Archaea

Bách khoa toàn thư mở Wikipedia

Archaea
Phân loại khoa học
Giới (Kingdom): Archaea
Woese, Kandler & Wheelis, 1990
Phyla / Classes

Phylum Crenarchaeota
Phylum Euryarchaeota
    Halobacteria
    Methanobacteria
    Methanococci
    Methanopyri
    Archaeoglobi
    Thermoplasmata
    Thermococci
Phylum Korarchaeota
Phylum Nanoarchaeota

Archaea (tiếng Latinh, tức là "cổ đại"; đôi khi được dịch trong tiếng Việtvi khuẩn cổ) là một phân nhóm lớn trong sinh vật nhân sơ (prokaryote, cùng vi khuẩn). Archeae là một phân ngành chính của những sinh vật sống. Mặc dù chưa có sự chắc chắn nào về sự hình thành loài. Archeae (vi khuẩn cổ), Eukaryote (sinh vật nhân chuẩn) và Bacteria (vi khuẩn)là những phân nhóm cơ bản, trong cái được gọi là hệ thống 3 ngành chính. Về vị trí phân loại của những sinh vật này có nhiều điểm chưa thống nhất vì chúng có những đặc điểm giống với vi khuẩn nhưng cũng mang nhiều đặc điểm của sinh vật nhân chuẩn. Giống như vi khuẩn, vi khuẩn cổ là những sinh vật đơn bào thiếu nhân (nuclei), do đó chúng là sinh vật nhân sơ, được phân loại là thuộc về giới Monera trong các phân loại truyền thống 5 giới. Tuy nhiên, vi khuẩn cổ và sinh vật nhân chuẩn lại có quan hệ họ hàng gần gũi với nhau hơn là so với vi khuẩn thật sự (eubacteria), và chúng được nhóm cùng nhau trong nhánh Neomura, được cho là đã phát sinh từ các vi khuẩn gam dương. Ban đầu người ta tìm thấy chúng ở nhưng môi trường sống khắc nghiệt, nhưng sau này người ta tìm thấy chúng ở hầu hết những mọi môi trường sống.

Mục lục

[sửa] Lịch sử

Chúng được Carl Woese và George E. Fox nhận dạng năm 1977, dựa trên sự tách chúng ra khỏi các sinh vật nhân sơ khác trên các cây phát sinh loà 16S rARN. Hai nhóm này ban đầu được đặt tên là Archaebacteria (vi khuẩn cổ) và Eubacteria (vi khuẩn thật sự), được coi là các giới hay phân giới. Woese cho rằng chúng đại diện cho các nhánh khác biệt nền tảng của sự sống. Ông sau đó đã đổi tên các nhóm đó thành Archaea và Bacteria để nhấn mạnh điều đó, và cho rằng cùng với Eukarya chúng tạo thành ba vực của sự sống.

[sửa] Nguồn gốc và tiến hóa ban đầu

Thuật ngữ sinh học Archaea không nên nhầm lẫn với thuật ngữ địa chất học Archean (đại Archeozoic hay liên đại Thái Cổ). Thuật ngữ sau được dùng đẻ chỉ tới thời kỳ nguyên thủy của lịch sử Trái Đất khi Archaea và Bacteria là những sinh vật duy nhất sống trên hành tinh này. Các hóa thạch có thể là của những vi sinh vật này đã được xác định niên đại tới khoảng 3,8 tỷ năm trước (3.800 Ma). Các dấu tích của chúng được tìm thấy trong trầm tích ở miền tây Greenland, trầm tích cổ nhất đã phát hiện được.[1][2]

[sửa] So sánh với vi khuẩn và sinh vật nhân chuẩn

Archaea là tương tự như các sinh vật nhân sơ khác ở phần lớn các khía cạnh của cấu trúc tế bàotrao đổi chất. Tuy nhiên, các quá trình sao mã và phiên dịch gen của chúng - hai quá trình trung tâm trong sinh học phân tử - lại không thể hiện các đặc trưng điển hình của vi khuẩn, mà lại cực kỳ giống với các đặc trưng của sinh vật nhân chuẩn. Ví dụ, sự phiên dịch gen ở vi khuẩn cổ sử dụng sự khởi đầu và các hệ số kéo dài tương tự như ở sinh vật nhân chuẩn, còn sự phiên dịch gen của chúng có sự tham gia của các protein liên kết TATA và TFIIB, giống như ở sinh vật nhân chuẩn. Nhiều gen tARN và rARNA ở vi khuẩn cổ chứa các intron duy nhất có ở các vi khuẩn cổ, không có ở các intron của sinh vật nhân chuẩn mà cũng chẳng có ở vi khuẩn.

