;; ;240592..241041;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; comp;257573..258844;;CDS;;77;77;;;424;; comp;258922..258995;;cgt;;86;86;;;;; ;259082..259333;;CDS;;;;;;84;; ;;;;;;;;;;; comp;272771..274039;;CDS;;18;18;;;423;; comp;274058..274130;;atgi;;141;141;;;;; ;274272..274832;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; ;305431..305850;;CDS;;84;84;;;140;; comp;305935..306010;;ttc;;91;91;;;;; comp;306102..307331;;CDS;;;;;;410;; ;;;;;;;;;;; ;313891..314472;;CDS;;178;178;;;194;; comp;314651..314722;;aca;;65;65;;;;; comp;314788..315120;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; comp;320549..321988;;CDS;;603;*603;;;480;; ;322592..324074;;16s;;125;;;;;; ;324200..324273;;atc;;12;;;12;;; ;324286..324358;;gca;;256;;;;;; ;324615..327496;;23s;;60;;;;;; ;327557..327673;;5s;;43;43;;;;; comp;327717..328595;;CDS;;;;;;293;; ;;;;;;;;;;; comp;354976..355167;;CDS;;88;88;;;64;; comp;355256..355327;;acc;;10;;10;;;; comp;355338..355419;;tac;;102;102;;;;; ;355522..355962;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;434230..435660;;CDS;;17;17;;;477;; comp;435678..435751;;gac;;149;149;;;;; comp;435901..436095;;CDS;;35;35;;;65;; comp;436131..436203;;tgg;;53;53;;;;; comp;436257..436727;;CDS;;;;;;157;; ;;;;;;;;;;; ;521448..522497;;CDS;;99;99;;;350;; ;522597..522682;;tta;;78;78;;;;; ;522761..522994;;CDS;;;;;;78;; ;;;;;;;;;;; comp;609397..609897;;CDS;;249;249;;;167;; comp;610147..610233;;tca;;404;*404;;;;; ;610638..611399;;CDS;;;;;;254;; ;;;;;;;;;;; ;774440..775240;;CDS;;210;210;;;267;; comp;775451..775524;;ccc;;27;27;;;;; comp;775552..776280;;CDS;;;;;;243;; ;;;;;;;;;;; comp;828018..828392;;CDS;;49;49;;;125;; ;828442..828528;;tcc;;214;214;;;;; ;828743..830740;;CDS;;;;;;*666;; ;;;;;;;;;;; ;868731..869213;;CDS;;29;29;;;161;; ;869243..869316;;atgj;;67;67;;;;; ;869384..869671;;CDS;;;;;;96;; ;;;;;;;;;;; ;909742..910707;;CDS;;45;45;;;322;; ;910753..910829;;atgf;;591;*591;;;;; ;911421..911810;;CDS;;;;;;130;; ;;;;;;;;;;; ;996073..996609;;CDS;;16;16;;;179;; comp;996626..996698;;gaa;;41;41;;;;; comp;996740..997858;;CDS;;;;;;373;; ;;;;;;;;;;; comp;1040019..1040135;;CDS;;177;177;;;39;; ;1040313..1040384;;aaa;;512;*512;;;;; ;1040897..1041004;;CDS;;;;;;36;; ;;;;;;;;;;; ;1044863..1045423;;CDS;;276;276;;;187;; ;1045700..1045773;;cca;;188;188;;;;; comp;1045962..1046666;;CDS;;;;;;235;; ;;;;;;;;;;; ;1134197..1134427;;CDS;;251;251;;;77;; comp;1134679..1134763;;tcg;;63;63;;;;; comp;1134827..1135849;;CDS;;;;;;341;; ;;;;;;;;;;; comp;1163424..1164092;;CDS;;138;138;;;223;; ;1164231..1164304;;aga;;27;27;;;;; ;1164332..1165600;;CDS;;;;;;423;; ;;;;;;;;;;; ;1212124..1212894;;CDS;;58;58;;;257;; comp;1212953..1213025;;gcc;;129;129;;;;; comp;1213155..1214180;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; ;1253753..1255123;;CDS;;525;*525;;;457;; ;1255649..1255730;;ttg;;5;5;;;;; ;1255736..1256911;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1259549..1260784;;CDS;;131;131;;;412;; ;1260916..1260988;;cac;;72;72;;;;; ;1261061..1262455;;CDS;;;;;;465;; ;;;;;;;;;;; ;1275239..1277272;;CDS;;0;*0;;;*678;; comp;1277273..1277343;;gga;;112;112;;;;; ;1277456..1278802;;CDS;;;;;;449;; ;;;;;;;;;;; ;1308006..1308797;;CDS;;50;50;;;264;; ;1308848..1308919;;gtc;;67;67;;;;; ;1308987..1309604;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; comp;1419657..1419893;;CDS;;54;54;;;79;; ;1419948..1420019;;acg;;100;100;;;;; ;1420120..1420440;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;1453287..1454075;;CDS;;35;35;;;263;; comp;1454111..1454199;;agc;;61;61;;;;; comp;1454261..1455460;;CDS;;;;;;400;; ;;;;;;;;;;; ;1472925..1473932;;CDS;;94;94;;;336;; ;1474027..1474098;;caa;;16;16;;;;; ;1474115..1474891;;CDS;;;;;;259;; ;;;;;;;;;;; comp;1485558..1486649;;CDS;;77;77;;;364;; ;1486727..1486800;;cgg;;11;11;;;;; comp;1486812..1487258;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; comp;1500099..1501325;;CDS;;42;42;;;409;; ;1501368..1501438;;tgc;@1;364;364;;;;; comp;1501803..1502447;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1517796..1518128;;CDS;;78;78;;;111;; comp;1518207..1518280;;agg;;38;38;;;;; ;1518319..1518700;;ncRNA;;21;21;;;;; ;1518722..1519471;;CDS;;;;;;250;; ;;;;;;;;;;; comp;1554202..1554633;;CDS;;45;45;;;144;; comp;1554679..1554750;;ggc;;61;61;;;;; comp;1554812..1555288;;CDS;;;;;;159;; ;;;;;;;;;;; comp;1600898..1601284;;CDS;@2;-30;*-30;;;129;; comp;1601255..1601326;;gta;;98;98;;;;; ;1601425..1602279;;CDS;;;;;;285;; </pre> ====pmg cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_cumuls|pmg cumuls]] <pre> pmg cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds chromosome;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 300 avec rRNA;opérons;1;1;;;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;1;50;22;40;;200;20;60;2 ;16 atc gca;1;40;;;100;23;80;;300;15;90;6 ;16 23 5s a;0;60;;;150;7;120;;400;10;120;4 ;max a;2;80;;;200;4;160;;500;13;150;9 ;a doubles;0;100;;;250;3;200;;600;0;180;5 ;autres;0;120;;;300;3;240;;700;2;210;4 ;total aas;2;140;;;350;0;280;;800;0;240;4 sans ;opérons;34;160;;;400;1;320;;900;0;270;8 ;1 aa;33;180;;;450;1;360;;1000;0;300;2 ;max a;2;200;;;500;0;400;;1100;0;330;1 ;a doubles;0;;;;;5;;;;0;;24 ;total aas;35;;1;1;;71;;0;;69;;69 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;10;12;;127;;;;260;; ;;;variance;0;0;;146;;;;147;; sans jaune;;;moyenne;;;;93;;;;248;;170 ;;;variance;;;;76;;;;130;;74 </pre> ====pmg blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_blocs|pmg blocs]] <pre> pmg bloc;; CDS;603;480 16s;125;1483 atc;12; gca;256; 23s;60;2882 5s;43;117 CDS;;293 </pre> ====pmg remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_remarques|pmg remarques]] *code génétique de pmg <pre> Remarques;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata; ;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;1;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====pmg distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_distribution|pmg distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;cyano;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total pmg;;33;;;;;;;pmg;2;;;;;;;;pmg;0;;;;;; </pre> ====pmg données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_données_intercalaires|pmg données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;pmg;fx;fc;pmg;fx40;fc40;pmg;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;11;34;0;11;34;-1;1;35;4;259;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;2;10;116;199;1;18;17;-2;0;0;49;185;;601;64;;;10;;acc 2;3;20;39;116;2;16;27;-3;0;0;566;86;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;tac ;2;30;26;71;3;22;25;-4;40;69;71;141;;43;125;;atc;;; 1;1;40;14;64;4;11;26;-5;0;0;77;87;;;tRNA 23s;;;;; 2;5;50;23;50;5;9;18;-6;2;0;18;178;;;258;;gca;;; 2;1;60;22;45;6;12;23;-7;0;1;91;102;;;tRNA tRNA;;intra;;; ;6;70;22;50;7;8;11;-8;11;13;65;404;;;12;;atc gca;;; 1;5;80;34;46;8;8;11;-9;1;0;88;210;;;;;;;; 2;1;90;21;42;9;6;27;-10;0;2;17;49;;;;;;;; 1;4;100;28;31;10;6;14;-11;3;11;149;16;;;;;;;; 1;0;110;16;27;11;1;19;-12;2;0;35;177;;;;;;;; 1;0;120;12;23;12;2;14;-13;0;3;53;188;;;;;;;; ;1;130;14;17;13;5;14;-14;3;6;99;251;;;;;;;; 2;0;140;26;17;14;6;6;-15;3;0;78;138;;;;;;;; 1;1;150;15;7;15;5;12;-16;3;2;249;58;;;;;;;; ;0;160;14;13;16;4;10;-17;4;3;27;131;;;;;;;; ;0;170;9;9;17;5;11;-18;1;0;214;0;;;;;;;; 2;0;180;12;9;18;6;11;-19;0;0;29;112;;;;;;;; 2;0;190;13;5;19;2;6;-20;3;1;67;54;;;;;;;; ;0;200;8;1;20;3;13;-21;2;0;45;35;;;;;;;; 2;0;210;7;5;21;2;2;-22;2;0;591;77;;;;;;;; ;1;220;6;5;22;4;7;-23;2;0;41;11;;;;;;;; ;0;230;6;8;23;4;4;-24;2;0;512;42;;;;;;;; ;0;240;3;3;24;5;8;-25;0;2;276;210;;;;;;;; ;1;250;5;2;25;0;5;-26;1;3;63;98;;;;;;;; 2;0;260;6;2;26;2;6;-27;1;0;342;;;;;;;;; ;0;270;4;2;27;4;11;-28;1;0;129;;;;;;;;; ;1;280;3;1;28;3;9;-29;0;0;525;;;;;;;;; ;0;290;4;2;29;0;8;-30;1;0;5;;;;;;;;; ;0;300;8;3;30;2;11;-31;0;0;72;;;;;;;;; ;0;310;2;1;31;4;3;-32;1;0;50;;;;;;;;; ;0;320;2;4;32;1;9;-33;0;0;67;;;;;;;;; ;0;330;5;3;33;1;7;-34;0;0;100;;;;;;;;; ;0;340;6;2;34;1;1;-35;1;0;61;;;;;;;;; ;1;350;5;0;35;1;7;-36;0;0;94;;;;;;;;; ;0;360;0;1;36;1;11;-37;0;0;16;;;;;;;;; ;0;370;2;2;37;0;6;-38;1;0;78;;;;;;;;; ;0;380;1;3;38;2;6;-39;0;0;45;;;;;;;;; ;0;390;1;0;39;1;6;-40;0;0;61;;;;;;;;; ;0;400;1;2;40;2;8;-41;0;1;-30;;;;;;;;; 1;4;reste;27;21;reste;393;464;-42;1;0;;;;;;;;;; 26;41;total;599;948;total;599;948;-43;1;0;;;;;;;;;; 24;36;diagr;561;893;diagr;195;450;-44;0;1;;;;;;;;;; 2;7; t30;181;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;588;96;11;695;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;914;157;34;1105;;;-50;0;2;;;;;;;;;; ;;;;;1800;84;;reste;2;2;;;;;;;;;; ;;;;;;1884;;total;96;157;;;;;;;;;; </pre> =====pmg autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires_aas|pmg autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;pmg;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;65120;66082;306;*; ;comp;tmRNA;66389;66662;44;*; fin;;CDS;66707;67831;;0; deb;comp;CDS;74235;75521;4;*; ;comp;tRNA;75526;75607;259;*;ctt fin;;CDS;75867;77216;;0; deb;;CDS;132034;132708;49;*; ;;tRNA;132758;132829;566;*;aac fin;;CDS;133396;133845;;; deb;comp;CDS;239249;240253;185;*; ;;tRNA;240439;240520;71;*;cta fin;;CDS;240592;241041;;; deb;comp;CDS;257573;258844;77;*; ;comp;tRNA;258922;258995;86;*;cgt fin;;CDS;259082;259333;;; deb;comp;CDS;272771;274039;18;*; ;comp;tRNA;274058;274130;141;*;atgi fin;;CDS;274272;274832;;; deb;;CDS;305431;305850;87;*; ;comp;tRNA;305938;306010;91;*;ttc fin;comp;CDS;306102;307331;;; deb;;CDS;313891;314472;178;*; ;comp;tRNA;314651;314722;65;*;aca fin;comp;CDS;314788;315123;;; deb;comp;CDS;320549;321988;601;*; ;;rRNA;322590;324074;125;*;1483 ;;tRNA;324200;324273;12;*;atc ;;tRNA;324286;324358;258;*;gca ;;rRNA;324617;327492;64;*;2882 ;;rRNA;327557;327673;43;*;117 fin;comp;CDS;327717;328595;;; deb;comp;CDS;354976;355167;88;*; ;comp;tRNA;355256;355327;10;*;acc ;comp;tRNA;355338;355419;102;*;tac fin;;CDS;355522;355962;;; deb;comp;CDS;434230;435660;17;*; ;comp;tRNA;435678;435751;149;*;gac deb;comp;CDS;435901;436095;35;*; ;comp;tRNA;436131;436203;53;*;tgg fin;comp;CDS;436257;436595;;; deb;;CDS;521448;522497;99;*; ;;tRNA;522597;522682;78;*;tta fin;;CDS;522761;522994;;; deb;comp;CDS;609397;609897;249;*; ;comp;tRNA;610147;610233;404;*;tca fin;;CDS;610638;611399;;0; deb;;CDS;656308;657498;17;*; ;;ncRNA;657516;657700;162;*; fin;;CDS;657863;658162;;; deb;;CDS;774440;775240;210;*; ;comp;tRNA;775451;775524;27;*;ccc fin;comp;CDS;775552;776280;;; deb;comp;CDS;828018;828392;49;*; ;;tRNA;828442;828528;214;*;tcc fin;;CDS;828743;830740;;; deb;;CDS;868731;869213;29;*; ;;tRNA;869243;869316;67;*;atgj fin;;CDS;869384;869671;;; deb;;CDS;909742;910707;45;*; ;;tRNA;910753;910829;591;*;atgf fin;;CDS;911421;911810;;; deb;;CDS;996073;996609;16;*; ;comp;tRNA;996626;996698;41;*;gaa fin;comp;CDS;996740;997858;;0; deb;comp;CDS;1040019;1040135;177;*; ;;tRNA;1040313;1040384;512;*;aaa fin;;CDS;1040897;1041004;;0; deb;;CDS;1044863;1045423;276;*; ;;tRNA;1045700;1045773;188;*;cca fin;comp;CDS;1045962;1046666;;; deb;;CDS;1134197;1134427;251;*; ;comp;tRNA;1134679;1134763;63;*;tcg fin;comp;CDS;1134827;1135849;;0; deb;comp;CDS;1163424;1164092;138;*; ;;tRNA;1164231;1164304;342;*;aga fin;;CDS;1164647;1165600;;0; deb;;CDS;1212124;1212894;58;*; ;comp;tRNA;1212953;1213025;129;*;gcc fin;comp;CDS;1213155;1214180;;0; deb;;CDS;1253753;1255123;525;*; ;;tRNA;1255649;1255730;5;*;ttg fin;;CDS;1255736;1256911;;; deb;comp;CDS;1259549;1260784;131;*; ;;tRNA;1260916;1260988;72;*;cac fin;;CDS;1261061;1262455;;; deb;;CDS;1264859;1265974;12;*; ;comp;ncRNA;1265987;1266083;47;*; fin;;CDS;1266131;1266904;;1; deb;;CDS;1275239;1277272;0;*; ;comp;tRNA;1277273;1277343;112;*;gga fin;;CDS;1277456;1278802;;; deb;;CDS;1308006;1308797;50;*; ;;tRNA;1308848;1308919;67;*;gtc fin;;CDS;1308987;1309604;;; deb;comp;CDS;1419657;1419893;54;*; ;;tRNA;1419948;1420019;100;*;acg fin;;CDS;1420120;1420440;;; deb;;CDS;1453287;1454075;35;*; ;comp;tRNA;1454111;1454199;61;*;agc fin;comp;CDS;1454261;1455460;;0; deb;;CDS;1472925;1473932;94;*; ;;tRNA;1474027;1474098;16;*;caa fin;;CDS;1474115;1474891;;; deb;comp;CDS;1485558;1486649;77;*; ;;tRNA;1486727;1486800;11;*;cgg fin;comp;CDS;1486812;1487258;;; deb;comp;CDS;1500099;1501325;42;*; ;;tRNA;1501368;1501438;210;*;tgc fin;comp;CDS;1501649;1501816;;; deb;comp;CDS;1517796;1518128;78;*; ;comp;tRNA;1518207;1518280;38;*;agg ;;ncRNA;1518319;1518700;21;*; fin;;CDS;1518722;1519471;;0; deb;comp;CDS;1526173;1527543;34;*; ;comp;regulatory;1527578;1527676;66;*; fin;comp;CDS;1527743;1527955;;; deb;comp;CDS;1554202;1554633;45;*; ;comp;tRNA;1554679;1554750;61;*;ggc fin;comp;CDS;1554812;1555288;;; deb;comp;CDS;1600898;1601284;-30;*; ;comp;tRNA;1601255;1601326;98;*;gta fin;;CDS;1601425;1602279;;; </pre> ====pmg intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_entre_cds|pmg intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> pmg;9.2.21 Paris;;Pmg 8.2.21;;;;;;; ;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;253;14.1;'''négatif ;-10;11;-1 à -67;'''1641879;-1;253 ;'''zéro;45;2.5;;;;;'''intercals;0;45 ;'''1 à 200;1326;73.7;'''0 à 200;55;51;;'''139122;5;189 ;'''201 à 370;120;6.7;'''201 à 370;270;48;;'''8.5%;10;126 ;'''371 à 600;42;2.3;'''371 à 600;452;60;;;15;84 ;'''601 à max;14;0.8;'''601 à 1051;778;154;;;20;71 ;'''total 1800;<201;90.2;'''total 1798;74;114;-67 à 1051;;25;41 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;56 1337910;1643;-1;253;-70;0;;0;45;35;35 344859;1208;0;°45;-60;3;;-1;°36;40;43 1131068;1051;1;35;-50;3;;-2;0;45;34 1332255;987;2;43;-40;4;;-3;0;50;39 666029;950;3;°47;-30;4;'''min à -1;-4;°109;55;34 1046608;901;4;37;-20;20;253;-5;0;60;33 873756;800;5;27;-10;46;14.1%;-6;2;65;30 1082452;696;6;°35;0;218;;-7;1;70;42 1073300;690;7;19;10;315;;-8;°24;75;36 1086818;679;8;19;20;155;;-9;1;80;44 1350077;676;9;°33;30;97;;-10;2;85;36 947641;638;10;20;40;78;'''1 à 100;-11;°14;90;27 1340696;638;11;20;50;73;1059;-12;2;95;22 1274338;625;12;16;60;67;58.8%;-13;3;100;37 1330270;579;13;°19;70;72;;-14;°9;105;20 1040897;574;14;12;80;80;;-15;3;110;23 39429;566;15;17;90;63;;-16;5;115;19 956617;560;16;14;100;59;;-17;°7;120;16 1328069;560;17;16;110;43;;-18;1;125;15 1331574;540;18;°17;120;35;;-19;0;130;16 1071397;523;19;8;130;31;;-20;°4;135;23 661816;518;20;16;140;43;;-21;2;140;20 1341490;508;21;4;150;22;;-22;2;145;14 660601;495;22;11;160;27;;-23;°2;150;8 872185;484;23;8;170;18;'''1 à 200;-24;2;155;18 353338;478;24;°13;180;21;1326;-25;2;160;9 134240;471;25;5;190;18;74%;-26;°4;165;8 1198984;467;26;8;200;9;;-27;1;170;10 332235;461;27;°15;210;12;;-28;1;175;8 892293;459;28;12;220;11;;-29;0;180;13 948687;458;29;8;230;14;;-30;1;185;9 1321313;450;30;°13;240;6;;-31;0;190;9 924950;449;31;7;250;7;'''0 à 200;-32;1;195;6 914728;448;32;10;260;8;1371;;77;200;3 1066510;445;33;°8;270;6;;reste;12;205;7 938157;441;34;2;280;4;;total;298;210;5 226447;435;35;8;290;6;;;;215;4 1188279;430;36;°12;300;11;;intercal;<u>frequencef;220;7 773451;421;37;6;310;3;;600;1786;225;8 858898;421;38;8;320;6;;620;;230;6 ;;39;7;330;8;;640;3;235;3 ;;40;10;340;8;'''201 à 370;660;;240;3 ;;reste;857;350;5;120;680;2;245;3 ;;total;1527;360;1;6.7%;700;2;250;4 ;;;;370;4;;720;;255;4 ;;;;380;4;;740;;260;4 1631675;-67;comp;;390;1;;760;;265;3 701382;-65;shfit2;592;400;3;;780;;270;3 886946;-61;comp;;410;6;;800;1;275;3 1045962;-59;shfit2;646;420;1;;820;;280;1 828743;-50;shfit2;1948;430;4;;840;;285;5 1349614;-50;shfit2;463;440;1;;860;;290;1 1425201;-44;shfit2;1765;450;5;;880;;295;6 1539296;-43;comp;;460;2;;900;;300;5 1249293;-42;comp;;470;2;;920;1;305;1 244064;-41;shfit2;295;480;2;;940;;310;2 162356;-38;;;490;1;;960;1;315;3 20410;-35;;;500;1;;980;;320;3 427059;-32;;;510;1;;1000;1;325;7 587323;-30;;;520;1;;1020;;330;1 1611400;-28;;;530;1;;1040;;335;3 744978;-27;;;540;1;'''371 à 600;1060;1;340;5 303832;-26;;;550;0;42;;12;345;3 489984;-26;;;560;2;2.3%;;;350;2 808548;-26;;;570;1;;;;355;1 1223639;-26;;;580;2;'''601 à max;;;360;0 1181603;-25;;;590;0;14;;;365;3 1209844;-25;;;600;0;0.8%;;;370;1 27867;-24;;;reste;14;;reste;2;reste;56 975566;-24;;;total;1800;;total;1800;total;1800 </pre> ====pmg intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_positifs_S+|pmg intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; pmg;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-67;515;-1295;119;607;256;min40;&-107;844;-2106;170;869;263;min60 31 à 400;23;-124;47;41;774;180;2 parties;&-35;327;-1017;107;973;311;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;194;65;-;428;poly;179;SF;&78;69;;501;poly;368;SF 31 à 400;122;45;-;726;dte;48;tm;&153;49;-;687;poly;286;SF ;;;;;;;;;;;;;; pmg. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; pub;min20;218;537;755;908;857;883;26;866;852;840;;; pmg;min40;559;895;1454;856;728;802;74;904;915;928;;; ade;min50;1229;2242;3471;867;624;758;134;879;897;903;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;;; 326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;;; 221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations, diagrammes 1-40, les intercalaires négatifs, totaux. <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;24.1.22 paris;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;0.703;;;pmg;Sx-;Sc- 41-n;0.856;0.728;0.802;;;;;;;;;;-1;0;36 1-n;0.928;0.904;0.915;;;;;;;;;;-2;0;0 pmg;fx;fc;;pmg;fx%;fc%;;pmg;fx40;fc40;;x;-3;0;0 0;11;34;;0;20;38;;0;11;34;>0;586;-4;40;69 10;117;198;;10;209;221;;1;18;17;<0;95;-5;0;0 20;39;116;;20;70;130;;2;16;27;zéro;11;-6;2;0 30;26;71;;30;47;79;;3;22;25;total;692;-7;0;1 40;14;64;;40;25;72;;4;11;26;;c;-8;11;13 50;22;51;;50;39;57;;5;9;18;>0;916;-9;1;0 60;22;45;;60;39;50;;6;12;23;<0;158;-10;0;2 70;22;50;;70;39;56;;7;9;10;zéro;34;-11;3;11 80;34;46;;80;61;51;;8;8;11;total;1108;-12;2;0 90;21;42;;90;38;47;;9;6;27;;;-13;0;3 100;28;31;;100;50;35;;10;6;14;total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reste;27;21;;;;;;reste;390;467;;;-45;0;0 total;597;950;;t30;326;430;;total;597;950;;;-46;0;0 diagr;559;895;;;;;;diagr;196;449;;;-47;0;0 - t30;377;510;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;2 ;;;;;;;;;;;;;reste;2;2 ;;;;;;;;;;;;;total;95;158 </pre> ====pmg intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg _intercalaires_négatifs_S-|pmg intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp';0;0;0;37;0;2;0;10;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;91 continu;36;0;0;72;0;0;1;14;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;2;162 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;pmg;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;33;0;2;0;11;1;0;3;2;0;3;3;3;4;1;0;3;2;2;2;2;0;1;1;1;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;2;88 ;Sc-;36;0;0;69;0;0;1;13;0;2;11;0;3;6;0;2;3;0;0;1;0;0;0;0;2;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;2;3;159 </pre> ====pmg autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_autres_intercalaires|pmg autres intercalaires]] <pre> deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin;;deb-fin;gène;adresse;intercal;brin deb;°CDS;65120;306;;;deb;°CDS;521448;99;;;deb;°CDS;1259549;131;comp ;tmRNA;66389;44;comp;;;&tRNA;522597;78;;;;&tRNA;1260916;72; fin;°CDS;66707;;;;fin;°CDS;522761;;;;fin;°CDS;1261061;; deb;°CDS;74235;4;comp;;deb;°CDS;609397;249;comp;;deb;°CDS;1264859;12; ;&tRNA;75526;259;comp;;;&tRNA;610147;404;comp;;;ncRNA;1265987;47;comp fin;°CDS;75867;;;;fin;°CDS;610638;;;;fin;°CDS;1266131;; deb;°CDS;132034;49;;;deb;°CDS;656308;17;;;deb;°CDS;1275239;0; ;&tRNA;132758;566;;;;ncRNA;657516;162;;;;&tRNA;1277273;112;comp fin;°CDS;133396;;;;fin;°CDS;657863;;;;fin;°CDS;1277456;; deb;°CDS;239249;185;comp;;deb;°CDS;774440;210;;;deb;°CDS;1308006;50; ;&tRNA;240439;71;comp;;;&tRNA;775451;27;comp;;;&tRNA;1308848;67; fin;°CDS;240592;;;;fin;°CDS;775552;;comp;;fin;°CDS;1308987;; deb;°CDS;257573;77;comp;;deb;°CDS;828018;49;comp;;deb;°CDS;1419657;54;comp ;&tRNA;258922;86;comp;;;&tRNA;828442;214;;;;&tRNA;1419948;100; fin;°CDS;259082;;;;fin;°CDS;828743;;;;fin;°CDS;1420120;; deb;°CDS;272771;18;comp;;deb;°CDS;868731;29;;;deb;°CDS;1453287;35; ;&tRNA;274058;141;comp;;;&tRNA;869243;67;;;;&tRNA;1454111;61;comp fin;°CDS;274272;;;;fin;°CDS;869384;;;;fin;°CDS;1454261;;comp deb;°CDS;305431;87;;;deb;°CDS;909742;45;;;deb;°CDS;1472925;94; ;&tRNA;305938;91;comp;;;&tRNA;910753;591;;;;&tRNA;1474027;16; fin;°CDS;306102;;comp;;fin;°CDS;911421;;;;fin;°CDS;1474115;; deb;°CDS;313891;178;;;deb;°CDS;996073;16;;;deb;°CDS;1485558;77;comp ;&tRNA;314651;65;comp;;;&tRNA;996626;41;comp;;;&tRNA;1486727;11; fin;°CDS;314788;;comp;;fin;°CDS;996740;;comp;;fin;°CDS;1486812;;comp deb;°CDS;320549;601;comp;;deb;°CDS;1040019;177;comp;;deb;°CDS;1500099;42;comp ;$rRNA;322590;125;;;;&tRNA;1040313;512;;;;&tRNA;1501368;210; ;&tRNA;324200;12;;;fin;°CDS;1040897;;;;fin;°CDS;1501649;;comp ;&tRNA;324286;258;;;deb;°CDS;1044863;276;;;deb;°CDS;1517796;78;comp ;$rRNA;324617;64;;;;&tRNA;1045700;188;;;;&tRNA;1518207;38;comp ;$rRNA;327557;43;;;fin;°CDS;1045962;;comp;;;ncRNA;1518319;21; fin;°CDS;327717;;comp;;deb;°CDS;1134197;251;;;fin;°CDS;1518722;; deb;°CDS;354976;88;comp;;;&tRNA;1134679;63;comp;;deb;°CDS;1526173;34;comp ;&tRNA;355256;10;comp;;fin;°CDS;1134827;;comp;;;regulatory;1527578;66;comp ;&tRNA;355338;102;comp;;deb;°CDS;1163424;138;comp;;fin;°CDS;1527743;;comp fin;°CDS;355522;;;;;&tRNA;1164231;342;;;deb;°CDS;1554202;45;comp deb;°CDS;434230;17;comp;;fin;°CDS;1164647;;;;;&tRNA;1554679;61;comp ;&tRNA;435678;149;comp;;deb;°CDS;1212124;58;;;fin;°CDS;1554812;;comp deb;°CDS;435901;35;comp;;;&tRNA;1212953;129;comp;;deb;°CDS;1600898;-30;comp ;&tRNA;436131;53;comp;;fin;°CDS;1213155;;comp;;;&tRNA;1601255;98;comp fin;°CDS;436257;;comp;;deb;°CDS;1253753;525;;;fin;°CDS;1601425;; ;;;;;;&tRNA;1255649;5;;; ;;;; ;;;;;;fin;°CDS;1255736;;;; ;;; </pre> ====pmg intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_tRNA|pmg intercalaires tRNA]] <pre> pmg;relevés;;;;;;proportion des intercalaires <201;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls;;;deb;fin;total ;;;;;;;;;;;;<201;29;25;54 ;;;4;comp’;259;;-30;5;deb;;;total;34;33;67 ;;;49;;566;;4;16;<201;16;;taux;85%;76%;81% ;;;185;comp’;71;;17;27;total;19;;;;; ;;;77;comp’;86;;18;41;%;84%;;;;; ;;;18;comp’;141;;29;53;;;;;;; ;;comp’;87;;91;;35;61;fin;;;;;; ;;comp’;178;;65;;45;61;<201;17;;;;; ;10;;88;comp’;102;;45;63;total;22;;;;; ;;;17;;149;;49;65;%;77%;;;;; ;;;35;;53;;50;67;;;;;;; ;;;99;;78;;77;67;total;;;;;; ;;;249;comp’;404;;78;72;<201;33;;;;; ;;comp’;210;;27;;88;78;total;41;;;;; ;;comp’;49;;214;;94;91;%;80%;;;;; ;;;29;;67;;99;100;;;;;;; ;;;45;;591;;185;129;;;;;;; ;;comp’;16;;41;;249;149;;;;;;; ;;comp’;177;;512;;276;214;;;;;;; ;;;276;comp’;188;;525;342;;;;;;; ;;comp’;251;;63;;-;512;;;;;;; ;;comp’;138;;342;;-;566;;;;;;; ;;comp’;58;;129;;-;591;comp’;cumuls;;;;; ;;;525;;5;;0;11;deb;;;;;; ;;comp’;131;;72;;16;71;<201;13;;;;; ;;comp’;0;comp’;112;;35;86;total;15;;;;; ;;;50;;67;;42;98;%;87%;;;;; ;;comp’;54;;100;;49;102;;;;;;; ;;comp’;35;;61;;54;112;fin;;;;;; ;;;94;;16;;58;141;<201;8;;;;; ;;comp’;77;comp’;11;;77;188;total;11;;;;; ;;comp’;42;comp’;210;;87;210;%;73%;;;;; ;;;78;;;;131;259;;;;;;; ;;;45;;61;;138;404;total;;;;;; ;;;-30;comp’;98;;177;-;<201;21;;;;; ;;;;;;;178;-;total;26;;;;; ;;;;;;;210;-;%;81%;;;;; ;;;;;;;251;-;;;;;;; </pre> ===cyano synthèse=== ====cyano distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_génome|cyano distribution par génome]] ====cyano distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_du_total|cyano distribution du total]] <pre> cyano2;;;;;;;99 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99 ;;;;;;; cyano2;;;;;;; atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;5;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;5;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;dupli;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;4;;;;;10;10 </pre> ====cyano distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_distribution_par_type|cyano distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4 atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;27;72;;;;;99;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====cyano par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano_par_rapport_au_groupe_de_référence|cyano par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;19;4;;;;;23; 16;moyen;27;10;2;;;10;49; 14;fort;26;9;2;;;;37; ; ;72;23;4;;;10;109; 10;g+cga;8;2;;;;;10; 2;agg+cgg;4;;;;;;4; 4;carre ccc;6;2;;;;;8; 5;autres;1;;;;;;1; ;;19;4;;;;;23; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;174;37;;;;;211;26 16;moyen;248;92;18;;;92;450;324 14;fort;239;83;18;;;;339;650 ; ;661;211;37;;;92;109;729 10;g+cgg;73;18;;;;;92;10 2;agg+cga;37;;;;;;37; 4;carre ccc;55;18;;;;;73;16 5;autres;9;;;;;;9; ;;174;37;;;;;211; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;cyano2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;192;40;;232;26;26;17; 16;moyen;273;101;20;394;324;38;43; 14;fort;263;91;20;374;650;36;39; ; ;727;232;40;99;729;72;23; 10;g+cgg;81;20;;101;10;42;; 2;agg+cga;40;;;40;;21;; 4;carre ccc;61;20;;81;16;32;; 5;autres;10;;;10;;5;; ;;192;40;;232;;19;; </pre> ====cyano, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#cyano,_estimation_des_-rRNAs|cyano, estimation des -rRNAs]] <pre> actino;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 31 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;31;103; ; ;;indices;;;;31;332;0;0;;cyano2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;99 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3 atc;58;acc;;aac;;agc;;;atc;187;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;3;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;4;aaa;2;aga;2 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;3;cga; gta;;gca;45;gaa;;gga;;;gta;;gca;145;gaa;;gga;;;gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;39;;37;;23;99 27.5.20 Tanger;;;;cyano;total;ttt;tgt;;25.11.20 Paris;;;;cyano;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;3959;3.6;0.0;;;;;;84;3959;3.6;0.0;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;98;;atgi;105;tct;;tat;;atgf;98;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;150 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;7.1;act;2.4;aat;3.6;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;17;cct;2.4;cat;2.4;cgc;1.2;;ctt;50;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;;gct;1.2;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;123;tcc;102;tac;118;tgc;113;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;150 atc;8;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;195;acc;106;aac;117;agc;114;;atc;;acc;150;aac;150;agc;150 ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;94;ccc;101;cac;110;cgt;111;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;150 gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;102;gcc;108;gac;119;ggc;108;;gtc;100;gcc;100;gac;150;ggc;100 tta;83;tca;114;taa;;tga;0;;tta;83;tca;114;taa;2.4;tga;;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;9.5;aca;114;aaa;115;aga;114;;ata;;aca;200;aaa;100;aga;100 cta;118;cca;130;caa;114;cga;2;;cta;118;cca;130;caa;114;cga;2.4;;cta;150;cca;150;caa;150;cga; gta;111;gca;48;gaa;118;gga;111;;gta;111;gca;193;gaa;118;gga;111;;gta;100;gca;100;gaa;150;gga;100 ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;119;tcg;113;tag;2.4;tgg;110;;ttg;150;tcg;100;tag;;tgg;150 atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;118;acg;102;aag;38;agg;77;;atgj;200;acg;100;aag;50;agg;100 ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;92;ccg;85;cag;13;cgg;100;;ctg;100;ccg;100;cag;50;cgg;100 gtg;43;gcg;82;gag;8;ggg;76;;gtg;43;gcg;82;gag;8.3;ggg;76;;gtg;;gcg;50;gag;;ggg;50 ;;1574;;1607;;1156;4337;;;;1906;;1607;;1171;4684;;;;1950;;1850;;1150;4950 rapports;;83;;100;;99;93;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;cyano2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;48.549;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;35 att;;act;29;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1505;;;0/0;1;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;5;cct;;cat;;cgc;;;avec;119;;;10;12;;;;ctt;98;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;31;;;20;9;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;14;;;;ttc;19;tcc;2;tac;15;tgc;25 atc;4;acc;100;aac;100;agc;100;;cyano2;49.5;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;22;agc;24 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;100;;sans;99;;;50;2;40;;;ctc;6;ccc;1;cac;9;cgt;26 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;10;;;60;1;;;;gtc;2;gcc;7;gac;21;ggc;7 tta;100;tca;100;taa;;tga;;;genom;2;;;70;0;;;;tta;17;tca;12;taa;;tga; ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;43;aaa;13;aga;12 cta;100;cca;100.0;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;21;cca;13;caa;24;cga;100 gta;100;gca;25;gaa;100;gga;100;;est 2% au dessus;;;;100;5;;;;gta;10;gca;52;gaa;21;gga;10 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;21;tcg;12;tag;100;tgg;27 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;41;acg;2;aag;24;agg;23 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;8;ccg;15;cag;74;cgg;0 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;39;gag;100;ggg;34 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;330;;279;;337;946 </pre> ==bacteroide== ===myr=== ====myr opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Myro_A21/myroSp_A21-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP010327.1;myr;;genome;;;;;;; 34.1%GC;14.8.19 Paris;16s 8;101;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd Myroides sp. A21;;;;;;;;;; comp;151454..152776;;CDS;;270;270;;;441; comp;153047..153134;;tca;;208;208;;;; comp;153343..154476;;CDS;;;;;;378; ;;;;;;;;;; ;211346..212332;;CDS;;123;123;;;329; comp;212456..212530;;gta;+;27;;27;;; comp;212558..212635;;gta;5 gta;27;;27;;; comp;212663..212740;;gta;;27;;27;;; comp;212768..212845;;gta;;42;;42;;; comp;212888..212965;;gta;;92;92;;;; comp;213058..214275;;CDS;;;;;;406; ;;;;;;;;;; comp;294948..295334;;CDS;;146;146;;;129; comp;295481..295554;;aga;;28;;28;;; comp;295583..295660;;cca;;7;;7;;; comp;295668..295751;;agc;;280;280;;;; ;296032..297210;;CDS;;;;;;393; ;;;;;;;;;; ;327067..328053;;CDS;;112;112;;;329; comp;328166..328241;;aaa;+;698;;*698;;; comp;328940..329021;;ctc;6 aaa;87;;*87;;; comp;329109..329184;;aaa;@1;31;;31;;; comp;329216..329291;;aaa;;36;;36;;; comp;329328..329403;;aaa;;45;;45;;; comp;329449..329524;;aaa;;33;;33;;; comp;329558..329633;;aaa;;129;129;;;; ;329763..330281;;CDS;;;;;;173; ;;;;;;;;;; comp;353908..354384;;CDS;;259;259;;;159; comp;354644..354753;;5s;;107;;;;110; comp;354861..357744;;23s;;150;;;;2884; comp;357895..357971;;gca;;88;;;88;; comp;358060..358136;;atc;;75;;;;; comp;358212..359735;;16s;;265;;;;1524; comp;360001..360110;;5s;;103;;;;110; comp;360214..363107;;23s;;150;;;;2894; comp;363258..363334;;gca;;88;;;88;; comp;363423..363499;;atc;;75;;;;; comp;363575..365098;;16s;;687;*687;;;1524; comp;365786..366973;;CDS;;;;;;396; ;;;;;;;;;; comp;407344..408819;;CDS;;141;141;;;492; comp;408961..409037;;aca;+;33;;33;;; comp;409071..409147;;aca;5 aca;38;;38;;; comp;409186..409262;;aca;;39;;39;;; comp;409302..409378;;aca;;41;;41;;; comp;409420..409493;;aca;;81;81;;;; comp;409575..409838;;CDS;;;;;;88; ;;;;;;;;;; comp;550792..551043;;CDS;;37;37;;;84; comp;551081..551155;;gaa;+;40;;40;;; comp;551196..551267;;gaa;6 gaa;37;;37;;; comp;551305..551376;;gaa;;38;;38;;; comp;551415..551486;;gaa;;35;;35;;; comp;551522..551596;;gaa;;38;;38;;; comp;551635..551706;;gaa;;75;75;;;; comp;551782..553257;;CDS;;;;;;492; ;;;;;;;;;; comp;571079..574315;;CDS;;165;165;;;*1079; comp;574481..574590;;5s;;107;;;;110; comp;574698..577581;;23s;;118;;;;2884; comp;577700..577776;;gca;;88;;;88;; comp;577865..577941;;atc;;76;;;;; comp;578018..579541;;16s;;264;;;;1524; comp;579806..579915;;5s;;106;;;;110; comp;580022..582915;;23s;;150;;;;2894; comp;583066..583142;;gca;;88;;;88;; comp;583231..583307;;atc;;77;;;;; comp;583385..584908;;16s;;1070;*1070;;;1524; comp;585979..586545;;CDS;;;;;;189; ;;;;;;;;;; comp;719558..719755;;CDS;;13;13;;;66; comp;719769..719842;;tgg;;60;60;;;; comp;719903..721090;;CDS;;58;58;;;396; comp;721149..721220;;acc;;20;;20;;; comp;721241..721321;;tac;;27;;27;;; comp;721349..721425;;aca;;93;93;;;; comp;721519..721818;;CDS;;;;;;100; ;;;;;;;;;; ;781522..782178;;CDS;;76;76;;;219; ;782255..782330;;atgf;;93;93;;;; ;782424..782978;;CDS;;;;;;185; ;;;;;;;;;; comp;783008..783451;;CDS;;332;332;;;148; ;783784..783859;;atgf;;110;110;;;; comp;783970..785886;;CDS;;;;;;*639; ;;;;;;;;;; comp;814859..815281;;CDS;;541;*541;;;141; comp;815823..815899;;cga;;10;10;;;; comp;815910..816362;;CDS;;;;;;151; ;;;;;;;;;; ;868515..869267;;CDS;;37;37;;;251; comp;869305..869380;;gga;+;34;;34;;; comp;869415..869490;;gga;6 gga;34;;34;;; comp;869525..869600;;gga;;34;;34;;; comp;869635..869710;;gga;;34;;34;;; comp;869745..869820;;gga;;37;;37;;; comp;869858..869930;;gga;;242;242;;;; ;870173..870646;;CDS;;;;;;158; ;;;;;;;;;; ;1010425..1011210;;CDS;;92;92;;;262; comp;1011303..1011376;;caa;+;221;;*221;;; comp;1011598..1011668;;caa;2 caa;183;183;;;; ;1011852..1015055;;CDS;;;;;;*1068; ;;;;;;;;;; comp;1110980..1111921;;CDS;;158;158;;;314; ;1112080..1112162;;ttg;;44;44;;;; comp;1112207..1112701;;CDS;;;;;;165; ;;;;;;;;;; ;1113809..1114273;;CDS;;158;158;;;155; comp;1114432..1114541;;5s;;105;;;;110; comp;1114647..1117530;;23s;;150;;;;2884; comp;1117681..1117757;;gca;;88;;;88;; comp;1117846..1117922;;atc;;75;;;;; comp;1117998..1119521;;16s;;266;;;;1524; comp;1119788..1119897;;5s;;105;;;;110; comp;1120003..1122896;;23s;;150;;;;2894; comp;1123047..1123123;;gca;;88;;;88;; comp;1123212..1123288;;atc;;77;;;;; comp;1123366..1124889;;16s;;77;;;;1524; comp;1126238..1126311;;aac;;90;90;;;; comp;1126402..1127745;;CDS;;;;;;448; ;;;;;;;;;; ;1214932..1215615;;CDS;;101;101;;;228; comp;1215717..1215790;;tgc;;88;88;;;; comp;1215879..1216235;;CDS;;;;;;119; ;;;;;;;;;; ;1391184..1391825;;CDS;;85;85;;;214; ;1391911..1391987;;aac;+;370;;*370;;; ;1392358..1392434;;aac;2 aac;590;*590;;;; comp;1393025..1393459;;CDS;;;;;;145; ;;;;;;;;;; ;1597909..1598226;;CDS;;635;*635;;;106; ;1598862..1598938;;gac;+;148;;*148;;; ;1599087..1599163;;gac;3 gac;202;;*202;;; ;1599366..1599442;;gac;;169;169;;;; comp;1599612..1600157;;CDS;;;;;;182; ;;;;;;;;;; comp;1643091..1644479;;CDS;;132;132;;;463; ;1644612..1644696;;cta;+;183;;*183;;; ;1644880..1644961;;cta;2 cta;314;314;;;; ;1645276..1646115;;CDS;;;;;;280; ;;;;;;;;;; ;1721814..1722689;;CDS;;66;66;;;292; comp;1722756..1722826;;tgg;;51;51;;;; comp;1722878..1723252;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; comp;1738209..1739033;;CDS;;183;183;;;275; comp;1739217..1739293;;atgi;+;24;;24;;; comp;1739318..1739394;;atgi;2 atgi;69;69;;;; comp;1739464..1739865;;CDS;;;;;;134; ;;;;;;;;;; >;1924596..1926158;;CDS;+;-41;*-41;;;*521; comp;1926118..1926206;;tta;2 tta;341;;*341;;; comp;1926548..1926633;;tta;@2;320;320;;;; <;1926954..1927025;;CDS;;;;;;24; ;;;;;;;;;; ;1928728..1929714;;CDS;;125;125;;;329; comp;1929840..1929925;;tta;;147;147;;;; comp;1930073..1930444;;CDS;;108;108;;;124; comp;1930553..1930638;;tta;;6;;6;;; comp;1930645..1930720;;ggc;;201;201;;;; comp;1930922..1933519;;CDS;;;;;;*866; ;;;;;;;;;; comp;1961822..1962571;;CDS;;128;128;;;250; ;1962700..1962775;;ttc;+;32;;32;;; ;1962808..1962883;;ttc;3 ttc;23;;23;;; ;1962907..1962982;;ttc;;97;97;;;; comp;1963080..1964066;;CDS;;;;;;329; ;;;;;;;;;; ;2082191..2082733;;CDS;;1103;*1103;;;181; ;2083837..2085360;;16s;;77;;;;1524; ;2085438..2085514;;atc;;88;;;88;; ;2085603..2085679;;gca;;150;;;;; ;2085830..2088713;;23s;;106;;;;2884; ;2088820..2088929;;5s;;156;156;;;110; ;2089086..2089943;;CDS;;;;;;286; ;;;;;;;;;; ;2147912..2148241;;CDS;;286;286;;;110; ;2148528..2148604;;cgt;+;49;;49;;; ;2148654..2148730;;cgt;2 cgt;69;69;;;; ;2148800..2149288;;CDS;;;;;;163; ;;;;;;;;;; comp;2207990..2208685;;CDS;;111;111;;;232; comp;2208797..2208872;;atgf;;106;106;;;; comp;2208979..2209605;;CDS;;147;147;;;209; comp;2209753..2209829;;atgj;;145;145;;;; ;2209975..2210361;;CDS;;;;;;129; ;;;;;;;;;; comp;2425634..2426896;;CDS;;299;299;;;421; comp;2427196..2427270;;cca;;353;353;;;; ;2427624..2428565;;CDS;;;;;;314; ;;;;;;;;;; comp;2434061..2435053;;CDS;;125;125;;;331; comp;2435179..2435252;;atgj;;366;366;;;; ;2435619..2436269;;CDS;;;;;;217; ;;;;;;;;;; ;2561350..2563341;;CDS;;1072;*1072;;;*664; ;2564414..2565937;;16s;;74;;;;1524; ;2566012..2566088;;atc;;90;;;90;; ;2566179..2566255;;gca;;118;;;;; ;2566374..2569256;;23s;;105;;;;2883; ;2569362..2569471;;5s;;279;279;;;110; ;2569751..2571682;;CDS;;;;;;*610; ;;;;;;;;;; comp;2676791..2678620;;CDS;;235;235;;;*610; comp;2678856..2678940;;tca;;497;*497;;;; ;2679438..2681390;;CDS;;;;;;*651; ;;;;;;;;;; comp;2977513..2977920;;CDS;;497;*497;;;136; comp;2978418..2978492;;gta;;61;61;;;; comp;2978554..2978928;;CDS;;;;;;125; ;;;;;;;;;; ;3228192..3228908;;CDS;;79;79;;;239; ;3228988..3229064;;cac;+;23;;23;;; ;3229088..3229164;;cac;4 cac;22;;22;;; ;3229187..3229263;;cac;;21;;21;;; ;3229285..3229361;;cac;;40;40;;;; comp;3229402..3230577;;CDS;;;;;;392; ;;;;;;;;;; comp;3394869..3395093;;CDS;;90;90;;;75; comp;3395184..3395268;;tca;;215;215;;;; comp;3395484..3396884;;CDS;;;;;;467; ;;;;;;;;;; ;3457542..3458360;;CDS;;150;150;;;273; ;3458511..3458594;;tac;+;49;;49;;; ;3458644..3458727;;tac;4 tac;48;;48;;; ;3458776..3458859;;tac;;41;;41;;; ;3458901..3458984;;tac;;309;309;;;; comp;3459294..3460415;;CDS;;;;;;374; ;;;;;;;;;; ;3951958..3953367;;CDS;;595;*595;;;470; ;3953963..3954039;;aga;+;80;;80;;; ;3954120..3954196;;aga;2 aga;36;36;;;; comp;3954233..3954712;;CDS;;;;;;160; ;;;;;;;;;; ;3975219..3976205;;CDS;;99;99;;;329; comp;3976305..3976379;;cca;+;36;;36;;; comp;3976416..3976493;;cca;2 cca;7;;7;;; comp;3976501..3976587;;agc;;965;*965;;;; ;3977553..3978161;;CDS;;;;;;203; </pre> ====myr cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_cumuls|myr cumuls]] <pre> myr cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;8;1;0;;1;1;1;;100;6;30;1 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;7;20;;200;25;60;0 ;16 atc gca;8;40;28;;100;21;40;;300;16;90;4 ;16 23 5s a;0;60;7;;150;18;60;;400;14;120;4 ;max a;2;80;1;;200;7;80;;500;9;150;10 ;a doubles;0;100;1;8;250;5;100;;600;1;180;8 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;5;210;6 ;total aas;16;140;0;;350;4;140;;800;0;240;6 sans ;opérons;34;160;1;;400;2;160;;900;1;270;3 ;1 aa;13;180;0;;450;0;180;;1000;0;300;5 ;max a;7;200;1;;500;2;200;;1100;2;330;6 ;a doubles;17;;5;;;9;;;;0;;26 ;total aas;85;;48;8;;82;;0;;79;;79 total aas;;101;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;74;88;;223;;;;302;; ;;;variance;120;0;;242;;;;209;; sans jaune;;;moyenne;33;;;144;;;;244;;189 ;;;variance;13;;;90;;;;122;;78 </pre> ====myr blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_blocs|myr blocs]] <pre> myr blocs;;;;;;; CDS;259;159;165;1079;CDS;158;155 5s;107;110;107;110;5s;105;110 23s;150;2884;118;2884;23s;150;2884 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;76;;atc;75; 16s;265;1524;264;1524;16s;266;1524 5s;103;110;106;110;5s;105;110 23s;150;2894;150;2894;23s;150;2894 gca;88;;88;;gca;88; atc;75;;77;;atc;77; 16s;687;1524;1070;1524;16s;77;1524 CDS;;396;;189;aac;90; ;;;;;CDS;;448 ;;;;;;; CDS;1103;181;1072;664;;; 16s;77;1524;74;1524;;; atc;88;;90;;;; gca;150;;118;;;; 23s;106;2884;105;2883;;; 5s;156;110;279;110;;; CDS;;286;;644;;; </pre> ====myr remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_remarques|myr remarques]] *code génétique de myr <pre> myr;;;;;;;101 atgi;2;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;3;tcc;;tac;5;tgc;1 atc;8;acc;1;aac;3;agc;2 ctc;1;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;3;ggc;1 tta;4;tca;3;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;6;aga;3 cta;2;cca;4;caa;2;cga;1 gta;6;gca;8;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====myr distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_distribution|myr distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2 cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total myr;;16;;;;;;;myr;11;;;;;;;;myr;57;;;;;; </pre> ====myr données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_données_intercalaires|myr données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;myr;fx;fc;myr;fx40;fc40;myr;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa 1;0;0;5;13;0;5;13;-1;0;71;273;123;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc;tRNA tRNA;;suite ;1;10;26;435;1;0;66;-2;0;0;208;280;688;;2* 109;;;30;;gta;52;;cgt ;2;20;12;251;2;5;78;-3;0;2;92;115;1071;;105;;;30;;gta;**;;cgt ;0;30;21;130;3;5;61;-4;9;60;146;466;1104;;2* 108;;;30;;gta;22;;tgc 2;2;40;38;83;4;3;56;-5;0;0;144;73;1073;;3* 107;;;42;;gta;22;;tgc 2;0;50;51;68;5;1;29;-6;3;0;81;129;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;gta;22;;tgc ;3;60;47;69;6;1;42;-7;0;10;209;332;259;158;3* 80;;atc;31;;aga;22;;tgc 1;2;70;54;98;7;4;23;-8;0;34;32;113;165;;81;;atc;7;;cca;**;;tgc 1;4;80;51;80;8;2;32;-9;0;0;40;40;156;;3* 82;;atc;**;;agc;26;;cac ;5;90;29;96;9;1;25;-10;0;3;75;95;279;;79;;atc;90;;ctc;25;;cac 3;3;100;35;88;10;4;23;-11;2;28;16;183;5s 16s;;tRNA 23s;;;34;;aaa;24;;cac 1;2;110;22;73;11;1;41;-12;0;0;60;158;266;;6*151;;gca;39;;aaa;**;;cac 2;1;120;32;67;12;2;46;-13;1;1;58;47;265;;2* 119;;gca;48;;aaa;49;;tac 4;1;130;28;42;13;0;19;-14;0;22;93;104;267;;tRNA 16s;;;36;;aaa;51;;tac 1;0;140;22;49;14;1;27;-15;1;0;76;593;;;90;;aac;**;;aaa;44;;tac 1;5;150;28;51;15;2;16;-16;0;2;96;169;;;tRNA tRNA;;intra;36;;aca;**;;tac 1;0;160;30;30;16;1;19;-17;1;15;544;132;;;7* 91;;atc gca;41;;aca;83;;aga 1;0;170;26;32;17;1;24;-18;1;0;10;66;;;93;;atc gca;42;;aca;**;;aga ;0;180;21;33;18;2;19;-19;0;1;90;242;;;;;;41;;aca;39;;cca 1;1;190;22;29;19;1;21;-20;1;6;88;-38;;;;;;**;;aca;10;;cca ;0;200;20;24;20;1;19;-21;0;0;85;381;;;;;;40;;gaa;**;;agc ;3;210;19;22;21;0;15;-22;0;0;635;125;;;;;;37;;gaa;;; ;1;220;12;21;22;4;15;-23;0;7;314;128;;;;;;38;;gaa;;; ;0;230;17;17;23;0;15;-24;0;0;51;100;;;;;;38;;gaa;;; ;1;240;19;20;24;0;18;-25;0;1;186;145;;;;;;38;;gaa;;; 1;0;250;16;15;25;0;14;-26;0;4;69;353;;;;;;**;;gaa;;; ;0;260;14;16;26;2;10;-27;0;0;147;366;;;;;;20;;acc;;; ;0;270;17;22;27;5;9;-28;0;0;108;497;;;;;;30;;tac;;; 1;1;280;9;8;28;4;12;-29;0;3;201;43;;;;;;**;;aca;;; ;1;290;11;14;29;4;10;-30;0;0;286;312;;;;;;37;;gga;;; ;2;300;12;8;30;2;12;-31;0;0;72;39;;;;;;37;;gga;;; ;0;310;12;12;31;4;8;-32;0;1;114;99;;;;;;37;;gga;;; 1;1;320;10;16;32;1;14;-33;0;0;106;965;;;;;;37;;gga;;; ;0;330;10;11;33;3;5;-34;0;3;150;;;;;;;37;;gga;;; 1;0;340;5;7;34;5;9;-35;0;1;299;;;;;;;**;;gga;;; ;0;350;4;12;35;2;3;-36;0;0;125;;;;;;;221;;caa;;; 1;0;360;11;9;36;7;10;-37;0;0;235;;;;;;;**;;caa;;; 1;0;370;6;6;37;3;8;-38;0;2;20;;;;;;;373;;aac;;; ;0;380;2;7;38;2;7;-39;0;0;294;;;;;;;**;;aac;;; 1;0;390;3;5;39;5;13;-40;0;0;497;;;;;;;151;;gac;;; ;0;400;5;4;40;6;6;-41;0;2;61;;;;;;;202;;gac;;; 4;4;reste;146;180;reste;877;1362;-42;0;0;79;;;;;;;**;;gac;;; 33;46;total;980;2273;total;979;2274;-43;0;0;90;;;;;;;186;;cta;;; 28;42;diagr;829;2080;diagr;97;899;-44;0;1;215;;;;;;;**;;cta;;; 0;3; t30;59;816;;;;-45;0;0;;;;;;;;24;;atgi;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;**;;atgi;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;341;;tta;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;**;;tta;;; ;x;975;20;5;1000;;;-49;0;0;;;;;;;;9;;tta;;; ;c;2260;282;13;2555;;;-50;0;0;;;;;;;;**;;ggc;;; ;;;;;3555;199;;reste;1;0;;;;;;;;35;;ttc;;; ;;;;;;3754;;total;20;282;;;;;;;;26;;ttc;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;**;;ttc;;; </pre> =====myr autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires_aas|myr autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;myr;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;151454;152776;273;*; ;comp;tRNA;153050;153134;208;*;tca fin;comp;CDS;153343;154476;;; deb;comp;CDS;171836;174145;177;*; ;comp;regulatory;174323;174510;162;*; fin;;CDS;174673;175134;;0; deb;;CDS;211346;212332;123;*; ;comp;tRNA;212456;212530;30;*;gta ;comp;tRNA;212561;212635;30;*;gta ;comp;tRNA;212666;212740;30;*;gta ;comp;tRNA;212771;212845;42;*;gta ;comp;tRNA;212888;212965;92;*;gta fin;comp;CDS;213058;214275;;; deb;comp;CDS;294948;295334;146;*; ;comp;tRNA;295481;295554;31;*;aga ;comp;tRNA;295586;295660;7;*;cca ;comp;tRNA;295668;295751;280;*;agc fin;;CDS;296032;297210;;; deb;;CDS;327067;328053;115;*; ;comp;tRNA;328169;328241;466;*;aaa deb;;CDS;328708;328866;73;*; ;comp;tRNA;328940;329021;90;*;ctc ;comp;tRNA;329112;329184;34;*;aaa ;comp;tRNA;329219;329291;39;*;aaa ;comp;tRNA;329331;329403;48;*;aaa ;comp;tRNA;329452;329524;36;*;aaa ;comp;tRNA;329561;329633;129;*;aaa fin;;CDS;329763;330281;;1; deb;comp;CDS;353908;354384;259;*; ;comp;rRNA;354644;354753;109;*;5s ;comp;rRNA;354863;357746;151;*;23s ;comp;tRNA;357898;357971;91;*;gca ;comp;tRNA;358063;358136;80;*;atc ;comp;rRNA;358217;359734;266;*;16s ;comp;rRNA;360001;360110;105;*;5s ;comp;rRNA;360216;363109;151;*;23s ;comp;tRNA;363261;363334;91;*;gca ;comp;tRNA;363426;363499;80;*;atc ;comp;rRNA;363580;365097;688;*;16s fin;comp;CDS;365786;366973;;; deb;comp;CDS;407344;408819;144;*; ;comp;tRNA;408964;409037;36;*;aca ;comp;tRNA;409074;409147;41;*;aca ;comp;tRNA;409189;409262;42;*;aca ;comp;tRNA;409305;409378;41;*;aca ;comp;tRNA;409420;409493;81;*;aca fin;comp;CDS;409575;409838;;; deb;comp;CDS;539601;541829;209;*; ;comp;tRNA;542039;542158;32;*;other fin;comp;CDS;542191;543285;;0; deb;comp;CDS;550792;551043;40;*; ;comp;tRNA;551084;551155;40;*;gaa ;comp;tRNA;551196;551267;37;*;gaa ;comp;tRNA;551305;551376;38;*;gaa ;comp;tRNA;551415;551486;38;*;gaa ;comp;tRNA;551525;551596;38;*;gaa ;comp;tRNA;551635;551706;75;*;gaa fin;comp;CDS;551782;553257;;0; deb;comp;CDS;571079;574315;165;*; ;comp;rRNA;574481;574590;109;*;5s ;comp;rRNA;574700;577583;119;*;23s ;comp;tRNA;577703;577776;91;*;gca ;comp;tRNA;577868;577941;81;*;atc ;comp;rRNA;578023;579540;265;*;16s ;comp;rRNA;579806;579915;108;*;5s ;comp;rRNA;580024;582917;151;*;23s ;comp;tRNA;583069;583142;91;*;gca ;comp;tRNA;583234;583307;82;*;atc ;comp;rRNA;583390;584907;1071;*;16s fin;comp;CDS;585979;586545;;; deb;comp;CDS;719558;719755;16;*; ;comp;tRNA;719772;719842;60;*;tgg deb;comp;CDS;719903;721090;58;*; ;comp;tRNA;721149;721220;20;*;acc ;comp;tRNA;721241;721321;30;*;tac ;comp;tRNA;721352;721425;93;*;aca fin;comp;CDS;721519;721818;;; deb;;CDS;781522;782178;76;*; ;;tRNA;782255;782327;96;*;atgf fin;;CDS;782424;782978;;0; deb;comp;CDS;783008;783451;332;*; ;;tRNA;783784;783856;113;*;atgf fin;comp;CDS;783970;785886;;; deb;comp;CDS;814859;815281;544;*; ;comp;tRNA;815826;815899;10;*;cga fin;comp;CDS;815910;816362;;0; deb;;CDS;868515;869267;40;*; ;comp;tRNA;869308;869380;37;*;gga ;comp;tRNA;869418;869490;37;*;gga ;comp;tRNA;869528;869600;37;*;gga ;comp;tRNA;869638;869710;37;*;gga ;comp;tRNA;869748;869820;37;*;gga ;comp;tRNA;869858;869930;242;*;gga fin;;CDS;870173;870646;;; deb;;CDS;887776;888255;96;*; ;;regulatory;888352;888451;64;*; fin;;CDS;888516;888722;;; deb;comp;CDS;900643;902784;77;*; ;comp;regulatory;902862;902950;75;*; fin;comp;CDS;903026;903424;;; deb;;CDS;1010425;1011210;95;*; ;comp;tRNA;1011306;1011376;221;*;caa ;comp;tRNA;1011598;1011668;183;*;caa fin;;CDS;1011852;1015055;;; deb;comp;CDS;1110980;1111921;158;*; ;;tRNA;1112080;1112159;47;*;ttg fin;comp;CDS;1112207;1112701;;0; deb;;CDS;1113809;1114273;158;*; ;comp;rRNA;1114432;1114541;107;*;5s ;comp;rRNA;1114649;1117532;151;*;23s ;comp;tRNA;1117684;1117757;91;*;gca ;comp;tRNA;1117849;1117922;80;*;atc ;comp;rRNA;1118003;1119520;267;*;16s ;comp;rRNA;1119788;1119897;107;*;5s ;comp;rRNA;1120005;1122898;151;*;23s ;comp;tRNA;1123050;1123123;91;*;gca ;comp;tRNA;1123215;1123288;82;*;atc ;comp;rRNA;1123371;1124888;1349;*;16s ;comp;tRNA;1126238;1126311;90;*;aac fin;comp;CDS;1126402;1127745;;0; deb;;CDS;1214932;1215615;104;*; ;comp;tRNA;1215720;1215790;88;*;tgc fin;comp;CDS;1215879;1216235;;0; deb;;CDS;1391184;1391825;85;*; ;;tRNA;1391911;1391984;373;*;aac ;;tRNA;1392358;1392431;593;*;aac fin;comp;CDS;1393025;1393459;;0; deb;;CDS;1597909;1598226;635;*; ;;tRNA;1598862;1598935;151;*;gac ;;tRNA;1599087;1599163;202;*;gac ;;tRNA;1599366;1599442;169;*;gac fin;comp;CDS;1599612;1600157;;; deb;comp;CDS;1604664;1606733;112;*; ;comp;regulatory;1606846;1607027;57;*; fin;comp;CDS;1607085;1607525;;; deb;comp;CDS;1643091;1644479;132;*; ;;tRNA;1644612;1644693;186;*;cta ;;tRNA;1644880;1644961;314;*;cta fin;;CDS;1645276;1646115;;; deb;;CDS;1721814;1722689;66;*; ;comp;tRNA;1722756;1722826;51;*;tgg fin;comp;CDS;1722878;1723252;;; deb;comp;CDS;1738209;1739033;186;*; ;comp;tRNA;1739220;1739293;24;*;atgi ;comp;tRNA;1739318;1739394;69;*;atgi fin;comp;CDS;1739464;1739865;;0; deb;;CDS;1924596;1926158;-38;*; ;comp;tRNA;1926121;1926206;341;*;tta ;comp;tRNA;1926548;1926633;381;*;tta fin;;CDS;1927015;1927368;;; deb;;CDS;1928728;1929714;125;*; ;comp;tRNA;1929840;1929925;147;*;tta deb;comp;CDS;1930073;1930444;108;*; ;comp;tRNA;1930553;1930638;9;*;tta ;comp;tRNA;1930648;1930720;201;*;ggc fin;comp;CDS;1930922;1933519;;; deb;comp;CDS;1961822;1962571;128;*; ;;tRNA;1962700;1962772;35;*;ttc ;;tRNA;1962808;1962880;26;*;ttc ;;tRNA;1962907;1962979;100;*;ttc fin;comp;CDS;1963080;1964066;;; deb;;CDS;2082191;2082733;1104;*; ;;rRNA;2083838;2085355;82;*;16s ;;tRNA;2085438;2085511;91;*;atc ;;tRNA;2085603;2085676;151;*;gca ;;rRNA;2085828;2088711;108;*;23s ;;rRNA;2088820;2088929;156;*;5s fin;;CDS;2089086;2089943;;; deb;;CDS;2147912;2148241;286;*; ;;tRNA;2148528;2148601;52;*;cgt ;;tRNA;2148654;2148727;72;*;cgt fin;;CDS;2148800;2149288;;; deb;comp;CDS;2207990;2208685;114;*; ;comp;tRNA;2208800;2208872;106;*;atgf deb;comp;CDS;2208979;2209605;150;*; ;comp;tRNA;2209756;2209829;145;*;atgj fin;;CDS;2209975;2210361;;; deb;comp;CDS;2224025;2225590;53;*; ;comp;ncRNA;2225644;2225751;58;*; fin;comp;CDS;2225810;2226118;;; deb;;CDS;2302059;2303552;133;*; ;;regulatory;2303686;2303879;199;*; fin;;CDS;2304079;2304477;;; deb;comp;CDS;2425634;2426896;299;*; ;comp;tRNA;2427196;2427270;353;*;cca fin;;CDS;2427624;2428565;;; deb;comp;CDS;2434061;2435053;125;*; ;comp;tRNA;2435179;2435252;366;*;atgj fin;;CDS;2435619;2436269;;0; deb;comp;CDS;2505104;2506201;88;*; ;;ncRNA;2506290;2506388;93;*; fin;comp;CDS;2506482;2507468;;; deb;;CDS;2561350;2563341;1073;*; ;;rRNA;2564415;2565932;79;*;16s ;;tRNA;2566012;2566085;93;*;atc ;;tRNA;2566179;2566252;119;*;gca ;;rRNA;2566372;2569254;107;*;23s ;;rRNA;2569362;2569471;279;*;5s fin;;CDS;2569751;2571682;;1; deb;comp;CDS;2640485;2640910;167;*; ;comp;regulatory;2641078;2641223;541;*; fin;;CDS;2641765;2642745;;; deb;comp;CDS;2676791;2678620;235;*; ;comp;tRNA;2678856;2678940;497;*;tca fin;;CDS;2679438;2681390;;; deb;;CDS;2729998;2731122;20;*; ;;tRNA;2731143;2731213;22;*;tgc ;;tRNA;2731236;2731306;22;*;tgc ;;tRNA;2731329;2731399;22;*;tgc ;;tRNA;2731422;2731492;22;*;tgc ;;tRNA;2731515;2731585;294;*;tgc fin;;CDS;2731880;2732548;;1; deb;comp;CDS;2977513;2977920;497;*; ;comp;tRNA;2978418;2978492;61;*;gta fin;comp;CDS;2978554;2978928;;; deb;;CDS;3228192;3228908;79;*; ;;tRNA;3228988;3229061;26;*;cac ;;tRNA;3229088;3229161;25;*;cac ;;tRNA;3229187;3229260;24;*;cac ;;tRNA;3229285;3229358;43;*;cac fin;comp;CDS;3229402;3230577;;0; deb;;CDS;3299472;3300458;99;*; ;comp;tmRNA;3300558;3300956;220;*; fin;;CDS;3301177;3302400;;; deb;comp;CDS;3394869;3395093;90;*; ;comp;tRNA;3395184;3395268;215;*;tca fin;comp;CDS;3395484;3396884;;0; deb;;CDS;3457542;3458360;150;*; ;;tRNA;3458511;3458594;49;*;tac ;;tRNA;3458644;3458724;51;*;tac ;;tRNA;3458776;3458856;44;*;tac ;;tRNA;3458901;3458981;312;*;tac fin;comp;CDS;3459294;3460415;;0; deb;comp;CDS;3475368;3476669;61;*; ;comp;regulatory;3476731;3476839;337;*; fin;;CDS;3477177;3479327;;0; deb;comp;CDS;3488568;3489770;61;*; ;comp;regulatory;3489832;3489940;337;*; fin;;CDS;3490278;3492428;;0; deb;;CDS;3951958;3953367;595;*; ;;tRNA;3953963;3954036;83;*;aga ;;tRNA;3954120;3954193;39;*;aga fin;comp;CDS;3954233;3954712;;0; deb;;CDS;3975219;3976205;99;*; ;comp;tRNA;3976305;3976379;39;*;cca ;comp;tRNA;3976419;3976493;10;*;cca ;comp;tRNA;3976504;3976587;965;*;agc fin;;CDS;3977553;3978161;;; deb;;CDS;4054689;4055261;76;*; ;comp;ncRNA;4055338;4055652;275;*; fin;;CDS;4055928;4056746;;; </pre> ====myr intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_entre_cds|myr intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> myr;2.2.21 Paris;;Myr 18.1.21;;;;;;;;; myr;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>fréquencez ;'''négatif;302;8.5;'''négatif ;-9;10;-1 à -68;'''4 155 464;-1;302;610;6 ;'''zéro;18;0.5;;;;;'''intercals;0;18;620;2 ;'''1 à 200;2443;68.7;'''0 à 200;67;56;;'''507 186;5;304;630;6 ;'''201 à 370;440;12.4;'''201 à 370;271;47;;'''12.2%;10;157;640;4 ;'''371 à 600;202;5.7;'''371 à 600;470;61;;;15;155;650;2 ;'''601 à max;150;4.2;'''601 à 1353;802;166;;;20;108;660;8 ;'''total 3555;<201;77.7;'''total 3549;139;188;-68 à 1353;;25;81;670;5 adresse;intercalx;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>eréquence-1;30;70;680;3 1253774;2764;-1;302;-70;0;;0;18;35;54;690;3 4076145;2069;0;18;-60;1;;-1;°71;40;67;700;2 3818684;1978;1;66;-50;0;;-2;0;45;52;710;10 3657182;1824;2;°83;-40;5;;-3;2;50;67;720;4 4012754;1661;3;66;-30;7;'''min à -1;-4;°69;55;67;730;2 3629577;1544;4;59;-20;22;302;-5;0;60;49;740;10 2952529;1353;5;30;-10;78;8.5%;-6;3;65;78;750;2 3023352;1312;6;°43;0;207;;-7;10;70;74;760;6 3091776;1283;7;27;10;461;;-8;°34;75;64;770;4 3063256;1274;8;34;20;263;;-9;0;80;67;780;5 792903;1218;9;26;30;151;;-10;3;85;56;790;4 128855;1210;10;27;40;121;'''1 à 100;-11;°30;90;69;800;5 1814854;1180;11;42;50;119;1762;-12;0;95;73;810;3 2893024;1157;12;°48;60;116;49.6%;-13;2;100;50;820;2 3791894;1149;13;19;70;152;;-14;°22;105;50;830;2 1764716;1121;14;28;80;131;;-15;1;110;45;840;3 3858117;1092;15;18;90;125;;-16;2;115;55;850;1 2631119;1079;16;20;100;123;;-17;°16;120;44;860;1 3204160;1074;17;°25;110;95;;-18;1;125;38;870;0 3970791;1045;18;21;120;99;;-19;1;130;32;880;1 638891;1022;19;22;130;70;;-20;°7;135;37;890;3 3392036;1020;20;20;140;71;;-21;0;140;34;900;1 3864400;1007;21;15;150;79;;-22;0;145;40;910;3 1410445;1003;22;°19;160;60;;-23;°7;150;39;920;2 3966467;1001;23;15;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;36;930;2 180046;997;24;18;180;54;2443;-25;1;160;24;940;1 226066;997;25;°14;190;51;69%;-26;°4;165;38;950;0 102898;986;26;12;200;44;;-27;0;170;20;960;2 1232294;981;27;14;210;41;;-28;0;175;25;970;0 66244;978;28;°16;220;33;;-29;°3;180;29;980;1 1851963;956;29;14;230;34;;-30;0;185;24;990;2 2836755;953;30;14;240;39;;-31;0;190;27;1000;2 3339204;937;31;12;250;31;;-32;1;195;23;1010;3 485591;928;32;°15;260;30;;;308;200;21;1020;1 1163082;925;33;8;270;39;;reste;12;205;21;1030;1 2704567;918;34;14;280;17;;total;320;210;20;1040;0 1624776;912;35;5;290;25;;;;215;19;1050;1 1989125;909;36;°17;300;20;;intercal;<u>fréquencef;220;14;1060;0 2763942;909;37;11;310;24;;600;3405;225;17;1070;0 3941959;907;38;9;320;26;;650;20;230;17;1080;2 3569216;896;39;°18;330;21;;700;21;235;16;1090;0 3279840;890;40;12;340;12;'''201 à 370;750;28;240;23;1100;1 3713046;890;reste;2239;350;16;440;800;24;245;16;1110;0 1258251;888;total;3555;360;20;12%;850;11;250;15;1120;0 3954233;874;;;370;12;;900;6;255;14;1130;1 248335;860;;;380;9;;950;8;260;16;1140;0 ;;;;390;8;;1000;7;265;17;1150;1 ;;;;400;9;;1050;6;270;22;1160;1 adresse;intercaln;décalage;long;410;15;;1100;3;275;14;1170;0 849554;-68;comp;;420;12;;1150;2;280;3;1180;1 3465496;-47;shift2;473;430;11;;1200;2;285;14;1190;0 3335648;-46;shift2;705;440;9;;1250;2;290;11;1200;0 1686663;-44;shift2;464;450;18;;1300;2;295;11;reste;12 626279;-41;;;460;9;;1350;1;300;9;total;150 3285379;-41;;;470;14;;1400;1;305;18;; 569581;-38;;;480;10;;1450;0;310;6;; 3645168;-38;;;490;11;;1500;0;315;11;; 3007311;-35;;;500;5;;1550;1;320;15;; 890595;-34;;;510;9;;1600;0;325;10;; 1138331;-34;;;520;5;;1650;0;330;11;; 1639425;-34;;;530;9;;1700;1;335;4;; 1509236;-32;;;540;3;'''371 à 600;;146;340;8;; 2356195;-29;;;550;7;202;;;345;11;; 2927121;-29;;;560;6;5.7%;;;350;5;; 3218460;-29;;;570;7;;;;355;11;; 74410;-26;;;580;4;'''601 à max;;;360;9;; 1241101;-26;;;590;6;150;;;365;6;; 1964711;-26;;;600;6;4.2%;;;370;6;; 3675717;-26;;;reste;150;;reste;4;reste;352;; 424302;-25;;;total;3555;;toal;3555;toal;3555;; </pre> ====myr intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> myr. