HnRNP
Vikipedi, özgür ansiklopedi
Protein kodlayan genlerden ve mRNA ara işlemlerinde üretilen, ökaryotik hücrelerin nükleuslarında serbest olarak yer almayan yeni transkriptleri tamamlanmış RNA moleküllerinin tamamına öncül-mRNA denir. Yeni üretilen transkriptlerin RNA polimeraz II'den ilk sentezlenmelerinden olgun mRNA'ların sitoplazmaya taşınmasına kadar RNA molekülleri çok fazla nükleer proteinle bağlantı kurar. Bu proteinler hetero nükleroprotein parçacıkları (hnRNPler), heterogenik nükleer RNA (hnRNA) içeren, büyük protein komponentlerine sahiptirler. hnRNP'ler, öncül-mRNA ve diğer nükleer RNA'ların çeşitli büyüklükte olanlarının tümüne verilen addır.
Araştırmacılar hnRNP'leri ilk olarak kültürlenmiş hücreleri yüksek dozda UV radyasyonuna maruz bırakarak, RNA bazları ve yakın ilişkili proteinlerin arasında kovalent çapraz bağlantıların oluşmasıyla tanımladılar. RNA'ların poly(A) kuyruğuna bağlanan oligo-dT selüloz sütunlarındaki kültürlenmiş hücrelerinde yapılan nükleer ekstrenin kromatografisi, nükleer poliadenilizasyona uğramış RNA'lara çapraz bağlanmış proteinleri geri getirmek için kullanılırdı.
Transkripsiyon faktörleri gibi, çoğu hnRNP proteini modüler bir yapıya sahiptir. Bir ya da daha fazla RNA-bağlanma domainine sahiptirler ve en az bir domain de diğer proteinlerle etkileşime girer. hnRNP proteinlerinin delesyonları kurarak ve onların RNA'ya bağlanabilme yeteneklerini test ederek çok çeşitli RNA-bağlanma motifleri bunlunmuştur.
[değiştir] hnRNP Proteinlerinin Fonksiyonları
Öncül-mRNA ile hnRNP proteinlerinin birleşmesi, komplementer bölgelerin baz-eşleşmesine bağımlı olan kısa ikincil yapılarının oluşmasını önler, böylece öncül-mRNA diğer RNA molekülleri ya da proteinlerle etkileşime açık hale gelecektir.
Saflaştırılmış hnRNP proteinleri ile yapılan bağlanma araştırmaları, hnRNP proteinlerinin yeni üretilen öncül-mRNA molekülünün değişik bölgeleriyle birleşmesini önermektedir. Örneğin, hnRNP proteinleri olan A1, C ve D, tercihen intronların primidince zengin dizileri olan olan 3' uçlarına bağlanır. Bu gözlem, bazı hnRNP proteinlerinin RNA splicingi ya da cleavage/poliadenilizasyonu belirten RNA dizileriyle etkileşime geçebileceklerini ve RNA işleyici faktörlerin tanıdığı yapılara katkıda bulunduğunu önermiştir. Son olarak hücre birleşmesi deneyleri, bazı hn RNP proteinlerinin çekirdekte sınırlandırılmış olarak kaldıklarını göstermiştir ki diğerleri sitoplazmada dolaşmaktadır ve bunların mRNA taşınmasında rol oynadıkları düşünülmektedir.