Một vài đặc trưng khác cũng làm cho Archaea tách rời ra khỏi vi khuẩn và sinh vật nhân chuẩn. Không giống như phần lớn các vi khuẩn, chúng có màng tế bào đơn không có thành peptidoglycan. Ngoài ra, cả vi khuẩn và sinh vật nhân chuẩn đều có các màng bao gồm chủ yếu là các lipit dạng este của glycerol, trong khi ở vi khuẩn cổ lại là màng từ các lipit dạng ête của glycerol.


These differences may be an adaptation on the part of Archaea to hyperthermophily. Archaeans also have flagella that are notably different in composition and development from the superficially similar flagella of bacteria.

Cây phát sinh loài dựa trên dữ liệu rARN, chỉ ra sự tách rời của vi khuẩn, vi khuẩn cổ và sinh vật nhân chuẩn.
Cây phát sinh loài dựa trên dữ liệu rARN, chỉ ra sự tách rời của vi khuẩn, vi khuẩn cổ và sinh vật nhân chuẩn.

[sửa] Habitats

Many archaeans are extremophiles. Some live at very high temperatures, often above 100°C, as found in geysers and black smokers. Others are found in very cold habitats or in highly saline, acidic, or alkaline water. However, other archaeans are mesophiles, and have been found in environments like marshland, sewage, and soil. Many methanogenic archaea are found in the digestive tracts of animals such as ruminants, termites, and humans. Archaea are usually harmless to other organisms and none are known to cause disease.

[sửa] Form

Individual archaeans range from 0.1 to over 15 μm in diameter, and some form aggregates or filaments up to 200 μm in length. They occur in various shapes, such as spherical, rod-shaped, spiral, lobed, or rectangular. They also exhibit a variety of different types of metabolism. Of note, the halobacteria can use light to produce ATP, although no Archaea conduct photosynthesis with an electron transport chain, as occurs in other groups.

[sửa] Evolution and classification

Archaea are divided into two main groups based on rRNA trees, the Euryarchaeota and Crenarchaeota. Two other groups have been tentatively created for certain environmental samples and the peculiar species Nanoarchaeum equitans, discovered in 2002 by Karl Stetter, but their affinities are uncertain.

Woese argued that the bacteria, archaea, and eukaryotes each represent a primary line of descent that diverged early on from an ancestral progenote with poorly developed genetic machinery. This hypothesis is reflected in the name Archaea, from the Greek archae or ancient. Later he treated these groups formally as domains, each comprising several kingdoms. This division has become very popular, although the idea of the progenote itself is not generally supported. Some biologists, however, have argued that the archaebacteria and eukaryotes arose from specialized eubacteria.

The relationship between Archaea and Eukarya remains an important problem. Aside from the similarities noted above, many genetic trees group the two together. Some place eukaryotes closer to Eurarchaeota than Crenarchaeota are, although the membrane chemistry suggests otherwise. However, the discovery of archaean-like genes in certain bacteria, such as Thermotoga, makes their relationship difficult to determine. Some have suggested that eukaryotes arose through fusion of an archaean and eubacterium, which became the nucleus and cytoplasm, which accounts for various genetic similarities but runs into difficulties explaining cell structure.

Single gene sequencing for systematics has led to whole genome sequencing, currently 22 archaeal genomes have been completed with 15 partially completed [1].

[sửa] Tham khảo

  1. Hahn J, Haug P (1986). “Traces of Archaebacteria in ancient sediments”. System Appl Microbiol 7: 178-183..
  2. Chappe B., Albrecht P. và Michaelis W. ({1982). “Polar Lipids of Archaebacteria in Sediments and Petroleums”. Science 217: 65-66. DOI:10.1126/science.217.4554.65.
  • Howland, John L. (2000). The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life. Oxford: Oxford University Press. ISBN 0-19-511183-4.
  • Lake, J.A. (1988). "Origin of the eukaryotic nucleus determined by rate-invariant analysis of rRNA sequences". Nature 331:184–186.
  • Woese, Carl R.; Fox, George E. (1977). "Phylogenetic Structure of the Prokaryotic Domain: The Primary Kingdoms". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 74 (11): 5088–5090.
  • Woese, Carl R., Kandler, Otto, Wheelis, Mark L (1990). "Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya". Proceedings of the National Academy of Sciences 87 (12): 4576–4579.

[sửa] Liên kết ngoài