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; spl;min10;1071;2215;3286;884;735;784;49;-353;-202;172;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; 37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; myr;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;33;-213;270;32;708;215;max70;&-94;717;-1739;143;742;254;min50 31 à 400;;;;;;;;&7.8;-12;-192;52;897;51;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-7;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;112;48;-;640;poly;68;tm;&215;69;;452;poly;290;SF 31 à 400;;;;;;;;&117;42;-;811;poly;86;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30 40 50 60, '''t30 t60'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.078;;;;; 41-n;0.872;0.649;0.764;;;;;;;;;;;; 1-n;0.323;-0.143;0.041;;;;;;;;;;14.8.21 paris;; myr;fx;fc;;myr;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;myr;Sx-;Sc- 0;5;13;;0;6;6;;0;5;13;>0;974;-1;0;71 10;26;435;;10;31;209;;1;0;66;<0;20;-2;0;0 20;12;251;;20;14;121;;2;5;78;zéro;5;-3;0;2 30;21;130;;30;25;62;;3;5;61;total;999;-4;9;60 40;38;83;;40;46;40;;4;3;56;;c;-5;0;0 50;50;69;;50;60;33;;5;1;29;>0;2261;-6;3;0 60;47;69;;60;57;33;;6;1;42;<0;282;-7;0;10 70;54;98;;70;65;47;;7;4;23;zéro;13;-8;0;34 80;51;80;;80;62;38;;8;2;32;total;2556;-9;0;0 90;29;96;;90;35;46;;9;1;25;;;-10;0;3 100;35;88;;100;42;42;;10;4;23;;;-11;2;28 110;22;73;;110;27;35;;11;1;41;;;-12;0;0 120;32;67;;120;39;32;;12;2;46;;;-13;1;1 130;28;42;;130;34;20;;13;0;19;;;-14;0;22 140;22;49;;140;27;24;;14;1;27;;;-15;1;0 150;28;51;;150;34;25;;15;2;16;;;-16;0;2 160;30;30;;160;36;14;;16;1;19;;;-17;1;15 170;26;32;;170;31;15;;17;1;24;;;-18;1;0 180;21;33;;180;25;16;;18;2;19;;;-19;0;1 190;22;29;;190;27;14;;19;1;21;;;-20;1;6 200;20;24;;200;24;12;;20;1;19;;;-21;0;0 210;19;22;;210;23;11;;21;0;15;;;-22;0;0 220;12;21;;220;14;10;;22;4;15;;;-23;0;7 230;17;17;;230;21;8;;23;0;15;;;-24;0;0 240;19;20;;240;23;10;;24;0;18;;;-25;0;1 250;16;15;;250;19;7;;25;0;14;;;-26;0;4 260;14;16;;260;17;8;;26;2;10;;;-27;0;0 270;17;22;;270;21;11;;27;5;9;;;-28;0;0 280;9;8;;280;11;4;;28;4;12;;;-29;0;3 290;11;14;;290;13;7;;29;4;10;;;-30;0;0 300;12;8;;300;14;4;;30;2;12;;;-31;0;0 310;12;12;;310;14;6;;31;4;8;;;-32;0;1 320;10;16;;320;12;8;;32;1;14;;;-33;0;0 330;10;11;;330;12;5;;33;3;5;;;-34;0;3 340;5;7;;340;6;3;;34;5;9;;;-35;0;1 350;4;12;;350;5;6;;35;2;3;;;-36;0;0 360;11;9;;360;13;4;;36;7;10;;;-37;0;0 370;6;6;;370;7;3;;37;3;8;;;-38;0;2 380;2;7;;380;2;3;;38;2;7;;;-39;0;0 390;3;5;;390;4;2;;39;5;13;;;-40;0;0 400;5;4;;400;6;2;;40;6;6;;;-41;0;2 reste;146;180;;;;;;reste;877;1362;;;-42;0;0 total;979;2274;;t30;71;392;;total;979;2274;;;-43;0;0 diagr;828;2081;;t60;234;498;;diagr;97;899;;;-44;0;1 - t30;769;1265;;;;;;;;;;;-45;0;0 - t60;634;1044;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;;reste;1;0 ;;;;;;;;;;;;;total;20;282 </pre> ====myr intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_négatifs_S-|myr intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;;;9;;3;;;;;2;;1;;1;;1;1;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;1;20 continu;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;myr;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;9;0;3;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;20 ;Sc-;71;0;2;60;0;0;10;34;0;3;28;0;1;22;0;2;15;0;1;6;0;0;7;0;1;4;0;0;3;0;0;1;0;3;1;0;0;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;282 </pre> ====myr autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_autres_intercalaires|myr autres intercalaires]] <pre> myr1 ;adresse1;;;;;myr2 ;adresse2;;;;;myr3;adresse3;;; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;151454;273;comp;;deb;°CDS;814859;544;comp;;deb;°CDS;2147912;286; ;&tRNA;153050;208;comp;;;&tRNA;815826;10;comp;;;&tRNA;2148528;52; fin;°CDS;153343;;comp;;fin;°CDS;815910;;comp;;;&tRNA;2148654;72; deb;°CDS;171836;177;comp;;deb;°CDS;868515;40;;;fin;°CDS;2148800;; ;regulatory;174323;162;;;;&tRNA;869308;37;comp;;deb;°CDS;2207990;114;comp fin;°CDS;174673;;comp;;;&tRNA;869418;37;comp;;;&tRNA;2208800;106;comp deb;°CDS;211346;123;;;;&tRNA;869528;37;comp;;deb;°CDS;2208979;150;comp ;&tRNA;212456;30;comp;;;&tRNA;869638;37;comp;;;&tRNA;2209756;145;comp ;&tRNA;212561;30;comp;;;&tRNA;869748;37;comp;;fin;°CDS;2209975;; ;&tRNA;212666;30;comp;;;&tRNA;869858;242;comp;;deb;°CDS;2224025;53;comp ;&tRNA;212771;42;comp;;fin;°CDS;870173;;comp;;;ncRNA;2225644;58;comp ;&tRNA;212888;92;comp;;deb;°CDS;887776;96;;;fin;°CDS;2225810;;comp fin;°CDS;213058;;comp;;;regulatory;888352;64;;;deb;°CDS;2302059;133; deb;°CDS;294948;146;comp;;fin;°CDS;888516;;;;;regulatory;2303686;199; ;&tRNA;295481;31;comp;;deb;°CDS;900643;77;comp;;fin;°CDS;2304079;; ;&tRNA;295586;7;comp;;;regulatory;902862;75;comp;;deb;°CDS;2425634;299;comp ;&tRNA;295668;280;comp;;fin;°CDS;903026;;comp;;;&tRNA;2427196;353;comp fin;°CDS;296032;;;;deb;°CDS;1010425;95;;;fin;°CDS;2427624;; deb;°CDS;327067;115;;;;&tRNA;1011306;221;comp;;deb;°CDS;2434061;125;comp ;&tRNA;328169;466;comp;;;&tRNA;1011598;183;comp;;;&tRNA;2435179;366;comp deb;°CDS;328708;73;;;fin;°CDS;1011852;;;;fin;°CDS;2435619;; ;&tRNA;328940;90;comp;;deb;°CDS;1110980;158;comp;;deb;°CDS;2505104;88;comp ;&tRNA;329112;34;comp;;;&tRNA;1112080;47;;;;ncRNA;2506290;93; ;&tRNA;329219;39;comp;;fin;°CDS;1112207;;comp;;fin;°CDS;2506482;;comp ;&tRNA;329331;48;comp;;deb;°CDS;1113809;158;;;deb;°CDS;2561350;1073; ;&tRNA;329452;36;comp;;;$rRNA;1114432;107;comp;;;$rRNA;2564415;79; ;&tRNA;329561;129;comp;;;$rRNA;1114649;151;comp;;;&tRNA;2566012;93; fin;°CDS;329763;;;;;&tRNA;1117684;91;comp;;;&tRNA;2566179;119; deb;°CDS;353908;259;comp;;;&tRNA;1117849;80;comp;;;$rRNA;2566372;107; ;$rRNA;354644;109;comp;;;$rRNA;1118003;267;comp;;;$rRNA;2569362;279; ;$rRNA;354863;151;comp;;;$rRNA;1119788;107;comp;;fin;°CDS;2569751;; ;&tRNA;357898;91;comp;;;$rRNA;1120005;151;comp;;deb;°CDS;2640485;167;comp ;&tRNA;358063;80;comp;;;&tRNA;1123050;91;comp;;;regulatory;2641078;541;comp ;$rRNA;358217;266;comp;;;&tRNA;1123215;82;comp;;fin;°CDS;2641765;; 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fin;°CDS;542191;;comp;;deb;°CDS;1604664;112;comp;;;&tRNA;3229088;25; deb;°CDS;550792;40;comp;;;regulatory;1606846;57;comp;;;&tRNA;3229187;24; ;&tRNA;551084;40;comp;;fin;°CDS;1607085;;comp;;;&tRNA;3229285;43; ;&tRNA;551196;37;comp;;deb;°CDS;1643091;132;comp;;fin;°CDS;3229402;;comp ;&tRNA;551305;38;comp;;;&tRNA;1644612;186;;;deb;°CDS;3299472;99; ;&tRNA;551415;38;comp;;;&tRNA;1644880;314;;;;tmRNA;3300558;220;comp ;&tRNA;551525;38;comp;;fin;°CDS;1645276;;;;fin;°CDS;3301177;; ;&tRNA;551635;75;comp;;deb;°CDS;1721814;66;;;deb;°CDS;3394869;90;comp fin;°CDS;551782;;comp;;;&tRNA;1722756;51;comp;;;&tRNA;3395184;215;comp deb;°CDS;571079;165;comp;;fin;°CDS;1722878;;comp;;fin;°CDS;3395484;;comp ;$rRNA;574481;109;comp;;deb;°CDS;1738209;186;comp;;deb;°CDS;3457542;150; ;$rRNA;574700;119;comp;;;&tRNA;1739220;24;comp;;;&tRNA;3458511;49; ;&tRNA;577703;91;comp;;;&tRNA;1739318;69;comp;;;&tRNA;3458644;51; ;&tRNA;577868;81;comp;;fin;°CDS;1739464;;comp;;;&tRNA;3458776;44; ;$rRNA;578023;265;comp;;deb;°CDS;1924596;-38;;;;&tRNA;3458901;312; 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deb;°CDS;783008;332;comp;;;&tRNA;2085438;91;;;deb;°CDS;4054689;76; ;&tRNA;783784;113;;;;&tRNA;2085603;151;;;;ncRNA;4055338;275;comp fin;°CDS;783970;;comp;;;$rRNA;2085828;108;;;fin;°CDS;4055928;; ;;;;;;;$rRNA;2088820;156;;;;;;; ;;;;;;fin;°CDS;2089086;;;;;;;; </pre> ====myr intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_tRNA|myr intercalaires tRNA]] <pre> myr intercalaires tRNA;;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;;;; ;;;;;;;deb;fin;continu;cumuls ;;;273;;208;;;;; ;30*3 42;comp’;123;;92;;16;10;'''deb; ;31 7;;146;comp’;280;;20;32;<201;18 ;;comp’;115;comp’;466;;40;51;total;26 ;90 34 39 48 36;comp’;73;comp’;129;;54;60;%;69% ;36 41 42 41;;144;;81;;58;61;; ;;;209;;32;;76;69;'''fin; ;40 37 38*3;;40;;75;;79;72;<201;15 ;;;16;;60;;85;75;total;22 ;20 30;;58;;93;;90;81;%;68% ;;;76;;96;;90;88;; ;;comp’;332;comp’;113;;108;92;'''total; ;;;54;;10;;114;93;<201;33 ;37*5;comp’;40;;242;;125;96;total;48 ;221;comp’;95;comp’;183;;144;106;%;69% ;;comp’;158;comp’;47;;146;147;; ;;;;comp’;90;;150;201;; ;;comp’;104;;88;;150;208;; ;373;;85;comp’;593;;186;215;; ;151 202;;635;comp’;169;;209;220;; ;186;comp’;132;;314;;235;242;; ;;comp’;66;;51;;273;294;; ;24;;186;;69;;286;314;; ;341;comp’;-38;comp’;381;;299;-;; ;;comp’;125;;147;;497;-;; ;9;;108;;201;;595;-;; ;35 26;comp’;128;comp’;100;;635;-;'''comp’;'''cumuls ;52;;286;;72;;'''-38;39;'''deb; ;;;114;;106;;40;43;<201;12 ;;;150;comp’;145;;66;47;total;13 ;;;299;comp’;353;;73;90;%;92% ;;;125;comp’;366;;95;100;; ;;;235;comp’;497;;104;113;'''fin; ;22*4;;20;;294;;115;129;<201;10 ;;;497;;61;;123;145;total;18 ;26 25 24;;79;comp’;43;;125;169;%;56% ;;;90;;220;;128;183;; ;;;90;;215;;132;280;'''total; ;49 51 44;;150;comp’;312;;158;312;<201;22 ;83;;595;comp’;39;;332;353;total;31 ;;;;;;;_;366;%;71% ;;;;;;;_;381;; ;;;;;;;_;466;; ;;;;;;;_;497;; ;;;;;;;_;593;; ;;deb;fin;total;;;;;; ;<201;30;25;55;;;;;; ;total;39;40;79;;;;;; ;taux;77%;63%;70%;;;;;; </pre> ===fps=== ====fps opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_opérons|fps opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Flav_psyc_JIP02_86/flavPsyc-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009613.3;fps;;genome;;;;;;;; 32.4%GC;14.8.19 Paris;16s 6;49;doubles;intercalaires;cds;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Flavobacterium psychrophilum JIP02/86;;;;;;;;;;; ;3517..4200;;CDS;;43;43;;;228;; comp;4244..4317;;tgc;;104;104;;;;; comp;4422..4781;;CDS;;;;;;120;; ;;;;;;;;;;; ;113561..114154;;CDS;;107;107;;;198;; comp;114262..114335;;aac;;147;147;;;;; comp;114483..115817;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; comp;190346..191287;;CDS;;175;175;;;314;; ;191463..191545;;ttg;@1;290;;*290;;;; comp;191836..191920;;cta;;132;132;;;;; ;192053..193441;;CDS;;;;;;463;; ;;;;;;;;;;; comp;295744..295950;;CDS;;179;179;;;69;; comp;296130..296203;;atgi;;86;86;;;;; comp;296290..296694;;CDS;;;;;;135;; ;;;;;;;;;;; comp;318122..319414;;CDS;;896;*896;;;431;; comp;320311..320387;;gac;;86;86;;;;; comp;320474..321400;;CDS;;;;;;309;; ;;;;;;;;;;; comp;371118..374348;;CDS;;154;154;;;1077;; ;374503..374576;;caa;;47;47;;;;; comp;374624..375631;;CDS;;;;;;336;; ;;;;;;;;;;; comp;464114..466717;;CDS;;125;125;;;868;; 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;;;;;;;;;;; ;852715..853170;;CDS;;128;128;;;152;; comp;853299..853375;;cac;;75;75;;;;; comp;853451..854167;;CDS;;;;;;239;; ;;;;;;;;;;; ;897041..897184;;CDS;;75;75;;;48;; ;897260..897336;;cgt;;46;46;;;;; ;897383..897955;;CDS;;;;;;191;; ;;;;;;;;;;; comp;982868..984043;;CDS;;254;254;;;392;; ;984298..984384;;agc;;15;;15;;;; ;984400..984477;;cca;;30;;30;;;; ;984508..984584;;aga;;93;93;;;;; ;984678..985880;;CDS;;;;;;401;; ;;;;;;;;;;; comp;1110660..1112606;;CDS;;1082;*1082;;;649;; ;1113689..1115188;;16s;;110;;;;1500;; ;1115299..1115375;;atc;;158;;;158;;; ;1115534..1115610;;gca;;213;;;;;; ;1115824..1118708;;23s;;156;;;;2885;; ;1118865..1118970;;5s;;282;282;;;106;; comp;1119253..1120218;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;1123344..1124324;;CDS;;-981;*-981;;;327;; comp;1123344..1124324;;rpr;@2;191;191;;;981;; comp;1124516..1124698;;rpr;;20;20;;;183;; comp;1124719..1124862;;rpr;;289;289;;;144;; comp;1125152..1125229;;gta;;82;82;;;;; comp;1125312..1125686;;CDS;;;;;;125;; ;;;;;;;;;;; ;1285199..1285477;;CDS;;148;148;;;93;; ;1285626..1285710;;tac;;473;*473;;;;; ;1286184..1286810;;CDS;;;;;;209;; ;;;;;;;;;;; ;1309373..1310833;;CDS;;1079;*1079;;;487;; comp;1311913..1312018;;5s;;156;;;;106;; comp;1312175..1315059;;23s;;213;;;;2885;; comp;1315273..1315349;;gca;;158;;;158;;; comp;1315508..1315584;;atc;;110;;;;;; comp;1315695..1317194;;16s;;1276;*1276;;;1500;; ;1318471..1319160;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;1395138..1395728;;CDS;;73;73;;;197;; comp;1395802..1396536;;rpr;;93;93;;;735;; comp;1396630..1397052;;rpr;;248;248;;;423;; comp;1397301..1397388;;tca;;135;135;;;;; comp;1397524..1398660;;CDS;;;;;;379;; ;;;;;;;;;;; comp;1622342..1622755;;CDS;;100;100;;;138;; comp;1622856..1622929;;aca;;79;79;;;;; comp;1623009..1623275;;CDS;;;;;;89;; ;;;;;;;;;;; comp;1815453..1816334;;CDS;;239;239;;;294;; ;1816574..1816649;;atgf;+;31;;31;;;; ;1816681..1816756;;atgf;2 atgf;591;*591;;;;; ;1817348..1817794;;CDS;;;;;;149;; ;;;;;;;;;;; ;1859580..1860149;;CDS;;305;305;;;190;; comp;1860455..1860531;;atgj;;143;143;;;;; ;1860675..1861067;;CDS;;;;;;131;; ;;;;;;;;;;; comp;1904719..1905537;;CDS;;26;26;;;273;; comp;1905564..1905637;;cga;;70;70;;;;; comp;1905708..1906157;;CDS;;;;;;150;; ;;;;;;;;;;; ;1995546..1996253;;CDS;;35;35;;;236;; comp;1996289..1996361;;gga;;281;281;;;;; ;1996643..1997074;;CDS;;;;;;144;; ;;;;;;;;;;; ;2088032..2088418;;CDS;;105;105;;;129;; ;2088524..2089369;;rpr;;116;;;;846;; comp;2089486..2089591;;5s;;156;;;;106;; comp;2089748..2092632;;23s;;213;;;;2885;; comp;2092846..2092922;;gca;;158;;;158;;; comp;2093081..2093157;;atc;;110;;;;;; comp;2093268..2094767;;16s;;1570;*1570;;;1500;; comp;2096338..2099241;;CDS;;;;;;968;; ;;;;;;;;;;; ;2182840..2185440;;CDS;;138;138;;;867;; ;2185579..2185654;;ggc;;40;;40;;;; ;2185695..2185782;;tta;;93;93;;;;; comp;2185876..2190132;;CDS;;;;;;1419;; ;;;;;;;;;;; comp;2295987..2296184;;CDS;;14;14;;;66;; comp;2296199..2296272;;tgg;;61;61;;;;; comp;2296334..2297521;;CDS;;55;55;;;396;; comp;2297577..2297651;;acc;;83;;*83;;;; comp;2297735..2297818;;tac;;138;;*138;;;; comp;2297957..2298033;;aca;;90;90;;;;; comp;2298124..2298426;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;2506720..2507055;;CDS;;288;288;;;112;; comp;2507344..2507449;;5s;;156;;;;106;; comp;2507606..2510490;;23s;;213;;;;2885;; comp;2510704..2510780;;gca;;158;;;158;;; comp;2510939..2511015;;atc;;110;;;;;; comp;2511126..2512625;;16s;;1010;*1010;;;1500;; comp;2513636..2514889;;CDS;;;;;;418;; ;;;;;;;;;;; ;2632307..2633335;;CDS;;53;53;;;343;; ;2633389..2633476;;tcc;;246;246;;;;; ;2633723..2634982;;CDS;;;;;;420;; ;;;;;;;;;;; comp;2752993..2753322;;CDS;;64;64;;;110;; ;2753387..2753463;;gcc;;105;105;;;;; comp;2753569..2757033;;CDS;;;;;;1155;; ;;;;;;;;;;; comp;2800796..2801521;;CDS;;98;98;;;242;; ;2801620..2801695;;ttc;;299;299;;;;; comp;2801995..2802723;;gene;@3;406;*406;;;243;; comp;2803130..2803444;;CDS;;;;;;105;; </pre> ====fps cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_cumuls|fps cumuls]] <pre> fps cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;6;1;0;;1;1;1;;100;6;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;1;;50;7;20;;200;19;60;1 ;16 atc gca;6;40;6;;100;20;40;;300;12;90;4 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;13;60;;400;10;120;6 ;max a;2;80;0;;200;6;80;;500;10;150;8 ;a doubles;0;100;1;;250;5;100;;600;1;180;2 ;autres;0;120;0;;300;6;120;;700;1;210;5 ;total aas;12;140;1;;350;2;140;;800;0;240;5 sans ;opérons;26;160;0;6;400;0;160;;900;2;270;4 ;1 aa;19;180;0;;450;1;180;;1000;1;300;2 ;max a;3;200;0;;500;1;200;;1100;1;330;4 ;a doubles;3;;1;;;10;;;;2;;24 ;total aas;37;;10;6;;72;;0;;65;;65 total aas;;49;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;72;158;;257;;;;333;; ;;;variance;85;0;;374;;;;276;; sans jaune;;;moyenne;30;;;135;;;;246;;181 ;;;variance;9;;;82;;;;126;;78 </pre> ====fps blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_blocs|fps blocs]] <pre> fps blocs;;;;;; CDS;1042;226;1149;84;1082;649 16s;110;1500;110;1500;110;1500 atc;158;;158;;158; gca;213;;213;;213; 23s;156;2885;156;2885;156;2885 5s;204;106;931;106;282;106 CDS;;251;;599;;322 ;;;;;; ;;;105;129;; CDS;1079;487;116;846;288;112 5s;156;106;156;106;156;106 23s;213;2885;213;2885;213;2885 gca;158;;158;;158; atc;110;;110;;110; 16s;1276;1500;1570;1500;1010;1500 CDS;;230;;968;;418 </pre> ====fps remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_remarques|fps remarques]] *code génétique fps <pre> fps;;;;;;;49 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;2;tgc;1 atc;6;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;2;gca;6;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====fps données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_données_intercalaires|fps données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA tRNA;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;fps;fx;fc;fps;fx40;fc40;fps;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;7;15;0;7;15;-1;0;60;104;46;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;18;323;1;0;60;-2;1;0;147;107;1035;1075;6* 154;;;;296;ttg ;1;20;9;108;2;5;50;-3;0;0;86;175;1142;1269;16s tRNA;;;**;;cta ;1;30;17;53;3;2;38;-4;22;46;899;132;1563;;6* 105;;atc;43;;ctc 1;0;40;13;77;4;0;29;-5;0;0;86;133;1003;;tRNA 23s;;;26;;aaa 2;1;50;11;76;5;1;33;-6;2;0;128;151;5s CDS;;6* 214;;gca;**;;aaa ;2;60;23;65;6;2;31;-7;0;3;91;50;202;268;tRNA tRNA;;intra;31;;gaa 1;2;70;16;67;7;2;17;-8;0;28;165;163;;280;6* 161;;atc gca;**;;gaa ;3;80;25;79;8;2;16;-9;3;0;81;312;;268;;;;15;;agc ;5;90;24;72;9;1;18;-10;0;3;75;128;;114;;;;33;;cca 2;2;100;32;56;10;3;31;-11;2;17;75;210;;286;;;;**;;aga 2;1;110;29;50;11;2;14;-12;2;0;49;131;;;;;;34;;atgf ;0;120;14;46;12;3;14;-13;1;3;96;254;;;;;;**;;atgf 1;1;130;19;31;13;0;11;-14;1;14;456;239;;;;;;43;;ggc 3;2;140;13;28;14;1;11;-15;0;0;82;308;;;;;;**;;tta 1;2;150;15;35;15;1;15;-16;0;1;148;143;;;;;;86;;acc 1;0;160;16;37;16;0;6;-17;1;10;476;35;;;;;;141;;tac 1;1;170;20;34;17;0;14;-18;1;0;248;281;;;;;;**;;aca 1;0;180;13;23;18;1;7;-19;1;2;135;96;;;;;;;; ;0;190;13;25;19;1;5;-20;1;3;259;64;;;;;;;; ;0;200;13;13;20;0;11;-21;0;0;79;108;;;;;;;; 1;0;210;7;19;21;2;4;-22;0;0;594;98;;;;;;;; ;0;220;6;12;22;6;8;-23;0;4;26;302;;;;;;;; ;0;230;12;19;23;0;5;-24;0;0;70;;;;;;;;; 1;0;240;5;17;24;1;9;-25;0;0;138;;;;;;;;; ;2;250;8;17;25;2;3;-26;0;4;17;;;;;;;;; 1;1;260;7;9;26;2;9;-27;1;0;61;;;;;;;;; ;0;270;5;14;27;0;4;-28;0;1;58;;;;;;;;; ;0;280;6;14;28;0;2;-29;1;1;90;;;;;;;;; 1;0;290;6;12;29;1;2;-30;1;0;53;;;;;;;;; ;0;300;10;13;30;3;7;-31;0;1;249;;;;;;;;; 2;0;310;8;12;31;1;10;-32;0;1;;;;;;;;;; 1;0;320;9;10;32;0;11;-33;0;0;;;;;;;;;; ;0;330;10;12;33;0;9;-34;1;0;;;;;;;;;; ;0;340;5;10;34;2;5;-35;0;2;;;;;;;;;; ;0;350;4;5;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;; ;0;360;1;7;36;4;6;-37;0;0;;;;;;;;;; ;0;370;3;3;37;0;1;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;5;4;38;3;5;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;3;39;0;8;-40;0;1;;;;;;;;;; ;0;400;3;2;40;2;17;-41;0;0;;;;;;;;;; ;4;reste;75;101;reste;496;1052;-42;0;0;;;;;;;;;; 23;31;total;560;1628;total;560;1628;-43;0;0;;;;;;;;;; 23;27;diagr;478;1512;diagr;57;561;-44;0;0;;;;;;;;;; 0;2; t30;44;484;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;553;42;7;602;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;1613;206;15;1834;;;-50;0;1;;;;;;;;;; ;;;;;2436;114;;reste;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;2550;;total;42;206;;;;;;;;;; </pre> =====fps autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_autres_intercalaires_aas|fps autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;fps;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;3517;4200;46;*; ;comp;tRNA;4247;4317;104;*;tga fin;comp;CDS;4422;4781;;0; deb;;CDS;113561;114154;107;*; ;comp;tRNA;114262;114335;147;*;aac fin;comp;CDS;114483;115817;;; deb;comp;CDS;190346;191287;175;*; ;;tRNA;191463;191542;296;*;ttg ;comp;tRNA;191839;191920;132;*;cta fin;;CDS;192053;193441;;; deb;;CDS;295793;295996;133;*; ;comp;tRNA;296130;296203;86;*;atgi fin;comp;CDS;296290;296694;;0; deb;comp;CDS;318122;319414;899;*; ;comp;tRNA;320314;320387;86;*;gac fin;comp;CDS;320474;321400;;; deb;comp;CDS;371118;374351;151;*; ;;tRNA;374503;374573;50;*;caa fin;comp;CDS;374624;375631;;0; deb;comp;CDS;431782;433344;51;*; ;comp;ncRNA;433396;433502;51;*; fin;comp;CDS;433554;433847;;; deb;comp;CDS;464114;466717;128;*; ;comp;tRNA;466846;466920;163;*;cca fin;;CDS;467084;468346;;0; deb;;CDS;507944;508621;1035;*; ;;rRNA;509657;511168;105;*;1512 ;;tRNA;511274;511347;161;*;atc ;;tRNA;511509;511582;214;*;gca ;;rRNA;511797;514683;154;*;2887 ;;rRNA;514838;514947;202;*;110 fin;;CDS;515150;515902;;; deb;;CDS;586281;586805;94;*; ;;regulatory;586900;587164;29;*; fin;;CDS;587194;589056;;; deb;;CDS;596537;597679;312;*; ;comp;tRNA;597992;598074;43;*;ctc ;comp;tRNA;598118;598190;26;*;aaa ;comp;tRNA;598217;598289;128;*;aaa fin;;CDS;598418;598936;;1; deb;;CDS;642117;643595;91;*; ;;tRNA;643687;643758;31;*;gaa ;;tRNA;643790;643861;165;*;gaa deb;;CDS;644027;644278;1142;*; ;;rRNA;645421;646932;105;*;1512 ;;tRNA;647038;647111;161;*;atc ;;tRNA;647273;647346;214;*;gca ;;rRNA;647561;650447;154;*;2887 ;;rRNA;650602;650711;268;*;110 fin;comp;CDS;650980;651266;;0; deb;;CDS;659297;660505;37;*; ;;tmRNA;660543;660939;63;*; fin;comp;CDS;661003;661833;;; deb;;CDS;726614;727399;210;*; ;comp;tRNA;727610;727684;81;*;gta fin;comp;CDS;727766;728980;;0; deb;;CDS;852715;853170;131;*; ;comp;tRNA;853302;853375;75;*;cac fin;comp;CDS;853451;854167;;0; deb;;CDS;897041;897184;75;*; ;;tRNA;897260;897333;49;*;cgt fin;;CDS;897383;897955;;0; deb;comp;CDS;982868;984043;254;*; ;;tRNA;984298;984384;15;*;agc ;;tRNA;984400;984474;33;*;cca ;;tRNA;984508;984581;96;*;aga fin;;CDS;984678;985880;;1; deb;comp;CDS;1110660;1112606;1075;*; ;;rRNA;1113682;1115193;105;*;1512 ;;tRNA;1115299;1115372;161;*;atc ;;tRNA;1115534;1115607;214;*;gca ;;rRNA;1115822;1118708;154;*;2887 ;;rRNA;1118863;1118972;280;*;110 fin;comp;CDS;1119253;1120218;;; deb;comp;CDS;1124516;1124698;456;*; ;comp;tRNA;1125155;1125229;82;*;gta fin;comp;CDS;1125312;1125686;;; deb;comp;CDS;1141104;1142156;88;*; ;;ncRNA;1142245;1142342;13;*; fin;;CDS;1142356;1142553;;; deb;;CDS;1285061;1285477;148;*; ;;tRNA;1285626;1285707;476;*;tac fin;;CDS;1286184;1286810;;; deb;;CDS;1311356;1311642;268;*; ;comp;rRNA;1311911;1312020;154;*;110 ;comp;rRNA;1312175;1315061;214;*;2887 ;comp;tRNA;1315276;1315349;161;*;gca ;comp;tRNA;1315511;1315584;105;*;atc ;comp;rRNA;1315690;1317201;1269;*;1512 deb;;CDS;1318471;1319160;0;*; ;comp;ncRNA;1319161;1319480;341;*; fin;;CDS;1319822;1323886;;; deb;;CDS;1325084;1325431;419;*; ;;repeat_region;1325851;1326881;279;*; fin;comp;CDS;1327161;1328027;;0; deb;comp;CDS;1395802;1397052;248;*; ;comp;tRNA;1397301;1397388;135;*;tca fin;comp;CDS;1397524;1398660;;; deb;comp;CDS;1622342;1622596;259;*; ;comp;tRNA;1622856;1622929;79;*;aca fin;comp;CDS;1623009;1623275;;; deb;comp;CDS;1815453;1816334;239;*; ;;tRNA;1816574;1816646;34;*;atgf ;;tRNA;1816681;1816753;594;*;atgf fin;;CDS;1817348;1817794;;; deb;;CDS;1859580;1860149;308;*; ;comp;tRNA;1860458;1860531;143;*;atgj fin;;CDS;1860675;1861067;;; deb;comp;CDS;1904719;1905537;26;*; ;comp;tRNA;1905564;1905637;70;*;cga fin;comp;CDS;1905708;1906157;;; deb;;CDS;1995546;1996253;35;*; ;comp;tRNA;1996289;1996361;281;*;gga fin;;CDS;1996643;1997074;;; deb;;CDS;2088524;2089369;114;*; ;comp;rRNA;2089484;2089593;154;*;110 ;comp;rRNA;2089748;2092634;214;*;2887 ;comp;tRNA;2092849;2092922;161;*;gca ;comp;tRNA;2093084;2093157;105;*;atc ;comp;rRNA;2093263;2094774;1563;*;1512 fin;comp;CDS;2096338;2099241;;; deb;comp;CDS;2145831;2146037;66;*; ;comp;regulatory;2146104;2146199;493;*; fin;comp;CDS;2146693;2148675;;; deb;;CDS;2182840;2185440;138;*; ;;tRNA;2185579;2185651;43;*;ggc ;;tRNA;2185695;2185779;96;*;tta fin;comp;CDS;2185876;2190132;;; deb;comp;CDS;2295987;2296184;17;*; ;comp;tRNA;2296202;2296272;61;*;tgg deb;comp;CDS;2296334;2297521;58;*; ;comp;tRNA;2297580;2297651;86;*;acc ;comp;tRNA;2297738;2297818;141;*;tac ;comp;tRNA;2297960;2298033;90;*;aca fin;comp;CDS;2298124;2298426;;; deb;;CDS;2506720;2507055;286;*; ;comp;rRNA;2507342;2507451;154;*;110 ;comp;rRNA;2507606;2510492;214;*;2887 ;comp;tRNA;2510707;2510780;161;*;gca ;comp;tRNA;2510942;2511015;105;*;atc ;comp;rRNA;2511121;2512632;1003;*;1512 fin;comp;CDS;2513636;2514889;;0; deb;;CDS;2632307;2633335;53;*; ;;tRNA;2633389;2633473;249;*;tcc fin;;CDS;2633723;2634982;;; deb;comp;CDS;2752993;2753322;64;*; ;;tRNA;2753387;2753460;108;*;gcc fin;comp;CDS;2753569;2757033;;; deb;comp;CDS;2800796;2801521;98;*; ;;tRNA;2801620;2801692;302;*;ttc fin;comp;CDS;2801995;2802585;;; </pre> ====fps distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#fps_distribution|fps distribution]] <pre> atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;2;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;bact;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total fps;;20;;;;;;;fps;11;;;;;;;;fps;6;;;;;; </pre> ===bacteroide synthèse=== ====bacteroide distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_génome|bacteroide distribution par génome]] <pre> bact;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total myr;11;16;;;1;16;57;;101 fps;11;20;;;;12;6;;49 total;22;36;0;0;1;28;63;0;150 </pre> ====bacteroide distribution du total==== *Lien tableur: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_du_total|bacteroide distribution du total]] <pre> bact2;;;;;;;150 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2 atc;14;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;85;36;;;1 -16s tac;28;150 </pre> ====bacteroide distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_distribution_par_type|bacteroide distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> bact2;;;;;;;150;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;8;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc; atc;14;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2 gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2 cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga; gta;9;gca;14;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6 ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;; </pre> ====bacteroide par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide_par_rapport_au_groupe_de_référence|bacteroide par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;3;2;0;;;;5; 16;moyen;16;10;12;;;28;66; 14;fort;17;10;51;;;1;79; ; ;36;22;63;;;29;150; 10;g+cga;2;;;;;;2; 2;agg+cgg;;;;;;;; 4;carre ccc;1;2;;;;;3; 5;autres;;;;;;;; ;;3;2;;;;;5; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;20;13;;;;;33;26 16;moyen;107;67;80;;;187;440;324 14;fort;113;67;340;;;7;527;650 ; ;240;147;420;;;193;150;729 10;g+cgg;13;;;;;;13;10 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;7;13;;;;;20;16 5;autres;;;;;;;; ;;20;13;;;;;33; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bact2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;25;17;;41;26;8;9; 16;moyen;132;83;99;314;324;44;45;19 14;fort;140;83;421;645;650;47;45;81 ; ;298;182;521;121;729;36;22;63 10;g+cgg;17;;;17;10;;; 2;agg+cga;;;;;;;; 4;carre ccc;8;17;;25;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;25;17;;41;;;; </pre> ====bacteroide, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#bacteroide,_estimation_des_-rRNAs|bacteroide, estimation des -rRNAs]] <pre> bacteroide;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 29 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;29;210; ; ;;indices;;;;29;725;0;0;;bact2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;121 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2 atc;104;acc;;aac;1;agc;;;atc;359;acc;;aac;3.4;agc;;;atc;;acc;2;aac;3;agc;3 ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;3.4;;ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;3.4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;8;aaa;8;aga;4 cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;;cca;3.4;caa;;cga;;;cta;3;cca;6;caa;3;cga;2 gta;;gca;102;gaa;;gga;;;gta;;gca;352;gaa;;gga;;;gta;9;gca;;gaa;8;gga;7 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;207;;3;;0;210;;;;714;;10;;0;725;;;;39;;77;;5;121 27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;27.5.20 Tanger;;;;bact;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;100;7096;1.4;0.7;;;;;;146;7096;1.4;0.7;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;105;tct;0.2;tat;;atgf;129;;atgi;105;tct;0.7;tat;0.7;atgf;129;;atgi;150;tct;;tat;;atgf;250 att;;act;0.7;aat;;agt;0.2;;att;0.7;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.9;cct;0.5;cat;0.9;cgc;1.4;;ctt;0.7;cct;1.4;cat;;cgc;1.4;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;0.2;gct;0.2;gat;0.9;ggt;0.2;;gtt;0.7;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;129;tcc;98;tac;152;tgc;119;;ttc;200;tcc;50;tac;350;tgc;100 atc;-64;acc;102;aac;127;agc;110;;atc;295;acc;102;aac;130;agc;110;;atc;;acc;100;aac;150;agc;150 ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;131;;ctc;99;ccc;58;cac;114;cgt;134;;ctc;100;ccc;;cac;250;cgt;150 gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;35;gcc;83;gac;173;ggc;151;;gtc;;gcc;50;gac;200;ggc;100 tta;112;tca;122;taa;6.2;tga;2;;tta;112;tca;125;taa;6.2;tga;2.1;;tta;200;tca;200;taa;;tga; ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;0.7;aca;161;aaa;186;aga;108;;ata;;aca;400;aaa;400;aga;200 cta;109;cca;146;caa;113;cga;42;;cta;109;cca;149;caa;113;cga;42;;cta;150;cca;300;caa;150;cga;100 gta;184;gca;-66;gaa;181;gga;141;;gta;184;gca;286;gaa;181;gga;141;;gta;450;gca;;gaa;400;gga;350 ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;101;tcg;21;tag;0.7;tgg;117;;ttg;100;tcg;;tag;;tgg;150 atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;114;acg;32;aag;47;agg;68;;atgj;150;acg;;aag;;agg; ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;49;ccg;30;cag;29;cgg;55;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;3.4;gcg;4.1;gag;25;ggg;34;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1350;;2103;;670;4122;;;;2064;;2113;;669;4846;;;;1950;;3850;;250;6050 rapports;;65;;100;;100;85;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;bact2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100.0;;fiches;53.759;;;fréquences;;;;;atgi;30;tct;100;tat;;atgf;48 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;1559;;;0/0;;;;;att;;act;100;aat;;agt;100 ctt;129;cct;;cat;;cgc;;;avec;218;;;10;3;;;;ctt;100;cct;100;cat;100;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;29;;;20;4;;;;gtt;100;gct;100;gat;100;ggt;100 ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;6;;;;ttc;36;tcc;49;tac;57;tgc;16 atc;-22;acc;100;aac;97;agc;100;;bact2;60.5;;;40;4;;;;atc;100;acc;2;aac;16;agc;27 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;97;;sans;121;;;50;4;21;;;ctc;1;ccc;100;cac;54;cgt;13 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;29;;;60;9;;;;gtc;100;gcc;40;gac;14;ggc;34 tta;100;tca;97;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;0;;;;tta;44;tca;39;taa;;tga;100 ata;100;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;60;aaa;54;aga;46 cta;100;cca;98;caa;100;cga;100;;L’estimation par bact ;;;;90;0;;;;cta;27;cca;51;caa;25;cga;58 gta;100;gca;-23;gaa;100;gga;100;;est 12% au dessus;;;;100;18;;;;gta;59;gca;100;gaa;55;gga;60 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;1;tcg;100;tag;100;tgg;22 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;24;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;381;;579;;99;1059 </pre> ==tenericutes== ===abra=== ====abra opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_bras_O502/achoBras_O502-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022549.1;abra;;genome;;;;;;;; 35.8%GC;15.8.19 Paris;16s 4;45;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma brassicae;;;;;;;;;;; ;253257..253430;;CDS;;86;86;;;58;; ;253517..253601;;tac;;214;;;;;; ;253816..255351;;16s;;137;;;;1536;; ;255489..255565;;atc;;88;;;;;; ;255654..258507;;23s;;34;;;;2854;; ;258542..258652;;5s;;11;;;;111;; ;258664..258740;;aac;;149;;;;;; ;258890..259000;;5s;;11;;;;111;; ;259012..259088;;aac;;860;*860;;;;; ;259949..260053;;CDS;;432;;;;35;; ;260486..262021;;16s;;137;;;;1536;; ;262159..262235;;atc;;88;;;;;; ;262324..265177;;23s;;34;;;;2854;; ;265212..265322;;5s;@1;14;;;;111;; ;265337..265412;;gta;;44;;;44;;; ;265457..265532;;aca;;11;;;11;;; ;265544..265619;;aaa;;7;;;7;;; ;265627..265713;;tta;;8;;;8;;; ;265722..265797;;gca;;72;;;72;;; ;265870..265946;;atgj;;7;;;7;;; ;265954..266030;;atgi;;44;;;44;;; ;266075..266165;;tca;;8;;;8;;; ;266174..266250;;atgf;;4;;;4;;; ;266255..266330;;gac;;11;;;11;;; ;266342..266417;;ttc;;137;137;;;;; ;266555..267409;;CDS;;;;;;285;; ;;;;;;;;;;; ;582446..584125;;CDS;;49;49;;;*560;; ;584175..584260;;ctc;;170;170;;;;; ;584431..586110;;CDS;;;;;;*560;; ;;;;;;;;;;; ;625631..626317;;CDS;;84;84;;;229;; comp;626402..626476;;ggc;;66;;66;;;; comp;626543..626619;;cca;;17;;17;;;; comp;626637..626713;;cga;;13;;13;;;; comp;626727..626802;;gac;;149;149;;;;; ;626952..627599;;CDS;;;;;;216;; ;;;;;;;;;;; ;633526..634710;;CDS;;63;63;;;395;; comp;634774..634847;;acc;;76;76;;;;; ;634924..636651;;CDS;;;;;;*576;; ;;;;;;;;;;; ;755442..756548;;CDS;;64;64;;;369;; comp;756613..756688;;aag;;130;130;;;;; ;756819..757373;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;807788..808216;;CDS;;108;108;;;143;; ;808325..808401;;aga;;216;216;;;;; ;808618..808854;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;829563..829871;;CDS;;155;155;;;103;; ;830027..830102;;agg;;27;27;;;;; ;830130..831458;;CDS;;;;;;443;; ;;;;;;;;;;; comp;1176200..1176799;;CDS;;398;398;;;200;; comp;1177198..1177291;;tcg;;8;;8;;;; comp;1177300..1177375;;gcc;;569;*569;;;;; comp;1177945..1179252;;CDS;;;;;;436;; ;;;;;;;;;;; ;1187918..1188148;;CDS;;382;382;;;77;; ;1188531..1188621;;tcc;;66;66;;;;; ;1188688..1189761;;CDS;;;;;;358;; ;;;;;;;;;;; comp;1194077..1194568;;CDS;;206;206;;;164;; comp;1194775..1194859;;ttg;;10;10;;;;; comp;1194870..1196045;;CDS;;;;;;392;; ;;;;;;;;;;; comp;1251487..1252329;;CDS;;68;68;;;281;; ;1252398..1252472;;gtc;;44;44;;;;; comp;1252517..1252873;;CDS;;;;;;119;; ;;;;;;;;;;; comp;1416224..1416484;;CDS;;301;301;;;87;; comp;1416786..1416859;;tgc;;92;92;;;;; comp;1416952..1418427;;CDS;;;;;;492;; ;;;;;;;;;;; comp;1427372..1427890;;CDS;@2;379;379;;;173;; comp;1428270..1428343;;gga;;9;;9;;;; comp;1428353..1428429;;cca;;1;;1;;;; comp;1428431..1428507;;cgt;;8;;8;;;; comp;1428516..1428591;;gaa;;73;73;;;;; comp;1428665..1429210;;CDS;;;;;;182;; ;;;;;;;;;;; comp;1431948..1432259;;CDS;;96;96;;;104;; comp;1432356..1432432;;aac;;11;;;;;; comp;1432444..1432554;;5s;;34;;;;111;; comp;1432589..1435442;;23s;;158;;;;2854;; comp;1435601..1437135;;16s;;432;;;;1535;; comp;1437568..1437672;;CDS;;860;*860;;;35;; comp;1438533..1438609;;aac;;11;;;;;; comp;1438621..1438731;;5s;@3;149;;;;111;; comp;1438881..1438957;;aac;;11;;;;;; comp;1438969..1439079;;5s;;34;;;;111;; comp;1439114..1441967;;23s;;159;;;;2854;; comp;1442127..1443662;;16s;;431;*431;;;1536;; comp;1444094..1444624;;CDS;;;;;;177;; ;;;;;;;;;;; comp;1532381..1533052;;CDS;;262;262;;;224;; comp;1533315..1533399;;cta;;46;46;;;;; comp;1533446..1535560;;CDS;;;;;;*705;; ;;;;;;;;;;; comp;1540295..1540534;;CDS;;171;171;;;80;; comp;1540706..1540780;;tgg;;47;47;;;;; comp;1540828..1541754;;CDS;;137;137;;;;; ;1541892..1541967;;cac;;63;;63;;;; ;1542031..1542104;;caa;;37;37;;;;; comp;1542142..1542357;;CDS;;;;;;72;; ;;;;;;;;;;; comp;1716869..1717186;;CDS;;854;*854;;;106;; comp;1718041..1718116;;acg;;87;87;;;;; comp;1718204..1718947;;CDS;;;;;;248;; ;;;;;;;;;;; comp;1742909..1743664;;CDS;;487;*487;;;252;; comp;1744152..1744227;;gaa;;109;109;;;;; comp;1744337..1744720;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; comp;1747424..1747726;;CDS;;100;100;;;101;; comp;1747827..1747919;;agc;;102;102;;;;; comp;1748022..1750199;;CDS;;;;;;*726;; </pre> ====abra cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_cumuls|abra cumuls]] <pre> abra cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;4;1;1;0;1;0;1;;100;8;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;5;7;50;7;20;;200;13;60;3 ;16 atc 235 a;2;40;0;0;100;12;40;;300;7;90;5 ;16 23 5s a;2;60;0;2;150;7;60;;400;4;120;5 ;max a;12;80;2;1;200;3;80;;500;3;150;2 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;3;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;0;210;3 ;total aas;19;140;0;0;350;1;140;;800;2;240;3 sans ;opérons;18;160;0;0;400;3;160;;900;0;270;2 ;1 aa;14;180;0;0;450;1;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;1;200;;1100;0;330;0 ;a doubles;0;;0;0;;4;;;;0;;12 ;total aas;26;;8;10;;42;;0;;40;;40 total aas;;45;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;209;;;;254;; ;;;variance;;;;226;;;;187;; sans jaune;;;moyenne;23;22;;131;;;;201;;148 ;;;variance;26;23;;101;;;;127;;74 </pre> ====abra blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_blocs|abra blocs]] <pre> abra blocs;; CDS;86;58 tac;214; 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;11;111 aac;149; 5s;11;111 aac;860; CDS;432;35 16s;137;1536 atc;88; 23s;34;2854 5s;14;111 gta;44; ;; CDS;96;104 aac;11; 5s;34;111 23s;158;2854 16s;432;1535 CDS;860;35 aac;11; 5s;149;111 aac;11; 5s;34;111 23s;159;2854 16s;431;1536 CDS;;177 </pre> ====abra remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_remarques|abra remarques]] *code génétique abra <pre> abra;;;;;;;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_distribution|abra distribution]] *code génétique abra <pre> tenericutes;sans rRNA;>1 aas 12;1aas ;avant 16s;après 5s;après 16s; abra;;gac gaa;14;1;16;2;45 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;2;acc;1;aac;5;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;2;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====abra données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_données_intercalaires|abra données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;abra;fx;fc;abra;fx40;fc40;abra;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;1;12;0;1;12;-1;0;68;86;84;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;5;208;1;0;58;-2;0;0;860;149;433;;167;;;44;;gta;66;;ggc ;0;20;9;127;2;1;40;-3;0;0;140;63;433;;168;;;11;;aca;17;;cca ;1;30;10;51;3;1;21;-4;2;141;49;76;432;;23s 5s;;;7;;aaa;13;;cga ;0;40;17;34;4;0;29;-5;0;2;170;64;;;4* 35;;;8;;tta;**;;gac 1;3;50;19;35;5;0;7;-6;0;0;108;130;;;16s tRNA;;;72;;gca;8;;tcg ;0;60;18;31;6;0;6;-7;0;1;216;68;;;2* 145;;atc;7;;atgj;**;;gcc 3;1;70;15;42;7;0;4;-8;0;70;155;44;;;tRNA 23s;;;44;;atgi;9;;gga 1;1;80;14;35;8;0;15;-9;1;0;27;137;;;2* 89;;atc;8;;tca;1;;cca 1;2;90;9;32;9;2;16;-10;0;3;434;714;;;5s tRNA;;;4;;atgf;8;;cgt ;3;100;10;23;10;1;12;-11;0;34;569;;;;5* 11;;aac;11;;gac;**;;gaa ;3;110;8;35;11;0;19;-12;1;0;382;;;;14;;gta;**;;ttc;63;;cac ;0;120;16;29;12;1;33;-13;0;1;66;;;;tRNA 16s;;;;;;**;;caa 1;0;130;12;31;13;0;13;-14;1;24;206;;;;215;;tac;;;;;; 1;1;140;7;24;14;3;11;-15;0;0;10;;;;tRNA 5s;;;;;;;; 1;0;150;10;30;15;1;13;-16;0;1;301;;;;2* 149;;aac;;;;;; ;1;160;10;26;16;0;7;-17;1;16;92;;;;;;;;;;;; ;1;170;2;13;17;1;6;-18;0;0;415;;;;;;;;;;;; ;1;180;8;14;18;0;11;-19;0;1;73;;;;;;;;;;;; ;0;190;9;14;19;1;7;-20;0;12;96;;;;;;;;;;;; ;0;200;4;9;20;2;7;-21;0;0;860;;;;;;;;;;;; ;1;210;4;7;21;2;5;-22;0;1;262;;;;;;;;;;;; ;1;220;3;13;22;0;7;-23;0;6;46;;;;;;;;;;;; ;0;230;2;8;23;1;14;-24;1;0;171;;;;;;;;;;;; ;0;240;7;3;24;2;4;-25;0;1;47;;;;;;;;;;;; ;0;250;1;6;25;0;5;-26;1;4;854;;;;;;;;;;;; ;0;260;3;8;26;2;5;-27;0;0;87;;;;;;;;;;;; ;1;270;3;7;27;2;3;-28;0;0;493;;;;;;;;;;;; ;0;280;2;6;28;1;1;-29;0;1;109;;;;;;;;;;;; ;0;290;1;3;29;0;3;-30;0;0;100;;;;;;;;;;;; ;0;300;4;1;30;0;4;-31;0;1;;;;;;;;;;;;; ;1;310;0;1;31;0;4;-32;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;320;2;8;32;2;6;-33;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;2;2;33;1;3;-34;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;340;0;1;34;3;1;-35;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;350;2;1;35;1;3;-36;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;2;2;36;3;6;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;0;6;37;2;4;-38;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;380;1;4;38;3;3;-39;0;0;;;;;;;;;;;;; ;1;390;0;4;39;1;2;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;4;1;40;1;2;-41;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;7;reste;14;33;reste;229;547;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 10;31;total;270;980;total;271;979;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 9;24;diagr;255;935;diagr;41;420;-44;0;0;;;;;;;;;;;;; 0;2; t30;24;386;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;;;;; ;x;269;8;1;278;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;; ;c;968;409;12;1389;;;-50;0;1;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1667;128;;reste;0;13;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1795;;total;8;409;;;;;;;;;;;;; </pre> =====abra autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires_aas|abra autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;abra;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;6032;8602;39;*; ;;misc_binding;8642;8842;66;*; fin;;CDS;8909;10186;;; deb;;CDS;58474;59019;199;*; ;;misc_binding;59219;59468;96;*; fin;;CDS;59565;60740;;; deb;;CDS;175843;176448;64;*; ;;regulatory;176513;176610;67;*; fin;;CDS;176678;178138;;; deb;;CDS;226433;226846;115;*; ;;regulatory;226962;227062;128;*; fin;;CDS;227191;228555;;; deb;;CDS;241700;242158;14;*; ;;ncRNA;242173;242267;222;*; fin;;CDS;242490;243404;;; deb;;CDS;253260;253430;86;*; ;;tRNA;253517;253601;215;*;tac ;;rRNA;253817;255343;145;*;16s ;;tRNA;255489;255565;89;*;atc ;;rRNA;255655;258506;35;*;23s ;;rRNA;258542;258652;11;*;5s ;;tRNA;258664;258740;149;*;aac ;;rRNA;258890;259000;11;*;5s ;;tRNA;259012;259088;860;*;aac deb;;CDS;259949;260053;433;*; ;;rRNA;260487;262013;145;*;16s ;;tRNA;262159;262235;89;*;atc ;;rRNA;262325;265176;35;*;23s ;;rRNA;265212;265322;14;*;5s ;;tRNA;265337;265412;44;*;gta ;;tRNA;265457;265532;11;*;aca ;;tRNA;265544;265619;7;*;aaa ;;tRNA;265627;265713;8;*;tta ;;tRNA;265722;265797;72;*;gca ;;tRNA;265870;265946;7;*;atgj ;;tRNA;265954;266030;44;*;atgi ;;tRNA;266075;266165;8;*;tca ;;tRNA;266174;266250;4;*;atgf ;;tRNA;266255;266330;11;*;gac ;;tRNA;266342;266417;140;*;ttc fin;;CDS;266558;267409;;; deb;;CDS;296513;297367;98;*; ;;misc_binding;297466;297674;30;*; fin;;CDS;297705;299270;;; deb;;CDS;326721;327413;0;*; ;;misc_feature;327414;327533;18;*; fin;;CDS;327552;328049;;; deb;;CDS;574175;574945;-5;*; ;;misc_binding;574941;575144;43;*; fin;;CDS;575188;576195;;; deb;;CDS;582446;584125;49;*; ;;tRNA;584175;584260;170;*;ctc fin;;CDS;584431;586110;;; deb;;CDS;625631;626317;84;*; ;comp;tRNA;626402;626476;66;*;ggc ;comp;tRNA;626543;626619;17;*;cca ;comp;tRNA;626637;626713;13;*;cga ;comp;tRNA;626727;626802;149;*;gac fin;;CDS;626952;627599;;; deb;;CDS;633550;634710;63;*; ;comp;tRNA;634774;634847;76;*;acc fin;;CDS;634924;636651;;; deb;;CDS;690994;692286;64;*; ;;regulatory;692351;692446;55;*; fin;;CDS;692502;693653;;; deb;;CDS;755442;756548;64;*; ;comp;tRNA;756613;756688;130;*;aag fin;;CDS;756819;757373;;; deb;;CDS;807788;808216;108;*; ;;tRNA;808325;808401;216;*;aga fin;;CDS;808618;808854;;0; deb;comp;CDS;818257;818448;29;*; ;comp;ncRNA;818478;818549;-2;*; fin;comp;CDS;818548;818796;;; deb;;CDS;829563;829871;155;*; ;;tRNA;830027;830102;27;*;agg fin;;CDS;830130;831458;;; deb;;CDS;862237;863004;104;*; ;;regulatory;863109;863206;46;*; fin;;CDS;863253;863771;;1; deb;;CDS;951162;951842;56;*; ;;misc_feature;951899;952022;10;*; fin;;CDS;952033;952593;;; deb;;CDS;979156;980118;92;*; ;comp;ncRNA;980211;980543;41;*; fin;comp;CDS;980585;980917;;; deb;comp;CDS;1000286;1000837;45;*; ;comp;misc_binding;1000883;1001091;36;*; fin;comp;CDS;1001128;1001976;;; deb;comp;CDS;1033802;1034467;48;*; ;comp;regulatory;1034516;1034590;41;*; ;comp;regulatory;1034632;1034706;43;*; fin;comp;CDS;1034750;1035400;;; deb;comp;CDS;1043459;1044169;55;*; ;comp;regulatory;1044225;1044298;61;*; fin;comp;CDS;1044360;1045796;;; deb;comp;CDS;1055719;1056522;197;*; ;comp;misc_binding;1056720;1056926;146;*; fin;;CDS;1057073;1058293;;; deb;comp;CDS;1125033;1127627;53;*; ;comp;misc_binding;1127681;1127864;34;*; fin;comp;CDS;1127899;1128741;;; deb;comp;CDS;1135303;1135953;71;*; ;comp;regulatory;1136025;1136141;48;*; fin;comp;CDS;1136190;1137014;;0; deb;comp;CDS;1176200;1176763;434;*; ;comp;tRNA;1177198;1177291;8;*;tcg ;comp;tRNA;1177300;1177375;569;*;gcc fin;comp;CDS;1177945;1179252;;; deb;comp;CDS;1187918;1188148;382;*; ;comp;tRNA;1188531;1188621;66;*;tcc fin;comp;CDS;1188688;1189704;;; deb;comp;CDS;1194077;1194568;206;*; ;comp;tRNA;1194775;1194859;10;*;ttg fin;comp;CDS;1194870;1196045;;; deb;comp;CDS;1221355;1222416;217;*; ;;tmRNA;1222634;1222981;262;*; fin;;CDS;1223244;1223657;;; deb;comp;CDS;1251487;1252329;68;*; ;;tRNA;1252398;1252472;44;*;gtc fin;comp;CDS;1252517;1252873;;0; deb;comp;CDS;1416224;1416484;301;*; ;comp;tRNA;1416786;1416859;92;*;tgc fin;comp;CDS;1416952;1418427;;0; deb;comp;CDS;1427372;1427854;415;*; ;comp;tRNA;1428270;1428343;9;*;gga ;comp;tRNA;1428353;1428429;1;*;cca ;comp;tRNA;1428431;1428507;8;*;cgt ;comp;tRNA;1428516;1428591;73;*;gaa fin;comp;CDS;1428665;1429210;;; deb;comp;CDS;1431948;1432259;96;*; ;comp;tRNA;1432356;1432432;11;*;aac ;comp;rRNA;1432444;1432554;35;*;5s ;comp;rRNA;1432590;1435441;167;*;23s ;comp;rRNA;1435609;1437134;433;*;16s deb;comp;CDS;1437568;1437672;860;*; ;comp;tRNA;1438533;1438609;11;*;aac ;comp;rRNA;1438621;1438731;149;*;5s ;comp;tRNA;1438881;1438957;11;*;aac ;comp;rRNA;1438969;1439079;35;*;5s ;comp;rRNA;1439115;1441966;168;*;23s ;comp;rRNA;1442135;1443661;432;*;16s fin;comp;CDS;1444094;1444618;;; deb;comp;CDS;1453717;1454874;96;*; ;comp;regulatory;1454971;1455142;38;*; fin;comp;CDS;1455181;1455630;;; deb;comp;CDS;1532381;1533052;262;*; ;comp;tRNA;1533315;1533399;46;*;cta fin;comp;CDS;1533446;1535560;;; deb;comp;CDS;1540295;1540534;171;*; ;comp;tRNA;1540706;1540780;47;*;tgg deb;comp;CDS;1540828;1541754;137;*; ;;tRNA;1541892;1541967;63;*;cac ;;tRNA;1542031;1542104;714;*;caa fin;comp;CDS;1542819;1544120;;0; deb;comp;CDS;1716869;1717186;854;*; ;comp;tRNA;1718041;1718116;87;*;acg fin;comp;CDS;1718204;1718947;;; deb;comp;CDS;1729328;1729618;30;*; ;comp;regulatory;1729649;1729758;73;*; fin;comp;CDS;1729832;1730329;;; deb;comp;CDS;1742909;1743658;493;*; ;comp;tRNA;1744152;1744227;109;*;gaa fin;comp;CDS;1744337;1744720;;; deb;comp;CDS;1747424;1747726;100;*; ;comp;tRNA;1747827;1747919;102;*;agc fin;comp;CDS;1748022;1750199;;; deb;comp;CDS;1796937;1799234;102;*; ;comp;regulatory;1799337;1799515;112;*; fin;comp;CDS;1799628;1800182;;0; </pre> ====abra intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_entre_cds|abra intercalaires entre cds]] *'''intercalaires entre cds''', tableau. <pre> abra;3.2.21 Paris;;abra 13.12.20;;;;;;; abra;intercalaires;total;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;frequence5 ;négatif;417;25.0;négatif ;-10;12;-1 à -73;1,877,792;-1;417 ;zéro;13;0.8;;;;;intercals;0;13 ;1 à 200;1055;63.3;0 à 200;65;57;;135,857;5;157 ;201 à 370;121;7.3;201 à 370;265;48;;7%;10;56 ;371 à 600;42;2.5;371 à 600;442;62;;;15;94 ;601 à max;19;1.1;601 à 1230;852;195;;;20;42 ;Total 1667;<201;89.1;Total 1665;79;132;-73 à 1230;;25;40 adresse;intercalx;intercal;fréquence1;intercal;fréquence6;cumul et %;intercal;fréquence-1;30;21 1537782;1230;-1;417;-70;3;;0;13;35;24 1707618;1229;0;13;-60;9;;-1;°68;40;27 1578501;1176;1;°58;-50;2;;-2;0;45;26 1526950;1027;2;41;-40;2;;-3;0;50;28 87364;968;3;22;-30;6;min à -1;-4;°143;55;29 826414;926;4;°29;-20;27;417;-5;2;60;20 171283;878;5;7;-10;83;25.0%;-6;0;65;30 1768322;822;6;6;0;298;;-7;1;70;27 819242;821;7;4;10;213;;-8;°70;75;22 1769594;816;8;15;20;136;;-9;1;80;27 158518;793;9;°18;30;61;;-10;3;85;22 1412625;756;10;13;40;51;1 à 100;-11;°34;90;19 968622;741;11;19;50;54;744;-12;1;95;16 1738100;729;12;°34;60;49;44.6%;-13;1;100;17 816181;706;13;13;70;57;;-14;°25;105;17 1683910;675;14;14;80;49;;-15;0;110;26 1186776;646;15;°14;90;41;;-16;1;115;25 1529536;628;16;7;100;33;;-17;°17;120;20 133841;619;17;7;110;43;;-18;0;125;26 1183129;595;18;°11;120;45;;-19;1;130;17 1861159;579;19;8;130;43;;-20;°12;135;18 615740;575;20;9;140;31;;-21;0;140;13 1171702;555;21;7;150;40;;-22;1;145;21 1525837;555;22;7;160;36;;-23;°6;150;19 153593;526;23;°15;170;15;1 à 200;-24;1;155;20 1714960;500;24;6;180;22;1055;-25;1;160;16 1842150;494;25;5;190;23;63.3%;-26;°5;165;7 1168850;483;26;7;200;13;;-27;0;170;8 1834829;483;27;5;210;11;;-28;0;175;10 556334;476;28;2;220;16;;-29;1;180;12 151602;474;29;3;230;10;;-30;0;185;13 493661;465;30;4;240;10;0 à 200;-31;1;190;10 1274718;449;31;4;250;7;1068;-32;1;195;10 1681282;446;32;°8;260;11;;total;410;200;3 1503782;443;33;4;270;10;;reste;20;205;5 178131;441;34;4;280;8;;;430;210;6 1728410;438;35;4;290;4;;;;215;12 1022865;434;36;°9;300;5;;intercal;fréquencef;220;4 36959;428;37;6;310;1;;600;1648;225;1 ;;38;6;320;10;;620;1;230;9 ;;39;3;330;4;;640;1;235;7 ;;40;3;340;1;201 à 370;660;1;240;3 ;;reste;776;350;3;121;680;1;245;2 ;;total;1471;360;4;7.3%;700;;250;5 ;;;;370;6;;720;1;255;8 adresse;intercaln;décalage;long;380;5;;740;1;260;3 1040608;-92;shift2;815;390;4;;760;2;265;7 1766313;-86;shift2;1001;400;5;;780;;270;3 1083669;-73;shift2;816;410;4;;800;1;275;7 169623;-67;shift2;654;420;2;;820;1;280;1 353304;-67;shift2;864;430;3;;840;2;285;1 758070;-67;shift2;864;440;2;;860;;290;3 891412;-67;shift2;864;450;4;;880;1;295;3 1155286;-67;shift2;654;460;0;;900;;300;2 1646854;-67;shift2;864;470;1;;920;;305;0 1690631;-67;shift2;654;480;2;;940;1;310;1 1714097;-67;shift2;864;490;2;;960;;315;7 1793555;-67;shift2;654;500;2;;980;1;320;3 1485635;-59;shift2;629;510;0;;1000;;325;1 738923;-50;shift2;293;520;0;;1020;;330;3 1668172;-49;shift2;315;530;1;;1040;1;335;0 1847532;-47;shift2;227;540;0;371 à 600;;16;340;1 904492;-38;shift2;962;550;0;42;;;345;1 1129734;-38;shift2;413;560;2;2.5%;;;350;2 844539;-35;shift2;;570;0;;;;355;4 986747;-35;shift2;;580;2;601 à max;;;360;0 1114675;-32;shift2;;590;0;19;;;365;3 526681;-31;shift2;;600;1;1.1%;;;370;3 1072749;-29;shift2;;reste;19;;reste;3;reste;61 251649;-26;shift2;;total;1667;;total;1667;total;1667 </pre> ====abra intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> corrélations et fréquences faibles;;;;;;;;;;;;;; abra. