Fermentas

Straipsnis iš Vikipedijos, laisvosios enciklopedijos.

Enlarge

Fermentas - tai baltyminis katalizatorius, pagreitinantis gyvajame organizme vykstančias chemines reakcijas tūkstančius kartų. Be fermentų šios reakcijos nevyktų arba vyktų labai lėtai ir gyvasis organizmas negalėtų egzistuoti. Fermentai naudojami kaip vaistiniai preparatai, kaip reagentai ar biocheminiai rodikliai diagnozei nustatyti.

Turinys

[taisyti] Fermento veikimo mechanizmas

Fermento veikimo mechanizmas
Enlarge
Fermento veikimo mechanizmas
Schematiškai pavaizduotas fermento aktyvus centras.
Enlarge
Schematiškai pavaizduotas fermento aktyvus centras.


Fermentas sąveikauja su substratu (ar substratais), pakeičia jo struktūra, t.y. substratą verčia į produktą. Fermentinė reakcija vyksta tik tam tikroje fermento dalyje - aktyviajame centre, kurį sudaro formuojantis tretinei baltymo struktūrai iš skirtingų baltymo molekulės vietų suartėjusios aminorūgščių liekanos. Aktyvus centras turi substrato jungimo ir katalizinę sritis.

Yra pasiūlyti modeliai, aiškinantys, kaip fermentas savo aktyviajame centre sąveikauja su substrato molekule. "Spynos ir rakto" modelis teigia, kad fermento ir jo substrato sąveika galima tik tuomet, kai substratas atitinka aktyvų centrą taip, kaip raktas spyną. Kitas biokatalizės mechanizmus aiškinantis modelis teigia, kad sąveikaujant substratui su aktyviuoju centru, gali keistis arba substrato, arba aktyviojo centro, arba abiejų erdvinės struktūros taip, kad būtų palankiausia struktūta substrato molekulę pakreipti katalizinių grupių link. Prie fermento baltyminės dalies (apofermento), kad jis galėtų atlikti savo funkcijas, aktyvajame centre prijungiama nebaltyminė dalis - kofaktorius. Susijungę apofermentas ir kofermentas sudaro funkcionalią strukūrą, vadinamą holofermentu.

[taisyti] Fermentų klasifikacija

Fermentai pagal katalizuojamos reakcijos tipą skirstomi į 6 klases (lentelė). Literatūroje dažnai sutinkami darbiniai (trivialieji) fermentų pavadinimai, kurie sudaromi prie substrato ar katalizuojamos reakcijos pavadinimo pridedant galūnę -azė (alkoholdehidrogenazė, karboksipeptidazė)

Klasė Katalizuojama reakcija Reakcijos pavyzdys Poklasiai
1
Oksidoreduktazės
Katalizuoja oksidacijos - redukcijos procesus. Iš oksiduojamo substrato paimtus elektronus perduoda redukuojamam AH + B → A + BH (redukuota forma)
A + O → AO (oksiduota forma)
Dehidrogenazės, peroksidazės ir reduktazės ir kt.
2
Transferazės
Katalizuoja funkcinių grupių (metil-, acil-, amino- ar fosfatinės grupių) pernaša nuo vienos molekulės ant kitos arba nuo vienos tos pačios molekulės dalies į kita. AB + C → A + BC Aciltransferazės, metiltrasferazės, kinazės ir kt.
3
Hidrolazės
Katalizuoja cheminių ryšių (C-O, C-N, C-S) skaidymą dalyvaujant vandeniui. AB + H2O → AOH + BH Esterazės ir kt.
4
Liazės
Nedalyvaujant vandeniui skaido substratą (C-C, C-N, C-O ar C-S), sudarydami dvigubą ryši, arba prijungia funkcines grupes prie dvigubojo ryšio. RCOCOOH → RCOH + CO2
5
Izomerazės
Katalizuoja tos pačios molekulės vidumolekulinį persigrupavimą. AB → BA Mutazės, racemazės
6
Ligazės
Naudodami ATP hidrolizės metu išsiskiriančią energiją, katalizuoja C-O, C-S, C-N ar C-C kovalentinių ryšių susidarymą. X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi Sintetazė

[taisyti] Fermentų savybės

Fermentai, kaip visi katalizatoriai, reakcijos metu nėra nei sunaudojami, nei pagaminami. Jie nekeičia reakcijos pusiausvyros, o tik padidina reakcijos greitį. Tik fermentams būdinga tai, kad jie sąveikauja griežtai tik su tam tikrais substratais, yra stereo specifiški. Jie yra jautrūs temperatūros, terpės pH pokyčiams.

Fermentų aktyvumas yra reguliuojamas modifikuojant (pvz.: fosforilinant, metilinant), veikiant inhibitoriais (bet kuri cheminė medžiaga mažinanti reakcijos greitį) ar aktyvatoriais, keičiant fermento kiekį (baltymai organizme po tam tikro laiko degraduojami; sintetinami tik esant induktoriui) ir kt.

[taisyti] Fermentų struktūra

Kreatino kinazė
Enlarge
Kreatino kinazė
Commons: Fermentas – Iliustracijos, vaizdo ir garso įrašai, susiję su straipsniu