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; cvi;min30;1008;2320;3328;931;858;891;33;434;549;696;;; abra;min10;256;934;1190;874;716;797;81;-163;59;312;;; myr;min20;828;2081;2909;872;649;764;115;-143;41;323;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;;; 94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;;; 71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;;; ;;;;;;;;;;;;;; diagrammes;;;;;;;;;;;;;; abra;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;53;-314;342;39;734;197;max50;&-99;750;-1818;148;702;253;min60 31 à 400;;;;;;;;&21;-104;-7.3;42;912;165;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;148;55;-;638;poly;96;tF;&223;71;;425;poly;277;SF 31 à 400;;;;;;;;&118;42;-;827;poly;85;tF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et faibles fréquences <pre> ;400;200;250;;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;-0.243;;;;; 41-n;0.874;0.716;0.797;;;;;;;;;;;; 1-n;0.312;-0.163;0.059;;;;;;;;;;14.8.21 Paris;; abra;fx;fc;;abra;fx%;fc%;;;fx40;fc40;;x;abra;Sx-;Sc- 0;1;12;;0;4;13;;0;1;12;>0;270;-1;0;68 10;5;208;;10;20;223;;1;0;58;<0;8;-2;0;0 20;9;127;;20;35;136;;2;1;40;zéro;1;-3;0;0 30;10;51;;30;39;55;;3;1;21;total;279;-4;2;141 40;17;34;;40;66;36;;4;0;29;;c;-5;0;2 50;19;35;;50;74;37;;5;0;7;>0;967;-6;0;0 60;18;31;;60;70;33;;6;0;6;<0;409;-7;0;1 70;15;42;;70;59;45;;7;0;4;zéro;12;-8;0;70 80;15;34;;80;59;36;;8;0;15;total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reste;14;33;;;;;;reste;229;547;;;-42;0;0 total;271;979;;t30;94;413;;total;271;979;;;-43;0;0 diagr;256;934;;;;;;diagr;41;420;;;-44;0;0 - t30;232;548;;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-47;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;;-50;0;1 ;;;;;;;;;;;;;reste;0;13 ;;;;;;;;;;;;;total;8;409 </pre> ====abra intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_négatifs_S-|abra intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> ;;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; abra;comp’;;;;1;;;;;1;;;1;;1;;;1;;;;;;;1;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;0;6 ;continu;68;0;0;142;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;5;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;411 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 Paris;abra;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;8 ;Sc-;68;0;0;141;2;0;1;70;0;3;34;0;1;24;0;1;16;0;1;12;0;1;6;0;1;4;0;0;1;0;1;1;0;0;2;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;13;409 </pre> ====abra autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra autres intercalaires]] *Légende: ° pour cyan, & pour jaune, $ pour rouge. <pre> deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens;;deb-fin;gènes;adresses;intercal;sens deb;°CDS;6032;39;;;deb;°CDS;633550;63;;;deb;°CDS;1221355;217;comp ;misc_binding;8642;66;;;;&tRNA;634774;76;comp;;;tmRNA;1222634;262; fin;°CDS;8909;;;;fin;°CDS;634924;;;;fin;°CDS;1223244;; deb;°CDS;58474;199;;;deb;°CDS;690994;64;;;deb;°CDS;1251487;68;comp ;misc_binding;59219;96;;;;regulatory;692351;55;;;;&tRNA;1252398;44; fin;°CDS;59565;;;;fin;°CDS;692502;;;;fin;°CDS;1252517;;comp deb;°CDS;175843;64;;;deb;°CDS;755442;64;;;deb;°CDS;1416224;301;comp ;regulatory;176513;67;;;;&tRNA;756613;130;comp;;;&tRNA;1416786;92;comp fin;°CDS;176678;;;;fin;°CDS;756819;;;;fin;°CDS;1416952;;comp deb;°CDS;226433;115;;;deb;°CDS;807788;108;;;deb;°CDS;1427372;415;comp ;regulatory;226962;128;;;;&tRNA;808325;216;;;;&tRNA;1428270;9;comp fin;°CDS;227191;;;;fin;°CDS;808618;;;;;&tRNA;1428353;1;comp deb;°CDS;241700;14;;;deb;°CDS;818257;29;comp;;;&tRNA;1428431;8;comp ;ncRNA;242173;222;;;;ncRNA;818478;-2;comp;;;&tRNA;1428516;73;comp fin;°CDS;242490;;;;fin;°CDS;818548;;comp;;fin;°CDS;1428665;;comp deb;°CDS;253260;86;;;deb;°CDS;829563;155;;;deb;°CDS;1431948;96;comp ;&tRNA;253517;215;;;;&tRNA;830027;27;;;;&tRNA;1432356;11;comp ;$rRNA;253817;145;;;fin;°CDS;830130;;;;;$rRNA;1432444;35;comp ;&tRNA;255489;89;;;deb;°CDS;862237;104;;;;$rRNA;1432590;167;comp ;$rRNA;255655;35;;;;regulatory;863109;46;;;;$rRNA;1435609;433;comp ;$rRNA;258542;11;;;fin;°CDS;863253;;;;deb;°CDS;1437568;860;comp ;&tRNA;258664;149;;;deb;°CDS;951162;56;;;;&tRNA;1438533;11;comp ;$rRNA;258890;11;;;;misc_feature;951899;10;;;;$rRNA;1438621;149;comp ;&tRNA;259012;860;;;fin;°CDS;952033;;;;;&tRNA;1438881;11;comp deb;°CDS;259949;433;;;deb;°CDS;979156;92;;;;$rRNA;1438969;35;comp ;$rRNA;260487;145;;;;ncRNA;980211;41;comp;;;$rRNA;1439115;168;comp ;&tRNA;262159;89;;;fin;°CDS;980585;;comp;;;$rRNA;1442135;432;comp ;$rRNA;262325;35;;;deb;°CDS;1000286;45;comp;;fin;°CDS;1444094;;comp ;$rRNA;265212;14;;;;misc_binding;1000883;36;comp;;deb;°CDS;1453717;96;comp ;&tRNA;265337;44;;;fin;°CDS;1001128;;comp;;;regulatory;1454971;38;comp ;&tRNA;265457;11;;;deb;°CDS;1033802;48;comp;;fin;°CDS;1455181;;comp ;&tRNA;265544;7;;;;regulatory;1034516;41;comp;;deb;°CDS;1532381;262;comp ;&tRNA;265627;8;;;;regulatory;1034632;43;comp;;;&tRNA;1533315;46;comp ;&tRNA;265722;72;;;fin;°CDS;1034750;;comp;;fin;°CDS;1533446;;comp ;&tRNA;265870;7;;;deb;°CDS;1043459;55;comp;;deb;°CDS;1540295;171;comp ;&tRNA;265954;44;;;;regulatory;1044225;61;comp;;;&tRNA;1540706;47;comp ;&tRNA;266075;8;;;fin;°CDS;1044360;;comp;;deb;°CDS;1540828;137;comp ;&tRNA;266174;4;;;deb;°CDS;1055719;197;comp;;;&tRNA;1541892;63; ;&tRNA;266255;11;;;;misc_binding;1056720;146;comp;;;&tRNA;1542031;714; ;&tRNA;266342;140;;;fin;°CDS;1057073;;;;fin;°CDS;1542819;;comp fin;°CDS;266558;;;;deb;°CDS;1125033;53;comp;;deb;°CDS;1716869;854;comp deb;°CDS;296513;98;;;;misc_binding;1127681;34;comp;;;&tRNA;1718041;87;comp ;misc_binding;297466;30;;;fin;°CDS;1127899;;comp;;fin;°CDS;1718204;;comp fin;°CDS;297705;;;;deb;°CDS;1135303;71;comp;;deb;°CDS;1729328;30;comp deb;°CDS;326721;0;;;;regulatory;1136025;48;comp;;;regulatory;1729649;73;comp ;misc_feature;327414;18;;;fin;°CDS;1136190;;comp;;fin;°CDS;1729832;;comp fin;°CDS;327552;;;;deb;°CDS;1176200;434;comp;;deb;°CDS;1742909;493;comp deb;°CDS;574175;-5;;;;&tRNA;1177198;8;comp;;;&tRNA;1744152;109;comp ;misc_binding;574941;43;;;;&tRNA;1177300;569;comp;;fin;°CDS;1744337;;comp fin;°CDS;575188;;;;fin;°CDS;1177945;;comp;;deb;°CDS;1747424;100;comp deb;°CDS;582446;49;;;deb;°CDS;1187918;382;;;;&tRNA;1747827;102;comp ;&tRNA;584175;170;;;;&tRNA;1188531;66;;;fin;°CDS;1748022;;comp fin;°CDS;584431;;;;fin;°CDS;1188688;;;;deb;°CDS;1796937;102;comp deb;°CDS;625631;84;;;deb;°CDS;1194077;206;comp;;;regulatory;1799337;112;comp ;&tRNA;626402;66;comp;;;&tRNA;1194775;10;comp;;fin;°CDS;1799628;;comp ;&tRNA;626543;17;comp;;fin;°CDS;1194870;;comp;;;;;; ;&tRNA;626637;13;comp;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;626727;149;comp;;;;;;;;;;;; fin;CDS;626952;;;;;;;;;;;;;; </pre> ====abra intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_tRNA|abra intercalaires tRNA]] <pre> abra;intercalaires tRNA;;;;;;proportion des intercalaires <201;;; comp’;entre tRNAs;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;44 11 7 8 72 ;;86;;860;;49;10;deb; ;7 44 8 4 11;;;;140;;86;27;<201;7 ;;;49;;170;;96;46;total;15 ;66 17 13;comp’;84;comp’;149;;100;47;%;47% ;;comp’;63;comp’;76;;108;66;; ;;comp’;64;comp’;130;;155;73;fin; ;;;108;;216;;171;87;<201;12 ;;;155;;27;;206;92;total;16 ;8;;424;;569;;262;102;%;75% ;;;382;;66;;301;109;; ;;;206;;10;;382;140;total; ;;comp’;68;comp’;44;;415;170;<201;19 ;;;301;;92;;424;216;total;31 ;9 1 8;;415;;73;;493;569;%;61% ;;;96;;860;;854;860;; ;;;262;;46;;-;860;comp’;cumuls ;;;171;;47;;63;44;deb;100% ;63;comp’;137;comp’;714;;64;76;; ;;;854;;87;;68;130;fin;80% ;;;493;;109;;84;149;; ;;;100;;102;;137;714;total;90% </pre> ===apal=== ====apal opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/GtRNAdb2/genomes/bacteria/Acho_palm_J233/achoPalm_J233-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_022538.1;apal;;genome;;;;;;;; 29%GC;16.8.19 Paris;16s 2 ;35;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Acholeplasma palmae J233;;;;;;;;;;; ;161706..162593;;CDS;;132;132;;;296;; ;162726..162816;;agc;;9;;9;;;; ;162826..162901;;gaa;;126;126;;;;; ;163028..163522;;CDS;;;;;;165;; ;;;;;;;;;;; comp;205002..205226;;CDS;;72;72;;;75;; comp;205299..205373;;tgg;;73;73;;;;; comp;205447..206382;;CDS;;133;133;;;;; ;206516..206591;;cac;;14;;14;;;; ;206606..206680;;caa;;34;;34;;;; ;206715..206797;;cta;;168;168;;;;; ;206966..207208;;CDS;;;;;;81;; ;;;;;;;;;;; ;294770..296290;;CDS;;347;347;;;*507;; ;296638..298160;;16s;;128;;;;1523;; ;298289..301126;;23s;;34;;;;2838;; ;301161..301268;;5s;;51;;;;108;; ;301320..301396;;aac;;118;118;;;;; ;301515..301835;;CDS;;;;;;107;; ;;;;;;;;;;; ;303638..304993;;CDS;;70;70;;;452;; ;305064..305139;;gaa;@1;9;;9;;;; ;305149..305225;;cgt;;71;;71;;;; ;305297..305373;;cca;;13;;13;;;; ;305387..305461;;gga;;86;86;;;;; ;305548..308184;;CDS;;;;;;*879;; ;;;;;;;;;;; ;326174..327313;;CDS;;91;91;;;380;; ;327405..327478;;tgc;;527;*527;;;;; comp;328006..328539;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; ;435096..436751;;CDS;;48;48;;;*552;; ;436800..436885;;ctc;;214;214;;;;; ;437100..438890;;CDS;;;;;;*597;; ;;;;;;;;;;; ;441323..442294;;CDS;;38;38;;;324;; comp;442333..442407;;ggc;;100;100;;;;; ;442508..443650;;CDS;;;;;;381;; ;;;;;;;;;;; ;443640..444197;;CDS;;93;93;;;186;; comp;444291..444364;;acc;;133;133;;;;; ;444498..444695;;CDS;;;;;;66;; ;;;;;;;;;;; ;644468..646315;;CDS;;124;124;;;*616;; ;646440..646516;;aga;;251;251;;;;; ;646768..647322;;CDS;;;;;;185;; ;;;;;;;;;;; ;669786..670511;;CDS;;45;45;;;242;; ;670557..670632;;cgg;;1;;;;;; ;670634..670722;;tcc;;133;133;;;;; ;670856..671359;;CDS;;;;;;168;; ;;;;;;;;;;; comp;837575..837796;;CDS;;157;157;;;74;; comp;837954..838029;;aag;;214;214;;;;; ;838244..838888;;CDS;;;;;;215;; ;;;;;;;;;;; comp;1172026..1173090;;CDS;;112;112;;;355;; comp;1173203..1173285;;ttg;;82;82;;;;; comp;1173368..1175038;;CDS;;;;;;*557;; ;;;;;;;;;;; comp;1456398..1457315;;CDS;;72;72;;;306;; comp;1457388..1457463;;gac;;40;40;;;;; comp;1457504..1458355;;CDS;;154;154;;;284;; comp;1458510..1458585;;ttc;;7;;;7;;; comp;1458593..1458668;;gac;;4;;;4;;; comp;1458673..1458749;;atgf;;55;;;55;;; comp;1458805..1458895;;tca;;22;;;22;;; comp;1458918..1458994;;atgi;;4;;;4;;; comp;1458999..1459075;;atgj;;45;;;45;;; comp;1459121..1459196;;gca;;5;;;5;;; comp;1459202..1459286;;tta;;20;;;20;;; comp;1459307..1459382;;aaa;;6;;;6;;; comp;1459389..1459464;;aca;;15;;;15;;; comp;1459480..1459555;;gta;;21;;;;;; comp;1459577..1459684;;5s;@2;34;;;;108;; comp;1459719..1462556;;23s;;50;;;;2838;; comp;1462607..1462682;;gca;;6;;;6;;; comp;1462689..1462765;;atc;;110;;;;;; comp;1462876..1464398;;16s;;206;;;;1523;; comp;1464605..1464688;;tac;;114;114;;;;; comp;1464803..1464973;;cds;;;;;;;; </pre> ====apal cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_cumuls|apal cumuls]] <pre> apal cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;0;1;;100;5;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;8;50;4;20;;200;6;60;1 ;16 atc gca;1;40;1;1;100;9;40;;300;4;90;4 ;16 23 5s a;1;60;0;2;150;9;60;;400;5;120;1 ;max a;14;80;1;0;200;3;80;;500;1;150;0 ;a doubles;0;100;0;0;250;2;100;;600;4;180;3 ;autres;0;120;0;0;300;1;120;;700;1;210;2 ;total aas;15;140;0;0;350;1;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;14;160;0;0;400;0;160;;900;1;270;1 ;1 aa;9;180;0;0;450;0;180;;1000;0;300;2 ;max a;4;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;1;;;;0;;10 ;total aas;20;;6;11;;30;;0;;27;;27 total aas;;35;;;;;;;;;;; remarques;;2;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;;;;136;;;;307;; ;;;variance;;;;100;;;;208;; sans jaune;;;moyenne;25;17;;122;;;;218;;177 ;;;variance;24;18;;68;;;;120;;91 </pre> ====apal blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_blocs|apal blocs]] <pre> apal blocs;;;;; gta;21;;CDS;347; 5s;34;108;16s;128;1523 23s;50;2838;23s;34;2838 gca;6;;5s;51;108 atc;110;;aac;118; 16s;206;1523;CDS;; tac;114;;;; CDS;;;;; </pre> ====apal remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_remarques|apal remarques]] *code génétique apal <pre> apal;;;;;;;35 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgt;1 gtc;;gcc;;gac;2;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga; gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;1;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====apal distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_distribution|apal distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;2;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;tener;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total apal;;9; ;;;;;;apal;9;;;;;;;;apal;0;;;;;; </pre> ====apal données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_données_intercalaires|apal données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;apal;fx;fc;apal;fx40;fc40;apal;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;0;10;0;0;10;-1;;43;132;133;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;6;163;1;0;42;-2;;0;126;527;347;;137;;;7;;ttc;9;;agc ;0;20;4;157;2;0;26;-3;;0;72;38;206;;23s 5s;;;4;;gac;**;;gaa ;0;30;11;37;3;0;17;-4;2;102;73;100;;;35;;;55;;atgf;14;;cac 1;1;40;9;34;4;0;14;-5;;0;168;93;;;16s tRNA;;;22;;tca;34;;caa ;2;50;8;35;5;0;10;-6;1;0;139;133;;;118;;atc;4;;atgi;**;;cta ;0;60;12;41;6;2;4;-7;;1;70;214;;;tRNA 23s;;gca;45;;atgj;9;;gaa ;1;70;7;37;7;2;6;-8;2;44;137;;;;51;;;5;;gca;71;;cgt ;2;80;8;29;8;1;10;-9;;0;91;;;;5s tRNA;;;20;;tta;13;;cca ;1;90;6;31;9;1;15;-10;;1;48;;;;51;;aac;6;;aaa;**;;gga 2;1;100;11;33;10;0;19;-11;1;33;214;;;;21;;gta;15;;aca;1;;cgg ;0;110;6;24;11;0;18;-12;;0;124;;;;tRNA 16s;;;**;;gta;**;;tcc ;2;120;14;31;12;0;23;-13;;2;251;;;;206;;tac;;;;;; ;2;130;9;23;13;2;15;-14;;17;45;;;;tRNA tRNA;;intra;;;;;; 2;5;140;11;26;14;0;16;-15;;0;133;;;;6;;atc gca;;;;;; ;0;150;4;17;15;0;18;-16;;1;157;;;;;;;;;;;; ;2;160;7;16;16;0;9;-17;;13;112;;;;;;;;;;;; ;1;170;10;11;17;0;15;-18;;0;82;;;;;;;;;;;; ;0;180;6;13;18;1;18;-19;;0;138;;;;;;;;;;;; ;0;190;4;14;19;0;13;-20;;8;40;;;;;;;;;;;; ;0;200;3;11;20;1;12;-21;;0;154;;;;;;;;;;;; ;0;210;4;10;21;2;1;-22;;0;114;;;;;;;;;;;; 1;1;220;4;7;22;2;5;-23;;5;;;;;;;;;;;;; ;0;230;4;5;23;0;5;-24;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;240;3;7;24;3;6;-25;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;250;1;6;25;0;7;-26;;9;;;;;;;;;;;;; ;1;260;0;9;26;0;7;-27;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;270;3;6;27;1;3;-28;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;280;0;5;28;1;0;-29;;5;;;;;;;;;;;;; ;0;290;1;0;29;0;0;-30;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;300;1;3;30;2;3;-31;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;310;0;1;31;1;3;-32;;3;;;;;;;;;;;;; ;0;320;1;6;32;1;6;-33;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;4;4;33;1;2;-34;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;340;2;2;34;0;5;-35;;2;;;;;;;;;;;;; ;0;350;1;4;35;1;1;-36;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;0;0;36;0;1;-37;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;1;2;37;0;2;-38;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;380;0;3;38;1;6;-39;;0;;;;;;;;;;;;; ;0;390;0;5;39;3;4;-40;;1;;;;;;;;;;;;; ;0;400;0;3;40;1;4;-41;;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;reste;5;38;reste;161;518;-42;;0;;;;;;;;;;;;; 7;22;total;191;919;total;191;919;-43;;0;;;;;;;;;;;;; 6;22;diagr;186;871;diagr;30;391;-44;;0;;;;;;;;;;;;; 0;0; t30;21;357;;;;-45;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;;;;; ;x;191;6;0;197;;;-49;;0;;;;;;;;;;;;; ;c;909;294;10;1213;;;-50;;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1410;96;;reste;;2;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1506;;total;6;294;;;;;;;;;;;;; </pre> =====apal autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_autres_intercalaires_aas|apal autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;apal;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas fin;;CDS;292;1638;;; deb;;CDS;82590;85343;109;*; ;;regulatory;85453;85552;216;*; fin;;CDS;85769;86557;;; deb;;CDS;86565;87845;35;*; ;;misc_binding;87881;88073;51;*; fin;;CDS;88125;89402;;; deb;;CDS;161706;162593;132;*; ;;tRNA;162726;162816;9;*;agc ;;tRNA;162826;162901;126;*;gaa fin;;CDS;163028;163522;;; deb;comp;CDS;205002;205226;72;*; ;comp;tRNA;205299;205373;73;*;tgg deb;comp;CDS;205447;206382;133;*; ;;tRNA;206516;206591;14;*;cac ;;tRNA;206606;206680;34;*;caa ;;tRNA;206715;206797;168;*;cta fin;;CDS;206966;207208;;; deb;comp;CDS;278906;279901;56;*; ;comp;misc_binding;279958;280136;8;*; fin;comp;CDS;280145;281908;;0; deb;;CDS;294770;296290;347;*; ;;rRNA;296638;298152;137;*;1515 ;;rRNA;298290;301125;35;*;2836 ;;rRNA;301161;301268;51;*;108 ;;tRNA;301320;301396;139;*;aac fin;;CDS;301536;301835;;; deb;;CDS;303638;304993;70;*; ;;tRNA;305064;305139;9;*;gaa ;;tRNA;305149;305225;71;*;cgt ;;tRNA;305297;305373;13;*;cca ;;tRNA;305387;305461;137;*;gga fin;;CDS;305599;308184;;; deb;;CDS;310206;311093;42;*; ;;repeat_region;311136;314336;391;*; fin;;CDS;314728;315327;;; deb;;CDS;326174;327313;91;*; ;;tRNA;327405;327478;527;*;tgc fin;comp;CDS;328006;328539;;0; deb;;CDS;426740;427501;5;*; ;;misc_binding;427507;427707;40;*; fin;;CDS;427748;428767;;; deb;;CDS;435096;436751;48;*; ;;tRNA;436800;436885;214;*;ctc fin;;CDS;437100;438890;;; deb;;CDS;441323;442294;38;*; ;comp;tRNA;442333;442407;100;*;ggc fin;;CDS;442508;443650;;; deb;;CDS;443640;444197;93;*; ;comp;tRNA;444291;444364;133;*;acc fin;;CDS;444498;444695;;; deb;;CDS;480393;481697;56;*; ;;regulatory;481754;481850;51;*; fin;;CDS;481902;483050;;; deb;;CDS;575929;577302;54;*; ;;regulatory;577357;577432;44;*; fin;;CDS;577477;578175;;; deb;;CDS;583894;584502;19;*; ;;regulatory;584522;584597;56;*; fin;;CDS;584654;585274;;; deb;;CDS;644468;646315;124;*; ;;tRNA;646440;646516;251;*;aga fin;;CDS;646768;647322;;; deb;;CDS;669786;670511;45;*; ;;tRNA;670557;670632;1;*;cgg ;;tRNA;670634;670722;133;*;tcc fin;;CDS;670856;671359;;; deb;;CDS;778517;780295;54;*; ;;misc_binding;780350;780540;55;*; fin;;CDS;780596;783169;;; deb;comp;CDS;837575;837796;157;*; ;comp;tRNA;837954;838029;214;*;aag fin;;CDS;838244;838888;;; deb;comp;CDS;859225;859602;141;*; ;;regulatory;859744;859842;69;*; fin;;CDS;859912;860478;;0; deb;;CDS;900888;901286;41;*; ;;ncRNA;901328;901664;157;*; fin;;CDS;901822;906708;;; deb;;CDS;930603;931235;52;*; ;;tmRNA;931288;931628;154;*; fin;;CDS;931783;934152;;; deb;comp;CDS;997671;998201;47;*; ;comp;misc_binding;998249;998458;29;*; fin;comp;CDS;998488;998940;;; deb;comp;CDS;1099021;1099650;75;*; ;comp;regulatory;1099726;1099840;44;*; fin;comp;CDS;1099885;1100643;;0; deb;comp;CDS;1172026;1173090;112;*; ;comp;tRNA;1173203;1173285;82;*;ttg fin;comp;CDS;1173368;1175038;;; deb;comp;CDS;1296140;1297378;79;*; ;comp;regulatory;1297458;1297558;175;*; fin;;CDS;1297734;1298978;;; deb;comp;CDS;1395785;1396276;13;*; ;comp;misc_feature;1396290;1396409;2;*; fin;comp;CDS;1396412;1397101;;; deb;comp;CDS;1420757;1422160;117;*; ;comp;regulatory;1422278;1422379;175;*; fin;comp;CDS;1422555;1422713;;0; deb;comp;CDS;1424704;1426260;38;*; ;comp;misc_binding;1426299;1426505;43;*; fin;comp;CDS;1426549;1427391;;; deb;comp;CDS;1456398;1457249;138;*; ;comp;tRNA;1457388;1457463;40;*;gac deb;comp;CDS;1457504;1458355;154;*; ;comp;tRNA;1458510;1458585;7;*;ttc ;comp;tRNA;1458593;1458668;4;*;gac ;comp;tRNA;1458673;1458749;55;*;atgf ;comp;tRNA;1458805;1458895;22;*;tca ;comp;tRNA;1458918;1458994;4;*;atgi ;comp;tRNA;1458999;1459075;45;*;atgj ;comp;tRNA;1459121;1459196;5;*;gca ;comp;tRNA;1459202;1459286;20;*;tta ;comp;tRNA;1459307;1459382;6;*;aaa ;comp;tRNA;1459389;1459464;15;*;aca ;comp;tRNA;1459480;1459555;21;*;gta ;comp;rRNA;1459577;1459684;35;*;108 ;comp;rRNA;1459720;1462555;51;*;2836 ;comp;tRNA;1462607;1462682;6;*;gca ;comp;tRNA;1462689;1462765;118;*;atc ;comp;rRNA;1462884;1464398;206;*;1515 ;comp;tRNA;1464605;1464688;114;*;tac fin;comp;CDS;1464803;1464973;;; deb;comp;CDS;1471917;1474742;32;*; ;comp;ncRNA;1474775;1474868;9;*; fin;comp;CDS;1474878;1475336;;; deb;comp;CDS;1547053;1548444;47;*; ;comp;misc_binding;1548492;1548707;39;*; fin;comp;CDS;1548747;1549406;;; deb;comp;CDS;1554025;1554159;291;*; </pre> ===tenericutes synthèse=== ====tenericutes distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_génome|tenericutes distribution par génome]] <pre> tener;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total abra;12;14; ;11;1;2;;5;45 apal;9;9; ;11;1;4;;1;35 total;21;23;0;22;2;6;0;6;80 </pre> ====tenericutes distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_du_total|tenericutes distribution du total]] <pre> tener2;;;;;;;66 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2 tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2 cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2 ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66 ;;;;;;; tener2;;;;;;;14 atgi; ;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;2;tgc; atc;4;acc;;aac;6;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;;caa;;cga; gta;;gca;2;gaa;;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj; ;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;6 1-3aas;2;6;66 </pre> ====tenericutes distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_distribution_par_type|tenericutes distribution par type]] *Note: voir construction des [[Recherche:Les_clusters_de_g%C3%A8nes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|sous totaux]]. Ce sous total peux contenir quelques erreurs. <pre> tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;2;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;2;aga; cta;2;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;3;caa;2;cga;1;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;4;gga;2;;gta;;gca;;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;2;gaa;;gga; ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2;;ttg;2;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;2;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;21;23;;22;;;66;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; </pre> ====tenericutes par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes_par_rapport_au_groupe_de_référence|tenericutes par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;7;3;;;;;10; 16;moyen;13;4;;10;;6;33; 14;fort;3;14;;12;6;2;37; ; ;23;21;;22;6;8;80; 10;g+cga;3;2;;;;;5; 2;agg+cgg;1;;;;;;1; 4;carre ccc;3;1;;;;;4; 5;autres;;;;;;;; ;;7;3;;;;;10; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;88;38;;;;;125;26 16;moyen;163;50;;125;;75;413;324 14;fort;38;175;;150;75;25;463;650 ; ;288;263;;275;75;100;80;729 10;g+cgg;38;25;;;;;63;10 2;agg+cga;13;;;;;;13; 4;carre ccc;38;13;;;;;50;16 5;autres;;;;;;;; ;;88;38;;;;;125; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;tener2;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;159;68;;227;26;30;14; 16;moyen;295;91;;386;324;57;19; 14;fort;68;318;;386;650;13;67; ; ;523;477;;44;729;23;21; 10;g+cgg;68;45;;114;10;;; 2;agg+cga;23;;;23;;;; 4;carre ccc;68;23;;91;16;;; 5;autres;;;;;;;; ;;159;68;;227;;;; </pre> ====tenericutes, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#tenericutes,_estimation_des_-rRNAs|tenericutes, estimation des -rRNAs]] <pre> tenericutes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 20 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;20;93; ; ;;indices;;;;20;465;0;0;;tener2;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;5;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;25;tct;;tat;;atgf;25;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;5;tcc;;tac;5;tgc;;;ttc;25;tcc;;tac;25;tgc;;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2 atc;10;acc;;aac;11;agc;;;atc;50;acc;;aac;55;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;2 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2 gtc;;gcc;;gac;5;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;25;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;2;ggc;2 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;25;tca;25;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;6;aaa;7;aga;;;ata;;aca;30;aaa;35;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;2 cta;2;cca;;caa;;cga;;;cta;10;cca;;caa;;cga;;;cta;2;cca;3;caa;2;cga;1 gta;8;gca;7;gaa;2;gga;;;gta;40;gca;35;gaa;10;gga;;;gta;;gca;;gaa;4;gga;2 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;2;tcg;1;tag;;tgg;2 atgj;5;acg;;aag;;agg;;;atgj;25;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;1;aag;2;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;39;;54;;0;93;;;;195;;270;;0;465;;;;17;;17;;10;44 27.5.20 Tanger;;;;tener;total;ttt;tgt;;10.1.21 Paris;;;;tener;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;112;3535;0.9;0;;;;;;112;3535;0.9;0;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;;; atgi;62;tct;;tat;;atgf;71;;atgi;87;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;0.9;act;20;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;13;cct;;cat;;cgc;38;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.9;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;79;tcc;40;tac;75;tgc;99;;ttc;104;tcc;40;tac;100;tgc;99;;ttc;;tcc;50;tac;;tgc;100 atc;53;acc;71;aac;49;agc;99;;atc;103;acc;71;aac;104;agc;99;;atc;;acc;100;aac;;agc;100 ctc;32;ccc;0.0;cac;100;cgt;72;;ctc;32;ccc;;cac;100;cgt;72;;ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100 gtc;1.8;gcc;0.9;gac;77;ggc;56;;gtc;1.8;gcc;0.9;gac;102;ggc;56;;gtc;50;gcc;50;gac;100;ggc;100 tta;73;tca;75;taa;;tga;90;;tta;98;tca;100;taa;;tga;90;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;8;aca;73;aaa;86;aga;103;;ata;8.0;aca;103;aaa;121;aga;103;;ata;;aca;;aaa;;aga;100 cta;90;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;99;caa;103;cga;38;;cta;100;cca;150;caa;100;cga;50 gta;65;gca;69;gaa;94;gga;102;;gta;105;gca;104;gaa;104;gga;102;;gta;;gca;;gaa;200;gga;100 ttg;98;tcg;33;tag;0.0;tgg;100;;ttg;98;tcg;33;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;50;tag;;tgg;100 atgj;69;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;94;acg;25;aag;62;agg;22;;atgj;;acg;50;aag;100;agg;50 ctg;0;ccg;0;cag;0;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;2.7;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;0;gcg;0;gag;0;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;0.9;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;1201;;1101;;349;2651;;;;1396;;1371;;329;3096;;;;850;;850;;500;2200 rapports;;86;;80;;106;86;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;tener2;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;71;tct;;tat;;atgf;74;;fiches;28.45;;;fréquences;;;;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;100;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;569;;;0/0;7;;;;att;100;act;100;aat;;agt; ctt;100;cct;;cat;;cgc;;;avec;93;;;10;9;;;;ctt;100;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;20;;;20;1;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;100 ttc;76;tcc;100;tac;75;tgc;100;;;;;;30;4;;;;ttc;100;tcc;20;tac;100;tgc;1 atc;51;acc;100;aac;47;agc;100;;tener2;22;;;40;3;;;;atc;100;acc;29;aac;100;agc;1 ctc;100;ccc;;cac;100;cgt;100;;sans;44;;;50;2;19;;;ctc;68;ccc;;cac;0;cgt;28 gtc;100;gcc;100;gac;75;ggc;100;;avec;36;;;60;2;;;;gtc;96;gcc;98;gac;23;ggc;44 tta;74;tca;75;taa;;tga;100;;genom;2;;;70;1;;;;tta;100;tca;100;taa;;tga;100 ata;100;aca;71;aaa;71;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;100;aca;100;aaa;100;aga;3 cta;90;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par tener;;;;90;0;;;;cta;10;cca;34;caa;3;cga;24 gta;62;gca;66;gaa;90;gga;100;;est 23% en dessous;;;;100;19;;;;gta;100;gca;100;gaa;53;gga;2 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;2;tcg;34;tag;;tgg;0 atgj;73;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;100;acg;50;aag;38;agg;56 ctg;;ccg;;cag;;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;100 gtg;;gcg;;gag;;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;100 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;66;;187;;441;693 </pre> ==spirochète== ===Sphaerochaeta coccoides DSM 17374=== ====scc opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_opérons|scc opérons]] *Notes: * devant un nombre pour les jaunes et dans une cellule pour limiter la protéine dans calc. <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/bacteria/Spha_cocc_DSM_17374/sphaCocc_DSM17374-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_015436.1;scc;génome;;;;;;;;;; 50.6%GC;12.1.21 Paris;16s 3;47;;;;;;;cds dirigé;; Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 ;;;;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéine; comp;215073..215231;;cds;;1194;*1194;;;53;;hp; comp;216426..216498;;gcg;@1;369;369;;;;*369;; comp;216868..217047;;cds;;;;;;60;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;243358..244170;;cds;@2;812;*812;;;271;;HAD-IIB family hydrolase;* ;244983..246519;;16s;;132;;;132;;;; ;246652..246725;;atc;;79;;;79;;;; ;246805..249778;;23s;;72;;;;;;; ;249851..249962;;5s;;175;175;;;;175;; ;250138..250947;;cds;;;;;;270;;metal ABC transporter permease;* ;;;;;;;;;;;; ;300128..301798;;cds;;669;*669;;;557;;formate--tetrahydrofolate ligase;* ;302468..302539;;ggg;;452;*452;;;;*452;; ;302992..304032;;cds;;;;;;347;;ABC transporter substrate-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;316296..317216;;cds;;152;152;;;307;152;phosphatase PAP2 family protein;* ;317369..317442;;gac;;176;176;;;;;; ;317619..318692;;cds;;;;;;358;;tRNA 2-thiouridine(34) synthase MnmA;* ;;;;;;;;;;;; ;330207..331004;;cds;;16;16;;;266;16;class I SAM-dependent methyltransferase;* comp;331021..331104;;ttg;;251;251;;;;;; ;331356..333446;;cds;;;;;;*697;;patatin-like phospholipase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;345290..346216;;cds;;228;228;;;309;;hp; comp;346445..346517;;ccg;;182;182;;;;182;; comp;346700..347059;;cds;;;;;;120;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;422975..424363;;cds;;71;71;;;463;71;sulfatase-like hydrolase/transferase;* comp;424435..424506;;gtc;;252;252;;;;;; ;424759..426600;;cds;;;;;;614;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;436852..438168;;cds;;237;237;;;439;;MFS transporter;* comp;438406..438477;;gtg;;202;202;;;;202;; ;438680..440152;;cds;;;;;;491;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;481186..482484;;cds;;180;180;;;433;;HD domain-containing protein;* ;482665..482737;;atgj;;82;82;;;;82;; ;482820..483494;;cds;;;;;;225;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;530805..532313;;cds;;82;82;;;503;82;IMP dehydrogenase;* ;532396..532467;;gta;;310;310;;;;;; ;532778..533485;;cds;;;;;;236;;YggS family pyridoxal phosphate-dependent enzyme;* ;;;;;;;;;;;; ;568939..569700;;cds;;102;102;;;254;102;NAD-dependent deacetylase;* ;569803..569874;;gga;;412;412;;;;;; ;570287..570952;;cds;;;;;;222;;hp; ;;;;;;;;;;;; ;636017..636391;;cds;;52;52;;;125;52;chorismate mutase;* ;636444..636517;;aca;;334;334;;;;;; comp;636852..637013;;cds;;;;;;54;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;717326..717772;;cds;;66;66;;;149;66;YkgJ family cysteine cluster protein;* comp;717839..717920;;tac;;230;230;;;;;; ;718151..719386;;cds;;;;;;412;;aminopeptidase;* ;;;;;;;;;;;; comp;721419..723056;;cds;@3;67;67;;;546;67;ATP-binding cassette domain-containing protein;* comp;723124..723195;;gag;;10;;10;;;;; comp;723206..723276;;cag;;104;104;;;;;; comp;723381..723911;;cds;;;;;;177;;adenine phosphoribosyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; comp;724974..725225;;cds;;236;236;;;84;;hp; comp;725462..725533;;acg;;124;124;;;;124;; comp;725658..728366;;cds;;;;;;*903;;pyruvate, phosphate dikinase;* ;;;;;;;;;;;; comp;767509..768549;;cds;;350;350;;;347;*350;DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family protein;* comp;768900..769011;;5s;;72;;;;;;; comp;769084..772057;;23s;;40;;;40;;;; comp;772098..772171;;gca;;137;;;137;;;; comp;772309..773845;;16s;;535;*535;;;;;; ;774381..774947;;cds;;;;;;189;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;; ;783089..784627;;cds;;273;273;;;513;;glycoside hydrolase family 43 protein;* comp;784901..784972;;gaa;;43;;43;;;;; comp;785016..785088;;aaa;;223;223;;;;223;; ;785312..787483;;cds;;;;;;*724;;cadmium-translocating P-type ATPase;* ;;;;;;;;;;;; comp;877367..879202;;cds;;447;447;;;612;*447;translational GTPase TypA;* comp;879650..879761;;5s;;72;;;;;;; comp;879834..882807;;23s;;40;;;40;;;; comp;882848..882921;;gca;;137;;;137;;;; comp;883059..884595;;16s;;648;*648;;;;;; ;885244..885867;;cds;;;;;;208;;GNAT family N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;; ;900855..901490;;cds;;73;73;;;212;73;Fic family protein;* comp;901564..901637;;ccc;;214;214;;;;;; ;901852..903519;;cds;;;;;;556;;Alpha-glucosidase;* ;;;;;;;;;;;; ;928254..930545;;cds;;138;138;;;*764;138;AAA family ATPase;* ;930684..930755;;cac;;32;;32;;;;; ;930788..930861;;cga;;38;;38;;;;; ;930900..930972;;aag;;37;;37;;;;; ;931010..931091;;cta;;36;;36;;;;; ;931128..931199;;ggc;;423;423;;;;;; ;931623..932981;;cds;;;;;;453;;trigger factor;* ;;;;;;;;;;;; ;937885..939693;;cds;;171;171;;;603;171;oligoendopeptidase F;* ;939865..939938;;aga;;437;437;;;;;; ;940376..940579;;cds;;;;;;68;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;974079..974468;;cds;@4;223;223;;;130;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;974692..974775;;ctc;;153;153;;;;153;; comp;974929..975384;;cds;;112;112;;;152;;VOC family protein;* comp;975497..975569;;cca;;95;95;;;;95;; ;975665..976339;;cds;;;;;;225;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;; ;1069506..1069922;;cds;;81;81;;;139;;hp; comp;1070004..1070087;;tta;;78;78;;;;78;; ;1070166..1070981;;cds;;;;;;272;;TatD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1113338..1113928;;cds;;247;247;;;197;247;NAD(P)H-dependent oxidoreductase;* ;1114176..1114248;;aac;;247;247;;;;;; comp;1114496..1117318;;cds;;;;;;*941;;5'-nucleotidase C-terminal domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1126672..1127604;;cds;;173;173;;;311;173;DUF362 domain-containing protein;* ;1127778..1127850;;caa;;193;193;;;;;; comp;1128044..1128334;;cds;;;;;;97;;septation regulator SpoVG;* ;;;;;;;;;;;; comp;1257969..1258763;;cds;;140;140;;;265;;nucleotidyltransferase domain-containing protein;* ;1258904..1258977;;agg;;79;79;;;;79;; ;1259057..1259779;;cds;;;;;;241;;nitroreductase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1273039..1273944;;cds;;217;217;;;302;;DNA-protecting protein DprA;* ;1274162..1274234;;ttc;;103;103;;;;103;; comp;1274338..1274865;;cds;;;;;;176;;cysteine hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1363097..1364389;;cds;;432;432;;;431;;H(+)-transporting two-sector ATPase;* ;1364822..1364894;;atgf;;213;213;;;;213;; ;1365108..1366457;;cds;;;;;;450;;Trk system potassium transporter TrkA;* ;;;;;;;;;;;; comp;1478531..1479448;;cds;;196;196;;;306;196;hp; ;1479645..1479718;;cgg;;256;256;;;;;; comp;1479975..1481738;;cds;;;;;;588;;ABC transporter ATP-binding protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1522454..1523143;;cds;;86;86;;;230;;hp; ;1523230..1523301;;tgc;;34;34;;;;34;; comp;1523336..1523890;;cds;;;;;;185;;hp; ;;;;;;;;;;;; comp;1540671..1541807;;cds;;186;186;;;379;186;DUF2974 domain-containing protein;* comp;1541994..1542066;;gcc;;351;351;;;;;; ;1542418..1544223;;cds;;;;;;602;;IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;; ;1691238..1692578;;cds;;189;189;;;447;189;sn-glycerol-1-phosphate dehydrogenase;* ;1692768..1692851;;ctg;;564;*564;;;;;; ;1693416..1693646;;cds;;;;;;77;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;1760709..1761905;;cds;;185;185;;;399;185;hp; ;1762091..1762164;;atgi;;316;316;;;;;; comp;1762481..1765135;;cds;;;;;;*885;;valine--tRNA ligase;* ;;;;;;;;;;;; comp;2034849..2035028;;cds;@4;32;32;;;60;;preprotein translocase subunit SecE;* comp;2035061..2035134;;tgg;;26;26;;;;26;; comp;2035161..2035337;;cds;;64;64;;;59;64;50S ribosomal protein L33;* comp;2035402..2035474;;acc;;246;246;;;;;; ;2035721..2036506;;cds;;;;;;262;;HAD family hydrolase;* ;;;;;;;;;;;; ;2185380..2186171;;cds;@5;84;84;;;264;84;16S rRNA (uracil(1498)-N(3))-methyltransferase;* ;2186256..2186340;;tca;;40;;40;;;;; ;2186381..2186467;;agc;;25;;25;;;;; ;2186493..2186566;;cgc;;16;;16;;;;; ;2186583..2186669;;tcg;;40;;40;;;;; ;2186710..2186795;;tcc;;13;;;;;;; ;2186809..2186906;;ncRNA;;133;133;;;*33;;; comp;2187040..2188236;;cds;;;;;;399;;transposase;* </pre> ====scc cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_cumuls|scc cumuls]] *Notes: * pour le nombre de jaunes <pre> scc cumuls;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa avec rRNA;opérons;3;1;0;;1;0;1;0;100;9 ;16 23 5s 0;;20;2;;50;4;20;1;200;11 ;16 atc23s5s;1;40;7;2;100;14;40;2;300;16 ;16gca23s5s;2;60;1;0;150;8;60;1;400;11 ;max a;1;80;;1;200;13;80;7;500;9 ;a doubles;;100;;0;250;13;100;4;600;6 ;autres;;120;;0;300;4;120;2;700;5 ;total aas;3;140;;3;350;4;140;2;800;*2 sans ;opérons;34;160;;;400;2;160;2;900;*1 ;1 aa;30;180;;;450;5;180;3;1000;*2 ;max a;5;200;;;500;*1;200;5;1100; ;a doubles;0;;;;;*6;;*4;; ;total aas;44;;10;6;;74;;33;;72 total aas;;47;;;;;;;*4;;*6 remarques;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;32;94;;236;;154;;343 ;;;variance;11;47;;196;;108;;215 sans jaune;;;moyenne;;;;188;;124;;299 ;;;variance;;;;110;;64;;164 </pre> ====scc blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_blocs|scc blocs]] <pre> cds;812;;cds;350;447 16s;132;;5s;72;72 atc;79;;23s;40;40 23s;72;;gca;137;137 5s;175;;16s;535;648 cds;;;cds;; </pre> ====scc remarques==== ====scc distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_distribution|scc distribution]] <pre> distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;14;30;;;;3;47 ;;;;;;; ;;;;;;; distribution;scc;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt;0 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;inter;;max;;min;;total ;17;;13;;17;;47 </pre> ====scc données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_données_intercalaires|scc données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;scc;fx;fc;scc;fx40;fc40;scc;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;2;6;0;2;6;-1;0;39;1194;152;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;9;164;1;1;31;-2;1;0;369;16;812;;3* 72;;;10;;gag 1;0;20;15;120;2;0;27;-3;0;0;669;251;350;;16s tRNA;;;**;;cag ;1;30;25;55;3;3;23;-4;2;156;452;71;447;;132;;atc;43;;gaa 1;1;40;12;49;4;1;7;-5;0;0;176;252;5s CDS;;2* 137;;gca;**;;aaa ;0;50;20;52;5;0;13;-6;2;0;228;237;350;175;tRNA 23s;;;32;;cac ;1;60;10;31;6;0;4;-7;0;6;182;202;447;;79;;atc;38;;cga ;3;70;18;44;7;2;8;-8;0;31;82;180;;;2* 40;;gca;37;;aag 3;1;80;15;38;8;0;11;-9;2;0;82;334;;;;;;36;;cta 2;3;90;17;36;9;1;20;-10;0;5;310;273;;;;;;**;;ggc 1;0;100;26;29;10;1;20;-11;4;15;102;223;;;;;;40;;tca 1;2;110;13;31;11;0;12;-12;2;0;412;73;;;;;;25;;agc ;1;120;18;23;12;2;15;-13;1;2;52;214;;;;;;16;;cgc ;1;130;17;21;13;2;16;-14;0;17;66;95;;;;;;40;;tcg 1;1;140;16;23;14;2;16;-15;1;0;67;230;;;;;;**;;tcc ;0;150;10;20;15;1;12;-16;1;4;104;81;;;;;;;; 1;1;160;12;18;16;0;8;-17;2;7;236;78;;;;;;;; ;0;170;16;11;17;1;7;-18;1;0;124;247;;;;;;;; 2;2;180;14;14;18;0;15;-19;0;0;138;247;;;;;;;; 1;3;190;9;13;19;4;7;-20;0;10;423;173;;;;;;;; 2;0;200;11;17;20;3;12;-21;0;0;171;193;;;;;;;; 1;0;210;6;15;21;2;5;-22;0;0;437;140;;;;;;;; 2;1;220;13;14;22;0;6;-23;2;2;223;217;;;;;;;; 2;2;230;10;9;23;1;9;-24;1;1;153;103;;;;;;;; 1;1;240;14;8;24;4;8;-25;0;2;112;432;;;;;;;; 3;0;250;10;7;25;3;6;-26;2;5;79;196;;;;;;;; 3;0;260;5;7;26;3;9;-27;0;0;213;256;;;;;;;; ;0;270;6;9;27;4;3;-28;0;0;186;86;;;;;;;; 1;0;280;3;7;28;0;5;-29;0;2;189;34;;;;;;;; ;0;290;7;8;29;3;3;-30;0;0;564;351;;;;;;;; ;0;300;4;8;30;5;1;-31;1;1;32;185;;;;;;;; ;1;310;3;8;31;2;7;-32;1;2;26;316;;;;;;;; 1;0;320;6;10;32;1;2;-33;0;0;64;246;;;;;;;; ;0;330;2;6;33;1;3;-34;0;1;84;;;;;;;;; 1;0;340;8;3;34;0;8;-35;0;0;;;;;;;;;; ;0;350;1;6;35;1;5;-36;0;0;;;;;;;;;; 1;0;360;5;7;36;1;5;-37;0;0;;;;;;;;;; ;1;370;1;5;37;2;2;-38;0;0;;;;;;;;;; ;0;380;3;5;38;2;7;-39;0;0;;;;;;;;;; ;0;390;5;5;39;2;8;-40;0;0;;;;;;;;;; ;0;400;2;4;40;0;2;-41;0;2;;;;;;;;;; 1;7;reste;39;34;reste;395;606;-42;0;0;;;;;;;;;; 32;35;total;458;1000;total;458;1000;-43;0;0;;;;;;;;;; 31;28;diagr;417;960;diagr;61;388;-44;0;2;;;;;;;;;; 1;1; t30;49;339;;;;-45;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;1;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;1;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;;;;;;;;;; ;x;456;28;2;486;;;-49;0;0;;;;;;;;;; ;c;994;319;6;1319;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;1805;104;;reste;1;6;;;;;;;;;; ;;;;;;1909;;total;28;319;;;;;;;;;; </pre> =====scc autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires_aas|scc autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;scc;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;215073;215231;1194;*; ;comp;tRNA;216426;216498;369;*;gcg fin;comp;CDS;216868;217047;;0; deb;;CDS;243358;244170;812;*; ;;rRNA;244983;246519;132;*;16s ;;tRNA;246652;246725;79;*;atc ;;rRNA;246805;249778;72;*;23s ;;rRNA;249851;249962;175;*;5s fin;comp;CDS;250138;250947;;; deb;;CDS;300128;301798;669;*; ;;tRNA;302468;302539;452;*;ggg fin;;CDS;302992;304032;;; deb;comp;CDS;316296;317216;152;*; ;;tRNA;317369;317442;176;*;gac fin;;CDS;317619;318692;;; deb;;CDS;330207;331004;16;*; ;comp;tRNA;331021;331104;251;*;ttg fin;;CDS;331356;333446;;1; deb;comp;CDS;345290;346216;228;*; ;comp;tRNA;346445;346517;182;*;ccg fin;comp;CDS;346700;347059;;0; deb;;CDS;422975;424363;71;*; ;comp;tRNA;424435;424506;252;*;gtc fin;;CDS;424759;426600;;; deb;;CDS;436852;438168;237;*; ;comp;tRNA;438406;438477;202;*;gtg fin;;CDS;438680;440152;;1; deb;comp;CDS;481186;482484;180;*; ;;tRNA;482665;482737;82;*;atgj fin;;CDS;482820;483494;;; deb;;CDS;530805;532313;82;*; ;;tRNA;532396;532467;310;*;gta fin;;CDS;532778;533485;;; deb;;CDS;568939;569700;102;*; ;;tRNA;569803;569874;412;*;gga fin;;CDS;570287;570952;;; deb;;CDS;636017;636391;52;*; ;;tRNA;636444;636517;334;*;aca fin;comp;CDS;636852;637013;;0; deb;;CDS;640192;640530;79;*; ;;tmRNA;640610;640987;334;*; fin;comp;CDS;641322;642209;;0; deb;;CDS;711173;712012;51;*; ;comp;ncRNA;712064;712406;10;*; fin;comp;CDS;712417;713229;;; deb;comp;CDS;717326;717772;66;*; ;comp;tRNA;717839;717920;230;*;tac fin;;CDS;718151;719386;;; deb;comp;CDS;721419;723056;67;*; ;comp;tRNA;723124;723195;10;*;gag ;comp;tRNA;723206;723276;104;*;cag fin;comp;CDS;723381;723911;;; deb;comp;CDS;724974;725225;236;*; ;comp;tRNA;725462;725533;124;*;acg fin;comp;CDS;725658;728366;;; deb;comp;CDS;767509;768549;350;*; ;comp;rRNA;768900;769011;72;*;5s ;comp;rRNA;769084;772057;40;*;23s ;comp;tRNA;772098;772171;137;*;gca ;comp;rRNA;772309;773845;535;*;16s fin;;CDS;774381;774947;;; deb;;CDS;783089;784627;273;*; ;comp;tRNA;784901;784972;43;*;gaa ;comp;tRNA;785016;785088;223;*;aaa fin;;CDS;785312;787483;;; deb;comp;CDS;877367;879202;447;*; ;comp;rRNA;879650;879761;72;*;5s ;comp;rRNA;879834;882807;40;*;23s ;comp;tRNA;882848;882921;137;*;gca ;comp;rRNA;883059;884595;648;*;16s fin;;CDS;885244;885867;;0; deb;;CDS;900855;901490;73;*; ;comp;tRNA;901564;901637;214;*;ccc fin;;CDS;901852;903519;;; deb;;CDS;928254;930545;138;*; ;;tRNA;930684;930755;32;*;cac ;;tRNA;930788;930861;38;*;cga ;;tRNA;930900;930972;37;*;aag ;;tRNA;931010;931091;36;*;cta ;;tRNA;931128;931199;423;*;ggc fin;;CDS;931623;932981;;; deb;;CDS;937885;939693;171;*; ;;tRNA;939865;939938;437;*;aga fin;;CDS;940376;940579;;0; deb;comp;CDS;974079;974468;223;*; ;comp;tRNA;974692;974775;153;*;ctc deb;comp;CDS;974929;975384;112;*; ;comp;tRNA;975497;975569;95;*;cca fin;;CDS;975665;976339;;0; deb;;CDS;1069506;1069922;81;*; ;comp;tRNA;1070004;1070087;78;*;tta fin;;CDS;1070166;1070981;;; deb;;CDS;1084097;1084510;24;*; ;;regulatory;1084535;1084630;39;*; fin;;CDS;1084670;1085716;;; deb;comp;CDS;1113338;1113928;247;*; ;;tRNA;1114176;1114248;247;*;aac fin;comp;CDS;1114496;1117318;;; deb;comp;CDS;1126672;1127604;173;*; ;;tRNA;1127778;1127850;193;*;caa fin;comp;CDS;1128044;1128334;;; deb;comp;CDS;1257969;1258763;140;*; ;;tRNA;1258904;1258977;79;*;agg fin;;CDS;1259057;1259779;;0; deb;comp;CDS;1273039;1273944;217;*; ;;tRNA;1274162;1274234;103;*;ttc fin;comp;CDS;1274338;1274865;;1; deb;;CDS;1301674;1301952;54;*; ;;rpr;1302007;1306491;4;*; fin;;CDS;1306496;1306978;;; deb;;CDS;1319568;1319912;73;*; ;;rpr;1319986;1322002;84;*; fin;comp;CDS;1322087;1322668;;; deb;comp;CDS;1363097;1364389;432;*; ;;tRNA;1364822;1364894;213;*;atgf fin;;CDS;1365108;1366457;;; deb;comp;CDS;1478531;1479448;196;*; ;;tRNA;1479645;1479718;256;*;cgg fin;comp;CDS;1479975;1481738;;; deb;comp;CDS;1522454;1523143;86;*; ;;tRNA;1523230;1523301;34;*;tgc fin;comp;CDS;1523336;1523890;;; deb;comp;CDS;1540671;1541807;186;*; ;comp;tRNA;1541994;1542066;351;*;gcc fin;;CDS;1542418;1544223;;0; deb;;CDS;1691238;1692578;189;*; ;;tRNA;1692768;1692851;564;*;ctg fin;;CDS;1693416;1693646;;; deb;comp;CDS;1760709;1761905;185;*; ;;tRNA;1762091;1762164;316;*;atgi fin;comp;CDS;1762481;1765135;;; deb;comp;CDS;2034849;2035028;32;*; ;comp;tRNA;2035061;2035134;26;*;tgg deb;comp;CDS;2035161;2035337;64;*; ;comp;tRNA;2035402;2035474;246;*;acc fin;;CDS;2035721;2036506;;0; deb;;CDS;2185380;2186171;84;*; ;;tRNA;2186256;2186340;40;*;tca ;;tRNA;2186381;2186467;25;*;agc ;;tRNA;2186493;2186566;16;*;cgc ;;tRNA;2186583;2186669;40;*;tcg ;;tRNA;2186710;2186795;13;*;tcc ;;ncRNA;2186809;2186906;133;*; fin;comp;CDS;2187040;2188236;;; </pre> ====scc intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_entre_cds|scc intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> scc;3.2.21 Paris;;scc 16.7.20;;;;;;; scc;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5 ;'''négatif;347;19.2;'''négatif ;-10;13;-1 à -74;'''2 227 296;-1;347 ;'''zéro;8;0.4;;;;;'''intercals;0;8 ;'''1 à 200;1112;61.6;'''0 à 200;69;57;;'''195 310;5;106 ;'''201 à 370;241;13.4;'''201 à 370;269;49;;'''8.8%;10;67 ;'''371 à 600;78;4.3;'''371 à 600;445;63;;;15;78 ;'''601 à max;19;1.1;'''601 à 1048;779;145;;;20;57 ;'''total 1805;<201;81;'''total 1800;103;136;-74 à 1048;;25;44 adresse;intercal;intercal;<u>fréquence1;intercal;<u>fréquence6;cumul, %;intercal;<u>fréquence-1;30;36 1398976;1670;-1;347;-70;2;;0;8;35;30 1167746;1666;0;8;-60;2;;-1;°39;40;31 1943263;1598;1;°32;-50;3;;-2;1;45;39 2221165;1229;2;27;-40;6;;-3;0;50;33 940376;1048;3;26;-30;6;'''min à -1;-4;°158;55;27 2116721;960;4;8;-20;27;347;-5;0;60;14 1197192;959;5;°13;-10;62;19.2%;-6;2;65;36 1728512;916;6;4;0;247;;-7;6;70;26 1917725;874;7;10;10;173;;-8;°31;75;22 972954;867;8;11;20;135;;-9;2;80;31 1554925;775;9;°21;30;80;;-10;5;85;26 1997696;715;10;21;40;61;'''1 à 100;-11;°19;90;27 1693573;700;11;12;50;72;785;-12;2;95;33 1314184;671;12;°17;60;41;43.5%;-13;3;100;22 1528150;655;13;18;70;62;;-14;°17;105;23 1659099;643;14;18;80;53;;-15;1;110;21 1773078;643;15;°13;90;53;;-16;5;115;20 1732369;635;16;8;100;55;'''0 à 200;-17;°9;120;21 356981;617;17;8;110;44;1120;-18;1;125;20 137346;590;18;°15;120;41;;-19;0;130;18 1639500;590;19;11;130;38;;-20;°10;135;20 977451;580;20;°15;140;39;;-21;0;140;19 661808;579;21;7;150;30;;-22;0;145;16 1611095;565;22;6;160;30;;-23;°4;150;14 1590201;563;23;°10;170;27;'''1 à 200;-24;2;155;17 1330173;561;24;12;180;28;1112;-25;2;160;13 379215;558;25;9;190;22;62%;-26;°7;165;15 1755945;548;26;°12;200;28;;-27;0;170;12 191845;527;27;7;210;21;;-28;0;175;12 1897378;525;28;5;220;27;;-29;°2;180;16 72886;522;29;6;230;19;;-30;0;185;12 1978592;521;30;6;240;22;;-31;2;190;10 511329;515;31;°9;250;17;;-32;°3;195;14 220737;512;32;3;260;12;;;42;200;14 1410834;511;33;4;270;15;;reste;14;205;11 ;;34;8;280;10;;total;355;210;10 ;;35;6;290;15;;;;215;20 ;;36;6;300;12;;'''intercal;'''<u>frequencef;220;7 ;;37;4;310;11;;600;1786;225;11 ;;38;9;320;16;;620;1;230;8 ;;39;°10;330;8;;640;1;235;10 ;;40;2;340;11;'''201 à 370;660;3;240;12 ;;reste;1 001;350;7;241;680;1;245;8 ;;total;1 805;360;12;13.4%;700;1;250;9 ;;;;370;6;;720;1;255;7 ;;;;380;8;;740;;260;5 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;390;10;;760;;265;8 438680;-120;comp;;400;6;;780;1;270;7 1693416;-74;shift2;158;410;7;;800;;275;4 277564;-68;shift2;1487;420;8;;820;;280;6 1935981;-68;shift2;686;430;4;;840;;285;6 964418;-59;shift2;296;440;4;;860;;290;9 1721260;-59;shift2;1127;450;1;;880;2;295;8 482820;-53;shift2;623;460;1;;900;;300;4 1283977;-47;comp;;470;5;;920;1;305;6 1310625;-46;shift2;417;480;3;;940;;310;5 1544483;-44;shift2;374;490;2;;960;2;315;9 1705959;-44;shift2;1007;500;2;;980;;320;7 950419;-41;;;510;1;;1000;;325;4 1249575;-41;;;520;3;;1020;;330;4 2054241;-34;;;530;4;;1040;;335;4 937251;-32;;;540;0;'''371 à 600;1060;1;340;7 1154295;-32;;;550;1;78;;15;345;2 1972305;-32;;;560;1;4.3%;;;350;5 485333;-31;;;570;3;;;;355;4 1666650;-31;;;580;2;'''601 à max;;;360;8 952193;-29;;;590;2;19;;;365;4 1123783;-29;;;600;0;1.1%;;;370;2 669889;-26;;;reste;19;;reste;4;reste;97 733006;-26;;;total;1805;;total;1805;total;1805 </pre> ====scc intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> scc Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; blo;min20;448;993;1441;820;406;537;131;38;255;669;;; scc;min10;416;961;1377;748;440;530;90;-88;49;367;;; cbn;min20;489;1701;2190;731;543;505;-38;-222;-114;271;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;;; 118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;;; 65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; scc;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;30;-200;266;31;690;222;max30;&-86;660;-1605;134;830;256;min60 31 à 400;;;;;;;2 parties;&-7;162;-551;72;949;318;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;104;46;-;619;poly;71;tF;&197;65;;499;poly;331;SF 31 à 400;;;;;;;;&114;43;-;787;poly;162;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;corrélation;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;-0.177;;;;;; 41-n;0.748;0.440;0.530;;;;;;;;;;; 1-n;0.367;-0.088;0.049;;;;;;;;;14.8.21 paris;; scc;fx;fc;;scc;fx%;fc%;scc;fx40;fc40;;x;scc;Sx-;Sc- 0;2;6;;0;5;6;0;2;6;>0;455;-1;0;39 10;9;164;;10;22;171;1;1;31;<0;28;-2;1;0 20;15;120;;20;36;125;2;0;27;zéro;2;-3;0;0 30;25;55;;30;60;57;3;3;23;total;485;-4;2;156 40;11;50;;40;26;52;4;1;7;;c;-5;0;0 50;20;52;;50;48;54;5;0;13;>0;995;-6;2;0 60;10;31;;60;24;32;6;0;4;<0;319;-7;0;6 70;18;44;;70;43;46;7;2;8;zéro;6;-8;0;31 80;15;38;;80;36;40;8;0;11;total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reste;39;34;;;;;reste;395;606;;;-42;0;0 total;457;1001;;t30;118;353;total;457;1001;;;-43;0;0 diagr;416;961;;;;;diagr;60;389;;;-44;0;2 - t30;367;622;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;1 ;;;;;;;;;;;;-47;1;0 ;;;;;;;;;;;;-48;0;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;0 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;28;319 </pre> ====scc intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_négatifs_S-|scc intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;4;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;28 ;Sc-;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;15;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;319 </pre> ====scc autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_autres_intercalaires|scc autres intercalaires]] <pre> ;scc;autres intercalaires;;adresses1;;;scc;autres intercalaires;;adresses2;;;scc;autres intercalaires;;adresses3 ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;215073;1194;comp;;deb;°CDS;721419;67;comp;;deb;°CDS;1113338;247;comp ;&tRNA;216426;369;comp;;;&tRNA;723124;10;comp;;;&tRNA;1114176;247; fin;°CDS;216868;;comp;;;&tRNA;723206;104;comp;;fin;°CDS;1114496;;comp deb;°CDS;243358;812;;;fin;°CDS;723381;;comp;;deb;°CDS;1126672;173;comp ;$rRNA;244983;132;;;deb;°CDS;724974;236;comp;;;&tRNA;1127778;193; ;&tRNA;246652;79;;;;&tRNA;725462;124;comp;;fin;°CDS;1128044;;comp ;$rRNA;246805;72;;;fin;°CDS;725658;;comp;;deb;°CDS;1257969;140;comp ;$rRNA;249851;175;;;deb;°CDS;767509;350;comp;;;&tRNA;1258904;79; fin;°CDS;250138;;comp;;;$rRNA;768900;72;comp;;fin;°CDS;1259057;; deb;°CDS;300128;669;;;;$rRNA;769084;40;comp;;deb;°CDS;1273039;217;comp ;&tRNA;302468;452;;;;&tRNA;772098;137;comp;;;&tRNA;1274162;103; fin;°CDS;302992;;;;;$rRNA;772309;535;comp;;fin;°CDS;1274338;;comp deb;°CDS;316296;152;comp;;fin;°CDS;774381;;;;deb;°CDS;1301674;54; ;&tRNA;317369;176;;;deb;°CDS;783089;273;;;;repeat_region;1302007;4; fin;°CDS;317619;;;;;&tRNA;784901;43;comp;;fin;°CDS;1306496;; deb;°CDS;330207;16;;;;&tRNA;785016;223;comp;;deb;°CDS;1319568;73; ;&tRNA;331021;251;comp;;fin;°CDS;785312;;;;;repeat_region;1319986;84; fin;°CDS;331356;;;;deb;°CDS;877367;447;comp;;fin;°CDS;1322087;;comp deb;°CDS;345290;228;comp;;;$rRNA;879650;72;comp;;deb;°CDS;1363097;432;comp ;&tRNA;346445;182;comp;;;$rRNA;879834;40;comp;;;&tRNA;1364822;213; fin;°CDS;346700;;comp;;;&tRNA;882848;137;comp;;fin;°CDS;1365108;; deb;°CDS;422975;71;;;;$rRNA;883059;648;comp;;deb;°CDS;1478531;196;comp ;&tRNA;424435;252;comp;;fin;°CDS;885244;;;;;&tRNA;1479645;256; fin;°CDS;424759;;;;deb;°CDS;900855;73;;;fin;°CDS;1479975;;comp deb;°CDS;436852;237;;;;&tRNA;901564;214;comp;;deb;°CDS;1522454;86;comp ;&tRNA;438406;202;comp;;fin;°CDS;901852;;;;;&tRNA;1523230;34; fin;°CDS;438680;;;;deb;°CDS;928254;138;;;fin;°CDS;1523336;;comp deb;°CDS;481186;180;comp;;;&tRNA;930684;32;;;deb;°CDS;1540671;186;comp ;&tRNA;482665;82;;;;&tRNA;930788;38;;;;&tRNA;1541994;351;comp fin;°CDS;482820;;;;;&tRNA;930900;37;;;fin;°CDS;1542418;; deb;°CDS;530805;82;;;;&tRNA;931010;36;;;deb;°CDS;1691238;189; ;&tRNA;532396;310;;;;&tRNA;931128;423;;;;&tRNA;1692768;564; fin;°CDS;532778;;;;fin;°CDS;931623;;;;fin;°CDS;1693416;; deb;°CDS;568939;102;;;deb;°CDS;937885;171;;;deb;°CDS;1760709;185;comp ;&tRNA;569803;412;;;;&tRNA;939865;437;;;;&tRNA;1762091;316; fin;°CDS;570287;;;;fin;°CDS;940376;;;;fin;°CDS;1762481;;comp deb;°CDS;636017;52;;;deb;°CDS;974079;223;comp;;deb;°CDS;2034849;32;comp ;&tRNA;636444;334;;;;&tRNA;974692;153;comp;;;&tRNA;2035061;26;comp fin;°CDS;636852;;comp;;deb;°CDS;974929;112;comp;;deb;°CDS;2035161;64;comp deb;°CDS;640192;79;;;;&tRNA;975497;95;comp;;;&tRNA;2035402;246;comp ;tmRNA;640610;334;;;fin;°CDS;975665;;;;fin;°CDS;2035721;; fin;°CDS;641322;;comp;;deb;°CDS;1069506;81;;;deb;°CDS;2185380;84; deb;°CDS;711173;51;;;;&tRNA;1070004;78;comp;;;&tRNA;2186256;40; ;ncRNA;712064;10;comp;;fin;°CDS;1070166;;;;;&tRNA;2186381;25; fin;°CDS;712417;;comp;;deb;°CDS;1084097;24;;;;&tRNA;2186493;16; deb;°CDS;717326;66;;;;regulatory;1084535;39;;;;&tRNA;2186583;40; ;&tRNA;717839;230;;;fin;°CDS;1084670;;;;;&tRNA;2186710;13; fin;°CDS;718151;;;;;;;;;;;ncRNA;2186809;133; ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;2187040;;comp </pre> ====scc intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_tRNA|scc intercalaires tRNA]] <pre> scc;intercalaires tRNA;;;;;;;;; comp’;aa;comp’;deb;comp’;fin;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;;;1194;;369;;32;26;deb; ;;;669;;452;;52;79;<201;13 ;;comp’;152;;176;;64;82;total;18 ;;comp’;16;comp’;251;;66;104;taux;72% ;;;228;;182;;67;124;; ;;comp’;71;comp’;252;;82;153;fin; ;;comp’;237;comp’;202;;84;176;<201;8 ;;comp’;180;;82;;102;182;total;17 ;;;82;;310;;112;213;taux;47% ;;;102;;412;;138;230;; ;;;52;comp’;334;;171;310;total; ;;;66;;230;;186;369;<201;21 ;10;;67;;104;;189;412;total;35 ;;;236;;124;;223;423;taux;60% ;43;comp’;273;comp’;223;;228;437;; ;;comp’;73;comp’;214;;236;452;; ;32 38 37 36;;138;;423;;669;564;; ;;;171;;437;;1194;;comp’;cumuls ;;;223;;153;;16;34;deb; ;;;112;comp’;95;;71;78;<201;11 ;;comp’;81;comp’;78;;73;95;total;16 ;;comp’;247;comp’;247;;81;103;taux;69% ;;comp’;173;comp’;193;;86;193;; ;;comp’;140;;79;;140;202;fin; ;;comp’;217;comp’;103;;152;214;<201;5 ;;comp’;432;;213;;173;223;total;16 ;;comp’;196;comp’;256;;180;246;taux;31% ;;comp’;86;comp’;34;;185;247;; ;;;186;comp’;351;;196;251;total; ;;;189;;564;;217;252;<201;16 ;;comp’;185;comp’;316;;237;256;total;32 ;;;32;;26;;247;316;taux;50% ;;;64;comp’;246;;273;334;; ;40 25 16 40 13;;84;;;;432;351;; ;;;;;;;;;; ;deb;fin;total;;;;;;; <201;24;13;37;;;;;;; total;34;33;67;;;;;;; taux;71%;39%;55%;;;;;;; </pre> ====scc par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_par_rapport_au_groupe_de_référence|scc par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;scc;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;11;6;;;;;17; 16;moyen;9;5;;;;3;17; 14;fort;10;3;;;;;13; ; ;30;14;0;0;0;3;47; 10;g+cga;5;6;;;;;11; 2;agg+cgg;2;;;;;;2; 4;carre ccc;4;;;;;;4; 5;autres;;;;;;;0; ;;11;6;0;0;0;0;17; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;alpha ‰;ref. ‰ 21;faible;234;128;;;;;362;26 16;moyen;191;106;;;;64;362;324 14;fort;213;64;;;;;277;650 ;;638;298;;;;64;47;729 10;g+cga;106;128;;;;;234;10 2;agg+cgg;43;;;;;;43; 4;carre ccc;85;;;;;;85;16 5;autres;;;;;;;; ;;234;128;;;;;362; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;alpha8;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;250;136;;386;26;37;43; 16;moyen;205;114;;318;324;30;36; 14;fort;227;68;;295;650;33;21; ;;682;318;;44;729;30;14; 10;g+cga;114;136;;250;10;45;100; 2;agg+cgg;45;;;45;;18;; 4;carre ccc;91;;;91;16;36;; 5;autres;;;;;;;; ;;250;136;;386;;11;6; </pre> ===spirochetes, estimation des -rRNAs=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#spirochetes,_estimation_des_-rRNAs|spirochetes, estimation des -rRNAs]] <pre> spirochetes;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 13 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;13;21; ; ;;indices;;;;13;162;0;0;;spiro1;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;44 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;9;acc;;aac;;agc;;;atc;69;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;1;cac;1;cgt; gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;;gca;12;gaa;;gga;;;gta;;gca;92;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 ;;;;;;;;;;;162;;0;;0;162;;;;14;;14;;16;44 11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;11.1.21 Paris;;;;spiro;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;73;2823;0;0;;indices;;;;73;2823;0;0;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4400 atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;96;tct;;tat;;atgf;96;;atgi;100;tct;;tat;;atgf;100 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;90;;ctt;;cct;;cat;;cgc;100 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;125;tcc;100;tac;100;tgc;100;;ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;100;acc;100;aac;100;agc;100;;atc;;acc;100;aac;100;agc;100 ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;103;ccc;55;cac;100;cgt;12;;ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt; gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;55;gcc;59;gac;107;ggc;103;;gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100 tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga;16;;tta;100;tca;100;taa;;tga; ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;1.0;aca;100;aaa;100;aga;101;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;92;;cta;100;cca;100;caa;100;cga;100 gta;101;gca;22;gaa;82;gga;100;;gta;101;gca;114;gaa;82;gga;100;;gta;100;gca;;gaa;100;gga;100 ttg;100;tcg;41;tag;0;tgg;100;;ttg;100;tcg;41;tag;;tgg;100;;ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100 atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;97;acg;58;aag;78;agg;66;;atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100 ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;52;ccg;42;cag;42;cgg;47;;ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100 gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;34;gcg;41;gag;40;ggg;21;;gtg;100;gcg;100;gag;100;ggg;100 ;;1398;;1326;;891;3615;;;;1560;;1326;;891;3777;;;;1400;;1400;;1600;4400 rapports;;90;;100;;100;96;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;spiro1;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;37.31;;;fréquences;;;;;atgi;4;tct;;tat;;atgf;4 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;485;;;0/0;;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;100;;avec;22;;;10;27;;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;10 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;genom;13;;;20;2;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;100;tac;100;tgc;100;;;;;;30;1;;;;ttc;20;tcc;0;tac;0;tgc;0 atc;31;acc;100;aac;100;agc;100;;spiro1;44;;;40;1;;;;atc;100;acc;0;aac;0;agc;0 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgt;;;sans;44;;;50;5;36;;;ctc;3;ccc;45;cac;0;cgt;100 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;3;;;60;6;;;;gtc;45;gcc;41;gac;7;ggc;3 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;1;;;70;1;;;;tta;0;tca;0;taa;;tga;100 ata;;aca;100;aaa;100;aga;100;;;;;;80;1;;;;ata;100;aca;0;aaa;0;aga;1 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par spiro;;;;90;0;;;;cta;0;cca;0;caa;0;cga;8 gta;100;gca;19;gaa;100;gga;100;;est 18% au dessus;;;;100;5;;;;gta;1;gca;100;gaa;18;gga;0 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;0;;;;ttg;0;tcg;59;tag;;tgg;0 atgj;100;acg;100;aag;100;agg;100;;;;;;;49;;;;atgj;3;acg;42;aag;22;agg;34 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;100;;;;;;;;;;;ctg;48;ccg;58;cag;58;cgg;53 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;66;gcg;59;gag;60;ggg;79 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;56;;62;;732;850 </pre> ==archeo== ===mfi=== ====mfi opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_opérons|mfi opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_form/methForm-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_LN515531.1;mfi;;genome;;;;;;;; 41.2%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;47;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanobacterium formicicum DSM1535;;;;;;;;;;; ;157153..157563;;CDS;;36;36;;;137;; comp;157600..157683;;ctc;;246;246;;;;; ;157930..158232;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; comp;211693..213681;;CDS;;206;206;;;*663;; ;213888..213971;;tcg;;281;281;;;;; ;214253..215677;;CDS;;;;;;475;; ;;;;;;;;;;; comp;314088..314264;;CDS;;50;50;;;59;; comp;314315..314487;;caa;@1;-1;*-1;;;;; comp;314487..314654;;CDS;;;;;;56;; ;;;;;;;;;;; comp;317759..318211;;CDS;;198;198;;;151;; comp;318410..318494;;tcc;;177;177;;;;; comp;318672..319634;;CDS;;;;;;321;; ;;;;;;;;;;; comp;419250..419975;;CDS;;156;156;;;242;; comp;420132..420204;;aac;;29;29;;;;; comp;420234..420545;;CDS;;;;;;104;; ;;;;;;;;;;; comp;466570..467484;;CDS;;223;223;;;305;; comp;467708..467792;;agc;;186;186;;;;; comp;467979..468294;;ncRNA;@2;122;122;;;316;; ;468417..469397;;CDS;;;;;;327;; ;;;;;;;;;;; ;681116..681676;;CDS;;37;37;;;187;; comp;681714..681786;;gcg;;195;195;;;;; comp;681982..682488;;CDS;;;;;;169;; ;;;;;;;;;;; ;695936..696538;;CDS;;939;*939;;;201;; comp;697478..697600;;5s;;305;;;;123;; comp;697906..700772;;23s;;233;;;;2867;; comp;701006..701079;;gca;;87;;;;;; comp;701167..702646;;16s;;724;*724;;;1480;; ;703371..704336;;CDS;;;;;;322;; ;;;;;;;;;;; comp;746487..747290;;CDS;;155;155;;;268;; comp;747446..747518;;acc;;85;;*85;;;; comp;747604..747686;;tta;;303;303;;;;; ;747990..748163;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;800615..801820;;CDS;;43;43;;;402;; comp;801864..801935;;caa;;72;72;;;;; comp;802008..802697;;CDS;;;;;;230;; ;;;;;;;;;;; comp;963425..964432;;CDS;;273;273;;;336;; ;964706..964778;;aac;;5;;5;;;; ;964784..964857;;atgi;;58;;58;;;; ;964916..964990;;gaa;;53;;53;;;; ;965044..965127;;cta;;29;;29;;;; ;965157..965232;;cac;;146;146;;;;; ;965379..965717;;CDS;;;;;;113;; ;;;;;;;;;;; comp;974621..974842;;CDS;;564;*564;;;74;; ;975407..975480;;aag;;90;;*90;;;; ;975571..975653;;ttg;;504;;*504;;;; ;976158..976231;;aaa;;148;148;;;;; comp;976380..976679;;CDS;;;;;;100;; ;;;;;;;;;;; comp;1006329..1008095;;CDS;;397;397;;;*589;; ;1008493..1008614;;5s;@3;748;;;;122;; ;1009363..1009485;;5s;;286;;;;123;; ;1009772..1012638;;23s;;233;;;;2867;; ;1012872..1012945;;gca;;72;;;;;; ;1013018..1014497;;16s;;454;*454;;;1480;; ;1014952..1016097;;CDS;;;;;;382;; ;;;;;;;;;;; comp;1088211..1088831;;CDS;;53;53;;;207;; comp;1088885..1089038;;tgg;@1;40;;40;;;; comp;1089079..1089150;;tgc;;212;212;;;;; comp;1089363..1089746;;CDS;;;;;;128;; ;;;;;;;;;;; ;1143658..1144137;;CDS;;166;166;;;160;; comp;1144304..1144610;;ncRNA;@2;14;14;;;307;; comp;1144625..1144699;;atgf;;139;139;;;;; comp;1144839..1145162;;CDS;;;;;;108;; ;;;;;;;;;;; ;1153368..1154087;;CDS;;56;56;;;240;; ;1154144..1154217;;aga;;62;;62;;;; ;1154280..1154354;;agg;;552;*552;;;;; comp;1154907..1156157;;CDS;;;;;;417;; ;;;;;;;;;;; ;1247204..1247659;;CDS;;4;4;;;152;; comp;1247664..1247739;;cga;;133;133;;;;; comp;1247873..1248481;;CDS;;;;;;203;; ;;;;;;;;;;; comp;1320721..1321641;;CDS;;183;183;;;307;; ;1321825..1321896;;gta;;99;;*99;;;; ;1321996..1322067;;gtg;;228;228;;;;; comp;1322296..1323084;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; comp;1403886..1409507;;CDS;;351;351;;;*1874;; comp;1409859..1409930;;cgc;;222;222;;;;; comp;1410153..1410620;;CDS;;;;;;156;; ;;;;;;;;;;; ;1532795..1533088;;CDS;;127;127;;;98;; comp;1533216..1533325;;atgj;@1;246;246;;;;; ;1533572..1534402;;CDS;;;;;;277;; ;;;;;;;;;;; ;1541929..1542321;;CDS;;127;127;;;131;; ;1542449..1542522;;ggg;;1;*1;;;;; comp;1542524..1543528;;CDS;;;;;;335;; ;;;;;;;;;;; ;1602054..1603277;;CDS;;257;257;;;408;; ;1603535..1603608;;aca;;76;;76;;;; ;1603685..1603759;;cca;;44;;44;;;; ;1603804..1603877;;tac;;170;;*170;;;; ;1604048..1604119;;gac;;7;;7;;;; ;1604127..1604200;;aaa;;24;24;;;;; ;1604225..1604461;;CDS;;;;;;79;; ;;;;;;;;;;; ;1617553..1617861;;CDS;;187;187;;;103;; ;1618049..1618133;;tca;;252;252;;;;; ;1618386..1619444;;CDS;;;;;;353;; ;;;;;;;;;;; comp;1692202..1692552;;CDS;;271;271;;;117;; comp;1692824..1692895;;cag;;156;156;;;;; comp;1693052..1693972;;CDS;;;;;;307;; ;;;;;;;;;;; ;1887796..1888038;;CDS;;136;136;;;81;; ;1888175..1888257;;ctg;;193;193;;;;; ;1888451..1891267;;CDS;;;;;;*939;; ;;;;;;;;;;; ;2057488..2057883;;CDS;;230;230;;;132;; ;2058114..2058184;;tgc;;143;143;;;;; ;2058328..2059713;;CDS;;;;;;462;; ;;;;;;;;;;; ;2128536..2129312;;CDS;;123;123;;;259;; ;2129436..2129509;;acg;;362;362;;;;; comp;2129872..2130963;;CDS;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; comp;2204492..2204932;;CDS;;178;178;;;147;; ;2205111..2205182;;gtc;;4;;4;;;; ;2205187..2205259;;ttc;;283;283;;;;; comp;2205543..2205875;;CDS;;;;;;111;; ;;;;;;;;;;; ;2317208..2317498;;CDS;;271;271;;;97;; ;2317770..2317842;;atc;;460;*460;;;;; ;2318303..2318863;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;2414821..2415903;;CDS;;491;*491;;;361;; ;2416395..2416468;;gcc;;303;303;;;;; comp;2416772..2417797;;CDS;;;;;;342;; ;;;;;;;;;;; comp;2432399..2432848;;CDS;;537;*537;;;150;; ;2433386..2433459;;ggc;;2;;2;;;; ;2433462..2433535;;gga;;326;326;;;;; comp;2433862..2434263;;CDS;;;;;;134;; </pre> ====mfi cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_cumuls|mfi cumuls]] <pre> mfi cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;-;1;2;1;;100;9;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;4;;50;8;20;;200;21;60;3 ;16 gca 235;2;40;2;;100;3;40;;300;10;90;3 ;16 23 5s a;0;60;3;;150;10;60;;400;12;120;10 ;max a;1;80;2;;200;12;80;;500;5;150;7 ;a doubles;0;100;3;;250;8;100;;600;1;180;5 ;autres;2;120;0;;300;7;120;;700;1;210;5 ;total aas;2;140;0;;350;3;140;;800;0;240;2 sans ;opérons;29;160;0;;400;3;160;;900;0;270;4 ;1 aa;20;180;1;;450;0;180;;1000;1;300;1 ;max a;5;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;6 ;a doubles;0;;1;;;5;;;;1;;15 ;total aas;45;;16;0;;64;;0;;61;;61 total aas;;47;;;;;;;;;;; remarques;;3;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;83;;;224;;;;266;; ;;;variance;121;;;176;;;;265;; sans jaune;;;moyenne;35;;;178;;;;213;;171 ;;;variance;27;;;96;;;;115;;81 </pre> ====mfi blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_blocs|mfi blocs]] <pre> mfi blocs;; CDS;939;201 5s;305;123 23s;233;2867 gca;87; 16s;724;1480 CDS;;322 ;; CDS;397;589 5s;748;122 5s;286;123 23s;233;2867 gca;72; 16s;454;1480 CDS;;382 </pre> ====mfi remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_remarques|mfi remarques]] <pre> mfi;;;;;;;47 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;1;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;2;aga;1 cta;1;cca;1;caa;2;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;1;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;;cag;1;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;;ggg;1 </pre> ====mfi distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_distribution|mfi distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;1;tcc;;tac;1;tgc;1;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;1;agc;1;;atc;;acc;1;aac;1;agc;;;atc;;;;;;; ctc;1;ccc;;cac;;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;2;cga;1;;cta;1;cca;1;caa;;cga;;;cta;;;;;;; gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;1;tag;;tgg;;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;;;;;; atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;;;;;; ctg;1;ccg;;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfi;;20;;;;;;;mfi;25;;;;;2;47;;mfi;0;;;;;; </pre> ====mfi données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_données_intercalaires|mfi données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mfi;fx;fc;mfi;fx40;fc40;mfi;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;0;29;0;0;29;-1;;22;281;36;CDS 16s;;23s 5s;;;tRNA tRNA;;hors bloc 2;0;10;12;146;1;0;20;-2;;0;50;246;454;724;305;;;85;;acc ;0;20;6;108;2;1;25;-3;;0;-1;206;5s CDS;;286;;;**;;tta ;2;30;18;58;3;0;14;-4;1;70;198;37;;939;16s tRNA;;;5;;aac 2;0;40;14;56;4;1;20;-5;;0;177;303;;397;87;;gca;58;;atgi ;2;50;11;53;5;1;14;-6;1;0;156;273;5s 5s;;72;;gca;53;;gaa ;2;60;15;58;6;2;7;-7;;0;29;564;748;;tRNA 23s;;;29;;cta ;0;70;17;61;7;0;8;-8;1;27;223;148;;;2* 233;;gca;**;;cac ;1;80;14;57;8;1;10;-9;;0;195;552;;;;;;90;;aag ;0;90;21;61;9;4;14;-10;;3;155;4;;;;;;504;;ttg ;0;100;16;67;10;2;14;-11;;11;43;183;;;;;;**;;aaa ;0;110;10;46;11;0;17;-12;;0;72;228;;;;;;40;;tgg ;0;120;23;51;12;1;12;-13;;4;146;127;;;;;;**;;tgc 1;2;130;22;52;13;0;18;-14;;3;53;246;;;;;;62;;aga ;3;140;21;40;14;0;16;-15;;0;212;1;;;;;;**;;agg 1;2;150;23;47;15;0;3;-16;;1;139;362;;;;;;99;;gta ;3;160;21;39;16;0;10;-17;;3;56;178;;;;;;**;;gtg ;0;170;15;28;17;1;8;-18;;0;133;283;;;;;;76;;aca 1;1;180;17;27;18;2;12;-19;;1;351;491;;;;;;44;;cca 1;1;190;20;34;19;2;5;-20;;1;222;303;;;;;;170;;tac ;3;200;16;27;20;0;7;-21;;0;127;537;;;;;;7;;gac 1;0;210;13;28;21;2;6;-22;;0;257;326;;;;;;**;;aaa ;1;220;17;21;22;3;4;-23;;2;24;;;;;;;4;;gtc 1;3;230;11;30;23;2;8;-24;;0;187;;;;;;;**;;ttc ;0;240;14;24;24;0;12;-25;;0;252;;;;;;;2;;ggc 2;0;250;9;22;25;1;6;-26;;0;271;;;;;;;**;;gga ;2;260;7;17;26;2;0;-27;;0;156;;;;;;;;; ;0;270;17;18;27;2;9;-28;;0;136;;;;;;;;; 1;2;280;10;16;28;2;5;-29;;1;193;;;;;;;;; 1;1;290;5;12;29;3;4;-30;;0;230;;;;;;;;; ;0;300;5;14;30;1;4;-31;;0;143;;;;;;;;; 2;0;310;13;14;31;1;6;-32;;2;123;;;;;;;;; ;0;320;12;14;32;5;5;-33;;0;271;;;;;;;;; 1;0;330;11;17;33;2;10;-34;;1;460;;;;;;;;; ;0;340;8;6;34;1;5;-35;;2;;;;;;;;;; ;0;350;7;8;35;2;5;-36;;0;;;;;;;;;; ;1;360;7;10;36;0;3;-37;;0;;;;;;;;;; 1;0;370;9;7;37;0;5;-38;;1;;;;;;;;;; ;0;380;6;11;38;0;7;-39;;0;;;;;;;;;; ;0;390;9;8;39;0;8;-40;;0;;;;;;;;;; ;0;400;5;10;40;3;2;-41;;0;;;;;;;;;; 4;1;reste;99;93;reste;576;1148;-42;;0;;;;;;;;;; 22;34;total;626;1545;total;626;1545;-43;;1;;;;;;;;;; 18;32;diagr;527;1423;diagr;50;368;-44;;2;;;;;;;;;; 2;2; t30;36;312;;;;-45;;0;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;2;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;0;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;;;;;;;;;; ;x;626;5;0;631;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;1516;167;29;1712;;;-50;;0;;;;;;;;;; ;;;;;2343;87;;reste;2;7;;;;;;;;;; ;;;;;;2430;;total;5;167;;;;;;;;;; </pre> =====mfi autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfi_autres_intercalaires_aas|mfi autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfi;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;;CDS;157153;157563;36;*; ;comp;tRNA;157600;157683;246;*;ctc fin;;CDS;157930;158232;;0; deb;comp;CDS;211693;213681;206;*; ;;tRNA;213888;213971;281;*;tcg fin;;CDS;214253;215677;;0; deb;comp;CDS;314088;314264;50;*; ;comp;tRNA;314315;314487;-1;*;caa fin;comp;CDS;314487;314654;;; deb;comp;CDS;317759;318211;198;*; ;comp;tRNA;318410;318494;177;*;tcc fin;comp;CDS;318672;319634;;; deb;comp;CDS;419250;419975;156;*; ;comp;tRNA;420132;420204;29;*;aac fin;comp;CDS;420234;420545;;; deb;comp;CDS;466570;467484;223;*; ;comp;tRNA;467708;467792;186;*;agc ;comp;ncRNA;467979;468294;122;*; fin;;CDS;468417;469397;;; deb;;CDS;681116;681676;37;*; ;comp;tRNA;681714;681786;195;*;gcg fin;comp;CDS;681982;682488;;0; deb;;CDS;695936;696538;939;*; ;comp;rRNA;697478;697600;305;*;123 ;comp;rRNA;697906;700772;233;*;2867 ;comp;tRNA;701006;701079;87;*;gca ;comp;rRNA;701167;702646;724;*;1480 fin;;CDS;703371;704336;;0; deb;comp;CDS;746487;747290;155;*; ;comp;tRNA;747446;747518;85;*;acc ;comp;tRNA;747604;747686;303;*;tta fin;;CDS;747990;748163;;; deb;comp;CDS;800615;801820;43;*; ;comp;tRNA;801864;801935;72;*;caa fin;comp;CDS;802008;802697;;; deb;comp;CDS;963425;964432;273;*; ;;tRNA;964706;964778;5;*;aac ;;tRNA;964784;964857;58;*;atgi ;;tRNA;964916;964990;53;*;gaa ;;tRNA;965044;965127;29;*;cta ;;tRNA;965157;965232;146;*;cac fin;;CDS;965379;965717;;; deb;comp;CDS;974621;974842;564;*; ;;tRNA;975407;975480;90;*;aag ;;tRNA;975571;975653;504;*;ttg ;;tRNA;976158;976231;148;*;aaa fin;comp;CDS;976380;976679;;0; deb;;CDS;1006329;1008095;397;*; ;comp;rRNA;1008493;1008614;748;*;122 ;comp;rRNA;1009363;1009485;286;*;123 ;comp;rRNA;1009772;1012638;233;*;2867 ;comp;tRNA;1012872;1012945;72;*;gca ;comp;rRNA;1013018;1014497;454;*;1480 fin;comp;CDS;1014952;1016097;;; deb;comp;CDS;1088211;1088831;53;*; ;comp;tRNA;1088885;1089038;40;*;tgg ;comp;tRNA;1089079;1089150;212;*;tgc fin;comp;CDS;1089363;1089746;;0; deb;;CDS;1143658;1144137;166;*; ;comp;ncRNA;1144304;1144610;14;*; ;comp;tRNA;1144625;1144699;139;*;atgf fin;comp;CDS;1144839;1145162;;; deb;;CDS;1153368;1154087;56;*; ;;tRNA;1154144;1154217;62;*;aga ;;tRNA;1154280;1154354;552;*;agg fin;comp;CDS;1154907;1156157;;; deb;;CDS;1247204;1247659;4;*; ;comp;tRNA;1247664;1247739;133;*;cga fin;comp;CDS;1247873;1248481;;; deb;comp;CDS;1320721;1321641;183;*; ;;tRNA;1321825;1321896;99;*;gta ;;tRNA;1321996;1322067;228;*;gtg fin;comp;CDS;1322296;1323084;;0; deb;comp;CDS;1403886;1409507;351;*; ;comp;tRNA;1409859;1409930;222;*;cgc fin;comp;CDS;1410153;1410620;;; deb;;CDS;1532795;1533088;127;*; ;comp;tRNA;1533216;1533325;246;*;atgj fin;;CDS;1533572;1534402;;0; deb;;CDS;1541929;1542321;127;*; ;;tRNA;1542449;1542522;1;*;ggg fin;comp;CDS;1542524;1543528;;; deb;;CDS;1602054;1603277;257;*; ;;tRNA;1603535;1603608;76;*;aca ;;tRNA;1603685;1603759;44;*;cca ;;tRNA;1603804;1603877;170;*;tac ;;tRNA;1604048;1604119;7;*;gac ;;tRNA;1604127;1604200;24;*;aaa fin;;CDS;1604225;1604461;;; deb;;CDS;1617553;1617861;187;*; ;;tRNA;1618049;1618133;252;*;tca fin;;CDS;1618386;1619444;;0; deb;comp;CDS;1692202;1692552;271;*; ;comp;tRNA;1692824;1692895;156;*;cag fin;comp;CDS;1693052;1693972;;; deb;;CDS;1887796;1888038;136;*; ;;tRNA;1888175;1888257;193;*;ctg fin;;CDS;1888451;1891267;;; deb;;CDS;2057488;2057883;230;*; ;;tRNA;2058114;2058184;143;*;tgc fin;;CDS;2058328;2059713;;; deb;;CDS;2128536;2129312;123;*; ;;tRNA;2129436;2129509;362;*;acg fin;comp;CDS;2129872;2130963;;; deb;comp;CDS;2204492;2204932;178;*; ;;tRNA;2205111;2205182;4;*;gtc ;;tRNA;2205187;2205259;283;*;ttc fin;comp;CDS;2205543;2205875;;; deb;;CDS;2317208;2317498;271;*; ;;tRNA;2317770;2317842;460;*;atc fin;;CDS;2318303;2318863;;0; deb;comp;CDS;2414821;2415903;491;*; ;;tRNA;2416395;2416468;303;*;gcc fin;comp;CDS;2416772;2417797;;; deb;comp;CDS;2432399;2432848;537;*; ;;tRNA;2433386;2433459;2;*;ggc ;;tRNA;2433462;2433535;326;*;gga fin;comp;CDS;2433862;2434263;;0; </pre> ===mja=== ====mja opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_jann_DSM_2661/methJann1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000909.1;mja;;genome;;;;;;;; 31.3%GC;17.8.19 Paris;16s 2 ;37;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661;;;;;;;;;;; comp;96499..97053;;CDS;;372;372;;;185;; comp;97426..97537;;atgj;@1;91;;*91;;;; ;97629..97716;;ctc;;241;241;;;;; ;97958..99259;;CDS;;;;;;434;; ;;;;;;;;;;; comp;110328..111545;;CDS;;222;222;;;406;; ;111768..111852;;tga ;;21;21;;;;; ;111874..112785;;CDS;;;;;;304;; ;;;;;;;;;;; ;137244..138245;;CDS;;98;98;;;334;; comp;138344..138419;;gtg;;59;59;;;;; comp;138479..138781;;CDS;;;;;;101;; ;;;;;;;;;;; ;153070..154479;;CDS;;182;182;;;470;; comp;154662..157639;;23s;;207;;;;2978;; comp;157847..157919;;gca;;64;;;;;; comp;157984..159463;;16s;;340;340;;;1480;; ;159804..160085;;CDS;;;;;;94;; ;;;;;;;;;;; comp;185874..186671;;CDS;;306;306;;;266;; ;186978..187066;;tcc;;71;71;;;;; ;187138..187590;;CDS;;;;;;151;; ;;;;;;;;;;; ;190579..190800;;CDS;;31;31;;;74;; ;190832..190908;;ccc;;32;32;;;;; ;190941..191114;;CDS;;;;;;58;; ;;;;;;;;;;; comp;214560..215060;;CDS;;149;149;;;167;; ;215210..215297;;tta;;154;154;;;;; ;215452..216240;;CDS;;;;;;263;; ;;;;;;;;;;; ;226386..227639;;CDS;;64;64;;;418;; comp;227704..227780;;gcc;;239;239;;;;; ;228020..229720;;CDS;;;;;;*567;; ;;;;;;;;;;; ;303613..303927;;CDS;;64;64;;;105;; ;303992..304081;;tca;;230;230;;;;; comp;304312..304752;;CDS;;;;;;147;; ;;;;;;;;;;; comp;357984..358547;;CDS;;220;220;;;188;; ;358768..358845;;aga;;23;;23;;;; ;358869..358943;;gaa;;164;164;;;;; ;359108..359923;;CDS;;;;;;272;; ;;;;;;;;;;; ;359108..359923;;CDS;;48;48;;;272;; comp;359972..360047;;atgf;;103;103;;;;; comp;360151..361485;;CDS;;;;;;445;; ;;;;;;;;;;; ;401945..402796;;CDS;;171;171;;;284;; comp;402968..403044;;gtc;;229;229;;;;; ;403274..403834;;CDS;;;;;;187;; ;;;;;;;;;;; comp;618311..618757;;CDS;;402;*402;;;149;; comp;619160..619234;;tgc;;63;63;;;;; comp;619298..619915;;CDS;;;;;;206;; ;;;;;;;;;;; ;636394..637449;;CDS;;133;133;;;352;; ;637583..637659;;ttc;;7;;;7;;; ;637667..637742;;aac;;29;;;29;;; ;637772..637849;;atgi;;18;;;18;;; ;637868..637942;;gaa;;39;;;39;;; ;637982..638069;;cta;;11;;;11;;; ;638081..638152;;cac;;295;;;;;; ;638448..639930;;16s;;64;;;;1483;; ;639995..640067;;gca;;207;;;;;; ;640275..643254;;23s;;78;;;;2980;; ;643333..643447;;5s;;56;;;;115;; ;643504..643761;;ncRNA;@2;232;232;;;258;; ;643994..644962;;CDS;;;;;;323;; ;;;;;;;;;;; ;762859..763608;;CDS;;157;157;;;250;; comp;763766..763842;;acc;;178;;*178;;;; ;764021..764096;;caa;;50;50;;;;; ;764147..764818;;CDS;;;;;;224;; ;;;;;;;;;;; ;862207..862410;;CDS;;179;179;;;68;; ;862590..862661;;cga;;41;41;;;;; ;862703..863392;;CDS;;86;86;;;230;; ;863479..863555;;aca;;14;;;14;;; ;863570..863647;;cca;;8;;;8;;; ;863656..863732;;tac;;83;;;83;;; ;863816..863889;;aaa;;13;;;;;; ;863903..864017;;5s;@3;46;;;;115;; ;864064..864141;;gac;;80;80;;;;; ;864222..864842;;CDS;;;;;;207;; ;;;;;;;;;;; ;871492..873447;;CDS;;238;238;;;*652;; comp;873686..873763;;atc;;102;102;;;;; comp;873866..875110;;CDS;;;;;;415;; ;;;;;;;;;;; comp;882566..883615;;CDS;;65;65;;;350;; ;883681..883754;;gta;;123;123;;;;; comp;883878..884297;;CDS;;;;;;140;; ;;;;;;;;;;; comp;1037197..1038504;;CDS;;39;39;;;436;; comp;1038544..1038620;;cgc;@4;1;*1;;;;; comp;1038622..1039386;;CDS;;;;;;255;; ;;;;;;;;;;; comp;1148669..1149934;;CDS;;210;210;;;422;; ;1150145..1150220;;ggc;;34;;34;;;; ;1150255..1150330;;gga;;243;243;;;;; ;1150574..1151254;;CDS;;;;;;227;; ;;;;;;;;;;; comp;1188906..1189772;;CDS;;172;172;;;289;; ;1189945..1190055;;tgg;@1;95;95;;;;; ;1190151..1190684;;CDS;;;;;;178;; ;;;;;;;;;;; comp;1312335..1312781;;CDS;;383;383;;;149;; ;1313165..1313249;;agc;;177;177;;;;; ;1313427..1314617;;CDS;;;;;;397;; </pre> ====mja cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_cumuls|mja cumuls]] <pre> mja cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;2;1;0;0;1;1;1;;100;4;30;0 ;16 23 5s 0;0;20;0;5;50;7;20;;200;12;60;1 ;16 atc gca;0;40;2;2;100;10;40;;300;13;90;2 ;16 23 5s a;0;60;0;0;150;5;60;;400;6;120;3 ;max a;7;80;0;0;200;8;80;;500;8;150;4 ;a doubles;0;100;1;1;250;10;100;;600;1;180;3 ;autres;2;120;0;0;300;0;120;;700;1;210;5 ;total aas;13;140;0;0;350;2;140;;800;0;240;3 sans ;opérons;20;160;0;0;400;2;160;;900;0;270;4 ;1 aa;16;180;1;0;450;1;180;;1000;0;300;4 ;max a;2;200;0;0;500;0;200;;1100;0;330;2 ;a doubles;0;;0;0;;0;;;;0;;14 ;total aas;24;;4;8;;46;;0;;45;;45 total aas;;37;;;;;;;;;;; remarques;;4;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;82;26;;154;;;;269;; ;;;variance;71;25;;102;;;;137;; sans jaune;;;moyenne;29;18;;152;;;;253;;194 ;;;variance;8;12;;95;;;;117;;74 </pre> ====mja blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_blocs|mja blocs]] <pre> mja blocs;; CDS;182; 23s;207;2978 gca;64; 16s;340;1480 CDS;; ;; cac;295; 16s;64;1483 gca;207; 23s;78;2980 5s;56;115 ncRNA;232;258 CDS;; ;; aaa;13; 5s;46;115 gac;80; CDS;; </pre> ====mja remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_remarques|mja remarques]] <pre> mja;;;;;;;37 atgi;1;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;1 atc;1;acc;1;aac;1;agc;1 ctc;1;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;1;gcc;1;gac;1;ggc;1 tta;1;tca;1;taa;;tga;1 ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;2;gaa;2;gga;1 ttg;;tcg;;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;;gag;;ggg; </pre> ====mja distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_distribution|mja distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;;;;;; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;;;;;; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;;;;;; atc;1;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;1;aac;;agc;;;atc;;;;;;; ctc;;ccc;1;cac;;cgc;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;;;;;; gtc;1;gcc;1;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;;;;;; tta;1;tca;1;taa;;tga;1;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;;;;;; ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga;1;;ata;;;;;;; cta;;cca;;caa;;cga;1;;cta;;cca;;caa;1;cga;;;cta;;;;;;; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;1;gga;1;;gta;;;;;;; ttg;;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;;;;;; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;1;acg;;aag;;agg;;;atgj;;;;;;; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;;;;;; gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;;;;;; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mja;;16;;;;;;;mja;8;;;;;;;;mja;0;;;;;; </pre> ====mja données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_données_intercalaires|mja données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA CDS;;rRNA bloc;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mja;fx;fc;mja;fx40;fc40;mja;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa;c;x;aa ;0;0;10;11;0;10;11;-1;0;25;372;250;CDS 23s;;23s 5s;;;tRNA contig;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;1;10;49;179;1;12;18;-2;0;0;241;98;;182;78;;;7;;ttc;91;;atgj ;1;20;31;154;2;12;28;-3;0;0;19;306;5s 16s;;16s tRNA;;;29;;aac;**;;ctc ;0;30;17;91;3;3;6;-4;26;51;59;149;;340;2* 64;;gca;18;;atgi;23;;aga ;3;40;16;50;4;6;32;-5;0;2;71;64;;;tRNA 23s;;;39;;gaa;**;;gaa 1;2;50;11;50;5;0;11;-6;4;0;31;239;;;2* 207;;gca;11;;cta;178;;acc ;1;60;10;45;6;5;4;-7;2;1;32;230;;;5s tRNA;;;**;;cac;**;;caa 2;2;70;14;44;7;2;5;-8;2;12;154;220;;;80;;gac;14;;aca;34;;ggc ;2;80;14;34;8;5;15;-9;3;0;64;48;;;tRNA 16s;;;8;;cca;**;;gga ;1;90;28;43;9;3;32;-10;0;1;164;171;;;295;;cac;83;;tac;;; 1;1;100;19;36;10;1;28;-11;2;10;103;229;;;tRNA 5s;;;**;;aaa;;; ;2;110;10;28;11;7;16;-12;3;0;402;157;;;13;;aaa;;;;;; ;0;120;16;30;12;4;22;-13;0;4;63;238;;;;;;;;;;; 1;0;130;14;28;13;3;17;-14;1;9;133;65;;;;;;;;;;; ;1;140;19;32;14;5;13;-15;3;0;50;123;;;;;;;;;;; 1;0;150;7;27;15;2;13;-16;0;2;179;210;;;;;;;;;;; 1;1;160;13;18;16;1;14;-17;0;5;41;172;;;;;;;;;;; ;1;170;9;12;17;2;10;-18;2;0;86;383;;;;;;;;;;; 2;2;180;14;14;18;2;17;-19;0;2;80;;;;;;;;;;;; ;0;190;13;11;19;3;18;-20;0;6;102;;;;;;;;;;;; ;0;200;10;15;20;2;14;-21;1;0;39;;;;;;;;;;;; 1;0;210;5;10;21;4;16;-22;0;0;1;;;;;;;;;;;; 1;0;220;11;11;22;4;11;-23;1;6;243;;;;;;;;;;;; 2;0;230;7;10;23;1;9;-24;1;0;95;;;;;;;;;;;; 2;0;240;3;9;24;3;11;-25;1;3;177;;;;;;;;;;;; 1;2;250;3;9;25;2;12;-26;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;260;0;7;26;1;9;-27;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;270;6;7;27;2;6;-28;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;280;2;7;28;0;3;-29;1;3;;;;;;;;;;;;; ;0;290;4;10;29;0;6;-30;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;300;3;1;30;0;8;-31;0;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;310;2;3;31;3;4;-32;0;3;;;;;;;;;;;;; ;0;320;6;6;32;2;4;-33;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;330;1;2;33;1;11;-34;0;2;;;;;;;;;;;;; ;0;340;3;3;34;2;11;-35;0;1;;;;;;;;;;;;; ;0;350;2;1;35;0;1;-36;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;360;3;3;36;1;4;-37;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;370;3;3;37;1;3;-38;0;3;;;;;;;;;;;;; ;1;380;3;2;38;1;5;-39;1;0;;;;;;;;;;;;; 1;0;390;3;0;39;4;7;-40;0;0;;;;;;;;;;;;; ;0;400;3;1;40;1;0;-41;0;2;;;;;;;;;;;;; ;1;reste;24;12;reste;318;584;-42;0;0;;;;;;;;;;;;; 18;25;total;441;1069;total;441;1069;-43;0;0;;;;;;;;;;;;; 18;24;diagr;407;1046;diagr;113;474;-44;0;1;;;;;;;;;;;;; 0;2; t30;97;424;;;;-45;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;1;0;;;;;;;;;;;;; ;x;431;56;10;497;;;-49;0;1;;;;;;;;;;;;; ;c;1058;163;11;1232;;;-50;0;0;;;;;;;;;;;;; ;;;;;1729;99;;reste;1;6;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;1828;;total;56;163;;;;;;;;;;;;; </pre> =====mja autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires_aas|mja autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. *'''Attention''': Correction erreur fin de génome <pre> autres intercalaires;;mja;;;;; deb fin;comp;gene;adress1;adresse2;intercalaire;autre;aas ;;rpr;378;2126;89;*; fin;comp;CDS;2216;3343;;; deb;comp;CDS;96499;97053;372;*; ;comp;tRNA;97426;97537;91;*;atgj ;;tRNA;97629;97716;241;*;ctc fin;;CDS;97958;99259;;; deb;comp;CDS;110328;111515;250;*; ;;tRNA;111766;111854;19;*;tga fin;;CDS;111874;112785;;1; deb;;CDS;131467;132552;369;*; ;;rpr;132922;133999;114;*; fin;comp;CDS;134114;134959;;; deb;;CDS;137244;138245;98;*; ;comp;tRNA;138344;138419;59;*;gtg fin;comp;CDS;138479;138781;;0; deb;;CDS;153070;154479;182;*; ;comp;rRNA;154662;157639;207;*;23s ;comp;tRNA;157847;157919;64;*;gca ;comp;rRNA;157984;159463;340;*;16s fin;;CDS;159804;160085;;; deb;comp;CDS;185874;186671;306;*; ;;tRNA;186978;187066;71;*;tcc fin;;CDS;187138;187590;;; deb;;CDS;190579;190800;31;*; ;;tRNA;190832;190908;32;*;ccc fin;;CDS;190941;191114;;; deb;comp;CDS;214560;215060;149;*; ;;tRNA;215210;215297;154;*;tta fin;;CDS;215452;216240;;; deb;;CDS;226386;227639;64;*; ;comp;tRNA;227704;227780;239;*;gcc fin;;CDS;228020;229720;;; deb;;CDS;235984;236169;394;*; ;;rpr;236564;238184;97;*; fin;comp;CDS;238282;238725;;0; deb;;CDS;303622;303927;64;*; ;;tRNA;303992;304081;230;*;tca fin;comp;CDS;304312;304752;;; deb;comp;CDS;351301;351564;129;*; ;;rpr;351694;352468;374;*; fin;comp;CDS;352843;353142;;; deb;comp;CDS;357984;358547;220;*; ;;tRNA;358768;358845;23;*;aga ;;tRNA;358869;358943;164;*;gaa deb;;CDS;359108;359923;48;*; ;comp;tRNA;359972;360047;103;*;atgf fin;comp;CDS;360151;361485;;0; deb;;CDS;401945;402796;171;*; ;comp;tRNA;402968;403044;229;*;gtc fin;;CDS;403274;403834;;; deb;;CDS;427091;428104;467;*; ;;rpr;428572;429636;39;*; fin;comp;CDS;429676;430632;;0; deb;comp;CDS;498208;500886;604;*; ;;rpr;501491;501989;52;*; fin;comp;CDS;502042;502485;;; deb;comp;CDS;506108;506779;484;*; ;;rpr;507264;508115;282;*; fin;;CDS;508398;509819;;; deb;comp;CDS;551189;552289;251;*; ;;ncRNA;552541;552856;28;*; fin;;CDS;552885;553364;;; deb;comp;CDS;618311;618757;402;*; ;comp;tRNA;619160;619234;63;*;tgc fin;comp;CDS;619298;619915;;0; deb;;CDS;636394;637449;133;*; ;;tRNA;637583;637659;7;*;ttc ;;tRNA;637667;637742;29;*;aac ;;tRNA;637772;637849;18;*;atgi ;;tRNA;637868;637942;39;*;gaa ;;tRNA;637982;638069;11;*;cta ;;tRNA;638081;638152;295;*;cac ;;rRNA;638448;639930;64;*;16s ;;tRNA;639995;640067;207;*;gca ;;rRNA;640275;643254;78;*;23s ;;rRNA;643333;643447;56;*;5s ;;ncRNA;643504;643761;232;*; fin;;CDS;643994;644962;;1; deb;;CDS;762859;763608;157;*; ;comp;tRNA;763766;763842;178;*;acc ;;tRNA;764021;764096;50;*;caa fin;;CDS;764147;764818;;0; deb;comp;CDS;857400;857993;118;*; ;;rpr;858112;858343;532;*; fin;;CDS;858876;860228;;; deb;;CDS;862207;862410;179;*; ;;tRNA;862590;862661;41;*;cga deb;;CDS;862703;863392;86;*; ;;tRNA;863479;863555;14;*;aca ;;tRNA;863570;863647;8;*;cca ;;tRNA;863656;863732;83;*;tac ;;tRNA;863816;863889;13;*;aaa ;;rRNA;863903;864017;46;*;5s ;;tRNA;864064;864141;80;*;gac fin;;CDS;864222;864842;;; deb;;CDS;871492;873447;238;*; ;comp;tRNA;873686;873763;102;*;atc fin;comp;CDS;873866;875110;;0; deb;comp;CDS;882566;883615;65;*; ;;tRNA;883681;883754;123;*;gta fin;comp;CDS;883878;884297;;0; deb;comp;CDS;1033083;1034345;474;*; ;;rpr;1034820;1035754;93;*; fin;comp;CDS;1035848;1036873;;; deb;comp;CDS;1037197;1038504;39;*; ;comp;tRNA;1038544;1038620;1;*;cgc fin;comp;CDS;1038622;1039386;;; deb;comp;CDS;1047158;1048804;568;*; ;;rpr;1049373;1050302;181;*; fin;;CDS;1050484;1051014;;0; deb;comp;CDS;1148669;1149934;210;*; ;;tRNA;1150145;1150220;34;*;ggc ;;tRNA;1150255;1150330;243;*;gga fin;;CDS;1150574;1151254;;; deb;comp;CDS;1188906;1189772;172;*; ;;tRNA;1189945;1190055;95;*;tgg fin;;CDS;1190151;1190684;;0; deb;;CDS;1218598;1219764;79;*; ;;rpr;1219844;1220165;479;*; fin;comp;CDS;1220645;1222306;;; deb;;CDS;1266436;1266561;484;*; ;;rpr;1267046;1267714;79;*; fin;comp;CDS;1267794;1268189;;; deb;comp;CDS;1312335;1312781;383;*; ;;tRNA;1313165;1313249;177;*;agc fin;;CDS;1313427;1314617;;; deb;;CDS;1455222;1456646;68;*; ;;rpr;1456715;1457335;384;*; fin;comp;CDS;1457720;1458889;;0; deb;;CDS;1568600;1569889;484;*; ;;rpr;1570374;1570895;121;*; fin;comp;CDS;1571017;1572063;;; deb;;CDS;1574035;1575045;473;*; ;;rpr;1575519;1576383;223;*; fin;;CDS;1576607;1577287;;0; deb;comp;CDS;1664008;1664862;377;*; </pre> ====mja intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_entre_cds|mja intercalaires entre cds]] *'''Les intercalaires négatifs:''' <pre> mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;0;0;0;25;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;2;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;53 continu;25;0;0;52;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;1;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;7;166 </pre> *'''Le Tableau''' <pre> mja;4.2.21 Paris;;mja 9.4.20;;;;;;; ;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>fréquence5 ;'''négatif;219;12.7;'''négatif ;-13;14;-1 à -83;'''1 664 970;-1;219 ;'''zéro;21;1.2;;;;;'''intercals;0;21 ;'''1 à 200;1275;73.7;'''0 à 200;64;56;;'''151 580;5;128 ;'''201 à 370;166;9.6;'''201 à 370;265;47;;'''9.1%;10;100 ;'''371 à 600;36;2.1;'''371 à 600;438;51;;;15;102 ;'''601 à max;12;0.7;'''601 à 1028;675;39;;;20;83 ;'''total 1729;<201;88;'''total 1727;85;109;-83 à 724;;25;73 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;35 470326;1019;-1;219;-70;3;;0;21;35;39 47370;859;0;21;-60;3;;-1;°25;40;27 451281;848;1;30;-50;1;;-2;0;45;36 449897;724;2;°40;-40;5;;-3;0;50;25 291222;711;3;9;-30;10;'''min à -1;-4;°77;55;18 623421;694;4;°38;-20;25;219;-5;2;60;37 1432395;694;5;11;-10;44;12.7%;-6;4;65;22 694012;687;6;9;0;149;;-7;3;70;36 1461617;685;7;7;10;228;;-8;°14;75;21 1176472;629;8;20;20;185;;-9;3;80;27 328329;625;9;°35;30;108;;-10;1;85;27 911715;622;10;29;40;66;'''1 à 100;-11;°12;90;44 106958;542;11;23;50;61;935;-12;3;95;22 91672;527;12;26;60;55;54.0%;-13;4;100;33 692428;522;13;20;70;58;;-14;°10;105;21 256182;501;14;18;80;48;;-15;3;110;17 1370826;495;15;15;90;71;;-16;2;115;21 15863;490;16;15;100;55;;-17;°5;120;25 424100;489;17;12;110;38;;-18;2;125;22 1547813;489;18;19;120;46;;-19;2;130;20 73799;487;19;°21;130;42;;-20;°6;135;25 1128054;479;20;16;140;51;;-21;1;140;26 777753;478;21;°20;150;34;;-22;0;145;18 983847;478;22;15;160;31;;-23;°7;150;16 1338520;474;23;10;170;21;'''1 à 200;-24;1;155;15 518562;472;24;°14;180;28;1275;-25;4;160;16 410085;456;25;14;190;24;74%;-26;°1;165;11 1291124;450;26;10;200;25;;-27;0;170;10 1607321;446;27;8;210;15;;-28;1;175;16 1596121;439;28;3;220;22;;-29;°4;180;12 439827;431;29;6;230;17;;-30;0;185;10 489906;417;30;8;240;12;;-31;0;190;14 966335;417;31;7;250;12;'''0 à 200;-32;°5;195;16 7338;412;32;6;260;7;1296;;223;200;9 325298;411;33;12;270;13;;reste;17;205;6 1119539;406;34;°13;280;9;;total;240;210;9 258119;400;35;1;290;14;;;;215;11 ;;36;5;300;4;;;;220;11 ;;37;4;310;5;;;;225;5 ;;38;6;320;12;;;;230;12 ;;39;°11;330;3;;;;235;5 ;;40;1;340;6;'''201 à 370;;;240;7 ;;reste;902;350;3;166;;;245;6 ;;total;1729;360;6;9.6%;;;250;6 ;;;;370;6;;;;255;4 ;;;;380;5;;;;260;3 ;;;;390;3;;;;265;7 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;400;4;;;;270;6 349543;-83;shift2;635;410;1;;;;275;7 541115;-73;shift2;498;420;4;;;;280;2 575292;-71;shift2;146;430;0;;;;285;9 125178;-64;shift2;246;440;2;;;;290;5 1600078;-62;comp;;450;2;;;;295;3 1611178;-62;shift2;1499;460;1;;;;300;1 28018;-59;shift2;497;470;0;;;;305;4 316817;-49;shift2;495;480;5;;;;310;1 1478759;-48;comp;;490;4;;;;315;6 739648;-44;shift2;851;500;1;;;;320;6 875683;-41;shift2;635;510;1;;;;325;3 1378478;-41;shift2;1910;520;0;;;;330;0 12869;-39;;;530;2;;;;335;5 1051112;-38;;;540;0;'''371 à 600;;;340;1 1285398;-38;;;550;1;36;;;345;2 1623026;-38;;;560;0;2.1%;;;350;1 697374;-35;;;570;0;;;;355;3 1152607;-34;;;580;0;'''601 à max;;;360;3 1328814;-34;;;590;0;12;;;365;4 139527;-32;;;600;0;0.7%;;;370;2 312088;-32;;;reste;12;;;;reste;49 352843;-32;;;total;1729;;;;total;1729 </pre> ====mja intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mja;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;&-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;-16;150;-532;77;660;313;min50;&-94;719;-1762;147;856;255;min40 31 à 400;47;-300;424;21;711;213;2 parties;&-6.2;87;-410;65;964;468;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;&-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;154;57;-;582;poly;78;SF;&227;71;;537;poly;319;SF 31 à 400;115;46;-;623;poly;88;tF;&128;44;-;859;poly;105;SF ;;;;;;;;;;;;;; mja. Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; rru;min40;874;2056;2930;829;193;611;418;722;792;861;;; mja;min30;406;1047;1453;776;326;571;245;844;857;881;;; ant;min40;601;1616;2217;730;271;538;267;892;886;876;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;;; 239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;;; 281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;;; </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélations et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;;;;;;corrélation;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;0.502;;;;; 41-n;0.776;0.326;0.571;;;;;;;;;;; 1-n;0.881;0.844;0.857;;;;;;;;;14.8.21 paris;; mja;fx;fc;;mja;fx%;fc%;;fx40;fc40;;x;mja;Sx-;Sc- 0;10;11;;0;25;11;0;10;11;>0;429;-1;0;25 10;49;179;;10;121;171;1;12;18;<0;56;-2;0;0 20;31;154;;20;76;147;2;12;28;zéro;10;-3;0;0 30;17;91;;30;42;87;3;3;6;total;495;-4;26;51 40;16;50;;40;39;48;4;6;32;;c;-5;0;2 50;11;50;;50;27;48;5;0;11;>0;1060;-6;4;0 60;10;45;;60;25;43;6;5;4;<0;163;-7;2;1 70;14;44;;70;34;42;7;2;5;zéro;11;-8;2;12 80;14;34;;80;34;32;8;5;15;total;1234;-9;3;0 90;28;43;;90;69;41;9;3;32;;;-10;0;1 100;19;36;;100;47;34;10;1;28;total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reste;23;13;;;;;reste;316;586;;;-42;0;0 total;439;1071;;t30;239;405;total;439;1071;;;-43;0;0 diagr;406;1047;;;;;diagr;113;474;;;-44;0;1 - t30;309;623;;;;;;;;;;-45;0;0 ;;;;;;;;;;;;-46;0;0 ;;;;;;;;;;;;-47;0;0 ;;;;;;;;;;;;-48;1;0 ;;;;;;;;;;;;-49;0;1 ;;;;;;;;;;;;-50;0;0 ;;;;;;;;;;;;reste;1;6 ;;;;;;;;;;;;total;56;163 </pre> ====mja intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_négatifs_S-|mja intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> scc;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; continu;39;0;0;156;0;0;6;31;0;5;16;0;2;17;0;4;7;0;0;10;0;0;2;1;2;5;0;0;2;0;1;2;0;1;0;0;0;0;0;0;2;0;0;2;0;1;0;0;0;0;6;320 comp';0;1;0;2;0;2;0;0;2;0;3;2;1;0;1;1;2;1;0;0;0;0;2;1;0;2;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;27 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mja;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;0;0;26;0;4;2;2;3;0;2;3;0;1;3;0;0;2;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;56 ;Sc-;25;0;0;51;2;0;1;12;0;1;10;0;4;9;0;2;5;0;2;6;0;0;6;0;3;1;0;1;3;0;0;3;0;2;1;0;0;3;0;0;2;0;0;1;0;0;0;0;1;0;6;163 </pre> ====mja autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_autres_intercalaires|mja autres intercalaires]] <pre> mja;autres intercalaires;;adresses1;;;mja;autres intercalaires;;adresses2;;;mja;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;1664008;?;comp;;deb;°CDS;862207;179;;;deb;°CDS;857400;118;comp ;repeat_region;378;89;;;;&tRNA;862590;41;;;;repeat_region;858112;532; fin;°CDS;2216;;comp;;deb;°CDS;862703;86;;;fin;°CDS;858876;; deb;°CDS;96499;372;comp;;;&tRNA;863479;14;;;deb;°CDS;871492;238; ;&tRNA;97426;91;comp;;;&tRNA;863570;8;;;;&tRNA;873686;102;comp ;&tRNA;97629;241;;;;&tRNA;863656;83;;;fin;°CDS;873866;;comp fin;°CDS;97958;;;;;&tRNA;863816;13;;;deb;°CDS;882566;65;comp deb;°CDS;110328;250;comp;;;$rRNA;863903;46;;;;&tRNA;883681;123; ;&tRNA;111766;19;;;;&tRNA;864064;80;;;fin;°CDS;883878;;comp fin;°CDS;111874;;;;fin;°CDS;864222;;;;deb;°CDS;1033083;474;comp deb;°CDS;131467;369;;;deb;°CDS;401945;171;;;;repeat_region;1034820;93; ;repeat_region;132922;114;;;;&tRNA;402968;229;comp;;fin;°CDS;1035848;;comp fin;°CDS;134114;;comp;;fin;°CDS;403274;;;;deb;°CDS;1037197;39;comp deb;°CDS;137244;98;;;deb;°CDS;427091;467;;;;&tRNA;1038544;1;comp ;&tRNA;138344;59;comp;;;repeat_region;428572;39;;;fin;°CDS;1038622;;comp fin;°CDS;138479;;comp;;fin;°CDS;429676;;comp;;deb;°CDS;1047158;568;comp deb;°CDS;153070;182;;;deb;°CDS;498208;604;comp;;;repeat_region;1049373;181; ;$rRNA;154662;207;comp;;;repeat_region;501491;52;;;fin;°CDS;1050484;; ;&tRNA;157847;64;comp;;fin;°CDS;502042;;comp;;deb;°CDS;1148669;210;comp ;$rRNA;157984;340;comp;;deb;°CDS;506108;484;comp;;;&tRNA;1150145;34; fin;°CDS;159804;;;;;repeat_region;507264;282;;;;&tRNA;1150255;243; deb;°CDS;185874;306;comp;;fin;°CDS;508398;;;;fin;°CDS;1150574;; ;&tRNA;186978;71;;;deb;°CDS;551189;251;comp;;deb;°CDS;1188906;172;comp fin;°CDS;187138;;;;;ncRNA;552541;28;;;;&tRNA;1189945;95; deb;°CDS;190579;31;;;fin;°CDS;552885;;;;fin;°CDS;1190151;; ;&tRNA;190832;32;;;deb;°CDS;618311;402;comp;;deb;°CDS;1218598;79; fin;°CDS;190941;;;;;&tRNA;619160;63;comp;;;repeat_region;1219844;479; deb;°CDS;214560;149;comp;;fin;°CDS;619298;;comp;;fin;°CDS;1220645;;comp ;&tRNA;215210;154;;;deb;°CDS;636394;133;;;deb;°CDS;1266436;484; fin;°CDS;215452;;;;;&tRNA;637583;7;;;;repeat_region;1267046;79; deb;°CDS;226386;64;;;;&tRNA;637667;29;;;fin;°CDS;1267794;;comp ;&tRNA;227704;239;comp;;;&tRNA;637772;18;;;deb;°CDS;1312335;383;comp fin;°CDS;228020;;;;;&tRNA;637868;39;;;;&tRNA;1313165;177; deb;°CDS;235984;394;;;;&tRNA;637982;11;;;fin;°CDS;1313427;; ;repeat_region;236564;97;;;;&tRNA;638081;295;;;deb;°CDS;1455222;68; fin;°CDS;238282;;comp;;;$rRNA;638448;64;;;;repeat_region;1456715;384; deb;°CDS;303622;64;;;;&tRNA;639995;207;;;fin;°CDS;1457720;;comp ;&tRNA;303992;230;;;;$rRNA;640275;78;;;deb;°CDS;1568600;484; fin;°CDS;304312;;comp;;;$rRNA;643333;56;;;;repeat_region;1570374;121; deb;°CDS;351301;129;comp;;;ncRNA;643504;232;;;fin;°CDS;1571017;;comp ;repeat_region;351694;374;;;fin;°CDS;643994;;;;deb;°CDS;1574035;473; fin;°CDS;352843;;comp;;deb;°CDS;762859;157;;;;repeat_region;1575519;223; deb;°CDS;357984;220;comp;;;&tRNA;763766;178;comp;;fin;°CDS;1576607;; ;&tRNA;358768;23;;;;&tRNA;764021;50;;;;;;; ;&tRNA;358869;164;;;fin;°CDS;764147;;;;;;;; deb;°CDS;359108;48;;;;;;;;;;;;; ;&tRNA;359972;103;comp;;;;;;;;;;;; fin;°CDS;360151;;comp;;;;;;;;;;;; </pre> ====mja intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_tRNA|mja intercalaires tRNA]] <pre> mja;intercalaires tRNA;;;;;;;;; ;entre aas;;cds aa deb;;cds aa fin ;;cds aa deb;cds aa fin ;continu;cumuls ;;;;;;;;;; comp’;91;;372;;241;;31;1;'''deb; ;23;comp’;250;;19;;39;19;<201;6 ;7;comp’;98;;59;;64;32;total;8 ;29;comp’;306;;71;;86;41;taux;75% ;18;;31;;32;;133;50;; ;39;comp’;149;;154;;179;59;'''fin; ;11;comp’;64;comp’;239;;372;63;<201;15 comp’;178;;64;comp’;230;;402;71;total;17 ;14;comp’;220;;164;;'''-;80;taux;88% ;8;comp’;48;;103;;'''-;95;; ;83;comp’;171;comp’;229;;'''-;102;'''total; ;34;;402;;63;;'''-;103;<201;21 ;;;133;;;;'''-;154;total;25 ;;comp’;157;;50;;'''-;164;taux;84% ;;;179;;41;;'''-;177;; ;;;86;;80;;'''-;241;; ;;comp’;238;;102;;'''-;243;'''comp’;'''cumuls ;;comp’;65;comp’;123;;48;123;'''deb; ;;;39;;1;;64;229;<201;8 ;;comp’;210;;243;;65;230;total;14 ;;comp’;172;;95;;98;239;taux;57% ;;comp’;383;;177;;149;'''-;; ;;;;;;;157;'''-;'''fin; ;;;;;;;171;'''-;<201;1 ;;;;;;;172;'''-;total;4 ;;;;;;;210;'''-;taux;25% ;;;;;;;220;'''-;; ;;;;;;;238;'''-;'''total; ;;;;;;;250;'''-;<201;9 ;;;;;;;306;'''-;total;18 ;;;;;;;383;'''-;taux;50% ;;;;;;;;;; ;;;;;deb;fin;total;;; ;;;;<201;14;16;30;;; ;;;;total;22;21;43;;; ;;;;taux;64%;76%;70%;;; </pre> ===mba=== ====mba opérons==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba opérons]] <pre> http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/archaea/Meth_bark_Fusaro/methBark1-tRNAs.fa;gtRNAdb;;;;;;;;;;; https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_007355.1;mba;;genome;;;;;;;;; 39.2%GC;2.2.20 Paris;16s 3 ;62;doubles;intercalaires;CDS;aa;avec aa;cdsa;cdsd;protéines; Methanosarcina barkeri str. Fusaro;;;;;;;;;;;; ;91192..91938;;cds;;137;137;;;249;;DUF429 domain-containing protein;* comp;92076..92160;;ctc;+;132;;*132;;;;;* comp;92293..92377;;ctc;2 ctc;298;298;;;;;;* comp;92676..93476;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* comp;98630..99337;;cds;;535;*535;;;236;;ABC transporter ATP-binding protein;* comp;99873..99955;;tcc;;222;222;;;;;;* comp;100178..101194;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;146979..147518;;cds;;80;80;;;180;;tyrosine-type recombinase/integrase;* comp;147599..147670;;acc;;198;198;;;;;;* comp;147869..148381;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;199345..200268;;cds;;492;*492;;;308;;aldolase;* comp;200761..200833;;aac;+;71;;71;;;;;* comp;200905..200979;;atgi;2 aac;119;;*119;;;;;* comp;201099..201171;;aac;;964;*964;;;;;;* ;202136..202366;;cds;;;;;;77;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;260990..261532;;cds;;173;173;;;181;;nitroreductase family protein";* ;261706..261777;;cgg;;673;*673;;;;;;* ;262451..262960;;cds;;;;;;170;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;463836..464723;;cds;;2075;*2075;;;296;;polyprenyl synthetase family protein;* ;466799..466870;;gga;;94;;*94;;;;;* ;466965..467049;;cta;;221;221;;;;;;* comp;467271..468818;;cds;;;;;;*516;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;473154..473723;;cds;;298;298;;;190;;hp;* comp;474022..474096;;gag;;246;246;;;;;;* comp;474343..475584;;cds;;;;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;692109..692987;;cds;;349;349;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;693337..693411;;aga;;400;400;;;;;;* comp;693812..694420;;cds;;;;;;203;;sulfite exporter TauE/SafE family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;703446..703958;;cds;;488;*488;;;171;;biotin transporter BioY;* ;704447..704521;;agg;;283;283;;;;;;* ;704805..705284;;cds;;;;;;160;;N-acetyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;800463..800642;;cds;;799;*799;;;60;;hp;* comp;801442..801526;;agc;;137;137;;;;;;* comp;801664..801978;;ncRNA;@1;327;327;;;315;;;* ;802306..803931;;cds;;;;;;*542;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1109819..1110013;;cds;;15;15;;;65;;hp;* ;1110029..1110103;;atgf;+;63;;63;;;;;* ;1110167..1110241;;atgf;3 atg;63;;63;;;;;* ;1110305..1110379;;atgf;;273;273;;;;;;* ;1110653..1111984;;cds;;;;;;444;;signal recognition particle protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1134460..1135074;;cds;;235;235;;;205;;endonuclease III;* comp;1135310..1135381;;tgc;+;65;;65;;;;;* comp;1135447..1135518;;tgc;2 tgc;126;126;;;;;;* comp;1135645..1136277;;cds;;;;;;211;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1137210..1137680;;cds;;488;*488;;;157;;P-bacterioferritin;* comp;1138169..1138290;;5s;;129;;;;122;;;* comp;1138420..1141252;;23s;;222;;;;2833;;;* comp;1141475..1142963;;16s;;830;*830;;;1489;;;* ;1143794..1145302;;cds;;;;;;*503;;2-isopropylmalate synthase;* ;;;;;;;;;;;; comp;1249870..1250040;;cds;;423;*423;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* comp;1250464..1250537;;aag;;546;*546;;;;;;* ;1251084..1251290;;cds;;;;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1315521..1315691;;cds;@2;-12;*-12;;;57;;hp;* comp;1315680..1315751;;cgc;;174;174;;;;;;* ;1315926..1317110;;cds;;;;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;1514831..1515373;;cds;;1133;*1133;;;181;;ArsR family transcriptional regulator;* ;1516507..1516579;;caa;;760;*760;;;;;;* comp;1517340..1517663;;cds;;;;;;108;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1538879..1539286;;cds;;36;36;;;136;;sensor histidine kinase;* comp;1539323..1539395;;other;@3;1249;*1249;;;73;;;* >comp;1540645..1540794;;cds;;;;;;50;;PKD domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1546247..1547791;;cds;;576;*576;;;*515;;aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme;* comp;1548368..1548441;;aca;;448;*448;;;;;;* <;1548890..1549093;;cds;;;;;;68;;matrixin family metalloprotease;* ;;;;;;;;;;;;* ;1550566..1550760;;cds;;745;*745;;;65;;DeoR family transcriptional regulator;* comp;1551506..1551579;;aca;;506;*506;;;;;;* ;1552086..1552640;;cds;;;;;;185;;YkgJ family cysteine cluster protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1621639..1622835;;cds;;433;*433;;;399;;methionine adenosyltransferase;* ;1623269..1623384;;tac;@4;112;;*112;;;;;* ;1623497..1623569;;gac;;300;300;;;;;;* comp;1623870..1624067;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1714788..1715069;;cds;;154;154;;;94;;hp;* comp;1715224..1715295;;acg;;187;187;;;;;;* comp;1715483..1716493;;cds;;;;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1755811..1755993;;cds;;113;113;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* comp;1756107..1756181;;ccg;@5;0;*0;;;;;;* comp;1756182..1756370;;cds;;;;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;;;;;;;;;;;;* ;1842058..1842195;;cds;;16;16;;;46;;hp;* comp;1842212..1842285;;gtg;;717;*717;;;;;;* ;1843003..1843767;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1852573..1852896;;cds;;1364;*1364;;;108;;PadR family transcriptional regulator;* comp;1854261..1854338;;ccc;;198;198;;;;;;* comp;1854537..1855097;;cds;;;;;;187;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1908225..1908989;;cds;;349;349;;;255;;hp;* comp;1909339..1909530;;tgg;;445;*445;;;;;;* >;1909976..1910152;;cds;;;;;;59;;nitrogenase reductase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1926717..1927178;;cds;;183;183;;;154;;DUF4145 domain-containing protein;* comp;1927362..1927445;;tcg;;125;125;;;;;;* comp;1927571..1928944;;cds;;;;;;458;;endonuclease Q family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2005431..2007053;;cds;;2315;*2315;;;*541;;PKD domain-containing protein;* comp;2009369..2009443;;cca;;199;199;;;;;;* comp;2009643..2010194;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2026807..2028456;;cds;;314;314;;;*550;;ATP-dependent DNA ligase;* ;2028771..2028842;;ggg;;513;*513;;;;;;* comp;2029356..2029766;;cds;;;;;;137;;PaaI family thioesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;2157926..2158684;;cds;;567;*567;;;253;;hp;* ;2159252..2159362;;atgj;;349;349;;;;;;* ;2159712..2160225;;cds;;;;;;171;;amidohydrolase family protein;* ;;;;;;;;;;;; comp;2194967..2195302;;cds;;713;*713;;;112;;translation initiation factor eIF-1A;* ;2196016..2197504;;16s;;222;;;;1489;;;* ;2197727..2200559;;23s;;129;;;;2833;;;* ;2200689..2200810;;5s;;607;*607;;;122;;;* comp;2201418..2201615;;cds;;;;;;66;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* >comp;2434335..2434609;;cds;;603;*603;;;92;;nucleoside deaminase;* comp;2435213..2435284;;gcc;;223;;*223;;;;;* ;2435508..2435584;;atc;+;74;;74;;;;;* ;2435659..2435735;;atc;2 atc;241;241;;;;;;* comp;2435977..2436390;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;2622097..2624025;;cds;;1489;*1489;;;*643;;replication factor C large subunit;* ;2625515..2625588;;gta;;1102;*1102;;;;;;* ;2626691..2626918;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2650514..2651296;;cds;;164;164;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;2651461..2651532;;cac;;218;218;;;;;;* ;2651751..2653460;;cds;;;;;;*570;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;2663547..2664668;;cds;;318;318;;;374;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;2664987..2665058;;ggc;;263;263;;;;;;* ;2665322..2666563;;cds;;;;;;414;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;2856552..2857409;;cds;;134;134;;;286;;hp;* comp;2857544..2857628;;tca;;153;153;;;;;;* comp;2857782..2858546;;cds;;;;;;255;;peptidylprolyl isomerase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3326036..3326557;;cds;;539;*539;;;174;;hp;* ;3327097..3327168;;tgc;;995;*995;;;;;;* ;3328164..3328898;;cds;;;;;;245;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3994472..3994921;;cds;;514;*514;;;150;;IS200/IS605 family transposase;* comp;3995436..3995529;;cga;;477;*477;;;;;;* ;3996007..3996714;;cds;;;;;;236;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4005709..4006026;;cds;;269;269;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;4006296..4006378;;ttg;;860;*860;;;;;;* ;4007239..4009012;;rpr;@6;169;169;;;1774;;Family CRISPR;* comp;4009182..4009478;;cds;;;;;;99;;CRISPR-associated endonuclease Cas2;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4031590..4031871;;cds;;1075;*1075;;;94;;hp;* ;4032947..4033019;;cag;;182;182;;;;;;* comp;4033202..4033765;;cds;;;;;;188;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4041205..4041960;;cds;;96;96;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4042057..4042141;;tta;;375;375;;;;;;* comp;4042517..4044976;;cds;;;;;;*820;;beta-propeller fold lactonase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4045359..4048274;;cds;;718;*718;;;*972;;PKD domain-containing protein;* ;4048993..4049077;;tta;;35;35;;;;;;* comp;4049113..4052403;;cds;;241;241;;;*1097;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* ;4052645..4052729;;tta;;177;177;;;;;;* comp;4052907..4053395;;cds;;;;;;163;;MarR family transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;4407561..4407830;;cds;;64;64;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;4407895..4407966;;gcg;;675;*675;;;;;;* comp;4408642..4409715;;cds;;;;;;358;;radical SAM protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4504139..4504300;;cds;;536;*536;;;54;;hp;* comp;4504837..4504921;;ctg;;220;220;;;;;;* comp;4505142..4506050;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4551177..4551851;;cds;;566;*566;;;225;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;4552418..4552491;;gtc;+;94;;*94;;;;;* ;4552586..4552660;;ttc;2 gtc;7;;7;;;;;* ;4552668..4552739;;ggc;2 ttc;61;;61;;;;;* ;4552801..4552874;;gtc;2 ggc;94;;*94;;;;;* ;4552969..4553043;;ttc;;7;;7;;;;;* ;4553051..4553122;;ggc;;717;*717;;;;;;* ;4553840..4554052;;cds;;;;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;4617920..4618339;;cds;;200;200;;;140;;hp;* ;4618540..4618617;;gaa;;351;351;;;;;;* ;4618969..4619190;;cds;;377;377;;;74;;hp;* ;4619568..4619645;;gaa;;214;214;;;;;;* comp;4619860..4620678;;cds;;;;;;273;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;4673041..4673643;;cds;;289;289;;;201;;adenosylcobinamide amidohydrolase;* comp;4673933..4674054;;5s;;129;;;;122;;;* comp;4674184..4677016;;23s;;135;;;;2833;;;* comp;4677152..4677224;;gca;;79;;;;;;;* comp;4677304..4678792;;16s;;1242;*1242;;;1489;;;* ;4680035..4680817;;cds;;;;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;4759174..4759410;;cds;;89;89;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;4759500..4759576;;aaa;;655;*655;;;;;;* comp;4760232..4760801;;cds;;;;;;190;;DJ-1/PfpI family protein;* </pre> ====mba cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_cumuls|mba cumuls]] <pre> mba cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;2;1;;100;25;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;2;;50;4;20;;200;27;60;7 ;16 gca 235;1;40;0;;100;4;40;;300;21;90;14 ;16 23 5s a;0;60;0;;150;6;60;;400;8;120;8 ;max a;1;80;6;;200;14;80;;500;4;150;5 ;a doubles;0;100;3;;250;9;100;;600;7;180;10 ;autres;0;120;2;;300;8;120;;700;1;210;11 ;total aas;1;140;1;;350;6;140;;800;0;240;4 sans ;opérons;44;160;0;;400;4;160;;900;1;270;10 ;1 aa;37;180;0;;450;4;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;4;200;;1100;1;330;2 ;a doubles;6;;1;;;35;;;;0;;21 ;total aas;61;;15;0;;100;;0;;96;;96 total aas;;62;;;;;;;;;;; remarques;;6;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;85;;;457;;;;240;; ;;;variance;52;;;407;;;;194;; sans jaune;;;moyenne;51;;;210;;;;186;;158 ;;;variance;28;;;98;;;;106;;78 </pre> ====mba blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_blocs|mba blocs]] <pre> mba blocs;;;; cds;289;201;adenosylcobinamide amidohydrolase;* 5s;129;122;;* 23s;135;2833;;* gca;79;;;* 16s;1242;1489;;* cds;;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;;;; cds;713;112;translation initiation factor eIF-1A;* 16s;222;1489;;* 23s;129;2833;;* 5s;607;122;;* cds;;66;hp;* ;;;; cds;488;157;P-bacterioferritin;* 5s;129;122;;* 23s;222;2833;;* 16s;830;1489;;* cds;;503;2-isopropylmalate synthase;* </pre> ====mba remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_remarques|mba remarques]] <pre> mba;;;;;;62;62 atgi;1;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;4 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;3;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mba distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_distribution|mba distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;3 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;1;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;3;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;2;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;2;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mba;;37;;;;;;;mba;14;;;;;;;;mba;9;;;;;; </pre> ====mba données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_données_intercalaires|mba données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mba;fx;fc;mba;fx40;fc40;mba;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa 1;1;0;1;21;0;1;21;-1;0;33;298;137;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;8;155;1;0;22;-2;2;0;535;790;;835;2*209;;;132;;ctc 1;1;20;13;127;2;2;31;-3;0;2;222;2075;;718;23s 5s;;;**;;ctc ;0;30;11;72;3;0;12;-4;3;117;80;221;;1247;3*74;;;71;;aac 1;1;40;19;74;4;2;17;-5;1;0;198;298;5s CDS;;16s tRNA;;;119;;atgi ;0;50;12;54;5;1;23;-6;2;0;492;349;;488;85;;gca;**;;aac ;0;60;18;61;6;0;15;-7;0;5;173;400;;607;tRNA 23s;;;94;;gga ;1;70;12;47;7;0;4;-8;0;33;673;488;;289;116;;gca;**;;cta ;1;80;16;54;8;2;4;-9;0;1;246;546;;;;;;63;;atgf ;1;90;18;53;9;0;8;-10;0;4;307;-12;;;;;;63;;atgf 1;0;100;17;37;10;1;19;-11;0;13;799;174;;;;;;**;;atgf ;0;110;16;38;11;2;16;-12;0;0;15;286;;;;;;65;;tgc ;1;120;29;44;12;0;8;-13;1;4;273;760;;;;;;**;;tgc ;2;130;11;39;13;0;19;-14;3;15;235;448;;;;;;112;;tac 2;0;140;20;35;14;2;13;-15;0;0;126;745;;;;;;**;;gac ;0;150;19;52;15;1;12;-16;0;5;423;506;;;;;;223;;gcc 1;1;160;22;25;16;1;13;-17;1;11;36;300;;;;;;74;;atc ;1;170;14;44;17;0;11;-18;0;5;1249;154;;;;;;**;;atc 2;1;180;24;36;18;3;13;-19;0;4;576;16;;;;;;94;;gtc 2;1;190;29;46;19;1;7;-20;1;7;433;717;;;;;;7;;ttc ;4;200;27;30;20;3;15;-21;0;0;187;445;;;;;;61;;ggc ;0;210;18;21;21;1;8;-22;0;1;113;183;;;;;;94;;gtc 1;2;220;31;43;22;4;8;-23;1;5;0;314;;;;;;7;;ttc 1;1;230;19;32;23;2;4;-24;0;0;1379;513;;;;;;**;;ggc ;1;240;15;32;24;0;14;-25;0;5;198;241;;;;;;;; 2;1;250;25;26;25;1;4;-26;1;8;349;318;;;;;;;; ;0;260;25;34;26;0;6;-27;0;1;125;263;;;;;;;; 1;1;270;18;35;27;1;10;-28;0;3;2315;134;;;;;;;; ;1;280;18;37;28;1;4;-29;0;1;199;514;;;;;;;; 1;0;290;16;26;29;1;4;-30;0;0;567;477;;;;;;;; 2;1;300;12;23;30;0;10;-31;0;0;349;1075;;;;;;;; ;1;310;19;24;31;1;2;-32;0;4;603;182;;;;;;;; 2;0;320;17;27;32;0;6;-33;0;0;1489;96;;;;;;;; ;0;330;14;23;33;0;8;-34;1;0;1102;375;;;;;;;; ;0;340;27;22;34;3;7;-35;1;5;164;718;;;;;;;; 1;2;350;12;28;35;1;11;-36;0;0;218;35;;;;;;;; ;1;360;14;18;36;6;8;-37;0;0;153;241;;;;;;;; ;0;370;11;20;37;0;9;-38;0;3;539;177;;;;;;;; 1;1;380;12;24;38;0;11;-39;0;0;995;675;;;;;;;; ;0;390;8;15;39;4;6;-40;0;0;269;566;;;;;;;; 1;0;400;19;18;40;4;6;-41;1;1;64;214;;;;;;;; 17;19;reste;529;707;reste;1183;1930;-42;0;0;536;;;;;;;;; 41;49;total;1235;2379;total;1235;2379;-43;0;0;220;;;;;;;;; 23;29;diagr;705;1651;diagr;51;428;-44;0;1;717;;;;;;;;; 1;1; t30;32;354;;;;-45;0;0;200;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;0;0;351;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;0;1;377;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;0;0;89;;;;;;;;; ;x;1234;22;1;1257;;;-49;0;3;655;;;;;;;;; ;c;2358;307;21;2686;;;-50;0;0;;;;;;;;;; ;;;;;3943;128;;reste;3;6;;;;;;;;;; ;;;;;;4071;;total;22;307;;;;;;;;;; </pre> ====mba intercalaires entre cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_entre_cds|mba intercalaires entre cds]] *'''Le Tableau''' <pre> mba;4.2.21 Paris;;mba 17.12.20;;;;;;;;; mba;intercalaires;;%;intercalaires;moyenne;ecartype;plage;ADN;intercal;<u>frequence5;intercal;<u>frequencez ;'''négatif;329;8.3;'''négatif ;-12;13;-1 à -74;'''4 837 408;-1;329;610;21 ;'''zéro;22;0.6;;;;;'''intercals;0;22;620;23 ;'''1 à 200;1478;37.5;'''0 à 200;85;62;;'''1 292 909;5;110;630;21 ;'''201 à 370;782;19.8;'''201 à 370;278;48;;'''26.7%;10;53;640;20 ;'''371 à 600;643;16.3;'''371 à 600;475;66;;;15;73;650;14 ;'''601 à max;689;17.5;'''601 à 1028;920;310;;;20;67;660;22 ;'''total 3943;<201;46;'''total 3938;324;341;-74 à 2323;;25;46;670;14 adresse;intercal;intercal;fréquence1;intercal;fréquence;cumul et %;intercal;fréquence;30;37;680;28 3095040;2919;-1;329;-70;1;;0;22;35;39;690;6 526434;2894;0;22;-60;0;;-1;°33;40;54;700;11 1788553;2705;1;22;-50;8;;-2;2;45;35;710;20 2002090;2693;2;°33;-40;7;;-3;2;50;31;720;14 4631335;2517;3;12;-30;14;'''min à -1;-4;°120;55;34;730;7 818173;2323;4;19;-20;34;329;-5;1;60;45;740;16 2797830;2322;5;°24;-10;66;8.3%;-6;2;65;34;750;20 3799612;2309;6;15;0;221;;-7;5;70;25;760;12 376145;2299;7;4;10;163;;-8;°33;75;34;770;18 3653740;2282;8;6;20;140;;-9;1;80;36;780;12 4809596;2233;9;8;30;83;;-10;4;85;41;790;8 1187952;2165;10;°20;40;93;'''1 à 100;-11;°13;90;30;800;7 4415180;2161;11;18;50;66;878;-12;0;95;27;810;6 3268995;2076;12;8;60;79;22.3%;-13;5;100;27;820;8 372411;1964;13;°19;70;59;;-14;°18;105;23;830;8 3552425;1946;14;15;80;70;;-15;0;110;31;840;9 3151269;1901;15;13;90;71;;-16;5;115;32;850;13 3603917;1870;16;°14;100;54;;-17;°12;120;41;860;6 542032;1854;17;11;110;54;;-18;5;125;25;870;18 682785;1848;18;°16;120;73;;-19;4;130;25;880;8 3195397;1797;19;8;130;50;;-20;°8;135;24;890;10 2484625;1761;20;°18;140;55;;-21;0;140;31;900;9 3100209;1754;21;9;150;71;;-22;1;145;42;910;7 2724177;1733;22;°12;160;47;;-23;°6;150;29;920;5 912406;1712;23;6;170;58;'''1 à 200;-24;0;155;23;930;4 2448660;1707;24;°14;180;60;1478;-25;5;160;24;940;7 2750853;1677;25;5;190;75;37.5%;-26;°9;165;22;950;15 4703857;1624;26;6;200;57;;-27;1;170;36;960;9 974831;1613;27;°11;210;39;;-28;3;175;29;970;5 4637075;1600;28;5;220;74;;-29;°1;180;31;980;9 2503952;1596;29;5;230;51;;-30;0;185;39;990;8 511626;1595;30;°10;240;47;;-31;0;190;36;1000;9 2705610;1569;31;3;250;51;'''0 à 200;-32;°4;195;33;1010;3 3908084;1568;32;6;260;59;1500;;325;200;24;1020;9 2490112;1557;33;8;270;53;;reste;26;205;19;1030;4 63786;1555;34;10;280;55;;total;351;210;20;1040;7 136653;1553;35;12;290;42;;;;215;46;1050;3 958597;1549;36;°14;300;35;;;;220;28;1060;7 301149;1548;37;9;310;43;;;;225;29;1070;10 1165546;1516;38;°11;320;44;;'''intercal;'''<u>frequencef;230;22;1080;5 ;;39;10;330;37;;600;3254;235;24;1090;3 ;;40;10;340;49;'''201 à 370;700;180;240;23;1100;1 ;;reste;3113;350;40;782;800;134;245;29;1110;8 ;;total;3943;360;32;19.8%;900;95;250;22;1120;4 ;;;;370;31;;1000;78;255;30;1130;3 '''adresse;'''intercaln;'''décalage;'''long;380;36;;1100;52;260;29;1140;4 4403838;-74;comp;;390;23;;1200;41;265;26;1150;3 1874377;-59;shift2;688;400;37;;1300;30;270;27;1160;5 4136612;-59;shift2;694;410;34;;1400;22;275;22;1170;4 493240;-56;shift2;127;420;31;;1500;15;280;33;1180;3 942901;-56;shift2;601;430;43;;1600;13;285;20;1190;3 4169341;-56;shift2;238;440;34;;1700;3;290;22;1200;4 4335751;-56;shift2;445;450;30;;1800;6;295;20;;580 4374865;-55;comp;;460;27;;1900;3;300;15;reste;109 2801727;-51;comp;;470;31;;2000;3;305;18;total;3943 1742959;-49;shift2;2660;480;28;;2100;1;310;25;; 2882494;-49;shift2;1325;490;28;;2200;2;315;24;; 3292321;-49;shift2;101;500;26;;2300;3;320;20;; 2440972;-47;shift2;664;510;22;;2400;3;325;19;; 4561346;-44;shift2;1744;520;32;;2500;0;330;18;; 1057681;-41;shift2;394;530;25;;2600;1;335;21;; 1723225;-41;comp;;540;20;'''371 à 600;2700;1;340;28;; 82489;-38;;;550;23;643;2800;1;345;21;; 222695;-38;;;560;22;16.3%;2900;1;350;19;; 3533580;-38;;;570;22;;3000;1;355;19;; 1573832;-35;;;580;28;'''601 à max;;689;360;13;; 1931905;-35;;;590;18;689;;;365;15;; 3122151;-35;;;600;23;17.5%;;;370;16;; 3337334;-35;;;reste;689;;reste;0;reste;1332;; 4054645;-35;;;total;3943;;total;3943;total;3943;; </pre> ====mba intercalaires positifs S+==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba intercalaires positifs S+]] *Tableaux <pre> mba Sx+ Sc+ Les diagrammes 400. Corrélations et fréquences faibles 1-30;;;;;;;;;;;;;; ;;effectifs diagramme;;;corrélation x+ c+, 41-n;;;;corrélation x+ c+, 1-n;;;;; gen;minima;x+;c+;total;400;200;250;diff;200;250;400;;; afn;min10;328;1322;1650;607;-17;108;125;-467;-407;-8;;; mba;min10;705;1651;2356;154;-330;-221;109;-512;-477;-223;;; cbei;min10;950;3395;4345;402;-509;-375;134;-649;-648;-290;;; 1-30 ‰ ;;;effectifs;;0 ‰;;<0 ‰;;effectifs 1-40;;corel;;; 1-30 x+;1-30 c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+;c+;x+/c+;;; 46;402;0.11;350;1688;6;5;11;180;36;580;-369;;; 45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;;; 26;244;0.11;1212;4400;0;4;8;89;35;954;272;;; ;;;;;;;;;;;;;; Diagrammes 400;;;;;;;;;;;;;; mba;Sx+;;;;;;;Sc+;;;;;; Poly3;-7;-5;-3;1;R2;flex x+;comment.;-7;-5;-3;1;R2;flex c+;comment. 1 à 400;4.9;-71;219;11;350;483;min10;-50;359;-832;80;823;239;min50 1 à 600;5.8;-62;170;7.4;465;354;2 parties;-6.7;100;-498;10;789;495;2 parties droite;-a;cste;-;R2;note;R2’;;-a;cste;-;R2;note;R2’; 1 à 400;2;25;-;1;poly;348;tF;104;46;;536;poly;287;SF 1 à 600;14;20;-;156;poly;309;tF;80;59;-;580;poly;209;SF </pre> *Effectifs et pourcentages par rapport au total du diagramme, '''diagr'''. Total des pourcentages des fréquences 10 20 30, '''t30'''. *Corrélation et fréquences faibles <pre> ;400;200;250;800;;;;;;;;;;;;;;;;; ;coefficient de corrélation fx fc;;;;;;;;;;corrélation;;;;;;;;complément à 800;; 41-n;0.154;-0.330;-0.221;0.639;;;;;;;-0.074;;;;;;;;effectifs;; 1-n;-0.223;-0.512;-0.477;;;;;;;;;;;;14.8.21 paris;;;;;; mba;fx;fc;;mba;fx%;fc%;mba;fx;fc;;fx40;fc40;;x;mba;Sx-;Sc-;;mba;fx;fc 0;1;21;;0;1;13;;;;0;1;21;>0;1232;-1;0;33;;410;13;21 10;8;155;;10;11;94;410;13;21;1;0;22;<0;22;-2;2;0;;420;13;18 20;13;127;;20;18;77;420;13;18;2;2;31;zéro;1;-3;0;2;;430;19;24 30;11;72;;30;16;44;430;19;24;3;0;12;total;1255;-4;3;117;;440;15;19 40;19;74;;40;27;45;440;15;19;4;2;17;;c;-5;1;0;;450;14;16 50;12;54;;50;17;33;450;14;16;5;1;23;>0;2360;-6;2;0;;460;7;20 60;18;61;;60;26;37;460;7;20;6;0;15;<0;307;-7;0;5;;470;11;20 70;11;48;;70;16;29;470;11;20;7;0;4;zéro;21;-8;0;33;;480;7;21 80;16;54;;80;23;33;480;7;21;8;2;4;total;2688;-9;0;1;;490;14;14 90;18;53;;90;26;32;490;14;14;9;0;8;;;-10;0;4;;500;12;14 100;17;37;;100;24;22;500;12;14;10;1;19;;;-11;0;13;;510;5;17 110;16;38;;110;23;23;510;5;17;11;2;16;;;-12;0;0;;520;15;17 120;30;43;;120;43;26;520;15;17;12;0;8;;;-13;1;4;;530;8;17 130;11;39;;130;16;24;530;8;17;13;0;19;;;-14;3;15;;540;6;14 140;20;35;;140;28;21;540;6;14;14;2;13;;;-15;0;0;;550;15;8 150;19;52;;150;27;31;550;15;8;15;1;12;;;-16;0;5;;560;10;12 160;22;25;;160;31;15;560;10;12;16;1;13;;;-17;1;11;;570;14;8 170;14;44;;170;20;27;570;14;8;17;0;11;;;-18;0;5;;580;13;15 180;24;36;;180;34;22;580;13;15;18;3;13;;;-19;0;4;;590;8;10 190;29;46;;190;41;28;590;8;10;19;1;7;;;-20;1;7;;600;13;10 200;27;30;;200;38;18;600;13;10;20;3;15;;;-21;0;0;;610;10;11 210;18;21;;210;26;13;610;10;11;21;1;8;;;-22;0;1;;620;7;16 220;31;43;;220;44;26;620;7;16;22;4;8;;;-23;1;5;;630;9;12 230;20;31;;230;28;19;630;9;12;23;2;4;;;-24;0;0;;640;7;13 240;15;32;;240;21;19;640;7;13;24;0;14;;;-25;0;5;;650;4;10 250;24;27;;250;34;16;650;4;10;25;1;4;;;-26;1;8;;660;8;14 260;25;34;;260;35;21;660;8;14;26;0;6;;;-27;0;1;;670;4;10 270;18;35;;270;26;21;670;4;10;27;1;10;;;-28;0;3;;680;12;16 280;18;37;;280;26;22;680;12;16;28;1;4;;;-29;0;1;;690;2;4 290;16;26;;290;23;16;690;2;4;29;1;4;;;-30;0;0;;700;5;6 300;12;23;;300;17;14;700;5;6;30;0;10;;;-31;0;0;;710;8;12 310;19;24;;310;27;15;710;8;12;31;1;2;;;-32;0;4;;720;5;9 320;17;27;;320;24;16;720;5;9;32;0;6;;;-33;0;0;;730;3;4 330;14;23;;330;20;14;730;3;4;33;0;8;;;-34;1;0;;740;5;11 340;27;22;;340;38;13;740;5;11;34;3;7;;;-35;1;5;;750;9;11 350;12;28;;350;17;17;750;9;11;35;1;11;;;-36;0;0;;760;6;6 360;14;18;;360;20;11;760;6;6;36;6;8;;;-37;0;0;;770;10;8 370;11;20;;370;16;12;770;10;8;37;0;9;;;-38;0;3;;780;3;9 380;12;24;;380;17;15;780;3;9;38;0;11;;;-39;0;0;;790;5;3 390;8;15;;390;11;9;790;5;3;39;4;6;;;-40;0;0;;800;2;5 400;19;18;;400;27;11;800;2;5;40;4;6;;;-41;1;1;;;1061;2156 reste;527;709;;;;;reste;171;204;reste;1181;1932;;;-42;0;0;;;; total;1233;2381;;t30;45;214;total;1233;2381;total;1233;2381;;;-43;0;0;;;; diagr;705;1651;;;;;diagr;356;505;diagr;51;428;;;-44;0;1;;;; - t30;673;1297;;;;;;;;;;;;;-45;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-46;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-47;0;1;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-48;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-49;0;3;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;-50;0;0;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;reste;3;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;total;22;307;;;; </pre> ====mba intercalaires négatifs S-==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_négatifs_S-|mba intercalaires négatifs S-]] *9.6.21 <pre> mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;; comp’;;2;;1;1;2;;;;;;;1;3;;;1;;;1;;;;;;1;;;;;;;;1;1;;;;;;1;;;;;;;;;;2;18 continu;33;0;2;119;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;6;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;7;311 </pre> *14.8.21 <pre> 14.8.21 paris;mba;-1;-2;-3;-4;-5;-6;-7;-8;-9;-10;-11;-12;-13;-14;-15;-16;-17;-18;-19;-20;-21;-22;-23;-24;-25;-26;-27;-28;-29;-30;-31;-32;-33;-34;-35;-36;-37;-38;-39;-40;-41;-42;-43;-44;-45;-46;-47;-48;-49;-50;reste;total ;Sx-;0;2;0;3;1;2;0;0;0;0;0;0;1;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;22 ;Sc-;33;0;2;117;0;0;5;33;1;4;13;0;4;15;0;5;11;5;4;7;0;1;5;0;5;8;1;3;1;0;0;4;0;0;5;0;0;3;0;0;1;0;0;1;0;0;1;0;3;0;6;307 </pre> ====mba autres intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_autres_intercalaires|mba autres intercalaires]] <pre> ;mba;autres intercalaires;;adresses1;;mba;autres intercalaires;;adresses2;;;mba;autres intercalaires;;adresses3; ;;;;;;;;;;;;;;;; deb;°CDS;91192;137;;;deb;°CDS;1516050;286;comp;;deb;°CDS;2622097;1489; ;&tRNA;92076;132;comp;;;&tRNA;1516507;760;;;;&tRNA;2625515;1102; ;&tRNA;92293;298;comp;;fin;°CDS;1517340;;comp;;fin;°CDS;2626691;; fin;°CDS;92676;;comp;;deb;°CDS;1538879;36;comp;;deb;°CDS;2650514;164; deb;°CDS;98630;535;comp;;;&tRNA;1539323;1249;comp;;;&tRNA;2651461;218; ;&tRNA;99873;222;comp;;fin;°CDS;1540645;;comp;;fin;°CDS;2651751;; fin;°CDS;100178;;comp;;deb;°CDS;1546247;576;comp;;deb;°CDS;2663547;318; deb;°CDS;146979;80;comp;;;&tRNA;1548368;448;comp;;;&tRNA;2664987;263;comp ;&tRNA;147599;198;comp;;fin;°CDS;1548890;;;;fin;°CDS;2665322;; fin;°CDS;147869;;comp;;deb;°CDS;1550566;745;;;deb;°CDS;2856552;134; deb;°CDS;199345;492;comp;;;&tRNA;1551506;506;comp;;;&tRNA;2857544;153;comp ;&tRNA;200761;71;comp;;fin;°CDS;1552086;;;;fin;°CDS;2857782;;comp ;&tRNA;200905;119;comp;;deb;°CDS;1621639;433;;;deb;°CDS;3326036;539; ;&tRNA;201099;790;comp;;;&tRNA;1623269;112;;;;&tRNA;3327097;995; fin;°CDS;201962;;;;;&tRNA;1623497;300;;;fin;°CDS;3328164;; deb;°CDS;260990;173;;;fin;°CDS;1623870;;comp;;deb;°CDS;3994472;514; ;&tRNA;261706;673;;;deb;°CDS;1657967;616;comp;;;&tRNA;3995436;477;comp fin;°CDS;262451;;;;;repeat_region;1660242;74;;;fin;°CDS;3996007;; deb;°CDS;355894;309;;;fin;°CDS;1661656;;;;deb;°CDS;4005709;269; ;repeat_region;356467;137;;;deb;°CDS;1714788;154;;;;&tRNA;4006296;860; fin;°CDS;359947;;;;;&tRNA;1715224;187;comp;;;repeat_region;4007239;169; deb;°CDS;463836;2075;comp;;fin;°CDS;1715483;;comp;;fin;°CDS;4009182;;comp ;&tRNA;466799;94;;;deb;°CDS;1755811;113;comp;;deb;°CDS;4031590;1075;comp ;&tRNA;466965;221;;;;&tRNA;1756107;0;comp;;;&tRNA;4032947;182; fin;°CDS;467271;;comp;;fin;°CDS;1756182;;comp;;fin;°CDS;4033202;;comp deb;°CDS;473154;298;;;deb;°CDS;1842058;16;;;deb;°CDS;4041205;96;comp ;&tRNA;474022;246;comp;;;&tRNA;1842212;717;comp;;;&tRNA;4042057;375; fin;°CDS;474343;;comp;;fin;°CDS;1843003;;;;fin;°CDS;4042517;;comp deb;°CDS;692109;349;comp;;deb;°CDS;1852573;1379;comp;;deb;°CDS;4045359;718;comp ;&tRNA;693337;400;;;;&tRNA;1854261;198;comp;;;&tRNA;4048993;35; 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;&tRNA;1135447;126;comp;;fin;°CDS;2029356;;comp;;;&tRNA;4553051;717; fin;°CDS;1135645;;comp;;deb;°CDS;2157926;567;;;fin;°CDS;4553840;; deb;°CDS;1137210;488;;;;&tRNA;2159252;349;;;deb;°CDS;4617920;200; ;$rRNA;1138169;74;comp;;fin;°CDS;2159712;;;;;&tRNA;4618540;351; ;$rRNA;1138365;209;comp;;deb;°CDS;2194967;718;comp;;deb;°CDS;4618969;377; ;$rRNA;1141481;835;comp;;;$rRNA;2196021;209;;;;&tRNA;4619568;214; fin;°CDS;1143794;;;;;$rRNA;2197708;74;;;fin;°CDS;4619860;;comp deb;°CDS;1249870;423;comp;;;$rRNA;2200689;607;;;deb;°CDS;4673041;289; ;&tRNA;1250464;546;comp;;fin;°CDS;2201418;;comp;;;$rRNA;4673933;74;comp fin;°CDS;1251084;;;;deb;°CDS;2434335;603;comp;;;$rRNA;4674129;116;comp deb;°CDS;1315521;-12;;;;&tRNA;2435213;223;comp;;;&tRNA;4677152;85;comp ;&tRNA;1315680;174;comp;;;&tRNA;2435508;74;;;;$rRNA;4677310;1247;comp fin;°CDS;1315926;;;;;&tRNA;2435659;241;;;fin;°CDS;4680035;; ;;;;;;fin;°CDS;2435977;;comp;;deb;°CDS;4759174;89;comp ;;;;;;;;;;;;;&tRNA;4759500;655;comp ;;;;;;;;;;;;fin;°CDS;4760232;;comp </pre> ====mba intercalaires tRNA==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_tRNA|mba intercalaires tRNA]] <pre> comp’;aa;comp’;cds aa deb;comp’;cds aa fin ;;deb;fin;continu;cumuls ;;;;;;;;;; ;132;comp’;137;;298;;15;0;'''deb; ;;;535;;222;;36;125;<201;9 ;;;80;;198;;64;126;total;25 ;71 119;;492;comp’;790;;80;153;taux;36% ;;;173;;673;;89;187;; ;94;comp’;2075;comp’;221;;113;198;'''fin; ;;comp’;298;;246;;164;198;<201;8 ;;comp’;349;comp’;400;;173;199;total;23 ;;comp’;488;;307;;200;218;taux;35% ;;;799;;;;235;220;; ;63 63;;15;;273;;269;222;'''total; ;65;;235;;126;;349;246;<201;17 ;;;423;comp’;546;;377;273;total;48 ;;comp’;-12;comp’;174;;423;298;taux;35% ;;comp’;286;comp’;760;;433;307;; ;;;36;;1249;;535;349;; ;;;576;comp’;448;;536;351;; ;;comp’;745;comp’;506;;539;655;; ;112;;433;comp’;300;;567;673;; ;;comp’;154;;187;;576;717;; ;;;113;;0;;603;995;; ;;comp’;16;comp’;717;;799;1102;; ;;;1379;;198;;1379;1249;; ;;;349;comp’;445;;1489;-;; ;;comp’;183;;125;;2315;-;'''comp’;'''cumuls ;;;2315;;199;;'''-12;35;; ;;comp’;314;comp’;513;;16;174;'''deb; ;;;567;;349;;96;177;<201;7 '''comp’;'''223;;603;comp’;241;;134;182;total;21 ;'''74;;;;;;137;214;taux;33% ;;;1489;;1102;;154;221;; ;;;164;;218;;183;241;'''fin; 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WH1;;;;;;;;;;;; comp;38726..40264;;cds;;698;*698;;;*513;;2-isopropylmalate synthase;* ;40963..42450;;16s;;208;;;;1488;;;* ;42659..45491;;23s;;130;;;;2833;;;* ;45622..45743;;5s;;857;*857;;;122;;;* ;46601..47164;;cds;;102;102;;;188;;hp;* ;47267..47338;;tgc;+;72;;72;;;;;* ;47411..47482;;tgc;2 tgc;411;*411;;;;;;* ;47894..48508;;cds;;;;;;205;;endonuclease III;* ;;;;;;;;;;;;* comp;71092..72423;;cds;;384;384;;;444;;signal recognition particle protein;* comp;72808..72882;;atgf;+;89;;*89;;;;;* comp;72972..73046;;atgf;2 atgf;234;234;;;;;;* ;73281..73472;;cds;;;;;;64;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;175573..176153;;cds;;163;163;;;194;;hp;* comp;176317..176389;;gac;;111;;*111;;;;;* comp;176501..176614;;tac;@1;295;295;;;;;;* ;176910..177248;;cds;;;;;;113;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;214884..215966;;cds;;801;*801;;;361;;hp;* comp;216768..216841;;aca;;150;150;;;;;;* ;216992..217582;;cds;;;;;;197;;aldolase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;372219..373091;;cds;;558;*558;;;291;;hp;* comp;373650..373723;;gtg;;340;340;;;;;;* ;374064..374828;;cds;;;;;;255;;peptidase A24;* ;;;;;;;;;;;;* comp;379248..381950;;cds;;1076;*1076;;;*901;;DNA mismatch repair protein MutS;* comp;383027..383104;;ccc;;193;193;;;;;;* comp;383298..383882;;cds;;;;;;195;;CDP-alcohol phosphatidyltransferase family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;532751..533176;;cds;;356;356;;;142;;hp;* comp;533533..533607;;cca;;149;149;;;;;;* comp;533757..534308;;cds;;;;;;184;;UbiX family flavin prenyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;598666..599850;;cds;;170;170;;;395;;redox-regulated ATPase YchF;* ;600021..600092;;cgc;;341;341;;;;;;* ;600434..600868;;cds;;;;;;145;;cell surface lipoprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;680493..681734;;cds;;185;185;;;414;;proteasome-activating nucleotidase;* ;681920..681994;;gag;;242;242;;;;;;* >;682237..682560;;cds;;;;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;689062..689631;;cds;;36;36;;;190;;phosphatase PAP2 family protein;* comp;689668..689752;;cta;;73;;73;;;;;* comp;689826..689897;;gga;;1481;*1481;;;;;;* ;691379..691483;;cds;;;;;;35;;CcmD family protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;793563..795017;;cds;;111;111;;;485;;p-IS66 family transposase;* comp;795129..795213;;ctc;+;117;;*117;;;;;* comp;795331..795418;;ctc;2 ctc;235;235;;;;;;* comp;795654..796454;;cds;;;;;;267;;DNA-directed RNA polymerase subunit D;* ;;;;;;;;;;;;* ;810088..810471;;cds;;861;*861;;;128;;hp;* comp;811333..811415;;tcc;;123;123;;;;;;* comp;811539..812555;;cds;;;;;;339;;RNA-guided pseudouridylation complex pseudouridine synthase subunit Cbf5;* ;;;;;;;;;;;;* comp;893309..894232;;cds;;391;391;;;308;;aldolase;* comp;894624..894696;;aac;+;87;;*87;;;;;* comp;894784..894858;;atgi;2 aac;110;;*110;;;;;* comp;894969..895041;;aac;;1415;*1415;;;;;;* comp;896457..897506;;cds;;;;;;350;;TIGR00303 family protein;* ;;;;;;;;;;;;* ;949570..950112;;cds;;208;208;;;181;;nitroreductase family protein;* ;950321..950392;;cgg;;498;*498;;;;;;* comp;950891..952300;;cds;;;;;;470;;NADPH-dependent glutamate synthase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1088496..1090946;;cds;;360;360;;;*817;;PGF-pre-PGF domain-containing protein;* comp;1091307..1091378;;gcc;;227;;*227;;;;;* ;1091606..1091682;;atc;+;62;;62;;;;;* ;1091745..1091818;;atc;2 atc;353;353;;;;;;* comp;1092172..1092585;;cds;;;;;;138;;transcriptional regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1155736..1156137;;cds;;210;210;;;134;;AsnC family transcriptional regulator;* ;1156348..1156425;;gaa;+;718;;*718;;;;;* ;1157144..1157221;;gaa;2 gaa;233;233;;;;;;* comp;1157455..1158645;;cds;@4;;;;;397;;ISH3 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1199367..1200149;;cds;;967;*967;;;261;;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* ;1201117..1202604;;16s;;80;;;;1488;;;* ;1202685..1202757;;gca;;135;;;;;;;* ;1202893..1205725;;23s;;130;;;;2833;;;* ;1205856..1205977;;5s;;5;5;;;122;;;* comp;1205983..1206231;;cds;;;;;;83;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;1207508..1211485;;cds;;12;12;;;*1326;;PAS domain S-box protein;* comp;1211498..1211582;;ctg;;190;190;;;;;;* comp;1211773..1212681;;cds;;;;;;303;;ornithine carbamoyltransferase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1220571..1220783;;cds;;596;*596;;;71;;MoaD/ThiS family protein;* comp;1221380..1221451;;ggc;+;25;;25;;;;;* comp;1221477..1221551;;ttc;2 ggc;57;;57;;;;;* comp;1221609..1221682;;gtc;2 ttc;71;;71;;;;;* comp;1221754..1221825;;ggc;2 gtc;25;;25;;;;;* comp;1221851..1221925;;ttc;;118;;*118;;;;;* comp;1222044..1222117;;gtc;;358;358;;;;;;* ;1222476..1223792;;cds;;;;;;439;;methanogenesis marker 16 metalloprotein;* ;;;;;;;;;;;;* ;1400830..1401773;;cds;;914;*914;;;315;;helix-turn-helix domain-containing protein;* ;1402688..1402761;;gta;;287;287;;;;;;* ;1403049..1403276;;cds;;;;;;76;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;1504221..1505630;;cds;;686;*686;;;470;;F0F1 ATP synthase subunit beta;* comp;1506317..1506410;;cga;;750;*750;;;;;;* ;1507161..1508039;;cds;;;;;;293;;response regulator;* ;;;;;;;;;;;;* ;1513245..1513562;;cds;;213;213;;;106;;divalent-cation tolerance protein CutA;* ;1513776..1513858;;ttg;;268;268;;;;;;* >;1514127..1514647;;cds;;;;;;174;;p-IS1634 family transposase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1887880..1888338;;cds;;392;392;;;153;;pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein;* comp;1888731..1888802;;ggc;;378;378;;;;;;* ;1889181..1890518;;cds;;;;;;446;;DHH family phosphoesterase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1962666..1963553;;cds;;130;130;;;296;;hp;* comp;1963684..1963768;;tta;;235;235;;;;;;* ;1964004..1964759;;cds;;;;;;252;;MBL fold metallo-hydrolase;* ;;;;;;;;;;;;* ;1971331..1971852;;cds;;319;319;;;174;;hp;* comp;1972172..1972244;;cag;;204;204;;;;;;* comp;1972449..1972850;;cds;;;;;;134;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2170713..2172446;;cds;;156;156;;;*578;;radical SAM protein;* comp;2172603..2172674;;cac;;174;174;;;;;;* comp;2172849..2173631;;cds;;;;;;261;;thiazole biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* <comp;2320809..2321131;;cds;;141;141;;;108;;p-IS200/IS605 family transposase;* comp;2321273..2321344;;gcg;;65;65;;;;;;* comp;2321410..2321679;;cds;;;;;;90;;elongation factor 1-beta;* ;;;;;;;;;;;;* ;2387890..2388675;;cds;;150;150;;;262;;peptidylprolyl isomerase;* ;2388826..2388911;;tca;;326;326;;;;;;* comp;2389238..2389453;;cds;;;;;;72;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* comp;2678132..2678368;;cds;;85;85;;;79;;DNA-directed RNA polymerase subunit H;* comp;2678454..2678530;;aaa;;824;*824;;;;;;* comp;2679355..2679537;;cds;;;;;;61;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3091524..3091754;;cds;;271;271;;;77;;hp;* comp;3092026..3092147;;5s;;130;;;;122;;;* comp;3092278..3095110;;23s;;208;;;;2833;;;* comp;3095319..3096806;;16s;;839;*839;;;1488;;;* ;3097646..3097975;;cds;;;;;;110;;translation initiation factor eIF-1A;* ;;;;;;;;;;;; comp;3153517..3155214;;cds;;599;*599;;;*566;;diguanylate phosphodiesterase;* comp;3155814..3155923;;atgj;;799;*799;;;;;;* ;3156723..3157106;;cds;;;;;;128;;tRNA CCA-pyrophosphorylase;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3241682..3242944;;cds;;473;*473;;;421;;diaminopimelate decarboxylase;* ;3243418..3243489;;ggg;;377;377;;;;;;* ;3243867..3244073;;cds;;;;;;69;;hp;* ;;;;;;;;;;;;* ;3341829..3342017;;cds;@2;0;*0;;;63;;DNA-directed RNA polymerase subunit N;* ;3342018..3342092;;ccg;;112;112;;;;;;* ;3342205..3342387;;cds;;;;;;61;;DNA-directed RNA polymerase subunit K;* ;;;;;;;;;;;;* ;3358176..3359186;;cds;;533;*533;;;337;;class I SAM-dependent methyltransferase family protein;* ;3359720..3359791;;acg;;52;52;;;;;;* comp;3359844..3360305;;cds;;;;;;154;;peroxiredoxin;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3397316..3398947;;cds;;422;*422;;;*544;;methylamine methyltransferase corrinoid protein reductive activase;* ;3399370..3399684;;ncRNA;@3;149;149;;;315;;;* ;3399834..3399918;;agc;;230;230;;;;;;* ;3400149..3400847;;cds;;;;;;233;;ATPase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3435506..3436918;;cds;;181;181;;;471;;phosphotransferase;* ;3437100..3437183;;tcg;;273;273;;;;;;* ;3437457..3437948;;cds;;870;*870;;;164;;rubrerythrin family protein;* ;3438819..3438989;;cds;;107;107;;;57;;hp;* ;3439097..3439289;;tgg;;42;42;;;;;;* comp;3439332..3439484;;cds;;;;;;51;;hp MLELDILDLDILDLDILDLKILELEILELEVLELEILELEILELEVLVQS;* ;;;;;;;;;;;;* ;3456114..3456473;;cds;;260;260;;;120;;hp;* comp;3456734..3456805;;acc;;200;200;;;;;;* comp;3457006..3457518;;cds;;;;;;171;;DUF98 domain-containing protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3583589..3584044;;cds;;295;295;;;152;;N-acetyltransferase;* comp;3584340..3584414;;agg;;339;339;;;;;;* ;3584754..3585317;;cds;;;;;;188;;biotin transporter BioY;* ;;;;;;;;;;;;* ;3593430..3593861;;cds;;343;343;;;144;;PspC domain-containing protein;* comp;3594205..3594279;;aga;;348;348;;;;;;* ;3594628..3595506;;cds;;;;;;293;;branched-chain-amino-acid transaminase;* ;;;;;;;;;;;;* ;3603458..3603697;;cds;;389;389;;;80;;type II toxin-antitoxin system HicB family antitoxin;* ;3604087..3604159;;caa;;633;*633;;;;;;* comp;3604793..3606301;;cds;;;;;;*503;;lipopolysaccharide biosynthesis protein;* ;;;;;;;;;;;;* comp;3856073..3856279;;cds;;402;*402;;;69;;TRAM domain-containing protein;* ;3856682..3856755;;aag;;498;*498;;;;;;* ;3857254..3857424;;cds;;;;;;57;;CopG family transcriptional regulator;* </pre> ====mfe cumuls==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_cumuls|mfe cumuls]] <pre> mfe cumuls;;;;;;;;;;;;; ;opérons;;Fréquences intercalaires tRNAs;;;Fréquences intercalaires cds;;;;Fréquences aas cds;;; ;;effectif;gammes;sans rRNAs;avec rRNAs;gammes;cds;gammes;cdsd;gammes;cdsa;gammes;cdsa 330 avec rRNA;opérons;3;1;0;-;1;1;1;;100;18;30;0 ;16 23 5s 0;2;20;0;;50;4;20;;200;29;60;4 ;16 gca 235;1;40;2;;100;3;40;;300;12;90;14 ;16 23 5s a;0;60;1;;150;11;60;;400;9;120;6 ;max a;1;80;4;;200;9;80;;500;9;150;8 ;a doubles;0;100;2;;250;10;100;;600;5;180;7 ;autres;0;120;4;;300;7;120;;700;0;210;9 ;total aas;1;140;0;;350;7;140;;800;0;240;1 sans ;opérons;40;160;0;;400;10;160;;900;1;270;6 ;1 aa;31;180;0;;450;3;180;;1000;1;300;4 ;max a;6;200;0;;500;3;200;;1100;0;330;3 ;a doubles;7;;2;;;20;;;;1;;23 ;total aas;55;;15;0;;88;;0;;85;;85 total aas;;56;;;;;;;;;;; remarques;;;;;;;;;;;;; avec jaune;;;moyenne;131;;;376;;;;255;; ;;;variance;169;;;299;;;;210;; sans jaune;;;moyenne;55;;;223;;;;207;;157 ;;;variance;21;;;108;;;;127;;80 </pre> ====mfe blocs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_blocs|mfe blocs]] <pre> mfe blocs;;;; cds;698;513;2-isopropylmalate synthase;* 16s;208;1488;;* 23s;130;2833;;* 5s;857;122;;* cds;102;188;hp;* ;;;; cds;967;261;methanol-5-hydroxybenzimidazolylcobamide methyltransferase;* 16s;80;1488;;* gca;135;;;* 23s;130;2833;;* 5s;5;122;;* cds;;83;hp;* ;;;; cds;271;77;hp;* 5s;130;122;;* 23s;208;2833;;* 16s;839;1488;;* cds;;110;translation initiation factor eIF-1A;* </pre> ====mfe remarques==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_remarques|mfe remarques]] <pre> mfe;;;;;;56;56 atgi;1;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;1;tgc;2 atc;2;acc;1;aac;2;agc;1 ctc;2;ccc;1;cac;1;cgc;1 gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;3 tta;1;tca;1;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1 cta;1;cca;1;caa;1;cga;1 gta;1;gca;1;gaa;2;gga;1 ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1 atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1 ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1 gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1 </pre> ====mfe distribution==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_distribution|mfe distribution]] <pre> atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;1;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;2 atc;;acc;1;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;1;cac;1;cgc;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;2;ccc;;cac;;cgc; gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;2;gcc;1;gac;1;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;1;tca;1;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;1;caa;1;cga;1;;cta;1;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;1;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;1;acg;1;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;1;gcg;1;gag;1;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;arch;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total mfe;;31;;;;;;;mfe;14;;;;;;;;mfe;10;;;;;; </pre> ====mfe données intercalaires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_données_intercalaires|mfe données intercalaires]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> CDS-tRNA;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;CDS-CDS;;;tRNA CDS;;rRNA tRNA;;rRNA bloc;;;tRNA tRNA;; effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;frequence;effectif;;intercalaire;;intercalaire;;intercalaire;;;intercalaire;; fxt;fct;mfe;fx;fc;mfe;fx40;fc40;mfe;x-;c-;c;x;c;x;c;x;aa;c;x;aa ;1;0;1;17;0;1;17;-1;;26;102;207;CDS 16s;;16s 23s;;;tRNA tRNA;;hors bloc ;0;10;11;152;1;2;28;-2;1;0;411;295;;704;2* 196;;;72;;tgc 1;0;20;15;94;2;0;29;-3;;0;384;150;;973;23s 5s;;;**;;tgc ;0;30;21;74;3;1;16;-4;4;116;225;340;;845;3* 74;;;89;;atgf 1;0;40;22;60;4;1;15;-5;;0;801;170;5s CDS;;16s tRNA;;;**;;atgf 1;0;50;24;58;5;1;18;-6;;0;558;36;857;5;84;;gca;111;;gac 1;0;60;11;41;6;1;14;-7;;4;1076;1611;;271;tRNA 23s;;;**;;tac ;1;70;18;55;7;2;3;-8;;27;193;861;;;119;;gca;73;;cta ;0;80;23;52;8;1;7;-9;2;0;356;498;;;;;;**;;gga ;1;90;24;43;9;1;8;-10;2;6;149;360;;;;;;117;;ctc ;0;100;18;41;10;1;14;-11;;10;332;353;;;;;;**;;ctc ;2;110;25;48;11;2;15;-12;1;0;185;233;;;;;;87;;aac ;2;120;24;44;12;0;11;-13;;5;296;12;;;;;;110;;atgi 1;1;130;30;46;13;2;12;-14;1;11;111;358;;;;;;**;;aac ;0;140;10;40;14;3;8;-15;;1;235;774;;;;;;;227;gcc 1;3;150;25;36;15;3;10;-16;;1;123;392;;;;;;62;;atc ;1;160;13;41;16;2;3;-17;1;9;391;378;;;;;;**;;atc 1;0;170;25;35;17;1;7;-18;;1;1415;130;;;;;;718;;gaa ;1;180;22;31;18;0;8;-19;;1;208;235;;;;;;**;;gaa ;3;190;14;38;19;2;12;-20;;5;210;319;;;;;;25;;ggc ;2;200;11;28;20;0;8;-21;;0;190;326;;;;;;57;;ttc 1;3;210;17;42;21;0;11;-22;;1;596;799;;;;;;71;;gtc ;1;220;27;29;22;0;3;-23;;3;914;473;;;;;;25;;ggc ;2;230;24;32;23;3;9;-24;;1;287;52;;;;;;118;;ttc 2;1;240;18;34;24;2;12;-25;;3;686;42;;;;;;**;;gtc ;0;250;10;20;25;0;8;-26;;2;213;260;;;;;;;; 1;0;260;18;34;26;0;10;-27;;0;268;339;;;;;;;; ;1;270;14;26;27;1;5;-28;;1;204;343;;;;;;;; ;1;280;16;21;28;11;10;-29;;0;156;348;;;;;;;; ;1;290;16;20;29;1;2;-30;;0;174;633;;;;;;;; 1;2;300;19;25;30;3;4;-31;;0;141;402;;;;;;;; ;0;310;10;21;31;2;6;-32;;1;65;;;;;;;;; 1;0;320;14;24;32;2;3;-33;1;0;150;;;;;;;;; 1;0;330;15;23;33;1;1;-34;;0;85;;;;;;;;; 2;1;340;12;20;34;2;7;-35;;6;824;;;;;;;;; 2;0;350;13;22;35;2;4;-36;;0;599;;;;;;;;; 3;1;360;13;14;36;2;4;-37;;0;377;;;;;;;;; ;0;370;13;13;37;1;10;-38;;0;0;;;;;;;;; 1;1;380;15;17;38;3;5;-39;1;0;112;;;;;;;;; ;2;390;12;18;39;4;8;-40;;0;533;;;;;;;;; 1;1;400;12;15;40;3;12;-41;;4;230;;;;;;;;; 8;12;reste;372;467;reste;997;1614;-42;;0;181;;;;;;;;; 31;48;total;1067;2011;total;1067;2011;-43;;0;273;;;;;;;;; 23;35;diagr;694;1527;diagr;69;380;-44;;0;107;;;;;;;;; 1;0; t30;47;320;;;;-45;;0;200;;;;;;;;; ;;;;;;;;-46;;0;295;;;;;;;;; ;;Récapitulatif des effectifs;;;;;;-47;;2;389;;;;;;;;; ;;>0;<0;zéro;total;*;;-48;;0;498;;;;;;;;; ;x;1066;17;1;1084;;;-49;;0;;;;;;;;;; ;c;1994;250;17;2261;;;-50;;0;;;;;;;;;; ;;;;;3345;122;;reste;3;3;;;;;;;;;; ;;;;;;3467;;total;17;250;;;;;;;;;; </pre> =====mfe autres intercalaires aas===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mfe_autres_intercalaires_aas|mfe autres intercalaires aas]] *Note: Ne contient que les données en effectifs des fréquences CDS-CDS et les autres intercalaires. Pour refaire les courbes il faut copier dans un tableur et formater. <pre> autres intercalaires;;mfe;;;;; deb fin;comp;gene;adresse1;adresse2;intercalaire;autre;aas deb;comp;CDS;38726;40264;704;*; ;;rRNA;40969;42446;196;*;1478 ;;rRNA;42643;45547;74;*;2905 ;;rRNA;45622;45743;857;*;122 deb;;CDS;46601;47164;102;*; ;;tRNA;47267;47338;72;*;tgc ;;tRNA;47411;47482;411;*;tgc fin;;CDS;47894;48508;;; deb;comp;CDS;71092;72423;384;*; ;comp;tRNA;72808;72882;89;*;atgf ;comp;tRNA;72972;73046;207;*;atgf fin;;CDS;73254;73472;;0; deb;comp;CDS;175573;176091;225;*; ;comp;tRNA;176317;176389;111;*;gac ;comp;tRNA;176501;176614;295;*;tac fin;;CDS;176910;177248;;0; deb;comp;CDS;214884;215966;801;*; ;comp;tRNA;216768;216841;150;*;aca fin;;CDS;216992;217582;;; deb;comp;CDS;372219;373091;558;*; ;comp;tRNA;373650;373723;340;*;gtg fin;;CDS;374064;374828;;0; deb;comp;CDS;379248;381950;1076;*; ;comp;tRNA;383027;383104;193;*;ccc fin;comp;CDS;383298;383828;;; deb;;CDS;508114;509238;100;*; ;comp;ncRNA;509339;509698;415;*; fin;;CDS;510114;511253;;; deb;comp;CDS;532751;533176;356;*; ;comp;tRNA;533533;533607;149;*;cca fin;comp;CDS;533757;534308;;; deb;comp;CDS;598666;599850;170;*; ;;tRNA;600021;600092;332;*;cgc fin;;CDS;600425;600868;;0; deb;;CDS;680493;681734;185;*; ;;tRNA;681920;681994;296;*;gag fin;;CDS;682291;682578;;0; deb;;CDS;689098;689631;36;*; ;comp;tRNA;689668;689752;73;*;cta ;comp;tRNA;689826;689897;1611;*;gga fin;;CDS;691509;691889;;; deb;comp;CDS;793563;795017;111;*; ;comp;tRNA;795129;795213;117;*;ctc ;comp;tRNA;795331;795418;235;*;ctc fin;comp;CDS;795654;796454;;; deb;;CDS;810088;810471;861;*; ;comp;tRNA;811333;811415;123;*;tcc fin;comp;CDS;811539;812555;;; deb;comp;CDS;893309;894232;391;*; ;comp;tRNA;894624;894696;87;*;aac ;comp;tRNA;894784;894858;110;*;atgi ;comp;tRNA;894969;895041;1415;*;aac fin;comp;CDS;896457;897506;;; deb;;CDS;949570;950112;208;*; ;;tRNA;950321;950392;498;*;cgg fin;comp;CDS;950891;952300;;; deb;;CDS;1088496;1090946;360;*; ;comp;tRNA;1091307;1091378;227;*;gcc ;;tRNA;1091606;1091682;62;*;atc ;;tRNA;1091745;1091818;353;*;atc fin;comp;CDS;1092172;1092585;;; deb;;CDS;1155748;1156137;210;*; ;;tRNA;1156348;1156425;718;*;gaa ;;tRNA;1157144;1157221;233;*;gaa fin;comp;CDS;1157455;1158645;;; deb;comp;CDS;1199367;1200149;973;*; ;;rRNA;1201123;1202600;84;*;1478 ;;tRNA;1202685;1202757;119;*;gca ;;rRNA;1202877;1205781;74;*;2905 ;;rRNA;1205856;1205977;5;*;122 fin;comp;CDS;1205983;1206231;;; deb;;CDS;1207508;1211485;12;*; ;comp;tRNA;1211498;1211582;190;*;ctg fin;comp;CDS;1211773;1212681;;; deb;comp;CDS;1220571;1220783;596;*; ;comp;tRNA;1221380;1221451;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221477;1221551;57;*;ttc ;comp;tRNA;1221609;1221682;71;*;gtc ;comp;tRNA;1221754;1221825;25;*;ggc ;comp;tRNA;1221851;1221925;118;*;ttc ;comp;tRNA;1222044;1222117;358;*;gtc fin;;CDS;1222476;1223792;;0; deb;;CDS;1400830;1401773;914;*; ;;tRNA;1402688;1402761;287;*;gta fin;;CDS;1403049;1403276;;; deb;comp;CDS;1504221;1505630;686;*; ;comp;tRNA;1506317;1506410;774;*;cga fin;;CDS;1507185;1508039;;0; deb;;CDS;1513245;1513562;213;*; ;;tRNA;1513776;1513858;268;*;ttg fin;;CDS;1514127;1514647;;; deb;;CDS;1887880;1888338;392;*; ;comp;tRNA;1888731;1888802;378;*;ggc fin;;CDS;1889181;1890518;;; deb;;CDS;1962666;1963553;130;*; ;comp;tRNA;1963684;1963768;235;*;tta fin;;CDS;1964004;1964759;;; deb;;CDS;1971373;1971852;319;*; ;comp;tRNA;1972172;1972244;204;*;cag fin;comp;CDS;1972449;1972850;;; deb;comp;CDS;2066516;2069038;121;*; ;;repeat_region;2069160;2069707;535;*; fin;;CDS;2070243;2071250;;; deb;comp;CDS;2073346;2074599;417;*; ;;repeat_region;2075017;2076588;535;*; fin;;CDS;2077124;2077771;;0; deb;comp;CDS;2170713;2172446;156;*; ;comp;tRNA;2172603;2172674;174;*;cac fin;comp;CDS;2172849;2173631;;; deb;;CDS;2231846;2232133;164;*; ;;repeat_region;2232298;2233846;77;*; fin;;CDS;2233924;2235552;;0; deb;comp;CDS;2320856;2321131;141;*; ;comp;tRNA;2321273;2321344;65;*;gcg fin;comp;CDS;2321410;2321679;;; deb;;CDS;2387890;2388675;150;*; ;;tRNA;2388826;2388911;326;*;tca fin;comp;CDS;2389238;2389453;;; deb;comp;CDS;2678132;2678368;85;*; ;comp;tRNA;2678454;2678530;824;*;aaa fin;comp;CDS;2679355;2679537;;; deb;;CDS;2969291;2969554;306;*; ;;repeat_region;2969861;2971629;480;*; fin;;CDS;2972110;2973468;;; deb;;CDS;2979566;2980078;280;*; ;;repeat_region;2980359;2981568;343;*; ;;repeat_region;2981912;2982974;5;*; fin;;CDS;2982980;2983372;;; deb;;CDS;3091533;3091754;271;*; ;comp;rRNA;3092026;3092147;74;*;122 ;comp;rRNA;3092222;3095126;196;*;2905 ;comp;rRNA;3095323;3096800;845;*;1478 fin;;CDS;3097646;3097975;;; deb;comp;CDS;3153517;3155214;599;*; ;comp;tRNA;3155814;3155923;799;*;atgj fin;;CDS;3156723;3157106;;; deb;comp;CDS;3241682;3242944;473;*; ;;tRNA;3243418;3243489;377;*;ggg fin;;CDS;3243867;3244073;;0; deb;;CDS;3341829;3342017;0;*; ;;tRNA;3342018;3342092;112;*;ccg fin;;CDS;3342205;3342387;;; deb;;CDS;3358176;3359186;533;*; ;;tRNA;3359720;3359791;52;*;acg fin;comp;CDS;3359844;3360305;;; deb;comp;CDS;3397316;3398947;422;*; ;;ncRNA;3399370;3399684;149;*; ;;tRNA;3399834;3399918;230;*;agc fin;;CDS;3400149;3400847;;; deb;;CDS;3435506;3436918;181;*; ;;tRNA;3437100;3437183;273;*;tcg fin;;CDS;3437457;3437948;;; deb;;CDS;3438819;3438989;107;*; ;;tRNA;3439097;3439289;42;*;tgg fin;comp;CDS;3439332;3439484;;0; deb;;CDS;3456114;3456473;260;*; ;comp;tRNA;3456734;3456805;200;*;acc fin;comp;CDS;3457006;3457518;;; deb;comp;CDS;3583589;3584044;295;*; ;comp;tRNA;3584340;3584414;339;*;agg fin;;CDS;3584754;3585317;;; deb;;CDS;3593430;3593861;343;*; ;comp;tRNA;3594205;3594279;348;*;aga fin;;CDS;3594628;3595506;;; deb;;CDS;3603458;3603697;389;*; ;;tRNA;3604087;3604159;633;*;caa fin;comp;CDS;3604793;3606301;;; deb;comp;CDS;3856073;3856279;402;*; ;;tRNA;3856682;3856755;498;*;aag fin;;CDS;3857254;3857424;;0; </pre> ===archées synthèse=== ====archées distribution par génome==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_génome|archées distribution par génome]] <pre> arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total mba;14;37;;;;1;9;;61 mfe;14;31;;;;1;10;;56 mfi;25;20;;;;2;;;47 mja;8;16;1;4;6;2;;;37 total;61;104;1;4;6;6;19;0;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;;;; </pre> ====archées distribution du total==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_du_total|archées distribution du total]] <pre> atgi;4;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;6;tcc;4;tac;4;tgc;8 atc;6;acc;4;aac;7;agc;4 ctc;6;ccc;3;cac;4;cgc;4 gtc;6;gcc;4;gac;4;ggc;8 tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;5;aaa;5;aga;4 cta;4;cca;4;caa;5;cga;4 gta;4;gca;6;gaa;7;gga;4 ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 arch;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total total;80;104;1;4;6;6;201 ;;;-5s et +5s sont inversés;;1 seul bloc;; </pre> ====archées distribution par type==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_distribution_par_type|archées distribution par type]] <pre> ;;;;;;;104;;;;;;;;;61;;;;;;;;;19 atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;5 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;4;tac;;tgc;3;;ttc;5;tcc;;tac;3;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;4 atc;2;acc;2;aac;1;agc;4;;atc;;acc;2;aac;5;agc;;;atc;4;acc;;aac;;agc; ctc;1;ccc;3;cac;2;cgc;4;;ctc;1;ccc;;cac;1;cgc;;;ctc;4;ccc;;cac;;cgc; gtc;1;gcc;2;gac;;ggc;2;;gtc;5;gcc;2;gac;3;ggc;6;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;5;tca;4;taa;;tga;1;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;3;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;1;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;;cca;2;caa;4;cga;4;;cta;3;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;3;gca;;gaa;2;gga;;;gta;1;gca;;gaa;2;gga;4;;gta;;gca;;gaa;2;gga; ttg;2;tcg;3;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;3;aag;2;agg;2;;atgj;1;acg;;aag;1;agg;1;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;3;gcg;3;gag;2;ggg;3;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; archées;1aa;104;;;;;;;archées;>1aa;61;;;;;;;archées;duplica;19;;;;; ;;4;4;;;;;;;;37;61;;;;;;;;0;0;;;; ;;68;65;;;;;;;;7;11;;;;;;;;4;21;;;; ;;32;31;;;;;;;;17;28;;;;;;;;15;79;;;; </pre> ====archées par rapport au groupe de référence==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#archées_par_rapport_au_groupe_de_référence|archées par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;40;11;4;;;;55; 16;moyen;39;16;8;;;9;72; 14;fort;25;34;7;4;;4;74; ; ;104;61;19;4;;13;201; 10;g+cgg;26;2;;;;;28; 2;agg+cga;6;1;;;;;7; 4;carre ccc;7;8;4;;;;19; 5;autres;1;;;;;;1; ;;40;11;4;;;;55; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;199;55;20;;;;274;26 16;moyen;194;80;40;;;45;358;324 14;fort;124;169;35;20;;20;368;650 ; ;517;303;95;20;;65;201;729 10;g+cgg;129;10;;;;;139;10 2;agg+cga;30;5;;;;;35; 4;carre ccc;35;40;20;;;;95;16 5;autres;5;;;;;;5; ;;199;55;20;;;;274; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;archeo4;1aa;>1aa;dup;;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;217;60;22;299;26;38;18; 16;moyen;212;87;43;342;324;38;26; 14;fort;136;185;38;359;650;24;56; ; ;565;332;103;184;729;104;61; 10;g+cgg;141;11;;152;10;65;; 2;agg+cga;33;5;;38;;15;; 4;carre ccc;38;43;22;103;16;18;; 5;autres;5;;;5;;3;; ;;217;60;22;299;;40;; </pre> ====euryarchaeota, estimation des -rRNAs==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#euryarchaeota,_estimation_des_-rRNAs|euryarchaeota, estimation des -rRNAs]] <pre> euryarchaeota;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 63 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;100 génomes total avec rRNA;;;;archeo;total;ttt;tgt;;;;;;;;; effectifs;avec +16s;;;63;124; ; ;;indices;;;;63;197;0;0;;eury4;effectifs;;1aa+>1aa+dup;;;;184 atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;7 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;2;tac;;tgc;28;;ttc;;tcc;3;tac;;tgc;44;;ttc;5;tcc;4;tac;3;tgc;8 atc;1;acc;;aac;;agc;;;atc;2;acc;;aac;;agc;;;atc;6;acc;4;aac;6;agc;4 ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;;ccc;;cac;;cgc;;;ctc;6;ccc;3;cac;3;cgc;4 gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;6;gcc;4;gac;3;ggc;8 tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;6;tca;4;taa;;tga;1 ata;;aca;;aaa;3;aga;;;ata;;aca;;aaa;5;aga;;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4 cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;3;cca;3;caa;5;cga;4 gta;;gca;87;gaa;;gga;;;gta;;gca;138;gaa;;gga;;;gta;4;gca;;gaa;6;gga;4 ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;3;tcg;3;tag;;tgg;4 atgj;;acg;;aag;1;agg;;;atgj;;acg;;aag;2;agg;;;atgj;4;acg;3;aag;3;agg;3 ctg;;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;3;;ctg;3;ccg;2;cag;3;cgg;2 gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;4;gcg;3;gag;2;ggg;3 ;;118;;3;;3;124;;;;187;;4.76190476190476;;5;197;;;;63;;66;;55;184 11.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;16.1.21 Paris;;;;eury;total;ttt;tgt;;;;;;;;; estimation 1aa+>1aa+dup;;;;143;6935;0;0;;indices;;;;143;6935;0;0;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;;;4600 atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;99;tct;;tat;;atgf;127;;atgi;75;tct;;tat;;atgf;175 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;0.7;cct;;cat;;cgt;0.7;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt;0.7;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;122;tcc;102;tac;104;tgc;137;;ttc;122;tcc;106;tac;104;tgc;181;;ttc;125;tcc;100;tac;75;tgc;200 atc;119;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;121;acc;104;aac;122;agc;104;;atc;150;acc;100;aac;150;agc;100 ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;122;ccc;93;cac;101;cgc;102;;ctc;150;ccc;75;cac;75;cgc;100 gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;121;gcc;101;gac;124;ggc;141;;gtc;150;gcc;100;gac;75;ggc;200 tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;107;tca;101;taa;;tga;13;;tta;150;tca;100;taa;;tga;25 ata;;aca;110;aaa;106;aga;103;;ata;;aca;110;aaa;110;aga;103;;ata;;aca;100;aaa;100;aga;100 cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;103;cca;102;caa;108;cga;103;;cta;75;cca;75;caa;125;cga;100 gta;103;gca;13;gaa;132;gga;103;;gta;103;gca;151;gaa;132;gga;103;;gta;100;gca;;gaa;150;gga;100 ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;87;tcg;87;tag;;tgg;102;;ttg;75;tcg;75;tag;;tgg;100 atgj;101;acg;90;aag;85;agg;88;;atgj;101;acg;90;aag;87;agg;88;;atgj;100;acg;75;aag;75;agg;75 ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;68;;ctg;85;ccg;78;cag;87;cgg;71;;ctg;75;ccg;50;cag;75;cgg;50 gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;91;gcg;84;gag;84;ggg;79;;gtg;100;gcg;75;gag;50;ggg;75 ;;1569;;1607;;1475;4651;;;;1757;;1612;;1480;4848;;;;1575;;1650;;1375;4600 rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;Les écarts;;en %;;;;; rapports;;;;;;;;;;;;;;;;;;eury4;indices;;1aa+>1aa+dup;;différence;; atgi;100;tct;;tat;;atgf;100;;fiches;41.778;;;fréquences;;;;;atgi;24;tct;;tat;;atgf;28 att;;act;;aat;;agt;;;total des aas sans rRNA;2632;;;0/0;1;;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgt;100;;avec;150;;;10;17;;;;ctt;;cct;;cat;;cgt; gtt;;gct;;gat;;ggt;100;;genom;63;;;20;14;;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;100;tcc;97;tac;100;tgc;75;;;;;;30;10;;;;ttc;2;tcc;2;tac;28;tgc;32 atc;99;acc;100;aac;100;agc;100;;archeo;46;;;40;3;;;;atc;20;acc;4;aac;19;agc;4 ctc;100;ccc;100;cac;100;cgc;;;sans;184;;;50;2;46;;;ctc;19;ccc;19;cac;26;cgc;2 gtc;100;gcc;100;gac;100;ggc;100;;avec;17;;;60;0;;;;gtc;19;gcc;1;gac;39;ggc;29 tta;100;tca;100;taa;;tga;100;;genom;4;;;70;0;;;;tta;29;tca;1;taa;;tga;50 ata;;aca;100;aaa;96;aga;100;;;;;;80;0;;;;ata;;aca;9;aaa;5;aga;3 cta;100;cca;100;caa;100;cga;100;;L’estimation par archeo;;;;90;0;;;;cta;27;cca;27;caa;13;cga;3 gta;100;gca;9;gaa;100;gga;100;;est 10% au dessus;;;;100;0;;;;gta;3;gca;100;gaa;12;gga;3 ttg;100;tcg;100;tag;;tgg;100;;des aas sans;;;;;1;;;;ttg;14;tcg;14;tag;;tgg;2 atgj;100;acg;100;aag;98;agg;100;;;;;;;48;;;;atgj;1;acg;17;aag;12;agg;15 ctg;100;ccg;100;cag;100;cgg;96;;;;;;;;;;;ctg;12;ccg;36;cag;14;cgg;27 gtg;;gcg;;gag;100;ggg;100;;;;;;;;;;;gtg;9;gcg;11;gag;40;ggg;5 rapports;;89;;100;;100;96;;;;;;;;;;;diff;;301;;220;;311;832 </pre> ==génomes synthèse== ===Les intercalaires entre cds d'un génome=== ====Fréquences des intercalaires cds-cds, courbes puissance==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds,_courbes_puissance|puissance]] *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre classe <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K6;'- a6;R2;K6 %0;;K12;'- a12;R2;k12/k6;a% ;;;;;;;;;;; pub;1,307;19,910;&1.63;89;&15,233;;;;;; ant;3,095;158,387;&'''1.80;85;&'''51,175;;;;;; abra;1,667;17,186;&1.41;81;10,310;;;;;; pmg;1,800;48,983;&1.62;85;&27,213;;;;;; mja;1,729;25,564;&1.45;81;&14,777;;;;;; fin rang faible;;;1.00;;2,121;;;;;5.0;1 rang moyen;;;1.18;;4,599;;;;;9.9;16 ;;;1.33;;12,201;;;;;17.6;31 rru;3,786;46,193;&1.4;73;12,201;;157,774;1.66;79;3.4;16 eco;4,024;64,507;&1.46;74;&16,031;;;;;; cvi;4,282;5,941;&1.42;79;1,387;;272,330;1.76;85;&'''45.8;19 ade;4,464;83,541;&1.51;81;&18,714;;344,171;1.81;86;4.1;17 bsu;4,213;110,979;&1.58;79;&26,323;;;;;; cbn;2,491;24,707;1.33;74;9,919;;;;;; afn;2,038;16,580;1.32;74;8,131;;;;;; ase;8,197;38,168;1.20;82;4,656;;537,079;1.74;84;14.1;31 scc;1,805;13,461;1.30;77;7,458;;;;;; Début rang fort;;;1.40;;14,777;;;;;30.0;39 rtb;793;1,117;°0.97;68;°1,409;;1,119;0.98;75;°'''1.0;°'''1 spl;4,213;6,234;°0.93;79;°1,480;;109,920;1.52;79;17.6;&39 pmq;7,223;15,320;°1.00;72;°2,121;;459,123;1.70;80;&30.0;&41 cbei;5,623;3,288;°0.73;79;°585;;111,913;1.45;75;&34.0;&50 blo;1,772;8,149;1.18;71;4,599;;;;;; myr;3,555;19,289;1.22;87;5,426;;97,139;1.55;87;°5.0;21 mba;3,943;561;°'''0.47;80;°'''142;;5,558;0.93;71;9.9;&49 </pre> *Puissance. Synthèse des fréquences cds-cds. Ordre pente a37 <pre> ;;Puissance 600;;;;;Puissance 1200;;;P1200-P600; gen;cds;K;-a;R2;K %;;K;-a;R2;k12/k6;a% pub;1 307;19 910;&1,63;89;&15 233;;;;;; rtb;793;1 117;°0,97;68;°1 409;;1 119;0,98;75;°1,0;°1 rru;3 786;46 193;&1,40;73;12 201;;157 774;1,66;79;°3,4;16 ;;;;;;;;;;; eco;4 024;64 507;&1,46;74;&16 031;;;;;; spl;4 213;6 234;°0,93;79;°1 480;;109 920;1,52;79;17,6;&39 ;;;;;;;;;;; bsu;4 216;110 979;&1,58;79;&26 323;;;;;; pmq;7 223;15 320;°1,00;72;°2 121;;459 123;1,70;80;&30,0;&41 ;;;;;;;;;;; cbn;2 491;24 707;1,33;74;9 919;;;;;; cbei;5 623;3 288;°0,73;79;°585;;111 913;1,45;75;&34,0;&50 ;;;;;;;;;;; ase;8 197;38 168;1,20;82;4 656;;537 079;1,74;84;14,1;31 blo;1 772;8 149;1,18;71;4 599;;;;;; ;;;;;;;;;;; myr;3 555;19 289;1,22;87;5 426;;97 139;1,55;87;°5,0;21 pmg;1 800;48 983;&1,62;85;&27 213;;;;;; abra;1 667;17 186;&1,41;81;10 310;;;;;; cvi;4 282;5 941;&1,42;79;°1 387;;272 330;1,76;85;&45,8;19 ade;4 464;83 541;&1,51;81;&18 714;;344 171;1,81;86;°4,1;17 ant;3 095;158 387;&1,80;85;&51 175;;;;;; afn;2 039;16 580;1,32;74;8 131;;;;;; scc;1 805;13 461;1,30;77;7 458;;;;;; mja;1 730;25 564;&1,45;81;&14 777;;;;;; mba;3 943;561;°0,47;80;°142;;5 558;0,93;71;9,9;&49 </pre> ====Fréquences des intercalaires cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Fréquences_des_intercalaires_cds-cds|cds-cds]] <pre> génome;nombre cds;intercalaires;200;rapport;26-370;;;total;;;;;;;;génome;;;;;;; gen;n-cds;inter%;moy;rap;a37;b37;R2;cds;<0;100;200;370;600;max;freq5;gen;<0;100;200;370;600;max;freq5 pub;1,343;3.0;37;14;5.93;17.15;63;1307;473;720;87;19;7;1;365;pub;362;551;67;15;5;1;''438 rtb;828;20.2;85;109;3.05;11.85;58;793;102;248;187;84;52;120;396;rtb;129;313;236;106;66;151;''573 rru;3,854;9.9;78;89;18.99;71.15;91;3786;683;1546;835;535;139;48;2 289;rru;180;408;221;141;37;13;'''738 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; eco;4,285;9.1;72;76;20.08;74.15;88;4024;738;1730;810;572;142;32;2 346;eco;183;430;201;142;35;8;714 spl;4,269;14.1;82;105;17.06;72.54;76;4213;426;1561;905;776;378;167;2 651;spl;101;371;215;184;90;40;700 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; bsu;4,325;9.5;72;64;29.29;'''96.38;81;4213;608;2086;971;412;118;18;2 606;bsu;144;495;230;98;28;4;'''723 pmq;7,258;13.8;88;130;28.46;'''126.75;90;7223;795;2448;1722;1520;506;232;4 818;pmq;110;339;238;210;70;32;'''750 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cbn;2,521;11.3;71;79;14.59;53.49;82;2491;176;1201;577;394;117;26;1 678;cbn;71;482;232;158;47;10;'''725 cbei;5,665;17.9;83;136;14.71;'''79.19;83;5622;400;1788;1188;1240;713;293;3 434;cbei;71;318;211;221;127;52;658 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ase;8,256;11.5;76;79;43.46;'''155.74;88;8197;1652;3299;1568;1047;399;232;4 749;ase;202;402;191;128;49;28;'''726 blo;1,824;10.6;88;116;9.53;36.46;78;1772;228;661;483;281;85;34;1 201;blo;129;373;273;159;48;19;'''778 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; myr;3,611;12.2;67;63;19.62;69.35;84;3555;302;1780;681;440;202;150;2 078;myr;85;501;192;124;57;42;639 pmg;1,839;8.5;55;35;11.99;37.52;76;1800;253;1104;267;120;42;14;935;pmg;141;613;148;67;23;8;''604 abra;1,712;7.2;65;57;8.52;28.44;82;1667;417;757;311;121;42;19;787;abra;250;454;187;73;25;11;630 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cvi;4,345;9.5;74;67;26.50;'''89.98;78;4282;756;1984;873;455;147;67;2 551;cvi;177;463;204;106;34;16;'''723 ade;4,506;8.5;70;66;25.60;'''87.68;90;4464;815;2097;919;464;124;45;2 517;ade;183;470;206;104;28;10;690 ant;3,119;6.0;56;38;16.12;51.22;81;3095;762;1651;474;150;33;25;1 309;ant;246;533;153;48;11;8;''561 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;2,093;9.5;66;75;8.68;33.73;77;2038;307;934;401;304;69;23;1 128;afn;151;458;197;149;34;11;652 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; scc;1,847;8.8;69;72;8.68;31.86;82;1805;347;793;327;241;78;19;1 001;scc;192;439;181;134;43;11;687 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;1,768;9.1;64;53;9.96;33.76;80;1729;219;956;340;166;36;12;955;mja;127;553;197;96;20;7;632 mba;3,995;26.7;85;154;5.54;38.77;46;3943;329;900;600;782;643;689;1 911;mba;83;228;152;198;163;175;''529 rang;X1 000;;;;;;;;;;;;;;;rang;;;;;;; faible;1350-2500;3-7;37-55;14-64;3-6;12-17;46-63;;;;;;;;;faible;70-100;230-375;65-150;15-70;5-25;4-15;438-604 moyen;3100-4500;8.5 -11.5;64-72;66-109;9-17;28-74;76-84;;;;;;;;;moyen;110-180;400-500;180-210;100-150;30-60;20-50;630-714 fort;5700-8300;12-27;78-88;116-154;19-43;79-156;88-91;;;;;;;;;fort;190-360;530-610;220-270;160-220;70-160;150-175;723-778 effectif;9 9 3;3 12 6;3 11 7;7 10 4;3 10 8;2 13 6;3 13 5;;;;;;;;;effectif;5 11 5;6 11 4;4 11 6;4 11 6;5 11 5;13 6 2; 5 9 7 </pre> ====Classement des génomes cds-cds==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_cds-cds|Classement]] <pre> gen;n-cds;%;moy;rap;a37;R2;;<0;100;200;370;600;max '''pub;1m;''3;''37;''14;''5.93;''63;;'''362;'''551;''67;''15;''5;''1 '''ant;3m;''6;''56;''38;°16.12;°81;;'''246;'''533;''153;''48;''11;''8 '''abra;2m;''7;<u>65;''57;''8.52;°82;;'''250;°454;°187;''73;''25;<u>11 '''pmg;2m;<u>8,5;''55;''35;<u>11.99;°76;;°141;'''613;''148;''67;''23;''8 '''mja;2m;°9;<u>64;''53;''9.96;°80;;°127;'''553;°197;°96;''20;''7 ;;;;;;;;;;;;; fin rang faible;;''7,2;''56;''64;''10;''63;;''101;''375;''153;''73;''25;''8 ;;;;;;;;;;;;; rang moyen;;8.5;64;66;12;76;;110;402;181;96;28;10 ;;11.5;72;109;20;84;;183;502;211;149;57;16 ;;;;;;;;;;;;; '''rru;4M;°10;<u>'''78;°89;°18.99;'''91;;°180;°408;<u>'''221;°141;°37;°13 '''eco;4M;°9;°72;°76;°20.08;'''88;;°183;°430;°201;°142;°35;<u>''8 '''cvi;4M;°9,5;°74;°67;'''26.50;°78;;°177;°463;°204;°106;°34;°16 '''ade;4M;°8,5;°70;°66;'''25.60;'''90;;°183;°470;°206;°104;°28;°10 '''bsu;4M;°9,5;°72;<u>''64;'''29.29;°81;;°144;°495;<u>'''230;°98;°28;''4 '''cbn;2m;°11;°71;°79;°14.59;°82;;''71;°482;<u>'''232;<u>'''158;°47;°10 '''afn;2m;°9,5;°66;°75;''8.68;°77;;°151;°458;°197;°149;°34;°11 '''ase;'''8M;°11,5;°76;°79;'''43.46;'''88;;'''202;°402;°191;°128;°49;'''28 '''scc;2m;°9;°69;°72;''8.68;°82;;<u>'''192;°439;°181;°134;°43;°11 ;;;;;;;;;;;;; Début rang fort;;'''12,2;'''78;'''116;'''25.6;'''88;;'''192;'''533;'''221;'''158;'''66;'''19 ;;;;;;;;;;;;; '''rtb;1m;'''20;'''85;<u>109;''3.05;''58;;°129;''313;'''236;°106;'''66;'''151 '''spl;4M;'''14;'''82;<u>105;°17.06;°76;;''101;''371;<u>215;'''184;'''90;'''40 &'''pmq;'''7M;'''14;'''88;'''130;'''28.46;'''90;;<u>110;''339;'''238;'''210;'''70;'''32 &'''cbei;'''6M;'''18;'''83;'''136;°14.71;°83;;''71;''318;<u>211;'''221;'''127;'''52 '''blo;2m;<u>11;'''88;'''116;''9.53;°78;;°129;''373;'''273;'''159;°48;'''19 '''myr;4M;'''12;°67;''63;°19.62;°84;;''85;°501;°192;°124;<u>57;'''42 &'''mba;4M;'''27;'''85;'''154;''5.54;''46;;''83;''228;''152;'''198;'''163;'''175 </pre> ====Les intercalaires tRNAs-cds==== =====comparaison continu-discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_continu-discontinu|comparaison continu-discontinu]] *Total des nuls cds-cds <pre> gen;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total nuls;13;29;11;65;35;3;27;19;11;15;29;22;21;18;46;31;71;13;5;8;18;510 </pre> *tableau <pre> ;détail;tRNA-cds positifs;;;;ensemble;cds-cds négatifs;;;; gen;deb;fin;deb’;fin’;total;cds;<0;reste32;reste32%;comp’/<0%;min’-min% abra;7;12;5;4;41;1 667;417;20;4,8;1,4;117 ade;20;16;7;9;69;4 464;815;40;4,9;11,9;6 afn;20;17;2;5;53;2 038;307;21;6,8;1,3;31 ant;11;12;4;1;34;3 095;762;17;2,2;10,9;11 ase;18;16;12;12;101;8 197;1 652;128;7,7;19,3;1 blo;15;15;5;6;78;1 772;228;8;3,5;7,0;17 bsu;3;5;7;5;28;4 213;608;52;8,6;3,9;182 cbei;9;5;4;1;47;5 622;400;24;6,0;2,8;59 cbn;12;12;2;2;40;2 491;176;6;3,4;4,5;54 cvi;22;20;7;9;78;4 282;756;26;3,4;8,2;5 eco;10;11;5;7;65;4 024;738;55;7,5;12,3;107 mba;9;8;7;4;90;3 943;329;26;7,9;5,5;23 mja;6;15;8;1;43;1 729;219;17;7,8;24,2;29 myr;18;15;12;10;79;3 555;302;12;4,0;6,6;37 pmg;16;17;13;8;67;1 800;253;12;4,7;36,0;3 pmq;8;11;2;5;42;7 223;795;52;6,5;4,3;45 pub;13;14;11;11;50;1 307;473;14;3,0;19,0;41 rru;15;18;10;11;83;3 786;683;32;4,7;10,1;12 rtb;9;12;0;2;56;793;102;7;6,9;2,9;35 scc;13;8;11;5;67;1 805;347;14;4,0;7,8;47 spl;9;9;4;3;62;4 213;426;10;2,3;2,8;61 total;263;268;138;121;1273;72 023;10 788;593;5,5;11,8; ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; 10,6,21;con;;cds-cds négatifs continus;;;;;comp’;cds-cds négatifs discontinus;; gen;total;min;con1;con4;c1/c4;reste50;reste50 %;total;min;reste50;reste50 % abra;411;-92;68;142;0,48;13;3,2;6;-24;0; ade;718;-109;70;540;0,13;10;1,4;97;-116;14;14,4 afn;303;-113;38;129;0,29;9;3,0;4;-83;1;25,0 ant;679;-71;164;221;0,74;6;0,9;83;-79;1;1,2 ase;1333;-119;168;892;0,19;32;2,4;319;-120;49;15,4 blo;212;-86;52;109;0,48;2;0,9;16;-102;2;12,5 bsu;578;-7 616;72;233;0,31;17;2,9;30;-361;7;23,3 cbei;389;-110;71;82;0,87;4;1,0;11;-60;1;9,1 cbn;168;-47;34;28;1,21;0;;8;-27;0; cvi;694;-97;118;377;0,31;4;0,6;62;-102;6;9,7 eco;647;-2 400;163;261;0,62;22;3,4;91;-723;11;12,1 mba;311;-59;33;119;0,28;7;2,3;18;-74;2;11,1 mja;166;-83;25;52;0,48;7;4,2;53;-62;0; myr;282;-47;71;60;1,18;0;;20;-68;1;5,0 pmg;162;-65;36;72;0,50;2;1,2;91;-67;2;2,2 pmq;761;-119;80;387;0,21;17;2,2;34;-75;4;11,8 pub;383;-65;152;81;1,88;3;0,8;90;-43;0; rru;614;-137;81;396;0,20;13;2,1;69;-122;7;10,1 rtb;99;-50;10;33;0,30;0;;3;-35;0; scc;320;-74;39;156;0,25;6;1,9;27;-120;1;3,7 spl;414;-98;126;136;0,93;5;1,2;12;-52;1;8,3 total;9 644;;1 671;4 506;0,37;179;1,9;1 144;;110;9,6 </pre> =====Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Rareté_des_tRNA-cds_négatifs_et_petits_positifs|Rareté des tRNA-cds négatifs et petits positifs]] *Total des '''tRNAs-cds des 22 génomes''' qui regroupent 11 négatifs: Ci-dessous le total des blocs de tRNAs sans rRNAs (ligne "opérons sans" dans "genome.opérons"). Multiplié par 2 il donne le total des tRNA-cds sans les tRNAs-cds des blocs avec rRNA. J'ai estimé le total de ces derniers à 5% des 1ers. Donc le total des tRNA-cds estimé pour ces 22 génomes est de 1340 + 67 = 1407. <pre> tRNA-cds;ecoN;vha;amed;rpl;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;ppm;lbu;ban;psor;cdc;cdc;hmo;fps;npu;apal;mfi;mfe;total opérons;50;27;38;29;47;45;51;51;38;38;29;23;9;8;5;6;24;26;43;14;29;40;670 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA-cds négatifs;;; genome;adresse;tRNA;inter Intercalaire continu nc;;; vha chr2;1842556;ctc;-36 amed;779541;caa;-21 oan;1945985;aag;-38 oan;34057;gcc;-40 ppm plasm;7953;gac;-24 hmo;2497882;gtg;-10 mfi;314088;caa;-1 pmg;1600898;gta;-30 blo;207388;tgg;-17 Intercalaire discontinu xc comp’;;; rpm;1941413;agc;-30 oan;1639492;atgj;-44 aua;1350534;cgt;-30 npu;3439846;gca;-19 mba;1315521;cgc;-12 spl;552630;tga*;-23 myr;1926118;tta;-38 ase;1249593;aag;-12 blo;440078;aac;-39 blo;1424907;gag;-8 total;;19; cds-cds;cds 40;tRNA-cds;;;;;; gen;S40%;total;R40;R40%;taux;Rc+;Rx+; abra;&37,3;41;2;4,9;&7,6;2;; ade;32,6;69;8;11,6;2,8;7;1; afn;&35,8;53;4;7,5;4,7;4;; ant;&45,1;34;5;14,7;3,1;3;2; ase;23,9;100;14;14,0;1,7;11;3; blo;19,1;75;1;1,3;&14,4;1;; bsu;34,6;28;0;0;&'''9,7;;; cbei;19,0;47;3;6,4;3,0;1;2; cbn;29,3;40;0;0;&'''11,7;;; cvi;26,9;78;8;10,3;2,6;8;; eco;29,1;65;4;6,2;4,7;1;3; mba;°13,3;88;4;4,5;2,9;2;2; mja;&39,4;43;5;11,6;3,4;5;; myr;30,8;78;7;9,0;3,4;5;2; pmg;&42,9;65;11;16,9;2,5;8;3; pmq;19,1;42;1;2,4;&8,0;1;; pub;&'''59,6;48;27;'''56,3;°'''1,1;18;9; rru;26,1;83;3;3,6;&7,2;1;3; rtb;20,3;56;6;10,7;1,9;6;; scc;31,0;67;4;6,0;5,2;2;2; spl;20,0;61;1;1,6;&12,2;;1; total;27,1;1261;118;9,4;2,9;86;33; ;;;;;;;; ;27±7;;;;3,4±1,7;;Rx+%;% 27,7 </pre> =====Les cds-cds positif-négatif===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds-cds_positif-négatif|Les cds-cds positif-négatif]] <pre> taux de 1-40;;;;;;;; gen;<0 %;<1;reste;total;1-40;>0;1-40 %;1-32 % abra;;430;776;1 667;461;1237;37;95 ade;18;844;2440;4464;1180;3620;33;95 afn;15;318;1104;2038;616;1720;36;93 ant;25;827;1246;3095;1022;2268;45;98 ase;20;1687;4956;8197;1554;6510;24;92 blo;13;231;1246;1772;295;1541;19;97 bsu;14;635;2341;4213;1237;3578;35;91 cbei;7;419;4214;5622;989;5203;19;94 cbn;7;187;1628;2491;676;2304;29;97 cvi;18;771;2566;4282;945;3511;27;97 eco;18;767;2310;4024;947;3257;29;93 mba;8;351;3113;3943;479;3592;13;92 mja;13;240;903;1730;587;1490;39;92 myr;9;320;2239;3555;996;3235;31;96 pmg;14;298;857;1800;645;1502;43;95 pmq;11;826;5173;7223;1224;6397;19;94 pub;36;544;308;1307;455;763;60;97 rru;18;696;2285;3786;805;3090;26;95 rtb;13;107;547;793;139;686;20;93 scc;19;355;1001;1805;449;1450;31;96 spl;10;444;3017;4213;752;3769;20;98 total;;11297;;72019;16453;60722;27;94,5 écart;;;;;;;27±7;95±3 22.2.22;génomes. Les intercalaires cds-cds, continu – discontinu;;;;;;;;;;;; lien a;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_autres_intercalaires|abra]];;;;;;;;;;22.2.22;; lien S;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/Atableur#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];;;;;;;;;;;; lien a;total;nc;ac;ax;lien S;Sc-;Sx-;Sx-%;Sc+;Sx+;Sx+%;S-%;total S abra;1795;37;78;13;abra;409;8;°1.9;979;271;°22;&25;1667 ade;4569;22;57;26;ade;713;102;12.5;2339;1310;&36;18;4464 afn;2192;44;88;22;afn;303;4;°1.3;1385;346;20;15;2038 ant;3190;47;37;11;ant;679;83;10.9;1702;631;27;&25;3095 ase;8380;65;69;49;ase;1300;352;21.3;3866;2679;&41;20;8197 blo;1900;24;71;33;blo;210;18;7.9;1045;499;32;13;1772 bsu;4537;&99;&205;20;bsu;573;35;5.8;2515;1090;30;14;4213 cbei;5814;&106;68;18;cbei;390;10;°2.5;4010;1212;23;°7;5622 cbn;2638;87;45;15;cbn;167;9;5.1;1773;542;°23;°7;2491 cvi;4487;79;85;41;cvi;687;69;9.1;2424;1102;31;18;4282 eco;4700;65;&580;31;eco;644;94;12.7;2211;1075;33;18;4024 mba;4071;22;54;52;mba;307;22;6.7;2381;1233;34;°8;3943 mja;1828;21;41;37;mja;163;56;&25.6;1071;439;29;13;1729 myr;3754;87;69;43;myr;282;20;6.6;2274;979;30;°8;3555 pmg;1884;v5;45;34;pmg;158;95;&37.5;950;597;&39;14;1800 pmq;7479;&185;51;20;pmq;753;42;5.3;4543;1885;29;11;7223 pub;1386;°7;44;28;pub;381;92;19.5;599;235;28;&36;1307 rru;3946;23;79;58;rru;614;69;10.1;2140;963;31;18;3786 rtb;868;°5;51;19;rtb;98;4;°3.9;506;185;27;13;793 scc;1909;20;47;37;scc;319;28;8.1;1001;457;31;19;1805 spl;4466;&141;70;42;spl;414;12;°2.8;2486;1301;34;10;4213 total;75793;1191;1934;649;;9564;1224;11.3;42200;19031;31;15;72019 écart;;;;;;;;10±9;;;30±5;16±7; tRNA-cds continu-discontinu;;; gen;nc+; xc+;xc+% abra;31;10;24 ade;47;22;32 afn;43;10;19 ant;29;5;15 ase*;60;41;41 blo*;52;26;33 bsu;12;16;57 cbei;35;12;26 cbn;30;10;25 cvi;52;26;33 eco;37;28;43 mba;48;42;47 mja;25;18;42 myr*;48;31;39 pmg*;41;26;39 pmq;27;15;36 pub;28;22;44 rru;49;34;41 rtb;40;16;29 scc;35;32;48 spl*;39;23;37 total;808;465;37 écart;;;37±7 </pre> =====comparaison cds-cds et tRNA-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#comparaison_cds-cds_et_tRNA-cds|comparaison cds-cds et tRNA-cds]] <pre> ;caractéristiques;;;;;;petit;;grand; gen;p;cds;tRNAs;petit;grand;<0;inf;sup;inf;sup abra;0,854;1712;40;27;13;;-8,87;-6.14;-2.37;5.57 ant;0,911;3119;32;16;10;;-0,84;0,58;0,27;6,28 mja;0,858;1768;42;19;10;;0,28;2,87;1,41;9,49 pmg;0,886;1839;66;31;20;1;-0,69;1,86;0,49;9,78 pub;0,866;1343;50;25;17;;-1,78;0,88;-2,60;6,07 ;;;;;;;;;; ade;0,827;4506;68;30;21;;0,98;4,97;-3,20;7,65 afn;0,771;2093;52;26;17;;-3,63;0,91;-6,54;3,48 ase;0,744;8256;100;39;17;1;3,31;10,25;3,14;17,06 bsu;0,848;4325;26;11;8;;0,62;2,78;-1,88;4,59 cbn;0,768;2521;34;13;8;;1,22;4,95;-2,03;6,08 cvi;0,810;4345;78;38;20;;-2,73;1,92;-0,33;11,54 eco;0,773;4285;56;20;7;;4,22;8,90;4,54;14,92 rru;0,767;3854;80;39;15;;-4,03;1,70;2,33;14,78 spl;0,651;4269;60;19;5;1;2,95;9,99;1,97;12,62 ;;;;;;;;;; blo;0,741;1824;78;27;11;3;3,58;9,59;2,79;14,73 cbei;0,570;5665;40;13;5;;-0,17;6,77;-2,69;5,68 mba;0,415;3995;88;21;5;1;1,06;13,51;-2,54;7,36 myr;0,757;3611;78;35;18;1;-2,16;3,66;-2,35;9,85 pmq;0,649;7258;32;15;5;;-3,61;1,66;-2,22;5,68 rtb;0,630;828;56;18;5;;2,52;9,80;0,92;11,27 scc;0,768;1847;66;27;9;;1,64;6,82;4,82;16,12 ;fréquence;;moyenne;;;;;pourcentage;; gen;cds-cds;ADN;cds-cds;tRNA-cds;diff;grd;pet;grd%;pet%;taux abra;1250;135857;109;224;115;358;91;'''229;20;'''2,5 ant;2333;192251;82;126;44;184;68;123;21;1,4 mja;1511;151580;100;148;48;203;94;102;7;1,1 pmg;1547;139122;90;128;38;196;61;118;47;1,5 pub;834;39179;47;51;4;86;16;83;'''201;1,5 ;;;;;;;;;; ade;3649;428947;118;164;46;225;102;92;16;1,1 afn;1732;220467;127;144;17;199;89;56;43;0,9 ase;6545;1063558;162;239;76;346;130;113;25;1,3 bsu;3607;401590;111;188;77;241;135;116;'''-18;0,9 cbn;2315;313764;136;181;45;234;127;73;7;'''0,8 cvi;3526;452650;128;178;50;270;86;111;49;1,4 eco;3286;421229;128;228;100;326;129;'''154;-1,0;1,5 rru;3103;429144;138;176;38;247;106;78;30;1,0 spl;3787;730981;'''193;'''358;165;'''484;'''228;'''151;'''-15;1,3 ;;;;;;;;;; blo;1544;240201;156;227;71;292;155;88;0,2;0,9 cbei;5223;1159420;222;262;40;346;178;56;25;'''0,8 mba;3614;1292909;'''358;'''437;79;'''618;'''252;73;42;1,0 myr;3253;507186;156;173;17;247;96;59;63;1,0 pmq;6428;1202544;187;201;14;275;127;47;47;'''0,8 rtb;691;224467;'''325;'''551;226;'''854;'''248;'''163;31;'''1,9 scc;1458;195310;134;217;83;293;141;118;'''-5;1,1 </pre> =====Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les intercalaires_tRNAs-cds_sans_cds-cds|Les intercalaires tRNAs-cds sans cds-cds]] *'''Le tableau''' <pre> ;<201 sans -;pub;afn;cvi;'''pmq;'''myr;'''mba;'''cbei;total ok;'''classe 3 ;p;0,866;0,771;0,810;0,649;0,757;0,415;0,570;; genome;cds;1 343;2 093;4 345;7 258;3 611;3 995;5 665;; vha;5 432;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" amed;4 285;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" ecoN;5 157;*;*;*;*;*;ok;*;1;" rpm;3 484;*;ok;*;ok;ok;*;*;3; oan;4 900;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" abq;6 576;*;*;*;ok;*;*;ok;2;" abs;6 817;*;*;*;ok;ok;*;ok;3;" agr;5 159;*;*;*;*-;*;*;ok;1;" aua;4 721;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" rpl;850;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" ppm;5 384;*;*;*;*;*;ok;ok;2;" lbu;1 838;*;ok;ok;ok;ok;*;ok;5; ban;5 700;*;*-;*;ok;*-;ok;ok;3;" psor;3 368;*-;ok;ok;ok;ok;*-;ok;5; cdc;3 614;*;ok;*-;ok;ok;ok;ok;5; hmo;2 707;*;*-;*;ok;ok;*;ok;3;" fps;2 478;*-;ok;ok;ok;ok;*;*;4; npu;7 484;*;*;*;*;*;*;ok;1;" apal;1 453;ok;ok;ok;ok;ok;*;*;5; mfi;3 381;*;*;*;ok;*;ok;ok;3;" mfe;2 374;*;*;*;*;*;ok;*;1;" ;total ok;1;6;4;12;8;9;16;; </pre> *'''Les résultats''' <pre> cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;mba;1,1;13,5;;-3,5;6,4;;afn;-3,6;0,9;;-6,5;3,5 vha;5,2;9,0;;7,2;16,9;;vha;1,4;8,1;;0,9;11,0;;vha;-5,7;3,9;;-4,4;3,3;;vha;4,4;8,9;;5,5;15,5 amed;1,4;5,9;;7,5;19,1;;amed;-3,6;4,4;;-1,4;10,6;;amed;-13,4;-1,9;;-9,2;0,0;;amed;0,4;5,8;;5,0;17,0 ecoN;12,6;17,8;;12,1;25,5;;ecoN;6,2;15,5;;0,1;14,0;;ecoN;-6,8;6,6;;-10,7;0,0;;ecoN;11,2;17,5;;8,8;22,7 rpm;-3,1;1,9;;1,6;14,2;;rpm;-8,8;-0,1;;-9,0;4,1;;rpm;-20,3;-7,8;;-18,4;-8,4;;rpm;-4,3;1,7;;-1,3;11,7 oan;6,1;10,9;;7,4;19,7;;oan;0,6;9,1;;-2,7;10,1;;oan;-10,5;1,8;;-11,7;-1,9;;oan;4,9;10,7;;4,6;17,4 abq;0,7;5,9;;6,9;20,1;;abq;-5,5;3,6;;-4,6;9,0;;abq;-18,0;-4,8;;-15,0;-4,5;;abq;-0,6;5,6;;3,8;17,4 abs;1,4;6,8;;4,3;18,0;;abs;-5,2;4,3;;-8,2;6,0;;abs;-18,6;-5,0;;-19,5;-8,6;;abs;0,1;6,5;;0,9;15,0 agr;5,3;9,9;;6,1;17,8;;agr;0,3;8,4;;-3,1;9,1;;agr;-9,9;1,8;;-11,1;-1,8;;agr;4,3;9,8;;3,6;15,7 aua;7,3;11,9;;8,7;20,5;;aua;2,1;10,3;;-0,8;11,6;;aua;-8,3;3,6;;-9,0;0,4;;aua;6,2;11,7;;6,1;18,3 rpl;6,0;10,0;;8,4;18,4;;rpl;2,1;9,0;;1,6;12,0;;rpl;-5,6;4,4;;-4,2;3,8;;rpl;5,2;9,9;;6,5;16,9 ppm;5,0;9,0;;7,4;17,4;;ppm;1,1;8,0;;0,6;11,0;;ppm;-6,6;3,4;;-5,2;2,8;;ppm;4,2;8,9;;5,5;15,9 lbu;-0,6;3,0;;-0,5;8,7;;lbu;-4,0;2,3;;-6,1;3,4;;lbu;-10,4;-1,3;;-10,7;-3,4;;lbu;-1,3;2,9;;-2,0;7,4 ban;0,7;2,8;;0,6;5,9;;ban;-0,8;2,9;;-1,4;4,2;;ban;-3,4;1,9;;-2,8;1,5;;ban;0,3;2,8;;0,0;5,5 psor;-0,4;1,8;;-0,9;4,8;;psor;-2,1;1,9;;-3,2;2,7;;psor;-4,9;0,8;;-4,7;-0,2;;psor;-0,8;1,9;;-1,6;4,3 cdc;0,0;1,7;;0,2;4,4;;cdc;-1,1;1,9;;-1,1;3,3;;cdc;-2,8;1,4;;-1,8;1,6;;cdc;-0,3;1,7;;-0,2;4,2 hmo;0,5;4,0;;2,0;10,9;;hmo;-2,8;3,4;;-3,4;5,9;;hmo;-9,0;-0,1;;-7,8;-0,7;;hmo;-0,2;3,9;;0,5;9,7 fps;-1,9;2,0;;-2,2;7,7;;fps;-5,7;1,1;;-8,8;1,5;;fps;-13,2;-3,3;;-14,3;-6,4;;fps;-2,7;1,9;;-4,0;6,2 npu;-0,9;3,9;;11,4;23,7;;npu;-6,4;2,1;;1,3;14,1;;npu;-17,5;-5,2;;-7,7;2,1;;npu;-2,1;3,7;;8,6;21,4 apal;-1,8;0,9;;-3,9;3,0;;apal;-4,0;0,8;;-7,1;0,0;;apal;-7,9;-1,0;;-9,5;-4,0;;apal;-2,3;0,9;;-4,8;2,3 mfi;2,0;6,0;;4,4;14,4;;mfi;-1,9;5,0;;-2,4;8,0;;mfi;-9,6;0,4;;-8,2;-0,2;;mfi;1,2;5,9;;2,5;12,9 mfe;14,3;18,9;;14,7;26,5;;mfe;9,1;17,3;;5,2;17,6;;mfe;-1,3;10,6;;-3,0;6,4;;mfe;13,2;18,7;;12,1;24,3 **;;;;;;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; rru;-2,8;1,9;;5,3;17,3;;mba;12,4;21,0;;5,6;18,6;;myr;-1,3;4,6;;-1,9;10,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7 bsu;0,2;2,9;;-2,9;4,0;;pmq;-3,6;1,7;;-2,2;5,7;;vha;4,1;8,9;;4,8;14,9;;vha;-0,8;7,2;;-1,3;8,2 eco;14,3;18,9;;14,7;26,5;;cbei;1,6;7,5;;-1,0;7,8;;amed;-0,1;5,7;;4,2;16,2;;amed;-6,6;2,9;;-4,7;6,7 cvi;-2,73;1,92;;-0,33;11,54;;spl;2,9;10,0;;1,9;12,5;;ecoN;10,7;17,4;;7,6;21,6;;ecoN;2,3;13,2;;-4,4;8,9 ade;0,6;4,9;;-4,2;6,9;;myr;-4,9;3,3;;-7,8;4,6;;rpm;-4,7;1,5;;-2,4;10,7;;rpm;;;;; cbn;1,9;4,9;;-0,8;7,1;;blo;0,6;8,5;;-1,8;10,1;;oan;4,4;10,6;;3,6;16,5;;oan;2,3;13,2;;-4,4;8,9 afn;-2,8;1,0;;-4,8;4,9;;rtb;;;;;;;abq;-1,1;5,4;;2,6;16,3;;abq;-9,3;1,5;;-8,9;4,1 scc;2,7;7,0;;7,2;18,1;;;;;;;;;abs;-0,5;6,3;;-0,4;13,9;;abs;-9,2;2,0;;-12,9;0,6 ase;6,6;11,8;;9,1;22,5;;cbei;-0,2;6,8;;-2,7;5,7;;agr;3,8;9,7;;2,6;14,8;;agr;-2,8;6,8;;-6,4;5,1 ;;;;;;;pub;-8,5;-0,7;;-13,6;-4,2;;aua;5,7;11,6;;5,1;17,5;;aua;-1,1;8,6;;-4,2;7,5 pub;-1,78;0,88;;-2,60;6,07;;ant;-6,1;0,1;;-8,5;-1,1;;rpl;4,8;9,8;;5,8;16,3;;rpl;-0,3;7,9;;-0,9;9,0 vha;;;;;;;pmg;-9,3;-0,5;;-14,9;-4,3;;ppm;3,8;8,8;;4,8;15,3;;ppm;-1,3;6,9;;-1,9;8,0 amed;;;;;;;abra;-4,8;1,2;;-2,8;4,5;;lbu;-1,6;2,9;;-2,6;6,9;;lbu;-6,0;1,5;;-8,0;1,0 ecoN;;;;;;;mja;-5,4;1,7;;-7,5;1,1;;ban;0,2;2,9;;-0,2;5,4;;ban;-1,7;2,7;;-2,1;3,2 rpm;-1,6;2,0;;6,2;17,7;;;;;;;;;psor;-1,0;1,9;;-1,8;4,1;;psor;-3,0;1,7;;-3,9;1,7 oan;;;;;;;rru;-11,3;-1,5;;-7,9;3,9;;cdc;-0,4;1,8;;-0,4;4,1;;cdc;-1,7;1,8;;-1,5;2,7 abq;;;;;;;bsu;-3,2;2,4;;-7,2;-0,4;;hmo;-0,5;3,9;;0,0;9,2;;hmo;-4,7;2,6;;-5,2;3,5 abs;;;;;;;eco;5,9;15,6;;1,8;13,5;;fps;-3,1;1,9;;-4,7;5,6;;fps;-8,0;0,0;;-11,1;-1,4 agr;;;;;;;cvi;-11,1;-1,4;;-13,2;-1,5;;npu;-2,6;3,6;;7,6;20,5;;npu;-9,8;0,3;;-2,4;9,7 aua;;;;;;;ade;-6,8;2,2;;-15,4;-4,5;;apal;-2,5;0,9;;-5,1;2,0;;apal;-5,2;0,4;;-8,2;-1,4 rpl;;;;;;;cbn;-2,3;4,1;;-6,3;1,4;;mfi;0,8;5,8;;1,8;12,3;;mfi;-4,3;3,9;;-4,9;5,0 ppm;;;;;;;afn;-8,8;-0,8;;-13,3;-3,8;;mfe;12,7;18,6;;11,1;23,5;;mfe;;;;; lbu;;;;;;;scc;-4,6;4,4;;-3,7;7,1;;;;;;;;;;;;;; ban;;;;;;;ase;-3,7;7,2;;-7,4;5,9;;;;;;;;;;;;;; psor;0,0;1,6;;0,1;5,3;;**;;;;;;;;;;;;;;;;;;; cdc;;;;;;;mba;9,0;19,1;;1,8;14,1;;;;;;;;;;;;;; hmo;;;;;;;pmq;-5,1;1,1;;-3,5;3,9;;;;;;;;;;;;;; fps;-0,9;1,9;;0,7;9,7;;cbei;;;;;;;;;;;;;;;;;;; npu;;;;;;;spl;1,2;9,7;;-0,4;9,9;;;;;;;;;;;;;; apal;-1,2;0,7;;-2,4;3,9;;myr;-8,1;1,6;;-11,2;0,5;;;;;;;;;;;;;; mfi;;;;;;;blo;-2,3;7,0;;-4,9;6,3;;;;;;;;;;;;;; mfe;;;;;;;rtb;0,7;8,9;;-0,9;9,0;;;;;;;;;;;;;; **;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ant;-1,4;0,8;;-1,5;5,5;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; pmg;-1,1;1,9;;-0,9;8,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; abra;-0,3;1,8;;3,9;10,6;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; mja;0,4;2,8;;1,8;9,7;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; afn;-1,8;0,9;;-1,9;6,9;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> *'''Les génomes et leurs tRNAs, petit grand''' <pre> test;vha;amed;ecoN;rpm;oan;abq;abs;agr;aua;apal; cds;5,432;4 285;5 157;3 484;4 900;6 576;6 817;5 159;4 721;1 453; petit;18;32;33;43;32;43;46;29;28;13; grand;5;11;14;21;14;18;23;13;11;9; totat sans -;52;74;100;88;84;96;104;76;78;26; total;54;76;100;90;90;96;104;76;80;26; grand sans -;(4);(10);;(20);(13);;;;;; ;;;;;;;;;;; test;rpl;ppm;lbu;ban;psor;cdc;hmo;fps;npu;mfi;mfe cds;850;5 384;1 838;5 700;3 368;3 614;2 707;2 478;7 484;3 381;2 374 petit;19;20;21;6;8;4;19;26;39;23;21 grand;5;6;11;2;4;1;8;15;10;9;5 totat sans -;56;56;46;16;18;10;44;54;84;56;78 total;56;58;46;16;18;10;46;54;86;58;78 grand sans -;;(5);;;;;(9);;(9);(8); ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ko;ko;ko;ko;ok;ok;ko;ok;ko;ko; p;0,415;0,858;0,773;0,827;0,649;0,570;0,911;0,866;0,768;0,848; q;0,585;0,142;0,227;0,173;0,351;0,430;0,089;0,134;0,232;0,152; compare;mba;mja;eco;ade;pmq;cbei;ant;pub;cbn;bsu; cds;3 995;1 768;4 285;4 506;7 258;5 665;3 119;1 343;2 521;4 325; petit;21;19;21;30;15;13;16;25;13;11; grand;6;10;5;21;5;5;10;17;8;8; totat sans -;86;42;78;68;32;40;32;50;34;26; total;88;42;78;68;32;40;32;50;34;26; grand sans -;(5);;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;ok;ok;ko;ko;ko;ok;ko;ko;ko;ko;ok p;0,771;0,810;0,744;0,741;0,886;0,757;0,854;0,768;0,651;0,767;0,630 q;0,229;0,190;0,256;0,259;0,114;0,243;0,146;0,232;0,349;0,233;0,370 compare;afn;cvi;ase;blo;pmg;myr;abra;scc;spl;rru;rtb cds;2 093;4 345;8 256;1 824;1 839;3 611;1 712;1 847;4 269;3 854;828 petit;26;38;39;27;31;35;14;27;19;39;18 grand;17;20;17;11;20;18;4;9;5;15;5 totat sans -;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 total;52;78;100;72;64;78;30;66;60;80;56 </pre> *'''Les calculs des bornes''' <pre> ;compare;test;;;;;;;;; ;afn;eco;;;;;;;;; ;0,771;21;;;;;;;;; ;0,229;5;;;;;;;;; ;;78;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;; ;3995;;;;3614;cds;bornes;p;q;;tRNAs archeo;cds total;total;<0;0-200;reste;;petit;0,771;0,229;;78 mba cds-cds;3995;3943;329;1500;2114;;34,181;p2;2pq;1-q2;q2 mba cds %;;;83;415;585;;39,741;0,595;0,353;0,948;0,052 mba tRNA;;88;1;27;60;;grand;varq;varp;attendus; calculs;proba;effect;attendu;plage;2σ;;17,074;nq2(1-q2);np2(1-p2);petit;grand petit;0,771;21;37;22 – 35;2,8;;29,336;1,932;9,398;36,961;23,205 grand;0,229;5;23,2;2 – 12;6,1;;;;;; ;;;;;;;34;40;;17;29 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;bornes;13,2;18,7;;12,1;24,3 ;;;;;;petit;inf;sup;grand;inf;sup </pre> =====Récapitulatif des taux discontinu/continu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Récapitulatif_des_taux_discontinu/continu|Récapitulatif des taux discontinu/continu]] <pre> >0;;;<0;;;total;taux tRNA-cds;;;tRNA-cds;;;; Rc+;Rx+;Rx+ %;Rc-;Rx-;Rx- %;;R- % 808;464;&36,5;2;6;&75;1280;&0,6 cds-cds;;;cds-cds;;;; Sc+;Sx+;Sx+ %;Sc-;Sx-;Sx- %;;S- % 42200;19031;&31,08;9564;1224;&11,3;72019;&15,0 cn;ac;ax;ax%;a%;intercal;;Sx% 1191;1934;649;&25,1;&3,4;75793;;28,1 </pre> =====Les taux de discontinus par classe génomique===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_taux_de_discontinus_par_classe_génomique|Les taux de discontinus par classe génomique]] <pre> gen;Sx-%;Sx+%;S-%;Rx+%;ax% $I;;;;; abra;°1,4;°22;&25;°24;°6 ant;&10,9;27;&25;°15;°8 mja;&24,2;30;13;42;&36 pmg;&36,0;&39;14;39;&41 pub;&19,0;29;&36;44;&45 $II;;;;; ade;&11,9;&36;18;32;13 afn;°1,3;°20;15;°19;11 ase;&19,3;&42;20;41;11 bsu;4,9;30;14;&57;16 cbn;4,5;°23;°7;°25;°5 cvi;8,2;32;18;33;18 eco;&12,3;33;18;43;&35 rru;&10,1;31;18;41;&33 spl;°2,8;34;10;37;11 $III;;;;; blo;7,0;32;13;33;18 cbei;°2,8;°23;°7;°26;°6 mba;5,5;34;°8;&47;28 myr;6,6;30;°8;39;9 pmq;4,3;29;11;36;°4 rtb;°2,9;27;13;29;25 scc;7,8;32;19;&48;18 total;10,6;31;15;37;19 écart;10±6;31±4;15±5;37±7;19±10 </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds]] *Tableau <pre> 14.8.21;continu;;;comp’;;; inter;nc;nc%;pc;nx;nx%;px;diff -1;1671;'''17.5;;0;0;; -2;4;0.0;;40;3.3;; -3;5;0.1;;0;0;; -4;&4476;'''46.8;<u>0.38;°410;'''33.5;<u>0.10; -5;9;0.1;;3;0.2;; -6;4;0.0;;35;2.9;;16 -7;139;1.5;;19;1.6;; -8;&945;'''9.9;0.15;°51;'''4.2;1.06; -9;3;0.0;;25;2.0;;14 -10;93;1.0;;11;0.9;; -11;&498;'''5.2;0.19;°52;'''4.3;0.69; -12;2;0.0;;23;1.9;;8 -13;94;1.0;;15;1.2;; -14;&329;'''3.4;0.29;°45;'''3.7;0.84; -15;1;0.0;;25;2.0;;12 -16;58;0.6;;13;1.1;; -17;&235;'''2.5;0.25;°42;'''3.4;0.90; -18;5;0.1;;13;1.1;;1 -19;43;0.4;;12;1.0;; -20;&162;'''1.7;0.30;°24;'''2.0;1.04; -21;0;0;;11;0.9;;3 -22;22;0.2;;8;0.7;; -23;&107;'''1.1;0.21;°20;'''1.6;0.95; -24;1;0.0;;19;1.6;;8 -25;34;0.4;;11;0.9;; -26;&101;'''1.1;0.35;°21;'''1.7;1.43; -27;2;0.0;;6;0.5;; -2 -28;19;0.2;;8;0.7;; -29;&61;'''0.6;0.34;°10;'''0.8;1.40; -30;0;0;;5;0.4;; -3 -31;16;0.2;;8;0.7;; -32;&45;'''0.5;0.36;°18;'''1.5;0.72; -33;0;0;;3;0.2;; -4 -34;15;0.2;;7;0.6;; -35;&35;'''0.4;0.43;°19;'''1.6;0.53; -36;0;0;;3;0.2;;0 -37;9;0.1;;3;0.2;; -38;&31;'''0.3;0.29;°12;'''1.0;0.50; -39;0;0;;3;0.2;; -4 -40;5;0.1;;7;0.6;; -41;&34;'''0.4;0.15;°8;'''0.7;1.25; -42;0;0;;4;0.3;; -2 -43;16;0.2;;6;0.5;; -44;&24;'''0.3;0.67;°4;'''0.3;2.50; -45;0;0;;2;0.2;; -1 -46;5;0.1;;3;0.2;; -47;&11;'''0.1;0.45;°4;'''0.3;1.25; -48;0;0;;2;0.2;; -2 -49;11;0.1;;4;0.3;; -50;&9;'''0.1;1.22;°6;'''0.5;1.00; reste;169;1.8;;120;9.8;; total;9558;100.0;;1223;100.0;; </pre> *Fréquences des <span id="nd50">négatifs</span>, détails jusqu'à -50 pour les continus et jusqu'à -80 pour les discontinus <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0 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negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;169;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;2;16;3;11;0;6;5 ;9558;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;158;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl </pre> =====Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_négatifs_cds-cds._Diagrammes|Les fréquences des intercalaires négatifs cds-cds. Diagrammes]] *Tableau <pre> 14.8.21;;diagrammes;;;;;;;;;;; ;R2;;;abscisses modulo 3;;;;;abscisses modulo 1;;moyennes;; fréquence;droite;exp;p4;-a;b;-x;x’;w;'-x1;x’1;m;e;m/e continu 50;;;;;;;;;;;;; 6;537;190;585;0,1;4;36;4;6;107;3.5;1.2;1.66;0.72 7;735;855;971;2,6;111;72;176;245;215;132;38.6;40.2;0.96 8;608;973;987;14,8;603;100;1389;2611;301;841;175.1;253.9;0.69 discontinu 50;;;;;;;;;;;;; 6’;820;912;913;0.7;32;72;54;45;217;43;11.9;10.8;1.11 7’;806;779;835;0.3;17;36;22;26;109;19;9.0;4.5;1.99 8’;857;888;933;1.2;56;61;97;56;184;71;22.4;17.0;1.32 discontinu 80;;;;;;;;;;;;; 6”;667;834;931;0.4;23;51;32;45;152;28;7.8;9.76;0.80 7”;806;769;887;0.2;15;38;22;21;115;19;6.2;5.04;1.22 8”;739;874;949;0.6;42;48;70;80;144;55;14.8;16.14;0.92 </pre> =====Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_négatifs_cds-cds,_recouvrements|Les intercalaires négatifs cds-cds, recouvrements]] <pre> recouvrements;;intercalaires cds-cds recouvrements;;;;;;;; bsu;;;;;;eco;;;; intercal;add1;add2;shift;couvre;;intercal;add1;add2;shift;couvre continu;;;;;;continu;;;; -7616;387744;398495;°-7475;141;;-2400;164730;167264;&0;2400 ;390880;391020;;;;;164865;167264;; ;;;;;;-2130;&2731600;2733729;444;2130 -500;3717238;3717825;°-20;480;;;2731600;2734173;; ;3717326;3717805;;;;-1295;&492092;493386;637;1295 ;;;;;;;492092;494023;; -492;2909520;2910011;735;492;;-897;&4577958;4578854;483;897 ;2909520;2910746;;;;;4577958;4579337;; ;;;;;;-729;1179520;1180359;&0;729 -164;1252815;1253021;52;164;;;1179631;1180359;; ;1252858;1253073;;;;-448;1639030;1639527;°-193;255 ;;;;;;;1639080;1639334;; -154;2466721;2467953;209;154;;-242;578107;578568;°-59;183 ;2467800;2468162;;;;;578327;578509;; ;;;;;;-212;508875;511379;&0;212 -143;1916663;1917097;205;143;;;511168;511379;; ;1916955;1917302;;;;-153;&16751;16903;57;153 ;;;;;;;16751;16960;; discontinu;;;;;;discontinu;;;; -361;2601528;2603339;°-64;297;;-723;3111128;3111988;°-663;60 ;2602979;2603275;;;;;3111266;3111325;; ;;;;;;-530;3838248;3839171;°-470;60 -127;3666841;3667059;°-43;84;;;3838642;3838701;; ;3666933;3667016;;;;-527;10643;11356;°-41;486 ;;;;;;;10830;11315;; -93;2652993;2653463;1410;93;;-436;3796948;3798207;°-361;75 ;2653371;2654873;;;;;3797772;3797846;; ;;;;;;-210;3993739;3994059;276;210 ;;;;;;;3993850;3994335;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus===== ======Tableau cds-cds négatifs discontinus====== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_discontinus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs discontinus]] <pre> 14.8.21;recompte;;rouge pour les peu significatifs;;;;couleurs uniformisées;;;“p pour périodiques;;;; ;;génomes à forts cds-cds négatifs discontinues ;trié sur x‰ ;;;puis;génomes à faibles cds-cds négatifs discontinues;;;;;;; clde;gen;r80;“6;“7;“8;“p;x6;x7;x8;x‰ ;cds;“5;x5;“80 1;'''pub;0;§17;3;25;&45;§38;7;56;&<u>70.4;1307;&47;51;&92 2;'''pmg;0;§16;9;30;&55;§29;16;55;&48.9;1800;&33;38;&88 3;'''ase;17;?48;55;123;&<u>226;?21;24;54;&42.9;<u>'''8197;&<u>109;31;&<u>335 4;'''mja;0;@19;3;8;&30;@63;10;27;&32.4;1730;&26;46;&56 5;'''ant;0;@20;5;18;&43;@47;12;42;&26.8;3095;&40;48;&83 6;'''eco;10;§15;6;18;&39;§38;15;46;&23.4;'''4024;&45;48;&84 7;'''ade;9;?4;17;36;&57;?7;30;63;&22.8;'''4464;&36;35;&93 8;'''rru;5;?6;13;22;&41;?15;32;54;&19.5;'''3786;&28;38;&69 9;'''cvi;1;?7;16;20;&43;?16;37;47;&16.1;'''4282;&25;36;&68 10;'''scc;1;§9;3;12;&24;§38;13;50;&15.5;1805;°3;11;27 11;'''blo;2;?1;4;8;13;?8;31;62;10.2;1772;°3;17;°16 12;'''bsu;4;?5;7;5;17;?29;41;29;8.3;'''4215;14;40;31 13;'''myr;0;§5;1;5;11;§45;9;45;5.6;'''3555;9;45;20 14;'''pmq;1;§8;5;14;&27;§30;19;52;5.8;'''7223;14;33;41 15;'''mba;0;?3;3;10;16;?19;19;63;5.6;'''3943;°6;27;22 16;'''rtb;0;§0;0;3;$3;§0;0;100;$5.0;793;$1;25;$4 17;'''abra;0;@3;0;3;$6;@50;0;50;$4.8;1667;$2;25;$8 18;'''cbn;0;@5;0;4;$9;@56;0;44;$3.6;2491;$0;0;$9 19;'''spl;0;?1;1;3;°5;?20;20;60;°2.8;'''4213;7;58;°12 20;'''cbei;0;?2;2;3;°7;?29;29;43;°2.0;'''5622;°4;36;°11 21;'''afn;1;@1;1;0;$2;@50;50;0;$2.0;2039;$1;25;$3 ;'''total;51;195;154;370;719;27;21;51;17.0;72023;453;37;1172 ;;;;;;;;;;;;;; §;bgcolor="#e8f2a8"|;;?;bgcolor="#bbe333"|;;@;bgcolor="#ff00ff"|;;;;;;; </pre> *<span id="cdmc">Coefficient</span> de détermination, moyenne et corrélation: effectifs <pre> 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs continus 14.8.21 Effectifs des cds-cds négatifs discontinus gen r50 “5 “6 “7 “8 total cds r80 “5 “6 “7 “8 total abra 13 211 0 11 174 409 1667 0 2 3 0 3 8 ade 9 607 0 25 72 713 4464 9 36 4 17 36 102 afn 9 167 2 20 105 303 2039 1 1 1 1 0 4 ant 6 387 1 33 252 679 3095 0 40 20 5 18 83 ase 28 1054 3 70 145 1300 8197 17 109 48 55 123 352 blo 2 161 1 10 36 210 1772 2 3 1 4 8 18 bsu 17 305 0 42 209 573 4215 4 14 5 7 5 35 cbei 4 153 0 32 200 389 5622 0 4 2 2 3 11 cbn 0 62 0 23 82 167 2491 0 0 5 0 4 9 cvi 4 493 0 38 152 687 4282 1 25 7 16 20 69 eco 22 423 0 47 152 644 4024 10 45 15 6 18 94 mba 6 152 7 34 108 307 3943 0 6 3 3 10 22 mja 6 78 0 17 62 163 1730 0 26 19 3 8 56 myr 0 133 0 22 127 282 3555 0 9 5 1 5 20 pmg 2 105 0 10 41 158 1800 0 33 16 9 30 88 pmq 16 466 1 44 226 753 7223 1 14 8 5 14 42 pub 3 233 2 14 129 381 1307 0 47 17 3 25 92 rru 11 475 0 26 97 609 3786 5 28 6 13 22 74 rtb 0 43 0 9 46 98 793 0 1 0 0 3 4 scc 6 195 1 22 95 319 1805 1 3 9 3 12 28 spl 5 262 0 30 117 414 4213 0 7 1 1 3 12 total 169 6165 18 579 2627 9558 72023 51 453 195 154 370 1223 </pre> *Coefficient de détermination, moyenne et corrélation:Résultats <pre> ‰. ;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs continus;;;;;;;14.8.21;Effectifs des cds-cds négatifs discontinus;;;;;;‰. ;;;;;;;;;;;;; gen;c50‰. ;c5‰. ;c6‰. ;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;x80‰. ;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. ;;;;;c5‰. ;;c7‰. ;c8‰. ;c‰. ;;;x5‰. ;x6‰. ;x7‰. ;x8‰. ;x‰. abra;78.0;1265.7;0.0;66.0;1043.8;2453.5;;0.0;12.0;18.0;0.0;18.0;48.0;;;1;;248.9;;55.6;161.3;670.4;;;0.0;0.0;0.0;0.0;19.6 ade;20.2;1359.8;0.0;56.0;161.3;1597.2;;20.2;80.6;9.0;38.1;80.6;228.5;;;2;;272.1;;56.0;176.9;691.9;;;4.9;2.4;0.0;5.3;19.6 afn;44.1;819.0;9.8;98.1;515.0;1486.0;;4.9;4.9;4.9;4.9;0.0;19.6;;;3;;374.1;;56.4;203.2;778.6;;;7.1;3.6;0.0;7.1;28.5 ant;19.4;1250.4;3.2;106.6;814.2;2193.9;;0.0;129.2;64.6;16.2;58.2;268.2;;;4;;385.5;;56.9;227.8;793.2;;;12.0;4.9;2.4;11.9;36.1 ase;34.2;1285.8;3.7;85.4;176.9;1585.9;;20.7;133.0;58.6;67.1;150.1;429.4;;;5;;450.9;;60.9;256.2;877.8;;;12.6;5.6;2.8;14.1;48.0 blo;11.3;908.6;5.6;56.4;203.2;1185.1;;11.3;16.9;5.6;22.6;45.1;101.6;;;6;;542.2;;61.9;273.9;942.2;;;15.2;7.6;3.6;16.1;50.4 bsu;40.3;723.6;0.0;99.6;495.8;1359.4;;9.5;33.2;11.9;16.6;11.9;83.0;;;7;;583.3;;66.0;277.7;982.7;;;16.6;9.0;4.9;18.0;55.8 cbei;7.1;272.1;0.0;56.9;355.7;691.9;;0.0;7.1;3.6;3.6;5.3;19.6;;;8;;621.9;;68.7;312.9;1042.5;;;16.6;11.1;6.9;19.4;56.3 cbn;0.0;248.9;0.0;92.3;329.2;670.4;;0.0;0.0;20.1;0.0;16.1;36.1;;;9;;645.2;;71.2;329.2;1185.1;;;16.9;11.9;7.6;25.4;58.1 cvi;9.3;1151.3;0.0;88.7;355.0;1604.4;;2.3;58.4;16.3;37.4;46.7;161.1;;;10;;723.6;;85.4;355.0;1235.8;;;19.4;14.1;14.9;37.8;83.0 eco;54.7;1051.2;0.0;116.8;377.7;1600.4;;24.9;111.8;37.3;14.9;44.7;233.6;;;11;;819.0;;86.2;355.7;1359.4;;;25.3;15.8;16.2;44.7;101.6 mba;15.2;385.5;17.8;86.2;273.9;778.6;;0.0;15.2;7.6;7.6;25.4;55.8;;;12;;908.6;;88.7;357.2;1486.0;;;33.2;16.3;16.6;45.1;155.1 mja;34.7;450.9;0.0;98.3;358.4;942.2;;0.0;150.3;109.8;17.3;46.2;323.7;;;13;;1051.2;;92.3;358.4;1585.9;;;58.4;18.0;16.6;46.2;161.1 myr;0.0;374.1;0.0;61.9;357.2;793.2;;0.0;25.3;14.1;2.8;14.1;56.3;;;14;;1080.3;;98.1;377.7;1597.2;;;74.0;20.1;17.3;46.7;195.5 pmg;11.1;583.3;0.0;55.6;227.8;877.8;;0.0;183.3;88.9;50.0;166.7;488.9;;;15;;1151.3;;98.3;495.8;1600.4;;;80.6;37.3;22.6;58.1;228.5 pmq;22.2;645.2;1.4;60.9;312.9;1042.5;;1.4;19.4;11.1;6.9;19.4;58.1;;;16;;1250.4;;99.6;515.0;1604.4;;;111.8;49.9;23.0;58.2;233.6 pub;23.0;1782.7;15.3;107.1;987.0;2915.1;;0.0;359.6;130.1;23.0;191.3;703.9;;;17;;1254.6;;106.6;526.3;1608.6;;;129.2;58.6;34.3;66.5;268.2 rru;29.1;1254.6;0.0;68.7;256.2;1608.6;;13.2;74.0;15.8;34.3;58.1;195.5;;;18;;1265.7;;107.1;580.1;1767.3;;;133.0;64.6;37.4;80.6;323.7 rtb;0.0;542.2;0.0;113.5;580.1;1235.8;;0.0;12.6;0.0;0.0;37.8;50.4;;;19;;1285.8;;113.5;814.2;2193.9;;;150.3;88.9;38.1;150.1;429.4 scc;33.2;1080.3;5.5;121.9;526.3;1767.3;;5.5;16.6;49.9;16.6;66.5;155.1;;;20;;1359.8;;116.8;987.0;2453.5;;;183.3;109.8;50.0;166.7;488.9 spl;11.9;621.9;0.0;71.2;277.7;982.7;;0.0;16.6;2.4;2.4;7.1;28.5;;;21;;1782.7;;121.9;1043.8;2915.1;;;359.6;130.1;67.1;191.3;703.9 total;23.5;856.0;2.5;80.4;364.7;1327.1;;7.1;62.9;27.1;21.4;51.4;169.8;;;;;;;;;;;;;;;; moyenne;23.8;859.9;3.0;84.2;427.9;1398.7;;5.4;69.5;32.4;18.2;52.8;178.3;;;R2 progrès;;;;;;;;;;;;; écart;19.6;422.8;5.2;22.4;248.2;592.6;;8.0;86.6;37.6;18.2;53.8;181.3;;;droite;;967;;978;793;889;;;687;753;850;758;783 m/e;1.2;2.0;0.6;3.8;1.7;2.4;;0.7;0.8;0.9;1.0;1.0;1.0;;;exponentiel;;957;;975;941;967;;;969;980;956;961;986 R2 corel;c5;;;0.193;0.420;;R2 corel;x5;;0.888;0.494;0.853;;;;a;;0.089;;0.043;0.081;0.065;;;0.202;0.195;0.183;0.165;0.171 ;c7;;;;0.420;;;x6;;;0.392;0.754;;;;b;;283.156;;50.427;153.421;628.757;;;3.747;1.976;1.444;5.367;16.404 ;;;;;;;;x7;;;;0.745;;;;;;;;;;;;;;;;; R2 deter;c5;;;0.037;0.176;;R2 deter;x5;;0.788;0.244;0.728;;;;;;;;;;;;;;;;; ;c7;;;;0.177;;;x6;;;0.154;0.569;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;x7;;;;0.555;;;;;;;;;;;;;;;;; </pre> ======Fréquences cds-cds négatifs discontinus jusqu'à 80, détails====== *Fréquences <span id="disc80">des</span> discontinus jusqu'à 80, détails des cumuls <pre> 14.8.21;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; discontinus de 1 à 80;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; reste;51;0;9;1;0;17;2;4;0;0;1;10;0;0;0;0;1;0;5;0;1;0;51;;9 6 mod3;195;3;4;1;20;48;1;5;2;5;7;15;3;19;5;16;8;17;6;0;9;1;;;43 7 mod3;154;0;17;1;5;55;4;7;2;0;16;6;3;3;1;9;5;3;13;0;3;1;;;27 8 mod3;370;3;36;0;18;123;8;5;3;4;20;18;10;8;5;30;14;25;22;3;12;3;;;70 1-5/total %;37;25;35;25;48;31;17;40;36;0;36;48;27;46;45;38;33;51;38;25;11;58;;;30 1-5;453;2;36;1;40;109;3;14;4;0;25;45;6;26;9;33;14;47;28;1;3;7;;;64 total;1172;8;93;3;83;335;16;31;11;9;68;84;22;56;20;88;41;92;69;4;27;12;1172;;204 gen;comp’;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;;0 2;40;0;3;0;0;18;1;0;0;0;3;2;2;0;0;0;3;3;1;1;1;2;2;;10 3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;3;;0 4;410;2;33;1;40;91;2;14;3;0;22;43;3;26;9;33;11;43;27;0;2;5;4;;52 5;3;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;5;;2 6;35;0;2;0;7;2;0;2;0;1;2;0;2;4;3;2;3;1;2;0;2;0;6;;13 7;19;0;1;0;0;11;0;1;0;0;2;1;0;2;0;0;0;1;0;0;0;0;7;;1 8;51;0;5;0;5;6;2;1;1;1;0;1;0;2;0;11;0;14;0;0;0;2;8;;7 9;25;1;0;0;3;2;0;1;0;1;1;2;0;3;0;1;1;7;0;0;2;0;9;;6 10;11;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;3;0;0;0;10;;2 11;52;0;4;0;3;17;0;1;0;2;4;0;0;2;2;3;2;4;4;0;4;0;11;;11 12;23;1;1;0;3;5;0;0;0;1;1;1;0;3;0;2;0;3;0;0;2;0;12;;4 13;15;0;3;0;0;6;0;0;0;0;2;0;1;0;1;0;0;1;0;0;1;0;13;;3 14;45;1;4;0;1;18;1;1;0;0;0;5;3;1;0;3;2;2;2;1;0;0;14;;9 15;25;0;1;0;3;11;0;0;0;0;0;0;0;3;1;3;0;0;1;0;1;1;15;;3 16;13;0;1;0;1;4;0;1;0;0;0;1;0;0;0;3;0;0;1;0;1;0;16;;2 17;42;1;7;0;2;12;1;0;0;1;3;0;1;0;1;4;2;1;3;0;2;1;17;;10 18;13;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;2;0;2;1;1;0;2;0;0;1;0;18;;2 19;12;0;0;0;0;6;1;1;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;19;;2 20;24;0;1;0;1;5;1;1;0;0;1;1;1;0;1;3;1;3;4;0;0;0;20;;5 21;11;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;2;0;1;0;2;0;0;1;0;0;0;21;;2 22;8;0;0;0;0;2;1;0;0;0;1;0;0;0;0;2;1;0;1;0;0;0;22;;2 23;20;0;2;0;0;8;0;0;0;0;1;1;1;1;0;2;0;1;1;0;2;0;23;;3 24;19;1;0;0;1;7;0;0;0;0;1;2;0;1;0;2;0;3;0;0;1;0;24;;2 25;11;0;1;0;0;1;1;1;1;0;1;2;0;1;0;0;1;0;1;0;0;0;25;;4 26;21;1;0;0;1;8;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;3;0;2;0;2;0;26;;8 27;6;0;0;0;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;27;;1 28;8;0;1;0;0;3;1;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;28;;1 29;10;0;2;0;1;3;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;29;;0 30;5;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;30;;0 31;8;0;0;0;0;4;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;31;;1 32;18;0;2;0;1;7;1;0;0;0;2;2;0;0;0;1;1;0;0;0;1;0;32;;3 33;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;33;;0 34;7;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;34;;2 35;19;0;1;0;1;6;1;0;0;0;2;3;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;35;;4 36;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;36;;2 37;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;37;;0 38;12;0;1;0;1;5;1;0;1;0;0;1;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;38;;2 39;3;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;39;;1 40;7;0;1;1;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;0;40;;2 41;8;0;2;0;1;0;0;0;0;0;2;1;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;41;;1 42;4;0;0;0;0;2;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;42;;1 43;6;0;0;0;1;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;43;;0 44;4;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;44;;1 45;2;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;45;;1 46;3;0;2;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;46;;1 47;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;47;;1 48;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;48;;0 49;4;0;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;49;;0 50;6;0;0;0;0;3;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;50;;1 51;5;0;0;0;0;3;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;51;;2 52;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;52;;1 53;4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;53;;0 54;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;54;;0 55;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;55;;1 56;5;0;0;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;56;;0 57;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;57;;0 58;5;0;0;0;0;3;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;58;;1 59;7;0;1;0;0;4;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;59;;0 60;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;60;;1 61;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;61;;0 62;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;62;;0 63;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;63;;0 64;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;64;;0 65;6;0;2;0;0;3;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;65;;1 66;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;66;;0 67;4;0;1;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;67;;0 68;3;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;68;;1 69;2;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;69;;1 70;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;70;;0 71;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;71;;1 72;2;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;72;;0 73;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;73;;1 74;3;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;74;;1 75;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;75;;1 76;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;76;;0 77;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;77;;0 78;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;78;;0 79;2;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;79;;0 80;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;80;;0 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total;;faibles </pre> ======Restes des cds-cds négatifs====== *Restes <span id="rcdsn">des</span> cds-cds négatifs <pre> 14.8.21;;discont;cont;cont;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;6;14;2;0;2;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;7;12;48;17;65;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;8;19;43;44;87;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;6;15;0;15;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;51;108;61;169;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;cont;cont;;discontinu;;; ;6;2;2;;6;7;0;;6;1;0;;6;4;0;;6;0;0;0;;;; ;7;1;11;;7;6;18;;7;3;11;;7;2;8;;7;12;5;17;;;; ;8;3;9;;8;4;10;;8;8;9;;8;3;15;;8;25;19;44;1;;; ;reste;5;9;;reste;0;0;;reste;1;6;;reste;0;0;;reste;0;0;0;;;; ;;11;31;;;17;28;;;13;26;;;9;23;;;37;24;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Les occurrences des négatifs autres que ceux des tableaux des continus jusqu’à -50 et des discontinus jusqu’à -80;;;;;;;;;;;;;;;;;discontinu;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;-89;1;;;;;;; eco;discontinu;continu;;ase;discontinu;continu;;bsu;discontinu;continu;;scc;discontinu;continu;;pmq;continu;;ant;continu;;;Les restes ;jusqu’à -56;;1;1;-51;;*;0;-58;;1;2;-120;1;;0;-53;1;1;-71;1;1;continus;169;50 -66;;1;0;-52;;3;2;-59;;1;1;-74;;1;1;-55;1;2;-65;1;1;discontinus;51;80 -75;;1;0;-53;;*;1;-65;;1;1;-68;;2;1;-56;2;1;-59;1;1;;; -82;1;7;2;-55;;1;2;-82;;1;2;-59;;2;1;-65;2;1;-56;1;1;;discontinu;continu -85;;1;2;-57;;*;0;-86;1;;1;-53;;1;1;-74;1;1;-55;1;2;eco;10;22 -86;1;;1;-58;;*;2;-91;;1;2;ok;1;6;;-89;*;1;-53;1;1;ase;17;28 -89;;1;1;-59;;2;1;-92;;1;1;rru;discontinu;continu;;-95;2;1;;;;bsu;4;17 -102;1;;0;-67;;1;2;-93;1;;0;-122;1;;1;-119;2;1;cbei;continu;;pmq;1;16 -113;1;;1;-70;;2;2;-94;;1;2;-120;1;;0;-116;1;1;-110;1;1;ade;9;9 -129;1;;0;-74;;1;1;-95;;1;1;-106;1;;2;-115;1;2;-64;1;2;abra;0;13 -210;1;;0;-76;;1;2;-361;1;;2;-104;2;;1;-113;1;1;-64;1;2;afn;1;9 -436;1;;2;-79;;1;2;-127;1;;2;-137;;1;1;-101;2;1;-62;1;1;ant;0;6 -527;1;;1;-81;1;;0;-7616;;1;1;-104;;*;1;;16;;;;;blo;2;2 -530;1;;1;-82;2;1;2;-500;;1;1;-73;;1;2;;;;mba;continu;;cbei;0;4 -723;1;;0;-86;2;1;1;-492;;1;0;-68;;1;1;pub;continu;;-59;2;1;cvi;1;4 -110;;1;1;-87;1;;0;-164;;1;1;-65;;1;1;-65;1;1;-56;4;1;mba;0;6 -153;;1;0;-88;1;;2;-154;;1;2;-64;;1;2;-59;1;1;-51;*;0;mja;0;6 -212;;1;1;-89;;1;1;-143;;1;1;-62;;1;1;-56;1;1;;;;pmg;0;2 -242;;1;1;-91;;1;2;-119;;1;1;-61;;1;2;;;;mja;continu;;pub;0;3 -448;;1;2;-93;2;;0;-113;;1;1;-59;;1;1;spl;continu;;-83;1;1;rru;5;11 -729;;1;0;-94;;2;2;-101;;1;1;-58;;*;2;-98;1;1;-73;1;2;scc;1;6 -897;;1;0;-95;;1;1;;4;17;;-53;;1;1;-77;1;1;-71;1;1;spl;0;5 -1295;;1;1;-97;;2;2;ade;discontinu;continu;;-52;;2;2;-56;1;1;-64;1;2;;51;169 -2130;;1;0;-100;;1;2;-55;;1;2;;5;11;;-53;2;1;-62;1;1;;; -2400;;1;0;-120;1;;0;-61;;2;2;;;;;;;;-59;1;1;;; ;10;22;;-119;1;;1;-67;;1;2;blo;discontinu;continu;;abra;continu;;;;;;; afn;discontinu;continu;;-111;1;;0;-68;;2;1;-102;1;;0;-92;1;1;pmg;continu;;;; -83;1;;1;-109;2;;2;-116;1;;1;-85;1;;2;-86;1;1;-65;1;1;;; -113;;1;1;-107;1;;1;-110;1;;1;-86;;1;1;-73;1;2;-59;1;1;;; -79;;1;2;-106;1;;2;-107;1;;1;-53;;1;1;-67;9;2;;;;;; -74;;1;1;-105;1;;0;-104;1;;1;;2;2;;-59;1;1;;;;;; -71;;1;1;-119;;2;1;-101;1;;1;cvi;discontinu;continu;;;;;;24;;;; -68;;1;1;-110;;1;1;-98;1;;1;-102;1;;0;;37;;;;;;; -67;;2;2;-106;;2;2;-86;1;;1;-97;;1;2;;;;;;;;; -59;;1;1;-101;;1;1;-82;1;;2;-94;;1;2;;;;;;;;; -53;;1;1;;17;28;;-109;1;1;2;-73;;1;2;;;;;;;;; ;1;9;;;;;;-106;;1;2;-71;;1;1;;;;;;;;; ;;;;;;;;-100;;1;2;;1;4;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;9;9;;;9;23;;;;;;;;;; </pre> =====Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_génomes_par_les_fréquences_des_cds-cds_négatifs_continus|Classement des génomes par les fréquences des cds-cds négatifs continus]] *Tableau cds-cds-c <pre> *Tableau cds-cds-c;;;;;;;;;;;; 14.8.21;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;;;;;; gen;r50;continu;“6;“7;“8;“p;c8;c7;1-5”;c5;c‰;cds '''cbn;0;167;;23;82;105;78;21.9;62;<u>'''37;<u>'''67;°2 491 '''cbei;4;389;;32;200;232;86;°13.8;153;'''39;'''69;&5 622 '''mba;6;307;'''7;34;108;149;77;22.8;152;°50;'''78;3 943 '''myr;0;282;;22;127;149;85;°14.8;133;°47;'''79;3 555 '''pmg;2;158;;10;41;51;80;19.6;105;66;°88;°1 800 '''mja;6;163;;17;62;79;79;21.5;78;°48;°94;'''1 730 '''spl;5;414;;30;117;147;80;20.4;262;63;°98;4 213 '''pmq;16;753;1;44;226;271;84;°16.2;466;62;°104;&7 223 '''blo;2;210;1;10;36;47;79;21.3;161;&77;119;'''1 772 '''rtb;0;98;;9;46;55;84;°16.4;43;'''44;124;<u>'''793 '''bsu;17;573;;42;209;251;83;°16.7;305;53;136;4 215 '''afn;9;303;2;20;105;127;84;°15.7;167;°55;149;°2 039 '''ase;28;'''1300;3;70;145;218;68;&32.1;1054;&81;158.6;&<u>8 197 '''ade;9;713;;25;72;97;74;&25.8;607;&<u>85;159.7;4 464 '''eco;22;644;;47;152;199;76;23.6;423;66;160.0;4 024 '''cvi;4;687;;38;152;190;80;20.0;493;&72;160.4;4 282 '''rru;11;609;;26;97;123;79;21.1;475;&78;160.9;3 786 '''scc;6;319;1;22;95;118;81;18.6;195;61;&177;°1 805 '''ant;6;679;1;33;252;286;89;'''11.5;387;°57;&219;3 095 '''abra;13;409;;11;174;185;94;<u>'''5.9;211;°52;&245;'''1 667 '''pub;3;381;2;14;129;145;90;'''9.7;233;61;&<u>292;'''1 307 '''total;169;9558;18;579;2627;3224;82;18.0;6165;64;134;72 023 </pre> *Tableau cds-cds-x <pre> *Tableau cds-cds-x;;;;;;;;; 14.8.21;;;;;;;;; négatifs continus;;classement des génomes par le taux c‰ ;;;;;discontinus par -6;; gen;c5‰;c7‰;c8‰;c‰;c1/c4;cds;x6;x5;x‰ '''cbn;'''25;9.2;°33;<u>'''67;&121;°2 491;@56;0;$3.6 '''cbei;'''27;5.7;°36;'''69;&87;&5 622;?29;36;°2.0 '''mba;'''39;8.6;°27;'''78;°28;3555;?19;27;5.6 '''myr;'''37;6.2;°36;'''79;&118;3943;§45;45;5.6 '''pmg;58;5.6;'''23;°88;52;°1 800;§29;38;&48.9 '''mja;45;9.8;°36;°94;49;'''1 730;@63;46;&32.4 '''spl;62;7.1;°28;°98;&93;4213;?20;58;°2.8 '''pmq;65;6.1;°31;°104;'''21;&7 223;§30;33;5.8 '''blo;91;5.6;'''20;119;48;'''1 772;?8;17;10.2 '''rtb;54;11.3;58;124;°30;<u>'''793;§0;25;$5.0 '''bsu;72;10.0;50;136;°31;4215;?29;40;8.3 '''afn;82;9.8;51;149;°29;°2 039;@50;25;$2.0 '''ase;129;8.5;'''18;158.6;'''19;&<u>8 197;?21;31;&42.9 '''ade;136;5.6;'''16;159.7;<u>'''13;4464;?7;35;&22.8 '''eco;105;11.7;°38;160.0;63;4024;§38;48;&23.4 '''cvi;115;8.9;°35;160.4;°31;3786;?16;36;&16.1 '''rru;125;6.9;°26;160.9;'''21;4282;?15;38;&19.5 '''scc;108;12.2;53;&177;'''25;°1 805;§38;11;&15.5 '''ant;125;10.7;&81;&219;&74;3095;@47;48;&26.8 '''abra;127;6.6;&104;&245;48;'''1 667;@50;25;$4.8 '''pub;178;10.7;&99;&<u>292;&<u>190;'''1 307;§38;51;&<u>70.4 '''total;86;8.0;36;134;37;72023;27;37;17.0 ;;;;;;;;; ? bbe333;;;;;;;;; § e8f2a8;;;;;;;;; @ ff00ff;;;;;;;;; </pre> *Fréquences <span id="fncont">des</span> intercalaires négatifs continus jusqu'à 50, détails <pre> negatifs;continus;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl -1;1671;68;70;38;164;168;52;72;71;34;118;163;33;25;71;36;80;152;81;10;39;126 -2;4;0;0;0;0;0;0;4;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -3;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;2;0;2;0;1;0;0;0;0;0 -4;4476;141;537;129;221;885;109;229;82;28;375;260;117;51;60;69;384;80;394;33;156;136 -5;9;2;0;0;2;1;0;0;0;0;0;0;0;2;0;0;1;1;0;0;0;0 -6;4;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;0;0 -7;139;1;6;6;12;18;1;11;8;5;10;14;5;1;10;1;5;2;5;2;6;10 -8;945;70;20;41;98;71;8;75;72;30;56;59;33;12;34;13;76;42;42;16;31;46 -9;3;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -10;93;3;2;1;7;9;3;5;5;6;6;6;4;1;3;2;8;2;6;1;5;8 -11;498;34;17;19;46;22;9;43;38;13;31;34;13;10;28;11;32;31;22;2;15;28 -12;2;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0 -13;94;1;7;5;9;12;0;6;4;2;10;3;4;4;1;3;7;2;4;3;2;5 -14;329;24;12;8;34;12;10;19;21;7;21;15;15;9;22;6;27;18;11;6;17;15 -15;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -16;58;1;3;3;0;5;1;5;3;3;4;2;5;2;2;2;5;2;2;1;4;3 -17;235;16;4;10;24;6;7;18;21;10;16;10;11;5;15;3;17;9;11;7;7;8 -18;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;5;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -19;43;1;2;2;2;5;2;4;2;2;3;4;4;2;1;0;1;1;4;0;0;1 -20;162;12;3;6;19;6;1;11;11;7;12;8;7;6;6;1;14;10;3;2;10;7 -21;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -22;22;1;2;0;0;3;0;2;1;1;1;3;1;0;0;0;5;1;0;1;0;0 -23;107;6;6;4;9;7;0;8;9;2;4;6;5;6;7;0;13;5;1;3;2;4 -24;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0 -25;34;1;0;0;2;5;0;1;1;1;2;2;5;3;1;2;3;1;1;1;2;0 -26;101;4;6;4;5;5;1;8;10;2;3;7;8;1;4;3;13;3;2;5;5;2 -27;2;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -28;19;0;0;0;0;4;1;0;4;1;0;3;3;1;0;0;0;1;0;0;0;1 -29;61;1;2;3;7;4;0;6;5;5;2;4;1;3;3;0;8;1;2;0;2;2 -30;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -31;16;1;0;2;1;1;1;1;0;1;1;1;0;0;0;0;2;1;2;0;1;0 -32;45;1;1;2;5;4;0;2;0;1;0;5;4;3;1;0;8;1;1;1;2;3 -33;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -34;15;0;2;0;0;1;0;1;0;0;0;0;0;2;3;0;2;1;1;0;1;1 -35;35;2;1;3;2;0;0;3;4;2;1;1;5;1;1;0;6;2;0;1;0;0 -36;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -37;9;0;1;1;0;2;0;1;1;0;0;1;0;0;0;0;2;0;0;0;0;0 -38;31;2;0;2;3;0;0;2;4;0;2;1;3;3;2;0;2;2;0;2;0;1 -39;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -40;5;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0 -41;34;0;0;1;0;3;0;8;1;1;1;0;1;2;2;1;5;2;2;1;2;1 -42;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -43;16;0;0;0;0;1;1;3;1;0;0;8;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1 -44;24;0;0;1;0;4;0;2;2;1;3;1;1;1;1;1;3;1;0;0;2;0 -45;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -46;5;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0 -47;11;1;0;0;0;1;0;2;1;1;0;0;1;0;1;0;1;2;0;0;0;0 -48;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 -49;11;1;0;0;0;2;0;1;1;0;0;0;3;1;0;0;2;0;0;0;0;0 -50;9;1;0;1;0;0;0;2;1;0;0;1;0;0;0;2;1;0;0;0;0;0 ;170;13;9;9;6;28;2;17;4;0;4;22;6;6;0;3;16;3;11;0;6;5 ;9559;409;713;303;679;1300;210;573;389;167;687;644;307;163;282;159;753;381;609;98;319;414 ;;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 9559;?;?;?;?;?;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;total;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl 6;18;0;0;2;1;3;1;0;0;0;0;0;7;0;0;0;1;2;0;0;1;0 7;579;11;25;20;33;70;10;42;32;23;38;47;34;17;22;10;44;14;26;9;22;30 8;2627;174;72;105;252;145;36;209;200;82;152;152;108;62;127;41;226;129;97;46;95;117 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; “7/t”;18;6;26;16;12;32;21;17;14;22;20;24;23;22;15;20;16;10;21;16;19;20 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; total;3224;185;97;127;286;218;47;251;232;105;190;199;149;79;149;51;271;145;123;55;118;147 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; % 6+7+8 / 50;34;47;14;43;42;17;23;45;60;63;28;32;50;50;53;33;37;38;21;56;38;36 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; %1-5/total;64;52;85;55;57;81;77;53;39;37;72;66;50;48;47;66;62;61;78;44;61;63 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; c1/c4;0.37;0.48;0.13;0.29;0.74;0.19;0.48;0.31;0.87;1.21;0.31;0.63;0.28;0.49;1.18;0.52;0.21;1.90;0.21;0.30;0.25;0.93 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; 1-5”;6165;211;607;167;387;1054;161;305;153;62;493;423;152;78;133;105;466;233;475;43;195;262 </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22 Paris;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Diagramme 400;;Poly3;1 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;1 à 400;Sc+;;;;;;;;;; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;;; gen;m50x;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;m50c;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;classe;;;;;12.2.22 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];min 50;-13;90;818;231;20;874;Sf;{{tri1|6}}b1;°rru;50;-34;275;878;270;139;2056;{{tri1|6}}b1;b1;Sf;°rru;20;6;{{tri1|6}}b1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];max 80;45;-332;496;246;191;118;tF;{{tri1|14}}c3;§rtb;50;-36;279;569;258;82 Sm;402;{{tri1|14}}c3;c3;tF;§rtb;191;14;{{tri1|14}}c3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];min 20;-58;495;853;284;249;218;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;50;-236;1732;559;245;338;537;{{tri1|1}}a1;a1;SF;$pub;249;1;{{tri1|1}}a1 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];max 70;29;-174;611;200;30;1008;tf;{{tri1|8}}b2;°cvi;50;-44;372;852;282;203;2320;{{tri1|8}}b2;b2;tf;°cvi;30;7;{{tri1|8}}b2 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];min 50;-20;145;782;242;39;1229;Sf;{{tri1|5}}b1;°ade;50;-61;489;843;267;232;2242;{{tri1|5}}b1;b1;Sf;°ade;39;5;{{tri1|5}}b1 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];min 50;-25;209;680;279;70;601;Sm;{{tri1|4}}a2;$ant;40;-135;1021;664;252;306;1616;{{tri1|4}}a2;a2;Sm;$ant;70;4;{{tri1|4}}a2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];max 50;22;-151;532;230;43;1003;tm;{{tri1|11}}c2;eco;50;-74;565;805;255;265;2130;{{tri1|11}}c2;c2;tm;eco;43;11;{{tri1|11}}c2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];max 80;47;-333;611;236;336;1071;tF;{{tri1|16}}c5;§spl;50;-47;363;806;257;192;2215;{{tri1|16}}c5;c5;tF;§spl;336;16;{{tri1|16}}c5 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];max 40;-6.4;69;458;359;18;1028;Sf;{{tri1|9}}c1;bsu;50;-41;352;790;286;173;2444;{{tri1|9}}c1;c1;Sf;bsu;18;9;{{tri1|9}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];régulier;31;-283;878;304;813;1614;tF;{{tri1|19}}d2;&pmq;70;-29;229;946;263;140;4164;{{tri1|19}}d2;d2;tF;&pmq;813;19;{{tri1|19}}d2 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];max 50;16;-109;454;227;27;489;tf;{{tri1|10}}c1;cbn;50;-50;394;855;263;203;1701;{{tri1|10}}c1;c1;tf;cbn;27;10;{{tri1|10}}c1 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];régulier;32;-258;712;269;708;946;tF;{{tri1|18}}d2;&cbei;50;-46;338;779;245;213;3399;{{tri1|18}}d2;d2;tF;&cbei;708;18;{{tri1|18}}d2 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];max 4-14;29;-227;486;261;183;328;tF;{{tri1|15}}c4;§afn;50;-95;712;722;250;297;1323;{{tri1|15}}c4;c4;tF;§afn;183;15;{{tri1|15}}c4 ° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];max 70;19;-108;872;189;25;2398;tf;{{tri1|7}}b2;°ase;50;-43;352;910;273;216;3558;{{tri1|7}}b2;b2;tf;°ase;25;8;{{tri1|7}}b2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];régulier;33;-233;728;235;138;448;tF;{{tri1|21}}d3;&'''blo;40;-5.7;69;868;404;41 Sf;993;{{tri1|21}}d3;d3;tF;&'''blo;138;21;{{tri1|21}}d3 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];min 50;-16;150;660;313;78;406;Sm;{{tri1|3}}a2;$mja;50;-94;719;856;255;319;1047;{{tri1|3}}a2;a2;Sm;$mja;78;3;{{tri1|3}}a2 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];régulier;4.9;-71;350;483;348;705;tF;{{tri1|17}}d1;&mba;50;-50;359;823;239;287;1651;{{tri1|17}}d1;d1;tF;&mba;348;17;{{tri1|17}}d1 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];max 70;33;-213;708;215;68;828;tm;{{tri1|12}}c2;myr;50;-94;717;742;254;290;2081;{{tri1|12}}c2;c2;tm;myr;68;12;{{tri1|12}}c2 $[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];min 40;-67;515;607;256;179;559;SF;{{tri1|2}}a1;$pmg;60;-107;844;869;263;368;895;{{tri1|2}}a1;a1;SF;$pmg;179;2;{{tri1|2}}a1 §[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];max 50;53;-314;734;197;96;256;tF;{{tri1|13}}c3;§abra;60;-99;750;702;253;277;934;{{tri1|13}}c3;c3;tF;§abra;96;13;{{tri1|13}}c3 & [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];régulier;30;-200;690;222;71;416;tm;{{tri1|20}}d3;&'''scc;60;-86;660;830;256;331;961;{{tri1|20}}d3;d3;tm;&'''scc;71;20;{{tri1|20}}d3 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;Poly3;31 à 400;Sx+;;;;;;;;Poly3;31 à 400;Sc+;;;;;bgcolor="#66ffff"|;;°;99ff99;§; ;;Polynome de d°3;;;;;;;;;;Polynome de d°3;;;;;;;bgcolor="#ffff00"|;;&;00ccff;$; gen;teff;-7;-5;R2;flex x+;R2’;eff;f3;clx+;gen;f3;-7;-5;R2;flex c+;R2’;eff;clx+;;;;;; °[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];3786;12;-97;833;269;36;726;tf;{{tri1|6}}b1;°rru;tm;13;-61;957;156;41;1509;{{tri1|6}}b1;;a1;$pub;249;1; §[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];793;;;;;;;;{{tri1|14}}c3;§rtb;tF;70;-478;788;228;190;284;{{tri1|14}}c3;;a1;$pmg;179;2; $[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];1307;-49;437;918;297;256;149;SF;{{tri1|1}}a1;$pub;SF;-48;403;945;280;365;200;{{tri1|1}}a1;;a2;$ant;70;4; °[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];4282;;;;;;;;{{tri1|8}}b2;°cvi;tF;5.3;22;915;-138;107;1621;{{tri1|8}}b2;;a2;$mja;78;3; °[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];4464;32;-228;874;238;67;958;tm;{{tri1|5}}b1;°ade;tF;2.5;38;957;-507;103;1490;{{tri1|5}}b1;;b1;°ade;39;5; $[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];3095;60;-400;785;222;112;432;tF;{{tri1|4}}a2;$ant;tF;4.8;28;888;-194;142;833;{{tri1|4}}a2;;b2;°cvi;30;7; [[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];4024;;;;;;;;{{tri1|11}}c2;eco;tm;7.6;-18;934;79;61;1389;{{tri1|11}}c2;;b2;°ase;25;8; §[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];4213;;;;;;;;{{tri1|16}}c5;§spl;tf;10.3;-50;915;162;30;1618;{{tri1|16}}c5;;b1;°rru;20;6; [[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];4216;48;-359;861;249;167;645;tF 51;{{tri1|9}}c1;bsu;tF;12;-27;954;75;104;1424;{{tri1|9}}c1;;c1;bsu;18;9; &[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];7223;;;;;;;;{{tri1|19}}d2;&pmq;Sm;-13;112;937;287;51;3257;{{tri1|19}}d2;;c1;cbn;27;10; [[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];2493;;;;;;;;{{tri1|10}}c1;cbn;tm;8.8;-32;932;121;41;1171;{{tri1|10}}c1;;c2;eco;43;11; &[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];5623;;;;;;;;{{tri1|18}}d2;&cbei;Sf;-13;15;935;38;8;2571;{{tri1|18}}d2;;c2;myr;68;12; §[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];2039;;;;;;;;{{tri1|15}}c4;§afn;tm;9.5;-42;904;147;45;791;{{tri1|15}}c4;;c3;§abra;96;13; °[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];8197;;;;;;;;{{tri1|7}}b2;°ase;SF;-18;182;976;337;149;2619;{{tri1|7}}b2;;c3;§rtb;191;14; &[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];1773;;;;;;;;{{tri1|21}}d3;&'''blo;tf;28;-174;897;207;36;786;{{tri1|21}}d3;;c4;§afn;183;15; $[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];1729;47;-300;711;213;88;309;tF;{{tri1|3}}a2;$mja;SF;-6.2;87;964;468;105;623;{{tri1|3}}a2;;c5;§spl;336;16; &[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];3943;;;;;;;;{{tri1|17}}d1;&mba;SF;-6.7;100;789;495;209;2156;{{tri1|17}}d1;;d1;&mba;348;17; [[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];3555;;;;;;;;{{tri1|12}}c2;myr;tF;7.8;-12;897;51;86;1265;{{tri1|12}}c2;;d2;&cbei;708;18; $[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];1800;23;-124;774;180;48;377;tm;{{tri1|2}}a1;$pmg;SF;-35;327;973;311;286;510;{{tri1|2}}a1;;d2;&pmq;813;19; §[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];1667;;;;;;;;{{tri1|13}}c3;§abra;tF;21;-104;912;165;85;548;{{tri1|13}}c3;;d3;&'''scc;71;20; &[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];1805;;;;;;;;{{tri1|20}}d3;&'''scc;SF;-17;162;949;318;162;622;{{tri1|20}}d3;;d3;&'''blo;138;21; </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Corrélations_400_et_faibles_fréquences|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Corrélations 400 et faibles fréquences]] *Légende <pre> ;;12.2.22 Paris;Corrélations x+/c+;;;;;;;;;;Faibles fréquences;;;;;;;;;;;;; ;;;effectifs diagramme;;Corrélations;;;;;;;;1-30 ‰ ;;;teff;;0 ‰;;<0 ‰;;eff40;;corel40;classe; ;;gen;x+;c+;41-250;41-200;diff;1-250;mini;clx+;;gen;x+; c+;x+/c+;x;c;x;c;x-;c-;x+; c+;x+/c+;clx+; °rru;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_intercalaires_positifs_S+|rru]];874;2056;611;193;418;792;min40;{{tri1|6}}b1;;°[[:image:Pro1-2.png|rru]];169;266;0.64;1037;2749;1;4;71;222;175;630;17;{{tri1|6}}b1;°rru §rtb;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rtb_intercalaires_positifs_S+|rtb]];118;402;148;-105;253;-165;min30;{{tri1|14}}c3;;§[[:image:Pr-bc1.png|rtb]];51;294;0.17;189;604;5;7;21;162;8;131;-81;{{tri1|14}}c3;§rtb $pub;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#pub_intercalaires_positifs_S+|pub]];218;537;883;857;26;852;min20;{{tri1|1}}a1;;$[[:image:Pro1-2.png|pub]];317;628;0.50;327;980;40;59;281;389;88;367;715;{{tri1|1}}a1;$pub °cvi;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#cvi_intercalaires_positifs_S+|cvi]];1008;2320;891;858;33;549;min30;{{tri1|8}}b2;;°[[:image:Pro-2.png|cvi]];112;301;0.37;1171;3111;4;3;59;221;130;815;582;{{tri1|8}}b2;°cvi °ade;;° [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ade_intercalaires_positifs_S+|ade]];1229;2242;758;624;134;897;min50;{{tri1|5}}b1;;°[[:image:Pro-2.png|ade]];221;335;0.66;1412;3052;8;6;72;234;304;876;459;{{tri1|5}}b1;°ade $ant;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#ant_intercalaires_positifs_S+|ant]];601;1616;538;271;267;886;min40;{{tri1|4}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|ant]];281;485;0.58;714;2381;13;24;116;285;186;836;575;{{tri1|4}}a2;$ant eco;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_intercalaires_positifs_S+|eco]];1003;2130;440;296;144;-64;min20;{{tri1|11}}c2;;[[:image:Pro-2.png|eco]];63;348;0.18;1169;2855;11;6;80;226;126;821;-119;{{tri1|11}}c2;eco §spl;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#spl_intercalaires_positifs_S+|spl]];1071;2215;784;735;49;-202;min10;{{tri1|16}}c5;;§[[:image:Pro1-2.png|spl]];37;270;0.14;1313;2900;1;6;9;143;69;683;-342;{{tri1|16}}c5;§spl bsu;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#bsu_intercalaires_positifs_S+|bsu]];1028;2444;282;8;274;257;min10;{{tri1|9}}c1;;[[:image:Bac-2.png|bsu]];140;333;0.42;1125;3091;2;8;31;186;302;936;-432;{{tri1|9}}c1;bsu &pmq;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_intercalaires_positifs_S+|pmq]];1614;4164;-651;-832;181;-825;min10;{{tri1|19}}d2;;&[[:image:Bac1-2.png|pmq]];32;218;0.15;1927;5296;3;5;22;140;68;1156;-207;{{tri1|19}}d2;&pmq cbn;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbn_intercalaires_positifs_S+|cbn]];489;1701;508;548;-40;-112;min20;{{tri1|10}}c1;;[[:image:Bac1-2.png|cbn]];65;312;0.21;553;1940;2;5;17;86;56;620;-382;{{tri1|10}}c1;cbn &cbei;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#cbei_intercalaires_positifs_S+|cbei]];946;3399;-377;-510;133;-646;min10;{{tri1|18}}d2;;&[[:image:Bac-2.png|cbei]];26;244;0.11;1219;4404;0;4;9;88;35;954;272;{{tri1|18}}d2;&cbei §afn;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#afn_intercalaires_positifs_S+|afn]];328;1323;101;-26;127;-407;min10;{{tri1|15}}c4;;§[[:image:Bac-2.png|afn]];46;402;0.11;350;1689;6;5;11;179;36;580;-369;{{tri1|15}}c4;§afn °ase;;°[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_intercalaires_positifs_S+|ase]];2398;3558;940;922;18;725;min40;{{tri1|7}}b2;;°[[:image:Bac-2.png|ase]];135;264;0.51;3031;5166;7;3;116;252;389;1165;346;{{tri1|7}}b2;°ase &'''blo;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#blo_intercalaires_positifs_S+|blo]];448;993;537;406;131;255;min20;{{tri1|21}}d3;;&[[:image:Pr-bc1.png|blo]];89;208;0.43;518;1255;4;1;35;167;54;241;-109;{{tri1|21}}d3;&'''blo $mja;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_intercalaires_positifs_S+|mja]];406;1047;571;326;245;857;min30;{{tri1|3}}a2;;$[[:image:Pro-2.png|mja]];239;405;0.59;495;1234;20;9;113;132;113;474;502;{{tri1|3}}a2;$mja &mba;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_intercalaires_positifs_S+|mba]];705;1651;-221;-330;109;-477;min10;{{tri1|17}}d1;;&[[:image:Bac1-2.png|mba]];45;214;0.21;1255;2688;1;8;18;114;51;428;-74;{{tri1|17}}d1;&mba myr;;[[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_intercalaires_positifs_S+|myr]];828;2081;764;649;115;41;min20;{{tri1|12}}c2;;[[:image:Pro1-2.png|myr]];71;392;0.18;999;2556;5;5;20;110;97;899;-78;{{tri1|12}}c2;myr $pmg;;$ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano#pmg_intercalaires_positifs_S+|pmg]];559;895;802;728;74;915;min40;{{tri1|2}}a1;;$[[:image:Bac-2.png|pmg]];326;430;0.76;692;1108;16;31;137;143;196;449;703;{{tri1|2}}a1;$pmg §abra;;§ [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_intercalaires_positifs_S+|abra]];256;934;797;716;81;59;min10;{{tri1|13}}c3;;§[[:image:Pro1-2.png|abra]];94;413;0.23;279;1388;4;9;29;295;41;420;-243;{{tri1|13}}c3;§abra &'''scc;;& [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/spiro#scc_intercalaires_positifs_S+|scc]];416;961;530;440;90;49;min10;{{tri1|20}}d3;;&[[:image:Bac1-2.png|scc]];118;353;0.33;485;1320;4;5;58;242;60;389;-177;{{tri1|20}}d3;&'''scc </pre> =====Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_positifs_cds-cds._Taux_des_x+_dans_les_diagrammes_400|Les fréquences des intercalaires positifs cds-cds. Taux des x+ dans les diagrammes 400]] *Légende <pre> 12.2.22;;;gen;x+;c+;%x+ 1;x+;c+;%x+ 31;x+;c+;%x+ t;t-1;31-1;clx+ 1;°rru;;°[[:image:Icds-cds-S+400-rru.png|rru]];874;2056;30;726;1509;32;972;2131;31;1.5;<u>2.7;{{tri1|6}}b1 2;§rtb;;§[[:image:Icds-cds-S+400-rtb.png|rtb]];118;402;'''23;112;284;'''28;189;505;27;'''4.5;5.6;{{tri1|14}}c3 3;$pub;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pub.png|pub]];218;538;29;149;200;43;239;595;29;-0.2;'''13.9;{{tri1|1}}a1 4;°cvi;;°[[:image:Icds-cds-S+400-cvi.png|cvi]];1008;2320;30;895;1621;36;1115;2410;32;1.3;5.3;{{tri1|8}}b2 5;°ade;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ade.png|ade]];1229;2242;35;958;1490;39;1320;2325;36;0.8;3.7;{{tri1|5}}b1 6;$ant;;$[[:image:Icds-cds-S+400-ant.png|ant]];601;1616;27;432;833;34;639;1694;27;0.3;7.0;{{tri1|4}}a2 7;eco;;[[:image:Icds-cds-S+400-eco.png|eco]];1003;2130;32;940;1389;40;1076;2210;33;0.7;'''8.3;{{tri1|11}}c2 8;§spl;;§[[:image:Icds-cds-S+400-spl.png|spl]];1071;2215;33;1031;1618;39;1304;2482;34;1.8;6.3;{{tri1|16}}c5 9;bsu;;[[:image:Icds-cds-S+400-bsu.png|bsu]];1028;2444;30;884;1629;35;1092;2513;30;0.7;5.6;{{tri1|9}}c1 10;&pmq;;&[[:image:Icds-cds-S+400-pmq.png|pmq]];1614;4164;28;1562;3257;32;1893;4535;29;1.5;4.5;{{tri1|19}}d2 11;cbn;;[[:image:Icds-cds-S+400-cbn.png|cbn]];489;1701;'''22;457;1171;'''28;543;1776;23;1.1;5.7;{{tri1|10}}c1 12;&cbei;;&[[:image:Icds-cds-S+400-cbei.png|cbei]];946;3399;'''22;921;2571;'''26;1213;4011;23;1.4;4.6;{{tri1|18}}d2 13;§afn;;§[[:image:Icds-cds-S+400-afn.png|afn]];328;1323;'''20;313;791;'''28;349;1386;20;0.2;'''8.5;{{tri1|15}}c4 14;°ase;;°[[:image:Icds-cds-S+400-ase.png|ase]];2398;3558;40;2072;2619;44;2726;3819;42;1.4;3.9;{{tri1|7}}b2 15;&'''blo;;&[[:image:Icds-cds-S+400-blo.png|blo]];448;993;31;408;786;34;502;1044;32;1.4;<u>3.1;{{tri1|21}}d3 16;$mja;;$[[:image:Icds-cds-S+400-mja.png|mja]];406;1047;28;309;623;33;447;1063;30;1.7;5.2;{{tri1|3}}a2 17;&mba;;&[[:image:Icds-cds-S+400-mba.png|mba]];705;1651;30;673;1297;34;1237;2378;34;'''4.3;4.2;{{tri1|17}}d1 18;myr;;[[:image:Icds-cds-S+400-myr.png|myr]];828;2081;28;769;1265;38;981;2270;30;1.7;'''9.3;{{tri1|12}}c2 19;$pmg;;$[[:image:Icds-cds-S+400-pmg.png|pmg]];559;895;38;377;510;43;604;942;39;0.6;4.1;{{tri1|2}}a1 20;§abra;;§[[:image:Icds-cds-S+400-abra.png|abra]];256;934;'''22;232;548;'''30;273;977;22;0.3;'''8.2;{{tri1|13}}c3 21;&'''scc;;&[[:image:Icds-cds-S+400-scc.png|scc]];416;961;30;367;622;37;462;993;32;1.5;6.9;{{tri1|20}}d3 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_continus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs continus. Diagrammes 40]] *Légende *Tableau <pre> Sc+ 40;Diagrammes polynôme de d° 15;;;;;;;;;;;;Pourcentage des tranches de 7 fréquences;;;;;Effectif des tranches de 7 fréquences;;;;; gen;R2;min1;max1;min;max;pente;mx1;mx;pente0;diagr;type;gen;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;1-7;8-14;15-21;22-28;29-35;total '''rtb;$721;5;8;2;7;&'''1.7;4;13;&-10.7;$131;pr1;'''rtb;&'''39;&27;&18;10;'''6;48;33;22;13;8;124 '''pub;&981;6;8;13;13;$0;2;58;&-11.0;&367;pr2;'''pub;$63;$17;$8;'''6;'''6;223;61;27;21;20;352 '''rru;&882;7;11;11;34;&5.8;4;43;&-11.3;&630;pro1;'''rru;&32;&28;&13;15;11;191;167;78;86;66;588 '''cvi;&897;6;10;13;50;&9.3;1;58;&-9.0;&815;pro;'''cvi;&30;&30;&17;11;11;230;232;133;80;86;761 '''ade;&929;5;9;19;51;&8.0;2;63;&-14.7;&876;pro;'''ade;&30;&32;&15;12;11;247;267;122;95;93;824 '''ant;&923;7;9;14;88;&'''37.0;1;109;&-15.8;&836;pro;'''ant;&'''37;&39;&14;'''5;'''6;297;316;112;40;45;810 '''eco;&894;5;9;13;61;&12.0;2;54;&-13.7;&902;pro;'''eco;&27;&35;&17;12;'''8;232;295;146;103;71;847 '''spl;&881;6;10;13;33;&5.0;2;53;&-10.0;&683;pro1;'''spl;&30;&31;&15;13;11;193;202;94;86;73;648 '''bsu;°897;8;12;7;53;°11.5;1;41;°-4.9;°935;bac;'''bsu;°22;°25;°28;15;11;189;220;245;128;96;878 '''pmq;$758;9;14;10;45;°7.0;1;52;°-5.3;°1155;bac1;'''pmq;°25;°19;°22;18;17;255;192;224;181;177;1029 '''cbn;°891;8;12;9;32;°5.8;1;37;°-4.0;°620;bac1;'''cbn;°23;°24;°23;18;12;134;136;133;101;67;571 '''cbei;°873;7;12;8;51;°8.6;1;55;°-7.8;°954;bac;'''cbei;°22;°27;°25;15;11;194;242;220;138;101;895 '''afn;°829;7;12;5;46;°8.2;1;38;°-5.5;°580;bac;'''afn;°25;°30;°26;13;'''7;138;167;143;71;37;556 '''ase;°827;6;10;28;67;°9.8;1;60;°-6.4;°1165;bac-a;'''ase;$29;°28;$15;12;16;307;298;158;131;166;1060 '''blo;$636;7;10;4;11;°'''2.3;2;15;°'''-2.2;$241;bc1;'''blo;°28;°23;°22;17;10;62;52;50;37;23;224 '''mja;$670;6;9;4;32;&9.3;4;32;&-14.0;&474;pro-a;'''mja;$23;&31;$22;13;10;104;143;102;61;45;455 '''mba;$732;7;10;4;19;°5.0;2;31;-5.4;°428;bac1-a;'''mba;$32;°22;°20;13;12;124;87;79;50;48;388 '''myr;&922;7;12;23;46;&4.6;2;78;&-11.0;&899;pro1-a;'''myr;&'''42;$25;&16;11;'''7;355;213;133;93;61;855 '''pmg;$776;7;9;10;27;°8.5;2;27;°-3.4;°449;bac-b;'''pmg;$35;°25;$16;12;11;146;105;65;50;46;412 '''abra;&895;7;12;4;33;&5.8;1;58;&-9.0;&420;pro1;'''abra;&'''41;&30;&14;10;'''6;165;119;56;39;24;403 '''scc;°855;6;9;4;20;°5.3;1;31;°-5.4;°389;bac1-b;'''scc;$31;°30;$18;13;'''8;113;110;66;46;29;364 ;;;;;;;; ;ant;7;10;14;48;11.3;; ;ant;7;8;14;46;32;; ;;;;;;;; ;;moyenne;7.8;;;;; ;;écart;2.4;;;;; ;;m/e;3.2;;;;; </pre> *<span id="fc40">Données</span> <pre> fc40;abra;ade;afn;ant;ase;blo;bsu;cbei;cbn;cvi;eco;mba;mja;myr;pmg;pmq;pub;rru;rtb;scc;spl;total 0;12;17;9;56;13;1;25;19;10;10;16;21;11;13;33;26;58;12;4;6;17;389 1;58;35;38;109;60;12;41;55;37;58;43;22;18;66;17;52;52;21;10;31;46;883 2;40;63;25;54;59;15;31;39;31;44;51;31;28;78;27;46;58;31;7;27;53;841 3;21;55;20;56;38;8;34;23;13;42;44;12;6;61;25;35;37;38;8;23;29;631 4;29;25;28;24;48;5;27;36;12;30;26;17;32;56;26;34;25;43;13;7;22;572 5;7;19;13;22;43;9;19;17;17;25;13;23;11;29;18;28;26;29;2;13;16;399 6;6;24;9;18;28;9;21;16;13;13;12;15;4;42;23;32;13;18;5;4;13;340 7;4;26;5;14;31;4;16;8;11;18;23;4;5;23;10;28;12;11;3;8;14;281 8;15;37;7;46;37;8;7;15;9;13;15;4;15;32;11;12;13;22;7;11;29;370 9;16;51;19;88;53;6;16;23;10;41;56;8;32;25;27;10;12;14;7;20;29;568 10;12;38;16;48;67;11;19;17;19;50;58;19;28;23;14;21;8;15;2;20;33;539 11;19;32;28;43;49;10;32;48;22;42;48;16;16;41;19;23;5;34;5;12;27;571 12;33;42;46;45;33;7;54;51;32;26;39;8;22;46;14;38;7;30;5;15;35;628 13;13;39;29;31;33;7;46;41;22;35;22;19;17;19;14;43;6;26;3;16;20;501 14;11;28;22;15;26;3;47;47;22;25;37;13;13;27;6;45;10;26;4;16;29;472 15;13;26;37;19;23;14;52;43;23;21;23;12;13;16;12;39;2;13;5;12;15;433 16;7;23;24;19;28;8;31;29;20;28;20;13;14;19;10;34;3;13;5;8;10;366 17;6;16;10;12;23;9;41;25;16;19;19;11;10;24;11;25;3;16;1;7;13;317 18;11;19;25;22;12;5;44;38;20;17;19;13;17;19;11;36;6;9;3;15;20;381 19;7;14;12;16;17;3;23;23;14;18;14;7;18;21;6;29;4;10;3;7;14;280 20;7;12;15;8;35;4;29;30;20;14;23;15;14;19;13;24;5;12;3;12;10;324 21;5;12;20;16;20;7;25;32;20;16;17;8;16;15;2;37;4;5;2;5;12;296 22;7;17;13;7;24;6;29;25;17;13;18;8;11;15;7;32;4;12;2;6;12;285 23;14;13;11;6;23;8;22;18;12;7;13;4;9;15;4;23;3;11;0;9;13;238 24;4;8;9;4;14;4;24;21;13;18;19;14;11;18;8;45;5;10;4;8;19;280 25;5;14;9;4;18;6;15;23;19;10;10;4;12;14;5;28;2;16;3;6;3;226 26;5;14;5;10;24;7;12;22;10;13;14;6;9;10;6;15;3;8;2;9;9;213 27;3;9;14;5;14;3;12;18;17;7;14;10;6;9;11;24;2;13;0;3;21;215 28;1;20;10;4;14;3;14;11;13;12;8;4;3;12;9;14;2;16;2;5;9;186 29;3;7;3;12;28;4;17;16;12;13;9;4;6;10;8;25;3;14;2;3;11;210 30;4;14;10;6;17;2;15;18;14;11;14;10;8;12;11;30;2;11;0;1;11;221 31;4;13;5;8;22;6;16;18;11;17;7;2;4;8;3;26;3;9;0;7;17;206 32;6;14;5;1;34;3;12;13;5;12;7;6;4;14;9;20;5;10;2;2;9;193 33;3;15;3;8;20;2;18;11;11;13;7;8;11;5;7;26;1;7;3;3;8;190 34;1;19;5;5;23;4;7;12;8;11;8;7;11;9;1;20;2;11;0;8;9;181 35;3;11;6;5;22;2;11;13;6;9;7;11;1;3;7;31;4;4;1;5;8;170 36;6;9;3;5;19;3;13;9;8;11;15;8;4;10;11;23;4;7;1;5;6;180 37;4;15;8;6;23;3;5;8;11;9;7;9;3;8;6;24;3;10;2;2;6;172 38;3;8;3;4;29;2;11;11;8;9;7;11;5;7;6;24;1;6;0;7;10;172 39;2;6;6;7;14;9;21;15;10;10;8;6;7;13;6;27;4;9;2;9;7;198 40;2;14;4;4;20;0;7;16;12;15;7;6;0;6;8;28;3;10;2;2;6;172 reste;547;1446;796;810;2688;803;1557;3042;1143;1599;1375;1932;586;1362;467;3361;175;1498;371;606;1786;27950 total;979;2339;1385;1702;3866;1045;2518;4015;1773;2424;2212;2381;1071;2274;949;4543;600;2140;506;1001;2486;42209 diagr;420;876;580;836;1165;241;936;954;620;815;821;428;474;899;449;1156;367;630;131;389;683;13870 </pre> =====Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_fréquences_des_intercalaires_cds-cds_positifs_discontinus._Diagrammes_40|Les fréquences des intercalaires cds-cds positifs discontinus. Diagrammes 40]] *Légende <pre> 13.9.21 Paris;;publié;;;;;;;;;;;;; Sx+ 40;;;;; gen;poly3;mod3;tot;diagr;note ;;;;; '''rru;°253;5;12;175; '''rtb;;;;8; '''pub;;;;88; '''cvi;499;8;11;130; '''ade;443;8;11;304; '''ant;574;°'''1;9;186; '''eco;'''647;6;11;129;parabole '''spl;;;;69; '''bsu;'''789;5;9;302;croit '''pmq;;;;68; '''cbn;;;;56; '''cbei;;;;35; '''afn;;;;36; '''ase;°315;10;17;389;P15 611 '''blo;;;;54; '''mja;467;4;12;113; '''mba;;;;51; '''myr;;;;97; '''pmg;'''831;5;7;196;décroit '''abra;;;;41; '''scc;;;;60; ;;;;; ;Modulo 3;total;prévu;; ;5;7;;; ;16;22;;; ;10;17;;; ;5;9;;; ;6;11;;; ;5;12;;; ;47;78;26;; ;Jusqu’à 129;;;; ;51;90;30;; ;Jusqu’à 113;;;; </pre> =====Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu===== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Intercalaires_entre_tRNA_et_rRNA_en_continu_discontinu|Intercalaires entre tRNA et rRNA en continu discontinu]] *Les tRNA-tRNA x+ <pre> ;tRNA-tRNA; ;x+;pbs aua;ggc-atgf;404 ;ttc-acc;161 ;gac-gta;270 ;ccg-caa;173 ase;gga-cca;130 mja;atgj-ctc;91 ;acc-caa;178 ksk;cca-gga;151 mba;gcc-atc;223 mfe;gcc-atc;227 fps;ttg-cta;290 vpb;cgt-cgt;56 "8 cgt avec 6 intercalaires 56-57 et 1 de 210" rtb;cgg-caa;60 ;gac-gcc;1051 rpl;cgg-caa;49 ;gac-gcc;830 agr;atgj-ggc;793 ;gac-gta;446 lbu;gaa-ctt;151 npu;atgj-atgj;-1 </pre> *'''Tableau''' <pre> tRNA rRNA continu discontinu;;;;;;;;les génomes à discontinu;;; type;total;c+;x+;c-;x-;x+%;;gen;x+;gen;x+ tRNA;1745;1714;19;1;0;1,1;;ase;1;; t-rRNA;814;810;4*;0;0;;;ksk;1;vpb;1 rRNA;1043;1043;0;0;0;;;mja;2;rtb;2 aa interne;127;127;0;0;0;;;mba;1;rpl;2 genomes;50;50;13;;;26;;mfe;1;agr;2 4*;cdc8;aaa-5s;23s’-16s;16s’-16s’;16s-5s;;;fps;1;aua;4 adresse;;4229303;4229975;4189696;4179150;;;npu;c-;lbu;1 ;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;c- (-1pbs);; </pre> ===Les blocs à tRNA=== ===Les cds dans les blocs à tRNA=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_cds_dans_les blocs à tRNA|cds]] <pre> 27.9.20 Paris;;Les cds dans les blocs tRNA sans rRNA;;;d’après les annexes ;;;;; ;;;;; génome;sens;adresse;nom;cds aa;intercal [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma|gamma]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eal_opérons|eal]];comp ;2042057..2043241 ;tuf1 ;395;117 ;comp ;2043359..2043431;;acc gga tac aca; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#eco_opérons|eco]];comp ;1287087..1287176 ;tpr ;30;67 ;comp ;1287244..1287328 ;;tac tac; ;;4175754..4175829;;acc aca tac gga;114 ;;4175944..4177128 ;tufb ;395; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#ecoN_opérons|ecoN]];comp ;2192566..2192655;;tcg;93 ;;2192749..2193546 ;DgsA;266;100 ;;2193647..2193722;;aac; ;comp ;2236186..2236261;;aac;4 ;;2236266..2237909 ;YeeO;548;100 ;;2238010..2238085;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/gamma#amed_opérons|amed]];comp ;3913378..3913454;;tgg;52 ;comp ;3913507..3914691 ;cds;395;171 ;comp ;3914863..3914937;;gga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha|alpha]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rpm_opérons|rpm]];comp ;659042..659116 ;;gtc ;155 ;comp ;659272..660159 ;hydrolase;296;106 ;comp ;660266..660340;;gtc ; ;comp ;2114823..2114899;;aga;55 ;comp ;2114955..2115251 ;ETC;96;71 ;comp ;2115323..2115399;;cca ; ; ;2632171..2632246 ;;gcc ;166 ;< ;2632413..2632965 ;transposase;184;-41* ;;2632925..2633473 ;hp;183;30 ;comp ;2633504..2633579 ;;aca ;93 ;comp ;2633673..2634200 ;transferase;176;271 ;comp ;2634472..2634561 ;;tcg; ;;2863981..2864056;aca;;15 ;;2864072..2864317 ;DUF2829;82;8 ;;2864326..2864401;aaa;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#rru_opérons|rru]];;1934224..1934300;;cca ;63 ;;1934364..1934663 ;ETC;100;12 ;;1934676..1934752;;aga; ;comp ;3124836..3125033 ;translocase;66;151 ;comp ;3125185..3125260 ;;tgg ;343 ;comp ;3125604..3126794 ;ef tu;397;93 ;comp ;3126888..3126961 ;;gga ; ;comp ;3126989..3127074 ;;tac ;37 ;;3127112..3128158 ;RlmB;349;57 ;;3128216..3128291 ;;aca ;127 ;;3128419..3128652;hp;78; ;;3378495..3378569;;acc;237 ;;3378807..3379370 ;hp;188;234 [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#oan_opérons|oan]];comp ;2040234..2040453 ;hp;73;91 ;;2040545..2040629 ;;tac ; ;;2040654..2040727 ;;gga ;6 ;comp ;2040734..2040916 ;hp;61;-50* ;;2040867..2042042 ;ef Tu;392;65 ;;2042108..2042183 ;;tgg ;420 ;;2042604..2042804 ;translocase;67; ;comp ;2697238..2697314;;aga;123 ;comp ;2697438..2697743 ;ETC;102;156 ;comp ;2697900..2697976;;cca ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abq_opérons|abq]];comp ;748703..749161 ;hp;153;38 ;comp ;749200..749275 ;;aca ;91 ;comp ;749367..750221 ;RlmB;285;144 ;;750366..750451 ;;tac ; ;;750512..750585 ;;gga ;81 ;;750667..751857 ;ef Tu;397;153 ;;752011..752086 ;;tgg ;69 ;;752156..752353 ;Translocase;66; ; ;872533..872608 ;;atgi ;5 ;comp ;872614..873093 ;GNAT;160;134 ;comp ;873228..873304 ;;cgt ; ; ;1354014..1354091 ;;cca ;49 ;;1354141..1354437 ;ETC;99;10 ;;1354448..1354524 ;;aga ; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#abs_opérons|abs]];comp ;1500772..1501110 ;P-II;113;338 ;;1501449..1501524 ;;cac ; ;;1501634..1501709 ;;cac ;129 ;;1501839..1503305 ;epimerase;489;106 ;;1503412..1504977 ;Manolyl CoA;522;173 ;;1505151..1505235 ;;cta ;91 ;;1505327..1506661 ;trigger factor ;445; ; ;1808815..1808892 ;;cca ;49 ;;1808942..1809238 ;ETC;99;10 ;;1809249..1809325 ;;aga; ; ;2293805..2293881 ;;cgt ;137 ;;2294019..2294495 ;GNAT;159;5 ;comp ;2294501..2294576 ;;atgi; ;comp ;2418203..2418400 ;translocase;66;69 ;comp ;2418470..2418545 ;;tgg ;152 ;comp ;2418698..2419888 ;ef Tu;397;81 ;comp ;2419970..2420043 ;;gga ; ;comp ;2420104..2420189 ;;tac ;144 ;;2420334..2421188 ;RlmB;285;91 ;;2421280..2421355 ;;aca ;137 ;;2421493..2423187 ;integrase;565; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#agr_opérons|agr]]; ;1532381..1532455 ;;gaa ;121 ;;1532577..1532818 ;P-hp;81;89 ;;1532908..1532982 ;;gaa; ; ;1770727..1772280 ;integrase;518;91 ;comp ;1772372..1772448 ;;cca ;265 ;;1772714..1773019 ;ETC;102;51 ;;1773071..1773147 ;;aga ;7 ;comp ;1773155..1773892 ;DUF429;246; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#aua_opérons|aua]]; ;2368353..2368429 ;;cca ;43 ;;2368473..2368778 ;cds;102;36 ;;2368815..2368890 ;;aga; ;comp ;2641950..2642023 ;;tgc ;153 ;comp < ;2642177..2642443 ;cds;89;296 ;;2642740..2642814 ;;aac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#beta|beta]];néant;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/alpha#delta|delta]];néant;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli|bacilli]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacilli#pmq_opérons|pmq]]; ;20252..21532 ;cds;427;47 ;;21580..21666 ;;tca ;140 ;;21807..22157 ;hp;117;17 ;;22175..22357 ;hp;61;23 ;;22381..22524 ;hp;48;86 ;comp ;22611..22796 ;hp;62;138 ;comp ;22935..25265 ;replicase ;777;156 ;;25422..26165 ;hp;248;220 ;comp ;26386..26460 ;;cgg ;183 ;;26644..27168 ;replicase ;175; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia|clostridia]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/clostridia#hmo_opérons|hmo]];comp ;105958..106044 ;;ctg ;321 ;comp ;106366..106929 ;cds;188;241 ;comp ;107171..107246 ;;aca; ; ;1172120..1172196 ;;agg ;181 ;;1172378..1172812 ;cds;145;62 ;;1172875..1172966 ;;tcg ; ; ;1764087..1764161 ;;ggc ;92 ;comp ;1764254..1764493 ;cds;80;72 ;;1764566..1764641 ;;tgc; ;comp ;2496451..2496527 ;;gtc ; ;comp ;2496532..2496609 ;;atgj ;175 ;;2496785..2497120 ;cds;112;217 ;comp ;2497338..2497420 ;;ctc; ;*** Suivent 5 tRNAs comp ***;;;; ;comp ;2497882..2497958 ;;gtg ;-10 ;comp ;2497949..2498185 ;cds;79;66 ;;2498252..2498328 ;;ccg; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino|actino]];autres rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/actino#ase_opérons|ase]]; ;1520472..1520544 ;;aac ;315 ;;1520860..1522122 ;cds;421;236 ;;1522359..1522432 ;;atg; ;comp ;4901908..4901981 ;;gcg ;19 ;comp ;4902001..4902321 ;cds;107;23 ;comp ;4902345..4902417 ;;gac ; ;*** 7 tRNAs ggc cds cag 20 tRNAs ***;;;; ; ;6400506..6400577 ;;ggc ;25 ;;6400603..6401055 ;cds;151;35 ;;6401091..6401163 ;;cag; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide|bacteroide]];fps rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/bacteroide#myr_opérons|myr]];comp ;719769..719842 ;;tgg ;60 ;comp ;719903..721090 ;cds;396;58 ;comp ;721149..721220 ;;acc; ;omp ;1929840..1929925 ;;tta ;147 ;comp ;1930073..1930444 ;cds;124;108 ;comp ;1930553..1930638 ;;tta; ;comp ;2208797..2208872 ;;atgf ;106 ;comp ;2208979..2209605 ;cds;209;147 ;comp ;2209753..2209829 ;;atgj; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyano|cyano]];npu rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/cyana#pmg_opérons|pmg]];comp ;435678..435751 ;;gac ;149 ;comp ;435901..436095 ;cds;65;35 ;comp ;436131..436203 ;;tgg; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes|tenericutes]];;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#abra_opérons|abra]];comp ;1540706..1540780 ;;tgg ;47 ;comp ;1540828..1541754 ;cds;309;137 ;;1541892..1541967 ;;cac; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/tenericutes#apal_opérons|apal]];comp ;205299..205373 ;;tgg ;73 ;comp ;205447..206382 ;cds;312;133 ;;206516..206591 ;;cac ; ;comp ;1457388..1457463 ;;gac ;40 ;comp ;1457504..1458355 ;cds;284;154 ;comp ;1458510..1458585 ;;ttc; ;*** 10 tRNAs 5s23s ***;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo|archeo]];mfi mfe rien;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mja_opérons|mja]]; ;862590..862661 ;;cga ;41 ;;862703..863392 ;cds;230;86 ;;863479..863555 ;;aca; ;*** 3 tRNAs 5s gac ***;;;; [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/archeo#mba_opérons|mba]]; ;4618540..4618617 ;;gaa ;351 ;;4618969..4619190 ;hp;74;377 ;;4619568..4619645 ;;gaa; </pre> ==Les totaux des génomes par type== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_génomes_par_type|Les totaux des génomes par type]] *Note: c'est un tableau de contrôle construit à partir des annexes (les génomes). <pre> ;publié au tableur;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;57;;;;;;;;; ;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; ;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; ;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ;ttc;;tcc;;tac;;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;;;;;;;; ;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;1;aac;0;agc;2;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;;;;;;;; ;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;;;;;;;; ;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;;;;;;;; ;tta;1;tca;3;taa;;tga;;;tta;0;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;1;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;5;aaa;5;aga;2;;;;;;;;; ;cta;;cca;1;caa;;cga;1;;cta;;cca;1;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;;;;;;;; ;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;6;gga;6;;;;;;;;; ;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; ;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;;;;;;;; ;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; 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aaa3;tta;;tca;1;taa;;tga;1;aaa3;tta;1;tca;;taa;;tga;;aaa3;tta;;tca;;taa;;tga;;aaa3;;;;;;;; caa2;ata;;aca;;aaa;;aga;1;caa2;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;caa2;ata;;aca;;aaa;3;aga;;caa2;;;;;;;; cag2;cta;;cca;;caa;;cga;;cag2;cta;1;cca;1;caa;;cga;;cag2;cta;;cca;;caa;2;cga;;cag2;;;;;;;; atgf3;gta;;gca;;gaa;;gga;;atgf3;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;atgf3;gta;3;gca;;gaa;;gga;;atgf3;;;;;;;; cgt4;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;cgt4;;;;;;;; ggc3;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;ggc3;atgj;2;acg;;aag;;agg;;ggc3;atgj;;acg;;aag;;agg;;ggc3;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;3;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;séquences;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;(aaa gta)2 aaa3;;;;;;;; ;eco;;23;;;;;23;;eco;20;;;;;;20;;eco;29;;;;;;29;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;34;;;;;;;;;20;;;;;;;;;44;;;;;;;;; 3 gtc2;atgi;1;tct;;tat;;atgf;4;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;;3 gtc2;atgi;;tct;;tat;;atgf;3;3 gtc2;;;;;;;; gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;att;;act;;aat;;agt;;gta2 + 3;;;;;;;; 2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;ctt;;cct;;cat;;cgc;;2 ctg3;;;;;;;; gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;gtt;;gct;;gat;;ggt;;gcc2 + 3;;;;;;;; tac2;ttc;2;tcc;4;tac;;tgc;;tac2;ttc;;tcc;;tac;1;tgc;1;tac2;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;tac2;;;;;;;; aaa3;atc;1;acc;1;aac;3;agc;;aaa3;atc;;acc;1;aac;;agc;1;aaa3;atc;2;acc;;aac;;agc;;aaa3;;;;;;;; atgf3;ctc;1;ccc;1;cac;;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;;atgf3;ctc;;ccc;;cac;;cgt;5;atgf3;;;;;;;; ggc3;gtc;;gcc;;gac;1;ggc;;ggc3;gtc;;gcc;;gac;;ggc;1;ggc3;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;3;ggc3;;;;;;;; atc :;tta;;tca;1;taa;;tga;2;atc :;tta;1;tca;;taa;;tga;;atc :;tta;;tca;;taa;;tga;;atc :;;;;;;;; 4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;;aga;2;4 16s atc2 aa;ata;;aca;1;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;ata;;aca;;aaa;3;aga;;4 16s atc2 aa;;;;;;;; gaa :;cta;;cca;;caa;;cga;;gaa :;cta;1;cca;1;caa;;cga;;gaa :;cta;;cca;;caa;2;cga;;gaa :;;;;;;;; 7 16s 5s 4aa;gta;;gca;;gaa;4;gga;;7 16s 5s 4aa;gta;2;gca;;gaa;;gga;1;7 16s 5s 4aa;gta;5;gca;;gaa;;gga;;7 16s 5s 4aa;;;;;;;; acc :;ttg;1;tcg;1;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;acc :;;;;;;;; 2 5s >aa aa;atgj;;acg;1;aag;;agg;1;2 5s >aa aa;atgj;2;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;atgj;;acg;;aag;;agg;;2 5s >aa aa;;;;;;;; ;ctg;;ccg;1;cag;;cgg;;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;1;;ctg;6;ccg;;cag;2;cgg;;;;;;;;;; gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;1;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;gac : 2 5s aa;;;;;;;; séquences;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;gama;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; (aaa gta)2 aaa3;ecoN;;34;;;;;34;;ecoN;20;;;;;;20;;ecoN;44;;;;;;44;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;912;;;;;;;;;1047;;;;;;;;;493;;;;;;;;;751 ;atgi;30;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;7;tct;0;tat;0;atgf;36;;atgi;2;tct;0;tat;0;atgf;30;;atgi;14;tct;0;tat;0;atgf;31 ;att;0;act;3;aat;0;agt;1;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0;;att;0;act;0;aat;0;agt;0 ;ctt;4;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;3;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;2;cct;0;cat;0;cgc;0;;ctt;0;cct;0;cat;0;cgc;0 ;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0;;gtt;0;gct;0;gat;0;ggt;0 ;ttc;21;tcc;37;tac;7;tgc;16;;ttc;35;tcc;6;tac;44;tgc;38;;ttc;9;tcc;2;tac;28;tgc;4;;ttc;28;tcc;10;tac;26;tgc;17 ;atc;4;acc;18;aac;28;agc;18;;atc;7;acc;22;aac;35;agc;34;;atc;2;acc;5;aac;22;agc;0;;atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ;ctc;30;ccc;28;cac;14;cgt;15;;ctc;15;ccc;1;cac;34;cgt;19;;ctc;2;ccc;0;cac;11;cgt;49;;ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 ;gtc;19;gcc;16;gac;14;ggc;17;;gtc;11;gcc;14;gac;54;ggc;59;;gtc;28;gcc;25;gac;13;ggc;43;;gtc;5;gcc;1;gac;41;ggc;38 ;tta;18;tca;36;taa;0;tga;9;;tta;31;tca;12;taa;0;tga;0;;tta;2;tca;4;taa;0;tga;0;;tta;24;tca;19;taa;0;tga;0 ;ata;1;aca;19;aaa;17;aga;29;;ata;1;aca;43;aaa;44;aga;21;;ata;0;aca;7;aaa;25;aga;2;;ata;0;aca;33;aaa;41;aga;15 ;cta;21;cca;20;caa;19;cga;3;;cta;32;cca;39;caa;37;cga;7;;cta;8;cca;4;caa;12;cga;0;;cta;20;cca;33;caa;29;cga;0 ;gta;13;gca;4;gaa;15;gga;15;;gta;54;gca;7;gaa;52;gga;45;;gta;26;gca;0;gaa;25;gga;6;;gta;51;gca;17;gaa;42;gga;25 ;ttg;34;tcg;26;tag;0;tgg;31;;ttg;8;tcg;5;tag;0;tgg;13;;ttg;2;tcg;0;tag;0;tgg;2;;ttg;7;tcg;2;tag;0;tgg;12 ;atgj;15;acg;28;aag;18;agg;31;;atgj;39;acg;5;aag;12;agg;1;;atgj;6;acg;0;aag;16;agg;0;;atgj;23;acg;2;aag;0;agg;0 ;ctg;20;ccg;15;cag;9;cgg;24;;ctg;16;ccg;4;cag;14;cgg;10;;ctg;28;ccg;8;cag;10;cgg;0;;ctg;9;ccg;1;cag;0;cgg;0 ;gtg;10;gcg;13;gag;9;ggg;20;;gtg;5;gcg;5;gag;5;ggg;6;;gtg;8;gcg;3;gag;12;ggg;0;;gtg;0;gcg;0;gag;1;ggg;1 ;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;total;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;751;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;(sans abra apl 729);;; </pre> ===Les totaux des types=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_totaux_des_types|Les totaux des types]] <pre> bacts;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;duplicata;1-3aas;total ;1047;912;13;751;11;304;493;135;3666 </pre> ===La référence +5s >3=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#La_référence_+5s_>3|La référence +5s >3]] <pre> La référence;;;;;;; +5s;sans 1-3aas;;729;;;; atgi;12;tct;;tat;;atgf;29 att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;26;tcc;10;tac;26;tgc;17 atc;15;acc;9;aac;38;agc;15 ctc;4;ccc;2;cac;20;cgt;30 gtc;5;gcc;1;gac;39;ggc;38 tta;22;tca;17;taa;;tga; ata;;aca;31;aaa;39;aga;15 cta;20;cca;33;caa;29;cga; gta;49;gca;15;gaa;42;gga;25 ttg;7;tcg;2;tag;;tgg;12 atgj;21;acg;2;aag;;agg; ctg;9;ccg;1;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;1;ggg;1 ;;;;;;; faible 21;19;0.9;;;;; moyen 16;236;14.8;;;;; fort 14;474;33.9;;;;; ;729;;;;;; g+cga 10;7;0.7;;;;; agg+cgg;0;;;;;; 4 ccc;12;3.0;;;;; autres 5;0;;;;;; ;19;;;;;; </pre> ===totaux par rapport au groupe de référence=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#totaux_par_rapport_au_groupe_de_référence|totaux par rapport au groupe de référence]] <pre> tRNAs;;blocs tRNAs;;;blocs rRNAs;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total; 21;faible;317;124;114;19;2;7;583; 16;moyen;345;327;80;246;43;253;1294; 14;fort;250;596;299;486;90;68;1789; ; ;912;1047;493;751;135;328;3666; 10;g+cga;151;68;57;7;;;283; 2;agg+cgg;55;11;;12;1;;79; 4;carre ccc;93;41;55;;1;7;197; 5;autres;18;4;2;;;;24; ;;317;124;114;19;2;7;583; ;total tRNAs ‰ ;;;;;;;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;+5s;1-3aas;autres;total;ref. ‰ 21;faible;86;34;31;5;1;2;159;26 16;moyen;94;89;22;67;12;69;353;324 14;fort;68;163;82;133;25;19;488;650 ; ;249;286;134;205;37;89;3666;729 10;g+cgg;41;19;16;2;;;77;10 2;agg+cga;15;3;;3;0.3;;22; 4;carre ccc;25;11;15;;0.3;2;54;16 5;autres;5;1.1;0.5;;;;7; ;;86;34;31;5;0.5;2;159; ;blocs tRNAs ‰ ;;;;;;total colonne %;; ;bacts;1aa;>1aa;dup;total;ref. ‰;1aa;>1aa;dup 21;faible;129;51;46;226;26;35;12;23 16;moyen;141;133;33;307;324;38;31;16 14;fort;102;243;122;467;650;27;57;61 ; ;372;427;201;2452;729;912;1047;493 10;g+cgg;62;28;23;113;10;48;55;50 2;agg+cga;22;4; ;27;;17;9; 4;carre ccc;38;17;22;77;16;29;33;48 5;autres;7;2;0.8;10;;6;3;2 ;;129;51;46;226;;317;124;114 </pre> ==Caractérisation des tRNAs== ===Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication=== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Caractérisation_d'un_tRNA_par_les_4_processus_+5s_1aa_>1aa_duplication|Caractérisation d'un tRNA par les 4 processus +5s 1aa >1aa duplication]] <pre> gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;14;30;7;2;tct;;;;;tat;;;;;atgf;31;30;36;30;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;2;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;28;21;35;9;tcc;10;37;6;2;tac;26;7;44;28;tgc;17;16;38;4;;tener2;2*11 atc;15;4;7;2;acc;9;18;22;5;aac;38;28;35;22;agc;15;18;34;;;atgi j f;tca ctc;4;30;15;2;ccc;2;28;1;;cac;20;14;34;11;cgt;30;15;19;49;;ttc;aca gtc;5;19;11;28;gcc;1;16;14;25;gac;41;14;54;13;ggc;38;17;59;43;;tta;gca tta;24;18;31;2;tca;19;36;12;4;taa;;;;;tga;;9;;;;gta;gac ata;;1;1;0;aca;33;19;43;7;aaa;41;17;44;25;aga;15;29;21;2;;aaa;+5s cta;20;21;32;8;cca;33;20;39;4;caa;29;19;37;12;cga;;3;7;;;; gta;51;13;54;26;gca;17;4;7;;gaa;42;15;52;25;gga;25;15;45;6;;; ttg;7;34;8;2;tcg;2;26;5;;tag;;;;;tgg;12;31;13;2;;; atgj;23;15;39;6;acg;2;28;5;;aag;;18;12;16;agg;;31;1;;;; ctg;9;20;16;28;ccg;1;15;4;8;cag;;9;14;10;cgg;;24;10;;;; gtg;;10;5;8;gcg;;13;5;3;gag;1;9;5;12;ggg;1;20;6;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;200;240;264;125;;129;263;163;58;;238;150;331;174;;184;259;289;136;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;751;912;1047;493;;3203;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; Pour 1000;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;gène;+5s;1aa;>1aa;dup;;; atgi;19;33;7;4;tct;;;;;tat;;;;;atgf;41;33;34;61;;; att;;;;;act;;3;;;aat;;;;;agt;;1;;;;; ctt;;4;3;4;cct;;;;;cat;;;;;cgc;;;;;;; gtt;;;;;gct;;;;;gat;;;;;ggt;;;;;;; ttc;37;23;33;18;tcc;13;41;6;4;tac;35;8;42;57;tgc;23;18;36;8;;; atc;20;4;7;4;acc;12;20;21;10;aac;51;31;33;45;agc;20;20;32;;;; ctc;5;33;14;4;ccc;3;31;1;;cac;27;15;32;22;cgt;40;16;18;99;;; gtc;7;21;11;57;gcc;1;18;13;51;gac;55;15;52;26;ggc;51;19;56;87;;; tta;32;20;30;4;tca;25;39;11;8;taa;;;;;tga;;10;;;;; ata;;1;1;;aca;44;21;41;14;aaa;55;19;42;51;aga;20;32;20;4;;; cta;27;23;31;16;cca;44;22;37;8;caa;39;21;35;24;cga;;3;7;;;; gta;68;14;52;53;gca;23;4;7;;gaa;56;16;50;51;gga;33;16;43;12;;; ttg;9;37;8;4;tcg;3;29;5;;tag;;;;;tgg;16;34;12;4;;; atgj;31;16;37;12;acg;3;31;5;;aag;;20;11;32;agg;;34;1;;;; ctg;12;22;15;57;ccg;1;16;4;16;cag;;10;13;20;cgg;;26;10;;;; gtg;;11;5;16;gcg;;14;5;6;gag;1;10;5;24;ggg;1;22;6;;;; </pre> ====Construction du tableau avec les sous-totaux==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Construction_du_tableau_avec_les_sous-totaux|Construction du tableau avec les sous-totaux]] *Lien tableur au tableau de contrôle: [[#Les_totaux_des_g%C3%A9nomes_par_type|tableau]] *Notes: Pour le 1er tRNA d'une colonne je somme sur une colonne de type, des sous totaux ci-dessous, et je copie "formule" pour les autres tRNAs de la colonne. Je récupère l'argument de cette somme sur un txt. Pour les arguments des 2 autres types (colonne) je change le nom de la colonne dans txt et je copie l'argument dans SOMME(). *Les sous-totaux: D'abord j'ai sommé le total (totaux de la fin du tableau de contrôle). Je repère les lignes de chaque clade pour faire le sous-total du clade. Ce n'est pas la peine de cliquer sur chaque case. Il suffit de récupérer l'argument de la somme de tous les génomes d'une colonne et de découper cet argument d'après le relevé des lignes de chaque clade. <pre> bact2;;;;;;;121;;bact2;;;;;;;36;;bact2;;;;;;;22;;bact2;;;;;;;63;;bact2;;;;;;;0 atgi;3;tct;;tat;;atgf;5;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;4;tcc;1;tac;7;tgc;2;;ttc;1;tcc;1;tac;1;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;;;ttc;3;tcc;;tac;4;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;3;agc;3;;atc;;acc;;aac;1;agc;;;atc;;acc;2;aac;;agc;3;;atc;;acc;;aac;2;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;5;cgt;3;;ctc;;ccc;;cac;1;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;4;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;2;;gtc;;gcc;;gac;3;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;4;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;2;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;8;aaa;8;aga;4;;ata;;aca;1;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;1;aga;2;;ata;;aca;5;aaa;7;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;6;caa;3;cga;2;;cta;;cca;2;caa;1;cga;2;;cta;1;cca;2;caa;;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;9;gca;;gaa;8;gga;7;;gta;3;gca;;gaa;;gga;1;;gta;1;gca;;gaa;;gga;;;gta;5;gca;;gaa;8;gga;6;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;2;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;3;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;3;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;1 -16s tac;28;150;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;1 -16s tac;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; tener2;;;;;;;66;;tener2;;;;;;;23;;tener2;;;;;;;21;;tener2;;;;;;;;;tener2;;;;;;;22 atgi;2;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;2;tct;;tat;;atgf;2 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;1;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;2;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;2;aac;;agc;2;;atc;;acc;2;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;2;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;2;cgt;2;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;1;gcc;1;gac;4;ggc;2;;gtc;1;gcc;;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;1;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;2;ggc; 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;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;6 1-3aas aac;2 -16s tac;; cyano2;;;;;;;99;;cyano2;;;;;;;72;;cyano2;;;;;;;23;;cyano2;;;;;;;4;;cyano2;;;;;;; atgi;3;tct;;tat;;atgf;3;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;;tct;;tat;;atgf; att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;1;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;2;tcc;2;tac;2;tgc;3;;ttc;2;tcc;2;tac;;tgc;2;;ttc;;tcc;;tac;2;tgc;1;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;;acc;3;aac;3;agc;3;;atc;;acc;1;aac;2;agc;2;;atc;;acc;2;aac;1;agc;1;;atc;;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;;aac;;agc; ctc;2;ccc;2;cac;2;cgt;3;;ctc;1;ccc;2;cac;2;cgt;2;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;2;gcc;2;gac;3;ggc;2;;gtc;2;gcc;1;gac;2;ggc;2;;gtc;;gcc;1;gac;1;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;;ggc; tta;2;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;2;taa;;tga;;;tta;1;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;4;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;2;aaa;2;aga;2;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;ata;;aca;2;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;;aga; cta;3;cca;3;caa;3;cga;;;cta;2;cca;2;caa;2;cga;;;cta;1;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; gta;2;gca;2;gaa;3;gga;2;;gta;2;gca;1;gaa;2;gga;2;;gta;;gca;1;gaa;1;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;gta;;gca;;gaa;;gga; ttg;3;tcg;2;tag;;tgg;3;;ttg;2;tcg;2;tag;;tgg;2;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;1;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;4;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;2;acg;2;aag;1;agg;2;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;2;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;2;ccg;2;cag;1;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;1;cag;1;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;1;gag;;ggg;1;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total ;;;;;;10;109;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;*;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; actino4;;;;;;;294;;actino4;;;;;;;148;;actino4;;;;;;;108;;actino4;;;;;;;38;;;;;;;;; atgi;4;tct;;tat;;atgf;11;;atgi;3;tct;;tat;;atgf;10;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;;;;;;;; att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;1;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;;;;;;;; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;;;;;;;; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;;;;;;;; ttc;5;tcc;5;tac;5;tgc;10;;ttc;1;tcc;4;tac;3;tgc;3;;ttc;4;tcc;1;tac;2;tgc;7;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;;;;;;;; atc;5;acc;7;aac;9;agc;7;;atc;2;acc;2;aac;2;agc;2;;atc;3;acc;5;aac;1;agc;5;;atc;;acc;;aac;6;agc;;;;;;;;;; ctc;8;ccc;6;cac;5;cgt;9;;ctc;6;ccc;6;cac;4;cgt;1;;ctc;2;ccc;;cac;1;cgt;4;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;4;;;;;;;;; gtc;11;gcc;10;gac;10;ggc;14;;gtc;;gcc;3;gac;5;ggc;1;;gtc;5;gcc;2;gac;5;ggc;11;;gtc;6;gcc;5;gac;;ggc;2;;;;;;;;; tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga;;;;;;;;;; ata;;aca;4;aaa;5;aga;5;;ata;;aca;4;aaa;4;aga;4;;ata;;aca;;aaa;1;aga;1;;ata;;aca;;aaa;;aga;;;;;;;;;; cta;4;cca;6;caa;3;cga;;;cta;3;cca;2;caa;3;cga;;;cta;1;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga;;;;;;;;;; gta;4;gca;5;gaa;5;gga;7;;gta;4;gca;2;gaa;1;gga;2;;gta;;gca;3;gaa;4;gga;5;;gta;;gca;;gaa;;gga;;;;;;;;;; ttg;5;tcg;4;tag;;tgg;7;;ttg;4;tcg;4;tag;;tgg;5;;ttg;1;tcg;;tag;;tgg;2;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;;;;;;;; atgj;4;acg;6;aag;11;agg;4;;atgj;;acg;4;aag;6;agg;4;;atgj;4;acg;2;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;5;agg;;;;;;;;;; ctg;7;ccg;4;cag;8;cgg;5;;ctg;4;ccg;4;cag;;cgg;4;;ctg;3;ccg;;cag;8;cgg;1;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;;;;;;;; gtg;10;gcg;6;gag;10;ggg;5;;gtg;5;gcg;4;gag;;ggg;4;;gtg;3;gcg;2;gag;2;ggg;1;;gtg;2;gcg;;gag;8;ggg;;;;;;;;;; total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;>1aa;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;total;duplicata;1aa;-5s;+5s;-16s;+16s;total;;;;;;;;; ;146;148;;;;0;295;;;;*;;;;;;;;*;;;;;;;;;*;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; clos8;;;;;;;628;;clos8;;;;;;;78;;clos8;;;;;;;240;;clos8;;;;;;;8;;clos8;;;;;;;302 atgi;10;tct;0;tat;0;atgf;22;;atgi;1;tct;;tat;;atgf;1;;atgi;;tct;;tat;;atgf;8;;atgi;;tct;;tat;;atgf;2;;atgi;9;tct;;tat;;atgf;11 att;0;act;0;aat;0;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;1;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 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;;+16s;gca;atc;aaa;gta;gcc;gaa;total;;;alpha;gama;baci;clos;tener;; ;;gama;29;23;8;8;2;33;103;;atgf;23;;2;2;;; ;;clos;26;11;;;5;;42;;gac;;23;2;1;;; ;;afn;2;2;;;;;4;;aac;;;4;7;6;; ;;baci;16;15;;;;;31;;acc;;9;1;1;;; ;;alpha +bd;37;43;;;;;80;;tgg;;8;;1;;; ;;b t c;21;23;;;;;44;;tca;;4;;;;; ;;actino;0;0;0;0;0;0;0;;gaa;;1;;2;;; ;;total;131;117;8;8;7;33;304;;tcc;;;1;;;; ;;;;;;;;;;;;23;45;10;14;6;; ;;;;;;;;;;;autres;;;;37;;; ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;+16s;;;référence +5s;;;;304;;total 1-3aas;;;;;;;135 ;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 ;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; ;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ;;ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 ;;atc;117;acc;;aac;;agc;;;atc;;acc;11;aac;17;agc; ;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; ;;gtc;;gcc;7;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 ;;tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; ;;ata;;aca;;aaa;8;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; ;;gta;8;gca;131;gaa;33;gga;;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 ;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 ;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;;;;;;;; ;;;248;;49;;7;;304;;alpha gama;;clostridia;;;baci clos tener;;baci ;;;;;;;;;;;;;;;;;; ;;-16s;-5s;;référence +5s;;;;24;;total 1-3aas;;;référence +5s;;;;135 -16s;;atgi;;tct;;tat;;atgf;;;atgi;8;tct;;tat;;atgf;27 2 gga;;att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; 2 tac;;ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; aac;;gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; agc;;ttc;;tcc;1;tac;2;tgc;;;ttc;6;tcc;1;tac;;tgc;1 atc;;atc;1;acc;;aac;6;agc;1;;atc;;acc;11;aac;17;agc; cgt;;ctc;;ccc;;cac;;cgt;1;;ctc;1;ccc;;cac;;cgt; gca;;gtc;;gcc;;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;;gac;26;ggc;4 tca;;tta;;tca;1;taa;;tga;;;tta;4;tca;4;taa;;tga; tcc;;ata;;aca;3;aaa;;aga;;;ata;;aca;;aaa;6;aga;1 ;;cta;;cca;;caa;;cga;;;cta;;cca;;caa;;cga; -5s;;gta;;gca;1;gaa;;gga;7;;gta;;gca;4;gaa;3;gga;1 3 aca;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;9 5 gga;;atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; 5 aac;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg;1 ;;gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;;;inter;;max;;min;;total;;*;inter;;max;;min;;total ;;;5;;19;;0;;24;;;43;;90;;2;;135 </pre> ====Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_processus_+16s_et_1-3aas_des_fiches_mémoires|Les processus +16s et 1-3aas des fiches mémoires]] <pre> +16s;;;référence +5s;;;;3957;;+16s;;;;;;;1000 atgi;;cds;121;16s;1039;atgf;2;;atgi;;tct;;tat;;atgf;1 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;;;ctt;;cct;;cat;;cgc; gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;;tcc;;tac;;tgc;;;ttc;;tcc;;tac;;tgc; atc;1235;acc;;aac;;agc;;;atc;442;acc;;aac;;agc; ctc;;ccc;;cac;;cgt;;;ctc;;ccc;;cac;;cgt; gtc;;gcc;11;gac;;ggc;;;gtc;;gcc;4;gac;;ggc; tta;;tca;;taa;;tga;;;tta;;tca;;taa;;tga; ata;;aca;;aaa;11;aga;;;ata;;aca;;aaa;4;aga; cta;;cca;4;caa;;cga;;;cta;;cca;1;caa;;cga; gta;13;gca;1249;gaa;272;gga;;;gta;5;gca;447;gaa;97;gga; ttg;;tcg;;tag;;tgg;;;ttg;;tcg;;tag;;tgg; atgj;;acg;;aag;;agg;;;atgj;;acg;;aag;;agg; ctg;;ccg;;cag;;cgg;;;ctg;;ccg;;cag;;cgg; gtg;;gcg;;gag;;ggg;;;gtg;;gcg;;gag;;ggg; ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;2484;;302;;11;;2797;;;888;;108;;4;;1000 ;;;;;;;;;;;;;;;; 1-3aas;;;;;;;736;;1-3aas;;;;;;;1000 atgi;15;tct;;tat;;atgf;172;;atgi;20;tct;;tat;;atgf;234 att;;act;;aat;;agt;;;att;;act;;aat;;agt; ctt;;cct;;cat;;cgc;1;;ctt;;cct;;cat;;cgc;1 gtt;;gct;;gat;;ggt;;;gtt;;gct;;gat;;ggt; ttc;21;tcc;2;tac;12;tgc;7;;ttc;29;tcc;3;tac;16;tgc;10 atc;3;acc;82;aac;73;agc;1;;atc;4;acc;111;aac;99;agc;1 ctc;2;ccc;;cac;2;cgt;4;;ctc;3;ccc;;cac;3;cgt;5 gtc;;gcc;;gac;172;ggc;12;;gtc;;gcc;;gac;234;ggc;16 tta;5;tca;5;taa;;tga;;;tta;7;tca;7;taa;;tga; ata;;aca;1;aaa;17;aga;1;;ata;;aca;1;aaa;23;aga;1 cta;;cca;1;caa;1;cga;;;cta;;cca;1;caa;1;cga; gta;5;gca;14;gaa;7;gga;12;;gta;7;gca;19;gaa;10;gga;16 ttg;;tcg;;tag;;tgg;78;;ttg;;tcg;;tag;;tgg;106 atgj;1;acg;1;aag;;agg;;;atgj;1;acg;1;aag;;agg; ctg;1;ccg;;cag;;cgg;2;;ctg;1;ccg;;cag;;cgg;3 gtg;1;gcg;;gag;;ggg;2;;gtg;1;gcg;;gag;;ggg;3 ;inter;;max;;min;;total;;;inter;;max;;min;;total ;218;;510;;8;;736;;;296;;693;;11;;1000 </pre> ====Classement des tRNAs avec les 8 processus==== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Classement_des_tRNAs_avec_les_8_processus|Classement des tRNAs avec les 8 processus]] <pre> ;Classement des tRNAs;;;;À 1000 par processus;;;;;;;;; ;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s;;;+5s;1aa;>1aa;dup;1-3aas;+16s atgf;41;33;34;61;234;1;;tca;25;39;11;8;7;- aac;51;31;33;45;99;-;;aga;20;32;20;4;1;- I;;;;;;;;atgi;19;33;7;4;20;- gaa;56;16;50;51;10;97;;tcc;13;41;6;4;3;- gac;55;15;52;26;234;-;;ttg;9;37;8;4;-;- gta;68;14;52;53;7;5;;ctc;5;33;14;4;3;- aaa;55;19;42;51;23;4;;I;;;;;; ggc;51;19;56;87;16;-;;ccc;3;31;1;0;-;- tac;35;8;42;57;7;-;;tcg;3;29;5;0;-;- II;;;;;;;;acg;3;31;5;0;1;- aca;44;21;41;14;1;-;;agg;0;34;1;0;-;- cca;44;22;37;8;1;2;;cgg;0;26;10;0;3;- caa;39;21;35;24;1;-;;ggg;1;22;6;0;3;- ttc;37;23;33;18;29;-;;II;;;;;; gga;33;16;43;12;16;-;;ctg;12;22;15;57;1;- tta;32;20;30;4;7;-;;gtc;7;21;11;57;-;- atgj;31;16;37;12;1;-;;gcc;1;18;13;51;-;4 cta;27;23;31;16;-;-;;aag;0;20;11;32;-;- cac;27;15;32;22;3;-;;gag;1;10;5;24;-;- III;;;;;;;;cag;0;10;13;20;-;- tgc;23;18;36;8;10;-;;ccg;1;16;4;16;-;- agc;20;20;32;0;1;-;;gtg;0;11;5;16;1;- IV;;;;;;;;gcg;0;14;5;6;-;- cgt;40;16;18;99;5;-;;III;;;;;; V;;;;;;;;cga;0;3;7;0;-;- gca;23;4;7;0;19;447;;ata;0;1;1;0;-;- atc;20;4;7;4;4;442;;tga;0;10;0;0;-;- ;;;;;;;;IV;;;;;; VI;;;;;;;;ctt;0;4;3;4;-;- acc;12;20;21;10;111;-;;act;0;3;0;0;-;- tgg;16;34;12;4;106;-;;agt;0;1;0;0;-;- </pre> ==Les intercalaires dans les genome.cumuls== *Lien tableau: [[Recherche:Les_clusters_de_gènes_tRNA_et_rRNA_chez_les_procaryotes/Annexe/génomes_synthèse#Les_intercalaires_dans_les_genome.cumuls|Les intercalaires dans les genome.cumuls]] *'''Récapitulatif des chapitres cumuls''' * - ne sont pris en compte que les moyennes en excluant quelques valeurs extrêmes (sans jaunes) * - Les 2 dernières colonnes cdsa et cdsa300 sont en aas. * - 19*, erreur dans la lecture de la colonne ( à corriger ant-cumuls et scc-cumuls) <pre> ;sans rRNA;avec rRNA;cds;cdsd;;cdsa;cdsa 300;notes gamme;200;200;500;500;;1100;330; ;;;;;;;; pub;44;9;50;16;;239;-; rtb;57;-;193;-;;269;176; rru;119;66;148;-;;237;140; cvi;26;86;-;-;;-;-; ade;39;22;-;-;;-;-; ant;25;*19;139;60;;239;-; rpl;56;-;191;-;;243;172; rpm;39;-;147;-;;252;170; oan;138;11;258;-;;256;-; abq;72;30;153;-;;249;166; abs;71;31;151;-;;242;166; agr;33;59;172;-;;185;137; aua;131;-;226;153;;235;158; ;;;;;;;; spl;58;-;-;-;;-;-; vpb;43;26;-;-;;-;-; eal;53;-;-;-;;-;-; eco;57;-;-;-;;-;-; ecoN;31;32;178;127;;260;172; vha;46;30;183;86;;240;-; amed;49;-;214;156;;274;-; ;;;;;;;; bsu;14;17;-;-;;-;-; lmo;11;20;-;-;;-;-; lam;14;12;-;-;;-;-; ppm;20;17;193;150;;292;229;cdsj ? pmq;16;14;207;126;;235;213;cdsd ? lbu;14;29;159;114;;275;-; ban;14;15;165;132;;191;-; ;;;;;;;; psor;9;10;173;95;;220;-; cdc;14;9;206;165;;286;-; cdc8;14;10;182;155;;208;-; cbc;15;15;-;-;;-;-; cbn;14;14;-;-;;-;-; cle;19;22;-;-;;-;-; hmo;8;8;196;137;;230;-; cbei;18;7;350;195;;328;-; afn;12;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; ase;19;-;147;-;;254;179; blo;34;-;-;-;;-;-; sma;34;-;-;-;;-;-; ksk;33;-;-;-;;-;-; ;;;;;;;; myr;33;-;144;-;;244;189; fps;30;-;135;-;;246;181; ;;;;;;;; pnu;11;-;176;-;;240;188; pmg;10;12;93;-;;248;170; ;;;;;;;; abra;23;22;131;-;;201;148; apal;25;17;122;-;;218;177; ;;;;;;;; scc;32;*;188;124;;299;-; ;;;;;;;; mja;29;18;152;-;;253;194; mba;51;-;210;-;;186;158; mfi;35;-;178;-;;213;171; mfe;55;-;223;-;;207;157; </pre> plffdnk8xn1aeqibhbftzrjfgo4yhut 4 80610 881474 881380 2022-08-19T18:24:14Z MediaWiki message delivery 20848 /* Invitation à rejoindre le Forum de la Stratégie du Mouvement */ nouvelle section wikitext text/x-wiki <noinclude>{{SC|2022|08}}{{Clr}}</noinclude> == Actualités techniques n°&#x202f;2022-31 == <section begin="technews-2022-W31"/><div class="plainlinks"> Dernières '''[[m:Special:MyLanguage/Tech/News|actualités techniques]]''' de la communauté technique de Wikimedia. N’hésitez pas à informer les autres utilisateurs de ces changements. Certains changements ne vous concernent pas. [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/2022/31|D’autres traductions]] sont disponibles. '''Changements récents''' * Des [[m:Special:MyLanguage/Help:Displaying_a_formula#Phantom|capacités LaTeX améliorées pour le rendu des mathématiques]] sont maintenant disponibles dans les wikis grâce à la prise en charge des balises <bdi lang="zxx" dir="ltr"><code>Phantom</code></bdi>. Ceci complète une partie du [[m:Community_Wishlist_Survey_2022/Editing/Missing_LaTeX_capabilities_for_math_rendering|souhait nº&#x202f;59]] de l'enquête sur les souhaits de la communauté 2022. '''Changements à venir cette semaine''' * [[File:Octicons-sync.svg|12px|link=|alt=|Sujet récurrent]] La [[mw:MediaWiki 1.39/wmf.23|nouvelle version]] de MediaWiki sera installée sur les wikis de test et sur MediaWiki.org à partir du {{#time:j xg|2022-08-02|fr}}. Elle sera installée sur tous les wikis hormis la majorité des Wikipédias le {{#time:j xg|2022-08-03|fr}} et enfin sur toutes les Wikipédias restantes le {{#time:j xg|2022-08-04|fr}} ([[mw:MediaWiki 1.39/Roadmap|calendrier]]). * L'[[mw:Special:MyLanguage/Help:Extension:WikiEditor/Realtime_Preview|aperçu en temps réel]] sera disponible en tant que fonctionnalité bêta sur les wikis du [https://noc.wikimedia.org/conf/highlight.php?file=dblists%2Fgroup0.dblist groupe&nbsp;0]. Cette fonctionnalité a été construite afin de répondre à l'[[m:Special:MyLanguage/Community_Wishlist_Survey_2021/Real_Time_Preview_for_Wikitext|une des propositions de l'enquête sur les souhaits de la communauté]]. '''Changements à venir''' * La fonctionnalité bêta des [[mw:Special:MyLanguage/Help:DiscussionTools|Outils de discussion]] va être mise à jour pendant le mois d’août. L'apparence des discussions va changer. Vous pouvez voir [[mw:Special:MyLanguage/Talk pages project/Usability/Prototype|certains des changements proposés]]. '''Prochaines réunions''' * Cette semaine, trois réunions sur l’[[mw:Special:MyLanguage/Reading/Web/Desktop Improvements|habillage Vector (nouvelle version&nbsp;2022)]] avec interprétation en direct auront lieu. Le mardi, l'interprétation en russe sera assurée. Le jeudi, des réunions pour les arabophones et les hispanophones auront lieu. [[mw:Special:MyLanguage/Reading/Web/Desktop Improvements/Updates/Talk to Web|Voir comment participer]]. '''''[[m:Special:MyLanguage/Tech/News|Actualités techniques]]''' préparées par les [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/Writers|rédacteurs des actualités techniques]] et postées par [[m:Special:MyLanguage/User:MediaWiki message delivery|robot]]&nbsp;• [[m:Special:MyLanguage/Tech/News#contribute|Contribuer]]&nbsp;• [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/2022/31|Traduire]]&nbsp;• [[m:Tech|Obtenir de l’aide]]&nbsp;• [[m:Talk:Tech/News|Donner votre avis]]&nbsp;• [[m:Global message delivery/Targets/Tech ambassadors|S’inscrire ou se désinscrire]].'' </div><section end="technews-2022-W31"/> 1 août 2022 à 21:21 (UTC) <!-- Message envoyé par User:Quiddity (WMF)@metawiki en utilisant la liste sur https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Global_message_delivery/Targets/Tech_ambassadors&oldid=23615613 --> == Recherche de coéquipier sur sujet de recherche mathématique == Est-ce ici qu'il faut déposer une demande de coéquipier et est-ce permis ?[[Utilisateur:Ereduverseau|Ereduverseau]] ([[Discussion utilisateur:Ereduverseau|discuter]]) 2 août 2022 à 19:00 (UTC) :Bonjour {{Mention|Ereduverseau}}, oui c'est permis, mais le mieux serait de déposer un message sur la [[Discussion projet:Mathématiques|page de discussion du projet Mathématiques]] je pense. --[[Utilisateur:Hérisson grognon|Hérisson grognon]] ([[Discussion utilisateur:Hérisson grognon/Flow|discuter]]) 9 août 2022 à 15:07 (UTC) == Actualités techniques n° 2022-32 == <section begin="technews-2022-W32"/><div class="plainlinks"> Dernières '''[[m:Special:MyLanguage/Tech/News|actualités techniques]]''' de la communauté technique Wikimédia. N’hésitez pas à informer les autres utilisateurs de ces changements. Certains changements ne vous concernent pas. [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/2022/32|D’autres traductions]] sont disponibles. '''Changements récents''' * [[:m:Special:MyLanguage/Meta:GUS2Wiki/Script|GUS2Wiki]] copie les informations de [[{{#special:GadgetUsage}}]] sur une page de wiki, pour que chacun puisse relire son historique. Si votre projet n’est pas encore listé sur [[d:Q113143828|l’élément Wikidata du Project:GUS2Wiki]], vous pouvez lancer GUS2Wiki vous-même ou [[:m:Special:MyLanguage/Meta:GUS2Wiki/Script#Opting|faire une demande pour recevoir les informations]]. [https://phabricator.wikimedia.org/T121049] '''Changements à venir cette semaine''' * Il n’y aura pas de nouvelle version de MediaWiki cette semaine. * [[File:Octicons-sync.svg|12px|link=|alt=|Sujet récurrent]] Certains wikis seront en lecture seule pendant quelques minutes en raison d’un changement de base de données principale, le {{#time:j xg|2022-08-09|fr}} à 7 h UTC ([https://noc.wikimedia.org/conf/highlight.php?file=dblists/s5.dblist wikis concernés]) et le {{#time:j xg|2022-08-11|fr}} à 7 h UTC ([https://noc.wikimedia.org/conf/highlight.php?file=dblists/s2.dblist wikis concernés]). '''Prochaines réunions''' * Le [[wmania:Special:MyLanguage/Hackathon|Hackathon Wikimania]] aura lieu en ligne du 12 au 14 aout. Ne manquez pas [[wmania:Special:MyLanguage/Hackathon/Schedule|le salon de démonstration pré-hackathon]] pour en savoir plus sur les projets et trouver des collaborateurs. Tout le monde peut [[phab:/project/board/6030/|proposer un projet]] ou [[wmania:Special:MyLanguage/Hackathon/Schedule|héberger une session]]. [[wmania:Special:MyLanguage/Hackathon/Newcomers|Les nouveaux sont les bienvenus]] ! '''''[[m:Special:MyLanguage/Tech/News|Actualités techniques]]''' préparées par les [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/Writers|rédacteurs des actualités techniques]] et postées par [[m:Special:MyLanguage/User:MediaWiki message delivery|robot]]&nbsp;• [[m:Special:MyLanguage/Tech/News#contribute|Contribuer]]&nbsp;• [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/2022/32|Traduire]]&nbsp;• [[m:Tech|Obtenir de l’aide]]&nbsp;• [[m:Talk:Tech/News|Donner votre avis]]&nbsp;• [[m:Global message delivery/Targets/Tech ambassadors|S’inscrire ou se désinscrire]].'' </div><section end="technews-2022-W32"/> 8 août 2022 à 19:50 (UTC) <!-- Message envoyé par User:Quiddity (WMF)@metawiki en utilisant la liste sur https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Global_message_delivery/Targets/Tech_ambassadors&oldid=23627807 --> == Actualités techniques n° 2022-33 == <section begin="technews-2022-W33"/><div class="plainlinks"> Dernières '''[[m:Special:MyLanguage/Tech/News|actualités techniques]]''' de la communauté technique Wikimédia. N’hésitez pas à informer les autres utilisateurs de ces changements. Certains changements ne vous concernent pas. [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/2022/33|D’autres traductions]] sont disponibles. '''Changements récents''' * La communauté de Wikipédia en persan a décidé de bloquer la contribution sous IP d’octobre 2021 à avril 2022. L’équipe d’analyse produit de Wikimedia Foundation a étudié les impacts de ce changement. [[m:Special:MyLanguage/IP Editing: Privacy Enhancement and Abuse Mitigation/IP Editing Restriction Study/Farsi Wikipedia|Un rapport]] est disponible. '''Changements à venir cette semaine''' * [[File:Octicons-sync.svg|12px|link=|alt=|Sujet récurrent]] La [[mw:MediaWiki 1.39/wmf.25|nouvelle version]] de MediaWiki sera installée sur les wikis de test et sur MediaWiki.org à partir du {{#time:j xg|2022-08-16|fr}}. Elle sera installée sur tous les wikis hormis la majorité des Wikipédias le {{#time:j xg|2022-08-17|fr}} et enfin sur toutes les Wikipédias restantes le {{#time:j xg|2022-08-18|fr}} ([[mw:MediaWiki 1.39/Roadmap|calendrier]]). * [[File:Octicons-sync.svg|12px|link=|alt=|Sujet récurrent]] Certains wikis seront en lecture seule pendant quelques minutes en raison d’un changement de base de données principale, le {{#time:j xg|2022-08-16|fr}} à 7 h UTC ([https://noc.wikimedia.org/conf/highlight.php?file=dblists/s1.dblist wikis concernés]) et le {{#time:j xg|2022-08-18|fr}} à 7 h UTC ([https://noc.wikimedia.org/conf/highlight.php?file=dblists/s8.dblist wikis concernés]). * L’[[mw:Special:MyLanguage/Help:Extension:WikiEditor/Realtime_Preview|aperçu en temps réel]] sera disponible en tant que fonctionnalité bêta sur les wikis du [https://noc.wikimedia.org/conf/highlight.php?file=dblists%2Fgroup1.dblist groupe&nbsp;1]. Cette fonctionnalité a été construite afin de répondre à l’[[m:Special:MyLanguage/Community_Wishlist_Survey_2021/Real_Time_Preview_for_Wikitext|une des propositions issues de la consultation des souhaits de la communauté]]. '''Futurs changements''' * La fonctionnalité bêta des [[mw:Special:MyLanguage/Help:DiscussionTools|Outils de discussion]] va être mise à jour pendant le mois d’août. L'apparence des discussions va changer. Vous pouvez voir [[mw:Special:MyLanguage/Talk pages project/Usability/Prototype|certains des changements proposés]]. [https://www.mediawiki.org/wiki/Talk_pages_project/Usability#4_August_2022][https://www.mediawiki.org/wiki/Talk_pages_project/Usability#Phase_1:_Topic_containers][https://phabricator.wikimedia.org/T312672] '''''[[m:Special:MyLanguage/Tech/News|Actualités techniques]]''' préparées par les [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/Writers|rédacteurs des actualités techniques]] et postées par [[m:Special:MyLanguage/User:MediaWiki message delivery|robot]]. [[m:Special:MyLanguage/Tech/News#contribute|Contribuer]]&nbsp;• [[m:Special:MyLanguage/Tech/News/2022/33|Traduire]]&nbsp;• [[m:Tech|Obtenir de l’aide]]&nbsp;• [[m:Talk:Tech/News|Donner votre avis]]&nbsp;• [[m:Global message delivery/Targets/Tech ambassadors|S’inscrire ou se désinscrire]]'' </div><section end="technews-2022-W33"/> 15 août 2022 à 21:08 (UTC) <!-- Message envoyé par User:Quiddity (WMF)@metawiki en utilisant la liste sur https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Global_message_delivery/Targets/Tech_ambassadors&oldid=23658001 --> == Report du vote de l'élection 2022 du conseil d'administration de la Wikimedia Foundation == <section begin="announcement-content" /> :''[[m:Special:MyLanguage/Wikimedia Foundation elections/2022/Announcement/Delay of Board of Trustees election| Ce message est également traduit dans d'autres langues sur Meta-wiki.]]'' :''<div class="plainlinks">[[m:Special:MyLanguage/Wikimedia Foundation elections/2022/Announcement/Delay of Board of Trustees election|{{int:interlanguage-link-mul}}]] • [https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Special:Translate&group=page-{{urlencode:Wikimedia Foundation elections/2022/Announcement/Delay of Board of Trustees election}}&language=&action=page&filter= {{int:please-translate}}]</div>'' Bonjour, Je vous informe aujourd'hui d'un changement dans le calendrier du vote pour l'élection du conseil d'administration. Comme beaucoup d'entre vous le savent déjà, nous proposons cette année une [[m:Special:MyLanguage/Wikimedia_Foundation_elections/2022/Community_Voting/Election_Compass|boussole électorale]] pour aider les électeurs et électrices à identifier le positionnement des personnes qui se sont portées candidates sur certains sujets clés. Plusieurs d'entre elles ont demandé une extension de la limite du nombre de caractères pour leurs réponses développant leurs positions, et le comité des élections a estimé que leur raisonnement était conforme aux objectifs d'un processus électoral juste et équitable. Pour garantir que les déclarations/affirmations les plus longues puissent être traduites à temps pour l'élection, le comité des élections et le groupe de travail pour la sélection des membres du conseil d'administration ont décidé de reporter d'une semaine l'ouverture du vote de l'élection du conseil d'administration - une période proposée comme idéale par l'équipe qui soutient l'élection. Bien que l'on ne s'attende pas à ce que tout le monde veuille utiliser la boussole électorale pour éclairer sa décision de vote, le comité des élections a estimé qu'il était plus approprié d'ouvrir la période de vote avec des traductions essentielles que les membres de la communauté, quelle que soit leur langue, pourront utiliser s'ils souhaitent prendre cette décision importante. Le vote sera ouvert le 23 août à 00:00 UTC et se terminera le 6 septembre à 23:59 UTC. Bien à vous, Matanya, de la part du comité des élections, <section end="announcement-content" /> [[User:MPossoupe (WMF)|MPossoupe (WMF)]] 16 août 2022 à 12:54 (UTC) <!-- Message envoyé par User:MPossoupe (WMF)@metawiki en utilisant la liste sur https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Movement_Strategy_and_Governance/Delivery/fr&oldid=23008845 --> == Invitation à rejoindre le Forum de la Stratégie du Mouvement == Bonjour, Le [https://forum.movement-strategy.org/ Forum de la Stratégie du Mouvement (MS Forum)] est un espace collaboratif multilingue pour toutes les conversations sur la mise en œuvre de la Stratégie du Mouvement. Nous invitons toutes les personnes du Mouvement à collaborer sur le forum. Le but du forum est de construire une collaboration communautaire en utilisant une plateforme multilingue et inclusive. La [[m:Movement_Strategy|Stratégie du Mouvement]] est un effort de collaboration pour imaginer et construire l'avenir du Mouvement Wikimedia. Tout le monde peut contribuer à la Stratégie du mouvement, du simple commentaire au projet à part entière. [https://forum.movement-strategy.org/ Rejoignez] ce forum avec votre compte Wikimedia, participez aux conversations et posez des questions dans votre langue. L'équipe Stratégie et gouvernance du mouvement (MSG) a lancé la proposition pour ce Forum MS en mai. Après une période d'examen de deux mois, nous venons de publier le [https://forum.movement-strategy.org/t/ms-forum-community-review-report/1436 rapport] de la période de revue de la communauté. Il contient un résumé des discussions, des mesures et des informations sur les prochaines étapes. Hâte de vous voir sur le Forum ! Meilleures salutations, [[User:MPossoupe (WMF)|MPossoupe (WMF)]] 19 août 2022 à 18:24 (UTC) <!-- Message envoyé par User:MPossoupe (WMF)@metawiki en utilisant la liste sur https://meta.wikimedia.org/w/index.php?title=Movement_Strategy_and_Governance/Delivery/fr&oldid=23008845 --> pshab799jzkul5864hkyyffdh8s0j4y